paleoforum.ru

С подтверждениями, как я понимаю, у ТЭ всё в порядке. А как насчёт применения к ТЭ критерия Поппера?
Заранее спасибо.

наличие меньшей вариабельности между группами в тех местах, где по наблюдениям вариабельность выше всего.
Различия в основах - таких как совершенно иной генетический код (отклонения у некоторых организмов есть, но небольшие), наличие совершенно не похожих энзимов в основах метаболизма (цикл кребса, гликолиз), процесс репликации-транскрипции-трансляции-репарации, электронно-транспортной цепи при глубоком сходстве по другим пунктам - в частности морфология, гистология и т. д.

Да, действительно всё просто. Я, видимо, "не в ту сторону думал". Спасибо.

А я считаю, что тут само понятие "теория" несколько устарело. Есть теории, внутри однозначно обозначенного явления. Никто ведь не требует фальсифицируемости 2*2=4. Если не считать креационистов, которые нацелены только на некомпетентную аудиторию, то локатосовские защитные пояса создаёт не сама теория биологической эволюции, а отдельные её подходы, впрочем фальсифицировать её конечно тоже можно, например, как сказал Холдейн "если найдут девонского кролика, я поверю, что теория эволюции не верна"  (эту реплику озвучил Марков в недавней телепередаче), но поскольку такая вероятность равна фактически нулю...

Цитата: DNAoidea от мая 01, 2010, 20:34:43
наличие меньшей вариабельности между группами в тех местах, где по наблюдениям вариабельность выше всего.

--Объясните, пожалуйста, можно на примере. Пока это выглядит как "невариабельный генотип при вариабельном фенотипе".

Цитата: DNAoidea от мая 01, 2010, 20:34:43
Различия в основах - таких как совершенно иной генетический код (отклонения у некоторых организмов есть, но небольшие),

--Ген.код - это абиогенез, а не ТЭ. И два разных ген.код, скажем, у археобактерий/митохондрий и эукариот - pourcois pas?

Цитата: DNAoidea от мая 01, 2010, 20:34:43
наличие совершенно не похожих энзимов в основах метаболизма (цикл кребса, гликолиз), процесс репликации-транскрипции-трансляции-репарации, электронно-транспортной цепи при глубоком сходстве по другим пунктам - в частности морфология, гистология и т. д.

--Опять же, вот она - мощь абиогенетического котла, создавшая несколько негомологичных но однофункциональных белков!
И вспомним Кунина и Мушегяна с их минимальным геномом (http://www.pnas.org/content/93/19/10268.abstract): "Most of the proteins encoded by the genes from the minimal set have eukaryotic or archaeal homologs but seven key proteins of DNA replication do not. We speculate that the last common ancestor of the three primary kingdoms had an RNA genome."

Цитировать^{the hypothetical minimal genome is enriched in universally conserved proteins. The subset of proteins without eukaryotic or archaeal homologs, along with some that are likely to evolve too fast to reveal ancient conserved regions (e.g., permeases and several small ribosomal proteins), includes at least two conspicuous groups. These are the eight subunits of the HI ATPase that in eukaryotes are represented by organellar genes and eight key proteins of DNA replication, namely two subunits of DNA polymerase III, initiator ATPase (DnaA), helicase (DnaB), primase (DnaG), NAD-dependent DNA ligase, and single-stranded DNA-binding proteins (Ssb and Dbh).}

Цитата: Дж. Тайсаев от мая 01, 2010, 21:19:42
впрочем фальсифицировать её конечно тоже можно, например, как сказал Холдейн "если найдут девонского кролика, я поверю, что теория эволюции не верна"  (эту реплику озвучил Марков в недавней телепередаче), но поскольку такая вероятность равна фактически нулю...

(http://img176.imageshack.us/img176/6527/devonianbunnydh0.jpg)
Weisenheimer D.A. "A Sylvilagus floridanus Fossil Found in Devonian Sandstone Context and its Broader Implications", Nature 2012, Vol.466, No.7295, pp.1312-1327
Ad-hoc объяснение: Это фальсификация, произошедшая в результате смещения пластов и вымывания из породы атомов калия и аргона. Очевидно, все классы позвоночных сальтационистски образовались уже в позднем девоне, но еще 150 млн. лет, ввиду своей малочисленности, не попадали массово в осадочные породы. Ничего удивительного, если учесть, что целаканты исчезли из палео-летописи на 75 млн. лет.

ЦитироватьNature 2012, Vol.466

Ээээ....  ??? Ето что за прикол. Nature за 2012 год - это сильно.  С 1 мая апреля Вас, батенька.

Цитата: ConnieW от мая 02, 2010, 09:06:40
Пока это выглядит как "невариабельный генотип при вариабельном фенотипе".

во-первых, у меня нет про фенотип, а во-вторых, я привёл это довод, способный опровергнуть теорию эволюции в нынешнем виде, так что каких примеров вы хотите? ну и наконец в-третьих, один генотип может создавать несколько фенотипов в разных условиях обитания.

Цитата: ConnieW от мая 02, 2010, 09:06:40Ген.код - это абиогенез, а не ТЭ.

не согласен - ген код возник на стадии самых примитивных организмов, а просто молекулам, не способным к воспроизводству он ни к чему.

Цитата: ConnieW от мая 02, 2010, 09:06:40И два разных ген.код, скажем, у археобактерий/митохондрий и эукариот - pourcois pas?

вообще-то, у меня написано:

Цитировать(отклонения у некоторых организмов есть, но небольшие)

читайте внимательнее, а то у вас и фенотипы появились в моём сообщении, которые я вообще в виду не имел.

Цитата: ConnieW от мая 02, 2010, 09:06:40Опять же, вот она - мощь абиогенетического котла, создавшая несколько негомологичных но однофункциональных белков!

опять же, смотрим моё сообщение:

Цитироватьпри глубоком сходстве по другим пунктам - в частности морфология, гистология и т. д.

вы процитировали это, но предпочли не замечать - hypothetical minimal genome должен быть чем-то средним между археями, эукариотами и прочими, и его носить глубокое сходство с ними (понятно, что гистологии тут нет, но всё равно много чего ещё остаётся) иметь никак не может.

Цитата: DNAoidea от мая 02, 2010, 20:29:34

Цитата: ConnieW от мая 02, 2010, 09:06:40
Пока это выглядит как "невариабельный генотип при вариабельном фенотипе".

во-первых, у меня нет про фенотип, а во-вторых, я привёл это довод, способный опровергнуть теорию эволюции в нынешнем виде, так что каких примеров вы хотите?

--Примерных.

Цитата: DNAoidea от мая 02, 2010, 20:29:34

Цитата: ConnieW от мая 02, 2010, 09:06:40Ген.код - это абиогенез, а не ТЭ.

не согласен - ген код возник на стадии самых примитивных организмов, а просто молекулам, не способным к воспроизводству он ни к чему.

--Т.е., вы полагаете, что первые живые организмы не содержали белков?

Цитата: DNAoidea от мая 02, 2010, 20:29:34

Цитата: ConnieW от мая 02, 2010, 09:06:40И два разных ген.код, скажем, у археобактерий/митохондрий и эукариот - pourcois pas?

вообще-то, у меня написано:

Цитировать(отклонения у некоторых организмов есть, но небольшие)

читайте внимательнее...

--Мне кажется, вы невнимательно прочитали меня на этот раз. Я говорю о совершенно разных ген.кодах - почему они должны опровергать ТЭ?

Цитата: DNAoidea от мая 02, 2010, 20:29:34

Цитата: ConnieW от мая 02, 2010, 09:06:40Опять же, вот она - мощь абиогенетического котла, создавшая несколько негомологичных но однофункциональных белков!

опять же, смотрим моё сообщение:

Цитироватьпри глубоком сходстве по другим пунктам - в частности морфология, гистология и т. д.

вы процитировали это, но предпочли не замечать - hypothetical minimal genome должен быть чем-то средним между археями, эукариотами и прочими, и его носить глубокое сходство с ними (понятно, что гистологии тут нет, но всё равно много чего ещё остаётся) иметь никак не может.

--Скорее, вы предпочли не заметить, что не гипотетическая, а вполне реальная микоплазма, предположительно дивергировавшая от Escherichia 25 млн. лет назад,  похожая на других паразитов, имеет гены фундаментальные гены отличающиеся от всех остальных эубактерий, так, что им не находят гомологов в базе данных.

Мне кажется, вы путаете "теорию эволюцию" и постулат о единственном предке-протобионте. На самом деле ничто не мешает всему живому произойти от двух или двадцати двух протобионтов. Или использовать два и больше равноценных вариантов генов трансляции или гликолиза или чего-то еще.

Цитата: ConnieW от мая 02, 2010, 09:32:00
Ad-hoc объяснение: Это фальсификация, произошедшая в результате смещения пластов и вымывания из породы атомов калия и аргона. Очевидно, все классы позвоночных сальтационистски образовались уже в позднем девоне, но еще 150 млн. лет, ввиду своей малочисленности, не попадали массово в осадочные породы. Ничего удивительного, если учесть, что целаканты исчезли из палео-летописи на 75 млн. лет.

Смешно. А на счёт сальтационизма, здесь такое даже в ненаучных разговорах не обсуждают, пунктуализм в крайнем случае

Цитата: ConnieW от мая 02, 2010, 22:00:31
Т.е., вы полагаете, что первые живые организмы не содержали белков?

нет, я полагаю, что они умели его только агрегировать, но не умели точно кодировать.

Цитата: ConnieW от мая 02, 2010, 22:00:31Я говорю о совершенно разных ген.кодах - почему они должны опровергать ТЭ?

я не говорил о совершенно разных ген-кодах в отдельности.

Цитата: ConnieW от мая 02, 2010, 22:00:31
--Скорее, вы предпочли не заметить, что не гипотетическая, а вполне реальная микоплазма, предположительно дивергировавшая от Escherichia 25 млн. лет назад,  похожая на других паразитов, имеет гены фундаментальные гены отличающиеся от всех остальных эубактерий, так, что им не находят гомологов в базе данных.

ну тут прочитаем подробнее...

Цитата: ConnieW от мая 02, 2010, 22:00:31
Мне кажется, вы путаете "теорию эволюцию" и постулат о единственном предке-протобионте. На самом деле ничто не мешает всему живому произойти от двух или двадцати двух протобионтов. Или использовать два и больше равноценных вариантов генов трансляции или гликолиза или чего-то еще.

ничего не мешает (теоретически - может даже так оно и было, но другие вымерли, а осколки сохранились в вирусах, правда тогда надо предположить, что вирусы имеют преемственность (не обязательно прямые потомки) аж с полинуклеотидами Первичного океана, а это хм... не знаю...), но я пишу о другом - о эволюционной консервативности вариабельных участков, при изменчивости стабильных... то есть - вот если будут два вида одинаковые по структуре микросателлитов, и с разными ген-кодами, то тут... это так сказать примерный пример :)

Мне кажется, вы уже сами не знаете, что вы имеете в виду..

Тем не менее, я увидел несколько "фальсифицирующих предсказаний", которые или уже сбылись, или не являются опровержением ТЭ.

Цитата: ConnieW от мая 03, 2010, 01:09:45
Мне кажется, вы уже сами не знаете, что вы имеете в виду..

я прекрасно знаю, что я имею в виду и об этом написал

Цитата: ConnieW от мая 03, 2010, 01:09:45
Тем не менее, я увидел несколько "фальсифицирующих предсказаний", которые или уже сбылись, или не являются опровержением ТЭ.

где???
вы привели пример:

Цитироватьдва вида одинаковые по структуре микросателлитов, и с разными ген-кодами,

???
в статье пока прочитал, что у этой бактерии нет 7 генов участвующих в репликации, и на их роль они предполагают другие, правда пока не понимаю из чего они прогнозируют их функции.

Цитата: DNAoidea от мая 03, 2010, 00:18:11
я не говорил о совершенно разных ген-кодах в отдельности.

--Правильно ли я понимаю, что список возможных примеров опровержений ТЭ - это не список с логическим оператором "ИЛИ", а список свойств, которые должны присутствовать ОДНОВРЕМЕННО?
О, тогда действительно, такого никогда нигде не увидишь, даже по теории вероятности. Надо было только еще добавить, что должны быть три пары ног у млекопитающих, как в "Аватаре". На всякий случай.

Цитата: ConnieW от мая 02, 2010, 09:32:00

Цитата: Дж. Тайсаев от мая 01, 2010, 21:19:42
впрочем фальсифицировать её конечно тоже можно, например, как сказал Холдейн "если найдут девонского кролика, я поверю, что теория эволюции не верна"  (эту реплику озвучил Марков в недавней телепередаче), но поскольку такая вероятность равна фактически нулю...

Weisenheimer D.A. "A Sylvilagus floridanus Fossil Found in Devonian Sandstone Context and its Broader Implications", Nature 2012, Vol.466, No.7295, pp.1312-1327
Ad-hoc объяснение: Это фальсификация, произошедшая в результате смещения пластов и вымывания из породы атомов калия и аргона. Очевидно, все классы позвоночных сальтационистски образовались уже в позднем девоне, но еще 150 млн. лет, ввиду своей малочисленности, не попадали массово в осадочные породы. Ничего удивительного, если учесть, что целаканты исчезли из палео-летописи на 75 млн. лет.

Фотошоп виден прямо таки невооружённым глазом. Хотя зверька пытались аккуратненько "обтравить" по контуру, беловатая кайма всё равно просматривается.
Если бы я пытался подобным образом сжульничать, дёрнул бы Color Balance, Levels. Чтобы как следует "влить". Хотя авторы тоже пытались, но не до конца успешно.

Это, видимо, "исходник" для кролика. :)
(https://www.shrewsbury.k12.ma.us/schools/district/critterclinic/images/skeletonrabbit.gif)

Что-то я не врубаюсь.
В чём собственно говоря спор, Господа?

Да, собственно, не в чём. Разговор зашёл о том, как правильно пользоваться фотошопом и аналогами. Мастер-класс, так сказать.

Цитата: ConnieW от мая 03, 2010, 06:57:03
--Правильно ли я понимаю, что список возможных примеров опровержений ТЭ - это не список с логическим оператором "ИЛИ", а список свойств, которые должны присутствовать ОДНОВРЕМЕННО?

смотря о чём именно вы говорите, но скорее всего нет, да и в предыдущем сообщении про ген-код я написал, помимо ген-кода могут быть и другие фундаментальный вещ - мо> первое сообщение в этой теме, прочитайте наконец...

Экая невидаль кролик в девонском ракушечнике
да австролопитеков в юар находят в известняках меловой эпохи
а вот статья из нейче 2012 г уже интереснее
хотя это и требует отдельной темы я всеж тут изложу вкратце что сам прочел месяц назад
в подборке новостей за 2017 г

американский суд отказался выдать американского же гражданина Щипунова российскому правосудию
Щипунофф-известный киберпират позволявший скачивать бесплатно книги на которые купил авторские права некий абрамович
всего щипунофф обвиняется по 2000 эпизодам


Наконец то закрыт форум ПРОБЛЕМЫ ЭВОЛЮЦИИ за неоднократные оскорбления веры верующих


патриарх назначил куратором РАН митрополита Тмутараканского

доказано происхождение шимпандзе от двуногих австролопитеков с коими шимп разошелся 4500000
лет назад

недавние исследования молекулярщиков подтвердили гипотезу принадлежности мечехвоста к
кладе трилобитов т е пауки прямые потомки ранних трилобитов

но событием века в маммологии следует считать находку живого ископаемого-крошечного многобугорчатого в местности чако в парагвае
зверек ранее считался местной разновидностью бурозубки :D

 Может они впрок новости пишут?  ;D Ну, чтобы потом не париться,  заранее написали и потихоньку выкладывают. Очень удобно: сидишь, в носу ковыряешь, и подкидываешь в журнальчег одну сенсацию за другой. А денюжка-то и капает.

Цитата: DNAoidea от мая 03, 2010, 17:53:05

Цитата: ConnieW от мая 03, 2010, 06:57:03
--Правильно ли я понимаю, что список возможных примеров опровержений ТЭ - это не список с логическим оператором "ИЛИ", а список свойств, которые должны присутствовать ОДНОВРЕМЕННО?

смотря о чём именно вы говорите, но скорее всего нет, да и в предыдущем сообщении про ген-код я написал, помимо ген-кода могут быть и другие фундаментальный вещ - мо> первое сообщение в этой теме, прочитайте наконец...

--Главное, что я понял: это то, что образ фальсифицирующего ТЭ живого существа может меняться, в зависимости от злобы дня (например, девонский кролик может стать архейским,  а требование к ино-кодному геному может замениться требованием силановой или позитронной биохимии) :).

Цитата: ConnieW от мая 04, 2010, 14:50:39

Цитата: DNAoidea от мая 03, 2010, 17:53:05

Цитата: ConnieW от мая 03, 2010, 06:57:03
--Правильно ли я понимаю, что список возможных примеров опровержений ТЭ - это не список с логическим оператором "ИЛИ", а список свойств, которые должны присутствовать ОДНОВРЕМЕННО?

смотря о чём именно вы говорите, но скорее всего нет, да и в предыдущем сообщении про ген-код я написал, помимо ген-кода могут быть и другие фундаментальный вещ - мо> первое сообщение в этой теме, прочитайте наконец...

--Главное, что я понял: это то, что образ фальсифицирующего ТЭ живого существа может меняться, в зависимости от злобы дня (например, девонский кролик может стать архейским,  а требование к ино-кодному геному может замениться требованием силановой или позитронной биохимии) :).

Это у Вас возникло при прочтении первого сообщения? Как-то слишком вольно Вы его толкуете.

Цитата: Bertran от мая 04, 2010, 15:21:44
Это у Вас возникло при прочтении первого сообщения? Как-то слишком вольно Вы его толкуете.

--Нет, после всей ветки обсуждения. Так и не понятно: организм с 100%-но отличающимся от нынешнего "канонического" генетического кода - будет опровержением ТЭ или он еще должен быть фенотипически идентичен с известным обычным видом, иметь 100%-но отличные гликолиз, транскрипцию итд.
На мой вгляд, такой организм особо "ТЭ" не пошатнет - просто ее дополнят полифилетическим тезисом.
И вообще, если все основные белковые домены образовались еще во время пребиотической эволюции, то почему только в одном экземпляре для каждой функции? наоборот, скорее всего их было множество, и только ЕО отобрал наилучшие варианты, или просто остальные "вымылись".

Кроме того, мне непонятно, чем плох девонский кролик? Вот архейский - это, конечно, неприятно. А девонский, с учетом кембрийского взрыва? Почему "взрыв" не может продолжаться дольше? За 50 млн лет Кембрия образовались основные типы животных, почему за 100 млн. лет Ордовика-Девона не могут образоваться классы позвоночных? Ну, образовались амфибии - рептилии - млеки раньше, чем считалось до сих пор, ну, были малочисленны поначалу, какие проблемы?
Конечно, простыми точечными мутациями и отбором это не объяснишь, но на то он и "третий синтез" :).

Цитата: ConnieW от мая 04, 2010, 15:31:16
--Нет, после всей ветки обсуждения.

А по-моему, придумали. Спрашивается, а зачем, собственно, спрашивать-то было. Раз уже наперёд всё "известно".

Цитата: ConnieW от мая 04, 2010, 15:31:16
Так и не понятно: организм с 100%-но отличающимся от нынешнего "канонического" генетического кода - будет опровержением ТЭ

Не будет. Ибо этот организм, со 100% отличием, может быть обнаружен на другой планете ( в метеорите, в Антарктиде, на глубине 100 км от поверхности и т.д.). Но с какой стати нахождение такого организма должно бы стать опровержением ТЭ ? Просто в иных условиях возникли иные формы жизни, которые и эволюционировали, не пересекаясь с "майнстримом"...В чем проблема то?

А всё таки тут предмет для размышления был. Я сначала не как не мог понять в чём фишка. Ведь действительно ТЭ настолько очевидна, что фактически нефальсифицируема. И понял, это как раз слабое место концепции Поппера, теория должна иметь потенциальные фальсификаторы лишь до тех пор пока она не будет неопровержимо доказанна. Сам Поппер не верил в нерушимые теории, считая, что все они рано или поздно потонут под давлением фальсификаторов. Нет, нерушимые теории возможны, как законы математики и логики, их отличие от ненауных лишь в том, что они должны иметь фальсификаторы лишь до тех пор, пока они не перестают быть теориями, а это либо в случае их полного опровержения, либо в случае полного подтверждения, как в нашем случае. Но это вовсе не значит, что у теории эволюции не должно быть фальсификаторов вообще. Только ядро теории в них больше не нуждается, а не множество дочерних концепций.

Цитата: ConnieW от мая 04, 2010, 15:40:43
Кроме того, мне непонятно, чем плох девонский кролик? Вот архейский - это, конечно, неприятно. А девонский, с учетом кембрийского взрыва? Почему "взрыв" не может продолжаться дольше? За 50 млн лет Кембрия образовались основные типы животных, почему за 100 млн. лет Ордовика-Девона не могут образоваться классы позвоночных? Ну, образовались амфибии - рептилии - млеки раньше, чем считалось до сих пор, ну, были малочисленны поначалу, какие проблемы?
Конечно, простыми точечными мутациями и отбором это не объяснишь, но на то он и "третий синтез" :).

Это примерно то же самое, что и создание современного ноутбука в эпоху Возрождения. Ведь эпоха Возрождения характеризовалась ростом интереса к науке, гуманизмом и т.д., не так ли? Значит и компьютер мог быть построен тем же Леонардой.  ;)

Цитата: Дж. Тайсаев от мая 04, 2010, 18:28:47
А всё таки тут предмет для размышления был. Я сначала не как не мог понять в чём фишка. Ведь действительно ТЭ настолько очевидна, что фактически нефальсифицируема. И понял, это как раз слабое место концепции Поппера, теория должна иметь потенциальные фальсификаторы лишь до тех пор пока она не будет неопровержимо доказанна. Сам Поппер не верил в нерушимые теории, считая, что все они рано или поздно потонут под давлением фальсификаторов. Нет, нерушимые теории возможны, как законы математики и логики, их отличие от ненауных лишь в том, что они должны иметь фальсификаторы лишь до тех пор, пока они не перестают быть теориями, а это либо в случае их полного опровержения, либо в случае полного подтверждения, как в нашем случае. Но это вовсе не значит, что у теории эволюции не должно быть фальсификаторов вообще. Только ядро теории в них больше не нуждается, а не множество дочерних концепций.

Если фальсифицирующий эксперимент был проведён и дал отрицательный результат (теория устояла), он что, как бы перестаёт существовать? Его нельзя провести второй, третий, десятый раз? Лично я думаю, что можно. Вполне. Просто результат становится очевидным, предсказуемым и обыденным.

Цитата: Николай от мая 04, 2010, 19:06:09Если фальсифицирующий эксперимент был проведён и дал отрицательный результат (теория устояла), он что, как бы перестаёт существовать? Его нельзя провести второй, третий, десятый раз? Лично я думаю, что можно. Вполне. Просто результат становится очевидным, предсказуемым и обыденным.

Всё верно, но фальсификаторы это не просто любые концепции которые бомбардируют теорию, а только такие, которые предлагают аргументированные возражения теории, которые следует опровергать защитному поясу. Но если ядро это наследственная изменчивость и отбор наиболее удачных модификаций, то это настолько очевидно, что адекватный фальсификатор этому в принципе придумать невозможно. Я конечно понимаю, что есть альтруистическая эволюция, дилема адаптивной значимости переходных форм и т.д., но всё это касается не ядра, а дочерних более частных концепций. Но даже не это главное, у Поппера любая теория, если это действительно научная теория, должна иметь принципиальную возможность быть фальсифицированной, т.е. не просто иметь фальсификаторы, а иметь возможность быть опровергнутой полностью, причём он считал, что все теории ждёт такая участь рано или поздно.

Основное ядро, конечно вполне очевидно (хотя очевидность не всегда подразумевает правильность). Но вот может ли эта теория быть дополнена и уточнена, подобно тому, как ОТО дополнила (и выявила границы применимости) классической механики?
Лично я бы выделил следующие основные положения, с предложениями по возможной фальсифицируемости:
1. Фенотипические признаки появляются в результате взаимодействия генотипа и окружающей среды. Достаточно найти признак, который не был бы записан в наследственной информации, и при этом заведомо не являлся бы результатом взаимодействия с окружающей средой.
2. Родитель передаёт потомку генетическую информацию. Если мы находим живое существо не передающее потомкам наследственной информации - то, область действия ТО будет ограничена.
3. Погибшее животное не способно дать потомство. Если забитая, выпотрошенная и съеденная крольчиха сможет дать потомство - то и в этом случае правильность ТО ограничена.
4. Часть живых существ погибает, а часть выживает. Если погибнут все живые существа, то ТО действовать перестанет.
5. Выживают те, кто выживают, а те кто умирает - те умирают. Тут даже что-то придумать сложно.

Цитата: augustina от мая 04, 2010, 18:02:14
Просто в иных условиях возникли иные формы жизни, которые и эволюционировали, не пересекаясь с "майнстримом"...В чем проблема то?

Я всё понял!
Кролик в девонском ракушечнике - это Инопланетянин!
Собственно говоря, а Я чем хуже?

Цитата: Ярослав Смирнов от мая 04, 2010, 23:27:52
Основное ядро, конечно вполне очевидно (хотя очевидность не всегда подразумевает правильность). Но вот может ли эта теория быть дополнена и уточнена, подобно тому, как ОТО дополнила (и выявила границы применимости) классической механики?
Лично я бы выделил следующие основные положения, с предложениями по возможной фальсифицируемости:
1. Фенотипические признаки появляются в результате взаимодействия генотипа и окружающей среды. Достаточно найти признак, который не был бы записан в наследственной информации, и при этом заведомо не являлся бы результатом взаимодействия с окружающей средой.
2. Родитель передаёт потомку генетическую информацию. Если мы находим живое существо не передающее потомкам наследственной информации - то, область действия ТО будет ограничена.
3. Погибшее животное не способно дать потомство. Если забитая, выпотрошенная и съеденная крольчиха сможет дать потомство - то и в этом случае правильность ТО ограничена.
4. Часть живых существ погибает, а часть выживает. Если погибнут все живые существа, то ТО действовать перестанет.
5. Выживают те, кто выживают, а те кто умирает - те умирают. Тут даже что-то придумать сложно.

--Дополнительные варианты фальсификации ТО:
6. Если 5х5=265, то ТО и ТЭ неверны
7. Если орел превратится в огурец - то тут тоже ТО и ТЭ нарушаются

Ярослав, это всё верно и никто не спорит. Все законы эволюции носят вероятностный характер и уже поэтому могут быть фальсифицированны, ведь и вода в чайнике, поставленого на горелку может замёрзнуть. Вполне возможен и отбор менее адаптивных модификаций (иногда и убогим везёт). Но ведь в том то и дело, что ещё сложнее фальсифицировать вероятностные законы. Например как можно фальсифицировать такое утверждение "избыточный прирост различных наследственных модификаций будет приводить к более вероятному отсеиванию менее удачных вариантов". Вот это я считаю ядром, которое сложно фальсифицировать. Конечно бывает и сцепленное наследование и инадаптивные корреляции и бесполые особи, и многое другое, но это по Локатосу борьба лишь защитного пояса с фальсификаторами, а не с самим ядром

Цитата: ConnieW от мая 04, 2010, 15:31:16
Так и не понятно: организм с 100%-но отличающимся от нынешнего "канонического" генетического кода - будет опровержением ТЭ или он еще должен быть фенотипически идентичен с известным обычным видом, иметь 100%-но отличные гликолиз, транскрипцию итд.

я что-то не пойму почему так трудно въехать во вроде бы простую фразу:
два вида одинаковые по структуре микросателлитов (или прочих изменчивых признаков), но с разными ген-кодами/метаболическими путями/цитоскелетом/репарацией/транскрипцией/трансляцией/дупликацией
/ = или
это моя фраза с первой страницы с небольшими дополнениями.
то есть ответ на вопрос выглядит так:
организм с 100%-но отличающимся от нынешнего "канонического" генетического кода не будет опровержением ТЭ если у него все прочие признаки тоже другие, но будет, если он близок к виду с обычным. Никакой роли фенотип тут не влияет, хотя бы потому, что приведённые мной как пример микросателлиты обычно не имеют фенотипа вообще. (ну те которые в кодирующей последовательности могут иметь)

Цитата: ConnieW от мая 04, 2010, 15:31:16
И вообще, если все основные белковые домены образовались еще во время пребиотической эволюции, то почему только в одном экземпляре для каждой функции? наоборот, скорее всего их было множество, и только ЕО отобрал наилучшие варианты, или просто остальные "вымылись".

что значит наоборот? образовались они, видимо очень рано, когда трудно сказать, и наверняка кто-то из них не дожил до наших дней, поскольку другие, более эффективные, его вытеснили. Может изначально ДНК (или её аналог) удваивалась тоже не только полуконсермативно, но в итоге остался только этот способ.

Цитата: Ярослав Смирнов от мая 04, 2010, 23:27:52
1. Фенотипические признаки появляются в результате взаимодействия генотипа и окружающей среды. Достаточно найти признак, который не был бы записан в наследственной информации, и при этом заведомо не являлся бы результатом взаимодействия с окружающей средой.

ну тут можно сказать, что есть некий фактор среды, о котором мы не знаем, правда если тогда поместить организмы в запаенные колбы внутри которых всё просчитанно до молекул и квантов, и признак всё равно будет, тогда да, но можно будет сказать, есть какой-то наследственный фактор, который не обнаружен. Или признак является побочным проявлением другого признака, а какого - тоже не ясно...

Цитата: Ярослав Смирнов от мая 04, 2010, 23:27:522. Родитель передаёт потомку генетическую информацию. Если мы находим живое существо не передающее потомкам наследственной информации - то, область действия ТО будет ограничена.

тут тоже проблемы те же, что и в первом - никто ж не знает как глубоко в клетку уходят эпигенетические метки... я вообще думаю, что организм в принципе может быть и без ДНК... ::) (какое кощунство! :) ) - белки будут сами друг друга синтезировать-модифицировать-исправлять... вообще как же биологам повезло, что есть такая удобная штука как ДНК, да ещё и линейная, а не сетка какая-нибудь!

Цитата: DNAoidea от мая 05, 2010, 02:16:15
ну тут можно сказать, что есть некий фактор среды, о котором мы не знаем, правда если тогда поместить организмы в запаенные колбы внутри которых всё просчитанно до молекул и квантов, и признак всё равно будет, тогда да, но можно будет сказать, есть какой-то наследственный фактор, который не обнаружен. Или признак является побочным проявлением другого признака, а какого - тоже не ясно...

Пронумерованные (невидимыми чернилами) чашки Петри, с соответствующей средой, вся поверхность покрыта потомками одной клетки E. coli. случайно отбираются половина чашек. Над первой половиной, отделённый от чашек прозрачным пластиком Имперор проводит пляски с бубном, вызывая демонов-биопрограммистов, повторяя "флюоресценция это красиво". Вторая контроль. Чашки ставятся в случайном порядке в термостат. Через некоторое время чашки вытаскиваются, в тех чашках, над которыми происходил обряд - часть бактерий образовали светящееся изображение в виде сигила Бафомета. Контроль - без особенностей. Сиквенс показывает что геном бактерий из светящихся областей, несветящихся областей и контроля - идентичен, и гены, кодирующие флюоресцентные белки в нём отсутствуют. В последующем опыт повторяется, обряд вызова демонов показывает свою действенность, даже если шаман отделён от чашек веб-камерой, атлантическим океаном и монитором. Независимые исследователи, выполняющие обряд, так же получают аналогичный результат.
Оно, конечно, и в научном сообществе бывает бывает вольная или невольная массовая подтасовка результатов (вспомним историю с N-лучами), но по крайней мере, этот феномен заставит задуматься о наличии некоторой толики смысла в концепции "эволюции, направляемой демонами". 
Если после этого шаманы смогут создавать новые породы с/х животных и растений быстрее и лучше профессиональных генетиков - можно будет признавать ограниченность концепции "ТЭ".

А уважаемые гг. не хотят сначала сформулировать то, что они пытаются фальсифицировать? ;)

Цитата: Дж. Тайсаев от мая 04, 2010, 22:04:41
Но если ядро это наследственная изменчивость и отбор наиболее удачных модификаций, то это настолько очевидно...

Цитата: Чайковский"Только дикарь, продолжал Дженкин, глядя, как ядро вылетает из пушки, может решить, что в конце концов оно долетит до звезд. И скорость ядра, и размах наследственных вариаций стремительно убывают по мере удаления от исходной точки. Поэтому нет никаких оснований ожидать, что подходящие изменения будут накапливаться".

Цитата: Альберт ЭйнштейнДля любой проблемы есть решение, которое является простым, очевидным и неверным

Imperor

Если известно (как в случае ТЭ) что везде движение прямолинейно и равномерно, то долетит.

Цитата: Bertran от мая 05, 2010, 13:25:41
Если известно (как в случае ТЭ)...

Я надеюсь, Вы шутите?
По поводу фальсифируемости. Не лучше ли прислушаться к совету уважаемого Plantago:

Цитата: Plantagoуважаемые гг. не хотят сначала сформулировать то, что они пытаются фальсифицировать?

а то действительно непонятно, что "фальсифицируем", то ли идею "ТЭ" как таковую, то ли механизмы "ТЭ"?

Цитата: plantago от мая 05, 2010, 04:46:19
А уважаемые гг. не хотят сначала сформулировать то, что они пытаются фальсифицировать? ;)

Я не специалист, но лично мне основные положения представляются следующими:
1. У живых существ есть рост, развитие и размножение. Эти явления взаимодополняющие, и даже где-то взаимообусловленные.
2. Размножение подразумевает - наследственность и изменчивость. Т.е. то, что потомок похож на родителя, но не является его точной копией.
3. Живые существа не могут существовать изолированно, они живут только во внешней среде, которая может быть благоприятной или неблагоприятной для тех или иных живых существ. В благоприятной среде живые существа хорошо растут, развиваются и размножаются. В неблагоприятной - плохо. То, насколько хорошо организму в данных условиях среды, называется приспособленностью.
4. Приспособленные организмы, как это следует из самого определения, в данных условиях среды растут и размножаются быстрее, чем неприспособленные. В результате приспособленных становится больше. Это - естественный отбор
5. Однако среди потомки приспособленных не одинаковы между собой (из-за изменчивости). Среди них тоже есть более приспособленные и менее приспособленные. И они так же подвергаются естественному отбору.

Это базис. А дальше идут надстройки.

Цитата: Imperor от мая 05, 2010, 13:20:37

Цитата: Чайковский"Только дикарь, продолжал Дженкин, глядя, как ядро вылетает из пушки, может решить, что в конце концов оно долетит до звезд. И скорость ядра, и размах наследственных вариаций стремительно убывают по мере удаления от исходной точки. Поэтому нет никаких оснований ожидать, что подходящие изменения будут накапливаться".

Гы. Давайте я тогда буду Карлоса Кастанеду цитировать?

Цитата: Карлос КастанедаЭволюционная теория, сформулированная сто лет тому назад и в почти неизменном виде дошедшая до наших дней, утверждает, что происхождение и существование новых видов животных и растений осуществляется путем естественного отбора, благоприятствующего выживанию тех особей, чьи отличительные черты позволяют им лучше приспособиться к окружающей среде. Согласно этой теории, в основе эволюции лежит взаимодействие трех принципов. Первый - это наследственность, та охранительная сила, которая обеспечивает сходство каждого из поколений с предыдущим и последующим. Второй принцип - изменчивость; он определяет индивидуальные различия в особях, присущие всем формам жизни. Третий принцип - борьба за существование, которая определяет, какому из изменений суждено стать преимуществом в условиях данной окружающей среды. Последний принцип и породил фразу, которая в ходу до сих пор: "Выживает наиболее приспособленный".

Здравствуйте!
  Сразу скажу, что я - не сторонник ТЭ. Можно даже сказать, креационист (после потери веры в ТЭ гипотезой по умолчанию остаётся только сотворение).

Цитировать
Но ведь в том то и дело, что ещё сложнее фальсифицировать вероятностные законы. Например как можно фальсифицировать такое утверждение "избыточный прирост различных наследственных модификаций будет приводить к более вероятному  отсеиванию менее удачных вариантов". Вот это я считаю ядром, которое сложно фальсифицировать

Именно этим вопросом я предлагаю заинтересоваться поподробнее. Я утверждаю, что есть некоторые проблемы в самих этих вероятностных законах. Может быть, я что-то упустил из ТЭ, наличие компетентных специалистов по ТЭ позволит мне уточнить мою аргументацию.

Я утверждаю, что, если у нас дано сообщество особей, и у них имеется наследственность (бОльшая часть генов передаётся), изменчивость (каждая новая особь может иметь некоторые случайные отличия в геноме), естественный отбор (некоторым способом определяется качество особи и его шансы дать потомство зависят от качества), то, вообще говоря, рост качества может и не наблюдаться. Будет ли он наблюдаться - зависит от сочетания всех условий. Я имею в виду не то, что отдельные случайные исходы могут не давать роста. Я говорю о зависимости мат.ожидания качества последующих поколений.

В смысле теории случайных процессов речь идёт о том, что мат.ожидание качества поколений во многих случаях будет стремиться к определённому пределу, далее которого эволюция происходить не будет. При этом, не гарантировано неубывание качества. Популяция, при определённых условиях, вырождается и теряет качество.

Также я утверждаю, что для некоторых простых случаев, чем больше размер генома (число составляющих его букв), тем медленнее будет происходить эволюция.

Построив математические модели эволюционных процессов, можно попробовать вывести определённые оценки скорости эволюции и на их основании попытаться проверить сроки, которые приводит ТЭ, скажем, для превращения обезьяны в человека. Хотя до этого ещё очень далеко и не факт, что это вообще получится.

Если у кого-нибудь есть информация о подобных математических изследованиях ТЭ, то я буду благодарен за ссылки. Если нет - я, по мере сил, постараюсь сам проделать некоторую работу в этом направлении.

Цитировать...после потери веры в ТЭ...

Это пять.
Нет Бога, кроме Естественного Отбора, и Чарльз Дарвин - пророк Его.

В чём то на мой взгляд budden прав (естественно не надо только при первой же сложной проблеме тут же ударяться в креационизм). Сложность имеет свои пределы, тем более когда она поддерживается детерминацией случайностей. Но эта проблема в общем решается. Например когда клетка достигла определённого порога сложности, эволюция перешла на новый уровень (многоклеточность). При этом сложность клетки на более высоком уровне в данном моменте не учитывается, это элементарный кирпичик дальнейшего усложнения. Кстати, эукариотическая клетка более чем за миллиард лет практически не изменилась.

А по поводу летящего ядра. Действительно, то что его движение должно подчиняться ньтоновским законам в основе нефальсифицируемо, детали по принципу дополнительности Бора дополняется и уточняется (но это опять же фальсификация не ядра). Ну накладывают свою корректирующую роль релятивистские поправки, ну трение и сопротивление, гравитация посторонних тел, но ведь летит, хоть и не всегда идеально, как нам изначально казалось

Цитировать
При этом сложность клетки на более высоком уровне в данном моменте не учитывается, это элементарный кирпичик дальнейшего усложнения.

По-моему, это - слишком грубо. Клетки в организме выполняют множество разных функций, т.е., они не являются только "кирпичиками". Кроме "кирпичиков", образно говоря, есть ещё "балки", "оконные проёмы", "плинтус", "черепица", "дверная ручка" и "водопроводная труба" (у меня как раз недавно ремонт был и я бегал по магазинам в поисках весьма широкого ассортимента разных "кирпичиков"). Все эти разновидности описываются одним и тем же генным кодом. Так что, хотя архитектурно организм и строится из клеток, которые можно условно считать элементарными, функционально вся система пронизана связями "сверху вниз" по уровням иерархии построения.

Кстати, что думает современная наука о причинах и механизме мутаций? Я могу себе представить только один действительно случайный механизм мутаций, а именно, случайное повреждение отдельных "букв" и, возможно, добавление новых букв - выпадение старых. Это важно для моей модели, как раз в связи с тем, что некоторые части в ходе эволюции меняются, а некоторые - нет. Это накладывает дополнительные ограничения на условия сохранения и роста "качества".

Цитата: budden от мая 05, 2010, 17:15:35
  Сразу скажу, что я - не сторонник ТЭ. Можно даже сказать, креационист (после потери веры в ТЭ гипотезой по умолчанию остаётся только сотворение).

То, что Бог создал весь мир, видимый и невидимый - это понятно. Он создал Землю, со всеми её континентами и океанами, всех живых существ, включая Вас, создал Ваш компьютер, с которого Вы выходите в Сеть. Это догмат, не подлежащий обсуждению. Но ведь он не лично с отвёрткой сидел на заводике в Малайзии, собирал Ваш комп? Для этого он испоьзовал соответствующие фирмы, заводы, со всем их оборудованием и персоналом. Для создания Земли, Он не брал руками глину и не лепил её - Он использовал законы гравитации. Для создания живых существ Он мог использовать эволюцию. Он сотворил мир по Своим законам, и дал человеку разум, что бы постичь их. В книге Иова он спрашивает, насколько продвинулся человек по пути Бога (особый упор на знание биологии):

"1 [Когда Елиуй перестал говорить,] Господь отвечал Иову из бури и сказал:
2 кто сей, омрачающий Провидение словами без смысла?
3 Препояшь ныне чресла твои, как муж: Я буду спрашивать тебя, и ты объясняй Мне:
4 где был ты, когда Я полагал основания земли? Скажи, если знаешь.
5 Кто положил меру ей, если знаешь? или кто протягивал по ней вервь?
6 На чем утверждены основания ее, или кто положил краеугольный камень ее,
7 при общем ликовании утренних звезд, когда все сыны Божии восклицали от радости?
8 Кто затворил море воротами, когда оно исторглось, вышло как бы из чрева,
9 когда Я облака сделал одеждою его и мглу пеленами его,
10 и утвердил ему Мое определение, и поставил запоры и ворота,
11 и сказал: доселе дойдешь и не перейдешь, и здесь предел надменным волнам твоим?
12 Давал ли ты когда в жизни своей приказания утру и указывал ли заре место ее,
13 чтобы она охватила края земли и стряхнула с нее нечестивых,
14 чтобы земля изменилась, как глина под печатью, и стала, как разноцветная одежда,
15 и чтобы отнялся у нечестивых свет их и дерзкая рука их сокрушилась?
16 Нисходил ли ты во глубину моря и входил ли в исследование бездны?
17 Отворялись ли для тебя врата смерти, и видел ли ты врата тени смертной?
18 Обозрел ли ты широту земли? Объясни, если знаешь все это.
19 Где путь к жилищу света, и где место тьмы?
20 Ты, конечно, доходил до границ ее и знаешь стези к дому ее.
21 Ты знаешь это, потому что ты был уже тогда рожден, и число дней твоих очень велико.
22 Входил ли ты в хранилища снега и видел ли сокровищницы града,
23 которые берегу Я на время смутное, на день битвы и войны?
24 По какому пути разливается свет и разносится восточный ветер по земле?
25 Кто проводит протоки для излияния воды и путь для громоносной молнии,
26 чтобы шел дождь на землю безлюдную, на пустыню, где нет человека,
27 чтобы насыщать пустыню и степь и возбуждать травные зародыши к возрастанию?
28 Есть ли у дождя отец? или кто рождает капли росы?
29 Из чьего чрева выходит лед, и иней небесный, -- кто рождает его?
30 Воды, как камень, крепнут, и поверхность бездны замерзает.
31 Можешь ли ты связать узел Хима и разрешить узы Кесиль?
32 Можешь ли выводить созвездия в свое время и вести Ас с ее детьми?
33 Знаешь ли ты уставы неба, можешь ли установить господство его на земле?
34 Можешь ли возвысить голос твой к облакам, чтобы вода в обилии покрыла тебя?
35 Можешь ли посылать молнии, и пойдут ли они и скажут ли тебе: вот мы?
36 Кто вложил мудрость в сердце, или кто дал смысл разуму?
37 Кто может расчислить облака своею мудростью и удержать сосуды неба,
38 когда пыль обращается в грязь и глыбы слипаются?
39 Ты ли ловишь добычу львице и насыщаешь молодых львов,
40 когда они лежат в берлогах или покоятся под тенью в засаде?
41 Кто приготовляет ворону корм его, когда птенцы его кричат к Богу, бродя без пищи?
39


1 Знаешь ли ты время, когда рождаются дикие козы на скалах, и замечал ли роды ланей?
2 можешь ли расчислить месяцы беременности их? и знаешь ли время родов их?
3 Они изгибаются, рождая детей своих, выбрасывая свои ноши;
4 дети их приходят в силу, растут на поле, уходят и не возвращаются к ним.
5 Кто пустил дикого осла на свободу, и кто разрешил узы онагру,
6 которому степь Я назначил домом и солончаки -- жилищем?
7 Он посмевается городскому многолюдству и не слышит криков погонщика,
8 по горам ищет себе пищи и гоняется за всякою зеленью.
9 Захочет ли единорог служить тебе и переночует ли у яслей твоих?
10 Можешь ли веревкою привязать единорога к борозде, и станет ли он боронить за тобою поле?
11 Понадеешься ли на него, потому что у него сила велика, и предоставишь ли ему работу твою?
12 Поверишь ли ему, что он семена твои возвратит и сложит на гумно твое?
13 Ты ли дал красивые крылья павлину и перья и пух страусу?
14 Он оставляет яйца свои на земле, и на песке согревает их,
15 и забывает, что нога может раздавить их и полевой зверь может растоптать их;
16 он жесток к детям своим, как бы не своим, и не опасается, что труд его будет напрасен;
17 потому что Бог не дал ему мудрости и не уделил ему смысла;
18 а когда поднимется на высоту, посмевается коню и всаднику его.
19 Ты ли дал коню силу и облек шею его гривою?
20 Можешь ли ты испугать его, как саранчу? Храпение ноздрей его -- ужас;
21 роет ногою землю и восхищается силою; идет навстречу оружию;
22 он смеется над опасностью и не робеет и не отворачивается от меча;
23 колчан звучит над ним, сверкает копье и дротик;
24 в порыве и ярости он глотает землю и не может стоять при звуке трубы;
25 при трубном звуке он издает голос: гу! гу! и издалека чует битву, громкие голоса вождей и крик.
26 Твоею ли мудростью летает ястреб и направляет крылья свои на полдень?
27 По твоему ли слову возносится орел и устрояет на высоте гнездо свое?
28 Он живет на скале и ночует на зубце утесов и на местах неприступных;
29 оттуда высматривает себе пищу: глаза его смотрят далеко;
30 птенцы его пьют кровь, и где труп, там и он.
31 И продолжал Господь и сказал Иову:
32 будет ли состязающийся со Вседержителем еще учить? Обличающий Бога пусть отвечает Ему.
33 И отвечал Иов Господу и сказал:
34 вот, я ничтожен; что буду я отвечать Тебе? Руку мою полагаю на уста мои.
35 Однажды я говорил, -- теперь отвечать не буду, даже дважды, но более не буду.
40


1 И отвечал Господь Иову из бури и сказал:
2 препояшь, как муж, чресла твои: Я буду спрашивать тебя, а ты объясняй Мне.
3 Ты хочешь ниспровергнуть суд Мой, обвинить Меня, чтобы оправдать себя?
4 Такая ли у тебя мышца, как у Бога? И можешь ли возгреметь голосом, как Он?
5 Укрась же себя величием и славою, облекись в блеск и великолепие;
6 излей ярость гнева твоего, посмотри на все гордое и смири его;
7 взгляни на всех высокомерных и унизь их, и сокруши нечестивых на местах их;
8 зарой всех их в землю и лица их покрой тьмою.
9 Тогда и Я признаю, что десница твоя может спасать тебя.
10 Вот бегемот, которого Я создал, как и тебя; он ест траву, как вол;
11 вот, его сила в чреслах его и крепость его в мускулах чрева его;
12 поворачивает хвостом своим, как кедром; жилы же на бедрах его переплетены;
13 ноги у него, как медные трубы; кости у него, как железные прутья;
14 это -- верх путей Божиих; только Сотворивший его может приблизить к нему меч Свой;
15 горы приносят ему пищу, и там все звери полевые играют;
16 он ложится под тенистыми деревьями, под кровом тростника и в болотах;
17 тенистые дерева покрывают его своею тенью; ивы при ручьях окружают его;
18 вот, он пьет из реки и не торопится; остается спокоен, хотя бы Иордан устремился ко рту его.
19 Возьмет ли кто его в глазах его и проколет ли ему нос багром?
20 Можешь ли ты удою вытащить левиафана и веревкою схватить за язык его?
21 вденешь ли кольцо в ноздри его? проколешь ли иглою челюсть его?
22 будет ли он много умолять тебя и будет ли говорить с тобою кротко?
23 сделает ли он договор с тобою, и возьмешь ли его навсегда себе в рабы?
24 станешь ли забавляться им, как птичкою, и свяжешь ли его для девочек твоих?
25 будут ли продавать его товарищи ловли, разделят ли его между Хананейскими купцами?
26 можешь ли пронзить кожу его копьем и голову его рыбачьею острогою?
27 Клади на него руку твою, и помни о борьбе: вперед не будешь. "

А отвечать на все вопросы "Так было сотворено", имхо - недостойно существа, созданного по Его образу и подобию.

ЦитироватьТакже я утверждаю, что для некоторых простых случаев, чем больше размер генома (число составляющих его букв), тем медленнее будет происходить эволюция.

Одно уточнение - у живых существ с большим геномом мутагенез не распределён случайно по всему геному, а, по большей части, сконцентрирован в так называемых "горячих пятнах". Т.е. реально в отборе принимает участие относительно малая часть генома.

Давайте не будем обсуждать мои воззрения. Я о них сказал только потому, что посчитал правильным не скрывать своих намерений сразу. Давайте обсуждать математику и её приложимость к эволюции.

Цитировать
Одно уточнение - у живых существ с большим геномом мутагенез не распределён случайно по всему геному, а, по большей части, сконцентрирован в так называемых "горячих пятнах". Т.е. реально в отборе принимает участие относительно малая часть генома.

Ага, вот это интересно. И почему так происходит? Есть какие-либо вразумительные объяснения? Что служит причиной мутаций в этих горячих пятнах и причиной их отсутствия в остальных точках?

Нашёл вот здесь
http://www.xumuk.ru/encyklopedia/2/3869.html
следующее утверждение:

Цитировать
Незаконная рекомбинация генетическая играет важную роль в эволюц. изменчивости, т. к. благодаря ей осуществляются самые разнообразные, нередко кардинальные, перестройки генома и, следовательно, создаются предпосылки для качеств. изменений в эволюции данного организма.

Это утверждение неочевидно. Я - программист и знаю, что одну и ту же программу можно записать по-разному. Существует даже технология "сборки мусора", которая перемещает объекты в памяти программы с целью освобождения неиспользуемой памяти. При этом движутся и меняются местами многие или все объекты, которые есть в программе. Однако, смысл программы остаётся совершенно таким же, как и был. Впрочем, не нужно быть программистом, чтобы понять: одну и ту же мысль, схему, образ действий можно выразить словами множеством разных способов.

Есть ли доказательства взаимосвязи незаконной рекомбинации и изменчивости фенотипа?

Цитата: budden от мая 05, 2010, 19:07:40
Давайте не будем обсуждать мои воззрения. Я о них сказал только потому, что посчитал правильным не скрывать своих намерений сразу. Давайте обсуждать математику и её приложимость к эволюции.

Хорошо.

ЦитироватьАга, вот это интересно. И почему так происходит? Есть какие-либо вразумительные объяснения? Что служит причиной мутаций в этих горячих пятнах и причиной их отсутствия в остальных точках?

Да объяснений валом. Вопрос в том, какие из них ближе к истине. А с этим пока не слишком хорошо.

Правильно Ярослав, я хоть верующим себя не считаю, но тоже думаю, что вера не исключает ТЭ. Моей дочке тёща всё прививает христианство, я не вмешиваюсь, пусть сама до всего дойдет и ведь кое что понимать начала, вчера буквально сказала "Папа, а Бог не всё создал, люди тоже. А зачем тогда строительство?" :D (4 года)

Цитата: Ярослав Смирнов от мая 05, 2010, 03:47:20
Пронумерованные (невидимыми чернилами) чашки Петри, с соответствующей средой, вся поверхность покрыта потомками одной клетки E. coli. случайно отбираются половина чашек. Над первой половиной, отделённый от чашек прозрачным пластиком Имперор проводит пляски с бубном, вызывая демонов-биопрограммистов, повторяя "флюоресценция это красиво". Вторая контроль. Чашки ставятся в случайном порядке в термостат.

:D :D :D

Кстати, фактически все научные теории фальсифицируемы. Ну допустим от винта с вероятностью 1*10^-256 мы живём в матрице, почти по Беркли, но в свете новых технологий :). А почему именно 1*10^-256, а что Кастлеру можно, а мне нельзя

Цитироватьпосле потери веры в ТЭ

А вам не приходило в голову обмазывать таблицу умножения оленьим жиром и подносить ей мелкие безделушки? Чтобы задобрить, умилостивить, склонить на свою сторону...

Цитата: Ярослав Смирнов от мая 05, 2010, 18:58:36
Одно уточнение - у живых существ с большим геномом мутагенез не распределён случайно по всему геному, а, по большей части, сконцентрирован в так называемых "горячих пятнах". Т.е. реально в отборе принимает участие относительно малая часть генома.

"А  мужики-то  и  не   знают " 
Откуда   дровишки ?
У  человека    большой  геном ?  Горячие  пятна  мутаций   там   где ? 

Цитата: Питер от мая 06, 2010, 09:56:02
Откуда   дровишки ?
У  человека    большой  геном ?  Горячие  пятна  мутаций   там   где ? 

про большие геномы и человека точно не скажу (знаю только, что мутации в разных генах имеют разную частоту), знаю только, что у фагов мутации происходят с весьма разной частотой по их последовательности.

И всё таки ближе к теме. Если теорию эволюции понимать в широком смысле, то она фальсифицируема только матрицей. Есть только две альтернативы, либо всё развивается по естественным законам, либо есть некое управляющее начало (не важно Бог или матрица). Креационисты ведь не предлагают никаких альтернатив СТЭ, мол всё изначально идеально сбалансированно и ничего не происходит просто так без ведома Его. А зачем тогда что то делать, за нас и так всё уже решено наверху?

Добрый день!

ЦитироватьИ всё таки ближе к теме.

Да.

На всякий случай - креационисты бывают очень и очень разные. Лично я считаю, что СТЭ действует, но в ограниченных пределах и служит только для адаптации. Глобально, я считаю, что структура биосферы кем-то спроектирована, а функции каждого рода организмов фиксированы. Конечно, и волки могут бросить охоту и побираться по помойкам, но это - пример повреждения. Не обязательно, что кто-то конкретно всё делал "руками". На разных компьютерах линукс будет загружаться по-разному, причём, строго по законам физики и вроде бы "самопроизвольно". Однако, в любом случае это происходит по некоему заранее заложенному вне пределов данного компьютера алгоритму. Логично представить себе, что биосфера представляет из себя некий "линукс" глобального масштаба. Очевидно, во Вселенной множество планет, подобных Земле. Уже по Марсу понятно, что там когда-то были условия, такие же, как сейчас на Земле и, например, марсианский грунт пригоден для земных растений по своему составу. Гляда на небо, мы видим, что Вселенная наполнена галактиками. Галактик - порядка 100 миллиардов, но существует всего 4 типа галактик. В каждой галактике же - порядка сотен миллиардов звёзд и других объектов. Но типов внутригалактических объектов вряд ли наберётся больше сотни. Планет мы знаем пока что только несколько типов, начиная от астероидов и заканчивая Юпитером. Точно так же, в таблице Менделеева всего порядка сотни элементов, а количество атомов каждого элемента огромна. Из этих соображений, наиболее вероятно, что и различных форм экосистем существует достаточно ограниченное число, при этом, этот набор форм универсале - он зависит не столько от планеты, сколько от её типа. В общем-то, на Земле мы и наблюдаем, что разнообразие видов экосистем относительно мало по сравнению с протяженностью земной поверхности. Т.е., жизнь на планетах, подобных Земле, скорее всего, имеет некоторые стандарты своих форм. Сегодня это нечем доказать, но это следует просто из соображений подобия, которые прослеживаются на всех масштабах строения Вселенной, от атомов до галактик. С точки зрения мироздания, не имеет смысла создавать жизнь заново таким противоестественным путём, как случайный отбор вариантов, когда проще доставить эту жизнь с другой планеты.

Земля в ходе геологической и астрономической эволюции меняется, соответственно, на каждый случай имеется своя структура экосистем. Было тепло - были хладнокровные. Стало холодно - появились мы. К примеру. Доставка материала может быть, скажем, с помощью комет. Доказано, что живая материя способна выжить в Космосе и пережить падение на Землю. Более того, в межзвёздном пространстве найдена органика, например, http://www.rol.ru/news/misc/spacenews/08/04/01_001.htm ). Есть также сведения и о живых микроорганизмах, найденных в метеоритах. Хотя эти сведения не признаны научным сообществом, история раз за разом доказывает, что научное сообщество имеет тенденцию заблуждаться. В своё время и сами метеориты отрицали, потому что "камни не могут падать с неба".

Но вернёмся с небес на Землю. Виды, может быть, появляются сами из сходных видов. Роды и более крупные единицы в ходе эволюции не появляются (если появляются, то прошу хотя бы один пример наблюдаемого в природе или в эксперименте появления, ссылки на длительность процесса не канают - давайте тогда отложим вопрос на миллион лет, а пока не будем строить никаких теорий, а честно признаемся себе, что мы просто не знаем). То, что мы нашли какие-то остатки в определённом порядке, не позволяет судить о том, как они возникли. Впрочем, всё это - стандартные исходные точки споров между эволюционистами и креационистами, а в такой спор втягиваться по сотому разу я не собираюсь. Поэтому, я всего лишь озвучиваю свою точку зрения, чтобы она была понятной и чтобы мне не приписывали тех воззрений, которых у меня нет.

Но оставим лирику. Повторяю свои вопросы.
1. Что известно о горячих пятнах у человека (или кого-нибудь, более сложного, чем вирус)? Каково самое естественное предположение о распределении мутаций, по современным представлениям?
2. Установлен ли факт, что при незаконной рекомбинации меняется фенотип? Установлен он прямо или косвенно?

И добавлю к нему ещё вопрос:
Есть ли какая-то достаточно простая и широко признанная программа, моделирующая СТЭ "от первооснов". В которой есть геномы, мутации, популяции и всё такое? Те закономерности, о которых я хочу сказать, лучше проиллюстрировать на материале эволюционистов.

Спрошу осторожно: а может вам учебник какой-нибудь почитать для начала?   Чтоб не писать тут банальщины, про "роды", "остатки в определенном порядке" и т.п.

Вы конкретно можете привести пример наблюдения появления нового рода, не в раскопках, а в живой природе?
Я уже не первый раз обсуждаю эту тему. Мне привели в пример только вирусы и черноплодную рябину. Ни в одном случае я не вижу здесь нового рода живых организмов. Очевидно, в учебнике такого примера нет, а то бы уже давно ткнули носом.

Цитата: budden от мая 07, 2010, 11:36:24
Вы конкретно можете привести пример наблюдения появления нового рода, не в раскопках, а в живой природе?
Я уже не первый раз обсуждаю эту тему. Мне привели в пример только вирусы и черноплодную рябину. Ни в одном случае я не вижу здесь нового рода живых организмов. Очевидно, в учебнике такого примера нет, а то бы уже давно ткнули носом.

Хм..
Есть несколько вариантов ответа на Ваш вопрос.

1. Ну вот например (только что в другой ветке обсуждали) существуют примеры гибридизации между приматами разных родов.
http://www.paleo.ru/forum/index.php/topic,2874.0.html

Например, между Theropithecus gelada и Papio anubis. Результат такого скрещивания - он к какому роду относится, как Вы думаете?

2. Можете ли вы привести пример наблюдения появления нового этноса? Новой цивилизации? Нового естественного языка? Не в раскопках, а "в реале"?

Цитировать
существуют примеры гибридизации между приматами разных родов.

И это означает лишь недостаточную точность классификации, о чём и написал DNAoidea. Очевидно, чтобы
построить совершенно точную классификацию, нужно "всех со всеми", а ресурсов на проведение такого... ммм...
мероприятия, очевидно, нет.

Цитировать
Можете ли вы привести пример наблюдения появления нового этноса?

Когда советуют почитать учебник, это означает какие-то страшные пробелы в фактологии. Раз Вы не можете указать на такие пробелы, я не буду поддерживать дальше это направление разговора. Я не собираюсь защищать свою точку зрения в словесных спорах (это не имеет смысла), я её просто высказал для ознакомления. Моя задача - выработать или найти такую математическую модель эволюции, которую признают сами эволюционисты и далее показать, что поступательное движение эволюции в ней вовсе не является закономерностью. Я утверждаю, что эволюционный процесс может двигаться в обоих направлениях, как в сторону совершенствования, так и в сторону деградации. Один пример такого процесса (численный) у меня уже есть, но хотелось бы построить такой пример, который был бы менее уязвим для критики. В частности, меня критикуют за то, что у меня нет понятия рецессивных генов и нейтральных мутаций. Это - достаточно серьёзно и возникают новые вопросы.

Если получится, можно было бы привязать закономерности к реальным условиям (численность популяции, темпы эволюции, размер генома) и математически проверить, могла ли эволюция происходить с такой скоростью, если её движующие силы - такие, как принято эволюционистами. Хотя уже сейчас ясно, что про геном известно слишком мало, раз нет единого мнения даже о горячих пятнах (а тут вроде специалисты собрались). В таких условиях, конечно же, ничего не сделать, разве только удастся сузить поле рассуждений о возможностях эволюции, направляемой случайными изменениями генома.

Новый вопрос:
есть зигота. Есть живой человек, который из неё вырос. Какая реально доля всех генов в зиготе, с точки зрения современной науки, реально использована для построения этого живого человека? Скажем, можно оценить как "не менее 50%", если учитывать наличие двух экземпляров каждого гена. Или, "не менее 60%", если 10% относится на функции, специфичные для пола. Или, скажем, 6%, если 90% всех генов - это "мусор" или "спящие гены". Есть ли какие-то оценки. Мне нужна оценка снизу, т.е. минимальная доля используемых букв генома.

Цитата: budden от мая 07, 2010, 11:51:55

Цитировать
существуют примеры гибридизации между приматами разных родов.

И это означает лишь недостаточную точность классификации.

А у вас достаточно знаний, чтоб судить об этом?

Цитировать
Можете ли вы привести пример наблюдения появления нового этноса?

То есть не можете. Правильно?
Вопрос: а можем ли мы делать выводы о возникновении этносов на основании археологических и антропологических данных?

Цитировать
Я утверждаю, что эволюционный процесс может двигаться в обоих направлениях, как в сторону совершенствования, так и в сторону деградации.

Это вы, так сказать, Америку открываете?

ЦитироватьРаз Вы не можете указать на такие пробелы, я не буду поддерживать дальше это направление разговора.

Я вижу у вас большие  пробелы:

- в палеонтологии
- в генетике.

Поэтому и советую.

Цитировать

Цитировать
Я утверждаю, что эволюционный процесс может двигаться в обоих направлениях, как в сторону совершенствования, так и в сторону деградации.

Это вы, так сказать, Америку открываете?

Вопрос не только в возможности, но и в количественных оценках. Достаточно ли было в своё время обезьян, чтобы они эволюционировали в человека с ненулевой вероятностью? Правильная ли у них была интенсивность мутаций? При прочих равных, если интенсивность мутаций слишком мала, поступательная эволюция идёт слишком медленно (она пропорциональна более чем первой степени скорости мутаций, если есть изменения, для которых нужно две мутации одновременно). Если интенсивность мутаций слишком велика, то вырождение идёт быстрее прогресса. Т.е., чтобы шёл прогресс, должно выполняться некоторое соотношение между численностью популяции, долей "спящих" генов, способом отбора и интенсивностью мутаций. На рассмотренном мной примере легко видеть, что это соотношение выполняется не всегда. Хотя моя модель уже требует уточнения, но ясно, что по сути там ничего не изменится.

Цитата: budden от мая 07, 2010, 12:03:57

Вопрос не только в возможности, но и в количественных оценках. Достаточно ли было в своё время обезьян, чтобы они эволюционировали в человека с ненулевой вероятностью?

Вы на основании каких цифр хотите это оценить? На основании найденных ископаемых? :)

Цитата: budden от мая 07, 2010, 12:03:57
Правильная ли у них была интенсивность мутаций?

А это вы на основании каких данных хотите оценить?

Цитата: budden от мая 07, 2010, 12:03:57
При прочих равных, если интенсивность мутаций слишком мала, поступательная эволюция идёт слишком медленно (она пропорциональна более чем первой степени скорости мутаций, если есть изменения, для которых нужно две мутации одновременно).

А у вас все мутации дают одинаковый вклад в фенотип, что ли?

Цитировать
На основании найденных ископаемых?

Да.

Цитировать
А это вы на основании каких данных хотите оценить?

Если условия в Космосе и на Земле существенно не менялись, интенсивность мутаций должна бы быть такой же,
как и сейчас. При условии, что мутации являются ошибками копирования.

Цитировать
А у вас все мутации дают одинаковый вклад в фенотип, что ли?

Конечно, нет. Хотя в той модели, которую я рассмотрел - 0-это "плохо", 1 - это хорошо. Качество особи - это сумма всех единиц в геноме фиксированной длины. Такая модель взята чисто для простоты и чтобы не к чему было придраться. Если взять более сложную функцию качества особи, процесс будет сходиться хуже и эволюционисты скажут, что я нарочно подобрал такую функцию, чтобы ничего не сходилось. Поэтому я взял случай, который сходится лучше всего - в нём нет никакой нужды в одновременном возникновении двух и более мутаций для улучшения качества. Я готов рассмотреть любую модель - суть не изменится, если только сохраняются три кита дарвинизма, пусть даже с поправкой на двуполость и СТЭ, которые кардинально ничего не изменят.

Цитата: budden от мая 07, 2010, 12:26:04

Цитировать
На основании найденных ископаемых?

Да.

Ну, допустим, найдены останки нескольких сотен особей Australopithecus afarensis. Ваша оценка реальной популяции, на этом основании?

А кениантропов, допустим, найдено всего несколько, череп в приличном состоянии - вообще один. Опять-таки, ваша оценка?

Цитировать
Конечно, нет. Хотя в той модели, которую я рассмотрел - 0-это "плохо", 1 - это хорошо. Качество особи - это сумма всех единиц в геноме фиксированной длины. Такая модель взята чисто для простоты и чтобы не к чему было придраться.

Но вы понимаете, что одна единственная мутация может привести к серьезной перестройке фенотипа? Причем у приматов это сплошь и рядом. Выше упомянутые павианы были разнесены в разные рода, т.к. у них, например, сильно различается строение черепа. Но их гибридизация говорит о том, что при весьма различных фенотипах генетически они очень близки.

Цитата: Питер от мая 06, 2010, 09:56:02
"А  мужики-то  и  не   знают "  
Откуда   дровишки ?
У  человека    большой  геном ?  Горячие  пятна  мутаций   там   где ?  

В гуголе забиваем "мутации горячие пятна", и первый же результат (http://bio.fizteh.ru/student/files/biology/biolections/lection18.html):
""Горячие пятна" мутаций внутри гена распределены неравномерно. Они характерны не только для спонтанного мутирования, но и при воздействии определенными химическими агентами.

Например, разберем мутации в гене CFTR, которые вызывают муковисцидоз – заболевание, связанное с дефектом проводимости ионных каналов, проявляется в виде заболеваний легких и др. В этом гене описано уже больше тысячи разных мутаций. На графике представлена частота разных мутаций в разных частях гена, видно, что распределение частоты неравномерно в разных его участках – экзонах. Частота встречаемости в популяции разных мутаций одного гена различается в тысячи раз."

Цитата: Ярослав Смирнов от мая 07, 2010, 12:41:28

Цитата: Питер от мая 06, 2010, 09:56:02
"А  мужики-то  и  не   знают "  
Откуда   дровишки ?
У  человека    большой  геном ?  Горячие  пятна  мутаций   там   где ?  

В гуголе забиваем "мутации горячие пятна", и первый же результат (http://bio.fizteh.ru/student/files/biology/biolections/lection18.html):
""Горячие пятна" мутаций внутри гена распределены неравномерно. Они характерны не только для спонтанного мутирования, но и при воздействии определенными химическими агентами.

Например, разберем мутации в гене CFTR, которые вызывают муковисцидоз – заболевание, связанное с дефектом проводимости ионных каналов, проявляется в виде заболеваний легких и др. В этом гене описано уже больше тысячи разных мутаций. На графике представлена частота разных мутаций в разных частях гена, видно, что распределение частоты неравномерно в разных его участках – экзонах. Частота встречаемости в популяции разных мутаций одного гена различается в тысячи раз."

Вы  посмотрите  на  рисунок из  лекции  глазками. Там  нет  "горячего  пятна  мутаций"   -  что   бы  не  писали в  лекции  для  физтеха. Мутации   лежат  по всей   длине  гена. Достаточно  равномерно. Частоты в  популяции   -  отличаются,     это   да.  Но  частота   в  популяции    не   связана    напрямую с  частотой     возникновения конкретной мутации  и  обусловлена  еще   эффектами  основателя и  генетическим  дрейфом. Например,   мутация    deltaF508 -   самая  частая в  гене муковисцидоза СFTR.  Но    это   не  говорит  о  том,  что  в   этом  месте  высокая  частота  мутаций - а скорее всего с  эффектом  основателя.   Возникла   же   эта  мутация  в   эволюции  человека   один или  максимум    два  раза  -  что   следует  из  анализа  сцепленных с  ней      полиморфных   ДНК  маркеров.

Цитировать
Но вы понимаете, что одна единственная мутация может привести к серьезной перестройке фенотипа?

Понимаю, но это трудно формализовать. Такая особенность плоха для теории эволюции, поскольку порождает неустойчивость достигнутого качества.
До Вас я обсуждал эту тему с dims, и он, наоборот, говорил, что в онтогенезе всё непрерывно, поэтому зависимость фенотипа от мутаций непрерывна.
Вы говорите наоборот, что эта зависимость разрывна. Я считаю, что из вас двоих правы Вы, а не dims, его аргумент вообще слаб, однако, он стоял на нём
до конца. Почему? Я думаю, потому, что он неплохо знает математику. Его точку зрения dims труднее опровергнуть математически, чем Вашу. Дарвиновская
эволюция является некоторым случайным процессом оптимизации. Любые задачи оптимизации проще решать в непрерывном случае. Только в этом случае
можно гарантировать сходимость (а теория эволюции, если её перевести на язык математике, как раз говорит о том, что все виды живых организмов - это
воплощённые решения данного случайного процесса оптимизации). То есть, если даже в непрерывном случае у эволюции обнаруживаются проблемы,
то в разрывном случае они только усугубятся.

Разве только функцию качества не организовать совершенно специфическим образом, заложив в ней "трамплины" для скачкообразного роста.
Но это было бы уже нечестно.

Поэтому в моделировании можно для начала ограничиться непрерывным случаем, когда одна мутация вносит малый вклад в качество генотипа/фенотипа
(у меня они не отличаются друг от друга).

Цитата: budden от мая 07, 2010, 11:51:55

Цитировать

Новый вопрос:
есть зигота. Есть живой человек, который из неё вырос. Какая реально доля всех генов в зиготе, с точки зрения современной науки, реально использована для построения этого живого человека? Скажем, можно оценить как "не менее 50%", если учитывать наличие двух экземпляров каждого гена. Или, "не менее 60%", если 10% относится на функции, специфичные для пола. Или, скажем, 6%, если 90% всех генов - это "мусор" или "спящие гены". Есть ли какие-то оценки. Мне нужна оценка снизу, т.е. минимальная доля используемых букв генома.

Слушайте,   вам  что     все-таки  нужно   -   число  используемых  генов  или  букв ?  И  кстати  -  если ген   имеет  в  геноме  две  копии (по  одной  на   хромосоме),  из   этого  не   следует,  что  только  один  из  них  работает.

Цитировать
В гуголе забиваем "мутации горячие пятна", и первый же результат:

Нда, похоже, у специалистов нет единого мнения. Правильно я понял или нет?
[/quote]

НЕ  ПРАВИЛЬНО.  В  геноме  челоовека   горячих  точек   по   точечным  мутациям  нет.   Если  бы  они  были,   то   наблюдаемая     картина     распределения    однонуклеотидных  полиморфизмов  по  длине   хромосомы   не  была  бы  равномерной.   А  она   таки  равномерна    -  при  том,  что  ОНП  описано   уже   более  3  миллионов.   

Цитата: budden от мая 07, 2010, 14:00:06

Цитировать
Но вы понимаете, что одна единственная мутация может привести к серьезной перестройке фенотипа?

Понимаю, но это трудно формализовать. Такая особенность плоха для теории эволюции, поскольку порождает неустойчивость достигнутого качества.
До Вас я обсуждал эту тему с dims, и он, наоборот, говорил, что в онтогенезе всё непрерывно, поэтому зависимость фенотипа от мутаций непрерывна.
Вы говорите наоборот, что эта зависимость разрывна. Я считаю, что из вас двоих правы Вы, а не dims, его аргумент вообще слаб, однако, он стоял на нём
до конца. Почему? Я думаю, потому, что он неплохо знает математику. Его точку зрения dims труднее опровергнуть математически, чем Вашу. Дарвиновская
эволюция является некоторым случайным процессом оптимизации. Любые задачи оптимизации проще решать в непрерывном случае. Только в этом случае
можно гарантировать сходимость (а теория эволюции, если её перевести на язык математике, как раз говорит о том, что все виды живых организмов - это
воплощённые решения данного случайного процесса оптимизации). То есть, если даже в непрерывном случае у эволюции обнаруживаются проблемы,
то в разрывном случае они только усугубятся.

Разве только функцию качества не организовать совершенно специфическим образом, заложив в ней "трамплины" для скачкообразного роста.
Но это было бы уже нечестно.

Поэтому в моделировании можно для начала ограничиться непрерывным случаем, когда одна мутация вносит малый вклад в качество генотипа/фенотипа
(у меня они не отличаются друг от друга).

Как   вы  считаете,  сильно  отличается  фенотип   больного    синдромом  Марфана  или  фенилкетонурией  от  фенотипа   здорового   человека ?  И  то  и  другое  вызывается    заменами  одной  аминокислоты  на    другую  в  результате    точечной  мутации

Цитировать
Слушайте,   вам  что     все-таки  нужно   -   число  используемых  генов  или  букв ?

То, что известно. Если я правильно понимаю состояние современной генетики, то функции и принцип кодирования большей части генома неизвестны (если не так, прошу поправить). В таких условиях разделить последовательность нуклеотидов на гены может оказаться нереальной задачей. Пусть будут буквы, что ли. Хотя, повторюсь - пусть будет то, что есть.

Цитировать
Как   вы  считаете,  сильно  отличается  фенотип   больного    синдромом  Марфана  или  фенилкетонурией  от  фенотипа   здорового   человека ?  И  то  и  другое  вызывается    заменами  одной  аминокислоты  на    другую  в  результате    точечной  мутации

Я же говорю, я согласен с Вами. Если ставить вопрос так, то тогда неизбежно встаёт следующий вопрос:
какая доля не-нейтральных точечных мутаций является заболеванием? Это, кстати, тоже может быть важно.

Цитата: budden от мая 07, 2010, 14:00:06
Понимаю, но это трудно формализовать. Такая особенность плоха для теории эволюции, поскольку порождает неустойчивость достигнутого качества.
До Вас я обсуждал эту тему с dims, и он, наоборот, говорил, что в онтогенезе всё непрерывно, поэтому зависимость фенотипа от мутаций непрерывна.
Вы говорите наоборот, что эта зависимость разрывна. Я считаю, что из вас двоих правы Вы, а не dims, его аргумент вообще слаб, однако, он стоял на нём
до конца. Почему? Я думаю, потому, что он неплохо знает математику.

Ну,  я тоже койчаво изучал.  ;)

Цитата: budden от мая 07, 2010, 14:00:06
Его точку зрения dims труднее опровергнуть математически, чем Вашу. Дарвиновская эволюция является некоторым случайным процессом оптимизации. Любые задачи оптимизации проще решать в непрерывном случае. Только в этом случаеможно гарантировать сходимость (а теория эволюции, если её перевести на язык математике, как раз говорит о том, что все виды живых организмов - это
воплощённые решения данного случайного процесса оптимизации).

Вопрос: оптимизации чего по отношению к чему?

Цитировать
То есть, если даже в непрерывном случае у эволюции обнаруживаются проблемы,
то в разрывном случае они только усугубятся.

У эволюции проблемы? Или у вашей ее интерпретации?
Вы знаете, судя по палеонтологическим данным, обезьяны эволюционировали в человека со 100%-й вероятностью.

Цитировать
Вопрос: оптимизации чего по отношению к чему?

Ну, если Вы хорошо знаете математику, то сопоставление эволюции и оптимизации "предоставляется читателю".

Цитировать
НЕ  ПРАВИЛЬНО.  В  геноме  челоовека   горячих  точек   по   точечным  мутациям  нет.

Спасибо! Но это общепризнано или есть серьёзные голоса против?

Цитата: budden от мая 07, 2010, 14:50:17

Цитировать
Вопрос: оптимизации чего по отношению к чему?

Ну, если Вы хорошо знаете математику, то сопоставление эволюции и оптимизации "предоставляется читателю".

Я конкретизирую. Вы замахнулись на моделирование эволюции "из обезьяны в человека". Вопрос: что у человека "оптимизировано" по отношению к некому ископаемому примату (допустим, на уровне проконсула)?

Цитата: budden от мая 07, 2010, 14:50:17
Ну, если Вы хорошо знаете математику, то сопоставление эволюции и оптимизации "предоставляется читателю".

:D При чём здесь математика? Оптимизировать можно всё, что угодно. И при этом пользоваться равно той же математикой.

Цитировать
Вы замахнулись на моделирование эволюции "из обезьяны в человека".

В случае обезьяны и человека - а я не знаю, зачем человек нужен. Обезьяна уже нормальная во всём. В общем-то, я хотел бы услышать от эволюционистов их мнение, что побудило обезьяну слезть со столь комфортного дерева, потерять столь полезную шерсть, лишиться такого удобного хвоста и при этом считать, что она стала лучше. У меня, честно говоря, нет никаких версий. Но я и не утверждаю, что обезьяна эволюционировала в человека. Можно считать для модели, что были какие-то условия, которые постепенно менялись так, что отличия человека от обезьяны стали для чего-то нужны. Не вдаваясь в конкретику. Хотя это в любом случае будет сложно - математическое моделирование предполагает конкретные предположения.

Вообще, до этого пока что крайне далеко и, скорее всего, придётся ограничиться только общими утверждениями.

Вот и приплыли.

Я еще раз хочу повторить важную мыслю, перечитайте ее два раза.

Судя по палеонтологическим данным, обезьяны эволюционировали в человека со 100%-й вероятностью.

Цитировать
Судя по палеонтологическим данным, обезьяны эволюционировали в человека со 100%-й вероятностью.

Если я на это отвечу, то это будет одна из линий традиционного спектакля "спор эволюциониста с креационистом". Можно, я не буду отвечать?

Вообще, было бы неплохо, если бы кто-нибудь сделал гипертекст "спор эволюциониста с креационистом". Такой спор представляет из себя достаточно хорошо определённый конечный автомат. На каждый аргумент противоположная сторона может выдвинуть один или несколько контраргументов и дискуссия безконечно ходит по кругу, пока не происходит переход на личности. И вместо ответа можно было бы просто давать ссылку на соответствующую страничку этого гипертекста. И, соответственно, банить всех, кто выдвигает аргументы, имеющие место быть в этом гипертексте.

Цитата: budden от мая 07, 2010, 15:50:14

Цитировать
Судя по палеонтологическим данным, обезьяны эволюционировали в человека со 100%-й вероятностью.

Если я на это отвечу, то это будет одна из линий традиционного спектакля "спор эволюциониста с креационистом". Можно, я не буду отвечать?

Можете не отвечать. Мысль моя такова: для вас, для меня, для кого-то еще причины разных этапов  "гоминизации" могут оставаться не до конца понятными. Это не влияет на сам факт данного процесса. А на тему вероятных причин:
- перехода к прямохождению
- потери волосяного покрова
- увеличения головного мозга
- и т.п.

- за последние 100 лет написана масса литературы. Могу порекомендовать, например:

А.А.Зубов, "Палеоантропологическая родословная человека".

Хотя, пожалуй, я могу ответить на Ваше утверждение, оно новое. И оно доказуемо неверное. 100% вероятность - это событие предопределённое. В эволюции ничего не предопределено, т.к. в её основе лежит случайность. Предопределено, что 2*2=4, да и то, только в теории. На практике может, например, выключиться питание калькулятора или кончиться мел. Тогда 2*2 будет не определено. Случайные величины могут давать неслучайные результаты. Например, для любой случайной величины x, x-x=0 с вероятностью 100%. В эволюции же нет никакого перехода от случайного к неслучайному, значит, 100% вероятности нет никогда, может быть, в лучшем случае, 99,99 и ещё конечное число девяток.

Чтобы понять, с какой вероятностью обезьяна эволюционирует в человека в естественных условиях, нужно склонировать Вселенную (хотя бы, Солнечную систему) достаточно большое количество N раз. Подождать миллион лет (или сколько там, 60 миллионов лет?) в каждом случае. ПОсчитать, в каком количестве K клонов возник человек. Оценкой вероятности будет K/N. Другой вариант: изолировать N популяций обезьян, менять им условия так, как они изменялись при эволюции обезьяны. Дальше - то же самое, ждём дцать миллионов лет и K/N. Но этого сделать уже невозможно, поскольку точная история возникновения человека неизвестна, да и вряд ли мы доживём до завершения этого опыта. Впрочем, и Вселенную клонировать тоже невозможно. Мораль: мы не знаем вероятности превращения обезьяны в человека. Зато у нас есть оценка ряда других превращений.
Вероятность превращения кошки в собаку = 0
Вероятность превращения берёзы в дуб = 0
Вероятность превращения дрозофилы в бабочку = 0

Цитата: budden от мая 07, 2010, 15:54:02
Такой спор представляет из себя достаточно хорошо определённый конечный автомат.

Похожая штука уже есть:

http://s.lurkmore.ru/images/e/e3/Bog_oslov.gif

Не думаю, что здесь может быть что-либо принципиально отличное (со стороны креациониста).

Судя по подробной палеонтологической летописи, данное событие таки свершилось. Какова вероятность свершившегося события?

Классическая иллюстрация (далеко не полный ряд, надо сказать).
(http://evolbiol.ru/evidence05_files/eviden9.jpg)

Апостериорная вероятность любого свершившегося события равна 100%.
Но это - рассуждения на уровне дамы из анекдота про вероятность встретить динозавра на Красной Площади.

Попробую объяснить:
бросили один раз игральную кость. Выпало 4. Сделали вывод: при бросании игральной кости с вероятностью 100% выпадает 4.
Это - Ваша логика.

И что дальше.

А дальше - то, что 4 выпадает на самом деле с вероятностью 1/6.

Потрясающе. Вы открыли мне глаза.

Цитата: budden от мая 07, 2010, 16:42:40
Апостериорная вероятность любого свершившегося события равна 100%.
Но это - рассуждения на уровне дамы из анекдота про вероятность встретить динозавра на Красной Площади.

Опять позволю себе вставить 5 коп.

Эволюционный прогресс - явление достаточно хорошо изученное, постоянно наблюдающееся и имеющее множество практических применений. Поэтому это никак не динозавр. Аналогия в корне неверна.

Цитата: budden от мая 07, 2010, 16:42:40Попробую объяснить:
бросили один раз игральную кость. Выпало 4. Сделали вывод: при бросании игральной кости с вероятностью 100% выпадает 4.
Это - Ваша логика.

Как сказать. Если принять, что эволюция место таки имела, то есть при "стохастическом эксперименте" произошло событие "А", то нужно будет уже считать условную вероятность (того же события А), при условии, что событие А наступило. Т.е., нужно найти P(A|A) (схоластика да и только, chief это короче высказал словами). Разумеется

P(A|A)=P(A)/P(A)=1.

Если бы событие А не наступило (что, видимо, также вполне вероятно), то был бы другой разговор. Если бы наш разговор вообще происходил до "стохастического эксперимента", то, понятно дело, было бы, вообще говоря, 0<=P(A)<=1.

Следовательно, от Вас требуется более конкретной формулировки того, ч о Вы собираетесь вычислять.

Вероятность того, что через миллион лет из шимпанзе получится что-то вроде человека мала.
Вероятность того, что через миллион лет из кошки получится что-то вроде собаки крайне мала.
Вероятность того, что через миллион лет из собаки получится что-то иное достаточно велика.
Вероятность предполагаемого факта, что в последние несколько миллионов лет от некого гоминина произошли современные люди уверенно стремится к единице, по мере накоплений наших знаний.

Цитировать
Если принять, что эволюция место таки имела

Ну конечно, если эволюция имела место, то она имела место с вероятностью 1. Вот что получается, если перевести на человеческий язык утверждение P(A|A)=1. Но это не имеет никакого отношения к понятию "теория" (призванная объяснить закономерность в этих фактах, а не просто констатировать то, что есть). Также это утверждение не имеет вероятностного смысла и поэтому непонятно, зачем это утверждение мне предлагалось прочитать в общей сложности три раза. О вероятности вообще можно говорить только тогда, когда имеет место воспроизводимость результата. А эволюция обезьяны в человека (если даже она и имело место) - это процесс однократный, значит, о вероятности тут речь не идёт вообще. Нужна априорная вероятность, а не апостериорная. Задним числом можно объяснить что угодно, но это не свойство научной теории. Научная теория должна предсказывать исход по входным данным.

Вероятность того, что через миллион лет из шимпанзе получится что-то вроде  человека мала. (априорная)
Вероятность того, что через миллион лет из кошки получится что-то вроде собаки крайне мала. (априорная)
Вероятность того, что через миллион лет из собаки получится что-то иное достаточно велика. (априорная)
Вероятность предполагаемого факта, что в последние несколько миллионов лет от некого гоминина произошли современные люди уверенно стремится к единице, по мере накоплений наших знаний. (апостериорная, хотя и это спорно, но не будем спорить об этом)

Ладно, давайте вернёмся к вопросам. Один вопрос выяснили.
Осталось ещё несколько.
1. Какая доля букв генома активно участвует в построении конкретной особи?
2. Какая доля одиночных мутаций человека (или дрозофилы) являются болезнетворными?
3. Есть ли общепризнанная математическая модель СТЭ "от первоистоков"?

Человек оперирует не только с вероятностями событий, которые еще не произошли, но и с вероятностями гипотез, в результате реализации которых, произошло то или иное событие. И те, и другие оцениваются нами как математически (если имеются основания к формализации), так и другими методами (с использованием общих знаний, опыта, интуиции...). Далеко не всегда можно произвести статистически значимое количество опытов, если вообще возможен даже один повтор. Поэтому сведение понятия вероятности лишь к классическому варианту - лишь уход от обсуждения вопроса.
Если на то пошло, то вероятность того, что мир был создан таким, каков он есть, также стремительно приближается к нулю, по мере накопления знаний.  А это, как я понимаю, центральный постулат креацпропагандонов, который принимается на веру, независимо ни от знаний, ни от науки вообще.

Первый игнорируемый есть.

Очень польщен, что являюсь первым игнорируемым... . Но похоже, что таковыми станут и ... все остальные участники данного форума. Так не проще ли проигнорировать одного раз и навсегда? Странный вы народ, креацы. Вам мало своих псевдонаучных порталов... . Все время пытаетесь влезть именно в научные сайты, хотя бы в раздел типо "помойки".  Да еще и обижаетесь за то, что посылают вас время от времени... . Вот туда и ... проходите, хоть строем, хоть поодночке.

Цитата: budden от мая 07, 2010, 15:24:17
В случае обезьяны и человека - а я не знаю, зачем человек нужен. Обезьяна уже нормальная во всём. В общем-то, я хотел бы услышать от эволюционистов их мнение, что побудило обезьяну слезть со столь комфортного дерева, потерять столь полезную шерсть, лишиться такого удобного хвоста и при этом считать, что она стала лучше. У меня, честно говоря, нет никаких версий. Но я и не утверждаю, что обезьяна эволюционировала в человека. Можно считать для модели, что были какие-то условия, которые постепенно менялись так, что отличия человека от обезьяны стали для чего-то нужны.

Во-первых, можно со 100% уверенностью утверждать, что человек произошёл от обезьяны, по той вполне очевидной причине, что сам человек тоже является обезьяной.
Во-вторых, в целом эволюция человека вполне соответствует генеральным тенденциям в эволюции обезьян - увеличение головного мозга, увеличение линейных размеров, удлинение пренатального и детского периодов, исчезновение вибрисс и усиление роли кожных гребешков.
И, воображаемый наблюдатель, попавший на Землю 10 млн. лет назад, в принципе, оценив предшествующую эволюцию обезьян, вполне мог бы сделать вывод, что дальнейшее развитие имеющихся тенденций может привести к формированию чего-то человекоподобного.   
Эволюция детерминирована как полёт монетки. Оценить все факторы, влияющие на полёт монеты, оформить их виде системы уравнений и решить до того, как монета упадёт на поверхность, выдав результат орёл или решка - крайне сложно, практически невозможно (или возможно только для разума, значительно превосходящий человеческий или заточенный под решение конкретно этой задачи). Определить, куда упадёт монетка - на пол или на стол, вполне возможно. Можно с высокой долей уверенности утверждать, что монета не станет на ребро. А утверждать, что монета зависнет в воздухе (обезьяны не будут эволюционировать), имхо, было бы чересчур самоуверенно.

Цитата: langust от мая 07, 2010, 19:41:55
Очень польщен, что являюсь первым игнорируемым... .

Что интересно, это случилось после вполне здравой мысли, под которой, думаю, многие бы подписались, в том числе и я. Такие действия характеризуют лишь их автора. Я, наверно, буду вторым.

По поводу выпавшей четвёрки. Тут явная ошибка в аналогиях у господина креациониста. Вероятность выпадения четвёрки 1/6, а вот вероятность того, что вчера всё таки четвёрка выпадала, а мне это не приснилось, будет стремительно приближаться к 100% по мере получения новых фактов, свидетельств очевидцев, фото и т.д.
А вообще это всё ни к чему, я ещё не видел ни одного креациониста, которого бы заинтересовал хоть один научный факт, жонглёры, ищут дыры в защите, что бы знать как лучше организовать очередную фальшивку в рядах менее знающих. Здесь для них неплохой полигон, не более. Я думаю не стоит им давать такую возможность

Цитата: budden от мая 07, 2010, 16:01:11
Чтобы понять, с какой вероятностью обезьяна эволюционирует в человека в естественных условиях, нужно склонировать Вселенную (хотя бы, Солнечную систему) достаточно большое количество N раз. Подождать миллион лет (или сколько там, 60 миллионов лет?) в каждом случае. ПОсчитать, в каком количестве K клонов возник человек. Оценкой вероятности будет K/N. Другой вариант: изолировать N популяций обезьян, менять им условия так, как они изменялись при эволюции обезьяны. Дальше - то же самое, ждём дцать миллионов лет и K/N. Но этого сделать уже невозможно, поскольку точная история возникновения человека неизвестна, да и вряд ли мы доживём до завершения этого опыта. Впрочем, и Вселенную клонировать тоже невозможно. Мораль: мы не знаем вероятности превращения обезьяны в человека. Зато у нас есть оценка ряда других превращений.
Вероятность превращения кошки в собаку = 0
Вероятность превращения берёзы в дуб = 0
Вероятность превращения дрозофилы в бабочку = 0

ну не 0, а довольно близко, и с человеком будет тоже самое. Было бы иначе, то вот тогда бы как раз если не первоначальный, изложенный Дарвином вариант теории, то современный точно имели бы большие проблемы - каждый вид неповторим в силу случайности мутаций, которые отбираются при его формировании. Может быть похоже (это называется конвергенцией) - другой "человек" может быть тоже с четырьмя конечностями, прямоходящим, и т. д. но это будет уже не человек, а кто-то другой.

Цитировать
Что интересно, это случилось после вполне здравой мысли, под которой, думаю, многие бы подписались, в том числе и я.

Случилось после слова "креацпропагандон". Мысли в данном случае вторичны.

Цитировать
Вероятность выпадения четвёрки 1/6, а вот вероятность того, что вчера всё таки четвёрка выпадала, а мне это не приснилось, будет стремительно приближаться к 100% по мере получения новых фактов, свидетельств очевидцев, фото и т.д.

Прекрасно. Обе стороны убедились, что обеим сторонам ясна разница между априорной и апостериорной вероятностью. Ну и что теперь? Я сразу сказал о том, что однократное событие ничего не доказывает. На нём нельзя строить теорию, претендующую на универсальность, и имеющую вероятностную природу (а теория эволюции именно такова - претендует на происхождение множества видов на основании факторов, описывающихся в терминах случайности). Значит, нет смысла вообще об этом говорить. Именно поэтому я и пытался уклониться от ответа на это утверждение (жаль, что не удержался и ответил). И давайте закроем тему о 100%.

Ну так что, у меня остались незакрытые вопросы в списке.
1. Установлен ли факт, что при незаконной рекомбинации меняется фенотип? Установлен он прямо или косвенно? Насколько я понимаю, в генетическом коде есть некоторая избыточность, а функции некоторой части генома не выяснены. Есть ли какие-то оценки этой избыточности? Обостряя этот вопрос, можно ли достоверно утверждать, что "действующая" длина генома у человека и у дрозофилы различаются? Если различаются, то насколько?
2. Известно ли, какая доля не-нейтральных мутаций в одиночной букве (человека или дрозофилы или ещё кого-нибудь) является не болезнетворными?
3. Существует ли общепризнанная или хотя бы частично признанная компьютерная теоретико-вероятностная модель эволюционного процесса "от первоистоков", т.е., от мутаций? Сами эволюционирующие объекты в ней могут быть достаточно просты, но должны быть представлены основные генетические закономерности, в т.ч. рецессивность.

Цитировать
Может быть похоже (это называется конвергенцией) - другой "человек" может быть тоже с четырьмя конечностями, прямоходящим, и т. д. но это будет уже не человек, а кто-то другой.

Это ясно. Однако мы клонируем мир целиком и условия после клонирования пускай будут идентичными. А индивидуальные судьбы и мутации пускай отличаются. Человечность человека мы оцениваем только по фенотипу. Романов с представителями параллельных миров не предусматривается.

Кстати, я так подумал-подумал, поскольку человек является ухудшенной версией обезьяны, то почему бы ему не произойти от обезьяны. По-моему, единственное новое в человеке - это развитая речь. Социальное устройство у обезьян есть, интеллект есть. Прямохождение при отсутствии хвоста не является достижением. Кошки, собаки, медведи тоже спокойно ходят на задних лапах и не говорят о том, что они - "венец творения эволюции".

Цитировать
Эволюция детерминирована как полёт монетки.

Нет, она детерминирована как полёт множества монеток. Если формализовать теорию эволюции в математических терминах, должно получиться что-то вроде "закона больших чисел", только в гораздо более сложной формулировке. Именно это направление деятельности меня и интересует. Математическая модель будет иметь к реальной эволюции такое же косвенное отношение, что и модель звёзд к реальным звёздам. Или любая модель к любой реальности. А сюда я пришёл для того, чтобы с первой попытки эта модель оказалась как можно более адекватной.

ЦитироватьИ давайте закроем тему

Здравая мысль.