Приехал из Праги (только с поезда) с конференции Европейского общества генетиков человека и услышал там суперинтересный доклад о сверхконсервативных участках генома. Блоки длиной до 700 пар нуклеотидов с консервативностью практически 100 % у позвоночных от человека до рыб. Блоки явно обладают функциональной актиновстью. Подробности - попозже, если будет интерес.
Конечно интересно! И у растений?
Очень интересно! Ждём подробностей :roll:
Питер,
дык это....об этом и статья есть.
"Highly Conserved Non-Coding Sequences Are Associated with Vertebrate Development"
http://biology.plosjournals.org/perlserv/?request=get-document&doi=10.1371/journal.pbio.0030007
И еще есть - просто там был принципиально новый кусок по поводу перехода LINE повтора из генома кистеперых рыб (целаканта) в высоко консервативный кодирующий экзон у прочих позвоночных.
Цитата: "Питер"И еще есть - просто там был принципиально новый кусок по поводу перехода LINE повтора из генома кистеперых рыб (целаканта) в высоко консервативный кодирующий экзон у прочих позвоночных.
Некодирующий повтор перешел в кодирующий экзон? И какой белок при этом получился?
Поли (С) связывающийся белок РСВР2. Играет роль в регуляции трансляции через регуляцию стабильности транскрипта.
Питер
А мутации в этих генах к чему приводят? Только к летальности?
У мышек гомозиготный нокаут летален. Гетерозиготы практически нормальны.
Летальность на какой стадии?
Эмбриональная. Но точнее (день, стадия) - сказано не было.
Цитата: "Питер"Поли (С) связывающийся белок РСВР2. Играет роль в регуляции трансляции через регуляцию стабильности транскрипта.
Вообще это очень удивительно. Получается, у кистеперых рыб была какая-то некодирующая последовательность, которая в результате мутации вошла в состав экзона, и стала интерпретироваться клеткой как кодирующая. Должен был бы получиться полный нонсенс, а вместо этого получился полезный белок с совершенно определенной функцией. Который очень удачно "встроился" в существовавшую систему генных и белковых сетей, взаимодействий и т.д. С точки зрения обычных и широко распространенных рассуждений, основанных на теории вероятности, это как раз и есть случайная самосбсорка "самолета" из мусора на городской свалке.
Что это означает? Как это интерпретировать? "Просто вот такая случайность"? Или, может быть, система внутриклеточных взаимодействий организована таким специальным образом, что при появлении нового, случайным образом "собранного", белка вероятность того, что ему найдется применение, не так уж мала? Что существуют механизмы, повышающие вероятность самосборки из мусора самолетов и др. полезных вещей? Что в наших рассуждениях о вероятностях и случайностях в биоинформатике существует какой-то принципиальный прокол?
Интересно, а если начать перемещать в экзоны другие некодирующие последовательности - гены тРНК или рРНК, например, - тоже будут получаться "осмысленные белки" с какой-то не бесконечно малой вероятностью?
Скорее все было наоборот - был какой-то белок и ген этого белка. Который в результате процессов ретротранспозиции размножился и стал у целаканта повтором с очень высокой копийностью. В другой линии эволюции он так и остался белом с своей функцией. Вот консервативность и правда поражает - с какой силой должны идти процессы геноконверсии у целаканта для поддержания столь высокой гомологии. Хотя может это и не так - скорее всего секвенировано не так много копий. У человека все-таки Alu тоже весьма высоко консервативны - хотя и не супер ...
Да и вообще очень высокая консервативность указывает на высокую значимость этого белка в процессах регуляции основных биопроцессов - таких как стабильность транскрипта и трансляция
появились ли какие-нибудь новые данные про роль сверх-консервативных участков генома?
может кто-нибудь из участников просветит, что такое "геноконверсия"?, гугл выдает только... а впрочем, даже задокоментирую кадром 8)
Попробуйте написать генная конверсия.
Цитата: Молодой от декабря 29, 2013, 11:58:52
Попробуйте написать генная конверсия.
нашел, видимо, молекулярная биология это не для меня :-[, поскольку вникнуть в однотипные объяснения (а других нет) в упор не получается :-[
Может быть немножко не в тему, но весьма консервативные участки генома есть и у бактерий. Особенно ярко выражены они у грам-положительных таксонов в окрестности (плюс-минус примерно 200 мно) точки ORI.
Давно хотел спросить у специалистов. Вот г-н Марков описал ситуацию — некодирующая последовательность стала кодирующим экзоном... Понятно, что в общем случае она должна кодировать какое-то фуфло, ни к чему не пришитое. Вопрос — действительно ли существуют в живых организмах белки, которые ничего не делают и ни для чего не нужны? И если да, то много ли их?