Мне представляется интересным добавить в такой профессиональный форум еще один научный пласт знаний об эволюции организмов. И то суперсовременный и с явным привкусом `натуральности` - Генетические аспекты организмов. Медицина уже перешла на новые `генетические` рельсы и если это кто-то не понял , то тем хуже для его пациентов. Тоже самое относится и к современной эволюционной теории. Уже написан общий подход к модели образования живой организации материи (Ж - от `жизнь`) , наиболее адекватна РНК модель зарождения. Она умещается как во временные рамки так и в `сложностные` возможности неживой материи. Решая первые задачи ,по пути восстановления истории зарождения Ж, появился призрак двойничной организации первых геномов ... Стало ясно и логично - что самое древнее на Земле - сложные организмы. Микроорганизмы - хоть и простейшие, но прошедшие путь эволюции - несоизмеримый со сложными геномами .... Вот такое для затравки.
Цитата: astsergey от декабря 07, 2009, 22:28:50
Мне представляется интересным добавить в такой профессиональный форум еще один научный пласт знаний об эволюции организмов. Стало ясно и логично - что самое древнее на Земле - сложные организмы. Микроорганизмы - хоть и простейшие, но прошедшие путь эволюции - несоизмеримый со сложными геномами .... Вот такое для затравки.
-- В 2004 году была написана следующая работа: `Oбразование современных форм геномов - Оптимизация` . В ней исследовался `Информационный компанент` в Геноме. Т.е., его вклад в формирование `лица` генома, его структуры и архитектуры. Предлагаю вашему вниманию:
ЭВОЛЮЦИЯ II
Oбразование современных форм геномов - Оптимизация
ВВЕДЕНИЕ
В этой работе проведен анализ направленности преобразований в геномах . С этой целью разработанна модель-принцип оптимального кодирования . Исследовано наличие соответствия между математической моделью и реальными геномами . В результате сделано заключение о соответствии модели спектрам распределения A,T и C,G мультиплетов в реальных геномах .
ОБЩАЯ ЧАСТЬ
ИНФОРМАЦИОННОЕ СОВЕРШЕНСТВО в генетике.
Продолжая общую идею IP ( Информационного Совершенства ) , автор
рассматривает вопросы кодирования в геноме .
Ясно ( ) , что источником разнообразия и эволюционного материала ДНК было
мультиплицирование различных по размеру кластеров (), целых хромосомм () и даже целых геномов (). Также очевидно , что геном вынужден 'защищаться' от произвольного 'использования' в нем адресных векторов (AV) .
Оптимальное кодирование
Рассмотрим следующюю проблемму в развитии генома ( родственную проблемме в информационных технологиях) – которую назовем 'оптимизацией кода' . Чтобы обеспечить 'гладкий' процесс развития через мутации ( которые неизбежно последуют мультиплицирование в геноме ) , геном , при наращивании своей длинны , должен был оптимизировать длинну 'адресного слова' . При слишком длинном адресном векторе , процесс их 'подгонки' ( 'присвоение нового адреса') резко замедляется , так как новый 'ген'
мешает работе старого , а старый новому . Обратно , при слишком короткой длинне , слишком легко , в разных местах генома , в процессе мутации , появляются ' нелегальные ' адресы : что резко усложняет работу генома , его адаптацию и его эволюцию . По этой причине , геном вынужден 'решать' проблемму оптимизации кодирования .
Можем записать следующее уравнение для всей информаци в геноме :
1. M = B * A^B ( A^B – информационный размер генома )
Где : M – физический размер генома ;
A - код ;
B - максимальный физический размер адресного слова (AV) .
Оптимум этого общего уравнения будем искать при условии : B*A = Const ( которое соответствует информационному размеру AV ) . Это условие является энергетическим тоесть , произведение `В*А`- является энергетическим `Квантом` информации в массиве `М` .
Мы будем искать его экстремумы. Тогда :
2. B * A = Const
максимум будет достигаться при :
3. A= e^(1-1/B)
То есть , при увеличении размера генома , 'А' – стремится к 'е' .
Тогда :
4. M = B * e^(B-1)
Первичная система была по-видимому бинарной (1) , то есть , сначала основной код был двойничным – А , Т(U) . Современная система четверичная - A,T(U),C,G . Интересно , чтобы выйти из этого положения ( и сохранить принцип оптимальности), природа должна была каким-то образом , в случае двойничной системы: 'увеличить' значение кода, а в случае четверичной : 'уменьшить' его . Автор предполагает, что один из наиболее
приемлемых вариантов в бинарной системе было – использование модифицирования одного из нуклеотидов А ( до А*- возможно С ? ) или Т ( до U ) . Совершенно не обязательно чтобы 'новые' нуклеиды были сразу 'вписаны' в копируемые комплементарные пары , а как сейчас : метилированные основания в ДНК расширяют возможности 'сжатия' системы управления и , производятся только на время реализации процессинга . Такой вариант предполагает наличие инструментария, а значит, видимо, существует 'альтернативная' модификация нуклеидов , с участием только ионов металлов , простейшей химии и РНК . Из уравнения (3) можно определить уравнивающий коэффициент , для размерности -
`Z` :
5. е = ZK или е/К = Z
Где : K – коэффициент размерности ( для (2),К = 1,44 ; для (4) К = 0,72 )
и уравнение (4) запишется в виде :
6. M = B* (ZK)^(B-1) или
Коэффициент 'K' – имеет смысл – уравнивающего коэффициента к основанию 'Z' до оптимального основания - 'е', или корректирующего коэффициента к размеру 'слова' .
Это значит , что если мы исследуем график разложения одноморфных геномов в координатах : Bi – Ln ( M) , то углы наклона будут соответствовать степени приближения или к двойничной (1/К = 0,693 ) , или к четверичной ( 1/К= 1.4 )системе .
Цитата: astsergey от декабря 07, 2009, 22:28:50
///
Прошу прощения за оффтоп. Очень рад видеть Вас на этом форуме, надеюсь, Вы здесь надолго. . Если я правильно понимаю, Вы- Аст...ин Сергей. Я знаком с Вашими взглядами, они представляются мне весьма интересными и правильными, но, к сожалению, я весьма некомпетентен для обсуждения темы по существу, на Вашем уровне. Но мне очень интересна предстоящая дискуссия и я буду внимательным слушателем. Уверен, Вы найдете здесь весьма достойных собеседников, специалистов, общение с которыми будет полезно и Вам, и им.
Еще раз прошу прощения за оффтоп, но я просто рад приходу на форум нового интересного человека.
Цитата: Роман Джиров от декабря 13, 2009, 13:09:02
Цитата: astsergey от декабря 07, 2009, 22:28:50
///
Прошу прощения за оффтоп. ...Еще раз прошу прощения за оффтоп, но я просто рад приходу на форум нового интересного человека.
-- Благодарю Роман за ваше внимание.
Ну тогда ссылочку на статью можно ?
Тот кусок, что написан выше - полный бред.
Цитата: Питер от декабря 14, 2009, 10:52:37
Ну тогда ссылочку на статью можно ?
Тот кусок, что написан выше - полный бред.
Полностью присоединяюсь.
Цитата: plantago от декабря 14, 2009, 14:36:05
Цитата: Питер от декабря 14, 2009, 10:52:37
Ну тогда ссылочку на статью можно ?
Тот кусок, что написан выше - полный бред.
Полностью присоединяюсь.
-- Вы ребята мне напоминаете Мембрану, у вас такие же уникальные методы доказательств... Уважайте себя, стыдно так `ляпать`... Но могу сообщить, что статья докладывалась на семинарах в АН в Болгарии, ее читали в Сибирском Отд АН и некоторые самые большие генетики мира. В отличие от вас они такое не заявляли, просто признали, что интересно... наверное, менее грамотны чем вы ?? Коль скоро вы высказались: у вас не осталось выбора, нужно доказать бредовость ?? Не находите ? Иначе, я назову вас неграмотными...
Еще раз - ссылочку можно на Вашу статью, опубликованную в нормальном журнале ? Хотя бы в русскоязычном.
Еще раз - написанное выше Вами бред.
Мне не слишком трудно представить себе, что некий код (т.е. сама по себе последовательность нуклеотидов) имеет какой-то имманентно-довлеющий характер в организации генома. Но вот то, что геном направленно ищет пути оптимизации собственной организации (структуры), представляется штукой надуманной.
Цитата: Питер от декабря 14, 2009, 18:50:26
Еще раз - ссылочку можно на Вашу статью, опубликованную в нормальном журнале ? Хотя бы в русскоязычном.
Еще раз - написанное выше Вами бред.
-- Еще раз, явно кроме сказанного вами, другими `знаниями` вы не располагаете. Учите математику и учитесь доказывать каждое свое слово. По вашему, если это напишет Кондрашев - это будет нормально, если я - бред ?! Сударь, вас грустно читать, вы явно родом из Мембраны... По опыту, такие товарищи как вы - носят большой минус ресурсу /пологаю таких надо безжалостно банить - за несправоцированную грубость/. Объясняю: не имея достаточно образования, они всему сразу дают высшую оценку `по наитию` ... так как другого им не дано. Подобное завело в тупик Мембрану ..
Цитата: Ван от декабря 14, 2009, 19:44:03
Мне не слишком трудно представить себе, что некий код (т.е. сама по себе последовательность нуклеотидов) имеет какой-то имманентно-довлеющий характер в организации генома. Но вот то, что геном направленно ищет пути оптимизации собственной организации (структуры), представляется штукой надуманной.
-- Восхитительно :`имманентно-довлеющей` ?! - не потрудитесь объяснить заложенный вами смысл в эту пустоту слов ? `Но вот то, что геном направленно ищет пути оптимизации собственной организации (структуры), представляется штукой надуманной.` - К сожалению, товарищи в ресурсе не дружат с математикой и логикой. Что касается `направленности`, такая `линия` существует - нужно читать Нэчерл. Жалко, что вы все разговариваете `на пальцах`. Оптимизация - термодинамическое (информационное) абсолютное давление, которое, опосредованно, через различные механизмы реализуется в общей линии развития : как информационной части , так и `архитектерного` исполнения организмом. Иначе ... мы бы с вами дальше червиев не ушли ..
Питер, поясните, плз., развернуто-доходчиво, почему сие - бред, без пояснений как-то нехорошо смотрится...
=======
astsergey, ещё раз, приведите, пожалуйста, свои публикации по данной теме.
Вы, кстати, из Болгарии родом или таки из России?
Цитата: Gilgamesh от декабря 15, 2009, 04:32:28
Питер, поясните, плз., развернуто-доходчиво, почему сие - бред, без пояснений как-то нехорошо смотрится...
=======
astsergey, ещё раз, приведите, пожалуйста, свои публикации по данной теме.
Вы, кстати, из Болгарии родом или таки из России?
Гильгамеш, надо просто ПРОЧИТАТЬ текст.
Цитата
Можем записать следующее уравнение для всей информаци в геноме :
1. M = B * A^B ( A^B – информационный размер генома )
Где : M – физический размер генома ;
A - код ;
B - максимальный физический размер адресного слова (AV) .
Оптимум этого общего уравнения будем искать при условии : B*A = Const ( которое соответствует информационному размеру AV ) . Это условие является энергетическим тоесть , произведение `В*А`- является энергетическим `Квантом` информации в массиве `М` .По-моему, достаточно. Вводится некое число понятий, никак не определенных. Определен только физический размер генома. Что есть код ? Что есть физический размер адресного слова ? Что есть информационный размер ? А дальше - жонглирование, опять же без каких-бы то ни было доказательств.
А статей - увы - так и не приведут. Потому как они не пройдут даже достаточно мягкую рецензию в наших более-менее нормальных журналах - таких как "Генетика" и "Молекулярная биология".
Цитата: Gilgamesh от декабря 15, 2009, 04:32:28
Питер, поясните, плз., развернуто-доходчиво, почему сие - бред, без пояснений как-то нехорошо смотрится...
=======
astsergey, ещё раз, приведите, пожалуйста, свои публикации по данной теме.
Вы, кстати, из Болгарии родом или таки из России?
Цитата: Gilgamesh от декабря 15, 2009, 04:32:28
Питер, поясните, плз., развернуто-доходчиво, почему сие - бред, без пояснений как-то нехорошо смотрится...
=======
astsergey, ещё раз, приведите, пожалуйста, свои публикации по данной теме.
Вы, кстати, из Болгарии родом или таки из России?
-- Из России я. Научный сотрудник Ур АН. Занимаюсь новыми технологиями, одна из которых - Генетика. Данная статья сейчас готовится к печати в Европе. Ее можно увидеть и в Вики. Здесь я дал достаточно. Ведь мы обсуждаем модель, а не публикующкее издание ?
В мембране есть:
первая часть - http://forum.membrana.ru/forum/health.html?parent=1052962641#1052962641
Вторая часть -http://forum.membrana.ru/forum/health.html?parent=1052962711#1052962711
Третья - представленная здесь - там дана более развернуто. http://forum.membrana.ru/forum/health.html?parent=1052963034#1052963034
Графики разложение мультиплетов геномов организмов :
Ln(n)/N-
http://f.foto.radikal.ru/0610/2fec310efee5.jpg
http://k.foto.radikal.ru/0612/518b699d03c9.jpg
http://k.foto.radikal.ru/0612/c87bff34eb12.jpg
Идеальность графиков - ничего подобного нет в других общих моделях организации геномов. Низшие организмы - идеально соответствуют требованиям теории. Жалко, если мы останемся на таком уровне обсуждения.... Хотя известно, что биологи не дружат к математикой..
Цитата: Питер от декабря 15, 2009, 10:18:47
Цитата: Gilgamesh от декабря 15, 2009, 04:32:28
Питер, поясните, плз., развернуто-доходчиво, почему сие - бред, без пояснений как-то нехорошо смотрится...
=======
astsergey, ещё раз, приведите, пожалуйста, свои публикации по данной теме.
Вы, кстати, из Болгарии родом или таки из России?
Гильгамеш, надо просто ПРОЧИТАТЬ текст.
Цитата
Можем записать следующее уравнение для всей информаци в геноме :
1. M = B * A^B ( A^B – информационный размер генома )
Где : M – физический размер генома ;
A - код ;
B - максимальный физический размер адресного слова (AV) .
Оптимум этого общего уравнения будем искать при условии : B*A = Const ( которое соответствует информационному размеру AV ) . Это условие является энергетическим тоесть , произведение `В*А`- является энергетическим `Квантом` информации в массиве `М` .
По-моему, достаточно. Вводится некое число понятий, никак не определенных. Определен только физический размер генома. Что есть код ? Что есть физический размер адресного слова ? Что есть информационный размер ? А дальше - жонглирование, опять же без каких-бы то ни было доказательств.
А статей - увы - так и не приведут. Потому как они не пройдут даже достаточно мягкую рецензию в наших более-менее нормальных журналах - таких как "Генетика" и "Молекулярная биология".
-- код :`Первичная система была по-видимому двойничной (1) , то есть , сначала основной код был двойничным – А , Т(U) . Современная система четверичная - A,T(U),C,G .` - надо было просто прочитать чуть больше четырех строчек. В -размер `слова` - да это эти самые микроРНК ! Мультиплеты А, Т, C, G- метод `вычислить` часть из них - делается `вырезка` одноморфных оснований.. На самом деле они имеют теоретическую длину вычисляемую из данной формулы ?! Т.е. - размер - вычисляется и это будет `НЕЧТО` существенное в размерах микроРНК данного генома. Так и оказалось.
Надо просто прочитать до конца, спросить что неясно и после этого делать свои выводы.
Цитата: Питер от декабря 15, 2009, 10:18:47
Цитата: Gilgamesh от декабря 15, 2009, 04:32:28
Питер, поясните, плз., развернуто-доходчиво, почему сие - бред, без пояснений как-то нехорошо смотрится...
=======
astsergey, ещё раз, приведите, пожалуйста, свои публикации по данной теме.
Вы, кстати, из Болгарии родом или таки из России?
Гильгамеш, надо просто ПРОЧИТАТЬ текст.
Цитата
Можем записать следующее уравнение для всей информаци в геноме :
1. M = B * A^B ( A^B – информационный размер генома )
Где : M – физический размер генома ;
A - код ;
B - максимальный физический размер адресного слова (AV) .
Оптимум этого общего уравнения будем искать при условии : B*A = Const ( которое соответствует информационному размеру AV ) . Это условие является энергетическим тоесть , произведение `В*А`- является энергетическим `Квантом` информации в массиве `М` .
По-моему, достаточно. Вводится некое число понятий, никак не определенных. Определен только физический размер генома. Что есть код ? Что есть физический размер адресного слова ? Что есть информационный размер ? А дальше - жонглирование, опять же без каких-бы то ни было доказательств.
А статей - увы - так и не приведут. Потому как они не пройдут даже достаточно мягкую рецензию в наших более-менее нормальных журналах - таких как "Генетика" и "Молекулярная биология".
-- если вам не ясно что такое информационный размер, тогда надо начинать с первого курса института. Почитайте комбинаторику на досуге .
Русский, значит. Думал - болгарин, может они термин "двоичный код" как "двойничный пишут", тогда всё было бы вполне ажурно, ан нет... Знаете, математик/информатик с упорно употребляемым двойничным кодом - это как химик с десятилитрованной водой - очень скорбно. Следствие - давайте Вы тут не будете высказываться насчет образованности окружающих, насчет дипломов и т.п.
Или это у Вас такой новый термин? Правда поиск по яндексу (грешным делом подумал - запамятовал написание, решил проверить) дает очень узкую сферу употребления "двойничности" к "коду" - преимущественно Ваши посты, раскиданные по всему рунету аж с 2006 г. + форумная писанина людей в таком духе http://mi-nor.livejournal.com/624159.html
Кстати, вот эта ершистость по поводу нормальных публикаций со стороны научного сотрудника несколько удивляет. Научный сотрудник должен знать, что статья в периодике пишется, а не на заборе. Печатная публикация - знак проверки и приятия научным сообществом. То, что Вы показываете- это всё заборы (некоторые из которых - "графики" - выполняют чисто декоративную функцию - на них не разобрать легенды и они не несут информационной ценности) Хотя в нашей стране в печать можно продавить слишком многое.
Насчет незнания биологами математики. Да, а вот математики упорно не знают и не хотят знать историю и биологию. Математика - это хорошо, это здорово, но когда математика применяется лишь "по мотивам" изучаемого объекта, то она плавно превращается в нумерологию, в болтовню. И если автор не в состоянии выразить суть исследования естественным языком (в данном случае вместо разъяснения связи введенных понятий с реальными объектами, Вы шумно слились, отсылая к словарям, а ведь речь не об определениях, а о их... наполненности), тем хуже для автора и его измышлений, никто на формулы молиться не будет, слишком много смешных вещей ими прикрывалось и прикрывается.
Нет, ну конечно может статься, что это мы совсем плохи. На этот случай дам посмотреть опус специалисту по биоинформатике, может что скажет определенное.
И это не Мембрана, уверяю. Одно из отличий - модератор-злобный скот, который, меж прочего, не позволит воинствующим дилетантам наезжать на людей сведущих.
Цитата: Gilgamesh от декабря 15, 2009, 17:24:26
Русский, значит. Думал - болгарин, может они термин "двоичный код" как "двойничный пишут", тогда всё было бы вполне ажурно, ан нет... ==Печатная публикация - знак проверки и приятия научным сообществом.
---- Тогда как вы объясните, достопочтенной публике отказ печатать в будущем Нобелевские работы ???
....То, что Вы показываете- это всё заборы ....
--- Во как, а я думал, что все доказывается .. а тут сказал `забор` -- и все. Мысль исчерпала самую себя ...
....Насчет незнания биологами математики. Да, а вот математики упорно не знают и не хотят знать историю и биологию. Математика - это хорошо, это здорово, но когда математика применяется лишь "по мотивам" изучаемого объекта, то она плавно превращается в нумерологию, в болтовню.
--- Я был бы исключительно благодарен за один такой пример... я на своей памяти - не помню такового ...
...И если автор не в состоянии выразить суть исследования естественным языком (в данном случае вместо разъяснения связи введенных понятий с реальными объектами,
---- Странно, другие генетики, скажем в США и Болгарии осилили - а наши значит слабоваты ??
.....Вы шумно слились, отсылая к словарям,
--- Вы не путаете ?? Это вы вместо разговора по существу, стали обсуждать написание слова ....
....а ведь речь не об определениях, а о их... наполненности), тем хуже для автора и его измышлений, никто на формулы молиться не будет, слишком много смешных вещей ими прикрывалось и прикрывается.
--- Опять же, попросил бы привести один такой пример..??
....И это не Мембрана, уверяю. Одно из отличий - модератор-злобный скот, который, меж прочего, не позволит воинствующим дилетантам наезжать на людей сведущих.
--- Это как понимать - ничего не знающий - но наш ? Простите, я тоже - научный работник, занимаюсь теорией из родного Ур АН ? или у вас другие родственники ? Я считаю верхом невежества, назвать логические мысли (пусть не совсем верные в чем-то) подкрепленные рассчетами, моделями и данными обозвать `бредом` .???? и ..все.. Только потому, что сам не понимаешь данный язык - а язык тут - математика ?? Сударь, уверяю вас , вся наука и прежде всего генетика упорно движутся к математическому `описанию` . Чье-то нежелание, незнание и невладение ею - не освобождает от отсталости в данной области. Россия , к сожалению, демонстрирует невероятную отсталость именно в генетике, во всех ее видах.. От экспериментальной, до теоритической. Пусть вас не смущает наличие наших ученых за рубежом, они обучились там, выросли и освоили ее именно ТАМ... Так не давите теорию, это то что не требует миллиардов (а столько сейчас стоят генетические центры), но сохраняет мозги. Не верните случайно время агрономов во власти. Стиль же ответов и порождает стиль дискуссий. А язык я действительно подзабыл. И кстати, ученые всегда защищают Истину, а не слова . - это правда относится к настоящим ученым...
Если Питер полезет учить Вас математике - его едва ли кто-то поддержит (только он и не лезет). Вы, гоняющий профессионального генетика в его вопросах, смотритесь, в свою очередь, в крайне невыгодном свете. Вам и порицание.
Вот и всё "родство". В подавляющем большинстве случаев критика специалиста в какой-то узкой области специалистом и другой, отдаленной, возможна лишь при условии пускания пыли, а то и соли, в глаза.
Цитироватьпусть не совсем верные в чем-то
О, светлый лучик. Обычно в таких спорных темах первооткрыватели меньше двух нобелевок не требуют и никаких ошибок.
Подожду, впрочем, мнения тов. биоинформатика, там уж будет понятно, насколько первое впечатление Питера было верным (хотя по форме - не айс, конечно :-[ , всё же нужно предупредительный выстрел сперва давать).
И повторюсь, развитый матаппарат - не оправдание, в свою очередь, куцей базы, написанной на естественном языке, в трминах биологии.
Гильгамеш, приношу извинения за форму. Но не за суть.
Цитата: astsergey от декабря 12, 2009, 22:34:54
ЭВОЛЮЦИЯ II
Oбразование современных форм геномов - Оптимизация
ОБЩАЯ ЧАСТЬ
ИНФОРМАЦИОННОЕ СОВЕРШЕНСТВО в генетике.
Продолжая общую идею IP ( Информационного Совершенства ) , автор
рассматривает вопросы кодирования в геноме .
Ясно ( ) , что источником разнообразия и эволюционного материала ДНК было
мультиплицирование различных по размеру кластеров (), целых хромосомм () и даже целых геномов (). Также очевидно , что геном вынужден 'защищаться' от произвольного 'использования' в нем адресных векторов (AV) .
Оптимальное кодирование
Рассмотрим следующюю проблемму в развитии генома ( родственную проблемме в информационных технологиях) – которую назовем 'оптимизацией кода' . Чтобы обеспечить 'гладкий' процесс развития через мутации ( которые неизбежно последуют мультиплицирование в геноме ) , геном , при наращивании своей длинны , должен был оптимизировать длинну 'адресного слова' . При слишком длинном адресном векторе , процесс их 'подгонки' ( 'присвоение нового адреса') резко замедляется , так как новый 'ген'
мешает работе старого , а старый новому . Обратно , при слишком короткой длинне , слишком легко , в разных местах генома , в процессе мутации , появляются ' нелегальные ' адресы : что резко усложняет работу генома , его адаптацию и его эволюцию . По этой причине , геном вынужден 'решать' проблемму оптимизации кодирования .
Можем записать следующее уравнение для всей информаци в геноме :
1. M = B * A^B ( A^B – информационный размер генома )
Где : M – физический размер генома ;
A - код ;
B - максимальный физический размер адресного слова (AV) .
Оптимум этого общего уравнения будем искать при условии : B*A = Const ( которое соответствует информационному размеру AV ) . Это условие является энергетическим тоесть , произведение `В*А`- является энергетическим `Квантом` информации в массиве `М` .
Мы будем искать его экстремумы. Тогда :
2. B * A = Const
максимум будет достигаться при :
3. A= e^(1-1/B)
То есть , при увеличении размера генома , 'А' – стремится к 'е' .
Тогда :
4. M = B * e^(B-1)
Первичная система была по-видимому двойничной (1) , то есть , сначала основной код был двойничным – А , Т(U) . Современная система четверичная - A,T(U),C,G . .....
-- Давайте вернемся к началу и попробуем разобраться.
В начале Общей части дается достаточно пространное пояснение к определению `
слово` - это прежде всего `АДРЕС` - с другой стороны, когда адрес промотора будет встречаться везде ?! То естественно система начнет ошибаться - и результат не будет целевым ?! Что тут сложного ? Значит, система должна обладать достаточным запасом `адресов` чтобы их не путать. На этом основании мы и вводим это комбинационное условие. A^B - и будет информационный размер (набор адресов) - ведь мы ищем миниум функции. Более того, сам набор не состоит из только действующих адресов, есть и недействующие (у высших их больше),. Еще в период развития, эволюции генома, он отработал основные `идейные` наборы линий `адресов`, часть из них- навсегда будет вычеркнута из истинного адресного пространства промоторов - потому что будут лежать в `телах` кодируемых последовательностей и используемых `в работе инструментов`. Другие и будут развиваться. В итоге , в силу экономии - система практически все разобьет на адресы - как защищенные от случайностей, но открытые к постоянному переделу. Поэтому, и изменения в системе - не будут слишком случайными . Графики - ВСЕХ организмов - в главной основной части подчиняются этому закону ?! - у меня уже их ~ сотня из всего царства Живого. Не надо так легко это записывать в подзаборные записи. На моей памяти нет такого уникального случая полного описания Живого . И то Геномов . Все-таки вы не забывайте, что объект описания - все геномы?! Или ...??
Цитата: Gilgamesh от декабря 15, 2009, 18:26:04
Если Питер полезет учить Вас математике - его едва ли кто-то поддержит (только он и не лезет). Вы, гоняющий профессионального генетика в его вопросах, смотритесь, в свою очередь, в крайне невыгодном свете. Вам и порицание.
-- Извините, я тут с академиками общаюсь ..?? Как быть ? Поверьте - мной движет единственное желание, что знания нужны и в России.В сибирском отделении пара академикав читала мои работы -и считает их интересными..
Вот и всё "родство". В подавляющем большинстве случаев критика специалиста в какой-то узкой области специалистом и другой, отдаленной, возможна лишь при условии пускания пыли, а то и соли, в глаза.
--- Я никого не критиковал, про РНК я знаю намного больше и глубже любого.Я вообще не люблю критиковать, я люблю обсуждать.. И мои опусы можно легко почитать ? И сказать чего не нравится ? Все началось с того, что `генетик` сказал, что понятие `слова` и `кода` - не дается ?! - когда они подробно описаны и в начале общей части и в последующем ?! Этоже неуважение, человек не читая все выкидывает ?? И называет еще и бредом?
Цитироватьпусть не совсем верные в чем-то
О, светлый лучик. Обычно в таких спорных темах первооткрыватели меньше двух нобелевок не требуют и никаких ошибок..
--- Оставим разговор о Нобелевках. Но то что это новое - сказано весьма уважаемыми людьми.
Подожду, впрочем, мнения тов. биоинформатика, там уж будет понятно, насколько первое впечатление Питера было верным (хотя по форме - не айс, конечно :-[ , всё же нужно предупредительный выстрел сперва давать).
И повторюсь, развитый матаппарат - не оправдание, в свою очередь, куцей базы, написанной на естественном языке, в терминах биологии.
-- Куцей ? 2003-2004 год Кондрашев читает мою вторую работу - по `двойничному` зарождению и не имеет ничего против ... А там новая генетика - РНК процессинг ...
-- Теперь, `А дальше - жонглирование, опять же без каких-бы то ни было доказательств.` - Доказательства - модельные приведены, разложение существующих геномов (из разных царств) в мультиплеты - тоже. К счастью, приведенный подход дает в руки уникальный инструмент для рассчета региональных мутационных активностей в геноме. На этой модели ,я разработал метод рассчета эволюции `вклееных` кластеров для ГМО. Т.к. ГМО - имеет один исключительный недостаток: `вклееный` кластер с кодирующей частью - не связан с геномом огромным временем совместной эволюции. Он не связан тысячами `нитей` соактивностей с другими, более того - нарушает существующие - что вызывает его быструю мутацию.... Моя модель позволяет спрогнозировать его эволюцию. ГМО - имеет несколько весьма неприятных побочных эффекта ускоренной мутации `вклееного кластера`:
1 - пептиды, участвующие в метаболизме, могут мутировать и начать производство опасных веществ.
2 - пептиды могут мутировать до - ПРИОНОВ .. тут комментарии излишни.
Посему, такой прогноз - это скорее `сертификацзия` на безопасность.
Ведь представьте : совершенно обычная кукуруза, картошка, злаковые - неотличимые от существующих, которые невозможно остановить в их распостранении - домутируют до указанных выше ?!
В совецкое время мой брат работал психиатром и часто читал подобные работы в рукописи
был и диагноз тогда
бред реформаций
да если б сия писанина была верной
то мы были бы давно знакомы с ней из самых авторитетных источников
Вместо того, чтобы писать такие сверхгрубые комметарии, надо бы разобраться и отвечать, что именно неверно.
2 feralis
При всём моём "Фи!" автору темы, вам предупреждение: ещё один диагноз и вы в бане, на несколько месяцев. Критиковать идеи можно, говорить о феномене Непризнанных Гениев тоже, заниматься публичным унижением личности - нет. Хочется пособачиться - есть индивидуальные средства связи. По сетевому выражаясь: КГ - можно, АМ - нет. Граница, продиктованная правилами форума онтосительно норм общения, понятна?
====
2 astsergey
При всём моём (...должностном) "Фи!" относительно наездов на тонкие душевные материи, видеть это в головном разделе нет моих больше сил, я переношу тему в хламник.
====
2 Alexy
Жду я таких разборов, а в самом общем виде говоря, тут наблюдается ситуация, близкая к "При покрое одежды, примем форму тела за шар" (из Питера цитата, вроде как). Т.е. огрубленная модель, из которой делаются сверхглобальные выводы. И люди, имеющие дело с объектом, в модели его упорно не опознают. Автор же считает, что "про РНК я знаю намного больше и глубже любого". Видимо, самые простые из постигнутых Автором истин просто таки непостижимы для этих людей и витают в горних вершинах над ними. Только некоторые академики способны дотронуться до этого Сокровенного и не обжечься. Но при этом, ё моё, не могут протащить Великое знание в печать.
Цитата: Alexy от декабря 16, 2009, 20:52:45
Вместо того, чтобы писать такие сверхгрубые комметарии, надо бы разобраться и отвечать, что именно неверно.
Alexy, есть сверхидея и вытекающий из нее поток сознания, в котором собрано все - микроРНК, малые РНК, ГМО, прионы. Еще должен появится грипп - как птичий, так и свиной. И будет объяснение всего. Вы просто прочитайте текст внимательно - и все станет ясно. Причем не только эту часть - все связанное с ником автора.
При этом нет публикаций. Есть только выкладка на форумах - но это, простите, не серьезно.
По форме - иногда действительно бываю не сдержан. Иногда и рецензии в журналах пишу очень злые - за что бывал бит. Но - иногда сил не хватает.
Цитата: Питер от декабря 17, 2009, 10:44:52
Цитата: Alexy от декабря 16, 2009, 20:52:45
Вместо того, чтобы писать такие сверхгрубые комметарии, надо бы разобраться и отвечать, что именно неверно.
Alexy, есть сверхидея и вытекающий из нее поток сознания, в котором собрано все - микроРНК, малые РНК, ГМО, прионы. Еще должен появится грипп - как птичий, так и свиной. И будет объяснение всего. Вы просто прочитайте текст внимательно - и все станет ясно. Причем не только эту часть - все связанное с ником автора.
-- В споре с генетиками известный агроном мотивировал свои возражения примерно так: `..Да посмотрите ?! Он же носит соломенную шляпу !!...` Извиняюсь доктор, но вы сейчас использовали вообще нечестный прием - сами все смешали в кучу и теперь показываете пальцем на свое творение ?? У меня все сказано достаточно для грамотного.
Но попросил бы вас снова ответить : Так вы не нашли в работе описание `слова` и `кода` - `да` - или `нет` ?
Что касается моего `лого` - оно старое и составлено из Фам и имени - Асташкин Сергей . Или вы возражаете ?
Из Самары?
-- Давайте не будем уточнять. Квалификация у меня достаточная. Обсуждаем весьма конкретную работу..
Грешным делом подумал на http://www.ssu.samara.ru/en/index.php?option=com_content&task=view&id=204&Itemid=108 хотя возраст у вас различается, да и аффилиация разная.
Уточните свою квалификацию. "заниматься новыми технологиями" - это не квалификация. Почему вы её так упорно скрываете?
В обсуждение работы можно включить и вопрос о том, почему её автор не в состоянии найти общий язык со специалистами по предмету работы. Абсолютно не может.
Цитата: Gilgamesh от декабря 17, 2009, 11:39:19
Грешным делом подумал на http://www.ssu.samara.ru/en/index.php?option=com_content&task=view&id=204&Itemid=108 хотя возраст у вас различается, да и аффилиация разная.
Уточните свою квалификацию. "заниматься новыми технологиями" - это не квалификация. Почему вы её так упорно скрываете?
В обсуждение работы можно включить и вопрос о том, почему её автор не в состоянии найти общий язык со специалистами по предмету работы. Абсолютно не может.
-- По вашей презумпции, Эйнштейн никогда бы не был известен ..обычный клерк в патентном бюро... Вообще вы предлагаете типично Российское прочтение `обсуждения` - `личностей` - ?! ведь по правилам - это даже запрещено ?! Основная масса выступавших ограничилась плевками (!?) без разговора по существу?? Я не скрывал своей квалификации - я также не требовал ее от участников ?! Ведь сам текст рецензий достаточно красноречив (!?) - я даже могу сказать, что ждать от доктора: он просто промолчит по поводу его же высказываний об отсутствии определений `код` и `слово` - ведь здесь обсуждаются не работы, а личности... Я работал в НИИ, всегда занимался новыми технологическими проблемами, все проблемы - ВСЕГДА решал, получилось так, что они были связяны с фундаментальными вопросами ..или мне так виделось... Если хотите больше - могу рассказать.
Последнее -Ур АН в Свердловске. Но среди ученых - это все очень плохо пахнет. Значит увидит и скажет - ну с математикой я спорить не буду (!?) так обсуждаем модель ? Я подробно объяснил происхождение идеи `оптимизации` генома. Ни одного вразумительного обсуждения я не видел, сори ... Какой специалист тут что-нибудь сказал по-существу (наверное некорректно использование множественного числа ? Не находите?)? Дайте ссылку ... может я что-то пропустил ??
Цитата: Gilgamesh от декабря 17, 2009, 11:39:19
В обсуждение работы можно включить и вопрос о том, почему её автор не в состоянии найти общий язык со специалистами по предмету работы. Абсолютно не может.
-- Следует ли принять , что это и есть метод обсуждения представленных работ ?
Цитата: feralis от декабря 17, 2009, 21:05:42
<Я работал в НИИ, всегда занимался новыми технологическими проблемами, все проблемы - ВСЕГДА решал, получилось так, что они были связяны с фундаментальными вопросами ..или мне так виделось... >
Это о себе пишет представитель новой генерации научных сотрудников россии
----- К сожалению, не новой. Я из той когорты, которые даже приборы в АН ваяли своими руками, и не плохие.. Работал не в одном НИИ, а в двух и в научно-иссл. секторе.. Повезло, что вынужден был углубиться во мнжество наук, истина - что везде решил проблеммы и то в кратчайшие сроки. Электротехнику изучал и собирал с детства... Поверьте, широкий спектр знаний никогда не бывает в `тяжесть` ... В АН попал по направлению - за решение одной - до сих пор нерешенной ни кем задачи .. Во как ?! Потому что после ухода в аспирантуру и после этого работу в АН - сослуживцы `забыли` меня внести в список патента.. ну и стыдно было признаваться .. но знание ~ состава и идеи не позволило ее воспроизвести ..
Гильгамеш
Напрасно ждете обсуждения
да на форуме просто некому квалифицированнно это сделать
ну разве что astsergey будет произведен в эксперты
-- У меня, нет проблем, но надо задавать вопросы или уточнять ,что представляется спорным ? Разместив тему тут, ведь не изменишь Истины ...
astsergey
У меня к вам один лишь вопрос
Какое вы имеете отношение к Болгарии
-- Инвестировал в местную науку ... Ну и живу и работаю, создал фирмы по новым технологиям .. Патенты, лицензии ...
P S
Если еще кто в мире касался успешно поднятой вами темы исследований то кинте ссылки
веть они обязательны
---- это конечно. Но даже биоинформатика - занимается этим объектом статистически. А статистика - не содержит пути к аналитическому решению ... Тут ближе работы родоначальников теории информации. Нейман вычислял оптимальную организацию выч.машины .
.....
теперь банте
в артиллерии банник штука серьезная :D
-- За что банить то ? Кстати, о `логинах` и `лозунгах` как вам : `Это вам надо ?` Я вижу в этом неуважение к ресурсу ....
-- Теперь , что касается лиц , мое было известно с самого начала, но, как вижу `Питер` сам произвел себя в докторы по генетике (что-то там в носу)... И это дает право вести себя таким образом ?!
-- Думаю будет интересно - о происхождении тетрапоидов
http://www.nature.com/nature/journal/v463/n7277/abs/nature08623.html?lang=en
Цитата: astsergey от января 07, 2010, 11:24:31
-- Думаю будет интересно - о происхождении тетрапоидов
http://www.nature.com/nature/journal/v463/n7277/abs/nature08623.html?lang=en
Тетрапоиды - это тетраплоидные тетраподы?
А вообще, конечно, очень интересно. Спасибо!
-- Я вот в ненаучном видел темы о передачи по наследству `негенетического` материала -
-- теперь есть прямые доказательства этому, сам механизм еще не изучен - но реально существует. Надеюсь вы читаете научную периодику ??
стыдно .. ресурс тонет из-за своей отсталости .. в доктора тут записывается любой желающий крестьянин типа Петера...
Цитата: astsergey от декабря 15, 2009, 10:39:19
Ведь мы обсуждаем модель, а не публикующкее издание ?
В мембране есть:
первая часть - http://forum.membrana.ru/forum/health.html?parent=1052962641#1052962641
Вторая часть -http://forum.membrana.ru/forum/health.html?parent=1052962711#1052962711
Третья - представленная здесь - там дана более развернуто. http://forum.membrana.ru/forum/health.html?parent=1052963034#1052963034
Хотя известно, что биологи не дружат к математикой..
Ссылки не работают.
Не могли бы Вы изложить Ваше видение более подробно, наглядно и доступно.
Это было бы интересно и полезно, ибо всё гениальное просто и вполне объяснимо на тривиальном уровне для самой широкой публике.
Попробуйте, должно получиться ...
Любопытно узнать о прогнозах, следствиях и исключениях (противоречиях).
Цитата: Питер от декабря 17, 2009, 10:44:52
Цитата: Alexy от декабря 16, 2009, 20:52:45
Вместо того, чтобы писать такие сверхгрубые комметарии, надо бы разобраться и отвечать, что именно неверно.
Alexy, есть сверхидея и вытекающий из нее поток сознания, в котором собрано все - микроРНК, малые РНК, ГМО, прионы. Еще должен появится грипп - как птичий, так и свиной. И будет объяснение всего. Вы просто прочитайте текст внимательно - и все станет ясно. Причем не только эту часть - все связанное с ником автора.
При этом нет публикаций. Есть только выкладка на форумах - но это, простите, не серьезно.
По форме - иногда действительно бываю не сдержан. Иногда и рецензии в журналах пишу очень злые - за что бывал бит. Но - иногда сил не хватает.
-- Никогда и нигде его рецензии не печатались, он их писал для себя, злые , от серой и тоскливой жизни .. Такие как вы - стыд форумов России, потому что в Западных такой серости и убогости все же нет ..
Цитата: Алекс_63 от мая 21, 2010, 23:27:00
Цитата: astsergey от декабря 15, 2009, 10:39:19
Ведь мы обсуждаем модель, а не публикующкее издание ?
В мембране есть:
первая часть - http://forum.membrana.ru/forum/health.html?parent=1052962641#1052962641
Вторая часть -http://forum.membrana.ru/forum/health.html?parent=1052962711#1052962711
Третья - представленная здесь - там дана более развернуто. http://forum.membrana.ru/forum/health.html?parent=1052963034#1052963034
Хотя известно, что биологи не дружат к математикой..
Ссылки не работают.
Не могли бы Вы изложить Ваше видение более подробно, наглядно и доступно.
Это было бы интересно и полезно, ибо всё гениальное просто и вполне объяснимо на тривиальном уровне для самой широкой публике.
Попробуйте, должно получиться ...
Любопытно узнать о прогнозах, следствиях и исключениях (противоречиях).
-- Это не идеи, а модель информационной организации Генома- дано здесь на 1-ой странице.
Цитата: astsergey от мая 22, 2010, 11:40:27
-- Это не идеи, а модель информационной организации Генома- дано здесь на 1-ой странице.
Изложено слишком сжато.
Вы не обижайтесь на форумчан, просто ни кому не понятно что там написано.
Разъясните более подробно и доходчиво.
Цитата: Алекс_63 от мая 22, 2010, 13:26:43
Цитата: astsergey от мая 22, 2010, 11:40:27
-- Это не идеи, а модель информационной организации Генома- дано здесь на 1-ой странице.
Изложено слишком сжато.
Вы не обижайтесь на форумчан, просто ни кому не понятно что там написано.
Разъясните более подробно и доходчиво.
-- Так что именно непонятно ? Вот Питер писал всякие глупости: нет видите ли описание `кода` `слова`- я показал - что это написано в самом начале , как и положено. Так он просто исчез, попытался что-то говорить мне про микроРНК .. Это же стыд ?! Не имеет представление о том что сам говорит (!?) и только на Вики ссылается ? Это разве наука ? Это убожество... Впервые, про огромное количество -`поля` некодируемых `РНК` начал писать я в 2004 году. Потому что открыл их - и дал им характеристику - что именно они означают и их место в процессингте генома . Что сжато - так пишутся теоретические статьи, даются модели, матмодели и данные .. Все .. дальше следуют развивающие работы, где описываются приложения и все то где это может быть использовано. Скажем работа Максвелла ? - три уравнения ..и все. Неграмотным - не читать .. Хочется понять - спрашивают ..
Цитата: astsergey от декабря 12, 2009, 22:34:54
при слишком короткой длине , слишком легко , в разных местах генома , в процессе мутации , появляются ' нелегальные ' адреса : что резко усложняет работу генома, его адаптацию и его эволюцию .
Как раз наоборот.
Для того, что бы максимально защититься от ошибок кодирования (мутаций), необходимо иметь двоичный код (по типу того, как на Вашем компьютере: (0,1) Двоичная система кодирования в этом смысле имеет более высокий ранг защиты от случайных искажений по сравнению с четвертичной системой кодирования, которая принята в геноме.
Цитата: astsergey от декабря 12, 2009, 22:34:54
Первичная система была по-видимому бинарной, то есть , сначала основной код был двойничным – А , Т(U) . Современная система четверичная - A,T(U),C,G .
Почему Вы так решили?
Может быть в будущем будет как раз наоборот? (эволюция ещё пока до этого не дошла)
Что Вы понимаете под понятием: "длинна 'адресного слова'"?
Цитата: Алекс_63 от мая 24, 2010, 15:38:09Для того, что бы максимально защититься от ошибок кодирования (мутаций), необходимо иметь двоичный код (по типу того, как на Вашем компьютере: (0,1) Двоичная система кодирования в этом смысле имеет более высокий ранг защиты от случайных искажений по сравнению с четвертичной системой кодирования, которая принята в геноме.
ИМХО, без разницы. Ошибка или есть, или нет.
А вот её вероятность - прямо пропорциональна длине кодирующей последовательности. Поэтому чем она короче - тем лучше. С другой стороны - излишнее разнообразие напряг для синтезирующих его ферментов.
Цитата: Дем от мая 25, 2010, 12:02:42
ИМХО, без разницы. Ошибка или есть, или нет.
Тогда смотрите аналоговое, а не цифровое телевидение, ведь по-Вашей логике их качество одинаково.
Я конечно утрирую, поскольку четырехзначное кодирование не намного хуже двухзначного, и тем более они далеки от аналогового кодирования. Но суть дела не меняет. Если быть точным.
То что вероятность ошибки зависит от длинны кодирующей области, конечно так, но в арсенале имеется серьёзный аппарат для ликвидации такого рода ошибок. Так что природа борется за разнообразие ...
И в этом смысле, логичнее ей перейти на двоичное кодирование. Возможно что на заре эволюции вариантов кодирования было гораздо больше, но на сегодняшний день имеем то что имеем, а именно 4.
Но меня интересует суть модели. Что автор может пояснить?
-Извините, исчез на время.. разработал технологию лечения параплегии и тетраплегии после травм позвоночника..
Сущность модели в том,что :
Во-первых: ДНК генома принимается информационным пространством.
Во-вторых: Что информация там оптимизирована.
В- третьих: Информация самодостаточна, т.е., система замкнута. Содержит старт, процессинг и обслуживание перезагрузок.
В -четвёртых: информация линейна -операторы и адреса в одном поле информации.
Что это значит:
1 - ввиду линейности - необходимо было всё "отцифровать"
2 - значит, всё пространство генома представляет из себя огромное поле адресов и ничего более.
3 - Операторы - гены - тоже составлены из адресов.
4 - есть разный статус у адресов - многие из них - запрещены к использованию..
5 - используемые и есть процессинговые операторы, т.н. термин - "факторы" в генетике.
6 - значимый элемент доказательства этой модели ,появляющиеся при решении уравнений мутационные коэффициенты для разных классов "адресов". Они и были найдены в реальных проверочных разложениях у всех видов организмов. На самом деле: мутации предопределены,процессинговыми свойствами геномов.