Есть пара вопросов по методу датировки ветвей эволюционных деревьев, основанному на анализе консервативных белковых последовательностей.
Задайте вопрос на molbiol
Цитата: "plantago"Задайте вопрос на molbiol
Хорошо, попробую.
Если, конечно, меня там сразу не затопчут.
:wink:
да, есть там такое - топтание новичков, но может задайте тут вопросы, я не совсем молекулярщик, но на кое-что ответить могу...
Цитата: DNAoidea от июля 20, 2009, 22:29:46
да, есть там такое - топтание новичков, но может задайте тут вопросы, я не совсем молекулярщик, но на кое-что ответить могу...
Спасибо, вроде, сам разобрался.
Но раз уж вы каким-то боком пересекаетесь с молекулярщиками, воспользуюсь случаем, что бы спросить - вам не попадалось на глаза работ, в которых бы делалась попытка оценить возраст LUCA на основе молекулярных часов?
к сожалению нет, и сейчас именно с молекулярной филогенетикой не сталкиваюсь - всё больше пересечения именно с генетиками, хотя может быть в скорости это и изменится...
Цитата: Комбинатор от июля 21, 2009, 19:03:44
в которых бы делалась попытка оценить возраст LUCA на основе молекулярных часов?
А это возможно?
Даже для более известных организмов, где можно "калибровать" молекулярные часы, ошибка в 2 раза - уже неплохо. Для древних форм жизни возможности "калибровки" не имеем. Даже если была бы получен ответ типа такого: 5 плюс-минус 2 млрд. лет, что это дает? Время неопределенности сравнимо с возрастом Земли...
Цитата: Макроассемблер от августа 23, 2009, 16:11:31
Цитата: Комбинатор от июля 21, 2009, 19:03:44
в которых бы делалась попытка оценить возраст LUCA на основе молекулярных часов?
А это возможно?
Даже для более известных организмов, где можно "калибровать" молекулярные часы, ошибка в 2 раза - уже неплохо. Для древних форм жизни возможности "калибровки" не имеем. Даже если была бы получен ответ типа такого: 5 плюс-минус 2 млрд. лет, что это дает? Время неопределенности сравнимо с возрастом Земли...
Вот здесь, например,
http://www.biomedcentral.com/1471-2148/4/44/Mozilla/3
Для архей и эубактерий получаются оценки времени появления, соответственно в 4.1 млрд. лет и 3.8 млрд. лет. Выглядят они вполне себе реалистично, причём оценки, полученные по различным данным, расходятся, в среднем, на величину порядка 15%, а не в два раза. Почему бы не попробовать сделать следующий шаг до LUKA, тем более, что за прошедшие 5 лет база секвенированных геномов наверняка очень неплохо пополнилась?
Интервал неопределённости - отдельная тема. Во-первых, если на нём зацикливаться, то вообще можно забросить любые попытки количественной оценки чего-либо, так как любая оценка делается с какой-либо погрешностью. Важно лишь понимать меру неопределённости. Сказать 5 плюс-минус 2 млрд. лет это равносильно тому, что бы ничего не сказать, если не уточнить вероятность указанного доверителного интервала. Во-вторых, а что если с вероятностью порядка 90% получится, например, 7 плюс-минус 2 млрд?
В конце 80-х Эйген с соавт. использовали полуконсервативные последовательности тРНК для оценки происхождения генкода. Время возникновения - 3,8 млрд. лет, очень неплохо. Eigen M., Lindemann B.F., Tietze M., Winkler-Oswaititsch R., Dress A., von Haeseler A. How old is the genetic code? Statictical geometry of tRNA provides an answer. // Science 1989. V.244. P.673-679.
Цитата: Валерий Чернухин от мая 11, 2010, 20:46:49
В конце 80-х Эйген с соавт. использовали полуконсервативные последовательности тРНК для оценки происхождения генкода. Время возникновения - 3,8 млрд. лет, очень неплохо. Eigen M., Lindemann B.F., Tietze M., Winkler-Oswaititsch R., Dress A., von Haeseler A. How old is the genetic code? Statictical geometry of tRNA provides an answer. // Science 1989. V.244. P.673-679.
Всё же я бы не очень доверял этим оценкам. По молекулярным часам ЛУКА жил однозначно более 4.2 млрд. лет назад, и уже в это время он использовал не менее нескольких сотен генов.
Цитата: Комбинатор от мая 11, 2010, 22:58:59
Всё же я бы не очень доверял этим оценкам. По молекулярным часам ЛУКА жил однозначно более 4.2 млрд. лет назад, и уже в это время он использовал не менее нескольких сотен генов.
Для меня это очень интересная информация, посокольку интересуюсь такими вещами. Вы не могли бы дать ссылку? Дата выглядит очень необычно. То, что я читал, ну, скажем в Naturе за 2002 год, то, наоборот, озвучиваются чуть даже меньшие цифры (Кажется статья Джойса "Antuquitu of RNA world".
Цитата: Валерий Чернухин от мая 12, 2010, 13:18:31
Цитата: Комбинатор от мая 11, 2010, 22:58:59
Всё же я бы не очень доверял этим оценкам. По молекулярным часам ЛУКА жил однозначно более 4.2 млрд. лет назад, и уже в это время он использовал не менее нескольких сотен генов.
Для меня это очень интересная информация, посокольку интересуюсь такими вещами. Вы не могли бы дать ссылку? Дата выглядит очень необычно. То, что я читал, ну, скажем в Naturе за 2002 год, то, наоборот, озвучиваются чуть даже меньшие цифры (Кажется статья Джойса "Antuquitu of RNA world".
Вот свежие статьи на эту тему:
http://evo.bio.psu.edu/hedgeslab/Publications/PDF-files/212.pdf
http://evo.bio.psu.edu/hedgeslab/Publications/PDF-files/213.pdf
По моим оценкам, ЛУКА жил более 5 млрд. лет назад.
Цитата: Комбинатор от мая 11, 2010, 22:58:59
Всё же я бы не очень доверял этим оценкам. По молекулярным часам ЛУКА жил однозначно более 4.2 млрд. лет назад, и уже в это время он использовал не менее нескольких сотен генов.
почему? все три ствола живых организмов могли разойтись и в очень близкие сроки.
Цитата: DNAoidea от мая 12, 2010, 22:56:56
почему? все три ствола живых организмов могли разойтись и в очень близкие сроки.
Я всё-таки верю конкретрным численным оценкам, которые показывают, ЛУКА жил где-то за миллиард лет до начала дробления веток архей и эубактерий.
если ЛУКА это последний общий предок всех организмов, то как же он, после которого как раз дробление и началось, жил аж за миллиард лет до начала дробления? или тогда отделились Эукариоты, а потом уже разделились Археи и Бактерии? Но по тем же филогения этого не получается...
Цитата: DNAoidea от мая 13, 2010, 00:18:42
если ЛУКА это последний общий предок всех организмов, то как же он, после которого как раз дробление и началось, жил аж за миллиард лет до начала дробления? или тогда отделились Эукариоты, а потом уже разделились Археи и Бактерии? Но по тем же филогения этого не получается...
Я писал про начало дробления веток архей и эубактерий. А сам ЛУКА,
по моим оценкам, разделился на ветки эубактерий и архей примерно 5.2 миллиарда лет назад.
С эвкариотами всё очень неясно и запутано. Попытки построить их филогенетичесое дерево приводят к практически одновременному появлению из его корня сразу 6-ти (!) независимых веток. Из древних эволюционных событий более-менее надёжно датируется лишь появление у них пластид около 1500 млн. лет назад.
Некоторые начинают даже уже всерьёз рассматривать гипотезу, что прокариоты это деградировавшие эвкариоты.
5.2 миллиарда лет, как это возможно?
Цитата: Дж. Тайсаев от мая 13, 2010, 11:06:37
5.2 миллиарда лет, как это возможно?
А что вас смущает? Очевидно, ЛУКА жил не на Земле...
А, понятно, космогония. Ну поживём увидим.