А интересно есть ли подтверждение ВСЕХ таксонов генетическими исследованиями?
Действительно ли все организмы, причисоленные к одному классу являются генетичесикми родственниками?
Я могу ошибаться, но вроде бы, генетики отрицают генетический паралелизм. В результате появляются забойные теории вроде "теории Афротериев". Смысл которой, что все африканские млекопитающие более родственны друг другу, чем прочим.
Надо подождать мнения DNAoidea. Возможно он может сказать больше.
Цитата: "Doctor Bo""теории Афротериев". Смысл которой, что все африканские млекопитающие более родственны друг другу, чем прочим.
Daleko ne vse sovremennye африканские млекопитающие.
Я могу ошибаться. Если Вы знаете больше - поделитесь.
K Afroteriam otnosiatsa tolko
Slony,
morskie korovy - neskolko vidov *jivut v raznyh moriah zemnogo shara, Amazonke i presnyh rekah i ozerah jugo-vostoka shtatov,
trubkozub - *ivet v Afrike
damany - nebolshie, *ivut v Afrike i Aravii)
melo4, ranee otnosimaja k nasekomojadnym: tenreki, zlatokrot i es4o ne pomniu 4to - jivut v Afrike i na Madagaskare.
(Mojet kto-to 4to-to dobavit ili ispravit)
Позвольте! Что значит, "ранее относимая"? Насекомоядных никто не отменял. А Афротерии пока не являются валидно диагностированной группой.
Sredi nasekomojadnyh tolko jo*iki i zemlerojki i obychnye kroty ostalis.
Откуда дровишки?
Doctor Bo, вы что сказать-то хотите? В очередной раз покидать камнями в молекулярных систематиков? Что-то сам вопрос не очень понял и вашу позицию по нему.
Молекулярная систематика вызывает у меня большие сомнения (по-крайней мере для таксонов высокого ранга). Если Вы сможете прояснить мне историю с Афротериями, буду признателен.
Так я не пойму вообще причину ваших сомнений. Что именно следует пояснять? И как вообще можно сомневаться в молекулярной систематике, если её методы играют сегодня ключевую роль в биологической систематике. Система любой современной группы, не принимающая во внимание молекулярных данных, в лучшем случае - неполна, а в худшем - нелепа.
Ну, во-первых, 90% даже представленных в совр. фауне групп, являются вымершими, что ограничивает возможности молекулярной систематики (даже если все ее постулаты верны. Не так ли?
А во-вторых, если Вы можете сказать, что-то конретное про Афротериев (просто как частный пример, о котором я что-то слышал от териологов), прошу Вас рассказать. Может мои сведенья слишком скудны.
Цитата: "Doctor Bo"Ну, во-первых, 90% даже представленных в совр. фауне групп, являются вымершими
Немного странно сформултровано это утверждение, вы не находите?
По поводу афротериев. Вы же, наверное, читали, что К. Ю. Еськов написал в своё время по их поводу? :) То есть, в принципе
объяснить этот феномен можно, даже находясь на весьма критических позициях по отношению к засилью малекулярных систематиков. А такое отношение
очень характерно для российских палеонтологов.
О достоинствах и недостатках методов, используемых молекулярными генетиками, на этом форуме говоорили много и довольно подробно. Не стоит повторяться в очередной раз, ибо поводов поругаться здесь и так хватает :-)
Думаю, всё же сюда заглянет кто-нибудь из специалистов, чтобы высказать своё мнение на этот счёт, а не просто кинуть пару цитат.
Ну конечно, я пропустил слово "форм", извиняюсь.
Еськов, конечно, эрудит (большой респект ему), но не териолог и не молекулярщик. Тоже где-то что-то слышал, что-то читал.
Просто Вы так грозно вскинулись, что я подумал - Вы специалист. Если несложно, укажите топик, где эти вопросы обсуждались.
Да. Согласен на счёт Еськова - не специалист. Но если вы понимаете о чём я, то согласитесь, что про Г. С. Раутиан такое сказать трудно.
И, вообще, у меня сложилось мнение, что у вас есть, что сказать по данному поводу, но вы предпочитаете провоцировать на откровенность других :-)
Коварство мне не свойственно. :D Просто человек спросил, я ответил, что знаю, надеялся и сам что-нибудь услышать.
Да, вы ответили на вопрос, но так, что у его автора, скорее всего, ясности не прибавилось.
А, кстати, вы в самом деле думаете, что гипотеза афротериев не подтверждается никакими морфологическими данными?
Если список приведенный Alexy верен, то родство доманов и слонов было доказанно без всяких молекул и довольно давно.
А морфологическое сходство перечисленных с тенреками мне представляется абсурдным.
А с прыгунчиковыми?
Не могу сказать, ничего не знаю на этот счет.
А увеличенное количество грудных/поясничных позвонков не потянет на синапоморфию?
V stat'e (Nature) iz poslednego soobs4enia temy http://www.paleo.ru/forum/viewtopic.php?t=1689
est dostato4no podrobnaja sovremennaja filogeneti4eskaja shema vseh rodov mlekov.
Цитата: "Set O. Lopata"А увеличенное количество грудных/поясничных позвонков не потянет на синапоморфию?
Вполне вероятно.
Kstati derevo (ono tolko dla *ivyh vidov) iz Nature 2007 silno ne sovpadaet s iz BMC Evolutionary Biology 2006 http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2148-6-93.pdf
Alexy, ценная ссылка, спасибо.
Но и в ней Афротерии опять подтверждаются.
Вообще, может ли тут кто-то объяснить, что в Афротериях так нервирует сторонников классического морфологического подхода?
То, что морфологи за 200 лет не смогли разбить насекомоядных на африканских и остальных, а молекулярщики смогли это сделать за 20 лет?
Или что-то более приличное?
Что интересно, морфологи давно уже сближали слонов, даманов и сирен, а трубкозуб висел в неопределённости, провизорно отнесённый к потомкам кондиляртр. Так что нервирует вхождение в эту компанию насекомоядной мелочи, но не группировка отрядо как таковая.
Gilgamesh довольно точно обрисовал, в т.ч. мои соображения.
Кто все-таки может прояснить позицию молекулярщиков по неродственному паралеллизму генов.
P.S. Было бы неплохо, если бы кто-нибудь дал ответ на тему топика более внятно, чем я. Человек, наверное, ждет.
Цитата: "Doctor Bo"Вполне вероятно.
Опять я вас не понял. То есть, вы согласны, что количество позвонков в грудном/поясничном отделах является значимым с точки зрения систематики признаком?
Златокроты 22-24
Тенреки 21-24
Прыгунчики 20
Трубкозубы 21
Сирены 24
Хоботные 23-24
Даманы 28-31
Для болшинства представителей других отрядов (в том числе сумчатых и однопроходных) в этих отделах насчитывается 19 позвонков.
Цитата: "Set O. Lopata"Для болшинства представителей других отрядов (в том числе сумчатых и однопроходных) в этих отделах насчитывается 19 позвонков.
Для большинства...
Кроме кого?
Кроме непарнокопытных :-)
(http://img178.imageshack.us/img178/2443/47846439rz8.th.jpg) (http://img178.imageshack.us/my.php?image=47846439rz8.jpg)
Дорогой Set O. Lopata!
Приведенное Вами дерево есть молекулярный кластер?!!
Если да, то я буду сражен, и отправлюсь в другие разделы зализывать раны.
ЦитироватьКроме непарнокопытных
неполнозубых, приматов, хищников и ящеров. но важно, что у настоящих насекомоядных 19 (снова же, кроме йожиков)
Doctor Bo, я, к сожалению, так и не научился понимать ваши вопросы.
В каком смысле "молекулярный кластер"?
Изображена новая (молекулярно-генетическая) схема классификации плацентарных млекопитающих на уровне выше отрядного. На неё наложены суммарные чила позвонков. Аторы статьи сочли, что увеличенное количество позвонков может служить первой надёжно установленной морфологической синапоморфией для клады, которую стали называть Afrotheria. Хотя есть мнение, что они не яваляются изначально африкансикми эндемиками, а имеют голарктические корни.
Да, опять забыл ссылку на статью дать.
Sanchez-Villagra M. R. et al. Thoracolumbar vertebral number: the first skeletal synapomorphy for afrotherian mammals. Systematics and Biodiversity 5(1): 1–7. 2007.
http://journals.cambridge.org/production/action/cjoGetFulltext?fulltextid=718000
А что уважаемые любители молекулярной филогенетики могут сказать (или показать) по сближению парнокопытных и китообразных в надотряд Cetartiodactyla. Было бы интересно узнать более подробно.
Кластер (кластерное древо, если хотите) в данном случае означает способ статистической обработки и отображения классификации некоего числа объектов по некоторому числу признаков.
Но, впрочем, Вы уже ответили.
Пойду восстанавливать душевное равновесие. :(
Да уж.
До появления молекулярных данных только сумасшедший морфолог догадался бы опереться на число позвонков.
Во первых, уж где-где, а в этом признаке параллелизмы могли бы возникать легче легкого.
Во вторых, если брать число шейных позвонков (а чем они хуже грудных и поясничных?), то тогда класс млекопитающих разделится на следующие подклассы:
шестипозвонковые - ламантины (БЕЗ дюгоней)
вариопозвонковые (5-9) - древесные ленивцы (БЕЗ муравьедов и броненосцев)
семипозвонковые - однопроходные+сумчатые+прочие_ плацентарные
Ну, остаётся только пожалеть тонкую душевную организацию морфологов. Надеюсь, что сойдут с ума не все, а оставшиеся в здравом рассудке не будут отбрасывать молекулярно-филогенетические построения только потому, что они не укладываются у них в голове.
Narita Y. & Kuratani S. Evolution of the Vertebral Formulae in Mammals: A Perspective on Developmental Constraints. JOURNAL OF EXPERIMENTAL ZOOLOGY (MOLDEVEVOL) 304B: 91–106 (2005).
http://www.cdb.riken.jp/emo/pdf/Narita_050119.pdf
Вот ещё такая есть статья
Zack S. P. et al. Affinities of 'hyopsodontids' to elephant shrews and a Holarctic origin of Afrotheria. NATURE,434: 497-501 (2005)
http://www.hopkinsmedicine.org/FAE/SPZTAPJIBKDR.pdf
ЦитироватьThe cotylar fossa (and associated enlarged medial malleolus), present in apheliscines and macroscelideans, is shared with hyracoids, proboscideans, tubulidentates, and their possible extinct relatives Meniscotherium and Plesiorycteropus24–26. Living members of this assemblage of mammals have been classified in Ungulata by morphological systematists, but in Afrotheria by molecular systematists. Presence of a cotylar fossa does not seem to be associated with any particular mode of locomotion, because it occurs in fossorial (Tubulidentata, Plesiorycteropus) and scansorial Hyracoidea) mammals, as well as in the cursorial/saltatorial macroscelideans. The cotylar fossa is also present in cercopithecoid primates and macropodid marsupials25,27, and is therefore not unique to potential afrotheres, but it is absent in most mammals, including other cursorial and saltatorial mammals. The broad functional but restricted taxonomic distribution of the cotylar fossa makes it a potentially significant indicator of phylogenetic affinities and argues for a relationship of apheliscines and macroscelideans to hyracoids, proboscideans and tubulidentates.
Цитата: "Set O. Lopata"оставшиеся в здравом рассудке не будут отбрасывать молекулярно-филогенетические построения
Конечно не будут. Неприятность в другом. Им придется отбросить собственные построения ввиду того, что нет решительно никакой возможности догадаться, что число грудопоясничных позвонков лучше отражает родство, чем число шейных. Фактически морфологам придется отказаться не от молекулярных, а от своих филогенетических претензий. И заняться какой-нибудь другой морфологией. Но вот палеонтологам, занимающимся филогенетикой, остается либо сойти с ума, либо пойти в дворники, либо вырубать ДНК из камня.
Что ж вы так эти позвонки не взлюбили? Понимаете, вашу аргументацию можно легко обойти. Давайте считать все туловищные позвонки вместе. Хвостовые считать не будем, согласны? Тогда есть базовое чило, равное 26, и есть отклонение в большую или меньшую сторону. Их и анализируем.
Обойти мою аргументацию легко, если знать, что возникла нужда ее обходить. А до тех пор, пока морфологи не узнали от молекулярных биологов, что требуется вычленить именно тот отрезок позвоночника, который подтвердит монофилию афротериев, морфологов ничто не направляло в выборе между шейными или туловищными позвонками в качестве маркера родства. Таким образом эта найденная задним числом синапоморфия по числу позвонков - чистейшей воды подгонка под заданное извне решение.
В том-то и дело. Особой нужды отделять шейный отдел от других нет. Там вариабельность гораздо ниже. Просто оказалось, что общее количество туловищных позвонков можно рассматривать как значимый на надотрядном уровне классификационный признак.
Это оказалось ДО построения молекулярного древа или ПОСЛЕ?
Просто ремарка постороннего читателя:
почему молекулярщики уверены в том, что их метод - истина?
Читая их перлы просто диву даешься, "молекулярные филогенетики" иногда просто несут бред... откровенный бред. И делают это с таким претенционзным видом, что станвится смешно.
В жизни не забуду анекдотический случай, хорошо иллюстрирующий соотношение претензий молекулярщиков и простые объективные знания: кто-то там из европейских или амеровских молекулярных систематиков изобрел очередные новые схемы родства животных, и выясняя положение дельфинов, спросил у простого зоолога - "а что, дельфины разве не рыбы? - Они же плавают".
Это приводили для иллюстрации уровня эрудиции молекулярных биологов, помпезно выдвигающих свои откровения.
Всех благ.
После. А что, вы считаете, после публикации молекулярного дерева все должны завернуться в белую простыню и ползти на кладбище? Или наоборот, стоять насмерть с томом Кювье наперевес?
Современные работы в области биологии развития показывают, что вариации числа таких "метамерных" органов, как позвонки, не являются полностью случайными, как это представлялось несумасшедшим морфологам.
Аааа! Кажется, наконец до меня дошло.
То есть современный порядок действий такой:
Молекулярщик строит древо родства рецентных форм.
Морфолог ему доверяется и ищет коррелирующие с таким древом морфологические маркеры на тех же рецентных формах.
Палеонтолог доверяется двум предыдущим и по маркерам, полученным от морфолога, строит древо родства ископаемых форм.
Так что ли?
Не всегда, но часто, когда по-другому не получается. :D А вы как хотели?
Цитата: "Set O. Lopata"А вы как хотели?
Мы хотели по-другому.
Но я, кажется, нашел объяснение ажиотажу вокруг молекулярной филогенетики. И это объяснение монетаристическое. Как сейчас можно получить приличное финансирование на морфологические работы? А? На молекулярные же исследования сейчас идут огромные деньги, даже у нас.
Логично?
Nestor notabilis - к моему большому сожалению, сермяжная правда в вашем сообщении есть, и в серьёзных книщаз по молекулярной билогии порой можно встретить такую странную "группу" как "черви"... увы, часто молекулярщики так увлекаются пробирками и алгоритмами сравнения, что забывают, что молекулы сидят в организмах, а не в пробирках. Однако... с другой сторны в долгу оставаться перед морфологами не хочется, и потому спешу ответить, что и морфологи зачастую как будто не знают, что етсь ДНК и белки... что тоже совсем не хорошо. А наконец последний камень - эволюция это отбор фенотипов, изменения которых вызваны мутациями, а мутации происходят в ДНК. стало быть, строя деревья, анализирую ДНК, мы идём от самой базы. Тогда как морфологи идут от некой промежуточной стадии. В чём и слабая точка их подхода. Правда, есть эпишенетика, и, видимо, эпимутации, но эта область ещё не початый край, потому касатся этого ещё рано, тем более, что морфологи об этом едва ли хорошо осведомлены. Кроме того, говоря об эпигенетике мы так или иначе упираемся в молекулы.
В заключение скажу только, что главный минус молекулярной филогенетики - неоднозначность трактовки каждой из замен, посколбку совершенно достоверно сказать о том, что мутауия нейтральна трудновато. И в принцыпе это вообще немного условное понятие. Кроме того, порой вмешивается горизонтальный перенос, и тогда тушите свет. Правда можно, что и нередко делается, составить деревья по разным маркерам, и потом их сравнить. А то ведь хорошо известно, что по разным из них получаются разные деревья.
Про позвонки - да, сошдасен - надо бы постомреть, какой там именно механизм закладки числа сомитов и тогда будет ясно где ожидать стабильность, а где нет.
Цитата: "Doctor Bo"Цитата: "Set O. Lopata"А вы как хотели?
Мы хотели по-другому.
Но я, кажется, нашел объяснение ажиотажу вокруг молекулярной филогенетики. И это объяснение монетаристическое. Как сейчас можно получить приличное финансирование на морфологические работы? А? На молекулярные же исследования сейчас идут огромные деньги, даже у нас.
Логично?
Нет, не логично. Не хватает аксиоматического утверждения о корыстолюбии фигурантов.
А у нас тут вроде совершенно бескорыстный разговор. Я, например, не лоббирую на этом сайте ни молекулярный ажиотаж, ни морфологический, а действую на сугубо добровольных началах.
Но все равно, молекулярка мне нравится больше. Афротериев я таки-просто люблю всей душой, особенно афроамериканцев (я разумею под этим словом ламантинов).
Что же касается моих придирок по поводу числа позвонков - то я просто сперва не мог понять, зачем морфологам задним числом суетиться со своими синапоморфиями, ложащимися под молекулярную генеалогию, которая и без того вполне крепка.
Но действительно, без таких вторично найденных морфологических маркеров молекулярные достижения никак не перенести на ископаемый материал. Нужен мост.
Мой пост не настолько шутка как может показаться, и корыстолюбие здесь тоже причем.
Но дело даже не в этом. В любой отрасли науки всегда появляются методы, которые сначала кажутся панацеей. Все бросаются на этот метод:" Да, мы...Да, я...Да, я сейчас науку переверну."
Проходит время и этод метод становится в общий ряд методов и подходов науки, где-то лучше, где-то худше остальных.
Молекулярная филогенетика еще очень молода, и как следует не отточила еще свои инструменты, но, при этом, ее адепты прямо здесь собираются показать чьи в лесу шишки.
Это не может не напрягать.
Если бы не это, я бы слова не сказал против.
Цитата: "Doctor Bo"Молекулярная филогенетика еще очень молода, и
и хороша собой
Не будем ее порочить раньше времени!
Цитата: "Doctor Bo"Кластер (кластерное древо, если хотите) в данном случае означает способ статистической обработки и отображения классификации некоего числа объектов по некоторому числу признаков.
Насколько я понимаю, для построения филогенетических деревьев обвчно используют выведение parsimony tree, а это несколько другой класс алгоритмов по сравнению с кластерным анализом.
Да. На этом форуме уже это обсуждалось. В теме о филогенетике беспозвоночных.
Не думаю, что упомянутый Вами parsimony tree является жестко установленным для филогенетиков. Я не силен в статистике, но дело в том, что в основу кластерного анализа может положен практически любой статистический прием (евклидово растояние и др.).
В любом случае, разница в статистических подходах не меняет постулатов молекуляроной филогенетики.
Уважаемые форумчане, большое спасибо за столь энергичное обсуждение
заявленной темы. Видно, что многих это задевает на живое.
Из всего трафика виден вывод такой:
Молекулярные филогенетики действиетльно работают,
выявляют генетические связи между видами, и строят на основании своих
исследований таксономические деревья. Однако морфологи с этими построениями не соглашаются, они упорно придерживаются старых , устоявшихся взглядов.
И главным доводом морфологов в несогласии с новыми данными является
то, что молекурярщики не совсем хорошо знают морфологию животных, позволяют
иногда смешные высказывания( с точки зрения морфологов). Т.е. некомпетентность молекулярщиков в морфологии. А то, что генетические исследования это новый мощний и объективный метод для морфологов - это не важно.
Цитата: "S.N."
Я согласен с Doctor Bo. В данном случае наблюдается классическая ситуация - поначалу новый метод кажется панацеей, а потом занимает своё место в ряду других методов. Не отменяя, а дополняя прежние. Молекулярная биология - это очень мощный инструмент, однако, как и все инструменты, он имеет свою ограниченную область применения. А нынешние дискуссии "молекулярщиков" с "классиками" - просто стандартный процесс взаимной притирки.
Цитата: "sss"В данном случае наблюдается классическая ситуация - поначалу новый метод кажется панацеей, а потом занимает своё место в ряду других методов. Не отменяя, а дополняя прежние. Молекулярная биология - это очень мощный инструмент, однако, как и все инструменты, он имеет свою ограниченную область применения. А нынешние дискуссии "молекулярщиков" с "классиками" - просто стандартный процесс взаимной притирки.
Совершенно согласен.
Оно конечно правильно.
Но по-моему уже можно обсуждать предметно - кому из сторон какую конкретно часть надо притирать и как.
Мой опыт общения со "смежниками" (математиками и биофизиками) показывает, что для "взаимной притирки" достаточно, чтобы:
1) обе стороны разбирались в "смежной" науке настолько, чтобы понимать язык друг друга, а также понимать реальные возможности и проблемы "смежной" науки
2) сотрудничали в совместном проекте
Тогда взаимная притирка происходит быстро и легко. А что, как и кому притирать - решается само собой.
это понятно - что польза получится только если обе стороны стремятся не победить друг друга, а синтезировать лучшее.
Но мы же тут хоть сторонние, но активные наблюдатели, которым хочется отслеживать прогресс взаимодействия, а не просто ждать у моря погоды.
Вот мне бы было интересно узнать прям по пунктам - кто какие позиции сдал, кто взял - и т.п.