paleoforum.ru

Форумы сайта «Проблемы эволюции» => Форум сайта «Проблемы эволюции» => Тема начата: Андрей Александрович А. от июля 26, 2024, 17:20:57

Название: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Андрей Александрович А. от июля 26, 2024, 17:20:57
Название текста: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
ФИО автора: Алья Андрей Александрович.
Тип текста: тезисы модели абиогенеза, стадии образования протоклетки.
Дата написания текста: 26 июля 2024 года, 16:35.
Тема текста: абиогенез.
Контакты автора: andreyalexandrovich89@mail.ru


Поскольку при формировании мембраны из фосфолипидного бислоя по причине его гидрофобности в жидкости наиболее энергетически выгодна форма замкнутого пузыря-глобулы, то первичный бульон после их появления стал средой существования многочисленных фосфолипидных пузырьков. Однако, как показывают опыты по синтезу таких структур в лабораторных условиях, такая глобула недолговечна без структуры-стабилизатора по типу каркаса из любого полимера. В настоящее время у клеток имеется полноценный цитоскелет для стабилизации ЦПМ и система белковых канальцев для проникновения различных веществ внутрь клетки и вовне.

Однако в доклеточную, доэволюционную, абиогенную фазу развития жизнь, до собственно биологической эволюции, прото-ЦПМ могла быть стабилизирована лишь каким-то быстрорастущим в агрессивной химической среде полимерным каркасом по типу сетки, на которой липидный бислой удерживается по приблизительной аналогии того, как большая палатка с многочисленными креплениями на металлическом каркасе. Это позволяет липидам при самораспаде отдельных элементов ЦПМ заново собираться заново в новую составляющую мембраны на «креплениях».

Такими биополимерами, образующими внутренний каркас протоклетки, могли быть исключительно белковые молекулы, синтезирующиеся внутри неё посредством произвольной, хаотической полимеризации. Аминокислоты могли попадать внутрь протоклетки, как и все остальные мономеры, единственно проходя через самопроизвольные разрывы в фосфолипидном бислое, из первичного бульона. Причина невозможности прохода иным способом на данном этапе развития протожизни: значительная гидрофильность моносахаридов и аминокислот, а фосфолипидный бислой химически гидрофобный с обеих сторон.

Однако это означает, что структуры-каркасы могут синтезироваться только внутри, и не попадать в готовом виде из первичного бульона, ибо разрушение прото-ЦПМ в той степени, которая позволит проникать внутрь крупным молекулам, уничтожит глобулу самой протоклетки.

Обоснование, почему каркас образован именно белками, следующее. Нуклеиновые кислоты, которые на относительно позднем этапе формирования собственно жизни станут источником наследственной информации, в данный момент образуют примитивные, сугубо фиблиллярные, нитяные структуры без «жёсткости» и поэтому неспособны стать каркасом протоклетки. По этой причине они исключаются.

Углеводы исключаются по причине отсутствия их в качестве каркаса цитоскелета в современных клетках и по причине использования истинно углеводных полимеров уже эукариотами. Клеточная стенка многих прокариот вообще слизистая капсула из протеина, а оболочка из пептитдогликана, он же муреин, у большинства современных прокариот  – переходная стадия от белковой клеточной оболочки к углеводной у высших растений и водорослей, включая простейших.

Более того, чем «ниже» на эволюционном древе само растение, тем большую структурную составляющую его клеточной оболочки занимает именно протеиновый комплекс, а не углеводы. Что означает начало использования полимерных углеводов, а именно предшественника целлюлозы и декстрана, а потом и их самих, уже на относительно поздних этапах эволюции полноценных живых организмов. Как и то, что собственно растения – одна из наиболее молодых групп живых организмов на Земле, поскольку основная часть их таксонов и особенностей биохимии и физиологии сформировались после выхода растений на сушу в фанерозое.

Таким образом, методом исключения можно вычислить, что каркас протоклетки был белковым. Однако белки должны были обладать свойствами, отдалённо напоминающие таковые у прионных белков: самосинтез в значительно сходные между собой связанные в трёхмерную «сеть» структуры, а также склонность к значительной агрегации с прото-ЦПМ. На основании этого сходства правомочно называть основные белки протоцитоскелета «протоприоны».

Такая протоклетка будет способна к примитивному, амитотическому делению, а сами протоприоны за счёт агрегации будут способны связывать и другие компоненты, из которых в будущем образуются органеллы собственно клеток.

Дальнейшая «задача» в появлении жизни из протоклеток – появление энзимов, без которых более сложные биохимические процессы, чем описанное выше, маловероятны или невозможны принципиально. Например, передача наследственной информации: её наличие на специализированном «носителе» и энзиматическая система для её прочтения.


Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Шаройко Лилия от июля 26, 2024, 19:19:17
Интересно, но не совсем понятно что Вы ждете от форума, немного сложноватый для него текст.
И какой такой самосинтез прионных белков?
Можно поподробнее, в сети не могу найти

только здесь:

https://elementy.ru/nauchno-populyarnaya_biblioteka/434370/Priony_i_amiloidy_klyuchevye_svoystva_i_rol_v_prirode

Виталий Владимирович Кушниров — доктор биологических наук, ведущий научный сотрудник лаборатории молекулярной генетики Института биохимии им. А. Н. Баха РАН. Область научных интересов — механизмы возникновения и существования прионов и амилоидов, способы выявления и моделирование амилоидных заболеваний

ЦитироватьПочти все инфекционные агенты, будь то вирусы, бактерии или простейшие, имеют геном в виде ДНК или РНК, определяющий жизненный цикл и «план захвата» организма-хозяина. Удивительным исключением из этого правила являются прионы — инфекционные агенты белковой природы, не имеющие какого-либо генома.


ЦитироватьАльтернативная модель предполагает, что прион — это разновидность амилоида, т. е. нековалентно-связанный белковый полимер. Амилоидами называют фибриллярные белковые агрегаты с регулярной структурой, признаваемые причиной более 30 неизлечимых возрастных заболеваний, таких, например, как болезни Альцгеймера и Паркинсона [8]. Амилоиды подобны прионам по двум ключевым свойствам. Во-первых, укладка белка в составе амилоида существенно изменена и образует характерную структуру, называемую кросс-бета, в которой полипептидные цепи перпендикулярны оси фибриллы, а образуемые ими бета-слои параллельны оси. Во-вторых, амилоид катализирует структурное превращение и полимеризацию нормальной мономерной формы соответствующего белка.

Нам стало ясно, что верна именно вторая модель. Гетеродимерная модель имеет существенные слабости. Она предполагает довольно неправдоподобные свойства белка PrP. Наличие у белка двух альтернативных укладок само по себе необычно, но еще труднее представить, что одна из этих укладок способна превращать другую в себе подобную. Кроме того, известно, что существуют штаммы приона с различными свойствами, а, значит, альтернативных самовоспроизводящихся укладок должно быть множество — и это уже совершенно непредставимо. Не менее трудно объяснить и разделение двух прионных молекул после превращения одной из них, при условии, что процесс не расходует энергию в виде АТФ или ГТФ. В полимерной же модели таких проблем нет: наличие различных самовоспроизводящихся укладок в составе полимера хорошо известно, а разделение молекул в ходе полимеризации не требуется.

В общем думаю, можно попробовать изложить в более популярной форме подробнее как именно предположительно должен происходить процесс самокопирования.

в статье с Элементов я так понимаю описание процесса здесь:
(https://elementy.ru/images/eltpub/priony_i_amiloidy_01_628.jpg)

ЦитироватьРис. 1. Фибриллы, образованные белком Sup35 (а) [10] и схематическая структура этих фибрилл и прионных частиц Sup35 (б). Белок Sup35 состоит их трех доменов: аминоконцевой (N) необходим для прионного превращения и образует стебель амилоида; карбоксиконцевой (С) выполняет жизненно важную функцию в терминации трансляции, а средний домен (М) играет роль спейсера, соединяющего эти два домена....

.....Мы предложили гипотезу, которая описывает размножение прионов дрожжей и одновременно разрешает парадокс Hsp104 [12]. Мы исходили из предположений, что прионные частицы Sup35 представляют собой амилоидные фибриллы, а шаперон Hsp104 распознает их, как агрегаты неправильно свернутого белка, и извлекает из них молекулы Sup35 (рис. 2). Извлечение каждой молекулы из фибриллы должно разбивать ее на две части (при условии, что действие Hsp104 происходит не на краю фибриллы). При этом удваивается количество концов фибрилл, катализирующих прионное превращение, что ускоряет переход белка в прионное состояние. Таким образом, при действии Hsp104 фактически происходит удвоение приона, несмотря на то, что количество агрегированного Sup35 не возрастает. В отсутствие Hsp104 размножение приона не происходит (хотя прионное превращение продолжается), и он сравнительно быстро теряется из растущей популяции дрожжей.


Но статья 2014 года, возможно за 10 лет многое изменилось. И не все понятно, мне хотелось бы изложения попроще.

Если у Вас конечно не появится собеседник, который и так все хорошо понимает. Питер, например.
Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Андрей Александрович А. от июля 26, 2024, 21:38:48
Цитата: Шаройко Лилия от июля 26, 2024, 19:19:17Интересно, но не совсем понятно что Вы ждете от форума, немного сложноватый для него текст.
И какой такой самосинтез прионных белков?
Можно поподробнее, в сети не могу найти

только здесь:

https://elementy.ru/nauchno-populyarnaya_biblioteka/434370/Priony_i_amiloidy_klyuchevye_svoystva_i_rol_v_prirode

Виталий Владимирович Кушниров — доктор биологических наук, ведущий научный сотрудник лаборатории молекулярной генетики Института биохимии им. А. Н. Баха РАН. Область научных интересов — механизмы возникновения и существования прионов и амилоидов, способы выявления и моделирование амилоидных заболеваний

ЦитироватьПочти все инфекционные агенты, будь то вирусы, бактерии или простейшие, имеют геном в виде ДНК или РНК, определяющий жизненный цикл и «план захвата» организма-хозяина. Удивительным исключением из этого правила являются прионы — инфекционные агенты белковой природы, не имеющие какого-либо генома.


ЦитироватьАльтернативная модель предполагает, что прион — это разновидность амилоида, т. е. нековалентно-связанный белковый полимер. Амилоидами называют фибриллярные белковые агрегаты с регулярной структурой, признаваемые причиной более 30 неизлечимых возрастных заболеваний, таких, например, как болезни Альцгеймера и Паркинсона [8]. Амилоиды подобны прионам по двум ключевым свойствам. Во-первых, укладка белка в составе амилоида существенно изменена и образует характерную структуру, называемую кросс-бета, в которой полипептидные цепи перпендикулярны оси фибриллы, а образуемые ими бета-слои параллельны оси. Во-вторых, амилоид катализирует структурное превращение и полимеризацию нормальной мономерной формы соответствующего белка.

Нам стало ясно, что верна именно вторая модель. Гетеродимерная модель имеет существенные слабости. Она предполагает довольно неправдоподобные свойства белка PrP. Наличие у белка двух альтернативных укладок само по себе необычно, но еще труднее представить, что одна из этих укладок способна превращать другую в себе подобную. Кроме того, известно, что существуют штаммы приона с различными свойствами, а, значит, альтернативных самовоспроизводящихся укладок должно быть множество — и это уже совершенно непредставимо. Не менее трудно объяснить и разделение двух прионных молекул после превращения одной из них, при условии, что процесс не расходует энергию в виде АТФ или ГТФ. В полимерной же модели таких проблем нет: наличие различных самовоспроизводящихся укладок в составе полимера хорошо известно, а разделение молекул в ходе полимеризации не требуется.

В общем думаю, можно попробовать изложить в более популярной форме подробнее как именно предположительно должен происходить процесс самокопирования.

в статье с Элементов я так понимаю описание процесса здесь:
(https://elementy.ru/images/eltpub/priony_i_amiloidy_01_628.jpg)

ЦитироватьРис. 1. Фибриллы, образованные белком Sup35 (а) [10] и схематическая структура этих фибрилл и прионных частиц Sup35 (б). Белок Sup35 состоит их трех доменов: аминоконцевой (N) необходим для прионного превращения и образует стебель амилоида; карбоксиконцевой (С) выполняет жизненно важную функцию в терминации трансляции, а средний домен (М) играет роль спейсера, соединяющего эти два домена....

.....Мы предложили гипотезу, которая описывает размножение прионов дрожжей и одновременно разрешает парадокс Hsp104 [12]. Мы исходили из предположений, что прионные частицы Sup35 представляют собой амилоидные фибриллы, а шаперон Hsp104 распознает их, как агрегаты неправильно свернутого белка, и извлекает из них молекулы Sup35 (рис. 2). Извлечение каждой молекулы из фибриллы должно разбивать ее на две части (при условии, что действие Hsp104 происходит не на краю фибриллы). При этом удваивается количество концов фибрилл, катализирующих прионное превращение, что ускоряет переход белка в прионное состояние. Таким образом, при действии Hsp104 фактически происходит удвоение приона, несмотря на то, что количество агрегированного Sup35 не возрастает. В отсутствие Hsp104 размножение приона не происходит (хотя прионное превращение продолжается), и он сравнительно быстро теряется из растущей популяции дрожжей.


Но статья 2014 года, возможно за 10 лет многое изменилось. И не все понятно, мне хотелось бы изложения попроще.

Если у Вас конечно не появится собеседник, который и так все хорошо понимает. Питер, например.

Я говорю о приблизительном сходстве, а не точном. Первые протоприоны не могут и рядом обладать сложностью собственно прионов.

«Прион способен катализировать конформационное превращение гомологичного ему нормального клеточного белка в себе подобный (прион). Как правило, при переходе белка в прионное состояние его α-спирали превращаются в β-слои. Появившиеся в результате такого перехода прионы могут в свою очередь перестраивать новые молекулы белка; таким образом, запускается цепная реакция».

Но реально любая такая трансформация возможна лишь при процессе сборки-разборки. То есть, разбирать белок на олигомеры или мономеры, а затем синтезировать сам прион. Это я и зову самосинтезом.

А от форума я и жду возможности понять эволюцию лучше и немного поделиться то м, что знаю сам.
Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Шаройко Лилия от июля 26, 2024, 22:08:08
Цитата: Андрей Александрович А. от июля 26, 2024, 21:38:48А от форума я и жду возможности понять эволюцию лучше и немного поделиться тем, что знаю сам.
Добро пожаловать, начало очень интересное. Надеюсь Вы здесь не на один день.

Я может быть не потяну уровень собеседника, но возможно появится кто-то еще.
У Павла Арефьева есть интересная тема Гидрогеологическая система – колыбель жизни?

Цитата: АrefievPV от марта 22, 2023, 11:48:51«Гомеостатическое ядро» живой системы нашего типа изначально сформировалось как замкнутая (закольцованная) на саму себя совокупность из взаимосвязанных сложных химических процессов – эдакий гиперцикл из сложных химических реакций (окончание одного гиперцикла является одновременно и началом следующего гиперцикла).
 
Таких гиперциклов (подобных друг другу) было множество в гидрогеологических системах, связанных (точнее – периодически связываемых друг с другом) в единую сеть на поверхности планеты. Именно в тот период и возник ЕО дарвиновского типа (в нашем теперешнем понимании) – эти гиперциклы возникали, воспроизводились, размножались (распространялись на соседние гидрогеологические системы) и умирали. В процессе такого ЕО оставались гиперциклы наиболее адаптированные к среде обитания.

Еще в этом направлении здесь(правда давно, в основном в 2022 году) неоднократно размещался и обсуждался цикл бесед Штерна с Марковым, Никитиным, Гельфандом, у Гельфанда гипотезы описывались в направлении рибозимов

Они размещались кроме самого сайта Троицкого Варианта и Ютуба в видеоформате на портале Элементы.

Вот первая:
https://elementy.ru/nauchno-populyarnaya_biblioteka/436375/Proiskhozhdenie_zhizni_Ot_RNK_mira_k_belkam

может быть Вы их видели

Есть еще новая беседа


Я ее сейчас нашла, когда искала те предыдущие, пока даже не смотрела

На форуме такие обсуждения как то заглохли, видимо каждый высказал все, что думал, а новых импульсов из внешней среды не оказалось и все отправились по каким то другим направлениям мыслей.

В общем, надеюсь у Вас здесь будут собеседники, может быть не сразу.

Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Андрей Александрович А. от июля 26, 2024, 23:53:17
Цитата: Шаройко Лилия от июля 26, 2024, 22:08:08
Цитата: Андрей Александрович А. от июля 26, 2024, 21:38:48А от форума я и жду возможности понять эволюцию лучше и немного поделиться тем, что знаю сам.
Добро пожаловать, начало очень интересное. Надеюсь Вы здесь не на один день.

Я может быть не потяну уровень собеседника, но возможно появится кто-то еще.
У Павла Арефьева есть интересная тема Гидрогеологическая система – колыбель жизни?

Цитата: АrefievPV от марта 22, 2023, 11:48:51«Гомеостатическое ядро» живой системы нашего типа изначально сформировалось как замкнутая (закольцованная) на саму себя совокупность из взаимосвязанных сложных химических процессов – эдакий гиперцикл из сложных химических реакций (окончание одного гиперцикла является одновременно и началом следующего гиперцикла).
 
Таких гиперциклов (подобных друг другу) было множество в гидрогеологических системах, связанных (точнее – периодически связываемых друг с другом) в единую сеть на поверхности планеты. Именно в тот период и возник ЕО дарвиновского типа (в нашем теперешнем понимании) – эти гиперциклы возникали, воспроизводились, размножались (распространялись на соседние гидрогеологические системы) и умирали. В процессе такого ЕО оставались гиперциклы наиболее адаптированные к среде обитания.

Еще в этом направлении здесь(правда давно, в основном в 2022 году) неоднократно размещался и обсуждался цикл бесед Штерна с Марковым, Никитиным, Гельфандом, у Гельфанда гипотезы описывались в направлении рибозимов

Они размещались кроме самого сайта Троицкого Варианта и Ютуба в видеоформате на портале Элементы.

Вот первая:
https://elementy.ru/nauchno-populyarnaya_biblioteka/436375/Proiskhozhdenie_zhizni_Ot_RNK_mira_k_belkam

может быть Вы их видели

Есть еще новая беседа


Я ее сейчас нашла, когда искала те предыдущие, пока даже не смотрела

На форуме такие обсуждения как то заглохли, видимо каждый высказал все, что думал, а новых импульсов из внешней среды не оказалось и все отправились по каким то другим направлениям мыслей.

В общем, надеюсь у Вас здесь будут собеседники, может быть не сразу.



Ну, могу уточнить одну деталь: системы, развившиеся в жизнь, должны быть всегда открытыми, в замкнутой системе лишь энтропия.

Так что внутренняя замкнутая система по определению небиогенна.

А насчёт собеседников: гонюсь не за количеством, а за желанием знать больше. Уровень подтянуть можно, сам буду так делать.
Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Alexeyy от июля 27, 2024, 05:02:18
Цитата: Андрей Александрович А. от июля 26, 2024, 17:20:57В настоящее время у клеток имеется полноценный цитоскелет для стабилизации ЦПМ
Что такое ЦПМ?
Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Андрей Александрович А. от июля 27, 2024, 10:39:27
Цитата: Alexeyy от июля 27, 2024, 05:02:18
Цитата: Андрей Александрович А. от июля 26, 2024, 17:20:57В настоящее время у клеток имеется полноценный цитоскелет для стабилизации ЦПМ
Что такое ЦПМ?

Цитоплазматическая мембрана.
Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Шаройко Лилия от июля 27, 2024, 12:29:03
По поводу картинки, тут в скриптах глюк, в загрузке разрешены аватарки до 250 пикселов шириной, но если Вы так сделаете, то в отображении на форуме Ваша аватарка (так как тегом она ложится фоном под всю таблицу сообщения с выключкой влево) закрывает текст.
думаю там что то типа
<table background =' img/$idavt.gif' align='left' >
   <tr ><th>текст описания автора</th><th>текст сообщения</th></tr>
или что-то похожее
Если картинка аватарки светлая, то читать можно а если темная как у Вас то тексты верхних рядов слева будет не видно.
Тут некоторые долго экспериментировали, оптимально ширина вроде 120 пикс.
Подпись зачетная
:)
Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Arturius от июля 27, 2024, 12:45:35
Цитата: Андрей Александрович А. от июля 27, 2024, 10:39:27Цитоплазматическая мембрана.
Клеточная, что ли? Или внутриклеточная, раз связана с цитоплазмой?
Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Шаройко Лилия от июля 27, 2024, 12:53:15
Если я правильно помню цитологию(биологи бывшими бывают)обычно цитоплазматической называют внешнюю мембрану, которая как бы вокруг цитоплазмы а вторую возле ядра ядерной.

(https://gas-kvas.com/uploads/posts/2023-02/1675677006_gas-kvas-com-p-tsitoplazmaticheskaya-membrana-zhivotnoi-k-37.png)

ЦитироватьЯдерная мембрана является барьером, который физически защищает ДНК клетки от химических реакций, происходящих в других местах клетки.

В самой этой мембране обычно у любых типов клеток куча ионных каналов, через которые поступает фильтрованный поток внешних веществ, пропускается не все.

(https://papik.pro/uploads/posts/2023-01/1674394226_papik-pro-p-tsitoplazmaticheskaya-membrana-risunok-13.jpg)


В биофизику ионных каналов пока погружаться не будем...
наверное...

у протоклетки в предположении начала с белков как я понимаю до ядра как до луны пешком.
Но в теории РНК жизни вначале возникает как бы ядро, митохондрии по теории вообще бывшие отдельные клетки, про которые даже есть версия, что их однажды слопали и не переварили.
Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Шаройко Лилия от июля 27, 2024, 13:14:51
Цитата: Андрей Александрович А. от июля 26, 2024, 23:53:17Так что внутренняя замкнутая система по определению небиогенна.

Думаю абсолютно замкнутых и полностью открытых систем нет, вопрос только в проценте открытости.

Разве образование клетки это не шаг к изоляции по сравнению с тем, что было до возникновения мембраной границы?
Вроде азы представлений о жизни - энтропия внутри клетки падает, упорядоченность растет, а за ее пределами за счет этой внутренней упорядоченности возникает как равновесный ответ рост хаоса.
Но может эти азы уже отменили, я мало знаю это направление.
Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Андрей Александрович А. от июля 27, 2024, 13:27:50
Цитата: Arturius от июля 27, 2024, 12:45:35
Цитата: Андрей Александрович А. от июля 27, 2024, 10:39:27Цитоплазматическая мембрана.
Клеточная, что ли? Или внутриклеточная, раз связана с цитоплазмой?

И то, и другое
Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Андрей Александрович А. от июля 27, 2024, 13:30:04
Цитата: Шаройко Лилия от июля 27, 2024, 13:14:51
Цитата: Андрей Александрович А. от июля 26, 2024, 23:53:17Так что внутренняя замкнутая система по определению небиогенна.

Думаю абсолютно замкнутых и полностью открытых систем нет, вопрос только в проценте открытости.

Разве образование клетки это не шаг к изоляции по сравнению с тем, что было до возникновения мембраной границы?
Вроде азы представлений о жизни - энтропия внутри клетки падает, упорядоченность растет, а за ее пределами за счет этой внутренней упорядоченности возникает как равновесный ответ рост хаоса.
Но может эти азы уже отменили, я мало знаю это направление.

Всё верно, но обмен веществом и энергией делает клетку открытой системой.
Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Андрей Александрович А. от июля 27, 2024, 13:31:19
Цитата: Шаройко Лилия от июля 27, 2024, 12:53:15Если я правильно помню цитологию(биологи бывшими бывают)обычно цитоплазматической называют внешнюю мембрану, которая как бы вокруг цитоплазмы а вторую возле ядра ядерной.

(https://gas-kvas.com/uploads/posts/2023-02/1675677006_gas-kvas-com-p-tsitoplazmaticheskaya-membrana-zhivotnoi-k-37.png)

ЦитироватьЯдерная мембрана является барьером, который физически защищает ДНК клетки от химических реакций, происходящих в других местах клетки.

В самой этой мембране обычно у любых типов клеток куча ионных каналов, через которые поступает фильтрованный поток внешних веществ, пропускается не все.

(https://papik.pro/uploads/posts/2023-01/1674394226_papik-pro-p-tsitoplazmaticheskaya-membrana-risunok-13.jpg)


В биофизику ионных каналов пока погружаться не будем...
наверное...

у протоклетки в предположении начала с белков как я понимаю до ядра как до луны пешком.
Но в теории РНК жизни вначале возникает как бы ядро, митохондрии по теории вообще бывшие отдельные клетки, про которые даже есть версия, что их однажды слопали и не переварили.
Цитата: Андрей Александрович А. от июля 27, 2024, 13:30:04
Цитата: Шаройко Лилия от июля 27, 2024, 13:14:51
Цитата: Андрей Александрович А. от июля 26, 2024, 23:53:17Так что внутренняя замкнутая система по определению небиогенна.

Думаю абсолютно замкнутых и полностью открытых систем нет, вопрос только в проценте открытости.

Разве образование клетки это не шаг к изоляции по сравнению с тем, что было до возникновения мембраной границы?
Вроде азы представлений о жизни - энтропия внутри клетки падает, упорядоченность растет, а за ее пределами за счет этой внутренней упорядоченности возникает как равновесный ответ рост хаоса.
Но может эти азы уже отменили, я мало знаю это направление.

Всё верно, но обмен веществом и энергией делает клетку открытой системой.
Цитата: Шаройко Лилия от июля 27, 2024, 12:53:15Если я правильно помню цитологию(биологи бывшими бывают)обычно цитоплазматической называют внешнюю мембрану, которая как бы вокруг цитоплазмы а вторую возле ядра ядерной.

(https://gas-kvas.com/uploads/posts/2023-02/1675677006_gas-kvas-com-p-tsitoplazmaticheskaya-membrana-zhivotnoi-k-37.png)

ЦитироватьЯдерная мембрана является барьером, который физически защищает ДНК клетки от химических реакций, происходящих в других местах клетки.

В самой этой мембране обычно у любых типов клеток куча ионных каналов, через которые поступает фильтрованный поток внешних веществ, пропускается не все.

(https://papik.pro/uploads/posts/2023-01/1674394226_papik-pro-p-tsitoplazmaticheskaya-membrana-risunok-13.jpg)


В биофизику ионных каналов пока погружаться не будем...
наверное...

у протоклетки в предположении начала с белков как я понимаю до ядра как до луны пешком.
Но в теории РНК жизни вначале возникает как бы ядро, митохондрии по теории вообще бывшие отдельные клетки, про которые даже есть версия, что их однажды слопали и не переварили.

Всё верно, но в абиогенезе всего этого ещё не было, было протоЦПМ. Я же об этом писал.
Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Шаройко Лилия от июля 27, 2024, 14:02:49
Конечно, это понятно. Я исхожу из того, что нужен всегда ориентир (это должно находиться перед глазами не только собеседников, но и читателей разного уровня знаний, этот уровень нам неизвестен)  -  к чему мы пришли сейчас и как формировалось то, о формировании чего более менее известно.

Если я начну мешать, можно мне сказать об этом, я легко испарюсь.
Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Андрей Александрович А. от июля 27, 2024, 15:37:52
Цитата: Шаройко Лилия от июля 27, 2024, 14:02:49Конечно, это понятно. Я исхожу из того, что нужен всегда ориентир (это должно находиться перед глазами не только собеседников, но и читателей разного уровня знаний, этот уровень нам неизвестен)  -  к чему мы пришли сейчас и как формировалось то, о формировании чего более менее известно.

Если я начну мешать, можно мне сказать об этом, я легко испарюсь.

Мне никто не может помешать. Не родился ещё такой человек. Так что не переживайте.

Так вот, текст о том этапе развития жизни, когда не было клеток и всех остальных систем организма. До их формирования.
Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Шаройко Лилия от июля 27, 2024, 17:14:12
Цитата: Андрей Александрович А. от июля 27, 2024, 15:37:52Мне никто не может помешать. Не родился ещё такой человек. Так что не переживайте.

Так вот, текст о том этапе развития жизни, когда не было клеток и всех остальных систем организма. До их формирования

По первому абзацу  - Это хорошо и в моей системе координат очень правильный подход к окружающему.

По второму:

Повторюсь, думаю это понятно не только мне, но и всем, кто прочел Ваш первый текст
:)

Я же целый лекторий Штерна привела о том же периоде, только там версии формирования этого этапа другие (предклеточный старт с РНК мира, короткие рибозимы как первые репликаторы)
И написала, что первые фазы доклеточной жизни на форуме обсуждались неоднократно, в том числе не только на Земле, но и как вариант возможной экзожизни ( у меня есть тема о космосе и экзожизни (https://paleoforum.ru/index.php/topic,10824.msg274382.html#new)), и вариант панспермии по лекциям Панова и Сурдина и по собственным идеям участников.

Ваш вариант вполне интересен, но прежде чем его обсуждать, мне например хотелось бы понять как Вы видите связь с последующими этапами развития клетки.
А еще лучше и предысторию этих событий, в смысле формирование планеты и условия на ней в этот период.
 
Как Вы вообще представляете себе мир, о котором можно судить в основном по тому, что в клеточных структурах происходит сейчас.

Насколько я знаю ни одна молекула этого периода не сохранилась, все данные косвенные, в том числе по температуре, гидросфере, формированию минеральных комплексов, а от этого зависит химический состав наполнения воды в разных типах водоемов.
 Все эти характеристики на планете периода около 4 миллиардов лет назад рассчитаны по теориям формирования планетозималей

Закономерности формирования клеточных структур капитально основаны на структуре современных клеток и закономерностях химических реакций, которые, как мы предполагаем, не менялись, но проявлялись те, которые были возможны в той среде. Там сама жидкая фаза среды могла быть другой.

В Вашем тексте нет окружения среды, в котором клетки формировались, нет прошлого и будущего клеточных структур.

Считаете это не важно?

Она же не в лаборатории произошла, если речь идет об агрессивной среде, то какой и почему Вы думаете, что она была именно такой.
Есть еще гипотеза микропор поверхностных материалов и формирования первых репликаторов в относительно замкнутой среде.

На всякий случай уточняю - это все не наезды были, а вопросы, возможно в вашем тексте это учтено и общеизвестно в вашем круге и я просто не вижу этого по фразам которые для Вас это обозначают, а для меня нет.
Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Андрей Александрович А. от июля 27, 2024, 17:39:36
Цитата: Шаройко Лилия от июля 27, 2024, 17:14:12
Цитата: Андрей Александрович А. от июля 27, 2024, 15:37:52Мне никто не может помешать. Не родился ещё такой человек. Так что не переживайте.

Так вот, текст о том этапе развития жизни, когда не было клеток и всех остальных систем организма. До их формирования

По первому абзацу  - Это хорошо и в моей системе координат очень правильный подход к окружающему.

По второму:

Повторюсь, думаю это понятно не только мне, но и всем, кто прочел Ваш первый текст
:)

Я же целый лекторий Штерна привела о том же периоде, только там версии формирования этого этапа другие (предклеточный старт с РНК мира, короткие рибозимы как первые репликаторы)
И написала, что первые фазы доклеточной жизни на форуме обсуждались неоднократно, в том числе не только на Земле, но и как вариант возможной экзожизни ( у меня есть тема о космосе и экзожизни (https://paleoforum.ru/index.php/topic,10824.msg274382.html#new)), и вариант панспермии по лекциям Панова и Сурдина и по собственным идеям участников.

Ваш вариант вполне интересен, но прежде чем его обсуждать, мне например хотелось бы понять как Вы видите связь с последующими этапами развития клетки.
А еще лучше и предысторию этих событий, в смысле формирование планеты и условия на ней в этот период.
 
Как Вы вообще представляете себе мир, о котором можно судить в основном по тому, что в клеточных структурах происходит сейчас.

Насколько я знаю ни одна молекула этого периода не сохранилась, все данные косвенные, в том числе по температуре, гидросфере, формированию минеральных комплексов, а от этого зависит химический состав наполнения воды в разных типах водоемов.
 Все эти характеристики на планете периода около 4 миллиардов лет назад рассчитаны по теориям формирования планетозималей

Закономерности формирования клеточных структур капитально основаны на структуре современных клеток и закономерностях химических реакций, которые, как мы предполагаем, не менялись, но проявлялись те, которые были возможны в той среде. Там сама жидкая фаза среды могла быть другой.

В Вашем тексте нет окружения среды, в котором клетки формировались, нет прошлого и будущего клеточных структур.

Считаете это не важно?

Она же не в лаборатории произошла, если речь идет об агрессивной среде, то какой и почему Вы думаете, что она была именно такой.
Есть еще гипотеза микропор поверхностных материалов и формирования первых репликаторов в относительно замкнутой среде.

На всякий случай уточняю - это все не наезды были, а вопросы, возможно в вашем тексте это учтено и общеизвестно в вашем круге и я просто не вижу этого по фразам которые для Вас это обозначают, а для меня нет.

Тут налицо когнитивная ошибка. Вы смотрите на это дела с позиции как бы «современной» точки, как бы из будущего в прошлое смотрите и сразу ищете связь одного с другим. Это понятный подход, но в абиогенном этапе это неприменимо. Первая собствннно жизнь не имела никаких современных структур типа органелл. Это всё появилось позже, как и собственно метаболизм со всеми циклами. Вначале появились пузырьки, стабилизация белковой сеткой позволила им просто быть, не исчезать сразу.

А предшественники ферментов любого типа в этот момент ещё тоже не образовались! Это следующий этап, не первый. И его я пока не рассматриваю.
Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Alexeyy от июля 27, 2024, 17:46:32
Цитата: Андрей Александрович А. от июля 26, 2024, 17:20:57Таким образом, методом исключения можно вычислить, что каркас протоклетки был белковым. Однако белки должны были обладать свойствами, отдалённо напоминающие таковые у прионных белков: самосинтез в значительно сходные между собой связанные в трёхмерную «сеть» структуры, а также склонность к значительной агрегации с прото-ЦПМ. На основании этого сходства правомочно называть основные белки протоцитоскелета «протоприоны».
Мне очень нравится этот вывод. Есть мысли по поводу того, откуда взялись прионы?

П.С.: Вы человек - верующий, нет? Обычно, против палеогеномики здесь, время от времени, верующие выступают. 
Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Андрей Александрович А. от июля 27, 2024, 17:47:55
Цитата: Alexeyy от июля 27, 2024, 17:46:32
Цитата: Андрей Александрович А. от июля 26, 2024, 17:20:57Таким образом, методом исключения можно вычислить, что каркас протоклетки был белковым. Однако белки должны были обладать свойствами, отдалённо напоминающие таковые у прионных белков: самосинтез в значительно сходные между собой связанные в трёхмерную «сеть» структуры, а также склонность к значительной агрегации с прото-ЦПМ. На основании этого сходства правомочно называть основные белки протоцитоскелета «протоприоны».
Мне очень нравится этот вывод. Есть мысли по поводу того, откуда взялись прионы?

П.С.: Вы человек - верующий, нет? Обычно, против палеогеномики здесь, время от времени, верующие выступают. 

Переход на личности непрофессионален.

О происхождении прионов ничего не могу сказать
Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Alexeyy от июля 27, 2024, 18:04:25
Я и не претендую в этом своём вопросе на профессиональное обсуждение.
Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Шаройко Лилия от июля 27, 2024, 18:17:36
Мне кажется, Андрей Александрович, Вам лучше сейчас притормозить во всех темах и немного подумать.
А то мы Вас, наверное, потеряем.
Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Андрей Александрович А. от июля 27, 2024, 20:23:54
Цитата: Шаройко Лилия от июля 27, 2024, 18:17:36Мне кажется, Андрей Александрович, Вам лучше сейчас притормозить во всех темах и немного подумать.
А то мы Вас, наверное, потеряем.

Это угроза? Меня тормозить никто не будет
Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Шаройко Лилия от июля 27, 2024, 20:38:51
Нет, это не угроза, я хотела бы еще вопросы задавать, но при слишком высоких уровнях конфликтности обычно темы здесь закрывают, а участников банят. Питера не забанят, он Вас провоцирует, создавая самый низкий уровень лексики и чувствуя себя полностью защищенным. Я не знаю, кто там из Вас прав по сути, это направление знаю плохо.
Просто ориентируюсь по тональности разговора, я не думала, что у вас будет конфликт

Здесь, в этой теме  у меня возражения к Вашему подходу есть, но я сейчас не хочу усиливать атмосферу спора, может потом, если все уляжется.

Я не вижу ситуации что Вы "против палеогеномики", мне кажется  мембранные конструкции могли создаваться до или в один период с репликаторами как отдельные вещи.
И в какой то период они оказались рядом и возникли условия соединения.
Я пока так подробно не рассматривала для себя  вопрос и не смотрела в сети каков мейнстрим в науке в этом направлении.
И все что Вы написали может этому вполне не противоречить, а описывать параллельные процессы.

Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Питер от июля 27, 2024, 21:25:02
Цитата: Андрей Александрович А. от июля 26, 2024, 17:20:57Таким образом, методом исключения можно вычислить, что каркас протоклетки был белковым. Однако белки должны были обладать свойствами, отдалённо напоминающие таковые у прионных белков: самосинтез в значительно сходные между собой связанные в трёхмерную «сеть» структуры, а также склонность к значительной агрегации с прото-ЦПМ. На основании этого сходства правомочно называть основные белки протоцитоскелета «протоприоны».

ЧТО  ТАОЕ  "САМОСИНТЕЗ"   ?    А    аггрегировать  могут    самые   разные   белки.  Не только  прионы.
Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Андрей Александрович А. от июля 27, 2024, 22:29:30
Цитата: Питер от июля 27, 2024, 21:25:02
Цитата: Андрей Александрович А. от июля 26, 2024, 17:20:57Таким образом, методом исключения можно вычислить, что каркас протоклетки был белковым. Однако белки должны были обладать свойствами, отдалённо напоминающие таковые у прионных белков: самосинтез в значительно сходные между собой связанные в трёхмерную «сеть» структуры, а также склонность к значительной агрегации с прото-ЦПМ. На основании этого сходства правомочно называть основные белки протоцитоскелета «протоприоны».

ЧТО  ТАОЕ  "САМОСИНТЕЗ"   ?    А    аггрегировать  могут    самые   разные   белки.  Не только  прионы.


А образовывать при этом структуры неаморфные? Напоминаю, тут ещё нет клеток и какой-то эволюции.
Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Питер от июля 27, 2024, 22:33:52
Что такое само синтез ?
Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Андрей Александрович А. от июля 27, 2024, 22:44:19
Цитата: Питер от июля 27, 2024, 22:33:52Что такое само синтез ?


Синтез без сторонних веществ-ассистентов.
Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Питер от июля 27, 2024, 23:05:53
И всегда прион получается ? В приона передается конформация - не первичная структура.
Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Андрей Александрович А. от июля 27, 2024, 23:13:37
Цитата: Питер от июля 27, 2024, 23:05:53И всегда прион получается ? В приона передается конформация - не первичная структура.

Точно, стопроцентного копирования не будет
Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Питер от июля 28, 2024, 07:55:46
То есть у вас прион просто собирается из отдельных аминокислот сам по себе. И получается именно прион. Не актин, не амилоид - прион. И вас не смущает, что приона что у дрожжей, что у нас белки не мембранные ?
Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Андрей Александрович А. от июля 28, 2024, 09:37:26
Цитата: Питер от июля 28, 2024, 07:55:46То есть у вас прион просто собирается из отдельных аминокислот сам по себе. И получается именно прион. Не актин, не амилоид - прион. И вас не смущает, что приона что у дрожжей, что у нас белки не мембранные ?


Вы, по ходу, не читали сам текст. Каркас протоклетки аналогичен приону в самосинтезе, но это не прион. И не родня ему.
Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Питер от июля 28, 2024, 10:02:57
Ну давайте ещё раз про само синтез. У вас есть среда где плавают  аминокислоты. И как идёт там само синтез  - чтобы формировался один и тот же белок типа приона но не прион ?
Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Питер от июля 28, 2024, 10:06:24
В нашей биологии планеты земля прионы не популярны. Это важно -почему то такой способ природе не понравился
Название: От: Протоприоны как каркас для фосфолипидного бислоя и формирования ЦПМ.
Отправлено: Андрей Александрович А. от июля 28, 2024, 10:13:41
Цитата: Питер от июля 28, 2024, 10:06:24В нашей биологии планеты земля прионы не популярны. Это важно -почему то такой способ природе не понравился


Ну, тут ничего не могу сказать. Я написал про первый этап формирования жизни, и всё. Пока не будет ясно, откуда в этих пузырьках с протоприонным каркасом взялись первые энзимы, мы будем в этом вопросе стоять на месте. Только так.