Вот в теме про ID - исследовательскую программу возник вопрос у некоторых товарищей: реален ли горизонтальный перенос генов и если реален, то какова роль его в эволюционном процессе.
В статье Шестакова (http://www.macroevolution.narod.ru/shestakov.htm), к примеру, нарисована такая страшная картинка
(http://img222.imageshack.us/img222/5883/retic36lj.th.gif) (http://img222.imageshack.us/my.php?image=retic36lj.gif)
ЦитироватьГоризонтальный перенос генов является главным источником инноваций, инструментом быстрого приобретения и возникновения новых генов, способных радикально изменить свойства клеток, расширить их адаптационный потенциал.
Цитировать1) Доля латерально полученных генов варьирует у разных видов и может достигать 10-15% от общего числа генов в геноме.
2) Наибольшее количество переносов характерно для свободноживущих бактерий с широкими экологическими ареалами (почвенные бациллы, псевдомонады и др.).
3) Наименьшее число переносов обнаружено у большинства патогенных бактерий, живущих в узких эконишах; эти переносы, однако, весьма важны, так как определяют такие признаки как вирулентность и токсичность.
4) Переносы специфичны, поскольку приобретенный ген обнаруживается, как правило, только в клетках определенного вида или даже штамма.
5) Реже всего в горизонтальные переносы вовлечены гены информационных систем (транскрипции, трансляции, репликации), составляющие базовый геном. Продукты этих генов входят в сложные белковые комплексы, где "чужие" белки не встраиваются или не функционируют. Исключением являются гены, кодирующие аминоацил-тРНК-синтетазы, что связано с особенностями работы изоакцепторных транспортных РНК.
6) Чаще всего в горизонтальном переносе участвуют гены операционных систем, обслуживающих метаболизм, транспортные пути, механизмы сигнальной трансдукции. У многих бактерий среди латерально привнесенных генов большую долю составляют функционально неизученные гены и гены, не имеющие сходных ортологов в реципиентном организме.
7) В составе приобретенных сегментов ДНК часто обнаруживаются профаги, плазмиды, кассеты резистентности, гены белков, участвующих в процессах сайт-специфической и "незаконной" рекомбинации, обеспечивающей интеграцию "чужих" генов.
Вообще, последнее время просматривается тенденция объяснять многие параллелизмы в молекулярных деревьях именно боковым переносом генов. Не могли бы специалисты прокомментировать как-либо ситуацию?
Я не совсем специалист, хотя и занимаюсь молекулярной систематикой. Похоже, что латеральный (горизонтальный) перенос широко распространен у прокариот. Масштабы этого бедствия у эукариот пока никто не оценивал -- есть довольно много статей по частным случаям. У эукариот горизонтальный перенос может происходить наряду с вертикальным -- в мультигеномных клетках (с хлоропластами и митохондриями, например). Кроме того, гибридизацию также можно рассматривать как горизонтальный перенос. Существуют случаи, когда мы, по-видимому, имеем все вместе ("чистый" ГП + ВП + гибридизация). Так что феномен непрост.
Народ очень активно работает по созданию компьютерных средств выявления ГП (если надо, могу дать ссылки), но, повторяю, это только у прокариот. Наверное, чем больше полных сиквенсов эукариот мы будем иметь, тем яснее (а может, и нет) будет картина с ГП эукариот.
Как в связи с ГП эволюционируют прокариоты -- вопрос весьма интересный, но не новый. То, что у бактерий нет замкнутых генетических систем, еще в 70-х писал Заварзин. Но, по-моему, гораздо интереснее то, что на этом фоне все же удается построить хоть какую-то филогению...
Про эукариот была довольно сумасшедшая книжка Кордюма (Кордюм В.А. Эволюция и биосфера. - Киев: Наукова думка, 1982), но особых последствий она не вызвала. Кроме того, Красилов развивал теорию "гибридогенного" (переносом генов между классами голосеменных) происхождения цветковых.
А можно конкретные статьи по горизонтальному переносу у эукариот ?
Это такое общее место - горизонтальный перенос играет важную роль в эволюции. А начинаешь копать - ничего эа этим нет. По крайней мере у эукариот. Да и у прокариот тоже не особо много ...
Извините, что не даю статьи -- нет времени...
Попробуйте:
http://www.google.ru/search?q=HGT+eukaryotes
http://scholar.google.com/scholar?q=HGT+eukaryotes
Увы и ах - но ситуация остается прежней, максимум HGT в сколь нибудь заментянх масштабах имеет место только в одноклеточных эукариотах. Что вполне понятно и естественно. а дальше - барьер, связанный с появлением многоклеточности и герминативных клеток. Кстати, в одной статей из гугля это и написано черным по белому - хотя сама статья посвящена переносу генов от бактерий к жгутиковым.
Я все время думаю, что что-то крутое я пропустил - хотя и PubMed, и Google шерстил неоднократно по разным ключевым словам.
В общем вывод простой - HGT не играет существенной роли в эволюции многоклеточных эукариот.
Цитата: "Питер"Увы и ах - но ситуация остается прежней, максимум HGT в сколь нибудь заментянх масштабах имеет место только в одноклеточных эукариотах. Что вполне понятно и естественно. а дальше - барьер, связанный с появлением многоклеточности и герминативных клеток. Кстати, в одной статей из гугля это и написано черным по белому - хотя сама статья посвящена переносу генов от бактерий к жгутиковым.
Я все время думаю, что что-то крутое я пропустил - хотя и PubMed, и Google шерстил неоднократно по разным ключевым словам.
В общем вывод простой - HGT не играет существенной роли в эволюции многоклеточных эукариот.
Ну что же, добавим немного огонька. :wink:
Как насчёт вот этой ссылки о факте HGT у многоклеточных эукариот?
http://www.cbio.ru/v5/modules/news/article.php?storyid=1682
Цитата: "Комбинатор"Цитата: "Питер"Увы и ах - но ситуация остается прежней, максимум HGT в сколь нибудь заментянх масштабах имеет место только в одноклеточных эукариотах. Что вполне понятно и естественно. а дальше - барьер, связанный с появлением многоклеточности и герминативных клеток. Кстати, в одной статей из гугля это и написано черным по белому - хотя сама статья посвящена переносу генов от бактерий к жгутиковым.
Я все время думаю, что что-то крутое я пропустил - хотя и PubMed, и Google шерстил неоднократно по разным ключевым словам.
В общем вывод простой - HGT не играет существенной роли в эволюции многоклеточных эукариот.
Ну что же, добавим немного огонька. :wink:
Как насчёт вот этой ссылки о факте HGT у многоклеточных эукариот?
http://www.cbio.ru/v5/modules/news/article.php?storyid=1682
Таки и там нет переноса гена - есть движение транспозонов. Плюс к этому данные именно в пользу переноса не выглядят 100%. Так, если етть именно перенос - то сиквенсы должны сохраняться на всей протяженнсоти транспозона. На деле там ситуация не такова - есть очень консервативный кусок (ген Mut A) и есть фланки с низкой гомологией. И общая гомология на весь транспозон - 58%. А по Mut A - в районе 90.
Вот вам ссылка про перенос у эукариот:
http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/full/18/10/1952
(Не пугайтесь это статья 2001 года, а не 1952)
А про перенос генов от прокариот к эукариотам ссылок - море. А поскольку гены могут совершать подобные путишествия, то возможны скачки: эукариоты - прокариоты - эукариоты. Так что, видимо, геномы даже многоклеточных эукариот и даже в рамках биосферы в целом - штука довольно подвижная.
И опять транспозон. Про гены можно ?
При определённой комбинации два транспозона могут сработать как один, а между ними могут быть и гены. То есть, если есть перном транспозонов, то может и быть и обычных генов. Ссылки поищу.
Это вряд ли - еси мы говорим от транспозонах эукариот. Механизм не тот. А встроить ген внутрь транспозона - то тоже фантастика.
Не внутрь транспозона, во между ними и вся эта конструкция транспозируестя, поскольку белки, делающие это "думают", что имеют дело с началом и концом одного транспозона.
Нет. Он по LTR вырежется и все. И будут два транспозона жить абсолютно независимо. Для этого надо сначала в середину одного транспозона ген встроить. Но закавыка в том. что это обычно портит сам транспозон и он перестает быть таковым.
единственный случай доказаный у эукариот
http://ec.asm.org/cgi/content/full/4/6/1102
Честно говоря в данном вопросе не вижу принципиальной разницы между переносом транспозона и собствено гена: и в том и в другом случае необходимо перетащить участок ДНК от одно организма к другому. Перносы транспозонов говорят о том, что для них герминальный барьер барьером не является, кроме того, вирус ведь тоже может оказаться и в половых клетках, и потом существует ведь и бесполое размножение у многих. Кроме того, существует масса статей о переносе генов между прокариотами и эукаритами.
Посмотрите ещё эту статью
Horizontal Transfer of Functional Nuclear Genes Between Multicellular Organisms. SK Pierce et al. 2003 (http://www.biolbull.org/cgi/reprint/204/3/237.pdf)
Может показаться не очень убедительно, правда. Новых работ на эту очень интересную тему пока не видел.
Цитата: "DNAoidea"Честно говоря в данном вопросе не вижу принципиальной разницы между переносом транспозона и собствено гена: и в том и в другом случае необходимо перетащить участок ДНК от одно организма к другому. Перносы транспозонов говорят о том, что для них герминальный барьер барьером не является, кроме того, вирус ведь тоже может оказаться и в половых клетках, и потом существует ведь и бесполое размножение у многих. Кроме того, существует масса статей о переносе генов между прокариотами и эукаритами.
Принципиальная разница есть.
Для переноса гена между двумя транспозонами надо:
- чтобы два траспозона попали в один участок генома в одной ориентации на не очень большом расстоянии друг от друга
- чтобы произошли мутации в двух IS элементах двух транспозонов - чтобы только по одному IS в каждом транспозоне были активны.
Слишком много если. Плюс все равно транспозоны достаточно видо- и родоспецифичны.
Фералис, статья о переносе гена от прокариот к эукариотам.
Вторая статья (ссылка ниже) сделана методически очень грязно и ничего не доказывает.
На самом деле надо еще привести в порядок и определиться о чем мы говорим. Все-таки транпозоны классические, ретротранспозоны и эндогенные ретровирусы настолько разные по своей структуре и биологии, что всегда надо четко указывать, о чем речь.
Цитата: "Питер"Принципиальная разница есть.
Для переноса гена между двумя транспозонами надо:
- чтобы два траспозона попали в один участок генома в одной ориентации на не очень большом расстоянии друг от друга
- чтобы произошли мутации в двух IS элементах двух транспозонов - чтобы только по одному IS в каждом транспозоне были активны.
Слишком много если. Плюс все равно транспозоны достаточно видо- и родоспецифичны.
Мутаций может и не быть - просто белки, которые их цепляют могут не заметить этих участков - это можетбыть чистой случайностью, поскольку ничего не происходит с точностью на 100%. Кроме того е"если" очень много для того, чтобы может увидеть такое в пробирке или на чашке, но не для эволюции - где в запасе почти вечность и велкие множество попыток. (в отличае от экспирементаторов). Думаю, вероятность этого события не так уж и мала и вполне сравнима с вероятностями "обычных" мутаций.
Может и не быть - но вероятность проскока одного из повторов очень мала. А насчет чашек ... Знаете, вызвать мутации облучением. химией или )в случае транспозонов у дрозофилы) инсерцией Р-элемента много проще, чем ждать их просто пересевая культуру с чашки на чашку.
Проще - не спорю (так все делают), но тут есть одна загвоздка: если вероятность мутации слишком высока, а значимых участков ДНК у организма много (около 100 млн - что типично для многоклеточных), то может так получится, что организм будет нести сразу кучу мутаций и потому окажется нежинеспособным.
А какова вероятность проскока одного из повторов?
Значить море статей о переносе прокариоты-эукариоты
Я-то думаю что вычерпав из этого моря генную инженерию мы получим на дне как раз одну ссылку что я дал
веть горизонтальный перенос это процессы в дикой природе
Интересно мнение Александра ибо питер уже высказывался
полагаю что есть запрет на горизонтальный перенос эукариоты-эукариоты
и похоже дело тут в размере генома и половом процессе
Геном штука консервативная и не поломать бы частыми реформами а вот прокариоты с их массовым замором и быстрым размножением
могут перенести подобное
А что насчет случая с грибами ? Так эукариоты похоже из многих клад и кто знает зачем это исключение
А что прокариоты могут передать эукариотам?
За исключением хлоропластов и митохондрий эукариотическая клетка морфологически сложнее прокариотной но биохимически куда проще
Считается что механизмы дыхания фотосинтеза брожения метаногенеза фиксации углекислоты и азота сложились у прокариот
а эукариотическая клетка осталась на уровне биохимии сбраживателей приметивных
Зато в морфологической эволюции у эукариот быстрые измениея а у прокариот малые
Это мысли STANIER R
Да уж конечно биохически прокариотическая клетка куда разнообразнее - эукариотическая ведь не может сама ни дышать, ни фотосинтезировать, ни усваивать такие вещи как азот, метан и прочее. Но генов-то всё равно куча и есть что переносить - были бы клетки, а что переносить найдётся. Думаю, всё же, что нет запрета на пернос генов между эукариотами, а стьи не по генной инженерии, а про нахождение генов прокариот в эукаротах. По-моему нужно гуглу давать "lateral gene transfer" что в этом роде...
Я не думаю, что есть принципиальный запрет. Есть просто крайне малая вероятность такого переноса, что связано с сложной организацией эукариотической клетки. Даже в экспериментальных условиях при попытке загнать чужой ген в ядро удается получить очень низкое число клеток с введенным трансгеном. В условиях реальных нет должного титра трансгена, нет специальных условий повышения проницаемости мембран и прочая и прочая. Если брать вирусы - то там крайне ограничена возможность засунуть что-то лишнее в капсид. Можно только выкинумв что-то не очень нужное - но это уже проблема, так как это ненужное у вирусов лежит в разных участках генома.
Загнать что-то можно и выкинув у вируса всё его содержимое - он же всё равно поразить следующую клетку. Вероятность этого невелика, конечно, но ведь для эволюции много не надо.
Ежели выкинете все - он не упакуется. Даже при наличии вируса-хелпера. Есть все-таки необходимый минимум.
А как узнает, что это что-то не то, что не станет паковать? Я слышал просто про такой принцып формирования вирусных частиц "полная голова" (full head)
и даже если и не упакуется, то всё равно ведь место для переносимых генов есть.
Есть некий необходимый минимум, который нужен для узнавания вирусной ДНК или РНК белков оболочки. дальше можно паковать - но опять же до определенного предела, бо в этой самой голове место не бесконечно.
А, ну да... Но всё равно достоанчо, особенно если вирус ретро.
Возможно перенос генов от эукариот к эукариотам идет как-то необычно
Вот например онкогены
подвесил кусок из книги все тех же Сингер и Берга
Как видите перенос есть
На другом снимке показано как один ретровирус ведет себя в клетках разных отрядов зверей
У мышей он вызывает рак а у приматов лизис клетки
как много мы не знаем
Кстати если вирусы и произошли из клеток то это были до-эукариотные времена
И наконец третий файл это отчасти ответ тем кто считает что имей мы под рукой набор обломков генома соматических клеток вымерших животных то могли б их воссоздать
На этом пути есть трудности и все клонированые звери имеют проблемы со здоровьем
пока мы в начале пути
С ростом сложности генома (я имею в виду не размер генома и не число генов, а сложность генно-регуляторных сетей и т.п.) снижается выгодность обмена генами с неродственными организмами. Что такое вообще латеральный перенос? Когда цианобактерия получает пару генов от кишечной палочки - это латеральный перенос, а когда китаец женится на француженке - то нет, так ведь? а ведь это все условно. Что такое вид у прокариот? Сложно сказать. Прокариоты тоже обмениваются генами не безвыборочно со всеми подряд: предпочитают все-таки "своих". И сохраняют собственную идентичность, несмотря ни на что.
У эукариот просто эта межорганизменная рекомбинация более упорядочена и подконтрольна, осуществляется при помощи полового процесса. Кластеры особей с наиболее легко идущей межорганизменной рекомбинацией мы называем видами. У прокариот такие кластеры более размыты. Это количественные различия в большей степени, чем качественные.
Эукариоты многое могут получить от прокариот, но гораздо эффективнее и проще не гены у них заимствовать, а целых бактерий брать в симбионты. http://elementy.ru/news/430331
Это было одно из главных, ключевых преимуществ первых эукариот - способность приобретать симбионтов. На первых порах гены симбионтов быстро переносились в центральный геном, но потом это затормозилось, т.к. сформировалось нечто очень удачное, и дальнейшие грубые изменения стали невыгодны.
А запрета на перенос между разными эукариотами думаю, что нет. Межвидовая гибридизация - это раз. Потом, есть бактерии (Agrobacterium tumefaciens) которые являются природными генными инженерами. Они вводят свои гены в растительные клетки, чтобы заставить их образовывать разрастания - опухоли. На этой агробактерии вся генная инженерия растений строится.
А поскольку сами прокариоты могут легко заимствовать гены у эукариот (например, родственники агробактерии - паразитические альфапротеобактерии риккетсиевые заимствовали гены белков с анкириновыми повторами, регуляторы белок-белковых взаимодействий) - то через таких природных генных инженеров, как агробактерия, гены одних видов эукариот могут иногда, очень тонкой струйкой, перетекать к другим видам.
Палеоботаник В.А.Красилов считает что такие штуки могли сыграть большую роль в эволюции покрытосеменных. Например, он говорит, некоторые болезненные разрастания на листьях мезозойских голосеменных очень похожи на примитивные плодолистики или что-то в этом роде.
Про ОЧЕНЬ тоненькую струйку - это важно. Реально это даже и не струйка, а капли. Видимо, их разме у прокариот достаточно большой. У растений - маленький. А у многоклеточных животных - совсем маленький.
Латеральный перенос генов и геномов мог играть важную роль в раннней эволюции - но чем дальше. тем меньше его роль.
меньше - согласен, но всё же некая "циркуляия" по всей биосфере включая всех её организмов, есть. У кого-то, больше, у кого-то меньше...
<И сохраняют собственную идентичность, несмотря ни на что.>
Ну это просто
Есть экологическая ниша и к ней соответственно фенотип а что в нишу не вписывается то вырубается методом прокруста
т е естественного отбора
<Эукариоты многое могут получить от прокариот>
Если я не ошибаюсь вид если он не вымер то значить благоденствует в этой своей нише
и вот получает некая особь ген который позволяет понятно нечто более
Это уже выход из ниши и для прокариот пожалуй видообразование
Надо лишь правильный перенос сделать но у природы и времени и особей вдосталь
а вот у эукариот да еще многоклеточных?
Генная инженерия переносит гены без регуляторных участков
В этой регуляции похоже и секрет редкости переноса
Геному сия новация в виде нового гена незачем да и управлять геном как?
Думаю тут первым делом за дело берется естественный отбор
А вот симбиозы у эукариот дело обычное как и сообщества
Кстати сотрудничество зверей и кишечной палочки это скорее сообщество
а те прокариоты что живут в рубце коровы они еще и перевариваются сама корова
травой лишь кормит квартирантов точно домашних....прокариот
А тут на форуме поражались муравьям кормящих грибы нарезаными листьями
Да структурные гены приходится синтезировать для инженерии либо получать как ДНК копии с и-РНК
Не могут эти гены сами функционировать без регуляторных участков и функциональность рек-ДНК дает вектор где все и записано
Питер
перед мной 3 тома Вирусологии
Вирус не только может захватывать кусок днк хозяина но и на 100 процентов быть заполненыего днк его
Это псевдовирионы
Вирус часто и кажется все вирусы образуют дефектные частици с недостатком до более чем 90 процентов нук-пар вируса
а что до размеров оболочки то она как я понял резиновая в смысле размера
Бывает два вируса одновременно в одной клетке и при капсуляции образуют гибриды генные
а иногда содержимое одного вируса одевается оболочкой другово
и только при повторном заражении новое поколение получает свою оболочку
Дефектные вирусы не тужат и делать их дело помогают например вирусы-помошники у которых набор полный
"а что до размеров оболочки то она как я понял резиновая в смысле размера"
Это как? Ведь у тех, у кого она белковая - так отдельные её субъединицы так подогнаны друг ко другу, что ни прибвать ни убавить. А вообще конечно - думается это не так редко бывает, что вирус хватает не своё. Вирусов-то много из одной клетки образуется...
а это как ген без руляторной области? Что толку с того? Обычно пихают его под заданный промотор - а то затея потеряет смысл. Порой, конечно, без тонкостей типа там энхансеров или только с так называемым кор-промотором (то есть только тем, что позволяет инициировать транскрипцию), но бывает и что и с "прибабахами".
конечно, чем более сложна регуляция, тем меньше вероятность того, что принесённый ген придётся "ко двору", но всё же не факт что никогда... кроме тоо, он может стать псевдогеном, а там вдруг чего произойдёт (к примеру из-за "фокусов" транспозонов) и нужный энхансер на месте окажется. На счёт отбора согласен - он и является "стражем идентичности".
Кстати, у коров, всё-таки в основном не бактерии, а жгутиконосцы. А чем занимательны муравьи с грибами и листьями? Та же агрикультура...
Да, Фералис, где эта ссылка на ген, очень отличающийся у человека и шимпанзе. Не могу вспомнить где это было... (а надо)
DNAoidea
Снимите с полки БЭС и прочтите статью генная инженерия
Там очень кратко а то у меня книга 650 страниц-долго пересказывать
Да и мой пересказ выше вы видно не прочли внимательно
Как я понял костюмчик подгоняется по крайней мере иногда по содержимому хотя у некоторый вирусов капсула готовиться за полчаса до содержимого
Да кирпичики оболочки плотненько подогнаны вот только домик размером разный почему-то
А уж проэктов оболочек у вирусов не менее чем содержимого разнообразие
Вообще советую прочесть первый том вирусологии-там общий обзор а далее уже детальный разбор вирусов в 2-3 томах
конечно пора переписывать уже тома но я смотрел недавние книги с названием вирусология
Нет не тянут до уровня этого трехтомника
У каждого 2вида" вирусов капсид опредлённого и размера и формы. А в генной инженерии вставляют ген в плазмид, обычно вовнутрь гена, имеющегося на этом плазмиде, но ген этот имеет и промотор тоже на плазмиде. Если пихать голую рамку считывания то эффект будет нулевым - ведь даже РНК не получится.
о вирусах
применение агробактерий для генной инженерии
окончание
feralis - но ведь на тех страницах, которые вы отсканировали не говорится о том, что именно вставляют в плазмиду, там идёт речь о том как устроен сам векторо, но не что именно он несёт. Что он несёт - это другая тема.
Насчёт вирусов - вполне может быть что не у всех вирусов размер строго опредлён.
Фералис, я давно так не смеялся. Вы пытаетесь доказать, что в вирус можно засунуть кусок чужеродной ДНК любой длины, эффективно его упаковать и после этого также эффективно перенести встроенный материал в клетку (организм)-реципиент ?
Слушайте, сделайте это - и вам дадут Нобеля.
А если серьезно - невозможно упаковать в вирусную облочку фрагмент ДНК произвольной длины. Это во-первых. Во-вторых, вектор с чужерожным материалом (неважно какой - плазмидный, космидный, аденовирусный, далее везде) очень сложно засунуть в клетку-мишень. В-третьих, очень сложно добиться стабильной интеграции введенного трансгена в организме хозяина. В-четвертых, очень сложно обеспечить его адекватную экспрессию в нужном месте и в нужное время. Вы когнда-нибудь руками занимались чем-то подобным ?
Если нет - попробуйте, получите массу странных проблем. И если решите их и сделаете универсальную простую систему доставки - то точно получите Нобеля.
питер
вы своим смехом отвлекаете меня от написания нобелевской лекции\шутка конечно\
Берг в своей книге сразу говарит что все эти описания опытов схематичны и не есть руководство
Вы трижды упомянули слово сложно
А веть верно сложно под лежачий камень и воде......
а Берг свою нобелевскую уже получил и буть просто то ее б и не давали
насчет намериния засунуть в вирус произвольный кусок днк
Берг как раз массу страниц посвящает описанию подготовки плазмид космид фазмид
описывает почему в одни носители можно вставлять большие куски а в др малые
и почему в фаг где полный геном 48500 пар нукл днк должна быть от 38000 до 52000 пар н-для упаковки
Что и как вырезают
Кстати вставка произвольной длины безсмысленна
Вы просто сели в лужу разговаривая с DNAoidea о вирусах
А когда я поправил решили спасти репутацию ругая
Я ж никогда отсебятину не несу а что пишу сверяю с серьезным источником
Да попытайтесь решить проблему искуственной регуляции в геноме и Нобель вам обеспечен
А потому изучайте мобильные элементы
DNAoidea
Файлы о генной инженерии предназначались вообще то не вам просто есть и личная переписка
а подвесия я их тут для всех кому интересно
Для вас логично было б описать вектор на основе вируса
Еще считаю что генную инженерию и горизонтальный перенос надо развести
И потому фотки эти и подвесил
Чего чего ? И где это я в лужу сел ?
Насчет развести генетическую инженерию и горизонтальный перенос. Во-первых, горизонтальный перенос и есть природная генетическая инженерия. Во-вторых, изучение возможностей генетической инженерии в лабораторных условиях как раз реально показывает, насколько возможен процесс природной генетической инженерии.
Мы опять приходим все ктому же - к примерам природной генетической инженерии с латеральным переносом генов. У животных. Они есть или нет ? Я честно не знаю ни одного.
Когда начались пересадки генов в 70гг здорово боялись что искуственные монстры вызовут экстраординарные последствия
а теперь через 30 лет нашли один лишь случай переноса к дрожжам
Вы отмахнулись тогда от моей ссылки как от надоевшей мухи
А может вам надо перенос от обезьяны к человеку?
я ссылок таких не встречал да и дело вроде наказуемое
Может DNAoidea поможет мне с сылками по переносу от прокариот к эукариотам а то я с ног сбился искать
Я правда полагаю что запрет на перенос генов к эукариотам и среди них имеет причиной сложность регуляторных связей в геноме
Ну как преодолеть эти регуляторы?
Чесно говоря обьяснения Александра как-то притянуты
Надоб обсудить их
Они ж\регуляторы\ и ненужные пластиды выкусывают в клетке или они там в клетке растительной так и остаются на вечно?
поясните
Про выкусывание трансбозонов читал но без подробностей хотя и понятно что как и почему неизвестно
Питер
Так вот вся эта сложная инженерия с подготовкой векторов вставок с их липкими и тупыми концами и показывает что
приходится преодолевать не какие-то препятствия а как шахтерам буравить сплошняк
Это у эукариот
У прокариот как дела -обещали скоро материалы подбросить
Но вроде там проще куда проще
Да Питер
Вы ж сами себе противоречите говоря о лаболаторной генной инженерии как модели природного переноса
Так где они эти природные переносы?Сами ж говарите что не знаете ни одного
Конечно отдельные гаечки\винтики естественные но машина-то собрана вполне искуственная и в природе такой нет
Питер
у меня к вам вопросы будут раз такой вы знающий но это потом
Александр
Когда вы задавали свои вопросы на теме о транспозонах то проявили такие знания терминологии что я и подумал что вы просто нас экзаменуете
Но это я наверное не понял просто а то листая Берга подумал что тут-то ответы выложены и вроде даже мне понятным языком
Я помолчу на той теме а на этой сам поспрашиваю
Вектор на основе вируса? Ну вот примерно так выглядит: берём вирус, вырезаем у него те гены, которые вырезают его из хромосомы, вместо них пихаем нужные нам гены, потом видимо надо это всё размжить на культуре клеток вместе с вирусом-хелпером и с этого взять вирусы (среди которых есть и дефектные - с нужным нам геном) и заразить ими нужные организмы - часть из них будут содержать нужный нам ген. А вот если речь идёт о генной терапии, то здесь сложнее получается...
ссылки поищу
Фералис, как раз проблемы геноо-инженерного переноса трансгена очень хорошо показывают, насколько сложно загнать ген в чужой организм в природных условиях.
Устроить трудно, но и получить мутацию в нужном месте тоже не просто, а уж сделать такую вещь как удвоение гена или экзана, к примеру, думаю, совсем тяжело. И тем не менее в эволюции примеров на то полно. Вот, кстати, нарыл пару ссылок (искал через гугл по словам eukaryotes"lateral gene transfer") :
http://www.pnas.org/cgi/content/full/100/13/7419
http://www.ingentaconnect.com/search/expand?pub=infobike://urban/581/2001/00000152/00000003/art00059&unc=
Вторая кроме абстракта ничего не даёт, но и так довольно ясно. Кстати, вот что пишут про перенос между эукариотами:
"Transfers between eukaryotes also occur, mainly into larger phagotrophic eukaryotes that ingest eukaryotic cells, but also between plant lineages. These findings have implications for eukaryotic genomic research in general, and studies of the origin and phylogeny of eukaryotes in particular."
Вот ссылка:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&list_uids=15761667&dopt=Abstract
К сожалению только абстракт...
Третья статья -- в моем архиве (misc). Автор насчитывает 35 случаев, я могу добавить туда еще несколько им не учтенных (среди растений).
А вот и про растения (feralis, Вам везет, обзоры по этой теме появляются как грибы):
http://jxb.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/erl148v1
Еще 15 случаев. Полный текст статьи -- там же.
Обратите внимание на две вещи. Первое. Чем сложнее устроен организм - тем меньше вклада LGT в эволюцию. Посмотрите на ссылку в PubMed. Второе. Никаих транспозонов, ретротранспозонов при этом нет - фагоцитировали чужую клетку, недопереварили - встроили кусок ДНК в геном (ссылочка на PNAS).
А растения я для себя всегда выношу за скобки - просто в генетике растений я не специалист.
И еще одно. Хромоцентр, я не понял - как связаны между собой LGT, мутации и ду пликации экзонов\генов ?
Цитата: "plantago"Третья статья -- в моем архиве (misc). Автор насчитывает 35 случаев, я могу добавить туда еще несколько им не учтенных (среди растений).
А вот и про растения (feralis, Вам везет, обзоры по этой теме появляются как грибы):
http://jxb.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/erl126v1
Еще 15 случаев. Полный текст статьи -- там же.
Плантаго, или я тупой - или вы ошиблись с сылкой. Прочитал статью и не наел ни слова про горизонтальный перенос. Я еще раз говорю что плохо знаю все что касется ботаники - может быть, эти flower like terminal structure и есть у очень удаленных в эволюционном плане вилов, но причем здесь LGT ?
Oops.. Ошибся ссылкой, извините. Это тоже интересная, кстати ;) но не по теме.
Правильная ссылка:
http://jxb.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/erl148v1
Два ключевых слова - митохондрии и паразитизм. Ядерный геном остается интактным.
А что такое LGT? Что-то в ссылках, которые я давал такого нет... Питер и чем вам так не нравится горизонтальный перенос генов у Эукариот?
P. S. Единственое, что приходит в голову насчёт того, что такое LGT - это lateral gene transfer, но по-моему об этом мы как раз и говорим тут...
Спасибо за ссылки
Я их вчерно глянул но уже сейчас могу сказать что все не по теме
А потому надо сформулировать что есть горизонтпльная передача гена
Во первых
Все связанное с половым размножением есть вертикальная передача
Эта тема сама сложна и требует отдельного разговора
ВО ВТОРЫХ
пЕРЕДАЧА ГЕНОВ ОТ ХЛОРОПЛАСТОВ В ЯДРО ИЛИ МИТОХОНДРИИ подходит под определение горизонтальной передачи
НО эта тема на форуме уже обсуждалась а потому отбросим
Словом обсуждаем мы передачу от ядра к ядру
Но и фагоцитоз не годится ибо не передается по наследству т е по менделю приобретение
И паразитическая агробактерия тоже самое
Ну вот и отмел я все ваши ссылки
Плантаго вы можете нам помочь
вот ознакомьтесь с статьей в Вики http://en.wikipedia.org/wiki/Horizontal_gene_transfer
Там есть ссылка на Scientific American
я пытался получить статьи оттуда через Мобилот но увы видно популярными журналами там небогаты
Все ж через коллег в штатах вы можете наверное скачать статейки
Берг кстати дает в своей книге ссылки на этот журнал т е считает его достойным
Постарайтесь однако и форумчане будут вам благодарны
Неужели в Штатах их ваших знакомых никто его не читает и не поделится?
Питер
я тут подвесил несколько фото страниц иллюстрирующих что синтез инсулина естественный
весьма отличен от синтеза путем генной инженерии
Это две большие разници
В природе проинсулина молекула кодируется одним геном а потом отрезается лишнее
Кроме того искусттвенный инсулин эффективнее естественного из за легких правок в
молекуле
я конечно согласен с вами что генная инженерия и горизонтальный перенос имеют общую основу
Но я хочу сказать что это не одно и тоже
В природе делается несколько иначе
Берг веть недаром избегает самих слов этих Генная инженерия о чем и говарит в конце своего двухтомника
Да я сам не без ляпов
как-то упоминул что вирус переносит онкоген
Но это не горизонтальная передача строго говаря ибо вирус может вырезаться да еще с лизисом
Хотя тут и есть передача по вертикали гена
Словом ген должен остаться тогда и будет передача
Я тут еще файлик подвесил о потере пластид если их ген клетке не нужен т е и тут все управляемо
Хромоцентр
Точечная мутация пока фантастика
Удвоение экзона думаю незачем
а вот аплификация гена без проблем и в природе и в пробирке
Я сейчас тоже завален пришедшими материалами так что извините если редко
буду реагировать на ваши ответы
Тема сложная надо работать а уж потом писать
потеря трудов генных инженеров
Точечная мутация фантастика??? Почему? Удвоение экзона - в принцыпе ни к чему, но вообще мало ли что за задача может стоять? А почему после фагоцитоза ген не может передатья дальнейшим поколениям?
Цитата: "feralis"
Плантаго вы можете нам помочь
вот ознакомьтесь с статьей в Вики http://en.wikipedia.org/wiki/Horizontal_gene_transfer
Там есть ссылка на Scientific American
я пытался получить статьи оттуда через Мобилот но увы видно популярными журналами там небогаты
Все ж через коллег в штатах вы можете наверное скачать статейки
Берг кстати дает в своей книге ссылки на этот журнал т е считает его достойным
Постарайтесь однако и форумчане будут вам благодарны
Неужели в Штатах их ваших знакомых никто его не читает и не поделится?
Искал я эту статью по журналам, нашел версию без картинок, даже PDF сделал, а потом увидел, что полная версия лежит в сети -- http://shiva.msu.montana.edu/courses/mb437_537_2004_fall/docs/uprooting.pdf
Найти по Google элементарно. Зачем время отнимать, feralis?
Сам W. Ford Doolittle эту статью даже в свой список публикаций не включает ;)
У него на сайте, кстати, много всего про H/LGT у прокариот. Сайт ищите сами ;)
Фералис, большей частью генно-инженерный инсулин - никак не модифицированный по первичной структуре инсулин человека. Да, сейчас есть и модифицированные варианты - но пока они в клинику еще не введены.
Я могу еще добавить по поводу отличий. Например, природный инсулин гликозилирован. А генно-инженерный - нет. Правда, гликозилирование сильно не влияет на функцию инсулина.
Когда я говарил о фантастичности точечных мутаций то имел ввиду прицельное попадание в точку в геноме
а не замену случайного нуклеотида
Вот научимся регуляции геномной тогда мутации управляемы
Но то лет через 9
Насчет апплификации экзонов
Это пример образования новых генов что пока искуственно в эукариотах тоже дело будущего
веть дополнительный экзон вызовет изменения в кодируемом белке
Почему ген поглощенный фагоцитозом не передается по вертикали?
А геном разве знает что в нем прибавка?
как в случае с агробактерией так и тут
Вот аналогия с установкой программ компьютерных
если просто скопировать в нужную папку программу с др компьютера то программа не будет работать-ее надо прописать
Вообще установка это процесс интеграции программы в оперативную систему управляющую компьютером
геном эукариот мозаичный и все там зарегулировано и оперонов нет как у прокариот
А генная инженерия она на кишечной палочке пашет
Я веть недаром разводил генную инженерию и естественный перенос
Хотел показать разницу
веть у эукариот вставленный ген доолжен быть когда надо экспресирован а когда определяют др гены
Это у прокариот есть конвеер оперона
Я сейчас изучаю Введение в генетику грибов
ю т Дьяков а в Шнырева А Ю Сергеев 2005 г
Решил интересные обобщения последние о интронах вывесить оттуда на форум
кстати пока у меня не сложилось впечатление что авторы считают
грибы жизненной формой
а это кто-то на форуме обронил
продолжение
окончание