Цитата: aevin от июля 10, 2015, 11:05:41
Что, и на фенотипическом уровне тоже?
Таки да
http://freethoughtblogs.com/pharyngula/2014/02/13/both-wrong/ Most evolution is neutral or non-adaptive. There is a constant churn of nucleotide changes in the genome. Many of them will be phenotypically neutral — synonymous changes in codons, for instance (although there are cases where codon frequency makes a difference). A subset of those changes will have phenotypic effects, and
most of those will also have no significant effect on fitness. Another subset — a fraction of a fraction — will have effects that do expose the individuals bearing them to selection. So in general, selective changes will be the minority of variation in a population.
Ну т.е. многие изменения не влияют на фенотип, а большинство из тех, который влияют, не влияют на приспособленность.
ЦитироватьНекоторые молекулярщики думают, что если одна аминокислота заменяется на близкую ей по физико-химическим свойствам, не изменяя при этом функции белка, то это и есть эволюция
Некоторые эволюционисты думают, что если они решили, что, к примеру, потеря волос у человека результат адаптивного процесса, то так и было на самом деле. Фиксация изменений через darwinian selection должна быть доказана, к примеру, через соотношение соответствующих синонимичных и значимых замен.
За это, кстати, Кунину почет и уважение: http://lenta.ru/articles/2012/11/30/koonin/ >Выражаясь языком физики, которым я люблю выражаться, мы сменили нулевую гипотезу. Теперь она состоит в том, что по умолчанию любые изменения, которые фиксируются в эволюции, являются изменениями нейтральными, что какую-либо адаптационную ценность любых изменений следует доказывать.
Это совсем не Докинз, конечно. Понятно, что такая точка зрения встретит сопротивление в определенных кругах, который привыкли объяснять розовый цвет фламинго адаптивной незаметностью на фоне закатов.
ЦитироватьТак что, возможно, гены тут вообще не релевантны. )
Это верно. Больше скажу, тут даже и вредность нерелевантна. В отличие от мифического "вреда религии", к примеру, вред курения и алкоголизма доказан, но пьют и курят.
Цитата: maxim.ge от июля 10, 2015, 11:26:05
Цитата: aevin от июля 10, 2015, 11:05:41
Что, и на фенотипическом уровне тоже?
Таки да
http://freethoughtblogs.com/pharyngula/2014/02/13/both-wrong/ Most evolution is neutral or non-adaptive. There is a constant churn of nucleotide changes in the genome. Many of them will be phenotypically neutral — synonymous changes in codons, for instance (although there are cases where codon frequency makes a difference). A subset of those changes will have phenotypic effects, and most of those will also have no significant effect on fitness. Another subset — a fraction of a fraction — will have effects that do expose the individuals bearing them to selection. So in general, selective changes will be the minority of variation in a population.
Это только философские рассуждения (из сомнительного источника), а наука обычно основывается на фактах (публикуемых в peer-reviewed журналах).
Цитата: maxim.ge от июля 10, 2015, 11:26:05
За это, кстати, Кунину почет и уважение: http://lenta.ru/articles/2012/11/30/koonin/ >Выражаясь языком физики, которым я люблю выражаться, мы сменили нулевую гипотезу. Теперь она состоит в том, что по умолчанию любые изменения, которые фиксируются в эволюции, являются изменениями нейтральными, что какую-либо адаптационную ценность любых изменений следует доказывать.
Это совсем не Докинз, конечно. Понятно, что такая точка зрения встретит сопротивление в определенных кругах, который привыкли объяснять розовый цвет фламинго адаптивной незаметностью на фоне закатов.
Понятно, что такая точка зрения не объяснит, например, возникновение глаза. Но объяснит (и то только возможно, а не факт) замену каких-нибудь бурых шерстинок на серо-бурые. А Вам что интересней?
Цитата: maxim.ge от июля 10, 2015, 11:26:05
Фиксация изменений через darwinian selection должна быть доказана, к примеру, через соотношение соответствующих синонимичных и значимых замен.
то есть, dN/dS>1?
Цитата: aevin от июля 10, 2015, 11:40:07
Это только философские рассуждения (из сомнительного источника)
Вообще-то это блог Paul Zachary "PZ" Myers (https://en.wikipedia.org/wiki/PZ_Myers), профессора биологии из UMM.
Цитироватьа наука обычно основывается на фактах (публикуемых в peer-reviewed журналах).
Я выше приводил цитату Кунина: Neutral processes constrained by purifying selection dominate evolution (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2784144/table/T1/). Разве это недостаточно peer-reviewed?
Цитата: aevin от июля 10, 2015, 11:47:23
то есть, dN/dS>1?
Типа того. Видимо, еще лучше сравнить с соотношением для внутривидового полиморфизма.
Цитата: maxim.ge от июля 10, 2015, 11:56:51
Цитата: aevin от июля 10, 2015, 11:40:07
Это только философские рассуждения (из сомнительного источника)
Вообще-то это блог Paul Zachary "PZ" Myers (https://en.wikipedia.org/wiki/PZ_Myers), профессора биологии из UMM.
Цитироватьа наука обычно основывается на фактах (публикуемых в peer-reviewed журналах).
Я выше приводил цитату Кунина: Neutral processes constrained by purifying selection dominate evolution (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2784144/table/T1/). Разве это недостаточно peer-reviewed?
Где там
факты про нейтральные
фенотипы?
Цитата: maxim.ge от июля 10, 2015, 11:57:46
Цитата: aevin от июля 10, 2015, 11:47:23
то есть, dN/dS>1?
Типа того. Видимо, еще лучше сравнить с соотношением для внутривидового полиморфизма.
Хе-хе, а dS-то не катит.
И обратите внимание на одного из авторов статьи.
-------------------------------------------------------------------------------
Mol Biol Evol. 2007 Aug;24(8 ):1821-31. Epub 2007 May 23.
Widespread positive selection in synonymous sites of mammalian genes.
Resch AM1, Carmel L, Mariño-Ramírez L, Ogurtsov AY, Shabalina SA, Rogozin IB,
Koonin EV.Evolution of protein sequences is largely governed by purifying selection, with a small fraction of proteins evolving under positive selection. The evolution at synonymous positions in protein-coding genes is not nearly as well understood, with the extent and types of selection remaining, largely, unclear. A statistical test to identify purifying and positive selection at synonymous sites in protein-coding genes was developed. The method compares the rate of evolution at synonymous sites (Ks) to that in intron sequences of the same gene after sampling the aligned intron sequences to mimic the statistical properties of coding sequences. We detected purifying selection at synonymous sites in approximately 28% of the 1,562 analyzed orthologous genes from mouse and rat, and positive selection in approximately 12% of the genes. Thus, the fraction of genes with readily detectable positive selection at synonymous sites is much greater than the fraction of genes with comparable positive selection at nonsynonymous sites, i.e., at the level of the protein sequence. Unlike other genes, the genes with positive selection at synonymous sites showed no correlation between Ks and the rate of evolution in nonsynonymous sites (Ka), indicating that evolution of synonymous sites under positive selection is decoupled from protein evolution. The genes with purifying selection at synonymous sites showed significant anticorrelation between Ks and expression level and breadth, indicating that highly expressed genes evolve slowly. The genes with positive selection at synonymous sites showed the opposite trend, i.e., highly expressed genes had, on average, higher Ks. For the genes with positive selection at synonymous sites, a significantly lower mRNA stability is predicted compared to the genes with negative selection. Thus, mRNA destabilization could be an important factor driving positive selection in nonsynonymous sites, probably, through regulation of expression at the level of mRNA degradation and, possibly, also translation rate. So, unexpectedly,
we found that positive selection at synonymous sites of mammalian genes is substantially more common than positive selection at the level of protein sequences. Positive selection at synonymous sites might act through mRNA destabilization affecting mRNA levels and translation.
Цитата: aevin от июля 10, 2015, 12:01:37
Где там факты про нейтральные фенотипы?
А что есть
факт про нейтральные
фенотип?
Это ж биоинформатики, они смотрят на соотношение замен и другие индикаторы, и отсюда делают вывод про нейтральность/адаптивность эволюционного процесса. Тут статистика на больших объемах, суждение Neutral processes constrained by purifying selection dominate evolution и есть факт высокого уровня.
Цитата: maxim.ge от июля 10, 2015, 12:10:28
Цитата: aevin от июля 10, 2015, 12:01:37
Где там факты про нейтральные фенотипы?
А что есть фактпро нейтральные фенотип?
Это ж биоинформатики, они смотрят на соотношение замен и другие индикаторы, и отсюда делают вывод про нейтральность/адаптивность эволюционного процесса. Тут статистика на больших объемах, суждение Neutral processes constrained by purifying selection dominate evolution и есть факт высокого уровня.
То есть, попросту говоря, фенотипы вообще не смотрят. Только выводы о них делают. )
Цитата: aevin от июля 10, 2015, 12:07:34
So, unexpectedly, we found that positive selection at synonymous sites of mammalian genes is substantially more common than positive selection at the level of protein sequences.
Занятно, и здесь, выходит, облом у эволюционистов...
ЦитироватьWe detected purifying selection at synonymous sites in approximately 28% of the 1,562 analyzed orthologous genes from mouse and rat, and positive selection in approximately 12% of the genes.
Ну вот на каких-то таких соображениях и основывается общий вывод про нейтральность. Т.е. только в 12% генов по данной методе обнаружен движущий отбор, в 28% - purifying selection, причем
Thus, the fraction of genes with readily detectable positive selection at synonymous sites is much greater than the fraction of genes with comparable positive selection at nonsynonymous sites. Т.е. изменения в белках вообще сплошняком неадаптивные.
ЦитироватьТо есть, попросту говоря, фенотипы вообще не смотрят.
Так а что на них смотреть, факторов, которые могут повлиять на движущий отбор - море. Это море внятному анализу не поддается, пути ЕО неисповедимы.
Вот постфактум в потолок потыкать пальцем - это да, это мы умеем.
Цитата: maxim.ge от июля 10, 2015, 12:23:11
We detected purifying selection at synonymous sites in approximately 28% of the 1,562 analyzed orthologous genes from mouse and rat, and positive selection in approximately 12% of the genes.
Ну вот на каких-то таких соображениях и основывается общий вывод про нейтральность. Т.е. только в 12% генов по данной методе обнаружен движущий отбор, в 28% - purifying selection, причем Thus, the fraction of genes with readily detectable positive selection at synonymous sites is much greater than the fraction of genes with comparable positive selection at nonsynonymous sites. Т.е. изменения в белках вообще сплошняком неадаптивные.
Ага. И не влияют на фенотип.
Цитата: maxim.ge от июля 10, 2015, 12:23:11
Вот постфактум в потолок потыкать пальцем - это да, это мы умеем.
Конечно, можно сказать, что глаз возник случайным образом. И даже принять это за нуль-гипотезу. Это ведь не то, что тыкать пальцем в потолок. И креационисты будут рады.
А вот и результаты теста по полиморфизму. Консервативные сайты ведь самые важные в функциональном смысле. А раньше-то считали, что чем ниже dN/dS, тем менее адаптивна эволюция белка.
-------------------------------------------------------------------------------------------------------
Proc Biol Sci. 2012 Sep 7;279(1742):3409-17. doi: 10.1098/rspb.2012.0776. Epub 2012 Jun 6.
Major role of positive selection in the evolution of conservative segments of Drosophila proteins.
Bazykin GA1, Kondrashov AS.
Slow evolution of conservative segments of coding and non-coding DNA is caused by the action of negative selection, which removes new mutations. However, the mode of selection that affects the few substitutions that do occur within such segments remains unclear. Here, we show that the fraction of allele replacements that were driven by positive selection, and the strength of this selection, is the highest within the conservative segments of Drosophila protein-coding genes. The McDonald-Kreitman test, applied to the data on variation in Drosophila melanogaster and in Drosophila simulans, indicates that within the most conservative protein segments, approximately 72 per cent (approx. 80%) of allele replacements were driven by positive selection, as opposed to only approximately 44 per cent (approx. 53%) at rapidly evolving segments. Data on multiple non-synonymous substitutions at a codon lead to the same conclusion and additionally indicate that positive selection driving allele replacements at conservative sites is the strongest, as it accelerates evolution by a factor of approximately 40, as opposed to a factor of approximately 5 at rapidly evolving sites. Thus, random drift plays only a minor role in the evolution of conservative DNA segments, and those relatively rare allele replacements that occur within such segments are mostly driven by substantial positive selection.
Цитата: aevin от июля 10, 2015, 12:49:27
Ага. И не влияют на фенотип.
1) Это в каком рецензируемом источнике написано?
2) С чего вдруг белок не входит в фенотип?
ЦитироватьКонечно, можно сказать, что глаз возник случайным образом.
Ну почему случайным. Допустим, распространение генотипов по генотипическому пространству случайно, но построение генотипа по фенотипу вовсе не случайно, а закономерно.
Q: почему появился генотип павлина?
A: в результате случайных процессов
Q: почему у павлина такое перо и глаз?
A: потому что таков онтогенез по данной области пространства генотипов
Цитата: aevin от июля 10, 2015, 12:56:11
А вот и результаты теста по полиморфизму. Консервативные сайты ведь самые важные в функциональном смысле. А раньше-то считали, что чем ниже dN/dS, тем менее адаптивна эволюция белка.
1) Не очень понятно, как цитируемый далее текст связан с dN/dS
2) Выражение "Консервативные сайты ведь самые важные в функциональном смысле" лишено квантифицируемого смысла
Цитата: maxim.ge от июля 10, 2015, 13:04:25
но построение генотипа по фенотипу вовсе не случайно, а закономерно.
Пардон, конечно, построение фенотипа по генотипу.
Цитата: maxim.ge от июля 10, 2015, 13:08:48
Цитата: aevin от июля 10, 2015, 12:56:11
А вот и результаты теста по полиморфизму. Консервативные сайты ведь самые важные в функциональном смысле. А раньше-то считали, что чем ниже dN/dS, тем менее адаптивна эволюция белка.
1) Не очень понятно, как цитируемый далее текст связан с dN/dS
Раньше считали, что только если dN/dS>1, то это адаптивные мутации (а таких обычно всего несколько десятков генов на геном). А эта статья показала, что чем ниже dN/dS, тем более вероятно, что мутации закрепились адаптивно. И цифры в статье - 50-80% адаптивных мутаций, а не 20%.
Цитата: maxim.ge от июля 10, 2015, 13:23:13
Цитата: maxim.ge от июля 10, 2015, 13:04:25
но построение генотипа по фенотипу вовсе не случайно, а закономерно.
Пардон, конечно, построение фенотипа по генотипу.
Так и не понял, что нейтралисты ответят на вопрос, в результате каких мутаций (адаптивных или нейтральных) появился глаз?
Цитата: maxim.ge от июля 10, 2015, 13:04:25
2) С чего вдруг белок не входит в фенотип?
Если его третичная структура и функция практически не изменились (а так обычно и бывает в результате нейтральных аминокислотных замен), то можно считать, что фенотип не изменился.
Цитата: aevin от июля 10, 2015, 14:54:42
А эта статья показала, что чем ниже dN/dS, тем более вероятно, что мутации закрепились адаптивно.
Нельзя ли конкретно указать, где про это написано в статье?
ЦитироватьТак и не понял, что нейтралисты ответят на вопрос, в результате каких мутаций (адаптивных или нейтральных) появился глаз?
Глаз появляется не в результате мутаций, а в результате онтогенеза в конкретной области генетического пространства, мутация - предыдущее звено в причинно-следственной цепи.
1) генотип LUCA + мутации -> смещение от LUCA в точку Генотип87912
2) В точке Генотип87912 онтогенез строит организм с глазом
Т.е. почему у организма с Генотип87912 имеется глаз? Потому что таков онтогенез в этой точке.
В другой точке - другой организм. Т.е. по сути от LUCA происходит Большой Биологический Взрыв по генетическому пространству, а онтогенез рисует по нему фенотипическое пространство.
Цитата: aevin от июля 10, 2015, 15:01:35
Если его третичная структура и функция практически не изменились (а так обычно и бывает в результате нейтральных аминокислотных замен)...
Речь-то шла про неадаптивность замен в nonsynonymous sites.
Цитата: maxim.ge от июля 10, 2015, 15:16:22
Цитата: aevin от июля 10, 2015, 14:54:42
А эта статья показала, что чем ниже dN/dS, тем более вероятно, что мутации закрепились адаптивно.
Нельзя ли конкретно указать, где про это написано в статье?
Proc Biol Sci. 2012 Sep 7;279(1742):3409-17. doi: 10.1098/rspb.2012.0776. Epub 2012 Jun 6.
Major role of positive selection in the evolution of conservative segments of Drosophila proteins.
Bazykin GA1, Kondrashov AS.
Slow evolution of conservative segments of coding and non-coding DNA is caused by the action of negative selection, which removes new mutations. However, the mode of selection that affects the few substitutions that do occur within such segments remains unclear. Here, we show that the fraction of allele replacements that were driven by positive selection, and the strength of this selection, is the highest within the conservative segments of Drosophila protein-coding genes. The McDonald-Kreitman test, applied to the data on variation in Drosophila melanogaster and in Drosophila simulans, indicates that
within the most conservative protein segments, approximately 72 per cent (approx. 80%) of allele replacements were driven by positive selection, as opposed to only approximately 44 per cent (approx. 53%) at rapidly evolving segments. Data on multiple non-synonymous substitutions at a codon lead to the same conclusion and additionally indicate that
positive selection driving allele replacements at conservative sites is the strongest, as it accelerates evolution by a factor of approximately 40, as opposed to a factor of approximately 5 at rapidly evolving sites. Thus, random drift plays only a minor role in the evolution of conservative DNA segments, and those relatively rare allele replacements that occur within such segments are mostly driven by substantial positive selection.
Цитата: maxim.ge от июля 10, 2015, 15:20:39
Цитата: aevin от июля 10, 2015, 15:01:35
Если его третичная структура и функция практически не изменились (а так обычно и бывает в результате нейтральных аминокислотных замен)...
Речь-то шла про неадаптивность замен в nonsynonymous sites.
Это тоже самое.
Цитата: maxim.ge от июля 10, 2015, 15:16:22
Цитата: aevin от июля 10, 2015, 14:54:42
Так и не понял, что нейтралисты ответят на вопрос, в результате каких мутаций (адаптивных или нейтральных) появился глаз?
Глаз появляется не в результате мутаций, а в результате онтогенеза в конкретной области генетического пространства, мутация - предыдущее звено в причинно-следственной цепи.
1) генотип LUCA + мутации -> смещение от LUCA в точку Генотип87912
2) В точке Генотип87912 онтогенез строит организм с глазом
В другой точке - другой организм. Т.е. по сути от LUCA происходит Большой Биологический Взрыв по генетическому пространству, а онтогенез рисует по нему фенотипическое пространство.
Ну, не хотите отвечать по человечески, и не надо.
Цитата: aevin от июля 10, 2015, 15:21:27
...
Так тут речь о том, что роль движущего отбора в консервативных сегментах больше, чем в "либеральных".
Про dn/dS тут ничего не сказано, тем более, что, как выяснилось ранее, dS более подвержено отбору, чем dN.
Цитата: aevin от июля 10, 2015, 15:24:21
Ну, не хотите отвечать по человечески, и не надо.
А чем плох ответ? Формулу
генотип + внешняя среда + случайные изменения → фенотиппридумал не я. Равно как и гено-фено пространства.
Цитата: maxim.ge от июля 10, 2015, 15:27:08
Цитата: aevin от июля 10, 2015, 15:21:27
...
Так тут речь о том, что роль движущего отбора в консервативных сегментах больше, чем в "либеральных".
Про dn/dS тут ничего не сказано, тем более, что, как выяснилось ранее, dS более подвержено отбору, чем dN.
Консервативность отрицательно коррелирует с dN/dS. Это общепризнанно.
Уточнение вопроса.
Что нейтралисты ответят на вопрос, в результате каких мутаций (адаптивных или нейтральных) в эволюции появился глаз?
Любые изменения в эволюции появляются в результате фиксации мутации. Еще раз, в результате фиксации каких мутаций (адаптивных или нейтральных) в эволюции животных появился глаз?
Цитата: aevin от июля 10, 2015, 15:32:14
Консервативность отрицательно коррелирует с dN/dS. Это общепризнанно.
Ну мало ли. Вы же ниспроверегаете основы, мол, "Раньше считали, что только если dN/dS>1 то", а теперь как бы все не так. К тому же, этот тезис сильно подтачивается ранее приведенной Вами работой Кунина про отбор по синонимичным заменам.
Короче, в процитированном фрагменте нет данных про dn/ds, а по косвенным - неубедительно.
Цитата: aevin от июля 10, 2015, 15:39:02
Уточнение вопроса.
Что нейтралисты ответят на вопрос, в результате каких мутаций (адаптивных или нейтральных) в эволюции появился глаз?
Ну в рамках нейтрализма большинство закрепленных мутаций на пути от LUCA к организму с глазом - нейтральны. Но могут быть вообще все нейтральны, ибо ключевой фактор эволюции фенотипа это онтогенез.
Берем LUCA, по нему генерируем E10 генотипов с, там, случайным сдвигом [0, 100] по каждому гену, отбрасываем нежизнеспособные, отображаем на пространство фенотипов, получаем E10 разнообразных фенотипов, некоторые из них с глазами, вот и все.
Цитата: aevin от июля 10, 2015, 12:07:34
we found that positive selection at synonymous sites of mammalian genes is substantially more common than positive selection at the level of protein sequences.
Тут, кстати, вообще все очень странно может получиться. Если синонимичные замены более под отбором, чем несинонимичные, а "консервативность" участков определяется по превалированию синонимичных, то эти "консервативные" участки на деле как раз самые что ни на есть "либеральные".
Попахивает революцией :)
Цитата: maxim.ge от июля 10, 2015, 16:00:07
Цитата: aevin от июля 10, 2015, 15:39:02
Уточнение вопроса.
Что нейтралисты ответят на вопрос, в результате каких мутаций (адаптивных или нейтральных) в эволюции появился глаз?
Ну в рамках нейтрализма большинство закрепленных мутаций на пути от LUCA к организму с глазом - нейтральны. Но могут быть вообще все нейтральны, ибо ключевой фактор эволюции фенотипа это онтогенез.
Берем LUCA, по нему генерируем E10 генотипов с, там, случайным сдвигом [0, 100] по каждому гену, отбрасываем нежизнеспособные, отображаем на пространство фенотипов, получаем E10 разнообразных фенотипов, некоторые из них с глазами, вот и все.
Больше вопросов не имею.
Цитата: maxim.ge от июля 10, 2015, 17:12:25
Цитата: aevin от июля 10, 2015, 12:07:34
we found that positive selection at synonymous sites of mammalian genes is substantially more common than positive selection at the level of protein sequences.
Тут, кстати, вообще все очень странно может получиться. Если синонимичные замены более под отбором, чем несинонимичные, а "консервативность" участков определяется по превалированию синонимичных, то эти "консервативные" участки на деле как раз самые что ни на есть "либеральные".
Попахивает революцией :)
Таки да. Как бы нейтралистам не проспать новый поворот тренда. )
Впрочем, буду только рад, если нейтрализм официально примут в качестве нуль-нипотезы. А почему - не скажу. )
Цитата: aevin от июля 11, 2015, 13:01:21Таки да. Как бы нейтралистам не проспать новый поворот тренда. )
Человек любит найти крайность, обозвать ее и затем в нее залезть:
все, или ничего;
нейтрализм - панселекционизм;
пунктуализм - градуализм;
фиксизм - мобилизм;
фактуализм - теоретизм.
Авиацию противника нужно уничтожать не только в воздухе, но и на аэродромах. Выступавшие тт. Кравченко и Штерн склонны считать, что основное уничтожение противника будет осуществляться в воздухе, а не на земле. Я всегда был противником этих крайностей. Мы обязаны одинаково хорошо бить воздушного противника одинаково хорошо и на земле и в воздухе.
Цитата: aevin от июля 11, 2015, 12:54:01
Больше вопросов не имею.
А жаль :( Интересный мог бы разговор получиться. Ну да вольному - воля.
Цитата: maxim.ge от июля 10, 2015, 15:16:22
Глаз появляется не в результате мутаций, а в результате онтогенеза в конкретной области генетического пространства, мутация - предыдущее звено в причинно-следственной цепи.
а онтогенез он святым духом по вашему работает? ему откуда взяться? мутации - да, они случайны. но онтогенез это очень точный и слаженный процесс. не верите? выглятнте на улицу и посмотрите на прохожих - у почти всех будет череп, глаза, нос, две губы, по пять пальцев на обоих руках. всё это должно быть глубоко канализованно. и само по себе, как мутации (которые могут дать и не пять пальцев и не два глаза) существовать не может, а должно быть обусловленно закрепившимися мутациями.
Цитата: maxim.ge от июля 10, 2015, 16:00:07ибо ключевой фактор эволюции фенотипа это онтогенез.
онтогенз работает только от гаметы до гаметы, в которых он "скручивается" пока не точно ясно во что именно (генотип+эпигенетика), но если говорить что он и есть - ключевой фактор эволюции, это всё равно что сказать, что в LUCA уже были все пути развития всех последующих организмов, что очевидный абсурд (и не эволюционизм конечно), я думаю вы хотиле сказать что другое, но ляпнули не зная так ради красивой фразы.
Цитата: maxim.ge от июля 10, 2015, 11:26:05
Это верно. Больше скажу, тут даже и вредность нерелевантна. В отличие от мифического "вреда религии", к примеру, вред курения и алкоголизма доказан, но пьют и курят.
В формировании поведения значение имеет не абстрактный "вред" или "польза", а социальное поощрение или наказание. И вот как раз алкоголизм и курение имеют охрененную социальную поддержку. Не в декларациях, а в реальности. А что там у кого-то разовьется рак легких или "белочка", так это слишком сильно поздно будет, чтобы формировалась какая-то обратная связь, регулирующая поведение.
Цитата: Lion от июля 12, 2015, 02:47:58
Цитата: maxim.ge от июля 10, 2015, 11:26:05
Это верно. Больше скажу, тут даже и вредность нерелевантна. В отличие от мифического "вреда религии", к примеру, вред курения и алкоголизма доказан, но пьют и курят.
В формировании поведения значение имеет не абстрактный "вред" или "польза", а социальное поощрение или наказание. И вот как раз алкоголизм и курение имеют охрененную социальную поддержку. Не в декларациях, а в реальности. А что там у кого-то разовьется рак легких или "белочка", так это слишком сильно поздно будет, чтобы формировалась какая-то обратная связь, регулирующая поведение.
Нужно смотреть глубже - а почему они имеют такую поддержку? Первопричина (имхо) в том, что они дают кратковременное сиюминутное удовольствие (т.е. психологическое подкрепление) при отсроченном вреде. А отбор работает по сиюминутному принципу. Да-да, естественный обтор. Но не генов, а мемов, влияние которых в эволюции человека является определяющим (из-за более высокой скорости эволюции мемов по сравнению с эволюцией генов).
Это для тех кто пьет и курит даже в одиночку. )
А плюс к тому, они конечно дают и социальное сближение.
Цитата: maxim.ge от июля 11, 2015, 14:40:57
Цитата: aevin от июля 11, 2015, 13:01:21Таки да. Как бы нейтралистам не проспать новый поворот тренда. )
Человек любит найти крайность, обозвать ее и затем в нее залезть:
все, или ничего;
нейтрализм - панселекционизм;
пунктуализм - градуализм;
фиксизм - мобилизм;
фактуализм - теоретизм.
Авиацию противника нужно уничтожать не только в воздухе, но и на аэродромах. Выступавшие тт. Кравченко и Штерн склонны считать, что основное уничтожение противника будет осуществляться в воздухе, а не на земле. Я всегда был противником этих крайностей. Мы обязаны одинаково хорошо бить воздушного противника одинаково хорошо и на земле и в воздухе.
Цитата: maxim.ge от июля 09, 2015, 22:22:11
сейчас все-таки тренд в сторону нейтрализма.
Цитата: aevin от июля 12, 2015, 12:50:12
Это для тех кто пьет и курит даже в одиночку. )
А плюс к тому, они конечно дают и социальное сближение.
Сразу вспомнил про эту статью, но не сразу нашел. )
-----------------------------------------------------------------------
Nat Genet. 2005 Jun;37(6):566-7.
The gene duplication that
greased society's wheels.
Woolfit M, Wolfe K.
Comment on
Resurrecting ancestral alcohol dehydrogenases from yeast. [Nat Genet. 2005]
Yeast's ability to produce ethanol in high concentrations has been exploited by humans for millennia. Two recent papers help us to understand the genetic changes that made this species so appealing to humans and the history of its domestication.
Imagine a world without alcohol. No pinot noir, no Guinness, no single malt whisky...no home-made parsnip wine at grandma's, to look on the bright side.
Цитата: aevin от июля 12, 2015, 12:50:12
Нужно смотреть глубже - а почему они имеют такую поддержку?
Обязательные социальные ритуалы. Поддержание родственных отношений (праздники, свадьбы, похороны...), отношений в коллективе (корпоративы, курилка), между мужчиной и женщиной (начиная со знакомства и ухаживания), в армии (куча народу начинает курить и бухать именно там), и т.д. Социальная адаптация.
А индивидуальные причины не столько в получении удовольствия (в России культура уж никак не гедонистическая), сколько в снятии стресса. Там ить еще неизвестно, от чего раньше помрешь, от вредных привычек или от инфаркта...
:)
Так что отбор в данном случае не нейтральный, а вполне конкретно адаптивный, просто фактор адаптивности оценивается неверно -- не по здоровому образу жизни он идет.
Цитата: Lion от июля 12, 2015, 14:14:11
А индивидуальные причины не столько в получении удовольствия (в России культура уж никак не гедонистическая), сколько в снятии стресса. Там ить еще неизвестно, от чего раньше помрешь, от вредных привычек или от инфаркта...
:)
А если пить без удовольствия, то еще раньше. )
Цитата: aevin от июля 12, 2015, 13:34:09
Цитата: maxim.ge от июля 09, 2015, 22:22:11
сейчас все-таки тренд в сторону нейтрализма.
Лучше, конечно, было бы сказать, что нейтральным процессам отводится большая роль, чем ранее, а darwinian selection - соответственно, меньшая.
Ну а так - нормальная фраза, кривизна в пределах понимаемости.
К фразе претензий не имею. Просто хотел показать, что не я начал разговор о трендах. И тем более, о революциях. Попахивающих. )
Цитата: aevin от июля 13, 2015, 13:54:32
Просто хотел показать, что не я начал разговор о трендах.
Зато Вы начали задавать вопросы "нейтралистам", хотя их тут и рядом не стояло :)
ЦитироватьИ тем более, о революциях
Обсуждаемый тут материал касательно отбора по ds тянет скорее не на революцию, а на катастрофу.
Цитата: aevin от июля 11, 2015, 13:01:21Впрочем, буду только рад, если нейтрализм официально примут в качестве нуль-нипотезы.
думал, думал, и в итоге полагаю, что нет - такого делать нельзя. то есть считать любую мутацию нейтральной пока не обнаружится обратное. и соответственно её нейтрализм использовать в моделях и т. д. как там? нейтральность - вполне себе свойство. и что теперь - по причине отсутствия данных по мутации полагать её нейтральной? даже без популяционных данных о частоте?
Цитата: maxim.ge от июля 13, 2015, 15:00:46Обсуждаемый тут материал касательно отбора по ds тянет скорее не на революцию, а на катастрофу.
в чём?
Цитата: Limfil от июля 13, 2015, 17:15:35
в чём?
Рациональная составляющая дискуссии, которая начинается как: "...я думаю вы хотиле сказать что другое, но ляпнули не зная так ради красивой фразы" будет стремиться к нулю, так что воздержусь.
Цитата: maxim.ge от июля 13, 2015, 15:00:46
Зато Вы начали задавать вопросы "нейтралистам", хотя их тут и рядом не стояло :)
Кто же тогда начал мне отвечать? )
Цитата: maxim.ge от июля 10, 2015, 16:00:07
Ну в рамках нейтрализма большинство закрепленных мутаций на пути от LUCA к организму с глазом - нейтральны. Но могут быть вообще все нейтральны, ибо ключевой фактор эволюции фенотипа это онтогенез.
Берем LUCA, по нему генерируем E10 генотипов с, там, случайным сдвигом [0, 100] по каждому гену, отбрасываем нежизнеспособные, отображаем на пространство фенотипов, получаем E10 разнообразных фенотипов, некоторые из них с глазами, вот и все.
И после этого Вы говорите, что Вы не
эмигрант нейтралист? )
Цитата: Limfil от июля 13, 2015, 17:15:35
Цитата: aevin от июля 11, 2015, 13:01:21Впрочем, буду только рад, если нейтрализм официально примут в качестве нуль-нипотезы.
думал, думал, и в итоге полагаю, что нет - такого делать нельзя. то есть считать любую мутацию нейтральной пока не обнаружится обратное. и соответственно её нейтрализм использовать в моделях и т. д. как там? нейтральность - вполне себе свойство. и что теперь - по причине отсутствия данных по мутации полагать её нейтральной? даже без популяционных данных о частоте?
Ладно, раскрою свои тайные чаяния. Фишка в том, что если нейтрализм примут в качестве формальной нуль-гипотезы, то финансировать придется только адапционистские проекты (т.е. те, которые будут пытаться опровергнуть нуль-нипотезу). Ибо исследования по самой нуль-гипотезе зачем финансировать? Она принимается априорно, по умолчанию. )
Цитата: maxim.ge от июля 10, 2015, 11:26:05
За это, кстати, Кунину почет и уважение: http://lenta.ru/articles/2012/11/30/koonin/ >Выражаясь языком физики, которым я люблю выражаться, мы сменили нулевую гипотезу. Теперь она состоит в том, что по умолчанию любые изменения, которые фиксируются в эволюции, являются изменениями нейтральными, что какую-либо адаптационную ценность любых изменений следует доказывать.
Это совсем не Докинз, конечно. Понятно, что такая точка зрения встретит сопротивление в определенных кругах, который привыкли объяснять розовый цвет фламинго адаптивной незаметностью на фоне закатов.
А как нейтралисты объясняют розовых фламинго?
Цитата: aevin от июля 15, 2015, 12:56:31Ладно, раскрою свои тайные чаяния. Фишка в том, что если нейтрализм примут в качестве формальной нуль-гипотезы, то финансировать придется только адапционистские проекты (т.е. те, которые будут пытаться опровергнуть нуль-нипотезу). Ибо исследования по самой нуль-гипотезе зачем финансировать? Она принимается априорно, по умолчанию. )
а, вот в чём ваш дальний прицел! :) ну тогда другое дело - выяснять к чему ведёт та или иная мутация для организма вообще дело нужное и полезное, а то обленились. белок там имеет ту же (вроде бы...) структуру тут и там - всё, все замены считаем нейтральными. да на каком основании?..
Цитата: aevin от июля 15, 2015, 14:38:56А как нейтралисты объясняют розовых фламинго?
кстати да. и ещё неплохо бы ответить - а почему именно розовые? ведь если нейтрально, то может быть и зелёные и синие, и сиреневые и в крапинку... ан нет... зато вот перепела в крапинку, а розовых вроде нет.
Цитата: Limfil от июля 15, 2015, 16:18:12кстати да. и ещё неплохо бы ответить - а почему именно розовые? ведь если нейтрально, то может быть и зелёные и синие, и сиреневые и в крапинку... ан нет... зато вот перепела в крапинку, а розовых вроде нет.
Розовый цвет фламинго имеет побочный, модификационный характер, за счёт каратиноидов, которые они потребляют с водорослями и ракообразными в основном.
Цитата: Дж. Тайсаев от июля 15, 2015, 18:23:23
Розовый цвет фламинго имеет побочный, модификационный характер, за счёт каратиноидов, которые они потребляют с водорослями и ракообразными в основном.
то есть если их кормить чем-то другим они будут не розовыми? ну тогда вопрос адаптивности, да и вообще эволюции цвета для них снимается. правда... они могли вработать механизмы направленно неразлагающие такие соединения - ну то надо посмотреть на других кто питается примерно тем же. если такие есть конечно.
Цитата: aevin от июля 15, 2015, 12:44:20
Кто же тогда начал мне отвечать? )
Ну как-то так: ;D
Цитировать
(http://drive.google.com/uc?export=view&id=0B6_U2ikcaUOybEQwV0RMRm5OTHc) | |
Я судовладелец, и вступлюсь за них!
Паратов, Жестокий романс |
ЦитироватьИ после этого Вы говорите, что Вы не эмигрант нейтралист? )
Чтобы рассуждать (пытаться) в рамках -изма не нужно быть поседователем этого -изма.
С розовым фламинго - это была "отсылка" к Моото Кимуре:
Панселекционизм, конечно, не нов. История эволюционного учения, особенно на рубеже нашего века, изобилует весьма привлекательными гипотезами относительно селективного преимущества тех или иных признаков. Например, один из авторов рассматривал розовый цвет фламинго как защитную окраску на фоне закатаНо, возвращаясь к причинам-объяснениям. Если следовать модели дедуктивно-номологического О. (http://dic.academic.ru/dic.nsf/logic/229), то нам нужно получить экспланандум из эксплананса, или же, по-простому, вывести объясняемое из посылок через некий закон.
Закон имеется:
Онтогенез(генотип, эпигенетика, среда) => фенотип
Т.е. по заданному генотипу и среде получаем достаточно закономерно фенотип. Теперь нужно выяснить, что именно влияет на розовый цвет - генотип, эпигенетика или среда. Допустим, цвет зависит от питания, это и будет объяснением. Но такой вариант неинтересен, и пусть цвет определяется генетически.
В это случае ответ - существо имеет розовый цвет потому, что таков онтогенез по генотипу существа, в таком объяснении посылки и закон "вскрыты", с этой точки зрения все в порядке.
Возникает следующий вопрос - а откуда взялся такой генотип? Свою версию рассмотрю чуть позже.
Цитата: Limfil от июля 16, 2015, 00:55:17
Цитата: Дж. Тайсаев от июля 15, 2015, 18:23:23
Розовый цвет фламинго имеет побочный, модификационный характер, за счёт каратиноидов, которые они потребляют с водорослями и ракообразными в основном.
то есть если их кормить чем-то другим они будут не розовыми? ну тогда вопрос адаптивности, да и вообще эволюции цвета для них снимается. правда... они могли вработать механизмы направленно неразлагающие такие соединения - ну то надо посмотреть на других кто питается примерно тем же. если такие есть конечно.
"Фламинго, живущие в неволе, не могут получать достаточного количества этой пищи, поэтому теряют свой прекрасный розовый оттенок. Однако в зоопарках его стараются поддерживать, кормя птичек морковью (тоже содержащей каротиноид) или вводя в их рацион каротин в форме препарата – вот почему фламинго розовый даже в неволе."
Вообще-то, белый кролик тоже есть морковку, но розовым не становится. Значит, есть механизмы распада каротиноидов. Я бы проверил этих фламинго на половой отбор. Может, самкам нравится розовый цвет. И раз это связано с пищей, более интенсивный цвет говорит о том, что самец хорошо питался.
Цитата: aevin от июля 16, 2015, 14:27:32
Может, самкам нравится розовый цвет.
А что, кроме мнения самок отбор ни по каким другим параметрам не идет?
Цитата: maxim.ge от июля 16, 2015, 14:36:36
Цитата: aevin от июля 16, 2015, 14:27:32
Может, самкам нравится розовый цвет.
А что, кроме мнения самок отбор ни по каким другим параметрам не идет?
Отбор вообще, или отбор на розовый цвет?
Если вообще, то конечно идет. А если на розовый цвет, то это просто одна из гипотез. Говорю же, нужно проверить. Без финансирования адаптивную гипотезу никак не проверишь. Это нейтральную можно принять априори.
"Фламинго распространены в Африке, на Кавказе (Азербайджан), Юго-Восточной и Центральной Азии, а также в Южной и Центральной Америке.
Колонии розового, или обыкновенного, фламинго также существуют на юге Испании, Франции и на Сардинии."
Для таких тяжелых полевых исследования я бы выбрал Испанию или Францию.
Цитата: maxim.ge от июля 16, 2015, 14:36:36А что, кроме мнения самок отбор ни по каким другим параметрам не идет?
конечно идёт. но в данном случае зачем им быть розовыми если не это. и вообще предложите свои варианты. пока что от вас прозвучало только:
Цитата: maxim.ge от июля 16, 2015, 10:09:41
В это случае ответ - существо имеет розовый цвет потому, что таков онтогенез по генотипу существа, в таком объяснении посылки и закон "вскрыты", с этой точки зрения все в порядке.
Цитата: maxim.ge от июля 16, 2015, 10:09:41
Возникает следующий вопрос - а откуда взялся такой генотип? Свою версию рассмотрю чуть позже.
первое вообще не объяснение, поскольку это тоже самое что и сказать - розовый цвет потому что они розовые. как-то выводить закон что белое это белое - несколько не к месту: если есть организм, то есть фенотип, если есть фенотип, то он как-то получается из генотипа, и это называется онтогенез. вообще говоря онтогене может и не давать однозначных форм - они могут зависить от среды или нарушаться сбоями - пороками развития. но это значит, что признаки не канализированы или канализированна их пластичность. впрочем это другая история - а именно того, что происходит в конкретном организме, тогда как тут речь откуда вообще берутся признаки. то есть их наследование.
Цитата: aevin от июля 16, 2015, 14:27:32
Вообще-то, белый кролик тоже есть морковку, но розовым не становится. Значит, есть механизмы распада каротиноидов. Я бы проверил этих фламинго на половой отбор. Может, самкам нравится розовый цвет. И раз это связано с пищей, более интенсивный цвет говорит о том, что самец хорошо питался.
кстати да - взять пяток самцов которых не кормили морковкой, и поставить рядом с розовыми. и посмотреть. неужели никто не делал? вообще много кто ест красители с пищей, но от этого окрашенным также как и она не делается. у насекомых бывает, что они используют хлорофил для своих целей, но далеко не всегда. так что наверное способность пигменты пищи переводить к свои - это не случайно.
Цитата: aevin от июля 16, 2015, 15:03:39Для таких тяжелых полевых исследования я бы выбрал Испанию или Францию.
боюсь там колонии слишком мелкие. вот в Азербайджане вроде большие.
Цитата: aevin от июля 16, 2015, 15:03:39
Отбор вообще, или отбор на розовый цвет?
Отбор на розовый цвет. Тут только ПО работает?
ЦитироватьБез финансирования адаптивную гипотезу никак не проверишь. Это нейтральную можно принять априори.
Можно подумать, с принятием адаптивности есть какие-то трудности.
Цитата: maxim.ge от июля 16, 2015, 15:42:22Отбор на розовый цвет. Тут только ПО работает?
собственно это часто ответа:
Цитата: maxim.ge от июля 16, 2015, 15:42:22
Можно подумать, с принятием адаптивности есть какие-то трудности.
вот и вопрос только или нет. и соответственно сложности - конечно нейтральную замену можно принять как саморазмрумеющиеюся, а вот адаптивную нужно ещё показать в чём она адаптивна, какой фактор делает её такой, насколько. на часть этих вопросов могут дать ответ популяционные данные - то есть какова частота аллели, дающей соответвующий фенотип. но даже и на этом, начальном уровне, нужно уже доволно большое кол-во данных. и собирать их надо по полям, лугам... а уже чтобы сказать половой это отбор или что другое - то тут уж нужны экспериментальные данные - есть ли избирательное предпочтение или нет. а без всех этих данных и сказать про признак ничего нельзя. но если очень хочется (нет денег, желания, зато есть что опубликовать быстро и без дрязг), то можно объявить - нейтральный и на этом закончить.
Цитата: aevin от июля 16, 2015, 14:27:32
Я бы проверил этих фламинго на половой отбор.
Кстати, ПО не работает ли на нейтральность? Смотрите, вот павлины с их гигантскими хвостами, которые, вроде как, результат ПО. Но тогда получается, что на выживаемость павлина как вида дина хвоста не влияет, павлинам все равно, длинный хвост, короткий хвост - они, как вид, все равно выживут. Все мутации, которые таким образом проявляются в фенотипе, соответственно, в смысле выживания вида, нейтральны.
В таких условиях, как говорится, "до жиру" - павлин может расслабиться и заняться "дизайном" органа в обширных нейтральных пределах по вкусу самок.
Цитата: maxim.ge от июля 16, 2015, 18:14:27павлинам все равно, длинный хвост, короткий хвост - они, как вид, все равно выживут.
половой отбор работает не на уровне выживания вида, а на уровне выживания особи. к вымиранию вида или наоборот он не может привести, поскольку тогда это будет уже ественный - ведь для него фактор отбора это противоположный пол, стало быть вся игра только между ними и только внутри.
Цитата: maxim.ge от июля 16, 2015, 18:14:27Все мутации, которые таким образом проявляются в фенотипе, соответственно, в смысле выживания вида, нейтральны.
по такому определению любая форма полового отбора будет нейтральной. но так отбор не определяется - отбор работает по отдельным аллелем. вымиарание вида случится тогда, когда не будет аллелей с выживаемость равной или большей единицы.
Цитата: maxim.ge от июля 16, 2015, 18:14:27В таких условиях, как говорится, "до жиру" - павлин может расслабиться и заняться "дизайном" органа в обширных нейтральных пределах по вкусу самок.
если по вкусу - мутации не будут нейтральными, если они будут нейтральными, то он не сможет ими заняться, а только наплодив до кучи самых разных форм и скорее всего в итоге потеряв хвост вообще (мутаций выбивающих признак как правило куда больше, чем вводящих в него новые элементы). вы конечно волны понимать нейтральные мутации как угодно, но есть терминология.
Цитата: maxim.ge от июля 16, 2015, 15:42:22
Цитата: aevin от июля 16, 2015, 15:03:39
Без финансирования адаптивную гипотезу никак не проверишь. Это нейтральную можно принять априори.
Можно подумать, с принятием адаптивности есть какие-то трудности.
Цитата: maxim.ge от июля 10, 2015, 11:26:05
За это, кстати, Кунину почет и уважение: http://lenta.ru/articles/2012/11/30/koonin/ >Выражаясь языком физики, которым я люблю выражаться, мы сменили нулевую гипотезу. Теперь она состоит в том, что по умолчанию любые изменения, которые фиксируются в эволюции, являются изменениями нейтральными, что какую-либо адаптационную ценность любых изменений следует доказывать.
Цитата: maxim.ge от июля 16, 2015, 10:09:41
Я судовладелец, и вступлюсь за них!
Судновладелец конечно авторитет. Особенно в больнице.
http://www.belgazeta.by/get_img?ImageId=10704
Цитата: maxim.ge от июля 16, 2015, 18:14:27
Цитата: aevin от июля 16, 2015, 14:27:32
Я бы проверил этих фламинго на половой отбор.
Кстати, ПО не работает ли на нейтральность? Смотрите, вот павлины с их гигантскими хвостами, которые, вроде как, результат ПО. Но тогда получается, что на выживаемость павлина как вида дина хвоста не влияет, павлинам все равно, длинный хвост, короткий хвост - они, как вид, все равно выживут. Все мутации, которые таким образом проявляются в фенотипе, соответственно, в смысле выживания вида, нейтральны.
В таких условиях, как говорится, "до жиру" - павлин может расслабиться и заняться "дизайном" органа в обширных нейтральных пределах по вкусу самок.
О, как все запущено. Почитайте своего любимого Кунина. Или хотя бы Докинза. )
В молекулярной эволюции адаптивность и нейтральность относятся к конкурирующим аллелям данного гена. Виды здесь вообще не при делах.
dN и dS - это разве для видов? )
Цитата: aevin от июля 17, 2015, 14:11:36
О, как все запущено.
...сказал Сергей Павлович Королев.
ЦитироватьdN и dS - это разве для видов? )
А разве тут остались верующие в интерпретацию этого соотношения? ;)
ЦитироватьВ молекулярной эволюции адаптивность и нейтральность относятся к конкурирующим аллелям данного гена.
Это же не Символ Веры, догматического запрета на "filioque" нет, речь про новое понятие, которое относится к виду.
Цитата: maxim.ge от июля 17, 2015, 15:20:30
Цитата: aevin от июля 17, 2015, 14:11:36
dN и dS - это разве для видов? )
А разве тут остались верующие в интерпретацию этого соотношения? ;)
А я ничего не сказал о соотношении. Важно, что речь идет об аллелях одного и того же гена.
ЕО и ПО (тоже разновидность ЕО, но обычно выделяемая в особую категорию) могут быть в контрах, как и любые другие вектора ЕО между собой. Важен общий баланс векторов. Раз хвост длинный (и при этом бесполезный для любой другой функции кроме ПО), значит ПО перетянул.
А если рассматривать на уровне видов, то поскольку большинство видов уже вымерло, можно считать, что эволюция в целом анти-адаптивна, а не нейтральна. )
Новая нуль-гипотеза: все что ни делается, все к худшему.
Другой вариант формулировки новой нуль-гипотезы:
хотели как лучше, а получилось как всегда.
Цитата: aevin от июля 17, 2015, 16:14:38Раз хвост длинный (и при этом бесполезный для любой другой функции кроме ПО), значит ПО перетянул.
Ну зачем же произвольно сужать пространство логических возможностей - есть еще вариант, что этот вредный признак сцеплен с неким другим, но полезным.
Да и речь-то о другом - павлину, как виду, все равно, с каким хвостом жить (если верна гипотеза о том, что хвост появился в результате ПО).
ЦитироватьА если рассматривать на уровне видов, то поскольку большинство видов уже вымерло, можно считать, что эволюция в целом анти-адаптивна, а не нейтральна. )
С одной стороны, определенная сермяга в этом есть, ибо большинство значимых мутаций вроде как летальны. С другой, эта конструкция достаточно умозрительная, ибо в палеолетописи меньше видов, чем есть сейчас.
Замечу также, что такое понятие "адаптивности" тоже не совсем стандартное, плюс причины "великих вымираний" не всегда в эволюционной плоскости лежат.
Цитата: aevin от июля 17, 2015, 16:14:38
Новая нуль-гипотеза: все что ни делается, все к худшему.
Sic transit gloria mundi, ага.
Цитата: maxim.ge от июля 17, 2015, 16:57:17
Цитата: aevin от июля 17, 2015, 16:14:38Раз хвост длинный (и при этом бесполезный для любой другой функции кроме ПО), значит ПО перетянул.
Ну зачем же произвольно сужать пространство логических возможностей - есть еще вариант, что этот вредный признак сцеплен с неким другим, но полезным.
Не важно, все равно польза перетянула.
Вы лучше спросите, а если длина хвоста остается неизменной, что тогда? А вот тогда баланс векторов, действующих на вовлеченные в определение длины хвоста гены, равен нулю (ЕО, ПО, плейотропия - не важно, все в куче). То есть, молекулярные изменеия (если они при этом есть) действительно нейтральны. НО, они не отражаются на фенотипе. О чем я с самого начала и толковал.
Цитата: maxim.ge от июля 17, 2015, 16:57:17
Ну зачем же произвольно сужать пространство логических возможностей - есть еще вариант, что этот вредный признак сцеплен с неким другим, но полезным.
в таком случае надо искать признак который есть только у одного пола (если признак есть у обоих полов, то о половом отборе говорят уже в последнюю очередь). и тогда опять - вопрос - почему только у одного? и это хорошо когда хвост, а если это гипертрофированные гениталии? что это за признак так отдаёт в них?
Цитата: aevin от июля 17, 2015, 17:37:24То есть, молекулярные изменеия (если они при этом есть) действительно нейтральны. НО, они не отражаются на фенотипе. О чем я с самого начала и толковал.
это значит, что отбор стабилизирующий. неизменной конечно быть не может, но нормально распределённой - да.
Цитата: maxim.ge от июля 17, 2015, 16:57:17
С другой, эта конструкция достаточно умозрительная, ибо в палеолетописи меньше видов, чем есть сейчас.
А Вы поговорите с палеонтологами. Надеюсь, они сюда подтянутся. Палеолетопись очень фрагментарна. Есть оценки, основанные на этой фрагментаности, что вымершие виды по количеству намного превышают рецентные. Есть оценки для среднего времени жизни вида, а также другие данные.
Цитата: Limfil от июля 17, 2015, 17:42:37
Цитата: aevin от июля 17, 2015, 17:37:24То есть, молекулярные изменеия (если они при этом есть) действительно нейтральны. НО, они не отражаются на фенотипе. О чем я с самого начала и толковал.
это значит, что отбор стабилизирующий. неизменной конечно быть не может, но нормально распределённой - да.
Неизменной для средней нормального распределения - это если рассматривать на уровне вида (что предложил не я). Но в общем, эта неизменность соответствует концепции прерывистого равновесия. Якркий пример - латимерия (с посеквенированным геномом). Молекулярных изменений в ДНК не меньше, чем у других групп животных с активной морфо-функциональной эволюцией. А приглядишься к фенотипу - ну просто живое ископаемое. )
Цитата: aevin от июля 17, 2015, 17:44:06
Есть оценки, основанные на этой фрагментаности, что вымершие виды по количеству намного превышают рецентные.
С этим понятно, неполнота летописи и так далее. Термин "оценки" и говорит про определенную "умозрительность".
Цитата: maxim.ge от июля 17, 2015, 16:57:17
причины "великих вымираний" не всегда в эволюционной плоскости лежат.
А в какой плоскости они лежат, в революционной?
Цитата: maxim.ge от июля 17, 2015, 18:01:00
Цитата: aevin от июля 17, 2015, 17:44:06
Есть оценки, основанные на этой фрагментаности, что вымершие виды по количеству намного превышают рецентные.
С этим понятно, неполнота летописи и так далее. Термин "оценки" и говорит про определенную "умозрительность".
Хе-хе. Вам бы поговорить с астрофизиками. Говорят, температура на поверхности Солнца несколько тыс. градусов, а внутри - вообще миллионы. А никто ведь напрямую не мерил, не то что внутри, но даже на поверхности.
---------------------------------
- Радий тяжелее олова?
- Я его, извиняюсь, не вешал.
(с) Швейк
Цитата: aevin от июля 17, 2015, 18:01:11
А в какой плоскости они лежат, в революционной?
Типа того. Кстати, если массовое вымирание есть следствие катастрофы, то тут модель выживаемости как раз на уровне таксона - может вид выжить в новых условиях, либо нет.
Цитата: aevin от июля 17, 2015, 18:01:11Хе-хе. Вам бы поговорить с астрофизиками.
Может, не надо? Еще неизвестно, где будет больше "умозрительность", в палеонтологии или астрофизике :)
Цитата: aevin от июля 17, 2015, 17:37:24
Не важно, все равно польза перетянула.
Ну как же не важно, импликация:
хвост длинный => ПО перетянулкак раз и является результатом применения адаптивной презумпции, остальные варианты отбрасываются. Видите - трудностей нет :) Сбывшееся предсказание, как известно, "подтверждает".
Цитата: aevin от июля 17, 2015, 17:51:02Якркий пример - латимерия (с посеквенированным геномом). Молекулярных изменений в ДНК не меньше, чем у других групп животных с активной морфо-функциональной эволюцией. А приглядишься к фенотипу - ну просто живое ископаемое. )
ну так оно и должно быть согласно СТЭ (я слышал это от одного лектора в далёком 2003 году, что изменений там должно быть много, когда ещё генома её конечно не секвенировали) - мутации есть всегда, какие-то нейтральны, дрейфом фиксируются. в этом собственно и одна из основных проблем молекулярной систематики - когда ранк группы устанавливается по её времени и образу бифуркации с другими (а он - по сумме замен, полагаемых "нейтральными") - группа произошедшая от другой при условии что живы оба и хорошо предствленны всегда будет разбивать предковую на полифилетичную, встраиваясь где-то внтури. (такова ситуация с насекомыми и ракообразными). этак может получится, что если там есть какой вид, образовавшийся лет этак 350 млн лет назад и так в образе живого ископаемого и доживший до наших дней (думается, что примерно так обстоят дела у мечехвостов, хотя виды столько живут только в исключительных случаях, может у щитней чего такое есть), то генетиескя дистанция между ними будет едва ли не как между латимерией и рами (на деле меньше поскольку время поколения у них явно длинее, чем в целом у наших предков), а по сути (т. е. фенотипу) - два близких вида.
Цитата: maxim.ge от июля 17, 2015, 18:48:48
Цитата: aevin от июля 17, 2015, 18:01:11
А в какой плоскости они лежат, в революционной?
Типа того. Кстати, если массовое вымирание есть следствие катастрофы, то тут модель выживаемости как раз на уровне таксона - может вид выжить в новых условиях, либо нет.
Вот я и говорю, на уровне видов можно считать, что в целом эволюция анти-адаптивна.
Чтоб не быть голословным, нашел первую попавшуюся ссылку насчет числа вымерших видов.
---------------------------------------------------------------------------------
По состоянию на 2011 год число описанных видов живых организмов составляло примерно 1,7 млн[2] (см. раздел «Статистика»). Общее число видов,
существующих на Земле, оценивается по-разному: называется цифра
8,7 млн[3][4], в том числе цветковые растения — около 400 тысяч видов[5] (сейчас описано примерно 300 тысяч); другие учёные считают, что одних лишь видов грибов на нашей планете существует более 5 миллионов видов (при том, что сейчас описано всего лишь около 100 тысяч)[5]. Число
вымерших видов, по некоторым оценкам, составляет около
500 миллионов[6].
http://potolkisaransk.ru/rio10gefeokyf85/%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%BB%D0%BE%D0%B3%D0%B8%D1%87%D0%B5%D1%81%D0%BA%D0%B8%D0%B9_%D0%B2%D0%B8%D0%B4#cite_note-.D0.9C.D0.B0.D0.B9.D1.80.E2.80.941971.E2.80.94.E2.80.9415-6
Цитата: maxim.ge от июля 17, 2015, 18:52:25
Цитата: aevin от июля 17, 2015, 17:37:24
Не важно, все равно польза перетянула.
Ну как же не важно, импликация:
хвост длинный => ПО перетянул
как раз и является результатом применения адаптивной презумпции, остальные варианты отбрасываются. Видите - трудностей нет :) Сбывшееся предсказание, как известно, "подтверждает".
Поскольку мы от розовых фламинго перешли (по Вашей инициативе) к хвосту павлина, где ПО, как я понимаю, уже доказан, я позволил себе такую интерпретацию. Как для модельного случая.
Цитата: Limfil от июля 17, 2015, 17:42:37
Цитата: aevin от июля 17, 2015, 17:37:24То есть, молекулярные изменеия (если они при этом есть) действительно нейтральны. НО, они не отражаются на фенотипе. О чем я с самого начала и толковал.
это значит, что отбор стабилизирующий. неизменной конечно быть не может, но нормально распределённой - да.
Если отбор стабилизирующий, то должна уменьшаться сигма нормального распределения. То есть, таки есть отражение в фенотипе. А вот если и среднее, и сигма не меняются, можно считать, что молекулярные изменения (если они есть) нейтральны.
Цитата: aevin от июля 18, 2015, 17:25:38Если отбор стабилизирующий, то должна уменьшаться сигма нормального распределения. То есть, таки есть отражение в фенотипе. А вот если и среднее, и сигма не меняются, можно считать, что молекулярные изменения (если они есть) нейтральны.
сигма будет уменьшаться при усилении канализации признака. можно конечно такую форму отбора назвать и стабилизирующим, но в классическом случае стабилизирующий это тот, который не даёт признаку расплыться (то есть увиличивать сигму), и потом - до нуля уменьшать сигму не получится никак, то есть в какой-то момент как бы ни работал отбор он будет поддерживать исключительно статус кво, ничего не меняя.
Цитата: Limfil от июля 18, 2015, 18:22:35
Цитата: aevin от июля 18, 2015, 17:25:38Если отбор стабилизирующий, то должна уменьшаться сигма нормального распределения. То есть, таки есть отражение в фенотипе. А вот если и среднее, и сигма не меняются, можно считать, что молекулярные изменения (если они есть) нейтральны.
сигма будет уменьшаться при усилении канализации признака. можно конечно такую форму отбора назвать и стабилизирующим, но в классическом случае стабилизирующий это тот, который не даёт признаку расплыться (то есть увиличивать сигму), и потом - до нуля уменьшать сигму не получится никак, то есть в какой-то момент как бы ни работал отбор он будет поддерживать исключительно статус кво, ничего не меняя.
Если так, то это то, что сейчас называют очищающий (purifying) отбор. При этом все мутации отсеиваются, то есть молекулярных изменений вообще нет. А я говорил про ситуацию, когда молекулярные изменения есть.
Отличный от очищающего, стабилизирующий отбор должен уменьшать норму реакции, то есть модификационную изменчивость. В популяциях это должно проявляться как снижение сигмы. Конечно, возможно, что с одной стороны фиксируются дивергирующие мутации (т.е. дезадаптивные), увеличивающие сигму, а с другой - фиксируются компенсирующие адаптивные мутации, направленные на снижение сигмы. Но я не знаю, продемонстрировал ли кто-нибудь такой случай в реале, или это чисто умозрительная ситуация.
П.С. Дезадаптивные фиксируются за счет дрейфа.
Цитата: aevin от июля 19, 2015, 10:58:48
Если так, то это то, что сейчас называют очищающий (purifying) отбор. При этом все мутации отсеиваются, то есть молекулярных изменений вообще нет.
может это и может быть, но в очень специфическом случае когда не будет и нейтральных. вообще же признаку всё равно задаётся там одно и тоже одной аллелелью или пятью к примеру (мутации приводящие к переходам от одной к другой будут, соответственно, нейтральными, если генетическая дистанция между ними не велика и не требует кратных изменений)
Цитата: aevin от июля 19, 2015, 10:58:48Отличный от очищающего, стабилизирующий отбор должен уменьшать норму реакции, то есть модификационную изменчивость.
если честно, то такого определения стабилизирующего отбора не встречал.
Цитата: Limfil от июля 19, 2015, 20:12:59
Цитата: aevin от июля 19, 2015, 10:58:48Отличный от очищающего, стабилизирующий отбор должен уменьшать норму реакции, то есть модификационную изменчивость.
если честно, то такого определения стабилизирующего отбора не встречал.
https://en.wikipedia.org/wiki/Stabilizing_selection
См. панель № 2 в первом рисунке.
ну вики та ещё штучка.
Цитата: Limfil от июля 20, 2015, 22:50:09
ну вики та ещё штучка.
Ну, приведите свою ссылку. Желательно англоязычную, а не местечковую.
Цитата: Limfil от июля 20, 2015, 22:50:09
ну вики та ещё штучка.
Lande R., Arnold S.J. 1983. The measurement of selection on correlated characters. Evolution 37: 1210-1226.
Еще вот такая ссылка есть:
"Stabilizing selection is often shown on a graph as a modified bell curve that is narrower and taller than the norm."
http://evolution.about.com/od/NaturalSelection/g/Types-Of-Natural-Selection-Stabilizing-Selection.htm
(Видно, что это обычная трактовка.)
И жду Вашу ссылку.
в ссылке нет ничего про то, что она стабильно съуживает распределение - она только поддерживает его узким.
Цитата: Limfil от июля 21, 2015, 19:02:50
в ссылке нет ничего про то, что она стабильно съуживает распределение - она только поддерживает его узким.
"Stabilizing selection is often shown on a graph as a modified bell curve that is narrower and taller
than the norm."
От Вас ссылки так и не последовало. Поэтому дискуссию прекращаю.
Цитата: aevin от июля 22, 2015, 10:50:51От Вас ссылки так и не последовало.
моя ссылка - та же самая, что и ваша. поскольку вы интерпретируете слова, где нет ни слова о том, что стабилизирующий отбор двигает что-то пока работает - как это делает движущий при которым каждое следующие поколение отличается по характеру распределения от предыдущего. стабилизирующий только поддерживает распределение более узким чем нормальное, однако не делает его более узким от поколения к поколению. собственно - при отсутствии отбора распределение вообще можно быть каким угодно, поскольку признак будет разваливаться и аллели связанные только с ним смогут быть какими угодно.
Перо павлина, с точки зрения "абсолютной нейтральности":
http://livelogic.livejournal.com/1778.html
К меня тоже вопрос про нейтральные мутации м случайный дрейф .
Не переоценивает ли новая мода роль случайного дрейфа ?
Я видела компьютерные симуляции (например - в новой книге Маркова).
Берется маленькая популяция, 100 особей, 50 - с вариантом гена А1 и 50 - с А2.
Поколений за 100 - случайным образом остается только один вариант гена.
Но откуда взялась эта популяция ?
Допустим, когда-то давно существовал аллель А1.
Потом в результате случайной мутации появился А2. Не полезный, не вредный, а так...
Разумеется - появился у одной особи, а не у 50.
Какая вероятность, что А2 распространится в популяции ? Большой или маленькой.
У меня где-то валяется программеха, которую я писала для такой симуляции. Запущу - проверю.
Сегодня на семинаре со студентами родилась мыслишка: а вдруг даже замещение нуклеотида в вырожденном коде (не меняющее аминокислоту) не совсем нейтрально? Ведь т-РНК-то понадобится, по идее, уже другая. А кто сказал, что они работают с равной эффективностью? Может, генный продукт получается тот же, а вот его "выход" или "процент брака" другой?
Цитата: Злата от сентября 19, 2015, 16:48:54
Какая вероятность, что А2 распространится в популяции ?
Помимо дрейфа есть механизмы типа "бутылочное горлышко". Вся популяция гибнет, за исключением маленькой группы, где А1 и А2 примерно поровну (либо от большой популяции отделяется маленькая, аллопатрия). На это "горлышко" дополнительно накладывается дрейф.
Не знаю, можно ли это учесть в расчете...
Цитата: maxim.ge от октября 09, 2015, 15:20:48
Помимо дрейфа есть механизмы типа "бутылочное горлышко". Вся популяция гибнет, за исключением маленькой группы, где А1 и А2 примерно поровну (либо от большой популяции отделяется маленькая, аллопатрия). На это "горлышко" дополнительно накладывается дрейф.
Не знаю, можно ли это учесть в расчете...
Это все понятно. Дрейф как раз и происходит в периоды малой численности популяции.
Я спросила про первоначальное распространение А2.
Он появился в одном экземпляре в результате случайной мутации из А1.
"Толку было с него, правда, как с козла молока
Но вреда, однако, - тоже никакого."
Как он сумел размножиться в популяции ?
Хотя бы - в маленькой.
Мне кажется, все было совсем не так.
Этот А2 был полезен в каких-то особых условиях.
Например, повышает устойчивость к жаре или к холоду, каких обычно не бывает в зоне обитания популяции. Или к какому-то вирусу.
А тут - раз! - особо жаркий год.
И этот ген распространился.
Жара прошла, но с этой мутацией уже значительная доля популяции.
А дальше (если популяция невелика) - может помочь случайный дрейф.
А через миллион лет ученые сидят и гадают, откуда этот аллель.
Жило три семейства кроликов. В каждом все были чинные А1 гомозиготы - кроме одного выродка А1А2. (то есть 6 кролей, 11 аллелей А1 и 1 А2). Родилось в каждой семье по 10 крольчат. В двух семьях - все А1А1, итого 40 аллелей А1. Во второй - 5 А1А1 и 5 А1А2. Итого 55 к 5. Но вот у первого кроля норку затопило и все померли. И стало тогда 25 к 5. Горлышко, однако ... А отбор может включиться только при накоплении достаточно большого числа гетерозигот
Цитата: Питер от октября 16, 2015, 14:39:36
Жило три семейства кроликов. В каждом все были чинные А1 гомозиготы - кроме одного выродка А1А2. (то есть 6 кролей, 11 аллелей А1 и 1 А2). Родилось в каждой семье по 10 крольчат. В двух семьях - все А1А1, итого 40 аллелей А1. Во второй - 5 А1А1 и 5 А1А2. Итого 55 к 5. Но вот у первого кроля норку затопило и все померли. И стало тогда 25 к 5. Горлышко, однако ... А отбор может включиться только при накоплении достаточно большого числа гетерозигот
Вы говорите про ситуацию, когда в популяции выжило всего 3 семьи, и то у одной уже весь выводок погиб.
Я думала - "бутылочное горлышко" - это все же значительно большее число особей.
Популяция, в которой осталось 3 пары, - вероятнее всего, обречена.
Со всеми своими А1 и А2.
Ну я мог это же написать про тысячу семей кроликов - суть бы не поменялась. Все равно в результате случайных причин растет частота нового аллеля. И только когда она станет хоть чуть чуть заметной - начнет работать отбор. Или опять же случайно самый хороший вариант исчезнет на первой стадии - затопит норку с аллелем A2
Цитата: Питер от октября 17, 2015, 07:08:13
Ну я мог это же написать про тысячу семей кроликов - суть бы не поменялась. Все равно в результате случайных причин растет частота нового аллеля. И только когда она станет хоть чуть чуть заметной - начнет работать отбор. Или опять же случайно самый хороший вариант исчезнет на первой стадии - затопит норку с аллелем A2
При тысяче - такой фокус не получится.
Чтобы много раз подряд малая частота росла за счет случайностей и доросла до существенной.
Если вариант А2 - "хороший", у меня нет никаких вопросов.
Этот вариант будет поддержан отбором, а не должен надеяться на случайный дрейф.
В этой теме речь шла про распространение нейтральной мутации в популяции.
Даже хороший вариант должен быть сначала подхвачен дрейфом. Особенно если он рецессивен - что более вероятно, чем хороший доминантный вариант. Все равно в начале будут дрейф и горлышко.
Цитата: Злата от октября 16, 2015, 23:48:06
Популяция, в которой осталось 3 пары, - вероятнее всего, обречена.
А как же заселение Мадагаскара лемурами на плотиках?
Нишиша не смыслю в генетике, но хочется спросить.
Вот есть вид, у которого есть группа генов, отвечающая за формирование органа, которого у данного вида нет. Т.е. у других видов подобная группа генов формирует таки этот орган.
Значит ли это, что у первого вида обязательно были предки с таковым органом?
Казалось бы ответ утвердителен - были таковые предки.
Но сомнения гложут.
Нейтрализм доведенный до гротеска (но не абсурда) должен формировать не работающие гены. И эти гены не проверяются на выживание через обязательное ОТК фенотипа. Просто, когда эти не работающие гены все-таки включаются в развитие, то такой феномен вымирает. Но может случится, что и "удачно" не вымрет, а даст потомство...
Цитата: василий андреевич от октября 19, 2015, 23:02:27
Вот есть вид, у которого есть группа генов, отвечающая за формирование органа, которого у данного вида нет. Т.е. у других видов подобная группа генов формирует таки этот орган.
Значит ли это, что у первого вида обязательно были предки с таковым органом?
C гомеозисными мутациями (ошибки экспрессии гомеозисных генов приводят к крупным изменениям в морфологии индивида) возможно многое ...
Но вообще, это куда-то в сторону Универсального Генома Шермана.
Цитата: maxim.ge от октября 19, 2015, 23:10:16Но вообще, это куда-то в сторону Универсального Генома Шермана.
Но разве что чуть в сторону. К той кубомедузе у которой никогда не было глаза. Это больше похоже на игры с волновой функцией, т.е. есть множество вероятных геномных комбинаций, но осуществляются лишь те, которые апосредованно (не через фенотип) проверяются средой с совершенно определенными свойствами.
На первый взгляд абсурдно. Ибо есть правило, среда отбирает варианты исключительно через выживание феномена. Однако "феномен наполовину" обязательно умрет. Вот вынужденно и "ждет" череда вероятных комбинаций той цельности, которая одна только и сможет выжить.
"Механика" могла бы заключаться в закреплении любых мутаций в "нефункциональной части". А вот растворение избыточных мутаций - это уже закономерность, над которой работают все произошедшие мутации, как бы условно борясь за право быть гармоничными. А волновые гармоники организма - это то, на что просто обязан реагировать геном. Ведь не секрет, что гены в развивающемся организме чутко реагируют своими "сенсорными" включениями/выключениями на изменения, допустим, при эмбриогенезе.