ЦитироватьДеградация ДНК
Обычно после смерти организма ДНК расщепляется эндогенными нуклеазами. Этого не происходит, если нуклеазы оказываются быстро разрушены или инактивированы, например, вследствие обезвоживания останков, низких температур или большой концентрации соли.[10] Даже в этом случае ДНК со временем повреждается в результате случайного гидролиза или окисления. К гидролитическим повреждениям относятся разрушение фосфатного остова цепи, депуринизация (соответствующая позиция остается без азотистого основания) и дезаминирование. Чаще происходит дезаминирование цитозина в урацил, метилированный цитозин (5-метил-цитозин) дезаминируется в тимин; реже аденин превращается в гипоксантин, который комплементарен цитозину, а не тимину, что ведет к неправильному прочтению при секвенировании. Эти повреждения происходят и в живых клетках, однако там они устраняются в процессе репарации. Кроме того, возникают поперечные сшивки между цепями спирали ДНК из-за алкилирования или сшивки ДНК с различными молекулами в результате реакции Майяра. Как и разрывы цепи, поперечные сшивки мешают амплификации при ПЦР[5][10]. Перед секвенированием древнюю ДНК подвергают специальной обработке, чтобы удалить продукты дезаминирования и поперечные сшивки. Средняя длина амплифицируемых фрагментов древней ДНК часто не превосходит 100 пар нуклеотидов, причём для находок из одного места раскопок средняя длина фрагментов убывает с увеличением возраста находки. Современные протоколы секвенирования древней ДНК учитывают эту особенность; в частности, вместо отжига праймеров на фрагменты ДНК к концам фрагментов присоединяются адаптеры, а праймерами служат олигонуклеотиды, комплементарные адаптерам[11].
При низких температурах деградация ДНК идет медленнее, что обеспечивает хорошую сохранность ДНК в образцах, найденных в районе вечной мерзлоты. Однако считается, что даже в идеальных условиях ДНК не может сохраняться на протяжении более 1 млн лет
ЦитироватьМолекулярная филогенетика — способ установления родственных связей между живыми организмами на основании изучения структуры полимерных макромолекул — ДНК, РНК и белков. Результатом молекулярно-филогенетического анализа является построение филогенетического дерева живых организмов.
Близкое родство между живыми организмами обычно сопровождается большой степенью сходства в строении тех или иных макромолекул, а молекулы не родственных организмов сильно различаются между собой. Молекулярная филогения использует такие данные для построения филогенетического древа, которое отражает гипотетический ход эволюции исследуемых организмов. Возможность анализировать и подробно изучать эти молекулы появилась только в последние десятилетия XX века.
ЦитироватьХотя филогенетические деревья, построенные на основе последовательностей генов или всего генома особей различных видов, могут дать представление об эволюции, у них есть серьёзные ограничения. Филогенетические деревья не обязательно (и вероятно никогда) не дают полного и абсолютно правильного описания эволюционной истории. Данные, на которых основана реконструкция дерева, всегда отражают реальную эволюционную историю с некоторой погрешностью. Из-за этого дерево, построенное на основе ограниченных данных (например, последовательности единственного гена или белка), требует скептического отношения к себе, потому что дерево, построенное на основе другого независимого источника данных, нередко будет отличаться от первого.
Горизонтальный перенос генов, а также гибридизация между видами затрудняют использование деревьев для описания эволюции. В случаях, когда подобные эволюционные события сыграли большую роль в эволюции изучаемой группы, предлагается использовать более сложные методы описания, например филогенетические сети[en].
Как правило, реконструкция филогенетического дерева представляет собой оценку филогении особенностей (например, эволюционной истории какого-либо отдельного гена), а не филогении организмов, из которых были отобраны эти особенности, хотя в идеале обе филогении должны быть близки друг к другу.
Следует также скептически относиться к включению в дерево вымерших видов, информация о которых полностью или частично основана на последовательностях ДНК. Хотя небольшие фрагменты «древней ДНК» сохраняются дольше 100 000 лет, но, за исключением некоторых особых случаев, длина таких фрагментов недостаточна для использования в филогенетическом анализе.
В некоторых организмах эндосимбионты могут иметь эволюционную историю, отличную от истории хозяина
Цитата: Arturius от апреля 30, 2024, 20:02:22Из темы про перья динозавров:Филогенетика - это не значит генетика (просто корни - общие у слов).Цитата: Alexeyy от апреля 30, 2024, 19:18:27Ну это не вывод, а факт: палеофилогенетика это исключает. А на сколько она верна - это другой вопрос.Откуда это узнали? ДНК-то не сохранилась!
Цитата: Arturius от апреля 30, 2024, 20:02:22Мне просто чисто интуитивно почему-то кажется, что если "скрестить" типа ежа с ужом (разные таксоны авиметарзалей), то на псевдозухий - не очень похоже будет.Цитата: Alexeyy от апреля 30, 2024, 19:18:27Я думаю, что псевдозухии слишком специализированы, чтобы стоять у основания авиметарзалий, хоть и близки к нему.В чём именно? Слишком большие и массивные? Слишком крупная чешуя? Слишком много остеодерм? Ну так псевдозухии разными были. Были среди них и травоядные, и хищные.
Цитата: Alexeyy от апреля 30, 2024, 19:18:27Ну это не вывод, а факт: палеофилогенетика это исключает. А на сколько она верна - это другой вопрос.Откуда это узнали? ДНК-то не сохранилась!
Цитата: Alexeyy от апреля 30, 2024, 19:18:27Я думаю, что псевдозухии слишком специализированы, чтобы стоять у основания авиметарзалий, хоть и близки к нему.В чём именно? Слишком большие и массивные? Слишком крупная чешуя? Слишком много остеодерм? Ну так псевдозухии разными были. Были среди них и травоядные, и хищные.
Цитата: Alexeyy от апреля 30, 2024, 15:52:40в кровь уходит же кислородДа я уже давно лопнул, еслиб столько в кровь входило.
Цитата: Arturius от апреля 30, 2024, 17:40:56Не знаю. Может быть.Цитата: Alexeyy от апреля 30, 2024, 16:48:19Выражайтесь яснее: выше речь не о каких многих таксонах не шла, а шла речь только о псевдозухиях. И не понятно про кого спрашивается, что "независимо друг от друга стали теплокровными".Про псевдозухий же!
Цитата: Arturius от апреля 30, 2024, 17:40:56Ну это не вывод, а факт: палеофилогенетика это исключает. А на сколько она верна - это другой вопрос. Я думаю, что псевдозухии - слишком специализированны, чтобы стоять у основания авиметарзалий, хоть и близки к нему.Цитата: Alexeyy от апреля 30, 2024, 16:48:19Палеофилогенетика это исключает. Не от псевдозухий, а от какого-то их общего теплокровного предка.Но ведь у человечества нет доступа к ДНК столь древних животных! Откуда тогда можно делать столь категоричные выводы?Или машину времени уже изобрели?
Цитата: Arturius от апреля 30, 2024, 17:40:56Ну так и вот: через повторную адаптацию к теплокровности, но другим способом.Цитата: Alexeyy от апреля 30, 2024, 16:48:19И, по-моему, не напрямую, а от потерявшего теплокровность, идя к линии авиметарзалий (но сохранившейся в линии псевдозухий).Это противоречит закону необратимости эволюции. Если какой-то вид утратил теплокровность, то его потомки не смогут заново стать теплокровными: коли за столько лет мутации в генах, некогда отвечавших за выработку тепла, не будут «отсеиваться» естественным отбором (если эти гены вообще останутся) накопятся в огромном количестве, то обратное превращение будет очень маловероятным. Если, конечно, организмы не будут вырабатывать новые вещества, с участием которых химические реакции будут вырабатывать тепло (как это случилось с жуками-бомбардирами).
Цитата: Alexeyy от апреля 30, 2024, 16:48:19Выражайтесь яснее: выше речь не о каких многих таксонах не шла, а шла речь только о псевдозухиях. И не понятно про кого спрашивается, что "независимо друг от друга стали теплокровными".Про псевдозухий же!
Цитата: Alexeyy от апреля 30, 2024, 16:48:19Палеофилогенетика это исключает. Не от псевдозухий, а от какого-то их общего теплокровного предка.Но ведь у человечества нет доступа к ДНК столь древних животных! Откуда тогда можно делать столь категоричные выводы?
Цитата: Alexeyy от апреля 30, 2024, 16:48:19И, по-моему, не напрямую, а от потерявшего теплокровность, идя к линии авиметарзалий (но сохранившейся в линии псевдозухий).Это противоречит закону необратимости эволюции. Если какой-то вид утратил теплокровность, то его потомки не смогут заново стать теплокровными: коли за столько лет мутации в генах, некогда отвечавших за выработку тепла, не будут «отсеиваться» естественным отбором (если эти гены вообще останутся) накопятся в огромном количестве, то обратное превращение будет очень маловероятным. Если, конечно, организмы не будут вырабатывать новые вещества, с участием которых химические реакции будут вырабатывать тепло (как это случилось с жуками-бомбардирами).
Цитата: Arturius от января 27, 2024, 07:57:17Очевидно, что у кембрийской фауны и флоры, даже самой сложной, были предки из числа эдиакарской/вендской. И эволюция происходила явно не мгновенно. Например, членистоногие и их родственники: не могли ли они произойти от проартикулят (всякие сприггины, дикинсонии, ёргии и тому подобное)?Считается, что произошли от червячка с ногами. Это и палеонтология показывает и сравнительный анализ генома.
Цитата: Arturius от апреля 30, 2024, 16:25:32Выражайтесь яснее: выше речь не о каких многих таксонах не шла, а шла речь только о псевдозухиях. И не понятно про кого спрашивается, что "независимо друг от друга стали теплокровными".Цитата: Alexeyy от апреля 30, 2024, 15:47:03Если кость растет очень быстро, то получается слабо структурированной (структура - хаотична), и наоборот. Как правило, быстро растут кости теплокровных. И оказалось, что у псевдозухиев есть хаотическая структура кости. Т. е. они были теплокровными, а некоторые ветви их потомков потом стали переходить к холоднокровности (как линия крокодиломорфов с позднего триаса). Т. е. ветка псевдозухий была, изначально, теплокровной.Может, просто независимо друг от друга стали теплокровными?
Цитата: Arturius от апреля 30, 2024, 16:25:32Казалось бы, раз рептилии, значит, холоднокровность первичная. Я и раньше слышал предположение про теплокровных предков крокодилов, но не верил. Или современные крокодилы тоже теплокровные, а исследователи по ошибке списали постоянную температуру тела на размеры тела?Палеофилогенетика это исключает. Не от псевдозухий, а от какого-то их общего теплокровного предка. И, по-моему, не напрямую, а от потерявшего теплокровность, идя к линии авиметарзалий (но сохранившейся в линии псевдозухий).
Не могли ли авиметарзалии (птерозавры, динозавры, птицы и их родичи) произошли от теплокровных псевдозухий?