Как известно, по практически общепринятой сейчас гипотезе, внвчале был РНК мир, который потом смог как-то "одомашнить" аминокислоты и научился "выращивать" из них белки, взявшие впоследствии на себя большую часть работы по катализу необходимых елетке реакций. Но как конкретно это могло случиться. я что-то пока нигде никаких гипотез не нашёл (может плохо искал?). Соответственно, рискну предложить на суд публики следующую (скорее всего бредовую, но вдруг в ней есть всё же какое-то рациональное зерно) гипотезу.
Итак, не мог ли генетический код сформироваться в результате борьбы небольших РНК ещё тогда существовавшего РНК мира с аминокислотами, "прорвашимися" сквозь ещё несовершенную тогда мембрану, или просто случайно синтезировавшимися в клетке? Вполне возможно, что эти аминокислоты мешали автокаталитическим процессам, шедшим под управлением РНК в древней РНК-клетке, и в качестве меры борьбы с ними у них выработался некий простейший аналог имунной системы. Появились некие небольшие РНК (предшественники тРНК), задачей которых был поиск и нейтрализация проникших в клетку аминокислот. Для этого у них в результате эволюции выработалась способность распознавать их примерно так же, как клетки имунной системы распознают вирусов, только, конечно, много проще. Дальше со "сязанными" таким образом аминокислотами нужно было что-то делать, так как бесконечный синтез тРНК энергетически невыгоден, хорошо было бы, что бы они могли достаточно быстро "сплавить" куда-нибудь очередную аминокислоту, освобожившись для поиска новых чужеродных тел, проникших в клетку. Тут на помощь могла придти как раз некая "про-рРНК", которая используя в качестве "затравки" некую предшественницу иРНК научилась "сшивать" аминокислоты друг с другом, ибо, после формирования вторичной, третичной, а потом и четвертичной структуры указанная молекула превращалась как бы в клеточную "свалку мусора", занимающую не так много места, и благодаря "затравочной" и-РНК "осмысленно" сворачивающуюся в структуру, не мешающую нормальному функционированию клетки. Но впоследствии, благодаря случайным мутациям в иРНК однажды вдруг получилась структура, обладающая очень полезной каталитической активностью (улучшающей, например, сам процесс функционирования рРНК) и начала работать петля положительной обратной связи...
Спасибо.
Очень интересная и по-моему логичная гипотеза!
Цитата: Alexy от декабря 01, 2009, 17:54:58
Спасибо.
Очень интересная и по-моему логичная гипотеза!
Да не за что. Но это, в принципе, всё же из области бабушка надвое сказала, а вот другая гипотеза, что изначально генетический код в РНК мире был скорее всего двухбуквенным, основанным лишь на паре C-G, довольно хорошо подтверждается статистическими прикидами. Вроде бы, сейчас считается более-менее общепринятым, что трёхпозиционному коду предшествовал двухпозиционный, в котором третий кодон игнорировался. Логично предположить, что первыми появились те 8 аминокислот, которые до сих пор инвариантны к замене третьего основания. Появившимся позже пришлось довольствоваться оставшимися вариантами первых двух "букв" с вариацией позиции на 3-й "букве". Если это предположение соответствует действительности, то частота встречаемости "букв" в указанных 8 аминокислотах должна, по видимому, как то соответствовать статистике распределения нуклеотидных оснований в существующем на момент появления генетического кода РНК мире. Если посчитать, то при кодировании указанных 8 аминокислот буква C используется 7 раз, G - 5 раз, U - 3 раза, A - 1 раз. Итого, пара G-C встречается в 75% вариантов, что очень неплохо согласуется с 76%, полученными французами для рРНК LUCA. Можно пойти ещё дальше, и предположить, что в самом начале код был вообще 2-буквенным, (G-C), которым кодировалось всего 4 базовые аминокислоты - Ala, Gly, Pro и Arg. Кстати, 2 из указанных 4 вообще самые простые аминокислоты, так что логично, что они могли появиться первыми. Пролин тоже одна из простейших аминокислот, и лишь аргинин в этом смысле является исключением. Можно попытаться проверить эту гипотезу статистически, предположив, что тот факт, что при кодировании 8 наиболее древних аминокисот по первым 2 позициям, есть все возможные варианты сочетания C и G, и нет ни одного сочетания U и A, является случайным. Я сделал простенькую модель (в принципе, можно посчитать вероятности и напрямую, но там придётся рассматривать слишком много вариантов) которая показала, что при случайном выборе из 4-х букв вероятность того, что при формировании кода для 8 аминокислот для одной из комплиментарных пар нуклеотидов окажется реализованными все возможные варианты, а для другой (не важно - C-G или A-U) - ни одного, составляет величину около 1%. Конечно, это далеко от абсолютной достоверности, но, в то же время, вероятность противоположной гипотезы в 99%, я думаю, заслуживает внимания. В принципе, можно даже предположить, почему в РНК мире превалировала пара C-G. Как известно, для РНК очень важна вторичная структура, обеспечивающая, за счёт образования "листьев" её каталитическую активность. При этом известно, что пара C-G обеспечивает наибольшую силу связи по сравнению с другими вариантами. Таким образом, структура, построенная лишь на основе C-G, или, по крайней мере, там, где эта пара преобладает, будет гораздо надёжнее сохранять свою трёхмерную форму. Кстати, это хорошо видно по тРНК. В большинстве тРНК современных организмов пара C-G по прежнему статистически превалирует. Конечно, сейчас этот фактор уже не столь важен, так как большую часть каталитической активности берут на себя белки, но до их появления условия на устойчивость объёмной формы РНК были, возможно, жёстче, чем сейчас.
видится тут два слабых места:
Цитата: Комбинатор от ноября 30, 2009, 19:25:51
Дальше со "сязанными" таким образом аминокислотами нужно было что-то делать, так как бесконечный синтез тРНК энергетически невыгоден, хорошо было бы, что бы они могли достаточно быстро "сплавить" куда-нибудь очередную аминокислоту, освобожившись для поиска новых чужеродных тел, проникших в клетку. Тут на помощь могла придти как раз некая "про-рРНК", которая используя в качестве "затравки" некую предшественницу иРНК научилась "сшивать" аминокислоты друг с другом, ибо, после формирования вторичной, третичной, а потом и четвертичной структуры указанная молекула превращалась как бы в клеточную "свалку мусора", занимающую не так много места, и благодаря "затравочной" и-РНК "осмысленно" сворачивающуюся в структуру, не мешающую нормальному функционированию клетки.
дело в том, что и-РНК не способна ни к сшиванию аминокислот, ни к сворачиваю белка в глобулу - всё это делают либо другие белки, либо рибосомная РНК. Рибосомная РНК в самом деле могла выполнять подобные функции изначально, но:
Цитата: Комбинатор от ноября 30, 2009, 19:25:51Но впоследствии, благодаря случайным мутациям в иРНК однажды вдруг получилась структура, обладающая очень полезной каталитической активностью (улучшающей, например, сам процесс функционирования рРНК) и начала работать петля положительной обратной связи...
но никакой информативностью в смысле кодирования белков она не обладает, и потому о "мутациях" речь не идёт.
ну и в начале:
Цитата: Комбинатор от ноября 30, 2009, 19:25:51
Вполне возможно, что эти аминокислоты мешали автокаталитическим процессам, шедшим под управлением РНК в древней РНК-клетке,
не знаю... но как они могли мешать? правда, может и могли - липнув на РНК положительными концами.
Спасибо за мнение. Мои комментарии ниже.
Цитата: DNAoidea от декабря 01, 2009, 20:55:51
видится тут два слабых места:
Цитата: Комбинатор от ноября 30, 2009, 19:25:51
Дальше со "сязанными" таким образом аминокислотами нужно было что-то делать, так как бесконечный синтез тРНК энергетически невыгоден, хорошо было бы, что бы они могли достаточно быстро "сплавить" куда-нибудь очередную аминокислоту, освобожившись для поиска новых чужеродных тел, проникших в клетку. Тут на помощь могла придти как раз некая "про-рРНК", которая используя в качестве "затравки" некую предшественницу иРНК научилась "сшивать" аминокислоты друг с другом, ибо, после формирования вторичной, третичной, а потом и четвертичной структуры указанная молекула превращалась как бы в клеточную "свалку мусора", занимающую не так много места, и благодаря "затравочной" и-РНК "осмысленно" сворачивающуюся в структуру, не мешающую нормальному функционированию клетки.
дело в том, что и-РНК не способна ни к сшиванию аминокислот, ни к сворачиваю белка в глобулу - всё это делают либо другие белки, либо рибосомная РНК. Рибосомная РНК в самом деле могла выполнять подобные функции изначально, но:
Естественно, за сшивание отвечала рРНК. иРНК отвечала лишь за то, что бы получившийся белок сворачивался в такую структуру, которая бы "не мешалась" в клетке. Ведь, на сколько я понимаю, как будет сворачиваться белок зависит, в основном, от последовательноси его аминокислот, правильно?
Цитата: DNAoidea от декабря 01, 2009, 20:55:51
но никакой информативностью в смысле кодирования белков она не обладает, и потому о "мутациях" речь не идёт.
В смысле, кто "она"? рРНК? Да, конечно. Информативностью обладает иРНК. Речь просто идёт о том, что случайно мог получиться белок, "липнущий" к рРНК и улучшающий какие-то её каталитические свойства.
Цитата: Комбинатор от декабря 01, 2009, 21:30:48
иРНК отвечала лишь за то, что бы получившийся белок сворачивался в такую структуру, которая бы "не мешалась" в клетке.
но как? ведь кусок пути информации от иРНК к белку как раз наиболее сложный - для его реализации нужна рибосома ни много ни мало, и никаких других механизмов не известно, а простых, типа комплементаци тут точно не может быть - как такое возникло в подобной праклетке?
Цитата: Комбинатор от декабря 01, 2009, 21:30:48Ведь, на сколько я понимаю, как будет сворачиваться белок зависит, в основном, от последовательноси его аминокислот, правильно?
разумеется, однако этот вопрос до конца не разрешён, конечную конформацию как видно определяют белки типа шаперонов, но на том уровне о каком идёт речь это не важно.
Цитата: Комбинатор от декабря 01, 2009, 21:30:48
В смысле, кто "она"? рРНК? Да, конечно. Информативностью обладает иРНК. Речь просто идёт о том, что случайно мог получиться белок, "липнущий" к рРНК и улучшающий какие-то её каталитические свойства.
да, конечно иРНК... рРНК на таком уровне это будет РНК катализирующая образования пептидной связи.
Шотландский геохимик Michael Russell (с соавторами) в конце прошлого века - начале нового выступил с красивой гипотезой происхождения первых самореплицирующихся нуклеопротеидов. По М.Расселу, они регулярно нарабатывались в природных каталитических «реакторах» - щелочных низкотемпературных вентах пребиотического океана. Примитивный генетический код якобы возник там разом с первыми молекулами РНК. Завораживает...
См. на
gla.ac.uk/projects/originoflife
С картинками (но русского перевода нет).
Цитата: DNAoidea от декабря 02, 2009, 02:13:06
но как? ведь кусок пути информации от иРНК к белку как раз наиболее сложный - для его реализации нужна рибосома ни много ни мало, и никаких других механизмов не известно, а простых, типа комплементаци тут точно не может быть - как такое возникло в подобной праклетке?
На сколько я знаю, сейчас доказано, что "голая" рРНК, без белков, тоже может катализировать "сшивку" аминокислот, "захваченных" тРНК, хотя, конечно, гораздо менее эффективно, чем "классическая" рибосома.
У М.Рассела как раз и обыгрывается замечательная способность РНК-молекул.
Цитата: Комбинатор от декабря 02, 2009, 13:06:21
На сколько я знаю, сейчас доказано, что "голая" рРНК, без белков, тоже может катализировать "сшивку" аминокислот, "захваченных" тРНК, хотя, конечно, гораздо менее эффективно, чем "классическая" рибосома.
Активный центр рибосом определяется РНК, белки там явно вторичны.
Возникновение белкового синтеза можно описать такой схемой; Для репликации РНК нужны не просто нуклеотиды, а активированные нуклеотиды. Ферменты ведь служат только катализаторами – то есть ускоряют реакции, которые происходили бы и без их участия, но только гораздо медленнее. Сейчас в клетке в качестве таких активированных нуклеотидов выступают их трифосфаты. В первичных гиперциклах качестве таковых могли использоваться аминокислотные производные нуклеотидов, содержащие P-N связь – эта связь также макроэргична и может приводить к синтезу фосфодиэфирной связи. С другой стороны аналогичную функцию играет связь карбоксильной группы аминокислоты с сахаром рибозы, которая служит макроэргом для синтеза полипептидной цепи белка. Этим можно объяснить, почему из всех возможных аминов отбирались именно аминокислоты.
Самыми первичными тРНК могли быть тринуклеотиды с привязанными к сахару аминокислотами. Они выстраивались вдоль прото мРНК, и прото-рибосома синтезировала пептид. Из такой схемы можно объяснить, почему белковый код триплетный: моно- и динуклеотиды слишком слабо связываются с м-РНК, минимальную устойчивость сохраняют только тринуклеотиды.
Кстати, шапероны – это, как правило, белки «теплового шока» - восстанавливают массированные повреждения в клетках после внешнего воздействия. Мелкие белки прекрасно сворачиваются и в «пробирке», но «крупные» , особенно содержащие много S-S связей могут сворачиваться неправильно, поскольку их форма определяется порядком их синтеза их на рибосоме: по мере роста цепи происходит сворачивание и замыкание нужных S-S связей или образование стабильных гидрофобных глобул, поэтому после денатурации такие белки сворачиваются неправильно, а шапероны протаскивают через отверстие внутри себя полипептидную цепь поврежденного белка, как бы заново моделируя рибосомный синтез.
Цитата: Сергей от декабря 02, 2009, 14:18:18
Самыми первичными тРНК могли быть тринуклеотиды с привязанными к сахару аминокислотами. Они выстраивались вдоль прото мРНК, и прото-рибосома синтезировала пептид. Из такой схемы можно объяснить, почему белковый код триплетный: моно- и динуклеотиды слишком слабо связываются с м-РНК, минимальную устойчивость сохраняют только тринуклеотиды.
Я правильно понимаю, что Вы предпологаете, что первоначально тРНК "не различали" аминокислот, то есть, на рибозы в тринуклеотидах аминокислоты налипали случайным образом, и, соответственно, впоследстаии в пептидах синтезировалась случайная последовательность аминокислот?
Кстати, откуда в составе первых 4-х аминокислот взялся достаточно сложный аргинин, тоже, в принципе, можно объяснить. Он обладает положительно заряженным "хвостом", так что, он мог быть нужен, в первую очередь, в качестве "клея" при формировании вторичных структур первых белков.
Цитата: Комбинатор от декабря 02, 2009, 15:50:02первоначально тРНК "не различали" аминокислот, то есть, на рибозы в тринуклеотидах аминокислоты налипали случайным образом, и, соответственно, впоследстаии в пептидах синтезировалась случайная последовательность аминокислот?
Могли и не случайно, если предположить существование прото-рибозим-аминоацил-тРНК-синтезазы, которая или навешивала на конец тринуклеотида аминокислоту, или добавляла по два нуклеотида к нуклеотиду с аминокислотой, не случайным образом, а в зависимости от его состава. Вроде бы кто-то находил некое стерическое соответствие между антикодоновыми триплетами и кодирующими ими аминокислотами.
Цитата: Комбинатор от декабря 02, 2009, 13:06:21
На сколько я знаю, сейчас доказано, что "голая" рРНК, без белков, тоже может катализировать "сшивку" аминокислот, "захваченных" тРНК, хотя, конечно, гораздо менее эффективно, чем "классическая" рибосома.
с этим я не спорю, но только это просто создание полипептида - не важно их каких аминокислот, а вот чтобы быть информативной - то есть задавать своей структурой структуру белка, вот тут уже нужно совсем иное...
Цитата: DNAoidea от декабря 02, 2009, 18:19:21
с этим я не спорю, но только это просто создание полипептида - не важно их каких аминокислот, а вот чтобы быть информативной - то есть задавать своей структурой структуру белка, вот тут уже нужно совсем иное...
А разве мРНК для этого недостаточно?
Цитата: Комбинатор от декабря 02, 2009, 18:27:32
А разве мРНК для этого недостаточно?
нет конечно, необходим весь комплекс перевода информации в другую форму - наподобие того, как одной записи на жёстком диске не достаточно чтобы на бумаге проступил буквы - для этого необходимо ещё куча вещей.
Цитата: DNAoidea от декабря 02, 2009, 21:44:44
Цитата: Комбинатор от декабря 02, 2009, 18:27:32
А разве мРНК для этого недостаточно?
нет конечно, необходим весь комплекс перевода информации в другую форму - наподобие того, как одной записи на жёстком диске не достаточно чтобы на бумаге проступил буквы - для этого необходимо ещё куча вещей.
А что конкретно нужно кроме тРНК с аминокислотами, рРНК и мРНК?
Я, честно говоря, считал, что в простейшем случае этого достаточно...
Цитата: Комбинатор от декабря 02, 2009, 22:16:55
А что конкретно нужно кроме тРНК с аминокислотами, рРНК и мРНК?
в принципе этого достаточно, но это не так мало... однако мРНК должна каким-то образом не сворачиваться. Да и насаживать на тРНК аминокислоты надо не абы как, а строго упорядоченно. И всё это только для того, чтобы удалить аминокислоты из клетки.
Цитата: DNAoidea от декабря 05, 2009, 03:33:51
в принципе этого достаточно, но это не так мало... однако мРНК должна каким-то образом не сворачиваться.
Мне кажется, достаточно короткие (не более пары десятков нуклеотидов) РНК и так не должны сворачиваться.
Цитата: DNAoidea от декабря 05, 2009, 03:33:51
Да и насаживать на тРНК аминокислоты надо не абы как, а строго упорядоченно. И всё это только для того, чтобы удалить аминокислоты из клетки.
На счёт "строго упорядоченно" - сомневаюсь. Как бы не возник механизм синтеза белков вначале он, как мне кажется, был весьма приблизительным. Например, для того, что бы первичная белковая цепочка свернулась в более-менее компактную вторичную структуру, достаточно, грубо говоря, что бы в ней был статистически значимый процент аминокислот, способных "склеиваться" друг с другом. Или Вы с этим не согласны?
Цитата: Комбинатор от декабря 05, 2009, 15:34:51
Цитата: DNAoidea от декабря 05, 2009, 03:33:51
в принципе этого достаточно, но это не так мало... однако мРНК должна каким-то образом не сворачиваться.
Мне кажется, достаточно короткие (не более пары десятков нуклеотидов) РНК и так не должны сворачиваться.
Цитата: DNAoidea от декабря 05, 2009, 03:33:51
Да и насаживать на тРНК аминокислоты надо не абы как, а строго упорядоченно. И всё это только для того, чтобы удалить аминокислоты из клетки.
На счёт "строго упорядоченно" - сомневаюсь. Как бы не возник механизм синтеза белков вначале он, как мне кажется, был весьма приблизительным. Например, для того, что бы первичная белковая цепочка свернулась в более-менее компактную вторичную структуру, достаточно, грубо говоря, что бы в ней был статистически значимый процент аминокислот, способных "склеиваться" друг с другом. Или Вы с этим не согласны?
Насчет сворачивания - вы не правы, и короткие одноцепочечные ДНК и РНК сворачиваются еще как - при наличии соответствующей первичной структуры.
Насчет тРНК. Мне кажется, что это относительно позднее приобретение. Сначала все могло быть проще - полинуклеотид (сейчас не говорим о том, откуда он взялся) на себе избирательно сорбирует аминокислоты за счет своей первичной структуры. В итоге образуется некая последовательность аминокислот. Далее - самый круциальный этап, образование ковалентной связи между амимнокислотами (нужна энергия). В итоге получаем две цепочки - полинуклеотид и полипептид. Далее каждый из них может строить копию ...
Цитата: Питер от декабря 07, 2009, 17:58:55
Насчет сворачивания - вы не правы, и короткие одноцепочечные ДНК и РНК сворачиваются еще как - при наличии соответствующей первичной структуры.
Спасибо. Почитал ещё в Википедии - оказывается, мРНК как раз в основном и существуют в виде вторичных структур, и это не мешает считыванию с них информацими рибосомой. То есть, в этом случае, я не совсем понял, почему DNAoidea написал, что "мРНК должна каким-то образом не сворачиваться". Получается, что сворачивание мРНК синтезу белоков не помеха?
Цитата: Питер от декабря 07, 2009, 17:58:55
Насчет тРНК. Мне кажется, что это относительно позднее приобретение. Сначала все могло быть проще - полинуклеотид (сейчас не говорим о том, откуда он взялся) на себе избирательно сорбирует аминокислоты за счет своей первичной структуры. В итоге образуется некая последовательность аминокислот.
А разве такое возможно? Есть какие-то данные, указывающие, что к РНК могут напрямую "липнуть" аминокислоты по одной на каждые три нуклеотда?
Цитата: Комбинатор от декабря 08, 2009, 01:04:18
Цитата: Питер от декабря 07, 2009, 17:58:55
Насчет сворачивания - вы не правы, и короткие одноцепочечные ДНК и РНК сворачиваются еще как - при наличии соответствующей первичной структуры.
Спасибо. Почитал ещё в Википедии - оказывается, мРНК как раз в основном и существуют в виде вторичных структур, и это не мешает считыванию с них информацими рибосомой. То есть, в этом случае, я не совсем понял, почему DNAoidea написал, что "мРНК должна каким-то образом не сворачиваться". Получается, что сворачивание мРНК синтезу белоков не помеха?
Цитата: Питер от декабря 07, 2009, 17:58:55
Насчет тРНК. Мне кажется, что это относительно позднее приобретение. Сначала все могло быть проще - полинуклеотид (сейчас не говорим о том, откуда он взялся) на себе избирательно сорбирует аминокислоты за счет своей первичной структуры. В итоге образуется некая последовательность аминокислот.
А разве такое возможно? Есть какие-то данные, указывающие, что к РНК могут напрямую "липнуть" аминокислоты по одной на каждые три нуклеотда?
Не уверен, что в клетке мРНК сильно свернута. Свернуть в вторичную структуру в компе можно все что угодно, а вот в клетке - черт знает. Вообще вопрос - а свободная мРНК вообще существует ? Или это всегда некий комплекс с белком ?
Опять же не думаю, что в начале все было как сейчас - триплетный код, строгое соответствие и т.д. Ясно, что как-то относительно специфично полинуклеотид с белком связывается. То есть какое-то узнавание полинуклеотидом определенной последовательности белка есть.
Цитата: Питер от декабря 08, 2009, 16:58:02
Не уверен, что в клетке мРНК сильно свернута. Свернуть в вторичную структуру в компе можно все что угодно, а вот в клетке - черт знает. Вообще вопрос - а свободная мРНК вообще существует ? Или это всегда некий комплекс с белком ?
Сильно - не сильно, вопрос философский, но склеенные участки есть, это факт. Более того, именно они используются рибосомой, например, для того, что бы узнать, в каких местах нужно вставлять "нетрадиционные" аминокислоты. На счёт того, насколько идеализирована ситуация "голой" мРНК, без белков, ничего определённого сказать не могу.
Цитата: Питер от декабря 08, 2009, 16:58:02
Опять же не думаю, что в начале все было как сейчас - триплетный код, строгое соответствие и т.д. Ясно, что как-то относительно специфично полинуклеотид с белком связывается. То есть какое-то узнавание полинуклеотидом определенной последовательности белка есть.
На каком то из ранних этапов, скорее всего, был двухбуквенный (C-G) дуплетный код для кодирования белков всего из 4-х аминокислот.
По поводу возможной комплиментарности белков и полинуклеотидов не очень понятно, если такой механизм изначально действительно был, почему он, вместо того, что бы далее совершенствоваться, исчез, уступив место последовательной сборке? Ведь природа очень консервативна, да и параллельная сборка должна быть гораздо эффективнее и быстрее последовательной...
Цитата: Питер от декабря 08, 2009, 16:58:02
Опять же не думаю, что в начале все было как сейчас - триплетный код, строгое соответствие и т.д. Ясно, что как-то относительно специфично полинуклеотид с белком связывается. То есть какое-то узнавание полинуклеотидом определенной последовательности белка есть.
На каком то из ранних этапов, скорее всего, был двухбуквенный (C-G) дуплетный код для кодирования белков всего из 4-х аминокислот.
По поводу возможной комплиментарности белков и полинуклеотидов не очень понятно, если такой механизм изначально действительно был, почему он, вместо того, что бы далее совершенствоваться, исчез, уступив место последовательной сборке? Ведь природа очень консервативна, да и параллельная сборка должна быть гораздо эффективнее и быстрее последовательной...
[/quote]
Да, но:
- ситуация стала сложнее (больше аминокислот, сложнее код);
- на первых этапах образование ковалентной связи между АК скорее всего не было ферментативным процессом. Как только появляется фермент - проще один раз протянуть мимо него нитку. чем ферменту прыгать вдоль нитки. Или одновременно использовать сразу много молекул фермента.
Цитата: Питер от декабря 09, 2009, 11:09:41
Да, но:
- ситуация стала сложнее (больше аминокислот, сложнее код);
- на первых этапах образование ковалентной связи между АК скорее всего не было ферментативным процессом. Как только появляется фермент - проще один раз протянуть мимо него нитку. чем ферменту прыгать вдоль нитки. Или одновременно использовать сразу много молекул фермента.
Может быть...
К сожалению, как моя, там и Ваша гипотезы практически полностью умозрительны. В частности, для подверждения Вашей, хорошо было бы экспериментально продемонстрировать возможность безферментативного построения белков на "затравочной" матрице мРНК. Кроме того, как Вы самии ниже указали, для склеивания АК нужна энергия, и не совсем понятно, откуда она возьмётся в данном случае...
Цитата: Комбинатор от декабря 09, 2009, 16:27:38
хорошо было бы экспериментально продемонстрировать возможность безферментативного построения белков на "затравочной" матрице мРНК. Кроме того, как Вы самии ниже указали, для склеивания АК нужна энергия, и не совсем понятно, откуда она возьмётся в данном случае...
О реконструкции проторибосомы в статье Маркова:
Цитироватьhttp://elementy.ru/news/431013
Методом искусственной эволюции были получены функциональные РНК (рибозимы), способные катализировать транспептидацию (соединение аминокислот, прикрепленных к тРНК, в короткие белковые молекулы). Структура этих искусственно выведенных рибозимов очень близка к структуре той проторибосомы, которую «вычислили» авторы обсуждаемой статьи.
По-видимому, проторибосома была просто устроенным рибозимом, катализирующим синтез небольших белковых молекул в РНК-организме. Специфичность синтеза поначалу была очень низкой (аминокислоты выбирались более или менее случайно). В дальнейшем к проторибосоме добавлялись новые блоки, причем добавлялись они таким образом, чтобы не нарушить структуру активного центра молекулы, а также всех тех блоков, которые присоединились ранее.
В работах Шабаровой, 40-летней давности, было показано, что фосфоамидные производные аминокислоты и олигонуклеотида конденсируются на матрице. Эта связь макроэргична - то есть для образование из неё фосфодиэфирной связи дополнительной энергии в водном растворе не нужно. Аналогично ведет себя и сложноэфирная связь между сахаром и карбоксильной группой аминокислоты: если к такому соединению добавить аминокислоту, образуется пептидная связь. Так что, можно предположить, что "вначале было" циклическое производное аминокислоты и нуклеотида. Интересно посмотреть, возможен ли его синтез из простых соединений, аналогичный недавно предложенному для нуклеотида.
Цитата: Сергей от декабря 09, 2009, 17:21:10
О реконструкции проторибосомы в статье Маркова:
http://elementy.ru/news/431013
Да, спасибо, я, конечно, читал эту заметку на Элементах. Кстати, интересно, а ген. код этой самой первичной проторибосомы где-нибудь можно поглядеть?
Цитата: Сергей от декабря 09, 2009, 17:21:10
В работах Шабаровой, 40-летней давности, было показано, что фосфоамидные производные аминокислоты и олигонуклеотида конденсируются на матрице. Эта связь макроэргична - то есть для образование из неё фосфодиэфирной связи дополнительной энергии в водном растворе не нужно. Аналогично ведет себя и сложноэфирная связь между сахаром и карбоксильной группой аминокислоты: если к такому соединению добавить аминокислоту, образуется пептидная связь. Так что, можно предположить, что "вначале было" циклическое производное аминокислоты и нуклеотида. Интересно посмотреть, возможен ли его синтез из простых соединений, аналогичный недавно предложенному для нуклеотида.
Любопытно, хотя я, честно говоря, далеко не всё понял. Об этом можно где-нибудь более подробно почитать (желательно с картинками, а то в органической химии я далеко не Копенгаген...)?
Цитата: Комбинатор от декабря 09, 2009, 18:39:25
Об этом можно где-нибудь более подробно почитать (желательно с картинками, а то в органической химии я далеко не Копенгаген...)?
Скорее всего, нигде: надо лезть в специальные статьи и учебники.
Цитата: Сергей от декабря 11, 2009, 14:41:01
Скорее всего, нигде: надо лезть в специальные статьи и учебники.
Жаль...
Цитата: Комбинатор от ноября 30, 2009, 19:25:51
Как известно, по практически общепринятой сейчас гипотезе, внвчале был РНК мир, который потом смог как-то "одомашнить" аминокислоты и научился "выращивать" из них белки, взявшие впоследствии на себя большую часть работы по катализу необходимых елетке реакций. Но как конкретно это могло случиться. я что-то пока нигде никаких гипотез не нашёл (может плохо искал?). ...
-- Что касается `одомашнить` - гораздо более серьезно стоял вопрос о возможности `операбельности` РНК инструментов в отсутствии белков Опытами Валеншкайн - США , (иранская ученая) интроны U2 и U6 справились сэтой задачей выполнив сплайсинг типично трансформирующий процесс с меседжРНК. Т.е. , это пролог к тому, что РНК мир НЕ нуждался в пептидах в начале и мог хорошо эволюционировать, я дал такую работу в Мембране , могу тут повторить, тоже написанную в 2003 г. где предложил модель зарождения РНК-ДНК варианта и дал рассчет необходимого времени. У меня худший вариант - 50 млн.лет. А аминокислоты вошли полноправно существенно позднее. До этого были `освоены` ионы металлов, стенки силикатов ...
---Посылка с `C` и `G` немного противоречат существующим представлениям, хотя все возможно до доказывание на обратное. Именно из-за неустойчивости Цитозина эта пара не подходит. В 2003 году я написал следующее: `ЭВОЛЮЦИЯ
образование современных форм геномов` - там я дал обоснование другому выбору А и Т.
ВВЕДЕНИЕ
В этой работе проведен анализ последовательности процесса роста полимерных структур про- ДНК-РНК. В результате сделано заключение об ее первичной организации - как бинарной системы.
ОБЩАЯ ЧАСТЬ
На начальной стадии развития живой материи на Земле происходил рост полимерных структур изсмеси мономеров пронуклеотидов. Естественно принять, что синтез последовательностей из нуклеиновых оснований на этой стадии описывался обычным кинетическим уравнением . Закон этого роста можно описать с помощью гипотетического уравнения (1) полимеризации :
(1) a*A + b*B + c*C = AaBbCc ...
Тогда скорость полимеризации представится следующим образом :
(2) V = K*[A]^a *
^b * [C]^c ...
Где : V – скорость роста полимерной цепи из мономеров видов - A, B, C.. ;
K – коэффициент ;
[A], , [C]...- соответствующие концентрации ;
a, b, c... - коэффициенты.
Ясно , что нас интересует разница в скоростях роста в естественных условиях , когда концентрации оснований произвольны. Для того чтобы исследовать поведение реакции полимеризации в этих случаях возможно принять следующие допущения :
[A] = = [C] .. = [S; и
a = b = c .. = i/N
тогда :
(3) V(N) = K*S]^i ;
Где :
[S = гипотетическая средняя концентрация мономеров ;
N = число видов нуклеиновых оснований ;
i = длинна про-ДНК-РНК полимера
Когда одна из концентраций будет существенно меньше других ( например , примем – 0.5 * S ) ,
тогда получим :
для : N(2)=2 и N(4)=4 , когда [S = 1 при длинне ДНК-РНК = 100 оснований .
Если одна концентрация будет : [C]=[0,5*S] , получим :
R2/4= V(2)/V(4)= K*S]100 / ( S]^75 * [0,5*S]^25 } = 1 / 0,5^25
Где :
R2/4- отношение скоростей полимеризации : для N(2)=2 и N(4)=4 .
Тогда :
R2/4 = 1 / 0,5^25 ~ 3,3 * 10^7
Если данная концентрация будет меньше других ( например 50% [0.5*S] от других ) отношение скоростей полимеризации при прочих равных условиях будет ~ 3.3 * 10^7 как было бы , например , при вариантах ` `A`+` T ` и `A`+` T ` + ` C `+` G ` или на семь порядков меньше .Таким образом , практичeски не были бы воспроизведены пары , как в нашем случае `C` +`G` . Принимая во внимание трудности связанные с естественным синтезом и стабильностью`C` , сделанное предположение является правдоподобным , в предположении естественного происхождения `C` . Таким образом ясно , что скорость полимеризации в случае первичной модели будет на 7 порядков больше, так что необходимо принять что первичные ( архаичные ) полимерные проДНК-РНК структуры - будут бинарными комплементарными системами . Здесь возникает одно ` НО ` - мера архаичности ? Автор не считает , что простейшие (микробы) обязательно архаичны , более того , большинство из них новейшие простейшие . Статистический анализ было бы логично делать не на основе отношений `A`+`T`/`C`+`G` , а по длинне мултиплетов (A..),(T..),(C..),(G..)(A/T..),(C/G..) - например : АААААА. - А(6) – мультиплет . Так что , там где статистический смысл последовательностей начинает исчезать и возможно с высокой вероятностью считать их рудиментами. С другой стороны , в результате полиморфизма изофункциональных кластеров ДНК , структура также несет в себе ее историю происхождения и глубину эволюции кластеров , геномов . Ясно , что эволюционно , последующее появление еще одной пары : ` C`-`G` , позволило увеличить информационную емкость проДНК-РНК при той же термодинамической устойчивой длинне . С точки зрения последующей трансформации РНК, необходимо признать, что эволюция нашла еще один способ `уплотнить ` ДНК информацию. B отдельных геномах до 2-4 размера мультиплетов, будет `чувствоваться` старая ДНК ( как `платформы` ) на которой шли активные мутационные процессы . Но это стало возможным с появлением ` собственного ` производства `- ` C` и `G `.
СРАВНЕНИЕ МУЛЬТИПЛЕТОВ ГЕНОМОВ
Таким образом, предлагается модель развития первичных живых матриц PAM ( Primary Alive Matrix ) где : `AT `-матрица была основной и древнейшей. Сохранены и биохимические: START -`AUU`и STOP -`UAA` кодоны . Матрица `CG` - появляется позже , когда появляется биохимический синтез этих нуклеиновых оснований . Очевидно , что когда этот синтез появился, `C` и `G ` – начали замещать `A и T `- генетический материал. `CG` - матрица входила в древний геном сначала как несущественная ошибка .И наиболее древние копировали ее чисто механически. Но, когда источник,биохимические циклы синтеза `C` и `G` появились , их присутствие уже не лимитировало ( как другие ошибки ) развитие и самовоспроизводство. И новая пара нуклеиновых оснований нашла свое место в эволюции .
Ясно , что мы находимся далеко от этой удивительной эпохи – БИНАРНОЙ ЖИЗНИ . С другой стороны , мы можем наблюдать сложные эволюционные процессы :
1. Распад `AT ` платформ ,
2. Замещение `AT ` платформ - `CG ` платформами .
3. Вырождение `AT ` - платформ .
4. Вырождение `CG ` - платформ .
Распад матриц мы можем определить из следующих соображений :
Примем : Скорость распада мультиплета размера (N) - зависит от его связанности с геномом :
(4.. dN / dt = F(N)
Где: N – размер мультиплета .
F(N) - функция зависящая от `N` размера мультиплета и его `связанности` с геномом .
t - `нормализованное` време .
Скорость распада количества мультиплетов - (n) пропорциональна их количеству :
(5.. dn(N) / dt = Kn * n(N)
Где: n(N) – количество мультиплетов с `N` – размерами
Kn – коэффициент .
Используя уравнения (5) and (6) получаем :
(6.. dN = F(N) * dn/(( Kn )* n(N) )
Функция F(N) – зависит от степени участия мультиплетов в жизненно-важных кластерах: как `ключей`,`инициирующих последовательностей` и других знаков в `граматике` генома . Можно ожидать три простейших случая :
(7.. а) F(N) = KN* N - когда мультиплеты размера -`N` не связаны своим размером с функциями геномома ;
Где: KN – Коэффициент характеризующий связь мультиплетов `N` – размера с геномом ( связь слабая ) ;
б) F(N) = KN – когда мультиплеты `N` – размера связаны своими кодирующими свойствами с геномом ;
в) F(N) = KN / N - когда мультиплеты размера `N` сильно связаны своим размером с функциями геномома и их приемлимая для генома мутация пропорциональна их размеру ;
Соответственно получаем основные зависимости `N` от` n(N)` :
(8.. для 7 а Ln ( Ni/Nk ) = K1 * Ln ( n(Ni) / n(Nk) )
(9) для 7 б Ni -Nk = K1 * Ln (n(Ni) / n(Nk) )
(10) для 7 в Ni2 -Nk2 = K1 * Ln (n(Ni) / n(Nk) )
Где : К1 = KN / Kn
Можно ожидать , что разные размеры и виды мультиплетов будут находиться в различной зависимости от генома и ,соответственно , описываться различными уравнениями. Эти зависимости позволяют измерять `дискретное` значение скорости мутаций в отдельных участках кластеров геномов . Ясно , что эти значения носят вероятностный характер и требуют дополнительных подтверждений. Обычно функция F(N) - имеет отрицательное значение , при ее положительном значении мы будем иметь рост размеров мультиплетов .
Таким образом, появляется идея об информационном совершенстве геномов . Так как мы по-сути, видим одну из сторон эволюции генома, которая определяет в нем основной вектор мутаций. Степень `информационного` совершенства : это приближение отношения CG/AT к `1`, для этого удобно сравнивать суммы логарифмов произведений размеров мультиплетов `CG и AT` на их количество `n` .
..............N=1.................. N=1
(11) Q1 = Σ N*Ln [n(CG )] / Σ N*Ln [n(AT )]
..............N=max.............. N=max
Где : Q1 – `Первый` уровень эволюции .
nAT ,nCG - количество мультиплетов размером `N` for : - (nAT) and - nCG .
Так как этот критерий содержит в себе и `рудиментарные ` признаки – большие платформы , которые в существенной степени определяют уровень эволюции генома .
Есть ссылки на графики . Если дадите ресурс могу скинуть.
Цитата: astsergey от декабря 12, 2009, 21:42:10
Принимая во внимание трудности связанные с естественным синтезом и стабильностью`C`...дадите ресурс могу скинуть.
Вроде бы, по последним данным с естественным синтезом 'C' как раз всё ОК:
http://elementy.ru/news/431082
Цитата: astsergey от декабря 12, 2009, 21:42:10
На начальной стадии развития живой материи на Земле происходил рост полимерных структур из смеси мономеров пронуклеотидов. Естественно принять , что синтез последовательностей из нуклеиновых оснований на этой стадии описывался обычным кинетическим уравнением .
Это как раз противоестественное допущение. Проходил не просто "рост полимерных структур", а раст самореплицирующихся структур. Соответственно и уравнения должны быть другими.
Цитата: Комбинатор от декабря 13, 2009, 00:38:51
Цитата: astsergey от декабря 12, 2009, 21:42:10
Принимая во внимание трудности связанные с естественным синтезом и стабильностью`C`...дадите ресурс могу скинуть.
Вроде бы, по последним данным с естественным синтезом 'C' как раз всё ОК:
http://elementy.ru/news/431082
-- Да, конечно, с этой работой я знаком. Но Цитозин все равно слабо устойчив. Этот `комбинированый механизм` просто добавляет `краски` в `химические` абиогенные возможности природы. Мои 50 млн.лет на зарождение жизни рассчитывались исходя из неспецифичности присоединения гликолей к нуклеидам, ведь кромве одного, нужен еще и второй компанент .. Теперь `козыри` - у простейших `прокариотов` сохранились `стоп ` и `старт` кодоны : AUU и UUA. У старейших геномов высших организмов - непропорционально огромные `платформы` АТ. Фитоплазма и т.п. - образования близкие по организации к чему-то РНК - подобному ~ 80-85 % АТ. Синтезированы чистые АТ - микроРНК `энзимоподобные` - т.н. `рибозимы` ...
Цитата: Сергей от декабря 13, 2009, 11:20:18
Цитата: astsergey от декабря 12, 2009, 21:42:10
На начальной стадии развития живой материи на Земле происходил рост полимерных структур из смеси мономеров пронуклеотидов. Естественно принять , что синтез последовательностей из нуклеиновых оснований на этой стадии описывался обычным кинетическим уравнением .
Это как раз противоестественное допущение. Проходил не просто "рост полимерных структур", а раст самореплицирующихся структур. Соответственно и уравнения должны быть другими.
-- Странно, откуда взяться `само-` когда еще все чистая химия .. Вот я и строю этот мостик между химией и `само-`. Ваши возражение просто несерьезно.
Цитата: astsergey от декабря 14, 2009, 00:01:09
-- Да, конечно, с этой работой я знаком. Но Цитозин все равно слабо устойчив.
Не могли бы вы всё же привести ссылочку на какие-нибудь более конкретные данные типа устойчивости разных нуклеотидов в неких "абстрактно-нормальных условиях", подтверждающие это?
Цитата: astsergey от декабря 14, 2009, 00:01:09
Теперь `козыри` - у простейших `прокариотов` сохранились `стоп ` и `старт` кодоны : AUU и UUA.
Хотелось бы всё же поконкретнее понять в чём здесь "козырность"?
Ведь кроме указанных, у прокариот есть и "стоп" - "старт" кодоны AUG, GUG, UUG, UGA.
Цитата: astsergey от декабря 14, 2009, 00:01:09
У старейших геномов высших организмов - непропорционально огромные `платформы` АТ.
Всё же если мы говорим о зарождении жизни, мне кажется, в этом смысле гораздо показательнее геном того же LUCA. А в его рРНК доля CG, судя по всему, составляла более 75%. См, например, http://elementy.ru/news/430955
Цитата: astsergey от декабря 14, 2009, 00:03:02
Странно, откуда взяться `само-` когда еще все чистая химия .. Вот я и строю этот мостик между химией и `само-`.
Чистая химия закончится на уровне динуклеотида: ему термодинамически выгоднее образовать циклический динуклеотид, чем образовывать полимер.
Цитата: Комбинатор от декабря 14, 2009, 12:50:06
Цитата: astsergey от декабря 14, 2009, 00:01:09
-- Да, конечно, с этой работой я знаком. Но Цитозин все равно слабо устойчив.
Не могли бы вы всё же привести ссылочку на какие-нибудь более конкретные данные типа устойчивости разных нуклеотидов в неких "абстрактно-нормальных условиях", подтверждающие это?
Цитата: astsergey от декабря 14, 2009, 00:01:09
------ Такие работы имеются , это одни из первых - попробую отрыть ..
Теперь `козыри` - у простейших `прокариотов` сохранились `стоп ` и `старт` кодоны : AUU и UUA.
Хотелось бы всё же поконкретнее понять в чём здесь "козырность"?
Ведь кроме указанных, у прокариот есть и "стоп" - "старт" кодоны AUG, GUG, UUG, UGA.
-- В науке принят тезис: если более простая система реально существует, то ее образование более вероятно, чем более сложной. Вообще то, мне странен ваш вопрос. Вы же искали в кодонах пептидов большее присутствие C и G ? Тогда зачем вы давали на этой основе свои доводы? Ученые придерживающиеся РНК-зарождения, следуют по описанным мной принципам. Потому что они суть экспериментальное доказательство. Учтите, что моя работа появилась задолго до появления последних фактов.
Цитата: astsergey от декабря 14, 2009, 00:01:09
У старейших геномов высших организмов - непропорционально огромные `платформы` АТ.
Всё же если мы говорим о зарождении жизни, мне кажется, в этом смысле гораздо показательнее геном того же LUCA. А в его рРНК доля CG, судя по всему, составляла более 75%. См, например, http://elementy.ru/news/430955.
Вот 75 и 85 ?? кто больше ?! ;) Посему, наличие ензиматических РНК `двойничного` типа ? какое еще лучшее доказательство ? Хотя, теоретически, возможно это же на базе С и G. Но тут, может плохую роль сыграть неустойчивость цитозина. Ведь смотрите - энзиматический эффект (любой) связан с определенной передислокацией электронной плотности из активных сайтов будущих реагирующих областей (!?) к катализатору, т.о., в один момент, мы имеем нечто различное - чем перед реакцией. Посему, неустойчивость одного важного участника катализа - может сделать невозможной в полной мере осуществления всей необходимой цепи для возможности зарождения Жизни. У меня есть первая работа написанная в 2003 году где я рассматривал эти вопросы. Именно там я предположил, что микроРНК имеют уникальные каталитические свойства. В последующие годы это прекрасно подтвердилось. Там же я предположил, что должен существовать механизм синтеза пептидов и преобразования аминокислот - РНК + ионы металлов + стенки из сульфидов, силикатов фосфатов.
Т.н. - `прорибосомный` комплекс - он явно должен содержать `куски` существующих рРНК. может воистину без `С`...
А какие у микроРНК каталитические свойства ? Не путайте круглое с красным - микроРНК и малые РНК не одно и то же.
Цитата: Питер от декабря 14, 2009, 17:41:17
А какие у микроРНК каталитические свойства ? Не путайте круглое с красным - микроРНК и малые РНК не одно и то же.
-- Надеюсь не путаю, еще в 2004 году, я написал третью работу - в марте 2005 - ее уже прочитал скажем Кондрашов. В ней главное, кроме сказанного, обнаруженные огромные микроРНК поля. Которые сейчас уже тоже начинают открывать. Я хочу попросить вас - отвечать предметно. Чувствуется, что к генетике вы не имеете отношение, так надо как-то поскромнее ? Не находите ? МикроРНК - это все что поменьше тРНК. Почитайте указанного автора, про U2, U6. А вы знаете что такое `малые` РНК ..?
Цитата: astsergey от декабря 14, 2009, 18:53:29
Цитата: Питер от декабря 14, 2009, 17:41:17
А какие у микроРНК каталитические свойства ? Не путайте круглое с красным - микроРНК и малые РНК не одно и то же.
-- Надеюсь не путаю, еще в 2004 году, я написал третью работу - в марте 2005 - ее уже прочитал скажем Кондрашов. В ней главное, кроме сказанного, обнаруженные огромные микроРНК поля. Которые сейчас уже тоже начинают открывать. Я хочу попросить вас - отвечать предметно. Чувствуется, что к генетике вы не имеете отношение, так надо как-то поскромнее ? Не находите ? МикроРНК - это все что поменьше тРНК. Почитайте указанного автора, про U2, U6. А вы знаете что такое `малые` РНК ..?
Может быть, вы тоже ответите предметно, какие именно реакции катализируют микроРНК ? В чем ее уникальные каталитические свойства ?
Для справки - хотя я и не люблю WIKI.
МикроРНК
http://en.wikipedia.org/wiki/MicroRNA
Малые ядерные РНК (U2 et cetera)
http://en.wikipedia.org/wiki/Small_nuclear_RNA
Почуствуйте разницу ...
Именно с ГЕНЕТИЧЕСКОЙ точки зрения нельзя говорить вообще о некодирующих РНК небольшого размера - микроРНК, мяРНК, мяоРНК.
Да, насчет отношения к генетике - можете поряться по ресурсу, я как-то тут полностью представлялся.
А так - специальность 03.00.26, д.б.н.
Цитата: Питер от декабря 15, 2009, 10:34:59
Цитата: astsergey от декабря 14, 2009, 18:53:29
Цитата: Питер от декабря 14, 2009, 17:41:17
А какие у микроРНК каталитические свойства ? Не путайте круглое с красным - микроРНК и малые РНК не одно и то же.
-- Надеюсь не путаю, еще в 2004 году, я написал третью работу - в марте 2005 - ее уже прочитал скажем Кондрашов. В ней главное, кроме сказанного, обнаруженные огромные микроРНК поля. Которые сейчас уже тоже начинают открывать. Я хочу попросить вас - отвечать предметно. Чувствуется, что к генетике вы не имеете отношение, так надо как-то поскромнее ? Не находите ? МикроРНК - это все что поменьше тРНК. Почитайте указанного автора, про U2, U6. А вы знаете что такое `малые` РНК ..?
Может быть, вы тоже ответите предметно, какие именно реакции катализируют микроРНК ? В чем ее уникальные каталитические свойства ?
Для справки - хотя я и не люблю WIKI.
МикроРНК
http://en.wikipedia.org/wiki/MicroRNA
Малые ядерные РНК (U2 et cetera)
http://en.wikipedia.org/wiki/Small_nuclear_RNA
Почуствуйте разницу ...
Именно с ГЕНЕТИЧЕСКОЙ точки зрения нельзя говорить вообще о некодирующих РНК небольшого размера - микроРНК, мяРНК, мяоРНК.
Да, насчет отношения к генетике - можете поряться по ресурсу, я как-то тут полностью представлялся.
А так - специальность 03.00.26, д.б.н.
-- Представленная информация по микроРНК - вызывает смех. Она - никакая, потому что существуют и более короткие и гораздо более длинные. В смолРНК вообще никакой информации.. Господин доктор, странные источники ? Может своими словами ? Так вот, микроРНК всежки -набор длинн. Ввиду того, что вы взяли на себя право пользоваться неопределенными понятиями: посмею объяснить вам что нет разницы между смолРНК и микроРНК - она - суть жонглирование словами.. Фундаментальная длинна `В` - из `той` статьи (M=B*A^B) имеет отношение к размеру именно микроРНК. Известно, что существуют гораздо более длинные РНК , тРНК , рРНК - они суть набор `инструментов` для исполнения функций. Большинство известных nсRNA с большой длинной - расщепляются на множество микроРНК для исполнения функций (ингибирования, активирования и т.д.). Эти множества и были найдены еще в 2004 году и названы `процессинговыми полями РНК`. Видите ли, известно, что и статьи Нобелевских лауреатов не пускали в печать - не говоря уж о коррупции в Наших изданиях.. где науку вообще выкинули за борт, оставили только копии званий.. Посему будут печататься в Западных .. Стыдно даже упоминать о них.
-- Насчет вашей идеи: что с `генетической точки зрения ` (?!?!) ни чего себе ?! НЕЛЬЗЯ говорить вообще о некодирующих РНК небольшого размера - микроРНК, мяРНК, мяоРНК. -- это вообще перл.. наверно надо о вас ? Это вам, а вообще-то уже очень много .http://jbiol.com/content/pdf/jbiol174.pdf
Именно с ГЕНЕТИЧЕСКОЙ точки зрения нельзя говорить вообще о некодирующих РНК небольшого размера - микроРНК, мяРНК, мяоРНК.
Еще раз повторяю эту простую мысль. Нет некодирующих РНК ВООБЩЕ. Есть конкретные не кодирующие РНК с РАЗНОЙ функцией. И функции микроРНК отличаются от функций мяРНК и фунций siRNA.
Цитата: Питер от декабря 15, 2009, 12:01:01
Именно с ГЕНЕТИЧЕСКОЙ точки зрения нельзя говорить вообще о некодирующих РНК небольшого размера - микроРНК, мяРНК, мяоРНК.
Еще раз повторяю эту простую мысль. Нет некодирующих РНК ВООБЩЕ. Есть конкретные не кодирующие РНК с РАЗНОЙ функцией. И функции микроРНК отличаются от функций мяРНК и фунций siRNA.
-- Не надо с умным видом выпутываться из сказанного бреда. Вы до сих пор не потрудились представить что-нибудь качественное из информации, я уж не говорю о вашей , вашей нет. Могу лишь напомнить что еще в 2004 г я писал про эти огромные РНК-поля. Тогда, такие как вы, вообще отказывали РНК в существенной роли в Геноме. Теперь, вы уже ловите рыбку в мутной воде ваших слов. Напишите одну формулу, модель ?! Но вашу (!), как мощный инструмент и как адресное слово они описаны задолго до публикаций в журналах. И видит бог - в этом не моя вина.
Из Вики, дальше рыть не хочу. МикроРНК
In genetics, microRNAs (miRNAs) are single-stranded RNA molecules of 21-24 nucleotides in length, which regulate gene expression. miRNAs are encoded by genes from whose DNA they are transcribed but miRNAs are not translated into protein (i.e. they are non-coding RNAs); instead each primary transcript (a pri-miRNA) is processed into a short stem-loop structure called a pre-miRNA and finally into a functional miRNA. Mature miRNA molecules are either fully or partially complementary to one or more messenger RNA (mRNA) molecules, and their main function is to down-regulate gene expression. The first miRNA was described in 1993 by Lee and colleagues in the Victor Ambros lab[1], but the term microRNA was only introduced in 2001 when the abundance of these tiny regulatory RNAs was discovered and reported in a set of three articles.[2][3][4] It is now known that miRNAs regulate the expression of more than half of all human protein-coding genes, and that the proper functioning of certain miRNAs is important for preventing cancer and other diseases.[5]
Малые ядерные РНК (snRNA)
Small nuclear RNA (snRNA) is a class of small RNA molecules that are found within the nucleus of eukaryotic cells. They are transcribed by RNA polymerase II or RNA polymerase III and are involved in a variety of important processes such as RNA splicing (removal of introns from hnRNA), regulation of transcription factors (7SK RNA) or RNA polymerase II (B2 RNA), and maintaining the telomeres. They are always associated with specific proteins, and the complexes are referred to as small nuclear ribonucleoproteins (snRNP) or sometimes as snurps. These elements are rich in uridine content.
Вы разницу понимаете ? Или нет ? Даже на уровне Вики она очевидна.
Цитата: Питер от декабря 15, 2009, 12:33:34
Из Вики, дальше рыть не хочу. МикроРНК
In genetics, microRNAs (miRNAs) are single-stranded RNA molecules of 21-24 nucleotides in length, which regulate gene expression. miRNAs are encoded by genes from whose DNA they are transcribed but miRNAs are not translated into protein (i.e. they are non-coding RNAs); instead each primary transcript (a pri-miRNA) is processed into a short stem-loop structure called a pre-miRNA and finally into a functional miRNA. Mature miRNA molecules are either fully or partially complementary to one or more messenger RNA (mRNA) molecules, and their main function is to down-regulate gene expression. The first miRNA was described in 1993 by Lee and colleagues in the Victor Ambros lab[1], but the term microRNA was only introduced in 2001 when the abundance of these tiny regulatory RNAs was discovered and reported in a set of three articles.[2][3][4] It is now known that miRNAs regulate the expression of more than half of all human protein-coding genes, and that the proper functioning of certain miRNAs is important for preventing cancer and other diseases.[5]
Малые ядерные РНК (snRNA)
Small nuclear RNA (snRNA) is a class of small RNA molecules that are found within the nucleus of eukaryotic cells. They are transcribed by RNA polymerase II or RNA polymerase III and are involved in a variety of important processes such as RNA splicing (removal of introns from hnRNA), regulation of transcription factors (7SK RNA) or RNA polymerase II (B2 RNA), and maintaining the telomeres. They are always associated with specific proteins, and the complexes are referred to as small nuclear ribonucleoproteins (snRNP) or sometimes as snurps. These elements are rich in uridine content.
Вы разницу понимаете ? Или нет ? Даже на уровне Вики она очевидна.
-- С вами все ясно, дальше Вики мы не двинемся. Собственное не понимание вы сваливаете на других. Наверно неэтично писать тут то что все видят ? и не ваше ? К сожалению, разговор с вами не продуктивен. Впредь, еще более неэтично показывать свой диплом в качестве аргументов... Ведь все знают их цену в России...
Итого - микроРНК идентичны по функции мяРНК ? Да или нет ?
Все малые некодирующие РНК функционально идентичны ? Да или нет ?
А диплом я точно купил ...
Цитата: Питер от декабря 15, 2009, 13:00:59
Итого - микроРНК идентичны по функции мяРНК ? Да или нет ?
Все малые некодирующие РНК функционально идентичны ? Да или нет ?
А диплом я точно купил ...
-- Ваш метод спора идиентичен мембранному. Извините, я еще в 2003году писал про функции РНК , а вы только недавно прочитали .. да или нет .. У вас есть логическое мышление ? Если я про это пишу ? Описывая не просто ..разные , а покомпанентно ? Вы так и не поняли ничего , что же изменили РНК процессинговые модели в генетике.. все перерываете первый класс. И не ведите себя как плохой преподаватель , который сам плохо ориентируется в своем предмете и требует учить наизусть старый учебник. Я не имел ввиду покупку - а очень низкий уровень знаний. Я конечно не знаю происхождения ваших дипломов, но судя по методу спора - отсутствия современных знаний меня угнетает .
мяРНК, мяоРНК я не имею чести знать.. А микроРНК имеют разнообразные функции. Если под мяРНК вы подразумеваете mRNA - то пишите хотя бы месенджРНК или мРНК.. если интерферирующие , то иРНК..
То есть ответа у вас нет ? Простого - да\нет ?
Для справки мяРНК - малые ядерные РНК (snRNA, small nuclear RNA).
А дипломы я точно купил.
Цитата: Питер от декабря 15, 2009, 15:22:36
То есть ответа у вас нет ? Простого - да\нет ?
Для справки мяРНК - малые ядерные РНК (snRNA, small nuclear RNA).
А дипломы я точно купил.
-- Я сожалею что вы не умеете читать, я дал тут ссылки на несколько моих статей. Где все что вы пытаетесь сказать -было предсказано еще несколько лет назад. Тогда такие как вы говорили что РНК - это бред... Хорошо хоть это -то признаете. А функций у них много, а не только `разные` .. прям детский сад ..
Цитата: Комбинатор от декабря 08, 2009, 17:38:09
На каком то из ранних этапов, скорее всего, был двухбуквенный (C-G) дуплетный код для кодирования белков всего из 4-х аминокислот.
По поводу возможной комплиментарности белков и полинуклеотидов не очень понятно, если такой механизм изначально действительно был, почему он, вместо того, что бы далее совершенствоваться, исчез, уступив место последовательной сборке? Ведь природа очень консервативна, да и параллельная сборка должна быть гораздо эффективнее и быстрее последовательной...
-- Чтобы решить вопрос о первенстве `АТ` или `CG` - нужно смотреть в наиболее древние процессинговые атрибуты, которые были РАНЬШЕ белков - это стоп и старт кодоны (прокариоты - есть UUA и UAA, чистых CG - нет), другие процессинговые атрибуты, а там ВАЖНыЕ И ОЧЕНЬ ЧаСТыЕ - `тата` КОНЦы... ну и другое.. вообще мне нравится, что этому ресурсу - близка идея двойничности.. ведь такой атрибут менять гораздо сложнее ..
интересно есть ли на форуме профессиональные биохимики
хочется их комментариев во всему что тут писано про нуклеотиды
кстати тема рнк-мира начинает утомлять т к оторвалась от немногово извесного
и перешла в виртуальное качество
и ссылок на ведущие журналы нет
Цитата: feralis от декабря 20, 2009, 18:57:20
интересно есть ли на форуме профессиональные биохимики
хочется их комментариев во всему что тут писано про нуклеотиды
кстати тема рнк-мира начинает утомлять т к оторвалась от немногово извесного
и перешла в виртуальное качество
и ссылок на ведущие журналы нет
-- Ну почему же вы так ? РНК-мир существовал на заре Жизни , естественно , ничего не сохранилось (3,5 млрд лет- причем, до первых ледников еще далеко, Земля вся очень теплая. Поэтому, способ доказательства - в лоб, воспроизвести все по частям. Важно поэтому:
1 -что теоретически предсказанная двойничность зарождения - реально работоспособна !
2 - что есть два кодона процессинга (старт,стоп - из чистых компл. двоек АТ).
3 - что, в очевидно, самых старых геномах высших организмов присутствуют непропорционально огромные поля АТ.
4 - что очевидно простейшее создание - фитоплазмы - на более 83 % АТ..
могу сказать, что создать вирус из 100% АТ уже не большая проблема.
5 - следует сказать , что `наножизнь` - которую вроде находят некоторые исследователи, имеет одну проблему - это скорее всего `куски` РНК имеющие прежде всего U2, U6 - подобные куски. Она существует именно как `коллектив - социум` где роли распределены и без части из них - оно мертво. Чисто теоретически, она бы имела шанс сохраниться, но и искать ее нужно очень специфически .. т.к. она не проявляет себя обычным образом и не самовоспроизводится обычным образом...
http://www.nature.com/nrg/journal/v8/n10/abs/nrg2172.html
..... Очень много, но там все сложнее...
Цитата: astsergey от декабря 20, 2009, 17:14:05
-- Чтобы решить вопрос о первенстве `АТ` или `CG` - нужно смотреть в наиболее древние процессинговые атрибуты, которые были РАНЬШЕ белков - это стоп и старт кодоны (прокариоты - есть UUA и UAA, чистых CG - нет)
Не очень понятно, почему вы считаете, что процессинговые атрибуты, служащие для кодирования начала и конца синтеза БЕЛКОВ, появились раньше самих белков?
Вначале у белков могло не быть ярко выраженных каталитических функций, а кодирование могло начинаться в любом случайном месте и заканчиваться, например, тогда, когда уже синтезированная аминокисотная цепочка "отваливалась" от про-РНК. Когда появилась необходимость явно кодировать начало и конец синтеза, все двухбуквенные комбинации CG были уже заняты, и природе пришлось задействовать пару AU. Чем вас не устраивает такой вариант?
<что очевидно простейшее создание - фитоплазмы - на более 83 % АТ..>что, в очевидно, самых старых геномах высших организмов присутствуют непропорционально огромные поля АТ.
>
astsergey
а теперь бросьте ссылку на статьи где упоминаются эти ваши тезисы
я не биохимик и мне просто хочется понять и я понимаю многих на этом форуме а вот вас нет
может вы просто не можете популярно изложить мысли
да заметил что вы хорошо просекли слабости ваших оппонентов
в т ч модератора
Цитата: Комбинатор от декабря 21, 2009, 10:28:43
Цитата: astsergey от декабря 20, 2009, 17:14:05
-- Чтобы решить вопрос о первенстве `АТ` или `CG` - нужно смотреть в наиболее древние процессинговые атрибуты, которые были РАНЬШЕ белков - это стоп и старт кодоны (прокариоты - есть UUA и UAA, чистых CG - нет)
....Не очень понятно, почему вы считаете, что процессинговые атрибуты, служащие для кодирования начала и конца синтеза БЕЛКОВ, появились раньше самих белков?
-- это очевидно, ведь САМАЯ первая трансляция (с макро РНК) должна была уже их содержать. А какие первые аминокислоты - это второй вопрос. И ничего другого уже не осталось ... миллиарды лет ?! Ретроспекция - синтезом теоретически предполагаемых объектов... Еще один момент: энергоноситель - АТФ, тоже явно из первых, потому как другие энерго-носители пока не открыты.
...Вначале у белков могло не быть ярко выраженных каталитических функций, а кодирование могло начинаться в любом случайном месте и заканчиваться,
--- Тут вы льете воду `святым` мощам .. На том этапе не было `избыточности` - материала было очень мало. Первые- практически такими и должны были быть - т.к. РНК система еще не построила защиты в виде липидных мембран и т.п. - чтобы `запереть джина` активности белков в `бутылки`...
...например, тогда, когда уже синтезированная аминокисотная цепочка "отваливалась" от про-РНК. Когда появилась необходимость явно кодировать начало и конец синтеза, все двухбуквенные комбинации CG были уже заняты, и природе пришлось задействовать пару AU. Чем вас не устраивает такой вариант?
--- не понял ? РНК имеет неограниченный ресурс кодов - вполне могло существовать и четырех-нуклеидное кодирование. Оно исчезло быстро, ввиду огромного энергетического проигрыша трех-нуклеидному. Потом, не забывайте , что есть вариант и с `трансформированием` на месте (типа метилирования, амминирования, восстановления... - как сейчас `С` - что дает еще основание-участника ) .
Цитата: feralis от декабря 21, 2009, 21:44:12
<что очевидно простейшее создание - фитоплазмы - на более 83 % АТ..>что, в очевидно, самых старых геномах высших организмов присутствуют непропорционально огромные поля АТ.
>
astsergey
а теперь бросьте ссылку на статьи где упоминаются эти ваши тезисы
я не биохимик и мне просто хочется понять и я понимаю многих на этом форуме а вот вас нет
может вы просто не можете популярно изложить мысли
да заметил что вы хорошо просекли слабости ваших оппонентов
в т ч модератора
Фитоплазма как простейшее создание в эволюции ? Внутриклеточный паразит без своих генов для важнейших ферментов метаболизма ? Максимально использующий организм хозяина ?
Как же он жил, болезный, когда бактерий не было ...
Цитата: Питер от декабря 22, 2009, 15:15:25
Цитата: feralis от декабря 21, 2009, 21:44:12
<что очевидно простейшее создание - фитоплазмы - на более 83 % АТ..>что, в очевидно, самых старых геномах высших организмов присутствуют непропорционально огромные поля АТ.
>
astsergey
а теперь бросьте ссылку на статьи где упоминаются эти ваши тезисы
я не биохимик и мне просто хочется понять и я понимаю многих на этом форуме а вот вас нет
может вы просто не можете популярно изложить мысли
да заметил что вы хорошо просекли слабости ваших оппонентов
в т ч модератора
Фитоплазма как простейшее создание в эволюции ? Внутриклеточный паразит без своих генов для важнейших ферментов метаболизма ? Максимально использующий организм хозяина ?
Как же он жил, болезный, когда бактерий не было ...
-- Когда жизнь возникла - она была коллективной- социум. Иначе невозможно представить НАЧАЛО. Соответственно, легко находят свое эволюционное место и вирусы и фитоплазмы....
-- И вообще г-н Питер, ваша логика явно из неизвестных нам наук .
<что теоретически предсказанная двойничность зарождения - реально работоспособна >
<создать вирус из 100% АТ уже не большая проблема.
>
astsergey
вы так много изучали тему а ссылок не даете на работы других ученых
а веть нобелевки ныне одиночкам не дают
прошу дать ссылки на статьи затрагивающие выше повторенные ваши тезисы
неужели уже известно о самодостаточности двух нуклеотидов для начала жизни
я думал это недавнее предположение а для вас это вчерашний день
но я за этим делом не слежу
так что ссылку на авторитетный источник
и гдеж будет жить этот ваш вирус 100%
вы дали ссылку на статью в духе темы начатой комбинатором но ваши
домыслы там не упоминаются
кстати вирусы по современнм взглядам есть солянка разных боиобьектов
разных по действию внутри хозяина и по происхождению
а вот что есть фитоплазмы прошу пояснить для меня малограмотного
назовите латинскими буквами хоть один вид чтоб я орентировался
Scientific classification
Division: Firmicutes
Class: Mollicutes
Order: Acholeplasmatales
Family: Acholeplasmataceae
Genus: Candidatus Phytoplasma
Species
"Ca. Phytoplasma allocasuarinae"
"Ca. Phytoplasma asteris"
"Ca. Phytoplasma aurantifolia"
"Ca. Phytoplasma australiense"
"Ca. Phytoplasma brasiliense"
"Ca. Phytoplasma castaneae"
"Ca. Phytoplasma cocostanzaniae"
"Ca. Phytoplasma cocosnigeriae"
"Ca. Phytoplasma cynodontis"
"Ca. Phytoplasma fraxini"
"Ca. Phytoplasma japonicum"
"Ca. Phytoplasma luffae"
"Ca. Phytoplasma mali"
"Ca. Phytoplasma oryzae"
"Ca. Phytoplasma palmae"
"Ca. Phytoplasma phoenicium"
"Ca. Phytoplasma pruni"
"Ca. Phytoplasma prunorum"
"Ca. Phytoplasma pyri"
"Ca. Phytoplasma rhamni"
"Ca. Phytoplasma solani"
"Ca. Phytoplasma spartii"
"Ca. Phytoplasma trifolii"
"Ca. Phytoplasma ulmi"
"Ca. Phytoplasma vitis"
"Ca. Phytoplasma ziziphi"
Цитата: feralis от декабря 22, 2009, 21:06:05
...неужели уже известно о самодостаточности двух нуклеотидов для начала жизни
я думал это недавнее предположение а для вас это вчерашний день
но я за этим делом не слежу
так что ссылку на авторитетный источник
--- Самодостаточность суммируется из возможностей `рибозимов` уж старый термин (я его не люблю - за его примственную размазанность) - т.е. - во-первых: что РНК способны осуществлять модифицирующий процессинг с РНК последовательностями(сплайсинг ..), во вторых - имеют ярко выраженные энзиматические свойства - в важных метаболистических реакциях (с гликолями ),
Отдельно идет синтез бинарныХ (АТ) структур РНК - имеющих эти же свойства. Важнейшие из них - энзиматические и именно они показаны.
ССылки я вам подберу - это из буквально последних месяцев информация. Для меня это с 2003 года - вчерашний день, все это и многое другое было предсказано.
....и гдеж будет жить этот ваш вирус 100% ..
--- это РНК- жизнь. надо искать в глубоких уединеных катаклизмами замкнутых `линзах` с `песком` увлажненых вспененных материалов - типа силикатов , фосфатов.
....кстати вирусы по современным взглядам есть солянка разных боиобьектов разных по действию внутри хозяина и по происхождению
--- по `современным` ..? ? там есть пропасть в организационных и архитектурных моделях .. не вписываются.
..... а вот что есть фитоплазмы прошу пояснить для меня малограмотного
назовите латинскими буквами хоть один вид чтоб я орентировался
--- Aster yellows , Candidatus Phytoplasma /australiense/
(Bacteria; Tenericutes; Mollicutes; Acholeplasmatales;
Acholeplasmataceae; Candidatus Phytoplasma)
Phytoplasmas: Genomes, Plant Hosts and Vectors
автор(ы): Phyllis G. Weintraub, Phillip Jones
-- В продолжение : « Ответ #29 : Декабря 12, 2009, 22:42:10 »Рад сообщить участникам , кто что-нить понимает в генетике: http://jbiol.com/content/pdf/jbiol204.pdf - вот именно эти Кн и были предсказаны и даже вычислены...еще в 2004 г. А основная работа - торчит в этом форуме в разделе `Ненаучные разговоры` .. А это передний край науки ..Вот так мы и живем ... Так что, пока тут `консультирут` неизвестные науке генетики , наука все же движется .. Вдали от России...