paleoforum.ru

Питер в ветке про антропогенез пишет, что анализ генома проводится по человеку в датировках не больше 150 тыс лет. Иногда чуть больше, до 200-250 тыс по митохондриальной ДНК, если я правильно запомнила.
Может по простым геномам это не так, но все таки сотни миллионов лет большая цифра.
https://ru.wikipedia.org/wiki/Секвенирование_древней_ДНК

ЦитироватьДеградация ДНК
Обычно после смерти организма ДНК расщепляется эндогенными нуклеазами. Этого не происходит, если нуклеазы оказываются быстро разрушены или инактивированы, например, вследствие обезвоживания останков, низких температур или большой концентрации соли.[10] Даже в этом случае ДНК со временем повреждается в результате случайного гидролиза или окисления. К гидролитическим повреждениям относятся разрушение фосфатного остова цепи, депуринизация (соответствующая позиция остается без азотистого основания) и дезаминирование. Чаще происходит дезаминирование цитозина в урацил, метилированный цитозин (5-метил-цитозин) дезаминируется в тимин; реже аденин превращается в гипоксантин, который комплементарен цитозину, а не тимину, что ведет к неправильному прочтению при секвенировании. Эти повреждения происходят и в живых клетках, однако там они устраняются в процессе репарации. Кроме того, возникают поперечные сшивки между цепями спирали ДНК из-за алкилирования или сшивки ДНК с различными молекулами в результате реакции Майяра. Как и разрывы цепи, поперечные сшивки мешают амплификации при ПЦР[5][10]. Перед секвенированием древнюю ДНК подвергают специальной обработке, чтобы удалить продукты дезаминирования и поперечные сшивки. Средняя длина амплифицируемых фрагментов древней ДНК часто не превосходит 100 пар нуклеотидов, причём для находок из одного места раскопок средняя длина фрагментов убывает с увеличением возраста находки. Современные протоколы секвенирования древней ДНК учитывают эту особенность; в частности, вместо отжига праймеров на фрагменты ДНК к концам фрагментов присоединяются адаптеры, а праймерами служат олигонуклеотиды, комплементарные адаптерам[11].

При низких температурах деградация ДНК идет медленнее, что обеспечивает хорошую сохранность ДНК в образцах, найденных в районе вечной мерзлоты. Однако считается, что даже в идеальных условиях ДНК не может сохраняться на протяжении более 1 млн лет

Или это какие то генетические анализы более современных или даже доживших потомков, похожих по морфологии на найденные отпечатки в камне и окаменелости?
Или комбинированные исследования(и морфологические и генетические)?
Может быть сохраняются фрагменты генома?

Вероятно  филогенетика использует современные организмы но в описании об этом нет ни слова:

https://ru.wikipedia.org/wiki/Молекулярная_филогенетика

ЦитироватьМолекулярная филогенетика — способ установления родственных связей между живыми организмами на основании изучения структуры полимерных макромолекул — ДНК, РНК и белков. Результатом молекулярно-филогенетического анализа является построение филогенетического дерева живых организмов.

Близкое родство между живыми организмами обычно сопровождается большой степенью сходства в строении тех или иных макромолекул, а молекулы не родственных организмов сильно различаются между собой. Молекулярная филогения использует такие данные для построения филогенетического древа, которое отражает гипотетический ход эволюции исследуемых организмов. Возможность анализировать и подробно изучать эти молекулы появилась только в последние десятилетия XX века.

https://ru.wikipedia.org/wiki/Филогенетическое_дерево

ЦитироватьХотя филогенетические деревья, построенные на основе последовательностей генов или всего генома особей различных видов, могут дать представление об эволюции, у них есть серьёзные ограничения. Филогенетические деревья не обязательно (и вероятно никогда) не дают полного и абсолютно правильного описания эволюционной истории. Данные, на которых основана реконструкция дерева, всегда отражают реальную эволюционную историю с некоторой погрешностью. Из-за этого дерево, построенное на основе ограниченных данных (например, последовательности единственного гена или белка), требует скептического отношения к себе, потому что дерево, построенное на основе другого независимого источника данных, нередко будет отличаться от первого.

Горизонтальный перенос генов, а также гибридизация между видами затрудняют использование деревьев для описания эволюции. В случаях, когда подобные эволюционные события сыграли большую роль в эволюции изучаемой группы, предлагается использовать более сложные методы описания, например филогенетические сети[en].

Как правило, реконструкция филогенетического дерева представляет собой оценку филогении особенностей (например, эволюционной истории какого-либо отдельного гена), а не филогении организмов, из которых были отобраны эти особенности, хотя в идеале обе филогении должны быть близки друг к другу.

Следует также скептически относиться к включению в дерево вымерших видов, информация о которых полностью или частично основана на последовательностях ДНК. Хотя небольшие фрагменты «древней ДНК» сохраняются дольше 100 000 лет, но, за исключением некоторых особых случаев, длина таких фрагментов недостаточна для использования в филогенетическом анализе.

В некоторых организмах эндосимбионты могут иметь эволюционную историю, отличную от истории хозяина

Давайте тогда действительно отложим. Я пока вижу у энтальпии по всему что прочла (я еще порылась по всяческим ВУЗовским учебникам и физическим энциклопедиям) простой и внятный физический смысл, один на базе полной внутренней энергии системы, второй на базе энтропии, но возможно это такое же упрощение как планетарная модель атома, поэтому спорить пока не буду.
Со вторым абзацем вообще не согласна, но, не хочу торопиться с попытками устанавливать свои эфемерные фантазии в качестве основной колокольни

Цитата: Arturius от апреля 30, 2024, 20:02:22Из темы про перья динозавров:

Цитата: Alexeyy от апреля 30, 2024, 19:18:27Ну это не вывод, а факт: палеофилогенетика это исключает. А на сколько она верна - это другой вопрос.

Откуда это узнали? ДНК-то не сохранилась!

Филогенетика - это не значит генетика (просто корни - общие у слов).

Цитата: Arturius от апреля 30, 2024, 20:02:22

Цитата: Alexeyy от апреля 30, 2024, 19:18:27Я думаю, что псевдозухии слишком специализированы, чтобы стоять у основания авиметарзалий, хоть и близки к нему.

В чём именно? Слишком большие и массивные? Слишком крупная чешуя? Слишком много остеодерм? Ну так псевдозухии разными были. Были среди них и травоядные, и хищные.

Мне просто чисто интуитивно почему-то кажется, что если "скрестить" типа ежа с ужом (разные таксоны авиметарзалей), то на псевдозухий - не очень похоже будет.

Из темы про перья динозавров:

Цитата: Alexeyy от апреля 30, 2024, 19:18:27Ну это не вывод, а факт: палеофилогенетика это исключает. А на сколько она верна - это другой вопрос.

Откуда это узнали? ДНК-то не сохранилась!

Цитата: Alexeyy от апреля 30, 2024, 19:18:27Я думаю, что псевдозухии слишком специализированы, чтобы стоять у основания авиметарзалий, хоть и близки к нему.

В чём именно? Слишком большие и массивные? Слишком крупная чешуя? Слишком много остеодерм? Ну так псевдозухии разными были. Были среди них и травоядные, и хищные.

И то точно: углекислого газа из крови, практически, столько же (по объёму) выходит. Я - глупость сказал.  Показалось Вам (что выходит меньше).

Цитата: Alexeyy от апреля 30, 2024, 15:52:40в кровь уходит же кислород

Да я уже давно лопнул, еслиб столько в кровь входило.

Цитата: Arturius от апреля 30, 2024, 17:40:56

Цитата: Alexeyy от апреля 30, 2024, 16:48:19Выражайтесь яснее: выше речь не о каких многих таксонах не шла, а шла речь только о псевдозухиях. И не понятно про кого спрашивается, что "независимо друг от друга стали теплокровными".

Про псевдозухий же!

Не знаю. Может быть.

Цитата: Arturius от апреля 30, 2024, 17:40:56

Цитата: Alexeyy от апреля 30, 2024, 16:48:19Палеофилогенетика это исключает. Не от псевдозухий, а от какого-то их общего теплокровного предка.

Но ведь у человечества нет доступа к ДНК столь древних животных! Откуда тогда можно делать столь категоричные выводы? Или машину времени уже изобрели?

Ну это не вывод, а факт: палеофилогенетика это исключает. А на сколько она верна - это другой вопрос. Я думаю, что псевдозухии - слишком специализированны, чтобы стоять у основания авиметарзалий, хоть и близки к нему.

Цитата: Arturius от апреля 30, 2024, 17:40:56

Цитата: Alexeyy от апреля 30, 2024, 16:48:19И, по-моему, не напрямую, а от потерявшего теплокровность, идя к линии авиметарзалий (но сохранившейся в линии псевдозухий).

Это противоречит закону необратимости эволюции. Если какой-то вид утратил теплокровность, то его потомки не смогут заново стать теплокровными: коли за столько лет мутации в генах, некогда отвечавших за выработку тепла, не будут «отсеиваться» естественным отбором (если эти гены вообще останутся) накопятся в огромном количестве, то обратное превращение будет очень маловероятным. Если, конечно, организмы не будут вырабатывать новые вещества, с участием которых химические реакции будут вырабатывать тепло (как это случилось с жуками-бомбардирами).

Ну так и вот: через повторную адаптацию к теплокровности, но другим способом.

Цитата: Alexeyy от апреля 30, 2024, 16:48:19Выражайтесь яснее: выше речь не о каких многих таксонах не шла, а шла речь только о псевдозухиях. И не понятно про кого спрашивается, что "независимо друг от друга стали теплокровными".

Про псевдозухий же!

Цитата: Alexeyy от апреля 30, 2024, 16:48:19Палеофилогенетика это исключает. Не от псевдозухий, а от какого-то их общего теплокровного предка.

Но ведь у человечества нет доступа к ДНК столь древних животных! Откуда тогда можно делать столь категоричные выводы? Или машину времени уже изобрели?

Цитата: Alexeyy от апреля 30, 2024, 16:48:19И, по-моему, не напрямую, а от потерявшего теплокровность, идя к линии авиметарзалий (но сохранившейся в линии псевдозухий).

Это противоречит закону необратимости эволюции. Если какой-то вид утратил теплокровность, то его потомки не смогут заново стать теплокровными: коли за столько лет мутации в генах, некогда отвечавших за выработку тепла, не будут «отсеиваться» естественным отбором (если эти гены вообще останутся) накопятся в огромном количестве, то обратное превращение будет очень маловероятным. Если, конечно, организмы не будут вырабатывать новые вещества, с участием которых химические реакции будут вырабатывать тепло (как это случилось с жуками-бомбардирами).

Цитата: Arturius от января 27, 2024, 07:57:17Очевидно, что у кембрийской фауны и флоры, даже самой сложной, были предки из числа эдиакарской/вендской. И эволюция происходила явно не мгновенно. Например, членистоногие и их родственники: не могли ли они произойти от проартикулят (всякие сприггины, дикинсонии, ёргии и тому подобное)?

Считается, что произошли от червячка с ногами. Это и палеонтология показывает и сравнительный анализ генома.

Цитата: Arturius от апреля 30, 2024, 16:25:32

Цитата: Alexeyy от апреля 30, 2024, 15:47:03Если кость растет очень быстро, то получается слабо структурированной (структура - хаотична), и наоборот. Как правило, быстро растут кости теплокровных. И оказалось, что у псевдозухиев есть хаотическая структура кости. Т. е. они были теплокровными, а некоторые ветви их потомков потом стали переходить к холоднокровности (как линия крокодиломорфов с позднего триаса). Т. е. ветка псевдозухий была, изначально, теплокровной.

Может, просто независимо друг от друга стали теплокровными?

Выражайтесь яснее: выше речь не о каких многих таксонах не шла, а шла речь только о псевдозухиях. И не понятно про кого спрашивается, что "независимо друг от друга стали теплокровными".

Цитата: Arturius от апреля 30, 2024, 16:25:32Казалось бы, раз рептилии, значит, холоднокровность первичная. Я и раньше слышал предположение про теплокровных предков крокодилов, но не верил. Или современные крокодилы тоже теплокровные, а исследователи по ошибке списали постоянную температуру тела на размеры тела?
Не могли ли авиметарзалии (птерозавры, динозавры, птицы и их родичи) произошли от теплокровных псевдозухий?

Палеофилогенетика это исключает. Не от псевдозухий, а от какого-то их общего теплокровного предка. И, по-моему, не напрямую, а от потерявшего теплокровность, идя к линии авиметарзалий (но сохранившейся в линии псевдозухий).