paleoforum.ru

Форумы сайта «Проблемы эволюции» => Форум сайта «Проблемы эволюции» => Тема начата: searcher от мая 19, 2014, 02:32:59

Название: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: searcher от мая 19, 2014, 02:32:59
Господа, у меня, в ходе исследования некоторых статей, появилась пара вопросов, касаемо эндогенных ретровирусов. Возможно, ответы для кого-то являются очевидными, но в таком случае тем проще будет им поделиться.
Собственно, вопрос первый: откуда мы знаем, что данная конкретная часть ДНК была получена от вируса, а не была заложена изначально? Вопрос второй, в некотором смысле смежный: поскольку части ДНК, называемые эндогенными ретровирусами, содержат лишь часть генома вируса, разве это не усложняет задачу идентификации этого самого вируса и разве не создает возможности того, что, опять же, данная часть ДНК была получена не от вируса?
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: Set O. Lopata от мая 19, 2014, 08:14:30
Ответ прост: если "какая-то часть ДНК" есть у одного из близких видов и отсутствет у другого, то очевидно, что она "не была заложена изначально". На ровном месте эти генетические последовательности возникнуть на могли, значит откуда-то были привнесены.
Вот у человека обнаружено 133 таких вируса, встроившиеся после разделеления с линией шимпанзе.
Собственно, если прочитать марковские "Доказательства эволюции", а конкретнее подраздел, касающийся молекулярно-генетических доказательств, то таких вопросов не останется.
Ну или останутся, если цель - потроллить учОных креационизмом.
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: searcher от мая 19, 2014, 08:50:33
Цитироватьесли "какая-то часть ДНК" есть у одного из близких видов и отсутствет у другого, то очевидно, что она "не была заложена изначально"
Нет, не очевидно. Виды близкие, но, тем не менее разные -> разные ДНК. Вот это куда более очевидно на мой взгляд.
ЦитироватьСобственно, если прочитать марковские "Доказательства эволюции", а конкретнее подраздел, касающийся молекулярно-генетических доказательств, то таких вопросов не останется.
Именно после прочтения этого раздела такие вопросы и возникли.
ЦитироватьНу или останутся, если цель - потроллить учОных креационизмом.
Да, хотелось бы сразу обозначить: я не креационист, никогда не выступал и не буду выступать в поддержку этой теории. Это во избежание дальнейших трений на этой почве.
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: Питер от мая 19, 2014, 10:04:18
Давайте  с  самого  начала.  Вопрос  первый  - что (или  кто)   такое  "Эндогенный  ретровирус" ?
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: searcher от мая 19, 2014, 10:49:19
Решили в экзаменатора поиграть? Ну хорошо, подыграю. Это фрагмент ДНК, который может быть получен от ретровируса и располагаться в зародышевых клетках организма.
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: Питер от мая 19, 2014, 13:41:44
Ответ в  общем-то не    совсем  верный.   Потому  как  именно ЭНДОГЕННЫЕ   РВ  -  это  то,  что  уже  стабильно   интегрировано в  геном.  А  встраивается  ДНК   копия   обычного   ретровируса.  Да,    эндогенный  РВ   может  быть  транскрипционно  активен  и  давать  новые     варианты  эндогенных  РВс  другой  локализацией в  геноме.  Посему  с  одной  стороны   эндогенный  РВ  не  был  заложен  изначально (когда-то  произошло   первое  встраивание  копии  РВ с  образованием эндогенного   РВ).  С  другой  стороны, конкретная   копия ЭРВ   достаточно стабильно  наследуется  -  хотя  она  и  может   мутировать.   При  встраивании в  геном ДНК    копий трансркиптов   ЭРВ   часто    встраиваются весьма усеченные  копии  -  и  может  быть  и  правда  сложно  точно   понять.   копий   какого  РВ   является  тот  или  иной  ЭРВ.  Но   при  этом  эта  усеченная  копия    обычно  не  несет  никакой   ДНК  не  вирусного   происхождения.
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: searcher от мая 19, 2014, 13:54:10
Так, собственно, на главный вопрос вы так и не ответили: откуда информация, что данный конкретный фрагмент ДНК был получен именно от вируса, если он (якобы) уже неактивен в результате (якобы) мутаций, и не способен выполнять свою вредоносную функцию? Т.е. я уже молчу об определении конкретного вируса.
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: Set O. Lopata от мая 19, 2014, 14:05:29
А какие могут быть альтернативы? Фрагмент получен? Получен. Вирусы могут встраиваться в ДНК? Могут. Какого доказательства вы хотите-то?
Обычная бритва Оккама.
То есть первый вопрос , на который вы должны ответить: чем вас не устраивает гипотеза об ЭРВ? Вы сомневаетесь в существовани ретровирусов? Или в том, что они могут в процессе эволюции перейти в категорию эндогенных?
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: Питер от мая 19, 2014, 14:18:29
Цитата: searcher от мая 19, 2014, 13:54:10
Так, собственно, на главный вопрос вы так и не ответили: откуда информация, что данный конкретный фрагмент ДНК был получен именно от вируса, если он (якобы) уже неактивен в результате (якобы) мутаций, и не способен выполнять свою вредоносную функцию? Т.е. я уже молчу об определении конкретного вируса.

Есть  такое   слово  гомология.  Если  я  вижу в  геноме  некую  последовательность,  которая  несет  на   конце       LTR, а  внутри  -  фрагменты, высоко  гомологичные  генам tat  и nef  вируса  HIV-1,   то  это  скорее всего     тот  самый  эндогенный  ретровирус.  Возникший  на  основе   вируса  HIV-1.  Нет,  можно  предположить,   что  эта  последовательность  собралась  сама  по себе.   Но  первое  объяснение  -  проще  и  логичней.  Тут  есть    проблемы  с  гомологией  -  пока  ЭРВ  свежий, найти    предка  легко.  Но  чем  дальше в  лес  -  тем    толще  елки,  и    за  счет  мутации   и  перестроек  исходник  выявить    сложнее.  Но   -  в  большинстве  случаев  можно.
Про  изначальность.   Если есть  геном  шимпа  и  геном человека  -   одна  и  та  же  область.  Но в  геноме человека  гомология  прерывается  вставкой  из ЭРВ.  То  можем  ли  мы  считать,  что  этот  ЭРВ в  этом  месте  возник  после  разделения  линий    человека  и  шимпа ? И  не  был   заложен  изначально ?  А  теперь  отсеквенируем  1000  человек  и у  всех   найдем    этот  ЭРВ.   Опять  же  -  был  ли  он  заложен  изначально ?
В  нашем  геноме  нет  ничего  изначального  - все    откуда-то    взялось.
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: searcher от мая 19, 2014, 19:26:36
ЦитироватьА какие могут быть альтернативы? Фрагмент получен? Получен. Вирусы могут встраиваться в ДНК? Могут. Какого доказательства вы хотите-то?
Обычная бритва Оккама.
То есть первый вопрос , на который вы должны ответить: чем вас не устраивает гипотеза об ЭРВ? Вы сомневаетесь в существовани ретровирусов? Или в том, что они могут в процессе эволюции перейти в категорию эндогенных?
ЦитироватьЕсть  такое   слово  гомология.  Если  я  вижу в  геноме  некую  последовательность,  которая  несет  на   конце       LTR, а  внутри  -  фрагменты, высоко  гомологичные  генам tat  и nef  вируса  HIV-1,   то  это  скорее всего     тот  самый  эндогенный  ретровирус.
Попробую пояснить на примере. ДНК сама по себе, говоря простым языком, цепочка, состоящая из звеньев - нуклеотидов. Хотя сами по себе нуклеотиды бывают разные, но они часто повторяются в цепочке ДНК. Т.е. это как разные стройматериалы: кирпичи, шлакоблоки, брёвна, бетонные плиты и т.д. Комбинируя эти стройматериалы по-разному, можно построить совершенно разные здания: от хибары до дворца. Но некоторые соединения будут в некоторых группах строений одинаковыми, например, кладка кирпича. Но это не означает, что строитель, строивший одно здание позаимствовал идею такой кладки у другого строителя; это может быть просто продиктовано либо здравым смыслом, либо стилем, в котором строится здание, либо желанием заказчика, либо ещё чем-то.
Точно таким же образом, если мы видим в структуре ДНК фрагмент, похожий (или даже идентичный) фрагменту ДНК какого-либо вируса, откуда мы знаем, что это фрагмент, привнесённый именно вирусом, а не находившийся там изначально? Ведь комбинаций нуклеотидов множество и вполне логично, что они могут быть в некоторых местах идентичными у двух разных организмов, или у организма и вируса.
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: Ромашишка1971 от мая 19, 2014, 20:53:35
Не точно и не таким образом...
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: searcher от мая 19, 2014, 21:26:35
ЦитироватьНе точно и не таким образом...
Ответ в стиле детсадовского "сам дурак". Просьба подкреплять свои слова размышлениями/доводами/ссылками на источники. Иначе получается пустая болтовня.
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: Дж. Тайсаев от мая 19, 2014, 21:52:06
Цитата: searcher от мая 19, 2014, 21:26:35
ЦитироватьНе точно и не таким образом...
Ответ в стиле детсадовского "сам дурак". Просьба подкреплять свои слова размышлениями/доводами/ссылками на источники. Иначе получается пустая болтовня.
А вы в гугле введите эту же вашу фразу и посмотрите, много ли увидите случайных совпадений, даже с учётом пары перестановок отдельных слов.
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: Preguntador от мая 19, 2014, 21:56:42
Цитата: searcher от мая 19, 2014, 21:26:35
ЦитироватьНе точно и не таким образом...
Ответ в стиле детсадовского "сам дурак".
Нет. А вот реакция весьма резкая, поаккуратнее.

Цитата: searcher от мая 19, 2014, 21:26:35
Просьба подкреплять свои слова размышлениями...
Плохая аналогия. Генетический Код, составленный определёнными компонентами, можно сравнить с текстом, написанном буквами (по-моему, точнее здесь была бы аналогия с кодом, скажем, машинным, где одни нули и единицы; но это аналогия "код—>код" столь прозрачна, что может быть не понята). Как определяют плагиат? Если грубо, то ищут крупные совпадающие куски текста. Есть ли вероятность, что два автора независимо друг от друга напишут идентичный текст? Отлична от нуля. Однако, она пренебрежимо мала, поэтому, если у кого-то обнаруживают плагиат, то вряд ли кто-то поверит, что "так получилось". Как-то так.

И ещё: Вам уже сказали про "изначально". Грубо:
Сравнили ДНК одного вида с ДНК родственных видов. Если было у общего предка (условно "изначально"), то должно так или иначе сохраниться у разных видов. (Может, генетики и смежники меня захотят поколотить за такое объяснение, но более корректно Вам уже объясняли).

И ещё Ваше "изначально" напомнило:
"Чтобы сделать яблочный пирог с нуля, вам придется для начала создать вселенную". К. Саган
(If you wish to make an apple pie from scratch, you must first invent the universe (http://en.wikiquote.org/wiki/Carl_Sagan))
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: Ромашишка1971 от мая 19, 2014, 22:11:06
Цитата: searcher от мая 19, 2014, 21:26:35
ЦитироватьНе точно и не таким образом...
Ответ в стиле детсадовского "сам дурак". Просьба подкреплять свои слова размышлениями/доводами/ссылками на источники. Иначе получается пустая болтовня.
Хотел ответить Вам сразу развёрнуто, но что-то с редактором форума случилось и всё зависло.  :(
По сути вопроса:
Множество возможных комбинаций последовательностей нуклеотидов гораздо мощнее множества всех когда-либо существовавших  и существующих вирусов. Разница эта выражается астрономическими числами со многими сотнями и тысячами нулей десятичных степеней. Допустим, есть две одинаковые последовательности по 250 нуклеотидов, вероятность того, что они унаследованы от общего родственника выше вероятности случайного совпадения примерно как 4250 к 1 или 3,2x10150 к 1.
Более развёрнуто Вам могут ответить профессиональные генетики, мой пример очень упрощён, но числа именно таких порядков.   ::)
-----
-----
P.S.
Всё равно редактор тормозит, очень долго редактировать приходиться...  :(
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: searcher от мая 19, 2014, 23:05:53
ЦитироватьА вы в гугле введите эту же вашу фразу и посмотрите, много ли увидите случайных совпадений, даже с учётом пары перестановок отдельных слов.
Намёк понял, но пример весьма неудачный. Вы явно не в курсе, как устроены поисковые системы и по каким принципам они работают. Но если продолжать эту тему (я сам программист и специалист по поисковому маркетингу, кстати), можно привести такой пример: если взять множество программ, написанных на одном и том же языке программирования, то можно увидеть сотни совпадений различных кусков кода, т.к. каждый оператор, каждый спецсимвол, конструкция, зарезервированные названия функций, суперглобальных переменных и т.д. - являются теми самыми кирпичиками, о которых я говорил выше. А если взять программы, реализованные на определённом фреймворке (что в реальности происходит чаще, да и вообще по своей сути ближе к обсуждаемой теме) - тут вообще без комментариев. И совпадения будут гораздо чаще, и куски кода будут гораздо длиннее. Хотя программные продукты в результате будут выполнять самые разные функции, иметь самое разное оформление и т.д.
ЦитироватьПлохая аналогия. Генетический Код, составленный определёнными компонентами, можно сравнить с текстом, написанном буквами (по-моему, точнее здесь была бы аналогия с кодом, скажем, машинным, где одни нули и единицы; но это аналогия "код—>код" столь прозрачна, что может быть не понята). Как определяют плагиат? Если грубо, то ищут крупные совпадающие куски текста. Есть ли вероятность, что два автора независимо друг от друга напишут идентичный текст? Отлична от нуля. Однако, она пренебрежимо мала, поэтому, если у кого-то обнаруживают плагиат, то вряд ли кто-то поверит, что "так получилось". Как-то так.
ЦитироватьМножество возможных комбинаций последовательностей нуклеотидов гораздо мощнее множества всех когда-либо существовавших  и существующих вирусов. Разница эта выражается астрономическими числами со многими сотнями и тысячами нулей десятичных степеней.
Да, мой пример довольно грубый, не спорю, просто привёл первое, что пришло в голову, для понимания сути. Но, благодаря вашим постам, мы наконец-то подобрались к корню вопроса, к которому я и пытаюсь подвести.
Изначально суть вопроса заключалась в том, чтобы разобраться, можно ли считать ЭРВ доказательством эволюции (если кто не понял). В статье приводился пример с человеком и шимпанзе, что у тех и у других в одних и тех же местах ДНК имеются (якобы) вставки одинаковых фрагментов ДНК, полученные от древних вирусов. В то же время мы знаем, что ДНК человека и шимпанзе сходится по разным данным на 85-99%. Так почему нельзя просто объяснить эти одинаковые фрагменты ДНК на одинаковых местах, собственно, просто почти полным совпадением ДНК? Если вернуться к примеру о программах, реализованных на фреймворках, у каждой такой программы будет огромная часть, совпадающая один-в-один, хотя писали их совершенно разные люди, которые ничего друг у друга не заимствовали (к слову, возвращаясь к "прозрачным аналогиям", компьютерный вирус тоже может быть написан на таком фреймворке, но это уже не суть важно).
P.S. Говоря "изначально" я не имею в виду случайные совпадения, не путайте, пожалуйста.
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: Дж. Тайсаев от мая 19, 2014, 23:36:11
Цитата: searcher от мая 19, 2014, 23:05:53Вы явно не в курсе, как устроены поисковые системы и по каким принципам они работают. Но если продолжать эту тему (я сам программист и специалист по поисковому маркетингу, кстати), можно привести такой пример: если взять множество программ, написанных на одном и том же языке программирования, то можно увидеть сотни совпадений различных кусков кода,
Вы программист, а я бывший программист и биолог к тому же и знаю, что аналогия тут как раз таки есть. Алгоритмы программ могут совпадать в разработках разных программистов, но само решение, если програмулька не слишком примитивная, всегда неповторимо. Так же и в природе, конвергенции и паралелизмы возможны, но реализация всегда уникальна.
Впрочем ваш настрой уже понятен. Вас не переубедить.
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: searcher от мая 19, 2014, 23:49:31
ЦитироватьВы программист, а я бывший программист и биолог к тому же и знаю, что аналогия тут как раз таки есть. Алгоритмы программ могут совпадать в разработках разных программистов, но само решение, если програмулька не слишком примитивная, всегда неповторимо. Так же и в природе, конвергенции и паралелизмы возможны, но реализация всегда уникальна.
Речь не об алгоритмах. Вчитайтесь в пример с фреймворками, вам он будет особенно легко понятен, раз вы бывший программист.
ЦитироватьВпрочем ваш настрой уже понятен. Вас не переубедить.
Я вообще не верю в то, что кто-то кого-то может переубедить в интернете. Есть исключения, но они, как известно, лишь подтверждают правило. Поэтому топик изначально создавался с другой целью.
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: Preguntador от мая 19, 2014, 23:54:02
Цитата: searcher от мая 19, 2014, 23:05:53
А если взять программы, реализованные на определённом фреймворке (что в реальности происходит чаще, да и вообще по своей сути ближе к обсуждаемой теме) - тут вообще без комментариев.
Подмена понятий. С низкоуровнего программирования перескакивать на высокоуровневое, да ещё назвать его более близким к теме... "тут вообще без комментариев" (с)
Если проводить параллели между программированием и... работой с ДНК, то тут можно скорее вспомнить про внедрение тех или иных генов. Особенно тут интересная история с т.н. консервативными генами. Там тоже одни и те же гены у разных организмов участвуют в самых разных ситуациях ,выполняют различные функции. Подробнее говорить нет желания с такой Вашей позицией.
Цитата: searcher от мая 19, 2014, 23:05:53
Изначально суть вопроса заключалась в том, чтобы разобраться, можно ли считать ЭРВ доказательством эволюции (если кто не понял).
Почему-то я не удивлён. С чего бы это? Может, я экстрасенс? Вангую скорый бан.
Цитата: searcher от мая 19, 2014, 23:05:53
В статье приводился пример с человеком и шимпанзе, что у тех и у других в одних и тех же местах ДНК имеются (якобы) вставки одинаковых фрагментов ДНК, полученные от древних вирусов. В то же время мы знаем, что ДНК человека и шимпанзе сходится по разным данным на 85-99%. Так почему нельзя просто объяснить эти одинаковые фрагменты ДНК на одинаковых местах, собственно, просто почти полным совпадением ДНК?
Почему нельзя? Можно. Только надо всегда учитывать Теорию вероятностей, МатСтатистику, логику, наконец (бритву Оккама никто не отменял). Ведь никто не говорит, что сходство ДНК шимпанзе и человека основано на вирусах. Многое осталось от далёких предках. А эндогенные вирусы — другая песня.
"Смешались в кучу кони люди"
Цитата: searcher от мая 19, 2014, 23:05:53
Если вернуться к примеру о программах, реализованных на фреймворках, у каждой такой программы будет огромная часть, совпадающая один-в-один, хотя писали их совершенно разные люди, которые ничего друг у друга не заимствовали
М-да, без комментариев


Цитата: searcher от мая 19, 2014, 23:05:53
P.S. Говоря "изначально" я не имею в виду случайные совпадения, не путайте, пожалуйста.
Это понятно. Никто ничего не путает.
___
В общем, я пока допускаю честное непонимание. Но всё больше склоняюсь к тому, что сие есть троллинг (причём далеко не самый толстый)
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: Preguntador от мая 19, 2014, 23:58:23
И ещё. Позвольте полюбопытствовать. Вы говорите, что не креационист. Возможно. Но кто Вы? Просто, хотелось бы знать, имеют ли смысл дальнейшие разговоры или, даже если Вы честно хотите разобраться, это будет пустой тратой времени.
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: searcher от мая 20, 2014, 01:08:31
ЦитироватьПодмена понятий. С низкоуровнего программирования перескакивать на высокоуровневое, да ещё назвать его более близким к теме... "тут вообще без комментариев" (с)
Собственно, о низкоуровневом я и не упоминал нигде, соответственно, ниоткуда и никуда не перескакивал. Ближе к теме тем, что с низкоуровневым можно сравнить построение той же ДНК на уровне атомов. В таком случае, строение ДНК на уровне нуклеотидов вполне можно рассматривать как высокоуровневое. Но это уже сильный отход от темы.
ЦитироватьОсобенно тут интересная история с т.н. консервативными генами. Там тоже одни и те же гены у разных организмов участвуют в самых разных ситуациях ,выполняют различные функции. Подробнее говорить нет желания с такой Вашей позицией.
У меня тоже нет желания, т.к. это несколько другая тема.
ЦитироватьПочему нельзя? Можно.
Это я и хотел услышать.
ЦитироватьТолько надо всегда учитывать Теорию вероятностей, МатСтатистику, логику, наконец (бритву Оккама никто не отменял). Ведь никто не говорит, что сходство ДНК шимпанзе и человека основано на вирусах. Многое осталось от далёких предках. А эндогенные вирусы — другая песня.
"Смешались в кучу кони люди"
Ничего не смешалось. Просто в статье ЭРВ описываются как абсолютная истина, которая сокрушает любые поползновения против ТЭ, хотя описанные в этом пункте вещи можно объяснить проще и таким образом, что ЭРВ не будет играть вообще никакой роли. Опять же, любимая вами бритва Оккама.
ЦитироватьМ-да, без комментариев
Разумеется, фреймворки тоже были кем-то созданы, соответственно, говорить, что программист, работающий с ним, ничего ни у кого не заимствует - глупо. Но я приводил в качестве примера только этих конкретных программистов, отдельно от автора фреймворка.
ЦитироватьИ ещё. Позвольте полюбопытствовать. Вы говорите, что не креационист. Возможно. Но кто Вы?
Сторонник разумного замысла, но далеко не в том виде, в каком описывают его креационисты.
ЦитироватьПросто, хотелось бы знать, имеют ли смысл дальнейшие разговоры или, даже если Вы честно хотите разобраться, это будет пустой тратой времени.
Я никого не заставляю участвовать в этой дискуссии. Каждый решает сам, как тратить своё время. К тому же, как я уже сказал, я услышал то, что хотел. Думал поблагодарить и откланяться, но не буду торопиться, вдруг кому-то всё же захочется высказаться.
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: Preguntador от мая 20, 2014, 02:06:43
На уровне атомов? Тогда и программирование можно рассматривать на уровне отдельных электронов. "Я программирую на электронах и дырках". Мило.

А по остальному. Вы меня превратно поняли. Жаль. Благо, я хотя бы не эксперт, а лишь интересующийся.

"Абсолютная истина" в науке. Сказать по правде, наука не оперирует "абсолютными истинами". Но это тонкости.

Вообще, мне кажется, Вы абсолютно честно недопонимаете. И свои взгляды обрисовали. Спасибо.

Но, точки соприкосновения мы с Вами вряд ли найдём.
Так что, полагаю, лучше мне откланяться.

Всего хорошего.
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: searcher от мая 20, 2014, 02:25:23
ЦитироватьНа уровне атомов? Тогда и программирование можно рассматривать на уровне отдельных электронов. "Я программирую на электронах и дырках". Мило.
Я лишь провёл параллели. А вы передёргиваете. Даже несмотря на то, что я подчеркнул, что это уже сильный отход от темы.
Цитировать"Абсолютная истина" в науке. Сказать по правде, наука не оперирует "абсолютными истинами". Но это тонкости.
Это не тонкости, а уже придирки к словам с вашей стороны - удел несколько другой категории людей. Тем не менее, чтобы никого не смущало, можно заменить это словосочетанием "несокрушимое доказательство". Именно так преподносится обсуждаемая тема в обсуждаемом источнике.
ЦитироватьБлаго, я хотя бы не эксперт, а лишь интересующийся.
Я это уже понял.
ЦитироватьВсего хорошего.
И вам.

Хотелось бы ещё услышать парочку мнений касаемо вот этой части моих слов, т.к. они наиболее точно отражают суть моего изначального вопроса с учётом всего вышесказанного:
ЦитироватьВ статье приводился пример с человеком и шимпанзе, что у тех и у других в одних и тех же местах ДНК имеются (якобы) вставки одинаковых фрагментов ДНК, полученные от древних вирусов. В то же время мы знаем, что ДНК человека и шимпанзе сходится по разным данным на 85-99%. Так почему нельзя просто объяснить эти одинаковые фрагменты ДНК на одинаковых местах, собственно, просто почти полным совпадением ДНК?
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: Gilgamesh от мая 20, 2014, 06:21:07
"Хотелось бы ещё услышать парочку мнений касаемо вот этой части моих слов, т.к. они наиболее точно отражают суть моего изначального вопроса с учётом всего вышесказанного:"

Мнение такое - сообщение №8 в этой теме вы специально пропустили, что заставляет серьезно отнестить к словам Ванги из сообщения №18.
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: Питер от мая 20, 2014, 09:17:38
Еще    раз   другими   словами  сообщение   номер  8.
Вы  секвенируете  геном  человека  и  геном   шимпанзе.    Сравниваете   структуру  гена  Х  -   гомология    под 95%,  все  ОК.  И в  одном  из  интронов  этого  гена    находите   в  геноме  человека   ЭРВ.  Длиной    для  простоты   1000  п.н.  Далее   секвенируете  этот  же  ген  скажем у    макаки  и  находите,  что  гомология с  шимпом  и человеком высокая  -  но    ЭРВ  там  нет.
Далее  два  варианта.
1.  Эво  -  этот   ЭРВ  встроился в  геном  предка  Хомо   на   участке  времени   после  разделения  линий  Хомо  и Пан. Или  встроился  как   "одомашненный"   РВ,  или  за  счет      транспозиции   ЭРВ   из  другого  участка  генома. Что  в  принципе  не важно.
2.  Крео  -   просто    добрый  дядя так   умело  собрал   геномы  человека  и   шимпа,  что  специально  вставил  кое-куда  такие   кусочки   -  чтобы  мы  думали,  что  эволюция  и  правда  есть. 
Ну  и  вообще  все   так  выстроил  -  что   для    огромного  количества    генов\белков  можно  проследить  историю  их    изменений    на  протяжении  миллионов  лет.  Очень  умный  был   дядя,    системный  биолог  высшего  порядка ...
Ваш   выбор ?
Да,  по  поводу   случайности.  Фактически  любой  участок  генома человека (кроме   прицентромерного  гетерохроматина  и  теломерных  повторов,  а  также  высоко  копийных  повторов  типа Alu)   можно  поднять в  ПЦР  за  счет  использования    пары  праймеров  длиной  21-23  нуклеотида.
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: searcher от мая 20, 2014, 11:21:20
ЦитироватьЕще    раз   другими   словами  сообщение   номер  8
Я прекрасно видел это сообщение, не стоило.
Цитироватьпросто    добрый  дядя так   умело  собрал   геномы  человека  и   шимпа,  что  специально  вставил  кое-куда  такие   кусочки   -  чтобы  мы  думали,  что  эволюция  и  правда  есть
А откуда взялось такое заключение, что целью такой сборки было именно заставить поверить в эволюцию? Подавляющий процент нашей ДНК является некодирующим (мусорным) и никто пока точно не знает, для каких целей он вообще существует. Соответственно, вполне возможно, что эта часть ДНК всё же выполняет определённые функции для данного конкретного вида (такие предположения есть, кстати, это я не придумал только что) и может быть схожей у разных видов.

P.S. Банить меня не за что, т.к. топик расположен в разделе "проблемы эволюции" (коих, к слову, множество; я просто взял первое попавшееся "доказательство" и решил его разобрать).
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: Питер от мая 20, 2014, 14:05:06
Некодирующая  ДНК  и  мусорная  ДНК -   это   далеко  не  одно  и  то  же.  Например,  есть lnRNA.   Есть circRNA.   И  много   чего  разного ...  Более  того,    на  сегодняшний  день  термин  мусорной  ДНК  вышел  из  употребления в  молекулярной  генетике.
Так все-таки   ваш   выбор какой ?  Все-таки  кто-то  собрал  сиквенсы  всех    живущих  видов  или все-таки  из  сиквенса  вида  А  есть  дорожка  к  сиквенсу   вида Б ?
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: searcher от мая 20, 2014, 14:56:57
ЦитироватьНекодирующая  ДНК  и  мусорная  ДНК -   это   далеко  не  одно  и  то  же.  Например,  есть lnRNA.   Есть circRNA.   И  много   чего  разного ...  Более  того,    на  сегодняшний  день  термин  мусорной  ДНК  вышел  из  употребления в  молекулярной  генетике.
Могли бы не стараться в очередной раз доказывать, что знаете умные термины, тут этим, пожалуй, никого не удивишь. К тому же, вы прекрасно поняли, что я имею в виду, просто не смогли опять упустить возможности придраться к словам. Вот только вы оставили без внимания главную мысль предыдущего моего поста.
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: алексаннндр от мая 20, 2014, 16:27:42
Уважаемый searcher, вы в двадцатом посте написали:
"Собственно, о низкоуровневом я и не упоминал нигде, соответственно, ниоткуда и никуда не перескакивал. Ближе к теме тем, что с низкоуровневым можно сравнить
построение той же ДНК на уровне атомов..."

Не логично, всё в мире конечно связано со всем, но так же нельзя и объять необъятное, элементарной частицей для построения нити ДНК является нуклеотид с азотистым основанием, аденином, гуанином, цитозином, тимином.
Из атомов можно построить всё, что угодно, нить ДНК можно построить, условно, только из этих четырёх нуклеотидов, фундаментально можно создать ещё нуклеотиды, расширить элементарную базу, так сказать, это сделали уже в лаборатории.
Так вот, низкоуровневое программирование таким образом для геномов на земной ДНК является нуклеотид.
Атомы являются низкоуровневым программированием для вообще всего вещества на бытовом уровне, а вообще есть протоны-электроны, кварки, уже об этом писали так или иначе.
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: Питер от мая 20, 2014, 16:39:28
Я вообще  много чего  знаю.   А вот  где у  вас  мысль  -  не  знаю.   Про  мусорную  -  вижу.  Про  сходство   мусорной  у  разных  видов  -  вижу.  При  этом вы  используете  термин,  который   уже   не в  ходу -  особенно  после   проекта ENCODE (опять  умное  слово   -  но  простите  засранца).
Ответа  на  мой  простой  вопрос   -  ЭВО  или КРЕО  -  не  вижу.   
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: Дж. Тайсаев от мая 20, 2014, 16:47:47
А ему ответы и не нужны, он не читатель, а писатель и ещё чуточку пророк, пытается биологам и генетику доктору наук объяснить, что он понимает больше.
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: geky от мая 20, 2014, 17:53:33
Ага, а вы, уважаемые ученые огурцы моченые, аргументированно опровергните, но без терминов, а то мнение есть, но в терминологии разобраться было некогда.
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: searcher от мая 20, 2014, 18:13:56
Цитироватьэлементарной частицей для построения нити ДНК является нуклеотид
Убедили. Но речь уже не об этом, это был пример (пусть тоже грубоватый) для подведения к сути.
ЦитироватьА вот  где у  вас  мысль  -  не  знаю
Хорошо, попытаюсь ещё раз. Я считаю, что те фрагменты ДНК (например, у человека и шимпанзе), где прослеживаются одинаковые следы ретровирусов, были заложены изначально (Создателем, вот что я подразумеваю под этим словом) для выполнения определённой функции, которая (пока что) неизвестна, а не были получены от ретровирусов и не были заложены Создателем для запутывания людей и наталкивания их на мысли об эволюции. Соответственно, чем сильнее разнятся виды (гиббон, орангутан, горилла), тем больше несовпадений в их геноме, но это не обязательно значит, что у них были разные предки и ими были унаследованы разные части геномов древних ретровирусов.
ЦитироватьОтвета  на  мой  простой  вопрос   -  ЭВО  или КРЕО  -  не  вижу.
Я уже отвечал выше - ни то, ни другое. Разумный замысел, но далеко не в том виде, в каком описывают его креационисты.
Цитироватьпытается биологам и генетику доктору наук объяснить, что он понимает больше
Я думаю, никто не станет отрицать, что в науке довольно много пробелов и несостыковок, на которые просто закрываются глаза по понятным причинам. Отсюда и подвержение сомнению различных "доказательств" с моей стороны.
ЦитироватьАга, а вы, уважаемые ученые огурцы моченые, аргументированно опровергните, но без терминов, а то мнение есть, но в терминологии разобраться было некогда.
Не вырывайте, пожалуйста, слова из контекста. Все термины я прекрасно понимаю; просто если где-то мною был употреблён несколько устаревший термин, но суть от этого не поменялась, то дискуссия почему-то всё равно отходит от темы и превращается в придирки к словам.
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: Gilgamesh от мая 20, 2014, 18:42:47
ЦитироватьЯ уже отвечал выше - ни то, ни другое. Разумный замысел, но далеко не в том виде, в каком описывают его креационисты.

Двое сослуживцев идут по коридору и один другому:
- Мой начальник - такое говно!
Слышат сзади покашливание, оборачиваются, сзади начальник.
- Не, ну я в хорошем смысле этого слова...


Тема и автор закрыты.
Название: Re: Эндогенные ретровирусы
Отправлено: Gilgamesh от мая 20, 2014, 18:48:06
Цитата: Set O. Lopata от мая 19, 2014, 08:14:30
...
Собственно, если прочитать марковские "Доказательства эволюции", а конкретнее подраздел, касающийся молекулярно-генетических доказательств, то таких вопросов не останется.
Ну или останутся, если цель - потроллить учОных креационизмом.

Пророк. Я вот сначала думал, что все будет не так плохо.