paleoforum.ru

Форумы сайта «Проблемы эволюции» => Ненаучные разговоры => Тема начата: kostik от февраля 07, 2019, 18:38:15

Название: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: kostik от февраля 07, 2019, 18:38:15
В январе вышла статья
https://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(18)31593-8?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0960982218315938%3Fshowall%3Dtrue
, которая мое внимание привлекла по совокупности следующих причин.
1.   Обострение внутривидовой конкуренции за кормовые ресурсы и места гнездования.
2.   Начало межвидового конфликта, который ранее не отмечался.
3.   Эти изменения авторы связывают с глобальным потеплением.

Из-за мягкой зимы большее количество больших синиц перезимовывает. Это является причиной обострения внутривидивой борьбы за кормовые ресурсы и за места гнездования (синицы дуплогнездники).
Не каждый год, но холодная весна сдвигает на более поздние  сроки гнездование большой синицы.  Это приводит к межвидовому конфликту большой синицы и перелетной мухоловки , которая из-за глобального потепления стала раньше возвращаться из Африки. И если до потепления мухоловка без проблем занимала освободившиеся места гнездования синицы, то сейчас борьба за "квартиру" заканчивается смертью мухоловки, которая физически слабее синицы. Мала того что конфликт со смертелным исходом, авторы  статьи отмечают что, у синиц изменился рацион питания. У своей побежденной жертвы они выклевывают мозг, что ранее не отмечалось.

Эту тему я открыл для убежденных антидарвинистов, для уравновешанных антидарвинистов и для тех, кто симпатизирует антидарвинистам. Надеюсь услышать от них их мнение по какому возможному сценарию будет развиваться описанная авторами ситуация.

В данной теме может принять участие любой желающий. Особо приглашаю убежденных ламаркистов и антидарвинистов Талаша и Игоря Антонова, которые активно предпринимают попытки по моделированию эволюции. К тому же хочется понять от какой печки они пляшут, оба заявляя, что гиперастрономичность вариаций обесценивает естественный отбор. Уточню, откуда они взяли (как они получили) гиперастрономичность вариаций.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Игорь Антонов от февраля 07, 2019, 21:40:54
Цитата: kostik от февраля 07, 2019, 18:38:15, откуда они взяли (как они получили) гиперастрономичность вариаций.

Число молекул белка в клетке по ряду оценок составляет миллиард. Остальные молекулы даже трогать не будем. Если при случайном возмущении они будут случайно ненаправленно изменять своё состояние, то обозначив набор потенциальных альтернативных изменений состояния одного белка цифрами от нуля до девяти, мы получим в качестве описания мгновенного состояния белков в клетке число из миллиарда десятичных цифр, а всё пространство их альтернативных состояний будет представлять собой 10 в степени миллиард. Соответственно, когда что-то ненаправленно случайное произойдет с ними, это будет случайной выборкой из пространства произвольных состояний 10 в степени миллиард. В то   время,  как число атомов во Вселенной оценивают как 10 в восьмидесятой степени.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Synergy от февраля 08, 2019, 02:03:27
Цитата: Игорь Антонов от февраля 07, 2019, 21:40:54Число молекул белка в клетке по ряду оценок составляет миллиард. Остальные молекулы даже трогать не будем. Если при случайном возмущении они будут случайно ненаправленно изменять своё состояние, то обозначив набор потенциальных альтернативных изменений состояния одного белка цифрами от нуля до девяти, мы получим в качестве описания мгновенного состояния белков в клетке число из миллиарда десятичных цифр, а всё пространство их альтернативных состояний будет представлять собой 10 в степени миллиард. Соответственно, когда что-то ненаправленно случайное произойдет с ними, это будет случайной выборкой из пространства произвольных состояний 10 в степени миллиард. В то   время,  как число атомов во Вселенной оценивают как 10 в восьмидесятой степени.
Полагаю, речь идет о фенотипе.

Цитата: kostik от февраля 07, 2019, 18:38:15Надеюсь услышать от них их мнение по какому возможному сценарию будет развиваться описанная авторами ситуация.
По-моему, гадалок на данном форуме нет.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Игорь Антонов от февраля 08, 2019, 07:58:36
Цитата: Synergy от февраля 08, 2019, 02:03:27Полагаю, речь идет о фенотипе.

Фенотип - это то, как организм функционирует. А движение белков... Помните из Энгельса про "жизнь  как способ существования белковых тел"?
Естественно, реальные фенотипы не расплываются в энтропийном облаке. Их удерживают связи. Но применяемые к ним случайные возмущения - это случайная, опять же,  без каких-либо конструктивных потенций,  выборка из безмерного пространства состояний, вмещающего несчётное число вселенных. Говорить о системообразующей роли ненаправленной случайности могут лишь те, кто не способен осознать, что представляет собой ненаправленная случайность в многоэлементной системе.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: ArefievPV от февраля 08, 2019, 08:02:12
Цитата: kostik от февраля 07, 2019, 18:38:15
К тому же хочется понять от какой печки они пляшут, оба заявляя, что гиперастрономичность вариаций обесценивает естественный отбор. Уточню, откуда они взяли (как они получили) гиперастрономичность вариаций.
Наверное, я чего-то не понимаю с этой гиперастрономичностью...
И как это понятие участники используют в дискуссии (на мой взгляд, некорректно используют)...

Цитата: Игорь Антонов от февраля 07, 2019, 21:40:54
Число молекул белка в клетке по ряду оценок составляет миллиард. Остальные молекулы даже трогать не будем. Если при случайном возмущении они будут случайно ненаправленно изменять своё состояние, то обозначив набор потенциальных альтернативных изменений состояния одного белка цифрами от нуля до девяти, мы получим в качестве описания мгновенного состояния белков в клетке число из миллиарда десятичных цифр, а всё пространство их альтернативных состояний будет представлять собой 10 в степени миллиард. Соответственно, когда что-то ненаправленно случайное произойдет с ними, это будет случайной выборкой из пространства произвольных состояний 10 в степени миллиард. В то   время,  как число атомов во Вселенной оценивают как 10 в восьмидесятой степени.
Раз за разом приводятся примеры возникновения, так называемой, гиперастрономичности количества возможных вариаций. И раз за разом в этих примерах просто выбрасываются из рассмотрения физические, химические и прочие ограничения. Ну, не корректно это вообще!

Молекула белка, это далеко не любой вариант комбинации атомов, входящих в состав данной молекулы. То есть, это вовсе не произвольная комбинация атомов!

Число вариаций ограничивают физические законы (например, температура и давление окружающей среды), химические законы (например, валентности связей химических элементов), чисто конструктивные ограничения (например, не получится вариант белка, выстроенный в одну прямую пространственную линию) и т.д.

Думают, что если хаотически перемешать атомы химических элементов, входящих в состав данной молекулы белка, то они получат очередной вариант белка. Не получат.

Они могут не получить даже вариант молекулы (например, собрав атомы водорода в одном конце, атомы азота посерединке, атомы кислорода сбоку, атомы углерода  на другом конце и т.д.  Нет таких вариантов, не то, что молекулы белка, даже просто большой молекулы нет – валентности химических связей не позволяют такой конструкт сформировать и/или удержать в стабильном состоянии. Ведь в этом случае, она попросту перестанет быть молекулой.

Число вариаций, которые отсекаются законами физики, химии пи т.д. – огромно. Мало того, есть ещё эквивалентные варианты – типа, в молекуле воды можно поменять местами атомы водорода, но она по-прежнему останется молекулой воды с теми же свойствами.

Ну, и совсем маленькая добавка (если речь идёт о примере с количеством вариантов состояний) – количество систем (то есть, количество клеток), в которых реализуются эти возможные варианты.

Одно дело, когда клетка единственная – случайность выпадения нужного варианта комбинации очень мала. А если таких клеток миллиард, триллион, миллиард миллиардов? Ведь в этом случае вероятность возникновения нужной комбинации хоть в одной из миллиарда миллиардов клеток будет чуток более вероятной, верно?

А если к этому моменту добавить ограничивающее действие физико-химических законов и эквивалентность части вариантов комбинаций, то вероятность возникновения нужной вариации значительно вырастет, полагаю, не правда ли?

Но это были всё цветочки, а вот ягодки.

Почему-то числу вариантов противопоставляется число атомов во Вселенной. Это как?! ???
Надо противопоставлять тоже число комбинаций вариантов из этого количества атомов.
Давайте, противопоставьте! Возьмите число атомов во Вселенной и посчитайте (предположите) число всех возможных комбинаций из этих атомов!

Вот это будет корректное сравнение. Мало того – это и будет та самая пресловутая гиперастрономичность количества вариантов состояний!

Количество вариантов комбинаций необходимо противопоставлять не количеству объектов, а количеству опять-таки вариантов комбинаций из этого количество объектов. На мой взгляд, это будет более корректное использование данного понятия - гиперастрономичность - при сравнениях вероятностей возникновения вариаций.

P.S. Надеюсь, это сообщение не оффтоп...
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Игорь Антонов от февраля 08, 2019, 08:06:38
Кому-то надо учиться  больше думать, чем писать.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: ArefievPV от февраля 08, 2019, 11:10:53
Цитата: ArefievPV от февраля 08, 2019, 08:02:12
Количество вариантов комбинаций необходимо противопоставлять не количеству объектов, а количеству опять-таки вариантов комбинаций из этого количество объектов. На мой взгляд, это будет более корректное использование данного понятия - гиперастрономичность - при сравнениях вероятностей возникновения вариаций.
Думать надо. Даже обывателям типа Арефьева думать необходимо. А уж некоторым думать надо вдвойне – положение и звание обязывают...

Потому как, человек, не воспринимающий логику и не понимающий некорректность своих рассуждений – это плохо...

Например, рассматривается два множества элементов (набор белков в клетке и количество атомов во Вселенной).

Для каждого множества из элементов (этого множества) можно составить различные комбинации (типа, различные состояния этого множества). Разумеется, число комбинаций (грубо говоря, состояний множества) значительно превышает число самих элементов в данном множестве.

Затем следуют рассуждения о вероятностях возникновения различных состояний в одном из множеств с кучей сопутствующих рассуждений.

Первое множество (10 миллиардов белков, каждый в 10-вариантах).
Второе множество (10^80 – количество атомов).
На первый взгляд, второе множество многократно больше первого.

Но что делают в итоге? Начинают сравнивать количество состояний одного множества с количеством элементов из второго множества!

Число состояний первого множества будет: 10^1000 000 000. Разумеется, это больше числа элементов второго множества: 10^80.

Но давайте, теперь сравним число состояний первого множества с числом состояний второго множества (на тех же условиях: атом может находиться в 10-и состояниях).
Тогда число комбинаций из количества атомов 10^80 шт., могущих находится в 10-и состояниях: 10^(10^80). Обратите внимание, что число –10^80, это показатель степени!
Это число в чудовищное количество порядков раз больше миллиарда!

И если я даже уменьшу число элементов во Вселенной в десять/сто/тысячу раз (типа, каждый элемент это частица, состоящая из 10-ти, 100-а, 1000-и атомов и, могущая находится во всего лишь 10-ти состояниях), то общую картину это особо не поменяет. Даже в миллиард раз уменьшу число элементов во втором множестве (во Вселенной), даже в триллион раз уменьшу – всё равно на общей картинке это практически никак не скажется...

Сравниваются либо количество элементов с количеством элементов, либо количества состояний (комбинаций) из этих элементов в разных множествах. Но когда количество элементов в одном множестве, начинают сравнивать с количеством состояний (комбинаций) другого множества, это не есть правильно... 8)
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Игорь Антонов от февраля 08, 2019, 12:21:13
Уважаемый П.В.Арефьев, никто не запретит мне сравнить (и резоны для этого сравнения есть)  пространство состояний конкретной системы и число атомов во всей Вселенной. И вовсе не потому, что это нечто однородное, а лишь для того, чтобы кто-то с ослабленным воображением пусть за счёт этого сопоставления,  но всё-таки смог себе представить всю необъятность пространства произвольных состояний многоэлементной системы.
Но если Вы и по этому ничтожному поводу два экрана исписали, то комментировать Ваши высказывания просто страшно в ожидании дальнейшего.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: ArefievPV от февраля 08, 2019, 12:24:48
Для тех, кто в танке: некорректно сравнивать кислое с громким, а шершавое с красным...
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: ArefievPV от февраля 08, 2019, 13:40:33
Ладно, оставим танкистов в покое – следует обратить внимание на собственные косяки.
Не упомянул один из существенных факторов...

То есть, к вот этому:
Цитата: ArefievPV от февраля 08, 2019, 08:02:12
Число вариаций ограничивают физические законы (например, температура и давление окружающей среды), химические законы (например, валентности связей химических элементов), чисто конструктивные ограничения (например, не получится вариант белка, выстроенный в одну прямую пространственную линию) и т.д.
.....
Число вариаций, которые отсекаются законами физики, химии пи т.д. – огромно. Мало того, есть ещё эквивалентные варианты – типа, в молекуле воды можно поменять местами атомы водорода, но она по-прежнему останется молекулой воды с теми же свойствами.

Ну, и совсем маленькая добавка (если речь идёт о примере с количеством вариантов состояний) – количество систем (то есть, количество клеток), в которых реализуются эти возможные варианты.
следует добавить...

Один из основных факторов (может, это и не отдельный фактор, а эффект по совокупности и/или следствие других факторов), это ограничения, накладывающее текущим состоянием системы на последующие состояния системы. Грубо говоря, фактор истории изменений системы...
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Synergy от февраля 08, 2019, 17:11:40
Цитата: Игорь Антонов от февраля 08, 2019, 07:58:36
Цитата: Synergy от февраля 08, 2019, 02:03:27Полагаю, речь идет о фенотипе.

Фенотип - это то, как организм функционирует. А движение белков... Помните из Энгельса про "жизнь  как способ существования белковых тел"?
Естественно, реальные фенотипы не расплываются в энтропийном облаке. Их удерживают связи. Но применяемые к ним случайные возмущения - это случайная, опять же,  без каких-либо конструктивных потенций,  выборка из безмерного пространства состояний, вмещающего несчётное число вселенных. Говорить о системообразующей роли ненаправленной случайности могут лишь те, кто не способен осознать, что представляет собой ненаправленная случайность в многоэлементной системе.
Под фенотипом я понимаю вообще всю целостность организма с его средой: физику, биохимию, морфологию, физиологию, а также и развитие организма и интеллект  (все из перечисленного жестко ограничивает количество вариаций фенотипа). ЕО в лучшем случае действует на фенотип, а не на какую-то одну отдельно взятую часть.

А случайность - процесс детерминированный.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Synergy от февраля 08, 2019, 17:29:33
Цитата: ArefievPV от февраля 08, 2019, 08:02:12Почему-то числу вариантов противопоставляется число атомов во Вселенной. Это как?! ???
Надо противопоставлять тоже число комбинаций вариантов из этого количества атомов.
Давайте, противопоставьте! Возьмите число атомов во Вселенной и посчитайте (предположите) число всех возможных комбинаций из этих атомов!
Так если только одно количество атомов во всей известной нам Вселенной намного меньше возможных вариаций в каком-нибудь геноме, то что говорить о количестве возможных вариациях во всей Вселенной?
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: kostik от февраля 08, 2019, 18:20:00
Цитата: Игорь Антонов от февраля 07, 2019, 21:40:54
Цитата: kostik от февраля 07, 2019, 18:38:15, откуда они взяли (как они получили) гиперастрономичность вариаций.

Число молекул белка в клетке по ряду оценок составляет миллиард. Остальные молекулы даже трогать не будем. Если при случайном возмущении они будут случайно ненаправленно изменять своё состояние, то обозначив набор потенциальных альтернативных изменений состояния одного белка цифрами от нуля до девяти, мы получим в качестве описания мгновенного состояния белков в клетке число из миллиарда десятичных цифр, а всё пространство их альтернативных состояний будет представлять собой 10 в степени миллиард. Соответственно, когда что-то ненаправленно случайное произойдет с ними, это будет случайной выборкой из пространства произвольных состояний 10 в степени миллиард. В то   время,  как число атомов во Вселенной оценивают как 10 в восьмидесятой степени.

Честно признаюсь,  я не знаю кто из вас, Талаш или вы, первый заговорил о гиперастрономичности числа вариаций. Вы у меня с Талашом в вопросах эволюции одно лицо,  я вас плохо различаю. Или другими словами, число вариаций между вами близко к нулю.

Допустим, что все приведенные цифры точны.  Прошу вас дать свою увязку числа вариаций и эволюции.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: kostik от февраля 08, 2019, 18:29:07
Цитата: Synergy от февраля 08, 2019, 02:03:27
ЦитироватьЦитата: kostik от Февраль 07, 2019, 18:38:15Надеюсь услышать от них их мнение по какому возможному сценарию будет развиваться описанная авторами ситуация.
По-моему, гадалок на данном форуме нет.

Скажу вам по секрету, на форуме больше гадалок, чем негадалок.

Посталенный мною вопрос к гаданию не имеет отношения. Ситуативные модели имеют предсказательную составляющую. Если в модель верно  заложить исходные данные, то предсказание на выходе с высокой вероятностью сбудется. В соседней теме я предложил ламаркистам дать свой дизайн эксперимента, который бы подтвердил научную состоятельность их взглядов. В теме наговорили около 20 страниц,  но ничего не предложено.

В этой теме я своим оппонентам предложил иной путь. Есть дизайн эксперимента, который предложила сама Природа, но мы не знаем  чем  все закончится. Скажу вам по секрету, меня мало интересует какой итог предскажут мои оппоненты. Мне гараздо интереснее, какими исходными данными они будут заполнять свои модели. Думаю, что,  скорее всего, они будут играть в молчанку.

Synergy, в выходные дни предлагаю подумать над следующим вопросом. В одной из тем вы напомнили о статье
Цитата: Synergy от февраля 06, 2019, 22:26:33Передача боязни запаха по наследству у крыс: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3923835/
Хочу сразу сказать,  что эта статья неоднократно на форуме упоминалась.  Ортодоксальные ламаркисты Талаш и Игорь Антонов уже не связывают наследование по Ламарку и эпигенетику. Во всяком, случае они помалкивают. Наверно затаились . Так вот, если задать вам вопрос: чем привлекла вас эта статья, то ответ однозначен – результатом эксперимента, который озвучен уже в самом названии. А вопрос у меня к вам такой: Как авторы статьи пришли к дизайну такого эксперимента.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: василий андреевич от февраля 08, 2019, 19:06:03
  Любой статистический расчет начинается с утверждения - событие произойдет или нет. Т.е. вероятность в базе дихотомична. Идея ЕО состоит не в пропуске удачного, а в отсечении неудачного. Количество неудачников может достигать хоть ста процентов вариаций допустимых на одном уровне.
  Весьма маловероятный в среде абиогена, прорыв белка на арену жизни показывает, что бесконечная вариативность самих белков, плюс, бесконечные вариации их сочетания порождают мизерное количество жизнеспособных форм. И эта мизерность даже при дихотомическом отсечении будет много выше реализованного. Просто отбор чисто физически не сможет выявлять и отбраковывать минимальные отклонения, от выживаемого среднего, что после нескольких этапов деления превратится в астрономическое множество.

  Подобные рассуждения вовсе не отвергают классического подхода, но подталкивают к вечной мысли, что отбор не может направлять/канализировать случайный мутагенез. Однако еще хуже будет, если ввести эпигенез, как правило. Получим на свой миллиард вариативности генов, еще миллиард миллиардный довесок из вариативности эпигенов.

  Надежда забрезжила с открытием Вавиловской гомологичности. Т.е. при бесконечной вариативности кирпичиков тел, количество форм построек стремится к аддитивной постоянной. Как в таблице Менделева непрерывная шкала атомного веса становится дискретной до конечного числа вариантов.

  Я воспитан от геологии и знаю, что бесконечное разнообразие атомных сочетаний формируется в строго закономерные ассоциации, причем так, что каждая ассоциация связана с историй своего становления, так, что, в принципе, можно рассчитать будущее этой ассоциации.
  Потому убежден, что нужен "законогенез", в составе которого Дарвинизм будет занимать то же место, какое классическая механика занимает в квантовой.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Игорь Антонов от февраля 08, 2019, 21:02:20
Цитата: kostik от февраля 08, 2019, 18:20:00Допустим, что все приведенные цифры точны.  Прошу вас дать свою увязку числа вариаций и эволюции

Если реакция клетки на случайные вариации генома столь же случайна, то она представляет собой произвольную случайную выборку из обсуждавшегося выше неисчерпаемого океана всех возможных произвольных вариаций.
Эти случайные вариации варьируют состояние не некой бессистемной россыпи элементов. Они воздействуют на процессы, происходящие в высокоорганизованных молекулярных машинах, которыми являются живые клетки. Закономерность, характеризующая отношения случайных вариаций и высокоорганизованных машин известна и имя ей - дезорганизация и деструкция.   

В то же время, клетки, как мы видим, в частности, во множестве экспериментов на быструю эволюцию колоний дрожжей, 
сходно и адаптивно к конкретной ситуации перестраивают работу множества генов при воздействии новых негативных факторов, в том числе, в искусственно созданных ситуациях. И в присутствие единичных мутаций, а иногда и в их отсутствие. Случайные же блуждания, коим имя - неисчерпаемый океан, не имеют ни закономерности, ни обязанности хоть когда-то оказаться адаптивными.

Уже одно это явление показывает, что биологическая изменчивость, имеющая эволюционное значение, не является
ненаправленно случайной, а является скоординированной.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Питер от февраля 08, 2019, 22:54:39
Вы  ставите  гаплоидные  клетки дрожжей  в  ситуацию  дефицита  того  или  иного источника  еды.   Чтобы  выжить,  надо  научиться   реагировать на  этот  дефицит.  Есть    несколько  метаболических  путей,  связанных   с этим  дефицитом.   Мутации по  этим  путям  могут  помочь  выжить. При     этом  один  путь  эффективнее   другого.   В  итоге  мутации  идут  по   разным  направлениям.  Не    попали в  нужный  путь  -  померли.  Попали в  самый   хороший  -  выжили  и вытеснили  остальных.  И   все  это  работает,   когда  у  вас  не  одна  клетка   -   а десятки  и  сотни  тысяч.
То  есть    она    и  случайна  как   случайны  мутации,  и скоординирована   -  потому как   уже  существуют  метаболические  пути,   связанные  с  тем  или  иным  метаболитом.  Но    их  надо  подстроить  под  новый  вариант  среды,   а  не  создать с  нуля  принципиально  новый  метаболический  путь.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Игорь Антонов от февраля 08, 2019, 23:16:07
Питер, если реакцией молекулярных машин на новое возмущение будут просто случайные произвольные блуждания, то не только ничего конструктивно не подстроится под новый вариант среды,  а сломается и то, что работало раньше. Вы прекрасно знаете сами, что организмы подстраиваются в определенной мере в рамках отдельно взятого онтогенеза к мутациям-уродствам, на адаптацию к  которым в их эволюционной истории вообще никакого отбора быть не могло. То, что происходит внутри отдельно взятой клетки в подобных ситуациях, на мой взгляд, не является чем-то принципиально иным.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Synergy от февраля 09, 2019, 01:04:33
Цитата: kostik от февраля 08, 2019, 18:29:07Если в модель верно  заложить исходные данные, то предсказание на выходе с высокой вероятностью сбудется.
Какое предсказание конкретно вы ожидаете услышать?

Цитата: kostik от февраля 08, 2019, 18:29:07Есть дизайн эксперимента, который предложила сама Природа, но мы не знаем  чем  все закончится.
Для эксперемента нужен эксперементатор, а природа им скорее всего не является.

Цитата: kostik от февраля 08, 2019, 18:29:07Мне гараздо интереснее, какими исходными данными они будут заполнять свои модели. Думаю, что,  скорее всего, они будут играть в молчанку.
Опять же, что вы ожидаете увидеть на выходе? Вы же понимаете, что факторов влияющих на происходящие может быть огромное множество. Конкретизируйте ваш вопрос.

Цитата: kostik от февраля 08, 2019, 18:29:07А вопрос у меня к вам такой: Как авторы статьи пришли к дизайну такого эксперимента.
Полагаю, вам это лучше узнать у самих авторов.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Synergy от февраля 09, 2019, 01:38:49
Цитата: kostik от февраля 08, 2019, 18:20:00Честно признаюсь,  я не знаю кто из вас, Талаш или вы, первый заговорил о гиперастрономичности числа вариаций. Вы у меня с Талашом в вопросах эволюции одно лицо,  я вас плохо различаю. Или другими словами, число вариаций между вами близко к нулю.

А это вы зря. У Игоря Антонова, на мой взгляд, глубокие теоретические познания.

Цитата: kostik от февраля 08, 2019, 18:20:00Допустим, что все приведенные цифры точны.  Прошу вас дать свою увязку числа вариаций и эволюции.
Не говорю за Игоря Антонова, но, полагаю, что он говорит о невозможности случайности эволюции, потому что если одно число атомов во Вселенной меньше, чем количество возможных вариаций, например, в геноме, а Вселенной по известным подсчетам ~13.8*10^9 лет, то как может что-либо случайно возникнуть из того, что превышает известный нам возраст Вселенной? С математической точки зрения, это невероятно.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Synergy от февраля 09, 2019, 02:25:31
Таким образом, остается сделать вывод, что изменчивость отвечает нуждам организмов.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Synergy от февраля 09, 2019, 02:31:35
Цитата: Питер от февраля 08, 2019, 22:54:39Вы  ставите  гаплоидные  клетки дрожжей  в  ситуацию  дефицита  того  или  иного источника  еды.   Чтобы  выжить,  надо  научиться   реагировать на  этот  дефицит.  Есть    несколько  метаболических  путей,  связанных   с этим  дефицитом.   Мутации по  этим  путям  могут  помочь  выжить. При     этом  один  путь  эффективнее   другого.   В  итоге  мутации  идут  по   разным  направлениям.  Не    попали в  нужный  путь  -  померли.  Попали в  самый   хороший  -  выжили  и вытеснили  остальных.  И   все  это  работает,   когда  у  вас  не  одна  клетка   -   а десятки  и  сотни  тысяч.
То  есть    она    и  случайна  как   случайны  мутации,  и скоординирована   -  потому как   уже  существуют  метаболические  пути,   связанные  с  тем  или  иным  метаболитом.  Но    их  надо  подстроить  под  новый  вариант  среды,   а  не  создать с  нуля  принципиально  новый  метаболический  путь.
Классика Неодарвинизма! Но, это, по сути, ничего не объясняет.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: василий андреевич от февраля 09, 2019, 08:50:43
Цитата: Synergy от февраля 09, 2019, 02:25:31Таким образом, остается сделать вывод, что изменчивость отвечает нуждам организмов.
Удивляться надо не изменчивости, а сохранности. Если нет механизма отбраковки вероятного в угоду маловероятного, то это естественный путь ко всеобщей деградации и рассеянию.
  Эпигенетический вариант адаптации к к конкретным, но опять-таки к случайно-временным состояниям среды будет губителен для сохранности и еще быстрее загонит развитие к энтропийному финалу.
  Маячит, правда, вариант эпигена, действующего на пару поколений, с 1)последующим вымиранием таковых адаптантов при возвращении среды к исходному состоянию или 2)с записью о "проделанной работе" в регуляторной части генома.
  Второй вариант предпочтительней, однако таковая запись должна подвергаться постоянному обесцениванию. Если допустить в геноме ограниченное множество обесцениваемых записей, то это будет означать законогенез - чем чаще конкретная запись обновляется, тем меньше она обесценивается.
  Но способен ли геном, даже при избыточной регуляторной части вместить в себя "идею" закономерного обесценивания?
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Игорь Антонов от февраля 09, 2019, 12:02:04
Цитата: Питер от февраля 08, 2019, 22:54:39Есть    несколько  метаболических  путей,  связанных   с этим  дефицитом.   Мутации по  этим  путям  могут  помочь  выжить. При     этом  один  путь  эффективнее   другого.   В  итоге  мутации  идут  по   разным  направлениям.  Не    попали в  нужный  путь  -  померли.  Попали в  самый   хороший  -  выжили  и вытеснили  остальных.  И   все  это  работает,   когда  у  вас  не  одна  клетка   -   а десятки  и  сотни  тысяч.

В статье "Inherited adaptation of genome-rewired cells in response to a challenging environment" (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2929631/) описаны эксперименты по адаптации  к среде без гистидина отдельных дрожжевых клеток с одинаковым исходным геномом и со сломанной системой синтеза гистидина.

Цитата:

We show here that although there were no adapted cells prior to the encounter with glucose, a large fraction of cells adapted to grow in this medium and this adaptation was stably inherited. The adaptation relied on individual cells that switched into an adapted state and, thus, the adaptation was due to a response of many individual cells to the change in environment and not due to selection of rare advantageous phenotypes.

On average, the fraction of cells that could grow mature colonies on Glu-his was about 50% of the total number of viable cells plated.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Игорь Антонов от февраля 09, 2019, 13:39:32
И в продолжение темы из предыдущего сообщения - недавние эксперименты с другой генетической поломкой и с очень похожим на историю из предыдущей ссылки процессом адаптации клеток к ней:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5919758/

Только с интерпретацией происходящего авторами последней статьи согласны не все участники других экспериментов данного направления.
Вот реплика (https://www.academia.edu/37641725/Can_specific_tuning_of_single-gene_expression_be_deduced_from_a_local_measurement_of_that_gene_alone_Comment_on_the_paper_by_Freddolino_et_al._Stochastic_tuning_of_gene_expression_enables_cellular_adaptation_in_the_absence_of_pre-existing_regulatory_circuitry_?auto=download) на эту статью от Erez Braun и Naama Brenner.


Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Synergy от февраля 10, 2019, 03:22:33
Цитата: василий андреевич от февраля 09, 2019, 08:50:43Удивляться надо не изменчивости, а сохранности.
Сохранность не создает видов, их создает изменчивость, а поэтому сохранность второстепенна.

Цитата: василий андреевич от февраля 09, 2019, 08:50:43Если нет механизма отбраковки вероятного в угоду маловероятного, то это естественный путь ко всеобщей деградации и рассеянию.
При чем тут всеобщая деградация, если механизм отбраковки есть?
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: василий андреевич от февраля 10, 2019, 09:34:24
  Случайная изменчивость и отбраковка изменившегося - это сохранность. Если отбираются изменения, без целевой направленности, то это и есть путь деградации и рассеяния. Простейшая цель - внешнее "условие", направленная изменчивость к цели - адаптация.
  Выделение определенного внешнего условия из спектра - это индивидуальное предпочтение адаптироваться к тому или иному условию, т.е. акт разумного выбора предпочтительного из числа доступного.

  Классика случайной мутации говорит, что на любое внешнее условие из спектра, может найтись своя кардинальная мутация. Далее подключается регуляторный (мутационный?) механизм, канализирующий развитие фенотипа к случайно выделенной локации в спектре условий.

  Чем, Вас, Сенерджи, не устраивает подобная классика?
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Synergy от февраля 10, 2019, 14:03:30
Цитата: василий андреевич от февраля 10, 2019, 09:34:24Случайная изменчивость и отбраковка изменившегося - это сохранность.
Изменчивость и отбраковка изменившегося не идут рука об руку, а поэтому не ведут тот час же по наступлению изменения к сохранности одного и отбраковке другого, ибо мы можем наблюдать огромное количество разновидностей и видов живущих рядом с друг другом. Дарвин сам признавался, что приписывал ЕО слишком огромную роль, утверждая, что он действует постоянно. Он писал впоследствии, что ЕО действует только через длительные промежутки времени.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: василий андреевич от февраля 10, 2019, 17:07:22
  Любая изменчивость "вредна" в том смысле, что затрудняет организму пребывание в тех условиях, к которым он заточен, а потому ведет к проигрышу своим братишкам. Потому выигрывает тот, кто научился избавляться от ошибок. Следовательно, тот организм, который наиболее оптимальным образом умеет репарировать мутации, будет наиболее успешным.
 
Цитата: Synergy от февраля 10, 2019, 14:03:30Он (Дарвин) писал впоследствии, что ЕО действует только через длительные промежутки времени.
Теперь допустим, что отбор не действует, т.е. это не фактор. Фактором по СТЭ является мутация, которую репарировать не удается. Почему отбор пропускает особь, хуже братишек приспособленную к видовым условиям? То, что островные мутанты выживают, означает лишь, что отбор минимален, не оказывает влияния. При этом мутагенез идет на абы как, а токмо по канализированным направлениям.
  Островная ситуация моделируется на единственной дрожже, когда есть неисчерпаемая пара-тройка источников питания. При этом адаптивным источником будет один из ресурсов, для использования других дрожже придется затратить большую энергию. Вопрос: произойдет ли в "далеком" будущем мутация, когда организм откажется от наилучшего питания в пользу менее выгодного?
  Конечно, ведь
Цитата: Synergy от февраля 10, 2019, 14:03:30мы можем наблюдать огромное количество разновидностей и видов живущих рядом с друг другом
Дело только за механизмом. Их, навскидку, три
1)случайная мутация раньше или позже произойдет "сама собой",
2)источник "худшего" питания будет действовать через обратные связи от фенома к геному,
3)любая мутация, ведущая к невосприимчивости лучшего источника, приведет к переустройству регуляторной функции для использования худшего.
  Законогенез, как очевидно, на стороне третьего варианта. Думаю и Вы на той же стороне.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Synergy от февраля 10, 2019, 21:18:50
Цитата: василий андреевич от февраля 10, 2019, 17:07:22Любая изменчивость "вредна" в том смысле, что затрудняет организму пребывание в тех условиях, к которым он заточен, а потому ведет к проигрышу своим братишкам.
Не любая, так как изменчивость может оказаться и более полезной. Далее, если вы думаете, что каждую вариацию можно приписать приспособленности, то вы сильно ошибаетесь. В действительности, во многих случаях далеко не очевидно, производит ли изменчивость какие-либо преимущества или ухудшения в одних и тех же условиях.

Цитата: василий андреевич от февраля 10, 2019, 17:07:22Почему отбор пропускает особь, хуже братишек приспособленную к видовым условиям?
Дело в том, что понятие отбор очень расплывчатое, и мы не знаем, кто будет приспособлен лучше, а кто хуже, пока не пройдет достаточное количество времени. Конечно, имея на руках данные об условиях, о количестве особей какого-нибудь вида и их конституции, мы могли бы приблизительно судить о том, какие изменения в среде или конституции организма будут для него полезными или вредными, но, это, в лучшем случае, оставалось бы временным предположением.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: kostik от февраля 11, 2019, 02:59:07
Повторно приглашаю к разговору в этой теме ламаркиста и антинеодарвиниста Талаша.

Обещаю сам и призываю других участников разговора не касаться обсуждения агрессивного поведения Талаша на этом форуме. Достаточно того, что я однажды ему уже это доказал.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: василий андреевич от февраля 11, 2019, 06:37:42
Цитата: Synergy от февраля 10, 2019, 21:18:50Дело в том, что понятие отбор очень расплывчатое,
А вот не надо расплывчатости придавать форму оправдания невозможности проводить разборки с конкретным экспериментом - в нем обязательно заведутся демоны нюансов. Сохранность, значит, навык противостоять всеобщей тенденции к "расплывчатости". Когда это не удается за счет репараций, в дело подключается ЕО.
Цитата: Synergy от февраля 10, 2019, 21:18:50изменчивость может оказаться и более полезной.
Да, может, но только не для условий той среды, которая характерна для популяции. В "островном эксперименте" с дрожжами необходимо объяснить, как вредная мутация для использования одного ресурса, делается полезной для использования другого? И тут три точки зрения: классическая - в популяции появятся особи с чередой случайных трансформаций-мутаций в регуляторной части генома; в клетке (особи) произойдут эпигенетические изменения; клетка приступит к размножению, после того, как состояние гомеостаза перейдет на новый уровень динамического равновесия.
  По сути, все три точки зрения имеют перекрывающуюся область кругозоров. На мой взгляд, последняя плодотворнее, т.к. позволяет применять математический аппарат для вычисления вероятностей.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: василий андреевич от февраля 11, 2019, 06:54:25
  В большинстве умозрительных случаев, ЕО срабатывает как отрицательный фактор для видообразования. И как это ни парадоксально, именно препятствуя видообразованию, ЕО вместо естественного шума "смешения видов" оставляет те дискретности, которые мы называем следствием макроэволюции. Тихогенез может работать только в ограниченной области мелких отклонений от средней статистики. Селектогенез, поддерживает череду этих мелких отклонений, которую мы называем генетическим дрейфом.
  Проблема же нового вида, собирающего в своем генотипе вариации так, что они не проявляются в фенотипе до той поры, пока смогут расцвести - остается загадкой.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Игорь Антонов от февраля 11, 2019, 07:48:51
Василию Андреевичу должна понравиться работа В.П.Щербакова "Эволюция как сопротивление энтропии" (https://elementy.ru/nauchno-populyarnaya_biblioteka/430413/Evolyutsiya_kak_soprotivlenie_entropii). Или уже читал?
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Evol от февраля 11, 2019, 08:01:13
Что-то заставляет меня уточнить, уважаемый василий андреевич о том, что Вы понимаете под генетическим дрейфом?
Почему речь о "мелких" отклонениях? В мелких популяциях или речь о мутациях в не самой значимой части генома?
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: василий андреевич от февраля 11, 2019, 08:29:41
Цитата: Evol от февраля 11, 2019, 08:01:13Почему речь о "мелких" отклонениях?
Потому, что я не знаю как поступать с таким общим термином - мутация. Репарированная мутация, от которой не осталось следа в геноме до деления, должна относиться к мелкой. Но не может так быть, что бы сам процесс репарации не оставил следа в "структурах цитоплазмы", которые в данном раскладе заленивлены по отношению к геному, и восстанавливаются после некоторого времени релаксации. Если репарации в нефункциональной части ДНК принять за величину постоянную, то таковая работа может быть выражена, как прогноз "эпипамяти" о областях странных аттракторов цитоплазмы - возможного претендента на эпиген. Эпигена, конечно нет, но есть часть нефункционального генома, после каждого деления воссоздающего эти области странных аттракторов.
  Исходя из этого, генетический дрейф - это усредненное тяготение всех особей популяции к функционированию в области действия того или иного странного аттрактора. Поэтому естественно, что неиспользуемые особями области "забываются", но вырабатываются новые.

  А вот то, в какую "сторону" будет осуществляться генетический дрейф - уже селектогенез экосистемы. В общем случае генералисты будут двигаться в сторону специалистов.

  Вопрос, что такое кардинальная мутация и насколько она случайна, а не подготовлена всем предшествующим селектогенезом, я говорить не могу, не умею, не знаю.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: василий андреевич от февраля 11, 2019, 08:32:36
Цитата: Игорь Антонов от февраля 11, 2019, 07:48:51"Эволюция как сопротивление энтропии". Или уже читал?
Нет, но считайте, что уже начал. Заранее спасибо.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Synergy от февраля 11, 2019, 10:20:26
Цитата: василий андреевич от февраля 11, 2019, 06:37:42Да, может, но только не для условий той среды, которая характерна для популяции.
Ваша ошибка в том, что вы полагаете будто бы организмы уже идеально приспособлены к своим условиям, между тем как они могут только находиться на начальных или средних стадиях. Далее, в некоторых случаях выгодней быть не "идеально" приспособленным. Наконец, условия среды постоянно меняются.

Цитата: василий андреевич от февраля 11, 2019, 06:54:25В большинстве умозрительных случаев, ЕО срабатывает как отрицательный фактор для видообразования. И как это ни парадоксально, именно препятствуя видообразованию, ЕО вместо естественного шума "смешения видов" оставляет те дискретности, которые мы называем следствием макроэволюции. Тихогенез может работать только в ограниченной области мелких отклонений от средней статистики. Селектогенез, поддерживает череду этих мелких отклонений, которую мы называем генетическим дрейфом.
Видообразование происходит под действием образования признаков повышающих приспособленность. Если бы отбор только отбраковывал не обращая (прошу прощения за телеологию) внимания на признаки повышающие приспособленность, то не было бы и никакого прогресса, а был бы только регресс.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Evol от февраля 11, 2019, 10:56:20
Уважаемый Synergy, как Вы представляете себе отбор, постоянно обращающий внимание на признак, повышающий приспособленность, объясните, подробно, пожалуйста?
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Питер от февраля 11, 2019, 14:09:52
А   приспособленность    всегда  равна    прогрессу ? 
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Synergy от февраля 11, 2019, 14:21:41
Цитата: Evol от февраля 11, 2019, 10:56:20Уважаемый Synergy, как Вы представляете себе отбор, постоянно обращающий внимание на признак, повышающий приспособленность, объясните, подробно, пожалуйста?
Здесь все стандартно, по Дарвину: Какой-либо признак должен повышать шансы на выживание и оставлению потомства (а чем большее количество особей, тем большее их расселение и тем более они будут дивергировать и конвергировать в течении времени). Разница между Дарвином и Неодарвинизмом здесь та, что в добавок ко всему этому, наследуются приобретенные признаки (это очень важно).
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: василий андреевич от февраля 11, 2019, 14:33:46
Цитата: Synergy от февраля 11, 2019, 10:20:26то не было бы и никакого прогресса, а был бы только регресс.
Среда в широком смысле - это экосистема со стазисным равновесием видов. Среда в узком смысле - биоценоз двух видов или симбиоз. То, что я, возможно не верно, назвал генетическим дрейфом - это мутационный груз, ведущий к микроэволюционному вырождению от экосистемного генералиста к биоценозно-симбиотическому специалисту. Именно это направление поддерживается отбором.
  Как макроэволюционно происходит рождение генералиста, зачастую, разрушающего сложившуюся экосистему, остается за рамками модели ЕО. Пока мы просто констатируем, что генералист приходит в экосистему извне. Следовательно, он родился в другой экосистеме, где стал изгоем в результате КАРДИНАЛЬНОЙ мутации. Как складывались предпосылки для этой мутации, мы можем понять только на моделях микроэволюции изолированных систем типа дрожжей, меняющих свои пищевые предпочтения.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Питер от февраля 11, 2019, 14:44:17
Цитата: Synergy от февраля 11, 2019, 14:21:41
Цитата: Evol от февраля 11, 2019, 10:56:20Уважаемый Synergy, как Вы представляете себе отбор, постоянно обращающий внимание на признак, повышающий приспособленность, объясните, подробно, пожалуйста?
Здесь все стандартно, по Дарвину: Какой-либо признак должен повышать шансы на выживание и оставлению потомства (а чем большее количество особей, тем большее их расселение и тем более они будут дивергировать и конвергировать в течении времени). Разница между Дарвином и Неодарвинизмом здесь та, что в добавок ко всему этому, наследуются приобретенные признаки (это очень важно).

Стандартный   вопрос   -  механизм  наследования  приобретенных  признаков  у  многоклеточных  с  развитой  тканевой  организацией  и  половым  процессом ?
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Synergy от февраля 12, 2019, 12:02:40
Цитата: Питер от февраля 11, 2019, 14:09:52А   приспособленность    всегда  равна    прогрессу ? 
Нет, не всегда.

Цитата: Питер от февраля 11, 2019, 14:44:17Стандартный   вопрос   -  механизм  наследования  приобретенных  признаков  у  многоклеточных  с  развитой  тканевой  организацией  и  половым  процессом ?
Да.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Питер от февраля 12, 2019, 13:07:35
Что  такое   да  ?   Я  спрашиваю  о  том, какой   это  механизм  -  в  молекулярно-биологических  терминах.   Перенос     того  полезного   приобретенного,    что  есть в  соматической   клетке  печени    конкретного    индивида, в  его     герминативные  клетки.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: василий андреевич от февраля 12, 2019, 13:54:36
Цитата: Питер от февраля 12, 2019, 13:07:35Я  спрашиваю  о  том, какой   это  механизм  -  в  молекулярно-биологических  терминах.
Обычно вводят какую-нибудь "гемулу", наделяют ее свойством неисповедимости, а потом отправляют в половую клетку, где она учиняет разборки )))

  Иногда говорят о "голографичности" организма, когда каждый маленький осколок содержит расплывчатую информационную запись всего организма. Тоже ставлю )))

  Однако предрасположенность к выработке "ферментов", которые привели к выживанию "бабушки", находившейся в условиях стресса, все же имеет место. Этот вопрос равнозначен прогнозу феноменов наследуемых(?) психосоматических реакций.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: kostik от февраля 13, 2019, 17:33:55
Цитата: Игорь Антонов от февраля 07, 2019, 21:40:54
Цитата: kostik от февраля 07, 2019, 18:38:15, откуда они взяли (как они получили) гиперастрономичность вариаций.

Число молекул белка в клетке по ряду оценок составляет миллиард. Остальные молекулы даже трогать не будем. Если при случайном возмущении они будут случайно ненаправленно изменять своё состояние, то обозначив набор потенциальных альтернативных изменений состояния одного белка цифрами от нуля до девяти, мы получим в качестве описания мгновенного состояния белков в клетке число из миллиарда десятичных цифр, а всё пространство их альтернативных состояний будет представлять собой 10 в степени миллиард. Соответственно, когда что-то ненаправленно случайное произойдет с ними, это будет случайной выборкой из пространства произвольных состояний 10 в степени миллиард. В то   время,  как число атомов во Вселенной оценивают как 10 в восьмидесятой степени.

Почему вы рассуждения начинаете с белков???... Ну пусть их в клетке один миллиард, но из чего вы исходите, что число вариаций,  если не миллиард, то близко к этому?  Именно так прочитывается изложенная вами мысль.  Второе сообщение никак не прояснила почему вы пляшите от этой печки.

В геноме человека насчитывают 30 тысяч генов. И если допустим, повторяю допустим, что в каждом гене произошла одна мутация, т.е. замена одного нуклеотида повлекла за собой одну замену аминокислоты, которая не отразилась на жизнидеятельности клетки, то в итоге мы будем иметь  30 тысяч вариантных белков. Даже если каждого белка в клетке будет присутствовать по одному миллиарду, то число вариаций в данной клетке будет 30 тысяч, а не 30 тысяч миллиардов.

А если допустим, повторяю допустим, что в каждом гене произошло замена двух нуклеотидов повлекшая за собой  замену двух аминокислот, которые не отразились на жизнидеятельности клетки, то в итоге мы будем иметь  те же 30 тысяч вариантных белков. Даже если каждого белка в клетке будет присутствовать по одному миллиарду, то число вариаций в данной клетке все равно будет 30 тысяч.

Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: kostik от февраля 13, 2019, 17:36:18
Цитата: Synergy от февраля 09, 2019, 01:04:33
Цитата: kostik от февраля 08, 2019, 18:29:07Если в модель верно  заложить исходные данные, то предсказание на выходе с высокой вероятностью сбудется.
Какое предсказание конкретно вы ожидаете услышать?

Цитата: kostik от февраля 08, 2019, 18:29:07Есть дизайн эксперимента, который предложила сама Природа, но мы не знаем  чем  все закончится.
Для эксперемента нужен эксперементатор, а природа им скорее всего не является.

Цитата: kostik от февраля 08, 2019, 18:29:07Мне гараздо интереснее, какими исходными данными они будут заполнять свои модели. Думаю, что,  скорее всего, они будут играть в молчанку.
Опять же, что вы ожидаете увидеть на выходе? Вы же понимаете, что факторов влияющих на происходящие может быть огромное множество. Конкретизируйте ваш вопрос.

Цитата: kostik от февраля 08, 2019, 18:29:07А вопрос у меня к вам такой: Как авторы статьи пришли к дизайну такого эксперимента.
Полагаю, вам это лучше узнать у самих авторов.

Я ни от кого ничего не жду. Форум предназначен для обмена мнениями и не более того.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Игорь Антонов от февраля 13, 2019, 19:37:42
Цитата: kostik от февраля 13, 2019, 17:33:55
Цитата: Игорь Антонов от февраля 07, 2019, 21:40:54
Цитата: kostik от февраля 07, 2019, 18:38:15, откуда они взяли (как они получили) гиперастрономичность вариаций.

Число молекул белка в клетке по ряду оценок составляет миллиард. Остальные молекулы даже трогать не будем. Если при случайном возмущении они будут случайно ненаправленно изменять своё состояние, то обозначив набор потенциальных альтернативных изменений состояния одного белка цифрами от нуля до девяти, мы получим в качестве описания мгновенного состояния белков в клетке число из миллиарда десятичных цифр, а всё пространство их альтернативных состояний будет представлять собой 10 в степени миллиард. Соответственно, когда что-то ненаправленно случайное произойдет с ними, это будет случайной выборкой из пространства произвольных состояний 10 в степени миллиард. В то   время,  как число атомов во Вселенной оценивают как 10 в восьмидесятой степени.

Почему вы рассуждения начинаете с белков???... Ну пусть их в клетке один миллиард, но из чего вы исходите, что число вариаций,  если не миллиард, то близко к этому?  Именно так прочитывается изложенная вами мысль.  Второе сообщение никак не прояснила почему вы пляшите от этой печки.

В геноме человека насчитывают 30 тысяч генов. И если допустим, повторяю допустим, что в каждом гене произошла одна мутация, т.е. замена одного нуклеотида повлекла за собой одну замену аминокислоты, которая не отразилась на жизнидеятельности клетки, то в итоге мы будем иметь  30 тысяч вариантных белков. Даже если каждого белка в клетке будет присутствовать по одному миллиарду, то число вариаций в данной клетке будет 30 тысяч, а не 30 тысяч миллиардов.

Если Вы хотите начинать рассуждать с генов, то в геноме до миллиардов нуклеотидов, с каждым из которых может происходить несколько разных точечных мутаций. Эффект каждой из них в общем случае не эквивалентен эффекту другой. Странно, что для Вас мутировавший ген и не мутировавший - это всего два альтернативных состояния, две вариации - как 0 и 1. Плюс, кроме точечных, все вариации всех остальных мутаций. То есть, и пространство случайных вариаций генома довольно велико. Но у меня выше речь шла, действительно, не о вариациях генома, а о том, что если  реакция клетки на случайное изменение генома является столь же ненаправленно случайной, то здесь мы сталкивается в поведении клетки с произвольной случайной выборкой из не просто огромного, а уже из безграничного пространства состояний, упрощённая оценка которого снизу составляет не миллиард, как упоминаете в цитате Вы, а 10 в степени миллиард. Это очень разные числа. Если вариантов полезных, адаптивных реакций клетки на конкретное возмущение - миллиард миллиардов, то вычтя это число из полного пространства случайных вариаций мы получим в итоге остаток фактически не отличающийся от первоначально числа. То есть, это будет капля, вынутая из океана.

Ошибка СТЭ, которую, на мой взгляд, в 21 веке должен осознать каждый трезво и независимо мыслящий человек - это экстраполяция случайных вариаций генома на ненаправленно случайные же вариации фенотипа. Пункт этот в постулатах теории присутствует. Но он расходится с реальностью. Причём с той реальностью, о которой писал уже 60 лет тому назад формально причисляемый в СТЭ к "своим" И.Шмальгаузен.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: василий андреевич от февраля 13, 2019, 20:07:36
  Пусть ДНК матрица, через которую пуансон РНК "продавливает" белок. Было бы маоловероятно, кодаб такие пуансон и матрица одинаково мутировали. Мутация же одного "исправляется" другим.
  Конечно, аналогия натянута на глобус, однако продукт продавливания, белок, свое влияние на обоих иметь может.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: kostik от февраля 15, 2019, 17:29:32
Игорь Антонов!
Однажды Василий Андреевич начал свой пост со слов, что он три раза выматерился перед тем как начать его писать. После прочтения Вашего поста мне хотелось материться постоянно. Чтобы не пугать своих домашних матерщиной, которая пыталась вырваться из моих из моих уст, вслух я произносил:" Какой же доцент, все-таки,  глупый". Домашние настойчиво хотели узнать о каком доценте идет речь. Хочу вам сказать, что я так и не назвал вашего имени, держался как кремень.

А теперь перейдем к анализу вашего сообщения.

Цитата: Игорь Антонов от февраля 13, 2019, 19:37:42Если Вы хотите начинать рассуждать с генов, то в геноме до миллиардов нуклеотидов, с каждым из которых может происходить несколько разных точечных мутаций.

О каких конкретных  точечных мутациях единичных нуклеотидов вы ведете речь?
"В биологии мутация - это постоянное изменение нуклеотидной последовательности генома организма, вируса или внехромосомной ДНК или других генетических элементов. https://en.wikipedia.org/wiki/Mutation

Цитата: Игорь Антонов от февраля 13, 2019, 19:37:42Эффект каждой из них в общем случае не эквивалентен эффекту другой.

Этот тезис убил меня своей интригой.
Расскажите, пожалуйста, об эффектах, так называемых вами точечных мутациях нуклеотидов.

Цитата: Игорь Антонов от февраля 13, 2019, 19:37:42Странно, что для Вас мутировавший ген и не мутировавший - это всего два альтернативных состояния, две вариации - как 0 и 1.

Т.е. хотите сказать, что на вопрос:"Можно ли быть немножко беременной?", вы отвечаете утвердительно.

Убедительно прошу для меня и читателей этого форума дать свою классификацию состояния гена.

А пока размещу следующую информацию:
"Ген (аллель), который кодирует фенотип, наиболее распространенный в конкретной природной популяции, известен как ген (аллель) дикого типа. В генетических записях он часто обозначается как «+». Любая форма этого гена (аллеля), кроме дикого типа, известна как мутантная форма этого гена (аллеля)."  http://www.bio.miami.edu/dana/dox/wildtype.html

Цитата: Игорь Антонов от февраля 13, 2019, 19:37:42Плюс, кроме точечных, все вариации всех остальных мутаций.

А "всех остальных мутаций" – это сколько?  Хотя бы порядок назовите.

Цитата: Игорь Антонов от февраля 13, 2019, 19:37:42То есть, и пространство случайных вариаций генома довольно велико.

О каком пространстве вы ведете речь?   Вы не видете разницы в понятиях нуклеотид и последовательность нуклеотидов, а уже заговорили о каком-то пространстве.

Цитата: Игорь Антонов от февраля 13, 2019, 19:37:42Если вариантов полезных, адаптивных реакций клетки на конкретное возмущение - миллиард миллиардов, то вычтя это число из полного пространства случайных вариаций мы получим в итоге остаток фактически не отличающийся от первоначально числа.

Этот словесный понос хочется оставить без коментариев. Не скрою, я пытался в этом говне найти хоть какую-то мысль, не нашел. Если ваша глубачайшая мысль в недрах вашего первичного рта заключена  в миллиарде миллиардов чего-то , то это голословное заявление, которое никак не подтверждена вашими расчетами.

Цитата: Игорь Антонов от февраля 13, 2019, 19:37:42То есть, это будет капля, вынутая из океана.

Нет, это не капля воды , это сопля,  которую вы вытянули из своего носа и пытаетесь ею накормить читателей.

Со своим миллиардным количеством вариаций белков в клетке вы уже обосрались. И ваша гиперастрономичность числа варийций подвисла в воздухе. 

После того,  сколько вы здесь наговорили глупостей я даже  теряюсь как вам сформулировать уточняющий вопрос. 
Тем не менее:
В геноме человека насчитывают 3 миллирда пар нуклеотидов, или 6 миллиардов нуклеотидов. Через какие расчеты вы от этого числа умудрились перейти к своему числу "10 в степени миллиард альтернативных (???) состояний"?

Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Игорь Антонов от февраля 15, 2019, 17:55:36
Костик,  Ваши вопросы не демонстрируют, к сожалению, понимания содержания моего сообщения.
А хамская агрессивная манера ответа оставляет лишь глубокое сожаление по поводу Вашей неадекватности.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Питер от февраля 15, 2019, 18:10:18
Костик,   вы  ослепительно  неправы   в  массе  мест ...
Первое  и  главное  -   немножко   беременной       быть  можно.   Нет,  замена  А  на  G   всегда   замена  А  на  G.   Но  вот   ее  эффект     будет  разный.
Например,    есть кодон  ААА.   Он     кодирует  лизин.   Теперь  мутируем.
GAA - глутаминовая  кислота
AGA  -  аргинин
AAG -   тоже  лизин
Соответственно  только  две  из  трех  замен  приведут к  изменению  структуры   белка.
Теперь     про  дикую  и  мутантную  формы.  В  сегодняшней   генетике  понятие    мутации  более    размыто.  И  мутация   есть как  феномен  замены   буквы  на  букву  -   и   тогда   есть  дикий  тип  и  есть мутация.  И    мутация   есть  как    замена,  имеющая     четкое  фенотипическое  проявление.  И  есть    понятие  полиморфизма    -   когда  есть  нуклеотидная  замена  с   не  ясной  функциональной   значимостью  и  с  высокой  популяционной  частотой,  более 1%.

И  пара  слов   для  Игоря  Антонова.   Не  надо  перебирать  миллионы  вариантов.   Происходит  замена   аминокислоты в  белке.  И  меняется  субстратная  специфичность  кодируемого  белка.   И  в  итоге     зверушка  получает  возможность  есть  новую   еду.    И  это    может  быть важно  -  если  этой  новой  еды  МНОГО. 
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Игорь Антонов от февраля 15, 2019, 18:21:17
Цитата: Питер от февраля 15, 2019, 18:10:18И  пара  слов   для  Игоря  Антонова.   Не  надо  перебирать  миллионы  вариантов.   Происходит  замена   аминокислоты в  белке.  И  меняется  субстратная  специфичность  кодируемого  белка.   И  в  итоге     зверушка  получает  возможность  есть  новую   еду.    И  это    может  быть важно  -  если  этой  новой  еды  МНОГО. 

Питер, я знаю, что не надо перебирать миллионы вариантов для получения адаптивного эффекта от определенной мутации.  Но я знаю и другое - никаких адаптивных эффектов не было бы, если бы клетка реагировала на новый генетический контекст новыми случайными блужданиями, а не скоординированно перестраивая свою внутреннюю регуляцию.  И эксперименты, на которые были ссылки выше, демонстрируют, что не только мутации (внутренние возмущения), но и новые стрессоры (внешние возмущения) могут быть толчком к скоординированной перестройке регуляции в клетке.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Питер от февраля 15, 2019, 19:03:30
Да     почему  случайными  блужданиями ?    Мы   вносим  возмущение  в  систему,  пронизанную  обратными  связями. И  возможности  реакции системы   определяются   этим  набором    связей.    Повышает  мутация   активность  фермента  -    растет  локальная  концентрация   метаболита   -   изменяется     регуляция  всех  процессов,  завязанных  на  этот  метаболит.   И в  конкретный  момент  времени   в  конкретной  популяции существует  ряд   генетических  вариантов, определяющих   нормальную  вариабельность   концентрации   метаболита.    Будут  варианты с  выходом  за  рамки  -  организм  сдохнет.    Изменится  среда  и  оптимум    концентрации  метаболита    сместится   -    кто-то  вымрет,  кто-то   станет   жить  лучше.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Игорь Антонов от февраля 15, 2019, 20:36:06
Питер
Насчет реакции системы, пронизанной обратными связями - посыл глубоко верный. Только эти обратные связи обеспечивают динамическую комплексную подстройку экспрессии генов  в  клетке  к принципиально новым стрессовым условиям (и наверняка подстройку не только концентрации продуктов генов, но и путей их транспортировки). И, обратите внимание, в том числе, и подстройку в отсутствие мутаций, о чём шла речь в недавнем исследовании  Freddolino et al. (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5919758/) (и не только в нём).  И адаптация эта происходит не в результате ненаправленной случайной изменчивости фенотипа клеток. Поскольку последняя (ненаправленно случайная) в сложной системе никакой новой организации создать не может в силу своих закономерных  свойств, о которых шла речь выше. А в остальном, когда новая адаптивная организованность возникает - это, да, продукт реакции системы, пронизанной обратными связями.  С этим трудно не согласиться.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: kostik от февраля 15, 2019, 22:03:32
Цитата: Питер от февраля 15, 2019, 18:10:18Костик,   вы  ослепительно  неправы   в  массе  мест ...Первое  и  главное  -   немножко   беременной       быть  можно.

Если говорить о сроках беременности, то - да, а если о качественном состоянии женщины – нет. Если вам надо подсчитать количество беременных женщин в популяции, с какого срока беременности, вы их будете причислять к беременным?

Наш разговор затрагивает в первую очередь качественное состояние молекул. Не зная какие могут быть их качественные состояния, о каком подсчете можно вести речь.

Цитата: Питер от февраля 15, 2019, 18:10:18Нет,  замена  А  на  G   всегда   замена  А  на  G.   Но  вот   ее  эффект     будет  разный. Например,    есть кодон  ААА.   Он     кодирует  лизин.   Теперь  мутируем. GAA - глутаминовая  кислотаAGA  -  аргинин AAG -   тоже  лизинСоответственно  только  две  из  трех  замен  приведут к  изменению  структуры   белка.

Вы привели пример, который касается изменений в последовательности нуклеотидов.

Еще раз вчитайтесь в его слова:

"в геноме до миллиардов нуклеотидов, с каждым из которых может происходить несколько разных точечных мутаций".

Если вы думаете, что он неточно выразился, то вчитайтесь в его слова:

"Число молекул белка в клетке по ряду оценок составляет миллиард. Остальные молекулы даже трогать не будем. Если при случайном возмущении они будут случайно ненаправленно изменять своё состояние, то обозначив набор потенциальных альтернативных изменений состояния одного белка цифрами от нуля до девяти, мы получим в качестве описания мгновенного состояния белков в клетке число из миллиарда десятичных цифр, а всё пространство их альтернативных состояний будет представлять собой 10 в степени миллиард."

Цитата: Питер от февраля 15, 2019, 18:10:18Теперь     про  дикую  и  мутантную  формы.  В  сегодняшней   генетике  понятие    мутации  более    размыто.  И  мутация   есть как  феномен  замены   буквы  на  букву  -   и   тогда   есть  дикий  тип  и  есть мутация.

И    мутация   есть  как    замена,  имеющая     четкое  фенотипическое  проявление.

В данном случае мы просто имеем право говорить о наличии в популяции фенотипов дикого типа и мутантного, так как последний легко регистрируется, например зрительно.

Цитата: Питер от февраля 15, 2019, 18:10:18И  есть    понятие  полиморфизма    -   когда  есть  нуклеотидная  замена  с   не  ясной  функциональной   значимостью  и  с  высокой  популяционной  частотой,  более 1%.

И как это отражается на белке?
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: василий андреевич от февраля 16, 2019, 08:30:33
  Взмолиться на обратные связи, оно, конечно. Да только без детальных разборок выйдет, что при положительной обратной связи пациент сгорит, а при отрицательной задохнется.
  Есть рутинный путь: продукт А - А ферментация - синтез на ДНК - Б ферментация - продукт Б, как выхлоп. Мутация, сказавшаяся на "фенотипической" работе ДНК, хоть по А, хоть по Б ферменту, по любому приведет к перераспределению напряжений в самой ДНК. А это мотивирует на поиск ПРЕадаптивных перестроек в работе самой "информационной" молекуле. В таком раскладе фраза:
Цитата: Игорь Антонов от февраля 15, 2019, 20:36:06И адаптация эта происходит не в результате ненаправленной случайной изменчивости фенотипа клеток. Поскольку последняя (ненаправленно случайная) в сложной системе никакой новой организации создать не может в силу своих закономерных  свойств
может быть рассмотрена в несколько ином ключе, как коадаптация ядра и цитоплазмы. По узкой сути - это переход из одной стационарности к другой.
  Я нигде пока не встретил положения или предположения о способности ДНК выводить функциональные гены в разряд регуляторных. Если таковой механизм есть, то будет и механизм вовлечения регуляторных генов в функциональные. Сам же процесс вовлечения группы регуляторных генов в один функциональный - мог бы быть закономерностью, вполне поддающийся математическому анализу.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Питер от февраля 16, 2019, 10:21:31
Василий    Андреевич,   есть  одна     маленькая  проблема     -  обратный   транспорт  из  цитоплазмы  в  ядро  жестко регулируется.  И  вторая  проблемка  -  что  такое в  нормальных  молекулярно-биологических  терминах  "ферментация-синтез  на ДНК"  ?   Что  такое  "синтез  НА  ДНК" ?  Матчасть  -  она  матчасть ... 
Костик,    по-разному    большая  часть  точковых  замен   на  белках  не   сказывается.   Частые  замены  аминокислот  обычно  фенотипически  нейтральны.

ИГОРЬ АНТОНОВ
Я   полностью  согласен с  тем,  что "обратные связи обеспечивают динамическую комплексную подстройку экспрессии генов  в  клетке  к принципиально новым стрессовым условиям (и наверняка подстройку не только концентрации продуктов генов, но и путей их транспортировки). "   А    теперь  посмотрим   на  то,  чем  определяются   граничные    возможности  такой  подстройки.      И  как   эта  подстройка  будет    сохраняться  в  ряду  поколений.   У  любимых  вами   дрожжей   -    мутациями.  С  этим  вы,  надеюсь,   согласны.    А  не   согласны  вы   с  тем,  что    мутации в  нужных  местах  генома  возникли  случайно  и  были  подхвачены  отбором С  вашей  точки  зрения    подстройка  экспрессии  генома в   новых  условиях  вызвала  мутагенез  в  ключевых  генах.  Но    даже  в  этой  системе  мутации     возникают  и в  других    генах.  И  дрожжи  находят  разные  варианты  выхода  из   тупика. 
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: Игорь Антонов от февраля 16, 2019, 10:51:59
Цитата: Питер от февраля 16, 2019, 10:21:31Я   полностью  согласен с  тем,  что "обратные связи обеспечивают динамическую комплексную подстройку экспрессии генов  в  клетке  к принципиально новым стрессовым условиям (и наверняка подстройку не только концентрации продуктов генов, но и путей их транспортировки). "   А    теперь  посмотрим   на  то,  чем  определяются   граничные    возможности  такой  подстройки.
Конечно, границы возможного всегда есть. К каким-то условиям можно подстроиться, к каким-то нельзя. Так ведь и у людей так. Когда ты в лифте падаешь - ничего не сделаешь. А когда на тебя кирпич падает - можно успеть отскочить.
Цитата: Питер от февраля 16, 2019, 10:21:31И  как   эта  подстройка  будет    сохраняться  в  ряду  поколений.   У  любимых  вами   дрожжей   -    мутациями.  С  этим  вы,  надеюсь,   согласны.
Не всегда.  Фреддолино пишет: Our key finding from those experiments, though, was that in seven out of eight cases, tuning was observed without any observable beneficial genetic change. И, естественно, соответствующая подстройка у Фреддолино наследовалась, поскольку колония начинала расти.  И Браун описывает аналогичные ситуации в своих экспериментах.
Цитата: Питер от февраля 16, 2019, 10:21:31А  не   согласны  вы   с  тем,  что    мутации в  нужных  местах  генома  возникли  случайно  и  были  подхвачены  отбором С  вашей  точки  зрения    подстройка  экспрессии  генома в   новых  условиях  вызвала  мутагенез  в  ключевых  генах.  Но    даже  в  этой  системе  мутации     возникают  и в  других    генах.
В контексте обсуждения характера изменчивости фенотипа, встречающегося с проблемами, для меня вообще не принципиален случайный или направленный характер мутаций. В то же время, эксперименты Брауна с коллегами показывают, что в ряде случаев адаптивные мутации, видимо, индуцированы причинно. Если по методике Брауна повторить другие адаптивные эксперименты, возможно, явление будет воспроизводиться и в других случаях.
Цитата: Питер от февраля 16, 2019, 10:21:31И  дрожжи  находят  разные  варианты  выхода  из   тупика. 
Так и люди могут находить разные решения одной и той же проблемы.
Название: Re: Квартирные разборки и эволюция
Отправлено: василий андреевич от февраля 16, 2019, 12:21:52
Цитата: Питер от февраля 16, 2019, 10:21:31Что  такое  "синтез  НА  ДНК" ?  Матчасть  -  она  матчасть ... 
Мне уже не осилить матчасть до исчерпываемости. Потому вынужден доводить до физического редукционизма. И энтропийность, и эволюционизм - это путь необратимости. Регуляция транспортировки цитоплазма-ядро-цитоплазма - то же выражение необратимости, как и демон Максвелла или отбор Дарвина, пресекающие кошмар бесконечной вариабельности Ламаркизма.
  Физическая редукция такова: на входе имеем дрова, разлагаемые ферментом А до аминокислотных кирпичей, на выходе фермент Б (пусть белок), как полезный продукт, плюс, обесцененный выхлоп. По сути, фермент Б - это дрова, калорийность которых выше, нежели исходных продуктов, поступивших на вход. Это возможно только за счет изъятия тепла из среды. Это изъятие противоестественно, для простых систем, но естественно для сложных, хоть на космогоническом, хоть на микробиологическом уровне (об этом особый разговор). То, что мы наблюдаем в опытах, как выделение тепла при обесценивании деструктируемого продукта, лишь следствие выпадения в осадок отмирающих высокоорганизованных биоструктур, не включаемых в дальнейший круговорот.
  Любая мутация вредна в том ракурсе, что полезный продукт Б будет менее калориен, чем входящий продукт А, т.е. анализ будет эффективнее синтеза, что, как и положено, сопроводится выбросом тепловых отходов. Тепловые отходы в ядре означают активацию самой ДНК. А эта активация либо смерть, либо перестройка на новый синтез так, что бы синтез происходил с гипертрофным, не свойственным для нормальных условий, поглощением тепла. И хорошо, если с этим справляются регуляторы в нефукнциональном геноме. В противном, в чем-то идеальном, случае организм будет вынужден перейти на менее калорийную диету, связанную с падением репликаций и проигрышем во внутривидовой конкуренции. Но проигрышем только при избытке привычного продукта, при его дефиците выигрыш будет за "проигрывающим".
  То есть, активация ДНК, как следствие мутации - это новый уровень молекулярного гомеостаза, в старых (еще не обновленных) условиях цитоплазменной среды. Активация - это обязательные разрывы там, где жарко, и вставка того, что охлаждает. А это означает, что рекомбинация пойдет вовсе не случайно. Я не сумею сказать ничего более конкретного, чем простое заклчение - хотя ключевая мутация всегда случайна, но работа по исправлению последствий этой мутации - закономерна. А т.к. работа, производимая свитой над королем, отрицательна по определению, то эта работа аналогична новой нише для нового функционирования.