Ранняя жизнь и её возникновение.

Автор Alexeyy, ноября 08, 2020, 11:51:48

« назад - далее »

Alexeyy

Цитата: Da4nik от мая 08, 2021, 23:24:10Скорость роста нитеобразных образований до 5-10метров в день!?
Это откуда следует?

Da4nik

Подпись под первой же фоткой (съёмка с орбиты, дюны Марса как я понял).
ЦитироватьКонечная длина веерообразных образцов составляет 90 метров, при расчетной скорости роста от 5 до 10 метров в сутки.

Alexeyy

Так это же не рост вдоль этой длины, чтобы можно было сравнивать со скоростью роста бамбука!
Если бы весь рост на всю эту длину шёл из одной точки - тогда да. Что, очевидно, не так: просто, при подходящих условиях, поросль пошла одновременно по всей этой длине (из имеющихся на ней "спящих") точек.

Alexeyy

#18
В продолжение https://paleoforum.ru/index.php/topic,11252.15.html
Цитата: АrefievPV от июля 21, 2022, 15:25:35И тут появляется два (эволюционная развилка, для которой я не определился с наиболее вероятным путём развития) основных варианта:
 
– сначала РНК доэволюционировала до репликации, а потом «ареалы обитания» РНК и пептидов «пересеклись» и пошла коэволюция (то бишь, формирование «конгруэнтности») РНК с пептидами;
– или сначала «ареалы обитания» РНК и пептидов «пересеклись» и пошла коэволюция, и только потом параллельно с повышением «конгруэнтности» РНК доэволюционировала до репликации.
 
Пока из этих вариантов выбрать какой-то один у меня не получается.

Мне кажется, что здесь ведущую роль может играть не столько пересечение/не пересечение ареалов, как смещение баланса преимуществ и недостатков той или иной комбинации как функции объёма накапливаемой информации и темпов эволюции.
  Например, при относительно больших объёмах информации преимущество может дать нуклеинокислотный матричный синтез по сравнению с самосинтезом пептидных комплексов. Т.к. он (нуклеинокислотный) - более точен и хранение информации - гораздо более помехозащищено. Но зато нуклеиновые кислоты и гораздо более энергозатратны.

Alexeyy

#19
Из https://paleoforum.ru/index.php/topic,11252.30.html

Цитата: Питер от июля 21, 2022, 18:01:21
Цитата: Alexeyy от июля 21, 2022, 14:44:44
Цитата: Питер от июля 21, 2022, 14:00:51Алексей,  то  ли  было,  то  ли  нет. Детали в  студию.
Нашёл: https://paleoforum.ru/index.php?topic=11708.0 Там третьим с начала темы постом Вы задавали мне, вроде, (примерно) тот же вопрос (о матричном синтезе пептидов на комплексе пептидов ... его авторы называют амилоидом). И там, в моём ответе, приведены цитаты из статей (гугловский перевод), где говорится об этом матричном синтезе. Там можно и продолжить ...

Вы  об  этом  ?
Maury C. P. J. 2018. Amyloid and the origin of life: self-replicating catalytic amyloids as pre-biotic informational and protometabolic entities. Cell Mol Life Sci., 75(9): 1499–1507, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5897472/ .

Но  там  ничего  нет  кроме  гипотезы.  Никак   не  показано,  что это  некая   реальность.  С  рибозимами есть  хоть что-то  экспериментальное,  а  тут   - ничего

Это тоже, но, может, не совсем. Вторая статья (если мне не изменяет память) - тоже про "размножение" амилоидов, подкармливаемых аминокислотами (пардон, я забыл, что выше перевод не приводил).
  Вот перевод со ссылкой на другую, экспериментальную статью (ссылка на которую - в конце):

"Совсем недавно Rout et al. [26] показали, что амилоид может управлять последовательной, регио- и стереоселективной конденсацией синтеза аминокислот и что шаблонная реакция стабильна в широком диапазоне pH (5.6–8.6) и температуры (25–90). ° С). Это представляет особый интерес с точки зрения ранней молекулярной эволюции, поскольку демонстрирует, что амилоид, образованный из коротких пептидов, может управлять синтезом своих собственных составляющих пептидов в вероятных пребиотических условиях Земли."

А, если Вы имеете в виду матричный синтез пептидов на амилоидах, то там, вроде, действительно об этом нет. Наверно, тогда где-то в другом месте читал об этом... значит, надо ещё поискать. Хотя, честно говоря, сейчас засомневался, что это была экспериментальная работа, а не гипотеза...

А, нет: в той же статье (откуда взял цитату выше) также рассказывается об экспериментальной работе с матричным синтезом пептидах на амилоидах:
  "В другом недавнем исследовании Omosun et al. [19] исследовали каталитическую активность пептидов, собирающихся в четко определенные амилоидные нанотрубки. Они обнаружили, что плотность и близость протяженных массивов хироселективных каталитических центров обеспечивали полимеризацию новых полимеров с помощью матрицы. "

 Но, впрочем, я тогда, получается, давал ссылку не на саму экспериментальную работу (а на обзорную работу по экспериментом). Пардон.

[19] Omosun T. O., Hsieh M.-C., Childers W. S., Das D., Mehta A. K., Anthony N. R., Pan T., Grover M. A., Berland K. M., Lynn D. G. 2017. Catalytic diversity in self-propagating peptide assemblies. Nat Chem №9, pp. 805–809, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28754939 .

[26] Rout SK, Friedmann MP, Riek R, Greenwald J (2018) A prebiotic templated-directed peptide synthesis based on amyloids. Nat Commun 9:234–242 47. Hamley IW (2007) Peptide fibrillization. Angew Chem Int EdEngl 46:8128–8147, https://www.researchgate.net/publication/322527455_A_prebiotic_template-directed_peptide_synthesis_based_on_amyloids .

василий андреевич

  Ладно, напомню в который уж раз, что важен не столько синтез из аминокислот, в отсутствии репликатора, сколько хотя бы минимальная воспроизводимость синтеза после естественно распада спонтанно возникающего соединения.
  А воспроизводимость может быть обеспечена за счет повторяющихся раз за разом условий для синтеза. И уже эти условия обеспечиваются закономерным распадом.
  Нет стабильного распада, не будет и стабильно повторяющихся условий. И дело не в "матрице" для копирования, а в том, что бы любая флуктуация приводила к распаду строго определенного компонента макромолекулы. То есть, макромолекула синтезируется во все более и более канализированном направлении.

Alexeyy

Почему она "должна синтезироваться во все более и более канализированном направлении", если "любая флуктуация приводит к распаду строго определенного компонента макромолекулы"?
  Только не надо здесь опять сразу писать дисератацию: сначала, хотя бы, введение :)


Цитата: василий андреевич от июля 24, 2022, 07:28:30Ладно, напомню в который уж раз, что важен не столько синтез из аминокислот, в отсутствии репликатора, сколько хотя бы минимальная воспроизводимость синтеза после естественно распада спонтанно возникающего соединения.
Это и называется репликатором.


василий андреевич

  Получилось отчего-то в другой теме. Повторю.
  Репликация - раздвоение, размножение, клонирование. Белки-пептиды не раздваиваются, но способны к бифуркации-дивергенции, т.е. к изменению своей молекулярной геометрии. Полипептиды воспроизводятся той сторонней системой, которой модельно пока нет.
  Внешние условия не могут быть воспроизводителем, их флуктуативная природа разрушает, и уже от системы зависит, какие порванные связи восстановить, а от каких избавиться вовсе. Следовательно, какая связь чаще рвется и восстанавливается, та и является "противоестественным" концентратором энергии. А восстанавливаться будет именно данная связь потому, что в условно изолированной системе подбираются поставщики аминов от тех пептидов, частоты распадов которых, цельночисленны по отношению к потребителю - наиболее крупной молекулы полипептида.
  Итогом будет разделение (селекция) на укрупняющуюся молекулу и простые амины, не нашедшие своего места в структуре крупной. На то и условность изолированности, что по достижении критической концентрации излишних аминов, система раскрывается с выбросом отработанных продуктов. Но для этого необходим такой приемник отходов, для которого эти амины являются строительным материалом своей собственной структуры. Рибозима вполне подходит на таковой приемник.
  Сера, азот и фосфор - надо знать с какой энергетикой эти элементы замещают друг друга. Я не знаю.

  ПП. Укрупнение "избранных" за счет растворения малых форм характерно для таких квазикристаллов, как например, квасцы.
 

Alexeyy

#23
Цитата: василий андреевич от июля 24, 2022, 10:22:26Репликация - раздвоение, размножение, клонирование. Белки-пептиды не раздваиваются
"Раздваиваются" не пептиды, а их комплексы (состав) и это - тоже репликация.

Цитата: василий андреевич от июля 24, 2022, 10:22:26Внешние условия не могут быть воспроизводителем
Не согласен: жизнь воспроизводится именно благодаря внешним условиям (например, поток солнечной энергии, т.е. внешнее условие, обеспечивает на Земле жизнь).
  Другое дело, внешние условия, одновременно, могут быть и разрушителями жизни.
Цитата: василий андреевич от июля 24, 2022, 10:22:26А восстанавливаться будет именно данная связь потому, что в условно изолированной системе подбираются поставщики аминов от тех пептидов, частоты распадов которых, цельночисленны по отношению к потребителю - наиболее крупной молекулы полипептида.
Что такое цельночисленные частоты распадов пептидов по отношению к потребителю? Где Вы про такое слышали или сейчас придумали? Сами хоть поняли о чём написали или опять за любимое умнообразное, но пустое, языкотрёпное дело взялись? :)

василий андреевич

  Алексей, мне ведь легко доказать, что Вы не видите дальше собственного носа.
  Это привычка, ставшая натурой, дескать, конкурируют за ресурсы. Но конкурируют не за упорядоченную энергию, а за способы от нее избавиться. Вот и солнечная радиация, как порядок, "организует системы", ранжирующиеся в цепочки этот порядок дезорганизующие.
  Электрон на орбитали обязательно имеет собственную длину волны, укладывающуюся как цельночисленное значение длине орбитали. Изменение длины волны электрона (изменение частоты) приведет к новой орбитали, но опять-таки с цельночисленным значением.
  И, подумайте, что предпочтительно, кушать когда хочется или когда кормят? "Перекормленные системы" лопаются! Лопаются-разрушаются и пептидные системы, когда среда избавляется в них от свободной энергии. Выглядит это избавление, как флуктуативный хаос.
  В базовой простоте, только тот набор пептидов будет устойчив к флуктуациям, который "поглощает-потребляет" их в виде цельночисленной порциальной последовательности. Математически, это конечная сумма бесконечного ряда уменьшающихся слагаемых. Графически ряд выражается, как затухающая экспонента, выходящая на стабилизацию.
  У нас нет бесконечного ряда, потому достаточна модель, допустим, с тремя членами, распадающимися как один, два, четыре раза в единицу времени. Кто распадается один раз будет иметь возможность поглотить (потребить) продукты распада тех, кто распадается дважды и четырежды, а не наоборот. Если затесался компонент за эту временную единицу распадающийся три раза, то его судьба фифти/фифти, один раз встроится, в другой придется искать иной потребляющий комплекс.

  Ну не размножаются ни пептиды, ни их комплексы. А то, что комплекс может распасться и повторно возродиться, так и муха может превратиться в слона, если очень долго ждать.
  Не раздваиваются комплексы, а погибают согласно статистике. И если макромолекула комплекса активирует свои "избранные" окончания только тогда, когда на готове продукты от "микро"молекул, то вероятность синтеза повышается.

АrefievPV

Цитата: василий андреевич от июля 24, 2022, 12:14:58Это привычка, ставшая натурой, дескать, конкурируют за ресурсы. Но конкурируют не за упорядоченную энергию, а за способы от нее избавиться.
Конкурируют и за то, и за другое – и за получение ресурсов, и за возможность утилизации отходов.

Просто обычно за утилизацию отходов конкуренция меньше – какай/писай, где и когда хочешь, а вот еду/воду надо отыскать ещё (и еда может и убежать). Поэтому конкуренцию за возможность утилизации отходов обычно и не упоминают (просто подразумевают, что она есть). Разумеется, в каких-то ситуациях конкуренция за возможность утилизировать отходы возрастает (типа, очереди в туалеты тоже бывают).

Вообще, не стоит забывать, что жизнь (точнее, живые системы) всегда «сидит» на потоке (на перетоке) – то есть, для неё важен, как приток энергии и вещества (приток ресурсов), так и отток энергии и вещества (отток отходов).

Кстати, чаще всего жизнь «сидит» сразу на многих потоках (на участках больших круговоротов вещества и энергии), которые ещё и влияют друг на друга.

василий андреевич

  Принцип избавления от свободной энергии - это не принцип избавления от отходов метаболизма. Например, деятельность по добыче пищи - это так же способ избавления от свободной энергии. Важно различать потребность, как цель, и потребность, как производство средств достижения цели. У нас, человеков разумных, так все запущено, что мы средства достижения цели возводим в рагн самой цели. Деньги - лучший тому пример.
Цитата: АrefievPV от июля 24, 2022, 12:42:43Кстати, чаще всего жизнь «сидит» сразу на многих потоках (на участках больших круговоротов вещества и энергии), которые ещё и влияют друг на друга.
Хорошо, но сказать так - это очень мало. Круговорот материи всего лишь одна динамическая степень свободы, которая поглощает-потребляет свободную энергию, "зависая" над потенциальной ямой, как живое в нише. Круговорот целиком - это практически сгусток потенциальной энергии, которая при "отмирании" круговорота превратиться в бесполезный для самого круговорота тепловой хаос.
  У нас "круговорот" аминокислот, допустим, над черным курильщиком (о недрах пока не будем). Синтез аминов в пептид - это рост потенциальной энергии, а распад в амины - рост кинетической энергии. Получаем двухтактный осциллятор, причем такт синтеза невозможно назвать клонированием, так как потенция не порождает свою копию, хотя и "повторяется" через такт распада.
  Клонированием было бы разделение потенциального сгустка-пептида так, что бы свободные амины встроились в обе половинки так, и  материнский пептид был неотличим (или чуть отличим) от двух дочерних. Такое мы наблюдаем у ДНК и подозреваем у некоторых РНК, но не у пептидов, как предтечей белков.

  Подключаем идею четырех тактного осциллятора: 1)накопление аминов в "ловушке над черным курильщиком", 2)соединение аминов не просто в пептид, а обязательный комплекс пептидов, 3)ждем активации пептидных "радикалов" так, что бы несколько пептидов сложились-свернулись в устойчивый полипептид, 4)выброс высвободившейся после синтеза энергии, иначе распад неминуем.
  Как видите, второй и третий такт осцилляции - это сплошь невероятное стечение обстоятельств, которое необходимо исключить идеей резонансных частот, возникающих при прямой и обратной реакции. Еще раз, чем выше частота повторения обратимой реакции, тем больше потенциальная энергия "этого круговорота". Эта потенция, как жирок-средство, накапливаемое мозгом, что бы растратить на бросок к "целевому решению".
  Вот и подумайте, каким образом сгруппироваться в пептидный комплекс так, что бы перепрыгнуть "пропасть", а не ждать вероятности маленьких шажков? Это волновой пакет, выстраиваемый по правилам фрактала - меньшее подобно большему. А простейший, как бы почти фрактал, это частотное дробление по типу один, два, четыре. Кто не укладывается в соотношение, как "дробная волна", тот пойдет на выхлоп четвертого такта, унося свободную энергию.

  Используя ранее термины типа потребитель, старался сразу натолкнуть на множество аналогий из нашей жизни, что бы облегчить Вам понимание, не залезая в то, что вы презираете, называя моими придурковатыми придумками.

Alexeyy

Цитата: василий андреевич от июля 24, 2022, 12:14:58Алексей, мне ведь легко доказать, что Вы не видите дальше собственного носа.
  Это привычка, ставшая натурой, дескать, конкурируют за ресурсы. Но конкурируют не за упорядоченную энергию, а за способы от нее избавиться. Вот и солнечная радиация, как порядок, "организует системы", ранжирующиеся в цепочки этот порядок дезорганизующие.
  Электрон на орбитали обязательно имеет собственную длину волны, укладывающуюся как цельночисленное значение длине орбитали. Изменение длины волны электрона (изменение частоты) приведет к новой орбитали, но опять-таки с цельночисленным значением.
  И, подумайте, что предпочтительно, кушать когда хочется или когда кормят? "Перекормленные системы" лопаются! Лопаются-разрушаются и пептидные системы, когда среда избавляется в них от свободной энергии. Выглядит это избавление, как флуктуативный хаос.
  В базовой простоте, только тот набор пептидов будет устойчив к флуктуациям, который "поглощает-потребляет" их в виде цельночисленной порциальной последовательности. Математически, это конечная сумма бесконечного ряда уменьшающихся слагаемых. Графически ряд выражается, как затухающая экспонента, выходящая на стабилизацию.
  У нас нет бесконечного ряда, потому достаточна модель, допустим, с тремя членами, распадающимися как один, два, четыре раза в единицу времени. Кто распадается один раз будет иметь возможность поглотить (потребить) продукты распада тех, кто распадается дважды и четырежды, а не наоборот. Если затесался компонент за эту временную единицу распадающийся три раза, то его судьба фифти/фифти, один раз встроится, в другой придется искать иной потребляющий комплекс.

  Ну не размножаются ни пептиды, ни их комплексы. А то, что комплекс может распасться и повторно возродиться, так и муха может превратиться в слона, если очень долго ждать.
  Не раздваиваются комплексы, а погибают согласно статистике. И если макромолекула комплекса активирует свои "избранные" окончания только тогда, когда на готове продукты от "микро"молекул, то вероятность синтеза повышается.
Я вас пряма спросил: "Что такое цельночисленные частоты распадов пептидов по отношению к потребителю?"

Какого Вы понаписали что угодно, но только не про это? Опять демагогию развели.

василий андреевич

  Извините, Алексей, перед посылкой Вас куда подальше, скажу, что посмотрите о потребителе в словаре.
  Это слишком элементарно что бы догадались даже Вы. Но повторю, потребитель будет кушать, когда ему это захочется, а не когда готов обед. И если пептиды-поставщики аминов будут распадаться не в унисон с потенциальным потребителем, то это не поставщики, а дерьмо.

  ПП. И вообще завязываю. Скоро на длительную рыбалку на острова огромного озера в Карелии.

Alexeyy

Я спрашиваю не про то, что такое потребитель, а про то, что такое "цельночисленные частоты распадов пептидов по отношению к потребителю"?
  У меня складывается впечатление, что Вы и сами не пониаете и, поэтому, делаете вид будто вопрос в потребителе.

П.С.: Вообще-то посылать - это хамство и за такое - посылают в бан.