Возможно, вопрос дилетантский... Насколько я понимаю, амфибии произошли от кистеперых рыб. Но у рыб была чешуя, а у тех древних амфибий ее уже не было. Куда она делась?
Она никуда особо не делась, я не знаю точно, гомологичны ли чешуе все эти костные щитки стегоцефалов и иже с ними, но даже у современных земноводных, я так понимаю, у червяг, безногих, есть костяные чешуйки, они как-то там в складках спрятаны, но они есть.
Тут наверное даже более важно то, что предки сухопутных позвоночных- несколько двоюродные братья современных рыб, и чешуя современных рыб, это большой вопрос, что там было или не было у общего предка лучепёрых рыб и земноводных, ну что-то на коже у перворыб как будто бы было, у всех рыб что-то есть, у хрящевых- плакоидная чешуя, у полухрящевых- ганоидная, классическая лучепёрая чешуя у лучепёрых, у латимерии мощная чешуя, значит и у общих предков была, скорее всего.