paleoforum.ru

Форумы сайта «Проблемы эволюции» => Форум сайта «Проблемы эволюции» => Тема начата: Алекс C от января 10, 2012, 20:10:58

Название: Абиогенез
Отправлено: Алекс C от января 10, 2012, 20:10:58
Здравствуйте.

Интересуюсь проблемой самозарождения жизни. Интересуют убедительные доказательства в сторону возможности абиогенеза.

Пока что, как мне кажется, лидируют креационисты в доказательстве невозможности подобных процессов.


Спасибо.

Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Oleg_Dm от января 10, 2012, 20:13:06
Поиском по форуму религия пользоваться не позволяет?
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Алекс C от января 10, 2012, 20:15:01
Поиск не позволяет задавать вопросы, возникающие по ходу чтения))   И, откуда Вы взяли что я верующий?
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Алекс C от января 10, 2012, 20:38:18
Например креационисты пишут что нуклеотиды образоваться не могут, следовательно ДНК и РНК тоже. Что об этом говорит наука?
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: chief от января 10, 2012, 21:15:32
На эту тему рекомендуется популярный материал: http://evolbiol.ru/nes06.htm

ЦитироватьВ 2009 г. химик Джон Сазерленд (John Sutherland) и его коллеги из Манчестерского университета (Великобритания) нашли замечательный «обходной путь», позволяющий синтезировать рибонуклеотиды не из готовых крупных блоков — рибозы и азотистых оснований — а из более простых органических молекул.
и т.д.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Алекс C от января 10, 2012, 22:05:04
А если ли какие проблемы в гипотезе мира РНК?
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Алекс C от января 10, 2012, 23:00:03
А как насчет проблемы питания первых организмов? Они были гетеротрофами или автотрофами?
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Oleg_Dm от января 10, 2012, 23:24:59
Цитата: Алекс C от января 10, 2012, 22:05:04
А если ли какие проблемы в гипотезе мира РНК?

Вас беспокоят проблемы в мире РНК? Вы хотите их обсудить?

А что вы вынесли из прочтения статьи по ссылке?
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Алекс C от января 10, 2012, 23:53:09
Ну, вынес много уточнений к имеющимся своим знаниям)




Вообще весь сыр-бор из-за этой темы http://kuraev.ru/index.php?option=com_smf&Itemid=63&topic=577126.0

Так как в биохимии я разбираюсь очень плохо, то креационистам удалось посеять смуту))


Но, надеюсь что возразить им есть что.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Mr. B от января 11, 2012, 00:50:34
Популярное введение по проблемам абиогенеза есть также здесь (http://ru.rationalwiki.org/wiki/%D0%A1%D0%BF%D0%B8%D1%81%D0%BE%D0%BA_%D1%83%D1%82%D0%B2%D0%B5%D1%80%D0%B6%D0%B4%D0%B5%D0%BD%D0%B8%D0%B9_%D0%BA%D1%80%D0%B5%D0%B0%D1%86%D0%B8%D0%BE%D0%BD%D0%B8%D1%81%D1%82%D0%BE%D0%B2#CB000:_.D0.90.D0.B1.D0.B8.D0.BE.D0.B3.D0.B5.D0.BD.D0.B5.D0.B7), в форме ответов на креационистские утверждения. Для более углублённого ознакомления следует пройтись по предоставленным там ссылкам.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Сергей от января 11, 2012, 01:47:24
Цитата: Алекс C от января 10, 2012, 23:53:09
Вообще весь сыр-бор из-за этой темы http://kuraev.ru/index.php?option=com_smf&Itemid=63&topic=577126.0

Алекс C, с верующими бессмысленно спорить - только нервы себе портить. Оружие верующего - это демагогия. Им ведь не интересно узнать, как жизнь могла возникнуть, им нужно только подтверждение их веры, что жизнь сама по себе возникнуть не может.

Константин Виолован на этом сайте присутствовал в течении года:

http://www.paleo.ru/forum/index.php?action=profile;u=223

аргументация его с тех пор ни на йоту не изменилась, несмотря на все сделанные за это время открытия в области абиогенеза.

Смею предположить, что когда будет создан реальный РНКовый репликатор, сторонники ИД радостно воскликнут: ну вот, вы подтвердили нашу теорию: создали жизнь путём интеллектуального дизайна, а вот в луже она всё равно никогда не возникнет.

Название: Re: Абиогенез
Отправлено: chief от января 11, 2012, 02:12:33
Цитата: Алекс C от января 10, 2012, 23:00:03
А как насчет проблемы питания первых организмов? Они были гетеротрофами или автотрофами?
Кратко на эту тему есть по ссылке, которую я Вам дал.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Алекс C от января 11, 2012, 02:26:25
Цитата: Сергей от января 11, 2012, 01:47:24
Цитата: Алекс C от января 10, 2012, 23:53:09
Вообще весь сыр-бор из-за этой темы http://kuraev.ru/index.php?option=com_smf&Itemid=63&topic=577126.0

Алекс C, с верующими бессмысленно спорить - только нервы себе портить. Оружие верующего - это демагогия. Им ведь не интересно узнать, как жизнь могла возникнуть, им нужно только подтверждение их веры, что жизнь сама по себе возникнуть не может.

Константин Виолован на этом сайте присутствовал в течении года:

http://www.paleo.ru/forum/index.php?action=profile;u=223

аргументация его с тех пор ни на йоту не изменилась, несмотря на все сделанные за это время открытия в области абиогенеза.

Смею предположить, что когда будет создан реальный РНКовый репликатор, сторонники ИД радостно воскликнут: ну вот, вы подтвердили нашу теорию: создали жизнь путём интеллектуального дизайна, а вот в луже она всё равно никогда не возникнет.



Понимаю, но на курятнике (форуме Кураева). где я уже четвертый год присутствую имеются креационисткие ученные  ;)   Если по поводу теории эволюции их аргументы и слабы, то касательно абиогенеза довольно сильные.


Если иные вопросы абиогенеза можно считать более-менее гипотетически или теоретически решенными, то остается, на мой взгляд самый сложный: проблема перехода от примитивных РНК-репликаторов к протоогранизму. Здесь и устойчивость к ошибкам репликации играет немаловажную роль. К примеру репликация идет с точностью 99%

Данная проблема обсуждалась в этой теме: http://kuraev.ru/index.php?option=com_smf&Itemid=63&topic=259885.0



Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Алекс C от января 11, 2012, 02:27:24
Цитата: chief от января 11, 2012, 02:12:33
Цитата: Алекс C от января 10, 2012, 23:00:03
А как насчет проблемы питания первых организмов? Они были гетеротрофами или автотрофами?
Кратко на эту тему есть по ссылке, которую я Вам дал.

Да я там встречал описание. Но я так понимаю проблема еще в этой области не решена... к сожалению
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: chief от января 11, 2012, 02:59:06
Цитата: Алекс C от января 11, 2012, 02:26:25
Цитата: Сергей от января 11, 2012, 01:47:24
Цитата: Алекс C от января 10, 2012, 23:53:09
Вообще весь сыр-бор из-за этой темы http://kuraev.ru/index.php?option=com_smf&Itemid=63&topic=577126.0

Алекс C, с верующими бессмысленно спорить - только нервы себе портить. Оружие верующего - это демагогия. Им ведь не интересно узнать, как жизнь могла возникнуть, им нужно только подтверждение их веры, что жизнь сама по себе возникнуть не может.

Константин Виолован на этом сайте присутствовал в течении года:

http://www.paleo.ru/forum/index.php?action=profile;u=223

аргументация его с тех пор ни на йоту не изменилась, несмотря на все сделанные за это время открытия в области абиогенеза.

Смею предположить, что когда будет создан реальный РНКовый репликатор, сторонники ИД радостно воскликнут: ну вот, вы подтвердили нашу теорию: создали жизнь путём интеллектуального дизайна, а вот в луже она всё равно никогда не возникнет.



Понимаю, но на курятнике (форуме Кураева). где я уже четвертый год присутствую имеются креационисткие ученные  ;)   Если по поводу теории эволюции их аргументы и слабы, то касательно абиогенеза довольно сильные.

"Креационистские ученные" как правило, почему-то, являются специалистами "в других областях", а не в той,  о которой они годами успешно спорят с другими "не-специалистами". 
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Алекс C от января 11, 2012, 04:28:23
Интересная мысль появилась насчет маловероятных событий.

Когда-то видел телепередачу Дискавери о несчастливых совпадениях (кстати, если кто видел, то сообщите название). Там показывали женщину, которую в буквальном смысле преследуют всякие неприятности. В последний раз с ней случился такой казус: она ехала на машине и пробилось колесо. Она вышла и подошла к колесу посмотреть что случилось.

В это же время над местностью пролетала утка и умерла в полете. Тело утки упало женщине прямо на голову, когда та наклонилась посмотреть на колесо.

И с ней происходят такие маловероятные события постоянно. ;)



Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Дж. Тайсаев от января 11, 2012, 08:18:58
Алекс C. По поводу абиогенеза почитайте теорию гиперциклов Эйгена. Сначала шло накопление органики по такому принципу автокатализа, затем произошли первые организмы, которые были гетеротрофами, поскольку им хватало этой органики на первое время, затем только возникли автотрофы и начал накапливаться свободный кислород.
А теория кажется такой маловероятной лишь потому что мы почему то вдруг решили, что всё там организовывалось случайно, нетушки, закономерно, правда надо признать, что для возникновения такой закономерности необходима была определённая цепь маловероятных предпосылок, но тут включаются те же аргументы, что и по поводу антропного принципа.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Oleg_Dm от января 11, 2012, 09:10:31
На самом деле действительно слабый участок это переход от гиперциклов к протоклетке. Как было до и что стало после неплохо описано, но в этом сегменте мало работ, уж не знаю почему. Свое видение проблемы я излагал в теме про абиогенез.
Джабраил правильно пишет события кажутся маловероятными поскольку их помещают в неподходящее место.
Действительно странно обнаружить росянку в пустыне, но на болоте это самое обычное растение. А методы курятника хорошо известны: поместите росянку в пустыню и с пеной у рта доказывайте что это невозможно, а раз так значит росянка не существует. Обычный пример антилогики. Пустая трата времени.

Алексей, а вы внимательно изучите ссылки и если будут конкретные вопросы задавайте.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: maxim.ge от января 11, 2012, 19:28:33
Цитата: Алекс C от января 10, 2012, 20:10:58
Пока что, как мне кажется, лидируют креационисты в доказательстве невозможности подобных процессов.

Это смотря как формулировать абиогенез. Если как появление одноклеточных, то креационисты "лидируют" так же, как и СТО с ее постулатами. Скорость света постоянна в ИСО, одноклеточные не появляются, оба факта практически используются.

Если же постулировать отсутствие четкой грани между неживым и живым, то процесс вполне может продвигаться, смотря как определить критерии продвижения, опять же.

Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Сергей от января 11, 2012, 19:55:50
Цитата: chief от января 11, 2012, 02:59:06
"Креационистские ученные" как правило, почему-то, являются специалистами "в других областях", а не в той,  о которой они годами успешно спорят с другими "не-специалистами". 

Это другой случай: Константин Виолован как раз специалист в области биохимии. Тут скорее проявляется одно из следствий закона Мерфи: "Квалифицированный специалист - это человек, который удачно избегает маленьких ошибок, неуклонно двигаясь к какому-либо глобальному заблуждению." Для Виолована таким заблуждением является высчитывание вероятности уже произошедшего события. Что абсурдно.

Цитироватьостается, на мой взгляд самый сложный: проблема перехода от примитивных РНК-репликаторов к протоорганизму.
Сначала надо таки решить очень интересную проблему возникновения белкового кода. И прогресс, полагаю, будет тут достигнут достаточно скоро, путём анализа и сравнения рибосомальных и тРНКовых последовательностей из самых разных организмов. И потом моделирования, создания проторибосом и проторибо-аминоацилсинтетаз.

Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Алекс C от января 11, 2012, 22:28:01
Цитата: Дж. Тайсаев от января 11, 2012, 08:18:58
Алекс C. По поводу абиогенеза почитайте теорию гиперциклов Эйгена.

А можно ссылку на авторитетный источник?

Цитата: Дж. Тайсаев от января 11, 2012, 08:18:58
Сначала шло накопление органики по такому принципу автокатализа, затем произошли первые организмы, которые были гетеротрофами, поскольку им хватало этой органики на первое время, затем только возникли автотрофы и начал накапливаться свободный кислород.

А насколько сложный механизм нужен для автотрофного существования?
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Алекс C от января 11, 2012, 22:32:36
Цитата: Сергей от января 11, 2012, 19:55:50
...заблуждением является высчитывание вероятности уже произошедшего события. Что абсурдно.

Кстати да. раньше чего-то не догадался этот аргумент привести  :D


Там же. в той теме на курятнике был ваш форумчанин, расписывающий о атанкогенезе, самозарождению танков.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Алекс C от января 11, 2012, 23:04:11
Вот что пишут креационисты:

Напомню, в чем заключается "естественный абиогенез". Все перечисленные пункты - проблемные

1. Накопление неорганики и органики, из которой могут образовываться биомономеры.
а) много восстановительных газов - NH3, H2S, СН4, H2, HCN и отсутствие даже следов кислорода.
б) низкомолекулярная органика - цианамид, цианоацетилен, гликольалдегид, глицеральдегид итд.

2. Накопление биомономеров
а) аминокислот (полного списка моделей я нигде не нашел, это говорит о их качестве)
б) азотистых оснований, D-(дезокси)рибозы, нуклеозидов, нуклеотидов

3. Накопление энергетических молекул, макроэргов

4. Накопление липидов и липидных полупроницаемых мембран

5. Накопление биополимеров
а) белков
б) нуклеиновых кислот

6. Функциональность биополимеров, восппроизводимость
7. "Репликатор"

8. Репарация. Нетривиальная задача: восстановить поврежденный нуклеотид в НК, в случае одноцепочечной РНК в общем случае не  решается для замен нуклеотидов. Разрыв цепочки в случае одноцепочечных НК тоже не лечится: разорвались, разбежались. В условиях воздействия неэкранируемого УФ, и качества копирования типа 99.12%, любая последовательность быстро выродится (это если забыть про t1/2 рибозимов типа 1-5 часов)

9. Простейшие системы - тут полная дыра

10. Переход от гетеротрофов к аутотрофам. Это, по сегодняшним меркам, около 1000 генов, которые не успеют появиться, пока "протобионт" будет доедать невесть откуда взявшийся "густой пребиотический суп".

Общие проблемы химии абиогенеза:
1. Сдвиг всех реакций в обратную сторону - в воде идет распад белков и НК, а не их синтез;, б-во реакций - эндотермические, да еще часто с dH>0, -TdS>0
В результате имеем низкий выход реакции, ненормально высокие концентрации субстратов дают ненормально низкие концентрации продуктов.

2. Мусорные реакции, например, образование смеси нужных и ненужных стереоизомеров, или появление веществ, которые конкурируют или блокируют нужные реакции (инозин - предшественник "хороших" нуклеозидов, но "убийца комплементарности")

3. Эффект разведения, диффузии: реакции могут идти кое-как в запаянной колбе, но на открытом воздухе или воде - продукты реакции диффундируют во все стороны. В результате и так низкий выход реакций дополняется еще бОльшим уменьшением концентраций (до нуля)

4. Нестабильность большинства биомономеров и биополимеров (от минут-часов-дней, до столетий, что все равно мгновение по эво-меркам, так что никакого "накопления" не происходит). В особенности - быстрое окисление, так что атмосферный кислород, следы которого должны появляться сразу же (УФ-фотолиз воды), убивает значительную часть органики.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: василий андреевич от января 11, 2012, 23:16:56
Цитата: maxim.ge от января 11, 2012, 19:28:33
Если же постулировать отсутствие четкой грани между неживым и живым, то процесс вполне может продвигаться, смотря как определить критерии продвижения, опять же.
Самый "широкий критерий продвижения" - это условный термин "усложнение". Я бы предпочел назвать его структуризация, ну да ладно. И то, что биологические объекты нельзя рассматривать как изолированную систему вовсе не оправдывает ненадобности вникать во второй принцип. Наоборот, именно то, что любые структурированные системы неизбежно рассеиваются, дает основание считать второй принцип единственно физически эволюционным.
 Только взяв за базовое понятие рассеяние нефункциональноспособных систем, можно аргументировать неизбежность возниконовения жизни, как плавного перехода процесса абиогенеза ко всё более "прогрессивным" формам. При этом унаследованность возникающих сложных форм от уходящих в небытие распада, должна быть прямым следствием той математической модели, которая будет положена в основу некого прерывисто-колебательного процесса.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Oleg_Dm от января 12, 2012, 12:06:49
по проблемам кратко.
1. идея про водную среду и суп устарела лет на 100 наверное, обычный креационистский приемчик - поместить росянку в пустыню. Последние данные говорят о синтезе в геторогенной среде, на поверхности минералов в газовой атмосфере.
Косвенные свидетельства этого отсутствие в клетках воды в качестве фазы, а присутствие в виде водных оболочек органических молекул. (к примеру стеарат натрия р-р в воде 7% является твердым и неупругим а ведь в нем аж 93% воды) И второе сильное поглощение водой УФ-квантов необходимого двигателя химических реакций. Вкупе с разложением органики водой это никак не может свидетельствовать о происхождении жизни в водном растворе. Креационистам превед.

2. Мусорные реакции - некоторые минералы (весьма распространенные) очень специфично катализируют выход нужных стереоизомеров с хорошим выходом и минимумом примесей. Второй момент вещества синтезируются в различных условиях а поэтому физически в разных местах, те реакции, которые блокируют нужные, просто идут в другом месте.

3. См. п.1.

4. Накопления не было, был постоянный синтез и распад, те реакции что включились в гиперцикл себя поддерживали за счет внешнего источника энергии (УФ), пока не повилась матрица для считывания. Фотолизный кислород имеющий радикальную природу сьедался восстановительной атмосферой в доли секунды. Хотя есть предположения что не было восстановительной атмосферы, а она состояла восновном из СО2. Хотя выделение Водорода и Аммиака в то время было намного большей чем сейчас в гейзерах и зонах вулканизма.

Теперь по синтезу.
1. а) не хватает НСНО источник рибозы
б) на начальном этапе не требуется, это только для КоА нужно.
2. а)рано после п.3 потребуется
б) рибозофосфат и аденин
3.АДФ-АТФ
4. НАДН, КоА, липиды
4.5. Гиперциклы, глюколиз и глюкогенез
5. а)не надо
б) не надо
6.+7.появление считывающей матрицы
8. считывающая матрица - прото РНК слишком проста для ее восстановления в гиперциклах и видимо пока закреплена на минерале что ограничивает распад. Распад и отбор в циклах способствует более стойким молекулам.
9. первая простейшая система - органокапля на апатите - источник фосфата и матрица для восстановления прото РНК, окруженная липидной оболочкой и гиперциклами внутри.
10. пробионт ничего не доедает, вещества которые ему нужны синтезируются рядом, источник энергии сахара/гликоли и УФ. Идет постепенный отбор на неразмываемые капли с устойчивой мембраной и воспроизведением всех систем.
11. появление катализаторов прото белков и РНК
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Алекс C от января 12, 2012, 12:34:42
Спасибо, Олег :)
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Влад от января 12, 2012, 12:38:54
По этой теме мне понравилась вот эта статья: http://elementy.ru/lib/25618/25620
Хотя может быть все поиски идут пока не в том месте.

А вот этот вариант мне не понравился: http://www.scorcher.ru/journal/art/art1198.php
Это скорее попытка ради целесообразности отойти от свободы. Ведь получаются силикаты просто выводят из реакции избранные сахара и консервируют их.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Oleg_Dm от января 12, 2012, 14:36:34
Цитата: Влад от января 12, 2012, 12:38:54
А вот этот вариант мне не понравился: http://www.scorcher.ru/journal/art/art1198.php
Это скорее попытка ради целесообразности отойти от свободы. Ведь получаются силикаты просто выводят из реакции избранные сахара и консервируют их.

Тут вопрос не в этом, гидролизовать силикатсахара до сахара кислыми вулканическими газами как нечего делать, а вот откуда взять силикат натрия - сильную щелочь с pH около 13?? Особенно в углекислотной атмосфере которая с легкостью прореагирует с силикатом и превратит его в карбонат. Думаю это тупиковая статья.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: maxim.ge от января 12, 2012, 15:52:05
Цитата: василий андреевич от января 11, 2012, 23:16:56
Цитата: maxim.ge от января 11, 2012, 19:28:33
Если же постулировать отсутствие четкой грани между неживым и живым, то процесс вполне может продвигаться, смотря как определить критерии продвижения, опять же.
Самый "широкий критерий продвижения" - это условный термин "усложнение".

Ну, в такой формулировке креационистам можно вполне "утереть нос", предложив критерий согласно которому усложнение достигнуто.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Влад от января 12, 2012, 16:02:27
Цитата: Oleg_Dm от января 12, 2012, 14:36:34
Цитата: Влад от января 12, 2012, 12:38:54
А вот этот вариант мне не понравился: http://www.scorcher.ru/journal/art/art1198.php
Это скорее попытка ради целесообразности отойти от свободы. Ведь получаются силикаты просто выводят из реакции избранные сахара и консервируют их.

Тут вопрос не в этом, гидролизовать силикатсахара до сахара кислыми вулканическими газами как нечего делать, а вот откуда взять силикат натрия - сильную щелочь с pH около 13?? Особенно в углекислотной атмосфере которая с легкостью прореагирует с силикатом и превратит его в карбонат. Думаю это тупиковая статья.
Та статья что мне понравилась вроде открывала возможность стереть грань между химией и жизнью.
А эта скорее снова устанавливает границу.
А кислотность, щёлочность это уже детали. Если возможна одна реакция в которой молекулы могут размножатся, мутировать, конкурировать, попадать под действие естественного отбора то наверняка найдутся и другие аналогичные реакции.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Oleg_Dm от января 12, 2012, 17:40:26
Ооо а вот и креационисты подтянулись. Ну давайте Имперор расскажите нам как там кто над водой носился, обсудим заодно как ранние семиты слизали христианство у язычников арамеев.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Oleg_Dm от января 12, 2012, 17:42:25
Цитата: Влад от января 12, 2012, 16:02:27
Если возможна одна реакция в которой молекулы могут размножатся, мутировать, конкурировать, попадать под действие естественного отбора то наверняка найдутся и другие аналогичные реакции.

Не найдутся, а уже найдены, пару лет назад проскакивали статьи на эту тему.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Mr. B от января 12, 2012, 17:47:40
Хочу предупредить, что в связи с возможным креаспамом тема может быть временно закрыта.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Дж. Тайсаев от января 12, 2012, 18:15:19
Цитата: Алекс C от января 11, 2012, 22:28:01
Цитата: Дж. Тайсаев от января 11, 2012, 08:18:58
Алекс C. По поводу абиогенеза почитайте теорию гиперциклов Эйгена.

А можно ссылку на авторитетный источник?

Цитата: Дж. Тайсаев от января 11, 2012, 08:18:58
Сначала шло накопление органики по такому принципу автокатализа, затем произошли первые организмы, которые были гетеротрофами, поскольку им хватало этой органики на первое время, затем только возникли автотрофы и начал накапливаться свободный кислород.

А насколько сложный механизм нужен для автотрофного существования?
1. Самый авторитетный источник это работы самого Эйгена, например вот http://bookfi.org/book/1145528 кстати, на том же сайте есть и другие его работы, в частности и знаменитая классическая уже работа в соавторстве с Шустером
2. Ну помню, цикл Кальвина действительно невообразимо сложен, если представить себе сразу... оп и готово, а кто сказал что было оп. Это классический софистический приём, который используют креационисты. Показывают невообразимую сложность и затем восклицают, "как это эволюция, с её случайными мутациями могла до такого "додуматься"!!! ". На самом деле ту всё ещё проще, чем с глазом, тут даже не работает эффект адаптивной значимости промежуточных структур Копа-Деперре. Уже хотя бы потому что автотрофность изначально выгодна, а то что её можно совмещать с гетеротрофностью знают все по той же эвглене например. И кто сказал, что это сразу был цикл Кальвина. Разумеется была какая то простейшая эндотермическая реация с использованием простейшего (не исключено что и неорганического происхождения) пигмента для фотогенного притока энергии.
Олег точно написал, не было всё так просто по Опарину, сначала накопление, потом кушать начали и быстро, быстро, пока гастробайтеры не прибегут разгребать всю канализацию. Всё шло паралельно и во множестве микростаций, на границах сред
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Алекс C от января 12, 2012, 20:49:35
Дж. Тайсаев - спасибо за ссылку
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: василий андреевич от января 12, 2012, 23:08:29
Цитата: maxim.ge от января 12, 2012, 15:52:05
Ну, в такой формулировке креационистам можно вполне "утереть нос", предложив критерий согласно которому усложнение достигнуто.
Кабы все просто, не вводили бы целые "институты" понятие негэнтропии (на мой взгляд - ужасающая вещь в себе). И не писал бы Александр Марков объемные работы по этому поводу. И не тыкала бы креация от фундаментальной физики острыми шпильками всё в одно и то же место. Нет явления усложнения без параллельного разупорядочивания, причем так что бы сумма не сводилась к еще большему беспорядку.
  И тут дело не в ресурсах "свободной энергии" от Солнца, за счет которых и строится вся иерархия биосферных процессов. Семидесятилетний Хокинг готов отказаться от некоторых своих прежних утверждений. Он даже готов мироздание начинать строить не от Большого Взрыва и Творения, а от "ничего"... Но это другая крайность.
  Теория абиогенеза сколь угодно может выискивать каталитические реакиции синтеза биомолекул, но они "разобьются" без той гипотезы, которая покажет, что именно рассеяние концентратов создает среду, в которой невозможно не произойти следующей реакции синтеза. При этом пространственная форма рассеиваемой энергии должна обусловливать асимметрию двоякой формы синтезируемой системы. Двоякость же в том, что положительная форма символизирует траекторию развития энтальпии развивающейся системы, а отрицательная форма энергии оказывается средой, консолидирующей элементы в единое целое.
  Мы сколь угодно можем взывать к энергии Гиббса или Гельмгольца, но эти энергии мертвы без биологического наполнения конкретикой. Впрочем, и внутренняя энергия системы становится умозрительным мифом, если под ней понимать только сумму "тепла и работы".
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Gilgamesh от января 13, 2012, 07:52:19
http://www.eternalmind.ru/index.php?option=com_content&task=view&id=3765&Itemid=2

До мира РНК мог существовать мир ТНК
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Oleg_Dm от января 13, 2012, 09:23:17
То что у РНК существовал более простой хранитель информации логично вытекает из ее структуры. Тетрозы или пентозы не суть важно если есть реакции успешно синтезирующие и то и другое, вопрос в участии тетроз в остальных гиперциклах и в энергетических молекулах. Насколько помню биохимию клетки наиболее простое это образование 3 и 6 членных сахаров (глицерин и глюкоза), синтез рибозы в клетке довольно сложен, 4 членные молекулы получаются в виде бутанола, бутандиола и масляной кислоты. А где интересно сейчас используются в клетке тетрозы?
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Влад от февраля 06, 2012, 10:28:06
Решил позаимствовать мысль из другой темы:

Цитата: идрис от января 16, 2012, 17:58:21
Все "теоретические" работы специалистов, равно как и любительские разговоры любителей по проблеме эволюции рано или поздно обращаются к проблеме происхождения жизни. Я вот никогда не понимал и продолжаю не понимать как можно ЭВОЛЮЦИЮ ЖИЗНИ продлевать и пытаться из нее узнать РЕВОЛЮЦИОННОЕ ОТЛИЧИЕ ЖИЗНИ ОТ НЕЖИЗНИ.


Ведь отличие между жизнью и нежизнью вероятно качественное и революционное, а значит постепенные (эволюционные) механизмы для этого феномена не работают. То есть теоретически они не могут работать.

Конечно можно сказать, что вопрос чисто схоластический и касается только терминов, но всё же.
Если ЖИЗНЬ могла появится из НЕЖИЗНИ путём эволюции, то между ними не может быть качественных различий, границу между ними провести практически невозможно, и противопоставление их некорректно.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: valdeil от февраля 07, 2012, 03:30:11
Цитата: Влад от февраля 06, 2012, 10:28:06
Если ЖИЗНЬ могла появится из НЕЖИЗНИ путём эволюции, то между ними не может быть качественных различий, границу между ними провести практически невозможно, и противопоставление их некорректно.
[/quote]
Если НЕЖИЗНЬ- значит, она не содержит некого параметра, превращающего её в ЖИЗНЬ. И если такой параметр вдруг появляется у объекта, то, получается, и границу можно провести. Эволюция НЕЖИЗНИ подразумевает развертывание неких потенциальностей объекта рассмотрения, и дальнейшие рассуждения приводят к двум вариантам: 1) реализация цепочки преобразований объекта приводит к включению параметра жизни в набор свойств объекта; 2) параметр жизни переходит из потенциальности в реальность при возникновении какой-то молекулярной структуры. В первом случае границу живое-неживое провести проще, но тут параметр живого выглядит какми-то внешним по отношению к эволюционирующему объекту. Во втором случае параметр живого похож на одно из свойств нашей Вселенной, по крайней мере, нашего кусочка её. Но тогда граница исчезает, можно говорить о степени выявдения параметра жизни...Есть ли ещё варианты?
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: LUCA от февраля 07, 2012, 08:16:00
Цитата: Дж. Тайсаев от января 12, 2012, 18:15:19
1. Самый авторитетный источник это работы самого Эйгена, например вот http://bookfi.org/book/1145528 кстати, на том же сайте есть и другие его работы, в частности и знаменитая классическая уже работа в соавторстве с Шустером
Выражу чисто свой взгляд на работы Эйгена, которые читал и не один раз. То, что он писал в принципе верно. Но не стоит ПРЕВОЗНОСИТЬ Эйгена как чуть ли не "отца русской демократии", как часто ещё превозносят А. Опарина.
Конкретно. Да, Эйген представил ТЕОРЕТИЧЕСКИЕ и НЕ ОЧЕНЬ СЛОЖНЫЕ модели автокатализа в гиперциклах. Да, он верно сделал и даже ПРЕДСКАЗАЛ несколько (всего лишь НЕСКОЛЬКО) положений - гиперцикл - носитель информации сам по себе.
Гиперциклы могут коэволюционировать. Да, повышенный ГЦ-состав и правда важен для увеличения информационной ёмкости.
Ну и правильно ПРЕДСКАЗАЛ, что информация в РНК мире может храниться на комплементарных цепях РНК.
Хорошо известна также его статья об оценке времени накопления шума - рандомизации в тРНК, приведшая к довольно грубой оценке времени возникновения первой тРНК - 3,8 млрд. лет.
Пожалуй всё.
У РНК ограничена информационная ёмкость и размер РНК-генома СИЛЬНО ограничен.
Эйген не ошибался? Да ещё как ошибался. Он СИЛЬНО завысил информационные возможности РНК-генома - ни о каких 50-100 генах и речи быть не может. Он ошибся, сделав преждевременный вывод из ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНОЙ ошибки относительно полимеразы вируса QB - не может она копировать без матрицы.

Но самое главное, что хотел написать - если говорить о СОВРЕМЕННЫХ моделях абиогенеза, то Эйген - это прошлый век.

Синтез рибозы и правда довольно сложен. В этом свете куда более уместным выглядит появление прежде РНК сетей и циклов, ставших прообразом современного промежуточного метаболизма - восстановительного цикла Кребса, ацетил-коэнзимного и др. путей фиксации углерода.
Эти реакции в современных организмах катализируются металлосерными белками, причем активными центрами являются металлосерные комплексы. Многие реакции ОЧЕНЬ ПОХОЖИЕ на таковые в промежуточном метаболизме УДИВИТЕЛЬНЫМ ОБРАЗОМ также могут катализироваться металлосерными минералами - тогда говорят о биомиметизме.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: LUCA от февраля 07, 2012, 08:27:23
Цитата: Дж. Тайсаев от января 12, 2012, 18:15:19
Олег точно написал, не было всё так просто по Опарину, сначала накопление, потом кушать начали и быстро, быстро, пока гастробайтеры не прибегут разгребать всю канализацию. Всё шло паралельно и во множестве микростаций, на границах сред
Совершенно верно - не было. И "первичный бульон" всё меньше доверия вызывает, равно как и самодостаточность мира РНК. Вы спросите альтернативу - скажу. РНК НЕ СПОСОБНА хранить столько информации, чтобы контролировать ВЕСЬ МЕТАБОЛИЗМ. Метаболизм хранил наследственную память своими интермедиатами. РНК - надстройка над метаболизмом. РНК-белковая коэволюция позволила создать ДНК, а та, в свою очередь, обладая в 100000 меньшей мутабильностью - кодировать сложные организмы.
Об эволюции каталитической активности - см. презентацию http://www.google.ru/url?sa=t&rct=j&q=%D1%8D%D0%B2%D0%BE%D0%BB%D1%8E%D1%86%D0%B8%D1%8F%20%D0%BA%D0%B0%D1%82%D0%B0%D0%BB%D0%B8%D1%82%D0%B8%D1%87%D0%B5%D1%81%D0%BA%D0%BE%D0%B9%20%D0%B0%D0%BA%D1%82%D0%B8%D0%B2%D0%BD%D0%BE%D1%81%D1%82%D0%B8&source=web&cd=2&ved=0CCgQFjAB&url=http%3A%2F%2Fpedsovet.org%2Fforum%2Findex.php%3Fact%3Dattach%26type%3Dpost%26id%3D32204&ei=s6gwT76uD7GM4gTzo4zwBA&usg=AFQjCNH0M2VXZ8nQRQhdvmzh3APeaK5NQg&cad=rja
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: LUCA от февраля 07, 2012, 08:33:50
Цитата: Алекс C от января 11, 2012, 23:04:11

5. Накопление биополимеров
а) белков
б) нуклеиновых кислот

Креационисты любят ПРИПИСЫВАТЬ современным моделям того, чего нет.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Дж. Тайсаев от февраля 07, 2012, 09:10:39
LUKA, я вижу Вы разбираетесь в этом. И как по вашему произошел переход РНК мира в ДНК? Постепенным преобразованием или заменой рибозы в дезоксирибозу? Или же может параллельно возник конкурирующий ДНК мир, который вытеснил мир РНК?
И сам переход от гиперциклических систем к собственно живому организму не совсем понятен. Может не так уж и неправ Докинз и просто напросто ДНК постоянно наращивала белковую часть, для сохранения и лучшего преумножения себя любимой
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: LUCA от февраля 07, 2012, 09:28:49
Цитата: Дж. Тайсаев от февраля 07, 2012, 09:10:39
LUKA, я вижу Вы разбираетесь в этом. И как по вашему произошел переход РНК мира в ДНК? Постепенным преобразованием или заменой рибозы в дезоксирибозу? Или же может параллельно возник конкурирующий ДНК мир, который вытеснил мир РНК?
И сам переход от гиперциклических систем к собственно живому организму не совсем понятен. Может не так уж и неправ Докинз и просто напросто ДНК постоянно наращивала белковую часть, для сохранения и лучшего преумножения себя любимой
Если сказать схематично - то первые химические циклы, давшие жинь, напоминали так называемые промежуточный метаболизм - они содержали компоненты цикла Кребса и других метаболических путей промежуточного метаболизма. То, что они катализировались металлосерными минералами - мало сомнений - тому есть много подтверждений.
Открытым остаётся вопрос - как в него проникли рибонуклеотиды и создали автокаталитические петли. Дело в том, что во всех современных метаболических путях промежуточного метаболизма есть РНК-кофакторы. Без них он не существует в современных организмах.
По видимому первые воспроизводящиеся компоненты РНК-мира - это просто РНК-кофакторы и очень короткие ди-, три-, и др. олигонуклеотиды. По той схеме, на которую даю ссылку уже на этой стадии возник биосинтез аминокислот, который и предопределил структуру будущего генетического кода - в настоящем универсальном ГК пути биосинтеза аминокислот удивительным образом коррелируют с структурой первого нуклеотида кодирующего их кодона. Об всём этом подробнее - здесь.

http://www.scorcher.ru/theory_publisher/autor_list.php?id=2694
Что касается ДНК, то она возникла явно позднее.
В опытах по моделированию абиогенного синтеза компоненты ДНК практически не образуются - в отличие от компонентов РНК.
Сами дезоксирибонуклеотиды в клетках синтезируются из рибонуклеотидов. Ну и рибонуклеотидные (а не дезокси-) кофакторы - универсальные компоненты метаболизма. Это - не считая важной роли РНК в синтезе белков - в том числе и каталитической.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Дж. Тайсаев от февраля 07, 2012, 10:38:47
Цитата: LUCA от февраля 07, 2012, 09:28:49
Если сказать схематично - то первые химические циклы, давшие жинь, напоминали так называемые промежуточный метаболизм - они содержали компоненты цикла Кребса и других метаболических путей промежуточного метаболизма. То, что они катализировались металлосерными минералами - мало сомнений - тому есть много подтверждений.
Открытым остаётся вопрос - как в него проникли рибонуклеотиды и создали автокаталитические петли. Дело в том, что во всех современных метаболических путях промежуточного метаболизма есть РНК-кофакторы. Без них он не существует в современных организмах.
По видимому первые воспроизводящиеся компоненты РНК-мира - это просто РНК-кофакторы и очень короткие ди-, три-, и др. олигонуклеотиды. По той схеме, на которую даю ссылку уже на этой стадии возник биосинтез аминокислот, который и предопределил структуру будущего генетического кода - в настоящем универсальном ГК пути биосинтеза аминокислот удивительным образом коррелируют с структурой первого нуклеотида кодирующего их кодона. Об всём этом подробнее - здесь.

http://www.scorcher.ru/theory_publisher/autor_list.php?id=2694
Что касается ДНК, то она возникла явно позднее.
В опытах по моделированию абиогенного синтеза компоненты ДНК практически не образуются - в отличие от компонентов РНК.
Сами дезоксирибонуклеотиды в клетках синтезируются из рибонуклеотидов. Ну и рибонуклеотидные (а не дезокси-) кофакторы - универсальные компоненты метаболизма. Это - не считая важной роли РНК в синтезе белков - в том числе и каталитической.

Примерно понятно, я попозже почитаю по ссылке, пока заинтересовала Ваша статья о ГМО. Тут есть тема как раз об этом очень активно обсуждаемая уже несколько лет.
А в каком смысле катализировались малосерными минералами? Имеется в виду собственно катализ, или же там наметились зачатки хемосинтеза, как у цианобактерий например?
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: василий андреевич от февраля 07, 2012, 10:39:59
Цитата: Влад от февраля 06, 2012, 10:28:06
Если ЖИЗНЬ могла появится из НЕЖИЗНИ путём эволюции, то между ними не может быть качественных различий,
Цитата: valdeil от февраля 07, 2012, 03:30:11
Если НЕЖИЗНЬ- значит, она не содержит некого параметра, превращающего её в ЖИЗНЬ.
Выражаю сомнение, что существует параметр, качественно или количественно отграничивающий живое от неживого. А это означает длительную эволюцию водо-органических кластеров таким образом, что бы возникали "системы систем", иерархически взаимодействующие между собой. Распад таких надсистем означает текстурирование/расслоение на подсистемы со своим набором параметров внутреннего взаимодействия. При этом естественно, что подавляющая часть "слоев" растворится как среда функционирования "выживших слоев". И это сообщество "выживших" в обновленной среде будет обязнано начать развитие в новых условиях окружающей обстановки, таким образом, что бы выработать потенциальное (как разница энергетических уровней между средой и системой) отличие...
 И процесс распад-расслоение повториться вновь и вновь, пока какой-то из распадов не приведет к тому, что получится "молекула", способная при собственных "распадах" восстанавливать себя из атомов среды, как копию. Подобную репликацию и можно считать зачатками живого. При этом процесс копирования вовсе не является каким-то эволюционно продвинутым по сравнению с эволюцией всей остальной надсистемы водо-органических кластеров, совокупность которых должна быть объединена в виде замкнутой системы внутреннего взаимодействия.

Таким образом, придется констатировать, что самозарождение репликатора невозможно, как концентрация в подвижной среде, типа открытого океана. Это должна быть условно обособленная полость с поступающим "Опаринским бульоном" и выводимыми отходами функционирования.
 Есть ли претенденты на такую обособленную полость?
 Если бы разговор шел о среде типа болота или нефтяной залежи, где нет ни одного живого организма, а только вода и органика, то последовательности "усложнений" легко расшифровываемы и теоретически доказуемы. Но тогда мы возвращаемся к старой проблеме неорганического происхождения сложных углеводородов.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Дж. Тайсаев от февраля 07, 2012, 10:41:16
вот ссылка про тему о ГМО для LUKA http://www.paleo.ru/forum/index.php/topic,1196.45.html
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Влад от февраля 07, 2012, 11:29:32
Цитата: василий андреевич от февраля 07, 2012, 10:39:59

  Есть ли претенденты на такую обособленную полость?
  Если бы разговор шел о среде типа болота или нефтяной залежи, где нет ни одного живого организма, а только вода и органика, то последовательности "усложнений" легко расшифровываемы и теоретически доказуемы. Но тогда мы возвращаемся к старой проблеме неорганического происхождения сложных углеводородов.

По моему всё снова сваливается в одну кучу времён Очакова и покорения Крыма.
Получение неорганическим путём даже самых сложных углеводородов может ни на шаг не приблизить нас к загадке появления жизни, это достижение скорее может оказаться похожим на получение трупов неорганическим путём.
Если принять гипотезу, что между ЖИЗНЬЮ и "НЕЖИЗНЬЮ" нет качественных различий, то следует скорее сосредоточится на поиске химических процессов, к которым были бы приложимы наследственность, изменчивость и естественный отбор . Даже если в этих процессах и близко не будет углеводородов, а то может не будет даже ни одного атома углерода.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: василий андреевич от февраля 07, 2012, 13:16:05
Цитата: Влад от февраля 07, 2012, 11:29:32
Если принять гипотезу, что между ЖИЗНЬЮ и "НЕЖИЗНЬЮ" нет качественных различий, то следует скорее сосредоточится на поиске химических процессов, к которым были бы приложимы наследственность, изменчивость и естественный отбор . Даже если в этих процессах и близко не будет углеводородов, а то может не будет даже ни одного атома углерода.
Я не могу объять химизма возникновения РНК, это дело тех, кто сведущь. И нельзя говорить о жизни вне углерода, пока не поймем физических принципов эволюции сил, возникающих между углеродными сообществами. Любой естественный химический процесс - это движение к минимуму энергии. Но точно так же и любой космогонический процесс - это движение к минимуму энергии. Следовательно, по гипотезе "непрерывности" жизнь должна выражаться как движение к минимуму энергии. Для этого есть один способ. Работать над созиданием пространства с теми минимумами энергии, в которых может разместиться сообщество живых организмов.
  При этом жизнь не самоцель атомов. А, извините, отходы работы. И если мы не знаем природу гравитации, то должны хотя бы выяснить, что такое полезная работа в поле гравитационных сил. Как гипотеза, отвечаю, полезная работа - в созидании потенциальных ниш, а уж какое объединение атомов будет занимать эти ниши, "локтями" распихивая неудачников - то зависит от способности этих атомов организоваться в структуру, подходящюю по форме, под форму ниши. И если сейчас и здесь, на нашей планете, это углеводороды, то и надо ориентироваться именно на них. Ибо только они позволят доводить физическую гипотезу до теории, подтверждаемой наблюдениями.
  Но тогда следующий ключевой вопрос: каким образом объединение атомов может быть скомпановано согласно форме ниши? Отвечаю, только путем избавления от излишков кинетической неупорядоченной энергии. Следовательно, отходы - это, во-первых, обесцененное тепло, во-вторых, тот хаос функционирования, который мы называем комплексом процессов жизнедеятельности. При этом полезная работа, повторюсь, - это созидание среды, структурированной унаследованными от вымирающих структур, нишами.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Влад от февраля 07, 2012, 14:01:50
Цитата: василий андреевич от февраля 07, 2012, 13:16:05
Любой естественный химический процесс - это движение к минимуму энергии. Но точно так же и любой космогонический процесс - это движение к минимуму энергии. Следовательно, по гипотезе "непрерывности" жизнь должна выражаться как движение к минимуму энергии. Для этого есть один способ. Работать над созиданием пространства с теми минимумами энергии, в которых может разместиться сообщество живых организмов.
  При этом жизнь не самоцель атомов. А, извините, отходы работы.

Судя по всему Василий Андреевич для Вас уже не осталось загадок в этом вопросе.
Может Вы можете даже конкретно показать нам жизнь в "НЕЖИЗНИ"?
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: василий андреевич от февраля 07, 2012, 15:19:07
Цитата: Влад от февраля 07, 2012, 14:01:50
Может Вы можете даже конкретно показать нам жизнь в "НЕЖИЗНИ"?
Конкретно не могу. Не знаю, что такое конкретно. На Земле всё так проинизано жизнедеятельностью, что нет возможности выделить "чистый" объект. В пробирке же это невозможно продемонстрировать. Потому ранее и предлагал модель нашей планеты с холодными недрами при постепенном разогреве Солнца, что бы рассмотреть процессы, приводящие к "оживанию" недр и виргации на слои, борящиеся за проникновение к минимуму энергии.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: AdmiralHood от февраля 07, 2012, 17:08:21
Надеюсь, никто из здесь присутствующих не сомневается, что бактерия - это живое. Дело за малым - синтезировать бактерию химическим путём. Крейг Винтер уже изрядно продвинулся на этом пути - синтезировал искусственную хромосому. Тут, правда, есть два небольших «но»: а) хромосома активирована в оболочке живой микоплазмы; б) окончательные этапы сборки хромосомы произошли-таки не химически, использовалась кишечная палочка и дрожжы.

Так что дело за малым.

Труднее всего будет преодолеть ещё одну глобальную отмазку — поскольку процессом руководит человек, он мог заразить хромосому «жизненной силой» :~)
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: василий андреевич от февраля 07, 2012, 17:43:26
Цитата: AdmiralHood от февраля 07, 2012, 17:08:21
Дело за малым - синтезировать бактерию химическим путём.
А почему все биологи считают, что надо обязательно синтезировать нечто живое, аналагочное ныне живущему? Ведь природа, создавая простейший организм могла поступить иначе. И условная бактерия, какой бы простейшей она не выглядела на фоне сегодняшней сложности, вовсе не обязана быть самым продвинутым "организмом" того изначально древнего этапа абиогенеза.
  Потому повторюсь, простейшая бактерия будет (гипотетично) являться "упрощенным" отходом работы очень сложного физико-химического процесса. Если угодно, молекулярная репликация начинается не с разрыва сложной молекулы на "половинки", которые востанавливаются в среде до первоначальной полноты. Вначале образуются устойчивые и восстанавливаемые по естественным законам геометрические формы углеводороно-водных кластеров. Затем естественным же образом образуются мембраны с сответствующими процессами избирательного обмена материей со средой. На мембранах начинается синтез, и уже этот синтез (не знаю какой конкретно) приводит к возникновению РНК, как неизбежности...
  И главнейшим препятствием абиогенеза в пробирке будет принципиальная невозможность обойти (стороной) всю цепочку последовательностей от пленок на поверхности через глобулы взвесей к слоистым углеводородным минералам, которые будут сворачиваться в "наноструктуры" таким образом, что бы вблизости от этого "свертывания" появились отходы, рвущиеся по своим законам, но восстанавливаемые по законам эволюционирующей СРЕДЫ, а не системы репликаторов.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: AdmiralHood от февраля 07, 2012, 18:01:18
Синтезировать бактерию химическим путём - это единственный известный мне реальный способ доказать, что нет принципиальной грани между живым и неживым.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: василий андреевич от февраля 07, 2012, 18:07:13
Боюсь, что синтезировав бактерию химическим путем, мы только убедимся во всемогуществе Создателя, сподобившего тварную плоть приблизиться к пониманию Его величия.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: AdmiralHood от февраля 07, 2012, 19:00:58
А вы не бойтесь.

Как говорится, «хорошо знать Библию, ещё лучше знать Автора, и совсем хорошо самому быть Автором» :~)
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: василий андреевич от февраля 07, 2012, 22:47:39
Ну, тогда мне, грешному, остается ждать пока "Лука с Тайсаевым" синтезируют бактерию, а Адмирал "вдохнет" в нее жизнь. ;D Буду рад поздравить с успехом. Но дождусь ли?
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: novice от февраля 08, 2012, 03:18:00
Цитата: AdmiralHood от февраля 07, 2012, 18:01:18
Синтезировать бактерию химическим путём - это единственный известный мне реальный способ доказать, что нет принципиальной грани между живым и неживым.
Такая постановка вопроса, на мой взгляд, напоминает путь Икара к воздухоплаванию.
Синтезировать бактерию, т.е., по сути, сделать копию живого объекта, только одна из стоящих задач. Будет ли такая искусственная бактерия питаться, размножаться, приспосабливаться, эволюционировать?
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: LUCA от февраля 08, 2012, 05:22:38
Цитата: василий андреевич от февраля 07, 2012, 10:39:59
Выражаю сомнение, что существует параметр, качественно или количественно отграничивающий живое от неживого.
Человек придумывает понятия, в том числе и понятие "живое". Не смотря на то, что свойства, определяющие понятия, часто отражают объективную реальность, всё-таки всегда есть определённый произвол в определении чего-то.

Для себя я давно определил, что такое живая система и вид.

У существующих живых систем есть некоторые определённые атрибуты: неизолированность системы, наследственная память, которая (а не вся система) воспроизводится, неидентичность клонов (следствие объективных законов - информация передаётся всегда с шумом); необходимость рекомбинации (иначе груз вредных мутаций быстро накопится и объём воспроизводимой памяти сильно уменьшится - процесс "сверки" информации присутствует и в компьютерах);способность к гомеостазу и дарвиновской эволюции (говорить о первом и втором можно только, если указывать, что имеется в виду определённый временной интервал - в малом гомеостаз, в большом интервале - способность к достаточно кардинальным адаптивным изменениям); определённость конфигурации носителя памяти - нечто вроде "апериодического кристалла", который не меняет свою конформацию в каком-то диапазоне условий и т.д. Из них можно выделить базовые. Живая система обладает способностью к гомеостазу; наследственной памятью, предопределяющей многие параметры гомеостаза, способностью к дарвиновской эволюции.

Вид - это популяция носителей наследственной памяти, принципиально способных к рекомбинации наследственной информации (в частности, при процессе, который мы называем половым).
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: novice от февраля 08, 2012, 08:44:29
Цитата: василий андреевич от февраля 07, 2012, 10:39:59
Выражаю сомнение, что существует параметр, качественно или количественно отграничивающий живое от неживого.
Некоторые считают, что в качестве такого параметра может быть взято накопление энергии. Неживое с течением времени рассеивает некоторый первоначальный запас энергии, живое - увеличивает/концентрирует. Но такой вывод можно сделать только на примере жизни на Земле. Как обстоят дела на других планетах - сложно сказать...
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: AdmiralHood от февраля 08, 2012, 11:15:09
Цитата: novice от февраля 08, 2012, 03:18:00
Цитата: AdmiralHood от февраля 07, 2012, 18:01:18
Синтезировать бактерию химическим путём - это единственный известный мне реальный способ доказать, что нет принципиальной грани между живым и неживым.
Такая постановка вопроса, на мой взгляд, напоминает путь Икара к воздухоплаванию.
Синтезировать бактерию, т.е., по сути, сделать копию живого объекта, только одна из стоящих задач. Будет ли такая искусственная бактерия питаться, размножаться, приспосабливаться, эволюционировать?
Если она не будет питаться, размножаться, приспосабливаться, эволюционировать, то это будет не бактерия. У Крейга Винтера, например, получилась нормальная бактерия.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: novice от февраля 08, 2012, 13:05:48
Цитата: AdmiralHood от февраля 08, 2012, 11:15:09
Если она не будет питаться, размножаться, приспосабливаться, эволюционировать, то это будет не бактерия.
Согласен.

Цитата: AdmiralHood от февраля 08, 2012, 11:15:09
У Крейга Винтера, например, получилась нормальная бактерия.
Здесь я не совсем в теме. Насколько мне известно, Вентеру удалось синтезировать искусственный ДНК, что несомненно является прорывом.
Мое сугубо личное мнение, ставить знак равенства между ДНК и живым организмом несколько преждевременно. Объясню свой скепсис тем, что в эпоху между появлением первых ЭВМ и распространением персоналок только ленивый не делал прогнозы относительно сроков создания искусственного интеллекта. Несмотря на успехи в отдельных областях (повышение вычислительной мощности, разработки  адаптивных систем и нейронных сетей) искусственный разум не создан, чему, на мой взгляд, есть некоторые фундаментальные причины. Очень хочу ошибаться в этот раз.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: LUCA от февраля 08, 2012, 14:22:10
Цитата: novice от февраля 08, 2012, 13:05:48

Мое сугубо личное мнение, ставить знак равенства между ДНК и живым организмом несколько преждевременно.
Это безусловно. Синтезировать другие клеточные компоненты ПРИНЦИПИАЛЬНО также возможно. Например, ещё в 80-е годы китайцы полностью синтезировали тРНК.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: василий андреевич от февраля 08, 2012, 15:34:52
Цитата: LUCA от февраля 08, 2012, 14:22:10
Синтезировать другие клеточные компоненты ПРИНЦИПИАЛЬНО также возможно. Например, ещё в 80-е годы китайцы полностью синтезировали тРНК.
В предыдущем своем посте Вы справедливо говорили о системе живого, а не об отдельном организме. И вот какой вопрос я бы хотел задать о "синтезе" живой бактерии, или даже вирусе, как "минерально-живом". Как убедиться, что бактерия мертва, но все компоненты ее строения сохранились? Но сразу после этого другой вопрос: как оживить, если не именно эту бактерию, то тот искусственный субстрат, который даже не надо синтезировать, но взять от прочих бактерий? Я, пожалуй, все одно не смоги понять тонкостей, но мне важена сама постановка вопроса о разграничении функционирования косного от жизнедеятельности.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: василий андреевич от февраля 08, 2012, 15:50:55
Цитата: novice от февраля 08, 2012, 08:44:29
Неживое с течением времени рассеивает некоторый первоначальный запас энергии, живое - увеличивает/концентрирует.
Со своей стороны я могу опрерировать только в подобной сфере. И прихожу к такому выводу, что есть даже не принцип негэнтропии, но возможность концентрации энергии у заведомо косных систем. При этом рассеяние идет своим чередом так, что не только не "мешает", но, наоборот, определяет унаследованный характер энерго-масс концентрации, причем с положительным дебитом. Это не только фантастично, но и трудно доказуемо при реальных посчетах. Дело в том, что известные мне системы подобного рода геологические, региональные по масштабу проявления. И всегда есть возможность выделить/внести внесистемные источники энергии. Но в любом случае подобные системы всегда иерархичны, что в переводе на биосферу будет означать невозможность абиогенеза как единичного удачного стечения обстоятельств. Это обязательно многоуровневый процесс, где невозможно сказать в какой его части отдельные системы можно бы посчитать живыми.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: novice от февраля 08, 2012, 16:11:25
Цитата: LUCA от февраля 08, 2012, 14:22:10
Синтезировать другие клеточные компоненты ПРИНЦИПИАЛЬНО также возможно. Например, ещё в 80-е годы китайцы полностью синтезировали тРНК.
Принципиально все возможно, раз уж оно уже синтезировано (синтезировалось) по факту. Мое возражение было в том, что неплодотворно  пытаться копировать природу без понимания законов ее развития.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: novice от февраля 08, 2012, 16:34:55
Цитата: василий андреевич от февраля 08, 2012, 15:50:55
Со своей стороны я могу опрерировать только в подобной сфере. И прихожу к такому выводу, что есть даже не принцип негэнтропии, но возможность концентрации энергии у заведомо косных систем. При этом рассеяние идет своим чередом так, что не только не "мешает", но, наоборот, определяет унаследованный характер энерго-масс концентрации, причем с положительным дебитом.
Уважаемый Василий  Андреевич!
Не надо думать, что "наш разум не в силах понять необъятности вселенной" или что-то в этом роде. На самом деле, нужно менять научную парадигму современности, а не объявлять наш разум банкротом. Справлялся он со своей задачей N-ное количество миллионов лет, будет справляться и дальше.
Как Вам такая гипотеза:
1. Есть живая и неживая материя. Первая концентрирует энергию, вторая ее рассеивает. Вместе образуют некую гармонию, гомеостаз.
2. Не было никакого "Большого Взрыва". Т.к., если был взрыв, то, после рассеяния его энергии неизбежно наступает абсолютный ноль. Это печально. Поэтому, если и были взрывы, то они были в соответствии с п.1
3. Раз уж мы принадлежим к живой материи, нам нужно эту энергию концентрировать и дальше.
P.S. А возможность концентрации энергии у косных систем отсутствует. Для этого есть живые системы.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: василий андреевич от февраля 08, 2012, 16:54:40
Парадигмы не меняются, а входят в новые, как частности.
1. Мы не боги, что бы вводить живое, как антисимметрию косного. Как только мы изменим законы и принципы на противоположные, то нас ждет фиаско. "уж сколько попыток было и будет, нет им числа, но нет ни одного исключения) Надо говорить не об изменении принципов, а измении нашего понимания этих принципов. Нет ничего плохого в рассеянии, если это рассеяние порождает потенциальную возможность концентрации. "если что-то уходит в небытие, то по законам симметрии, из небытия возвращается нечто"
2. По третьему принципу термодинамики система с абсолютным нулем недостижима. Это значит, что начло никогда не было производимо из ничего. Всегда есть неопределенности состояния "пустоты", которым по силам эволюционировать при равенстве среднвзвешенной температуры Вселенной, переводя неопределенности в ранг временных структур.
3. Раз уж мы пока живые, надо научиться избавляться от излишков энергии так, что бы наши излишки были употребимы всей иерархией биосферы.
П.С. И живое и косное имеет один путь - к смерти. Но когда живое становится неживым, то продолжает свой круговорот, пронизываемый током свободной энергии, т.е. продолжает работать по созиданию отрицательной энергии.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: novice от февраля 08, 2012, 17:13:15
Цитата: василий андреевич от февраля 08, 2012, 16:54:40
Парадигмы не меняются, а входят в новые, как частности.
Все течет, все меняется...
1. Чтобы камень упал на землю, надо, чтобы сначала этот камень что-то подняло над землей. Законы и принципы менять никто не собирается. Можно это принять как факт.
2. Условно назовем то, что эволюционирует, живой материей. А то , что рассевает - неживой. Никто и не претендует на абсолютную истину. В конце концов, мы оперируем лишь моделью реальности. которую постоянно уточняем.
3. Зачем нам избавляться от излишков энергии? Неживая природа сделает свою работу за нас.
P.S. Умереть никогда не поздно. Живое имеет свой путь - к увеличению концентрации энергии. Мне, допустим, это просто удовольствие доставляет.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: василий андреевич от февраля 08, 2012, 17:51:06
Ладно, надо все-таки ближе к абиогенезу.
  Есть кинетическая энергия образующая в системе силы отталкивания и есть потенциальная, отвечающая за силы консолидации. Выбросим из системы кинетику, получим консолидацию. Выбрасывается не совсем энергия, а обесцененные энергетические отходы. Отходы существуют только при совершении полезной работы. Работа - это созидание потенциальной энергии. Следовательно, тут через чур просто. Работа по консолидации разрозненности в системную структуру возможно только благодаря энтропийному рассеянию. Консолидация, в частности, это рост энерги активации связей взаимодействия в системе.
  Иначе говоря, камень не надо поднимать, надо копать под ним ямку. Жизнь отличается только тем, что ямка есть следствие работы рассеяния систем. Т.е. жизнь существует только благодаря тому, что живые особи умирают, освобождая из-под себя ямки. Ясно, что новое может попасть в ямку, только соответствующую по форме и размеру. Так как отмирание закономерный процесс, то и высвобождение ямок происходит согласно "форме и последовательности" вымираний. Следовательно, только то новое может проникнуть в ямку старого, которое умеет пластично измениться согласно форме ямки.

Такова упрощенная модель. А теперь скажите, что в этой модели такого страшного, что бы ее нельзя было отнести как к косной, так и живой материи?
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: AdmiralHood от февраля 08, 2012, 18:46:03
Цитата: novice от февраля 08, 2012, 13:05:48
Насколько мне известно, Вентеру удалось синтезировать искусственный ДНК, что несомненно является прорывом.
Мое сугубо личное мнение, ставить знак равенства между ДНК и живым организмом несколько преждевременно.
Да, но бактерия, в которую была встроена эта искусственная ДНК, оказалась нормальной бактерией. Т.е. никаких проблем сам факт искусственности хромосомы не создал.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: AdmiralHood от февраля 08, 2012, 18:51:10
Цитата: novice от февраля 08, 2012, 16:34:55
1. Есть живая и неживая материя. Первая концентрирует энергию, вторая ее рассеивает. Вместе образуют некую гармонию, гомеостаз.
Каким образом живое концентрирует энергию? Не знаю как вы, а я вот никакой энергии не концентрирую. Я ради продления своего существования разрушаю окружающую среду, хаваю коровок, свинок и курочек, и излучаю в атмосферу каждосекундно и совершенно бесплатно 100 Вт энергии.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: василий андреевич от февраля 08, 2012, 18:58:43
О концентрации энергии живым. Это, если не учитывать рассеиваемого биосферой Солнечного излучения. Есть поле рассеянного углерода, не связанного. Биосфера этот углерод концентрирует, плюс, связывает. На все это нужна "бесполая" энергия.
  Обычно, что бы сохранить балланс и "произвести" энтропию, говорят, что в живом энтропия понижается многократно ниже, чем она повышается при рассеивании концентрата излучения.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: novice от февраля 09, 2012, 03:38:01
Цитата: AdmiralHood от февраля 08, 2012, 18:46:03
Да, но бактерия, в которую была встроена эта искусственная ДНК, оказалась нормальной бактерией. Т.е. никаких проблем сам факт искусственности хромосомы не создал.
Данную ситуацию очень схематично можно сравнить с протезированием органов у людей. Протез искусственный? Да. Проблемы создает? Нет. Можно сказать, что этот человек искусственно синтезирован? Нет, на мой взгляд.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: novice от февраля 09, 2012, 04:53:24
Цитата: AdmiralHood от февраля 08, 2012, 18:51:10
Каким образом живое концентрирует энергию?
1. Дерево выросло, умерло, высохло. Получаем дрова, которыми обогреваемся - концентрированная энергия солнца.
2. Дерево выросло, умерло, высохло, упало. На месте, где оно упало, новое дерево не вырастет, пока упавшее не сгорит или не сгниет. Человек использовал сухое дерево на дрова, на его место посадил новое, которое также выросло, умерло, высохло. Дров за тот же период получили в два раза больше.
В первом примере растения концентрируют электромагнитное излучение. Во втором - животные увеличивают степень концентрации.

Название: Re: Абиогенез
Отправлено: novice от февраля 09, 2012, 05:14:56
Цитата: василий андреевич от февраля 08, 2012, 17:51:06
ямка есть следствие работы рассеяния систем
Для совершения работы необходима энергия. Живые существа получают эту энергию из пространства, определенным образом концентрируя ее. К сожалению, пока не нашел примеры неживых объектов, которые с течением времени увеличивали бы свой энергетический баланс в положительную сторону. Очень бы хотелось рассмотреть такие объекты.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Дж. Тайсаев от февраля 09, 2012, 08:52:19
Цитата: novice от февраля 09, 2012, 04:53:24
Цитата: AdmiralHood от февраля 08, 2012, 18:51:10
Каким образом живое концентрирует энергию?
1. Дерево выросло, умерло, высохло. Получаем дрова, которыми обогреваемся - концентрированная энергия солнца.
2. Дерево выросло, умерло, высохло, упало. На месте, где оно упало, новое дерево не вырастет, пока упавшее не сгорит или не сгниет. Человек использовал сухое дерево на дрова, на его место посадил новое, которое также выросло, умерло, высохло. Дров за тот же период получили в два раза больше.
В первом примере растения концентрируют электромагнитное излучение. Во втором - животные увеличивают степень концентрации.


А ещё нефть, природный газ, торф и уголь например. Вообще, источником экзотермических реакций служит практически только биогенное сырьё
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: василий андреевич от февраля 09, 2012, 09:34:33
Мы так привыкли к схеме живого, как пирамиде потребления от фотосинтеза до хищника, что принижаем естественный круговорот косного до незначительного подспорья величия жизни. Надо исключить из модели Солнце, как поставщик дармового энергоконцентрата. И тогда жизнь окажется лишь ускорителем естественного круговорота в виде рабочего контура.
 "Для совершения работы необходима энергия". А в какой форме она необходима? Все ответят, конечно, в концентрированной, которая нам досталась от таинства БВ. А я вот такой дурень, который этого не хочет знать.
 Есть хаотическое поле рассеянных частиц с разной массой. Есть упругие столкновения, пока без гравитационного и химического слипания. Вопрос, как со временем будут вести себя эти частицы? Отвечаю, они дифференцируются по скоростям таким образом, что массивные будут обладать меньшей скоростью. В такой "эволюции" по скоростям обязательно возникнет круговорот, в безгравитационном идеале имеющий форму тора-бублика. В разрезе половинки тора это будет вращающийся круг - в цетре вращаются массивные частицы, с наружи легкие.
 Вот вам модель энергоконцентрации без внешнего источника "свободной энергии". Очень рекомендую при этом разобраться с классической механикой движения мат.точки по окружности. Т.к. любая концентрированная энергия должна распасться, то распад круговорота и будет источником энергии для питания иной системы ценностей, которая встроится на пути диссипации энергии, как прототип тепловой машины, производящей работу по созиданию отрицательной (потенциальной) энергии.
 Да, живое приспособилось вставать на пути диссипации, но уже с периода начального процесса концентрации Земли из газопылевого облака совершались частные процессы, как предтечи живых. И эти процессы характерны для любых скоплений, другое дело, что на каждой планете они замирали на своем промежуточном этапе. Земле же "повезло", что естественное включене цикла углерода происходило в оптимальном диапазоне температур, при разгорании Солнца. С этой точки зрения Венера не успела встроиться в систему абиогенеза и перешла на функционирование "черного тела" при температурах в 500гр, а Марс не успел закончить... абиогенез таким образом, что бы живому было по силам выработать условия стабилизации температур за счет специфической атмосферы.

Ну вот, опять получилось путанно и длинно, но ведь просто только кошки...
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: василий андреевич от февраля 09, 2012, 09:50:13
Цитата: Дж. Тайсаев от февраля 09, 2012, 08:52:19
А ещё нефть, природный газ, торф и уголь например. Вообще, источником экзотермических реакций служит практически только биогенное сырьё
Многие и вкладывают человека в биогенный круговорот, как ускорителья процессов абиогенного "вращения" углерода.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: AdmiralHood от февраля 09, 2012, 17:06:51
Цитата: novice от февраля 09, 2012, 03:38:01
Цитата: AdmiralHood от февраля 08, 2012, 18:46:03
Да, но бактерия, в которую была встроена эта искусственная ДНК, оказалась нормальной бактерией. Т.е. никаких проблем сам факт искусственности хромосомы не создал.
Данную ситуацию очень схематично можно сравнить с протезированием органов у людей. Протез искусственный? Да. Проблемы создает? Нет. Можно сказать, что этот человек искусственно синтезирован? Нет, на мой взгляд.
Вы же сами не думаете, что искусственную хромосому можно по значимости приравнять к пластмассовой ноге? Я бы несколько сместил акценты. Синтезировали искусственный мозг и встроили в черепушку собаки. Собака бегает, гавкает, поднимает ножку у столбика, гоняется за сучками, жрёт педигри и т.д.

Название: Re: Абиогенез
Отправлено: AdmiralHood от февраля 09, 2012, 17:14:52
Цитата: novice от февраля 09, 2012, 04:53:24
Цитата: AdmiralHood от февраля 08, 2012, 18:51:10
Каким образом живое концентрирует энергию?
1. Дерево выросло, умерло, высохло. Получаем дрова, которыми обогреваемся - концентрированная энергия солнца.
2. Дерево выросло, умерло, высохло, упало. На месте, где оно упало, новое дерево не вырастет, пока упавшее не сгорит или не сгниет. Человек использовал сухое дерево на дрова, на его место посадил новое, которое также выросло, умерло, высохло. Дров за тот же период получили в два раза больше.
В первом примере растения концентрируют электромагнитное излучение. Во втором - животные увеличивают степень концентрации.
А вам не приходила в голову мысль, что солнце, которое в вашем примере фигурирует как нечто вспомогательное, — это концентрация энергии неживой материей? Причём в неизмеримо больших масштабах, чем жалкие потуги человека увеличить съём дров с квадратного метра делянки.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: novice от февраля 10, 2012, 04:28:46
Цитата: AdmiralHood от февраля 09, 2012, 17:06:51
Вы же сами не думаете, что искусственную хромосому можно по значимости приравнять к пластмассовой ноге? Я бы несколько сместил акценты. Синтезировали искусственный мозг и встроили в черепушку собаки. Собака бегает, гавкает, поднимает ножку у столбика, гоняется за сучками, жрёт педигри и т.д.
Ок, сместим акценты. В случае с протезированием органов для млекопитающих начали с пластмассовых конечностей, затем перешли к искусственным почкам, на очереди искусственный мозг. Для простейших удалось практически сразу начать с "мозга". Т.е., дело за малым, синтезировать "органы и конечности". Подождем, время рассудит.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: novice от февраля 10, 2012, 04:38:06
Цитата: AdmiralHood от февраля 09, 2012, 17:14:52
А вам не приходила в голову мысль, что солнце, которое в вашем примере фигурирует как нечто вспомогательное, — это концентрация энергии неживой материей? Причём в неизмеримо больших масштабах, чем жалкие потуги человека увеличить съём дров с квадратного метра делянки.
Приходила такая мысль. Но почему-то у меня сложилось мнение, что солнце, как и другие звезды, расходует свою энергию. Т.е., суммарная энергия солнца с течением времени уменьшается. Со временем оно погаснет. Если у Вас есть сведения, обосновывающие, что солнце в теории может светить вечно, просьба поделиться ими. Тогда Вы правы и проводить грань между живым и неживым предложенным мной образом некорректно.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: AdmiralHood от февраля 10, 2012, 15:01:32
Цитата: novice от февраля 10, 2012, 04:38:06
Цитата: AdmiralHood от февраля 09, 2012, 17:14:52
А вам не приходила в голову мысль, что солнце, которое в вашем примере фигурирует как нечто вспомогательное, — это концентрация энергии неживой материей? Причём в неизмеримо больших масштабах, чем жалкие потуги человека увеличить съём дров с квадратного метра делянки.
Приходила такая мысль. Но почему-то у меня сложилось мнение, что солнце, как и другие звезды, расходует свою энергию. Т.е., суммарная энергия солнца с течением времени уменьшается. Со временем оно погаснет. Если у Вас есть сведения, обосновывающие, что солнце в теории может светить вечно, просьба поделиться ими. Тогда Вы правы и проводить грань между живым и неживым предложенным мной образом некорректно.

Несколько примеров того, как неживая природа концентрирует энергию.

Представьте себе, что из газо-пылевой туманности возникает планета. До этого момент импульса и гравитационная энергия была размазана в пространстве размером в несколько астрономических единиц, теперь они сконцентрированы в довольно компактной планете в виде того же момента импульса и тепла разогретых при сжатии недр.

Надеюсь, вы в курсе, что в каменном угле энергия более концентрирована, чем в тех же дровах. А что превращает дерево в каменный уголь?  Полагаю, что давление и температура земных недр, то есть та же самая неживая природа.                           

Резюме: концентрация и рассеяние энергии одинаково характерны и для живой, и для неживой природы.

Несколько непонятно, что такое «своя» энергия. Согласно российскому законодательству, неодушевлённые предметы собственниками не являются :~). Водород, который сгорает в недрах звезды, она получила из газовой туманности, которая возникла от взрыва какой-нибудь сверхновой, а та в свою очередь... Короче, по цепочке до самого Большого взрыва.

Ваши рассуждения насчёт того, что солнце не может светить вечно для меня удивительны. Жизнь, которая зависит от солнечной энергии, не более вечна, чем Солнце.                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: novice от февраля 10, 2012, 16:43:46
Цитата: AdmiralHood от февраля 10, 2012, 15:01:32
Спасибо за ответ.
Цитата: AdmiralHood от февраля 10, 2012, 15:01:32
Представьте себе, что из газо-пылевой туманности возникает планета. До этого момент импульса и гравитационная энергия была размазана в пространстве размером в несколько астрономических единиц, теперь они сконцентрированы в довольно компактной планете в виде того же момента импульса и тепла разогретых при сжатии недр.
Полагаю, что газо-пылевая туманность сгустилась до состояния планеты под воздействием гравитации близлежащей звезды. За время "сгущения" суммарная энергия системы звезда - газо-пылевая туманность несколько уменьшилась, хотя бы за счет теплового излучения. Т.е, неживая система все-таки несколько растратила свой первоначальный запас энергии.

Цитата: AdmiralHood от февраля 10, 2012, 15:01:32
Надеюсь, вы в курсе, что в каменном угле энергия более концентрирована, чем в тех же дровах. А что превращает дерево в каменный уголь?  Полагаю, что давление и температура земных недр, то есть та же самая неживая природа. 
Законы физики одинаковы для всех. Если рассмотреть отдельно систему "сухое дерево"-"земные недра", то в момент времени, соответствующий образованию дров, эта система имела больший суммарный запас энергии, нежели в момент образования каменного угля. Неживая система растратила энергию на давление, повышение температуры и тепловое излучение (упрощенно).

Цитата: AdmiralHood от февраля 10, 2012, 15:01:32Резюме: концентрация и рассеяние энергии одинаково характерны и для живой, и для неживой природы. 
При такой постановке вопроса - да. Но неживая природа концентрирует энергию случайным образом (попала туманность в поле гравитации или дрова в область высокого давления), а живая природа - преднамеренно, своим существованием.

Цитата: AdmiralHood от февраля 10, 2012, 15:01:32Несколько непонятно, что такое «своя» энергия. Согласно российскому законодательству, неодушевлённые предметы собственниками не являются :~). Водород, который сгорает в недрах звезды, она получила из газовой туманности, которая возникла от взрыва какой-нибудь сверхновой, а та в свою очередь... Короче, по цепочке до самого Большого взрыва.
Предлагаю принять ситуация как есть. Кто какой энергией обладает, та у него и "своя". А парадигма "был Большой Взрыв, а потом все погаснет" мне кажется неверной. Хотя бы потому, что со времени БВ прошло уже очень много лет и уже все, что горело, погасло бы. А раз не погасло, значит, если силы, препятствующие рассеянию энергии. Думаю, что это живая природа.

Цитата: AdmiralHood от февраля 10, 2012, 15:01:32
Ваши рассуждения насчёт того, что солнце не может светить вечно для меня удивительны. Жизнь, которая зависит от солнечной энергии, не более вечна, чем Солнце.
Более вечна. Она может перелететь к другой звезде (чисто теоретически, конечно).
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: AdmiralHood от февраля 10, 2012, 17:39:49
Цитата: novice от февраля 10, 2012, 16:43:46
Полагаю, что газо-пылевая туманность сгустилась до состояния планеты под воздействием гравитации близлежащей звезды.
Точнее, под действием своей собственной гравитации.
Цитата: novice от февраля 10, 2012, 16:43:46
Т.е, неживая система все-таки несколько растратила свой первоначальный запас энергии.
Точно так же, как и живая. Мало того, что, например, КПД фотосинтеза не превышает 20-30%, но живой организм вынужден тратить часть накопленной энергии на поддержание собственной жизнедеятельности. Так что принципиальной разницы между живой и неживой природой здесь не вижу.
Цитата: novice от февраля 10, 2012, 16:43:46
Законы физики одинаковы для всех. Если рассмотреть отдельно систему "сухое дерево"-"земные недра", то в момент времени, соответствующий образованию дров, эта система имела больший суммарный запас энергии, нежели в момент образования каменного угля. Неживая система растратила энергию на давление, повышение температуры и тепловое излучение (упрощенно).
А в живой природе происходит что-то принципиально иное?

Цитата: novice от февраля 10, 2012, 16:43:46
При такой постановке вопроса - да. Но неживая природа концентрирует энергию случайным образом (попала туманность в поле гравитации или дрова в область высокого давления), а живая природа - преднамеренно, своим существованием.
Первоначальный тезис, насколько я помню, был о том, что живая природа концентрирует энергию, а мёртвая – рассеивает. Если мёртвая-таки тоже может концентрировать, то вряд ли важно, случайно ли она это делает или преднамеренно.

Цитата: novice от февраля 10, 2012, 16:43:46
А парадигма "был Большой Взрыв, а потом все погаснет" мне кажется неверной. Хотя бы потому, что со времени БВ прошло уже очень много лет и уже все, что горело, погасло бы. А раз не погасло, значит, если силы, препятствующие рассеянию энергии. Думаю, что это живая природа.
Вы ПМЛМ слишком преувеличиваете глобальную роль жизни в эволюции Вселенной. На той же Земле жизнь накапливает ничтожную долю энергии, которую излучает Солнце. При том, что в один прекрасный момент хитропопые обезьяны, придумавшие автомобили и ТЭЦ, всё накопленное быстро рассеивают :~)
Цитата: novice от февраля 10, 2012, 16:43:46
Более вечна. Она может перелететь к другой звезде (чисто теоретически, конечно).
А чисто практически может самоуничтожиться. Или погибнуть от какой-нибудь быстролетящей космической дребедени.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: novice от февраля 11, 2012, 03:12:57
Цитата: AdmiralHood от февраля 10, 2012, 17:39:49
Цитата: novice от февраля 10, 2012, 16:43:46
Законы физики одинаковы для всех. Если рассмотреть отдельно систему "сухое дерево"-"земные недра", то в момент времени, соответствующий образованию дров, эта система имела больший суммарный запас энергии, нежели в момент образования каменного угля. Неживая система растратила энергию на давление, повышение температуры и тепловое излучение (упрощенно).
А в живой природе происходит что-то принципиально иное?
Принципиально происходит то же самое, только с противоположным знаком. Предположим условно, что уголь образовывался в дуплах живых деревьев, т.е. один из компонентов системы "сухое дерево"-"земные недра (дупла деревьев)" живой. Такая суммарная система в момент образования угля имела бы больший запас энергии за счет роста самих деревьев (где в дуплах уголь).

Цитата: AdmiralHood от февраля 10, 2012, 17:39:49
Цитата: novice от февраля 10, 2012, 16:43:46
При такой постановке вопроса - да. Но неживая природа концентрирует энергию случайным образом (попала туманность в поле гравитации или дрова в область высокого давления), а живая природа - преднамеренно, своим существованием.
Первоначальный тезис, насколько я помню, был о том, что живая природа концентрирует энергию, а мёртвая – рассеивает. Если мёртвая-таки тоже может концентрировать, то вряд ли важно, случайно ли она это делает или преднамеренно.
Вы правы, требуется корректировка первоначального тезиса. Придется ввести вероятность. Утверждение "живая природа (система) концентрирует энергию" является достоверным, утверждение "неживая природа (система) концентрирует энергию" является случайным.
Или так - живая природа является субъектом концентрации энергии, неживая природа - объектом.

Цитата: AdmiralHood от февраля 10, 2012, 17:39:49
Вы ПМЛМ слишком преувеличиваете глобальную роль жизни в эволюции Вселенной. На той же Земле жизнь накапливает ничтожную долю энергии, которую излучает Солнце. При том, что в один прекрасный момент хитропопые обезьяны, придумавшие автомобили и ТЭЦ, всё накопленное быстро рассеивают :~)
Это от того, что обезьяны хитропопые, но недалекие. Рассеют, что смогут и вымрут. :)
Появится новый носитель разума, которому той ничтожной доли энергии, которую накапливает жизнь на Земле, может хватить для межзвездных перелетов.

Цитата: AdmiralHood от февраля 10, 2012, 17:39:49
Цитата: novice от февраля 10, 2012, 16:43:46
Более вечна. Она может перелететь к другой звезде (чисто теоретически, конечно).
А чисто практически может самоуничтожиться. Или погибнуть от какой-нибудь быстролетящей космической дребедени.
Будем надеяться на лучшее. Мы же не рассматриваем всерьез вариант, что на голову свалится метеорит, не так ли? :)
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: AdmiralHood от февраля 11, 2012, 04:39:03
Цитата: novice от февраля 11, 2012, 03:12:57
Принципиально происходит то же самое, только с противоположным знаком. Предположим условно, что уголь образовывался в дуплах живых деревьев, т.е. один из компонентов системы "сухое дерево"-"земные недра (дупла деревьев)" живой. Такая суммарная система в момент образования угля имела бы больший запас энергии за счет роста самих деревьев (где в дуплах уголь).
Мне трудно анализировать ваш пример, поскольку давление и температура при образовании угля такое, что ни одно дупло не выдержит.

Цитата: novice от февраля 11, 2012, 03:12:57
Вы правы, требуется корректировка первоначального тезиса. Придется ввести вероятность. Утверждение "живая природа (система) концентрирует энергию" является достоверным, утверждение "неживая природа (система) концентрирует энергию" является случайным.
Или так - живая природа является субъектом концентрации энергии, неживая природа - объектом.
Опять же, что-то смущает меня в этом определении. Образование планеты из пылевого облака неслучайно. Если нет чего-то, что разгоняет частицы в стороны, то рано или поздно оно под действием собственной гравитации соберётся в планету и/или звезду. Или, скажем, спутник типа Луны за счёт приливного трения отсасывает вращательную энергию у планеты. Это тоже вполне закономерный и устойчивый процесс, сходный с тем, что происходит в живой природе. Растения отсасывают и накапливают часть энергии Солнца, Луна отсасывает и накапливает часть энергии Земли. С другой стороны, дерево не может по собственному желанию перестать расти, это некий механизм с предопределёнными свойствами. В общем, если в данном случае принципиальная разница между деревом и Луной есть, то она от меня ускользает...

Цитата: novice от февраля 11, 2012, 03:12:57
Появится новый носитель разума, которому той ничтожной доли энергии, которую накапливает жизнь на Земле, может хватить для межзвездных перелетов.
Ну, это и обезьяны могут. Для межзвёздного перелёта достаточно 1000 т горючего (вывести на орбиту, разогнать до 3-й космической скорости). Вопрос в том, сколько миллиардов лет эта штука будет пилить до альфы Центавра... :~)

И вообще, поскольку я не вижу другого способа возникновения разума, кроме эволюции, я сильно сомневаюсь, что какой-то иной разум будет свободен от того агрессивного эгоизма, которым страдают обезьянки.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: novice от февраля 11, 2012, 08:32:59
Цитата: AdmiralHood от февраля 11, 2012, 04:39:03
И вообще, поскольку я не вижу другого способа возникновения разума, кроме эволюции, я сильно сомневаюсь, что какой-то иной разум будет свободен от того агрессивного эгоизма, которым страдают обезьянки.
Иной разум также не будет свободен от агрессивного эгоизма, на каком-то этапе. Предполагаю, что этот этап разум или пройдет, или вымрет. У обезьянок также есть шанс, но маленький. А поскольку в эволюции на одну удачную попытку приходится N-ное количество неудачных, нет ничего удивительного, если последующие попытки окажутся более успешными.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: AdmiralHood от февраля 11, 2012, 08:49:13
Цитата: novice от февраля 11, 2012, 08:32:59
Цитата: AdmiralHood от февраля 11, 2012, 04:39:03
И вообще, поскольку я не вижу другого способа возникновения разума, кроме эволюции, я сильно сомневаюсь, что какой-то иной разум будет свободен от того агрессивного эгоизма, которым страдают обезьянки.
Иной разум также не будет свободен от агрессивного эгоизма, на каком-то этапе. Предполагаю, что этот этап разум или пройдет, или вымрет. У обезьянок также есть шанс, но маленький. А поскольку в эволюции на одну удачную попытку приходится N-ное количество неудачных, нет ничего удивительного, если последующие попытки окажутся более успешными.
Будем надеяться, что обезьянки не лоханутся.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: novice от февраля 11, 2012, 09:25:04
Цитата: AdmiralHood от февраля 11, 2012, 04:39:03
Опять же, что-то смущает меня в этом определении. Образование планеты из пылевого облака неслучайно. Если нет чего-то, что разгоняет частицы в стороны, то рано или поздно оно под действием собственной гравитации соберётся в планету и/или звезду. Или, скажем, спутник типа Луны за счёт приливного трения отсасывает вращательную энергию у планеты. Это тоже вполне закономерный и устойчивый процесс, сходный с тем, что происходит в живой природе. Растения отсасывают и накапливают часть энергии Солнца, Луна отсасывает и накапливает часть энергии Земли. С другой стороны, дерево не может по собственному желанию перестать расти, это некий механизм с предопределёнными свойствами. В общем, если в данном случае принципиальная разница между деревом и Луной есть, то она от меня ускользает...
Мне также сложно выразить мысль через определения из области физики. Попробую кибернетику. Дерево может по собственному желанию перестать расти, что оно и делает зимой. Возражение - не будет Земли, Луна также не будет отсасывать и накапливать энергию. Правильно. Рассмотрим пограничную ситуацию. Среди зимы потепление. Большая часть деревьев начала расти, распустилась, после похолодания заболела, год не плодоносит. Меньшая часть не успела распуститься, нормально плодоносила текущий год. Т.е.,  при одинаковых внешних условиях есть некий разброс параметров. Причем, чем сложнее живой организм, тем этот разброс больше. Естественно, дерево принимает решение в зависимости от солнечного тепла и это решение можно просчитать. Но живая система именно принимает решение, т.е. выступает субъектом. Луна не может принять никакого решения, она пассивно взаимодействует. Другими словами, у живой природы есть некая свобода выбора, чем сложнее живой субъект, тем больше степень свободы. Эта свобода именно от внешний воздействий. Чем сложнее живое существо, тем легче наблюдать, насколько разной может быть реакция/действия при изменении внешней среды.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: novice от февраля 11, 2012, 09:26:02
Цитата: AdmiralHood от февраля 11, 2012, 08:49:13
Будем надеяться, что обезьянки не лоханутся.
:)
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: василий андреевич от февраля 11, 2012, 12:45:16
Дилема солнце-дрова выглядит так. От рассенного углерода к дереву, торфу, углю, а потом через недра вновь к рассеянному углероду. При этом происходит обесценивание концентрата Солнечного излучения. Как на этапе концентрации, так и на этапе деструкции. Остается выяснить, в чем заключается работа по замкнутому контуру углерода. Выделим четыре такта из цыкла Карно. 1)накопление-наполнение, 2)сжатие-концентрация, 3)активация-производство хим. реакций, 4)выброс тепловых и углеродистых (СО2, метан) отходов. Получаем полезную работу в виде угольных залежей. Но всегда надо понимать, что второй принцип предписывает рассеяние больше концентрации. Живое на пути круговорота встраивается в первый такт, т.е. накапливает.
  Говоря иначе, от рока из БВ к тепловой смерти настоящаяя парадигма никуда не уводит. И никогда не получится сказать, что жизнь как-то обманывает энтропию. Жизнь только встраивается на пути от концентрации к хаосу, чуть замедляя это движение.

Идеи эволюционизма, наперекор взрывной парадгме должны не опровергать второй принцип (от концентрации к хаосу) и не удовлетворяться жизнью, как случайностью в случайном уголке вселенной в случайный временной эпизод, а встраивать второй принцип, как одно из обязательно необходимых звеньев. Типа: есть рассеяние, следовательно будет концентрация! Это периодика пространственных длинно-волновых изменений синусоидального характера. Это маятник, который не только рассеивает энергию, но еще и рабочий контур, созидающий отрицательную, потенциальную энергию, за счет "изрыгания" из себя энергии кинетической. И жизнь в данной парадигме является уже не случайностью, а неизбежной частью функционального круговорота косной материи.
  К сожалению такой подход заставляет очень много пересматривать в понимании времени и физического вакуума. Но если такого пересмотра не совершать, то придется обращаться к Вере в Творение. Для меня такая вера аналогична вере в Большой Взрыв.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: novice от февраля 11, 2012, 13:09:20
Цитата: василий андреевич от февраля 11, 2012, 12:45:16
  Говоря иначе, от рока из БВ к тепловой смерти настоящаяя парадигма никуда не уводит. И никогда не получится сказать, что жизнь как-то обманывает энтропию. Жизнь только встраивается на пути от концентрации к хаосу, чуть замедляя это движение.
Это уже неплохо. По крайней мере, есть некая сила, целенаправленно/сознательно/по самой своей сути/по своим физическим свойствам совершающая работу против хаоса. Никто и не настаивает на идее вечного двигателя, верно? ;)

Цитата: василий андреевич от февраля 11, 2012, 12:45:16
  К сожалению такой подход заставляет очень много пересматривать в понимании времени и физического вакуума. Но если такого пересмотра не совершать, то придется обращаться к Вере в Творение. Для меня такая вера аналогична вере в Большой Взрыв.
Почему "к сожалению"?
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: AdmiralHood от февраля 11, 2012, 15:56:19
Цитата: novice от февраля 11, 2012, 09:25:04
Чем сложнее живое существо, тем легче наблюдать, насколько разной может быть реакция/действия при изменении внешней среды.
ОК, наконец-то мы пришли к более-менее правдоподобному утверждению: Живые существа отличаются от неживых объектов более широким спектром реакций на внешние воздействия.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Влад от февраля 11, 2012, 16:07:59
"Более" - это количественное отличие, а не качественное.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Дж. Тайсаев от февраля 11, 2012, 16:12:27
Цитата: AdmiralHood от февраля 11, 2012, 15:56:19
Цитата: novice от февраля 11, 2012, 09:25:04
Чем сложнее живое существо, тем легче наблюдать, насколько разной может быть реакция/действия при изменении внешней среды.
ОК, наконец-то мы пришли к более-менее правдоподобному утверждению: Живые существа отличаются от неживых объектов более широким спектром реакций на внешние воздействия.
там главное не в спектре реакций, а в неадекватности этих реакций, как сказал Грегори Бэйтсон "Пнуть камень и пнуть собаку, две больше разницы"
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: AdmiralHood от февраля 11, 2012, 16:13:45
Цитата: novice от февраля 11, 2012, 13:09:20
Это уже неплохо. По крайней мере, есть некая сила, целенаправленно/сознательно/по самой своей сути/по своим физическим свойствам совершающая работу против хаоса.
Боюсь, вы опять преувеличиваете. Представьте себе биосферу, в которой на протяжении достаточного времени не происходит никаких бурь и катаклизмов. Количественный и видовой состав живых организмов остаётся примерно прежним, на смену одним поколениям приходит примерно равное по численности следующее поколение. В этом случае энтропия живой природы остаётся примерно одинаковой. Т.е. получается, что биосфера никак не влияет на энтропию Вселенной, она стабилизирует свою собственную, тем самым выключая себя из процесса изменения энтропии Вселенной.

Конечно, нельзя отрицать, что в истории и Земли было время, когда жизнь уменьшала энтропию планеты. Это время длилось от момента зарождения жизни до времени её наиболее буйного расцвета, т.е. до мезозоя.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: AdmiralHood от февраля 11, 2012, 16:14:50
Цитата: Влад от февраля 11, 2012, 16:07:59
"Более" - это количественное отличие, а не качественное.
Количество имеет обыкновение переходить в качество :~) По крайней мере, если дедушка Гегель не врал.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: AdmiralHood от февраля 11, 2012, 16:18:16
Цитата: Дж. Тайсаев от февраля 11, 2012, 16:12:27
Цитата: AdmiralHood от февраля 11, 2012, 15:56:19
Цитата: novice от февраля 11, 2012, 09:25:04
Чем сложнее живое существо, тем легче наблюдать, насколько разной может быть реакция/действия при изменении внешней среды.
ОК, наконец-то мы пришли к более-менее правдоподобному утверждению: Живые существа отличаются от неживых объектов более широким спектром реакций на внешние воздействия.
там главное не в спектре реакций, а в неадекватности этих реакций, как сказал Грегори Бэйтсон "Пнуть камень и пнуть собаку, две больше разницы"
И у кого, по-вашему, реакция более неадекватна — у камня или у собаки?
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Влад от февраля 11, 2012, 16:44:01
Цитата: AdmiralHood от февраля 11, 2012, 16:14:50
Цитата: Влад от февраля 11, 2012, 16:07:59
"Более" - это количественное отличие, а не качественное.
Количество имеет обыкновение переходить в качество :~) По крайней мере, если дедушка Гегель не врал.
Я этим дедушкам не верю.
Но, даже если принять подобную точку зрения, то необходимо указать в каком месте, в какое время, какое количество перешло в какое качество.
И если подобный переход не чудо совершившееся по молитвам святым Геогрию, Карлу, Фёдору, Владимиру......, то наверно надо бы разобраться в механизме явления народу этого нового, до того не воплощавшегося в материю качества.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Дж. Тайсаев от февраля 11, 2012, 17:02:12
Цитата: AdmiralHood от февраля 11, 2012, 16:18:16
И у кого, по-вашему, реакция более неадекватна — у камня или у собаки?
Ну разумеется у собаки. Под неадекватностью я подразумеваю ответную реакцию которая по силе либо непропорционально самому воздействию сильнА (положительная обратная связь), либо непропорционально слаба (отрицательная обратная связь) и по качеству реакции также может отличаться
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: AdmiralHood от февраля 11, 2012, 17:41:41
Цитата: Влад от февраля 11, 2012, 16:44:01
Я этим дедушкам не верю.
Но, даже если принять подобную точку зрения, то необходимо указать в каком месте, в какое время, какое количество перешло в какое качество.
И если подобный переход не чудо совершившееся по молитвам святым Геогрию, Карлу, Фёдору, Владимиру......, то наверно надо бы разобраться в механизме явления народу этого нового, до того не воплощавшегося в материю качества.

А я вот верю. Мутировали-мутировали динозавры, миллионы лет мутировали. И вдруг — рраз! — птицы!
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Влад от февраля 11, 2012, 17:56:36
А, помню эту сказку: Североамериканские тираннозавры сразу в рождественских индеек.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: AdmiralHood от февраля 11, 2012, 18:29:51
Цитата: Влад от февраля 11, 2012, 17:56:36
А, помню эту сказку: Североамериканские тираннозавры сразу в рождественских индеек.
Сначала один еврейский мальчик стал Богом, а потом уже некоторые обычные индейки стали рождественскими.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Дж. Тайсаев от февраля 11, 2012, 18:40:06
гегелевский переход количественных изменений в новое качество в теории эволюции прослеживается элементарно. Это если например изолированная популяция, путём мутационных изменений будет всё больше отдаляться от номинальной формы, а новое качество произойдёт дискретно, как раз в тот момент, когда эти изменения не достигнут такого порога, при котором географическая изоляция не усилится ещё и генетической, невозможностью скрещивания
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: василий андреевич от февраля 11, 2012, 21:14:57
Цитата: AdmiralHood от февраля 11, 2012, 18:29:51
Цитата: Влад от февраля 11, 2012, 17:56:36
А, помню эту сказку: Североамериканские тираннозавры сразу в рождественских индеек.
Сначала один еврейский мальчик стал Богом, а потом уже некоторые обычные индейки стали рождественскими.
А тут нет ничего противоестественного. Есть понятие тепла. Тепло может изменяться только количественно без всякой толковости, пока не появится "мальчик" флуктуации. И окажется, что вдруг появилось новое качество, определяемое как разность температур между отдельными точками пространства. Естественный ток энергии между этими просранствами называется отрицательной работой среды над системой.
  До флуктации имеем неотличимый нуль, после "растаскивания" флуктуации, нечто отрицательное по отношению к нулевой среде. Если это отрицательное заполнится подходящей материей с энергией активации равной "отрицательной выбоине", то это и будет новое качество на фоне неразличимого тепла.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: василий андреевич от февраля 11, 2012, 21:35:06
Цитата: novice от февраля 11, 2012, 13:09:20
Никто и не настаивает на идее вечного двигателя, верно? ;)
Это было бы очень неразумно, крутить колесо ниразу не позавтракав.
  Вопрос в том какой энергией питается живое, завсегда состоящее из косного. Попробуем вообразить, что все атомы-молекулы ведут себя "едущими" в одну сторону, а "живое начало" рулящее движением, "едет" в обратную сторону. О, тут без дедушки с нимбом уж точно не разобраться.
  Но рискнем поверить собственным глазам: все живое и косное умирает/нивелируется - это процесс. Но с другой стороны все живое и косное возрождается/горообразуется - это факт, следующий из процесса нивелирования. Следовательно, есть две системы в одной формации - умирающие и рождаемые за счет процесса умирания.
  И наша задача понять каким образом возрождение достигает уровня более высокого, нежели этот уровень был у вымершего?
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: novice от февраля 12, 2012, 04:23:34
Цитата: AdmiralHood от февраля 11, 2012, 16:13:45
Цитата: novice от февраля 11, 2012, 13:09:20
Это уже неплохо. По крайней мере, есть некая сила, целенаправленно/сознательно/по самой своей сути/по своим физическим свойствам совершающая работу против хаоса.
Боюсь, вы опять преувеличиваете. Представьте себе биосферу, в которой на протяжении достаточного времени не происходит никаких бурь и катаклизмов. Количественный и видовой состав живых организмов остаётся примерно прежним, на смену одним поколениям приходит примерно равное по численности следующее поколение. В этом случае энтропия живой природы остаётся примерно одинаковой. Т.е. получается, что биосфера никак не влияет на энтропию Вселенной, она стабилизирует свою собственную, тем самым выключая себя из процесса изменения энтропии Вселенной.
Если даже в биосфере не происходит никаких бурь и катаклизмов, видовой и количественный состав, думаю, будет меняться в сторону усложнения. Эволюция будет идти своим чередом, запасы дров/торфа/угля будут увеличиваться. Т.е., все-таки концентрация энергии на Земле будет потихоньку увеличиваться за счет привлечения энергии Солнца. Если это не так, поправьте меня.
Но, по существу, Вы правы - и живому и неживому свойственны как рассеяние, так и концентрация энергии. Снова придется вводить новые сущности - а так не хотелось бы...
Цитата: AdmiralHood от февраля 11, 2012, 04:39:03
Цитата: novice от февраля 11, 2012, 03:12:57
Вы правы, требуется корректировка первоначального тезиса. Придется ввести вероятность. Утверждение "живая природа (система) концентрирует энергию" является достоверным, утверждение "неживая природа (система) концентрирует энергию" является случайным.
Или так - живая природа является субъектом концентрации энергии, неживая природа - объектом.
Опять же, что-то смущает меня в этом определении. Образование планеты из пылевого облака неслучайно. Если нет чего-то, что разгоняет частицы в стороны, то рано или поздно оно под действием собственной гравитации соберётся в планету и/или звезду. Или, скажем, спутник типа Луны за счёт приливного трения отсасывает вращательную энергию у планеты. Это тоже вполне закономерный и устойчивый процесс, сходный с тем, что происходит в живой природе. Растения отсасывают и накапливают часть энергии Солнца, Луна отсасывает и накапливает часть энергии Земли. С другой стороны, дерево не может по собственному желанию перестать расти, это некий механизм с предопределёнными свойствами. В общем, если в данном случае принципиальная разница между деревом и Луной есть, то она от меня ускользает...
Живая система является стабильной, т.е. способной существовать неограниченно долго, если она  концентрирует энергию. Сама мысль применения градиента концентрации энергии для различения живого и неживого возникла при поиске критерия устойчивости живых систем.  Вроде бы, из известных мне данных, получается, что живая система при накоплении некоторого порогового количества энергии "находит" способ ее утилизировать (эволюционирует). Неживая система при некотором количестве энергии становится нестабильной и либо распадается, либо рассеивает энергию.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: василий андреевич от февраля 12, 2012, 09:47:54
Цитата: novice от февраля 12, 2012, 04:23:34
Живая система является стабильной, т.е. способной существовать неограниченно долго, если она  концентрирует энергию. Сама мысль применения градиента концентрации энергии для различения живого и неживого возникла при поиске критерия устойчивости живых систем.  Вроде бы, из известных мне данных, получается, что живая система при накоплении некоторого порогового количества энергии "находит" способ ее утилизировать (эволюционирует). Неживая система при некотором количестве энергии становится нестабильной и либо распадается, либо рассеивает энергию.
Система живых организмов не является стабильной, это всегда "вспышки" временного пристанища энергомассы в компактной форме жизнедеятельного функционирования косных блоков. Суммарная концентрация при этом мизерна, скорее это задержка вещества, проходящего сквозь организм. А вот всё, что мы считаем концентрацией за счет жизнедеятельности - это результат работы живого, изменяющего геологическую среду. Эта геологическая среда образовалась бы и без жизнедеятельности, но в совершенно другой форме.
  Косная система разрушается, когда внешнее воздействие превышает энергию активации, консолидирующую систему. Система организмов (экосистема) разрушается, когда внешнее воздействие разрывает коммуникативные связи организмов. Стабильность экосистемы зависит от того, насколько быстро она может избавляться от дестабилизирующих ее факторов путем рассеяния кинетики взаимодействия в атмосферу и недра.
  Захороненная органика, это не целенаправленный труд живого, это естественное взаимодействие живого и косного, развивающегося параллельными путями. При этом эволюционируют, как недра, переваривающие свою земную кору, так и экосистемы, оказывающиеся в новой обстановке, благодаря истощению ресурсов доступного углерода.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Влад от февраля 13, 2012, 10:12:23
Цитата: Дж. Тайсаев от февраля 11, 2012, 18:40:06
гегелевский переход количественных изменений в новое качество в теории эволюции прослеживается элементарно. Это если например изолированная популяция, путём мутационных изменений будет всё больше отдаляться от номинальной формы, а новое качество произойдёт дискретно, как раз в тот момент, когда эти изменения не достигнут такого порога, при котором географическая изоляция не усилится ещё и генетической, невозможностью скрещивания
Только ещё Дарвин утверждал: "Природа щедра на разнообразие но скупа на нововведения."
То есть мы возвращаемся к вопросам о гомологических рядах, о богатстве генома предков, о глазах медуз и т.д.
К вопросу: "Возникает ли в результате эволюции что нибудь качественно новое?"

Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Дж. Тайсаев от февраля 13, 2012, 10:33:28
Цитата: Влад от февраля 13, 2012, 10:12:23
Только ещё Дарвин утверждал: "Природа щедра на разнообразие но скупа на нововведения."
То есть мы возвращаемся к вопросам о гомологических рядах, о богатстве генома предков, о глазах медуз и т.д.
То есть к вопросу: "Возникает ли в результате эволюции что нибудь качественно новое?"
за миллионы лет даже скудные мутации могут многое дать, тем более, что как выясняется есть ещё не совсем изученные механизмы направленности мутаций и рекомбинаций генов
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: василий андреевич от февраля 13, 2012, 14:40:00
Но до гена то как доскакать? Не цепью же отбора случайностей? Допустим, ген - это концентрированная/сжатая информация, которая "разворачивается" клеткой. Но тогда должна была когда-то быть клетка без гена. Но что заставит нас посчитать такую клетку живой? Механическое деление?
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: LUCA от февраля 14, 2012, 12:20:03
Цитата: василий андреевич от февраля 13, 2012, 14:40:00
Но до гена то как доскакать? Не цепью же отбора случайностей? Допустим, ген - это концентрированная/сжатая информация, которая "разворачивается" клеткой. Но тогда должна была когда-то быть клетка без гена. Но что заставит нас посчитать такую клетку живой? Механическое деление?
Идею можно выразить сжатой фразой. Жизнь началась, когда началась дарвиновская эволюция - то есть когда формы не просто изменялись, а когда изменялась наследственная память путём отбора.
Другими словами жизнь началась с наследственной памяти и связанной с ней напрямую дарвиновской эволюцией.
У кристаллов тоже есть память, но память эта такова, что она никак не обеспечивает того, что мы подразумеваем под дарвиновской эволюцией - способностью к возинкновению новых более успешно конкурирующих форм.
Вряд ли стотит представлять ген излишне механистично - обязательно как РНК или что-то в этом роде. Это могли быть и "химические вихри" - метаболические сети из химических циклов, которые "попали под контроль" сначала олигомерных, затем полимерных молекул РНК. И что здесь первично - трудно сказать. Сработал эффект арки - арку трудно сделать напрямую, но создав подпорку, на ней можно выстроить арку, а подпорку затем убрать.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: valdeil от февраля 14, 2012, 20:49:15
Цитата: LUCA от февраля 14, 2012, 12:20:03
Идею можно выразить сжатой фразой. Жизнь началась, когда началась дарвиновская эволюция - то есть когда формы не просто изменялись, а когда изменялась наследственная память путём отбора.
Другими словами жизнь началась с наследственной памяти и связанной с ней напрямую дарвиновской эволюцией.
Если возник единственный первый на планете организм - то живым его считать не будем? Ведь память он ни от кого не унаследовал, и эволюционная история его как организма- нулевая. И если потомки этого организма в первых поколениях имели неизмененную наследственную память, то, получается, они тоже ещё не живые?  
А относительно записи наследственной информации в сети химических реакций - то не напрасно живет в народе выражение:"вилами по воде писано". Всё же не жесткий носитель...
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: LUCA от февраля 14, 2012, 21:09:56
Цитата: valdeil от февраля 14, 2012, 20:49:15
Если возник единственный первый на планете организм - то живым его считать не будем? Ведь память он ни от кого не унаследовал, и эволюционная история его как организма- нулевая. И если потомки этого организма в первых поколениях имели неизмененную наследственную память, то, получается, они тоже ещё не живые?  
Важнее не само определение "живой", а рассмотрение конкретных механизмов, которые привели к тому, что мы интуитивно воспринимаем как живые системы.
Аналогия - яблоко зелёное, затем зреет, постепенно становится красным. Какими бы ни были важными  абстракции "зелёный" и "красный", суть рассмотрения процессов не в них, а в конкретике.
Цитата: valdeil от февраля 14, 2012, 20:49:15
А относительно записи наследственной информации в сети химических реакций - то не напрасно живет в народе выражение:"вилами по воде писано". Всё же не жесткий носитель...
Это - отдельная тема, вряд ли такого рода уровнем обсуждения можно её адекватно охватить.
Одна из ключевых слабостей ортодоксальной модели мира РНК - очень низкая информационная ёмкость ЗНАЧАЩЕЙ части РНК-генома - около 10 т.п.н. Конечно мутировать может и большая последовательность РНК, но, как выразился Эйген, это будет просто химической, но не дарвиновской эволюцией.

Такого рода объём генома неспособен поддерживать даже минимальный метаболизм, не говоря уже об обеспечении кодируемого белкового синтеза, а последний никак не смог возникнуть ПОСЛЕ возникновения куда менее мутабильных ДНК-геномов и потому облдающих на 5 и более порядков большей информационной емкостью.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: василий андреевич от февраля 15, 2012, 10:32:57
Цитата: LUCA от февраля 14, 2012, 12:20:03
жизнь началась с наследственной памяти и связанной с ней напрямую дарвиновской эволюцией.
... Сработал эффект арки - арку трудно сделать напрямую, но создав подпорку, на ней можно выстроить арку, а подпорку затем убрать.
Если считать, что переход от не жизни к жизни - условность, то абиогенез - это процесс естественного физико-химического процесса "усложнения" органической молекулы. Т.е. теже грабли, что и в палеонтологическом ЕО. Но грабили таковы же и в косной эволюции, во всяком случае должны быть, если мы не хотим все свалить на гиперслучайность единственности в своем роде.
  А для косного усложнения есть один принципиальный путь. Это работа по созиданию отрицательного/консолидирующего взаимодействия между элементами системы. Но такая выработка связей может осуществляться только на фоне распадов многочиленных проб природы. Это и есть отбор за право быть в равновесии потенциального минимума. В раннем абиогенезе для ДНК такого минимума быть не может. Следовательно, такой минимум создается цепочками гибели полимерных структур, высвобождающих место для следующей "продвинутой" структуры. Такого рода схождение/сжатие "информации" конвергентно, допустим, как постепенно-последовательное гибель-рассеяние многих структур с разными градиентами рассеяния в одну из вариаций полимера. И этот полимер должен будет унаследовать "лучшие" части от полимеров предшественников. При этом процесс распада "продвинутого" полимера уже будет процессом, высвобождающим химические связи для совершенно определенных химических блоков от других распадающихся полимеров.
  Почему так?, да только потому, что именно такие процессы находятся в согласии с принципами эволюции при постоянном росте энтропии и стремлении к миниму энергии.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Oleg_Dm от февраля 16, 2012, 14:18:24
Я бы не стал разделять жизнь по наследственной памяти, логично что для воспроизводства нужна запись информации, но эта запись на основе химических молекул, чем сложнее молекула тем больше можно записать, но простая молекула все равно обладает информацией - собственно спектром своих химических реакций, поэтому процесс все более сложного процесса самокатализа нигде нельзя разорвать и сказать справа жизнь слева не жизнь. Если хочется определенности можно искуственно задать границу - клетка, понимая что на самом деле границы нет. тогда вирус - не жизнь, клетка жизнь. Поставим границу в другом месте изменим классификацию опять. Смысла нет.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: ConnieW от февраля 28, 2012, 07:44:44
Цитата: Oleg_Dm от февраля 16, 2012, 14:18:24
Я бы не стал разделять жизнь по наследственной памяти, логично что для воспроизводства нужна запись информации, но эта запись на основе химических молекул, чем сложнее молекула тем больше можно записать, но простая молекула все равно обладает информацией - собственно спектром своих химических реакций, поэтому процесс все более сложного процесса самокатализа нигде нельзя разорвать и сказать справа жизнь слева не жизнь. Если хочется определенности можно искуственно задать границу - клетка, понимая что на самом деле границы нет. тогда вирус - не жизнь, клетка жизнь. Поставим границу в другом месте изменим классификацию опять. Смысла нет.
Вы размываете границу между наследственной информацией-текстом и "информацией" - "спектром химическим реакций", забываете о самовоспроизведении, и фантазируете о "процессе все более сложного процесса самокатализа". Если так размыть, забыть и профантазировать, то тогда границ между жизнью и нежизнью не существует.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Oleg_Dm от февраля 29, 2012, 09:18:01
Цитата: ConnieW от февраля 28, 2012, 07:44:44
Вы размываете границу между наследственной информацией-текстом и "информацией" - "спектром химическим реакций", забываете о самовоспроизведении, и фантазируете о "процессе все более сложного процесса самокатализа". Если так размыть, забыть и профантазировать, то тогда границ между жизнью и нежизнью не существует.
Вас это расстраивает лично или вы считаете что граница между жизнью и нежизнью фундаментальная научная константа, нарушив которую весь мир засосет в черную дыру?

И еще раз - все молекулы обладают информацией, соединяя их в более крупные молекулы мы отсекаем часть исходной информации и получаем новую информацию на основе комбинаций из кусков старой. Чем больше молекула тем сложнее ее поведение и тем больше несет она информации. Как только появляется молекула способная к автокатализу и воспроизведению себя это уже ваша наследственная память. Поэтому еще раз повторяю границу устанавливает человек. Ну а дальше вы сами фантазируйте - хотите считайте, что живое только что освящено в церкви и окроплено святой водой, а остальное не живое.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Дж. Тайсаев от февраля 29, 2012, 09:26:39
Цитата: Oleg_Dm от февраля 29, 2012, 09:18:01
Цитата: ConnieW от февраля 28, 2012, 07:44:44
Вы размываете границу между наследственной информацией-текстом и "информацией" - "спектром химическим реакций", забываете о самовоспроизведении, и фантазируете о "процессе все более сложного процесса самокатализа". Если так размыть, забыть и профантазировать, то тогда границ между жизнью и нежизнью не существует.
Вас это расстраивает лично или вы считаете что граница между жизнью и нежизнью фундаментальная научная константа, нарушив которую весь мир засосет в черную дыру? К чему был весь этот поток сознания о "фантазиях" чтобы увести тему подальше от науки и поближе к демагогии и креационизму?

Если вам не понятно повторяю еще раз - все молекулы обладают информацией, соединяя их в более крупные молекулы мы отсекаем часть исходной информации и получаем новую информацию на основе комбинаций из кусков старой. Чем больше молекула тем сложнее ее поведение и тем больше несет она информации. Как только появляется молекула способная к автокатализу и воспроизведению себя это уже ваша наследственная память. Поэтому еще раз повторяю границу устанавливает человек. Ну а дальше вы сами фантазируйте - хотите считайте, что живое только что освящено в церкви и окроплено святой водой, а остальное не живое.
Полностью согласен с Олегом, иначе как высказался Сергей, мы столкнёмся с проблемой внезапно выскакивающего чёртика. Чем больше читаю, тем больше прихожу к мнению, что если брать во всяком случае первичный биогенез, тогда выходит, что Докинз не так уж и не прав. Фактически автокаталитическая система нуклеиновой кислоты просто напросто наращивала вокруг себя сначала ферментный комплекс, а затем ещё и структурный комплекс белков лишь для себя любимой и мы не более чем репликанты для всесильного ДНК. В этом случае отпадает главная загадка, как белковая структура и нуклеиновая кислота смогли сговориться
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Oleg_Dm от февраля 29, 2012, 09:45:36
Логично, белок изначально был простейшим катализатором реакций способный воспроизводиться в гиперцикле записанном в РНК. Чем сложнее система тем более катализаторная молекула становилась белком. Их эволюция шла паралельно и сговариваться им было попросту не нужно.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: ConstPopper от февраля 29, 2012, 13:28:26
Цитата: Oleg_Dm от февраля 29, 2012, 09:18:01
Вас это расстраивает лично или вы считаете что граница между жизнью и нежизнью фундаментальная научная константа, нарушив которую весь мир засосет в черную дыру?
Странный вопрос. Смесь ad hominem и вопроса, который можно задать к 99% утверждений на форуме.

Цитата: Oleg_Dm от февраля 29, 2012, 09:18:01И еще раз - все молекулы обладают информацией, соединяя их в более крупные молекулы мы отсекаем часть исходной информации и получаем новую информацию на основе комбинаций из кусков старой.
Это если исходить из "информации" как вмятине на асфальте. Можно называть информацией абсолютно все на свете (заодно делая термин тривиально-ненужным). Но то, что молекулы ДНК содержат текстовую информацию, которая может декодироваться информационной системой,а "все молекулы" -нет, это научный факт.

Цитата: Oleg_Dm от февраля 29, 2012, 09:18:01Чем больше молекула тем сложнее ее поведение и тем больше несет она информации.
Это в общем неверно не только для текстовой информации, но и для "общей информации". Ну, разве что только если информацию не мерить килограммами.

Цитата: Oleg_Dm от февраля 29, 2012, 09:18:01Как только появляется молекула способная к автокатализу и воспроизведению себя это уже ваша наследственная память.
Моя? Нет уж, увольте :). Моя наследственная память (что бы это ни значило) устроена по-другому. И информационная молекула не способна к автокатализу, кстати.

Цитата: Oleg_Dm от февраля 29, 2012, 09:18:01Поэтому еще раз повторяю границу устанавливает человек. Ну а дальше вы сами фантазируйте - хотите считайте, что живое только что освящено в церкви и окроплено святой водой, а остальное не живое.
Первое слово ("Поэтому") - не вводит на самом деле логическое следствие. Можно, конечно, считать, например, что нижняя часть Oleg_Dm вместе со стулом - это информационное живое, а верхняя, вместе с клавиатурой - информационное и неживое (ведь все в мире информационное), или наоборот, но это будет ваш личный произвол, которым, я уверен, вы пользуетесь только для решения частных задач (например, чтобы показать, что все в мире живое, информационное и сложное).
Альтернативой этому "свободному полету научной мысли" являются более-менее четкие понятия со своими критериями.
Есть текстовая информация, есть САМОвоспроизводящиеся информационные системы. Соответственно, молекулы, даже если они аутокатализируются, - не живые, и не содержат текстовую информацию в общем случае.
Вирусы - содержат НК с текстовой информацией, но не самовоспроизводятся, поэтому - не живые. Здесь нет произвола, термины четкие, сущности - достаточно четко отграниченные, логические рассуждения с ними - содержательные и нетривиальные, поскольку оперируют не с "любой молекулой".
Тут даже не в приоритетах терминологии дело. Если вам нравится называть информацией любое свойство молекулы, то - флаг вам в руки. Давайте называть вашу "информацию" просто информацией, а мою "текстовой" информацией, и будем оба довольны.
Только нужно помнить, что это не одно и то же, и что ДНК содержит текстовую информацию, а "любая молекула" - далеко не всегда. И что, например, мутация может обнулить "текстовую информацию", а для "универсальной информации любой молекулы" ничего не случится - килограммы те же...
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: ConstPopper от февраля 29, 2012, 13:30:35
Цитата: Дж. Тайсаев от февраля 29, 2012, 09:26:39
Фактически автокаталитическая система нуклеиновой кислоты просто напросто наращивала вокруг себя сначала ферментный комплекс, а затем ещё и структурный комплекс белков лишь для себя любимой и мы не более чем репликанты для всесильного ДНК.
Скорее, только, не "Фактически", а "Гипотетически" или "Игра воображения рисует мне, как".
Так будет адекватнее...
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: ConstPopper от февраля 29, 2012, 13:32:53
Цитата: Oleg_Dm от февраля 29, 2012, 09:45:36
Логично, белок изначально был простейшим катализатором реакций способный воспроизводиться в гиперцикле записанном в РНК. Чем сложнее система тем более катализаторная молекула становилась белком. Их эволюция шла паралельно и сговариваться им было попросту не нужно.
Не могли бы вы поставить еще несколько запятых, а то не совсем понятно.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Oleg_Dm от февраля 29, 2012, 13:46:57
Цитата: ConstPopper от февраля 29, 2012, 13:28:26
Странный вопрос. Смесь ad hominem и вопроса, который можно задать к 99% утверждений на форуме.

Далее следует какая то антинаучная х-ня

Ни слова по делу, единственная ваша мысль "молекулы ДНК содержат текстовую информацию, которая может декодироваться информационной системой". Значит лет 50 назад когда пресловутых систем прочтения молекул ДНК не было никакой информации она не несла? Ай какая досада. А то что буквы, которые вы считаете "текстовой информацией" не что иное как сокращенные названия молекул, входящих в ДНК и своими физико-химическими кодирующие ее свойства, вы просто игнорируете. Ну конечно зачем себя утруждать учебниками, ведь ваше мнение единственное верное и научный факт, инфа 100%, вы гарантируете это.


Название: Re: Абиогенез
Отправлено: ConstPopper от февраля 29, 2012, 14:06:02
Цитата: Oleg_Dm от февраля 29, 2012, 13:46:57
Цитата: ConstPopper от февраля 29, 2012, 13:28:26
Странный вопрос. Смесь ad hominem и вопроса, который можно задать к 99% утверждений на форуме.

Далее следует какая то антинаучная х-ня
Уважаемый Oleg_Dm, давно на этом форуме так принято писать? Я, наверное, отстал от современных норм ведения дискуссии :).

Цитата: Oleg_Dm от февраля 29, 2012, 13:46:57Ни слова по делу, единственная ваша мысль "молекулы ДНК содержат текстовую информацию, которая может декодироваться информационной системой". Значит лет 50 назад когда пресловутых систем прочтения молекул ДНК не было никакой информации она не несла? Ай какая досада.
Уважаемый Oleg_Dm. И 50 лет назад, и 5000 лет назад "системы прочтения молекул ДНК" были (в самих клетках, что самое главное), и ДНК успешно несла текстовую информацию. Может быть вы хотели сказать, что люди об этом не знали? -Совершенно верно, так же как не знали, например, о цикле Кребса, нейтрино или кварках. Но я надеюсь, вы не считаете, что пока мы о чем-то не узнали, этого не существует?

Цитата: Oleg_Dm от февраля 29, 2012, 13:46:57А то что буквы, которые вы считаете "текстовой информацией" не что иное как сокращенные названия молекул, входящих в ДНК и своими физико-химическими кодирующие ее свойства, вы просто игнорируете. Ну конечно зачем себя утруждать учебниками, ведь ваше мнение единственное верное и научный факт, инфа 100%, вы гарантируете это.
Мой наивный и непосредственный Oleg_Dm! Конечно же я не считаю названия молекул тождественными самим молекулам. Просто аппарат генетического кода удовлетворяет понятиям теории формальных языков, и для того, чтобы сделать вывод, является ли объект текстом, не важно, как он реализован - типографской краской на бумаге, намагниченностью ячеек памяти или нуклеотидами.

...Какой-то странный у вас подход к терминологии: в отношении информации - предельно общЁ, в отношении текста - предельно узко...
Ну да ладно.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Oleg_Dm от февраля 29, 2012, 14:16:14
Цитата: ConstPopper от февраля 29, 2012, 14:06:02
я, наверное, отстал от современных норм ведения дискуссии. :) Я думал, намного будет... Намного лучше будет это все. И очень плохая дисскуссия, просто очень плохая дисскуссия! Я думал, намного лучше это все будет. Сколько раз сюда ходи-и-и-л — было намного лучше, но на этот раз как-то не удало-ось. Во-первых, народу мало, дисскуссия... Не очень.

Значит системы прочтения информации существовали оказывается и раньше? Вы  решили принести нам это знание и хотите об этом поговорить? Про нейтрино тоже хорошо написано, слово умное, можно придать оттенок наукобразия своим словам.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Oleg_Dm от февраля 29, 2012, 14:24:21
Цитата: ConstPopper от февраля 29, 2012, 14:06:02
Тут даже не в приоритетах терминологии дело. Если вам нравится называть информацией любое свойство молекулы, то - флаг вам в руки. Давайте называть вашу "информацию" просто информацией, а мою "текстовой" информацией, и будем оба довольны.
Только нужно помнить, что это не одно и то же, и что ДНК содержит текстовую информацию, а "любая молекула" - далеко не всегда. И что, например, мутация может обнулить "текстовую информацию", а для "универсальной информации любой молекулы" ничего не случится - килограммы те же...

Вы вернулись к исходному утверждению - как вы назовете "жизнь", "вашу текстовую информацию" так она и будет. И если вы не можете считать информацию с любой молекулы это означает лишь несовершенство вашего считывающего оборудования а не мистическая граница на которой вы настаиваете. И мутация обнулит лишь ту информацию что была, но создаст новую взамен. В общем кончайте с демагогией и попытками строить из себя гуру называя научных сотрудников наивными, здесь ваши штучки не пройдут.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: novice от февраля 29, 2012, 14:35:37
Цитата: ConstPopper от февраля 29, 2012, 13:28:26
Есть текстовая информация, есть САМОвоспроизводящиеся информационные системы. Соответственно, молекулы, даже если они аутокатализируются, - не живые, и не содержат текстовую информацию в общем случае.
Вирусы - содержат НК с текстовой информацией, но не самовоспроизводятся, поэтому - не живые. Здесь нет произвола, термины четкие, сущности - достаточно четко отграниченные, логические рассуждения с ними - содержательные и нетривиальные, поскольку оперируют не с "любой молекулой".
В целом, Ваша позиция похожа на правду. Не могли бы Вы сформулировать, где, по Вашему мнению, граница между живым и неживым? Вы проводите ее по способности  информационных систем воспроизводиться?
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: ConstPopper от февраля 29, 2012, 14:36:07
Цитата: Oleg_Dm от февраля 29, 2012, 14:16:14
я, наверное, отстал от современных норм ведения дискуссии. :) Я думал, намного будет... Намного лучше будет это все. И очень плохая дисскуссия, просто очень плохая дисскуссия! Я думал, намного лучше это все будет. Сколько раз сюда ходи-и-и-л — было намного лучше, но на этот раз как-то не удало-ось. Во-первых, народу мало, дисскуссия... Не очень.
Гм... Давайте-ка лучше на этой мажорной ноте с вами закруглимся.. Скоро весна....
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Oleg_Dm от февраля 29, 2012, 14:53:00
Цитата: novice от февраля 29, 2012, 14:35:37
В целом, Ваша позиция похожа на правду. Не могли бы Вы сформулировать, где, по Вашему мнению, граница между живым и неживым? Вы проводите ее по способности  информационных систем воспроизводиться?

Насколько я понял он настаивает что если система расшифровки ДНК, придуманная человеком, сможет прочитать с ДНК некую "текстовую информацию" то если согласно теории "формальных языков", придуманной человеком окажется что это информация а не бессмысленный шум, то это жизнь, иначе нет.

Я же думаю столько исскуственных если, придуманных человеком не могут быть надежным критерием для определения жизни. По его логике кристаллы памяти будут живыми.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: ConstPopper от февраля 29, 2012, 15:01:13
Цитата: novice от февраля 29, 2012, 14:35:37
Цитата: ConstPopper от февраля 29, 2012, 13:28:26
Есть текстовая информация, есть САМОвоспроизводящиеся информационные системы. Соответственно, молекулы, даже если они аутокатализируются, - не живые, и не содержат текстовую информацию в общем случае.
Вирусы - содержат НК с текстовой информацией, но не самовоспроизводятся, поэтому - не живые. Здесь нет произвола, термины четкие, сущности - достаточно четко отграниченные, логические рассуждения с ними - содержательные и нетривиальные, поскольку оперируют не с "любой молекулой".
В целом, Ваша позиция похожа на правду. Не могли бы Вы сформулировать, где, по Вашему мнению, граница между живым и неживым? Вы проводите ее по способности  информационных систем воспроизводиться?
Тут, ИМХО, даже вопрос не в правде, а в юзабилити терминов. Ну какой смысл в терминах, которые описывают свойство, имеющееся у ВСЕГО? С такими терминами мы можем построить только самые общие и, в целом, тривиально-трюистические выводы. Что-то нетривиальное (и фальсифицируемое в том числе) мы утверждаем, если отграничиваем какую-то маленькую часть от ВСЕГО.

В нашем случае, у нас есть

1. молекулы, участвующие в химических реакциях аутокатализа, типа: 2MnO4− + 5C2O42− + 16H+ = 2Mn2+ + 10CO2 + 8H2O
2. вирусы
3. клетки

Можно найти, что у них общего, например, то, что они все состоят из кварков, или что у них есть "информация" итп.
Но очевидно, что группа 1 не содержит текстовой информации, хотя и "самовоспроизводится"
Группа 2 содержит текстовую информацию, но не самовоспроизводится.
А группа 3 и содержит текстовую информацию, и воспроизводится. То есть это - самовоспроизводящиеся автоматы фон Неймана. Закономерен вопрос, почему мы выбрали именно эти два критерия, а не, например, вопрос - содержит ли объект атомы селена и циркония или нет (или любой другой признак).
Но ведь именно ДНК, самовоспроизведение - и есть та автономность, пластичность, изменчивость, саморегуляция, которая и отличает живое от неживого. Вирусы сами не самозарождаются и ни во что (кроме как в ничто в результате деградации) не превращаются. Хроматы и манганаты "самовоспроизводятся" вечно, ни на йоту не отступая от детерминирующего их "жизнь" химического закона.

Название: Re: Абиогенез
Отправлено: ConstPopper от февраля 29, 2012, 15:11:18
Кстати, если говорить в контексте темы абиогенеза, то
1. вирусы - не самозарождаются, т.е. это не кандидаты в "протобионты"
2. разнообразные аутокаталитические олигополимеры типа пептидов Гадири - "тупики эволюции": их нашли, синтезировали, они катализируют собственный синтез - и всё, можно строго доказать (предлагая замены в пептиде), что ни во что друго они не сэволюционируют.
(Рибозим tC19z еще не подходит на роль "самовоспроизводящегося" - не решен вопрос с праймерами, и копировать он может только короткие РНК, сам быстро распадаясь).
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: novice от февраля 29, 2012, 15:12:03
Цитата: Oleg_Dm от февраля 29, 2012, 14:53:00
Я же думаю столько исскуственных если, придуманных человеком не могут быть надежным критерием для определения жизни. По его логике кристаллы памяти будут живыми.
Любое определение, сделанное человеком, содержит некоторую часть реальности. Сама реальность значительно сложнее, Вы правы.
Но в исследовательских целях дать определение живой природы или ее отличия от неживой, по-моему, стоит попытаться.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Mr. B от февраля 29, 2012, 15:38:51
Цитата: novice от февраля 29, 2012, 15:12:03
Но в исследовательских целях дать определение живой природы или ее отличия от неживой, по-моему, стоит попытаться.
Характерные признаки живого, обычно, позволяют однозначно его идентифицировать, если речь идёт о современных организмах. В демаркации того, что было на разных этапах абиогенеза, нет острой необходимости. Называть их живыми, либо неживыми можно довольно произвольно. Здесь что-то вроде дилеммы кучи, не более того. И никак не "глобальная проблема биологии", как это иногда пытаются подать.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: novice от февраля 29, 2012, 15:47:24
Цитата: ConstPopper от февраля 29, 2012, 15:01:13
А группа 3 и содержит текстовую информацию, и воспроизводится. То есть это - самовоспроизводящиеся автоматы фон Неймана.
Если жизнь - это автоматы фон Неймана, то достаточно построить самовоспроизводящиеся автоматы для моделирования живых организмов. Боюсь, что в процессе построения таких автоматов выяснится, что "при существующем уровне технологии это невозможно".

Цитата: ConstPopper от февраля 29, 2012, 15:01:13Закономерен вопрос, почему мы выбрали именно эти два критерия, а не, например, вопрос - содержит ли объект атомы селена и циркония или нет (или любой другой признак).
Критерии, действительно, могут быть любыми. Главное, чтобы созданная на их основе теория могла применяться на практике.

Цитата: ConstPopper от февраля 29, 2012, 15:01:13
Но ведь именно ДНК, самовоспроизведение - и есть та автономность, пластичность, изменчивость, саморегуляция, которая и отличает живое от неживого.
Способность самовоспроизводиться с помощью текстовой информации, несомненно, является одной из особенностей живой природы. Необходимое условие, но не достаточное.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: novice от февраля 29, 2012, 15:59:24
Цитата: Mr. B от февраля 29, 2012, 15:38:51
Цитата: novice от февраля 29, 2012, 15:12:03
Но в исследовательских целях дать определение живой природы или ее отличия от неживой, по-моему, стоит попытаться.
Характерные признаки живого, обычно, позволяют однозначно его идентифицировать, если речь идёт о современных организмах. В демаркации того, что было на разных этапах абиогенеза, нет острой необходимости. Называть их живыми, либо неживыми можно довольно произвольно. Здесь что-то вроде дилеммы кучи, не более того. И никак не "глобальная проблема биологии", как это иногда пытаются подать.
Абсолютно согласен, это вовсе не проблема биологии, т.к. биология изучает именно живую природу. Это проблема науки в более широком смысле. Например, постановка инженерной задачи создания искусственных организмов требует четкого определения, будут ли эти организмы живыми и что под этим подразумевается.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Oleg_Dm от февраля 29, 2012, 16:17:54
Цитата: novice от февраля 29, 2012, 15:12:03
Любое определение, сделанное человеком, содержит некоторую часть реальности. Сама реальность значительно сложнее, Вы правы.
Но в исследовательских целях дать определение живой природы или ее отличия от неживой, по-моему, стоит попытаться.

Ну и дайте то которое вас будет устраивать и вся проблема решена. Я например считаю что граница это клетка - т.е. вирусы, вирионы не жизнь, клетки, органеллы, мимивирус - жизнь. И меня совершенно не растраивает что кто то считает иначе и я не собираюсь никому доказывать что моя точка зрения правильная. Мне так удобно и все. Сделайте себе любую разумную границу и считайте. Никакой здесь проблемы нет.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Дж. Тайсаев от февраля 29, 2012, 17:08:56
мне кажется я понял, в чём тут недопонимание. Возьмём два простейших примера
1. Нуклеиновая кислота катализирует полипептид, полипептид катализирует нуклеиновую кислоту. При этом пептид чужак и никак генезисом с нуклеиновой кислотой не связан. Такую нуклеиновую кислоту нельзя в строго биологическом смысле назвать информационной системой
2. Нуклеиновая кислота катализирует полипептид, при этом каждый триплет нуклеиновой кислоты несёт информацию об отдельном пептиде полипетида, а полипептид точно также катализирует нуклеиновую кислоту. Вот эта система уже безусловно информационная и такая именно система, раз возникнув имеет возможность не оказаться тупиковой
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: ConstPopper от февраля 29, 2012, 17:40:24
Цитата: Дж. Тайсаев от февраля 29, 2012, 17:08:56
мне кажется я понял, в чём тут недопонимание. Возьмём два простейших примера
1. Нуклеиновая кислота катализирует полипептид, полипептид катализирует нуклеиновую кислоту. При этом пептид чужак и никак генезисом с нуклеиновой кислотой не связан. Такую нуклеиновую кислоту нельзя в строго биологическом смысле назвать информационной системой
2. Нуклеиновая кислота катализирует полипептид, при этом каждый триплет нуклеиновой кислоты несёт информацию об отдельном пептиде полипетида, а полипептид точно также катализирует нуклеиновую кислоту. Вот эта система уже безусловно информационная и такая именно система, раз возникнув имеет возможность не оказаться тупиковой
Все хорошо, только надо учесть, что
1. "полипептид, который катализирует нуклеиновую кислоту"  - это серьезная штука. ДНК-полимераза E.coli - это комбайн из 9 субъединиц общей массой 900 кДа. Если ее "катализировать" не матричным синтезом, то чем же?
2. Нуклеиновая кислота должна быть и информационной молекулой, и ферментом-рибозимом?
3. Проблема репарации не раскрыта. Без репарации, с 99%-ной точностью, все быстро выродится.
4. Лучший рибозим на сегодняшний день, tC19z имеет время полураспада до 6 часов.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Дж. Тайсаев от февраля 29, 2012, 20:09:17
Цитата: ConstPopper от февраля 29, 2012, 17:40:24
Все хорошо, только надо учесть, что
1. "полипептид, который катализирует нуклеиновую кислоту"  - это серьезная штука. ДНК-полимераза E.coli - это комбайн из 9 субъединиц общей массой 900 кДа. Если ее "катализировать" не матричным синтезом, то чем же?
2. Нуклеиновая кислота должна быть и информационной молекулой, и ферментом-рибозимом?
3. Проблема репарации не раскрыта. Без репарации, с 99%-ной точностью, все быстро выродится.
4. Лучший рибозим на сегодняшний день, tC19z имеет время полураспада до 6 часов.
Я далёк от молекулярной биологии и даже от генетики, поэтому отвечу по дилетански
1.если у современных прокариот такой комбайн, из этого не следует, что не могли быть более простые аналоги, мог быть просто какой либо активный центр из какого либо металлического радикала в аминокислоте. Ну например такая аминокислота-фермент могла быть привязана только к одному триплету, все прочие триплеты к нуклеиновой кислоте+дополнительная аминокислота к пептиду постепенно пристыковывались в ходе отбора
2.один из нуклеотидов мог быть также привязан с активным центром, катализирующем синтез той самой первичной аминокислоты. А то что катализаторы могут быть довольно простые, даже я знаю. Другой вопрос, что простейшие катализаторы могли не обладать такой специфичностью и могли чего только не катализировать, вероятность ошибок мола быть и выше 90%, но так что же, тем больше спектр для отбора, а требовательности к специфичности тогда и не было, достаточно было, что бы они друг друга катализировали или хотя бы подобные клоны друг друга, а дальше отбор сам всё поставит на место
3.см. пункт 2, дополню только, мы невольно переносим специфичность нынешних организмов на протобионтов. Даже сли сравнить спектр мутаций прокариот и высших животных и то различия чудовищные, а протобионты могли вообще видоизменяться в каких угодно пределах, поскольку ни какой интеграции и взаимозависимости структур ещё не было, достаточно было обеспечить взаимокатализ, а там хоть чёрт, хоть ангел не важно
4.в тех условиях мы не знаем что было, тем более может так и было, распадались и на их место образовывались десятки новых. Некоторые прокариоты не намного дольше живут и для них это не проблема, уверен что нас точно переживут, несмотря на эффемерность индивидуального существования
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Mr. B от февраля 29, 2012, 22:40:14
Цитата: novice от февраля 29, 2012, 15:59:24
Это проблема науки в более широком смысле.
Это не проблема вообще, а лишь только вопрос принимаемой классификации. И в этом я полностью согласен с коллегой Oleg_Dm.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Oleg_Dm от марта 01, 2012, 00:02:19
ConstPopper вам Джабраил абсолютно корректно ответил. Зачем устраивать театр абсурда, еще лет 10 назад мы слышали от креационистов, что не существует самокопирующихся молекул, теперь мы слышим что они дескать мало живут. Поймите наконец что пройдет еще 5,10 лет и откроют намного больше. Что тогда будете придумывать?
Из логики следует что копирующаяся матрица должна была развиваться паралельно  самовосстановлению и репарации, не нужно плодить сущности, все первичные механизмы развивались изначально. Системы которые не могли воспроизводится без "летальных" ошибок приводили к вырождению и исчезновению, системы с репарацией и самокопированием к дальнейшему развитию.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: ConstPopper от марта 01, 2012, 00:48:50
Цитата: Дж. Тайсаев от февраля 29, 2012, 20:09:17
Цитата: ConstPopper от февраля 29, 2012, 17:40:24
Все хорошо, только надо учесть, что
1. "полипептид, который катализирует нуклеиновую кислоту"  - это серьезная штука. ДНК-полимераза E.coli - это комбайн из 9 субъединиц общей массой 900 кДа. Если ее "катализировать" не матричным синтезом, то чем же?
2. Нуклеиновая кислота должна быть и информационной молекулой, и ферментом-рибозимом?
3. Проблема репарации не раскрыта. Без репарации, с 99%-ной точностью, все быстро выродится.
4. Лучший рибозим на сегодняшний день, tC19z имеет время полураспада до 6 часов.
Я далёк от молекулярной биологии и даже от генетики, поэтому отвечу по дилетански
1.если у современных прокариот такой комбайн, из этого не следует, что не могли быть более простые аналоги, мог быть просто какой либо активный центр из какого либо металлического радикала в аминокислоте. Ну например такая аминокислота-фермент могла быть привязана только к одному триплету, все прочие триплеты к нуклеиновой кислоте+дополнительная аминокислота к пептиду постепенно пристыковывались в ходе отбора
2.один из нуклеотидов мог быть также привязан с активным центром, катализирующем синтез той самой первичной аминокислоты. А то что катализаторы могут быть довольно простые, даже я знаю. Другой вопрос, что простейшие катализаторы могли не обладать такой специфичностью и могли чего только не катализировать, вероятность ошибок мола быть и выше 90%, но так что же, тем больше спектр для отбора, а требовательности к специфичности тогда и не было, достаточно было, что бы они друг друга катализировали или хотя бы подобные клоны друг друга, а дальше отбор сам всё поставит на место
3.см. пункт 2, дополню только, мы невольно переносим специфичность нынешних организмов на протобионтов. Даже сли сравнить спектр мутаций прокариот и высших животных и то различия чудовищные, а протобионты могли вообще видоизменяться в каких угодно пределах, поскольку ни какой интеграции и взаимозависимости структур ещё не было, достаточно было обеспечить взаимокатализ, а там хоть чёрт, хоть ангел не важно
4.в тех условиях мы не знаем что было, тем более может так и было, распадались и на их место образовывались десятки новых. Некоторые прокариоты не намного дольше живут и для них это не проблема, уверен что нас точно переживут, несмотря на эффемерность индивидуального существования
"Аминокислота-фермент" и "вероятность ошибок мола быть и выше 90%" - это круто!
"Даже сли сравнить спектр мутаций прокариот и высших животных и то различия чудовищные" - не чудовищные, в принципе, одни и те же - 10-5..10-8, в зависимости от типа мутации..
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: novice от марта 01, 2012, 02:55:34
Цитата: Oleg_Dm от февраля 29, 2012, 16:17:54
Ну и дайте то которое вас будет устраивать и вся проблема решена. Я например считаю что граница это клетка - т.е. вирусы, вирионы не жизнь, клетки, органеллы, мимивирус - жизнь. И меня совершенно не растраивает что кто то считает иначе и я не собираюсь никому доказывать что моя точка зрения правильная. Мне так удобно и все. Сделайте себе любую разумную границу и считайте. Никакой здесь проблемы нет.
Ок, примем как факт, что на данный момент четкого определения жизни нет, каждый определяет его произвольно.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Дж. Тайсаев от марта 01, 2012, 10:36:24
Цитата: ConstPopper от марта 01, 2012, 00:48:50
"Аминокислота-фермент" и "вероятность ошибок мола быть и выше 90%" - это круто!
"Даже сли сравнить спектр мутаций прокариот и высших животных и то различия чудовищные" - не чудовищные, в принципе, одни и те же - 10-5..10-8, в зависимости от типа мутации..
Поясню. Я не имел в виду частоту мутаций, я имел в виду частоту эффективных нелетальных мутаций. Кстати, именно по той простой причине, что генералальная тенденция прогрессивной эволюции это всегда сокращения числа эффективных мутаций, у высших организмов вырабатываются механизмы по сдерживанию мутационного пресса, а низшие напротив, часто его стимулируют, теми же транслокациями и трансдукциями например.
А почему не может быть 90%? Какая разница нуклеиновой кислоте, пока она не имеет ещё обмена веществ и прочих взаимозависимых структур, какая аминокислота или полипептид будет рядом? Лишь бы катализировала её синтез. Мы похожи на аборигена, который нашёл часы на берегу и поражается, будучи уверен что додуматься до такого невозможно, поскольку человеку свойственно наличное считать данностью. Нет конечно. И протобионты могли быть совершенно неспецифичны
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: LUCA от марта 01, 2012, 12:31:20
Цитата: Дж. Тайсаев от марта 01, 2012, 10:36:24
Поясню. Я не имел в виду частоту мутаций, я имел в виду частоту эффективных нелетальных мутаций. Кстати, именно по той простой причине, что генералальная тенденция прогрессивной эволюции это всегда сокращения числа эффективных мутаций, у высших организмов вырабатываются механизмы по сдерживанию мутационного пресса, а низшие напротив, часто его стимулируют, теми же транслокациями и трансдукциями например.
А почему не может быть 90%?
Цитата "Частота ошибочного встраивания у различных РНК-полимераз от 10'3 до 10'5 говорит о том, что каждая реплицированная молекула РНК будет содержать 0.1-10 мутаций (если геномная РНК вируса состоит из 10000 нуклеотидов) (Domingo and Holland, 1997; Sierra et al., 2000; Crotty et al., 2001)" http://www.disser.h10.ru/belousovEV.html То есть даже частоты мутаций в 10 раз меньшей, хватит только на поддержание размера генома 1 т.п.н., а в 100 раз меньшей - 10000 нуклеотидов.
Будет больше значащая часть генома - почти всё потомство будет летальным - катастрофа ошибок.



10000 нуклеотидов в гипотетическом геноме РНК-организма явно не хватит для кодирования информации, связанной с контролем метаболизма. Это - одна из самых главных слабостей модели самодостаточного РНК-мира. Это не значит, что я отрицаю РНК-мир. Это значит, что существенная часть значащей информации до передачи информационной эстафеты ДНК лежала на самих метаболитах. Каких? Большой вопрос. Модели есть. Но они, не смотря на какую-то аргументацию, требуют своего существенного уточнения экспериментом и фактами.


У прокариот тоже есть многочисленные механизмы для уменьшения количества ошибок - наличие всевозможных репарирующих и корректирующих систем.
Однако у эвкариот такого рода корректирующие механизмы намного эффективнее (и естественно энергозатратнее).
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Дж. Тайсаев от марта 01, 2012, 12:44:07
LUCA. Ну хорошо, объясните тогда, как эта проблема могла быть преодолена в абиогенезе? Я имею в виду возможность существования возможность существования настолько простой самореплицирующейся пары нуклеиновая кислота-белок, что можно предположить её возникновение тогда, когда ещё не было наследственной изменчивости, а только голый естественный отбор
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Дж. Тайсаев от марта 01, 2012, 12:45:39
Цитата: LUCA от марта 01, 2012, 12:31:20
Это не значит, что я отрицаю РНК-мир. Это значит, что существенная часть значащей информации до передачи информационной эстафеты ДНК лежала на самих метаболитах. Каких? Большой вопрос. Модели есть. Но они, не смотря на какую-то аргументацию, требуют своего существенного уточнения экспериментом и фактами.
А можно кратко о хотя бы одной такой модели?
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: LUCA от марта 01, 2012, 12:54:43
Цитата: Дж. Тайсаев от марта 01, 2012, 12:44:07
LUCA. Ну хорошо, объясните тогда, как эта проблема могла быть преодолена в абиогенезе? Я имею в виду возможность существования возможность существования настолько простой самореплицирующейся пары нуклеиновая кислота-белок, что можно предположить её возникновение тогда, когда ещё не было наследственной изменчивости, а только голый естественный отбор
Я на форуме уже НЕОДНОКРАТНО писал, что не считаю, что первый живой организм обязательно нужно сводить к паре НК-белок.
Конечно РНК предшествовало ДНК - в этом сомнений практически нет. Конечно КАКАЯ-то репликация была.
Подробно я описывал в моделях представленных на scorcher.ru и ссылки давал.

Кратко. На Земле есть устойчивые геохимические циклы.
В химии известно такое явление, как автокаталитическая петля. Изменим чуть концентрации начальных компонентов в некоторых автокаталитических системах, например, при реакции Бутлерова - и состав компонентов изменится. Сами компоненты - ТОЖЕ носители информации, только потому, что они - автокатализаторы (ДНК и РНК - частные примеры автокатализаторов).

Можно предположить, что от какой-то части геохимического цикла (не обязательно какого-то глобального, а, например, в особых условиях - горячих щелочных источниках или др.) "отпочковался некий метаболический цикл из органических соединений". По своей природе этими соединениями могут быть только вещества, близкие к метаболическим интермедиатам. Именно поэтому компоненты цикла Кребса, ацетил-коэнзимного пути и некторых других метаболических путей - вероятно одни из самых древних, чему есть немало подтверждений.

КАК в эти циклы включились рибонуклеотиды? Это - большое белое пятно. Однако, мою уверенность в том, что они ВСЁ-ТАКИ ВКЛЮЧИЛИСЬ подтверждает то, что во всех без исключения организмах в промежуточном метаболизме обязательно участвуют рибонуклеотидные кофаторы - обратите внимание НЕ дезоксирибонуклеотидные - то есть компонеты будущей РНК.

По видимому первые РНК-организмы - это не протяжённые РНК-геномы с кодированием большого количества генов, а очень короткие рибонуклеотидные кофакторы и ди-, три- и др. олигонуклеотиды.

Кстати именно на этой стадии многие свойства будущего генетического кода (в смысле правила кодирования аминокислот) были уже предопределены - модель уже давно представил. http://scorcher.ru/theory_publisher/show_art.php?id=228

Будущие полимерные молекулы РНК могли возникнуть не вследствие особо точной репликации РНК, которая по-видимому просто невозможна, а вследствие построения более крупных молекул путём последовательных "сборок-сшивок" - в соответствии, например, с моделью А.Спирина.

Кодируемый пептидный синтез коэволюционировал совместно с метаболизмом РНК. Системы кодирования белков дали возможность впоследствии появиться ДНК-синтезирующим системам и, как следствие, дальше кардинально повысить точность копирования и усложнить организмы до похожих, хотя бы в принципе на современные.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: LUCA от марта 01, 2012, 12:56:32
Цитата: Дж. Тайсаев от марта 01, 2012, 12:45:39
Цитата: LUCA от марта 01, 2012, 12:31:20
Это не значит, что я отрицаю РНК-мир. Это значит, что существенная часть значащей информации до передачи информационной эстафеты ДНК лежала на самих метаболитах. Каких? Большой вопрос. Модели есть. Но они, не смотря на какую-то аргументацию, требуют своего существенного уточнения экспериментом и фактами.
А можно кратко о хотя бы одной такой модели?
http://scorcher.ru/theory_publisher/autor_list.php?id=2694
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Oleg_Dm от марта 01, 2012, 13:59:36
Цитата: LUCA от марта 01, 2012, 12:54:43КАК в эти циклы включились рибонуклеотиды? Это - большое белое пятно. Однако, мою уверенность в том, что они ВСЁ-ТАКИ ВКЛЮЧИЛИСЬ подтверждает то, что во всех без исключения организмах в промежуточном метаболизме обязательно участвуют рибонуклеотидные кофаторы - обратите внимание НЕ дезоксирибонуклеотидные - то есть компонеты будущей РНК.

Почему белое, вы же сами привели реакцию Бутлерова, ее модифицированнй вариант на природном апатите и дает первую матрицу для катализа считывания. В водородных и как верно замечено щелочных источниках и есть полный спектр нужных веществ. Чтобы запустить гиперциклы тот же кребса гликогенез нужен источник энергии АТФ/АДФ значит формировались они паралельно матрице прото РНК закрепленной изначально на апатитной основе. Поэтому изначально являясь основой и двигателем гиперциклов не встроится в них они просто не могли.

Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Дж. Тайсаев от марта 01, 2012, 15:42:30
Цитата: LUCA от марта 01, 2012, 12:56:32
http://scorcher.ru/theory_publisher/autor_list.php?id=2694
Спасибо. Эту ссылку я помню. Вернусь когда будет больше времени
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: ConstPopper от марта 06, 2012, 11:05:37
Цитата: LUCA от марта 01, 2012, 12:54:43
По видимому первые РНК-организмы - это не протяжённые РНК-геномы с кодированием большого количества генов, а очень короткие рибонуклеотидные кофакторы и ди-, три- и др. олигонуклеотиды.
--А что мешает стать вторым академиком Опариным: поместить ди-, три- и др. олигонуклеотиды в раствор с "первичным бульоном", и посмотреть, что получится с этими РНК-организмами? Можно добавить глину и лаву.

Количество вариантов невелико: динуклеотидов - 16, три - 256. Короче, счетное количество, даже с нетрадиционными нуклеотидами. Посмотреть, как они будут самозарождаться и самовоспроизводиться. Опарин 50 лет наблюдал за своими каплями: у него ничего не получилось, но хоть за это ему академика дали.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: LUCA от марта 06, 2012, 12:05:13
Цитата: ConstPopper от марта 06, 2012, 11:05:37
Цитата: LUCA от марта 01, 2012, 12:54:43
По видимому первые РНК-организмы - это не протяжённые РНК-геномы с кодированием большого количества генов, а очень короткие рибонуклеотидные кофакторы и ди-, три- и др. олигонуклеотиды.
--А что мешает стать вторым академиком Опариным: поместить ди-, три- и др. олигонуклеотиды в раствор с "первичным бульоном", и посмотреть, что получится с этими РНК-организмами? Можно добавить глину и лаву.

Количество вариантов невелико: динуклеотидов - 16, три - 256. Короче, счетное количество, даже с нетрадиционными нуклеотидами. Посмотреть, как они будут самозарождаться и самовоспроизводиться. Опарин 50 лет наблюдал за своими каплями: у него ничего не получилось, но хоть за это ему академика дали.
Идея вопроса верная. Давайте попробуем понять, что именно мешает.
1. Не нужно недооценивать очень большую роль особых условий. Почему?
Отвечу наглядным примером. Что, казалось бы, трудного в  выращивании в искусственных условиях прокариотического организма типа бактерии? С первого взгляда немикробиологу может показаться - да ничего особенного. Ан нет - только 1% всех разновидностей поддаётся выращиванию в искусственных условиях. А в природе - пожалуйста. И ведь не получается почему-то создать особых условий. Точнее они конечно создаются, расширяются. Но все равно - пока 1%.
Приняв во внимание только один этот факт, подумайте - а так ли просо подобрать в лабораторных условиях то, что возможно творилось в щелочных горячих источниках, или глубоко внутри коры (континентальной или океанической). Вы думаете С.Миллер так уж точно смоделировал условия первобытной Земли? Точность воспроизведения условий здесь нужна несколько иная.
Мало того, я не исключаю, что такие условия могут быть на Земле и сейчас, только вот абиогенная органика имеет тенденцию включаться в биологические круговороты, то есть захватываться.
2. Говоря о моно-, ди-, три- и т.д. олигонуклеотидах, я имел в виду не только стандартные молекулы РНК - не только 3'- и 5'- концы, но могут присоединяться и к другим гидроксилам, например 2' - и только здесь разнообразие возрастает на порядок.
3. Вы думаете, что только четыре канонических оснований участвовали в образовании этого мира - НИКОИМ ОБРАЗОМ. Вагон и маленькая тележка - ДЕСЯТКИ разных видов нуклеотидов, как и в современных тРНК, что по-видимому и является реликтом - родимым пятном древнего олигоРНК-мира. И здесь сложность возрастает не на один а ещё на НЕСКОЛЬКО порядков.
Добавьте к этому, что все эти основания спариваются не только комплементарной плоскостью, но ещё двумя или тремя. Получается уже ОЧЕНЬ большое возможное разнообразие.
Посмотрите на структуры современных РНК-кофакторов - это моно- и динуклеотиды, но они содержат не только канонический аденин, но и всякого рода другие азотистые основания - это наглядный пример.

Так что предстоит ещё немалый путь для уточнения и сужения круга поиска. Вот узнали, например, что половина реакций восстановительного цикла Кребса протекает в присутствии сульфида цинка (при его фотоактивации)- это чистая правда, описанная в статьях  - хороший путь. Но это может быть только намёк - на самом деле окажется причастен, допустим не сульфид цинка, а железо-никелево-серный минерал.

А вообще пытались отчасти такое сделать - поищу, в PNAS была опубликована статья.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Oleg_Dm от марта 06, 2012, 13:12:10
Цитата: ConstPopper от марта 06, 2012, 11:05:37
--А что мешает стать вторым академиком Опариным: поместить ди-, три- и др. олигонуклеотиды в раствор с "первичным бульоном", и посмотреть, что получится с этими РНК-организмами? Можно добавить глину и лаву.

Первичный бульон теория давно опровергнутая, может это и мешает? Или вы из хорошо известных брошюрок типа "вотч тауэр" черпаете информацию? Там любят этот пример мол смотрите в первичном бульоне ничего не происходит значит эволюционисты во всем не правы.

Цитата: LUCA от марта 06, 2012, 12:05:13
1.И ведь не получается почему-то создать особых условий. Точнее они конечно создаются, расширяются, но пока 1%.
так ли просто подобрать в лабораторных условиях то, что возможно творилось в щелочных горячих источниках, я не исключаю, что такие условия могут быть на Земле и сейчас, только вот абиогенная органика имеет тенденцию включаться в биологические круговороты, то есть захватываться.
2. Вы думаете, что только четыре канонических оснований участвовали в образовании этого мира - НИКОИМ ОБРАЗОМ. Вагон и маленькая тележка - ДЕСЯТКИ разных видов нуклеотидов, как и в современных тРНК, что по-видимому и является реликтом - родимым пятном древнего олигоРНК-мира. И здесь сложность возрастает на НЕСКОЛЬКО порядков.
Добавьте к этому, что все эти основания спариваются не только комплементарной плоскостью, но ещё двумя или тремя. Получается уже ОЧЕНЬ большое возможное разнообразие.
Посмотрите на структуры современных РНК-кофакторов - это моно- и динуклеотиды, но они содержат не только канонический аденин, но и всякого рода другие азотистые основания - это наглядный пример.

3. например половина реакций восстановительного цикла Кребса протекает в присутствии сульфида цинка (при его фотоактивации)- это чистая правда, описанная в статьях  - хороший путь. Но это может быть только намёк - на самом деле окажется причастен, допустим не сульфид цинка, а железо-никелево-серный минерал.

1. Тут важно помнить что условия гидротермальных источников, восстановительных щелочных крайне разнообразные. Влажность, Освещение, Осадки, Минеральный состав пород, кристаллическое состояние, фазовые переходы, реакции в газе/паре, жидкости/геле, гетерогенные на поверхности и в микропорах минералов. Все это дает огромный спектр условий с химизмом реакций кардинально отличных от лабораторных. То что не идет в растворе прекрасно реагирует на поверхности катализатора. Но несмотря на сложность процесс определения исходных условий идет и все они будут найдены.

2. Все эти реликты нуклеозидов абиогенеза вылезают тут и там, явно "лишние" азотистые основания которые легко заменить, путаница в сахарах, многофункциональные молекулы и т.п.

3. А почему не сам сульфид цинка? Как и аппатит он часто встречается в гидротермальных источниках и наравне с FeS мог служить как источником серы для липидов так и катализатором. И замечу опять фотоактивация! О чем я всегда говорю, что процессы как синтеза азотистых оснований, так и АДФ/АТФ так и цикл Кребса и возможно не только фотоактивируемы, это доступный "бесплатный" источник энергии который не использовать просто невозможно было. Не удивлюсь что откроется еще ряд таких катализаторов.
А можно ссылку на статью если она в открытом доступе?
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: LUCA от марта 06, 2012, 13:36:04
Цитата: Oleg_Dm от марта 06, 2012, 13:12:10

А можно ссылку на статью если она в открытом доступе?
Xiang V. Zhang, Scot T.M. Driving parts of Krebs cycle in reverse through mineral photochemistry. // J. Am. Chem. Soc. 2006. V.12. P.16032–16033.
Где-то находил открытый доступ
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: ConstPopper от марта 06, 2012, 13:49:48
Цитата: LUCA от марта 06, 2012, 12:05:13
3. Вы думаете, что только четыре канонических оснований участвовали в образовании этого мира - НИКОИМ ОБРАЗОМ. Вагон и маленькая тележка - ДЕСЯТКИ разных видов нуклеотидов, как и в современных тРНК, что по-видимому и является реликтом - родимым пятном древнего олигоРНК-мира. И здесь сложность возрастает не на один а ещё на НЕСКОЛЬКО порядков.
Добавьте к этому, что все эти основания спариваются не только комплементарной плоскостью, но ещё двумя или тремя. Получается уже ОЧЕНЬ большое возможное разнообразие.
Посмотрите на структуры современных РНК-кофакторов - это моно- и динуклеотиды, но они содержат не только канонический аденин, но и всякого рода другие азотистые основания - это наглядный пример.
Вы действительно верите, что среди ди- и тринуклеотидов есть чудесные образцы, которые легко самозарождаются, самовоспроизводятся и самоусложняются? Может быть кто-то из современных РНК-кофакторов обладает такими свойствами?
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Oleg_Dm от марта 06, 2012, 14:00:38
Цитата: LUCA от марта 06, 2012, 13:36:04
Xiang V. Zhang, Scot T.M. Driving parts of Krebs cycle in reverse through mineral photochemistry. // J. Am. Chem. Soc. 2006. V.12. P.16032–16033.
Где-то находил открытый доступ

Ага нашел, спасибо!


Цитата: ConstPopper от марта 06, 2012, 13:49:48
Вы действительно верите, что среди ди- и тринуклеотидов есть чудесные образцы, которые легко самозарождаются, самовоспроизводятся и самоусложняются? Может быть кто-то из современных РНК-кофакторов обладает такими свойствами?

Вам еще не понятно что мы не "верим", верить это ваш удел, особенно в "чюдесные" образцы. Здесь чудесам нет места.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: ConstPopper от марта 06, 2012, 14:13:55
Цитата: LUCA от марта 06, 2012, 13:36:04
Xiang V. Zhang, Scot T.M. Driving parts of Krebs cycle in reverse through mineral photochemistry. // J. Am. Chem. Soc. 2006. V.12. P.16032–16033.
Где-то находил открытый доступ

"In general, a single mineral surface arguably will not drive the entire suite of reactions."
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: LUCA от марта 06, 2012, 14:15:34
Цитата: ConstPopper от марта 06, 2012, 13:49:48
Вы действительно верите, что среди ди- и тринуклеотидов есть чудесные образцы, которые легко самозарождаются, самовоспроизводятся и самоусложняются? Может быть кто-то из современных РНК-кофакторов обладает такими свойствами?
Насчёт воспроизведения верить не надо. Есть такая замечательная монография "Супрамолекулярная химия". Автора правда не помню, но могу найти. Там собраны факты самовоспроизведения. Среди этих фактов - самовоспроизведение динуклеотидов ГЦ, правда при весьма специфических условиях. То есть ПРИНЦИПИАЛЬНО такое возможно, и в это не надо верить.
Возможна саморепликация и чуть более крупных фрагментов РНК. В чём фишка? В том, что они собираются не из мономеров, а из олигомеров. Например, можно создать условия, когда тетрануклеотид, будет матрично воссоздоваться из плавающих в растворе динуклеотидов.
Мало того, известны и самореплицирующиеся олигопептиды. Там аналогичная ситуация. Если мне не изменяет память, такого рода олигопептиды были описаны в 1996 году (в Nature).
Я уже неоднократно здесь писал, что в проблеме воспроизведения РНК поддерживаю А. Спирина, высказавшего идею об исходном построении более длинных молекул из более коротких и возможном воспроизведении не только и не столько из мономеров, сколько из более крупных кусков.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Комбинатор от марта 06, 2012, 14:42:13
На мой взгляд, нужно активнее экспериментировать с минералами, содержащими селен. Есть определённые намёки, что на ранних этапах жизни он играл не меньшую роль, чем углерод, азот, кислород, фосфор, сера, железо и никель. Так же очень важную роль могли играть кобальт и магний.

Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Oleg_Dm от марта 06, 2012, 14:47:00
Цитата: ConstPopper от марта 06, 2012, 14:13:55
Цитата: LUCA от марта 06, 2012, 13:36:04
Xiang V. Zhang, Scot T.M. Driving parts of Krebs cycle in reverse through mineral photochemistry. // J. Am. Chem. Soc. 2006. V.12. P.16032–16033.
"In general, a single mineral surface arguably will not drive the entire suite of reactions."

В общем только поверхность минерала (ZnS) возможно не будет ускорять весь спектр реакций.

А вы не читали предыдущий абзац, в котором указано что у 3 из 4 реакций выход существенный а в 1 из 4 выход низкий? Т.е. 75% реакций ускоряется значительно а 25% незначительно.


Цитата: Комбинатор от марта 06, 2012, 14:42:13
На мой взгляд, нужно активнее экспериментировать с минералами, содержащими селен. Есть определённые намёки, что на ранних этапах жизни он играл не меньшую роль, чем углерод, азот, кислород, фосфор, сера, железо и никель. Так же очень важную роль могли играть кобальт и магний

Кобальт и магний согласен, а почему селен?
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: ConstPopper от марта 06, 2012, 15:01:47
Дело в том, LUCA, что вы приводите примеры казуистики, типа олигопептидов Гадири. А из этих казуистических примеров следует индукция до универсальных эволюционирующих РНК. Стандартные свойства РНК известны. Лучший продукт человечеcкого дизайна на сегодняшний день - рибозим tC19z - полураспадается за 1-6 часов. В отсутствие систем репарации любая РНК быстро выродится. Короткие олиго-РНК не имеют достаточного объема, а длинные РНК -  и  жесткости для образования таких активных центров, как у белковых ферментов, у РНК нет химического многообразия как у аминокислотных остатков. Можно поставить на воображаемой плоскости отдельные островки стабильности или функциональности из "мира РНК", но у них нет связывающих их друг с другом тропинок, и, главное, нет эволюционного пути "наверх".

Да, биохимия состоит из компонентов наилучших в смысле эффективности, стабильности итп.. Вполне можно предположить, что и вне клетки эти компоненты будут обладать особыми свойствами. Но вы _домысливаете_ их эволюцию, сознательно или подсознательно закрывая глаза на 99.999%-ную "мерзость запустения" в мире РНК.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Комбинатор от марта 06, 2012, 15:16:22
Цитата: Oleg_Dm от марта 06, 2012, 14:47:00
Кобальт и магний согласен, а почему селен?

Некоторые реакции, имитирующие первые протобиологические циклы в геотермальных источниках, идут лишь в присутствии селена в качестве кактализатора. См., например:
http://www.sciencemag.org/content/276/5310/245.abstract  
Плюс, селеноцестеин активно используется уже наиболее примитивными бактериями. Скорее всего, он присутствовал уже у LUCA. Вообще, селен, во многом подобный сере, но благодаря большему диаметру атома имеющий меньшую энергию активации реакций, мог быть очень удобным, например, в различных тиоэфирах, возможных эволюционных предшественниках кофермента А.


Название: Re: Абиогенез
Отправлено: LUCA от марта 06, 2012, 16:06:28
Цитата: ConstPopper от марта 06, 2012, 15:01:47
Стандартные свойства РНК известны.
Вы случайно не физик по образованию? Почему спрашиваю - такого рода фразы "Свойства клетки, в общем известны" свойственны часто им - это просто личный опыт. Такого рода высказывания слышал на полном серьёзе и в 80-е, и в 90-е, и в 2000-е годы. И всё время только от физиков, а такого рода слова несколько удивляют, если не сказать больше.
А вообще, как выясняется практически постоянно последние годы - свойства РНК очень даже плохо известны.

Покажу простым примером. Долгое время симметрии Румера в генетическом коде были предметом всяческих спекуляций впоть до следа искусственного его сотворения. А дело было в том, что до 2008 года были неизвестны некоторые "стандартные свойства" РНК. А потом многое стало на свои места - в том числе и вопрос, почему даже во всех отклоняющихся кодах симметрии Румера выполняются.

Это - простой пример. Вряд ли люди, имеющие отношение к изучению свойств РНК, рискнут такое сказать.
Цитата: ConstPopper от марта 06, 2012, 15:01:47
Лучший продукт человечеcкого дизайна на сегодняшний день - рибозим tC19z - полураспадается за 1-6 часов. В отсутствие систем репарации любая РНК быстро выродится.
Сходная мысль здесь неоднократно звучала, в том числе и от меня. С нестабильностью РНК-молекул вряд ли кто-то будет спорить. Если не ошибаюсь, тРНК будет постабильнее, хотя это не принципиально.
Цитата: ConstPopper от марта 06, 2012, 15:01:47
Короткие олиго-РНК не имеют достаточного объема, а длинные РНК -  и  жесткости для образования таких активных центров, как у белковых ферментов, у РНК нет химического многообразия как у аминокислотных остатков.
Вы уже второй раз опять сузили спектр олигоРНК мира до стандартных РНК-нуклеотидов. Придётся опять напомнить, что речь идёт о малых РНК-подобных молекулах с разнообразием "хвостов", аминоислотных кофакторов и т.д.
Для обзора (несколько устаревшего, зато на русском) http://www.inbi.ras.ru/ubkh/44/kritsky.pdf
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Oleg_Dm от марта 06, 2012, 16:18:06
С селеном надо покопаться посмотреть химизм, свойства сравнить с серой. То что Н2Se мог выделяться в источнике очевидно. Вопрос какую функцию он на себя взял что не элиминировался в условиях избытка H2S.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: ConstPopper от марта 07, 2012, 10:55:24
Цитата: LUCA от марта 06, 2012, 16:06:28С нестабильностью РНК-молекул вряд ли кто-то будет спорить.
Так может быть, этого обстоятельства уже достаточно, чтобы наконец закрыть тему РНК-мира?
ЦитироватьВы уже второй раз опять сузили спектр олигоРНК мира до стандартных РНК-нуклеотидов. Придётся опять напомнить, что речь идёт о малых РНК-подобных молекулах с разнообразием "хвостов", аминоислотных кофакторов и т.д.
1. И еще раз - как Вы представляете себе геном, успешно работающий на таких молекулах (малых РНК-подобных)?
2. Насколько я понимаю, "мир ди- и тринуклеотидов"  - это чистая speculation. Или есть какие-то наработки и статьи?
Не могли бы Вы привести какие-нибудь ссылки на конкретные исследования, в которых были бы получены удовлетворительные результаты с использованием именно озвученных Вами молекул? (кстати, какие конкретно молекулы Вы имеете в виду?)
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: ConstPopper от марта 07, 2012, 11:11:37
Цитата: LUCA от марта 06, 2012, 16:06:28...Вряд ли люди, имеющие отношение к изучению свойств РНК, рискнут такое сказать.
Цитата: LUCA от марта 06, 2012, 14:15:34...Я уже неоднократно здесь писал, что в проблеме воспроизведения РНК поддерживаю А. Спирина, высказавшего идею об исходном построении более длинных молекул из более коротких и возможном воспроизведении не только и не столько из мономеров, сколько из более крупных кусков.

Не могли бы Вы прокомментировать следующую цитату А.С. Спирина:
http://www.springerlink.com/content/n73v130445370715/
ЦитироватьРассмотрены условия внешней среды, необходимые для существования, амплификации и эволюции мира РНК, трудности абиогенного синтеза РНК и  парадоксальные ситуации, возникающие в отношении стабильности РНК, ее функционирования и места мира РНК в геологической истории Земли. Обсуждается, во-первых, несовместимость химической нестабильности ковалентной структуры РНК в водной среде и необходимости воды для формирования ее функционально активных конформаций («водный парадокс»); во-вторых, несовместимость стабильной двуспиральной структуры РНК, требуемой для репликации РНК, и стабильных компактных конформаций одноцепочечных РНК, необходимых для каталитических функций (конформационный парадокс); в третьих, чересчур малый промежуток времени, или его отсутствие, в геологической истории Земли между окончанием массированной метеоритной бомбардировки (3,9 млрд. лет назад) и появлением первых свидетельств клеточной жизни (бактерий) в земных породах (3,8 – 3,85 млрд. лет назад или даже несколько ранее) (геологический парадокс). Сделан вывод о невозможности возникновения, существования и эволюции мира РНК в клеточные формы жизни на Земле. Кратко обсуждается проблема космического происхождения мира РНК и его внеземной эволюции, с последующим  распространением в космосе, в основном с помощью комет, клеточной формы жизни как более устойчивой к внешним условиям по сравнению со свободной  РНК.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: novice от марта 07, 2012, 12:46:57
Цитировать... во-вторых, несовместимость стабильной двуспиральной структуры РНК, требуемой для репликации РНК, и стабильных компактных конформаций одноцепочечных РНК, необходимых для каталитических функций (конформационный парадокс)...
Вроде бы как найдены пути решения для конформационного парадокса.
http://www.catalysis.ru/resources/institute/Publishing/Report/2011/041-2011-abstracts-BOE-III-Crete.pdf

ЦитироватьThus, the production of stable double‐stranded RNAs as
intermediates  followed  by  displacement  of  single‐stranded  RNAs  from  the  double  helices,
could be a solution to the problem of the conformational paradox in the ancient RNA world.
Another way  to  solve  the  same problem  could be  a non‐covalent  circularization of an
RNA template during template‐directed polymerization of a complementary RNA product. 
Два пути решения проблемы:
- раскручивания двойной РНК с помощью наномашин
- ограничения взаимодействия полученных одинарной РНК с их комплиментарными шаблонами (templates). Такой механизм предложен для объяснения репликации РНК бактериофагов.


Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Oleg_Dm от марта 07, 2012, 13:27:57
Цитата: ConstPopper от марта 07, 2012, 10:55:24
Так может быть, этого обстоятельства уже достаточно, чтобы наконец закрыть тему РНК-мира?

Вы все еще цепляетесь за старые взгляды 10-летней давности про классический РНК-мир? В том виде его действиетльно не было, без абиогенных процессов, без минеральных катализатров, без сложнейшей химии и разделения условий, без источника энергии света, без гиперциклов и протобелков-катализаторов не было РНК-мира, а со всем перечисленным это уже совсем другой РНК-мир в котором роль РНК лишь матрица для воспроизводства циклов вокруг себя.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: LUCA от марта 07, 2012, 18:03:33
Цитата: Oleg_Dm от марта 07, 2012, 13:27:57
Цитата: ConstPopper от марта 07, 2012, 10:55:24
Так может быть, этого обстоятельства уже достаточно, чтобы наконец закрыть тему РНК-мира?

Вы все еще цепляетесь за старые взгляды 10-летней давности про классический РНК-мир? В том виде его действиетльно не было, без абиогенных процессов, без минеральных катализатров, без сложнейшей химии и разделения условий, без источника энергии света, без гиперциклов и протобелков-катализаторов не было РНК-мира, а со всем перечисленным это уже совсем другой РНК-мир в котором роль РНК лишь матрица для воспроизводства циклов вокруг себя.


Спасибо, что ответили. Вообще-то странно, что вопрос этот опять задаётся, поскольку эту тему уже пережевали достаточно долго.
ConstPopper, и я, в том числе внятно и не один раз говорил примерно то же самое, добавляя, что куда бОльшую проблему для самодостаточного мира РНК - информационную емкость.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: LUCA от марта 07, 2012, 18:05:05
Цитата: ConstPopper link=topic=6736.msg114903#msg114903 date=1ода331103324
Так может быть, этого обстоятельства уже достаточно, чтобы наконец закрыть тему РНК-мира?
Вы когда-нибудь в пробирке на столе хранили АТФ? Между прочим, на высокую стабильность такого рода веществ давно уже обращали внимание ещё в литературе 70-х-80-х.
Стоит ли опять повторять эту жевачку? 
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: LUCA от марта 07, 2012, 18:09:37
Цитата: ConstPopper от марта 07, 2012, 10:55:24
Цитата: LUCA от марта 06, 2012, 16:06:28С нестабильностью РНК-молекул вряд ли кто-то будет спорить.
Так может быть, этого обстоятельства уже достаточно, чтобы наконец закрыть тему РНК-мира?
ЦитироватьВы уже второй раз опять сузили спектр олигоРНК мира до стандартных РНК-нуклеотидов. Придётся опять напомнить, что речь идёт о малых РНК-подобных молекулах с разнообразием "хвостов", аминоислотных кофакторов и т.д.
1. И еще раз - как Вы представляете себе геном, успешно работающий на таких молекулах (малых РНК-подобных)?
2. Насколько я понимаю, "мир ди- и тринуклеотидов"  - это чистая speculation. Или есть какие-то наработки и статьи?
Не могли бы Вы привести какие-нибудь ссылки на конкретные исследования, в которых были бы получены удовлетворительные результаты с использованием именно озвученных Вами молекул? (кстати, какие конкретно молекулы Вы имеете в виду?)
А Вы не могли бы просто перечитать мои сообщения, где на эти вопросы уже не один раз давался ответ вместе с ссылками?
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: ConnieW от марта 07, 2012, 23:35:09
Цитата: LUCA от марта 07, 2012, 18:09:37
А Вы не могли бы просто перечитать мои сообщения, где на эти вопросы уже не один раз давался ответ вместе с ссылками?
--То, что я видел, было чистой воды speculation.
(извините, забыл пароль на этом аккаунте, буду переходить на ConstPopper)
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Oleg_Dm от марта 08, 2012, 10:00:08
Для креационистов любые доказательства кроме смотрящей башни спекуляция. Вам доказывать что-то бесполезно вы даже не сумели прочитать последнюю статью про сульфид цинка и выхватили из контекста текст что мне пришлось приводить весь кусок, чтобы опровергнуть неверное утверждение. Плюс вы постоянно приводите в доказательства устаревшие и опровергнутые теории, пытаетесь заставить бесконечно повторять людей то что обсуждалось не один раз, при этом не понимаете и игнорируете что вам пишут. Знания ваши обрывочны и устаревши, химию, биологию вы не понимаете. У меня сложилось прочная уверенность, что вы очередной необразованный креационист.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: LUCA от марта 08, 2012, 12:32:55
Цитата: ConstPopper от марта 06, 2012, 15:01:47
В отсутствие систем репарации любая РНК быстро выродится.
Насколько я понимаю, отсутствие систем репарации РНК - это некий "конёк" креационистких сайтов. А нынешнее незнание чего-то, да ещё вкупе - "свойства уже давно известны" - это действительно не совсем адекватная спекуляция.
Конкретно о репарациях. Действительно, уровень знаний в 90-е годы, когда по мнению некоторых "основные свойства уже были известны", позволял говорить об отсутствии репарации при синтезе РНК. Это правда. Потому-то в 80-е и 90-е годы так часто говорилось об отсутствии систем репарации. Сейчас эти разговоры иногда - очень правда редко - происходят на креационистких сайтах некоторыми интеллектуалами. Правда однако заключается в том, что не смотря на то, "в основном мы уже всё знаем", уже с 90-х годов начали описываться первые РНК-репарационные системы - сначала для систем транскрипции, затем - позднее даже для систем репликации, кстати того же вируса гриппа.
Статей на эту тему уже достаточно много - для примера см. обзор http://mbe.oxfordjournals.org/content/22/6/1444.full.pdf
Про РНК мы уже почти всё знаем? Оказывается репарирующая активность справедлива даже для РНК-полимеразы II.
Эти факты конечно не означают, что в РНК-мире возможны были такие же большие геномы, как в ДНК - однако, наверно не совсем правильно сбрасывать со счетов факт существования РНК-репарирующих систем.

Немаловажным также является тот факт, что по видимому мультисубъединичные РНК-полимеразы из трёх доменов по видимому имеют общее происхождение.

Существуют сильные доводы в пользу того, что LUCA обладал РНК-полимеразами, родственные современным.

1. Мультисубъединичные РНК-полимеразы архей, бактерий и эвкариот имеют общий кор из четырёх субъединиц, соответсвющих бактериальным субъединицам α,β и β' и ω, где α-субъединица представлена у бактерий двумя копиями, а у архей существуют две различные субъединицы, гомологичные α (субъединицы D и L), тогда как у эвкариот - субъединицам (Rbp3 and Rbp11) [Cramer P. 2002a)]

2. Эти деревья обладают топологией, сходной с таковой для рибосомных РНК, что указывает на преимущественно вертикального наследования этих субъединиц.



Эти факты дают косвенные основания считать, что изучаемая в последние 15 лет репарирующая активность этих полимераз также могла присутствовать у LUCA, позволяя ему поодерживать более крупные РНК-геномы.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Комбинатор от марта 08, 2012, 19:42:41
Цитата: LUCA от марта 08, 2012, 12:32:55
1. Мультисубъединичные РНК-полимеразы архей, бактерий и эвкариот имеют общий кор из четырёх субъединиц, соответсвющих бактериальным субъединицам α,β и β' и ω, где α-субъединица представлена у бактерий двумя копиями, а у архей существуют две различные субъединицы, гомологичные α (субъединицы D и L), тогда как у эвкариот - субъединицам (Rbp3 and Rbp11) [Cramer P. 2002a)]

2. Эти деревья обладают топологией, сходной с таковой для рибосомных РНК, что указывает на преимущественно вертикального наследования этих субъединиц.

Эти факты дают косвенные основания считать, что изучаемая в последние 15 лет репарирующая активность этих полимераз также могла присутствовать у LUCA, позволяя ему поодерживать более крупные РНК-геномы.


Но ведь это ДНК-зависимые РНК-полимеразы! Не может ли этого говорить о том, что LUCA уже мог обладать ДНК-геномом?
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: LUCA от марта 09, 2012, 07:23:39
Цитата: Комбинатор от марта 08, 2012, 19:42:41
Цитата: LUCA от марта 08, 2012, 12:32:55
1. Мультисубъединичные РНК-полимеразы архей, бактерий и эвкариот имеют общий кор из четырёх субъединиц, соответсвющих бактериальным субъединицам α,β и β' и ω, где α-субъединица представлена у бактерий двумя копиями, а у архей существуют две различные субъединицы, гомологичные α (субъединицы D и L), тогда как у эвкариот - субъединицам (Rbp3 and Rbp11) [Cramer P. 2002a)]

2. Эти деревья обладают топологией, сходной с таковой для рибосомных РНК, что указывает на преимущественно вертикального наследования этих субъединиц.

Эти факты дают косвенные основания считать, что изучаемая в последние 15 лет репарирующая активность этих полимераз также могла присутствовать у LUCA, позволяя ему поодерживать более крупные РНК-геномы.


Но ведь это ДНК-зависимые РНК-полимеразы! Не может ли этого говорить о том, что LUCA уже мог обладать ДНК-геномом?

Вы были когда-то правды, сказав, что вопрос нерешён. И здесь с Вами полностью согласен. Хорошо. Давайте попробуем понять.
Наших знаний сейчас недостаточно для того, чтобы отдать предпочтение какой-то из моделей, хотя мне ближе всего модель Кунина и др. (ниже).
Лишь 4 компонента репликации ДНК могут рассматриваться как общими для разных доменов:

1. DnaN - "скользящий зажим" - sliding clamp - фермент, увеличивающий стабильность связи ДНК-полимеразы с ДНК - обладают округлой формой и "заякоривают" полимеразу на ДНК. Увеличивает время пребывания фермента на ДНК на несколько порядков. Обнаружен у бактерий, архей, эвкариот и вирусов.


2. HolB погрузчики зажима, clamp loader

3. PolI-A - 3'-5'-экзонуклеазная субъединица ДНК-полимеразыI.

4 RecA, вовлекаемый в рекомбинационную репарацию.

Дивергенция первых трёх белков соответствует дивергенции 16–18S, что говорит об исключительно вертикальном наследовании данных генов, тогда как для HolB было показано, что он вовлечён в горизонтальный перенос генов.
Поэтому вопрос о том, что возникло раньше - ДНК-организмы или LUCA остаётся дискуссионным до сих пор. Возможны две альтернативные ситуации - у LUCA уже существовал синтез ДНК, однако при дивергенции каким-то не совсем ясным образом произошло замещение неортологичных генов. Хотя имеющиеся данные и не позволяют окончательно отвергнуть эту модель, она предполагает не совсем ясный механизм такой глобальной замены.

Кунин с соавт. выдвинули в некотором роде компромиссный взгляд, предположив, что первоначально какая-то часть генома всё-таки была и в форме ДНК, и в форме РНК,  не затем окончательная передача эстафеты ДНК как главной информационной молекуле произошло независимо [Leipe D. D., Aravind L., Koonin E.V. 1999].

Такая модель хорошо совместима с фактом присутствия некоторых общих ферментов аппарата репликации и репарации у всех трёх доменов жизни. Согласно этой модели до стадии дивергенции большую роль у LUCA играли ферменты, связанные с обратной транскрипцией, образованием "погрузчика зажима", "скользящего зажима",  ДНК-лигазы и топоизомеразы I.

Что касается самих ДНК-зависимых РНК-полимераз, то сейчас уже ясно, с какой лёгкостью они меняют специфичность от РНК к ДНК (иногда достаточно даже нескольких аминокислотных замен, если мне не изменяет память).

Название: Re: Абиогенез
Отправлено: LUCA от марта 09, 2012, 07:29:48
Переход к миру ДНК должен был обеспечиваться появлением по крайней мере четрырёх ферментов (или групп ферментов).

1. В первую очередью должны были возникуть рибоункулеотид-редуктаза. Появление данного фермента сделало принципиально возможным синтез ДНК de novo безматрично. Не ясно, однако, происходил ли синтез ДНК de novo, и если происходил, то какую роль при этом выполняли de novo синтезированные молекулы.

2. На следующем этапе или одновременно с рибонуклеотид-редуктазой должны была появиться обратная транскриптаза из РНК-зависимой РНК-полимеразы и ДНК-зависимая РНК-полимераза. Эти два фермента составляют минимум, который обеспечивают уже появление ДНК, способной перенести наследсвенную информацию с РНК на ДНК и устойчиво хранить её и реализовывать в виде транскрипции.

3. И наконец, на заключительном этапе должны были возникнуть ДНК-зависимые ДНК-полимеразы, способные уже воспроизводить наследственную информацию непосредственно с ДНК на ДНК.

4. Правда данные молекулы ДНК должны были ещё содержать вместо тимина урацил. Предполагается, что первым наиболее вероятным шагом в появлении ДНК было формирование ДНК, содержащей урацил, или U-ДНК, так как рибонуклеотидредуктазы производят dUTP (или dUDP) из UTP (или UDP), но не dTTP из TTP (тимидинтрифосфат в клетке не существует). Этот факт является сильнейшим доводом в пользу того, что появление U-DNA предшествовало возникновению T-DNA. В настоящее время известен единственный вирус, имеющий вместо тимина урацил, - PBS1, заражающий сенную палочку. Вполне возможно, что  урациловая форма ДНК данного вируса являетя реликтом, уцелевшим со времён начала появления форм жизни, основанных на ДНК.

Происхождение U-DNA в рибонуклеопротеиновом мире логически подразумевает, что второй шаг в синтезе предшественников ДНК – формирование нуклеотида T, катализировался предковой тимидилатсинтазой (TdS). В течение долгого времени считалось, что все современные тимидилатсинтазы являются гомологами ThyA белка E.coli, и что нуклеотид T был изобретен только однажды. Однако сравнительный генетический анализ недавно показал отсутствие ThyA во многих геномах архей и бактерий и об открытии нового семейства тимидилатсинтаз (ThyX). ThyX и ThyA последовательности не имеют структурного сходства друг с другом и имеют различные механизмы действия. По всей вероятности тимидилатсинтазная активность была изобретена независимо дважды. T-DNA могла появиться или в двух различных U-ДНКовых клетках, или возникновение второй тимидилатсинтазы могло произойти в клетке, уже содержащей T-ДНК геном. Первая возможность указывает, что сама T-ДНК была изобретена дважды, таким образом, предполагая сильное давление естественного отбора для выбора модификации урацила. Во втором случае, можно предположить, что новый фермент (или ThyA или ThyX) принес селективное преимущество организму.


Тем не менее, основная часть аппарата репликации ДНК у разных доменов вряд ли может иметь общее происхождение, в пользу чего говорит анализ аппаратов репликации архей и бактерий - этот аппарат должен был возникнуть независимо по крайней мере дважды, особенно ДНК-полимеразы и праймазы

Дело запутывается также тем, что, как оказалось ДНК-полимераз только у одних эвкариот оказалось слишком много. Ещё совсем недавно было описано только пять эукариотических ДНК-полимераз. Однако в течение последних 15 лет в клетках эукариот были обнаружены еще 11 ДНК-полимераз.
Что настолько древнее, и что было получено горизонтальным переносом - это очень большой вопрос.


Название: Re: Абиогенез
Отправлено: LUCA от марта 09, 2012, 07:29:56
Рибонуклеотидредуктаза (RNR) - фермент, имеющий общее происхождение в трёх доменах.

Появление ДНК из РНК связывается с превращением остатка рибозы в остаток дезоксирибозы с помощью восстановления. В современных организмах это восстановление обусловлено действием фермента, названного рибонуклеотидредуктазой. В настоящее время анализ последовательностей субъединиц и их кристаллических структур этих ферментов у представителей всех трёх доменов жизни (архей, бактерий, эвкариот) показывает их общее происхождение. Этот факт хорошо совместим с предположением о том, что синтез ДНК был возможен уже на стадии прогенота - LUCA.

Однако единое эволюционное происхождение рибонуклеотидредуктаз остаётся до сих пор слишком запутанным. Тому есть несколько причин. Во-первых, филогенетическое распределение каталитических субъединиц не является полностью ясным для трёх доменов. У бактерий обнаруживаются представители всех трёх классов, у архей - второго и третьего класса, у эвкариот - только первого класса.

Во-вторых, редуктазы в действительности могли подвергаться горизонтальному переносу [Torrents E. et al. 2002].

Хотя редуктазы выполняют сходные реакции, они способны их выполнять при разных условиях: класс I строго аэробный, класс II - как аэробный, так и анаэробный, класс III - строго анаэробный. Как следствие, многе организмы могут обладать более, чем одним классом ферментов и терять/приобретать редуктазу при изменении условий.
В-третьих, всё-таки уровень гомологии между классами на пределе разрешения - настолько он низкий.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: LUCA от марта 09, 2012, 07:43:34
Прошу прощения, наверно это нужно было выложить в ветке "Геном LUCA". Буду очень благодарен за обсуждение этого довольно нетривиального вопроса и  за новые ссылки.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Ярослав Смирнов от марта 09, 2012, 09:17:57
Кстати, к вопросу об РНК-мире. У кого из участников есть мал-мала подробный обзор такой группы как реовирусы?
Двухцепочечные РНК-вирусы, капсид двуслойный, рибозимазная активность для них показана ещё в 1969 году. Внутренний слой капсида+РНК могут продуцировать новую РНК. Для некоторых, например для вируса синего языка овец, показано, что РНК-зависимая РНК-полимераза это белок внутреннего слоя капсида. Для некоторых, по слухам, для вируса лихорадки Кемерова, даже чистая РНК может на некоторых средах себя дуплицировать.
Что нового по этому поводу известно?
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Комбинатор от марта 09, 2012, 13:32:56
Цитата: LUCA от марта 09, 2012, 07:23:39
Кунин с соавт. выдвинули в некотором роде компромиссный взгляд, предположив, что первоначально какая-то часть генома всё-таки была и в форме ДНК, и в форме РНК,  не затем окончательная передача эстафеты ДНК как главной информационной молекуле произошло независимо [Leipe D. D., Aravind L., Koonin E.V. 1999].

Такая модель хорошо совместима с фактом присутствия некоторых общих ферментов аппарата репликации и репарации у всех трёх доменов жизни. Согласно этой модели до стадии дивергенции большую роль у LUCA играли ферменты, связанные с обратной транскрипцией, образованием "погрузчика зажима", "скользящего зажима",  ДНК-лигазы и топоизомеразы I.

Для меня в этой схеме не очень понятно преимущество ДНК-РНК-го этапа перед чисто РНК-ым. Основные проблемы РНК-геномов, как я понимаю, низкая точность репликации и нестабильность длинных цепочек РНК. Если ДНК самокопировалась посредством промежуточного этапа РНК-генома, то не нивелировались ли при этом преимущества ДНК-генома за счёт ошибок и повреждений, накапливающихся в её РНК "слепке"? А ведь геном LUCA был достаточно большим, по некоторым оценкам, не менее 1000 генов, что вполне сравнимо с геномами некоторых современных бактерий.

Цитата: LUCA от марта 09, 2012, 07:23:39
Что касается самих ДНК-зависимых РНК-полимераз, то сейчас уже ясно, с какой лёгкостью они меняют специфичность от РНК к ДНК (иногда достаточно даже нескольких аминокислотных замен, если мне не изменяет память).

Это интересно, у меня уже давно есть некое смутное ощущение, что на ранних этапах эволюции репликация ДНК/РНК и синтез белков могли быть совмещены.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Комбинатор от марта 09, 2012, 13:57:47
Учитывая, что тимин, это просто метилированный урацил, вполне возможно, что указанный переход действительно мог произойти дважды. Кажется, я где-то читал, что геном с тимином существенно более стабилен, так что, указанный переход вполне мог сразу давать ощутимые преимущества.

Цитата: LUCA от марта 09, 2012, 07:29:48
Тем не менее, основная часть аппарата репликации ДНК у разных доменов вряд ли может иметь общее происхождение, в пользу чего говорит анализ аппаратов репликации архей и бактерий - этот аппарат должен был возникнуть независимо по крайней мере дважды, особенно ДНК-полимеразы и праймазы

Дело запутывается также тем, что, как оказалось ДНК-полимераз только у одних эвкариот оказалось слишком много. Ещё совсем недавно было описано только пять эукариотических ДНК-полимераз. Однако в течение последних 15 лет в клетках эукариот были обнаружены еще 11 ДНК-полимераз.
Что настолько древнее, и что было получено горизонтальным переносом - это очень большой вопрос.

Что касается ДНК-полимераз, то если верить википедии, основные архейные полимеразы (Pol B) имеют высокую степень гомологии с бактериальными полимеразами, занимающимися восстановлением повреждений ДНК (Pol II), не могли ли они от них и прозойти? Что касается праймаз, то я этот вопрос пока не исследовал, надо будет подумать. И ещё. Как выяснилось в последние годы, структурная гомология гораздо более стабильна, чем аминокислотная. Под действием разных факторов (например, изменения температуры и кислотности внешней среды) большая часть аминокислот может быть заменена на другие, лучше подходящие для изменившихся условий, но выполняющих схожие структурные функции (о том, что на ранних этапах эволюции белки могли кодироваться весьма "приблизительно", но, тем не менее, сами белки при этом более-менее сохраняли свою 3D структуру и функциональнрсть вы, помнится, и сам писали в одной из своих статей). Так вот, как пишет Мосевицкий, несмотря на то, что некоторые компоненты репликации ДНК у арахей и бактерий негомологичны, на структурном уровне они практически идентичны. 
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Комбинатор от марта 09, 2012, 14:14:16
Цитата: LUCA от марта 09, 2012, 07:29:56
Рибонуклеотидредуктаза (RNR) - фермент, имеющий общее происхождение в трёх доменах.

Появление ДНК из РНК связывается с превращением остатка рибозы в остаток дезоксирибозы с помощью восстановления. В современных организмах это восстановление обусловлено действием фермента, названного рибонуклеотидредуктазой. В настоящее время анализ последовательностей субъединиц и их кристаллических структур этих ферментов у представителей всех трёх доменов жизни (архей, бактерий, эвкариот) показывает их общее происхождение. Этот факт хорошо совместим с предположением о том, что синтез ДНК был возможен уже на стадии прогенота - LUCA.

Однако единое эволюционное происхождение рибонуклеотидредуктаз остаётся до сих пор слишком запутанным. Тому есть несколько причин. Во-первых, филогенетическое распределение каталитических субъединиц не является полностью ясным для трёх доменов. У бактерий обнаруживаются представители всех трёх классов, у архей - второго и третьего класса, у эвкариот - только первого класса.

По моему, здесь с точки зрения здравого смысла как раз всё более менее ясно. И эукариоты и археи произошли от бактерий. Простая аналогия - когда какая-то небольшая группа людей несколько десятков тысяч лет назад перешла по льду Бериногов пролив, положив начало появлению американских аборигенов, то среди них оказались лишь люди с 1-ой и 2-й группами крови. А до Южной Америки в результате тоже дошли далеко не все, там у коренных аборигенов вообще есть лишь люди с первой группой крови. Это известный эффект "бутылочного горлышка".  

По поводу гоизонтального переноса - конечно, это тоже возможно, по хорошему нужно детально рассмотреть все аргументы за и против этой гипотезы. Если же пока аргументов ни за, ни пртив нет, в соотвтствии с принципом бритвы Оккама более вероятно всё же вертикальное наследование.

Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Комбинатор от марта 09, 2012, 14:17:44
Цитата: LUCA от марта 09, 2012, 07:43:34
Прошу прощения, наверно это нужно было выложить в ветке "Геном LUCA". Буду очень благодарен за обсуждение этого довольно нетривиального вопроса и  за новые ссылки.

Мне кажется, это не принципиально, где обсуждать эту интересную тему. Я сейчас заканчиваю статью про наиболее древние следы жизни на Земле и в метеоритах, после чего собираюсь всё же взяться за статью про геном LUCA.

Название: Re: Абиогенез
Отправлено: LUCA от марта 09, 2012, 14:23:52
Цитата: Комбинатор от марта 09, 2012, 14:17:44
Цитата: LUCA от марта 09, 2012, 07:43:34
Прошу прощения, наверно это нужно было выложить в ветке "Геном LUCA". Буду очень благодарен за обсуждение этого довольно нетривиального вопроса и  за новые ссылки.

Мне кажется, это не принципиально, где обсуждать эту интересную тему. Я сейчас заканчиваю статью про наиболее древние следы жизни на Земле и в метеоритах, после чего собираюсь всё же взяться за статью про геном LUCA.


Замечательно. А я пока отшлифовываю статью про начало дивергенции у LUCA, которая не была абсолютна, а вначале затронула лишь коровую часть генома - некоторые "центры кристаллизации" из прогенота.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: LUCA от марта 09, 2012, 14:35:26
Цитата: Комбинатор от марта 09, 2012, 13:32:56
Для меня в этой схеме не очень понятно преимущество ДНК-РНК-го этапа перед чисто РНК-ым.
По Кунину первые ДНК-организмы - это в некотором роде вирусы, которые благодаря низкой мутабильности ДНК и высокой стабильности оказались способными широко распространиться у своих РНК-хозяев.
Несколько напоминает ситуацию со многими современными вирусами с видоизменёнными геномами - с гидроксиметилированной дезоскирибозой, с ацетилированными тиминами и т.д.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Комбинатор от марта 09, 2012, 14:58:28
Цитата: LUCA от марта 09, 2012, 14:35:26
По Кунину первые ДНК-организмы - это в некотором роде вирусы, которые благодаря низкой мутабильности ДНК и высокой стабильности оказались способными широко распространиться у своих РНК-хозяев.
Несколько напоминает ситуацию со многими современными вирусами с видоизменёнными геномами - с гидроксиметилированной дезоскирибозой, с ацетилированными тиминами и т.д.

Такой сценарий, в принципе, выглядит вполне возможным, но всё же на более ранних этапах эволюции, ещё до LUCA c его нереалистично большим для РНК-мира геномом.

Название: Re: Абиогенез
Отправлено: LUCA от марта 09, 2012, 15:04:07
Цитата: Комбинатор от марта 09, 2012, 14:58:28
Цитата: LUCA от марта 09, 2012, 14:35:26
По Кунину первые ДНК-организмы - это в некотором роде вирусы, которые благодаря низкой мутабильности ДНК и высокой стабильности оказались способными широко распространиться у своих РНК-хозяев.
Несколько напоминает ситуацию со многими современными вирусами с видоизменёнными геномами - с гидроксиметилированной дезоскирибозой, с ацетилированными тиминами и т.д.

Такой сценарий, в принципе, выглядит вполне возможным, но всё же на более ранних этапах эволюции, ещё до LUCA c его нереалистично большим для РНК-мира геномом.


Логично. ДНК была у LUCA. Но вопрос остаётся открытым - дважды ли были "изобретены" ДНК-реплицирующиеся системы?
Не искючено, что до ДНК-репликации ДНК была в роли съёмного диска - переписывалась информация от РНК к ДНК, затем от ДНК к РНК. Лишь потом от ДНК к ДНК. А вот была ли изобретена репликация ДНК один раз - это большой вопрос.
Наверно эти две альтернативные модели пока обе вполне допустимы. Не следует забывать и о сосуществовании прогенота с ДНК-формами жизни. Сколько раз от них независимо отпочковывались ДНК-организмы? Наверно между моделями пока равенство.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Комбинатор от марта 09, 2012, 15:22:27
Цитата: LUCA от марта 09, 2012, 15:04:07
Логично. ДНК была у LUCA. Но вопрос остаётся открытым - дважды ли были "изобретены" ДНК-реплицирующиеся системы?
Не искючено, что до ДНК-репликации ДНК была в роли съёмного диска - переписывалась информация от РНК к ДНК, затем от ДНК к РНК. Лишь потом от ДНК к ДНК. А вот была ли изобретена репликация ДНК один раз - это большой вопрос.
Наверно эти две альтернативные модели пока обе вполне допустимы. Не следует забывать и о сосуществовании прогенота с ДНК-формами жизни. Сколько раз от них независимо отпочковывались ДНК-организмы? Наверно между моделями пока равенство.

Я больше склоняюсь к однократному возникновению механизма репликации ДНК, но согласен, что объективно есть факты как за, так и против. Наверное, надо подождать, пока не откроется какая-нибудь новая информация по этому вопросу.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: василий андреевич от марта 10, 2012, 09:40:28
Цитата: LUCA от марта 09, 2012, 15:04:07
А вот была ли изобретена репликация ДНК один раз - это большой вопрос.
Если обратиться к физической составляющей проблемы появления "сложности", то предпочтительней будет многократное появление ДНК с последующим вырождением ее носителей в РНК носители. До тех пор, пока эволюция РНК-мира не выработает "условия" для стабильного функционирования ДНК-организма.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: ConstPopper от марта 10, 2012, 10:18:14
Вы меня простите, конечно, но всё, что вы написали про LUCA, ДНК, РНК - это fantasy, основанное на презумпции, что LUCA был, и двух все-объясняющих моделей - общего предка и горизонтального переноса. Нет НИЧЕГО, что не укладывалось бы в эту fantasy.
И даже если мы примем LUCA for granted, от "мира динуклеотидов" до LUCA лежит мир безжизненной несаморегулирующейся биоорганики.
Можно, конечно, ВЕРИТЬ, что есть "нестандартная" roadmap - со стабильными, самовоспроизводящимися, саморепарирующими РНК, самоусложняющимися от 2 до 10 - 100 - 1000 нуклеотидов. И так - вплоть до LUCA с редупликацией, транскрипцией и проч.
Где здесь наука - я не вижу. У мерседеса и запорожца есть общие компоненты, унаследованные от LUCar, а автоматическая коробка передач получена мерседесом в результате горизонтального переноса...
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: LUCA от марта 10, 2012, 16:03:16
Цитата: ConstPopper от марта 10, 2012, 10:18:14
Вы меня простите, конечно, но всё, что вы написали про LUCA, ДНК, РНК - это fantasy, основанное на презумпции, что LUCA был, и двух все-объясняющих моделей - общего предка и горизонтального переноса. Нет НИЧЕГО, что не укладывалось бы в эту fantasy.
И даже если мы примем LUCA for granted, от "мира динуклеотидов" до LUCA лежит мир безжизненной несаморегулирующейся биоорганики.
Можно, конечно, ВЕРИТЬ, что есть "нестандартная" roadmap - со стабильными, самовоспроизводящимися, саморепарирующими РНК, самоусложняющимися от 2 до 10 - 100 - 1000 нуклеотидов. И так - вплоть до LUCA с редупликацией, транскрипцией и проч.
Где здесь наука - я не вижу. У мерседеса и запорожца есть общие компоненты, унаследованные от LUCar, а автоматическая коробка передач получена мерседесом в результате горизонтального переноса...
Вроде как форум рассчитан на содержательный разговор.
Раньше Вы были более конкретны - то "свойства РНК, в основном, известны", то у РНК-полимераз "отсутствует система репарации". По таким пунктам можно было вести дискуссию.
А просто так объявлять что-то неверным, уйдя от конкретики - это или нежелание вникать, или просто неспособность дискутировать.
Вас раздражает, что люди здесь обмениваются мыслями, статьями, доводами и догадками? Будьте конкретны и содержательны и тогда и будет, что обсуждать. Простите за такое отступление.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Oleg_Dm от марта 11, 2012, 11:31:56
Цитата: LUCA от марта 10, 2012, 16:03:16
Цитата: ConstPopper от марта 10, 2012, 10:18:14
Вы меня простите, конечно, но всё, что вы написали - это fantasy Будьте конкретны и содержательны и тогда и будет, что обсуждать.


Luca, мы тратим  на него время зря. Я кажется стал понимать куда клонил этот товарищ настаивая, что жизнь это там где есть "информация"-"язык"-"слова"-"Слова Божьи". А мы ему тут про абиогенез втираем.

Кстати Luca, насчет вирусов и ядра, вы читали? - здесь были ссылочки на пару статей о происхождении эукариота путем захвата вируса архей. Вроде как с экспериментальными данными.

Кстати для меня не совсем понятен переход от протоклетки к первой бактерии, т.е. понятно какие гиперциклы должны были минимально поддерживаться, но не понятно насколько длинная должна быть записывающая матрица, были ли протогены и как они считывались. Может коллеги биологи помогут заполнить этот переход?
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: LUCA от марта 11, 2012, 17:54:32
Цитата: Oleg_Dm от марта 11, 2012, 11:31:56
Кстати Luca, насчет вирусов и ядра, вы читали? - здесь были ссылочки на пару статей о происхождении эукариота путем захвата вируса архей. Вроде как с экспериментальными данными.
Вот пример из жизни, напоминающий вирусный эукариогенез (автор блога - это я).
Рисунок-схема взят как раз из той статьи, на которую ссылается Кунин. Видать его красные водоросли тоже сильно впечатлили.
http://pedsovet.org/forum/index.php?autocom=blog&blogid=2104&showentry=18774
Цитата: Oleg_Dm от марта 11, 2012, 11:31:56

Кстати для меня не совсем понятен переход от протоклетки к первой бактерии, т.е. понятно какие гиперциклы должны былои минимально поддерживаться, но не понятно насколько длинная должна быть записывающая матрица, были ли протогены и как они считывались. Может коллеги биологи помогут заполнить этот переход?
Это -  тоже большое белое пятно. Есть группы самосогласованных фактов -(например, циклы могли катализироваться минералами, так как активные центры ключевых ферментов этих циклов представляют собой металло-серные кластеры и т.д.). Но ясной картины как раз для этого этапа нет - есть лишь островки из самосогласованных фактов, которые позволяют связать отдельные моменты, например, связанные с проихождением белкового синтеза (ньюансы в возинкновении рибосомы, тРНК и т.д.)

У меня есть своя очень приблизительная схема происхождения пептидогликановой стенки еще на стадии мира РНК.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Oleg_Dm от марта 12, 2012, 22:43:09
Очень интересная статья, про водоросли раньше не читал. Я другую правда имел ввиду попробую поискать.

Думаю это пятно белое только лишь потому что никто этим просто не занялся. Я думаю набросать этот этап крупными мазками, принцип прост - определяем первые обязательные протоциклы и гены которые их кодируют, определяем катализаторы гиперциклов, белки и их активные центры, находим аналоги среди минералов и простых органических веществ. Определяем какие гены кодируют эти белки. Определяем первый минимальный набор, по принципам работы РНК определяем минимальную длину РНК.

Про пептидовую стенку я бы почитал, в принципе липидная стенка не так сложно синтезируется и служит хорошей изоляцией от разрушающей воды, катализ синтеза липидной мембраны тоже похоже сульфид железа.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: LUCA от марта 13, 2012, 07:26:26
Цитата: Oleg_Dm от марта 12, 2012, 22:43:09
Про пептидовую стенку я бы почитал, в принципе липидная стенка не так сложно синтезируется и служит хорошей изоляцией от разрушающей воды, катализ синтеза липидной мембраны тоже похоже сульфид железа.
http://scorcher.ru/articles/art.php?id_art=1533&sub_id=0&page_txt=0&garbage_id=0&garbage=
Одна из особенностей эволюционного процесса - часто используются более дорогие технологии, так как капитальный ремонт этих технологий невозможен в силу того, что для его положительного изменения требуется слишком много "нужных" мутаций.
Потому-то генкод почти не меняется.
Потому при репликации ДНК используются РНК-праймеры, что ДОРОГО, однако вирусы давно научились синтезировать ДНК без праймеров - с помощью белков.

Потому-то и пептидогликановая стенка такая консервативная - невозможно избавиться от более дорогих Д-аминокислот. Откуда же взялась эта дороговизна?

Это, по моему мнению, результат утилизации абиогенно синтезированных Д-аминокислот из рацемической смеси.
Был процесс диспропорционирования. Одни асимметрические катализаторы использовали аминокислоты для построения олигопептидных-олигоРНК-комплексов (аминокислотно-рибонуклеиновых), расширив круг метаболических возможностей.
Другие - Д-аминокислоты - пошли на создание того, что стало пептидогликаном и тейхоевыми кислотами.

Есть ли кроме умозрения факты в пользу этой модели?
Да, есть.

Если посмотреть, какие именно Д-аминокислоты, то ТОЛЬКО ТЕ, которые являются простейшими и обнаруживаются в опытах по моделированию абиогенного синтеза аминокислот. Кроме того, в том числе и те, что НЕ стали каноническими, то есть не вошли в кодируемый пептидный синтез.
А сложные аминокислоты в пептидогликановой стенке - только L-формы.
Факты самосогласованы.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: ConstPopper от марта 13, 2012, 12:54:12
Цитата: LUCA от марта 13, 2012, 07:26:26
Если посмотреть, какие именно Д-аминокислоты, то ТОЛЬКО ТЕ, которые являются простейшими и обнаруживаются в опытах по моделированию абиогенного синтеза аминокислот. Кроме того, в том числе и те, что НЕ стали каноническими, то есть не вошли в кодируемый пептидный синтез.
А сложные аминокислоты в пептидогликановой стенке - только L-формы.
Факты самосогласованы.
В пептидогликанах бывают:
D-, L- аланин
D-, L- лизин
D-, L- орнитин
D-, L- серин
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: ConstPopper от марта 13, 2012, 13:09:12
Цитата: LUCA от марта 13, 2012, 07:26:26
Потому-то и пептидогликановая стенка такая консервативная - невозможно избавиться от более дорогих Д-аминокислот. Откуда же взялась эта дороговизна?

Это, по моему мнению, результат утилизации абиогенно синтезированных Д-аминокислот из рацемической смеси.
Пептиды с D-аминокислотными остатками хуже гидролизируются пептидазами эукариот.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Дж. Тайсаев от марта 13, 2012, 13:10:35
Цитата: ConstPopper от марта 13, 2012, 12:54:12
В пептидогликанах бывают:
D-, L- аланин
D-, L- лизин
D-, L- орнитин
D-, L- серин
Может я подзабыл, когда то от нас требовали по памяти формулы всех аминокислот знать, но кажется орнитина среди них не было
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: ConstPopper от марта 13, 2012, 13:35:17
Цитата: Дж. Тайсаев от марта 13, 2012, 13:10:35Может я подзабыл, когда то от нас требовали по памяти формулы всех аминокислот знать, но кажется орнитина среди них не было
И что?
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Дж. Тайсаев от марта 13, 2012, 13:45:46
Цитата: ConstPopper от марта 13, 2012, 13:35:17
Цитата: Дж. Тайсаев от марта 13, 2012, 13:10:35Может я подзабыл, когда то от нас требовали по памяти формулы всех аминокислот знать, но кажется орнитина среди них не было
И что?
Просто интересно, почему отдельные аминокислоты были выбракованы эволюцией, ведь любая на что нибудь да сгодится, или всё таки некоторых не было и в абиогенезе
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: ConstPopper от марта 13, 2012, 13:53:53
Цитата: Дж. Тайсаев от марта 13, 2012, 13:45:46Просто интересно, почему отдельные аминокислоты были выбракованы эволюцией, ведь любая на что нибудь да сгодится, или всё таки некоторых не было и в абиогенезе
Орнитин - биогенная небелковая аминокислота, участвует в синтезе мочевины и полиаминов.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Дж. Тайсаев от марта 13, 2012, 14:03:56
Цитата: ConstPopper от марта 13, 2012, 13:53:53
Цитата: Дж. Тайсаев от марта 13, 2012, 13:45:46Просто интересно, почему отдельные аминокислоты были выбракованы эволюцией, ведь любая на что нибудь да сгодится, или всё таки некоторых не было и в абиогенезе
Орнитин - биогенная небелковая аминокислота, участвует в синтезе мочевины и полиаминов.
а почему небелковая? Вот в чём вопрос. Она не полимезируется гидролизом, либо полипептид с её участием неустойчив по каким то причинам? Есть и другая версия, эта аминокислота попросту не участвовала в абиогенезе по чисто случайным факторам, а уж после её включить было сложно, по понятным причинам. Биохимия вещь весьма консервативная.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: ConstPopper от марта 13, 2012, 14:57:07
Цитата: Дж. Тайсаев от марта 13, 2012, 14:03:56
Цитата: ConstPopper от марта 13, 2012, 13:53:53
Цитата: Дж. Тайсаев от марта 13, 2012, 13:45:46Просто интересно, почему отдельные аминокислоты были выбракованы эволюцией, ведь любая на что нибудь да сгодится, или всё таки некоторых не было и в абиогенезе
Орнитин - биогенная небелковая аминокислота, участвует в синтезе мочевины и полиаминов.
а почему небелковая? Вот в чём вопрос. Она не полимезируется гидролизом, либо полипептид с её участием неустойчив по каким то причинам? Есть и другая версия, эта аминокислота попросту не участвовала в абиогенезе по чисто случайным факторам, а уж после её включить было сложно, по понятным причинам. Биохимия вещь весьма консервативная.
(http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/e/eb/Urea-Cycle_scheme_2006-01.svg/800px-Urea-Cycle_scheme_2006-01.svg.png)
Что орнитин (4), который проще, чем аргинин (3), не участвовал в абиогенезе, трудно представить. (трудно представить, что они оба участвовали в абиогенезе, но это другой вопрос).
НООС-СН(NH3)/\/\NH-CH(NH2)=NH, Аргинин
НООС-СН(NH3)/\/\NH3, Орнитин, 2,5-диаминопентановая кислота
НООС-СН(NH3)/\/\/NH3, Лизин, 2,6-диаминогексановая кислота
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Дж. Тайсаев от марта 13, 2012, 19:22:48
Цитата: ConstPopper от марта 13, 2012, 14:57:07
Что орнитин (4), который проще, чем аргинин (3), не участвовал в абиогенезе, трудно представить. (трудно представить, что они оба участвовали в абиогенезе, но это другой вопрос).
Всё понял. Спасибо!!!
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Oleg_Dm от марта 13, 2012, 20:43:03
Насчет рацематов нужно быть осторожнее, с одной стороны самый простой способ синтеза аминокислот в газовой фазе NH3 НСНО СО2 Н2 дает смеси стериоизомеров, но с другой стороны чуть более сложные аминокислоты могли уже собираться из простых на катализаторах минералах, а катализаторы зачастую выдают строго специфичные стереоизомеры или L или D в зависимости от структуры молекулы и комлекса с катализатором. Возможно это обьясняет некоторые перекосы в использовании молекул.

А реакции из приведенной схемы в пробирке идут?
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Oleg_Dm от марта 13, 2012, 20:44:29
Цитата: LUCA от марта 13, 2012, 07:26:26
Цитата: Oleg_Dm от марта 12, 2012, 22:43:09
Если посмотреть, какие именно Д-аминокислоты, то ТОЛЬКО ТЕ, которые являются простейшими и обнаруживаются в опытах по моделированию абиогенного синтеза аминокислот. Кроме того, в том числе и те, что НЕ стали каноническими, то есть не вошли в кодируемый пептидный синтез.
А сложные аминокислоты в пептидогликановой стенке - только L-формы.
Факты самосогласованы.

Рассуждение вполне здравое, артефакты абиогенеза просто обязаны остаться статистически.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Дж. Тайсаев от марта 13, 2012, 22:26:30
Цитата: Oleg_Dm от марта 13, 2012, 20:43:03
Насчет рацематов нужно быть осторожнее, с одной стороны самый простой способ синтеза аминокислот в газовой фазе NH3 НСНО СО2 Н2 дает смеси стериоизомеров, но с другой стороны чуть более сложные аминокислоты могли уже собираться из простых на катализаторах минералах, а катализаторы зачастую выдают строго специфичные стереоизомеры или L или D в зависимости от структуры молекулы и комлекса с катализатором. Возможно это обьясняет некоторые перекосы в использовании молекул.

А реакции из приведенной схемы в пробирке идут?
А как насчёт теории Гольданского? Ваше мнение и LUKA
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Комбинатор от марта 14, 2012, 15:32:33
Свежая статья по теме:
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0032776#pone-0032776-g002
По моему, очень интресно. Во-первых утверждается, что с самого начала рРНК и комплекс рибосомных протеинов эволюционировали совместно, то есть, как и ожидалось, "чистый" РНК-мир не существовал, с самого начала он использовал короткие полимерные цепочки аминокислот (про-протеинов). Во-вторых, утверждается, что элементы РНК-репликазы и наиболее древние элементы рРНК имеют определённую степень гомологии, так что, вполне возможно, что они произошли от одного предка (ещё одно независимое подтверждение моей догадки, что в раннем РНК-мире репликация РНК и синтез прото-белков могли происходить "в один проход").

Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Oleg_Dm от марта 14, 2012, 20:21:56
Цитата: Дж. Тайсаев от марта 13, 2012, 22:26:30
А как насчёт теории Гольданского? Ваше мнение и LUKA

Это про синтез органики в облаках космической пыли или я путаю? Там он вроде очень неплохо идет, по крайней мере статьи про все более сложную органику обнаруженную по спектрам появляются периодически. Т.е. при конденсации планетзималей в них вполне могла входить простая органика. Пережила ли она дальнейшее уплотнение и переплав планеты второй вопрос. Учитывая что удары крупных протопланетных тел абсолютно рядовое и регулярное событие на этапе формирования планет.

Кстати еще хотел заметить про D L изомеры, если исходить из предположения что реакции шли не в растворе а в адсорбционных пленках в геторогенной среде (а все к этому и ведет) то вступает немаловажный фактор геометрии молекул влияющий на реакции, некоторые типы конденсации могли быть просто запрещены пространственно и как итог выход преимущественно одного изомера. И если этот изомер легко образовывался абиогенно, пробиот просто был обязан использовать те же условия и тот же самый изомер в том же соотношении.

Цитата: Комбинатор от марта 14, 2012, 15:32:33
Свежая статья по теме:
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0032776#pone-0032776-g002
По моему, очень интресно. Во-первых утверждается, что с самого начала рРНК и комплекс рибосомных протеинов эволюционировали совместно, то есть, как и ожидалось, "чистый" РНК-мир не существовал, с самого начала он использовал короткие полимерные цепочки аминокислот (про-протеинов). Во-вторых, утверждается, что элементы РНК-репликазы и наиболее древние элементы рРНК имеют определённую степень гомологии, так что, вполне возможно, что они произошли от одного предка (ещё одно независимое подтверждение моей догадки, что в раннем РНК-мире репликация РНК и синтез прото-белков могли происходить "в один проход").

Да очень интересная статья. Читаю, большая. То что чистый мир РНК не существовал признал даже Спирин в итоге. И если представлять начальные этапы абиогенеза совершенно логично что РНК не могла эволюционировать без всего сопутсвующего аппарата с нуля. Почитаю подчерпну идей напишу еще. А пока если вы саммери выложите на русском будет неплохо для широких кругов.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Дж. Тайсаев от марта 14, 2012, 21:02:59
Цитата: Oleg_Dm от марта 14, 2012, 20:21:56
Это про синтез органики в облаках космической пыли или я путаю?
Да нет, я про его модель возникновения хиральной ассимметрии
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Комбинатор от марта 14, 2012, 21:18:45
Цитата: Oleg_Dm от марта 14, 2012, 20:21:56
Кстати еще хотел заметить про D L изомеры, если исходить из предположения что реакции шли не в растворе а в адсорбционных пленках в геторогенной среде (а все к этому и ведет) то вступает немаловажный фактор геометрии молекул влияющий на реакции, некоторые типы конденсации могли быть просто запрещены пространственно и как итог выход преимущественно одного изомера. И если этот изомер легко образовывался абиогенно, пробиот просто был обязан использовать те же условия и тот же самый изомер в том же соотношении.

Любопытно отметить, что в некоторых метеоритах обнаруживается заметное преобладание L-изомеров аминокислот над D-изомерами, причём, то, что это не эффект "земного" загрязнения, уже доказано.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Комбинатор от марта 14, 2012, 21:30:46
Цитата: Oleg_Dm от марта 14, 2012, 20:21:56
Да очень интересная статья. Читаю, большая. То что чистый мир РНК не существовал признал даже Спирин в итоге. А пока если вы саммери выложите на русском будет неплохо для широких кругов.

Пока не закончу начатые статьи, честно говоря, не хочется разбрасываться. Единственое, могу предложить для желающих автоматическмй первод Abstract-а, выполненый Гуглом. Качество, конечно, ниже плинтуса, но всяко лучше, чем ничего.
===================================

Происхождение и эволюция рибосомы занимает центральное место в нашем понимании клеточных мира. Большинство гипотез утверждать, что рибосома возникла в пептидилтрансферазного центра большой рибосомной субъединицы. Однако эти предложения не связывают синтез белка с РНК признания и не используют рамках филогенетического сравнительного изучения рибосомных эволюции. Здесь мы заключаем эволюции структурных компонентов рибосом. Филогенетические методы широко используются в морфометрии которые наносятся непосредственно на РНК структур тысяч молекул и переписи белковых структур в сотни геномов. Мы считаем, что компоненты малой субъединицы участвуют в рибосомных процессивность развивалась раньше, чем каталитические пептидилтрансферазного центра, ответственного за синтез белка. Примечательно, что субъединицы РНК и белков coevolved, начиная с взаимодействия между старым белков (S12 и S17) и старый фундамент (рибосомальной трещотка) в малой субъединицы и заканчивается с появлением современных мульти-субъединицы рибосомы. Наследственный компонент рибонуклеопротеидных показать сходство в пробирке Evolved РНК рибозимов репликазы и белковые структуры в существующие механизмы репликации. Наше исследование, следовательно, обеспечивает важную информацию о курице и яйце дилемма связана с центральной догмой молекулярной биологии, показывая, что рибосомные истории обусловлена ​​постепенным структурным прирост белка и РНК структур. Самое главное, результаты показывают, что функционально важные и консервативных регионах рибосомы были приняты на работу и могут быть останки древнего мира рибонуклеопротеидных.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Комбинатор от марта 16, 2012, 13:37:41
Краткий обзор статьи на русском:
http://www.scorcher.ru/journal/art/art1584.php
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: LUCA от марта 18, 2012, 09:52:49
Извините, что не участвую в обсуждении, последнюю неделю нет времени.
Подробный обзор этой статьи скоро выложу.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Oleg_Dm от марта 20, 2012, 10:30:40
Цитата: Дж. Тайсаев от марта 14, 2012, 21:02:59
Цитата: Oleg_Dm от марта 14, 2012, 20:21:56
Это про синтез органики в облаках космической пыли или я путаю?
Да нет, я про его модель возникновения хиральной ассимметрии

У вас есть оригиналы, а то я только обзоры его читал. Что скажу по сути механизм возникновения хиральности определяется реакциями либо нуклеофильным замещением (механизмы SN1, SN2), электрофильным по типу SE2, либо присоединением по двойной связи.

В зависимости от структуры молекулы, реагентов и катализаторов возможны разные механизмы и выходы изомеров. Вполне возможно что некоторые реакции давали строго селективные выходы стереоизомера. Дальнейший путь формирования матрицы из этих изомеров и воспроизводство в циклах именно них. Т.к. в простых реакциях на катализаторах изомеры могут вести себя как разные химические вещества, вполне вероятно что изомерия была поддержана на уровне первых циклов, и лишьь потом включена в таком виде в протоРНК, вот только потом с уходом протоклетки с минеральной подложки и усложнения внутриклеточного аппарата понадобился контроль стереоспецифичности. До этого возможно его просто не требовалось.

Таким образом можно снять проблему стереоизомеров. До клетки - селективный синтез на катализаторе, заточка всех процессов под этот изомер, переход к клетке появление механизмов контроля стереоизомера. Т.е. копирующей матрице не нужно было собираться с миллионом ошибок за счет стереоизомеров из рацемата, его просто не было.

Например механизм Sni дает селективный выход стереоизомера, а это как раз наш случай, сложные молекулы, где с реакционным центром соседствует углерод связанный с донором электронов т.е. группами NH2 и OH.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Комбинатор от апреля 07, 2012, 17:25:40
В контексте предыдущей дискуссии, не  могут ли нерибосомные белки: http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9D%D0%B5%D1%80%D0%B8%D0%B1%D0%BE%D1%81%D0%BE%D0%BC%D0%BD%D1%8B%D0%B5_%D0%BF%D0%B5%D0%BF%D1%82%D0%B8%D0%B4%D1%8B
быть промежуточным этапом между автокаталитическими циклами абиогенного происхождения и дорибосомным РНК-белковым миром? У них есть сразу несколько признаков их архаичности - синтез, не требующий наличия РНК и рибосомы, наличие в их составе гораздо большего разнообразия аминокислот, включая много "неклассических", очень короткие (не более 48-ми ак) цепочки, некритичность для их функционирования замены некоторых аминокислот на альтернативные, и самое главное - автокаталитичность и предпосылки для запуска дарвиновского механизма отбора. Ведь если некий белок крохотного размера А сам, без посторонней помощи способен катализировать синтез белка Б, а тот, в свою очередь, способен катализировать сборку самого А, и при этом ошибки сборки до определённого предела качественно не нарушают каталитиченских функций, то, можно сказать, что это и есть готовая аппаратная база для начала эволюции под девизом мутации + отбор! А запоминание удачно найденных комбинаций аминокислот и рибосомная сборка белков появились несколько позже, когда возникла необходимость разделить функции памяти и катализа нужных реакций. Кто что думает по этому поводу?
 
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Сергей от апреля 08, 2012, 00:40:24
Цитата: Комбинатор от апреля 07, 2012, 17:25:40
В контексте предыдущей дискуссии, не  могут ли нерибосомные белки ... быть промежуточным этапом между автокаталитическими циклами абиогенного происхождения и дорибосомным РНК-белковым миром?

Не могут: огромный многосубъединичный белок синтезирует фитюльку из нескольких аминокислот, которая никакими каталитическими функциями не обладает, а служит ядом для других организмов.

Откуда цифра 48? Скорее всего, там много раз повторяется одна короткая последовательность.

Эти белки, скорее всего, образовались из комплексов белков, синтезирующих пептиды клеточных стенок бактерий.

Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Комбинатор от апреля 08, 2012, 08:39:42
Цитата: Сергей от апреля 08, 2012, 00:40:24
Не могут: огромный многосубъединичный белок синтезирует фитюльку из нескольких аминокислот, которая никакими каталитическими функциями не обладает, а служит ядом для других организмов.

Вроде бы, так синтезируются не только белки антибиотиков, но и некоторые другие. Просто белки из "стандартных" аминокислот сейчас гораздо экономичнее собирать на рибосомах, но принципиального запрета на сбор каталитических белков другими белками, насколько я понимаю, нет. С другой стороны, те же аминоцил-tRNA синтезы тоже имеют немаленький размер, но должны были по-видимому появиться до (или, как минимум, параллельно) сборке протеинов на рибосоме, иначе проблему курицы и яица не решить. Или взять, скажем, рибосому. Очевидно, что в процессе эволюции её размер увеличился где-то на пару порядков, но и самые первые очень несовершенные варианты, очевидно позволяли как-то худо-бедно катализировать образование аминокислотных цепочек. Основную проблему РНК-мира я вижу в достаточно низком выходе нуклеотидов при подаче на входе наиболее распространённых в восстановительных условиях молекул, соответственно, условия для отбора были неважные, так как кандидатов (более-менее длинных РНК-цепочек) не могло быть слишком много.  А вот достаточно обильный спектр аминокислот при подводе к реагентам энергии синтезируется, что назвается, "на раз", поэтому, эволюции есть из чего выбирать, что бы запустить естественный отбор хотя бы в зачаточном состоянии.

Цитата: Сергей от апреля 08, 2012, 00:40:24
Откуда цифра 48? Скорее всего, там много раз повторяется одна короткая последовательность.

На французской страничке той же статьи в Википедии:
**********************
À la différence de la synthèse ribosomique la voie de synthèse peptidique par les NRPS est limitée dans la taille de peptides qui ne peut pas excéder 48 résidus.
**********************

Цитата: Сергей от апреля 08, 2012, 00:40:24
Эти белки, скорее всего, образовались из комплексов белков, синтезирующих пептиды клеточных стенок бактерий.

Может и так. А какие-нибудь факты в подтверждение этой гипотезы вы можете привести?
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Сергей от апреля 08, 2012, 11:45:51
Цитата: Комбинатор от апреля 08, 2012, 08:39:42
А какие-нибудь факты в подтверждение этой гипотезы вы можете привести?

Сейчас делать тут предположения большого смысла нет: через 5-10 лет будут построены филогенетические древа для большинства белков, появятся базы данных, по которым, для любого белка, можно будет определить, откуда у него ноги растут...

С аминоцил-tRNA синтезами особой проблемы не вижу: сейчас показано, что все они произошли из одного или двух белков. То есть, сначала был один белок, а какую аминокислоту ему присоединять предопределялось структурами разных тРНК. Вроде бы даже найдены некоторые соответствия между стехиометрией антикодонов и аминокислот, которые он кодирует. Соответственно ещё раньше и белка не было, а был рибозим.

Репликатор на основе последовательности аминокислот вряд ли возможен: такая цепочка слишком гибкая - у каждой будет слишком много разных конформационных состояний. Репликатор должен быть достаточно жестким. В нуклеиновых кислотах это обеспечивается стекингом оснований, так что и первый репликатор должен был обладать чем-то подобным.

Название: Re: Абиогенез
Отправлено: Комбинатор от апреля 08, 2012, 12:59:34
Цитата: Сергей от апреля 08, 2012, 11:45:51
Сейчас делать тут предположения большого смысла нет: через 5-10 лет будут построены филогенетические древа для большинства белков, появятся базы данных, по которым, для любого белка, можно будет определить, откуда у него ноги растут...

На сегодняшний день, вроде, считается, что ноги растут от белковых комплексов синтеза жирных кислот...

Цитата: Сергей от апреля 08, 2012, 11:45:51
С аминоцил-tRNA синтезами особой проблемы не вижу: сейчас показано, что все они произошли из одного или двух белков. То есть, сначала был один белок, а какую аминокислоту ему присоединять предопределялось структурами разных тРНК. Вроде бы даже найдены некоторые соответствия между стехиометрией антикодонов и аминокислот, которые он кодирует. Соответственно ещё раньше и белка не было, а был рибозим.

Не очень понятно, как последнее предположение вытекает из предыдущего текста. Да и с эволюционной точки зрения не очень вяжется. Если рибозим уже худо-бедно как-то работает, то гораздо проще навесить на него дополнительную протеиновую "обвязку" (типа как это произошло с рибосомой), улучшающую его каталитические свойства, чем создать белок длиной порядка 500 аминокислот с нуля, ибо непонятно, за счёт чего система будет работать в "переходный период".

Цитата: Сергей от апреля 08, 2012, 11:45:51
Репликатор на основе последовательности аминокислот вряд ли возможен: такая цепочка слишком гибкая - у каждой будет слишком много разных конформационных состояний. Репликатор должен быть достаточно жестким. В нуклеиновых кислотах это обеспечивается стекингом оснований, так что и первый репликатор должен был обладать чем-то подобным.

Число потеннциальных конформационных состояний сильно зависит от аминокислотного состава протеина. Кроме того, как сам пептидосинтезирующий комплекс, так и произведённые им белки могли, например, крепиться к PAH, и таким образом, как-то фиксировать свою конфигурацию.  Да и вообще эволюция на плоскости должна была идти гораздо живее, чем в 3D, так как потенциальным реагентам проще найти друг друга.

Название: Re: Абиогенез
Отправлено: talash от февраля 25, 2018, 14:21:53
Подниму темку. Заинтересовал вопрос о начале эволюции живой Природы. Какими могли быть первичные самореплицирующие структуры? Пока что прочитал про рибосомы от спеца:

Философия микромира: порядок рождается из хаоса
https://scientificrussia.ru/articles/filosofiya-mikromira-poryadok-rozhdaetsya-iz-haosa
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: talash от февраля 25, 2018, 20:14:40
Математик оценивает (https://youtu.be/HHvg5gUhx0U?t=315) как мог возникнуть оптимальный геном человека

На мой взгляд это огуречно-палочные представления о сложности живых организмов. (из детского стишка "Палка палка огуречик вот и вышел человечик.")

Причём серьёзные на вид дядьки вливают это в уши благодарных слушателей не имея никаких практических оснований. Если так просто всё, то показали бы успехи эволюционного моделирования в создании систем. Не показывают, а только пиарятся на мнимой простоте.

Невезение какое-то. Начал изучать абиогенез и сразу на пещерный неодарвинизм натолкнулся. Не ожидал, поэтому не сдержался :)
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: mss от марта 02, 2018, 23:00:14
Цитата: talash от февраля 25, 2018, 20:14:40Причём серьёзные на вид дядьки вливают это в уши благодарных слушателей не имея никаких практических оснований. Если так просто всё, то показали бы успехи эволюционного моделирования в создании систем. Не показывают, а только пиарятся на мнимой простоте.
У математиков всё просто кроме математики - неопещерный дарвинизм какой то!
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: talash от марта 06, 2018, 23:25:01
Цитата: mss от марта 02, 2018, 23:00:14
Цитата: talash от февраля 25, 2018, 20:14:40Причём серьёзные на вид дядьки вливают это в уши благодарных слушателей не имея никаких практических оснований. Если так просто всё, то показали бы успехи эволюционного моделирования в создании систем. Не показывают, а только пиарятся на мнимой простоте.
У математиков всё просто кроме математики - неопещерный дарвинизм какой то!

Mss, Вы вроде бы неплохо разобрались в мозгах (раз пришли к модели Павлова  :)), но как-то несерьёзно себя ведёте, короткие реплики в разные темы и всё. Надоело изучать мир? Давайте больше времени тратить на это дело. Я сам немножко забиваю из-за работы и других забот, но обещаю, что буду работать над собой.  :)

Сейчас занимаюсь абиогенезом и далее общей моделью эволюции, формирую собственный так сказать взгляд, без всяких догм типа неодарвинизма.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: василий андреевич от марта 08, 2018, 00:37:33
Цитата: talash от марта 06, 2018, 23:25:01формирую собственный так сказать взгляд,
при этом хочу предостеречь Вас от головокружения при первых прозрений. Вас на этом пути ждут замечательные взлеты и жестокие падения. будьте готовы.
Название: Re: Абиогенез
Отправлено: василий андреевич от марта 08, 2018, 00:43:01
Цитата: mss от марта 02, 2018, 23:00:14У математиков всё просто
вы понимаете, что дело не в математиках, а в наших способностях подчинить безграничье гармонии воображения лаконичности формулы.