paleoforum.ru

Форумы сайта «Проблемы эволюции» => Форум сайта «Проблемы эволюции» => Тема начата: vit от мая 25, 2020, 18:43:18

Название: Мутагенез
Отправлено: vit от мая 25, 2020, 18:43:18
ЦитироватьПредставители клады 1 выработали фенотип Cit+ в двух случаях из 55 попыток, клады 2 — в двух случаях из 97, клады 3 — в восьми случаях из 37. Представители исходного предкового штамма имеют пренебрежимо малую вероятность появления фенотипа Cit+. График справа внизу показывает темп накопления мутаций, резко увеличившийся у бактерий Cit+ (красные кружки) после появления фенотипа mutator. Рисунок из обсуждаемой статьи в Nature

https://elementy.ru/novosti_nauki/431898/V_dolgosrochnom_eksperimente_zafiksirovano_poetapnoe_formirovanie_evolyutsionnogo_novshestva (https://elementy.ru/novosti_nauki/431898/V_dolgosrochnom_eksperimente_zafiksirovano_poetapnoe_formirovanie_evolyutsionnogo_novshestva)

очень бы хотелось получить комментарий от специалиста

по моему скромному мнению, даже клады 2 — в двух случаях из 97 фантастически часто для случайной мутации 1/3000 генов у коли.
Или я не правильно понял, что имелось ввиду?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от мая 26, 2020, 10:54:32
Я   честно  не  понимаю,  что вас  так     удивило.  Там    реальное  использование  цитрата  появилось  только в  одной    кладе   после  31000  поколений. Идет      вполне  себе   случайный  мутагенез   -   который  иногда      приводит к  успеху.
Из   Элементов
"Повторные эксперименты показали, что вероятность приобретения полезного признака Cit+ постепенно росла в ряду «предковый штамм — клады 1 и 2 — клада 3». Стало быть, появление данного признака именно в кладе 3 не было простой случайностью. Микробы были заранее подготовлены к этому — «потенцированы». Иными словами, у них в ходе предшествующей эволюции зафиксировались какие-то мутации, которые сами по себе не давали возможности питаться цитратом, но повысили вероятность развития этой способности в будущем. Разумеется, «потенцирующие» мутации зафиксировались не потому, что микробы планируют свою эволюцию наперед. Эти мутации либо были нейтральными и зафиксировались случайно, либо были полезны для чего-то другого. Подготовка к приобретению способности питаться цитратом была побочным эффектом, которого естественный отбор не мог предусмотреть."
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от мая 26, 2020, 13:30:53
Цитата: Питер от мая 26, 2020, 10:54:32Иными словами, у них в ходе предшествующей эволюции зафиксировались какие-то мутации, которые сами по себе не давали возможности питаться цитратом, но повысили вероятность развития этой способности в будущем.
Мне тут не понятно как мог, благодаря только мутациям и отбору, из поколения в поколение происходить рост вероятности возникновения признака Cit+ благодаря тому, что бактерии были помещены в среду, где этот признак мог быть полезным?

Ведь промежуточные мутации, благодаря которым возник признак Cit+, не несли, как говорится, эволюционного преимущества.

Так тогда почему, из поколения в поколение, вероятность нейтральных мутаций увеличивающих вероятность возникновения признака Cit+ увеличивалась?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от мая 26, 2020, 13:36:19
Из  чего   в   данном   эксперименте   следует   "рост вероятности" ?   Растет  общая  гетерогенность  популяции,  появляются  новые  мутации.  А   ключевая   мутация   к  фенотипу  Cit+   возникла     в  31000  поколении.  Могла   возникнуть  рань  -  могла   позже.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от мая 26, 2020, 13:49:04
ЦитироватьТам    реальное  использование  цитрата  появилось  только в  одной    кладе   после  31000  поколений.


(https://elementy.ru/images/news/key_innovation_in_e.coli_fig1_600.gif)

Представители клады 1 выработали фенотип Cit+ в двух случаях из 55 попыток, клады 2 — в двух случаях из 97, клады 3 — в восьми случаях из 37.

в 3 кладах , причем похоже что из 3 возможных,т.к. более не повторяли.во всяком случае не написано что в кладе 4,5,6 Cit+не появился.

"Повторные эксперименты показали, что вероятность приобретения полезного признака Cit+ постепенно росла в ряду «предковый штамм — клады 1 и 2 — клада 3». Стало быть, появление данного признака именно в кладе 3 не было простой случайностью.

у коли мутации возможны только из-за нарушения процесса репарации днк, получается что сама ошибка и её репарация не случайны. Как это понять?

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от мая 26, 2020, 13:56:37
Цитата: Питер от мая 26, 2020, 13:36:19
А   ключевая   мутация   к  фенотипу  Cit+   возникла     в  31000  поколении.  Могла   возникнуть  рань  -  могла   позже.

с этим полностью согласен т.к. соответствует СТЭ, если бы не было слишком частого появлению этой мутации в разных кладах
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от мая 26, 2020, 14:07:24
Подпись  к  рис.  1.   Первый   эксперимент
Clade 1, Clade 2, Clade 3 («потенцированные» клады с повышенной вероятностью появления фенотипа Cit+, то есть способности питаться цитратом), New Cit+ clade — клада, способная питаться цитратом, произошедшая от клады 3 после 31 000 поколений (Cit+ evolves).

Дальше     повторные   эксперименты   -  и  Cit+   клады   образуются        во  всех   кладах,    с  большей  частотой  в   Clade  3.
Причем  там в    основном  не  точки  -   дупликации  и  вставки   мобильных  элементов.  То  есть      в  Clade  3     геном    более  лабилен  -  возможно,  в  результате  каких-то   мутаций,  не  связанных с   конкретным   цитратом.   И     это  подтверждается    появлением  фенотипа  Mutator
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от мая 26, 2020, 15:15:37
Цитата: Питер от мая 26, 2020, 13:36:19Из  чего   в   данном   эксперименте   следует   "рост вероятности" ?   Растет  общая  гетерогенность  популяции,  появляются  новые  мутации. 
В смысле на каждом шаге прилично растёт число особей так, что, естественно, повышается вероятность всяких мутаций в целом по растущей популяции (в том числе и мутаций, благоприятствующих свойству Cit+)?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от мая 26, 2020, 16:31:24
А  почему      растет   число   особей   ?  Там  этого  нет  -    растут    пока  глюкоза  есть  и все,  шалишь. Цитрат        без   мутации    в  31000  поколении       есть  не  хотят. 
кстати,  31000  поколений    для  человека  - всего-то  750000   лет.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от мая 26, 2020, 16:38:56
Не пойму тогда почему растет гетерогенность популяции (без роста её числа) именно так, что это приводит к росту вероятности именно тех нейтральных мутаций, которые потом дадут свойство Cit+, дающее преимуществ в той среде, в которой популяция развивается?
  Что было бы если она развивалась в другой среде? Тоже, примерно, так же росла бы вероятность тех нейтральных мутаций, которые увеличивают вероятность появления свойства Cit+?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от мая 26, 2020, 16:53:17
Ну   давайте     глянем   на эксперимент.    Берем    100    мкл  (условно)   бактериальной     культуры     в     стационарной   фазе,          вливаем  в   10   мл     свежей   среды.     Растим   сутки -    отбираем  100  мкл  -  10  мл  свежей  среды  -   и  так    год  за  годом.  Каждые  сутки  возникают  новые  мутации    -   и  гетерогенность  популяции  растет   (100  мкл в   стационаре   -     это          сотни  тысяч  клеток).
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от мая 26, 2020, 17:41:34
О! так - наглядно! :)
Изначальная популяция – что ли относительно однородна (в смысле происходит от одного предка или не большёго их числа)?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от мая 26, 2020, 19:09:59
Цитата: Питер от мая 26, 2020, 14:07:24
Подпись  к  рис.  1.   Первый   эксперимент
Clade 1, Clade 2, Clade 3 («потенцированные» клады с повышенной вероятностью появления фенотипа Cit+, то есть способности питаться цитратом), New Cit+ clade — клада, способная питаться цитратом, произошедшая от клады 3 после 31 000 поколений (Cit+ evolves).

Дальше     повторные   эксперименты   -  и  Cit+   клады   образуются        во  всех   кладах,    с  большей  частотой  в   Clade  3.


правильно!

получается что мутация сит+ возникает во всех 3 кладах. На 189 экспериментов 12 одинаковых мутаций в одном и том же гене.это при 4400 генах у коли и бесконечном числе возможных комбинаций ошибок в копировании и репарации днк. Что то на случайность мутаций не похоже!

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от мая 26, 2020, 19:19:49
Только, на сколько понимаю (правда, не очень хорошо вник), Cit+ - это же не мутация, а фенотип: он, в разных вариантах появлялся как следствие самых разных мутаций.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от мая 27, 2020, 06:59:09
+1.  Фенотип    один   -  мутации   разные.    Даже  дупликации  разные.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от мая 27, 2020, 13:10:40
Цитата: Alexeyy от мая 26, 2020, 19:19:49
Только, на сколько понимаю (правда, не очень хорошо вник), Cit+ - это же не мутация, а фенотип: он, в разных вариантах появлялся как следствие самых разных мутаций.





На втором этапе («актуализация») изменилась регуляция гена citT, ответственного за поглощение цитрата из внешней среды. В результате ген стал работать в присутствии кислорода, хотя в норме у E. coli он работает только в анаэробных условиях. Это привело к появлению слабо выраженной, «зачаточной» способности использовать в пищу цитрат. Наконец, на этапе «совершенствования» новая функция была многократно усилена благодаря нескольким дупликациям (удвоениям) фрагмента хромосомы, несущего активированный ген citT.

я особо не вчитывался .Прочел жирный штифт вначале


ЦитироватьПриобретение фенотипа Cit+ во всех случаях было связано с тем, что ген citT начинал экспрессироваться в аэробных условиях. Но достигался этот результат разными путями. В части повторных опытов, как и в основном долгосрочном эксперименте, произошли тандемные дупликации, благодаря которым citT оказался под управлением аэробного промотора. Но границы дуплицированных участков в разных случаях были разными, а промотор, взявший на себя управление геном citT, не всегда был промотором гена rnk: в одном случае это был промотор гена rna. В нескольких повторных опытах тот же эффект был достигнут без дупликации — благодаря встраиванию мобильного генетического элемента IS3 в кодирующую часть гена citG, расположенного по соседству с citT (на рисунке слева). В этом мобильном элементе как раз имеется подходящий промотор.

да вы правы, мутации были разные, но не указано сколько каких. Хотя можно условно считать что и одна, отвечающая за подходящий промотор.

То что один фенотип проявляется при разных мутациях - это тоже очень интересно.

суть моего вопроса не изменилась: как при 4400 генах у коли при случайности мутаций,  в 189 опытах произошло 12 мутаций, частично одинаковых, в одном гене с появлением одинакового фенотипа?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от мая 27, 2020, 13:26:51
Во-первых,    это  все-таки  селективный   отбор   -     на    цитрат.   А   связанных с  обменом  цитрата  генов  много  меньше.
Во-вторых,      время   -   тысячи  поколений.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от мая 27, 2020, 13:36:17
Цитата: vit от мая 27, 2020, 13:10:40произошло 12 мутаций, частично одинаковых
Даже частично одинаковых - не может быть: даже при расчёте времён дивергенции разных таксонов вообще считается, что вероятность одинаковых мутаций пренебрежимо мала. Точнее, чисто статистически, не исключено, что могут быть одинаковы, но вероятность столь мала, что, уверен, что в рассматриваемом эксперименте они были разными. То, что происходила дупликация одного и того же гена в некоторых разных вариантах эксперимента - это, автоматически, не значит, что и соответствующие мутации были одинаковы.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от мая 27, 2020, 13:39:55
Цитата: Питер от мая 27, 2020, 13:26:51Во-первых,    это  все-таки  селективный   отбор   -     на    цитрат.
Так, значит, и промежуточные, нейтральные мутации, увеличивающие вероятность свойства Cit+ - не совсем нейтральны?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от мая 27, 2020, 13:44:19
Не    совсем.   Они   дают  возможность  чуть  лучше   жить  на  цитрате  -  но     их  преимущество  не  велико.  Опять  же    любой  фенотип  можно  реализовать  по  разным  путям  -    но  не  все     они  одинаково    полезны и  эффективны.   Перебор    вариантов    привел  в  конце   концов  к  успеху.   31000    поколений   -  и  цитрат  наш.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от мая 27, 2020, 13:51:38
А... тогда, вроде, никаких сенсаций...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от мая 27, 2020, 14:02:30
Никаких.   Вот   если  бы          за   10     поколений  и    100  линий   с  одной  и  той  же  мутацией  ...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от мая 27, 2020, 14:40:16
Или бы если бы почти сразу - в 5-10-м поколениях сразу бы требуемое свойство появилось бы :)

А вот как вот определить – слишком быстро ли эволюционные изменения произошли из-за того, что организм сам себя направлял по «нужному» направлению эволюционных изменений или же этого эффекта не было? Как понять?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от мая 27, 2020, 15:38:51
Цитата: Alexeyy от мая 27, 2020, 13:36:17
Цитата: vit от мая 27, 2020, 13:10:40произошло 12 мутаций, частично одинаковых
Даже частично одинаковых - не может быть: даже при расчёте времён дивергенции разных таксонов вообще считается, что вероятность одинаковых мутаций пренебрежимо мала.
в статье это не указано
мы статью обсуждаем, а так там много чего быть не может по СТЭ.
кстати различие мутаций говорит о отсутствии предварительных изменений
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от мая 27, 2020, 16:42:17
Цитата: vit от мая 27, 2020, 15:38:51в статье это не указано
Это у генетиков - общее место: подразумевается.

Цитата: vit от мая 27, 2020, 15:38:51мы статью обсуждаем, а так там много чего быть не может по СТЭ.
Например?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от мая 28, 2020, 12:49:48
Цитата: Alexeyy от мая 27, 2020, 16:42:17
Это у генетиков - общее место: подразумевается.

а как вы считаете, что более вероятно:случайные  одинаковые мутация в одном гене или случайные разные мутации в одном гене , которые приводят к одному фенотипу?
мне кажется второе менее вероятно.



Цитировать
Цитата: vit от мая 27, 2020, 15:38:51мы статью обсуждаем, а так там много чего быть не может по СТЭ.
Например?

в сотнях опытов в долгосрочного эволюционного эксперимента на бактериях E. coli  мутация в гене цитТ возникает в сотни раз чаще , чем её статистическая вероятность.
не говоря уже о том. что все мутации ведут к активации подходящего промотора и как следствие к одному и тому же фенотипу.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от мая 28, 2020, 13:53:51
Цитата: vit от мая 28, 2020, 12:49:48
а как вы считаете, что более вероятно:случайные  одинаковые мутация в одном гене или случайные разные мутации в одном гене , которые приводят к одному фенотипу?
мне кажется второе менее вероятно.
Нет, нет .... там даже в одном гене столь гигантское количеств возможных мутаций, что вероятность последовательных двух одинаковых мутаций в разных экспериментах просто заоблачно мала по сравнению с вероятностью последовательных двух разных мутаций в том же гене даже приводящих к одному и тому же результату. Если ген является ключевым для заданного свойства, то, по-моему, там, наверняка, будет гигантское число разных мутаций, изменяющих механику работы гена так, чтобы получался один и тот же результат.

Цитата: Alexeyy от мая 27, 2020, 16:42:17
в сотнях опытов в долгосрочного эволюционного эксперимента на бактериях E. coli  мутация в гене цитТ возникает в сотни раз чаще , чем её статистическая вероятность.
Мне бы было это очень интересно, если бы это было так. Можно подробнее?

П.С.: если это и так, то не уверен, что это противоречит СТЭ. Т.к. СТЭ говорит, что мутации – случайны. Но это не значит, что вероятность мутаций в любой части генома одинакова, что она не может меняться со временем, что эта вероятность не может зависеть от внешних факторов. И что эти внешние факторы не могут менять эту вероятность для разных участков генома по-разному. В постулатах СТЭ такого запрета не припомню. Впрочем, это может подразумеваться, но в самих по себе постулатах, по-моему, нет. Но как там не назови – предполагаю, что внешние условия могут влиять на вероятность мутаций в разных участках генома по разному.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от мая 28, 2020, 14:36:36
Вы  помещаете           колей  в   среду,   где     когда   глюкоза  кончается  -  остается   только   цитрат.   У  вас  происходят  мутации  в  разных  бактериях,  разные.   Но   только  если  она    ведет  к  усвоению    цитрата    -   вы  ее  увидите,   клон  начнет   расти  и    давить  все  остальные    бактерии   без  удачной  мутации.   А  мутаций    много   - на    рисунке  их    сотни в  секвенированных  клонах.
Все    мутации  ведут к  одному  и  тому   же     -  к  повышению  уровня   экспресии  гена  citT.  то  есть  результат  достигается  по  сути  одним  путем.   Но,  с  другой  стороны,     в  каждом  случае    мутация    своя   -    разные        дупликации,   использованием как  минимум   двух  промоторов  плюс   встройка  транспозона  со  своим  промотором.
И    вообще    в  мутагенезе          снаряды  в  одну  воронку      падают  редко  -  если  говорить о  конкретном  нуклеотиде  и  конкретной  замене в  этом  положении.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от мая 31, 2020, 17:24:38
https://elementy.ru/novosti_nauki/431898/V_dolgosrochnom_eksperimente_zafiksirovano_poetapnoe_formirovanie_evolyutsionnogo_novshestva
Повторные эксперименты показали, что вероятность приобретения полезного признака Cit+ постепенно росла в ряду «предковый штамм — клады 1 и 2 — клада 3». (https://elementy.ru/novosti_nauki/431898/V_dolgosrochnom_eksperimente_zafiksirovano_poetapnoe_formirovanie_evolyutsionnogo_novshestva%3Cbr%20/%3E%D0%9F%D0%BE%D0%B2%D1%82%D0%BE%D1%80%D0%BD%D1%8B%D0%B5%20%D1%8D%D0%BA%D1%81%D0%BF%D0%B5%D1%80%D0%B8%D0%BC%D0%B5%D0%BD%D1%82%D1%8B%20%D0%BF%D0%BE%D0%BA%D0%B0%D0%B7%D0%B0%D0%BB%D0%B8,%20%D1%87%D1%82%D0%BE%20%D0%B2%D0%B5%D1%80%D0%BE%D1%8F%D1%82%D0%BD%D0%BE%D1%81%D1%82%D1%8C%20%D0%BF%D1%80%D0%B8%D0%BE%D0%B1%D1%80%D0%B5%D1%82%D0%B5%D0%BD%D0%B8%D1%8F%20%D0%BF%D0%BE%D0%BB%D0%B5%D0%B7%D0%BD%D0%BE%D0%B3%D0%BE%20%D0%BF%D1%80%D0%B8%D0%B7%D0%BD%D0%B0%D0%BA%D0%B0%20Cit+%20%D0%BF%D0%BE%D1%81%D1%82%D0%B5%D0%BF%D0%B5%D0%BD%D0%BD%D0%BE%20%D1%80%D0%BE%D1%81%D0%BB%D0%B0%20%D0%B2%20%D1%80%D1%8F%D0%B4%D1%83%20%C2%AB%D0%BF%D1%80%D0%B5%D0%B4%D0%BA%D0%BE%D0%B2%D1%8B%D0%B9%20%D1%88%D1%82%D0%B0%D0%BC%D0%BC%20%E2%80%94%20%D0%BA%D0%BB%D0%B0%D0%B4%D1%8B%201%20%D0%B8%202%20%E2%80%94%20%D0%BA%D0%BB%D0%B0%D0%B4%D0%B0%203%C2%BB.)

по мнению авторов  цит+ тоже не случайность

ЦитироватьНо   только  если  она    ведет  к  усвоению    цитрата    -   вы  ее  увидите,   клон  начнет   расти  и    давить  все  остальные    бактерии   без  удачной  мутации.

какая то однобокая эволюция. мне кажется вариантов там было много и без цитрата.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от мая 31, 2020, 17:57:46
Это же это просто исследователи остальные, многочисленные мутации особо не видели: они не выживали и, естественно, не попадали в поле зрения.

Цитата: vit от мая 31, 2020, 17:24:38по мнению авторов  цит+ тоже не случайность

Ну предковые мутации возникли благодаря отбору. И, естественно, что и потомковая мутация имеет гораздо более высокую вероятность по сравнению с вариантом без наличия предковых.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от мая 31, 2020, 19:43:03
Цитата: Alexeyy от мая 31, 2020, 17:57:46
Ну предковые мутации возникли благодаря отбору. И, естественно, что и потомковая мутация имеет гораздо более высокую вероятность по сравнению с вариантом без наличия предковых.

какие предковые мутации?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от мая 31, 2020, 19:52:36
Малозначащие. В смысле малозначащие на внешние признаки искомого свойства. Которые, в эксперименте, ещё не приводят к искомому свойству, но лежат на пути к нему (какие-то незначительные подвижки дают к искомому свойству).
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 01, 2020, 12:27:54
Цитата: Alexeyy от мая 27, 2020, 14:40:16
Или бы если бы почти сразу - в 5-10-м поколениях сразу бы требуемое свойство появилось бы :)


как раз это меня бы не удивило
мутация случайна, значит первый раз она может появиться и при первом делении, а вот  невероятно частая повторяемость
мутаций в одном и том же гене - это очень удивляет
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 01, 2020, 12:29:46
Цитата: Alexeyy от мая 31, 2020, 19:52:36
Малозначащие. В смысле малозначащие на внешние признаки искомого свойства. Которые, в эксперименте, ещё не приводят к искомому свойству, но лежат на пути к нему (какие-то незначительные подвижки дают к искомому свойству).

в каком гене какая мутация?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июня 01, 2020, 13:05:03
На, условно, 1 и 2 этапах до массового распространения бактерий с новым свойством (как таковое, до появления искомого свойства):

"Повторные эксперименты с размороженными представителями предковых поколений показали, что потенцирующих мутаций было как минимум две: одна появилась после 15 000 поколений, другая после 20 000. На втором этапе («актуализация») изменилась регуляция гена citT, ответственного за поглощение цитрата из внешней среды. В результате ген стал работать в присутствии кислорода, хотя в норме у E. coli он работает только в анаэробных условиях. Это привело к появлению слабо выраженной, «зачаточной» способности использовать в пищу цитрат. Наконец, на этапе «совершенствования» новая функция была многократно усилена благодаря нескольким дупликациям (удвоениям) фрагмента хромосомы, несущего активированный ген citT. Только после этого численность бактерий-мутантов увеличилась и они стали доминировать в своей популяции." (цитата из элементов).
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июня 01, 2020, 13:12:17
Геном   Е.coli   примерно  8000   белок   кодирующих  генов.  В  первом  делении   мутация    должна  попасть в  нужный  ген  и  это  должна   быть  правильная  мутация  -  что   и  впрямь  невероятно.   Если  бы   это   было  так  -  то  тогда  точно         бактерия   знала,  что      она  таки  попадет в   цитрат   -  и  знала,  что  надо  поменять в   своем  генома   для  оптимального  ответа  на  новую  среду.
В    данном  случае     бактерии  растут  на  среде  с  двумя  источниками   еды   -  глюкозой  и  цитратом.    Все      радостно    едят    глюкозу  -  пока  она  есть.  Она  кончается,  и  тут     вперед   выходят  клетки,  которые   хоть  как-то могут  есть  цитрат.    пусть  и  очень  плохо.   Их  доля  в  среде   хоть  чуть-чуть  -  но  растет.   На   следующих  пассажах   на  фоне  уже    этих  чуть-чуть    едящих  цитрат  клеток    происходит    вторая   волна  мутагенеза  -    и в  итоге  рождается  она,        поедательница   цитрата.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 01, 2020, 14:10:12
Цитата: Alexeyy от июня 01, 2020, 13:05:03
На, условно, 1 и 2 этапах до массового распространения бактерий с новым свойством (как таковое, до появления искомого свойства):

"Повторные эксперименты с размороженными представителями предковых поколений показали, что потенцирующих мутаций было как минимум две: одна появилась после 15 000 поколений, другая после 20 000.

в каком гене и какая мутация?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 01, 2020, 14:26:21
Цитата: Питер от июня 01, 2020, 13:12:17
Геном   Е.coli   примерно  8000   белок   кодирующих  генов.

а я думал 4 млн. нуклеотидов и 4тыс. генов.
по теории вероятности не имеет значения каким по счету происходит конкретное случайное событие, но оно не может повторяться чаще статистической вероятности. В данном случае 8000 х число  возможных фенотипов цит+.Это минимум 1/8000, у  Ленски  получилось 1/16.

Цитата: Питер от июня 01, 2020, 13:12:17
В    данном  случае     бактерии  растут  на  среде  с  двумя  источниками   еды   -  глюкозой  и  цитратом.   

там было много источников электронов,
да и пища не единственный фактор эволюции

особо не вчитывался: цитрат они сбаживали или по кребсу?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июня 01, 2020, 15:16:51
Цитата: vit от июня 01, 2020, 14:10:12
Цитата: Alexeyy от июня 01, 2020, 13:05:03
На, условно, 1 и 2 этапах до массового распространения бактерий с новым свойством (как таковое, до появления искомого свойства):

"Повторные эксперименты с размороженными представителями предковых поколений показали, что потенцирующих мутаций было как минимум две: одна появилась после 15 000 поколений, другая после 20 000.

в каком гене и какая мутация?
Не знаю.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от июня 01, 2020, 15:46:10
Цитата: vit от мая 27, 2020, 15:38:51так там много чего быть не может по СТЭ.

Правильно я понял, уважаемый топикстартер, что полемику Вы организовали ради обоснования именно этого - показать ограниченность СТЭ?
Если это так, что сможете предложить взамен господствующей теории?

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от июня 01, 2020, 15:52:47
Цитата: vit от июня 01, 2020, 14:26:21да и пища не единственный фактор эволюции

О каких факторах речь?
В перечне элементарных эволюционных факторов пища не указывается. Она не вызывает и не закрепляет уже вызванные изменения в генетической структуре популяций.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от июня 01, 2020, 16:01:33
Цитата: vit от июня 01, 2020, 14:26:21особо не вчитывался:

Уважаемый vit, проявите, пожалуйста, учтивость. Даже в том случае, если Вы являетесь профессиональным биологом, чей опыт и достижения сравнимы с таковыми Вашего оппонента, к которому обращен, так сказать, вопрос. Его время дорогого стоит, как, впрочем, возможно, Ваше, почему, думаю, стоило и вчитаться, и вопрос задать по форме, со знаком вопроса и разъяснением, почему для Вас важно, сбраживается ли цитрат подобному тому, как это происходит в сыроварении и при чем, в связи с этим, цикл трикарбоновых кислот.   
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от июня 01, 2020, 16:06:31
Цитата: vit от июня 01, 2020, 14:26:21а я думал 4 млн. нуклеотидов и 4тыс. генов.

Почему Вы так думали, можно поподробнее. И с элементами теории вероятности, как я полагаю, недаром упомянутых тут.
Мне, лично, это непонятно, почему и задаю соответствующий вопрос.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от июня 01, 2020, 16:09:38
Цитата: vit от июня 01, 2020, 14:10:12в каком гене и какая мутация?

А Вы как думаете?
Вас это волнует, коли дважды задали один и тот же вопрос. Значит, предположу, для Вас важно, чтобы мутация произошла в каком-то определенном гене. Очень может быть, что Вы, даже, знаете - или предполагаете - в каком.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от июня 01, 2020, 16:21:47
Цитата: vit от мая 27, 2020, 13:10:40Хотя можно условно считать что и одна, отвечающая за подходящий промотор.

Не очень понял, что Вы имели в виду. Можно - про мутацию, отвечающую  з а  п р о м о т о р  - поподробнее? 
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от июня 01, 2020, 16:23:09
Цитата: vit от мая 27, 2020, 13:10:40То что один фенотип проявляется при разных мутациях - это тоже очень интересно.

Вот, почему это может быть интересно?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от июня 01, 2020, 16:32:53
Цитата: vit от мая 28, 2020, 12:49:48мутация в гене цитТ возникает в сотни раз чаще , чем её статистическая вероятность.

Какая статистическая вероятность у этой конкретной мутации? Вам удалось ее посчитать?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 01, 2020, 19:12:26
Цитата: Alexeyy от июня 01, 2020, 15:16:51
Цитата: vit от июня 01, 2020, 14:10:12
Цитата: Alexeyy от июня 01, 2020, 13:05:03
На, условно, 1 и 2 этапах до массового распространения бактерий с новым свойством (как таковое, до появления искомого свойства):

"Повторные эксперименты с размороженными представителями предковых поколений показали, что потенцирующих мутаций было как минимум две: одна появилась после 15 000 поколений, другая после 20 000.

в каком гене и какая мутация?
Не знаю.

тогда на каком основании автор делает вывод, что потенцирующих мутаций было как минимум две: одна появилась после 15 000 поколений, другая после 20 000.
и там было еще вроде бы что цит+ развивался в несколько этапов?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 01, 2020, 19:29:47
Цитата: Evol от июня 01, 2020, 16:32:53
Цитата: vit от мая 28, 2020, 12:49:48мутация в гене цитТ возникает в сотни раз чаще , чем её статистическая вероятность.

Какая статистическая вероятность у этой конкретной мутации? Вам удалось ее посчитать?


Цитата: Питер от Сегодня в 13:12:17

    Геном   Е.coli   примерно  8000   белок   кодирующих  генов.


а я думал 4 млн. нуклеотидов и 4тыс. генов.
по теории вероятности не имеет значения каким по счету происходит конкретное случайное событие, но оно не может повторяться чаще статистической вероятности. В данном случае 8000 х число  возможных фенотипов цит+.Это минимум 1/8000, у  Ленски  получилось 1/16.


а в кладе3 1/5 вместо минимум1/8000 х Х( не известно сколько мутаций в цитТ приводит к цит+)
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июня 01, 2020, 20:26:26
Цитата: vit от июня 01, 2020, 19:12:26тогда на каком основании автор делает вывод, что потенцирующих мутаций было как минимум две: одна появилась после 15 000 поколений, другая после 20 000.
Ну они же увидели эти мутации: я просто толком не вникал в статью и не знаю ответ где именно они видели. А какая разница.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 02, 2020, 13:04:44
Цитата: Alexeyy от июня 01, 2020, 20:26:26
Цитата: vit от июня 01, 2020, 19:12:26тогда на каком основании автор делает вывод, что потенцирующих мутаций было как минимум две: одна появилась после 15 000 поколений, другая после 20 000.
Ну они же увидели эти мутации: я просто толком не вникал в статью и не знаю ответ где именно они видели. А какая разница.

мне кажется они просто увидели, что число цит+ увеличивается от клады 1 к 3 и сделали такой вывод. А мутаций вроде бы не было



Авторы отсеквенировали геномы 29 бактерий из популяции Ara-3, замороженных в разное время. Это позволило построить эволюционное дерево, показанное на рис. 1. Оказалось, что популяция оставалась генетически разнообразной на протяжении почти всей своей истории. В результате мутаций и отбора из одного предкового клона получилось несколько генетически различающихся линий (клад), но они не спешили вытеснять друг друга. Скорее всего, это значит, что большинство генетических различий между кладами были нейтральными, то есть не влияли на приспособленность (а в некоторых случаях, как уже говорилось, могло идти взаимное приспособление и раздел ниш).


зафиксировались какие-то мутации, которые сами по себе не давали возможности питаться цитратом, но повысили вероятность развития этой способности в будущем. Разумеется, «потенцирующие» мутации зафиксировались не потому, что микробы планируют свою эволюцию наперед. Эти мутации либо были нейтральными и зафиксировались случайно, либо были полезны для чего-то другого. Подготовка к приобретению способности питаться цитратом была побочным эффектом, которого естественный отбор не мог предусмотреть.

Какие именно мутации, характерные для клады 3, сыграли роль «потенцирующих», установить пока не удалось. Хорошим кандидатом является мутация в гене arcB, потому что повреждение этого гена активирует цикл трикарбоновых кислот — биохимический путь, позволяющий клетке эффективно утилизировать цитрат (если клетка вдруг сумеет его где-то раздобыть в больших количествах). Может быть, повреждение гена arcB превратило мутации, активирующие транспорт цитрата в клетку, из нейтральных или вредных в полезные? Предположение выглядит правдоподобным, но авторы пока не сумели подтвердить его экспериментально.
(http://elementy.ru/novosti_nauki/431898/V_dolgosrochnom_eksperimente_zafiksirovano_poetapnoe_formirovanie_evolyutsionnogo_novshestva)
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 03, 2020, 10:09:25
ЦитироватьКакие именно мутации, характерные для клады 3, сыграли роль «потенцирующих», установить пока не удалось. Хорошим кандидатом является мутация в гене arcB, потому что повреждение этого гена активирует цикл трикарбоновых кислот — биохимический путь, позволяющий клетке эффективно утилизировать цитрат (если клетка вдруг сумеет его где-то раздобыть в больших количествах).

очень интересная фраза!
цикл трикарбоновых кислот(цикл кребса) процесс клеточного дыхания аэробов, с использованием глюкозы, а не цитрата.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от июня 03, 2020, 10:15:36
Цитата: vit от июня 03, 2020, 10:09:25(цикл кребса) процесс клеточного дыхания

Может, если точнее - только один из этапов процесса, а не процесс в целом. И, если возможно, писать "кребс" с заглавной буквы.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июня 03, 2020, 10:49:36
Цитата: vit от июня 02, 2020, 13:04:44
Цитата: Alexeyy от июня 01, 2020, 20:26:26
Цитата: vit от июня 01, 2020, 19:12:26тогда на каком основании автор делает вывод, что потенцирующих мутаций было как минимум две: одна появилась после 15 000 поколений, другая после 20 000.
Ну они же увидели эти мутации: я просто толком не вникал в статью и не знаю ответ где именно они видели. А какая разница.

мне кажется они просто увидели, что число цит+ увеличивается от клады 1 к 3 и сделали такой вывод. А мутаций вроде бы не было

Какие именно мутации, характерные для клады 3, сыграли роль «потенцирующих», установить пока не удалось.

Да вроде бы ... :) В Общем, мы толкм то в статье и не разбирались :) Пэтому, думаю, преждевременно было бы делать какие-то далеко идущие выводы :)
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 03, 2020, 11:09:30
Цитата: Alexeyy от июня 03, 2020, 10:49:36
Да вроде бы ... :) В Общем, мы толкм то в статье и не разбирались :) Пэтому, думаю, преждевременно было бы делать какие-то далеко идущие выводы :)

согласен в том, что статью нужно изучать. Периодически всплывают странные для научной статьи заявления.
 

Какие именно мутации, характерные для клады 3, сыграли роль «потенцирующих», установить пока не удалось.


Хорошим кандидатом является мутация в гене arcB, потому что повреждение этого гена активирует цикл трикарбоновых кислот — биохимический путь, позволяющий клетке эффективно утилизировать цитрат


Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от июня 03, 2020, 11:18:11
И что тут странного - то, что установить не удалось или то, что имеется привязка к циклу трикарбоновых кислот?
Мне, лично, непонятно.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июня 03, 2020, 12:35:37
В   топку   дискуссии   две  ссылочки

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26833416/

Тот     же   фенотип   -  но   за  менее  100    поколений.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26883821/

И  о  том,  почему       результаты  так   сильно  не  совпадаю    по  числу  поколений.   
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 03, 2020, 12:51:41
Цитата: Питер от июня 03, 2020, 12:35:37
В   топку   дискуссии   две  ссылочки

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26833416/

We conclude that the rarity of the LTEE mutant was an artifact of the experimental conditions and not a unique evolutionary event. No new genetic information (novel gene function) evolved.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июня 03, 2020, 12:59:56
Цитата: vit от июня 03, 2020, 11:09:30Периодически всплывают странные для научной статьи заявления.  Какие именно мутации, характерные для клады 3, сыграли роль «потенцирующих», установить пока не удалось. Хорошим кандидатом является мутация в гене arcB, потому что повреждение этого гена активирует цикл трикарбоновых кислот — биохимический путь, позволяющий клетке эффективно утилизировать цитрат
Что-то не пойму чего тут могло бы быть странного.
  Вообще если бы экспериментально было бы показано, что организм как-то направляет развитие собственных мутаций, то это была бы бомба и, по идее, авторы такой статьи вмиг стали бы чрезвычайно широко известными в своих кругах (а к этому - и гранты и т.д. и т.п.) и, поэтому, ни бы обязательно упомянули бы о таком результате прямо и это бы упомянул в Элементов и Марков. Поэтому, думаю, что вряд ли в обсуждавшейся статье такое есть.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июня 03, 2020, 13:21:25
Vit,    вы   вторую    статью  гляньте.    С  объяснением   таких    различий  в  сроках.

Но  что  главное    - видимо,   есть  только  один    магистральный  путь  -  дупликация Cit.   который   реализуется      быстрее  или  медленнее   от  жесткости условий  отбора.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 03, 2020, 13:30:49
Цитата: Питер от июня 03, 2020, 13:21:25
Vit,    вы   вторую    статью  гляньте.    С  объяснением   таких    различий  в  сроках.

Но  что  главное    - видимо,   есть  только  один    магистральный  путь  -  дупликация Cit.   который   реализуется      быстрее  или  медленнее   от  жесткости условий  отбора.

во второй статье сказано, что долгосрочный эволюционный эксперимент на бактериях E. coli был "неправильно" произведен. Ленски "мешал" колям быстро переключиться на цитрат, что соответствует их природе и не требует evolutionary event.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июня 03, 2020, 13:44:03
Что   такое   "правильно"    -   это    вопрос   сложный.  Важно,  что    в  условиях          полной     жжжж    с  едой       варианты  ищутся  быстрее.    7    дней  голодухи  -    это  не  день  у  Ленски.
НО    ВАРИАНТ  -  ТОТ  ЖЕ.   Детали  мутаций отличаются,  но  глобальное  -    повышение  уровня  одного    ключевого   белка.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 03, 2020, 15:50:08
Цитата: Питер от июня 03, 2020, 13:44:03
Детали  мутаций отличаются,  но  глобальное  -    повышение  уровня  одного    ключевого   белка.





No new genetic information (novel gene function) evolved.

Copyright © 2016, American Society for Microbiology. All Rights Reserved.
(https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26833416/)
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июня 03, 2020, 16:22:11
У меня есть такое подозрение, что организм как-то может "понимать" как нужно себя изменить с помощью мутаций, чтобы лучше подстроиться под внешние условия. Причём, делает это не потому, что «знает» какая конкретна мутация для этого нужна, а потому, что может «оценивать» наиболее вероятную область генома, которую нужно как-то изменить для увеличения приспосабливаемости и, поэтому, предполагаю, что в этой области организм и увеличивает вероятность мутаций. Какие-то из них  оказываются «гиблыми», какие-т не очень, а какие-то – успешными и закрепляются. Но, предполагаю, что этот механизм работает очень медленно. Т.к., предполагаю, этот механизм приспосабливаемости – эволюционно очень, очень древний и т.к. в те далёкие времена темпы эволюции были много ниже, то и соответствующий механизм должен быть медленным.  И, предполагаю, что поэтому этот механизм в эксперименте обнаружить относительно непросто. И, на сколько знаю, не обнаружен.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Игорь Антонов от июня 03, 2020, 17:40:31
Цитата: Alexeyy от июня 03, 2020, 16:22:11И, предполагаю, что поэтому этот механизм в эксперименте обнаружить относительно непросто. И, на сколько знаю, не обнаружен.

Вот работа по этому направлению:

Induced Mutations in Yeast Cell Populations Adapting to an Unforeseen Challenge (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4207790/)
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 04, 2020, 10:38:48
Цитата: Alexeyy от июня 03, 2020, 16:22:11
У меня есть такое подозрение, что организм как-то может "понимать" как нужно себя изменить с помощью мутаций, чтобы лучше подстроиться под внешние условия.

поэтому,было бы не плохо, что бы эволюционисты как-то актуализировали теорию мутагенеза
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июня 04, 2020, 11:21:35
Судя, по приведённой Антоном статье, в этом направлении работают (да и я, в некотором теоретическом отношении, немного, исследую этот вопрос).
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 14, 2020, 22:39:15
Цитата: Alexeyy от мая 27, 2020, 13:36:17
Цитата: vit от мая 27, 2020, 13:10:40произошло 12 мутаций, частично одинаковых
Даже частично одинаковых - не может быть: даже при расчёте времён дивергенции разных таксонов вообще считается, что вероятность одинаковых мутаций пренебрежимо мала. Точнее, чисто статистически, не исключено, что могут быть одинаковы, но вероятность столь мала, что, уверен, что в рассматриваемом эксперименте они были разными. То, что происходила дупликация одного и того же гена в некоторых разных вариантах эксперимента - это, автоматически, не значит, что и соответствующие мутации были одинаковы.


https://elementy.ru/novosti_nauki/431746/Parallelnaya_evolyutsiya_izuchena_v_eksperimente_na_bakteriyakh (https://elementy.ru/novosti_nauki/431746/Parallelnaya_evolyutsiya_izuchena_v_eksperimente_na_bakteriyakh)
Эксперимент, в ходе которого 115 линий кишечной палочки независимо друг от друга приспосабливались к высокой температуре, показал, что к одной и той же эволюционной «цели» ведет множество путей. За 2000 поколений в каждой линии закрепилось в среднем по 11 мутаций, из которых около 80% были полезными. Мутации у разных линий были в основном разными: из 634 несинонимичных точечных мутаций лишь 157 обнаружены более чем в одной линии. При этом многие линии приспособились к высокой температуре за счет разных изменений одних и тех же генов: две произвольно выбранные линии имели в среднем лишь 2,6% общих мутаций, но целых 20% общих генов, затронутых мутациями.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июня 14, 2020, 22:51:17
Да... выходит, был не прав на счёт ничтожно малой вероятности одинаковых мутаций в разных линиях.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июня 15, 2020, 09:58:23
Одни  и  те  же  гены   -   не  одни  и  те  же  мутации.   И   повторные  мутации      есть  -  но   они  относительно  редкие.  И  это    обычно    особые  условия  мутирования  -   например,  два  простых  повтора   подряд   повышают  риск  делеции   одного  повтора.  У   млеков  СрG     динуклеотиды    часто  мутируют  через  метилирование.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июня 15, 2020, 10:22:05
Что ли почти все повторные мутации это когда какой-то один класс мутации, с большой вероятностью приводит к одной и той же мутации?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июня 15, 2020, 14:10:17
Вот   смотрите   -    есть в  геноме  подряд   два   повтора CAGCAG.   При     ошибке  репликации  один  из   триплетов  может      уйти  -  будет  делеция.     В  итоге      данная  мутация   может  возникать       в  том  же  месте    неоднократно.    Как  пример    мутация  deltaF508  при    муковисцидозе.  Самая   частая   при  этом  заболевании,   ее   неоднократное       возникновение   подтвержденный   факт.   
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июня 15, 2020, 16:00:31
В общем, получается, что вероятность некоторых мутаций - очень высока по сравнению с другими и, соответственно, относительно высока вероятность и повтора?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 15, 2020, 16:05:04
Цитата: Питер от июня 15, 2020, 09:58:23
  И   повторные  мутации      есть  -  но   они  относительно  редкие.

2,5% это не так уж и редко
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 15, 2020, 16:19:13
Цитата: Alexeyy от июня 15, 2020, 16:00:31
В общем, получается, что вероятность некоторых мутаций - очень высока по сравнению с другими и, соответственно, относительно высока вероятность и повтора?

мутации у коли происходят за счет ошибок в репарации днк. получается ферменты специально не исправляет какие то ошибки. такое трудно представить

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июня 15, 2020, 16:27:09
Ну я могу себе представить, что некоторые ошибки репликации имеют очень высокую вероятность в силу каких-то чисто биофизических причин. Почему бы и нет?
  Ну и да: может, так возникло за счёт отбора: существуют же особо консервативные участки генома, слишком частые мутации в которых чреваты негативными последствиями (т.к. эти участки лежат ближе к основанию архитектуры всего организма). Соответственно, должны быть участки в которых сильно противостоять мутациям смысла особо и нет.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 15, 2020, 21:34:31
Цитата: Alexeyy от июня 15, 2020, 16:27:09
Ну я могу себе представить, что некоторые ошибки репликации имеют очень высокую вероятность в силу каких-то чисто биофизических причин. Почему бы и нет?   

(https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/a/a2/DNA_transcription.png)

ген это участок днк, состоящей из последовательностей 4 нуклеотидов. Они абсолютно идентичны.
Цитата: AlexeyyНу и да: может, так возникло за счёт отбора

вот это утверждение, как мне кажется, не далеко от истины.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: василий андреевич от июня 16, 2020, 07:04:11
Цитата: vit от июня 15, 2020, 21:34:31ген это участок днк, состоящей из последовательностей 4 нуклеотидов
У Вас так получилось, будто вся ДНК с ее тусовкой из генов с интронами состоит не из этих четырех  :)
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июня 16, 2020, 07:11:20
Это    не   совсем  так.    Если  у  вас  есть    участок    где  идет   6     букв   подряд     -  высок  риск,  что  полимераза  ошибется  и   будет    в  дочерней  нитке    5  или  7    букв.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 16, 2020, 17:32:12
Цитата: василий андреевич от июня 16, 2020, 07:04:11
Цитата: vit от июня 15, 2020, 21:34:31ген это участок днк, состоящей из последовательностей 4 нуклеотидов
У Вас так получилось, будто вся ДНК с ее тусовкой из генов с интронами состоит не из этих четырех  :)

ген это участок днк
днк состоит только из нуклеотидов
нуклеотиды бывают 4х видов и различаются только азотистыми основаниями которые в них входят агст

насколько мне известно, имея цепь днк с обозначенными нуклеотидами, например: ааааттттттсатгагагаттттсасасатататат, невозможно понять где один ген заканчивается и др.начинается , это умеют только рибосомы делать, хотя может быть это и устарелая инфа 
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июня 16, 2020, 18:20:51
Цитата: vit от июня 15, 2020, 21:34:31
Цитата: Alexeyy от июня 15, 2020, 16:27:09
Ну я могу себе представить, что некоторые ошибки репликации имеют очень высокую вероятность в силу каких-то чисто биофизических причин. Почему бы и нет?   

(https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/a/a2/DNA_transcription.png)

ген это участок днк, состоящей из последовательностей 4 нуклеотидов. Они абсолютно идентичны.
Что-то не соображу: к чему это? Я – в курсе.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 16, 2020, 18:39:17
Цитата: Alexeyy от июня 16, 2020, 18:20:51
Что-то не соображу: к чему это? Я – в курсе.

если днк биохимикофизически однородна, то почему Вы можете себе представить, что некоторые ошибки репликации имеют очень высокую вероятность в силу каких-то чисто биофизических причин?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июня 16, 2020, 19:02:22
Не совсем однородна: она имеет вторичную (третичную) структуру. Предполагаю, что она, вообще говоря, как-то влияет на мутагенез (структура) в процессе репликации. От этого, конечно, есть надёжные механизмы защиты, но, предполагаю, не со 100% - вероятностью. И, соответственно, на каких-то участках репликации больше, на каких-то - меньше. В силу того, что упомянутая структура в процессе репликации будет как-то смещаться/модифицироваться. Словом, оказывать разное влияние.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 16, 2020, 20:49:39
Цитата: Alexeyy от июня 16, 2020, 19:02:22
Не совсем однородна: она имеет вторичную (третичную) структуру. Предполагаю, что она, вообще говоря, как-то влияет на мутагенез (структура) в процессе репликации.
во вторичную и тд днк упакована в период покоя в хромосоме, а во время репликации и репарации днк в виде простой цепи.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июня 16, 2020, 21:03:16
Но структуру то она всё равно какую-то имеет: не прямая. Неизбежно будет так или иначе скручиваться. Что зависит от этапа репликации. Ферменты этому будут препятствовать. Это и имел в виду под вторичной структурой (не ту вторичную структуру, которая имеется в архивной форме). В общем, вся нереплицируемая часть ДНК будут постоянно вносить в процесс репликации «шум», зависящий от этапа репликации.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 16, 2020, 21:26:01
Цитата: Alexeyy от июня 16, 2020, 21:03:16
Но структуру то она всё равно какую-то имеет: не прямая. Неизбежно будет так или иначе скручиваться.

(https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/d/d0/DNA_replication_numbered.svg/1024px-DNA_replication_numbered.svg.png)

во время репликации и репарации днк не скручивается
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июня 17, 2020, 10:41:21
Я   вам  написал   конкретный    пример  -  вероятность  ошибок   на  гомополимерных  трактах  (типа  олигоП, олигоА)   выше.    веброятность  ошибок  на  простых  повторах  типа   СА    выше.  Вероятность  мутирования  CpG   динуклеотидов  выше.
Во  время  репликации  и  репарации   структура   ДНК   все  равно   есть  -  и  она  определяется   взаимодействием   ДНК  в  области со   всеми  компонентами  репарационно-репликационного  комплекса.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июня 17, 2020, 10:51:56
Цитата: vit от июня 16, 2020, 21:26:01во время репликации и репарации днк не скручивается
В курсе. Имел  виду, что они скручиваются не в пары, а как-то одномерная ДНК сама на себя и на ферменты загибается (хаотично). Не в смысле скручивается в двойную спираль, а не ровная какая-то, имеет какую-то полухаотичную форму, где-то, может, слипается сама с собой, где-то с ферментами... 
  Строго говоря, Вы правы: это не скручивание, а просто какая-то структура, которая зависит от этапа репликации.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июня 17, 2020, 10:54:41
Цитата: Питер от июня 17, 2020, 10:41:21вероятность  ошибок   на  гомополимерных  трактах  (типа  олигоП, олигоА)   выше.    веброятность  ошибок  на  простых  повторах  типа   СА    выше.  Вероятность  мутирования  CpG   динуклеотидов  выше.
А на сколько выше?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июня 17, 2020, 10:59:16
В    цифрах   ?   Не  скажу -   надо  поискать  прямые  эксперименты  на   этот  счет. 
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июня 17, 2020, 11:47:20
А каков порядок цифр не помните?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июня 17, 2020, 12:31:53
У человека мутации с изменением числа
Простых повторов имеют частоту примерно на два три порядка выше частоты точковых мутаций
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 17, 2020, 20:47:44
Цитата: Питер от июня 17, 2020, 10:41:21
Я   вам  написал   конкретный    пример  -  вероятность  ошибок   на  гомополимерных  трактах  (типа  олигоП, олигоА)   выше.    веброятность  ошибок  на  простых  повторах  типа   СА    выше.  Вероятность  мутирования  CpG   динуклеотидов  выше.
статистическая вероятность выше?


Цитата: Питер от июня 17, 2020, 10:41:21
Во  время  репликации  и  репарации   структура   ДНК   все  равно   есть  -  и  она  определяется   взаимодействием   ДНК  в  области со   всеми  компонентами  репарационно-репликационного  комплекса.
первичная структура есть, но не вторичная или третичная и она определяется хеликазой
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июня 17, 2020, 20:54:50
Вы правы: я не правильно выразился и это - не вторичная структура, а первичная.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июня 17, 2020, 21:02:08
Да,  статистическая   -    но  определяется  проскальзыванием    ДНК  полимеразы   на  гомополимерных  матрицах.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 19, 2020, 11:04:56
Цитата: Питер от июня 17, 2020, 21:02:08
Да,  статистическая 

статистической вероятностью называется возможное появление случайного события при большом числе повторений. скажем кубик с вероятностью 1/6 выпадает на одну из его 6 сторон, а в опытах Лански, вероятность мутаций цит+  равна 1/4500 генов у коли.
Любой событие происходящее чаще его стат. вероятности не является случайным.
Цитата: Питер от июня 17, 2020, 21:02:08-    но  определяется  проскальзыванием    ДНК  полимеразы   на  гомополимерных  матрицах.
конечно днк полимераза может ошибаться и проскальзывать, но тогда в месте проскальзывания не будет водородной связи и вторичная структура днк в этом месте будет неправильной и мутС её исправит.Или Вы что то другое имели ввиду?


Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июня 19, 2020, 12:33:42
Раз   исправит,  два  исправит  -   и  пропустит.  Нет  систем,  работающих   без  ошибок   -   но  есть    варианты,  где    вероятность  ошибок  повышено.  Тракты    из  одной     буквы  -   такой   вариант.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 19, 2020, 14:47:46
Цитата: Питер от июня 19, 2020, 12:33:42
Раз   исправит,  два  исправит  -   и  пропустит.  Нет  систем,  работающих   без  ошибок   -   но  есть    варианты,  где    вероятность  ошибок  повышено.  Тракты    из  одной     буквы  -   такой   вариант.

это все равно что авто без колеса, на заводе конечно могли сделать ошибку и контроль ее тоже Раз   исправит,  два  исправит  -   и  пропустит. но авто без колеса никак не поедет. так же и днк с пропуском не может "ехать", поэтому или репарируется или брак на помойку.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июня 19, 2020, 14:59:47
Почему   не  поедет  ?    Поедет  -   но  не  очень  хорошо.    Если   это    бактерия  -    будет  мутация  в  конкретном  гене.   Если   это  не    необходимый  на  100%  ген  -     будет  жить.    Возможно,  хуже.  Возможно,  лучше    Есди  диплоид  -    будет  гетерозиготная  мутация.  До  гомозиготности  можно     жить.
Было  бы  прекрасно,  если  бы  репарировалось 100%   всех  повреждений    ДНК.   Рака  бы  не  было.    Не    получается.
С  другой   стороны,   без  этого мутагенеза  не    будет  генетического  разнообразия  как   топлива   для   эволюции.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 19, 2020, 15:25:21
Цитата: Питер от июня 19, 2020, 14:59:47
   Если   это    бактерия  -    будет  мутация  в  конкретном  гене.   


проскальзыванием    ДНК  полимеразы   на  гомополимерных  матрицах.


под проскальзыванием я понял, что по Вашему, днк полимераза не строит участок напротив  гомополимерных  матриц.


Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июня 19, 2020, 16:39:15
Нет.  Вот  есть  тракт  олиго(Т).  По  нему   ползет   полимераза,  строит  трек  олиго  А.  В    идеале    всегда  есть  дуплекс   -   но  возможно,  что    этот     дуплекс   чуть    подплавится   -    и  образуется   свободный          кончик     олиго(А),  не   связанны  с   Т.  И  этот  кончик    может      при    образовании     дуплекса  по  новой  образовать    дуплекс  не с  правильным  по  счету  Т   -  а  с  другим.    Полимераза  продолжит     строить   олиго(А)   -  и  достроит   до  конца   олиго(Т).  Но  длина    олиго(А)    будет     больше,    чем      блок  олиго(Т).
Рисовать  надо    -  на  словах  сложно.

https://www.researchgate.net/figure/Schematic-illustration-of-the-strand-slippage-replication-at-STR-24_fig1_626558
Тут  повторы,   но с   олигами  все  также.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 19, 2020, 18:59:46
Цитата: Питер от июня 19, 2020, 16:39:15
Нет.  Вот  есть  тракт  олиго(Т).  По  нему   ползет   полимераза,  строит  трек  олиго  А.  В    идеале    всегда  есть  дуплекс   -   но  возможно,  что    этот     дуплекс   чуть    подплавится   -    и  образуется   свободный          кончик     олиго(А),  не   связанны  с   Т.  И  этот  кончик    может      при    образовании     дуплекса  по  новой  образовать    дуплекс  не с  правильным  по  счету  Т   -  а  с  другим.    Полимераза  продолжит     строить   олиго(А)   -  и  достроит   до  конца   олиго(Т).  Но  длина    олиго(А)    будет     больше,    чем      блок  олиго(Т).
Рисовать  надо    -  на  словах  сложно.
Вы хотите сказать что в а-т не образовалась водородная связь? главное что бы первичная структура была правильной




https://www.researchgate.net/figure/Schematic-illustration-of-the-strand-slippage-replication-at-STR-24_fig1_626558

открывается каталог
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июня 20, 2020, 07:31:04
Картинку  поищу.   
Образовалась  петля.   У   вас     есть        две  нитки с  одинаковыми   по  числу   узелками.  Вы  сопоставляете     узелки   на  нитках.  Ошибаетесь   -   и  пропускаете  пару  узелков  на  одной  нитке. Эти       узелки   образуют  петлю  -  но  нитка  оказывается   короче.  Но   вам   нужны  нитки  одинаковой   длины   -  и к  более  короткой   довязываете  кусочек  с   новыми     узелками.    Потом     делите   две   эти  нитки   -  и   получаете     две  нитки  с  разным  числом     узелков.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июня 20, 2020, 07:35:57
Два  видео.  Увы  -  на    языке.
https://www.youtube.com/watch?v=fAgAU9y3yW8
https://www.youtube.com/watch?v=bdcCkgGkI5E
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 20, 2020, 15:46:07
Цитата: Питер от июня 20, 2020, 07:31:04
Картинку  поищу.   
Образовалась  петля.   У   вас     есть        две  нитки с  одинаковыми   по  числу   узелками.  Вы  сопоставляете     узелки   на  нитках.  Ошибаетесь   -   и  пропускаете  пару  узелков  на  одной  нитке. Эти       узелки   образуют  петлю  -  но  нитка  оказывается   короче.  Но   вам   нужны  нитки  одинаковой   длины   -  и к  более  короткой   довязываете  кусочек  с   новыми     узелками.    Потом     делите   две   эти  нитки   -  и   получаете     две  нитки  с  разным  числом     узелков.

На первом этапе ДНК-полимераза встречает прямой повтор в процессе репликации.
    Полимеразный комплекс приостанавливает репликацию и временно высвобождается из цепи матрицы.
    Вновь синтезированная цепь затем отделяется от цепи шаблона и соединяется с другим прямым повторением вверх по течению.
    ДНК-полимераза повторно собирает свое положение на цепи матрицы и возобновляет нормальную репликацию, но в ходе повторной сборки комплекс полимеразы возвращается и повторяет вставку дезоксирибонуклеотидов, которые были добавлены ранее. Это приводит к тому, что некоторые повторы, обнаруженные в цепочке шаблонов, дважды реплицируются в дочернюю цепочку. Это расширяет область репликации вновь введенными нуклеотидами. Шаблон и дочерняя нить больше не могут правильно соединяться. [4]
    Белки эксцизионной репарации нуклеотидов мобилизуются в эту область, где одним из вероятных результатов является экспансия нуклеотидов в цепи матрицы, а другой - отсутствие нуклеотидов. Хотя сокращение тринуклеотидов возможно, расширение тринуклеотидов происходит чаще [2].

https://en.wikipedia.org/wiki/Slipped_strand_mispairing

проще понял так: днк полимераза иногда , когда на участках матрицы есть например ААА ААА ААА, она создавая ТТТ ТТТ ТТТ не может, по ошибке, их присоединить к ААА ААА ААА. Получается нарушенная вторичная структура. ТТТ ТТТ ТТТ образуют петлю склеиваясь Т с Т.ДНК полимераза это замечает и достраивает недостающие ТТТ ТТТ ТТТ.  таким образом получается 2 раза ТТТ ТТТ ТТТ. Если мутС не обнаружит ошибку , то будет 2 раза ТТТ ТТТ ТТТ вместо 1 раза.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 21, 2020, 11:29:13
на сколько я понял, это только гипотеза объясняющая появление в геноме нескольких повторных одинаковых мутаций в одном месте в одно время. Экспериментальных доказательств слиппед днк нет.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от июня 21, 2020, 12:40:33
Цитата: vit от июня 21, 2020, 11:29:13слиппед днк нет

А рекомбинации ортопоксвирусных ДНК сюда нельзя отнести? Они, вроде, известны давно и я читал, что основным механизмом их формирования считается соскальзывающее ошибочное спаривание, так называемый slipped mispairing.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от июня 21, 2020, 12:47:14
Есть, еще, модель Стрейзингера, см., пожалуйста, Bzymek M, Saveson CJ, Feschenko VV, Lovett ST. 1999. Slipped misalignment mechanisms of deletion formation: in vivo susceptibility to nucleases. J Bacteriol, 181:477-482, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC93401/.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от июня 21, 2020, 12:52:35
Не могу, до сих пор, понять, что Вы пытаетесь обосновать. Возможно, уважаемый vit, Вы хотите предложить собственную концепцию мутагенеза?
Так, не тяните, пожалуйста, изложите ее в деталях. А то, лично у меня, создается впечатление, что Вы пытаетесь поймать оппонентов на каких-то неточностях, скрывая свои наработки.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 21, 2020, 17:20:00
Цитата: Evol от июня 21, 2020, 12:40:33
Цитата: vit от июня 21, 2020, 11:29:13слиппед днк нет

А рекомбинации ортопоксвирусных ДНК сюда нельзя отнести? Они, вроде, известны давно и я читал, что основным механизмом их формирования считается соскальзывающее ошибочное спаривание, так называемый slipped mispairing.
к

я понял, что эта модель предложена как вероятное объяснение  появления в геноме нескольких повторных одинаковых мутаций в одном месте в одно время. Случайным мутированием это объяснить нельзя. Вы то как считаете, слиппед это реальный процесс или вероятная модель?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: василий андреевич от июня 21, 2020, 21:52:14
  По мне, так термин случайность вполне годиться, что бы обозначить наследование мутации, не зависимое от обстоятельств ее получения.
  В том и весь интерес ситуации, что адаптация мутанта к обстоятельству не может быть обеспечена мутагенезом. Мутант сам должен менять обстоятельства.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июня 21, 2020, 22:37:58
Цитата: vit от июня 21, 2020, 11:29:13на сколько я понял, это только гипотеза объясняющая появление в геноме нескольких повторных одинаковых мутаций в одном месте в одно время. Экспериментальных доказательств слиппед днк нет.

Нет,     это  не   гипотеза    -    полимераза   ошибается  на  простых  повторах.    Причем    делает   это  и in  vivo,  и in   vitro.   
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от июня 22, 2020, 01:49:52
Цитата: василий андреевич от июня 21, 2020, 21:52:14Мутант сам должен менять обстоятельства.

В том то и дело. Главный пробел в современных представлениях об эволюции - это то, что эволюция организмов, говоря в целом, рассматривается в отрыве от эволюции среды, в которой организмы обитают. Могут ли сообщества заметно изменять окружение? Вот, как мутации с этим связаны? 
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от июня 22, 2020, 01:50:55
Цитата: vit от июня 21, 2020, 17:20:00Вы то как считаете, слиппед это реальный процесс или вероятная модель?

Ответьте, сначала, на мой вопрос.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от июня 22, 2020, 01:51:50
Повторяю его:

Цитата: Evol от июня 21, 2020, 12:52:35Возможно, уважаемый vit, Вы хотите предложить собственную концепцию мутагенеза?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 22, 2020, 11:43:37
Цитата: Evol от июня 22, 2020, 01:51:50
Повторяю его:

Цитата: Evol от июня 21, 2020, 12:52:35Возможно, уважаемый vit, Вы хотите предложить собственную концепцию мутагенеза?
я пока что разбираюсь, нужна ли альтернативная концепция мутагенеза или официальная в порядке...

пока что стало ясно , что опыты Лански с выводами о видообразовании немого выдавали желаемое за действительное и моё скромное, дилетантское опасение, что число мутаций не может превышать его статистической вероятности как то оправдались.

То же касается и слиппеда днк, кроме желания объяснить появление в геноме нескольких повторных одинаковых мутаций в одном месте в одно время, что в принципе понятно, нет других материальных и теоретических оснований его принять.

Если его, слиппед, принять, то нужно забыть про : комплиментарную связь АТ ЦГ, днк полимеразе которая сама узнает и исправляет ошибки на 10 в 7 степени, мутС который после неё многократно проверяет и исправляет ошибки в 2структуре на 10 в 8 степени , если днк стала из-за петли короче, то днк полимераза достраивает недостающий остаток напротив консервативной цепи, а петля удаляется репаратором мут С.
Читал, что в популяции нет ни одной не комплиментарной пары оснований, в днк бывают, но они все исправляются.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июня 22, 2020, 13:43:27
10  в  7   исправляет.   10  в  7   плюс   одну   -    нет.   Вы     проехали  100000  км  на  машине  и  ни  разу  не  меняли  колесо,    хотя  на  дорогах  масса  острых      предметов.    запаску  выкинули.   на  100000+1   км      в  клочья   колесо  ...  А  запаска  дома .

Проскальзывание  оно  не  о  том,  что в  этом  месте   мутация   будет   всегда.  Она  о  том.  что  повтор  увеличивает  опасность  такой  ошибки.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 22, 2020, 16:16:35
Цитата: Питер от июня 22, 2020, 13:43:27
10  в  7   исправляет.   10  в  7   плюс   одну   -    нет.   Вы     проехали  100000  км  на  машине  и  ни  разу  не  меняли  колесо,    хотя  на  дорогах  масса  острых      предметов.    запаску  выкинули.   на  100000+1   км      в  клочья   колесо  ...  А  запаска  дома .

Проскальзывание  оно  не  о  том,  что в  этом  месте   мутация   будет   всегда.  Она  о  том.  что  повтор  увеличивает  опасность  такой  ошибки.

слирред это и есть  в  клочья   колесо, я Вам этот пример ранее приводил
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июня 22, 2020, 17:18:43
Это     просто  ошибка.    Не    репарированное   повреждение,  приведшее к  мутации  -  рваному   колесу.    Хорошо   это  или   плохо   -   зависит  не  от  колеса,  а   оттого,  куда  вы  ехали.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: василий андреевич от июня 22, 2020, 20:47:07
Цитата: Evol от июня 22, 2020, 01:49:52Могут ли сообщества заметно изменять окружение? Вот, как мутации с этим связаны?
Если есть гипотеза гидридной Земли Ларина, то почему не быть гипотезе воды, как продукта метаболизма доЛЮКовых организмов? Выбор окислов огромен и достаточно даже одного типа гидрата, допустим, кремния, что бы широкий спектр мутаций находил для фенома подходящую ресурсную среду. А вот водное "отравление" выдвинет уже принцип сохранности на первое место.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 23, 2020, 11:17:07
Цитата: Питер от июня 22, 2020, 17:18:43
Это     просто  ошибка.    Не    репарированное   повреждение,  приведшее к  мутации  -  рваному   колесу.    Хорошо   это  или   плохо   -   зависит  не  от  колеса,  а   оттого,  куда  вы  ехали.
в статьях часто встречается слово МОДЕЛЬ и вместо ссм предлагается МОДЕЛЬ схм

(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC93401/bin/jb0291059001.jpg)
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 23, 2020, 12:29:17
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/3328815/ (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/3328815/)

как бы основная статья, но есть только Abstract, без деталей,а полную статью мне не удается найти.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июня 23, 2020, 13:24:14
https://academic.oup.com/mbe/article/4/3/203/1076503
Полный   вариант  -  качайте    пдф
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 23, 2020, 18:01:41

https://academic.oup.com/mbe/article/4/3/203/1076503
In early in vitro studies, Fresco and Alberts (1960) showed that the helix of double-stranded RNA can readily accommodate single-stranded loops of  1+ unpaired bases and showed by model building that DNA double helices should behave similarly.

В ранних исследованиях in vitro Fresco и Alberts (1960) показали, что спираль двухцепочечной РНК может легко приспосабливать одноцепочечные петли неспаренных оснований  1+, и при построении модели показали, что двойные спирали ДНК должны вести себя аналогично.

FRESCO, J. R., and B. M. ALBERTS. 1960. The accommodation of noncomplementary bases in helical polyribonucleotides and deoxyribonucleic acids. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 46:3 1 l- 321.

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июня 23, 2020, 18:11:51
Я  не  понял -   это вы  к  чему   ?   Петли  легко  образуются  при  расплетании       дцДНК    -     особенно  ести  есть  повторы,  которые  стабилизируют      стебель  шпильки. 
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 23, 2020, 18:37:43
Цитата: Питер от июня 23, 2020, 18:11:51
Я  не  понял -   это вы  к  чему   ?   Петли  легко  образуются  при  расплетании       дцДНК    -     особенно  ести  есть  повторы,  которые  стабилизируют      стебель  шпильки.
Вы намекаете на петлю в правом конце днк которую топоизомераза гидролизует?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июня 24, 2020, 07:00:45
У    ДНК  нет  правого   конца   - есть  5'  и 3'     концы.    Шпильки   могут  образовываться   где  угодно    - при  расплетании  нитей при    любых   воздействиях.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 24, 2020, 10:12:32
Цитата: Питер от июня 24, 2020, 07:00:45
У    ДНК  нет  правого   конца   - есть  5'  и 3'     концы.    Шпильки   могут  образовываться   где  угодно    - при  расплетании  нитей при    любых   воздействиях.

главное я понял, что вы имели ввиду - нет, я не про это.

В ранних исследованиях in vitro Fresco и Alberts (1960) показали, что спираль двухцепочечной РНК может легко приспосабливать одноцепочечные петли неспаренных оснований  1+, и при построении модели показали, что двойные спирали ДНК должны вести себя аналогично.
это про ссм, и указано что это модель и аналогия, т.е. не результаты наблюдения , а умозрительные выводы.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июня 24, 2020, 11:47:47
Это     1960  год.   В     молекулярной  генетике   это   примерно   время до  рождества   христова. 
Самый  простой     пример    -    амплификация    in  vitro   очищенной      ДНК  полимеразой   фрагмента    ДНК  с  простыми  повторами  типа  САG
https://rus.acousticbiotech.com/instability-expanded-cagcaa-repeats-spinocerebellar-ataxia-type-17-382645

Там   есть  картинки  с  проскальзыванием -  первый  по  порядку   рисунок.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 24, 2020, 15:43:40
Цитата: Питер от июня 24, 2020, 11:47:47
Это     1960  год.   В     молекулярной  генетике   это   примерно   время до  рождества   христова. 
Самый  простой     пример    -    амплификация    in  vitro   очищенной      ДНК  полимеразой   фрагмента    ДНК  с  простыми  повторами  типа  САG
https://rus.acousticbiotech.com/instability-expanded-cagcaa-repeats-spinocerebellar-ataxia-type-17-382645

Там   есть  картинки  с  проскальзыванием -  первый  по  порядку   рисунок.

статья 87го года ссылается на 60ый в вики на 87ой
спасибо за линк почитаю

попалась большая обзорная статья про плазмидий ...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 26, 2020, 18:33:49
Цитата: Питер от июня 24, 2020, 11:47:47

https://rus.acousticbiotech.com/instability-expanded-cagcaa-repeats-spinocerebellar-ataxia-type-17-382645

Там   есть  картинки  с  проскальзыванием -  первый  по  порядку   рисунок.

ни слова про ссм не обнаружил)
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июня 27, 2020, 12:49:43
https://youtu.be/p3MXIKWAi2w
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 12, 2020, 23:29:10
В продолжение https://paleoforum.ru/index.php/topic,11490.180.html

Цитата: vit от июля 12, 2020, 20:44:50
Цитата: Alexeyy от июля 12, 2020, 20:33:50
Цитата: vit от июля 12, 2020, 20:17:49
О ГПГ мы можем судить по результатам, 49 попаданий из 49 возможных.
49 - это же число экспериментов, а при каждом акте размножения (коих в одном эксперименте было много) всякий раз одной и той же мутации не происходило: она могла произойти, а могла нет. Это и называется случайностью. Конечно даже любая мутация рано или поздно произойдёт, если произвести достаточно много актов размножения. Само по себе это же не значит, что в каждом акте мутации не были случайными.

Не знал, что Вы не знакомы с работами Хофвагена: соответствующие мутации произошли у всех штаммов в 12-100 делении.
Ну так и я о том же:  при каждом очередном делении они могли произойти, а могли – нет. Это – и называется случайностью. Даже несмотря на то, что вероятность этой мутации много выше, чем у других и всё.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 13, 2020, 10:02:58
Цитата: Alexeyy от июля 12, 2020, 23:29:10
при каждом очередном делении они могли произойти, а могли – нет.
Такая гипотеза вроде бы не выдвигалась. Выдвигалась гипотеза, что без ежедневной пересадки, мутация цит+ произойдет быстрее, чем у Лански. Что и произошло...



Цитата: Alexeyy от июля 12, 2020, 23:29:10
Даже несмотря на то, что вероятность этой мутации много выше, чем у других и всё.
Почему?

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 13, 2020, 10:06:03
https://youtu.be/1if1-bdE6lo
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 13, 2020, 10:28:16
VIT
Не знал, что Вы не знакомы с работами Хофвагена: соответствующие мутации произошли у всех штаммов в 12-100 делении.
« Последнее редактирование: Июль 12, 2020, 19:51:46 от vit »

1.    Давайте    не   будем   путать  ПАССАЖ  и  ДЕЛЕНИЕ.  И  речь в   стаитье    шла  именно  о  ПАССАЖЕ   -   пересеве  культуры  с   разведением.    сколько   до  этого   было  делений   -   вопрос,     в  богатой   среду  коли  делятся   раз  в   30  минут.   На     М9   -      медленнее.  Но   в   любом  случае  прошли      сотни   делений.
2.   Есть    задача   -    начать  устваивать   цитрат.      Самый  простой  путь   -   увеличить    число  копий    гена  cit+.    Вот  и    получаются       мутации   по   этому  гену.   и  они   подхватываются  отбором.   
3.    Такого  рода  мутации     в  общем-то  не   репарируются   -    реприруются  проблемы   по  концам   дупликации,  но  сама   дупликация     вполне  сбе        мирно  живет.  клетка  не  умеет  считать  число  генов.   Она   видит  только  мисматчи  и  химические  модификации.
4.  Горизонтальный  перенос  тут   вообще    ни  о  чем.  Это  опять  же   случайный  процесс.
5.    Любой    отбор    канализирован  всей   его  предисторией   -  тем,  что     существующая   биохимия   клетки   накладывает  ограничения.  и как   бы  не  хотела   коли     начать  фотосинтезировать  -    не   выйдет  в   парй-тойку   шагов.  И   придется        находить  другие  пути  поступления   энергии   -  из  того  что есть в  среде  и  геноме.
   
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 13, 2020, 11:04:49
Цитата: vit от июля 13, 2020, 10:02:58
Цитата: Alexeyy от июля 12, 2020, 23:29:10
при каждом очередном делении они могли произойти, а могли – нет.
Такая гипотеза вроде бы не выдвигалась. Выдвигалась гипотеза, что без ежедневной пересадки, мутация цит+ произойдет быстрее, чем у Лански. Что и произошло...
Да какая же это гипотеза ... это, считай, факт: ожидаемые мутации не происходили обязательно всегда при первом или при втором или при ... делениях. Заранее было неизвестно на каком делении они произойдут. Это и означает случайность мутации.

Цитата: vit от июля 13, 2020, 10:02:58
Цитата: Alexeyy от июля 12, 2020, 23:29:10
Даже несмотря на то, что вероятность этой мутации много выше, чем у других и всё.
Почему?
Не знаю. Может и действительно в этом есть какой-то адаптивный смысл (выработанный благодаря отбору между случными изменениями в процессе предшествующей эволюции). По крайней мере, от части. Может, от части, это связано с чист техническими сложностями устранения возникновения подобных мутаций и последующего их устранения, которые оказываются не стоящими того, чтобы бороться с этими сложностями. Мутации ведь тоже нужны для эволюции. Может, поэтому, с рассматриваемым типом мутаций эволюция особ и не боролась.
А. может, в этом есть и элемент опережающего отражения (самонаправления эволюции). Но достоверно подтвердить это сейчас, по-моему, не представляется возможным.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 13, 2020, 13:07:05
Цитата: Питер от июля 13, 2020, 10:28:16

1.    Давайте    не   будем   путать  ПАССАЖ  и  ДЕЛЕНИЕ.  И  речь в   стаитье    шла  именно  о  ПАССАЖЕ   -   пересеве  культуры  с   разведением.    сколько   до  этого   было  делений   -   вопрос,     в  богатой   среду  коли  делятся   раз  в   30  минут.   На     М9   -      медленнее.  Но   в   любом  случае  прошли      сотни   делений.


У лански 31500  у хофвагена 12  делений.
Передковые штаммы секвестрированы: цитТ без амплификации и неактивен.




Цитировать2.   Есть    задача   -    начать  устваивать   цитрат.      Самый  простой  путь   -   увеличить    число  копий    гена  cit+.    Вот  и    получаются       мутации   по   этому  гену.   и  они   подхватываются  отбором.   

Похоже на осмысленное поведение!


Цитировать3.    Такого  рода  мутации     в  общем-то  не   репарируются   -    реприруются  проблемы   по  концам   дупликации,  но  сама   дупликация     вполне  сбе        мирно  живет.  клетка  не  умеет  считать  число  генов.   Она   видит  только  мисматчи  и  химические  модификации.
смелое заявление, для человека знакомого с процессом репликации :D
Цитировать4.  Горизонтальный  перенос  тут   вообще    ни  о  чем.  Это  опять  же   случайный  процесс.
ГПГ единственное объяснение результатов обоих экспериментов и не только этих. Надеюсь Вы с ними знакомы.
Цитировать5.    Любой    отбор    канализирован  всей   его  предисторией   -  тем,  что     существующая   биохимия   клетки   накладывает  ограничения.  и как   бы  не  хотела   коли     начать  фотосинтезировать  -    не   выйдет  в   парй-тойку   шагов.  И   придется        находить  другие  пути  поступления   энергии   -  из  того  что есть в  среде  и  геноме.

поэтому я и настаиваю на ГПГ.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 13, 2020, 13:26:16
Цитата: Alexeyy от июля 13, 2020, 11:04:49
Это и означает случайность мутации.

Ознакомьтесь с основами методики оценки результатов биологических исследований!!! (https://ru.wikipedia.org/wiki/T-%D0%BA%D1%80%D0%B8%D1%82%D0%B5%D1%80%D0%B8%D0%B9_%D0%A1%D1%82%D1%8C%D1%8E%D0%B4%D0%B5%D0%BD%D1%82%D0%B0)
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 13, 2020, 13:50:53
Цитата: vit от июля 13, 2020, 13:07:05Цитата: Питер от Сегодня в 09:28:16

1.    Давайте    не   будем   путать  ПАССАЖ  и  ДЕЛЕНИЕ.  И  речь в   стаитье    шла  именно  о  ПАССАЖЕ   -   пересеве  культуры  с   разведением.    сколько   до  этого   было  делений   -   вопрос,     в  богатой   среду  коли  делятся   раз  в   30  минут.   На     М9   -      медленнее.  Но   в   любом  случае  прошли      сотни   делений.


У лански 31500  у хофвагена 12  делений.
Передковые штаммы секвестрированы: цитТ без амплификации и неактивен.
ПАССАЖЕЙ.





Цитировать (выделенное)
2.   Есть    задача   -    начать  устваивать   цитрат.      Самый  простой  путь   -   увеличить    число  копий    гена  cit+.    Вот  и    получаются       мутации   по   этому  гену.   и  они   подхватываются  отбором.   

Похоже на осмысленное поведение!


Цитировать (выделенное)
3.    Такого  рода  мутации     в  общем-то  не   репарируются   -    реприруются  проблемы   по  концам   дупликации,  но  сама   дупликация     вполне  сбе        мирно  живет.  клетка  не  умеет  считать  число  генов.   Она   видит  только  мисматчи  и  химические  модификации.
смелое заявление, для человека знакомого с процессом репликации
Цитировать (выделенное)
4.  Горизонтальный  перенос  тут   вообще    ни  о  чем.  Это  опять  же   случайный  процесс.
ГПГ единственное объяснение результатов обоих экспериментов и не только этих. Надеюсь Вы с ними знакомы.
Цитировать (выделенное)
5.    Любой    отбор    канализирован  всей   его  предисторией   -  тем,  что     существующая   биохимия   клетки   накладывает  ограничения.  и как   бы  не  хотела   коли     начать  фотосинтезировать  -    не   выйдет  в   парй-тойку   шагов.  И   придется        находить  другие  пути  поступления   энергии   -  из  того  что есть в  среде  и  геноме.
 
поэтому я и настаиваю на ГПГ.

1.  И    все  таки  пассажи  и   поколения     - из  Вики    про  Ленски 
"Каждый день 0,1 мл содержимого каждой пробирки переносилось в пробирку с 10 мл свежей питательной среды, где размножение бактерий продолжалось. Каждое 500-е поколение (что соответствует интервалу в 75 дней) замораживалось в глицерине при температуре −80 °C"
Т.е.   один     пересев    примерно     7     делений 
2.    Во-первых,  там   были  не  только    дупликации.  Во-вторых,  это  самое  простое   -    тем  более в  условиях  голода     и с     контролем  за  репликацией  есть  проблемы.    Как    только    прошла  дупликация   - все,     потомки  вытенили всех.  Могла  ли  быть  точка  ?  Да,  могла   -  мутация   в  промоторе,  увеличивающая     уровень  экспрессии  гена. 
3.   А  вы  знаете.  как      клетка   считает   гены  ?     Любая   -      хоть    коли,   хоть        наша  с  вами  клетка  ?  Я   вот    нет     -  а   людей  с     несколькими (вместо  одной  в  норме  на  гаплоидный  геном)  копиями  того  или  иного  гена   вижу    периодически.    Иногда   это  с   с  симптомами,  иногда   нет.
4.    ГПГ       есть,  но   -   это  событие  реально  редкое.   И   самое  главное в   случае  с  цитратом  и   колями  -  откуда   взялся   этот   самый  перенесенный   ген  в  чистой   культуре  ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 13, 2020, 14:03:27
Цитата: vit от июля 13, 2020, 13:26:16
Цитата: Alexeyy от июля 13, 2020, 11:04:49
Это и означает случайность мутации.

Ознакомьтесь с основами методики оценки результатов биологических исследований!!! (https://ru.wikipedia.org/wiki/T-%D0%BA%D1%80%D0%B8%D1%82%D0%B5%D1%80%D0%B8%D0%B9_%D0%A1%D1%82%D1%8C%D1%8E%D0%B4%D0%B5%D0%BD%D1%82%D0%B0)

Как-то    Стьюдент       мало  пригоден   для   биологии.  Там     рулит  непараметрическая   статистика  ...
Но   в     данном  случае   вообще   с  статистикой     сложно    -   что с  чем    сравнивать  будем  ?   Вот у  нас   есть   эксперимент   по  отбору  на   еду   -  цитрат.    Понятно.  что  в  конечном  итоге     клеток  с  такими  мутациями   будет   больше.   Другие       будет  расти  медленно  и  их  вытеснят.
Контроль   на   богатой     среде   ?     Но    там       вообще  все  не  так   -    бедная   среда     сильно   влияет  на  весь  метаболизм   клетки.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 13, 2020, 15:34:24
Цитата: Питер от июля 13, 2020, 13:50:53

Т.е.   один     пересев    примерно     7     делений
в день 7 делений, она были в 1.день относительно сыты, у меня получилось 15 лет/33000=2000 в год/365= где то так.

и что?



Цитировать2.    Во-первых,  там   были  не  только    дупликации.
амплификация! т.е. дуплекация полная или частичная - несколько 100 и более нуклеотидов - случайно такого не бывает.

ЦитироватьА  вы  знаете.  как      клетка   считает   гены  ?

ирнк?

ЦитироватьГПГ       есть,  но   -   это  событие  реально  редкое.

у прокариот это основной механизм эволюции, у них даже штатная плазмида/ы для этого имеются.
Цитировать
И   самое  главное в   случае  с  цитратом  и   колями  -  откуда   взялся   этот   самый  перенесенный   ген  в  чистой   культуре  ?

плазмида 1.  днк от умерших колей 2.. Вам что больше нравиться?

ЦитироватьКак-то    Стьюдент       мало  пригоден   для   биологии.

зачет по биометрии вроде бы на 2 семестре биофака, ну а при написании отчетов и статей было нельзя без подсчета достоверных отличий . Я думал, хоть Вы здесь биолог...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 13, 2020, 15:46:43
мутация цит+ была обратима, это возможно только при гпг.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 13, 2020, 15:56:00
Цитата: vit от июля 13, 2020, 13:26:16
Цитата: Alexeyy от июля 13, 2020, 11:04:49
Это и означает случайность мутации.

Ознакомьтесь с основами методики оценки результатов биологических исследований!!! (https://ru.wikipedia.org/wiki/T-%D0%BA%D1%80%D0%B8%D1%82%D0%B5%D1%80%D0%B8%D0%B9_%D0%A1%D1%82%D1%8C%D1%8E%D0%B4%D0%B5%D0%BD%D1%82%D0%B0)
Я, в целом, знаком (когда-то изучал подробно). Это тут ни при чём :(
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 13, 2020, 16:28:00
Vit,    я    статистику    мало  того   что  учил  -   но  и  применяю  много  и  часто.  Именно   в  биологии.    И   могу   сравнить    разные  варианты  стат.  обработки    для   разных  типов  признаков.  И  даже     знаю,     что  такое  Бонферрони,   FDR  и  т.д.  и т.п.  И  знаю,   что     мир  статистики       -  это  не  только  Стьюдент  и  далеко  не  только   Стьюдент.   Так  что  кто  из  нас   лучше  знает   Коран  ....

Случайно   бывает  все.  Например,   вряд  ли  кто    в  здравом  уме  и  твердой  памяти   хочет       амплификации   гена   альфа-синуклеина  у человека  ...   А  она  бывает.   

Ну   хорошо,  из  ДНК  мертвой    коли  какой-то  плазмидой    переносится     ген cit   в     другую     колю.    Но   -   как (и какая)   плазмида   выбирает  в   большом  геноме  нужный  ген.  правильно  вырезает  и вставляет  в    геном  новой    коли   в   строго  нужном  месте  ?   Вам    не  кажется,  что  тут  многовато  случчайностей  -  при   просто     дупликации  в  результате    случайностей   меньше  ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 13, 2020, 16:29:41
Цитата: Alexeyy от июля 13, 2020, 15:56:00

Я, в целом, знаком (когда-то изучал подробно).

Ваши высказывания это опровергают.

Цитата: Alexeyy от июля 13, 2020, 15:56:00
Это тут ни при чём :(
Это "при чем" в любом биоэксперименте, для этого его и проводят.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 13, 2020, 16:30:02
Да,    и  как  все-таки   клетка  считает,  сколько  у  нее  генов    -   сколько  нужно,  больше  или  меньше  ?   И  почему  не   может    посчитать  и   выключить  лишние  гены  ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 13, 2020, 16:37:41
Цитата: Питер от июля 13, 2020, 16:28:00
Vit,    я    статистику    мало  того   что  учил  -   но  и  применяю  много  и  часто.  Именно   в  биологии.   

Ну   хорошо,  из  ДНК  мертвой    коли  какой-то  плазмидой    переносится     ген cit   в     другую     колю.    Но   -   как (и какая)   плазмида   выбирает  в   большом  геноме  нужный  ген.  правильно  вырезает  и вставляет  в    геном  новой    коли   в   строго  нужном  месте  ?   Вам    не  кажется,  что  тут  многовато  случчайностей  -  при   просто     дупликации  в  результате    случайностей   меньше  ?

не правильная постановка вопроса, особенно учитывая, что Вы можете мыслить математически( по-вашему же заявлению).
Смотрите на результат! В 49 опытах 49 попаданий - это говорит о разумном механизме действия гпг, плазмиды же для чего то нужны клетке, митохондрии тоже по -вашему случайно атф производят?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 13, 2020, 16:43:42
Цитата: Питер от июля 13, 2020, 16:30:02
Да,    и  как  все-таки   клетка  считает,  сколько  у  нее  генов    -   сколько  нужно,  больше  или  меньше  ?   И  почему  не   может    посчитать  и   выключить  лишние  гены  ?
Клетка не считает сколько у неё генов, механизм репликации и репарации производит копию и исправляет ошибки. Ошибки практически исключены по причине принципов полуконсервативности и комплиментарности.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 13, 2020, 16:51:16
Да  не  говорит   49  из  49  о  ППГ.  Это  вообще  не  говорит  о  механизме.    Это  говорит  о  том,  что   в  варианте  данного  опыта    такой  вариант   выигрывает у  остальных   -  надо  повысить   экспрессию  гена  citT.  Причем   все-таки    там  разные   варианты   -   посмотрите  на  рис. 6В   и  6С   в    статье,  а  не  только     одна   лишь  дупликация.
Rapid Evolution of Citrate Utilization by Escherichia coli by Direct Selection Requires citT and dctA
Dustin J. Van Hofwegen,a Carolyn J. Hovde,b and Scott A. Minnichcorresponding authorb

Плазмиды  -  нужны.  Митохондрии  -  нужны.  Но  при  чем   здесь  ГПГ  ?

Кстати.      там  вообще  нет   статистики
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 13, 2020, 17:01:05
Цитата: vit от июля 13, 2020, 16:29:41
Цитата: Alexeyy от июля 13, 2020, 15:56:00

Я, в целом, знаком (когда-то изучал подробно).

Ваши высказывания это опровергают.
Очевидно, это Ваша их интерпретация это опровергает :)


Цитата: vit от июля 13, 2020, 16:29:41
Цитата: Alexeyy от июля 13, 2020, 15:56:00
Это тут ни при чём :(
Это "при чем" в любом биоэксперименте, для этого его и проводят.
Биоэксперимент проводят для получения результата ... мы, думаю, его результат обсуждали, а не конкретный критерий его выявления (коих, к тому же, существует много).
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 13, 2020, 17:21:09
У   нас  учеловеков   в  геноме      (моем  и  вашем  тоже)     есть  масса   участков  так   называемых  CNV   или   COPY   NUMBER  VARIATION.    Это  как    раз   участки  с  дупликацией  или  делеций    БОЛЬШИХ  областей  генома   -     до  миллиона   более  пар   нуклеотидов.  Все   это  -  результат  неравного  кроссинговера,  рекомбинации.  И   это   событие  не  связано  с   репликацией  вообще.  И  зачастую    (точнее.  почти  всегда)   -   без  выраженных  нарушений   фенотипа.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 13, 2020, 17:53:30

я говорил про митоз, при мейозе  зигота, наверно действительно, не считает сколько у неё генов - при патологии она умирает.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 13, 2020, 17:55:26
Цитата: Питер от июля 13, 2020, 16:51:16
Да  не  говорит   49  из  49  о  ППГ.  Это  вообще  не  говорит  о  механизме.   

можете пояснить, как по-вашему это происходит?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 13, 2020, 18:23:35
Цитата: vit от июля 13, 2020, 17:55:26
Это  вообще  не  говорит  о  механизме.   

Это говорит о целенаправленном, активном механизме.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 13, 2020, 18:23:56
Цитата: vit от июля 13, 2020, 17:53:30

я говорил про митоз, при мейозе  зигота, наверно действительно, не считает сколько у неё генов - при патологии она умирает.

Правда   ?     Я   еще   раз  повторяю  -  СМV   есть    у  всех.    Так   что  и у  вас  есть   участки  генома  гаплоидные  и  есть  триплоидные.
И  при  митозе   это  тоже  происходит.   Точно  - в  опухолях.   Возможно    -  в    миокарде  и  нейронах.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 13, 2020, 18:28:46
Цитата: vit от июля 13, 2020, 18:23:35Это  вообще  не  говорит  о  механизме.   

Это говорит о целенаправленном, активном механизме.

Нет.  Вы     вносите    миллионы   клеток   в   среду   с   цитратом  как   единственным  источником   энергии.    Клетка  голодает  -  она  не  умеет  хорошо есть  цитрат.  Точнее,  она  умеет  -    но   если  он      будет    активно  поступать  в  клетку.   Включаются     механизмы   усиленного  мутагенеза,  генерится   масса  вариантов.     В  итоге  у  некоторых  клеток  вариант  срабатывает   -  и  это  вариант с  активацией   экспрессии  гена  citT.     Все  остальные  при  этом  дохнут.   При  этом в  разных  клетках    утилизируются   разные   варианты  -  дупликация,  другой  промотор.   Видимо,  частота   перестроек   выше.  чем  точковых,  повышающих      активность  белка citT.
И     срабатывает  он  редко   -    вы  прикиньте,  сколько   клеток    колей  в  среде   при ОД 0.6
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 13, 2020, 18:51:33
Цитата: Питер от июля 13, 2020, 18:28:46
.  Вы     вносите    миллионы   клеток 

этот аргумент не прокатывает, т.к. неизвестно сколько из миллионов стало кушать цитрат и конечно гпг тоже конкурирующий фактор, не все же микробы приспосабливаются с помощью гпг к антибиотикам.
Цитировать
Включаются     механизмы   усиленного  мутагенеза,  генерится   масса  вариантов.
ага, процесс активный!
Цитата: Питер от июля 13, 2020, 18:28:46
   В  итоге  у  некоторых  клеток  вариант  срабатывает   -  и  это  вариант с  активацией   экспрессии  гена  citT.     

там было про дупликацию, значит прошла случайная мутация копирующая ген цитт. Сколько в этом гене нуклеотидов?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 13, 2020, 18:57:38
При  чем   тут   копирование  ?    Это  рекомбинация   -    в  условиях  голодания  в  том  числе  нарушается   контроль   за  копийностью    генома  и  идет  рекомбинация.
Активный  только в  одном  плане.  Если  клеткам   плохо  -  они  пытаются   спастись,  включая     в  том  числе      активный  мутагенез.  Да,     большинство    погибнет  -  но  отдельные      клетки  выживут  и  вид   сохранится.
Из  миллионов   клеток   -  мало,     налось  не  много  клонов  cit+.   И     рост        культуры   медленный,  с  большой   лаг  фазой   -  это  как  раз  время   для  генерации  мутаций  и  отбора  немногих  удачных  вариантов.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 13, 2020, 19:32:31
Цитата: Питер от июля 13, 2020, 18:57:38
При  чем   тут   копирование  ?    Это  рекомбинация   -    в  условиях  голодания  в  том  числе  нарушается   контроль   за  копийностью    генома  и  идет  рекомбинация.
рекомбинация у бактерий?

Цитата: Питер от июля 13, 2020, 18:57:38
включая     в  том  числе      активный  мутагенез.

Вот и объясните что это такое?
ЗЫ.:
мутагенез по стэ у прокариот бывает только следствием ошибок репарации репликации, примерно 10 в 15 степени ошибок исправляется - нет таких длинных геномов.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 13, 2020, 19:50:36
Цитата: vit от июля 13, 2020, 19:32:31мутагенез по стэ у прокариот бывает только следствием ошибок
Может быть это лишь а каком-то варианте СТЭ. Но в числе наиболее общепризнанных положение СТЭ такого утверждения - нет:

Цитата: ru.wikipedia.org/wiki/Синтетическая_теория_эволюцииАвторы синтетической теории расходились во мнениях по ряду фундаментальных проблем и работали в разных областях биологии, но они были практически единодушны в трактовке следующих основных положений:

элементарной единицей эволюции считается локальная популяция;
материалом для эволюции являются мутационная и рекомбинационная изменчивость;
естественный отбор рассматривается как главная причина развития адаптаций, видообразования и происхождения надвидовых таксонов;
дрейф генов и принцип основателя выступают причинами формирования нейтральных признаков;
вид есть система популяций, репродуктивно изолированных от популяций других видов, и каждый вид экологически обособлен;
видообразование заключается в возникновении генетических изолирующих механизмов и осуществляется преимущественно в условиях географической изоляции.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 13, 2020, 19:53:27
Цитата: Питер от июля 13, 2020, 18:57:38
   Это  рекомбинация

Гомологичная рекомбинация основана на спаривании комплементарных оснований и поэтому требует протяженной гомологии между рекомбинирующими последовательностями. Она приводит к обмену равными частями гомологичных молекул.[1] В живых организмах она происходит при:

    Кроссинговере в ходе мейоза для создания разнообразия комбинаций генов, в частности, при формировании гамет.
    Репарации двухцепочных разрывов хромосом, в том числе для продолжения репликации в случае остановки репликационной вилки у эукариот, бактерий и архей.
    Горизонтальном переносе генов бактерий и вирусов.

https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B5%D0%BA%D0%BE%D0%BC%D0%B1%D0%B8%D0%BD%D0%B0%D1%86%D0%B8%D1%8F_(%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%BB%D0%BE%D0%B3%D0%B8%D1%8F)
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 13, 2020, 20:00:06


В настоящее время существует несколько подходов, использующихся для объяснения природы и механизмов образования точечных мутаций. В рамках общепринятой, полимеразной модели считается, что единственной причиной образования мутаций замены оснований являются спорадические ошибки ДНК-полимераз. В настоящее время такая точка зрения является общепринятой[5]. (https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9C%D1%83%D1%82%D0%B0%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D0%B5%D0%B7#%D0%9C%D0%B5%D1%85%D0%B0%D0%BD%D0%B8%D0%B7%D0%BC%D1%8B_%D0%BC%D1%83%D1%82%D0%B0%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D0%B5%D0%B7%D0%B0)
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 13, 2020, 20:26:45
Но это же, вроде, не положение СТЭ.
Но и, вроде же, это и не противоречит идеи о том, что организм может включать усиленный мутагенез, когда остро требуется поиск новых эволюционных решений: этот мутагенез всё равно может идти через ошибки, но просто вероятность ошибки увеличивается и всё.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 13, 2020, 20:31:54
 :D
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 13, 2020, 21:06:30
Цитата: Alexeyy от июля 13, 2020, 20:26:45
Но это же, вроде, не положение СТЭ.
Но и, вроде же, это и не противоречит идеи о том, что организм может включать усиленный мутагенез, когда остро требуется поиск новых эволюционных решений: этот мутагенез всё равно может идти через ошибки, но просто вероятность ошибки увеличивается и всё.

можно Вам дать совет?
Вы похоже не биолог, поэтому не делайте безапелляционных заявлений, а старайтесь обходиться цитированием википедии, например, со временем Вы наберетесь знаний и ваши высказывания будут более корректны.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 13, 2020, 21:55:47
Почитайте     про  SOS   репарацию,  error  prone  ДНК полимеразы .  Про     рекомбинацию  =     которая   бывает  и  не  гомологичной.
Ну  и  раз  вы  такой    адепт  не   случайности   -    молекулярный    механизм  внесения     a priori  правильных   изменений    в  геном
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 14, 2020, 06:14:28
Цитата: vit от июля 13, 2020, 21:06:30
Цитата: Alexeyy от июля 13, 2020, 20:26:45
Но это же, вроде, не положение СТЭ.
Но и, вроде же, это и не противоречит идеи о том, что организм может включать усиленный мутагенез, когда остро требуется поиск новых эволюционных решений: этот мутагенез всё равно может идти через ошибки, но просто вероятность ошибки увеличивается и всё.

можно Вам дать совет?
Вы похоже не биолог, поэтому не делайте безапелляционных заявлений, а старайтесь обходиться цитированием Википедии, например, со временем Вы наберетесь знаний и ваши высказывания будут более корректны.
Вы бы вместо того, чтобы перейти на обсуждение личности - лучше бы перешли на обсуждение конкретных вопросов ею делаемых :( Вы же от этого обсуждения просто уходите, переходя на личность и всё. По-моему, это - не прилично.
П.С.: кстати, как видите, в процитированных Вами фразах (которые Вы почему-то умудрились назвать безапелляционными) фигурируют "вроде" и, таким образом, безаппеляционности как раз так и нет.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 14, 2020, 10:14:05
Цитата: Питер от июля 13, 2020, 21:55:47
Почитайте     про  SOS   репарацию,  error  prone  ДНК полимеразы .  Про     рекомбинацию  =     которая   бывает  и  не  гомологичной.
Ну  и  раз  вы  такой    адепт  не   случайности   -    молекулярный    механизм  внесения     a priori  правильных   изменений    в  геном

спасибо за инфу: про сос почитал - днкпаза делает больше ошибок - ок, рекомбинации у бактерий - что не попалось ничего кроме репарации и гпг, про ссм уже говорили...


Не понимаю, почему не принять гпг? Есть штатные органеллы - плазмиды, которые отвечают за гпг, у колей их до 7 шт..
Вы же не сомневаетесь, что атф производятся в митохондриях и не создаете ненужных, случайных  сущностей для атф.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 14, 2020, 10:17:59
Цитата: Alexeyy от июля 14, 2020, 06:14:28
Вы бы вместо того, чтобы перейти на обсуждение личности

Извиняюсь, если Вас чем-то обидел!
хотел как лучше...

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 14, 2020, 11:18:21
  У каких-то очень коротких (по коду) одноклеточных организмов вероятность ошибки при репликации столь высока (на число нуклеотидов), что если бы она была такой же и у многоклеточного организма (да и просто у более сложного одноклеточного), то его линия очень скоро бы умерла из-за слишком сильных генетических нарушений. Поэтому у более сложных организмов возникла более хорошая система защиты от ошибок.
  От того, что она возникла - ошибки репликации, которые всё равно возникали, не перестали быть ошибками. Тогда как у более простых организмов потребности в более хорошей системе защиты от ошибок просто нет. Точнее, у них она (более лучшая защита) того не стоит. Ошибка при репликации – это не обязательно нарушения от которых организм не может защититься: это могут быть и нарушения в защите от которых нет смысла.
  И, поэтому, когда для эволюции требуется более усиленный мутагенёз – ослабление упомянутой системы защиты от ошибок, по-моему, не означает, что возникающие при репликации отличия перестали быть ошибками.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 14, 2020, 12:28:25
Любая клетка обладает примерно равным набором качеств для выживания, размножения и др.. Поэтому и система репарации примерно одна и та же.

Рекомбинации, дуплекации, амплификации не могут возникать как следствие ошибок, ошибки случайны, а амплификация консервативной последовательности 100и нуклеотидов не может быть случайной.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 14, 2020, 13:12:26
Ну   хорошо   -    примем   ГПГ.   Вопрос   -    что  будет  перенесено  и  откуда  для   получения    фенотиа  cit +  ?    Последовательно  и  по  шагам. Каокй   механизм  ?
И    вам  нужна  интеграция    в     основную  ДНК      колей   -   дупликация  именно  там.  А   далеко  не  все  плазмиды      коньюгативные,     засунуть  чужую  ДНК в      коли  не  так  просто   (есть  специальные   методы    шока  для     повышения  эффективности   захвата  чужой   ДНК)
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 14, 2020, 13:14:40
МОГУТ.   И  возникают.  Неравный   кроссинговер  у   высших,       рекомбинация   у   низших.    Гомологичный,  не  гомологичный -    разный.
Система    репарации    ДНК  у   высших    намного  сложнее.  чем у    прокариот.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 14, 2020, 13:25:36
Цитата: vit от июля 14, 2020, 12:28:25Любая клетка обладает примерно равным набором качеств для выживания, размножения и др.. Поэтому и система репарации примерно одна и та же.
Какое-то время назад изучал вопросы, связанные с созданием РНК-саморепликатора. У них, в некотором смысле, получалось. Но проблема была в том, что при саморепликации получалось столь много ошибок, этот саморепликатор оказывался, по сути, не жизнеспособным. Потом проблему решить удалось. Но где-то там при этом (при рассмотрении этого вопроса) прочитал и про то, каковы бывают ошибки репликации у нынешней жизни. Ну и меня тогда поразила невероятно высокая доля ошибок при репликации у каких-то особенно эволюционно примитивных организмов. Что, косвенно, указывает на то, что в эволюционном прошлом антиошибочная система была много слабее. К сожалению, ссылку на источник этой информации (в котором прочитал её) сходу мне найти не удалось.
  В общем, оказываются, очень сильные различия могут быть в работе антиошибочной системы в современном мире.

Цитата: vit от июля 14, 2020, 12:28:25Рекомбинации, дуплекации, амплификации не могут возникать как следствие ошибок, ошибки случайны, а амплификация консервативной последовательности 100и нуклеотидов не может быть случайной.
Это Вы к чему?
  Чтоб амплификация консервативной последовательности 100 нуклеотидов была случайной – это, конечно, вряд ли. Но на счёт дупликации - совсем не уверен. Хотя и не исключаю влияния на дупликацию не случайных факторов самонаправления эволюции.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 14, 2020, 15:07:02
А   какая   разница   между    амплификацией   фрагмента  и  его  дупликацией  ?  Амплификация   -  всего    лишь  ряд  последовательных   дуплдикаций.

Самонаправление   эволюции  -   это   клетка   ЗНАЕТ,  как    надо  поменять  геном,  чтобы  достигнуть  результата  ?  Ну-ну ...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 14, 2020, 15:51:01
Цитата: Питер от июля 14, 2020, 13:12:26
Ну   хорошо   -    примем   ГПГ.   Вопрос   -    что  будет  перенесено  и  откуда  для   получения    фенотиа  cit +  ?    Последовательно  и  по  шагам. Каокй   механизм  ?
И    вам  нужна  интеграция    в     основную  ДНК      колей   -   дупликация  именно  там.  А   далеко  не  все  плазмиды      коньюгативные,     засунуть  чужую  ДНК в      коли  не  так  просто   (есть  специальные   методы    шока  для     повышения  эффективности   захвата  чужой   ДНК)

Там и у Лански и у Хофвагена секвенированы схожие мутация - амплификация гена цитт с захватом его промотора. Сам механизм, как плазмиды вставляют свои участки днк в хромосому, особо не описан, но это реальный факт. геноинженеры используют плазмид в своих целях. Наверно без топоизомеразы там не обходится. Сам цитт есть или в плазмиде или коля его находит в окружающей среде, там же плавают цитт от отмерших предков.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 14, 2020, 16:18:13
 После попадания в бактериальную клетку одна из нитей ДНК плазмиды расщепляется, одноцепочечный фрагмент физически объединяется с ДНК реципиента[39].

https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9F%D0%BB%D0%B0%D0%B7%D0%BC%D0%B8%D0%B4%D1%8B#%D0%9F%D0%B5%D1%80%D0%B5%D0%B4%D0%B0%D1%87%D0%B0

::)
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 14, 2020, 16:24:00
В    большинстве   своем          генные  инженеры  не   пользуются  топоизомеразами.  Нам   для   жизни   хватает    рестриктаз  и  лигаз.   Плюс   еще   ряд   ферментов   -  например,   достроить  липкие  концы  можно      Кленовым,     можно      убрать  или    нащить   фосфор   на  концы    фрагментов.   Можно  олиги   синтезировать.  можно    сайт  специфичные    мутагенез    заварить.   Много     чего  можно.   И  -  смею  вас  уверить  -   мы    можем      больше,  чем    может     любой   конкретный  микроб  в  плане   сборки     любой    плазмиды.  Причем     мы   это  можем   сделать с  точностью  до  пары  нуклеотидов.  Микроб  -  нет.

Да,  секвенированы  мутации   с  дупликацией  гена  citT.   Вот   только      зачем   для   этого  нужен   ГПГ   -  если    это  просто  дупликация  ?
И    опять  же   -     если  это  ГПГ.  откуда    и чем  перенесен      лишний  ген  citT   с  его  промотором ?   Конкретно      -   ген   был   вырезан    этим  и  этим  ферментом,  потом    был       перенесен в  плазмиду   такую-то и  потом   таким-то  образом   эта  плазмида     попала   в  другую  клетку      коли  и   там     встроилась в  геном.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 14, 2020, 16:43:56
Цитата: vit от июля 14, 2020, 16:18:13
После попадания в бактериальную клетку одна из нитей ДНК плазмиды расщепляется, одноцепочечный фрагмент физически объединяется с ДНК реципиента[39].

https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9F%D0%BB%D0%B0%D0%B7%D0%BC%D0%B8%D0%B4%D1%8B#%D0%9F%D0%B5%D1%80%D0%B5%D0%B4%D0%B0%D1%87%D0%B0

::)


Дело  опять  же   за  малым   -  встроить  нужный   фрагмент  в  нужной  место  клетки-реципиента.   Про    мелочи  типа  систем  рестрикции-модификации  и   CRISPR     забыли.    Про  заряд   бактериальной  стенки  забыли.

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 14, 2020, 17:00:16
Цитата: Питер от июля 14, 2020, 15:07:02А   какая   разница   между    амплификацией   фрагмента  и  его  дупликацией  ?  Амплификация   -  всего    лишь  ряд  последовательных   дуплдикаций. 
Ну всё-таки последнее – гораздо сложнее (при ста та нуклеотидах консервативной последовательности). Я же не сказал, что невозможно: сказал, что вряд ли :) Впрочем, может, я и ошибаюсь :)

Цитата: Питер от июля 14, 2020, 15:07:02А   какая   разница   между    амплификацией   фрагмента  и  его  дупликацией  ?  Амплификация   -  всего    лишь  ряд  последовательных   дуплдикаций. 
В некотором смысле так. Но только не со 100%-верятностью "знает". Не обязательно так, конечно, чтобы прям «знать» что и как нужно достроить/перестроить, чтобы получить конкретный результат: это может быть вероятностно.
Ну вот, например, эволюционные предки некой бактерии, периодически, попадали в неблагоприятно кислую среду, что вызывало характерные проблемы решение которых, как правило, было связан с появлением мутаций в некоторой характерной области (областях) генома. Соответственно, более интенсивные мутации, в основном, только в этой области генома в момент попадания в упомянутую неблагоприятную среду, могли способствовать росту выживаемости. А это означает, что отбор мог привести к тому, что при появлении данных, характерных неблагоприятных условиях – усиливаются мутации именно в определённой (определённых) областях генома.
  Т.е. клетка, получается, «знает» как поменять гном (увеличить интенсивность мутаций в определённом месте) для того, чтобы повысилась выживаемость. Выше в этой теме приводилась ссылка на эксперимент, показавший зависимость интенсивности мутаций от внешних условий.
  Нас же не удивляет, что благодаря случайным мутациям и отбору люди способны, с некоторой долей вероятности, предвидеть будущее и, соответствующим образом, планировать свои действия в зависимости от меняющихся внешних условий. Поэтому я не вижу принципиальных трудностей к тому, чтобы, примерно, то же самое не могло бы реализоваться только на уровне генома в качестве мозга и на более длительных масштабах времени. Я предполагаю, что изрядная («бесполезная») часть генома хранит эволюционный «опыт» прошлого для того, чтобы его использовать для решения именно подобных задач. Но, конечно, это сейчас никак не доказано экспериментально и является чистой воды предположением (правда, и основанном на кое-каких очень косвенных свидетельствах).
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 14, 2020, 17:01:52
Цитата: Питер от июля 14, 2020, 16:24:00
  Причем     мы   это  можем   сделать с  точностью  до  пары  нуклеотидов.  Микроб  -  нет.
я в этом не сомневаюсь

ЦитироватьДа,  секвенированы  мутации   с  дупликацией  гена  citT.   Вот   только      зачем   для   этого  нужен   ГПГ   -  если    это  просто  дупликация  ?
как иначе можно встроить еще один тот же ген рядом предыдущим?

Цитата: Питер от июля 14, 2020, 16:24:00
И    опять  же   -     если  это  ГПГ.  откуда    и чем  перенесен      лишний  ген  citT   с  его  промотором ?   Конкретно      -   ген   был   вырезан    этим  и  этим  ферментом,  потом    был       перенесен в  плазмиду   такую-то и  потом   таким-то  образом   эта  плазмида     попала   в  другую  клетку      коли  и   там     встроилась в  геном.
мне не удалось найти пошагового описания работы плазмид подобного репликации или синтезу белка, типа топоизомераза разрезает хромосому, Х-аза доставляет У-аза склеивает и т.д.. б
Берут они их, я повторяю, или из окрсреды или они уже есть в плазмиде, коли же факультативные анаЭробы, без о2 они цитт както активизируют периодически.

ЦитироватьДело  опять  же   за  малым   -  встроить  нужный   фрагмент  в  нужной  место  клетки-реципиента.

наверняка это гдето описано, работа плазмид и гпг - основной механизм эволюции бактерий. Так они и против антибиотиков приспосабливаются.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 14, 2020, 17:11:33
может быть плазмида вставляет в любое место хромосомы уже амплифицированный цитт?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 14, 2020, 17:23:15
Цитата: Alexeyy от июля 14, 2020, 17:00:16В некотором смысле так. Но только не со 100%-верятностью "знает". Не обязательно так, конечно, чтобы прям «знать» что и как нужно достроить/перестроить, чтобы получить конкретный результат: это может быть вероятностно.
 Ну вот, например, эволюционные предки некой бактерии, периодически, попадали в неблагоприятно кислую среду, что вызывало характерные проблемы решение которых, как правило, было связан с появлением мутаций в некоторой характерной области (областях) генома. Соответственно, более интенсивные мутации, в основном, только в этой области генома в момент попадания в упомянутую неблагоприятную среду, могли способствовать росту выживаемости. А это означает, что отбор мог привести к тому, что при появлении данных, характерных неблагоприятных условиях – усиливаются мутации именно в определённой (определённых) областях генома.

И  того    нам  надо  маркировать  геном.   причем  при   кислой  среде  одни  участки,  при      щелочной  -  другие,   при     нехватке   сахара  А  -  третьи,  сахара  В  -  четвертые.   Не  многовато   будет  ?    Природа   пошла   по  другому   пути   -  SOS    cистема.     Плохие  условия  ?   Включаем   мутагнез  вообще  ...

Алексей
Нас же не удивляет, что благодаря случайным мутациям и отбору люди способны, с некоторой долей вероятности, предвидеть будущее и, соответствующим образом, планировать свои действия в зависимости от меняющихся внешних условий.

Ну  на    эту  тему   уже  все   сказано  в  "Мастере  и  Маргарите".    И как   вид    люди  тоже     как-то  не  сразу   додумались  до  того,  что   от   первого       костра  до    глобального  потепления     -  всего-то     несколько   десятков  тысч  лет.   А  могли   бы      остаться      в  меховой   ипостаси  ...

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 14, 2020, 17:33:49
Цитата: vit от июля 14, 2020, 17:11:33
может быть плазмида вставляет в любое место хромосомы уже амплифицированный цитт?

У    вас     на   глазах   шоры  из  ГПГ.   Ну   вот  откуда   возьмется   уже    амплифицированный    цитт  ?   Если  он   уже   где-то  амплифицировался   -   то в     клетке.  Значит,  эта   клетка     уже   живет  хорошо.   И    как-то  он  там  возник.    И  именно  за  счет  дупликации   -  и  тогда   место   его  как  раз  рядом  с  первой   копией.
Опять  же   просто  поверьте.     Если  просто   взять  плазмиду  (маленькую,  типа  pBR322)    и    добавить ее  к  культуре   колей   -   трансформантов  не   будет.   Надо      специальным  образом     подготовать   клетки   -    нужны   соли  кальция  или  рубидия.  В    тех   концентрациях,  которой  нет в  природе.    Нужно   клетки   скажем  так    затормозить   холодом  и  шокировать  потом     теплом.  И    тогда   плазмида   будет  захватываться   клетой.   но  при  этом  не   будет   интегироваться  в  геном.  Можно   еще     электричеством   загнать  -  очень  эффективно,   но      его  оже  в  природе  в  нужных      параметрах   нет.
И   еще   мелочь  -   должен   быть  специальный  штамм      колей,  который   не  умеет   бороться  с  чужой   ДНК.   У  нас  в   кишечнике  и в  природе   вообще    таких   практически    нет  -  вссе   лабораторные      выкормыши,   которые    за  стенами  лабы     жить  не  умеют.
И  опять  же  про   любое    место  не  катит  -     эти  дупликаты   лежат  именно в  том  месте  генома,  где   лежит  первая   копия  гена.  Сиквенс,  знаете  ли.  вещь  точная. 
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 14, 2020, 18:09:48
Цитата: Питер от июля 14, 2020, 17:33:49
  Ну   вот  откуда   возьмется   уже    амплифицированный    цитт  ?   Если  он   уже   где-то  амплифицировался   -   то в     клетке.  Значит,  эта   клетка     уже   живет  хорошо. 


Процесс был обратимый, с средах богатых глюкозой сит+ и  амплифицированный    цитт исчезали  - типичный гпг.

а взять могли из мертвых цит+ или плазмидий.

ЦитироватьИ  опять  же  про   любое    место  не  катит  -     эти  дупликаты   лежат  именно в  том  месте  генома,  где   лежит  первая   копия  гена.
как же биоинженеры внедряют гены плазмидиями?1.

2. Лишнее доказательство неслучайности дуплекации

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 14, 2020, 18:16:41
Цитата: Питер от июля 14, 2020, 17:23:15И  того    нам  надо  маркировать  геном.   причем  при   кислой  среде  одни  участки,  при      щелочной  -  другие,   при     нехватке   сахара  А  -  третьи,  сахара  В  -  четвертые.   Не  многовато   будет  ?   
Почему много? "бесполезного" генома - тоже не мало. Например, хотя бы несколько позиций почему бы не выдержать ради того, чтобы каждый раз не теребить "весь" геном (собственно, весь он и не теребиться в равной степени: есть же участки разной консервативности)?
Но кислота - это только наглядный пример. И не обязательно SOS: окружающие изменения могут быть и гораздо, гораздо более медленные, растянутыми, например, на тысячелетия.

Цитата: Питер от июля 14, 2020, 17:23:15Природа   пошла   по  другому   пути   -  SOS    система.     Плохие  условия  ?   Включаем   мутагенез  вообще  ...
А кто проверял, что он включается именно "вообще", а не как-то специфично?
Я не уверен, что проверяли.

Цитата: Питер от июля 14, 2020, 17:23:15
Цитата: AlexeyyНас же не удивляет, что благодаря случайным мутациям и отбору люди способны, с некоторой долей вероятности, предвидеть будущее и, соответствующим образом, планировать свои действия в зависимости от меняющихся внешних условий.
Ну  на    эту  тему   уже  все   сказано  в  "Мастере  и  Маргарите".    И как   вид    люди  тоже     как-то  не  сразу   додумались  до  того,  что   от   первого       костра  до    глобального  потепления     -  всего-то     несколько   десятков  тысяч  лет.   А  могли   бы      остаться      в  меховой   ипостаси  ...
Не совсем так: это относительно быстрые эволюционные изменения: «мозгу» генома вряд ли по «зубам»: геном эволюционирует слишком медленно для того, чтобы реализовать такие относительно быстрые адаптации: для этого нервная система нужна. Высшая нервная система, человеческий интеллект, чтобы относительно быстро приспосабливаться к относительно быстро меняющимся условиям.
А геном, предполагаю, может быть ответственен за самонаправление эволюции для очень медленных эволюционных изменений на которые требуются, может, даже не тысячи или сотни тысяч, а даже миллионы лет и для которых использование нервной системы (мозга) было бы слишком накладно (энергетически «дешевле» было бы обойтись более консервативными и менее энергозатратным способами). И он для этого там и не используется особо.
  Так что я очень сомневаюсь, что эффект самонаправления эволюции может быть для многоклеточных существенен на масштабах тысяч лет (если не считать деятельность интеллекта). А вот быстро размножающиеся одноклеточные ...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 14, 2020, 19:52:26
 

E. coli transformed with a plasmid expressing citT was capable of aerobic growth on citrate, which provides convincing evidence for a function of CitT as a citrate carrier.
CitT (487 amino acids, 53.1 kDa)

(https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/9696764/)
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 15, 2020, 05:34:50
Цитата: Игорь Антонов от июля 14, 2020, 17:41:15
Цитата: Alexeyy от июля 14, 2020, 17:19:46
Ну так и ответ тогда такой, что в постулатах СТЭ нет утверждения  том, что её мутации обязаны быть случайно ненаправлены

Утверждение о том, что механизм эволюции по СТЭ - это отбор результатов случайных ненаправленных мутаций, там есть, и я его цитировал.
Всё цивилизованное человечество понимает и принимает этот факт. Вы - единственный человек на планете Земля, отрицающий это.

Да: случайно ненаправленных. Забыл ... там речь шла о том, что случайно ненаправленные мутации порождают случайно направленные и, поэтому, ... постулаты СТЭ не отрицает возможности случайно-направленных мутаций.
   Я всё никак не могу понять почему Вы ополчаетесь на случайность...
   Тогда, когда мы это обсуждали – Вы, кажется, прибывали в уверенности, что эволюция не остановилась бы если бы не было случайно ненаправленных мутаций, которые создают шум изменчивости и благодаря только которым и возможно появлению случайно направленных мутаций. Т.е. сейчас, как понимаю, полагаете, что без этого «шума» случайно невозможно было бы появление случайно направленных мутаций или нет?
   Пробежался по тому, что мы там обсуждали ... В том обсуждении речь шла о том, что случайно ненаправленные мутации постоянно порождают случайно направленные. Это же ведь означает, что постулат СТЭ порождает постулат тех теорий, в которых двигателем эволюции являются случайно-направленные вариации.

   Например, одноклеточный организм периодически попадает в неблагоприятную для него кислую среду и защитой от этого всякий раз получаются некие мутации в определённом участке (участках) генома. Ну пусть они будут случайно ненаправлены. Это означает, что должно возникнуть давление отбора на возникновение, в ответ на повышение кислотности, усиления мутагенеза именно в упомянутых участках генома, которые ответственны за решение трудности борьбы с повышенной кислотностью. Что и, допустим. Закрепляется отбором: в результате когда возникает новое повышение кислотности усиливается мутагенез не по геному вообще, а лишь точечно: в определенном месте/местах. Что и порождает более эффективное решение проблемы.
Сам этот мутагенез, в упомянутом участке, при этом может быть случайно ненаправлен: клетка точно может не «знать» какие именно должны произойти мутации, чтобы произошло решение проблемы и «знает» лишь в каком участке генома нужно усилить мутагенез для убыстрения решения.
  В результате, в целом, в геноме начинают развиваться случайно-направленные мутации. Но ведь это и не противоречит СТЭ: они возникли именно из-за случайно ненаправленного характера мутаций внутри определённой области генома. Но т.к. эта область для мутаций была выбрана направленно, то, в целом, мутации уже являются случайно направленными.
  Я так и не понял: почему Вы упорно отрицаете постулат СТЭ о роли случайно-ненаправленных мутаций? Вы же, вроде, не считаете, что случайно-направленные мутации могут возникнуть как-то иначе, чем через случайно-ненаправленные или считаете?
  Нет, конечно случайно-направленные мутации тоже могут порождать случайно-направленные. Но одно дело, что в процессе такого возникновения можно выделить случайно ненаправленные мутации («шум»), как в выше приведённом примере. А другое дело – что нельзя. Вы же, кажется, считаете, что этот «шум» (н.е. случайная ненаправленность) – это необходимое условие для того, чтобы постоянно могли действовать случайно-направленные мутации?
   Так почему же тогда отрицаете СТЭ, противопоставляя её тем концепциям в которых двигателем эволюции являются случайно-направленные мутации? Ведь СТЭ такие мутации (случайно-направленные) как раз и может порождать (как в выше приведённом примере) именно в силу случайной ненаправленности и отбора.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: василий андреевич от июля 15, 2020, 06:09:51
  Мужики, что-то Вы совсем загнали меня в позу идиота. Можно ли для "домохозяек"?
  Механизм SOS - "слепила из того, что было" - т.е. вероятностно из того, что в большей концентрации. Концентрируется то, что не удаляется (естественно не обесценивается) из-за шокового фактора. Потому у колонии нет альтернативы, кроме как "лечиться" комбинациями, стойкими к неблагоприятному воздействию - эдакая гомеопатия.
  В таком простеньком раскладе не удивительно, что "команда палундра" выглядит в образе горизонтального переноса.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 15, 2020, 07:14:20
ГПГ    не  эффективен  энергетически  и   далеко  не  факт,   что  вы  нахватаете  что-то  полезное.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 15, 2020, 07:28:15
Цитата: vit от июля 14, 2020, 19:52:26


E. coli transformed with a plasmid expressing citT was capable of aerobic growth on citrate, which provides convincing evidence for a function of CitT as a citrate carrier.
CitT (487 amino acids, 53.1 kDa)

(https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/9696764/)

Вы       разницу   видите    между    природным  процессом  и   трансформацией  in  vitro   специально     разработанной   плазмидой   ?    И      далеко  не  каждая   конструкция,  собранная  в  пробирке,  позволяет    добиться    высокого      уровня     экспрессии  целевого  белка  в  активной    форме.
Цитата: Alexeyy от июля 14, 2020, 18:16:41Не совсем так: это относительно быстрые эволюционные изменения: «мозгу» генома вряд ли по «зубам»: геном эволюционирует слишком медленно для того, чтобы реализовать такие относительно быстрые адаптации: для этого нервная система нужна. Высшая нервная система, человеческий интеллект, чтобы относительно быстро приспосабливаться к относительно быстро меняющимся условиям.
 А геном, предполагаю, может быть ответственен за самонаправление эволюции для очень медленных эволюционных изменений на которые требуются, может, даже не тысячи или сотни тысяч, а даже миллионы лет и для которых использование нервной системы (мозга) было бы слишком накладно (энергетически «дешевле» было бы обойтись более консервативными и менее энергозатратным способами). И он для этого там и не используется особо.
  Так что я очень сомневаюсь, что эффект самонаправления эволюции может быть для многоклеточных существенен на масштабах тысяч лет (если не считать деятельность интеллекта). А вот быстро размножающиеся одноклеточные ...

Еще   лучше   -  геному  надо  знать,     что   будет   через    тысячи   лет.    Типа  через  тысячи  лет     углекислого   газа   станет   10%    -  один  набор  изменений.   или 0,01%    -   другой   набор.   И  просчитать,  что  имнно  и  как  надо  поменять  -   пошагово  и  когда      это  нужно  делать.
Вам    все   это  не  странно  ?  Геном     как   знаток   будущего  ...
Реальность  же  такова,    что у  нас  всегда  есть    популяция     особей  с   разными  вариантами  генома.   В   итоге    каждый   фенотпический  признак  оказывается   распределен     по    приблизительно  нормальному  распределению.  При   изменении  среды   края   распределения  могут       жить  лучше   - и  идет   сдвиг     по  фенотипу  в   эту   сторону.   И   так  как   за   феном   стоит   полиморфизм  генома  -  то  и    распределение      полиморфных  вариантов   смещается. 
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 15, 2020, 07:32:10
И    про   выбор  областей    для   мутирования.   Все   то  же   -     геном   должен   знать,    за  что  отвечает  тот  или  иной  участок  генома.    То  есть   знать,   что  АТГЦ   в  одном    месте   отвечают  за  мозг,  а   в  другом  -    за  хвост.  Причем       за   мост  и  хвост  может  отвечать       много   участков  генома.  И     на  все  надо  развесить  метки  мозг-хвост.   Ваша  идея   -     что       это  за  метки  ?  Метилирование   и  гистоны  не  предлагать  -   они  не  специфичны    для    определенных    областей  генома,    а  для     функциональных  состояний      разных  областей   генома.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 15, 2020, 09:47:29
Цитата: Питер от июля 15, 2020, 07:28:15Еще   лучше   -  геному  надо  знать,     что   будет   через    тысячи   лет.    Типа  через  тысячи  лет     углекислого   газа   станет   10%    -  один  набор  изменений.   или 0,01%    -   другой   набор.
Ну про такие я не думал: у меня мысли были про какие-то общие тенденции формообразования без такой привязки ко времени. Если у генома и есть такие возможности и если он не успевает, то будут прост включаться более оперативные варианты адаптации или эволюционная линия погибнет (отбор будет делать своё дело).

Цитата: Питер от июля 15, 2020, 07:28:15И  просчитать,  что  именно  и  как  надо  поменять  -   пошагово  и  когда      это  нужно  делать. Вам    все   это  не  странно  ?
Странно. Вы же видите, что, как раз и не говорю про пошаговый просчёт что и как надо поменять. Это же может быть очень вероятностно, ориентировочно, через изменение мутагенеза, экспрессию. Т.е. всё – на основе случайных мутаций, которые потом подхватывают «затравку» и «доводят её до ума».

Цитата: Питер от июля 15, 2020, 07:28:15И    про   выбор  областей    для   мутирования.   Все   то  же   -     геном   должен   знать,    за  что  отвечает  тот  или  иной  участок  генома.    То  есть   знать,   что  АТГЦ   в  одном    месте   отвечают  за  мозг,  а   в  другом  -    за  хвост.  Причем       за   мост  и  хвост  может  отвечать       много   участков  генома.  И     на  все  надо  развесить  метки  мозг-хвост.   Ваша  идея   -     что       это  за  метки  ?
Есть у меня идея про всякие мобильные генетические элементы, которые, «скача» по геному, может, могут дополнительно усиливать мутагенез в месте перескока как (может быть) благодаря саму перескоку так и благодаря тому, что они и сами по себе меняют интенсивность мутагенеза в области своей локализации. А, может, и прост способны менять экспрессию генов в месте перескока. Т.е. работают как некоторого рода переключатели для активации некоторой области генома: сидят где-то не далёко от неё и как только получают соответствующие сигналы, то, скажем, увеличивается вероятность их перескока и, соответственно, увеличивается вероятность их падания в рядом находящуюся область которую они «включают».
  Но, конечно, тут есть вопрос о том как (за счёт какого механизма) активируются эти перескоки... не знаю. Может, всё-таки как-то через гистоны: может, они хоть и, в целом, и не специфичны к разным областям генома, но при более детальном рассмотрении какую-то специфику и выказывают. Каких-то (которые, может, выполняют упомянутую роль переключателей) мобильных элементов в геном то совсем не так уж и много, по сравнению с объёмом всего генома, может быть и, (поэтому) может, просто ещё не обнаружили их специфичность к ним...
   Может, есть ещё какие тонкие, не очень заметные каналы для реализации механизма есть ...
  Ещё пришла мысль, что, может, как-то и вирусы могут влиять на разные участки генома по разному. Они то какое-то влияние постоянно оказывают (ГПГ и др.). А, скажем, если изменилась кислотность среды, то это повлияет и на состав вирусов и т.п.
  Может, излучение ещё может как-то влиять (может, напрямую на геном). С помощью этого, может, может активироваться хотя бы реакция на изменение температуры. Аналогично – и изменение, скажем, кислотности (солёности и др.) среды: наверняка же это хоть как-то отразится и на внутриклеточном составе и, может, тоже начнёт специфично активировать определённые участки генома. В чём-то аналогичен по влиянию, может, имеет стресс (или, наоборот, радость) матери: для зародыша это означает изменение среды т.к. стресс (радость) меняет гормональный фон у матери, которые выполняет роль среды для зародыша. Если стресс, то значит, увеличивается вероятность адаптивности для развития каких-то более агрессивных черт младенца. Может, соответствующий гормональный фон и приводит к активации соответствующих генов...
  В общем, у меня нет готовых решений. Может, что-то неизвестно... Когда не знаешь что искать – можно что-то и пропустить...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 15, 2020, 10:07:28
Вы что все с дальнего востока?
::)
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 15, 2020, 10:17:30
Цитата: Питер от июля 15, 2020, 07:14:20
ГПГ    не  эффективен  энергетически  и   далеко  не  факт,   что  вы  нахватаете  что-то  полезное.

У Вас не биологическое мышление, если у коли есть 7 плазмид - значит без них она не может! Например Вы собрались в горы, Вы берете с собой самое необходимое, без чего нельзя обойтись, любимое кресло оставите дома.


   
ЦитироватьВы       разницу   видите    между    природным  процессом  и   трансформацией  in  vitro   специально     разработанной   плазмидой   ?    И      далеко  не  каждая   конструкция,  собранная  в  пробирке,  позволяет    добиться    высокого      уровня     экспрессии  целевого  белка  в  активной    форме.

Классика биологии: гипотеза --эксперимент--наблюдение!
Причем 2 альтернативных наблюдения с одинаковым результатом.

там был указан интересный факт: цитТ состоит из 487 аминокислот х 3 + 100= более 1500 н, Вы утверждаете что такая дуплекация произошла путём случайных ошибок репарации за 12 делений?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 15, 2020, 12:07:37
Цитата: Alexeyy от июля 15, 2020, 09:47:29Ну про такие я не думал: у меня мысли были про какие-то общие тенденции формообразования без такой привязки ко времени.

Общие    тенденции  формообразования -   это   знать,  куда  надо  формообразовываться.     Если у  вас   на  планете     вода  и  нет  тверди   -  то   надо  оценить  перспетивы   появления   суши  и  чать  растить     ноги.
Скачки  мобильных   элементов   -   возможный   путь  повышения   частоты    мутирования.  Да.  Но    это  не  направлено   -  он   переключит     где-то  и  что-то    случайным  образом.  И  дальше  опять  отбор  ...  И  то  же   с  интеграцией  в  геном   любой   чужой   ДНК   -    она  случайна  в   том    пле,  что в  геноме   есть  тысячи       возможных  сайтов   интеграции.  Но   нет   маркирования    конкретного  сайта   -  прыгни   сюда  и   будет   щщщастье
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 15, 2020, 12:26:43
Цитата: vit от июля 15, 2020, 10:17:30У Вас не биологическое мышление, если у коли есть 7 плазмид - значит без них она не может! Например Вы собрались в горы, Вы берете с собой самое необходимое, без чего нельзя обойтись, любимое кресло оставите дома.

У     нас в   любой   клетке  E.    coli   7     плазмид ???
И    как    же   живет   бедная   Е.    coli     K12,  в    которой  плазмид  нет  ?    Классический    лабораторный   штамм.   Или        коли     линий   JM   ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 15, 2020, 12:29:37
Цитата: vit от июля 15, 2020, 10:17:30Классика биологии: гипотеза --эксперимент--наблюдение!
Причем 2 альтернативных наблюдения с одинаковым результатом.

там был указан интересный факт: цитТ состоит из 487 аминокислот х 3 + 100= более 1500 н, Вы утверждаете что такая дуплекация произошла путём случайных ошибок репарации за 12 делений?

Рекомбинация.    Может  произойти в  одной   конкретной    клетке.  После     репликации    ДНК.  И  не  надо  перепрыгивать  пропасть  в  12   шагов  ...
Ну      есть  два   разных  процесса  - репарация  и     рекомбинация.   
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 15, 2020, 12:31:59
А  в  горы  -  в  зависимости  от  гор.   Правда.  в  горы   не  хожу  давно    -  все   больше  сплавы.   Но  и  тут  все  определяется      характером   сплава  и   не  факт,  что   мне  всегда    будут  необходимы    7   плазмид.  То  4,  то  10.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 15, 2020, 13:01:23
Цитата: Питер от июля 15, 2020, 12:26:43
У     нас в   любой   клетке  E.    coli   7     плазмид ???
И    как    же   живет   бедная   Е.    coli     K12,  в    которой  плазмид  нет  ?    Классический    лабораторный   штамм.   Или        коли     линий   JM   ?

Классический    лабораторный   штамм.

ЦитироватьРекомбинация.

у прокариот нет рекомбинации как части кроссинговера при мейозе.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 15, 2020, 13:22:15
Ну  что,   есть   без   плазмид    есть  жизнь  на  Марсе    ?   Они  не    обязательны ?

Мейоза  нет.    Рекомбинация  есть
БААЛЬШОЙ     обзор  от    Андрея  Кузьминова.  Вся  гомологичная   рекомбинация   -   от  бактерий  до  мейоза.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4190071/
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 15, 2020, 15:03:24
Цитата: Питер от июля 15, 2020, 12:07:37
Цитата: Alexeyy от июля 15, 2020, 09:47:29Ну про такие я не думал: у меня мысли были про какие-то общие тенденции формообразования без такой привязки ко времени.

Общие    тенденции  формообразования -   это   знать,  куда  надо  формообразовываться. Если у  вас   на  планете     вода  и  нет  тверди   -  то   надо  оценить  перспективы   появления   суши  и  начать  растить     ноги. 
Да, так: на основе предыдущего опыта. Принцип, предполагаю, примерно, такой же, как и в случае с воображаемым примером роста кислотности окружающей среды. Например, идёт эволюционная гонка жертвы и хищника и хищник «догоняет», при каждом очередном «убегании» жертвы, за счёт того, что увеличивается число лучей плавников. Это, например, можно сделать дупликацией. Соответственно, начинает работать отбор на включение механизма дупликации при характерных внешних изменениях, к которым приводит «убегание» жертвы. Например, хищнику с питанием начинается потуже, чаще переключается на другие источники питания, больше стресса, соответственно гормональный фон меняется. Ну и, скажем, отбор сработал на то, что подобные условия начинают активацию ряда «включателей», «включение» которых в предыдущие разы увеличивало вероятность успеха. В результате, скажем, число лучей опять начинает увеличиваться (дуплицироваться) и, может, ещё что-то. Не факт, что это сразу приводит к улучшению, но дальше включается отбор, который дошлифовывает изменения, что-то, может, забраковывает и, в целом, получается быстрее по сравнению с вариантом как если бы похожий результат получался без учёта предыдущего опыта.
    Не всё, конечно, так можно зараннее «предвидеть». Тем более относительно далеко вперёд. Но, в целом, повысить успешность шансов, по-моему, вполне можно.
  Взять тот же выход на сушу. Этот процесс, наверняка, шёл ни один миллион лет. Наверняка, через преадаптация. Например, условно, полусухопутного образа жизни. Так же, как и с дупликацией для роста плавников, предполагаю, отбор мог «засечь» некие типичные генетические механизмы, активация которых увеличивает эволюционный успех при осухопучивании.

Цитата: Питер от июля 15, 2020, 12:07:37
Скачки  мобильных   элементов   -   возможный   путь  повышения   частоты    мутирования.  Да.  Но    это  не  направлено   -  он   переключит     где-то  и  что-то    случайным  образом.  И  дальше  опять  отбор  ... 
Да: вполне может быть и так: там где слишком сильно перескочит (не туда, где надо) – выживаемость будет хуже и отбор будет отбраковывать такие варианты. И т.к. мобильный элемент, по предположению (благодаря предшествующему отбору), находится относительно рядом с участком генома, активация которого с более высокой вероятность приведёт к повышению шансов, то шансы на то, что именно туда попадёт «переключатель» (мобильный элемент) – гораздо выше, чем в большинство других участков генома. Может, хоть и мобильный элемент и скачет хаотично, но предыдущий отбор сделал так, что шансов остановиться именно там, что он «должен» включить – выше.
  И аналогичный механизм – потом на выключение.
  Т.е. это – относительно долгий механизм. Может, тысячи или сотни тысяч лет пройдут прежде, чем он успешно сработает (для относительно крупных многоклеточных типа человека). Т.е. не для нашего относительно быстротечного времени, когда, обычно, требуется более быстрая адаптация. Что позволяет сделать нервная система.

Цитата: Питер от июля 15, 2020, 12:07:37И  то  же   с  интеграцией в геном любой чужой ДНК - она случайна в том плане, что в геноме есть тысячи возможных сайтов интеграции. Но нет маркирования конкретного сайта – прыгни сюда и будет щщщастье
Да: без дальнейшего отбора, благодаря случайным мутациям, тут тоже - никак. Я очень далёк от мысли о том, чтобы геном в точности «предвидит» то, что организму окажется нужным. Даже мы это, в точности, не можем сделать. Но, предполагаю, что могут быть просто экстраполяции (укрепляемые дальнейшей отшлифовкой отбором) исходя из предшествующих эволюционных изменений. Которые, хоть и не гарантируют успеха, но, предполагаю, могут быть гораздо более эффективными, чем чисто случайное эволюционное блуждание.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 15, 2020, 15:17:23
Цитата: Питер от июля 15, 2020, 13:22:15
Ну  что,   есть   без   плазмид    есть  жизнь  на  Марсе    ?   Они  не    обязательны ?

Мейоза  нет.    Рекомбинация  есть
БААЛЬШОЙ     обзор  от    Андрея  Кузьминова.  Вся  гомологичная   рекомбинация   -   от  бактерий  до  мейоза.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4190071/

Homologous recombination is catalyzed by specialized and complex enzymatic machinery, at the core of which lies the still mysterious ability of the homologous recombinase protein (RecA in bacteria, RadA in archaea, Rad51 in eukaryotes) to recognize homology between two DNAs independently of their actual sequence (57).

смешно про таинственный рекА :D

рекА это вообще репаративный фермент - этим все сказано.

про поломки в хромосомах уже раньше писал из вики - 49 поломок в 49 опытах? такое только на марсе возможно
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 15, 2020, 16:37:55
Цитата: Alexeyy от июля 15, 2020, 15:03:24Да: без дальнейшего отбора, благодаря случайным мутациям, тут тоже - никак. Я очень далёк от мысли о том, чтобы геном в точности «предвидит» то, что организму окажется нужным. Даже мы это, в точности, не можем сделать. Но, предполагаю, что могут быть просто экстраполяции (укрепляемые дальнейшей отшлифовкой отбором) исходя из предшествующих эволюционных изменений. Которые, хоть и не гарантируют успеха, но, предполагаю, могут быть гораздо более эффективными, чем чисто случайное эволюционное блуждание.[/quote

Нет   экстраполяции.    Есть       простая   скорость  хищника  и   жертвы -    которая   подчиняется  нормальному   закону.   В    итоге  те   которые   более   быстрые   хищники   (край   распределения)     едят       лучше.  И    лучше  в  итоге   размножаются   -    они  и  самку  догоняют,    и  вообще     живчики  -   не  голодают.  И      эволюционирует    жертва   -  тоже   выживают   быстрые.   А  дальше    есть  варианты   -  можно    площадь  плавника  увеличить,    можно  махать  чаще.   Это  разные   механизмы   -  и  две   разные   ветки   эволюции.    Но  какая   будет  лучше   через  100000  лет   геном  не  знает.  Он   вообще  не  знает,  что  такое   добыча  и  скорость.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 15, 2020, 16:52:16
RecA   -     это     рекомбиназа.    И  она  играет  роль    и в    рекомбинации,  и  репарации.   
Ну   чисто  по    английски  сказано    -  RecA    лежит в   центре   сложной  и  загадочной   ферментативной  машинериии,  обеспечивающей рекобинацию.

49    -   не  все  дупликации,  я   вам  раньше   уже  писал  про  рисунок  в  статье.   Вы   посмотрите  -   там  разные      ваианты  повышения   экспрессии  цитт.  Путь    один   -  больше   ситт.  Но   достижение    -  разными      механизмами.
100  человек   приехали  из  Москвы   во  Владивосток.    Результат  -  один.     Но   достигнутый    разными   механизмами  -  от  самолета   до  пешки.   От  9  часов    до   пары  лет.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 15, 2020, 17:07:08
Цитата: Питер от июля 15, 2020, 16:37:55
Цитата: Alexeyy от июля 15, 2020, 15:03:24Да: без дальнейшего отбора, благодаря случайным мутациям, тут тоже - никак. Я очень далёк от мысли о том, чтобы геном в точности «предвидит» то, что организму окажется нужным. Даже мы это, в точности, не можем сделать. Но, предполагаю, что могут быть просто экстраполяции (укрепляемые дальнейшей отшлифовкой отбором) исходя из предшествующих эволюционных изменений. Которые, хоть и не гарантируют успеха, но, предполагаю, могут быть гораздо более эффективными, чем чисто случайное эволюционное блуждание.

Нет   экстраполяции.    Есть       простая   скорость  хищника  и   жертвы -    которая   подчиняется  нормальному   закону.   В    итоге  те   которые   более   быстрые   хищники   (край   распределения)     едят       лучше.  И    лучше  в  итоге   размножаются   -    они  и  самку  догоняют,    и  вообще     живчики  -   не  голодают.  И      эволюционирует    жертва   -  тоже   выживают   быстрые.   

А разве наличие этого нормального закона (который, согласен, может увеличивать адаптивность благодаря актуально существующему разбросу характеристик) исключает у них возможность ещё и "экстраполяции"?
Откуда мы знаем: может этому актуальному разбросу и способствует эта «экстраполяция» разными своими стохастически возможными вариантами?

Цитата: Питер от июля 15, 2020, 16:37:55А  дальше    есть  варианты   -  можно    площадь  плавника  увеличить,    можно  махать  чаще.   Это  разные   механизмы   -  и  две   разные   ветки   эволюции.    Но  какая   будет  лучше   через  100000  лет   геном  не  знает.
Очень может быть: особенно на эволюционных развилках (турбулентностях/неустойчивостях), по моему предположению, «прогноз» генома тем больше обесценивается - чем больше эволюционная турбулентность. И продолжают работать механизмы приспособления через ненаправленных мутаций и отбор.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 15, 2020, 17:28:38
Еще     раз    повторю  -   экстраполяция  основана   на    знании  будущего.  И   очень  часто  ошибочна.
История    про  навоз     известна  всем  ?     Как  пример  прогноза  ...
А  недавно   читал  старую  (конца    60-начала  70   годов ) Технику-Молодежи     -  про  авиацию.   Так  вот  там    было  четко  написано,  что        дальние  перелеты    -  только  сверхзвук.      А   вот  между   Москвой  и  Питером  -      пыхтелки  в  900   км\час.  Итог     мы  видим.

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 15, 2020, 17:34:59
Цитата: Питер от июля 15, 2020, 16:52:16
RecA   -     это     рекомбиназа.    И  она  играет  роль    и в    рекомбинации,  и  репарации.   

повторяю вам уже не в первый раз:у прокариот не рекомбинации, это репарация при развыве хромосамы - репарация.
Гомологичная рекомбинация
Основная статья: Гомологичная рекомбинация

Гомологичная рекомбинация основана на спаривании комплементарных оснований и поэтому требует протяженной гомологии между рекомбинирующими последовательностями. Она приводит к обмену равными частями гомологичных молекул.[1] В живых организмах она происходит при:

    Кроссинговере в ходе мейоза для создания разнообразия комбинаций генов, в частности, при формировании гамет.
    Репарации двухцепочных разрывов хромосом, в том числе для продолжения репликации в случае остановки репликационной вилки у эукариот, бактерий и архей.
    Горизонтальном переносе генов бактерий и вирусов


ЦитироватьНу   чисто  по    английски  сказано    -  RecA    лежит в   центре   сложной  и  загадочной   ферментативной  машинериии,  обеспечивающей рекобинацию.
:D

Цитировать49    -   не  все  дупликации,  я   вам  раньше   уже  писал  про  рисунок  в  статье.   Вы   посмотрите  -   там  разные      ваианты  повышения   экспрессии  цитт.  Путь    один   -  больше   ситт.  Но   достижение    -  разными      механизмами.
100  человек   приехали  из  Москвы   во  Владивосток.    Результат  -  один.     Но   достигнутый    разными   механизмами  -  от  самолета   до  пешки.   От  9  часов    до   пары  лет.
основное что они были обратимы, что возможно только при гпг.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 15, 2020, 17:48:46
Кроме  гомологичной  есть  и  не  гомологичная. 
Последний   раз     -  у  вас     идет    репликация    хромосомы    Е. сoli.    Возможна   ситуация  обмена    фрагментами    двух  хромосом  -  старой  и  новой. И  возможна  при  этом  ошибка.   С      образованием  двух   дочерних  хромосом  -  с  двумя   копиями  и    нолем  копий.   Да,     редко  - но    возможно.

Теперь  ГПГ    по   этапам.
1.    Образование  плазмиды  в  исходной   клетке  с  нужным  геном.   Именно    плазмиды  как    кольцевой   ДНК   -    линейную   ДНк   сожрут  сразу. Почему   вдруг    будут   образовываться  такие  плазмиды   -    бог  весть.
2.  Эта  плазмида  поступает   в   среду. Видимо,      клетка  просто   сдохла.     Либо  идет  трансдукция   -      что,  правда,   возможно       только    для      коньюгативных  штаммов.  Не   для   E/coli  К-12
3. Эта  плазмида  попадает в   клетку-реципиент.    Из   среды   -    не  вероятно.  Опять  же  только   через  коньюгацию.
4.   Эта  плазмида        переносит   этот  ген    точно в  нужное   место  большого           генома    коли.  Причем   следов   плазмиды  в  месте  инсерции  нет  -  см.  сиквенсы.    за  счет    той  же     рекомбинации,   которой  нет.

Итак,  одна   мала  вероятная   ситуация   против    сразу    панели    мало  вероятных    ситуаций.

ГПГ  -   факт.  Но     редкий   факт,  с    не  направленным  переносом  из    вида  А  в  вид  Б.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 15, 2020, 18:01:55
Цитата: Питер от июля 15, 2020, 17:48:46
Кроме  гомологичной  есть  и  не  гомологичная. 
Последний   раз     -  у  вас     идет    репликация    хромосомы    Е. сoli.    Возможна   ситуация  обмена    фрагментами    двух  хромосом  -  старой  и  новой. И  возможна  при  этом  ошибка.   С      образованием  двух   дочерних  хромосом  -  с  двумя   копиями  и    нолем  копий.   Да,     редко  - но    возможно
.

это рапарация ошибки , тем более что mysterious :D

ЦитироватьТеперь  ГПГ    по   этапам.
1.    Образование  плазмиды  в  исходной   клетке  с  нужным  геном.   Именно    плазмиды  как    кольцевой   ДНК   -    линейную   ДНк   сожрут  сразу. Почему   вдруг    будут   образовываться  такие  плазмиды   -    бог  весть.
2.  Эта  плазмида  поступает   в   среду. Видимо,      клетка  просто   сдохла.     Либо  идет  трансдукция   -      что,  правда,   возможно       только    для      коньюгативных  штаммов.  Не   для   E/coli  К-12
3. Эта  плазмида  попадает в   клетку-реципиент.    Из   среды   -    не  вероятно.  Опять  же  только   через  коньюгацию.
4.   Эта  плазмида        переносит   этот  ген    точно в  нужное   место  большого           генома    коли.  Причем   следов   плазмиды  в  месте  инсерции  нет  -  см.  сиквенсы.    за  счет    той  же     рекомбинации,   которой  нет.

Итак,  одна   мала  вероятная   ситуация   против    сразу    панели    мало  вероятных    ситуаций.

ГПГ  -   факт.  Но     редкий   факт,  с    не  направленным  переносом  из    вида  А  в  вид  Б.

эксперимент показал реальность этого события, реальный факт против вашего  mysterious :D

главный аргумент это обратимость "мутации".

Некоторые плазмиды могут обратимо встраиваться в бактериальную хромосому и функционировать в виде единого репликона. Такие плазмиды называются интегративными или эписомами. https://studfile.net/preview/1574551/


Нередко плазмиды обеспечивают своего обладателя новыми метаболическими путями. Например, способность сбраживать лактозу может передаваться вместе с плазмидами. В связи с этим лабораторная диагностика бактерий, основанная на их специфических биохимических свойствах, очень затруднена. Например, биохимически патогенных представителей рода Salmonella от непатогенных штаммов E. coli можно отличить именно по способности сбраживать лактозу. Плазмиды могут содержать гены, ответственные за сбраживание других сахаров, например, сахарозы, гидролиз мочевины или образование сероводорода[10].

https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9F%D0%BB%D0%B0%D0%B7%D0%BC%D0%B8%D0%B4%D1%8B#%D0%9F%D0%B5%D1%80%D0%B5%D0%B4%D0%B0%D1%87%D0%B0
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 15, 2020, 18:14:08
Цитата: Питер от июля 15, 2020, 17:28:38
Еще     раз    повторю  -   экстраполяция  основана   на    знании  будущего.  И   очень  часто  ошибочна. 
Согласен (только я бы сказал, что она основана на предположении о будущем на основе знания прошлого). Но я предполагаю, что даже она (в случае биологической эволюции) – гораздо эффективнее (совместно в связке с «отшлифовывающим» отбором), чем только отбор вариантов абсолютно случайного блуждания.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 15, 2020, 18:28:56
Цитата: Питер от июля 15, 2020, 16:52:16
RecA   -     это     рекомбиназа.    И  она  играет  роль    и в    рекомбинации,  и  репарации.   

RecA is a 38 kilodalton protein essential for the repair and maintenance of DNA.[2]

(https://en.wikipedia.org/wiki/RecA)
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 15, 2020, 19:15:45
Цитата: Питер от июля 15, 2020, 17:48:46

2.  Эта  плазмида  поступает   в   среду. Видимо,      клетка  просто   сдохла.     Либо  идет  трансдукция   -      что,  правда,   возможно       только    для      коньюгативных  штаммов.  Не   для   E/coli  К-12

F-плазми́да, или F-фактор — это конъюгативная эписома клеток Escherichia coli K-12, то есть клеточный элемент, необходимый для одного из типов полового процесса бактерий — конъюгации. https://ru.wikipedia.org/wiki/F-%D0%BF%D0%BB%D0%B0%D0%B7%D0%BC%D0%B8%D0%B4%D0%B0
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 15, 2020, 21:41:43
Цитата: vit от июля 15, 2020, 18:01:55эксперимент показал реальность этого события, реальный факт против вашего  mysterious

главный аргумент это обратимость "мутации".
.
Эксперимент  показал  один  факт  -     усилилась   экспрессия     гена цитт .     За  счет   разных  механизмов -  и  дупликация,  и другой   промотор.
Еще   раз  -  смотрите  на  рисунок  6  в  статье.
Ваши  примеры  по  плазмидам  не    работают.  Все  верно   -    в   плазмидах  может   быть  масса  полезного   для   бактерий.   Но   они  не   работают  по  заказу   -   нужны  не  какие-то  метаболические  пути,  а   конкретный   ген.   В     данном   случае   ген  цитТ.   Я  вам  выше  все   уже  написал.

Ваша   cсылка    по  RecA   -   ниже    читать  не  стали ?
In Escherichia coli, homologous recombination events mediated by RecA can occur during the period after DNA replication when sister loci remain close. RecA can also mediate homology pairing, homologous recombination and DNA break repair between distant sister loci that had segregated to opposite halves of the E. coli cell.[11]

Ну   и  про  К12.    Вики  не  права   -  она   была  в  исходном    штамме,  но    потом   эписома    была   утеряна.   Как  и    инсерция   фага   лямбда.
https://en.wikipedia.org/wiki/Escherichia_coli_in_molecular_biology
In the course of the passages it lost its O antigen[7] and in 1953 was cured first of its lambda phage (strain W1485 by UV by Joshua Lederberg and colleagues) and then in 1985 of the F plasmid by acridine orange curing.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 15, 2020, 21:42:35
Цитата: Alexeyy от июля 15, 2020, 18:14:08Согласен (только я бы сказал, что она основана на предположении о будущем на основе знания прошлого). Но я предполагаю, что даже она (в случае биологической эволюции) – гораздо эффективнее (совместно в связке с «отшлифовывающим» отбором), чем только отбор вариантов абсолютно случайного блуждания.

Лондон    уже  под      двухметровым   слоем  навоза ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 15, 2020, 22:29:55
https://elementy.ru/novosti_nauki/431802/V_evolyutsii_bakteriy_gorizontalnyy_geneticheskiy_obmen_igraet_tu_zhe_rol_chto_i_polovoe_razmnozhenie_u_vysshikh_organizmov

Заимствованные гены могут быть либо добавлены к уже имеющимся у бактерии-реципиента, либо (благодаря механизму гомологичной рекомбинации, Homologous recombination) «свой» фрагмент ДНК заменяется похожим «чужим» фрагментом.


интересная статья, особенно в плане терминологии, вероятно Вы под гомологичной рекомбинацией подразумевали что то другое чем я думал.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 16, 2020, 05:08:49
Цитата: Питер от июля 15, 2020, 21:42:35
Цитата: Alexeyy от июля 15, 2020, 18:14:08Согласен (только я бы сказал, что она основана на предположении о будущем на основе знания прошлого). Но я предполагаю, что даже она (в случае биологической эволюции) – гораздо эффективнее (совместно в связке с «отшлифовывающим» отбором), чем только отбор вариантов абсолютно случайного блуждания.

Лондон    уже  под      двухметровым   слоем  навоза ?

Ну я же говорю: не только на основе "экстраполяции", но и на основе её "отшлифовки" отбором. Т.е. отбором между разными случайными вариантами на основе и от неё возникающими. Потому как сама по себе экстраполяция, предполагаю, может быть даже едва жизнеспособной. По Лондону экстраполяция на каком-то относительно коротком промежутке времени всё-таки давала вменяемый результат. Она тогда всё-таки была (на относительно коротком промежутке времени) лучше, чем просто тыкание пальцем в небо и, поэтому, утрируя, старт отбора от неё достиг бы результата быстрее, чем "гадание".
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 16, 2020, 07:51:47
Ну и да: должна так же "продумываться" степень экстраполяционного изменения свойства к соответствующему моменту в будущем. Скажем, если, наиболее вероятно, востребованная часть генома будет активироваться слишком сильно, то получится, условно, Лондон под метровым слоем навоза, а если слишком слабо, то толку почти не будет. Предполагаю, что случайные вариации степени упомянутой активации и отбор могут нащупать более-менее приемлемый вариант.
  Это, примерно, то же самое как и с увеличением общей интенсивности мутагенеза при попадании в неблагоприятную среду: если она увеличится слишком сильно, то убьет эволюционную линию, а от слишком слабого увеличения толка, практически, не будет. А мутации и отбор доводят это увеличение на более-менее приемлемый уровень.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 16, 2020, 11:27:05
Ну    уже   плюс   -    гомологичная       рекомбинация  признана  Vit.   Большая   победа      мировой  науки.
Осмталось  понять,   что  и  гомологичная   рекомбинация  не  идеально  точна.  И  есть   еще  не  гомологичная.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 16, 2020, 19:43:33
не знал, что гомологичная рекомбинация делает гпг :D
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 17, 2020, 10:08:18
Цитата: Питер от июля 16, 2020, 11:27:05
гомологичная   рекомбинация  не  идеально  точна.  И  есть   еще  не  гомологичная.

не точная гомологичная   рекомбинация=не  гомологичная  рекомбинация :D
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 17, 2020, 13:22:32
Цитата: Питер от июля 15, 2020, 12:07:37Скачки  мобильных   элементов   -   возможный   путь  повышения   частоты    мутирования.  Да. 
Именно сами-по себе скачки и/или само-по себе присутствие мобильных генетических элементов без скачков тоже способно увеличивать интенсивность мутирования?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 17, 2020, 14:48:12
Скачки.    Инсерционный    мутагенез. При     это  не  ясно,  что      вдруг  повышает   частоту  таких  скачков   -      если  говорить в  общем.    У   той  же   дрозофилы    есть  линии с  высокой  частотой     перемещений    МГЭ     и  и  линии с  запретом   на   это.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 17, 2020, 14:50:46
Цитата: vit от июля 17, 2020, 10:08:18
Цитата: Питер от июля 16, 2020, 11:27:05
гомологичная   рекомбинация  не  идеально  точна.  И  есть   еще  не  гомологичная.

не точная гомологичная   рекомбинация=не  гомологичная  рекомбинация :D

Что    такое  точность  ?     Нуклеотид  или  несколько  нуклеотидов  ? 
Что     такое  гомология  ?    100%     на   длине в  1000  п.н.     или   те  же  100%   на   длине    в   20   -  а  вокруг    ноль  (не   бывает) гомологии  ?  Или    75%   -  но   на  той  же   тысяче   ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 17, 2020, 16:47:56
А транспозоны способны только угнетать активность генов или могут её и повышать?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 17, 2020, 16:58:55
И    то  и  другое.     Зависит  от   промотора   в  транспозоне   и  конкретной   встройки.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: василий андреевич от июля 17, 2020, 17:31:26
Цитата: Питер от июля 17, 2020, 14:48:12Скачки.    Инсерционный    мутагенез. При     это  не  ясно,  что      вдруг  повышает   частоту  таких  скачков   -      если  говорить в  общем.
По любому, увеличение частотной характеристики процесса прямо пропорционально обесцениваемой при этом энергии. Если система многоуровнева (много причиностна), то инсерция затронет уровень "оптимальный" по соответствию с явлением резонанса.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: василий андреевич от июля 17, 2020, 17:47:35
Цитата: Питер от июля 17, 2020, 14:50:46Нуклеотид  или  несколько  нуклеотидов  ? 
Простой пример гомеостаза, как динамического равновесия -полипетид-пептиды-полипетид-... Частота - это обратная величина времени смены от поли- к следующему поли- (период). Чем от большей "стрессовой энергии" надо избавиться, тем чаще будут малые перескоки, входящие в основной волновой пакет. Таким образом, готовность системы к новым претурбациям зависит от количества областей с разной частотной характеристикой обменных процессов.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 17, 2020, 18:28:08
Не существует ли какой-нибудь способ «убивания» мобильных генетических элементов, например, с помощью их самих же? Т.е. механизм, в некотором смысле, обратный механизму размножения транспозонов.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 18, 2020, 09:37:14
100%ных нет.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 18, 2020, 09:49:00
А что это за механизмы? Тоже инициируются мобильными элементами?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 18, 2020, 10:18:57

Система рестрикции-модификации (https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A1%D0%B8%D1%81%D1%82%D0%B5%D0%BC%D0%B0_%D1%80%D0%B5%D1%81%D1%82%D1%80%D0%B8%D0%BA%D1%86%D0%B8%D0%B8-%D0%BC%D0%BE%D0%B4%D0%B8%D1%84%D0%B8%D0%BA%D0%B0%D1%86%D0%B8%D0%B8)
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 18, 2020, 11:06:52
Система подобного обрезания есть только у бактерий?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 18, 2020, 12:05:47
у эукариот нет гпг, зато есть кроссинговер и ретровирусы гпг могут сделать
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 18, 2020, 16:00:08
А при гпг вставка чужеродных элементов может сопровождаться удалением своих?
Это широко распространено?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 18, 2020, 16:50:14
https://elementy.ru/novosti_nauki/431802/V_evolyutsii_bakteriy_gorizontalnyy_geneticheskiy_obmen_igraet_tu_zhe_rol_chto_i_polovoe_razmnozhenie_u_vysshikh_organizmov

Заимствованные гены могут быть либо добавлены к уже имеющимся у бактерии-реципиента, либо (благодаря механизму гомологичной рекомбинации, Homologous recombination) «свой» фрагмент ДНК заменяется похожим «чужим» фрагментом.

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 19, 2020, 07:47:20
Цитата: vit от июля 18, 2020, 12:05:47у эукариот нет гпг, зато есть кроссинговер и ретровирусы гпг могут сделать

1.  ГПГ    есть    у   эукариот.
2.    Ретровирусы    вырезать   вставку  ?   Ну  сам  может   уйти,  но        сделать  что-то  на  "стороне"     кроме  новой  инсерции  -  нет.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 19, 2020, 10:08:13
в чистом виде нет! ГПГ это захват днк из окружающей среды. такое есть только у прокариот.

ретровирусы, плазмиды, кроссинговер это тоже гпг, но с оговоркой...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 19, 2020, 14:53:14
https://www.bionet.nsc.ru/vogis/pict_pdf/2009/2009_2/9.pdf

Учится,  учится  и  учится   -    как    завещал    великий   Ленин ....
И  откуда    ваше   определение   ГПГ  ?   Цитатку   бы  ...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 19, 2020, 15:24:17
Цитата: Питер от июля 19, 2020, 14:53:14
https://www.bionet.nsc.ru/vogis/pict_pdf/2009/2009_2/9.pdf

Учится,  учится  и  учится   -    как    завещал    великий   Ленин ....
И  откуда    ваше   определение   ГПГ  ?   Цитатку   бы  ...
из вики

ссылка не открывается - скиньте цитатку или коротенько сами поведайте о чем речь?!
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 19, 2020, 15:32:18
    Кроссинговере в ходе мейоза для создания разнообразия комбинаций генов, в частности, при формировании гамет.
    Репарации двухцепочных разрывов хромосом, в том числе для продолжения репликации в случае остановки репликационной вилки у эукариот, бактерий и архей.
    Горизонтальном переносе генов бактерий и вирусов
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 19, 2020, 15:48:38
Ссылка  рабочая.  Статья   Шестакова  "ГОРИЗОНТАЛЬНЫЙ ПЕРЕНОС ГЕНОВ У ЭУКАРИОТ"
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 19, 2020, 15:58:30
https://www.britannica.com/science/horizontal-gene-transfer
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 19, 2020, 16:22:47
перефразирую: некоторые авторы считают что гпг бывает и у одноклеточных эукариот, но в связи со сложностью определения чужеродной днк в их геноме, это утверждение считается недоказуемыми.

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 19, 2020, 16:28:10
https://en.wikipedia.org/wiki/Lac_operon
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 19, 2020, 17:22:00
А    мужики-то  не   знают  ...

Ну    в  общем   "Гены"   Льюина     вам  в  помощь.   
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 19, 2020, 17:45:47
это мужикам, которые новый вид коли вывели, в помощь! :D
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 19, 2020, 17:58:42
Новый    вид  E. coli ????  Вы  это,   закусывайте  ...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 19, 2020, 18:32:07
 Lenski criticizes Van Hofwegen et al.'s description of the initial evolution of Cit+ as a "speciation event" by pointing out that the LTEE was not designed to isolate citrate-using mutants or to deal with speciation since in their 2008 paper they said "that becoming Cit+ was only a first step on the road to possible speciation", and thus did not propose that the Cit+ mutants were a different species, but that speciation might be an eventual consequence of the trait's

Lenski acknowledges that scientists, including him and his team, often use short hand and jargon when discussing speciation, instead of writing more carefully and precisely on the matter, and this can cause issues.

https://en.wikipedia.org/wiki/E._coli_long-term_evolution_experiment#Criticism_of_citrate-usage_findings
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 19, 2020, 19:56:23
But Minnich's group had cited two publications in their paper that backed up their take on things. The first was a review paper where Lenski himself described the experiment and then remarked coyly, "That sounds a lot like the origin of species to me. What do you think?" (Wink, wink, nudge, nudge.)

The second was Elizabeth Pennisi's puff piece in Scienceon the LTEE in 2013 where she wrote (presumably after consulting with Lenski) "because one of E. coli's defining characteristics is the inability to use citrate for energy in the presence of oxygen, the citrate-consuming bacteria could be seen as a new species."

https://evolutionnews.org/2016/05/richard_lenski/
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 19, 2020, 20:01:58
Citrate utilization arose as the consequence of two mutations in genes citA and citB, which are linked to the gal operon.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/7045076/
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 20, 2020, 11:10:01
особо рассмешило заявление Лански:That sounds a lot like the origin of species to me. :D

(https://encrypted-tbn0.gstatic.com/images?q=tbn%3AANd9GcQ_mj2KF4GCIeopJq0uU43iFqBro_7ebyjVtNo5pt6HJo2Fzwj-YLPW1kCWFJfJnPePnZ70PulX&usqp=CAc)


дядя явно не закусывал :D
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 20, 2020, 16:28:54
жаль что Минних этого афериста разоблачил, а то был бы у нас новый вид Escherichia lanski  ;D, наши то эво бы не заметили...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 20, 2020, 19:33:05

Поэтому т.н. эво и ненавидят так называемых креа: ученый эво, оприраясь на статью в нейче про эксперимент Лански, написал кучу популярных статей о новом виде и новом доказательстве эволюции, а креа разоблачили этот эксперимент и оказалось что наш ученый эво зря писал статьи и если бы он был более квалифицированным и был бы знаком с литературой или просто логически оценил результаты эксперимента, то не попал бы в просак.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 21, 2020, 11:53:25
наверно нужно промежуточные выводы по прокариотам начать формулировать:

- Одиночные, точечные мутации, которые по СТЭ - главный механизм эволюции, случающиеся из-за ошибок репарации репликации днк, являются крайне редкими и исправляются на 10 000 000 000 000 000 на 1 деление. Таких больших геномов не существует, поэтому и такие мутации крайне редки.

- Вероятность множественных точечных мутаций( дуплекации, амплификации и т.п..) уменьшается в пропорциональной зависимости от числа повторов мутаций - в расчетах, в реальности близки к 0.

-  Дуплекации, амплификации и др. множественные повторения части генома, являются следствием: разных форм горизонтального переноса генов, действия оперонов, мобильных генэлементов и др.. и не являются случайными мутациями...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 21, 2020, 12:13:35
Цитата: vit от июля 21, 2020, 11:53:25Дуплекации, амплификации и др. множественные повторения части генома, являются следствием: разных форм горизонтального переноса генов, действия оперонов, мобильных генэлементов и др.. и не являются случайными мутациями...
А какие мутации яляются случайными? В смысле что такое случайные мутации?

Цитата: vit от июля 21, 2020, 11:53:25Одиночные, точечные мутации, которые по СТЭ - главный механизм эволюции
А где в постулатах СТЭ написано, что одиночные, точечные мутации - главный механизм эволюции?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 21, 2020, 15:09:26
В   геноме  человека  есть  масса   дупликаций  и  делеций   и  нет  горизонтального  переноса .   
Дупликация   -   это  не  много  точковых  мутаций    в  одном   месте.  Это    всего-навсего  одна      рекомбинация.   ОДНА.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 21, 2020, 17:08:36
Цитата: Alexeyy от июля 21, 2020, 12:13:35
В смысле что такое случайные мутации?
при случайных явлениях отсутствует причинно-следственная связь, а если она есть - значит это не случайное явление. Т.е. если колям дать цитрат и они быстро, т.е. быстрее, чем расчет случайной вероятности, научатся его купать то это не случайная мутация.

Цитата: Alexeyy от июля 21, 2020, 12:13:35
А где в постулатах СТЭ написано, что одиночные, точечные мутации - главный механизм эволюции?
случайность мутаций это главный принцип стэ, случайными могут быть только одиночные мутации...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: василий андреевич от июля 21, 2020, 17:28:47
  Случайно то событие, которое не прогнозируется в виде пространственно-временной координаты. Концентрация случайных событий прямо пропорциональна хаотической составляющей среды, например, тепла. Насколько место тепла может выполнять стрессовый фактор?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 21, 2020, 17:53:59
прогнозируется все , что может произойти
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 21, 2020, 17:56:18
Цитата: vit от июля 21, 2020, 17:08:36
Цитата: Alexeyy от июля 21, 2020, 12:13:35
В смысле что такое случайные мутации?
при случайных явлениях отсутствует причинно-следственная связь, а если она есть - значит это не случайное явление. Т.е. если колям дать цитрат и они быстро, т.е. быстрее, чем расчет случайной вероятности, научатся его купать то это не случайная мутация.
А как же в стохастических закономерностях? Там причинная связь есть, но она там – не детерминированная – стохастическая. Что ли события этих закономерности, в соответствии с этим определением, называть не случайными? Тогда почему закономерности называют стохастическими? В https://ru.wikipedia.org/wiki/Стохастичность пишут, что стохастичность означает случайность.


Цитата: vit от июля 21, 2020, 17:08:36
Цитата: Alexeyy от июля 21, 2020, 12:13:35
А где в постулатах СТЭ написано, что одиночные, точечные мутации - главный механизм эволюции?
случайность мутаций это главный принцип стэ, случайными могут быть только одиночные мутации...
Но тогда в постулатах СТЭ не написано, что одиночные, точечные мутации - главный механизм эволюции, а то, что это, действительно, так – это, на Ваш взгляд, следствие постулатов СТЭ, а не их содержание. Да и разве в постулатах СТЭ есть вообще понятие об одиночной мутации?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 21, 2020, 17:59:32
При     любом  отборе  есть  причинно-следственная   связь.    Есть  фактор   отбора   -   появятся "правильные"     варианты.   Другое    дело,  что       будет   создана   СЛУЧАЙНЫМ   образом  масса   разных   генетических   вариантов   -  а    узнаем  мы   только  отобранный.     Все    прочие    пойдут  в  педальное   ведро  эволюции. 
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 21, 2020, 19:14:11
Цитата: Alexeyy от июля 21, 2020, 17:56:18
  А как же в стохастических закономерностях? link=topic=11439.msg244735#msg244735 date=1595322815]
Да и разве в постулатах СТЭ есть вообще понятие об одиночной мутации?
имеется ввиду что случайные явления определяются в их плоскостях, напр. если мы говорим о мутациях днк, то рассматриваем случайный характер ошибок которые делает днк-полимераза и мут-репараторы, а не броуновское движение.
ЦитироватьДа и разве в постулатах СТЭ есть вообще понятие об одиночной мутации?

Механизмы мутагенеза

Последовательность событий, приводящая к мутации (внутри хромосомы) выглядит следующим образом: происходит повреждение ДНК (если повреждение ДНК не было корректно репарировано, оно приведет к мутации); в случае, если повреждение произошло в незначащем (интрон) фрагменте ДНК или если повреждение произошло в значащем фрагменте (экзон) и, вследствие вырожденности генетического кода, не произошло нарушения, то мутации образуются, но их биологические последствия будут незначительными или могут не проявиться.

Мутагенез на уровне генома также может быть связан с инверсиями, делециями, транслокациями, полиплоидией и анеуплоидией, удвоением, утроением (множественной дупликацией) некоторых хромосом и т. д.

В настоящее время существует несколько подходов, использующихся для объяснения природы и механизмов образования точечных мутаций. В рамках общепринятой, полимеразной модели считается, что единственной причиной образования мутаций замены оснований являются спорадические ошибки ДНК-полимераз. В настоящее время такая точка зрения является общепринятой[5]. https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9C%D1%83%D1%82%D0%B0%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D0%B5%D0%B7#%D0%9C%D0%B5%D1%85%D0%B0%D0%BD%D0%B8%D0%B7%D0%BC%D1%8B_%D0%BC%D1%83%D1%82%D0%B0%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D0%B5%D0%B7%D0%B0

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 21, 2020, 19:19:56
Цитата: Питер от июля 21, 2020, 15:09:26
В   геноме  человека  есть  масса   дупликаций  и  делеций   и  нет  горизонтального  переноса .   
Дупликация   -   это  не  много  точковых  мутаций    в  одном   месте.  Это    всего-навсего  одна      рекомбинация.   ОДНА.

у прокариот нет рекомбинации, есть репарация ошибок разрыва хромосомы - разрывы случайны, а рекомбинация это закономерный процесс при кроссинговере у эукариот и гпг у прокариот.

ЦитироватьПри     любом  отборе  есть  причинно-следственная   связь.
мы говорим про мутагенез , а не отбор.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 21, 2020, 19:27:44
Цитата: vit от июля 21, 2020, 19:14:11
ЦитироватьДа и разве в постулатах СТЭ есть вообще понятие об одиночной мутации?

Механизмы мутагенеза

Последовательность событий, приводящая к мутации (внутри хромосомы) выглядит следующим образом: происходит повреждение ДНК (если повреждение ДНК не было корректно репарировано, оно приведет к мутации); в случае, если повреждение произошло в незначащем (интрон) фрагменте ДНК или если повреждение произошло в значащем фрагменте (экзон) и, вследствие вырожденности генетического кода, не произошло нарушения, то мутации образуются, но их биологические последствия будут незначительными или могут не проявиться.

Мутагенез на уровне генома также может быть связан с инверсиями, делециями, транслокациями, полиплоидией и анеуплоидией, удвоением, утроением (множественной дупликацией) некоторых хромосом и т. д.

В настоящее время существует несколько подходов, использующихся для объяснения природы и механизмов образования точечных мутаций. В рамках общепринятой, полимеразной модели считается, что единственной причиной образования мутаций замены оснований являются спорадические ошибки ДНК-полимераз. В настоящее время такая точка зрения является общепринятой[5]. https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9C%D1%83%D1%82%D0%B0%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D0%B5%D0%B7#%D0%9C%D0%B5%D1%85%D0%B0%D0%BD%D0%B8%D0%B7%D0%BC%D1%8B_%D0%BC%D1%83%D1%82%D0%B0%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D0%B5%D0%B7%D0%B0
Ну это же википедийная статья по механизму мутагенеза, а в этой цитате нет никакой отсылки к постулатам СТЭ, в которых бы вводилось понятие единичной мутации.

Цитата: vit от июля 21, 2020, 19:14:11имеется ввиду что случайные явления определяются в их плоскостях, напр. если мы говорим о мутациях днк, то рассматриваем случайный характер ошибок которые делает днк-полимераза и мут-репараторы, а не броуновское движение.
А разве броуновское движение не может провоцировать ошибки? По идее, слишком интенсивное броуновское движение будет мешать репликации: ведь в пределе (очень высокие температуры) броуновское движение вообще репликацию сделает невозможной и, в конце концов, оно будет вносить столь большой хаос, что начнёт приводить к распаду макроструктур.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 21, 2020, 19:37:59

материалом для эволюции являются мутационная и рекомбинационная изменчивость; (https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A1%D0%B8%D0%BD%D1%82%D0%B5%D1%82%D0%B8%D1%87%D0%B5%D1%81%D0%BA%D0%B0%D1%8F_%D1%82%D0%B5%D0%BE%D1%80%D0%B8%D1%8F_%D1%8D%D0%B2%D0%BE%D0%BB%D1%8E%D1%86%D0%B8%D0%B8#%D0%9E%D1%81%D0%BD%D0%BE%D0%B2%D0%BD%D1%8B%D0%B5_%D0%BF%D0%BE%D0%BB%D0%BE%D0%B6%D0%B5%D0%BD%D0%B8%D1%8F_%D1%81%D0%B8%D0%BD%D1%82%D0%B5%D1%82%D0%B8%D1%87%D0%B5%D1%81%D0%BA%D0%BE%D0%B9_%D1%82%D0%B5%D0%BE%D1%80%D0%B8%D0%B8_%D1%8D%D0%B2%D0%BE%D0%BB%D1%8E%D1%86%D0%B8%D0%B8,_%D0%B8%D1%85_%D0%B8%D1%81%D1%82%D0%BE%D1%80%D0%B8%D1%87%D0%B5%D1%81%D0%BA%D0%BE%D0%B5_%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B8%D1%80%D0%BE%D0%B2%D0%B0%D0%BD%D0%B8%D0%B5_%D0%B8_%D1%80%D0%B0%D0%B7%D0%B2%D0%B8%D1%82%D0%B8%D0%B5)
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 21, 2020, 19:49:16
Цитата: Alexeyy от июля 21, 2020, 19:27:44

А разве броуновское движение не может провоцировать ошибки?

считается что общие факторы оказывают одинаковое влияние на процесс в целом
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: василий андреевич от июля 21, 2020, 19:55:32
Цитата: vit от июля 21, 2020, 17:53:59прогнозируется все , что может произойти
Понятно. Если кто-то кое-где у нас порой... "одна бабка в автобусе сказала".
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 21, 2020, 20:01:29
Цитата: vit от июля 21, 2020, 19:37:59

материалом для эволюции являются мутационная и рекомбинационная изменчивость; (https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A1%D0%B8%D0%BD%D1%82%D0%B5%D1%82%D0%B8%D1%87%D0%B5%D1%81%D0%BA%D0%B0%D1%8F_%D1%82%D0%B5%D0%BE%D1%80%D0%B8%D1%8F_%D1%8D%D0%B2%D0%BE%D0%BB%D1%8E%D1%86%D0%B8%D0%B8#%D0%9E%D1%81%D0%BD%D0%BE%D0%B2%D0%BD%D1%8B%D0%B5_%D0%BF%D0%BE%D0%BB%D0%BE%D0%B6%D0%B5%D0%BD%D0%B8%D1%8F_%D1%81%D0%B8%D0%BD%D1%82%D0%B5%D1%82%D0%B8%D1%87%D0%B5%D1%81%D0%BA%D0%BE%D0%B9_%D1%82%D0%B5%D0%BE%D1%80%D0%B8%D0%B8_%D1%8D%D0%B2%D0%BE%D0%BB%D1%8E%D1%86%D0%B8%D0%B8,_%D0%B8%D1%85_%D0%B8%D1%81%D1%82%D0%BE%D1%80%D0%B8%D1%87%D0%B5%D1%81%D0%BA%D0%BE%D0%B5_%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B8%D1%80%D0%BE%D0%B2%D0%B0%D0%BD%D0%B8%D0%B5_%D0%B8_%D1%80%D0%B0%D0%B7%D0%B2%D0%B8%D1%82%D0%B8%D0%B5)
Да, но там же (в основных положениях СТЭ по ссылке) ничего не говорится о единичной мутации.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 21, 2020, 20:02:55
Цитата: vit от июля 21, 2020, 19:49:16
Цитата: Alexeyy от июля 21, 2020, 19:27:44

А разве броуновское движение не может провоцировать ошибки?

считается что общие факторы оказывают одинаковое влияние на процесс в целом

Т.е. ошибки репликации не зависят от интенсивности броуновского движения (температуры)?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 21, 2020, 20:03:24
 :D
там говорится о мутации, далее Вы смотрите что такое мутации...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: василий андреевич от июля 21, 2020, 20:06:47
  Как только произнесено, что мутации не случайны (а Вы это уже делали), придется автоматически продолжить, что они управляемы (направляемы).
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 21, 2020, 20:12:09
Цитата: василий андреевич от июля 21, 2020, 19:55:32

  Понятно.

что бы понять является ли событие случайным, нужно посчитать все возможные варианты развития события, напр. если у коли 5000 генов, то вероятность мутации в 1ом из них 1/5000, если в 5000 опытов прошла мутация в этом гене то возможно это событие случайно, а если в 49 опытах мутация в этом гене произошла 49 раз, то это событие не случайно.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 21, 2020, 20:13:37
Цитата: василий андреевич от июля 21, 2020, 20:06:47
  Как только произнесено, что мутации не случайны (а Вы это уже делали), придется автоматически продолжить, что они управляемы (направляемы).
ну или не верить глазам своим...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 21, 2020, 20:14:56
Цитата: vit от июля 21, 2020, 20:03:24
:D
там говорится о мутации, далее Вы смотрите что такое мутации...
А где в СТЭ бъясняется что такое единичная мутация?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: василий андреевич от июля 21, 2020, 20:39:22
Цитата: vit от июля 21, 2020, 20:12:09если в 49 опытах мутация в этом гене произошла 49 раз, то это событие не случайно.
Вы практически сказали, что "рвется, там, где тонко". Но это означает концентрацию напряжений именно в тонком месте. Потому и спрашиваю, является стресс для клетки аналогом тепла? Если молекула генома испытывает повышенную возбужденность, например, в отсутствии не знаю какого компонента, снимающего раздражение с определенного участка, то это и будет означать локализацию (точечную?) напряжения. Попросту, увеличивается частота нарушения, а с ней неизбежно увеличение числа SOS-репарации.
  При этом мутация окажется все одно случайной, несмотря на то, что статистический рост избранного мутагенеза будет наблюдаться.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 21, 2020, 21:25:13
у Alexeyy уже были идеи о стрессовом мутагенезе, но его механизм не описан. Коли всегда находятся в стрессовом состоянии и отсутствие глюкозы не ведет к элиминации. Сосрепарация это ответ на ошибку в репликации, а у нас наблюдается дуплекация.

Вероятно под статистическим ростом избранного мутагенеза, Вы подразумеваете многоступенчатый, запрограммированный механизм-ответ на сигнал, но это не случайный мутагенез из стэ.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 21, 2020, 21:29:31
Цитата: Alexeyy от июля 21, 2020, 20:14:56
Цитата: vit от июля 21, 2020, 20:03:24
:D
там говорится о мутации, далее Вы смотрите что такое мутации...
А где в СТЭ бъясняется что такое единичная мутация?

В настоящее время существует несколько подходов, использующихся для объяснения природы и механизмов образования точечных мутаций. В рамках общепринятой, полимеразной модели считается, что единственной причиной образования мутаций замены оснований являются спорадические ошибки ДНК-полимераз. В настоящее время такая точка зрения является общепринятой[5].

https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9C%D1%83%D1%82%D0%B0%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D0%B5%D0%B7#%D0%9C%D0%B5%D1%85%D0%B0%D0%BD%D0%B8%D0%B7%D0%BC%D1%8B_%D0%BC%D1%83%D1%82%D0%B0%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D0%B5%D0%B7%D0%B0
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: василий андреевич от июля 21, 2020, 21:58:13
Цитата: vit от июля 21, 2020, 21:25:13Вероятно под статистическим ростом избранного мутагенеза, Вы подразумеваете многоступенчатый, запрограммированный механизм-ответ на сигнал, но это не случайный мутагенез из стэ.
Пока я подбираю и отвергаю наиболее простые варианты. Любая мутация - стресс для функционирования в привычных видовых условиях. Придется либо искать новую среду, либо перестраиваться за счет гипотетического каскада-многоступенчатости "не случайного" мутагенеза. И то, и другое - это маловероятное попадание пальцем в нужную точку на небе.
  Вероятнее перестройка в работе "цитоплазмы".
  Но тогда правы те, кто считает важной роль именно единичной случайности, как тихогенеза малых отклонений. Радиационный дрейф никто не отменял.

  Вы же о совершенно другом. Цитоплазма "знает", куда бить "по мамочке". Принять не могу, ибо подобное в перспективе привело бы ко всеобщей серости оттенков, что недопустимо с точки зрения естественности роста вариативностей.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 21, 2020, 22:05:32
Vit,    вы      ОТБИРАЕТЕ    на      фенотип.   И   мутации естественно в  том   гене,  который  связан с  этим   фенотипом.   Потому  как   нет  такой  мутации  -  нет    роста   на     цитрате  Там    есть  и  масса  других  мутаций   -   не  связанных с  фенотипом.   Все-таки   клоны   секвенировали ...
В     общем   читайте  "Гены".   
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 21, 2020, 22:40:20
Цитата: василий андреевич от июля 21, 2020, 21:58:13
Принять не могу

Ваше личное дело!, тем более что механизмы неслучайного мутагенеза путем гпг, оперонов и др. как ответ на внешний сигнал константированы и не вызывают сомнений.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 21, 2020, 22:49:56
Цитата: Питер от июля 21, 2020, 22:05:32
Vit,    вы      ОТБИРАЕТЕ    на      фенотип.   И   мутации естественно в  том   гене,  который  связан с  этим   фенотипом.   Потому  как   нет  такой  мутации  -  нет    роста   на     цитрате  Там    есть  и  масса  других  мутаций   -   не  связанных с  фенотипом.   Все-таки   клоны   секвенировали ...
В     общем   читайте  "Гены".
с чего вы взяли, что цитрат единственный путь конкуренции?

2. случайная мутация-дуплекация цитт в 1500 н. за 12 делений невозможна
3.обратимость мутации говорит о механизме
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: василий андреевич от июля 21, 2020, 22:55:19
  Счастлив кто умеет не сомневаться. Верить, оно спокойнее. Тем более, что за термином сигнал скрывается до боли привычное - просигнализировать наверх, а там знают, что делать.
  Попробую дальше послушать, может толику и пойму.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 21, 2020, 23:36:53
Цитата: vit от июля 21, 2020, 21:29:31
Цитата: Alexeyy от июля 21, 2020, 20:14:56
Цитата: vit от июля 21, 2020, 20:03:24
:D
там говорится о мутации, далее Вы смотрите что такое мутации...
А где в СТЭ объясняется что такое единичная мутация?

В настоящее время существует несколько подходов, использующихся для объяснения природы и механизмов образования точечных мутаций. В рамках общепринятой, полимеразной модели считается, что единственной причиной образования мутаций замены оснований являются спорадические ошибки ДНК-полимераз. В настоящее время такая точка зрения является общепринятой[5].

https://ru.wikipedia.org/wiki/Мутагенез#Механизмы_мутагенеза/
Ну это же современные, общепризнанные представления относительно источника точечных мутаций.  Но это же не значит, что эти представления - это и есть представления СТЭ: СТЭ - это то, что фигурирует в её постулатах (в основных положениях). Хотя бы в каких-нибудь вариантах этих постулатов явно фигурирует представления о точечных мутациях?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 22, 2020, 06:18:00
Цитата: vit от июля 21, 2020, 22:49:562. случайная мутация-дуплекация цитт в 1500 н. за 12 делений невозможна

Там  не  12  делений.    12   пересевов.  Что  не  одно  и  то  же.    И  за   это  время  в  популяции     E.  coli    родилось  и  умерло  (поделилось)     столько   клеток  ...
  И   если   это  не  случйно  -    то   сотый   раз  прошу    описать  МЕХАНИЗМ  не  случайности.    По  пунктам.   С  молекулярным  механизмом.
Если   его  опять  не   будет   -    печалька  ...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 22, 2020, 10:00:43
Цитата: Alexeyy от июля 21, 2020, 23:36:53
Хотя бы в каких-нибудь вариантах этих постулатов явно фигурирует представления о точечных мутациях?

Вы попробуйте сами сформулировать основные положения современной эволюции с учетом представлений о репликации, репарации, гпг, оперонов и т.д.! Тогда может быть Вам станет понятнее...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 22, 2020, 10:08:24
Цитата: Питер от июля 22, 2020, 06:18:00
Цитата: vit от июля 21, 2020, 22:49:562. случайная мутация-дуплекация цитт в 1500 н. за 12 делений невозможна

Там  не  12  делений.    12   пересевов.  Что  не  одно  и  то  же.    И  за   это  время  в  популяции     E.  coli    родилось  и  умерло  (поделилось)     столько   клеток  ...
  И   если   это  не  случйно  -    то   сотый   раз  прошу    описать  МЕХАНИЗМ  не  случайности.    По  пунктам.   С  молекулярным  механизмом.
Если   его  опять  не   будет   -    печалька  ...

там пересевов вообще не было - вы бы хотя бы ход эксперимента уяснили и с литературой ознакомились от 1982го  https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/7045076/

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22101843/
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 22, 2020, 10:21:33
там кстати действительно петля образуется для экспрессии гена, но не по ссм как вы писали, а  опрероном если в среде есть цитрат
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: василий андреевич от июля 22, 2020, 10:22:14
  Прежде разборок с мутацией, надо понять с какого бодуна происходит репарация, а до того должен быть ясен принцип, возможного избирания "точки" нарушения.
  Бесспорно лишь нахождение ДНК в условно устойчивом состоянии при широких средовых вариациях. Принцип функционирования - это отнятие компонентами среды излишков дестабилизирующих молекулу энергетических напряжений. Поэтому нарушения, связанные с "нестандартным отбором излишков" - самое простое объяснение.
  Место нарушения, из которого произошел спонтанный выплеск энергии, становится отрицательным потенциалом соответствующей формы, которая распознается компонентами среды для восстановления динамического равновесия участка.

  И тут придется мысленно перепрыгнуть к тому предположению, что не участок ДНК сигнализирует о своеобычном нарушении, а среда, изменившаяся в результате дискомфорта организма, наводит, допустим, через эл.маг. поле напряженность на четко выделяемый участок ДНК. Если такое допустить, то к чертям собачьим летит принцип сохранности (необратимости), с таким трудом достигнутого синтеза.
  Некоторый выход будет при допущении квантованных состояний молекулярного гомеостаза. Тогда обратимый процесс нарушение-репарация будет функционировать до тех пор, пока частотная энергетика не достигнет лимитированной точки и вся ДНК разом перескочит на новый стационарный уровень.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 22, 2020, 10:46:19
Цитата: василий андреевич от июля 22, 2020, 10:22:14
  Прежде разборок с мутацией, надо понять с какого бодуна происходит репарация, а до того должен быть ясен принцип, возможного избирания "точки" нарушения.
 

согласен! что бы иметь ошибку репарации , сначала нужно иметь саму ошибку в нужном месте-промотор цитт и в нужное время-в среде кончилась глюкоза, но есть цитрат или лактат.

https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9B%D0%B0%D0%BA%D1%82%D0%BE%D0%B7%D0%BD%D1%8B%D0%B9_%D0%BE%D0%BF%D0%B5%D1%80%D0%BE%D0%BD

Лактозный оперон (англ. lac operon) — полицистронный оперон бактерий, кодирующий гены метаболизма лактозы.

Регуляция экспрессии генов метаболизма лактозы у кишечной палочки (Escherichia coli) была впервые описана в 1961 году учеными Ф. Жакобом и Ж. Моно[1] (получившими в 1965 году Нобелевскую премию совместно с А. Львовым). Бактериальная клетка синтезирует ферменты, принимающие участие в метаболизме лактозы, лишь в том случае, когда лактоза присутствует в окружающей среде и клетка испытывает недостаток глюкозы.


Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 22, 2020, 11:06:27
http://www.evo-ed.org/PowerPoint%20Teaching%20Resources/Ecoli%20Citrate%20Metabolism%20Evolution.pptx

Это   про   Ленски.  И   про   пересевы    каждый  день.
Это   из   ВиКи
В начале эксперимента были созданы 12 популяций исходного штамма (6 популяций Ara+ и 6 Ara−, получившие обозначение A+1 ... A+6 и A−1 ... A−6 соответственно). Для точной идентификации каждой популяции были задействованы генетические маркеры. Каждая популяция размножалась в искусственной среде, где скорость размножения ограничивалась стрессовыми условиями (недостатком основного продукта питания — глюкозы). Каждый день 0,1 мл содержимого каждой пробирки переносилось в пробирку с 10 мл свежей питательной среды, где размножение бактерий продолжалось. Каждое 500-е поколение (что соответствует интервалу в 75 дней) замораживалось в глицерине при температуре −80 °C, чтобы в будущем с появлением новых методов анализа имелась возможность провести более подробное исследование. По ходу эксперимента полностью секвенировался геном предкового штамма, а также геномы некоторых этапных поколений (поколения 2000, 5000, 10 000, 15 000, 20 000 и 40 000)[6].
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 22, 2020, 11:07:53
Цитата: vit от июля 22, 2020, 10:00:43
Цитата: Alexeyy от июля 21, 2020, 23:36:53
Хотя бы в каких-нибудь вариантах этих постулатов явно фигурирует представления о точечных мутациях?

Вы попробуйте сами сформулировать основные положения современной эволюции с учетом представлений о репликации, репарации, гпг, оперонов и т.д.! Тогда может быть Вам станет понятнее...
Вы ушли от ответа: речь шла не об основных современных положениях по эволюции, а о наличии/не наличии утверждения/положения (о единичных мутациях) в основных положениях СТЭ (которые отнюдь не современны: возникли более, чем пол века назад).
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 22, 2020, 11:12:28
А  это  Хофвеген.
Где  пересевов   тоже  не   было  ...
Selection for E. coli Cit+ mutants.
Three protocols were used to select E. coli Cit+ mutants from four E. coli K-12 strains (the wild-type, ΔrpoS::kan, ΔcitT::kan, and ΔdctA::kn strains) and two E. coli B strains (B and REL606). In the first method, each E. coli K-12 strain was grown overnight at 37°C with aeration in 5 ml of LB broth, after which cells were concentrated by centrifugation, and cell pellets were washed twice with M9 salts. Cells were resuspended in 50 ml of M9C broth in 250-ml Erlenmeyer flasks to give a final concentration of 5.0 × 107 to 7.0 × 107 CFU/ml and incubated at 37°C with aeration at 160 rpm. Growth was visually monitored daily for increased turbidity and measured by absorption at an optical density at 600 (OD600). An aliquot of cells was removed weekly from each flask, quantified by triplicate plate counts on LB agar, and cryopreserved. During extended incubations, flasks were rehydrated with sterile distilled water weekly to compensate for evaporation.

The second two methods consisted of modified direct selections using 50 ml of M9C in 250-ml Erlenmeyer flasks, one amended with 0.005% glycerol (M9CG50) and the other amended with 0.0025% glucose (M9C25). Both carbon concentrations supported approximately six generations of growth (OD600 = 0.03). Flasks were incubated at 37°C with constant shaking for 1 week and then diluted (1:100) into fresh media. This cycle was repeated until the culture turbidity at OD600 increased to >0.6. Aliquots were cryopreserved weekly. These experiments were also conducted with 1.7 mM citrate to determine if the concentration of citrate affected mutant selection. These low-citrate media are designated M9LC25 (glucose) and M9LCG50 (glycerol).

In all variations of Cit+ mutant selection, once the absorbance reached an OD600 of >0.07 (1.7 mM citrate-containing media) or >0.6 (6.8 mM citrate-containing media), an aliquot of the culture was diluted (1:100) into 10 ml of M9C medium and incubated with aeration until absorbance (OD600, >0.07 or >0.6) was again observed. Individual colonies were isolated by streak dilution on LRC agar or diluted and plated on Simmons and Christensen citrate agars. Large colonies arising after 2 to 3 days of incubation on LRC agar were likewise tested on Simmons and Christensen citrate agars. Blue colonies on Simmons citrate agar (representing strong citrate use) were repurified by 12 h of growth in LB broth and plated on fresh Simmons citrate agar. Large isolated colonies were grown in M9C broth for cryopreservation. All Cit+ mutants were verified to be E. coli by patching isolated colonies sequentially onto SMAC-MUG agar, Simmons citrate agar, and Christensen citrate agar.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 22, 2020, 11:13:20
Цитата: Питер от июля 22, 2020, 11:06:27
Это   про   Ленски.
нет это не про Лански, а про опровержение за 12 делений

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26833416/
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 22, 2020, 11:14:29
Цитата: Питер от июля 22, 2020, 11:12:28
А  это  Хофвеген.
Где  пересевов   тоже  не   было  ...

?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 22, 2020, 11:18:47
Цитата: Alexeyy от июля 22, 2020, 11:07:53
Цитата: vit от июля 22, 2020, 10:00:43
Цитата: Alexeyy от июля 21, 2020, 23:36:53
Хотя бы в каких-нибудь вариантах этих постулатов явно фигурирует представления о точечных мутациях?

Вы попробуйте сами сформулировать основные положения современной эволюции с учетом представлений о репликации, репарации, гпг, оперонов и т.д.! Тогда может быть Вам станет понятнее...
Вы ушли от ответа: речь шла не об основных современных положениях по эволюции, а о наличии/не наличии утверждения/положения (о единичных мутациях) в основных положениях СТЭ (которые отнюдь не современны: возникли более, чем пол века назад).
думаю 5и попыток достаточно, если Вы до сих пор не поняли, то попробуйте сами сформулировать основные положения современной эволюции с учетом представлений о репликации, репарации, гпг, оперонов и т.д.! Тогда может быть Вам станет понятнее...
Вы вообще мутагенез как постулат стэ признаете?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 22, 2020, 11:31:16
Цитата: Питер от июля 22, 2020, 11:12:28
А  это  Хофвеген.


In all variations of Cit+ mutant selection, once the absorbance reached an OD600 of >0.07 (1.7 mM citrate-containing media) or >0.6 (6.8 mM citrate-containing media), an aliquot of the culture was diluted (1:100) into 10 ml of M9C medium and incubated with aeration until absorbance (OD600, >0.07 or >0.6) was again observed. Individual colonies were isolated by streak dilution on LRC agar or diluted and plated on Simmons and Christensen citrate agars. Large colonies arising after 2 to 3 days of incubation on LRC agar were likewise tested on Simmons and Christensen citrate agars. Blue colonies on Simmons citrate agar (representing strong citrate use) were repurified by 12 h of growth in LB broth and plated on fresh Simmons citrate agar. Large isolated colonies were grown in M9C broth for cryopreservation. All Cit+ mutants were verified to be E. coli by patching isolated colonies sequentially onto SMAC-MUG agar, Simmons citrate agar, and Christensen citrate agar.

откуда дровишки?

We hypothesized that direct selection would rapidly yield the same class of E. coli Cit(+) mutants and follow the same genetic trajectory: potentiation, actualization, and refinement.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26833416/
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 22, 2020, 11:51:26
Прямой    отбор  (direct  selection)    вы  трактуете  как     направленную  не  случайную  мутацию ?     Это  сильно.
Статьи  1982  и 2012  годов  не  имеют  отношения  к   эксперимертам   Ленски  и  Хофвагена .

И   еще  чуть  из    Хофвагена.  Про  идентичность  мутаций   при  фенотипе  citT+
(B) Strain DV133 was a strong Cit
phenotype derived from DV130. It showed a 2-fold reduction in citT coverage compared to the parental DV130 strain and the insertion of insl1 5=into citT. When
the E. coli K-12 wild-type strain was transduced with a lysate made using DV133, the same insl1-citT fusion was identified, confirming that this promoter capture
was responsible for the transduced strong Cit phenotype. The genomic sequence of Cit strain DV159 showed a citT duplication and deletion event that fused
the promoter of uspGto citG, another promoter capture event. All read depth profiles show 2-fold-increased coverage for the dctAregion compared to the
coverage for the chromosome. (C) Sequence analysis of DV133, DV133T, and DV159 showed recombination between rhsA and rhsB based on the differences in
the positions of flanking genes yibF and yrhC. The genomic organization of the E. coli wild-type chromosome is represented by the top panel. The recombination
of sister chromosomes to generate a large 140-kb duplication of this region is shown in the center panel. The gene map determined for both DV133 and DV159
is shown in the bottom panel with the dctA duplication.

Из подписи  к  рис. 6.    Разные     варианты   решения  проблемы,  разные  мутации  ...  И     рекомбинация    ...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 22, 2020, 12:22:49
Цитата: Питер от июля 22, 2020, 11:51:26
Прямой    отбор  (direct  selection)    вы  трактуете  как     направленную  не  случайную  мутацию ?     Это  сильно.
я нет! это ваша интертрепация.
А вы рекомбинацию 140-килобайтного дублирования считаете ошибкой репарации?

Прямой отбор это когда нет пересевов.


та и какие могут быть пересевы за 12 делений 1,5 дня:D





ЦитироватьСтатьи  1982  и 2012  годов  не  имеют  отношения  к   эксперимертам   Ленски  и  Хофвагена .
82го у обоих указана в списке литературы
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 22, 2020, 12:37:31
Цитата: vit от июля 22, 2020, 11:18:47
Цитата: Alexeyy от июля 22, 2020, 11:07:53
Цитата: vit от июля 22, 2020, 10:00:43
Цитата: Alexeyy от июля 21, 2020, 23:36:53
Хотя бы в каких-нибудь вариантах этих постулатов явно фигурирует представления о точечных мутациях?

Вы попробуйте сами сформулировать основные положения современной эволюции с учетом представлений о репликации, репарации, гпг, оперонов и т.д.! Тогда может быть Вам станет понятнее...
Вы ушли от ответа: речь шла не об основных современных положениях по эволюции, а о наличии/не наличии утверждения/положения (о единичных мутациях) в основных положениях СТЭ (которые отнюдь не современны: возникли более, чем пол века назад).
думаю 5и попыток достаточно,
Вообще-то у Вас вообще не было ни одной попытки прямого ответа о том где в основных положениях СТЭ фигурирует представление  единичной мутации. Вы почему постоянно апеллировали к современным знаниям несмотря на то, что когда создавалась СТЭ вообще не существовали многие современные знания о работе генома (и уж, тем более, о ГПГ).

Цитата: vit от июля 22, 2020, 11:18:47
если Вы до сих пор не поняли, то попробуйте сами сформулировать основные положения современной эволюции с учетом представлений о репликации, репарации, гпг, оперонов и т.д.! Тогда может быть Вам станет понятнее...
Вы вообще мутагенез как постулат стэ признаете?
При чём тут это? Конечно признаю мутагенёз... Причём тут представлений о репарации, гпг, оперонов и т.д.? «Практически во всех историко-научных моделях 1937 год был назван годом возникновения синтетической теории эволюции » (ru.wikipedia.org/wiki/Синтетическая_теория_эволюции).
   Во времена возникновения СТЭ об всём этом (репликация, репарация, гпг, опероны и т.д.) и представления не имели или почти не имели и мой вопрос вообще не про них. Почему Вы отсылаете к более поздним представлениям, когда вопрос вообще не про них?
  Тогда (во время возникновения СТЭ) представление о мутациях были. А как именно они реализовывались – представления не имели. Тогда даже ещё про двуспиральность ДНК не знали (ru.wikipedia.org/wiki/Репликация_ДНК). И, судя по тому, что Вы упорно уходите от ответа – не было и представления о единичных мутациях: мутация + мутация = мутация. Да и не могло быть, когда вообще едва ли были представления о молекулярной работе ДНК.
  И, тогда, утверждение о том, что две единичные мутации противоречат СТЭ не имеет никакого основания: в постулатах СТЭ нет понятия о единичных мутациях и две или сто мутации, произошедших во время деления в них – это для постулатов СТЭ – это всё равно одна мутация.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 22, 2020, 13:56:29
Пересевы    были.    Цитата    -  выше.
Ну    да,  описание   локуса   и  по  работам     с  citT     -    было.    Но    по  сути       это  другие    работы
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 22, 2020, 14:08:09
Цитата: Alexeyy от июля 22, 2020, 12:37:31
Конечно признаю мутагенёз...

теперь опишите что такое мутагенез!
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 22, 2020, 14:12:44
Цитата: Питер от июля 22, 2020, 13:56:29
Пересевы    были.    Цитата    -  выше.
в вашей цитате ни слова о 12 пересевах до 1. цит+.
ЦитироватьНу   да,  описание   локуса   и  по  работам     с  citT     -    было.    Но    по  сути       это  другие    работы
Хофвеген основывает свою работу на работе 1982г..
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 22, 2020, 14:14:36
Мутагенез    -  процесс  возникновения   мутации.
Или   из  ВиКи  "Мутагенез — процесс изменения в нуклеотидной последовательности ДНК, приводящий к мутациям."
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 22, 2020, 16:22:36
Цитата: vit от июля 22, 2020, 14:08:09
Цитата: Alexeyy от июля 22, 2020, 12:37:31
Конечно признаю мутагенёз...
теперь опишите что такое мутагенез!
В постулатах СТЭ мутагенез - это, по-моему, просто любые наследственные изменения в ДНК у дочернего организма по сравнению с материнским. Ну не было тогда известно ни о каких точечных мутациях (даже не знали тогда, что ДНК состоит из 2 спиралей и уж, тем более, не знали что именно происходит при мутациях). И если даже это будет и 2 и 3 и 100 точечных мутаций в одном цикле деления - это, по СТЭ, по-моему всё равно одна мутация. Постулаты СТЭ представления не имеют о том, что вероятность двух точечных мутаций исчезающе мала. Откуда им это знать (и уж, тем более, запрещать такое), если во времена формулировки постулатов толком не знали что такое ДНК?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 22, 2020, 17:41:07
стэ - это теория эволюции, любое современное исследование вносит в неё свои дополнения или исправления, не имеет значения когда был этот термин введен, ведущим является Кунин, Евгений Викторович (https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9A%D1%83%D0%BD%D0%B8%D0%BD,_%D0%95%D0%B2%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D0%B8%D0%B9_%D0%92%D0%B8%D0%BA%D1%82%D0%BE%D1%80%D0%BE%D0%B2%D0%B8%D1%87), хотя могу и ошибаться.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 22, 2020, 18:08:00
Северинов Константин (https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A1%D0%B5%D0%B2%D0%B5%D1%80%D0%B8%D0%BD%D0%BE%D0%B2,_%D0%9A%D0%BE%D0%BD%D1%81%D1%82%D0%B0%D0%BD%D1%82%D0%B8%D0%BD_%D0%92%D0%B8%D0%BA%D1%82%D0%BE%D1%80%D0%BE%D0%B2%D0%B8%D1%87) тоже большой ученый, конечно Гельфанд и др. вносят свой вклад, все они работают в рамках стэ.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 22, 2020, 18:31:36
просто пока не нашлось ученого, который бы описал мутагенез в свете современных данных, и случайность мутаций остается официальной версией. Хотя Дарвин считал изменчивость не случайной, у него были типа агенты, которые из тканей сигнализировали, что нужно изменить, потом это посчитали неправильным, но получается, что в чем то он был прав и многие изменения фенотипа опосредованны биохимическими сигналами.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: василий андреевич от июля 23, 2020, 08:52:46
Цитата: vit от июля 22, 2020, 18:31:36многие изменения фенотипа опосредованны биохимическими сигналами.
Слишком широко. Либо феномен тот, кто изменением цитоплазмы "адаптируется" к новым внутренним условиям (мутация первична), либо тот, кто через посредников организует локализацию воздействия на геном (условия первичны).
  Можно, конечно, призвать на помощь диалектическое согласование, но первичность нарушения в неопределенном месте в неопределенное время придется оставить незыблемым. Живое, в отличие от косного - это выработка множества путей за поддержание сохранности достигнутого, когда внешнее действие провоцирует распределение этого действия на множество "рецепторов", организующих не адекватный, с точки зрения ньютонианства, ответ, как противодействие. Тут терминами пластичность или импульсность не отделаться.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 23, 2020, 10:42:56
Цитата: василий андреевич от июля 23, 2020, 08:52:46
Цитата: vit от июля 22, 2020, 18:31:36многие изменения фенотипа опосредованны биохимическими сигналами.
Слишком шмироко.
Дарвинизм вообще очень широкая теория: "потомство дает самый приспособленный, а самый приспособленный тот, кто дает потомство"


ЦитироватьЛибо феномен тот, кто изменением цитоплазмы "адаптируется" к новым внутренним условиям (мутация первична), либо тот, кто через посредников организует локализацию воздействия на геном (условия первичны).
 
В биологии больше и..., и... . Есть и одиночные, случайные мутации с заменой одной аминокислоты, и опосредованные рекомбинации с удвоением или утроением функциональных участков в 1000и нуклеотидов  с промоторами .

Действие лактозного оперона хорошо описано: коли в отсутствии глюкозы и наличии лактозы, начинают кушать лактозу без мутаций и др., фенотип лак+ тоже наверно раньше считали новым видом. Молекула лактозы связываясь с репрессором репрессирует его действие - очень точный механизм.
(https://upload.wikimedia.org/wikipedia/ru/thumb/0/06/DNA_parts3.JPG/800px-DNA_parts3.JPG)

Цитратный оперон тоже часто упоминается в статьях
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: василий андреевич от июля 23, 2020, 15:21:10
Цитата: vit от июля 23, 2020, 10:42:56Действие лактозного оперона хорошо описано:
Про себя, я подобное называю "запасом мобильности", а умные дядьки типа: реакции опережающего отражения. Т.е. трансляция с генотипа на фенотип осуществляется с изрядной толикой свободы выбора фенотипа. А отбирается фенотип.
  Введение полного запрета влияния прижизненной феноменальности на мутацию в половой клетке, хорошо тем, что ограничивает блуд разума - на нет и суда нет. Следовательно, придется как-то выбираться из статистически обусловленного тупика, например, постановкой суперзадачки.
  Геном в единицу времени (пусть жизни организма) способен выдать сто изменений, пятьдесят из которых смертельны. Вопрос, каким образом в одну половую клетку попадут три "полезных" изменения, которые по отдельности смертельны? На самом деле там не три удачи в одном флаконе, а гораздо больше, и не сто изменений, а... сами лучше меня знаете.
  И я не думаю, что эту задачу надо перекладывать на плечи "пришельцев".
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 23, 2020, 18:29:46
Цитата: василий андреевич от июля 23, 2020, 15:21:10
  И я не думаю, что эту задачу надо перекладывать на плечи "пришельцев".

достаточно с них живой клетки

https://www.youtube.com/watch?v=JI2elwrtA-c
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 23, 2020, 19:59:13
Цитата: vit от июля 22, 2020, 17:41:07стэ - это теория эволюции, любое современное исследование вносит в неё свои дополнения или исправления, не имеет значения когда был этот термин введен
Любая теория – это её постулаты (и, соответственно, следствия из них).
Можете привести такие версии исправления/дополнения СТЭ в которых бы явно фигурировали точечные мутации?

Цитата: vit от июля 22, 2020, 18:31:36просто пока не нашлось ученого, который бы описал мутагенез в свете современных данных
Тем более... Как можно утверждать, что в СТЭ невозможны 2 точечные мутации, если нет ни одного варианта развития/дополнения формулировки СТЭ в который бы были интегрированы современные представления о мутациях, включая представления о точечных мутациях?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 23, 2020, 20:51:20
Вы согласны с постулатом изменчивости в стэ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: василий андреевич от июля 23, 2020, 21:55:29
Цитата: vit от июля 23, 2020, 18:29:46достаточно с них живой клетки
Ну тогда Вам и отвечать за ихних генных инженеров  >:D
  Обменяться генами в том мире было проще чем сходить к зубному в нашем? Но ведь любой геном избыточен по отношению к тем условиям, что нужны радетелям адаптогенеза. И гпг становится столь же маловероятен, как и "удачная" мутация.
  Синтез сложности архималовероятен. Но он состоялся. Следовательно, не синтезом единым живем. Геному надо так распадаться на части, что бы распад приводил к неизбежному синтезу. Жаль, что ничего путнее присказки "свита делает короля" и туманных рассуждений о росте информации за счет отторжения избыточной, я предложить не могу.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 23, 2020, 23:45:29
Цитата: vit от июля 23, 2020, 20:51:20
Вы согласны с постулатом изменчивости в стэ?
В смысле, что она существует? Конечно.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 24, 2020, 10:03:03
Цитата: василий андреевич от июля 23, 2020, 21:55:29
Цитата: vit от июля 23, 2020, 18:29:46достаточно с них живой клетки
Ну тогда Вам и отвечать за ихних генных инженеров  >:D
  Обменяться генами в том мире было проще чем сходить к зубному в нашем? Но ведь любой геном избыточен по отношению к тем условиям, что нужны радетелям адаптогенеза. И гпг становится столь же маловероятен, как и "удачная" мутация. 
:D

https://www.youtube.com/watch?v=QEQ_jqA_f1M&t=36s

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 24, 2020, 10:13:42
Цитата: Alexeyy от июля 23, 2020, 23:45:29
Цитата: vit от июля 23, 2020, 20:51:20
Вы согласны с постулатом изменчивости в стэ?
В смысле, что она существует? Конечно.

изменчивость по стэ=сэс=эб=г и др. современных дисциплин связанных с видообразованием, происходит за счет стойких, необратимых изменений генотипа - мутаций, мутации бывают точечными и рекомбинантными, ну и делециями, но их пока не рассматриваем. Любое современное, академическое определение мутации относится к стэ.


В настоящее время существует несколько подходов для объяснения природы и механизмов образования мутаций. Общепринятой, в настоящее время, является полимеразная модель мутагенеза. Она основана на идее о том, что единственной причиной образования мутаций являются случайные ошибки ДНК-полимера.


https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9C%D1%83%D1%82%D0%B0%D1%86%D0%B8%D1%8F
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 24, 2020, 11:23:11
Из   той  же   вики

Связь мутаций с репликацией ДНК
Многие спонтанные химические изменения нуклеотидов приводят к мутациям, которые возникают при репликации. Например, из-за дезаминирования цитозина напротив гуанина в цепь ДНК может включаться урацил (образуется пара У-Г вместо канонической пары Ц-Г). При репликации ДНК, напротив урацила в новую цепь включается аденин, образуется пара У-А, а при следующей репликации она заменяется на пару Т-А, то есть происходит транзиция (точечная замена пиримидина на другой пиримидин или пурина на другой пурин).

Связь мутаций с рекомбинацией ДНК
Из процессов, связанных с рекомбинацией, наиболее часто приводит к мутациям неравный кроссинговер. Он происходит обычно в тех случаях, когда в хромосоме имеется несколько дуплицированных копий исходного гена, сохранивших похожую последовательность нуклеотидов. В результате неравного кроссинговера в одной из рекомбинантных хромосом происходит дупликация, а в другой — делеция.

Связь мутаций с репарацией ДНК
Спонтанные повреждения ДНК встречаются довольно часто, такие события имеют место в каждой клетке. Для устранения последствий подобных повреждений имеются специальные репарационные механизмы (например, ошибочный участок ДНК вырезается и на этом месте восстанавливается исходный). Мутации возникают лишь тогда, когда репарационный механизм по каким-то причинам не работает или не справляется с устранением повреждений. Мутации, возникающие в генах, кодирующих белки, ответственные за репарацию, могут приводить к многократному повышению (мутаторный эффект) или понижению (антимутаторный эффект) частоты мутирования других генов. Так, мутации генов многих ферментов системы эксцизионной репарации приводят к резкому повышению частоты соматических мутаций у человека, а это, в свою очередь, приводит к развитию пигментной ксеродермы и злокачественных опухолей покровов. Мутации могут появляться не только при репликации, но и при репарации — эксцизионной репарации или при пострепликативной.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 24, 2020, 11:50:08
Цитата: Питер от июля 24, 2020, 11:23:11
Из   той  же   вики

У-Г вместо канонической пары Ц-Г
Из   той  же   вики :D
Урацил (2,4-диоксопиримидин) — пиримидиновое основание, которое является компонентом рибонуклеиновых кислот и как правило отсутствует в дезоксирибонуклеиновых кислотах, входит в состав нуклеотида. В составе нуклеиновых кислот может комплементарно связываться с аденином, образуя две водородные связи.[5]

у-г не может образовать правильную 2структуру и легко обнаружиться мутрепараторами.

то что вы скопировали является ошибками-случайностями, они конечно могут произойти, но должны соответствовать случайным закономерностям.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 24, 2020, 11:54:48
Что    такое    случайность-закономерность ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 24, 2020, 12:07:09
Появление/повторение и т.д.  случайного события должно соответствовать статистической вероятности. Классический пример с 6-гранным кубиком, каждая из его сторон, при случайном вбрасывании, выпадает с вероятностью 1 к 6, т.е. 100%/6=16%.

любое достоверное различие гововит о неслучайности=закономерности.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 24, 2020, 12:15:19
Это  все   случайность,  а  не    закономерность.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 24, 2020, 12:21:40
а 46 из 46 и 12 из 187 это закономерность
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 24, 2020, 13:05:30
Представьте    себе    простую    ситуацию.
Клетки  (миллион)    переместили    на  новую   среду,  в  котором  из  всей   еды    есть  только   соединение   Х.  У   нее   в  геноме    есть   100   генов. Только     один   из   этих  генов  связан   с  поеданием  Х.   Мы   ждем     неделю,   отбираем   выросшие   колонии (их  немного)    -   и  о   чудо,   разные     по    точной  молекулярной  природе мутации   есть  только в  гене  поедания   Х.  Причем  все  они       повышают    поедание  Х.  Закономерность  или   случайность ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 24, 2020, 13:25:21
нужно число опытов х 46 и генов х80=8000 как вы недавно писали и получиться
8000х46=40000х1500 (дуплекация генов в цитт)= 1/60 000 000 , а у ХВ 1/1 - конечно случайность :D

46 новых видов за неделю

еще в 82м писали что это действие галооперона тогда про цитоперон не знали 

на это можно бы было не обратить внимания, если бы опытов было 1000и, с 1 мутантом в 1 нуклеотидной замене, но амплификации по 1500 н. это уж слишком для случайности...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 24, 2020, 13:29:42
Вы  считаете   число  генов   и  число  опытов     -  но    почему-то  забываете     о  числе   подопытных. У    99,99999999 ....     вошедших в  опыт   клеток    ничего    не  произошло.   А    произошло  -  естественно,  по  гену  citT.     Замените   цитрат  на    другое  вещество  -    у  вас       будет  идти  отбор  по  другому   гену.   И  тоже   будет  видимость  закономерности  ....
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 24, 2020, 13:35:51
Цитата: Питер от июля 24, 2020, 13:29:42
У    99,99999999 ....     вошедших в  опыт   клеток    ничего    не  произошло.   
это голословное утверждение, не соответствует результатам опыта, если бы вы были правы, мы бы не имели 46 из 46
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 24, 2020, 13:57:57
Авторы   работы    работали  не  с  единичными  клетками    -   а  с   бактериальной   кульутрой    в   жидкой   среде.
Из  Ховфегена
Cells were resuspended in 50 ml of M9C broth in 250-ml Erlenmeyer flasks to give a final concentration of 5.0 × 107 to 7.0 × 107 CFU/ml and incubated at 37°C with aeration at 160 rpm.
То  есть   от  50   до 70   миллионов   клеток\мл    .  Ниже  там  в   подписях   к  рисункам      есть   указания   более  точные      -  про  сотни   тысяч  клеток  на   одну   колбу.
А    вышли   -  единичные  citT+    колонии.  Причем   опять  же  не  сразу   вдруг  ...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 24, 2020, 14:09:03
Вы     пытаетесь  доказать,  что    это   был  направленный  не   случайный  процесс  ? И    отбора    не    было   -    сразу       при  контакте с  новыми  условиями   среды    была  направленно  сделана     дупликация  citT ,  обеспечившая  рост  колонии  на  среде с   цитратом ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 24, 2020, 14:34:46
Цитата: Питер от июля 24, 2020, 13:57:57

То  есть   от  50   до 70   миллионов   клеток\мл    .  Ниже  там  в   подписях   к  рисункам      есть   указания   более  точные      -  про  сотни   тысяч  клеток  на   одну  колбу.
значение имеет не общее число реплецированных нуклеотидов, на 1 репликацию, это примерно константа 4-5млн..



ЦитироватьА    вышли   -  единичные  citT+    колонии.  Причем   опять  же  не  сразу   вдруг  ...
вышло то больше чем было, вода помутнела от чего? Невозможно утверждать из чего что вышло, такие результаты не указывались, известно только что во всех 100% опытах цитт экспессировался.

Мне  кажется, ваше утверждение, что единственный источник выживания и конкуренции был цитрат, ложно в свете стэ и случайных мутаций. Случайные мутации могли привести к фенотипу хищнику или запасателю глюкозы напр.. или миллионов др. вариантов.

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 24, 2020, 14:37:11
Цитата: Питер от июля 24, 2020, 14:09:03
Вы     пытаетесь  доказать,  что    это   был  направленный  не   случайный  процесс  ? И    отбора    не    было   -    сразу       при  контакте с  новыми  условиями   среды    была  направленно  сделана     дупликация  citT ,  обеспечившая  рост  колонии  на  среде с   цитратом ?
сравните с работой лактозного оперона
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 24, 2020, 15:01:28
коли же не знают, по-вашему, что вокруг полно цитрата
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 24, 2020, 15:22:47
Вода  помутнела  ?     Ну  посмотрите  ваше   же  видео   с    антибиотиками.     как  только  появилась   первая  устойчивая   клетка   -  начинается   рост       колонии,  быстрый  рост  потомства     этих  клеток.  Вот  вода  и    мутнеет. На   этом   видео  очень   хорошо  видно,  что  появляется   одна  мутантная   клетка   -  и  от  нее  идет   зона  роста.  Потом  и  независимо  -   вторая.
Лактозный  оперон  тут  ни  при  чем  оперон  он  и  есть  оперон. Он  не  мутирует.
Коли     знают   -         транспортер  же  есть,  но  он  недостаточно   активен    для   быстрого  роста.  И  именно  поэтому        главный  путь  -   активация    транспорта. Через     повышение   экспрессии  через  дупликацию  или  замену  промотора.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 24, 2020, 15:29:44
вы писали что было много а стало мало


Цитата: Питер от июля 24, 2020, 15:22:47
Коли     знают   -         транспортер  же  есть,  но  он  недостаточно   активен    для   быстрого  роста.  И  именно  поэтому        главный  путь  -   активация    транспорта. Через     повышение   экспрессии  через  дупликацию  или  замену  промотора.
это шедевр!!!
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 24, 2020, 15:42:30
Кого    много,   кого  мало ?

И  что  вам  не  нравится  в  шедевре  ?
У      коли  есть   сложная   система   транспорта   цитрата  в  клетку  с  обменом  на  сукцинат.    Если  цитрат в   среде  есть  -    система  начинает  работать.   Если  при   этом    в   среде  есть  глюкоза   -    то   энергетически  выгодно           транспортировать   и   запускать в   цикл   Кребса  ее,  а  не   цитрат.    Если  же   глюкозы      нет  или  очень  мало.  а   цитрат  есть  -      то   активируется     транспорт  цитрата    и    его  утилизация   в   ЦТК.   Чтобы   жить  клетке   лучше   -  надо  есть  много  цитрата.    Как  ?    Есть  два    варианта.  Повысить  активность  транспортера   за  счет  миссенс  мутаций.   Повысить          количество   белка-транспортера в  мембране.  Первый   сложный  и  долгий.    Повышение      количества   белка  проще.   Опять  два   варианта   -    дупликация   (сделано)  и  другной  промотор  (сделано).
При    этом  в  систему  изначально  внесены           сотни   тысяч   клеток.  И  только    единицы  из  них  стали  усваивать   цитрат.    И   не   быстро  -    смотрте  на  графики  оптической    плотности.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 24, 2020, 18:26:58
Цитата: Питер от июля 24, 2020, 15:42:30
И  что  вам  не  нравится  в  шедевре  ?
У      коли  есть   сложная   система   транспорта   цитрата  в  клетку  с  обменом  на  сукцинат.   

вы описали механизм оперонной регуляции экспрессии генов, к эволюции и мутациям прямого отношения не имеет, а результат 100% как у ХВ.

а шедевр мне как раз понравился, коли знают куда им нужно мутировать - по Дарвину, но не по стэ.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 24, 2020, 19:05:28
Кстати Алексей был в какой то степени прав когда писал про стрессовый мутагенез, мутагенеза такого нет, но  есть специальные опероны которые включают например термозащиту клетки
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 25, 2020, 03:24:06
Цитата: vit от июля 24, 2020, 10:13:42
Цитата: Alexeyy от июля 23, 2020, 23:45:29
Цитата: vit от июля 23, 2020, 20:51:20
Вы согласны с постулатом изменчивости в стэ?
В смысле, что она существует? Конечно.

изменчивость по стэ=сэс=эб=г и др. современных дисциплин связанных с видообразованием, происходит за счет стойких, необратимых изменений генотипа - мутаций, мутации бывают точечными и рекомбинантными, ну и делециями, но их пока не рассматриваем. Любое современное, академическое определение мутации относится к стэ.
Относится - не значит, что принадлежит к СТЭ: основные положения СТЭ (постулаты), вообще говоря, не исключают, что понятие мутации может быть и более широким по сравнению с тем, что про них известно по современным представлениям. Я бы предпочел называть вещи своими именами: постулаты (основные положения) СТЭ - это постулаты СТЭ, а современные представления о природе мутаций - это современные представления о природе мутаций.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: василий андреевич от июля 25, 2020, 09:44:32
Цитата: vit от июля 24, 2020, 10:03:03t=36s
Ваши хиханьки относятся к Инженеру, который изготовил избыточный геном (с регулирующей свитой). Как избыточность зарабатывается Вы относите к гпг, который таким образом становится маловероятен.
  Дана среда без цитрата и глюкозы. И есть "бациллы", среди которых вырабатывающие одни цитрат, вторые глюкозу, как отходы своего функционирования. Какова вероятность, что эти два вида, среди многих, передадут третьему только те гены (и свиту), которые в перспективе позволят приспособиться к вариативности цитрат-клюкозной среды.

  Вы легко крутите кубик, радуясь процентовке. Есть игра в мяч типа регби. Если все игроки примутся от булды пинать мяч, то он со сто процентной вероятностью достанется слабаку, стоящему в стороне. Однако этот выкат мяча случаен.
  Другой вариант для дум о инопланетянах. Если долго трясти банку с черными и белыми шарами, то наиболее вероятным итогом будет рождение черно-белого шарика. Однако само рождение будет случайным, хотя и предопределенным принципом роста энтропийной вариативности.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 25, 2020, 10:16:50
Цитата: Alexeyy от июля 25, 2020, 03:24:06
основные положения СТЭ (постулаты)


Основной постулат стэ=эб, что мутации случайны и эволюция ненаправленна, но есть огромное число исключений, а по современным данным исключений больше чем случайностей.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 25, 2020, 10:30:33
Цитата: василий андреевич от июля 25, 2020, 09:44:32
гпг, который таким образом становится маловероятен.

Дилетанты часто вызывают смех, Вы же не биолог, поэтому некоторые Ваши высказывания меня смешат. В клетке нет ничего избыточного, что бы Вам понять, купите и включите одновременно все электроприборы которые есть - вот так по-вашему клетка и должна работать, а клетка не дура, она приобретает и включает только то, что ей нужно в данный момент. И не надо >:(, а надо :D
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: василий андреевич от июля 25, 2020, 11:31:55
Цитата: vit от июля 25, 2020, 10:30:33а клетка не дура
Следовательно, дурак тот, кто думает, что клетка дура! Замечательная логика. Это своеобычно, вначале Волевым усилием наградить объект субъективизмом, а потом констатировать, что такова и есть изначальность.
  Я профессионально занимался теорией становления угленосных формаций. Там тоже каждый элемент согласованно работает с остальными, однако я не заявляю о "неисповедимости путей", как данности свыше.
  Что бы Вам стало понятно, купите и сложите в кучу все элементы формации и скажите, что ее становление заключено в способности самих элементов самоорганизоваться.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 25, 2020, 11:47:37
Цитата: василий андреевич от июля 25, 2020, 11:31:55

  Следовательно, дурак тот, кто думает, что клетка дура!
тяга к знаниям похвальна, но что бы не быть смешным, если такое отношение раздражает, то прежде чем сказать/написать нужно подумать или покопаться в литературе
 
ЦитироватьЯ профессионально занимался теорией становления угленосных формаций. Там тоже каждый элемент согласованно работает с остальными, однако я не заявляю о "неисповедимости путей", как данности свыше.
  Что бы Вам стало понятно, купите и сложите в кучу все элементы формации и скажите, что ее становление заключено в способности самих элементов самоорганизоваться.
когда пойду от нечего делать на форум горняков, что бы надо мной там не смеялись, изучу этот вопрос - а пока увы, меня это не интересует
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: василий андреевич от июля 25, 2020, 13:23:09
  Не надо к горнякам, посмеяться всегда есть чему, например, введению закономерной случайности. Пока Вы не продвинулись дальше "концепта от Максета", что всем рулит данная Свыше программа, наслаждаясь вилянием стохастики в софистике.
  По сути, Вы говорите, что функцией генома Е-коли предопределено адаптироваться к одному из двух вариантов среды, и доказываете, что данный переход функционирований вовсе не случаен сам по себе. Однако с этим никто не спорит, как с фактом. Но незаметно для себя самого, Вы распространяете это тривиальное суждение на все живые клетки, ссылаясь на панспермическую гипотезу.
  В таком раскладе надо сразу вести диалог в терминах мультиверсности и мягкой версии Антропного принципа. И то, что мы не на тех форумах, не оправдывает Ваше вольное оперирование устоявшейся терминологией.
  Мне лично лень влезать в тонкости системы коли (достаточно вдумываться в диалоги), но отвергать физические принципы, не позволяющие вводить целеполагание, как управление дособытийными параметрами, в клетку - запрещено не только мне, но и Вам.

  Организм способен адаптироваться к среде, в которой ни он, ни его "бабушки" не были. Теория отбора случайных блужданий исключается вероятностно. Идеи, хотя бы объяснительной, у Вас нет, и это мелочь по сравнению с тем, что Вы даже заикаться о таковой не хотите, дескать, кушайте что приготовил. Но это кушанье не перевариваемо.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 25, 2020, 13:49:34
Цитата: vit от июля 25, 2020, 10:16:50
Цитата: Alexeyy от июля 25, 2020, 03:24:06
основные положения СТЭ (постулаты)


Основной постулат стэ=эб, что мутации случайны и эволюция ненаправлена, но есть огромное число исключений, а по современным данным исключений больше чем случайностей.

Это уже другой вопрос...

В СТЭ мутации – случайно ненаправлены. Это – совсем не то же, что и случайны: случайно ненаправленные мутации тоже являются случайными, но не всякие случайные мутации являются случайно ненаправленными.
  Впрочем, это просто терминологический вопрос ...
 
Цитата: vit от июля 25, 2020, 10:16:50а по современным данным исключений больше чем случайностей.
Ссылку можете привести по которой бы показывалось, что, действительно, что это так?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 25, 2020, 13:57:21
Цитата: vit от июля 24, 2020, 12:07:09
Появление/повторение и т.д.  случайного события должно соответствовать статистической вероятности. Классический пример с 6-гранным кубиком, каждая из его сторон, при случайном вбрасывании, выпадает с вероятностью 1 к 6, т.е. 100%/6=16%.

любое достоверное различие говорит о неслучайности=закономерности.
Но это не значит, что событие выпадания - не случайно: оно всё равно будет оставаться случайным даже если будет работать упомянутая Вами закономерность. Потому, что эта закономерность состоит не в том, что событие - не случайно, а в том, что вероятность этого случайного события отличается от 1/6.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: василий андреевич от июля 25, 2020, 15:08:26
  Можно рассмотреть два принципиальных подхода к ограничению изучаемой системы идеологическими рамками. Это синергетический и формационный. Анализ этих подходов во многом будет иметь траектории пересечения. Главное, синергетика, оперирующая понятием системности, вводит пространство с эмерждментностью (свойствами не сводимыми к свойствам элементов), а представления о формации базируются на историзме становления совокупности систем, пронизываемых сигнальными связями.
  Как сюда приклеить понятие мутагенеза, зависит от рабочей формулировки, это либо принципиальная случайность, непредсказуемая теоретически, либо исторически сложившееся ограничение на свободу выбора в рамках физических принципов. И та, и другая формулировка может быть принята к рассмотрению в одной из условных парадигм. Возня с ранжированием случайностей ни к чему путному не приведет.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: василий андреевич от июля 25, 2020, 18:19:32
  Давайте проведем умозрительный эксперимент. Берем двести коли, делим их на две партии. Из первой партии берем по одной коли и помещаем в экспериментальную среду. А вторую партию сажаем в эту среду колонией. Может ли кто сказать какой эксперимент окажется удачливей для потенциальных приспособленцев?
  А ведь выводы можно сделать далеко идущие.
  Я уже давно на этом форуме, но что такое мутация, кроме как изменение, переданное по наследству так и не понял. Но уяснить, что реакция колонии отлична от индивидуальной, успел. Казалось бы это торжество синергетического подхода. Но всегда можно привести аргумент, что особи никогда не формировались, как самодостаточность, как минимум, они кушают или их кушают другие особи. А те редкие, что выживают на многокилометровых глубинах и далеко не всегда завершают свой век циклом деления или встречи с другой особью, как у них?
  Насколько разворачивание и возможная виргация мутагенеза на "категории" проходила стадии от преобладания естественной в косном мире изменчивости к преобладанию сохранности в широком спектре условий, адаптация к которым потенциально допускается геномом? А ведь надо помнить, что между геномом и средой обязательно есть цитоплазма, изменяющаяся под натиском "как снаружи, таи и изнутри".

  И еще раз. Распад радиоактивного ядра принципиально случаен. И только принципиальная случайность единичного распада позволяет выявить закон полураспада, как вовсе не случайное явление природы.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 26, 2020, 07:51:14
В      конкретной  ситуации   переход   к  новому    фенотипу   может    произойти  несколькими  путями,      которые    определены   всей  предисторией       организма.     Если   бы   у  E. coli  в  принципе  не   было  бы  транспорта  цитрата  из   среды  в   клетку   -    она  или    умерла   бы,  или  нашла   бы   другой   вариант  в  данных  условиях    среды.  Но   он   был   -   и   самый   быстрый  путь     повышение  уровня     этого  транспортера  в  клетке.  Что    было  достигнуто    РАЗНЫМИ  молекулярными      путями  (разные   мутации  по  сиквенсу)     в   ОТДЕЛЬНЫХ      клетках   из   миллионов    клеток  в   среде  обитания.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 26, 2020, 11:08:48
Цитата: Питер от июля 26, 2020, 07:51:14
   мутации  по сиквенсу

сиквенс это snapshot, не показывает развития ситуации.

E. coli Cit(+) mutants grew in clumps and in long incompletely divided chains, a phenotype that was reversible in rich media.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26833416/

Gene duplication does not necessarily constitute a lasting change in a species' genome. In fact, such changes often don't last past the initial host organism. From the perspective of molecular genetics, gene amplification is one of many ways in which a gene can be overexpressed. Genetic amplification can occur artificially, as with the use of the polymerase chain reaction technique to amplify short strands of DNA in vitro using enzymes, or it can occur naturally, as described above. If it's a natural duplication, it can still take place in a somatic cell, rather than a germline cell (which would be necessary for a lasting evolutionary change).

https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_duplication#As_amplification
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 26, 2020, 11:33:30
Цитата: Alexeyy от июля 25, 2020, 13:49:34


Цитата: vit от июля 25, 2020, 10:16:50а по современным данным исключений больше чем случайностей.
Ссылку можете привести по которой бы показывалось, что, действительно, что это так?

Gene duplication does not necessarily constitute a lasting change in a species' genome. In fact, such changes often don't last past the initial host organism. From the perspective of molecular genetics, gene amplification is one of many ways in which a gene can be overexpressed. Genetic amplification can occur artificially, as with the use of the polymerase chain reaction technique to amplify short strands of DNA in vitro using enzymes, or it can occur naturally, as described above. If it's a natural duplication, it can still take place in a somatic cell, rather than a germline cell (which would be necessary for a lasting evolutionary change).

https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_duplication#As_amplification
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 26, 2020, 13:21:37
В    итоге    мутации   разные.  Есть  стабильный    клон  -  там  есть  одна   стабильная  мутация.  Промежуточные   состояния  (не    оконченные   клеточные  деления) не    секвенированы.

Ну  так   распишите   по  этапам,  как  происходит  дупликация  по-вашему   -  через  ГПГ  ?    Который   раз  прошу.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 26, 2020, 13:39:48
Цитата: vit от июля 26, 2020, 11:33:30
Цитата: Alexeyy от июля 25, 2020, 13:49:34


Цитата: vit от июля 25, 2020, 10:16:50а по современным данным исключений больше чем случайностей.
Ссылку можете привести по которой бы показывалось, что, действительно, что это так?

Gene duplication does not necessarily constitute a lasting change in a species' genome. In fact, such changes often don't last past the initial host organism. From the perspective of molecular genetics, gene amplification is one of many ways in which a gene can be overexpressed. Genetic amplification can occur artificially, as with the use of the polymerase chain reaction technique to amplify short strands of DNA in vitro using enzymes, or it can occur naturally, as described above. If it's a natural duplication, it can still take place in a somatic cell, rather than a germline cell (which would be necessary for a lasting evolutionary change).

https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_duplication#As_amplification

Разные мутации в клетке могут быть не равновероятными и это может иметь адаптивный смысл. Но СТЭ такие мутации, вообще говоря, не исключает: она исключает случайно-направленные мутации. Это такие мутации, которые увеличивают адаптацию к конкретно возникшим условиям как реакция на них (на эти условия). Только такая ситуация будет означать самонаправление эволюции.
  Тогда как то, что амплификация генов является одним из многих способов избыточной экспрессии гена, само по себе, по-моему, ещё не означает самонаправленности эволюции.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 26, 2020, 14:55:52
Цитата: Питер от июля 26, 2020, 13:21:37
В    итоге    мутации   разные.

Но достигался этот результат разными путями. В части повторных опытов, как и в основном долгосрочном эксперименте, произошли тандемные дупликации, благодаря которым citT оказался под управлением аэробного промотора.( НАВЕРНО АНАЭРОБНОГО ВИТ) Но границы дуплицированных участков в разных случаях были разными, а промотор, взявший на себя управление геном citT, не всегда был промотором гена rnk: в одном случае это был промотор гена rna. В нескольких повторных опытах тот же эффект был достигнут без дупликации — благодаря встраиванию мобильного генетического элемента IS3 в кодирующую часть гена citG, расположенного по соседству с citT (на рисунке слева). В этом мобильном элементе как раз имеется подходящий промотор.

https://elementy.ru/novosti_nauki/431898/V_dolgosrochnom_eksperimente_zafiksirovano_poetapnoe_formirovanie_evolyutsionnogo_novshestva

во всех мутациях подходящий промотор
ЦитироватьНу  так   распишите   по  этапам,  как  происходит  дупликация  по-вашему   -  через  ГПГ  ?    Который   раз  прошу.

Приобретение фенотипа Cit+ во всех случаях было связано с тем, что ген citT начинал экспрессироваться в аэробных условиях.
https://elementy.ru/novosti_nauki/431898/V_dolgosrochnom_eksperimente_zafiksirovano_poetapnoe_formirovanie_evolyutsionnogo_novshestva

вы же знакомы с регуляцией экспрессии генов, вот и опишите механизм перехода на анаэробное дыхание и как совершается переход на цитрат у анаЭробов - что может быть проще!?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 26, 2020, 15:13:13
Вы    же   ратуете    за   ГПГ    -   вперед.
Мне    все  очевидно -    разные   случайные   мутации,  приведшие   к   повышению  уровня   экспрессии.   И  потом  отбор.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 26, 2020, 15:21:45
о гпг говорит отличие в участках рекомбинации И ОТНОСИТЕЛЬНО МЕДЛЕННЫЙ ПЕРЕХОД

а переход на анаэробию это вам тоже очевидно -    разные   случайные   мутации,  приведшие   к   повышению  уровня   экспрессии.   И  потом  отбор.   ?     :D
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 26, 2020, 15:40:44
Еще   раз.
Итого  -    есть    разные       мутации,   которые   активировали   экспрессию  гена citT.
Два     варианта.
1.   Мой   -     случайные  мутации  внутри   ОДНОГО    генома  E. coli.
2.  ГПГ.  Надо   -     откуда-то   взять  материал    для    дупликации\инсерции  промотора.    Его       нужно  засунуть в   клетку   из  среды.     Эта    ДНК   должна   быть    встроена в  правильное  место.   То  есть  из  огромного  генома      бактерии    найти  маленький   кусочек,  его      правильно     засунуть в  клетку  и  встроить в  правильное   место.   
Можете  на   досуге  выделить  плазмиду  устойчивости к   антибиотикам   (типа pBR322\pUC),      линеаризовать  ее    и     добавить к  культуре    колей  в  начале    логарифмической     фазы  роста .  Дорастите   до   стационара  и   киньте      культуру  на    чашку  с  антибиотиком.   Результат  предсказать  можете  ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 26, 2020, 15:56:47
я думал что вы знакомы с механизмом регуляции работы генов
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 26, 2020, 16:09:54
если дрожжам дать О2 то они делают уксус, а без О2 они делают  C2H5OH, это происходит за счет экспрессии или репрессии работы генов
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 26, 2020, 16:35:37
Капитан  очевидность ?
Ну  так   что  там  с  механизмами   ГПГ  ? 
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 26, 2020, 16:45:19
все начинается с того что коли знают куда им мутировать, а далее: https://www.youtube.com/watch?v=NZeYlu8hEMw
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 26, 2020, 17:00:06
И  где  спрятано   это  знание ?    И    в  каком     месте   данной   лекции     говорится  об  этом   знании  -   простите,   смотреть    часовую  лекцию    для   школьников  мне  скучно. 
Вот    вы   знаете,  куда  надо  мутировать    лично     вам,  чтобы  ваши  дети   были  быстрее-выше-сильнее   вас  ?    Вы  же   умнее   коли.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 26, 2020, 17:36:45
Цитата: Питер от июля 26, 2020, 17:00:06
И  где  спрятано   это  знание ?    И    в  каком     месте   данной   лекции     говорится  об  этом   знании  -   простите,   смотреть    часовую  лекцию    для   школьников  мне  скучно. 
если вы не знаете про регуляцию экспрессии генов что следует из ваших выступлений , то советую послушать все и не только это.

ЦитироватьВы  же   умнее   коли.
я может быть и умнее коли, но куда и как мне мутировать я не знаю и не умею, а по вашим высказываниям, коли и знают куда и умеют как им мутировать.

короче, слушайте лекции для школьников!
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 26, 2020, 21:24:58
Вам      лекцию  прочитать   по  регуляции  экспрессии  генов    у   эукариот ?   
У  вас  совсем  отсутствует  понимание   чужих  мыслей   -   я  строго  уверен в  том,  что  процесс  мутирования   является   случайным  и  может    затрагивать   любой   участок  генома.   И   создаваемое  при  этом  генетическое  разнообразие   является   основой   для  отбора.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 26, 2020, 21:40:53
Цитата: Питер от июля 26, 2020, 21:24:58
Вам      лекцию  прочитать   по  регуляции  экспрессии  генов    у   эукариот ?   
если у них есть переход на анаэробное дыхание с переходом с глюкозы на цитрат - то да!
Цитироватья  строго  уверен в  том,  что  процесс  мутирования   является   случайным  и  может    затрагивать   любой   участок  генома.   И   создаваемое  при  этом  генетическое  разнообразие   является   основой   для  отбора.

точечного мутирования случайным! рекомбинации - нет!
не любой участок - от мутаций в критических участках клетка гибнет!

Если коля знает, что есть цитрат, это значит что она знает как его метаболировать!
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 26, 2020, 23:30:47
Цитата: vit от июля 26, 2020, 21:40:53точечного мутирования случайным! рекомбинации - нет!
Вы не правильно термином случайности пользуетесь и это постоянно вносит путаницу: они тоже случайны, но Вы имеете в виду, что они не просто случайны, а случайно-направлены: вероятность их смещена в сторону более лучшей приспосабливаемости именно к тем условиям, которые и вызвали изменение этой вероятности. 
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 26, 2020, 23:36:03
Цитата: vit от июля 26, 2020, 21:40:53Если коля знает, что есть цитрат, это значит что она знает как его метаболировать!
По-моему, не обязательно: она и может просто "знать" наиболее вероятную область генома, какие-то случайные мутации (случайно не направленные) в которой, наиболее вероятно, дадут нужный результат. Для этого не обязательно "знать" что такое цитрат.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 27, 2020, 07:28:47
Вы.      светом   питаетесь  ?    Вы  же   знаете,  что  он   есть.  И  даже  знаете,   что  трава   его  "ест".  Что  же  не  мутируете  ?    Какая    была   бы    экономия  ....


Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 27, 2020, 09:19:22
Во-первых, я не уверен, что в случае коли этот эффект зарегистрирован (думаю, что, скорее всего, нет) и мне кажется, что vit выдаёт желаемое за действительное.
  А что касается "поедания света", то люди его научились «есть»: не непосредственно. Например, искусственный фотосинтез. Или солнечные батареи.
  Интегрировать этот процесс в биологию (человека) технически слишком сложно (потребовало бы слишком глубоких перестроек, что потребовало бы слишком много времени) и, видимо, и не целесообразно. Не случайно же возникли царство животных и растений (специализация в своей экологической нише, как правило, исключающая использование «изобретений» другой, хотя и бывают и симбиотические исключения).
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 27, 2020, 10:30:59
Цитата: Питер от июля 27, 2020, 07:28:47
Вы.      светом   питаетесь  ?    Вы  же   знаете,  что  он   есть.  И  даже  знаете,   что  трава   его  "ест".  Что  же  не  мутируете  ?   

я не умею мутировать, но скажем, назвать случайностью тот факт, что возле фонаря найти часы вероятнее,если они там есть :D  не  решусь.

Вы признали факт того, что коли знают, что глюкоза кончилась и надо переходить на цитрат; у коли есть все инструменты утилизации цитрата, коли в 46 случаях из 46 перешли на цитрат - значит коли умеют переходить на цитрат!

Что там с РЭГ у дрожжей при переходе на анаЭробию?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 27, 2020, 10:38:07
Да    не в   46    случаях  из 46.     Были   миллионы   клеток  введены  в  эксперимент  -  и  только     потомки  некоторых  из  них  (46)   решили  задачу.   Из миллионов. 
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 27, 2020, 10:57:33
Цитата: vit от июля 27, 2020, 10:30:59у коли есть все инструменты утилизации цитрата
Т.е. есть почти готовый аппарат? Хотите сказать, что коли когда-то, в прцессе своей эволюции, питалась цитратом?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 27, 2020, 11:01:42
Цитата: vit от июля 27, 2020, 10:30:59коли в 46 случаях из 46 перешли на цитрат - значит коли умеют переходить на цитрат!
Любой организм точно так же, эволюционно, перейдёт (пусть те же 46 из 46) на цитрат: дай только время, проведи каждый из этих опытов подольше (для кого-нибудь опыт, может, потребовалось бы проводить и миллион лет).
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 27, 2020, 11:01:53
Цитата: Питер от июля 27, 2020, 10:38:07
Да    не в   46    случаях  из 46.     Были   миллионы   клеток  введены  в  эксперимент  -  и  только     потомки  некоторых  из  них  (46)   решили  задачу.   Из миллионов.
ХВ провел не миллионы, а 46 опытов и во всех 46и вывел цит+  за от 12 до 100 делений. Если бы ваш аргумент был верным, то вероятность появления цит+ составили бы 1/1000000, т.е. из 1 000 000 опытов  1 цит+, а у нас 1/1=100%.

Допустим вы не признаете факта опосредованного механизма захвата подходящего промотера для цитт, возможно он вам неизвестен, но это не значит что его нет. Возможно Лански обнаружил новое явление, опосредованный механизм подобный гпг или рэг, но глупо амплификацию в 140т.п.н. называть точечной мутацией.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 27, 2020, 11:04:37
Цитата: Alexeyy от июля 27, 2020, 10:57:33
Цитата: vit от июля 27, 2020, 10:30:59у коли есть все инструменты утилизации цитрата
Т.е. есть почти готовый аппарат? Хотите сказать, что коли когда-то, в прцессе своей эволюции, питалась цитратом?

НЕ "ПОЧТИ", а полностью готовый, всегда питался!
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 27, 2020, 11:15:55
ГОМОЛОГИЧНАЯ   РЕКОМБИНАЦИЯ.   Однократное  мутационное   событие.
Да,  есть у   колей   механизм    утилизации   цитрата.   Его  надо    включить в  других  условиях.    Включается    за  счет  использования   ДРУГОГО  промотора.  Это  промотор  включается   разными  путями.
И в  любом   случае нужно  от  12   до  100   пересевов.  В  это  время  в  каждом  пересеве   участвует  не  одна  клетка   -  а  сотни  тысяч  и миллионы   клеток.   
Можно  сделать  другой   эксперимент.    Взять     культуру  и  развести      до   того   состояния,   когда   каждая     клетка    колей  растет  на  чашке    Петри  отдельно.  Это    примерно 1000     клеток  на   стандартную  чашу   90   мм.   И  зальем    агар  на  среде   из     статьи.   вырастут     колони   или  нет  ?   С   вашей  точки  зрения   -  да,    все   же  у   коли  уже   все  есть  для    питания   цитратом.   Причем  все  -  ведь   46  из  46.  Или все-таки  не  вырастут  ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 27, 2020, 11:44:09
Цитата: Питер от июля 27, 2020, 11:15:55
ГОМОЛОГИЧНАЯ   РЕКОМБИНАЦИЯ.   Однократное  мутационное   событие.
???


ЦитироватьПричем  все  -  ведь   46  из  46.
это по хв., а по л. 187/12=прим.1/16.

конечно и среди цит+ есть конкуренция как и у цит-, начнут расти и заполнять биотоп потомки тех кто первым включит цит+, возможно даже не все цит- успеют перейти на цитрат  - но это общее к.г. для всех времен и народов

пс. не пересевов а делений
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 27, 2020, 11:52:45
Reinterpreting Long-Term Evolution Experiments: Is Delayed Adaptation an Example of Historical Contingency or a Consequence of Intermittent Selection? https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26883821/

Van Hofwegen et al. продемонстрировали, что Escherichia coli быстро развивает способность использовать цитрат при длительных избирательных периодах (DJ Van Hofwegen, CJ Hovde и SA Minnich, J Bacteriol 198: 1022-1034, 2016, http://dx.doi.org/10.1128 /JB.00831-15). Это контрастирует с крайней задержкой (15 лет ежедневных перемещений), наблюдаемой в долгосрочных эволюционных экспериментах Ленски и его коллег. Их идея «исторического непредвиденного обстоятельства» может потребовать переосмысления. Быстрая эволюция, по-видимому, включает отбор дубликатов всего цитрусового локуса, которые слишком нестабильны, чтобы вносить вклад, когда отбор осуществляется короткими импульсами.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 27, 2020, 11:53:01
Ну    так    все-таки    мутация   нужна  ?    Если все  готово   -    то  посейте      ОДНУ   клетку  и   будем  вам  счастье,     будет   расти  на  среде  с   цитратом. И     поменяет   свой   геном   -  она  же   знает,  что    нужно   для   утилизации     цитрата  в   аэробных  условиях.
   Но    почему-то  растят   миллионы    клеток   и   получают       очень  немного   клеток  с      фенотипом  цит+    И  не  сразу   ...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 27, 2020, 12:08:27
Цитата: Питер от июля 27, 2020, 11:53:01
Ну    так    все-таки    мутация   нужна  ?    Если все  готово   -    то  посейте      ОДНУ   клетку  и   будем  вам  счастье,     будет   расти  на  среде  с   цитратом. И     поменяет   свой   геном   -  она  же   знает,  что    нужно   для   утилизации     цитрата  в   аэробных  условиях.
   Но    почему-то  растят   миллионы    клеток   и   получают       очень  немного   клеток  с      фенотипом  цит+    И  не  сразу   ...

изучите процесс перехода колей на питание цитратом в анаэробных условиях и тогда поймете мутация это или нет...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 27, 2020, 12:08:41
Разные     условия  отбора  -    разные   результаты.
Но   вы   посмотрите  на  рис. 2  в   этой   статье. Там   для  вас    схема  мутаций   по  работе Хофвегена.  Все    расписано -  что и   как.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29649242/
А  тут    тоже   обсуждается      проблема   того,    почему    у  Ленски  процесс  шет   так  медленно.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 27, 2020, 12:09:49
То    есть   это  не  мутация  ???  Геном   у  цит+     по  сравнению с   цит-  изменился       или  нет  ?

Цитата: vit от июля 27, 2020, 12:08:27
изучите процесс перехода колей на питание цитратом в анаэробных условиях и тогда поймете мутация это или нет...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 27, 2020, 12:22:12
Цитата: Питер от июля 27, 2020, 12:09:49
То    есть   это  не  мутация  ???  Геном   у  цит+     по  сравнению с   цит-  изменился       или  нет  ?

Цитата: vit от июля 27, 2020, 12:08:27
изучите процесс перехода колей на питание цитратом в анаэробных условиях и тогда поймете мутация это или нет...

мутация это случайное и необратимое изменение генома, Геном   у  цит+     по  сравнению с   цит-  изменился неслучайно и обратимо-значит не мутация.
Переход дрожжей на анаэробию это мутация? фенотип то новый и наверняка там и какието мутации есть!


изучите процесс перехода колей на питание цитратом в анаэробных условиях и тогда поймете мутация это или нет.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 27, 2020, 12:26:10
(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/instance/4800865/bin/zjb0071640150002.jpg)

12 делений и все по плану!
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 27, 2020, 13:21:23
Цитата: Питер от июля 27, 2020, 11:15:55
ГОМОЛОГИЧНАЯ   РЕКОМБИНАЦИЯ.   Однократное  мутационное   событие.

Gene duplication does not necessarily constitute a lasting change in a species' genome. In fact, such changes often don't last past the initial host organism. From the perspective of molecular genetics, gene amplification is one of many ways in which a gene can be overexpressed. Genetic amplification can occur artificially, as with the use of the polymerase chain reaction technique to amplify short strands of DNA in vitro using enzymes, or it can occur naturally, as described above. If it's a natural duplication, it can still take place in a somatic cell, rather than a germline cell (which would be necessary for a lasting evolutionary change).

https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_duplication#As_amplification

Дупликация генов не обязательно представляет собой длительное изменение в геноме вида. На самом деле, такие изменения часто не длятся более первоначального организма хозяина. С точки зрения молекулярной генетики, амплификация генов является одним из многих способов избыточной экспрессии гена. Генетическая амплификация может происходить искусственно, как при использовании метода полимеразной цепной реакции для амплификации коротких цепей ДНК in vitro с использованием ферментов, или это может происходить естественным путем, как описано выше. Если это естественное дублирование, оно все же может иметь место в соматической клетке, а не в клетке зародышевой линии (что было бы необходимо для длительного эволюционного изменения).


ЦитироватьЭто  промотор  включается   разными  путями.

Ленски и его коллег. Их идея «исторического непредвиденного обстоятельства» может потребовать переосмысления. Быстрая эволюция, по-видимому, включает отбор дубликатов всего цитрусового локуса, которые слишком нестабильны, чтобы вносить вклад, когда отбор осуществляется короткими импульсами.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 27, 2020, 13:22:37
Если    это   не  мутация   -  то  есть  изменение  наследуемое    изменение  структуры   генома   -   то я  китайский   богдыхан.
Вы    при  этом   учитывайте,   что  разные      линии    остановились  на  разных  этапах   этой    схемы   -  рисунок  3  в   статье   Ван   Брокхевена.

В  каком  определении   сказано,  что    если  изменение  генома    не   случайно   -   то  это  и  не  мутация  вообще  ?
Не   хватило    у   коли     именно  РЕГУЛЯЦИИ     для  усточивого  роста  на   цитрате.    Пришлось  мутировать  ...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 27, 2020, 13:25:37
Не   обязательно  -  не  синоним  никогда.   И  правда   -   значительная   часть  дупликаций  и  амплификаций   (как  и  точковых  мутаций)    -  соматические  и  не  наследуются.   Но     они  есть  и в  герминативных  клетках.     Гулите   про  динамические  мутации  и     и  феномен    антиципации   при  наследственных   заболеваниях.   Нестабильный  геном  -  как  в  соме,  так  и в  герминативных  клетках.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 27, 2020, 13:28:56
Цитата: Питер от июля 27, 2020, 13:22:37

В  каком  определении   сказано,  что    если  изменение  генома    не   случайно   -   то  это  и  не  мутация  вообще  ?


это основа эволюции и вы кстати недавно это утверждали - уже забыли?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 27, 2020, 13:42:14
Что    именно  основа    эволюции  ?   Мутации  -   да.   Которые  суть  наследуемые   изменения  первичной   стрцуктуры    ДНК.
Которые   для   меня    случайны.
У  вас  же     перестройки  генома   а)  не  мутации  и  б)     не   случайны
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 27, 2020, 13:47:55
не каждая перестройка генома является мутацией, а только та что случайна и необратима

https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_duplication#As_amplification

Дупликация генов не обязательно представляет собой длительное изменение в геноме вида. На самом деле, такие изменения часто не длятся более первоначального организма хозяина. С точки зрения молекулярной генетики, амплификация генов является одним из многих способов избыточной экспрессии гена.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 27, 2020, 13:52:05
Вы    слово  "наследуемые"    понимате ?  Деление    на  соматические  и  герминативные ?
Неслучайное    наследуемое   изменение  геенома   -    мутация  ?  ДА  или  НЕТ   ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 27, 2020, 14:00:08
неслучайное и обратимое изменение генома - не мутация, оно может быть наследуемым в безглюкозной среде, но если дать колям цит+ глюкозки, они снова станут цит-
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 27, 2020, 15:09:47
Все,  умываю  руки. Наследуемое изменение   генома  -  не  мутация ?   
И     зачем   нужна     эта   обратная     мутация  у цит+   клеток  ?    Не    стало  в   среде  цитрата   -  и  ладно,  запас   генов  при  избытке    глюкозы   карман  не    тянет.    И    этой  части   эксперимента      нет  -  никто  не  показал,  что  при  переводе  обратно  на  среду  с  глюкозой    без  цитрата  происходит  восстановление  прежнего  генотипа   колей.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 27, 2020, 15:23:04
Цитата: Питер от июля 27, 2020, 15:09:47
Все,  умываю  руки. Наследуемое изменение   генома  -  не  мутация ?   
И     зачем   нужна     эта   обратная     мутация  у цит+   клеток  ?    Не    стало  в   среде  цитрата   -  и  ладно,  запас   генов  при  избытке    глюкозы   карман  не    тянет.    И    этой  части   эксперимента      нет  -  никто  не  показал,  что  при  переводе  обратно  на  среду  с  глюкозой    без  цитрата  происходит  восстановление  прежнего  генотипа   колей.

E. coli Cit(+) mutants grew in clumps and in long incompletely divided chains, a phenotype that was reversible in rich media.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26833416/

фенотип, который был обратим в богатых средах.
Цитировать
Не    стало  в   среде  цитрата   -  и  ладно,  запас   генов  при  избытке    глюкозы   карман  не    тянет.

изучайте рэг!
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 27, 2020, 15:40:13
Цитата: Питер от июля 27, 2020, 15:09:47
Наследуемое изменение   генома  -  не  мутация ?   

простой пример : есть глюкоза, лакоперон регрессирован, нет глюкоы - есть лактоза, начинается экспрессия лакоперона, если коли живет и дальше без глюкозы, но с лактозой то лакоперон и дальше эксперссирован в след. поколениях - вот вам наследуемое изменение генотипа без мутации.

https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_duplication#As_amplification

С точки зрения молекулярной генетики, амплификация генов является одним из многих способов избыточной экспрессии гена.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 27, 2020, 15:45:11
Цитата: vit от июля 27, 2020, 15:23:04E. coli Cit(+) mutants grew in clumps and in long incompletely divided chains, a phenotype that was reversible in rich media.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26833416/

фенотип, который был обратим в богатых средах.

Фенотип   -        тут  есть  что-то  про  генотип ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 27, 2020, 15:46:02
Цитата: Питер от июля 27, 2020, 15:09:47Не    стало  в   среде  цитрата   -  и  ладно,  запас   генов  при  избытке    глюкозы   карман  не    тянет.
Известны случаи, когда тянет. Яркий случай - птицы. У них геном сильно полегчал в процессе их становления. За длительное время эволюции что-то может и урезаться, если не испльзуется. Например, перерастёт во что-то друге, что будет выполнять какие-то другие функции.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 27, 2020, 15:48:03
Цитата: vit от июля 27, 2020, 15:40:13простой пример : есть глюкоза, лакоперон регрессирован, нет глюкоы - есть лактоза, начинается экспрессия лакоперона, если коли живет и дальше без глюкозы, но с лактозой то лакоперон и дальше эксперссирован в след. поколениях - вот вам наследуемое изменение генотипа без мутации.

Поменялся    ГЕНОТИП  ?   Вы   бредите  ?  Я  могу    играть   туда-сюда   глюкозой\лактозой   -   генотип  не  изменится.

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 27, 2020, 15:51:06
,Птицы   -   это  миллионы   лет    эволюции.    Да,  дуплицированный  ген     может  начать  играть  другую   функцию.  Но  может  и  жить      весьма   долго   без   ее  смены.   Вон  у  нас  два  гена    альфа-глобина   -   и  ничего,  не    выкидываем  лишний.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 27, 2020, 16:31:43
Цитата: Питер от июля 27, 2020, 15:48:03
Поменялся    ГЕНОТИП  ? Вы   бредите  ?  Я  могу    играть   туда-сюда   глюкозой\лактозой   -   генотип  не  изменится.

экспрессия то гена меняется, какая разница цит+ или лак+? есть примеры экспрессии ампификацией

https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_duplication#As_amplification

С точки зрения молекулярной генетики, амплификация генов является одним из многих способов избыточной экспрессии гена.

ЦитироватьФенотип   -        тут  есть  что-то  про  генотип ?
фенотип цит+ то зависит от генотипа!
так что бредите похоже вы!

у колей продуцируется только то что жизненнонеобходимо, я уже писал про электроприборы - могу вам повторить пример

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 27, 2020, 16:43:00
И  правда,  фенотип  цит+    зависит  от  генотипа  -   произошла  мутация  и    але.  А  вот  не   будет  мутации   -    то  не   будет  этого  фенотипа.

И  в  каком  месте   лак  оперона  происходит  мутация    при   смене     глюкозы  на  лактозу  ?    Или все-таки  в   этом  процессе    генотип  (первичная   структура  ДНК)    не  меняется ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 27, 2020, 16:48:56
Цитата: Питер от июля 27, 2020, 15:51:06
,Птицы   -   это  миллионы   лет    эволюции.    Да,  дуплицированный  ген     может  начать  играть  другую   функцию.  Но  может  и  жить      весьма   долго   без   ее  смены.   Вон  у  нас  два  гена    альфа-глобина   -   и  ничего,  не    выкидываем  лишний.

Так бактерии чуть ли не в миллион раз быстрее размножаются, чем птицы и за счёт этого (потенциально) могут гораздо быстрее идти изменения в ДНК.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 27, 2020, 16:54:35
Цитата: Питер от июля 27, 2020, 16:43:00
И  правда,  фенотип  цит+    зависит  от  генотипа  -   произошла  мутация  и    але.  А  вот  не   будет  мутации   -    то  не   будет  этого  фенотипа.
и наоборот тоже! поэтому если фенотип обратим то и генотип обратим

ЦитироватьИ  в  каком  месте   лак  оперона  происходит  мутация    при   смене     глюкозы  на  лактозу  ?    Или все-таки  в   этом  процессе    генотип  (первичная   структура  ДНК)    не  меняется ?
экспресия гена  наследуется без мутации - то что вы не могли понять
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 27, 2020, 17:21:05
Экспрессия  гена   ИЗМЕНЯЕТСЯ   без    мутации.   Если  вы    поместите   две   клетки с  идентичным  геномом  в  разную  среду   -     экспрессия  гена   будет  разной    за  счет   ответа  на  внешнюю   среду.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 27, 2020, 17:40:49
Цитата: Питер от июля 27, 2020, 17:21:05
Экспрессия  гена   ИЗМЕНЯЕТСЯ   без    мутации.   Если  вы    поместите   две   клетки с  идентичным  геномом  в  разную  среду   -     экспрессия  гена   будет  разной    за  счет   ответа  на  внешнюю   среду.
наконец то вы поняли :D
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 27, 2020, 17:52:57
 Питер, а почему вы так упорно не хотите описать рэг коли при анаэробной утилизации цитрата?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 27, 2020, 18:15:00

Reinterpreting Long-Term Evolution Experiments: Is Delayed Adaptation an Example of Historical Contingency or a Consequence of Intermittent Selection? https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26883821/

Быстрая эволюция, по-видимому, включает отбор дубликатов всего цитрусового локуса, которые слишком нестабильны, чтобы вносить вклад, когда отбор осуществляется короткими импульсами.


не похоже на описание случайного мутагенеза
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 27, 2020, 18:18:03
Мы  в  системе  с    цитратом  имеем  мутации.   
У  нас  нет  роста    на  среде с   цитратом    без  мутаций  -     в  среде с  кислородом    связывние   с  ним  активирует  репрессор,  который   блокирует  промотор    цитратного  оперона.  Перенсете  клетки  в   строго   анаэробные   условия   -     цитратный  оперон  начнет  работать.

При    мутации          появляется  новый  промотор    для   этого   оперона,  который  не   чувствителен к   кислороду.   Либо  за  счет  переноса  гена      транспорта  citT   под  другой  промотор,  или  за  счет     переноса  в   этот  оперон   другого  промотора.  Как   итог  -    цитрат  используется     независимо   от  уровня   кислорода.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 27, 2020, 18:21:31
Там  есть  слово   "ОТБОР".    Есть  много    разных  мутаций   -    но  отбор  подхватывает   только      определнный   важный    для   данного  фенотипа  набор  мутаций.  Ленски  секвенировал   не   citT+     клетки  и  видел  там    накопление          мутаций     по  всему  геному    E. coli.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 27, 2020, 18:23:47
Цитата: vit от июля 27, 2020, 18:15:00

Reinterpreting Long-Term Evolution Experiments: Is Delayed Adaptation an Example of Historical Contingency or a Consequence of Intermittent Selection? https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26883821/

Быстрая эволюция, по-видимому, включает отбор дубликатов всего цитрусового локуса, которые слишком нестабильны, чтобы вносить вклад, когда отбор осуществляется короткими импульсами.


не похоже на описание случайного мутагенеза

Без случайности и отбора по ней и такая эволюция была бы невозможной. Это - не не случайная эволюция, а направленная.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 27, 2020, 19:16:25
Цитата: Питер от июля 27, 2020, 18:18:03

При мутации появляется  новый  промотор    для   этого   оперона

у каждого гена и оперона свой строго специфичный промотор и

Коровая РНК-полимераза бактерий (состоящая из субъединиц α2ββ'ω) может инициировать транскрипцию в любом месте генома. Однако, в клетке инициация происходит только в промоторных участках. Такая специфичность обеспечивается σ-субъединицей (σ-фактор), которая в комплексе с коровым ферментом образует холофермент. Основным σ-фактором клеток Escherichia coli является σ70-субъединица[1].

Классический (σ70) промотор представляет собой две консервативные последовательности длиной по 6 нуклеотидов, расположенные выше сайта начала транскрипции на 10 и 35 п.о., разделенные 17 нуклеотидами. https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9F%D1%80%D0%BE%D0%BC%D0%BE%D1%82%D0%BE%D1%80


вы хотите сказать что все это мутации прошли случайно за 12 делений?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 27, 2020, 19:19:15
Цитата: Питер от июля 27, 2020, 18:21:31
Ленски  секвенировал   не   citT+     клетки  и  видел  там    накопление          мутаций     по  всему  геному    E. coli.

амплификации еще были? :D
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 27, 2020, 19:20:51
Цитата: Alexeyy от июля 27, 2020, 18:23:47
Без случайности и отбора по ней и такая эволюция была бы невозможной. Это - не не случайная эволюция, а направленная.

в любом механизме даже швейцарских часах есть случайности и отбор
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 27, 2020, 20:02:48
Ну так давайте и будем называть вещи своими именами, чтобы и самим не путаться и других не путать. Например, Антон, по крайней мере до недавнего времени, полагал, что (с некоторых пор) случайность (в смысле ненаправленная случайность) абсолютно не играет никакой роли (через отбор) в механизме самонаправления эволюции.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 27, 2020, 20:05:46
Цитата: Питер от июля 27, 2020, 18:21:31
Ленски  секвенировал   не   citT+     клетки  и  видел  там    накопление          мутаций     по  всему  геному    E. coli.

В нескольких повторных опытах тот же эффект был достигнут без дупликации — благодаря встраиванию мобильного генетического элемента IS3 в кодирующую часть гена citG, расположенного по соседству с citT (на рисунке слева). В этом мобильном элементе как раз имеется подходящий промотор.https://elementy.ru/novosti_nauki/431898/V_dolgosrochnom_eksperimente_zafiksirovano_poetapnoe_formirovanie_evolyutsionnogo_novshestva
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 27, 2020, 20:07:26
Цитата: Alexeyy от июля 27, 2020, 20:02:48
Антон
:D
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 27, 2020, 21:24:20
 В этом мобильном элементе как раз имеется подходящий промотор.https://elementy.ru/novosti_nauki/431898/V_dolgosrochnom_eksperimente_zafiksirovano_poetapnoe_formirovanie_evolyutsionnogo_novshestva

интересно что он там до этого делал
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 28, 2020, 07:02:13
Знаете   ли,      огромная   часть   мобильных   элементов  имеет   собственные   промоторы.   Которые   нужны  им  для     экспрессии       собственных   генов   транспозона.  Которые  им   нужны    для   своего  размножения.
Встройка     мобильного   элемента   -  однократное    мутационное   событие.  Не   было   элемента   -  появился.   При  этом  происходит  комплекс   разрывов   хромосом,  достройки   концов,  лигирования   -  но   это    единый  процесс  встройки.

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 28, 2020, 07:06:36
Цитата: Alexeyy от июля 27, 2020, 18:23:47Без случайности и отбора по ней и такая эволюция была бы невозможной. Это - не не случайная эволюция, а направленная.

Она  направленная   на    обеспечение   жизни в   среде с   цитратом.  При    этом  она  случайная   -    достижение     цели  связано с   генерированием  набора   случайных   мутаций  и   последующим    отбором  приспособительных   (причем разных)  мутаций  (Ленски,   его  сиквенсы  на  разных  поколениях) .    Нет     направленного    мутирования "нужного"   гена. 
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 28, 2020, 09:47:49
Цитата: vit от июля 27, 2020, 20:07:26
Цитата: Alexeyy от июля 27, 2020, 20:02:48
Антон
:D
Ваше злое хихиканье мне не понятно: оно, по-моему, унижает достоинство учёного (того, кто так хихикает).
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 28, 2020, 09:55:38

Цитата: Питер от июля 28, 2020, 07:02:13
Встройка     мобильного   элемента   -  однократное    мутационное   событие.
В НЕСКОЛЬКИХ повторных опытах тот же эффект был достигнут без дупликации — благодаря встраиванию мобильного генетического элемента IS3 в кодирующую часть гена citG, расположенного по соседству с citT (на рисунке слева). В этом мобильном элементе как раз имеется подходящий промотор.https://elementy.ru/novosti_nauki/431898/V_dolgosrochnom_eksperimente_zafiksirovano_poetapnoe_formirovanie_evolyutsionnogo_novshestva

из 29 сиквенсов 3 или более  благодаря встраиванию мобильного генетического элемента IS3  - на однократное, случайное не тянет!
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 28, 2020, 10:14:27
Цитата: Alexeyy от июля 28, 2020, 09:47:49
Ваше злое хихиканье мне не понятно: оно, по-моему, унижает достоинство учёного (того, кто так хихикает).

хорошо смеется только тот ученый, который смеется последним! >:(

пс. а кто такой Антон?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 28, 2020, 10:22:01



благодаря встраиванию мобильного генетического элемента IS3

Цитата: Питер от июля 28, 2020, 07:02:13
  Которые   нужны  им  для     экспрессии       собственных   генов   транспозона.  Которые  им   нужны    для   своего  размножения.

ис это не транспозоны
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 28, 2020, 10:33:20
Цитата: vit от июля 28, 2020, 10:14:27
а кто такой Антон?
Я шибся: Антонов. Игорь Антонов. Участник этого форума, автор темы https://paleoforum.ru/index.php/topic,9690.570.html .
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 28, 2020, 10:42:14
я думал, что Вы под "Антоном" кое-что др. подразумеваете...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 28, 2020, 10:45:33
Инсерционная последовательность (IS, IS-элемент, англ. Insertion sequence) — короткий фрагмент ДНК, простой мобильный генетический элемент.[1]

Инсерционные последовательности обладают двумя важными характеристиками — они мало похожи на другие мобильные элементы (около 700—2500 нуклеотидов) и кодируют лишь белки, вовлеченные в процесс транспозиции (в отличие от транспозонов, кодирующих еще и некоторые вспомогательные гены, например, гены резистентности к антибиотикам). Эти белки обычно представлены транспозазой, которая катализирует ферментативную реакцию, позволяющую IS элементу перемещаться, а также регуляторный белок, который стимулирует или ингибирует активность транспозиции.[2]

Кодирующий район в IS элементе обычно фланкирован обращенными повторами.

IS-элементы могут быть частью сложных транспозонов (см. например, Tn10), в которых два IS фланкируют вспомогательные гены (например, гены резистентности к антибиотикам).[1] Инсерционная последовательность (IS, IS-элемент, англ. Insertion sequence) — короткий фрагмент ДНК, простой мобильный генетический элемент.[1]

Инсерционные последовательности обладают двумя важными характеристиками — они мало похожи на другие мобильные элементы (около 700—2500 нуклеотидов) и кодируют лишь белки, вовлеченные в процесс транспозиции (в отличие от транспозонов, кодирующих еще и некоторые вспомогательные гены, например, гены резистентности к антибиотикам). Эти белки обычно представлены транспозазой, которая катализирует ферментативную реакцию, позволяющую IS элементу перемещаться, а также регуляторный белок, который стимулирует или ингибирует активность транспозиции.[2]

Кодирующий район в IS элементе обычно фланкирован обращенными повторами.

IS-элементы могут быть частью сложных транспозонов (см. например, Tn10), в которых два IS фланкируют вспомогательные гены (например, гены резистентности к антибиотикам).[1] https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%98%D0%BD%D1%81%D0%B5%D1%80%D1%86%D0%B8%D0%BE%D0%BD%D0%BD%D0%B0%D1%8F_%D0%BF%D0%BE%D1%81%D0%BB%D0%B5%D0%B4%D0%BE%D0%B2%D0%B0%D1%82%D0%B5%D0%BB%D1%8C%D0%BD%D0%BE%D1%81%D1%82%D1%8C
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 28, 2020, 10:46:38
Цитата: vit от июля 28, 2020, 09:55:38

Цитата: Питер от июля 28, 2020, 07:02:13
Встройка     мобильного   элемента   -  однократное    мутационное   событие.
В НЕСКОЛЬКИХ повторных опытах тот же эффект был достигнут без дупликации — благодаря встраиванию мобильного генетического элемента IS3 в кодирующую часть гена citG, расположенного по соседству с citT (на рисунке слева). В этом мобильном элементе как раз имеется подходящий промотор.https://elementy.ru/novosti_nauki/431898/V_dolgosrochnom_eksperimente_zafiksirovano_poetapnoe_formirovanie_evolyutsionnogo_novshestva

из 29 сиквенсов 3 или более  благодаря встраиванию мобильного генетического элемента IS3  - на однократное, случайное не тянет!
А как должно было бы быть не будь самонаправления мутирования?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 28, 2020, 10:50:41
Цитата: Alexeyy от июля 28, 2020, 10:46:38
самонаправления мутирования

это что за зверь такой?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 28, 2020, 11:19:47
https://paleoforum.ru/index.php/topic,11439.345.html#Разные мутации в клетке могут быть не равновероятными/ (сообщение 354)

Цитата: vit от июля 28, 2020, 09:55:38

Цитата: Питер от июля 28, 2020, 07:02:13
Встройка     мобильного   элемента   -  однократное    мутационное   событие.
В НЕСКОЛЬКИХ повторных опытах тот же эффект был достигнут без дупликации — благодаря встраиванию мобильного генетического элемента IS3 в кодирующую часть гена citG, расположенного по соседству с citT (на рисунке слева). В этом мобильном элементе как раз имеется подходящий промотор.https://elementy.ru/novosti_nauki/431898/V_dolgosrochnom_eksperimente_zafiksirovano_poetapnoe_formirovanie_evolyutsionnogo_novshestva

из 29 сиквенсов 3 или более  благодаря встраиванию мобильного генетического элемента IS3  - на однократное, случайное не тянет!

Вы здесь, на самом деле, ведёте речь не о том, что эта мутация случайна, а о том, что она не равновероятна по сравнению с другими мутациями. И этим пытаетесь обосновать, что коли так направляет свою эволюцию в нужном направлении для адаптации к питанием цитратом.
  Думаю, что неявная ошибка в этом заключении состоит в том неявно подразумеваемом положении, что если мутация не равновероятна с другими, то это – обязательно из-за того, что организм так (каким-то образом) специально направляет себя в нужном направлении эволюции для адаптации именно к соответствующим условиям (в данном случае – питание цитратом).
  Это положение в статье никак не доказывается и даже не доказывается в случае встраивания мобильного генетического элемента IS3 в кодирующую часть гена citG, расположенного по соседству с citT. Там не доказывается, что это обязательно должно означать самонаправление эволюционной адаптации к питанием цитратом.
  Поэтому, в статье не вижу никакого свидетельства (доказательства) самонаправления эволюции: для этого нужны гораздо более изощрённые эксперименты.
  Да: она показывает наличие некоторых мутаций вероятность которых очень сильно отличается от других. Но этого мало для того, чтобы доказать наличия самонаправления эволюции (наличия «осознанного» стремления коли к таким изменениям генома, которые улучшают усвоение цитрата).
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 28, 2020, 11:26:57
Цитата: Alexeyy от июля 28, 2020, 11:13:06самонаправления мутирования

Вы так и не сформулировали что это за новый самозверь такой...

я и не знаю и не ведаю ничего про  самоэволюцию .  то ТЭ есть случайные мутации, которые могут быть только точечными в - 15 степени  и есть опосредованные механизмы адаптации клетки. По моему скромному мнению, у Лански фигурирует механизм, а не случайная мутация.

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 28, 2020, 11:43:31
Случайные  мутации  могут   быть  любыми  -   точки,  инсерции,  делеции,  дупликации,   инверсии.   Влияние       этих  мутаций    на  фенотип     будет   зависеть  от  природы  мутации  и  ее   локализации.

Весь     сыр-бор     идет     относительно     простого      вопроса   -    понимает   ли   клетка   коли,  что  ей  нужно   мутировать  именно cit     оперон       для   достижения   успеха  на  среде   с  цитратом  и  минимальной глюкозой    или    идет    мутационный  процесс  во  всем  геноме   рандомно  с   последующим  отбором правильного  варианта   за  счет   более   быстрого  роста  на   среде с   цитратом ?
Дальше  есть  два   эксперимента  с     одинаковым      исходом  -  появляются  мутации  (разные.  что  важно)  в  нужном  локусе  и  появляются   штаммы cit+   Но   в  одном   случае   процесс  долгий,  в  другом   быстрый.  Разница  в  условиях  отбора   -    во  втором   случае  от    реально   жестче.

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 28, 2020, 11:51:02
Цитата: vit от июля 28, 2020, 11:26:57Вы так и не сформулировали что это за новый самозверь такой...
Сфрмулировал несколькими страницами выше. Ссылку на это привёл чуть выше.

Цитата: vit от июля 28, 2020, 11:26:57я и не знаю и не ведаю ничего про  самоэволюцию .  то ТЭ есть случайные мутации, которые могут быть только точечными в - 15 степени  и есть опосредованные механизмы адаптации клетки. По моему скромному мнению, у Лански фигурирует механизм, а не случайная мутация.
Нет: там присутствуют самые настоящие, случайные мутации. Они могут произойти, а могут не произойти. Т.е. имеют вероятность, не детерминированы. Это и называется случайностью. А то, что вы вкладываете в термин случайности не общеупотребительный смысл вносит большую путаницу в понимании того, что Вы хотите сказать. И, по-моему, и сами начинаете от этого путаться.
  Например ...
Цитата: vit от июля 28, 2020, 11:26:57По моему скромному мнению, у Лански фигурирует механизм, а не случайная мутация.
а кто сказал, что в геноме нет такого (подобного) механизма? По-моему, наличие такого (подобного) механизма - ни для кого не секрет: давно известно существование элементов разной консервативности генома. Естественно, что эта консервативность осуществляется за счёт какого-то механизма. И в этом, самом по себе, нет никакого противоречия с СТЭ.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 28, 2020, 12:15:45
Разная    консервативность    разных  участков   геноа   -   это  не   разная   ЧАСТОТА    мутаций   в  разных  участках  генома.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 28, 2020, 12:17:52
Цитата: Alexeyy от июля 28, 2020, 11:51:02
Сфрмулировал несколькими страницами выше. Ссылку на это привёл чуть выше.

................
   Нет: там присутствуют самые настоящие, случайные мутации.

зачем тогда вводить новый самотермин?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 28, 2020, 12:20:15
Цитата: Питер от июля 28, 2020, 11:43:31
Случайные  мутации  могут   быть  любыми  -   точки,  инсерции,  делеции,  дупликации,   инверсии.   
теретически - да, практически являются следствием гпг и др
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 28, 2020, 12:28:56
Очень  занимательно   про   "и  др"

Интересно,  и как     мы    эволюционировали    из        обезьянки в   человека   без   ГПГ  ?   И    почему   вообще    после        прокариот  и  архей  у  эукариот  и  особенно   при  наличии  полового       процесса   ГПГ   -  редкий   зверь ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 28, 2020, 12:42:22
если вы еще не в курсе, мы здесь обсуждаем прокариот, без крыссенговера :D
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 28, 2020, 13:05:56
А     эволюция   -  она        везде   эволюция.   И  такой   хороший   механизм  как  ГПГ   был ею  заброшен  ... А   дупликации  остались.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 28, 2020, 13:20:11
не все то эволюция , что вы называете.

гпг делает дупликации, кроссинговер делает дупликации.... но гпг может делать обратимые и опосредованные дупликации

мы обсуждаем опосредованный механизм дупликации, которая служит для экспрессии генов
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 28, 2020, 13:33:23
Ну    сотый  раз  прошу   -    напишите в  молекулярных  терминах,  как   это  происходит.   И  откройте    мне   главную    буржуинскую  тайну про    ГПГ ...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 28, 2020, 13:43:12
Цитата: Питер от июля 28, 2020, 13:33:23
Ну    сотый  раз  прошу   -    напишите в  молекулярных  терминах,  как   это  происходит.   И  откройте    мне   главную    буржуинскую  тайну про    ГПГ ...

В НЕСКОЛЬКИХ повторных опытах тот же эффект был достигнут без дупликации — благодаря встраиванию мобильного генетического элемента IS3 в кодирующую часть гена citG, расположенного по соседству с citT (на рисунке слева). В этом мобильном элементе как раз имеется подходящий промотор.https://elementy.ru/novosti_nauki/431898/V_dolgosrochnom_eksperimente_zafiksirovano_poetapnoe_formirovanie_evolyutsionnogo_novshestva

IS-элементы могут быть частью сложных транспозонов (см. например, Tn10), в которых два IS фланкируют вспомогательные гены (например, гены резистентности к антибиотикам).[1] https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%98%D0%BD%D1%81%D0%B5%D1%80%D1%86%D0%B8%D0%BE%D0%BD%D0%BD%D0%B0%D1%8F_%D0%BF%D0%BE%D1%81%D0%BB%D0%B5%D0%B4%D0%BE%D0%B2%D0%B0%D1%82%D0%B5%D0%BB%D1%8C%D0%BD%D0%BE%D1%81%D1%82%D1%8C

дольше можете сами погуглить!

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 28, 2020, 13:56:21
Причем  тут   ГПГ  ?   IS3      есть    в  геноме      колей   и  не    в  одной     копии.   Он   мобильный  и  переместился.
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/037811198190072X


И     вообще  ГПГ   -  это  перенос  генов   МЕЖДУ  организмами.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 28, 2020, 13:58:37
Цитата: vit от июля 28, 2020, 12:17:52
Цитата: Alexeyy от июля 28, 2020, 11:51:02
Сфрмулировал несколькими страницами выше. Ссылку на это привёл чуть выше.

................
   Нет: там присутствуют самые настоящие, случайные мутации.

зачем тогда вводить новый самотермин?
Вообе-то, это - не новый трмин: это термин одного из основных постулатов СТЭ (впрочем, строго гворя, там о ненаправленых мутациях идёт речь - о противоположнсти самонаправленных).
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 28, 2020, 14:22:39
Цитата: Питер от июля 28, 2020, 12:15:45
Разная    консервативность    разных  участков   генома   -   это  не   разная   ЧАСТОТА    мутаций   в  разных  участках  генома.
И правда: что-то я не подумал ... Но, наверно же, и медленнее мутации должны идти. Хотя, теперь – не уверен.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 28, 2020, 14:43:56
Цитата: Alexeyy от июля 28, 2020, 13:58:37
самонаправленных).

просто зная о Вашей тяге к само-, думал что это чтото новенькое само-, ну а если в основных постулатах..., то можно саморасслабиться.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 28, 2020, 14:45:47
Цитата: Alexeyy от июля 28, 2020, 14:22:39
Цитата: Питер от июля 28, 2020, 12:15:45
Разная    консервативность    разных  участков   генома   -   это  не   разная   ЧАСТОТА    мутаций   в  разных  участках  генома.
И правда: что-то я не подумал ... Но, наверно же, и медленнее мутации должны идти. Хотя, теперь – не уверен.

здесь речь идет о том, что критические участки генома не мутируют.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 28, 2020, 14:48:00
Цитата: Питер от июля 28, 2020, 13:56:21
Причем  тут   ГПГ  ?   IS3      есть    в  геноме      колей   и  не    в  одной     копии.   Он   мобильный  и  переместился.
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/037811198190072X

ну а если бы не было?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 28, 2020, 14:50:55
Цитата: vit от июля 28, 2020, 14:45:47Цитата: Alexeyy от Сегодня в 13:22:39
Цитата: Питер от Сегодня в 11:15:45
Разная    консервативность    разных  участков   генома   -   это  не   разная   ЧАСТОТА    мутаций   в  разных  участках  генома.
И правда: что-то я не подумал ... Но, наверно же, и медленнее мутации должны идти. Хотя, теперь – не уверен.

здесь речь идет о том, что критические участки генома не мутируют.

Мутируют.    Но    мутанты   не  выживают ((((-
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 28, 2020, 14:52:54
,
Цитата: vit от июля 28, 2020, 14:48:00Цитата: Питер от Сегодня в 12:56:21
Причем  тут   ГПГ  ?   IS3      есть    в  геноме      колей   и  не    в  одной     копии.   Он   мобильный  и  переместился.
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/037811198190072X

ну а если бы не было?

А    если  бы  он   вез  патроны  ?   Он    просто  есть    -  и   прыгает.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 28, 2020, 14:58:31
Цитата: vit от июля 28, 2020, 14:45:47
Цитата: Alexeyy от июля 28, 2020, 14:22:39
Цитата: Питер от июля 28, 2020, 12:15:45
Разная    консервативность    разных  участков   генома   -   это  не   разная   ЧАСТОТА    мутаций   в  разных  участках  генома.
И правда: что-то я не подумал ... Но, наверно же, и медленнее мутации должны идти. Хотя, теперь – не уверен.

здесь речь идет о том, что критические участки генома не мутируют.
Мутируют: "мутации в них для организма вредны и не закрепляются" (https://www.popmech.ru/science/news-377582-samye-glavnye-geny-sostavlyayut-8-dnk-cheloveka/)
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 28, 2020, 15:01:47
Цитата: Питер от июля 28, 2020, 14:50:55
Мутируют.    Но    мутанты   не  выживают ((((-
специльно не дописал,знал что вы это сделаете :D
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 28, 2020, 15:03:29
Цитата: Питер от июля 28, 2020, 14:52:54
  Он    просто  есть
звучит как тост
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 28, 2020, 15:07:29
"Так    выпьем  же    за    кибернетиков"
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 28, 2020, 15:07:46
Цитата: vit от июля 28, 2020, 14:43:56
Цитата: Alexeyy от июля 28, 2020, 13:58:37
самонаправленных).

просто зная о Вашей тяге к само-, думал что это что-то новенькое само-, ну а если в основных постулатах..., то можно саморасслабиться.
А ведь это ключевой постулат СТЭ.
В результате получается, что почти вся дискуссия выше - ни о чём: Вы умудрились опровергать как раз то, формулировки чего не знали и, поэтому, думали, что в обсуждаемой статье узрели опровержение постулата СТЭ :) . Тогда как, на самом деле, ничего такого (данных, опровергающих постулат СТЭ) в обсуждаемой статье нет.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 28, 2020, 15:19:01
https://youtu.be/yS_-NArgjik
Цитата: Питер от июля 28, 2020, 15:07:29
"Так    выпьем  же    за    кибернетиков"
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 28, 2020, 15:23:43
Цитата: Alexeyy от июля 28, 2020, 15:07:46
опровергающих постулат СТЭ) в обсуждаемой статье нет.

там есть утверждение о факте видообразования, в 12 случаях из 187опытах - при чем одного и того же вида :D
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 28, 2020, 15:40:43
И  где   там   вид ????  НОВЫЙ ?????
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 28, 2020, 16:13:00
Цитата: vit от июля 28, 2020, 15:23:43
Цитата: Alexeyy от июля 28, 2020, 15:07:46
опровергающих постулат СТЭ) в обсуждаемой статье нет.

там есть утверждение о факте видообразования, в 12 случаях из 187опытах - при чем одного и того же вида :D
Да. В том смысле, что постулаты СТЭ, сами по себе, такого (или подобного) не исключают: они исключают самонаправление эволюции. А для доказательства её наличия в обсуждаемых экспериментах данных по ним - не достаточно.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 28, 2020, 16:25:30
Цитата: Питер от июля 28, 2020, 15:40:43
И  где   там   вид ????  НОВЫЙ ?????
мне это тоже ???

как вид может иметь несколько разных генотипов!?

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 28, 2020, 16:32:11
Цитата: Alexeyy от июля 28, 2020, 16:13:00
Цитата: vit от июля 28, 2020, 15:23:43
Цитата: Alexeyy от июля 28, 2020, 15:07:46
опровергающих постулат СТЭ) в обсуждаемой статье нет.

там есть утверждение о факте видообразования, в 12 случаях из 187опытах - при чем одного и того же вида :D
Да. В том смысле, что постулаты СТЭ, сами по себе, такого (или подобного) не исключают: они исключают самонаправление эволюции. А для доказательства её наличия в обсуждаемых экспериментах данных по ним - не достаточно.

эволюция случайна и не имеет причинно-следственных закономерностей. Цитрат в среде не может индуцировать спец. мутации цит+
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 28, 2020, 16:54:47
Знаете   ли,        мой  и  ваш    генотипы  отличаются     по  массе  позиций.  Но     мы  один  вид.   
Тоже  и у  колей   -   есть  масса   штаммов,    но    общность  их геномов   много   выше    отличий   между  ними.    Хотя  у  бактерий  как  раз   понятие  вида        более   размыто.
В    общем   нет  там   видов.  Есть  максимум   зачатки  процесса    видообразования      -  представьте  себе   две   ниши с  глюкозой  и   цитратом.  В   каждой   будет   жить  свой   штамм   колей,  который      постепенно    может   эволюционировать   до     полного       расхождения.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 28, 2020, 16:58:55
и наоборот
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от июля 28, 2020, 17:14:44
Цитата: vit от июля 28, 2020, 16:32:11
Цитата: Alexeyy от июля 28, 2020, 16:13:00
Цитата: vit от июля 28, 2020, 15:23:43
Цитата: Alexeyy от июля 28, 2020, 15:07:46
опровергающих постулат СТЭ) в обсуждаемой статье нет.

там есть утверждение о факте видообразования, в 12 случаях из 187опытах - при чем одного и того же вида :D
Да. В том смысле, что постулаты СТЭ, сами по себе, такого (или подобного) не исключают: они исключают самонаправление эволюции. А для доказательства её наличия в обсуждаемых экспериментах данных по ним - не достаточно.

эволюция случайна и не имеет причинно-следственных закономерностей. Цитрат в среде не может индуцировать спец. мутации цит+
То, что эволюция случайна - не означает, что у неё нет причинно-следственных закономерностей
См., например, книгу
Марков А. В., Наймарк Е. Б. 1998. Количественные закономерности макроэволюции.

Изучите сначала постулаты СТЭ, а потом - опровергайте их.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 28, 2020, 18:05:31
Цитата: Alexeyy от июля 28, 2020, 17:14:44
Изучите сначала постулаты СТЭ, а потом - опровергайте их.
:D
ЧТО ЗА БРЕД!?
я их не думал их опровергать, наоборот, я постулирую случайность мутаций и отбора.
а вот результаты опытов Лански считаю неслучайными мутациями и не самоэволюцией :D
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 29, 2020, 10:43:20
Цитата: Питер от июля 28, 2020, 13:33:23
Ну    сотый  раз  прошу   -    напишите в  молекулярных  терминах,  как   это  происходит.   И  откройте    мне   главную    буржуинскую  тайну про    ГПГ ...

Предположим Вася, Петя и Коля встретились в 6 часов утра в воскресенье на вокзале под часами, каждый с корзинкой и в сапогах и поехали вместе по-грибы. Конечно они как-то договорились о встрече: может быть по телефону, может быть на работе договорились или еще как-то - это не суть важно, главное это тот факт , что они как-то договорились и об этом говорит тот факт, что они встретились чтобы вместе поехать. Тоже самое и с встройкой ис3, есть механизм - какой? - не суть важно, но ис3  несколько раз встроился туда и когда надо.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 29, 2020, 11:40:09

Вася,  Петя  и  Коля  -    это  молекудярные   термины ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 29, 2020, 11:45:47

Сайт-специфическая рекомбинация (https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A1%D0%B0%D0%B9%D1%82-%D1%81%D0%BF%D0%B5%D1%86%D0%B8%D1%84%D0%B8%D1%87%D0%B5%D1%81%D0%BA%D0%B0%D1%8F_%D1%80%D0%B5%D0%BA%D0%BE%D0%BC%D0%B1%D0%B8%D0%BD%D0%B0%D1%86%D0%B8%D1%8F) подойдет?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 29, 2020, 12:04:58


16:20
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 29, 2020, 14:32:45
Первый     простой    вопрос   -    откуда   берется   та   самая     ДНК    для  сайт-специфичной  рекомбинации  ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 29, 2020, 16:17:42
Там разной днк много: и в окружающей среде остатки от умерших колей и ис3 и др. мгэ, нужно найти правильный фрагмент и его по месту вставить, для этого есть ССР.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 29, 2020, 16:19:19
То   есть  можно  однозначно   -    внешняя    ДНК ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 29, 2020, 16:26:10
Цитата: Питер от июля 29, 2020, 16:19:19
То   есть  можно  однозначно   -    внешняя    ДНК ?

Там же разные рекомбинации были: несколько ис3 - это мгэ, дупликация ситт - может быть и внешняя, но не чужая, там защита от чужой была.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 29, 2020, 16:50:55
Ну    вот  начинается.  Ис3   -  внешний  или ?  ситТ  -  внешний  или ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 29, 2020, 19:04:31
Цитата: Питер от июля 28, 2020, 13:56:21
Причем  тут   ГПГ  ?   IS3      есть    в  геноме      колей   и  не    в  одной     копии.   Он   мобильный  и  переместился.
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/037811198190072X
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 30, 2020, 10:04:24
То    есть IS3   -  это  не  ГПГ.  А  просто   мутация. Перескок.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 30, 2020, 10:49:03
Цитата: Питер от июля 30, 2020, 10:04:24
То    есть IS3   -  это  не  ГПГ.  А  просто   мутация. Перескок.

перескок это случайное, необратимое изменение генома?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 30, 2020, 11:02:24
1.   Случайное.
2.    Мобильный   элемент  может   уйти  из  места   встройки.  Но   при   этом  он  не  вернется  в  прежнее   место  локализации.

Любая    мутация  в  принципе       обратима.  Даже   точковая  -  нет  запрета  на     вторую  мутациЮ.  которая  вернет   ситуацию к  статус-кво.   Просто  частота  прыжков  МЭ  выше.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 30, 2020, 11:32:24
1. а как же сср?
2. как по вашему репрессируется ген ситт?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 30, 2020, 11:42:54
Репрессируется  он   белком,  который   связывается  с  промотором  в  присутствии   кислорода.   При  инсерции       IS3   появляется  новый  промотор  из    МЭ,  который      не  зависит  от  уровня   кислорода  в  среде.
Мы   уходим  опять  от     ГПГ.    Прыжок    МЭ   внутри     клетки   -      мутация   или    нет ?  Или   этот   такой   вот  ГПГ ?

Что  такое  ссср  знаю,  про сср  не  понял.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 30, 2020, 12:16:49
но в присутствии О2 цит+ тоже должен ситт репрессировать?

сср это сайт-специфическая рекомбинация, с помощю которой ис3 и врезается по месту и обратимо.

ЦитироватьПрыжок    МЭ   внутри     клетки   -      мутация   или    нет ?
для меня - нет, а Лански считает что таки да!

гпг возможна была при дупликации ситт.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 30, 2020, 12:23:21
Я   согласен  с  Лански.     Любое      наследуемое  изменение   структуры   генома  -  мутация.  При    этом     он  ниоткуда   не  приходит,   чистое  внутриклеточное    событие.
Не  идет      экспрессия  с   этого  промотора  -   но  появляется   новый  в  ИС3.  Он  и       работает

ГПГ     -      ну и  как    чужая   ДНК    поступает в   клетку   ?    В  какой   форме  ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 30, 2020, 12:33:39
Цитата: Питер от июля 30, 2020, 12:23:21
Я   согласен  с  Лански.
кто бы сомневался...
   
ЦитироватьНе  идет      экспрессия  с   этого  промотора  -   но  появляется   новый  в  ИС3.  Он  и       работает
любой ген имеет экспрессора и репрессора, экспрессор-ис3, а репрессор - ?

ЦитироватьГПГ     -      ну и  как    чужая   ДНК    поступает в   клетку   ?    В  какой   форме  ?

(https://naukatv.ru/upload/files/aHR0cDovL3d3dy5saXZlc2NpZW5jZS5jb20vaW1hZ2VzL2kvMDAwLzEwMC8xODYvb3JpZ2luYWwvSGF1bnRpbmdBbGxBcmtzaGVsbC1zaXplX3Jlc3RyaWN0ZWQuZ2lm.gif)

https://naukatv.ru/news/23629
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 30, 2020, 12:49:59
Есть      конститутивные  гены      без  репрессора.   И   в  данном  случае  промотор   ИС3   -  конститутивный.   Работает      везде  и всегда.
То  что   это   не  коли   -  вас  не  смущает  ?   Совсем  другая     группа   бактерий ....
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 30, 2020, 13:00:50


не путайте ген и экспрессор, ген цитт включается экспрессором ис3 при О2 и цитрате, как цитт выключается без цитрата?




ЦитироватьТо  что   это   не  коли   -  вас  не  смущает  ?   Совсем  другая     группа   бактерий ....
к12 пока в кастинге не участвовала. но принцип тот же
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 30, 2020, 13:40:38
Никак.  Констиутивный  промотор  он  и есть  конститутивный. 
Что  такое   экспрессор  -  не  понимаю,  не  придумывайте  термины.

Вот  есть  два    позвоночных     млекопитающих      -   кашалот  и   человек.   Один  ныряет  на  1000   метров,  другой  нет.  Но  если  кашалот  может  -  то   и  человек   должен  как       позвоночный    млекопитающий.    А   еще  он   должен  летать   -       мышки   же  летают  ...
А  принцип   тот  же  ...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 30, 2020, 16:25:42
вещество индуктор здесь не подходит, ис3 экспрессирует цитт - экспрессор.Промотор здесь ни при чем,  Однако в результате дупликации одна из двух копий citT попала под управление промотора другого, соседнего гена (rnk). При помощи генно-инженерных экспериментов авторы показали, что промотор гена rnk обеспечивает работу контролируемого им гена в аэробных условиях.

как выключается цитт если нет цитрата?

Многие организмы (в первую очередь прокариоты) участвовали в горизонтальных переносах как "проточные" емкости. Если бы в процессе эволюции энтеробактерия Escherichia coli только приобретала, но не теряла гены, то размер ее генома должен был бы удвоится за 100 млн. лет с тех пор как произошла дивергенция с близкородственной бактерией Salmonella. Этот расчет сделан на основе применения метода "молекулярных часов". Но размер генома E.coli почти не изменился за это длительное время: геномный анализ выявил не только приобретение большого числа генов, но и отсутствие многих "старых" генов, обнаруживаемых у сальмонеллы. "Захваченные" гены могут сохраниться в геноме, но могут и подвергнуться элиминации или переносу в клетки другого организма.https://evolbiol.ru/shestakov.htm
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 30, 2020, 17:05:57
Что    за   экспрессор  ? 
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 30, 2020, 17:43:20
Почти все гены то экспрессированны то нет, процесс экспрессии начинается с промотора, но если ген не экспрессирован, то на операторе сидит репрессор и мрнк не может начать экспрессию. В данном случае у нас в качестве фактора экспрессии выступает ис3. ИС3 запускает экспрессию цитратного оперона. Но так как в статье указано, что фенотип цит+ был обратим, значит ис3 уходит обратно когда в среде появляется глюкоза..
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 30, 2020, 18:06:30
Вы     мне   сиквенс     покажите   этого  обратиомого  клона  ...  Тогда  поговорим.
И  точную  фразу  из   статьи,  где  говорится  о  том,  что  уже     клон    меняет  фенотип  при  глюкозе  в  среде.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 30, 2020, 18:28:24
E. coli Cit(+) mutants grew in clumps and in long incompletely divided chains, a phenotype that was reversible in rich media.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26833416/

ну и по теории мгэ прыгают туда обратно

Следовательно, можно считать, что МГЭ непосредственно участвуют в экспрессии генов, контролирующих признаки, вселекциииэволюции     http://www.bionet.nsc.ru/vogis/pict_pdf/2011/15_2/2.pdf
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 30, 2020, 20:52:05
И  вы    уверены,  что   reversible    относится  к cit+ -  а  не  к фенотипу  не   полностью  поделившихся  цепей.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 31, 2020, 10:22:32
а там что несколько новых видов было?

любой метаболический оперон включается и ВЫключается, по другому не бывает! еще в 82 году было написано что потребление цитрата с О2 связано с галопероном - естественно фенотит цит+ обратим.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 31, 2020, 10:36:07
Еще    раз  -   есть     конститутивно   экспрессирующиеся  гены.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 31, 2020, 10:48:29
метаболические опероны?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 31, 2020, 11:42:54
в 100 раз : опишите работу цитратного оперона как он включается и отключается!
тогда может быть сами поймете что цит+ обратим
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 31, 2020, 12:01:35
https://febs.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/1873-3468.12192
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от июля 31, 2020, 12:05:41
Он    может  быть  сколь   угодно  обратим  -   но в   среде  с  кислородом  никакая   его  обратимость     не  обеспечивает     высокий    уровень  экспрессии   транспортера.    В  результате  мутации    уровень  экспрессии в   среде  с   кислородом    вырастает     за  счет  появления  нового  не  регулируемого  кислородом  промотора.   И     если   цитрата  не   будет   -  то    транспортер   будет   синтезироваться и   аэробно,  и  анаэробно.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 31, 2020, 12:18:49
Цитата: Питер от июля 31, 2020, 12:05:41
Он    может  быть  сколь   угодно  обратим
правильно! ежу ясно что цит+ обратим.


 
Цитироватьне  регулируемого  кислородом  промотора.   И     если   цитрата  не   будет   -  то    транспортер   будет   синтезироваться и   аэробно,  и  анаэробно.
т.е. вы хотите сказать, что если весь цитратный оперон репрессирован и мрнк не может сесть на оперонный промотор , то цитт который в этот оперон входит будет все равно экспрессироваться?

пс. просьба не только ссылку но и актуальную цитату!
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от июля 31, 2020, 22:03:31
у бактерий оперонная система транскрипции, рнк-полимераза делает м-рнк с целого оперона.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 01, 2020, 11:44:05
Цитировать(https://elementy.ru/images/news/key_innovation_in_e.coli_fig2_600.gif)

Рис. 2. Тандемная дупликация, которая привела к появлению способности питаться цитратом у бактерий из популяции Ara-3. а — участок хромосомы предкового штамма, b — тот же участок после дупликации. Стрелками и петельками обозначены промоторы генов rna и rnk, обеспечивающие работу этих генов в аэробных условиях. В результате дупликации ген citT, кодирующий транспортер цитрата, оказался под управлением промотора гена rnk и стал экспрессироваться в присутствии кислорода. Рисунок из обсуждаемой статьи в Nature

попробуем разобраться
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 01, 2020, 12:05:39
имеется дупликация участка цитоперона: ---цитг-цитт-стопкодон-детерминатор-промотор-оператор-старткодон-рна-стопкодон-детерминатор-промотор-оператор-старткодон-рнк-стоткодон-детерминатор


прошла тандемная дуплекация, стало: цитг-цитт-стопкодон-детерминатор-промотор-оператор-старткодон-рна-стопкодон-детерминатор-промотор-оператор-старткодон-рнк цитг-цитт-стопкодон-детерминатор-промотор-оператор-старткодон-рна-стопкодон-детерминатор-промотор-оператор-старткодон-рнк(ген)-стопкодон-детерминатор  -стоткодон-детерминатор

так?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 01, 2020, 13:46:05
Главное     -  после  дупликации    перед  геном  сitT    появился    промотор.  Которого  до   дупликации  не   было.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 01, 2020, 15:42:00
можете новый ген описать по картинке: промотор-оператор-старт кодон-  ит.д..?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 01, 2020, 20:28:33
Два     промотора   -  перед  геном rna   и   перед   фрагментом citG.   И  опять  же  придумываете  термины   -   что  такое  оператор  ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 01, 2020, 22:22:04
а поподробней нельзя?

в цит+ нет генов цитГ и rnk?


Оператор — это последовательность нуклеотидов ДНК, с которой связывается регуляторный белок — репрессор или активатор[1]. Впервые оператор был описан в составе лактозного оперона E. coli как участок, перекрывающийся с промотором находящийся перед генами в составе оперона.

https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9E%D0%BF%D0%B5%D1%80%D0%B0%D1%82%D0%BE%D1%80_(%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%BB%D0%BE%D0%B3%D0%B8%D1%8F)
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 02, 2020, 07:59:45
Оператор (биология
Материал из Википедии — свободной энциклопедии
Перейти к навигацииПерейти к поиску
Dialog-information on.svg  Возможно, вы имели в виду страницу Оператор (биология).

Wiki letter w dashed.svg
В Википедии нет статьи с таким названием.

Вы можете:

найти упоминания данного названия;
найти страницы, которые ссылаются на это название;
найти соответствующие записи журналов.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 02, 2020, 09:37:51
https://en.wikipedia.org/wiki/Operon#Operator

вообще то это общеизвестный факт, не знать этого может только чел не знакомый с оперонной системой построения генома прокариот, почти все опероны имеют операторов, они включают или выключают экспрессию.

что там с генами  rna   и   citG, сможет клетка без них жить?



Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от августа 02, 2020, 09:45:21
И что, уважаемый vit?
Понятия "оперон" и "оператор" - также не укладываются в рамки господствующей синтетической парадигмы?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от августа 02, 2020, 09:48:44
Лично мне было бы интересно узнать, как случайное и не случайное взаимосвязаны в Ваших интерпретациях эволюционного процесса, я, пока, не смог этого понять?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 02, 2020, 09:52:22
Цитата: Evol от августа 02, 2020, 09:45:21
И что, уважаемый vit?
Понятия "оперон" и "оператор" - также не укладываются в рамки господствующей синтетической парадигмы?
к случайным точечным мутациям из эб оба нейтральны
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 02, 2020, 09:58:30
Цитата: Evol от августа 02, 2020, 09:48:44
как случайное и не случайное взаимосвязаны

по эб, не все изменения генома являются случайными
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 02, 2020, 10:02:25
(https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/2/22/Lac_Operon.svg/800px-Lac_Operon.svg.png)


1: RNA Polymerase, 2: Repressor, 3: Promoter, 4: Operator, 5: Lactose, 6: lacZ, 7: lacY, 8: lacA. Top: The gene is essentially turned off. There is no lactose to inhibit the repressor, so the repressor binds to the operator, which obstructs the RNA polymerase from binding to the promoter and making lactase. Bottom: The gene is turned on. Lactose is inhibiting the repressor, allowing the RNA polymerase to bind with the promoter, and express the genes, which synthesize lactase. Eventually, the lactase will digest all of the lactose, until there is none to bind to the repressor. The repressor will then bind to the operator, stopping the manufacture of lactase.

https://en.wikipedia.org/wiki/Operon#Operator

читайте "гены"! :D
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 02, 2020, 10:25:16
Сегодня есть другой термин. Более общий.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 02, 2020, 10:47:41
омазка принята!

так что там с цитг и геном рнк которые пострадали от дуплекиции?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 02, 2020, 12:10:01
Operator – a segment of DNA to which a repressor binds. It is classically defined in the lac operon as a segment between the promoter and the genes of the operon.[14] The main operator (O1) in the lac operon is located slightly downstream of the promoter; two additional operators, O1 and O3 are located at -82 and +412, respectively. In the case of a repressor, the repressor protein physically obstructs the RNA polymerase from transcribing the genes.

https://en.wikipedia.org/wiki/Operon#Operator

вот, в лак опероне целых 3 оператора, наверно на каждый ген свой...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 02, 2020, 13:33:27
Цитата: Evol от августа 02, 2020, 09:48:44
Лично мне было бы интересно узнать, как случайное и не случайное взаимосвязаны в Ваших интерпретациях эволюционного процесса, я, пока, не смог этого понять?


Другой вариант "эпигенетического" наследования приобретенных признаков основан на системах взаимной активации и инактивации генов. Допустим, ген А производит белок, одно из действий которого состоит в блокировании работы гена Б, а ген Б, в свою очередь, кодирует другой белок, способный "выключать" ген А. Такая система может находиться в одном из двух состояний: либо ген А работает, и тогда ген Б выключен, либо наоборот. Допустим, что переход системы из одного состояния в другое может происходить только в результате какого-то особенного внешнего воздействия, и случается такое редко. То состояние, в котором находится эта двухгенная система в клетках матери, будет через яйцеклетку передаваться ее потомству (поскольку сперматозоид содержит пренебрежимо малое количество белков). Если же в течение жизни матери система переключится в другое состояние, то этот приобретенный признак передастся потомству, родившемуся после "переключения". Опять получается наследование по Ламарку. См. об этом механизме ("двухоперонные триггеры") в статье В.А.Ратнера


http://www.evolbiol.ru/neolamarck.htm
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 02, 2020, 19:19:06
Осталось     только  понять,  как    быть с  передачей  правильного  сигнала  на  яйцеклетку. И   как   быть с  тем,  что     разные  ткани  посылают     разные   сигналы.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 02, 2020, 21:29:29
в 70ые годы появилась теория, что эволюция идет не из-за мутаций. Поэтому  вариант "эпигенетического" наследования приобретенных признаков был лучше теории нейтральных мутаций.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 03, 2020, 08:40:17
Ну   опять  тот    же  просьб.   КАК  ИДЕТ   ТРАНСГЕНЕРАЦИОННОЕ   ЭПИНАСЛЕДОВАНИЕ  У   ЖИВОТНЫХ  С  ПОЛОВЫМ  НАСЛЕДОВАНИЕМ ?
Ответа  на   аналогичный   вопрос  по  поводу  ГПГ  я  не   дождался,   попробуем   еще   раз.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 03, 2020, 08:41:23
И      еще  один  вопрос   -    чтобы      было  сразу  все   ясно.
Что вы  относите к   ЭПИГЕНЕТИКЕ  ?   По   пунктам.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 03, 2020, 09:43:27
Цитата: Питер от августа 03, 2020, 08:40:17
Ответа  на   аналогичный   вопрос  по  поводу  ГПГ  я  не   дождался,   попробуем   еще   раз.

Про гпг вопроса не помню, но думаю ссылка (https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%94%D1%80%D0%B5%D0%B9%D1%84_%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D0%BE%D0%B2) все прояснит и с гпг тоже:

Дрейф генов на примере

Механизм дрейфа генов может быть продемонстрирован на небольшом примере. Представим очень большую колонию бактерий, находящуюся изолированно в капле раствора. Бактерии генетически идентичны за исключением одного гена с двумя аллелями A и B. Аллель A присутствует у одной половины бактерий, аллель B — у другой. Поэтому частота аллелей A и B равна 1/2. A и B — нейтральные аллели, они не влияют на выживаемость или размножение бактерий. Таким образом, все бактерии в колонии имеют одинаковые шансы на выживание и размножение.

Затем размер капли уменьшаем таким образом, чтобы питания хватало лишь для 4 бактерий. Все остальные умирают без размножения. Среди четырёх выживших возможно 16 комбинаций для аллелей A и B:

(A-A-A-A), (B-A-A-A), (A-B-A-A), (B-B-A-A),
(A-A-B-A), (B-A-B-A), (A-B-B-A), (B-B-B-A),
(A-A-A-B), (B-A-A-B), (A-B-A-B), (B-B-A-B),
(A-A-B-B), (B-A-B-B), (A-B-B-B), (B-B-B-B).

Вероятность каждой из комбинаций

    1 2 ⋅ 1 2 ⋅ 1 2 ⋅ 1 2 = 1 16 {\displaystyle {\frac {1}{2}}\cdot {\frac {1}{2}}\cdot {\frac {1}{2}}\cdot {\frac {1}{2}}={\frac {1}{16}}} \frac{1}{2} \cdot \frac{1}{2} \cdot \frac{1}{2} \cdot \frac{1}{2} = \frac{1}{16}

где 1/2 (вероятность аллеля A или B для каждой выжившей бактерии) перемножается 4 раза (общий размер результирующей популяции выживших бактерий)

Если сгруппировать варианты по числу аллелей, то получится следующая таблица:
A    B    Количество вариантов    Вероятность
4    0    1    1/16
3    1    4    4/16
2    2    6    6/16
1    3    4    4/16
0    4    1    1/16

Как видно из таблицы, в шести вариантах из 16 в колонии будет одинаковое количество аллелей A и B. Вероятность такого события 6/16. Вероятность всех прочих вариантов, где количество аллелей A и B неодинаково несколько выше и составляет 10/16.

Дрейф генов происходит при изменении частот аллелей в популяции из-за случайных событий. В данном примере популяция бактерий сократилась до 4 выживших (эффект бутылочного горлышка). Сначала колония имела одинаковые частоты аллелей A и B, но шансы, что частоты изменятся (колония подвергнется дрейфу генов) выше, чем шансы на сохранение оригинальной частоты аллелей. Также существует высокая вероятность (2/16), что в результате дрейфа генов один аллель будет утрачен полностью.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 03, 2020, 09:46:11
Цитата: Питер от августа 03, 2020, 08:41:23
Что вы  относите к   ЭПИГЕНЕТИКЕ  ? 

не особо с ней знаком, это то , что если собаке купировать хвост, то и у щенков хвоста не будет?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от августа 03, 2020, 09:57:39
Это, уже, даже, не смешно.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 03, 2020, 10:00:09
что именно?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от августа 03, 2020, 10:03:31
А Вы как думаете?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 03, 2020, 10:08:31
 про аллели у бактерий
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от августа 03, 2020, 10:10:54
Подумайте, пожалуйста, еще.
Я не то имел в виду, прошу прощения.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 03, 2020, 10:30:11
При обсуждении наследования приобретенных характеристик по Ламарку часто упоминается эксперимент Августа Вейсмана. Например, в изложении доктора биологических наук Александра Маркова история звучит таким образом:

'В начале 20 века Август Вейсман стал проверять, наследуются ли признаки или нет, может ли взрослый организм влиять на наследственность своих потомков. Всем известны опыты с отрубанием хвостов. Если крысе отрубать хвосты в течение многих поколений, у нее бесхвостые крысята рождаться не начинают. ... И масса других было опытов. То есть в общем случае Ламарк был не прав, и все научное сообщество было неправо в начале 19 века, когда считало, что приобретенные признаки таким образом могут наследоваться. '

http://blog.rudnyi.ru/ru/2016/12/august-weismann-i-myshinnye-khvostiki.html

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 03, 2020, 10:45:41
хотя теоретически это возможно, если крысам отрезать хвост , то мутации в гене хвоста будут накапливаться без отбора и как результат, возможно через ряд поколений хвост измениться или пропадет как у бульдогов напр..
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 03, 2020, 11:25:56
1. Дрейф  генов   не  имееет  НИКАКОГО   отношения  к  ГПГ.  Как и  эффект  основателя.
2. "Ген  хвоста"    -   это   круто.
3.  Слово  "эпигенетика"      произнесли  вы.  Что   же   вы  так-то   словами  бросаетесь ? 
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 03, 2020, 11:41:04
Цитата: Питер от августа 03, 2020, 11:25:56
1. Дрейф  генов   не  имееет  НИКАКОГО   отношения  к  ГПГ.

а у бактерий?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 03, 2020, 11:51:59
Вы       даже в  вашем   объяснении   дрейфа   где-то     видели    хоть  слово  про  ГПГ  ?   Идет   сдвиг  частот     уже  имеющихся   мутаций.   Как   они  возникли   -   для   дрейфа   не  важно. 
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 03, 2020, 12:07:18
ЦитироватьДрейф генов на примере

Механизм дрейфа генов может быть продемонстрирован на небольшом примере. Представим очень большую колонию бактерий, находящуюся изолированно в капле раствора. Бактерии генетически идентичны за исключением одного гена с двумя аллелями A и B. Аллель A присутствует у одной половины бактерий, аллель B — у другой. Поэтому частота аллелей A и B равна 1/2. A и B — нейтральные аллели, они не влияют на выживаемость или размножение бактерий. Таким образом, все бактерии в колонии имеют одинаковые шансы на выживание и размножение.

Затем размер капли уменьшаем таким образом, чтобы питания хватало лишь для 4 бактерий. Все остальные умирают без размножения. Среди четырёх выживших возможно 16 комбинаций для аллелей A и B:

(A-A-A-A), (B-A-A-A), (A-B-A-A), (B-B-A-A),
(A-A-B-A), (B-A-B-A), (A-B-B-A), (B-B-B-A),
(A-A-A-B), (B-A-A-B), (A-B-A-B), (B-B-A-B),
(A-A-B-B), (B-A-B-B), (A-B-B-B), (B-B-B-B).

поведайте пож. как могла появиться напр.(A-B-B-A без гпг?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 03, 2020, 12:15:12
Я  за   вики  не  отвечаю.  И   слов  про  ГПГ все  равно  нет  -  это  ваши  мысли  о  том.  что  это  точно  ГПГ.
А  вот   простой    вопрос  есть.    Сколько   молекул  геномной (не  плазмидной)      кольцевой   ДНК     присутствует  в  одной   бактерии ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 03, 2020, 12:26:16

ежу ясно что одна и в вики чушь написана, но это не снимает вопроса про дрейф генов у бактерий или у них нет такого?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 03, 2020, 13:03:04
Есть.    Есть  популяция     бактерий.  Там  есть  ген  Х в  двух  вариантах  А и  Б.  Возьмем  100   клеток,  50   А и  50 Б.  Нарастим  до  1000   клеток.
В  идеале   должно   быть  500  на  500.  На   стохастика   -    будет    490   на   510.  Возьмем    отсюда    100   клеток  и    опять  же  стохастика    будет  на   49  на  51  -  а  40  на  60.   В  итоге   можем      через  N    шагов    прийти  к  двум  популяци ям  -  только с  А и  только с  Б.  Ну  или      берем  не  100   клеток  - а   одну.  И  будет  или  А,  или  Б.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 03, 2020, 13:17:19
Кстати, в обсуждавшейся в https://paleoforum.ru/index.php/topic,11539.0/topicseen.html статье, фактически, же было показано (на реально сменявшихся поколениях людей), что скорость мутаций в определённых участках мДНК может идти гораздо быстрее, чем в других.
  Это я к вопросу о возможности самонаправления эволюции путём изменения интенсивности мутаций в разных участках генома.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 03, 2020, 13:24:18
А    что,  мутации в  участках с  высокой   частотой  мутаций  ведут  в  нужную  сторону  ?  А  может  они  как   раз   ведут в  тупик  ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 03, 2020, 14:13:51
Цитата: Питер от августа 03, 2020, 13:24:18
А    что,  мутации в  участках с  высокой   частотой  мутаций  ведут  в  нужную  сторону  ?  А  может  они  как   раз   ведут в  тупик  ?
Верно: не обязательно. В нужную сторону может вести отбор между этими случайными мутациями.
  Самонаправленность эволюции, в этом варианте, состоит не в том, что организм (с высокой вероятностью) "знает" какие именно изменения генома приведут в нужную сторону, а в том в какой области генома эти изменения должны (наиболее вероятно) произойти. Увеличение интенсивности мутаций только в этой области, вместо того, чтобы теребанить весь геном, сильно повышает шансы на выживание. Т.к. вероятность негативных мутаций выше позитивных.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 03, 2020, 14:57:25
Цитата: Питер от августа 03, 2020, 13:03:04
И  будет  или  А,  или  Б.

там в статье про кроссинговер и что частота одних комбинаций аавв больше, чем других и из-за этого вероятность случайного выживания, у тех комбинаций, которых больше, выше.

Пример выбран ошибочный, у бактерий нет аавв или аааа или вввв или...., есть только а или в . Да и то под?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 03, 2020, 15:14:54
Опять    же   "знает".   Извините,  но    геном  не  маркирован       знаками  "нужно    для   жизни  на  цитрате"   и "нужно  на   жизни    на  целлобиозе".
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 03, 2020, 15:30:49
маркирован!
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 03, 2020, 16:00:43
пример как с хвостом: коля живет на глюкозе и любые мутации глюкозного оперона корректируются отбором, а лактозного  не корректируются, значит вероятность мутаций в лактозном опероне выше и возможно когда не будет глюкозы, а будет лактоза, то лакоперон не сможет работать.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 03, 2020, 16:17:47
Это   не   маркирование  ни  разу.    Вы  и  правда   считаете,  что  вероятность     мутаций  по  двум  разным  генам    зависит  от  среды  ?    Учтите   -     буквы     одинаковые.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 03, 2020, 16:28:52
это не я так считаю, так есть на самом деле. Вероятность мутаций конечно одинаковая, но в работающем гене они проходить дальше не будут, а в отключенном будут и сиквенс их покажет.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 03, 2020, 16:42:32
vit, всё-таки тот вариант, на котором Вы настаиваете - противоречит основному постулату СТЭ, если называть вещи своими именами (но я не говорю, что этот вариант - не верен).
  Можно, конечно, переопределить термин "мутация" так, чтобы мутации были случайными и не направленными, а не случайную составляющую мутаций "обозвать" не мутацией. Но только такое определение (переопределение) термина будет не соответствовать его смыслу в постулатах СТЭ.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 03, 2020, 17:06:32
Цитата: Alexeyy от августа 03, 2020, 16:42:32
основному постулату СТЭ
какому?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 03, 2020, 17:10:54
Если  вы      просто   будете   растить  клетки  на   богатой  среде  -  мутации      будут  по  всему  геному.   Если вы   включите  оганичивающие   условия  (цитрат)   -   то  увидите  их     только в  выживыших в   этих  условиях  клетках.   Создается   видимость  того,  что  мутирует  именно    гены,  связанные  с   цитратом.  Но   это  не  так   -   отбираются    именно   мутанты  по  этим  генам.
Посмотрите   Ленски   -     масса   других  мутаций  в  других      участках  генома  колей.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 03, 2020, 17:19:03
Цитата: Питер от августа 03, 2020, 17:10:54
мутации      будут  по  всему  геному. 
вы не поняли о чем речь, мутации в работающих генах не идут дальше и не накапливаются, т.к. мутанты не выживают, а мутации в НЕ работающих генах накапливаются, т.к. мутанты по напр. цитт в глюкозной среде выживают. Это как мутации в критических участках.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 03, 2020, 17:41:27
Цитата: vit от августа 03, 2020, 17:06:32
Цитата: Alexeyy от августа 03, 2020, 16:42:32
основному постулату СТЭ
какому?

О том, что мутации -  случайные и не направлены (случайно ненаправлены).
Точнее, не ему самому по себе, а в связки с тем, что СТЭ понимает под мутацией: мутации - это любые отличия генома потомка от генома родителя.
  Если это определение мутаций изменить, то, конечно, они по-прежнему могут оставаться случайными и не направленными ... Но такое изменение будет означать, что это уже будет не СТЭ, а что-то другое.
  Но я и не представляю себе (во всяком случае, в рассматриваемом выше примере коли), чтобы можно было жёстко отделить наследственное изменение генома на чисто случайное (ненаправленная случайность) и чисто направленное (детерминированное изменение).

А, вообще, если бы в рассматриваемом примере коли всё было бы, примерно, так как Вы говорите, то это было бы, по-моему, очень интересно: ещё один эпигенетический механизм наследственных изменений в ДНК. Причём имеющий адаптивный смысл.
 
Я что-то призабыл, известны ли другие эпигенетические механизмы, которые имеют адаптивный смысл? Т.е. такие наследственные изменения, которые происходят под действием каких-то изменений и которые увеличивают шансы на успех в условиях с этими изменениями?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 03, 2020, 17:49:54
В    случае  с   сitT   выжили  мутанты   в  генах    метаболизма  цитрата.  А  вот  мутанты  в  других  генах   -  нет.  И   более   того  -  если  дальше  играть с   цитратом   (например,  снижать  его  уровень в  среде)   -  выживут  опять  же  мутанты,    еще   лучше  утилизирующие   цитрат.
Мутации  -   это  постоянный   фон   жизни.  Равномерный  по  всему  геному.   Вот       лично у  вас   и у  меня   и   любого  другого   -  порядка   100      мутаций   de    novo.    Которые  герминативные  и  произошли  у  папы  с  мамой  в  герминативных  клетках.   
А  все   неравномерности   -  отбор.  Начиная  с   зиготы  ...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 03, 2020, 17:52:30
Цитата: Alexeyy от августа 03, 2020, 17:41:27Я что-то призабыл, известны ли другие эпигенетические механизмы, которые имеют адаптивный смысл? Т.е. такие наследственные изменения, которые происходят под действием каких-то изменений и которые увеличивают шансы на успех в условиях с этими изменениями?

Компот  из   эпигенетических  и  наследственных   изменений.  Что  вы  считаете   эпигенетикой  ? Это  принципиально  важно   -  иногда        под  этим  понимают  очень    странные    вещи.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 03, 2020, 18:07:55
Цитата: Питер от августа 03, 2020, 17:49:54
В    случае  с   сitT   выжили  мутанты   в  генах    метаболизма  цитрата.  А  вот  мутанты  в  других  генах   -  нет. 
это частный и спорный случай, тем более что в цитт и не было никакой мутации. Вы принцип о котором я толкую, никак понять не можете. Почему нет мутаций в критических зонах?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 03, 2020, 18:12:48
Цитата: Питер от августа 03, 2020, 17:52:30Компот  из   эпигенетических  и  наследственных   изменений.  Что  вы  считаете   эпигенетикой  ? Это  принципиально  важно   -  иногда        под  этим  понимают  очень    странные    вещи.

Я что-то замкнул (забыл смысл термина) и подразумевал под эпигенетикой совсем не то, что под ней понимается (наследственные изменения не связанные с ДНК).
 
  В общем, имел в виду известны ли такие наследственные изменения в ДНК, которые происходят под действием каких-то изменений в окружающей среде и которые увеличивают шансы на успех в условиях с этими изменениями?

Цитата: Питер от августа 03, 2020, 17:49:54Мутации  -   это  постоянный   фон   жизни.  Равномерный  по  всему  геному. 
А как же чуть выше приведенный пример по которому интенсивность мутаций гипервариабельных участков мДНК человека оказалась на порядок больше, чем по мДНК в целом?
  И это ведь как-то там смотрелось по близким родственникам. Т.е., по крайней мере, часть этой гипервариабельности нельзя списать просто на  то, что в остальном геноме мутации идут с той же интенсивностью, н просто не закрепляются.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 03, 2020, 18:13:20
Цитата: Alexeyy от августа 03, 2020, 17:41:27мутации - это любые отличия генома потомка от генома родителя.
в принципе согласен, но с этим нельзя работать, возникает вопрос: все ли эти отличия случайны?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 03, 2020, 18:21:32
Еще    раз.  Мутации       равномерны  по  геному. Все    что  мы    видим   -   продукт   двух  процессов,   мутагенеза  и  отбора.    Это  не  очень   хорошо  видно    на      колях   -   много  лучше  на   диплоидных  организмах.      лучше  всего   -  на  человеке,  очень  много  секвенированных  геномов.
Берем   любой  ген.   Смотрим  точковые   мутации  -    отличия  от   стандартного   генома.   Где  их   будет   больше  всего  ?      В  межгенных   зонах  и  длинных  интронах.  Где  меньше  всего  ?    в   экзонах.  Причем      самые    редкие   -  первые  и  вторые   положения    кодонов  и  сайты  сплайсинга.
Что,  так     мутагенез  идет  ?    Отличает  первый  и  третий  нуклеотиды    кодона ?    Отличает      два  аденина   -  один в   стартовом  метионине.  а  второй  - в   положении  - 1 ?   Нет  -        отбор.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от августа 03, 2020, 18:22:20
Цитата: vit от августа 03, 2020, 18:07:55Вы принцип о котором я толкую, никак понять не можете.

Разве это упущение оппонентов? Возможно, дело в той форме, которая используется Вами?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от августа 03, 2020, 18:24:05
Мне интересно - что должно стать результатом этой полемики?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 03, 2020, 18:24:32
Цитата: vit от августа 03, 2020, 18:13:20мутации - это любые отличия генома потомка от генома родителя.
в принципе согласен, но с этим нельзя работать, возникает вопрос: все ли эти отличия случайны?

Что    значит  "работать "  ?  Да  примите  как  данность   -  они     случайны.   А  дальше  правит  его  величество  отбор. 
Или  назовите  механизм,    по  которому    этот       аденин     будет   мутировать,  а  такой  же   аденин  в    другом  месте  генома  -  не     будет.   С  учетом  того,   что   этих   аденинов   -    четверть  генома.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 03, 2020, 18:29:22
Цитата: vit от августа 03, 2020, 18:13:20
Цитата: Alexeyy от августа 03, 2020, 17:41:27мутации - это любые отличия генома потомка от генома родителя.
в принципе согласен, но с этим нельзя работать, возникает вопрос: все ли эти отличия случайны?
Я думаю, что все случайны, но не все случайные и не направленные. Т.е. некоторые - направлены.
  Как, например, если бы мутагенез усиливался лишь в определенной области генома направленно - с целью улучшить приспосабливаемость (благодаря развитию, через мутагенез и отбор, имен определённого свойства, которое отражает этот участок генома) в ответ на определённые внешние изменения.

  А случайнонаправленных мутаций достоверно, наверно, и неизвестно (если оставить в стороне обсуждавшийся выше вопрос с коли)?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 03, 2020, 18:33:37
Цитата: Alexeyy от августа 03, 2020, 18:12:48В общем, имел в виду известны ли такие наследственные изменения в ДНК, которые происходят под действием каких-то изменений в окружающей среде и которые увеличивают шансы на успех в условиях с этими изменениями?

С  этим  к   Ламарку  и   адептам  эпигенетической  теории    эволюции.

,
Цитата: Alexeyy от августа 03, 2020, 18:12:48И это ведь как-то там смотрелось по близким родственникам. Т.е., по крайней мере, часть этой гипервариабельности нельзя списать просто на  то, что в остальном геноме мутации идут с той же интенсивностью, н просто не закрепляются.

Ну   да,   есть   отличия.  И      прицентромерная  и  теломерная   область       мутируют  (точковые  мутации)    скорее  всего      меньше,  чем   остальная  часть  хромоосом.   А  может  и  больше   -      мало  сиквенсов.    Не    в   этом  дело.   Вот   у  вас  есть  ген,   есть  критичные       для   его  функционирования   участки.   КАК   ВЫ  (ОРГАНИЗМ)   ВЫБЕРЕТЕ,  ЧТО  ИМЕННО   МУТИРОВАТЬ  -  ЧТОБЫ  ПОВЫСИТЬ   УРОВЕНЬ  АКТИВНОСТИ  ЭТОГО     БЕЛКА  ?   И  как    донесете  свою  светлую  мысль     до    сперматогенеза  или  оогенеза ?
В   пределах    гена  ничего    гипермутагенного  не   будет  (опять  же  точки   -   простые  повторы   выносим   за  скобки).
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 03, 2020, 18:35:05
Цитата: Alexeyy от августа 03, 2020, 18:29:22Я думаю, что все случайны, но не все случайные и не направленные. Т.е. некоторые - направлены.

все     случайны -  но  не  все   случайные.   
Вы   это,     закусывайте  ...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 03, 2020, 18:36:53
Цитата: Питер от августа 03, 2020, 18:21:32Еще    раз.  Мутации       равномерны  по  геному.
Ну как же? Пример же https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/9090380/ (рассматривавшийся в https://paleoforum.ru/index.php/topic,11539.0/topicseen.html ) разве не доказывает, что мутации в области D петли мДНК идут гораздо быстрее?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 03, 2020, 18:45:08
Вот у  вас  есть  митохондриальная   ДНК.    Которая  просто  забита   информацией   -     за  исключением     как   раз  D   петли.     У  вас  мутируют  два    нуклеотида   -    одини в      белок-кодирующем  гене,    другой  в  D   петле.   Какая  из  мутаций    будет  скорее    элиминирована   отбором   -   в   белок-кодирующем         гене  или  в   не   столь  важной  области   D    петли  ?     
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 03, 2020, 18:47:53
Цитата: Питер от августа 03, 2020, 18:35:05
Цитата: Alexeyy от августа 03, 2020, 18:29:22Я думаю, что все случайны, но не все случайные и не направленные. Т.е. некоторые - направлены.

все     случайны -  но  не  все   случайные.   
Вы   это,     закусывайте  ...

Читайте внимательнее: с одной стороны случайные, а с другой – случайные и ненаправленные (т.е. и то и другое - одновременно). Это не одно и то же: случайными могут быть случайно направленные мутации.  Случайно ненаправленные мутации – это понятие постулата СТЭ. В отличие от случайно ненаправленных, случайно направленные увеличивают вероятность появления адаптивного признака – адаптивного в ответ на внешние изменения, вызывающие эти мутации и адаптивного к этим измен6ениям. Образно говоря, случайно направленные мутации – это когда кубик выпадает не с вероятность 1/6 для каждой грани: для некоторых вероятности – другие. Но эти события – по прежнему – случайны. Т.к. каждое из них, при каждом бросании, может произойти, а может не произойти.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 03, 2020, 18:51:16
Цитата: Питер от августа 03, 2020, 18:45:08Вот у  вас  есть  митохондриальная   ДНК.    Которая  просто  забита   информацией   -     за  исключением     как   раз  D   петли.     У  вас  мутируют  два    нуклеотида   -    одини в      белок-кодирующем  гене,    другой  в  D   петле.   Какая  из  мутаций    будет  скорее    элиминирована   отбором   -   в   белок-кодирующем         гене  или  в   не   столь  важной  области   D    петли  ?     
В петле, конечно.
Но, на сколько понял статью, там не было время для отбора для того, чтобы какие-то мутации закрепились/не закрепились: там же, вроде, рассматривалось всего несколько поколений реально живших людей.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 03, 2020, 18:52:24
Опять  же  у  человека     статистически    больше  точковых  мутаций  недалеко  от  точек    разрыва   хромосом  при   кроссинговере.    Но  проблема в  том,  что   этих  точек   много    и  они  тоже   не  пришиты  к    к  определенным   участкам  генома.  И  опять     проблема  выбора   -  как  найти  нужную  точку  кроссинговера  и  там  мутировать  нужный  ген ? 
И  опять  же  понятно  -  почему   это  так.    При  кроссинговере  есть  точки  разрыва   хромосом  при  обмене  нитей.  Там  надо    достраивать   бреши.  лигировать   фрагменты   -   а  это  чревато  ошибками.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 03, 2020, 18:55:21
Цитата: Alexeyy от августа 03, 2020, 18:47:53Образно говоря, случайно направленные мутации – это когда кубик выпадает не с вероятность 1/6 для каждой грани: для некоторых вероятности – другие. Но эти события – по прежнему – случайны. Т.к. каждое из них, при каждом бросании, может произойти, а может не произойти.

Ну   расскажите  про  механизм   этого   сдвига   -  почему в  гене    Х    Аденин  в  позиции 100   мутирует     меньше.  чем  тот  же   А  в  позиции  101 ?  Или в  позиции 105 ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 03, 2020, 18:57:44
Цитата: Питер от августа 03, 2020, 18:33:37
Цитата: Alexeyy от августа 03, 2020, 18:12:48И это ведь как-то там смотрелось по близким родственникам. Т.е., по крайней мере, часть этой гипервариабельности нельзя списать просто на  то, что в остальном геноме мутации идут с той же интенсивностью, н просто не закрепляются.

Ну   да,   есть   отличия.  И      прицентромерная  и  теломерная   область       мутируют  (точковые  мутации)    скорее  всего      меньше,  чем   остальная  часть  хромоосом.   А  может  и  больше   -      мало  сиквенсов.   
Тогда Вы, по-моему, сами себе противоречите:
Цитата: Питер от августа 03, 2020, 18:21:32Мутации       равномерны  по  геному.


Цитата: Питер от августа 03, 2020, 18:33:37
Вот   у  вас  есть  ген,   есть  критичные       для   его  функционирования   участки.   КАК   ВЫ  (ОРГАНИЗМ)   ВЫБЕРЕТЕ,  ЧТО  ИМЕННО   МУТИРОВАТЬ  -  ЧТОБЫ  ПОВЫСИТЬ   УРОВЕНЬ  АКТИВНОСТИ  ЭТОГО     БЕЛКА  ?   И  как    донесете  свою  светлую  мысль     до    сперматогенеза  или  оогенеза ?
Предположительный механизм мы же выше уже обсуждали.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 03, 2020, 18:58:12
Цитата: Alexeyy от августа 03, 2020, 18:51:16В петле, конечно.
 Но, на сколько понял статью, там не было время для отбора для того, чтобы какие-то мутации закрепились/не закрепились: там же, вроде, рассматривалось всего несколько поколений реально живших людей.

Там    другая     ситуация   -   там    проходит   отбор      ВНУТРИ    пула  митохондриальной   ДНК   и   внутри   митохондрий.  Не    забывайте  - в  клетке    тысячи  митохондрий,  которые  постоянно      умирают  и  рождаются.  А в  каждой   -     не  одна  молекулая   ДНК.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 03, 2020, 19:02:06
Цитата: Питер от августа 03, 2020, 18:55:21
Цитата: Alexeyy от августа 03, 2020, 18:47:53Образно говоря, случайно направленные мутации – это когда кубик выпадает не с вероятность 1/6 для каждой грани: для некоторых вероятности – другие. Но эти события – по прежнему – случайны. Т.к. каждое из них, при каждом бросании, может произойти, а может не произойти.

Ну   расскажите  про  механизм   этого   сдвига   -  почему в  гене    Х    Аденин  в  позиции 100   мутирует     меньше.  чем  тот  же   А  в  позиции  101 ?  Или в  позиции 105 ?
Ну подобное выше же мы уже обсуждали в этой теме. Там я излагал свои предположения, вы давали возражения, я отвечал. Мне бы не хотелось начинать словно с чистого листа.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 03, 2020, 19:02:58
Я  не    видел    МЕХАНИЗМА.      Рассуждения  о  чем-то   ЭПИ-    не   механизм.      Даже   определения   что  такое   ЭПИ    я  так  и  не  увидел.  Например,    пул  клеточных  мРНК    -   это   ЭПИ-  и ли  не-ЭПИ  ?

Противоречия  ?   Ну   геном  не  равномерен    -  что  правда.    Но    возьмите   белок-кодирующие  гены   -  там  все   будет   более-менее  равномерно   (хотя      тоже  не  так   -     есть         разный   уровень  эухроматина\гетерохроматина). 
Но      вот  есть     КРИТИЧЕСКИ   важный    для   данных  условий  ген.  который  расположен    где-то в  геноме.  Как  система  найдет  его ?  Как  она  определит,  что  именно   этот  ген  критически  важен  и   как  она  поймет,  что    надо   сделать   с  геном  -  чтобы  выжить  ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 03, 2020, 19:05:08
Цитата: Питер от августа 03, 2020, 18:58:12
Цитата: Alexeyy от августа 03, 2020, 18:51:16В петле, конечно.
Но, на сколько понял статью, там не было время для отбора для того, чтобы какие-то мутации закрепились/не закрепились: там же, вроде, рассматривалось всего несколько поколений реально живших людей.

Там    другая     ситуация   -   там    проходит   отбор      ВНУТРИ    пула  митохондриальной   ДНК   и   внутри   митохондрий.  Не    забывайте  - в  клетке    тысячи  митохондрий,  которые  постоянно      умирают  и  рождаются.  А в  каждой   -     не  одна  молекулая   ДНК.
Да: это меняет дело.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 03, 2020, 19:08:20
А  придется   снова  и с  чистого.  Объясните  мне,  убогому  молекулярщику,  как     система   узнает,  что  именно  надо  мутировать в  герминативных  клетках.  Чтобы     было  хорошо      потомкам.   
Не   можете  ?     
Для  меня   все  просто  -   мутирует  все.   Все    совсем  плохие     мутации   -   уходят  быстро.    Все      хорошее - не очень  хорошее- не  очень   плохое   -    отбирается   не  сразу.   И  создает       ту   самую  палитру  изменчивости,  которую  мы   видим.  С  разными  вариантами   решения  одной  и  той  же  проблемы  выживания  особи  и  вида.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 03, 2020, 19:10:53
Цитата: Питер от августа 03, 2020, 19:02:58Я  не    видел    МЕХАНИЗМА.      Рассуждения  о  чем-то   ЭПИ-    не   механизм.      Даже   определения   что  такое   ЭПИ    я  так  и  не  увидел.  Например,    пул  клеточных  мРНК    -   это   ЭПИ-  и ли  не-ЭПИ  ?
А при чём тут "эпи". Кстати, определение "эпи" я дал. Но оно тут не при чём: гораздо выше мы рассуждали по поводу мобильных генетических элементов как элемента механизма повышенного случайнонаправленного мутирования. Забыли? И давайте оставим в покое определение "эпи", чтобы не заморачиваться: не в определении дело.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 03, 2020, 19:15:39
Цитата: Питер от августа 03, 2020, 19:08:20А  придется   снова  и с  чистого.  Объясните  мне,  убогому  молекулярщику,  как     система   узнает,  что  именно  надо  мутировать в  герминативных  клетках.  Чтобы     было  хорошо      потомкам.   Не   можете  ? 
Как мог я уже объяснил своё предположение, по-моему, подробно. Зачем повторять? У меня руки опускаются опять строчить, примерно, те же самые не малые тексты, когда они уже написаны.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Игорь Антонов от августа 03, 2020, 21:11:07
МОБИЛЬНЫЕ ЭЛЕМЕНТЫ И СТРЕСС (http://www.bionet.nsc.ru/vogis/pict_pdf/2008/t12_1_2/vogis_12_1_2_20.pdf)

На примере стрессового клеточного ответа у прокариот и эукариот обсуждена вероятность образования адресных адаптивных мутаций, генерируемых инсерциями МЭ в ответ на специфические стрессовые воздействия.

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 04, 2020, 00:41:46
О! ...
Понятно, что коль, как ответ на внешние шоковые воздействия, включаются разные генетические элементы, то и эти воздействия будут вызывать разную интенсивность мутирования в разных участках генома.
  Но, интересно, есть ли примеры, когда было подтверждено, что при этом частота мутирования усиливается именно в тех участках генома, в которых и (наиболее вероятно) и должны были бы произойти какие-то изменения для выработки адаптивной реакции на эти изменения?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Игорь Антонов от августа 04, 2020, 08:11:04
Цитата: Alexeyy от августа 04, 2020, 00:41:46есть ли примеры

В статье по ссылке выше:

Происходят ли адаптивные мутации у эукариот и обусловлено ли их появление МЭ? Недавнее исследование инсерций МЭ в проксимальный промотор гена теплового шока hsp70, проведенное в нескольких десятках природных популяций Drosophila melanogaster, показало, что 94% всех инсерций P-элемента и все (немногочисленные) инсерции других элементов (jockey и gypsy) в промоторные области генов приходились на hsp70. Учитывая тот факт, что у дрозофилы инсерции в области работающих генов вообще крайне редки, а также то, что экологической нише, которую занимают фруктовые мушки (гниющие фрукты), свойственна постоянная или периодическая гипертермия, первичным ответом организма на которую будет индукция шаперонов теплового шока, можно говорить о том, что в этом случае мутации, опосредованные МЭ, носят «направленный» характер.

При возникновении условий, в которых теломеры хромосом подвержены регулярным повреждениям, 30 % интеграций LINE-1-элементов приходятся на поврежденные участки (Ebina, Levin, 2007). Это означает, что регулируя активность МЭ посредством своих систем стрессового ответа, эукариотические клетки способны не просто вызывать «взрыв» мутабильности инсерциями МЭ, но могут «направлять» их на смягчение последствий стресса.

Открытие и описание в последние несколько лет механизма регуляции активности ретротранспозона дрожжей Ty5, способного направлять инсерции этого МЭ из гетерохроматина в области активно работающего эухроматина и вызывать мутации, которые могут иметь приспособительный характер в условиях дефицита питательных веществ (Dаi et al., 2007), лежат в том же русле исследований, что и вышеупомянутая работа Т. Morrish с соавторами по мобилизации «направленных» инсерций LINE-1-элемента. Это исследование особенно привлекает внимание тем, что помимо установления самого факта индукции адаптивных мутаций Ty5 ретротранспозоном в ответ на экологический фактор – дефицит аминокислот, азота или углерода в питательной среде – детально описывает молекулярный клеточный механизм, лежащий в основе этого явления.  Фосфорилирование всего одной аминокислоты S1095 в этом сайте, которое имеет место при росте клеток дрожжей в нормальных условиях, увеличивает связываемость TD интегразы с белковым фактором гетерохроматина Sir4p и направляет интеграционный комплекс в гетерохроматин.  Снижение уровня фосфорилирования TD в неблагоприятных условиях (дефицит нутриентов в питательной среде) немедленно перенаправляет инсерции Ty5 в активно работающие области эухроматиновых генов (Dаi et al., 2007).
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 04, 2020, 09:27:52
Даже так ...
После той статьи были открыты и какие-то другие аналогичные примеры?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 04, 2020, 09:29:52
Цитата: Alexeyy от августа 04, 2020, 00:41:46
  Но, интересно, есть ли примеры, когда было подтверждено, что при этом частота мутирования усиливается именно в тех участках генома, в которых и (наиболее вероятно) и должны были бы произойти какие-то изменения для выработки адаптивной реакции на эти изменения?

Using similar media, 46 independent citrate-utilizing mutants were isolated in as few as 12 to 100 generations.https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26833416/

в 46 опытах из 46 проведенных коли за от 12 делений научились доставлять цитрат в клетку
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 04, 2020, 09:47:08
Может быть, но само по себе это, по-моему, ещё не говорит о самонаправлении мутаций.
  Эффект самонаправления мутаций - это, по-моему, ещё очень яркая вещь, чтобы, обнаружив его, учёные, написавшие эту статью, ни слова не сказали о нём. Я не думаю, что они казались такими малограмотными, что не поняли то, что обнаружили.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 04, 2020, 10:16:21
Ну   цитировать  Захарова   -   так   цитировать.

Имеет ли индуцированное стрессом повышение мутабильности и, вследствие этого,
вариабельности случайный или «направленный» характер, иными словами, может ли
популяция, находящаяся под селективным отбором (стрессом), задействовать мутирование
именно тех генов, которые могли бы ослабить
это селективное давление? Последние 20 лет
исследований лабораторных и природных
популяций показывают, что появление таких
адаптивных мутаций, возможно, и раскрывает
многочисленные механизмы (более детально
изученные у бактерий и в меньшей степени – у
эукариот), приводящие к их возникновению.
Теоретически существуют только два механизма направленного появления мутаций – их
селективное возникновение или селективная
фиксация. Единственным примером селективного возникновения мутаций являются транскрипционно-индуцированные мутации в генах,
которые сами подвержены сильной индукции
некоторыми стрессовыми условиями (Foster,
2007). Следует отметить, что этот механизм
действительно иногда реализуется. С этим связывают феномен «транскрипционного стресса»,
который способен приводить к образованию
двойных разрывов ДНК и сопутствующих им
хромосомных перестановок в областях высокой транскрипционной активности (Hedges,
Deininger, 2007). Эти двойные разрывы, как
будет показано далее, могут служить сайтами
преимущественной инсерции для целого ряда
эукариотических ретротранспозонов, которые,
таким образом, встраиваются и изменяют экспрессию генов, активно транскрибирующихся
в определенных стрессовых условиях.
Селективная фиксация, напротив, может быть
постоянной характеристикой мутирования под
действием отбора, по крайней мере, у бактерий:
клетки под его давлением испытывают потенциально мутагенные изменения ДНК, однако
неприспособительные изменения репарируются
или «вычищаются» отбором. Но потенциально
полезные фенотипы начинают размножаться,
и если клетка не способна репарировать такую
премутацию, то та фиксируется. У бактерий, экологический «стиль» которых часто описывается
как «пир или голод», т. е. регулярно подверженных стрессу, таким способом спонтанно генерируются мутации в генах репарации, приводящие
к постоянному или стресс-индуцируемому мутантному фенотипу. Способность мутировать с
высокой частотой для организмов, живущих под
постоянным или регулярным давлением пищевого стресса, безусловно, является адаптивной.
Пока непонятно, впрочем, насколько часто такие
направленные мутации в генах репарации у бактерий обусловлены МЭ.

Теперь  по  трем   абзацам   цитат    от  Игоря  Антонова  (кстати,    добрый   день.   Рад  видеть)

1.    Первый  пример  - все-таки  направленные   мутации  или  отбор  ?   Почему-то у  других  видов  все  не  так.
Contrasting patterns of transposable element insertions in Drosophila heat-shock promoters
Robert A Haney 1, Martin E Feder
PMID: 20041194 PMCID: PMC2793543 DOI: 10.1371/journal.pone.0008486
Free PMC article
Abstract
The proximal promoter regions of heat-shock genes harbor a remarkable number of P transposable element (TE) insertions relative to both positive and negative control proximal promoter regions in natural populations of Drosophila melanogaster. We have screened the sequenced genomes of 12 species of Drosophila to test whether this pattern is unique to these populations. In the 12 species' genomes, transposable element insertions are no more abundant in promoter regions of single-copy heat-shock genes than in promoters with similar or dissimilar architecture. Also, insertions appear randomly distributed across the promoter region, whereas insertions clustered near the transcription start site in promoters of single-copy heat-shock genes in D. melanogaster natural populations. Hsp70 promoters exhibit more TE insertions per promoter than all other genesets in the 12 species, similarly to in natural populations of D. melanogaster. Insertions in the Hsp70 promoter region, however, cluster away from the transcription start site in the 12 species, but near it in natural populations of D. melanogaster. These results suggest that D. melanogaster heat-shock promoters are unique in terms of their interaction with transposable elements, and confirm that Hsp70 promoters are distinctive in TE insertions across Drosophila.

2.   Теломеры.  Если  30%    это  направленность     -  то    что  такое  70% ?  Причем  опять  же  не в   конкретное   место, а  в  теломеры    вообще  ?   В   ситуации.   когда  надо  любыми  силами    зашить  двухцепочечные   разрывы ?   

3.    Гетерохроматин.  Видимо,  такой   участок  в  геноме     один  ?    Или  если  гетеро-  и  эу   вообще   -    то   это    не  направленность.   Аналогично  с   активными  генами  -  их в  геноме  масса.  Как    выбрать  правильный  ?

Все   время  идет  путаница   -   мутации  или   мутации+отбор.   Смотрим,  видим    что   инсерции    Р   элемента в  промотор  гена Hsp70   является  частой -  все, направленные  мутации  (которые  у  Захарова в  кавычках).  Или    все-таки    отбор  -  только    те  остались    живы,   у   которых    произошла  инсерция ?

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 04, 2020, 10:26:41
Цитата: Alexeyy от августа 04, 2020, 09:47:08
Я не думаю, что они казались такими малограмотными, что не поняли то, что обнаружили.
это не они обнаружили, а McClintock, в 50е годы, а про колей была статья в 82м.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 04, 2020, 10:41:58
Есть     опять  же    МАЛЕНЬКАЯ    разница    между    активацией  мутагенеза   (любого) в   условиях  стресса    и   выбором   конкретных  точек   для  мутаций в  геноме.
Что    задает     напраление   -  "правильная" мутация    в      нужном  месте  или  отбор    случайных   мутаций ?

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 04, 2020, 10:49:48
это та же экспрессия гена, только в качестве индуктора выступает мгэ, в данном случае ис3.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 04, 2020, 10:53:36
Цитата: vit от августа 04, 2020, 10:26:41
Цитата: Alexeyy от августа 04, 2020, 09:47:08
Я не думаю, что они казались такими малограмотными, что не поняли то, что обнаружили.
это не они обнаружили, а McClintock, в 50е годы, а про колей была статья в 82м.
Не понял: я об обнаруженном в статье  которая обсуждалась почти всю эту тему (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26833416/). Про то, что авторы этой статьи там и слова не сказали самонаправление эволюции в том, что обнаружили и описали в этой статье.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 04, 2020, 10:58:30
они не знали, что Вам это понадобиться
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 04, 2020, 11:01:07
Цитата: Питер от августа 04, 2020, 10:41:58
"правильная" мутация    в      нужном  месте  или  отбор    случайных   мутаций ?

"правильная" мутация    в      нужном  месте  или  И отбор    случайных   мутаций ?!

отбор есть всегда! даже среди колей цит+.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 04, 2020, 11:10:41
О   да,    экспрессия.   У  вас в  геноме    10000   генов.   Надо   для   жизни в   новых   условиях     поднять  экспрессию  одного  из  них   за  счет   мобильного     элемента.  Два    варианта.
Первый   -  встраиваем     МЭ    куда  попало,    отбор  -    ура,   появился   вариант с  инсерцией  в  правильное  мес
Второй   -    сразу  встраиваем  в  правильный  ген.
Мой  выбор  - первый.  Ваш   -  ?

Нет,  я  ваш ответ  знаю,   опять    по  кругу.   
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 04, 2020, 11:24:03
ваш выбор не имеет смысла, у нас в наборе есть: транспозазы, рекомбиназы, разные мотивы для определения точного места вставки мгэ, результаты экспериментов с сиквенсами точных вставок мэк, нобелевские премии за это розданные, а вы все: встраиваем     МЭ    куда  попало!
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 04, 2020, 11:46:12
Еще    раз   -   в  геноме  есть    сотни  и  тысячи   мотивов    для  встраивания   МЭ.  Как    конкретный   МЭ    выбирает  один  мотив  из  тысячи  ?   
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 04, 2020, 11:47:57
Цитата: Alexeyy от августа 04, 2020, 10:53:36
авторы этой статьи там и слова не сказали самонаправление эволюции в том, что обнаружили и описали в этой статье.
в обеих обсуждаемых статьях есть ссылка на работу 82 года, где утверждается, что этот феномен связан с галопероном.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 04, 2020, 11:50:06
а как рнкполимераза выбирает нужный ген для транскрипции?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 04, 2020, 13:36:20
Цитата: Alexeyy от августа 04, 2020, 10:53:36
авторы этой статьи там и слова не сказали самонаправление эволюции

дело в том, что найти однозначный ответ на тот или иной вопрос, даже при его наличии вообще, не так то и просто. Ни один спец не обладает достаточно широким кругозором, что бы из всего огромного научного материала на разных языках, ответить на все вопросы.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Игорь Антонов от августа 04, 2020, 13:42:59
Цитата: Alexeyy от августа 04, 2020, 09:47:08Эффект самонаправления мутаций - это, по-моему, ещё очень яркая вещь, чтобы, обнаружив его, учёные, написавшие эту статью, ни слова не сказали о нём. Я не думаю, что они казались такими малограмотными, что не поняли то, что обнаружили.

Статья, которая была по ссылке - это обзор ряда работ.

Вот статья конкретно о направленных адаптивных мутациях:

Transposon-Mediated Adaptive and Directed Mutations and Their Potential Evolutionary Benefits  (https://www.karger.com/Article/Pdf/333108)



Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Игорь Антонов от августа 04, 2020, 13:57:19
И ещё работа по адаптивным мутациям:

Induced Mutations in Yeast Cell Populations Adapting to an Unforeseen Challenge (https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0111133)

Там по результатам исследования адаптивные мутации в гене GAL80 возникали при первых делениях параллельно в восьми из 192 колоний клеток.  При общем количестве зафиксированных мутаций менее чем одна на колонию.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 04, 2020, 15:09:23
фаворитом пока остается Хофвеген с к12, 46 цит+ в 46 опытах, первые мутанты в 12 делении
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 04, 2020, 15:37:20
The existence of directed mutations and the current understanding of stress-induced mutations are subjects of fierce debates [8], [9], [18], [19].
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0111133
Существование направленных мутаций и современное понимание вызванных стрессом мутаций являются предметом ожесточенных споров [8], [9], [18], [19].


:D
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 04, 2020, 16:46:22
Directed mutagenesis

Направленный мутагенез был вновь предложен в 1988 году [4] Джоном Кэрнсом, который изучал Escherichia coli, у которого отсутствовала способность метаболизировать лактозу. Он выращивал эти бактерии в среде, в которой лактоза была единственным источником энергии. При этом он обнаружил, что скорость, с которой бактерии развивают способность метаболизировать лактозу, была на много порядков выше, чем можно было бы ожидать, если бы мутации были действительно случайными. Это вдохновило его предположить, что произошедшие мутации были направлены на те гены, которые участвуют в утилизации лактозы. [5]

Позднее в поддержку этой гипотезы пришла Сьюзен Розенберг, затем из Университета Альберты, которая обнаружила, что фермент, участвующий в рекомбинационном восстановлении ДНК, recBCD, был необходим для направленного мутагенеза, наблюдаемого Кэрнсом и его коллегами в 1989 году. Гипотеза направленного мутагенеза была оспорена в 2002 году работа показала, что это явление было связано с общей гипермутабильностью, обусловленной амплификацией выбранного гена с последующим естественным отбором, и, таким образом, было стандартным дарвиновским процессом. [6] [7] Более поздние исследования 2007 года, однако, пришли к выводу, что амплификация не может объяснить адаптивную мутацию и что «мутанты, которые появляются в течение первых нескольких дней отбора лактозы, являются истинными ревертантами, которые возникают за один этап» [8].https://en.wikipedia.org/wiki/Directed_mutagenesis (https://en.wikipedia.org/wiki/Directed_mutagenesis)
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 04, 2020, 18:57:47
Цитата: vit от августа 04, 2020, 10:58:30
Цитата: Alexeyy от августа 04, 2020, 10:53:36
Цитата: vit от августа 04, 2020, 10:26:41
Цитата: Alexeyy от августа 04, 2020, 09:47:08
Я не думаю, что они казались такими малограмотными, что не поняли то, что обнаружили.
это не они обнаружили, а McClintock, в 50е годы, а про колей была статья в 82м.
Не понял: я об обнаруженном в статье  которая обсуждалась почти всю эту тему (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26833416/). Про то, что авторы этой статьи там и слова не сказали самонаправление эволюции в том, что обнаружили и описали в этой статье.
они не знали, что Вам это понадобиться
Нет... такое, по-моему, если знаешь - не пропустить, чтобы не отметить (имею в виду авторов обсуждаенмй статьи): утверждение то с привкусом сенсации... Такое, по-мему, не пропускают для того, чтобы заявить прямо ... Особенно на западе: это - и рейтинги и гранты ... и просто известнось ... Нет ... такое я не могу себе представить, чтобы авторы отказали бы себе в таком удовольствии... не может быть ...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 04, 2020, 19:32:49
1995 Jul 21;269(5222):285-8.
doi: 10.1126/science.7618089.
"Adaptive mutation": the debate goes on
R E Lenski, P D Sniegowski

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 04, 2020, 20:34:40
 We take this to mean that there is a statistical and/or causal independence between the probability of occurrence of a mutation and its fitness in a given environment. ...

Мы понимаем, что это означает, что существует статистическая и / или причинная независимость между вероятностью возникновения мутации и ее пригодностью в данной среде.

(e.g. Sniegowski and Lenski, 1995, p. 553)

https://www.researchgate.net/publication/234150681_Mutation_and_Adaptation_The_Directed_Mutation_Controversy_in_Evolutionary_Perspective
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 05, 2020, 09:32:40
Цитата: Игорь Антонов от августа 04, 2020, 13:42:59
Цитата: Alexeyy от августа 04, 2020, 09:47:08Эффект самонаправления мутаций - это, по-моему, ещё очень яркая вещь, чтобы, обнаружив его, учёные, написавшие эту статью, ни слова не сказали о нём. Я не думаю, что они казались такими малограмотными, что не поняли то, что обнаружили.
Статья, которая была по ссылке - это обзор ряда работ.

Вот статья конкретно о направленных адаптивных мутациях:
Transposon-Mediated Adaptive and Directed Mutations and Their Potential Evolutionary Benefits  (https://www.karger.com/Article/Pdf/333108)
О! ...
Но мне показалось очень странным, что в этой статье заявляется, что в ней впервые изложены факты по самонаправленным мутациям с помощью транспозона: "До недавнего времени не

рассматривалась возможность того, что транспозоны способны вызывать направленную мутацию. Наша работа, кратко изложенная ниже, предоставляет первый задокументированный пример направленной мутации, в которой механизм, ответственный за регуляцию скорости мутаций, в значительной степени выяснен [Zhang and Saier, 2009a, b]".
  Поскольку в упомянутой Вами более ранней статье (Чересиз С. В. и др. 2008) тоже говорится о таких фактах (самонаправления мутаций с помощью транспозонов).

П.С.: кому интересно, в прицепе – перевод статьи Гуглом.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 05, 2020, 10:43:34
Цитироватьфакты по самонаправленным мутациям
сейчас пользуются термином Adaptive mutation адаптивная мутация, т.е. не самонаправленна, а направленная средой обитания, самонаправленна это если коля захотела не мутировать цитоперон в среде с только цитратом и он не мутируется.

По СТЭ существует статистическая и / или причинная независимость между вероятностью возникновения мутации и ее пригодностью в данной среде.

А при адаптивной мутации  существует статистическая и / или причинная зависимость между вероятностью возникновения мутации и ее пригодностью в данной среде. Как в опытах Лански и мн. др..

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 05, 2020, 11:31:49
Цитата: vit от августа 04, 2020, 15:09:23
Цитата: Игорь Антонов от августа 04, 2020, 13:57:19
И ещё работа по адаптивным мутациям:

Induced Mutations in Yeast Cell Populations Adapting to an Unforeseen Challenge (https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0111133)

Там по результатам исследования адаптивные мутации в гене GAL80 возникали при первых делениях параллельно в восьми из 192 колоний клеток.  При общем количестве зафиксированных мутаций менее чем одна на колонию.
фаворитом пока остается Хофвеген с к12, 46 цит+ в 46 опытах, первые мутанты в 12 делении

Но в "Induced Mutations in Yeast Cell Populations Adapting to an Unforeseen Challenge" адаптивные мутации могли возникать вобще после первого деленияя...

Кому интересно, прицепляю перевод статьи Гуглом.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 05, 2020, 11:48:02
 можете, пож., основные моменты скопировать?

Цитироватьадаптивные мутации могли возникать вобще после первого деления

Многие исследователи отмечают этот феномен, но пока он не признается официозом.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Игорь Антонов от августа 05, 2020, 12:00:43
Цитата: Alexeyy от августа 05, 2020, 11:31:49адаптивные мутации могли возникать вобще после первого деленияя...

Там ешё другое важно - что там, как  и в ряде других экспериментов, в ряде колоний адаптивная, наследуемая комплексная перестройка регуляции в клетках происходила вообще без мутаций. То есть, это аргумент, и весомый против, геномного детерминизма в отношении изменчивости, на котором зиждется СТЭ.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 05, 2020, 12:16:08
https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.2001333

Environmental change drives accelerated adaptation through stimulated copy number variation

Изменение окружающей среды способствует ускоренной адаптации за счет стимулированного изменения числа копий

Мы показываем, что клетки дрожжей, подвергшиеся воздействию меди, стимулируют усиление числа копий гена устойчивости к меди CUP1, приводя к быстрому появлению адаптированных клонов, и что эта стимуляция зависит от высоко регулируемого ацетилирования лизина гистона H3 56. Стимулированное изменение числа копий (CNV ) работает на сайтах существовавших ранее вариаций числа копий, которые распространены в эукариотических геномах, и предоставляет клеткам замечательную и неожиданную способность изменять свой собственный геном в ответ на окружающую среду.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 05, 2020, 12:22:48
Цитата: Игорь Антонов от августа 05, 2020, 12:00:43
происходила вообще без мутаций
экспрессия генов без мутации, мутацией не считается, как напр. включение лактозного оперона, а вот неоднократные вставки МЭ таких как ис3 в опытах Лански в нужное место и в нужное время, соответствует адаптивной  мутации
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 05, 2020, 12:40:34
Цитата: Игорь Антонов от августа 05, 2020, 12:00:43Там ешё другое важно - что там, как  и в ряде других экспериментов, в ряде колоний адаптивная, наследуемая комплексная перестройка регуляции в клетках происходила вообще без мутаций. То есть, это аргумент, и весомый против, геномного детерминизма в отношении изменчивости, на котором зиждется СТЭ.

О  да.  80% генома  при 5  ридах.

The analysis of the sequencing results was limited to adapted strains that had genome coverage greater than five reads per base in 80% or more of their nuclear genome.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 05, 2020, 12:49:18
Цитата: Питер от августа 05, 2020, 12:40:34

80% генома

in 80% or more

https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.2001333
упоминается SSM как механизм амплификации при специфичном воздействии на промотор
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 05, 2020, 14:19:50
Цитата: vit от августа 04, 2020, 20:34:40
We take this to mean that there is a statistical and/or causal independence between the probability of occurrence of a mutation and its fitness in a given environment. ...

Мы понимаем, что это означает, что существует статистическая и / или причинная независимость между вероятностью возникновения мутации и ее пригодностью в данной среде.

(e.g. Sniegowski and Lenski, 1995, p. 553)

https://www.researchgate.net/publication/234150681_Mutation_and_Adaptation_The_Directed_Mutation_Controversy_in_Evolutionary_Perspective

Мне там очень понравилось во введении утверждение о том, что направленные мутации не противоречат дарвиновскому механизму эволюции путём естественного отбора между случайными вариациями (похоже, имеется в виду отбор между случайно ненаправленными вариациями):

"Аннотация
Центральный постулат эволюционной теории состоит в том, что мутация случайна в отношении ее адаптивных последствий для отдельных организмов; то есть производство вариации предшествует адаптации и не вызывает ее. Несколько недавних экспериментальных отчетов поставили под сомнение этот принцип, предположив, что бактерии (и дрожжи) «могут иметь механизмы для выбора, какие мутации произойдут» (6, с. 142). Явление неслучайной мутации, заявленное в этих экспериментах, изначально называлось «направленной мутацией», но за свою короткую и противоречивую историю претерпело несколько изменений в названии. Гипотеза направленной мутации не оправдала себя; многие примеры явно направленной мутации были отвергнуты в пользу более традиционных объяснений, и появилось несколько обзоров, ставящих под сомнение обоснованность направленной мутации (53, 54, 59-61, 79, 80). Тем не менее, направленная мутация недавно была реинкарнирована под сбивающим с толку ярлыком «адаптивная мутация» (5, 23, 24, 27, 35, 74). Здесь мы обсуждаем многие экспериментальные и концептуальные проблемы с направленной / адаптивной мутацией и утверждаем, что наиболее правдоподобные молекулярные модели, предложенные для объяснения «адаптивной мутации», полностью согласуются с современной дарвиновской концепцией адаптации путем естественного отбора к случайно возникающим вариациям. В заключительном разделе статьи мы обсуждаем важность информированного эволюционного подхода в изучении потенциального адаптивного значения мутационных явлений. Знания о молекулярных основах мутации быстро растут, но строгое понимание эволюции отстает. Мы отмечаем, что приписывание адаптивного значения мутационным явлениям (например, «адаптивная мутация») сопряжено с некоторыми из тех же трудностей, что и приписывание адаптивного значения свойствам целых организмов (29). Мы рассматриваем некоторые примеры мутационных явлений вместе с возможными адаптивными и неадаптивными объяснениями." (статья качается п ссылке: https://www.semanticscholar.org/paper/Mutation-and-Adaptation%3A-The-Directed-Mutation-in-Sniegowski-Lenski/ca9168e8c2f08bcc12e75a3163a7f86f31eb1cb1 ).
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 05, 2020, 14:52:56
Цитата: Alexeyy от августа 05, 2020, 14:19:50

Мне там очень понравилось во введении утверждение о том, что направленные мутации не противоречат дарвиновскому механизму эволюции
Если эти механизмы возникли по дарвиновскому механизму эволюции, то конечно НЕ противоречат. Да и эксперименты Лански это подтверждают.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 05, 2020, 15:14:01
Они не только по дарвиновскому механизму эволюции возникли, но и могут его использовать и в процессе своей непосредственной реализации. Потому, что этот механизм выдаёт результат не со 100% - вероятностью: есть какие-то ненаправленно случайные отклонения от него. И, поэтому, дальнейший отбор выбирает между этими отклонениями лучшее. Это - и есть выбор между случайными вариациями дарвиновского механизма.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 05, 2020, 15:32:29
Результаты экспериментов показывают, что есть несколько механизмов изменения генома для экспрессии нужного гена : дуплекации и вставки МЭ, как это происходит поэтапно не всегда понятно, но есть ученые которые этим занимаются.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 05, 2020, 16:49:36
Жили-были     организмы  одного    вида  в    прекрасной   среде  обитания,  и все  там    было  хорошо.  Но    вот    кто-то   в   эту   среду      обитания   добавил      новую  очень     энергетически      выгодную   еду. Или    она  там всегда   была   -  но  есть ее  не  умели.
  И   появились    среди  организмов   выродки,   которые   научились    эту    еду   есть  и  толстеть-богатеть-размножаться.   И       инопланетяне      нашли  у  них  МУТАЦИЮ,   в  результате   которой   удалось   эту   еду  есть.

Она   НАПРАВЛЕНА   на  поедание   этой   еды ?   Да  -   потому  как  только   с  ней  ее  можно    есть.  То  есть  она    НАПРАВЛЕННАЯ.
Но    вот является   ли  она     кем-то  или  чем-то   НАПРАВЛЕННОЙ    или   просто     повезло  -   кубик  мутационный   кидали   и  выпало  21 ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 05, 2020, 17:23:42
Ученые люди подневольные, про опероны и МЭ тоже боялись раньше хорошо  говорить, а теперь осмелели.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 05, 2020, 17:52:12
Ба́рбара Мак-Кли́нток (англ. Barbara McClintock; 16 июня 1902, Хартфорд, Коннектикут — 2 сентября 1992, Хантингтон, Нью-Йорк) — американский учёный-цитогенетик, лауреат Нобелевской премии по физиологии и медицине[5]

Спустя годы я обнаружила, что сложно, если не невозможно, донести до сознания другого человека сущность его предположений, в то время как я пришла к ним опытным путём. Это стало мне мучительно очевидно в 1950-х годах, когда я пыталась убедить генетиков в том, что работа генов может и должна контролироваться. Сейчас так же тяжело осознавать предубеждённость многих насчёт природы контролирующих элементов кукурузы и их работы. Приходится выжидать, пока сменится общее представление.

https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9C%D0%B0%D0%BA-%D0%9A%D0%BB%D0%B8%D0%BD%D1%82%D0%BE%D0%BA,_%D0%91%D0%B0%D1%80%D0%B1%D0%B0%D1%80%D0%B0
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 05, 2020, 18:17:06
И   кто  же  меня  неволит ? И    опять  же   (в  отличие  от Вас)    я  как  раз  много  чего  ручками      успел  понаделать.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 05, 2020, 18:39:03
Ну   и  по  сути.     ОК,   я   согласен   -  мутации    НАПРАВЛЕНЫ.  Расскажите        дураку,  как       клетка     находит  место   мутации.   И  как     она   выбирает,  какая  мутация   правильная.   
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 05, 2020, 19:02:38
Цитата: Питер от августа 05, 2020, 18:17:06
    я  как  раз  много  чего  ручками      успел  понаделать.
а надо головой! :D
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 05, 2020, 19:08:57
Цитата: Питер от августа 05, 2020, 18:39:03
  Расскажите        дураку,  как       клетка     находит  место   мутации.   И  как     она   выбирает,  какая  мутация   правильная.

Геномные перестройки, индуцируемые МГЭ, не являются хаотичными. Например, многие транспозоны способны встраиваться не в любое место генома, а только туда, где есть определенная последовательность нуклеотидов; распределение повторов по геному повышает вероятность не любых, а строго определенных перестроек и т. д. Кроме того, активность МГЭ может зависеть от различных факторов (например, она может повышаться при стрессе). Всё это придает эволюционным изменениям, происходящим при участии МГЭ, не совсем случайный характер.

https://elementy.ru/novosti_nauki/430512/U_mlekopitayushchikh_naydena_sistema_upravleniya_mobilnymi_geneticheskimi_elementami
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 05, 2020, 19:38:04
 Пожалуй, единственный обоснованный вывод, который можно сделать, состоит в том, что поведение МГЭ не является бесконтрольным, что клетка имеет реальную возможность влиять на их деятельность. Учитывая, что МГЭ играют важнейшую роль в эволюции организмов и даже могут придавать ей отчасти направленный характер, нельзя ли допустить, что организмы таким образом способны активно регулировать собственную эволюцию? Такая постановка вопроса еще недавно считалась совершенно крамольной и недопустимой. Сегодня, пожалуй, уже можно в порядке обсуждения что-подобное высказать, не рискуя сразу же оказаться за рамками «серьезной науки».

https://elementy.ru/novosti_nauki/430512/U_mlekopitayushchikh_naydena_sistema_upravleniya_mobilnymi_geneticheskimi_elementami

что мы и наблюдаем в опытах Лански со вставкой ис3
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Игорь Антонов от августа 05, 2020, 21:33:13
James A. Shapiro

Read–Write Genome Evolution as an Active Biological Process (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4929541/)

Rather than viewing genome evolution as a happenstance series of copying errors, we are now in a position to study it as a complex biological process of active self-modification.

Вместо того чтобы рассматривать эволюцию генома как случайную серию ошибок копирования, мы теперь в состоянии изучать ее как сложный биологический процесс активной самомодификации.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Игорь Антонов от августа 05, 2020, 22:23:19
Erez Braun

The unforeseen challenge: from genotype-to-phenotype in cell populations (https://www.academia.edu/11132539/The_unforeseen_challenge_from_genotype_to_phenotype_in_cell_populations)

Of particular importance here, is our finding that adaptation of cell-state organization is essentially an efficient exploratory dynamical process rather than one founded on random mutations.

Особенно важно то, что мы пришли к выводу, что адаптация клеточной организации является, по сути, эффективным исследовательским динамическим процессом, а не процессом, основанным на случайных мутациях.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 06, 2020, 08:28:20
Цитата: Игорь Антонов от августа 05, 2020, 21:33:13
James A. Shapiro

Read–Write Genome Evolution as an Active Biological Process (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4929541/)

Rather than viewing genome evolution as a happenstance series of copying errors, we are now in a position to study it as a complex biological process of active self-modification.

Вместо того чтобы рассматривать эволюцию генома как случайную серию ошибок копирования, мы теперь в состоянии изучать ее как сложный биологический процесс активной самомодификации.
Да... глубокое обобщение ...
Кому интересно – прикрепляю гугловский перевод этой статьи.

Мне там, в частности, понравилось про способ создания новых белков – путём перетасовки уже имеющихся компонент (экзонов). Мне это очень напоминает явление блочной структуру возникновения многих фенотипичных признаков словно природа перебирает все подряд всевозможные варианты сочетания определённых признаков.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 06, 2020, 09:32:23
дело в оперонной организации генома прокариот

с 17"20



Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 06, 2020, 11:47:52
Цитата: Питер от августа 05, 2020, 18:17:06
И   кто  же  меня  неволит ?
Центральная догма молекулярной биологии (https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A6%D0%B5%D0%BD%D1%82%D1%80%D0%B0%D0%BB%D1%8C%D0%BD%D0%B0%D1%8F_%D0%B4%D0%BE%D0%B3%D0%BC%D0%B0_%D0%BC%D0%BE%D0%BB%D0%B5%D0%BA%D1%83%D0%BB%D1%8F%D1%80%D0%BD%D0%BE%D0%B9_%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%BB%D0%BE%D0%B3%D0%B8%D0%B8)
Центральная догма молекулярной биологии — обобщающее наблюдаемое в природе правило реализации генетической информации: информация передаётся от нуклеиновых кислот к белку, но не в обратном направлении. Правило было сформулировано Френсисом Криком в 1958 году[1] и приведено в соответствие с накопившимися к тому времени данными в 1970 году[2]. Переход генетической информации последовательно от ДНК к РНК и затем от РНК к белку является универсальным для всех без исключения клеточных организмов, лежит в основе биосинтеза макромолекул. Репликации генома соответствует информационный переход ДНК → ДНК. В природе встречаются также переходы РНК → РНК и РНК → ДНК (например у некоторых вирусов), а также изменение конформации белков, передаваемое от молекулы к молекуле.



давно устарела: гпг+ретровирусы и др..
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 06, 2020, 14:57:43
Vit,  а   что,  при  ГПГ  информация  передается  с  БЕЛКА    на   ДНК  ?

И  по  поводу  двух   статей   выше.  Да,   в  геноме    есть  много    элементов.  которые   тасуются.   Каждое  тасование   -   это  мутация.   И   вопрос,  который  не    обсуждается    в   этих   статьях    -  НАПРАВЛЕННОЕ    тасование   (перенос     экзона  от  белка  А   в   белок   Б с  образованием  нового  белка  С   с   необходимыми  в  данных   условиях   свойствами)   или  отбор         из   РАЗНЫХ   вариантов,  полученных  при   тасовании  ?    И      да   -   у  каждого  мобильного   элемента  и  повтора   есть  свои  излюбленные  сайты  интеграции.  Но  таких  сайтов  в  геноме  не   один  и  не  два   -  а  сотни  и  тысячи.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 06, 2020, 16:01:47
Цитата: Питер от августа 06, 2020, 14:57:43
Vit,  а   что,  при  ГПГ  информация  передается  с  БЕЛКА    на   ДНК  ?
ферменты-белки встраивают днк в днк

   
Цитироватьвопрос,  который  не    обсуждается    в   этих   статьях    -  НАПРАВЛЕННОЕ    тасование   
есть факт направленного встраивания, а механизм действительно не обсуждается, это и называется современным консенсом.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 06, 2020, 17:07:21
Цитата: Питер от августа 06, 2020, 14:57:43
отбор         из   РАЗНЫХ   вариантов,  полученных  при   тасовании  ?   
в этом нет смысла, польза менее вероятна чем вред. Кстати о случайном встраивании в статьях тоже не указывается-механизм не упоминается. Есть версия, что мэ это паразиты, которые заинтересованы в благоденствии клетки-хозяина, поэтому в критические моменты они помогают выжить. Вариантов найти нужный ген, который нуждается в экспрессии для выживания, много. Например: есть репрессированный оператор цитоперона при О2, получается рнк-полимераза  не может сесть на промотор, а оператор самого цитт индуцирован цитратом, его рнк-полимераза может начать транскрипцию, получается активность вхолостую рнк-полимераз возле цитт - ген известен. Может быть он метилируется в таком состоянии. Вариантов много.

пример № 2, но не в нашем случае. а если нужна амплификация и ген уже экспрессируется, но нужно больше продукта, на экспрессированном гене сидят рнкполимеразы и мешают днкполимеразе реплицировать днк - конечно возможны ошибки репликации.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 06, 2020, 17:39:17
Цитата: vit от августа 06, 2020, 16:01:47Vit,  а   что,  при  ГПГ  информация  передается  с  БЕЛКА    на   ДНК  ?
ферменты-белки встраивают днк в днк

Cмешно.   Такая  трактовка   догмы  -  два   бала  на   экзамене  с  гарантией.

Цитата: vit от августа 06, 2020, 17:07:21Например: есть репрессированный оператор цитоперона при О2, получается рнк-полимераза  не может сесть на промотор, а оператор самого цитт индуцирован цитратом, его рнк-полимераза может начать транскрипцию, получается активность вхолостую рнк-полимераз возле цитт - ген известен. Может быть он метилируется в таком состоянии. Вариантов много.

Одномоментно в   клетке   масса   репрессоров  и   масса  активно   транскрибируемых  генов.   Но   встраивается  именно в  нужное  место ?
А   метилирование   это  вообще   фишка    -  чуть  что,  сразу   метилирование.
Ну    напишите  вариант  УНИКАЛЬНЫЙ    для        данной  мишени.
Я  не  против  того,  что в   условиях      стресса     в     бактериях   активируются  в  том  числе       мутационные  процессы   -  самые   разные.    Это  повышает  вероятность   мутирования   в  целом   -  и в  том  числе     правильного  мутирования.     В  популяции    важно  выживание  вида   -  и   отдельная   клетка      ничто.  Повысим в  разы   частоту  мутирования   -   подавляющая   часть  клеток   умрет,  но   некоторые   выживут.   Не  работает     стратегия -    стресс,      затихаем  и  ждем  пока  все   кончится.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 06, 2020, 17:59:56
Цитата: Питер от августа 06, 2020, 17:39:17
два   бала  на   экзамене  с гарантией.

наверно за МЭ до сих пор ретрограды бананы раздают, а так все правильно белок меняет днк


ЦитироватьНо   встраивается  именно в  нужное  место ? 

встраиваются же!? Как? - ученые этим пока не занимаются, но вопрос важный и точные  ответы наверно найдутся.

Но сам механизм не суть важен, есть закономерность точного встраивания с экспрессией гена нужного для выживания.

Увеличение случайного мутирования по всему геному принесет больше вреда, чем пользы.
Цитировать
Одномоментно в   клетке   масса   репрессоров  и   масса  активно   транскрибируемых  генов.
это не мешает включению лакоперона, здесь то же самое но с ис3

Точный механизм пронаблюдать не удастся, появятся гипотезы, теории - если их примут - будет и механизм.


Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 06, 2020, 18:18:39
Цитата: Игорь Антонов от августа 05, 2020, 22:23:19
Erez Braun

The unforeseen challenge: from genotype-to-phenotype in cell populations (https://www.academia.edu/11132539/The_unforeseen_challenge_from_genotype_to_phenotype_in_cell_populations)

Of particular importance here, is our finding that adaptation of cell-state organization is essentially an efficient exploratory dynamical process rather than one founded on random mutations.

Особенно важно то, что мы пришли к выводу, что адаптация клеточной организации является, по сути, эффективным исследовательским динамическим процессом, а не процессом, основанным на случайных мутациях.
Без ненаправленной случайности (в частности, ненаправленно случайных мутаций) этот процесс (самонаправления эволюции) не только бы не мог возникнуть, но, вообще говоря, и не мог бы развиваться (эволюционировать/реализовываться) раз возникнув.

По-моему, в статье (при всём её новаторстве) при интерпретации просто идёт подгонка под заранее желаемую философию неодуализма (цитата оттуда):
«Что такое жизнь на самом деле? Это было существование чего... Это не было материей, это не был дух. Это было что-то среднее между ними»

В прицепе – варианты перевода статьи и сама статья.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 06, 2020, 18:33:09
Цитата: Питер от августа 06, 2020, 17:39:17
  Но   встраивается  именно в  нужное  место ?

Вы наверно знаете, цитт он не совсем репрессирован с  о2, белок транспортер цитрата dctA всегда немного продуцируется, и он сам же,белок, является репрессором, сидит на операторе цитт, и если есть цитрат то его доставляет, уходя с оператора - вот цитт и возбуждается - все почти как у лакоперона.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 06, 2020, 18:39:14
Конкретной   клетке  - нет.    Популяции  и  виду  -     да.

Цитата: vit от августа 06, 2020, 17:59:56наверно за МЭ до сих пор ретрограды бананы раздают, а так все правильно белок меняет днк

Ну  так    приведите  пример,  как       первичная   структура   белка    была   конвертирована    или в   структуру    ДНК   напрямую,  или  через  РНК. Обратная   транскрипция   есть  (хотя   зверь  редкий)   -     строим  на  РНК   ее   ДНК   копию.   А  вот  обратной   трансляции  -  построение     по    первичной   структуре   белка    мРНК    -   нет.   Так   что   банан   вам  ...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 06, 2020, 18:43:04
Цитата: vit от августа 06, 2020, 18:33:09Вы наверно знаете, цитт он не совсем репрессирован с  о2, белок транспортер цитрата dctA всегда немного продуцируется, и он сам же,белок, является репрессором, сидит на операторе цитт, и если есть цитрат то его доставляет, уходя с оператора - вот цитт и возбуждается - все почти как у лакоперона.

Регуляция  -  не  мутация. 
И     опять  же   -  в  клетке  масса   генов  с  разным  уровнем     транскрипции,   вам  нужно   усилить  транскрипцию  одного  из  них. Путем  встройки   МЭ.   КАК  ВЫБРАТЬ  НУЖНЫЙ  ?  И  КТО    ВЫБИРАЕТ  ? Сразу    -   мест  с  разным  уровнем   метилирования  тоже   до    черта.   И   разным  уровнем     любого   регулятора   до  кучи.


Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 06, 2020, 18:47:48
Цитата: Питер от августа 06, 2020, 18:39:14

Ну  так    приведите  пример,  как       первичная   структура   белка    была   конвертирована    или в   структуру    ДНК   напрямую,  или  через  РНК. Обратная   транскрипция   есть  (хотя   зверь  редкий)   -     строим  на  РНК   ее   ДНК   копию.   А  вот  обратной   трансляции  -  построение     по    первичной   структуре   белка    мРНК    -   нет.   Так   что   банан   вам  ...

днкполимераза реплицирует ген днкполимеразы

так что вам банан

кстати было статья, что сломанный промотор лакоперона в среде с лактозой тоже ис починил
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 06, 2020, 18:52:11
Цитата: Питер от августа 06, 2020, 18:43:04
  КАК  ВЫБРАТЬ  НУЖНЫЙ  ?  И  КТО    ВЫБИРАЕТ  ?
ничего выбирать не нужно, транспозаза ис3 сидит на операторе цитт и как только он индуцируется отходом дста тащит к нему ис3.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 06, 2020, 18:55:18
ДНК    полимераза     РЕПЛИЦИРУЕТ    ген    ДНК    полимеразы.   
Она   что,  на   белке   ДНК    полимеразы     строит     мРНК    ДНК    полимеразы,     потом      ревертирует  ее    в     ДНК  и  потом  встраивает   в   геномную   ДНК   ?     Или все-таки     это  не  так ?
А    ДНК    полимераза   вообще     понимает,     что   за   ДНК   она       реплицирует  ?    Ей    как-то   фиолетово,  дайте    ей  любую  двухцепоченую
  ДНК   и    затравку   -  и   вперед.   И  даже    если  она   будет       одноцепочечной  с   небольшим    дс   участком  -  тоже.


Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 06, 2020, 19:02:19
Цитата: vit от августа 06, 2020, 18:52:11ничего выбирать не нужно, транспозаза ис3 сидит на операторе цитт и как только он индуцируется отходом дста тащит к нему ис3.


И  кто  же ее  туда  посадил  ?    Опять  же   -    ис3  в  клетке  много.  Мест  возможной  посадки  -  тоже.
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/1574-6976.12067
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 06, 2020, 19:10:48
Цитата: Питер от августа 06, 2020, 18:55:18

Она   что,  на   белке   ДНК    полимеразы     строит     мРНК    ДНК    полимеразы,     потом      ревертирует  ее    в     ДНК  и  потом  встраивает   в   геномную   ДНК   ?   
нет, она просто строит ген днк полимеразы, белок делает свой ген.
ЦитироватьА   ДНК    полимераза   вообще     понимает,     что   за   ДНК   она       реплицирует  ?    Ей    как-то   фиолетово,  дайте    ей  любую  двухцепоченую
  ДНК   и    затравку   -  и   вперед.   И  даже    если  она   будет       одноцепочечной  с   небольшим    дс   участком  -  тоже.
за двухцепоченую банан

днк тоже не понимает...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 06, 2020, 19:15:26
Ну   да,     ДОГМА   опровергнута.   Бегите     за    Нобелем.
А  как   же   быть  со  всеми     остальными  белками ?   
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 06, 2020, 19:17:33
Цитата: Питер от августа 06, 2020, 19:02:19
И  кто  же ее  туда  посадил  ?
а кто посадил рнкполимеразу на её промотор?
ЦитироватьОпять  же   -    ис3  в  клетке  много.  Мест  возможной  посадки  -  тоже.
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/1574-6976.12067
правильно, когда место посадки освобождается, она на него и садиться, как рнкполимераза
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 06, 2020, 19:19:13
Цитата: Питер от августа 06, 2020, 19:15:26
Ну   да,     ДОГМА   опровергнута.   Бегите     за    Нобелем.
А  как   же   быть  со  всеми     остальными  белками ?   
давайте хотя бы в биологии без догм!
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 06, 2020, 19:24:48
Нет,  бегите   за  Нобелем.   Или   за   Шнобелем ?

А   место  посадки     для  IS3     одно  в   геноме  ?  и  как   быть с  другими  мутациями  -  не   IS3    инсерциями ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Игорь Антонов от августа 06, 2020, 20:08:28
Цитата: Alexeyy от августа 06, 2020, 18:18:39По-моему, в статье (при всём её новаторстве) при интерпретации просто идёт подгонка под заранее желаемую философию неодуализма (цитата оттуда):
«Что такое жизнь на самом деле? Это было существование чего... Это не было материей, это не был дух. Это было что-то среднее между ними»

Во-первых, Вы неудачно обрезали цитату на половине фразы, в которой далее сказано:
" Это было что-то среднее между ними, явление, порождаемое материей, как радуга над водопадом, как пламя".
Во-вторых, это не текст автора статьи, а эпиграф, взятый из книги немецкого писателя Томаса Манна (1924).
И, в-третьих, если скоординированное реагирование клеток на новые проблемы неизбежно должно приводить к неодуализму, то тогда, видимо, в нём истина.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 06, 2020, 20:20:27
Выдача желаемого за действительное вопреки фактам.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 06, 2020, 20:32:11
Цитата: Питер от августа 06, 2020, 19:24:48
Нет,  бегите   за  Нобелем.   Или   за   Шнобелем ?
то банан то нобель, а за идеологическое нарушение догм сразу увольняют из структур ан?

ЦитироватьА   место  посадки     для  IS3     одно  в   геноме  ?
мне кажется они ремонтируют сломанные промоторы

Механизм транспозиции

Транспозоны второго типа перемещаются по механизму «вырезать — вставить», но не «копировать — вставить», и используют при этом фермент транспозазу. Разные транспозазы работают по-разному. Некоторые связывают часть молекулы ДНК со случайным сайтом встройки, другие же связываются со специфическими последовательностями.[2]

https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%94%D0%9D%D0%9A-%D1%82%D1%80%D0%B0%D0%BD%D1%81%D0%BF%D0%BE%D0%B7%D0%BE%D0%BD%D1%8B



Цитироватьи  как   быть с  другими  мутациями  -  не   IS3    инсерциями ?
По Лански есть разные механизмы генной экспрессии: дуплекации, амплификации и вставки ис.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 06, 2020, 22:06:16
Только  Шнобель ...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 06, 2020, 22:39:10
давайте на 2их : я буду мозговым центром, ну а вы ручками

IS3 can function as a mobile promoter in E. coli.

IS3 может действовать как мобильный промотор в E. coli.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC320941/
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 07, 2020, 06:13:10
Капитан   Очевидность  с  Шнобелем.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от августа 07, 2020, 07:02:24
Цитата: vit от августа 06, 2020, 22:39:10давайте на 2их : я буду мозговым центром, ну а вы ручками

Один шаг до перехода на личности.
Напоминаю об ответственности за это.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 07, 2020, 10:15:41
Цитата: Питер от августа 07, 2020, 06:13:10
Капитан   Очевидность  с  Шнобелем.
Цитата: Evol от августа 07, 2020, 07:02:24
Цитата: vit от августа 06, 2020, 22:39:10давайте на 2их : я буду мозговым центром, ну а вы ручками

Один шаг до перехода на личности.
Напоминаю об ответственности за это.
:D
я вас в списке модераторов чтото не видел, а то за троллинг вас пора бы к ответственности привлечь.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 07, 2020, 10:16:40
Цитата: Питер от августа 07, 2020, 06:13:10
Капитан   Очевидность  с  Шнобелем.
а за него деньги дают?

других аргументов нет?

Официоз чтобы мобить конкурентов и пернооткрывателей много чего придумал, в РФ тоже есть что то типа того, об этом Ба́рбара Мак-Кли́нток (англ. Barbara McClintock; 16 июня 1902, Хартфорд, Коннектикут — 2 сентября 1992, Хантингтон, Нью-Йорк) — американский учёный-цитогенетик, лауреат Нобелевской премии по физиологии и медицине[5]:

В 1948-1950 годах Мак-Клинток разрабатывала теорию, согласно которой мобильные элементы влияют на гены, селективно ингибируя и регулируя их активность. Она охарактеризовала диссоциатор и активатор как «контролирующие единицы», а позже как «контролирующие элементы», чтобы подчеркнуть их свойство влиять на работу соседних генов.[46] Она предположила, что генная регуляция может объяснить, почему в сложных многоклеточных организмах образуются различные клетки и ткани, несмотря на то, что все клетки обладают идентичным геномом. Открытие Мак-Клинток поставило под сомнение представление о геноме как о статичном наборе правил, передающихся из поколения в поколение.[47] В 1950 году она опубликовала свою работу об активаторах и диссоциаторах.[12]

Работы Мак-Клинток по исследованию контролирующих элементов и генной регуляции в силу их сложности не сразу были осмыслены и приняты современниками. Научные изыскания воспринимались, по её словам, как «загадочные, даже враждебные».[48] Летом 1951 года Мак-Клинток доложила об исследовании изменчивости генов на ежегодном симпозиуме в Колд Спринг Харбор. Её работа была встречена «каменным молчанием».[1
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 07, 2020, 10:30:34
Есть.
1.     Учите   догму. Evol,    вы  согласны  с  переносом      информации  РНК-БЕЛОК ?   Тут    вот  Vit   открытие   сделал ...
2.   Я  где-то   говорил,  что у  IS3    нет   внутреннего  промотора ?
3.  Какое  отношение   сам  факт     наличия   у  IS3     внутреннего  промотора  (как  и  ORF в  нем, и   сдвиг    в  рамке   при    образовании  транспозазы)  имеет    к   СПЕЦИФИЧНОМУ  встраиванию    именно в   обласить  citT    в  модели  с   цитратом ?   При   наличии в  геноме E. coli     массы  потенциальных  сайтов  встраивания  ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 07, 2020, 10:34:42
Цитата: Питер от августа 07, 2020, 10:30:34
   При   наличии в  геноме E. coli     массы  потенциальных  сайтов  встраивания  ?

потенциальным считается участок с индуцированым оператором , но без экспрессии гена, т.е. там где нужно включить промотор из ИС3?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 07, 2020, 10:46:03
я бы шнобеля Лански присудил за его новый вид :D
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 07, 2020, 11:13:30
Нет.   Участок,  гомологичный     концевым  повторам IS3.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 07, 2020, 11:15:11
Там  нет  нового  вида.  И  Лански     об  этом  пишет.  Он   говорит  о  процессе   видобразования ...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 07, 2020, 11:41:30
The citrate-eaters still eat glucose, but they aren't quite as successful at competing for that sugar as they were before. As a consequence of that tradeoff, their cousins persist as glucose specialists. So the bacteria in this simple flask-world have split into two lineages that coexist by exploiting their common environment in different ways. And one of the lineages makes its living by doing something brand-new, something that its ancestor could not do.

That sounds a lot like the origin of species to me. What do you think?

Едоки цитратов все еще едят глюкозу, но они не так успешно конкурируют за этот сахар, как раньше. В результате этого компромисса их двоюродные братья продолжают работать специалистами по глюкозе. Таким образом, бактерии в этом простом мире колб разделились на две линии, которые сосуществуют, по-разному используя свою общую среду обитания. И одно из происхождений зарабатывает на жизнь тем, что делает что-то совершенно новое, то, чего не мог сделать его предок.

Это очень похоже на происхождение видов для меня. Что вы думаете?

https://www.asmscience.org/content/journal/microbe/10.1128/microbe.6.30.1


The second was Elizabeth Pennisi's puff piece in Scienceon the LTEE in 2013 where she wrote (presumably after consulting with Lenski) "because one of E. coli's defining characteristics is the inability to use citrate for energy in the presence of oxygen, the citrate-consuming bacteria could be seen as a new species."

Второй была статья Элизабет Пенниси в журнале Scienceon the LTEE в 2013 году, где она написала (предположительно после консультации с Ленски), «потому что одной из определяющих характеристик E. coli является неспособность использовать цитрат для получения энергии в присутствии кислорода, цитрат. -потребляющие бактерии могут рассматриваться как новый вид ».

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/24233702/
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 07, 2020, 11:43:18
Цитата: Питер от августа 07, 2020, 11:13:30
Нет.   Участок,  гомологичный     концевым  повторам IS3.
да.  Участок,  гомологичный     концевым  повторам IS3 И с индуцированым оператором , но без экспрессии гена, т.е. там где нужно включить промотор из ИС3 !
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 07, 2020, 12:02:24
Этих   повторов в   геноме  масса.
Похоже -   это  не  новый   вид. 
could be seen as a new species   -  это  тоже  про  "похоже"
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 07, 2020, 12:07:21
похоже Ленски за это  и извинялся

зато похоже индуцированных операторов без экспрессии гена больше нет
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 07, 2020, 12:47:21
это похоже на то, как если бы чел не мог пульт от тв найти, он знает что пульт дома, он его 5 мин назад использовал, а вот где он сейчас - не может найти - ис3 в разных опытах, регулярно встраивается как нужный промотор, ЛЮБОЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬ ОБЛАДАЯ МЕТОДИКОЙ МОЖЕТ ИЗУЧАТЬ КАК ИС3 ЭТО ДЕЛАЕТ
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 07, 2020, 16:49:49
(https://upload.wikimedia.org/wikipedia/ru/thumb/0/06/DNA_parts3.JPG/300px-DNA_parts3.JPG)

репресор это тоже белок, когда лактоза его индуцирует, он отходит от оператора, но когда лактозы нет . он снова на лакоператор садиться - точно его узнает, вас это не удивляет?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 07, 2020, 17:31:44
 Американские биологи обнаружили, что некоторые мобильные генетические элементы (транспозоны) присвоили бактериальную систему CRISPR-Cas и научились ее использовать в собственных интересах. С ее помощью транспозоны находят определенные места в чужой ДНК, чтобы встроиться в них. Исследование открыло перед генной инженерией новые заманчивые перспективы, показав общий принцип, на основе которого можно разработать методы аккуратного встраивания фрагментов ДНК в точно определенные места генома.

Комплекс Cas-sgRNA находит в молекуле ДНК протоспейсер (участок с такой же последовательностью нуклеотидов, как у спейсера) и прикрепляется к нему.

https://elementy.ru/novosti_nauki/433494/Sistemu_CRISPR_mozhno_ispolzovat_dlya_akkuratnogo_vstraivaniya_genov_v_nuzhnoe_mesto
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от августа 07, 2020, 19:53:27
Уважаемый vit, троллите, скорее, Вы.
Я, не будучи модератором, только напомнил о том, что переход на личности нашем форуме не поощряется.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 07, 2020, 20:18:08
Цитата: Evol от августа 07, 2020, 19:53:27
переход на личности нашем форуме не поощряется.
ну вот и не переходите на личности, а сконцентрируйтесь на обсуждаемой теме. Если тема не интересует - проходите мимо!
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от августа 07, 2020, 20:21:45
Цитата: Питер от августа 07, 2020, 10:30:34Evol,    вы  согласны  с  переносом      информации  РНК-БЕЛОК ? 

Подразумевается, что РНК может быть носителем генетической информации?
И, вследствие этого, оппонент переоценивает роль мобильных элементов?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от августа 07, 2020, 20:25:23
Цитата: vit от августа 07, 2020, 20:18:08ну вот и не переходите на личности

Я на личности не переходил, можете установить запрет на мою активность в теме, потребовав ничего более не писать в ней.
Однако, предупреждаю - еще одно фривольное или невежливое обращение к уважаемому Питеру и я незамедлительно сообщу об этом модератору.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 07, 2020, 20:43:37
Цитата: Evol от августа 07, 2020, 20:25:23
можете установить запрет на мою активность в теме, потребовав ничего более  в ней не писать.
так и поступим, конечно по теме можете писать, но тролить не надо!
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от августа 07, 2020, 20:46:08
Ок, я, повторюсь, не троллил. Предупреждение остается в силе.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 07, 2020, 20:48:07
Цитата: Питер от августа 07, 2020, 06:13:10
Капитан   Очевидность  с  Шнобелем.

Я вас чем то обидел?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 07, 2020, 20:48:33
Цитата: Evol от августа 07, 2020, 20:46:08
Предупреждение остается в силе.
:D :D :D
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 07, 2020, 21:31:55
Цитата: Игорь Антонов от августа 05, 2020, 22:23:19
Erez Braun
Особенно важно то, что мы пришли к выводу, что адаптация клеточной организации является, по сути, эффективным исследовательским динамическим процессом, а не процессом, основанным на случайных мутациях.

случайные мутации конечно тоже есть, но как исключение, а не движущая сила эволюции
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 08, 2020, 00:15:32
Да нет... в том то и дело, что без ненаправленной случайности вообще механизм самонаправленной эволюции не будет работать: раньше думали, что ненаправленная случайность – это ошибки репликации, а сейчас прояснилось, что ненаправленные случайности – это ошибки отклонения от правильного самонаправления. Тогда как сущностная роль ненаправленной случайности не изменилась: это – движущая сила эволюции. Т.к. по-прежнему без них и без отбора по ним эволюция невозможна: именно за счёт этих отклонения и оказывается возможным дальнейшее усовершенствование механизма самонаправления эволюции. Не говоря о том, что именно так он (механизм самонаправления эволюции) и возник. И именно так и продолжает развиваться.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Игорь Антонов от августа 08, 2020, 08:46:54
Цитата: Alexeyy от августа 08, 2020, 00:15:32Тогда как сущностная роль ненаправленной случайности не изменилась: это – движущая сила эволюции. Т.к. по-прежнему без них и без отбора по ним эволюция невозможна: именно за счёт этих отклонения и оказывается возможным дальнейшее усовершенствование механизма самонаправления эволюции.

Какова объяснительная сила этой декларации в отношении проблемы специфики жизни и эволюции организованной сложности? Какова модель самого процесса? На мой взгляд, ключевая проблема - в специфике  происхождения той организованной целостности, которая характерна для живого, начиная с высокоорганизованной кибернетической координации процессов в клетке и заканчивая конструктивными идеями технических гениев. И закономерность возникновения и развития которой не удаётся воспроизвести никакими усилиями кибернетики технической. В контексте этой проблемы  "ненаправленная случайность" - не о чём. Она,конечно, присутствует, но не она создаёт новую организацию. Она лишь закономерно нарушает существующую.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 08, 2020, 09:52:03
Цитата: Alexeyy от августа 08, 2020, 00:15:32
ненаправленная случайность – это ошибки репликации, а сейчас прояснилось, что ненаправленные случайности – это ошибки отклонения от правильного самонаправления
есть обе случайности: ошибки репарации -  это точечные мутации, с вероятностью 10 в минус 15 степени на одну репликацию, крайне мало вероятны  и ошибки отклонения от правильного самонаправления рекомбинации-вставки нужных последовательностей от нескольких шт.. до 1000.. нуклеотидов, вероятность сбоя правильной вставки 50%. Сбой происходит из-за дефицита времени, МЭ нужно вырезать из одного места и встроить в днк-мишень во время реплкликации днк, иначе его не реплицируют, а репликация идет быстро, если МЭ не успевает врезаться в днк-мишень, то его врезают в случайное место с нужной последовательностью хвостов. Но 50% это вполне достаточно для объяснения результатов опытов Лански.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 08, 2020, 10:10:49
50%   -  это  вам бабушки  у  подъезда  рассказали ?
Репликацию  если  нужно   для  репарации  вполне  успешно    можно   и  затормозить.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 08, 2020, 10:24:32
Цитата: Питер от августа 08, 2020, 10:10:49
50%   -  это  вам бабушки  у  подъезда  рассказали ?

Вы кстати то же, как и ваш защитник, если не хотите писать по существу, имеете полное право в теме не участвовать 8)

ЦитироватьРепликацию  если  нужно   для  репарации  вполне  успешно    можно   и  затормозить.

а вот тут и вступает в действие его величество отбор, первыми до цитрата доберутся те коли, которые не тормозят...

там нет репарации, есть вставка промотера в консервативную цепь, ДНК-п-аза её просто реплицирует.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 08, 2020, 10:49:15
Цитата: Питер от августа 08, 2020, 10:10:49
50%   -  это  вам бабушки  у  подъезда  рассказали ?
Репликацию  если  нужно   для  репарации  вполне  успешно    можно   и  затормозить.

ДНК из плазмиды-донора успешно встроилась в 29 точек из 48. Секвенирование показало, что примерно 50–60% встраиваний происходит точно в указанное место (рядом с протоспейсером), а остальные вставки осуществляются более или менее случайно — куда попало, вне зависимости от последовательности нуклеотидов в том месте, где полагалось бы быть протоспейсеру. С точки зрения адаптивной стратегии транспозона это логично: транспозону невыгодно ставить себе слишком жесткие ограничения при выборе места для вставки.

https://elementy.ru/novosti_nauki/433494/Sistemu_CRISPR_mozhno_ispolzovat_dlya_akkuratnogo_vstraivaniya_genov_v_nuzhnoe_mesto
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 08, 2020, 10:54:39
Цитата: vit от августа 08, 2020, 09:52:03
Цитата: Alexeyy от августа 08, 2020, 00:15:32
ненаправленная случайность – это ошибки репликации, а сейчас прояснилось, что ненаправленные случайности – это ошибки отклонения от правильного самонаправления
есть обе случайности: ошибки репарации -  это точечные мутации, с вероятностью 10 в минус 15 степени на одну репликацию, крайне мало вероятны  и ошибки отклонения от правильного самонаправления рекомбинации-вставки нужных последовательностей от нескольких шт.. до 1000.. нуклеотидов, вероятность сбоя правильной вставки 50%. Сбой происходит из-за дефицита времени, МЭ нужно вырезать из одного места и встроить в днк-мишень во время реплкликации днк, иначе его не реплицируют, а репликация идет быстро, если МЭ не успевает врезаться в днк-мишень, то его врезают в случайное место с нужной последовательностью хвостов. Но 50% это вполне достаточно для объяснения результатов опытов Лански.
Вполне возможно и достаточно: я не достаточно компетентен для объективной оценки.
Эти, быть может, ничтожные ненаправленные случайности (ошибки) – и есть главный эволюционный двигатель (вместе с отбором), который и породил сам механизм самонаправленной эволюции коли и определяет его дальнейшую эволюцию и без чего он просто "встал" бы.

Цитата: Игорь Антонов от августа 08, 2020, 08:46:54
Цитата: Alexeyy от августа 08, 2020, 00:15:32Тогда как сущностная роль ненаправленной случайности не изменилась: это – движущая сила эволюции. Т.к. по-прежнему без них и без отбора по ним эволюция невозможна: именно за счёт этих отклонения и оказывается возможным дальнейшее усовершенствование механизма самонаправления эволюции.

Какова объяснительная сила этой декларации в отношении проблемы специфики жизни и эволюции организованной сложности? Какова модель самого процесса? На мой взгляд, ключевая проблема - в специфике  происхождения той организованной целостности, которая характерна для живого, начиная с высокоорганизованной кибернетической координации процессов в клетке и заканчивая конструктивными идеями технических гениев. И закономерность возникновения и развития которой не удаётся воспроизвести никакими усилиями кибернетики технической. В контексте этой проблемы  "ненаправленная случайность" - не о чём. Она,конечно, присутствует, но не она создаёт новую организацию. Она лишь закономерно нарушает существующую.
Не она создаёт, а она и отбор между вариантами ненаправленной случайности. Без которых, поэтому, вообще не могло бы быть эволюции.
  Если это не понятно, то эти идеалистические иллюзии - не тема этой темы научного раздела и продолжать дискуссию здесь - не уместно. Да и вообще у меня особо нет желания и сил продолжать эту дискуссию.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 08, 2020, 10:57:35
Цитата: Игорь Антонов от августа 08, 2020, 08:46:54
Она лишь закономерно нарушает существующую.
НЕ закономерно
https://lenta.ru/articles/2012/11/30/koonin/
Один из ведущих мировых специалистов по происхождению жизни и самый цитируемый биолог российского происхождения Евгений Кунин опубликовал книгу, в которой утверждает, что генетический код возник случайно, а объяснение возникновения жизни невозможно без привлечения антропного принципа.

стоит почитать целиком!
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 08, 2020, 11:15:37
Но по роли антропного принципа - книга уже устарела, в свете новых данных.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Игорь Антонов от августа 08, 2020, 11:17:00
Цитата: Alexeyy от августа 08, 2020, 10:54:39Не она создаёт, а она и отбор между вариантами ненаправленной случайности. Без которых, поэтому, вообще не могло бы быть эволюции.
  Если это не понятно, то эти идеалистические иллюзии

Хорошо, а игнорирование объективной неспособности ненаправленной случайности создавать в сложном контексте какую-либо новую системную связность, неспособности, объективно, воспроизводимо, закономерно наблюдаемой повсеместно, я как должен назвать - вульгарно-материалистическими иллюзиями? 
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Игорь Антонов от августа 08, 2020, 11:19:37
Цитата: vit от августа 08, 2020, 10:57:35Евгений Кунин опубликовал книгу, в которой утверждает, что генетический код возник случайно, а объяснение возникновения жизни невозможно без привлечения антропного принципа.

стоит почитать целиком!

Книга Кунина целиком прочитана давно. Слабость его конструктивно-объяснительной отсылки к многомировой интерпретации не отмечал только ленивый.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Игорь Антонов от августа 08, 2020, 12:28:53
Мой комментарий к книге Кунина здесь (https://paleoforum.ru/index.php/topic,9690.msg194974.html#msg194974).
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 08, 2020, 12:48:04
Цитата: Игорь Антонов от августа 08, 2020, 11:17:00
Цитата: Alexeyy от августа 08, 2020, 10:54:39Не она создаёт, а она и отбор между вариантами ненаправленной случайности. Без которых, поэтому, вообще не могло бы быть эволюции.
  Если это не понятно, то эти идеалистические иллюзии

Хорошо, а игнорирование объективной неспособности ненаправленной случайности создавать в сложном контексте какую-либо новую системную связность, неспособности, объективно, воспроизводимо, закономерно наблюдаемой повсеместно, я как должен назвать - вульгарно-материалистическими иллюзиями? 
Я уже сказал: эта тема – не место такому обсуждения.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 08, 2020, 14:55:12
Цитата: vit от августа 08, 2020, 10:49:15Цитата: Питер от Сегодня в 09:10:49
50%   -  это  вам бабушки  у  подъезда  рассказали ?
Репликацию  если  нужно   для  репарации  вполне  успешно    можно   и  затормозить.

ДНК из плазмиды-донора успешно встроилась в 29 точек из 48. Секвенирование показало, что примерно 50–60% встраиваний происходит точно в указанное место (рядом с протоспейсером), а остальные вставки осуществляются более или менее случайно — куда попало, вне зависимости от последовательности нуклеотидов в том месте, где полагалось бы быть протоспейсеру. С точки зрения адаптивной стратегии транспозона это логично: транспозону невыгодно ставить себе слишком жесткие ограничения при выборе места для вставки.

https://elementy.ru/novosti_nauki/433494/Sistemu_CRISPR_mozhno_ispolzovat_dlya_akkuratnogo_vstraivaniya_genov_v_nuzhnoe_mesto

В   огороде   бузина  ...
Речь  шла    о  конкретной  системе    и  встраивании   IS3    -   к    которой  система CRISPR\Cas   не   имеет  никакого     отношения.    И   было  бы  чудесно,  если   бы     можно   было  бы   легко  подобрать  гидовую   РНК     для    встраивания   любого     фрагмента    ДНК в   строго  заданное  место  генома.   Но    оно  так   не   работает. Мне   было  бы   крайне         удобно   для   работы    иметь   такую   возможность  -  но     увы и  ах.

Игорь  Антонов,  про  системную  связность  точно  не    здесь.

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 08, 2020, 15:08:17
Цитата: Alexeyy от августа 08, 2020, 10:54:39
случайности (ошибки) – и есть главный эволюционный двигатель (вместе с отбором), который и породил сам механизм самонаправленной эволюции коли и определяет его дальнейшую эволюцию и без чего он просто "встал" бы.
это разные вещи: стэ основана на случайных изменениях генома, наследовании их и отборе отбором их носителей. А механизм самонаправленной эволюции или адаптивной эволюции основан на "физиологических" изменениях генома, т.е. есть спецмеханизмы которые НЕслучайно меняют геном. Появились они не случайным образом, а симбиозом с фаГами.

Цитата: Игорь Антонов от августа 08, 2020, 08:46:54
  Если это не понятно, то эти идеалистические иллюзии - не тема этой темы научного раздела и продолжать дискуссию здесь - не уместно. Да и вообще у меня особо нет желания и сил продолжать эту дискуссию.
я не против
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 08, 2020, 15:11:07
Цитата: Игорь Антонов от августа 08, 2020, 11:19:37
Книга Кунина целиком прочитана давно. Слабость его конструктивно-объяснительной отсылки к многомировой интерпретации не отмечал только ленивый.
книгу не читал, а некоторые мысли в статье интересные и слово не воробей :D
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 08, 2020, 15:15:33
Цитата: Питер от августа 08, 2020, 14:55:12

Речь  шла    о  конкретной  системе    и  встраивании   IS3    -   к    которой  система CRISPR\Cas   не   имеет  никакого     отношения.   
речь шла о возможности встраивания мэ в точный сайт, вы утверждали что такого не существует, поэтому CRISPR\Cas имеет отношение


ЦитироватьИгорь  Антонов,  про  системную  связность  точно  не    здесь.
я не против
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 08, 2020, 16:22:00
Цитата: Питер от августа 08, 2020, 14:55:12
В   огороде   бузина  ...
Мне   было  бы   крайне         удобно   для   работы    иметь   такую   возможность  -  но     увы и  ах.
отсутствие у вас такой возможности не говорит о ее отсутствии вообще. Белки умеют точно распознавать отдельные гены, это иллюстрируют репрессоры-активаторы и факторы траскрипции  и др..
https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A4%D0%B0%D0%BA%D1%82%D0%BE%D1%80%D1%8B_%D1%82%D1%80%D0%B0%D0%BD%D1%81%D0%BA%D1%80%D0%B8%D0%BF%D1%86%D0%B8%D0%B8
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 08, 2020, 16:30:52
Цитата: vit от августа 08, 2020, 15:08:17
Цитата: Alexeyy от августа 08, 2020, 10:54:39
случайности (ошибки) – и есть главный эволюционный двигатель (вместе с отбором), который и породил сам механизм самонаправленной эволюции коли и определяет его дальнейшую эволюцию и без чего он просто "встал" бы.
это разные вещи: стэ основана на случайных изменениях генома, наследовании их и отборе отбором их носителей. А механизм самонаправленной эволюции или адаптивной эволюции основан на "физиологических" изменениях генома, т.е. есть спецмеханизмы которые НЕслучайно меняют геном. Появились они не случайным образом, а симбиозом с фаГами.
Согласен: они не случайно появились. Как и вообще все существующие клеточные процессы: это результат длительной эволюции на основе того, что имелось на предшествующих состояниях эволюции. Речь о том, что возникновение и эволюция этой неслучайности всецело невозможны без некоторых ненаправленных случайностей между которыми и идёт отбор. Раньше думали, что мутации, связанные с ошибками репликации – это и есть эти ненаправленные случайности, а сейчас представление о них (случайностях: точнее, ненаправленных случайностях) меняется/усложняется. Но они (ненаправленные случайности) по-прежнему играют фундаментальную роль (точно так же как и в СТЭ) без которых эволюция была бы невозможной. Только представление о природе этой ненаправленной случайности сейчас меняется.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 08, 2020, 16:46:42
Цитата: Игорь Антонов от августа 08, 2020, 12:28:53
Мой комментарий к книге Кунина здесь (https://paleoforum.ru/index.php/topic,9690.msg194974.html#msg194974).
интересно что все больше генетиков отходят от догм и трактуют стэ по-новому, однако бутылочным горлышком и эффектом наблюдателя можно объяснить что угодно, вместо того что честно сказать: НЕ ЗНАЮ!
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 08, 2020, 17:05:40
Цитата: Alexeyy от августа 08, 2020, 16:30:52
это результат длительной эволюции
понятие эволюции настолько общее, что под него и революцию подвести можно: Ленин же биообъект, а в биообъектах все  результат длительной эволюции. Надо как то отделись эволюцию по стэ со случайными мутациями ОТ изменения генома напр. гпг.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 08, 2020, 17:29:17
Цитата: Alexeyy от августа 08, 2020, 16:30:52
Только представление о природе этой ненаправленной случайности сейчас меняется.
случайность она и есть случайность, случайно сломался ген, случайно сломался паровоз на котором Ленин ехал из Германии, случайно МЭ встроился не туда и сломал ген днк-п-азы и клетка элиминировала, но если МЭ встроился куда надо - это закономерность и не эволюция, а физиология. А эволюция делает что бы МЭ встраивались куда надо, т.к. такие коли при отборе побеждают, и не только куда надо ..., но и быстрее других куда надо и  без тормозов.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 08, 2020, 17:32:50
Цитата: vit от августа 08, 2020, 17:05:40понятие эволюции настолько общее, что под него и революцию подвести можно: Ленин же биообъект, а в биообъектах все  результат длительной эволюции. Надо как то отделись эволюцию по стэ со случайными мутациями ОТ изменения генома напр. гпг.
Так и есть. Это - и есть наиболее общее понятие эволюции.
Как и что отделить -  это вечный вопрос: по мере уточнения наших знаний он каждый раз будет всё более и более уточняться, обрастая всё новыми и новыми нюансами.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 08, 2020, 17:34:35
Цитата: vit от августа 08, 2020, 16:22:00
Цитата: Питер от августа 08, 2020, 14:55:12
В   огороде   бузина  ...
Мне   было  бы   крайне         удобно   для   работы    иметь   такую   возможность  -  но     увы и  ах.
отсутствие у вас такой возможности не говорит о ее отсутствии вообще. Белки умеют точно распознавать отдельные гены, это иллюстрируют репрессоры-активаторы и факторы траскрипции  и др..
https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A4%D0%B0%D0%BA%D1%82%D0%BE%D1%80%D1%8B_%D1%82%D1%80%D0%B0%D0%BD%D1%81%D0%BA%D1%80%D0%B8%D0%BF%D1%86%D0%B8%D0%B8

"Вследствие этого, ТФ обычно связывают не участок со строго определённой первичной структурой, а группу структур с близким сходством, каждую — с разной степенью сродства. Например, хотя консенсусной последовательностью сайта связывания ТАТА-связывающих белков является ТАТАААА, они могут взаимодействовать также с ТАТАТАТ и ТАТАТАА."
В   биологии  нет  ничего 100%.  Это  вероятностные  процессы   -     и  нет    СТРОГОГО   сайта    связывания   для   чего  ни   было.  Есть  мотив   -    а  не
выбитые  в  граните сайты  связывания.

И  кстати  -    ГПГ  тоже  вероятностный  процесс.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 08, 2020, 17:38:45


поэтому поддерживаю Кунина:

"При этом вспоминается манифест Юрия Лазебника, в котором он показывает, что пока биологи используют тот описательный язык, на котором они сейчас разговаривают, невозможно не то что в клетке разобраться, но даже в устройстве радиомагнитолы."
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 08, 2020, 17:55:34
Цитата: vit от августа 08, 2020, 17:29:17случайность она и есть случайность
Не так всё просто: случайность - относительна. Например, кидаем кубик и событие выпадения одной из сторон с вероятностью 1/6 - казалось бы, случайно. Однако, сам факт того, что мы его кидаем уже означает, то, что мы делаем это целенаправленно. Т.е. случайное событие определяется целенаправленным. И, поэтому, оно уже не совсем случайно: само бросание вообще не произошло, если бы не это целеполагание.
  Если быть более точным, то вероятность выпадение кубика равна 1/6 от момента, когда мы начали бросание, а по отношению к более раннему моменту, когда мы ещё не приняли решение бросать вероятность выпадения каждой грани кубика могла быть и, скажем, в 2 раз меньше, если сама вероятность того, что мы примем решение бросать кубик равно 1/2. Т.е. вероятность одного и того же события, вообще говоря, зависит от момента времени относительно которого оно рассматривается. В результате по мере приближения к какому-то моменту времени вероятность одного и того же события, например, может стремиться к 100% и мы его можем рассматривать как (практически) детерминированным. Тогда как по отношению к более отдалённому моменту времени в прошлом это же событие, вообще говоря, может иметь, например, вероятность 50%. Естественно, мы его тогда будем рассматривать как случайное.
  Эта философия имеет прямое отношения к вопросам мутаций и еже с ними.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 08, 2020, 18:02:25
Цитата: Питер от августа 08, 2020, 17:34:35
   биологии  нет  ничего 100%.  Это  вероятностные  процессы   -     и  нет    СТРОГОГО   сайта    связывания   для   чего  ни   было.  Есть  мотив   -    а  не
выбитые  в  граните сайты  связывания.

И  кстати  -    ГПГ  тоже  вероятностный  процесс.
значит вероятность достаточна для достижения успеха, например вероятность ошибки при репликации и репарации 10 в минус 15, а при транскрипции 10 в -7, а при трансляции 10 в-4. Убывание точности по степени важности - контроль штука дорогая и атф-затратная.

Гпг это вероятностный процесс, но он не является эволюцией, каждая бактерия для него по новой не  мутирует, приобретая, путем случайных точечных мутаций, механизмы для гпг. Бактерии с этими механизмами "рождаются".
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 08, 2020, 19:54:07
Цитата: Питер от августа 08, 2020, 17:34:35
Есть  мотив   -    а  не
выбитые  в  граните сайты  связывания.
для репрессора и оператора в  граните


Исследование динамики фактора транскрипции на уровне одной молекулы в живой клетке


This results in a search time of τ < 270 s for a single lac repressor in one cell to find one target. In the SOM, we further calculate a lower bound of the search time based on diffusion-limited association to nonspecific DNA (Table I). Hence, the measured and estimated search times are consistent. Despite the uncertainty of these numbers, our measurements provided quantitative information of the target search on DNA in vivo. This result has implications for other DNA binding proteins such as DNA-repair enzymes. Similar single-molecule experiments will advance our quantitative understanding of biochemistry and molecular biology in living cells.

Это приводит к времени поиска τ <270 с для одного lac-репрессора в одной клетке, чтобы найти одну цель. В SOM мы дополнительно вычисляем нижнюю границу времени поиска на основе ограниченной диффузией ассоциации с неспецифической ДНК (Таблица I). Следовательно, измеренное и расчетное время поиска согласовано. Несмотря на неопределенность этих чисел, наши измерения предоставили количественную информацию о поиске цели на ДНК in vivo. Этот результат имеет значение для других ДНК-связывающих белков, таких как ферменты репарации ДНК. Подобные эксперименты с одной молекулой улучшат наше количественное понимание биохимии и молекулярной биологии живых клеток.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2853898/
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 08, 2020, 20:12:11
если бы белки не могли точно находить нужные гены, то онтогенез был бы невозможен, напр. молочные зубы бы росли всю жизнь.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 08, 2020, 21:22:48
Не совсем так: не точно, а достаточно точно. Какая-то неточность всё равно есть.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 08, 2020, 22:35:36
Неточность в сбое механизма, скорее всего из-за точечной мутации. Может быть на 10 в -100 степени. Вероятность такого сбоя такая же как нарушение в работе глюкозного оперона или любого другого. Т.е. фон, который присущ любому явлению.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 08, 2020, 23:35:24
Да. И "вода камень точет".
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 09, 2020, 08:47:19
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1631069105000685?via%3Dihub#fig003

Рисунок   3  и  вырожденность  сайтов  связывания.

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jp510940w
"Lac repressor can bind at a random DNA site via nonspecific interactions; then, it rapidly translocates through the double chain of DNA until it finds the specific binding site. Therefore, the site transform between these two modes is essential for the specific recognition between Lac repressor and DNA. "

Еще     раз  - в  биологи и  НЕТ  точных  механизмов.  Всегда  есть   сложная  система  прямых  и  обратных  связей,    обеспечивающих    функционирование      клетки  и  организма.  В    эту  систему    входит  и  мутагенез   -  как  фактор,       резко  меняющий  систему   взаимодействий.

А,    из    абстракта   ссылки  Vit   про  270  секунд.
In searching for the operator, a lac repressor spends ~90% of time nonspecifically bound to and diffusing along DNA with a residence time of <5 milliseconds. The methods and findings can be generalized to other nucleic acid binding proteins.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 09, 2020, 09:26:33
Цитата: Питер от августа 09, 2020, 08:47:19Еще     раз  - в  биологи и  НЕТ  точных  механизмов.
Всё зависит от степени точности: если предъявлять достаточно высокую степень точности, то вообще нигде нет точных механизмов, а если не предъявлять - везде есть.
  Всё зависит от контекста в рамках которого, обычно, так или иначе точность подразумевается.
  Точно так же детерминировано ли явление или случайно – может зависеть от степени точности по отношению с которой он рассматривается.
  Чтобы не получать внутреннее противоречие просто не надр абсолютизировать ни то ни другое и отдавать себе отчёт о контексте.
  С некоторой степенью точности какие-то биологические механизмы можно рассматривать как детерминированные. Этого, например, может быть достаточно для понимания каких-то клеточных процессов, развивающихся на масштабе времени жизни клетки.
  Но для понимания эволюционных процессов на более крупных масштабах времени этой точности будет не достаточно: без учёта случайной составляющей, которая будет видна если рассматривать процесс с более высокой точностью, понять соответствующие эволюционные процессы в клетке будет невозможным.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 09, 2020, 10:00:27
Цитата: Питер от августа 09, 2020, 08:47:19
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1631069105000685?via%3Dihub#fig003

Рисунок   3  и  вырожденность  сайтов  связывания.

(https://ars.els-cdn.com/content/image/1-s2.0-S1631069105000685-gr003.jpg)

и что?

Цитироватьhttps://pubs.acs.org/doi/10.1021/jp510940w
"Lac repressor can bind at a random DNA site via nonspecific interactions; then, it rapidly translocates through the double chain of DNA until it finds the specific binding site. Therefore, the site transform between these two modes is essential for the specific recognition between Lac repressor and DNA. "
сначала тф связывается неспецифично, просто садиться на днк и начинает по неё ползать в среднем 270 сек и это 90% времени поиска, пока не найдет спецпоследовательность которую идентифицирует менее чем за 5мсек.

ЦитироватьЕще     раз  - в  биологи и  НЕТ  точных  механизмов.  Всегда  есть   сложная  система  прямых  и  обратных  связей,    обеспечивающих    функционирование      клетки  и  организма.
Это вам бабки на скамейке сказали?  Это обшие слова...

Биосистемы обладают механизмами позволяющими им точно находить нужный  оператор и др. последовательности днк. Иначе бы клетка не могла экспрессировать и репрессировать гены - а это очень точный и жизненно необходимый механизм, который участвует в отборе и постоянно соверщенствуется. Чем быстрее и точнее клетка включит ген, тем скорее она доберется до цитрата, а для "тормозов" его не останется.
ЦитироватьА,    The methods and findings can be generalized to other nucleic acid binding proteins.
Способы и результаты можно обобщить на другие связывающие нуклеиновые кислоты белки.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 09, 2020, 10:04:59
Цитата: Alexeyy от августа 09, 2020, 09:26:33
Цитата: Питер от августа 09, 2020, 08:47:19Еще     раз  - в  биологи и  НЕТ  точных  механизмов.
Всё зависит от степени точности

степень точности нужно оценивать по результату, если в 46 опытах вышло 46 цит+. значит точность 100%.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 09, 2020, 10:12:39
Не совсем так: это встречаемость, при данном количестве опытов, равна 100%. Тогда как вероятность и встречаемость - это не одно и то же: при высокой вероятности и при относительно малом количестве опытов встречаемость, наверняка, будет давать 100%
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 09, 2020, 10:35:23
Цитироватьвероятность и встречаемость - это не одно и то же
в Большой выборке  это  одно и то же

В биологии мы имеем бело не только с теорией и философией, но и с наблюдениями, т.е. огромной базой данных, которая говорит о 100%( не учитывая фон случайностей) точности определения репрессором своего оператора.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 09, 2020, 10:46:58
Я бы не сказал, что 46 опытов с цитрами - это, в этом контексте, большая выборка.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 09, 2020, 10:57:50
поэтому поддерживаю Кунина:

"При этом вспоминается манифест Юрия Лазебника, в котором он показывает, что пока биологи используют тот описательный язык, на котором они сейчас разговаривают, невозможно не то что в клетке разобраться, но даже в устройстве радиомагнитолы."
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 09, 2020, 11:18:34
Чтобы понять, каким образом lacI ищет свой оператор, исследователи фотографировали клетки с разным временем выдержки. Результаты подтвердили гипотезу, согласно которой ТФ должен сначала связаться с ДНК неспецифически, т. е. в произвольном месте, а затем «ползать» вдоль ДНК, пока не наткнется на свой сайт (такое ползание называется одномерной диффузией). Анализируя снимки, ученые обнаружили, что молекулы lacI, не закрепленные на своих сайтах, могут находиться в одном из двух состояний, соответствующих одномерной и трехмерной диффузии. В первом случае они движутся примерно на порядок медленнее.

Выяснилось, что в процессе поиска своего сайта lacI проводит 87 % времени, будучи неспецифически связанным с ДНК и ползая вдоль нее (одномерная диффузия). Остальное время уходит на свободное перемещение по цитоплазме (трехмерная диффузия). Каждый сеанс ползания занимает не более 5 мс. За это время ТФ успевает «просмотреть» около 85 нуклеотидов. Размер генома кишечной палочки — около 5 млн нуклеотидов, поэтому в целом на поиск уходит несколько минут.https://bio.wikireading.ru/5155
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 09, 2020, 11:30:05
Цитата: vit от августа 09, 2020, 10:57:50
поэтому поддерживаю Кунина:

"При этом вспоминается манифест Юрия Лазебника, в котором он показывает, что пока биологи используют тот описательный язык, на котором они сейчас разговаривают, невозможно не то что в клетке разобраться, но даже в устройстве радиомагнитолы."
Проблемы в познании всегда есть (и не только в биологии); всегда есть что-то не познанное. Никогда не будет такого, чтобы всё познано (поэтому, что это всё - это актуально бесконечное).
  Поэтому, вопрос о том можно или нельзя в чём-то разобраться на основе существующих знаний зависит т степени точности этого разбора: при не очень высокой - можно, при слишком высокой - нельзя. Так было и так будет во все времена и в любой области знания. И в биологии, в частнсти.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 09, 2020, 11:42:38
С этим я согласен, но Кунин говорит о другом, что нет стандарта, напр. для меня 46 из 46 это 100%, а для Вас 0%.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 09, 2020, 11:58:50
Не уверен.  Как можно так говорить не читав книгу? Я читал ту главу и он, по-моему, там говорит не о стандарте, а  совсем о другом (проблематика гипотезы РНК-жизни).
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 09, 2020, 13:45:53
Если    вы    возьмете     1000   крыс  и   проделаете  некий   опыт с  летальным  исходом   и  получите     50     животных выживших.    При  этом у  всех   50    правильный  ответ (ЖИЗНЬ)   будет  связан с  одним  и тем   же    биологическим  процессом.   У   950     крыс   ответа     не   будет.
Так    как     будет  -  50  из  50   или  50  из  1000 ?     100% ИЛИ 5% ?
Если  вы  даете       таблетку  гипотензивного    средства   и  у  5%    больных  получаете    правильный  ответ  с  снижением      уровня давления   -    это  хорошо  или  плохо ? 

То  же     с   цитТ.    Мы   берем  МИЛЛИОНЫ   клеток в   эксперимент   и  получаем  49    линий   цитТ+.  Что  с  остальными       миллионами  клеток   ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 09, 2020, 14:40:10
Элементарной единицей эволюции является популяция.

Популяция — совокупность особей одного вида, обладающая общим генофондом, способная к более-менее устойчивому самовоспроизводству (как половому, посредством панмиксии в идеальном случае, так и бесполому), относительно обособленная (географически или репродуктивно) от других групп, с представителями которых (при половой репродукции) потенциально возможен генетический обмен.

У нас 46 популяций колей из 46и смутировали до цит+  = 100%
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 10, 2020, 10:11:43
Нужно учесть , что 100% популяционная генетическая  адаптация произошла в ответ на изменение условий среды и способствовала выживанию.

A central tenet of evolutionary theory is that mutation is random with respect to its adaptive consequences for individual organisms; that is, the production of variation precedes and does not cause adaptation. " (e.g. Sniegowski and Lenski, 1995, p. 553). We take this to mean that there is a statistical and/or causal independence between the probability of occurrence of a mutation and its fitness in a given environment. ...

Центральный постулат эволюционной теории состоит в том, что мутация случайна в отношении ее адаптивных последствий для отдельных организмов; то есть производство вариации предшествует адаптации и не вызывает ее. "(например, Sniegowski and Lenski, 1995, стр. 553). Мы понимаем это как то, что существует статистическая и / или причинная независимость между вероятностью возникновения мутации и ее пригодностью в данной среде.

https://www.researchgate.net/publication
/234150681_Mutation_and_Adaptation_The_Directed_Mutation_Controversy_in_Evolutionary_Perspective

А здесь есть зависимость статистическая и причинно-следственная( добавили цитрат - коли за 12 делений научились его потреблять). Соответственно это не мутация по Ленски.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 10, 2020, 12:49:56
Ну    пусть  Ленски   возьмет  одну   клетку  и  получит сitT+. 
Популяция  именно  потому  и является   единицей   эволюции,  что  она   состоит  из    сонма  генетически    отличающихся  организмов.  И  изменение   среды    ведет к  тому,  что  какие-то  из  них  оказываются    лучше  приспособлены  к  новой    среде.
Так  сколько  все-таки  клеток   брал  Ленски в  каждый   эксперимент   -     одну  или  минимум  10 в  5   клеток  ?  И    сколько  клеток  погибло  за   те 12 пересевов ?
И     даже    изначальная  "популяция" Ленски    была  неоднородна.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 10, 2020, 13:54:12
Судя по результатам, если бы он взял 100 пробирок по 1 коли цит- в каждой, то был бы примерно тот же результат, если фон не учитывать( случайную смертность, точечные мутации,ошибки наблюдателя и т.п.. - то что нивелирует популяция ).

По Хофвегену вообще коли жили от 12 до 100 делений без глюкозы на одном цитрате и делились успешно - выходит они с самого начала на цитрате могут жить.

Мне кажется, ваш аргумент с огромным числом клеток в популяции , которое статистически увеличивает вероятность появления цит+, неверно.
Мы имеем дело не с 3000ами точечных мутаций , а с одной 3000ой рекомбинацией - процесс ферментативный, физиологический.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 10, 2020, 14:24:31
Цитата: Питер от августа 10, 2020, 12:49:56
  ?  И    сколько  клеток  погибло  за   те 12 пересевов ?
Число клеток в ограниченной популяции и неизменным по кол-ву источником пищи всегда примерно константа.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 10, 2020, 15:00:45
Если    бы  он   взял  100  пробирок   с  1    клеткой   -   он   получил   бы   дырку.  От   бублика.
У    рекомбинации    тоже  есть  вероятность.   Она  не  равна  100%    для   рекомбинации в   заданном    месте.   И  посему   чем   больше   клеток  -  тем  вероятнее   рекомбинация  в  правильном   сайте.   И   правильная   рекомбинация   -    когда  в  нужную  точку  попадает  промотор,  а  не     просто   не  функциональная    последовательность.
Ну  или    уникальный  механизм,  по  которому    ЕДИНСТВЕННАЯ   правильная   перестройка   переходит в    ЕДИНСТВЕНННОМ  (ПРАВИЛЬНОМ)  в  данных  условиях   месте  генома.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 10, 2020, 16:06:29
Цитата: Питер от августа 10, 2020, 15:00:45
Если    бы  он   взял  100  пробирок   с  1    клеткой   -   он   получил   бы   дырку.  От   бублика.
это голословное заявление. При прочих равных одна клетка так же успешна как и в популяции.
ЦитироватьУ    рекомбинации   тоже  есть  вероятность.   Она  не  равна  100%    для   рекомбинации в   заданном    месте.   И  посему   чем   больше   клеток  -  тем  вероятнее   рекомбинация  в  правильном   сайте
в ферментативном процессе конечно бывают сбои, поэтому 100 пробирок, а не 1.




ЦитироватьИ  правильная   рекомбинация   -    когда  в  нужную  точку  попадает  промотор,  а  не     просто   не  функциональная    последовательность.
Ну  или    уникальный  механизм,  по  которому    ЕДИНСТВЕННАЯ   правильная   перестройка   переходит в    ЕДИНСТВЕНННОМ  (ПРАВИЛЬНОМ)  в  данных  условиях   месте генома.
месте и времени.

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 10, 2020, 16:58:08
Цитата: vit от августа 10, 2020, 16:06:29Если    бы  он   взял  100  пробирок   с  1    клеткой   -   он   получил   бы   дырку.  От   бублика.
это голословное заявление. При прочих равных одна клетка так же успешна как и в популяции.

Еще  более  голослвное  утверждение.  Все   клетки одного    вида   -   разные.   По   геному в  том  числе.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 10, 2020, 17:38:05
Цитата: Питер от августа 10, 2020, 16:58:08
Еще  более  голослвное  утверждение.  Все   клетки одного    вида   -   разные.   По   геному в  том  числе.
они разные из-за гпг и мобильных элементов - с этим я согласен, но действие регуляторов оперонов у одного вида одинаковое и если одну колю цит- поместить в цитрат, то не исключена вероятность, что из неё разовьется цит+, какова эта вероятность - сказать трудно, из 100, вероятность выше, чем из 1, но это не связанно с биологии, а по сермяжной правде.

Вы лучше скажите, как 100 делений к12 жили на одном цитрате?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 10, 2020, 20:35:46
Цитата: Alexeyy от августа 09, 2020, 11:58:50
Не уверен.  Как можно так говорить не читав книгу? Я читал ту главу и он, по-моему, там говорит не о стандарте, а  совсем о другом (проблематика гипотезы РНК-жизни).
я читал это в интервью газете, речь шла о том, что много статей и невозможно понять о чем речь. Пусть даже он не то имел ввиду, проблема остается: как может быть, что один ученый говорит о новом виде, а другой считает возникновение нового свойства прогнозируемым и доказывает это. Вот у нас есть 2 взоимопротивоположенные теории и что, прав тот у кого больше прав?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 10, 2020, 20:46:31
А что Вы как бы встали в положение униженного и оскорбленного и со мной как бы начинаете спорить будто я какой-то угнетатель прав? :)
И это - и не тема этой темы: сами просили придерживаться именно этой темы :)
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: василий андреевич от августа 10, 2020, 23:10:11
  Видно, мне не удастся извлечь собственный толк из данной много обещавшей темы. Не улавливаю за что зацепиться.
  И, как обычно, клетка наделяется желаниями и стремлениями, которые она реализует способами, посильными для изощренного ума. А ведь жрать глюкозу - это не желание и даже не потребность, а лишь способ способствовать обесцениванию того ресурса/неравновесия, которое и без нее произойдет под воздействием того же теплового шума. Выживание (функционирование, размножение) клетки подчинено правилу гомеостаза (динамического равновесия) на естественном диссипативном потоке. Иссяк ресурс неравновесия - следует переход к другому состоянию гомеостаза, допустим, к функционированию без размножения при метаболизме за счет внутренних запасов.
  Неспецифичный ресурс - это тоже неравновесное состояние среды, на которое клетка не может не реагировать поиском иного состояния гомеостаза. Вопрос в том, как этот поиск осуществляется на практике, когда оба привычных состояния (назовем, действия и бездействия) не обеспечивают функциональность системы в неравновесной среде. Ведь неравновесие среды диктует клетке (и геному) делиться, не обеспечивая при этом надлежащей материей.

  Стресс - удобный эмоциональный термин, скверно формализуемый на языке физической логики. Цитрат вместо глюкозы - это стресс, когда перепаду энергетических уровней в среде нет соответствующего (как бы выравнивающего) перепада в системе. А это, в свою очередь, означает избыток свободной энергии в системе. И этот избыток обесценивается уже не столько за счет метаболических реакций, сколько спонтанным ростом частоты "обратимых реакций" нарушения-репарации, которые становятся тепловым источником. Если нарушения-репарации точечны, а не раскиданы по всему геному случайным образом, то не будет удивительным, что мутация окажется приуроченной к "избранному" гену. При этом избирательность будет соответствовать "потребностям" среды, а не системы.
  Да, нужный белок найдет нужное место по характеру теплового "излучения", ибо "не нужный белок" не обеспечит теплоотвод, он либо распадется до подхода, либо пройдет мимо. Сложность организма в избыточности белковых тел, через которые осуществляется естественный процесс обесценивания неравновесностей среды.

  Мутации случайны? Да, случайны. Но частотная характеристика нарушений-репараций - это энергетическая закономерность. Статистически пропущена будет та мутация из волнового пакета нарушений-репараций, которая обеспечит адекватную реакцию системы не естественный средовой перепад в образе горы-ресурса и долины продуктов метаболизма.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 10, 2020, 23:17:31
Цитата: Alexeyy от августа 10, 2020, 20:46:31
А что Вы как бы встали в положение униженного и оскорбленного и со мной как бы начинаете спорить будто я какой-то угнетатель прав? :)
И это - и не тема этой темы: сами просили придерживаться именно этой темы :)
Было такое? я не помню, но отзываю, если было. Пишите без цензуры!

по 1.: ко мне и Вам это не относится. Просто в принципе странная ситуация, хотя бы даже по этой теме. Есть 2 диаметрально противоположенные теории - какую выбрать?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 10, 2020, 23:31:54
Поэтому, конечно, было бы проще, если бы, был какой то стандарт, скажем, редактируемый журнал №1. Ленский принес статью о новом виде, там почитали - подумали ... Статью 82 года они знают, там все описано:" что то Ленский выдумывает". А типа Нейчи конечно пусть печатают что хотят, но рейтинг - есть статья в №1 - есть! значит экспертизу прошла.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 11, 2020, 09:57:38
Цитата: vit от августа 10, 2020, 17:38:05Вы лучше скажите, как 100 делений к12 жили на одном цитрате?
Так  же  как   я  или вы   будете   жить    на   диете  из  100  грамм     хлеба в  день.    Плохо  и  голодно.  Но     быстро  не  умрем.  Типа  неделю выживем  легко.  А  типа  месяц   - в зависимости    от  свойст      организма.
Во-первых,    цитрат  они  есть  могут   -    но   с  очень малой  эффективностью. Транспортер   же  есть  -   но  его  ммало.  Поддерживать    себя   -   но   не       быстро    расти  и делиться
Во-вторых,      клетка    даже    колей  имеет  некий   запас "еды".
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 11, 2020, 10:05:00
Цитата: Питер от августа 11, 2020, 09:57:38
Транспортер   же  есть  -   но  его  ммало.  Поддерживать    себя   -   но   не       быстро    расти  и делиться
у меня тоже было такое подозрение
   
кстати  76 год  Distribution of inverted IS-length sequences in the E. coli K12 genome

https://www.nature.com/articles/264191a0

THE genomes of E. coli and some of its plasmids contain a class of elements called insertion sequences (IS)1–5. These elements exhibit various properties associated with modulation and alteration of gene expression. IS1 (length 800 nucleotide pairs2,3,) apparently plays a role in the amplification of resistance determinants in drug resistance factors5,6 and also causes polar insertion mutations2,3. IS2 (length 1,400 nucleotide pairs2) behaves as a controlling element, which can turn gene expression on or off7. IS3 (length 1,400 nucleotide pairs3) has been associated with strong polar mutations, and is a constituent of a transposable drug resistance determinant8. IS2 and IS3 have also been shown to specify integration loci for the fertility plasmid F4,9,10. Hybridisation data have allowed estimation of the number of IS1 and IS2 elements in the E. coli genome1, but except for the region around lac and purE, little is known about their natural location in the genome.

Геномы E. coli и некоторых ее плазмид содержат класс элементов, называемых последовательностями вставки (IS) 1–5. Эти элементы проявляют различные свойства, связанные с модуляцией и изменением экспрессии генов. IS1 (длина 800 пар нуклеотидов2,3,), по-видимому, играет роль в усилении детерминант устойчивости в факторах устойчивости к лекарствам5,6, а также вызывает мутации полярной вставки2,3. IS2 (длина 1400 пар нуклеотидов2) ведет себя как контролирующий элемент, который может включать или выключать экспрессию генов7. IS3 (длина 1400 пар нуклеотидов3) был связан с сильными полярными мутациями и является составной частью мобильной детерминанты лекарственной устойчивости8. Было также показано, что IS2 и IS3 определяют локусы интеграции для плазмиды фертильности F4,9,10. Данные гибридизации позволили оценить количество элементов IS1 и IS2 в геноме E. coli1, но, за исключением области вокруг lac и purE, мало что известно об их естественном расположении в геноме.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 11, 2020, 10:47:42
допустим есть 2 клады колей: в одной вставка ИС проходит хаотично, в другой точно, конечно отбор выбирает ту, у которой точно, т.к. они более конкурентоспособны. А хаотичная вставка может принести больше вреда , чем пользы - разрушит важный ген напр.. Т.е. здесь двойной отбор: увеличить точность и предотвратить хаотичность.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 11, 2020, 10:53:28
Ну    вы  дошли  до  правильной  мысли.  Только     клад  не  2,    а  миллион.    И   у  всех ИС  прыгает в  услових  голода. Кому-то  повезло.  Но      в  основном  -  невезуха -(((((
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 11, 2020, 11:38:09
 ИС  прыгает в  услових  голода?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 11, 2020, 11:45:14
я наблюдаю 2 лагеря биологов: 1. говорят, что геном консервативен и мутации случайны, 2. есть физиологические механизмы изменения генома для адаптаций.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 11, 2020, 12:00:26
Индукция   геномных   перестроек    стрессовыми  условиями.  Голод (недостаток   энергии)  -  один  из  факторов.
Я  из  первого  лагеря.  Геном      относительно   консервативен   -   есть  консенсус   генома  вида,  но  каждая  особь  отличается  от  консенсуса.  Мутации     случайны.  При  этом  мутаци    это все   что  наследуется -  от  точек   до   больших  хромосомных  перестроек. 
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 11, 2020, 12:33:42
Цитата: Питер от августа 11, 2020, 12:00:26
Индукция   геномных   перестроек    стрессовыми  условиями.  Голод (недостаток   энергии)  -  один  из  факторов.
Это уже адаптация, которая развивается и совершенствуется отбором. Из миллионов и миллиардов колей успешнее те, которые индукцию   геномных   перестроек    стрессовыми  условиями используют точно и быстро.




ЦитироватьЯ  из  первого  лагеря.
в этом не сомневался
ЦитироватьГеном     относительно   консервативен   -   есть  консенсус   генома  вида,  но  каждая  особь  отличается  от  консенсуса.  Мутации     случайны.  При  этом  мутаци    это все   что  наследуется -  от  точек   до   больших  хромосомных  перестроек.
это не противоречит 2. , но с добавлением: наследуется и обратим
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Игорь Антонов от августа 11, 2020, 13:29:16
Исследование (2018), авторы которого приходят к выводу о направленно адаптивном характере мутаций генома E. coli при воздействии антибиотиков:

Genome rearrangements in Escherichia coli during de novo acquisition of resistance to a single antibiotic or two antibiotics successively (https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-018-5353-y)

Цитаты:

The observed correlation between genome rearrangements and specific antibiotic pressure, as well as their presence in independent replicates indicates that these events do not occur randomly. Taken together, the observed genome rearrangements illustrate the plasticity of the E. coli genome when exposed to antibiotic stress.

Наблюдаемая корреляция между перестройками генома и специфическим воздействием антибиотиков, а также их присутствие в независимых повторах указывает на то, что эти события не происходят случайно. Взятые вместе, наблюдаемые перестройки генома иллюстрируют пластичность генома E. coli при воздействии антибиотического стресса.

The appearance of the same rearrangement in independent lineages is most likely a reflection of the specificity of the response to different antibiotics. Although genetic drift cannot be excluded as a driver, it is not very likely as a wildtype control after even more cell duplications had only 6 point mutations and no other modifications.

Появление одной и той же перестройки в независимых клонах, скорее всего, является отражением специфичности ответа на разные антибиотики. Хотя генетический дрейф нельзя исключить как причину, он маловероятен, поскольку у контрольного дикого типа после ещё большего числа делений клеток имелось только 6 точечных мутаций и никаких других модификаций.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 11, 2020, 13:39:05
Цитата: vit от августа 11, 2020, 12:33:42
Я  из  первого  лагеря.
Представителям 1. лагеря конечно сложнее. Если все случайно, то нужно как-то объяснить наличие: транспозаз и др. подобных ферментов и факторов транскрипции, которые умеют точно распознавать участок днк - зачем они нужны, если все случайно?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 11, 2020, 13:40:22
Цитата: Игорь Антонов от августа 11, 2020, 13:29:16

Появление одной и той же перестройки в независимых клонах, скорее всего, является отражением специфичности ответа на разные антибиотики. Хотя генетический дрейф нельзя исключить как причину, он маловероятен, поскольку у контрольного дикого типа после ещё большего числа делений клеток имелось только 6 точечных мутаций и никаких других модификаций.
обратимость!
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 11, 2020, 14:05:09
Ну   да,   если  амоксициклин   -    то   будут     мутации    бета-лактамазы.  Во    всех  клетках  или    все-таки   идет  отбор    тех,    где  произошла      амплификация  и  промоторные  мутации   гена    фермента,    необходимого    для         защиты  от  данного   антибиотика  ?
А    ответ   на  разные   антибиотики  и   будет  специфичен    -   природа  у  них   разная  и   защита   тоже   бедет   разной.

И  там   еще   вторая   статья  есть.  Той  же   группы.   Про  точковые  мутации.  Какое  однако  разнообразие  генов  и  мутаций,  связанных с      устойчивостью к   антибиотикам.   
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 11, 2020, 14:17:28
Цитата: vit от августа 11, 2020, 13:39:05
Цитата: vit от августа 11, 2020, 12:33:42
Я  из  первого  лагеря.
Представителям 1. лагеря конечно сложнее. Если все случайно, то нужно как-то объяснить наличие: транспозаз и др. подобных ферментов и факторов транскрипции, которые умеют точно распознавать участок днк - зачем они нужны, если все случайно?

1.  Транспозаза  нужна   для   встройки фрагмента  ДНК   в  другую  молекулу   ДНК.  А  вот куда  произойдет     встройка  -   случай,   возможных  сайтов  в  геномах     много  и  очень  много.
2. Факторы   транскрипции      с  мутагенезом  связаны   очень   косвенно.   Они   узнают      свой  сайт  -   но  опять  же  нет     ЖЕСТКОГО  сайта.  Это всегда  некий        вероятностный        консенсус  и       транс-фактор  может   узнавать  много      разных      генов  с  не  идентичными   сайтами.  связывания.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 11, 2020, 14:21:12
Вы можете одновременно дать 2 антибиотика и будут включены 2 независимых друг от друга механизма, которые в других кладах будут теми же.   
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 11, 2020, 14:23:51
Цитата: Питер от августа 11, 2020, 14:17:28
1.  Транспозаза  нужна   для   встройки фрагмента  ДНК   в  другую  молекулу   ДНК.  А  вот куда  произойдет     встройка  -   случай,   возможных  сайтов  в  геномах     много  и  очень  много.
2. Факторы   транскрипции      с  мутагенезом  связаны   очень   косвенно.   Они   узнают      свой  сайт  -   но  опять  же  нет     ЖЕСТКОГО  сайта.  Это всегда  некий        вероятностный        консенсус  и       транс-фактор  может   узнавать  много      разных      генов  с  не  идентичными   сайтами.  связывания.

они работают вместе: тф узнает место , а заза туда врезает. Онтогенез и репрессия генов доказывают, что тф точно узнают днкмишень. ТФ много разных - самая большая гриппа белков, на 1 мишень садятся несколько разных тф.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Игорь Антонов от августа 11, 2020, 15:16:10
Есть ещё продолжение статьи, ссылка на которую была выше, опубликованное в прошлом году:

Effects of a previously selected antibiotic resistance on mutations acquired during development of a second resistance in Escherichia coli (https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-019-5648-7)

Там тоже отмечается повторяемость мутаций в параллельных линиях и их не случайность. Кроме того, указывается, что несмотря на то, что адаптация к разным антибиотикам независимая, сами адаптивные мутации у дикого и ранее адаптированного к другому антибиотику типа различны. То есть, адаптивная роль конкретной мутации не автономна от её окружения, а увязана с комплексной регуляцией в клетке.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 11, 2020, 15:26:19
Игорь  Антонов,   там     есть    отбор.  Или  его  там  (по  вашему   мнению)  нет ?  Есть  только  направленный   мута генез   без  отбора ?
Опять  же   -   есть  бета-лактамаза  как    основной   фермент  обеспечения    устойчивости к  ряду   антибиотиков.   И   естественно,  что  мутации   будут  сконцентрированы  в  этом  гене,  а  не  гене   какого-то   белка     лактозного   (столь  любимого vit)   оперона.    Но  при  этом  есть  и  другие  пути  -   но  они  тоже  не   бесконечны.  Но    это  не  говорит  о  том,  что   мутации в  этих  генах    идет  направленно  ...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 11, 2020, 15:27:36
Цитата: vit от августа 11, 2020, 14:23:51они работают вместе: тф узнает место , а заза туда врезает. Онтогенез и репрессия генов доказывают, что тф точно узнают днкмишень. ТФ много разных - самая большая гриппа белков, на 1 мишень садятся несколько разных тф.

Сколько    в   клетке  мест, где  сидят  в  данный  момент     времени     ТФ  ?   Одно  или  много  ?   
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Игорь Антонов от августа 11, 2020, 15:33:36
Цитата: Питер от августа 11, 2020, 15:26:19Игорь  Антонов,   там     есть    отбор.  Или  его  там  (по  вашему   мнению)  нет ?  Есть  только  направленный   мута генез   без  отбора ?

Отбор, естественно, есть, но по мнению авторов этих статей параллельная повторяемость ряда мутаций при невысоком в целом их уровне свидетельствует о не случайности их появления.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 11, 2020, 15:51:01
Цитата: Питер от августа 11, 2020, 15:27:36
Сколько    в   клетке  мест, где  сидят  в  данный  момент     времени     ТФ  ?   Одно  или  много  ?
лакоперон 1 в клетке, на него точно садится лас1тф. на каждый оперон-оператор несколько одинаковых его специфичных тф. Иначе будет невозможна репрессия генов.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 11, 2020, 15:54:46
Цитата: Питер от августа 11, 2020, 15:26:19
  там     есть    отбор.  Или  его  там  (по  вашему   мнению)  нет ?  Есть  только  направленный   мута генез   без  отбора ?
Отбор действует на направленный мутагенез. Коли которые быстро и точно включают механизм направленного мутагенеза имеют больше шансов к делению и передаче этого своего механизма дочкам.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 11, 2020, 17:53:47
Цитата: vit от августа 11, 2020, 13:39:05
Цитата: vit от августа 11, 2020, 12:33:42
Я  из  первого  лагеря.
Представителям 1. лагеря конечно сложнее. Если все случайно, то нужно как-то объяснить наличие: транспозаз и др. подобных ферментов и факторов транскрипции, которые умеют точно распознавать участок днк - зачем они нужны, если все случайно?
Только Вы не совсем правильно поставили вопрос (из-за чего, боюсь, в дальнейшем опять может возникнуть путаница).
  Во-первых, 1-й лагерь не говорит, что случайно - всё: ведь речь идёт только  мутациях.
  Во-вторых он не отрицает возможность изменения интенсивности мутаций под действием окружающей среды. А это, по Вашей, на мой взгляд, не правильной терминологии (которая вносит путаницу в понимание) - уже не случайные мутации в геноме.
  А более точно было бы сказать, что 1-я "партия" отрицает возможность случайно-направленных мутаций лишь в определенные области генома.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 11, 2020, 18:43:39
Цитата: Alexeyy от августа 11, 2020, 17:53:47
1-я "партия" отрицает возможность случайно-направленных мутаций лишь в определенные области генома.
1-я "партия" отрицает возможность направленных мутаций в места генома нужные для адаптации.

что я лично считаю необоснованным, т.к. клетка имеет: необходимый набор инструментов для адаптивных рекомбинаций, необходимость адаптивных рекомбинаций и есть результаты опытов иллюстрирующие адаптивные рекомбинации.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 11, 2020, 20:08:02
В целом согласен, только это всё-таки не просто направленные мутации, а случайно-направленные мутации в места генома нужные для адаптации. Потому, что эти мутации - случайны: давайте называть вещи своими именами, чтобы опять не было путаницы, которая выше в обсуждении постоянно возникала. Случайное – это то, что может произойти, а может и не произойти с не нулевой вероятностью. Точка. Это не я придумал. Это – рядовое понимание случайности (стохастичности). Зачем переиначивать смысл термина, если это вносит путаницу и без неё можно обойтись?
  По-моему, Вы такую путаницу в понимании случайности выше постоянно упорно вносили и из-за чего дискуссия, местами, приобретала пустой характер.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 11, 2020, 20:15:24
Цитата: Игорь Антонов от августа 11, 2020, 15:33:36
Цитата: Питер от августа 11, 2020, 15:26:19Игорь  Антонов,   там     есть    отбор.  Или  его  там  (по  вашему   мнению)  нет ?  Есть  только  направленный   мута генез   без  отбора ?

Отбор, естественно, есть, но по мнению авторов этих статей параллельная повторяемость ряда мутаций при невысоком в целом их уровне свидетельствует о не случайности их появления.
Только не случайно не их появление, а высокая вероятность их появления, а сами мутации, поэтому, случайны (стохастичны): они могут произойти, а могут – нет.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 11, 2020, 20:23:14
Цитата: Alexeyy от августа 11, 2020, 20:08:02
  По-моему, Вы такую путаницу в понимании случайности выше постоянно упорно вносили и из-за чего дискуссия, местами, приобретала пустой характер.
Адаптивные мутации - это физиологический процесс, как например работа лакоперона: лактоза появляется, репрессор отходит от оператора, рнкполимераза садится на лакпромотор и начинается экспрессия белков лакоперона, этот механизм  не срабатывает только при сбое системы.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Игорь Антонов от августа 11, 2020, 20:27:04
Цитата: Alexeyy от августа 11, 2020, 20:15:24Только не случайно не их появление, а высокая вероятность их появления, а сами мутации, поэтому, случайны (стохастичны): они могут произойти, а могут – нет.

Наличия корреляции мутаций с проблемами, для которых они адаптивны, достаточно, чтобы говорить о специфичном явлении.
Стохастично вообще всё организованное - и архитектуры компьютерных процессоров, и тексты программ. Но разве в стохастичности их суть?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 11, 2020, 20:58:08
Смотря по отношению к чему суть.
Цитата: Игорь Антонов от августа 11, 2020, 20:27:04Наличия корреляции мутаций с проблемами, для которых они адаптивны, достаточно, чтобы говорить о специфичном явлении.
Согласен. Ну так давайте называть вещи своими именами. А то из-за этого, из-за терминологической путаницы (в отношении термина "случайность"), vit и Питер выше, местами, воду из пустого в порожнее переливали. 
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Игорь Антонов от августа 11, 2020, 21:24:25
Alexeyy

Я думаю, что Питер не приемлет и возможный вероятностный приоритет адаптивных мутаций. Дискуссии о природе эволюционной изменчивости не пустые, а имеют довольно серьёзные основания.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 11, 2020, 22:19:17
Цитата: Alexeyy от августа 11, 2020, 20:58:08
из-за терминологической путаницы (в отношении термина "случайность"), vit и Питер выше, местами, воду из пустого в порожнее переливали.
я с самого начала полагал, что цит+ неслучайность, а Питер все время доказывал что случайность, так что между нами путаницы не было, ну а повторение-мать учения, это бывает и новые мысли иногда растут на старых дрожжах.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 12, 2020, 00:07:09
Цитата: Игорь Антонов от августа 11, 2020, 21:24:25
Alexeyy

Я думаю, что Питер не приемлет и возможный вероятностный приоритет адаптивных мутаций. Дискуссии о природе эволюционной изменчивости не пустые, а имеют довольно серьёзные основания.
Не приемлет. Однако, зачастую, оспаривал не вероятностный приоритет, а утверждение именно о не случайности мутаций. И в этом он прав. Тогда как vit при этом под случайностью/не случайностью имел в виду, зачастую, имел в виду другое. В результате и получались, местами, перепалки не о чём. Как в том анекдоте диалога двух глухих: "ты в баню идёшь? Нет. А я думал ты в баню идёшь". Хотя, всё же диалог выше был, в основном, по существу.

Цитата: vit от августа 11, 2020, 22:19:17
Цитата: Alexeyy от августа 11, 2020, 20:58:08
из-за терминологической путаницы (в отношении термина "случайность"), vit и Питер выше, местами, воду из пустого в порожнее переливали.
я с самого начала полагал, что цит+ неслучайность, а Питер все время доказывал что случайность, так что между нами путаницы не было, ну а повторение-мать учения, это бывает и новые мысли иногда растут на старых дрожжах.
Так он абсолютно и прав в том, что это случайность: не случайностью могут являться не мутации, а слишком высокая вероятность некоторых мутаций. Неужели не понимаете?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: василий андреевич от августа 12, 2020, 08:40:27
Цитата: vit от августа 11, 2020, 18:43:391-я "партия" отрицает возможность направленных мутаций в места генома нужные для адаптации.

что я лично считаю необоснованным, т.к. клетка имеет: необходимый набор инструментов для адаптивных рекомбинаций,
Когда б удалось четко сформулировать противоположности подходов, то истинность высветилась бы в диалектике. В борьбе правых-левых побеждают центристы/уклонисты только потому, что есть правые и левые.

  Лично я за то, что бы абсолютизировать случайность, т.е. принципиальную непредсказуемость наследуемой ошибки клонирования. Именно таковой абсолют позволяет ранжировать организмы, присваивая им конкретный "адаптационный вектор". При этом побеждает вовсе не тот, кто быстрее (активнее) адаптируется, а спектр организмов, организующийся (самоорганизующийся) в симбиотическое сообщество.
  Но сообщество организмов с выявляемым внутриареальным разнообразием - это верхний уровень, на котором можно вводить математические методы расчета "формулы отбора" к разным средовым нишам. У нас же, место среды выполняет сам организм, как нишу для молекулярного сообщества. Если такая "ниша" испытывает стресс, как неопределенность между двумя или несколькими состояниями гомеостаза, то физически это означает, что функционирование "молекулярной системы" находится на пике избытка свободной энергии. А эта энергия пропорциональна частоте обратимых реакций. Одной же из обратимых реакций является процесс нарушения-репарации в главной молекуле.
  Потому, ответив на вопрос о причинности репарации (с нарушением понятно), станет ясна и причинность пропуска нарушения до мутации "в нужном месте в нужное время".

  Сложность и вариативность мутагенеза уже неудобно называть "молекулярным отбором" - это только затуманит ясность рассудительностями.
  Случайны только "яркие флуктуации" в фоновом тепловом шуме, исправление последствий таких флуктуаций, приводящее либо к репарации, либо к мутации - процесс закономерно дешифрируемый.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 12, 2020, 08:51:30
В    чем  минус  всех  выше    цитированных   работ  по   не   случайным адаптивным   мутациям -   кроме  (частично)    Ленски  ?   Они   все    смотрят   РЕЗУЛЬТАТ  -    мутации  есть  и  в  том   именно  гене,   который   связан с  отбором  по    селективному  признаку.  Вывод  -    мутагенез  адаптивен.
  Мы  при  этом  или   вообще  не  смотрим   ДРУГИЕ     мутации   (смотрим  только citT   оперон)    или  смотрим  полный   геном   только   у   некоторых     штаммов  (работа с    антибиотиками  -     где  очень  интересен  спектр     мутаций с     разными   генами  -   один  признак   достижим  разными    путями).   И  мы  вообще  не  смотрим  процесс   -   не  секвенируем  геномы    большого  числа  особей  на   каждом  шаге.   Ленски   попробовал   в  некоторых  поколениях     -  и  мутагенез  идет   по  всему   геному.
Выход      один.     На  каждом    пересеве  выбираем      рандомно      миниимум  10 в  4   клеток.  Полный   сиквенс.  И  так  100   поколений.    В    двух   параллелях  -  с селективным   отбором  и  без  оного.
Всего    2000000     полных  сиквенсов.  И  три  повторности  минимум     -  60000000.
Сегодня   это  реально  технически.  Нужны   деньги  и    команда  на  2  года.

И   еще  о   случайности. Нет  сомнений  в  том,  что  вероятность  и тип    мутирования    конкретного     сайта в  геноме   зависит  от  массы   факторов. 
Типа  активно  транскрибируемый  ген  у  бактерий   мутирует  чаще,  чем  не  работающий.  НО    -   таких  генов  в  геноме    много.  И    есть    один  вопрос,  на  который  мне  не  может  (не  хочет ?)    отвечать Vit.   Как  идет  выбор   именно  нужного      активного  гена,  связанного с   необходимым  в  данных условиях   изменением  фенотипа. 
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 12, 2020, 09:41:35
Цитата: Alexeyy от августа 12, 2020, 00:07:09
Не приемлет.
когда будут общепризнанные доказательства - примут все !

ЦитироватьТак он абсолютно и прав в том, что это случайность: не случайностью могут являться не мутации, а слишком высокая вероятность некоторых мутаций. Неужели не понимаете?

Вы наверно не в курсе, но дискуссия о адаптивных мутациях в настоящее время является основной интригой в биологии. Поэтому Питер прекрасно понимает о чем эта тем, а я нет :D
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 12, 2020, 09:58:11
Цитата: Питер от августа 12, 2020, 08:51:30
  Они   все    смотрят   РЕЗУЛЬТАТ
это касается обоих сторон, процесс случайных мутаций тоже не наблюдали в реальном времени.
ЦитироватьКак  идет  выбор   именно  нужного      активного  гена,  связанного с   необходимым  в  данных условиях   изменением  фенотипа.
он не активный, он должен экспрессироваться, т.к . оператор свободен, но не экспрессируется, т.к. нет промотера.

Я вам раз 20 отвечал на этот вопрос, если вы ждете вашего ответа - напишите, как это происходит по-вашему, я соглашусь или нет.

в 21 раз: клетка обладает механизмом определения и вставки определенного сайта в хромосоме. Например лас1тф точно находит лакоператора, cas12 находит мишень и вставляет нужный сайт. Это описано многими авторами.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 12, 2020, 10:10:01
Цитата: vit от августа 12, 2020, 09:41:35
Цитата: Alexeyy от августа 12, 2020, 00:07:09
Так он абсолютно и прав в том, что это случайность: не случайностью могут являться не мутации, а слишком высокая вероятность некоторых мутаций. Неужели не понимаете?

Вы наверно не в курсе, но дискуссия о адаптивных мутациях в настоящее время является основной интригой в биологии. Поэтому Питер прекрасно понимает о чем эта тем, а я нет :D
Тогда почему у Вас дискуссия, время от времени, скатывается к бесплодному обсуждению типа того случайно ли всё в биологии или нет?
Я думаю, что именно потому, что Вы переиначиваете смысл термина "случайность".
Если бы этого не делали, а называли бы вещи своими именами, то и не скатывалась бы.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 12, 2020, 10:16:16
Цитата: Alexeyy от августа 12, 2020, 10:10:01

Тогда почему у Вас дискуссия, время от времени, скатывается к бесплодному обсуждению типа того случайно ли всё в биологии или нет?

Если по-вашему мнению, где-то что-то скатывается, ВЫ можете это место пропустить( возможно Вы что-то не поняли) или конкретно по-месту задать соответствующий вопрос. Я лично скатываний не наблюдал.

если Вы хотите обсуждать и развивать термин случайность и все что к нему относиться - я не против, но это не относится к теме адаптивных мутаций.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 12, 2020, 10:37:53
Цитата: василий андреевич от августа 12, 2020, 08:40:27

  Когда б удалось четко сформулировать противоположности подходов, то истинность высветилась бы в диалектике. В борьбе правых-левых побеждают центристы/уклонисты только потому, что есть правые и левые.

 

Ленский это четко сформулировал: случайные мутации статистически и причинно НЕзависимы от адаптаций.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 12, 2020, 10:42:30
Факт передвижения мэ и наличие для этого ферментов не оспаривается, оспаривается только точность и разумность места вставки.

Кроме др. механизмов, здесь отбор имеет влияние: коли которые быстро и точно встраивают мэ, при этом не разрушая  экзистенциальные гены своего генома, отбираются отбором.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 12, 2020, 11:18:18
Цитата: vit от августа 12, 2020, 10:16:16
Цитата: Alexeyy от августа 12, 2020, 10:10:01

Тогда почему у Вас дискуссия, время от времени, скатывается к бесплодному обсуждению типа того случайно ли всё в биологии или нет?

Если по-вашему мнению, где-то что-то скатывается, ВЫ можете это место пропустить( возможно Вы что-то не поняли) или конкретно по-месту задать соответствующий вопрос. Я лично скатываний не наблюдал.
Я как-то пытался (ближе к началу дискуссии) сделать прояснение по поводу термина случайности, но Вы меня тогда язвительно-иронично «отплюнули».
  Мне, иногда, кажется, что термин случайность Вы используете то в одном смысле, то в другом ... месиво какое-то, по-моему, иногда получается ...
А Вам это зачем – лишние вопросы, лишнее обсуждение не по существу?
Цитата: vit от августа 12, 2020, 10:16:16если Вы хотите обсуждать и развивать термин случайность и все что к нему относиться - я не против, но это не относится к теме адаптивных мутаций.
Тему про случайность я развивать не стремлюсь.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 12, 2020, 11:27:27
Цитата: Alexeyy от августа 12, 2020, 11:18:18
Тему про случайность я развивать не стремлюсь.
просто может быть я, зная, что под словами " всё случайно" подразумевается представления о мутациях 1.лагеря, не вдавался в нюансы, которые само собой разумеются : конечно не всё абсолютно случайно, случайно только место и время и отсутствие влияния отбора. То что определил Ланский: независимость от условий адаптации. Есть ген зимних мех, он мутирует с частотой в 10-15 степени все время, не важно зима, лето, голод, засуха, нет зависимости от условий - это случайная мутация.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 12, 2020, 11:38:17
вообще не логично для 1.лагеря, отказывать отбору влияние на точность и разумность адаптивных мутаций, т.е. во всех других механизмах отбор влияет, а в этом нет. 8)
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 12, 2020, 11:47:54
С последним - абсолютно согласен.
И ведь 1-й лагерь при этом совсем не отрицает, что именно благодаря отбору возникло самонаправление эволюции, например, благодаря человеческому интеллекту.
  Но при этом отказывает в возможности реализоваться тому же самому, но на уровне ДНК.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 12, 2020, 12:06:55
Я   вот  с восем  не     понял,  что вы  хотели  сказать.  Как   связан   интеллект  человека  с   самонаправлением   эволюции ???
А  вторая   фраза    -  что,  у  нас   у   ДНК   есть  интеллект ?     Или  чуть  шире   -  если  сознание у      E. coli ?
Ну  и   еще    шире  -  вот  мы   человеки с  интеллектом.   мы  можем   САМОНАПРАВИТЬ          дальнейшую   эволюцию      работы  нашего     кишечника  или  почек ?   Направленно  промутировать  геном,  чтобы   рака  не  было  ?

Vit,    сотый  раз   -  в  любой  момент  времени в  геноме   колей  есть  масса   генов с  мало  активными  промоторами.   Почему    в  присуствии  цитрата     ИС  элемент  выбирает     именно   нужный  ген    -  промоторов     много.  Как  ИС  привлекается  именно в  этот  промотор ?   И  почему   это  не  всегда  ИС  -  если все  так  разумно ?

Ну  и  мы  пока     на  уровне    одноклеточного  организма      без   диплоидности,  кроссинговера,  половго  процесса,    отдельного    пути  герминативных  клеток.  Что-то     будет,  если  перейти к  млекам  или  птицам.  Или  к  мухам. 
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 12, 2020, 12:10:07
Если  под    САМОНАПРАВЛЕНИЕМ   понимать  то,  что   организм как    популяция  и    вид   может  приспособиться  к  среде   -  то  не  вопрос,  оно  есть.   Если      под  этим  понимать  цепочку   событий:     новый  фактор  среды  -  оценка  ситуации  -  просчет  необходимых  биохимических  изменений  - просчет    необходимых  генетических  изменений  -   направленное   генетическое  изменение  -    живем очень  хорошо в  новой  среде   -   то   его  нет.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 12, 2020, 12:42:56
Цитата: Питер от августа 12, 2020, 12:06:55
Я   вот  совсем  не     понял,  что вы  хотели  сказать.  Как   связан   интеллект  человека  с   самонаправлением   эволюции ???
В первую очередь, имелась в виду социально-экономическая и технологическая эволюция: человек направляет её в наиболее адаптивное для себя русло с помощью интеллекта.

Цитата: Питер от августа 12, 2020, 12:06:55
А  вторая   фраза    -  что,  у  нас   у   ДНК   есть  интеллект ?     Или  чуть  шире   -  если  сознание у      E. coli ?
Нет: по-моему, интеллект и сознание – это, по определению, проявление нервной системы. Но считаю, что вполне могут быть, в некоторых отношениях, аналоги этому вне нервной системы.

Цитата: Питер от августа 12, 2020, 12:06:55
Ну  и   еще    шире  -  вот  мы   человеки с  интеллектом.   мы  можем   САМОНАПРАВИТЬ          дальнейшую   эволюцию      работы  нашего     кишечника  или  почек ?   Направленно  промутировать  геном,  чтобы   рака  не  было  ?
Для рака сейчас нет. Но для другого – есть: несколько лет назад в США была организована первая компания, которая специализируется на лечении заболеваний именно с помощью технологии изменения ДНК больного человека (они там реализовали технологию для лечения какого-то врождённого, генентического заболевания).
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 12, 2020, 12:46:12
Цитата: Питер от августа 12, 2020, 12:10:07
Если  под    САМОНАПРАВЛЕНИЕМ   понимать  то,  что   организм как    популяция  и    вид   может  приспособиться  к  среде   -  то  не  вопрос,  оно  есть.   Если      под  этим  понимать  цепочку   событий:     новый  фактор  среды  -  оценка  ситуации  -  просчет  необходимых  биохимических  изменений  - просчет    необходимых  генетических  изменений  -   направленное   генетическое  изменение  -    живем очень  хорошо в  новой  среде   -   то   его  нет.
С чего Вы взяли, что отбор мог создать первое, но не мог второе?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 12, 2020, 13:01:29
Цитата: Питер от августа 12, 2020, 12:06:55
Vit,    сотый  раз   -  в  любой  момент  времени в  геноме   колей  есть  масса   генов с  мало  активными  промоторами.   Почему    в  присуствии  цитрата     ИС  элемент  выбирает     именно   нужный  ген    -  промоторов     много.  Как  ИС  привлекается  именно в  этот  промотор ?   И  почему   это  не  всегда  ИС  -  если все  так  разумно ?
Вы, как геноинженер, изучаете или имеете дело с одним фактором, но клетка одновременно включает и выключает много независимых друг от друга механизмов, разных оперонов и отдельных генов в одном опероне - иначе бы клетка не выдержала отбор.

A model for the molecular organisation of the IS911 transpososome https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/20553579/

Жесткое регулирование активности транспозиции важно для ограничения повреждений, которые транспозоны могут вызывать путем создания потенциально летальных перестроек ДНК. Сборка добросовестного комплекса белок-ДНК, транспозосома, внутри которой катализируется транспозиция, является важной контрольной точкой в ​​этой регуляции. В случае IS911, члена большого семейства бактериальных инсерционных последовательностей IS3, транспозосома (синаптический комплекс A; SCA) состоит из правой и левой инвертированных повторяющихся последовательностей ДНК (IRR и IRL), соединенных мостиком транспозазы OrfAB ( Кодируемый IS911 фермент, который катализирует транспозицию).
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 12, 2020, 13:10:39
Цитата: Питер от августа 12, 2020, 12:10:07
живем очень  хорошо в  новой  среде   -   то   его  нет.
ваше утверждение противоречит стэ: отбор действует на фенотип, коли со случайной, неудачной вставкой ис выбраковываются и не дают потомства, не закрепляют случайную, неудачную вставку ис. А коли с неслучайной и удачной вставкой ис не выбраковываются и закрепляются отбором и передают дочкам этот механизм и этот процесс отбора идет миллиарды лет, конечно точность вставок подвержена отбору и совершенствуется.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 12, 2020, 13:21:25
если бы гпг и мобильные элементы не встраивались бы в геном, то отбору не за что было бы зацепиться, а так любое удачное или неудачное встраивание влияет на выживаемость и не/ закрепляется отбором.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 12, 2020, 13:45:30
Цитата: Alexeyy от августа 12, 2020, 12:42:56Цитата: Питер от Сегодня в 11:06:55
Ну  и   еще    шире  -  вот  мы   человеки с  интеллектом.   мы  можем   САМОНАПРАВИТЬ          дальнейшую   эволюцию      работы  нашего     кишечника  или  почек ?   Направленно  промутировать  геном,  чтобы   рака  не  было  ?
  Для рака сейчас нет. Но для другого – есть: несколько лет назад в США была организована первая компания, которая специализируется на лечении заболеваний именно с помощью технологии изменения ДНК больного человека (они там реализовали технологию для лечения какого-то врождённого, генентического заболевания).

не  путайте   ЭВОЛЮЦИЮ  и    лечение.     И  я   говорил  не  о  внешнем   воздействии  -   а  именно  о  внутренней    работе  системы.  Вот       знает  человек,  что    он  гетерозиготен  по      плохой  мутации  -   и  раз,  усилием    геномной   воли  ее   репарирует.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 12, 2020, 13:48:13
Цитата: vit от августа 12, 2020, 13:21:25если бы гпг и мобильные элементы не встраивались бы в геном, то отбору не за что было бы зацепиться, а так любое удачное или неудачное встраивание влияет на выживаемость и не/ закрепляется отбором.

Золотые       слова.    Вот  ровно  то,  о  чем  я  все  время    токую:  любое  удачное  или  не  удачное  встраивание   влияет  на  выживаемость.   И  выживают  только  удачные.  Но   неудачные  встраивания  тоже  идут.  Случай   определяет  место  встравивание. Отбор   -    его  удачность.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 12, 2020, 13:54:11
Цитата: vit от августа 12, 2020, 13:10:39ваше утверждение противоречит стэ: отбор действует на фенотип, коли со случайной, неудачной вставкой ис выбраковываются и не дают потомства, не закрепляют случайную, неудачную вставку ис. А коли с неслучайной и удачной вставкой ис не выбраковываются и закрепляются отбором и передают дочкам этот механизм и этот процесс отбора идет миллиарды лет, конечно точность вставок подвержена отбору и совершенствуется.
Отбор     действует  на  фенотип.  При  неудачной  вставке   в   случае  с  цитратом  фенотип   оказывается     не  способным     жить  на  цитрате   хорошо  и  такие  вымирают. Точнее   -  живут   плохо  и    плохо  делятся.    При      удачной  вставке  фенотип     отлично  живет  на     цитрате   - они  живут  и  захватывают  всю  ойкумену    пробирки.
Но  вы  мне   опять  не  отвечаете  - как ИС   и    клетка  в  целом  выбирают   УДАЧНЫЙ  НЕ  СЛУЧАЙНЫЙ  сайт.  Ведь  правильное   место   встраивания    ИС    будет  разным в  разных    ситуациях  с    изменением  внешней   среды.   
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 12, 2020, 13:55:51
Цитата: Alexeyy от августа 12, 2020, 12:46:12С чего Вы взяли, что отбор мог создать первое, но не мог второе?

Он    его  создал  ?   Пример  в  студию.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 12, 2020, 13:59:40
Цитата: vit от августа 12, 2020, 13:01:29Вы, как геноинженер, изучаете или имеете дело с одним фактором, но клетка одновременно включает и выключает много независимых друг от друга механизмов, разных оперонов и отдельных генов в одном опероне - иначе бы клетка не выдержала отбор.

A model for the molecular organisation of the IS911 transpososome https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/20553579/

Жесткое регулирование активности транспозиции важно для ограничения повреждений, которые транспозоны могут вызывать путем создания потенциально летальных перестроек ДНК. Сборка добросовестного комплекса белок-ДНК, транспозосома, внутри которой катализируется транспозиция, является важной контрольной точкой в ​​этой регуляции. В случае IS911, члена большого семейства бактериальных инсерционных последовательностей IS3, транспозосома (синаптический комплекс A; SCA) состоит из правой и левой инвертированных повторяющихся последовательностей ДНК (IRR и IRL), соединенных мостиком транспозазы OrfAB ( Кодируемый IS911 фермент, который катализирует транспозицию).

Здесь  есть  хоть  слово  о    правилах  места     выбора   для   транспозиции  ?   Траспозоны  могут  вызвать  -  и  могут  не  вызвать.   То,  что  этот  процесс  жестко  регулируется  -  факт.   Это   ограничение   числа   транспозиций.  Но     это  не  ограничение      возможных  мест  транспозиций     конкретным    сайтом.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 12, 2020, 14:23:46
Цитата: Питер от августа 12, 2020, 13:59:40

Здесь  есть  хоть  слово  о    правилах  места     выбора   для   транспозиции  ? 
описано точное подобие кас12: днк-транспозаза-днк для чего такое еще может понадобиться кроме точной вставки ис?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 12, 2020, 14:29:23
ДНК.     Это       четыре     нуклеотида,      двойная   спираль  ?
Я    одну   цепь  нарисую,  можно  ?

ATGACTGGCTTTAAAAGGAGCTAGCTCGGCCTAAAAAAATTTTGG.   

Как   вы   думаете,   сколько       тут     возможных   сайтов    для  встройки  траспозона -  с  учетом     особенностей  их  биологии ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 12, 2020, 14:35:43
Цитата: vit от августа 12, 2020, 14:23:46Цитата: Питер от Сегодня в 12:59:40

Здесь  есть  хоть  слово  о    правилах  места     выбора   для   транспозиции  ? 
описано точное подобие кас12: днк-транспозаза-днк для чего такое еще может понадобиться кроме точной вставки ис?

Какие     особенности  структуры   ДНК   обеспечивают встраивание  ИС  в    область  цитТ ?    Что    делает  эту  область  уникальной ?   У    вас    много-много    гигабайт   ДНК  из 4       простых  букв.   Там  что,    буквы   другие  ?  Уникальный   знак  препинания  ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 12, 2020, 14:56:22
каждый оперон и оператор уникален, из 4 букв сложен весь геном, дело в комбинациях - вот эти спецкомбинации тф и узнают.

В 2007 году биологи из Гарвардского университета сообщили о первом прямом наблюдении за деятельностью транскрипционного фактора в живой клетке (Elf et al., 2007). Ученые использовали классический объект — кишечную палочку E. coli и ее вдоль и поперек изученный lac-оперон (опероном называют группу из нескольких соседних генов, регулируемых и транскрибируемых совместно и обычно участвующих в выполнении общей функции).

lac-оперон состоит из трех генов, необходимых для усвоения лактозы. Непосредственно перед опероном располагается ген транскрипционного фактора — репрессора lacI. Когда в клетке нет лактозы, lacI прикрепляется к своему сайту (оператору O1), тем самым блокируя транскрипцию lac-оперона. Когда в клетке появляется лактоза, ее производное (аллолактоза) присоединяется к белку lacI. В результате белок меняет свою трехмерную структуру и отсоединяется от оператора. Это позволяет РНК-полимеразе приступить к прочтению lac-оперона, и клетка начинает производить ферменты, требующиеся для утилизации лактозы.



Чтобы понять, каким образом lacI ищет свой оператор, исследователи фотографировали клетки с разным временем выдержки. Результаты подтвердили гипотезу, согласно которой ТФ должен сначала связаться с ДНК неспецифически, т. е. в произвольном месте, а затем «ползать» вдоль ДНК, пока не наткнется на свой сайт (такое ползание называется одномерной диффузией). Анализируя снимки, ученые обнаружили, что молекулы lacI, не закрепленные на своих сайтах, могут находиться в одном из двух состояний, соответствующих одномерной и трехмерной диффузии. В первом случае они движутся примерно на порядок медленнее.

Выяснилось, что в процессе поиска своего сайта lacI проводит 87 % времени, будучи неспецифически связанным с ДНК и ползая вдоль нее (одномерная диффузия). Остальное время уходит на свободное перемещение по цитоплазме (трехмерная диффузия). Каждый сеанс ползания занимает не более 5 мс. За это время ТФ успевает «просмотреть» около 85 нуклеотидов. Размер генома кишечной палочки — около 5 млн нуклеотидов, поэтому в целом на поиск уходит несколько минут.https://bio.wikireading.ru/5155
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 12, 2020, 15:09:33
У  вас   что, в  ДНК   встраивается   транскрипционный   фактор ?   Который   87%    времени    ползает  по   ДНК,  не  зная  куда  приткнуться  ?
Вроде  как   нет  -  ИС.   У  которой   сайтов  встраивания  в  геноме   более  одного.   И  который     способен  менять  места   локализации.
Что вы  все  время  путаете     круглое   с  мягким  -    в  citT   встраивается   ИС.    Почему   он,  по-вашему,    может   встраиваться   только  туда   -  если     все  не  случайно ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 12, 2020, 15:11:05
Цитата: Питер от августа 12, 2020, 13:48:13
    И  выживают  только  удачные. 
удачные те у кого ис встроился по-месту, этот механизм закрепляется и совершенствуется
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 12, 2020, 15:13:25
Цитата: Питер от августа 12, 2020, 15:09:33
Что вы  все  время  путаете     круглое   с  мягким  -    в  citT   встраивается   ИС.    Почему   он,  по-вашему,    может   встраиваться   только  туда   -  если     все  не  случайно ?
принцип распознавания точного места в днк тот же что и у тф

цель таже что и у тф - экспрессия гена

метод другой - вставка промотера транспозазай как кас12
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 12, 2020, 15:24:52
То  есть   в  геноме    колей   есть   ОДИН   сайт    встривания  ИС3 ?   Ведь  у  вашего  любимого  лак  оперона   такой    специфический   сайт  1.    А  если  надо      встроить   промотор в  другой   ген   -   то  нужен   другой   транспозон,  не  ИС3  ?  Так   сколько  же    должно   быть    ИС  ?   И   опять  же  почему   он    вырезается   -   на  среде    с  цитратом ?  какой  сигнал  к  специфическому   его  вырезанию  ?

Цитата: vit от августа 12, 2020, 15:11:05Цитата: Питер от Сегодня в 12:48:13
    И  выживают  только  удачные. 
удачные те у кого ис встроился по-месту, этот механизм закрепляется и совершенствуется

Но  все-таки      может   ИС    встроиться  "не  туда" ?  Теоретически  и  случайно  ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 12, 2020, 15:35:22
Цитата: Питер от августа 12, 2020, 15:24:52
А  если  надо      встроить   промотор в  другой   ген   -   то  нужен   другой   транспозон,  не  ИС3  ?  Так   сколько  же    должно   быть   ИС  ?
5000 у коли


Цитировать
И   опять  же  почему   он    вырезается   -   на  среде    с  цитратом ?  какой  сигнал  к  специфическому   его  вырезанию  ?
похоже дубльсистемма



ЦитироватьНо  все-таки      может   ИС    встроиться  "не  туда" ?  Теоретически  и  случайно  ?
дуализм . являясь паразитом он распределяется по геному и помогает хозяину выжить
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 12, 2020, 15:48:45
Цитата: Питер от августа 12, 2020, 13:45:30
Цитата: Alexeyy от августа 12, 2020, 12:42:56Цитата: Питер от Сегодня в 11:06:55
Ну  и   еще    шире  -  вот  мы   человеки с  интеллектом.   мы  можем   САМОНАПРАВИТЬ          дальнейшую   эволюцию      работы  нашего     кишечника  или  почек ?   Направленно  промутировать  геном,  чтобы   рака  не  было  ?
  Для рака сейчас нет. Но для другого – есть: несколько лет назад в США была организована первая компания, которая специализируется на лечении заболеваний именно с помощью технологии изменения ДНК больного человека (они там реализовали технологию для лечения какого-то врождённого, генентического заболевания).

не  путайте   ЭВОЛЮЦИЮ  и    лечение.     И  я   говорил  не  о  внешнем   воздействии  -   а  именно  о  внутренней    работе  системы.  Вот       знает  человек,  что    он  гетерозиготен  по      плохой  мутации  -   и  раз,  усилием    геномной   воли  ее   репарирует.

А при чём тут это? Конечно, такого нет. А я говорил о внешнем воздействии. Это - всё равно самонаправление эволюции. Неужели не понимаете?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Игорь Антонов от августа 12, 2020, 15:53:42
Цитата: Питер от августа 12, 2020, 13:59:40Траспозоны  могут  вызвать  -  и  могут  не  вызвать.   То,  что  этот  процесс  жестко  регулируется  -  факт.   Это   ограничение   числа   транспозиций.  Но     это  не  ограничение      возможных  мест  транспозиций     конкретным    сайтом.

Клетки могут адаптивно регулировать активность генов и есть даже работы по адаптивной перестройке регуляции вообще без мутаций, до начала деления.
Но ведь может регулироваться и доступность мишеней для транспозиций. Как, например, в работе Transposon-mediated activation of the Escherichia coli glpFK operon is inhibited by specific DNA-binding proteins.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 12, 2020, 15:57:40
Цитата: Питер от августа 12, 2020, 13:55:51
Цитата: Alexeyy от августа 12, 2020, 12:46:12С чего Вы взяли, что отбор мог создать первое, но не мог второе?

Он    его  создал  ?   Пример  в  студию.
Ну так нынешнее человеческое общество, направляющее свою собственную эволюцию (в первую очередь социально-экономическую и технологическую и уже есть наработки самонаправления и генетической эволюции) возникло именно благодаря отбору.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 12, 2020, 16:01:53
По    факту 
E coli MG1655 includes 44 transposable elements of 10 kinds and 6 copies of Rhs, a repeated sequence that resembles a transposon but for which there are no data indicating that it can move. The genome also contains 8 prophage or phage remnants.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC187512/#:~:text=E%20coli%20MG1655%20includes%2044,8%20prophage%20or%20phage%20remnants.

То    есть  1   транспозон   примерно  на  100   генов.   И  как   выбрать  нужный   когда  прыгаешь ?

"Похоже  дубльсистема"   -    это    ну  совсем  не  ясно.

И  все-таки  по  всему   геному    -  случайно  или  нет  ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Игорь Антонов от августа 12, 2020, 16:02:37
И в другом обзоре
Transposon-mediated directed mutation in bacteria and eukaryotes (https://www.bioscience.org/2017/v22/af/4553/fulltext.php?bframe=2.htm):

If transposon-mediated mutations are of benefit to E. coli, possibly they are similarily important in the evolution of other bacteria, archaea and eukaryotes. Recent research suggests that this is the case. For example, Jacobs et al (2015) have reported that DNA binding proteins can guide retrotransposons to preferred target sites. The locations of targeting and the efficiency of the translocation events are determined by the DNA-binding activities of the guiding proteins (22). Additionally, Elbarbary et al. have reviewed the evidence that retrotransposons can function as regulators of gene expression by several different mechanisms (55).

И рассуждение там, которое должно порадовать Алексея:

Interestingly, consideration of the concept of transposon-mediated directed mutation allows a synthesis of ideas attributed to Lamarck and Darwin. Thus, the proposed molecular mechanisms are consistent with the phenotypic Lamarckian postulates, but they could have evolved as the result of straightforward Darwinian selection. Others have suggested that recent advances in epigenetic molecular mechanisms similarily warrant a reconsideration of Lamarckism (2, 4, 5). Let the past be the guide to the future, in evolution as in all of life.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 12, 2020, 16:04:59
Цитата: Alexeyy от августа 12, 2020, 15:48:45А при чём тут это? Конечно, такого нет. А я говорил о внешнем воздействии. Это - всё равно самонаправление эволюции. Неужели не понимаете?

Идете    вы   по   тротуару.  Тут  вам кто-то  толкает  на  проезжую  часть.   Вы    туда   САМОнаправились   или  вас  внешняя  сила  направила  ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 12, 2020, 16:13:58
Сссылка  22  -  J. Z. Jacobs, J. D. Rosado-Lugo, S. Cranz-Mileva, K. M. Ciccaglione, V. Tournier and M. Zaratiegui: Arrested replication forks guide retrotransposon integration. Science, 349(6255), 1549-53 (2015)
DOI: 10.1126/science.aaa3810
55. R. A. Elbarbary, B. A. Lucas and L. E. Maquat: Retrotransposons as regulators of gene expression. Science, 351(6274), aac7247 (2016)
DOI: 10.1126/science.aac7247

ну   за   уши к   фразе  "Recent research suggests that this is the case."   их  притянуть  можно.   Если  уши  очень  длинные.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: василий андреевич от августа 12, 2020, 16:37:09
Цитата: vit от августа 12, 2020, 10:37:53Ленский это четко сформулировал: случайные мутации статистически и причинно НЕзависимы от адаптаций.
Понятно.
  Понятна и ущербность данного определения. Адаптация - градуальный процесс к целевому ресурсу, сопровождаемый непредсказуемым сомном тех отклонений, которые по данному определению отбрасываются, как случайные. Остаются, таким образом, только целевые.

  Я уже ставил задачу, которую Вы справедливо отбросили, как дилетантскую: каким образом "низший" организм готов адаптироваться к принципиально непредсказуемому ресурсу? Только способностью перестроиться именно к случайной мутации.
  Поясню. Если на привычном ресурсе организм способен "пережить" мульон принципиально случайных мутаций, то он окажется способен удовлетвориться и непредсказуемым ресурсом. Здесь, как в информатике - сохраняются те сведения, к которым ведет наибольшее число путей получения. Т.е. вероятность "удачной или целевой" мутации прямо пропорциональна приспособленности фенотипа к, так называемым, нейтральным мутациям.

  Человек приспосабливается не то, что бы, обходясь без мутагенеза, но пройдя долгий путь к способности нейтрализовать вредное действие мутаций. Коли Ленски, в таком раскладе - это особи, способные перестройкой цитоплазмы нейтрализовать действие той мутации, которая вредна в привычной среде, но оказывается удачной в среде цитрата. Соответственно получаем неслучайный адаптогенез.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Игорь Антонов от августа 12, 2020, 16:40:23
И ещё одна работа, где исследуется адаптивная транспозиция:

Environment-directed activation of the Escherichia coli flhDC operon by transposons (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5775904/)
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 12, 2020, 17:17:04
Все    то  же  самое   -    отбор   мутаций.   Инсерционных   после  активации   SOS    системы в  стрессовых  условиях.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Игорь Антонов от августа 12, 2020, 17:58:29
Цитата: Питер от августа 12, 2020, 17:17:04Все    то  же  самое   -    отбор   мутаций.

У них там доля однотипных мутантов продолжает быстро увеличиваться в стационарной фазе, когда колония фактически не растёт. Тем самым они доказывают, что это не отбор мутаций, а массовые параллельные транспозиции в клетках:

When both the wild-type and IS5 strains initially plated approached the stationary phase, the emerging mutant population kept increasing with an apparent doubling time of 56 min. It should be noted that the apparent doubling times for the newly appearing mutants represent a sum of the insertion rate and the doubling rate for these cells alone. Since both the wild-type and initially inoculated IS5 mutant were barely growing, we assume that the increased numbers of newly emerging cells are primarily due to the appearance of new mutants, not to growth.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: василий андреевич от августа 12, 2020, 18:28:24
Цитата: Игорь Антонов от августа 12, 2020, 17:58:29массовые параллельные транспозиции в клетках
Тогда нужен термин, отличный от "мутация".
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от августа 12, 2020, 18:37:23
А понятие об удельной энтропии в конвергентной эволюции не пойдет? Там очень хорошо проявляется значение мутаций.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от августа 12, 2020, 18:40:06
Уважаемый топикстартер, прошу прощения за нарушение требования не писать в тему. Впредь в полемику не включусь.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: василий андреевич от августа 12, 2020, 18:53:55
  Вместо "удельная энтропия" для биосистем используют расплывчатое понятие информации.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 13, 2020, 09:16:33
эволюция больше подходит
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 13, 2020, 09:41:59
Цитата: Питер от августа 12, 2020, 16:01:53
По    факту 
E coli MG1655 includes 44 transposable elements of 10 kinds and 6 copies of Rhs, a repeated sequence that resembles a transposon but for which there are no data indicating that it can move. The genome also contains 8 prophage or phage remnants.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC187512/#:~:text=E%20coli%20MG1655%20includes%2044,8%20prophage%20or%20phage%20remnants.

То    есть  1   транспозон   примерно  на  100   генов.   И  как   выбрать  нужный   когда  прыгаешь ?

ис сам прыгать не может, у него ног нет, а прыгает он в комплексе с транспозазай,которая тоже специфична, т.е. мы имеем дело с комплексом белок-днк типа кас12.

https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/1040841X.2017.1303661

More than 4500 IS belonging to 29 families have been identified to date (Siguier et al. 2006, 2014).

у коли 56 видов и не счесть подвидов исов, открывают новые и старые всегда по необходимости могут дуплиться - не зря их 90% в геноме человека.






Цитировать"Похоже  дубльсистема"   -    это    ну  совсем  не  ясно.
будем разбираться!Есть статьи на эту тему с участием цамф.

ЦитироватьИ все-таки  по  всему   геному    -  случайно  или  нет  ?
любое достоверное отличие это уже неслучайно. В принципе Ленскому и Хофвегену хватило того что есть.

В примерах с проезжей частью и др. НЕ использийте, пож.,  участников и членов их семей!

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 13, 2020, 09:45:49
Цитата: василий андреевич от августа 12, 2020, 18:28:24
Цитата: Игорь Антонов от августа 12, 2020, 17:58:29массовые параллельные транспозиции в клетках
Тогда нужен термин, отличный от "мутация".
мутация это любое реплицируемое изменение генома, вставки МЭ случайные они или неслучайные, тоже мутации
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 13, 2020, 09:50:03
Цитата: Питер от августа 12, 2020, 17:17:04
Все    то  же  самое   -    отбор   мутаций.   Инсерционных   после  активации   SOS    системы в  стрессовых  условиях.
отбор есть всегда, но он действует на усовершенствование механизма  безопасной транспозиции.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 13, 2020, 09:51:56
Дуплиться   -    это  из  домино.
Ну  так   что  -   для  каждого  гена  свой  ИС  ?
И  вы  так  и  не  ответили  про  число   возможных  сайтов   транспозиции в    коротком  моем  кусочке   ДНК.    написанном  просто    из  головы.  Случайный   твист     по     клаве.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 13, 2020, 09:53:34
Что   такое   "безопасная    траспозиция"   ?    Система вообще       работает  на   блокирование   транспозиции   в  нормальных  условиях  и  активацию      процессау  в  стрессовых  условиях.  Это  про    бактерии.
У  высших  все  вообще  по  другому. 
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 13, 2020, 10:18:18
Цитата: Питер от августа 13, 2020, 09:51:56
Дуплиться   -    это  из  домино.
Ну  так   что  -   для  каждого  гена  свой  ИС  ?
И  вы  так  и  не  ответили  про  число   возможных  сайтов   транспозиции в    коротком  моем  кусочке   ДНК.    написанном  просто    из  головы.  Случайный   твист     по     клаве.
биология это наука наблюдательно-описательного характера, в клетке нет случайных твистов, из головы. Генкод читаем при трансляции, т.е. каждому кодону соответствует АМК, а неправильные белки отбор устраняет - система работает. Вы же не спрашиваете как лакрепрессор находит лакоператора, факт что находит, тоже самое и с ис, только вместо белка репрессора белок транспозаза.

https://www.youtube.com/watch?v=5pXdnUTn6hc

ЦитироватьНу  так   что  -   для  каждого  гена  свой  ИС  ?
похоже каждому промотору свой МЭ.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 13, 2020, 10:21:48
Цитата: Питер от августа 13, 2020, 09:53:34
Что   такое   "безопасная    траспозиция"   ?    Система вообще       работает  на   блокирование   транспозиции   в  нормальных  условиях  и  активацию      процессау  в  стрессовых  условиях.  Это  про    бактерии.
У  высших  все  вообще  по  другому.
правильно! но активация должна иметь смысл, случайные вставки принесут больше вреда чем пользы, правильная вставка 1, все остальные губительны, поэтому по стэ отбор должен работать на точность транспозиции, что он и сделал.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 13, 2020, 10:28:04
Цитата: vit от августа 13, 2020, 10:18:18Цитировать (выделенное)
Ну  так   что  -   для  каждого  гена  свой  ИС  ?
похоже каждому промотору свой МЭ.
Цитата: vit от августа 13, 2020, 10:18:18биология это наука наблюдательно-описательного характера,

Таки   наблюдательно-описательный      характер   биологии  говорит,  что   это  не  так.  У      E.   coli     примерно  500  ИС  на  5000   генов.

Таки  случайный  твист  по  клаве   нужен  в  образовательных  целях.    Могу  вырезать кусок   ДНК  из   бласта -  это  не  поменяет  сути  вопроса.   Сколько    возможных  сайтов встраивания   в  моем  кусочке  ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 13, 2020, 10:43:46
Цитата: Питер от августа 13, 2020, 10:28:04
Таки   наблюдательно-описательный      характер   биологии  говорит,  что   это  не  так.  У      E.   coli     примерно  500  ИС  на  5000   генов.
конкретные подсчеты здесь не актуальны, у нас есть результат Ленского и Хофвегена, которые говорят что исов хватает на всех- броня крепка и ис3 наши быстры!
У нас есть репрессоры всех оперонов, репрессор состоит из куска днк для спецопознавания своего специфичного оператора и белков для активности, фактически это тот же ис или мэ, ну или составная часть к нему.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 13, 2020, 10:46:37
Цитата: vit от августа 13, 2020, 10:21:48правильно! но активация должна иметь смысл, случайные вставки принесут больше вреда чем пользы, правильная вставка 1, все остальные губительны, поэтому по стэ отбор должен работать на точность транспозиции, что он и сделал.

Опять  же    наблюдательно-описательная  наука   говорит   о  том,  что  в   режиме   миллионов  клеток   потеря   сотен  тысяч  клеток   в  результате "плохих"   транспозиций   не  является        страшной     опять  же   для  популяции  и вида.     И  если     у   пациента   с   гнойным  перитонитом     выживает  в   результате   траспозиции одна   бактерия  при  использовании  антибиотика  Х   -  то    сепсис  все  равно   будет.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 13, 2020, 10:50:27
Ну     да,  чего   считать-то   ?   Не  важно,  сколько  клеток   было в   эксперименте.  Не  важно,  что    кроме  ИС  есть  другие  механизмы.  Не  важно,  что  связывание    того  же   lac   репрессора      имеет    в   основном   случайное  связывание с   ДНК.  Все   -   не  важно.   Важна  только  трактовка   Vit,

При  этом  все-таки     500  ИС  и  5000  генов   -  как  быть  с  вашим  утверждением,    что  для  каждого     гена  свой  ИС  ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: василий андреевич от августа 13, 2020, 10:51:09
Цитата: vit от августа 13, 2020, 10:21:48по стэ отбор должен работать на точность транспозиции, что он и сделал.
Вопрос "не случайности" сводится к сигналу от конкретного места генома, пребывающему в состоянии возбуждения. Как, через каких агентов, средовые факторы могут отразиться на геноме?
  Допущение "знаний" (информации) о среде в геном - абсурдно. И ему, геному, пофиг, какое изменение в среде так отразилось на феноме, что он испытывает стресс. Если вставка садится на случайное место и не репарируется, то грош цена такой мутации. Следовательно, пропускается до мутации только избранная. Чем избранная? (если статистика, конечно, как обычно, не врет)
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 13, 2020, 10:59:47
Цитата: Питер от августа 13, 2020, 10:46:37
Опять  же    наблюдательно-описательная  наука   говорит   о  том,  что  в   режиме   миллионов  клеток   потеря   сотен  тысяч  клеток   в  результате "плохих"   транспозиций   не  является        страшной     опять  же   для  популяции  и вида.     
являясь плохими они включены в отбор, поэтому убираются , а остаются хорошие - безопасные.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 13, 2020, 11:14:19
Цитата: Питер от августа 13, 2020, 10:50:27
связывание    того  же   lac   репрессора      имеет    в   основном   случайное  связывание с  ДНК.
вы неправильно прочитал, лак1 связывается неспецифично с днк и начинает по ней ползать, чтобы найти свой оператор.
ЦитироватьПри  этом  все-таки     500  ИС  и  5000  генов   -  как  быть  с  вашим  утверждением,    что  для  каждого     гена  свой  ИС  ?
Может быть не ис, а любой мэ или гпг. Решение в том, что ис или др. активно и специфично вставляется белком в нужный сайт для адаптации.

А 500 на 5000 или др. - это не важно:
1. цифры могут быть неправильные
2. 500 на1 сломаный промотор хватит. Всего похоже 700 оперонов есть, значит 700 промоторов, не все из них сломаны. 3.транспозазы тоже специфичны - циттранспозаза тащит ис3 на цитоперон. 

Вариантов много.

Вообще эта система похожа на днк-рнк -полимеразу, скроее всего из них эти днк-белок комплексы и развились.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 13, 2020, 11:21:17
Цитата: василий андреевич от августа 13, 2020, 10:51:09

  Вопрос "не случайности" сводится к сигналу от конкретного места генома, пребывающему в состоянии возбуждения. Как, через каких агентов, средовые факторы могут отразиться на геноме?
 
хоть догма гласит, что информация передается от днк к белку, а не наоборот, отбор действует на белок и таким образом осуществляется обратная информация.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от августа 13, 2020, 12:20:56
Цитата: vit от августа 13, 2020, 11:21:17хоть догма гласит, что информация передается от днк к белку, а не наоборот, отбор действует на белок и таким образом осуществляется обратная информация.

Вот это да!!!????
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 13, 2020, 12:21:48
МГЭ не может сам двигаться, значит транспозаза его активирует
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 13, 2020, 12:22:49
Цитата: Evol от августа 13, 2020, 12:20:56
Вот это да!!!????
вам тролить не надоело!!!????

троллинг, если сами не понимаете, это когда 0 информации и много эмоций
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от августа 13, 2020, 12:25:46
Может, тему в ненаучный перенести...
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 13, 2020, 12:27:42
Цитата: Evol от августа 13, 2020, 12:25:46
Может, тему в ненаучный перенести...
на каждом форуме есть свой троль >:D

типа шут гороховый
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от августа 13, 2020, 12:50:46
vit, до прямых оскорблений я не опускался.
С тем Вы дали мне основание обратиться к администрации форума для того, чтобы обратить внимание на использованное Вами выражение.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 13, 2020, 12:56:52
хоть догма гласит, что информация передается от днк к белку, а не наоборот, отбор действует на белок и таким образом осуществляется обратная информация.

если ктото из нормальных пользователей тоже не понял, поясню.

днк программирует белок, прошла мутация и новая, плохая днк  стала прогроммировать плохой белок, клетка от этого пострадала в отборе и не дала потомства, соответственно плохой белок сделал так что плохая днк исчезла.  Вот вам и обратная связь!

только троль  :'(может это не понять.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 13, 2020, 13:00:28
Цитата: Evol от августа 13, 2020, 12:50:46
vit, до прямых оскорблений я не опускался.
С тем Вы дали мне основание обратиться к администрации форума для того, чтобы обратить внимание на использованное Вами выражение.
у вас вообще то тут бан на этой теме от меня как тса, а вы продолжаете тролить >:D

А вообщем похоже на капитуляцию по основному вопросу дискуссии, обычно только в таких случаях бегут стучать начальству.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Evol от августа 13, 2020, 13:05:44
Цитата: vit от августа 13, 2020, 13:00:28
Цитата: Evol от августа 13, 2020, 12:50:46
vit, до прямых оскорблений я не опускался.
С тем Вы дали мне основание обратиться к администрации форума для того, чтобы обратить внимание на использованное Вами выражение.
у вас вообще то тут бан на этой теме от меня как тса.

А вообщем похоже на капитуляцию по основному вопросу дискуссии, обычно только в таких случаях бегут стучать начальству.

Да, справедливо отмечено, я повторно ошибся, за что приношу искренние извинения оппоненту.
Однако, это не повод продолжать оскорблять собеседника.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 13, 2020, 13:13:20
троль, тролинг это не оскорбление, а запрещенная манера поведения в сети, которую вы демонстрируете.

можете жаловаться сколько угодно, в этой теме пишите по сути дискуссии, желательно с ссылками на научные работы, без троллинга!!!
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 13, 2020, 13:18:15
Цитата: vit от августа 13, 2020, 11:14:19А 500 на 5000 или др. - это не важно:
1. цифры могут быть неправильные
2. 500 на1 сломаный промотор хватит. Всего похоже 700 оперонов есть, значит 700 промоторов, не все из них сломаны. 3.транспозазы тоже специфичны - циттранспозаза тащит ис3 на цитоперон. 

1.   Ну   докажите  их  неправильность.   Не  просто  "могут  быть"   -    а  ссылками  на  то,   что E.   соli    в  геноме   ХХХ  транспозонов  и вы  все  КАААЗЛЫ    считать  не  умеете.   Барабан  на  шею,    палочки в  руки  ...
2.   Там  нет  "сломанного   промотора"   Там  нужен   ДРУГОЙ      промотор.   Который  может  быть  и  не  из  траспозона.
3.   Как   говаривалось в  известной   книге,  товариц    совравши.   Что   за  такая   циттранспозаза  ?    Есть  ИС3   -  но  она  не    ЦИТ.  Она      и  по  другим  местам  генома  прыгает.   В    транспозазе     нет   ничего    привязанного  именно  к   этому   гену.
Если    по  вашему  мнению   есть  -    пруф  в  студию,  что  он   может  встраиваться  только  туда.
ну  а   догмой     у  вас  опять  просто  цирк  ... Она   не   об  этом,  она    о    матричной  передаче  информации  между   ДНК,  РНК  и  белком. 
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 13, 2020, 13:38:53
Цитата: Питер от августа 13, 2020, 13:18:15

1.   Ну   докажите  их  неправильность.   Не  просто  "могут  быть"   -    а  ссылками  на  то,   что E.   соli    в  геноме   ХХХ  транспозонов  и вы  все  КАААЗЛЫ    считать  не  умеете.   Барабан  на  шею,    палочки в руки  ...
https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/1040841X.2017.1303661

More than 4500 IS belonging to 29 families have been identified to date (Siguier et al. 2006, 2014).это пару страниц до этого было. есть статьи о открытии новых ис и мэ. У вас цифры не понятно откуда, вчера было 44, сегодня 500...

Не забывайте про гпг, там исов можно взять сколько коля ни пожелает. Поэтому арифметический аргумент здесь не катит.




Цитировать2.   Там  нет  "сломанного   промотора"   Там  нужен   ДРУГОЙ      промотор.   Который  может  быть  и  не  из  траспозона.
похоже коля его воспринимает как сломанный, оператор свободен, а экспрессии нет.
ЦитироватьЧто   за  такая   циттранспозаза  ?    Есть  ИС3   -  но  она  не    ЦИТ.  Она      и  по  другим  местам  генома  прыгает.   В    транспозазе     нет   ничего    привязанного  именно  к   этому   гену.
в ис3 есть, а в транспозазе, которая его находит и активирует нет?

Цитироватьну а   догмой     у  вас  опять  просто  цирк  ... Она   не   об  этом,  она    о    матричной  передаче информации между   ДНК,  РНК  и  белком.
я и говорю - информации! или плохая мутация это не матричная информация?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 13, 2020, 14:11:25
Вы   
Цитата: vit от августа 13, 2020, 13:38:53https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/1040841X.2017.1303661

More than 4500 IS belonging to 29 families have been identified to date (Siguier et al. 2006, 2014).это пару страниц до этого было. есть статьи о открытии новых ис и мэ. У вас цифры не понятно откуда, вчера было 44, сегодня 500...

ВСЕГО   У    ВСЕХ   ПРОКАРИОТ ОПИСАНО   4500  IS.    Вы   правда  думаете,  что  они все  в  E.coli ?
Ну  и  читайте   дальше   Siguier  2014

https://academic.oup.com/femsre/article/38/5/865/496682

Про  44  веселых  чижа.
The genetic instability of E. coli owing to transposable elements is certainly a problem that can be addressed by genomic deletion. E coli MG1655 includes 44 transposable elements of 10 kinds and 6 copies of Rhs, a repeated sequence that resembles a transposon but for which there are no data indicating that it can move. The genome also contains 8 prophage or phage remnants. Transposases associated with the transposable elements are induced by stress, such as heat and cold shock, and might be activated by procedures such as electroporation. Genome rearrangements and mutations associated with the activity of transposons are very common in E. coli, including the preponderance of spontaneous null mutations (Kitamura et al. 1995) and inversions.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC187512/#:~:text=E%20coli%20MG1655%20includes%2044,8%20prophage%20or%20phage%20remnants.

Цитата: vit от августа 13, 2020, 13:38:532.   Там  нет  "сломанного   промотора"   Там  нужен   ДРУГОЙ      промотор.   Который  может  быть  и  не  из  траспозона.
похоже коля его воспринимает как сломанный, оператор свободен, а экспрессии нет.

Он   есть.  Он  просто  не  активен в  присутствии  кислорода.   А    что  там  воспринимает    коля   -   она  вам  лично  рассказала ???


Цитата: vit от августа 13, 2020, 13:38:53Цитировать (выделенное)
  Что   за  такая   циттранспозаза  ?    Есть  ИС3   -  но  она  не    ЦИТ.  Она      и  по  другим  местам  генома  прыгает.   В    транспозазе     нет   ничего    привязанного  именно  к   этому   гену.
в ис3 есть, а в транспозазе, которая его находит и активирует нет?

Что  они   (ИС3   в  целом  и  транспозаза,  которая    кодируется   ИС3)      КОНКРЕТНО       находит  специфичного в  цит ? 

Это   не   матричная   информация.  Вообще   белок  не  говорит   ДНК,  что  он   плохой.  Нет    передачи  информации  от  белка  к   РНК  и  далее к  ДНК.   Отбирается   ФЕНОТИП  -    хоть  это  вам  понятно  ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 13, 2020, 16:19:27
Цитата: Питер от августа 12, 2020, 16:04:59
Цитата: Alexeyy от августа 12, 2020, 15:48:45А при чём тут это? Конечно, такого нет. А я говорил о внешнем воздействии. Это - всё равно самонаправление эволюции. Неужели не понимаете?

Идете    вы   по   тротуару.  Тут  вам кто-то  толкает  на  проезжую  часть.   Вы    туда   САМОнаправились   или  вас  внешняя  сила  направила  ?

Смотря по отношению к кому. По отношению  к человеку -внешняя, а по отношению к человеческому сообществу - внутренняя.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 13, 2020, 19:07:06
Цитата: Питер от августа 13, 2020, 14:11:25

ВСЕГО   У    ВСЕХ   ПРОКАРИОТ ОПИСАНО   4500  IS.    Вы   правда  думаете,  что  они все  в  E.coli ?
они могут быть у коли по гпг.

ЦитироватьThe genetic instability of E. coli owing to transposable elements is certainly a problem that can be addressed by genomic deletion. E coli MG1655 includes 44 transposable elements of 10 kinds and 6 copies of Rhs, a repeated sequence that resembles a transposon but for which there are no data indicating that it can move. The genome also contains 8 prophage or phage remnants. Transposases associated with the transposable elements are induced by stress, such as heat and cold shock, and might be activated by procedures such as electroporation. Genome rearrangements and mutations associated with the activity of transposons are very common in E. coli, including the preponderance of spontaneous null mutations (Kitamura et al. 1995) and inversions.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC187512/#:~:text=E%20coli%20MG1655%20includes%2044,8%20prophage%20or%20phage%20remnants.

Генетическая нестабильность E. coli из-за мобильных элементов, безусловно, является проблемой, которую можно решить с помощью делеции генома. E. coli MG1655 включает 44 мобильных элемента 10 видов и 6 копий Rhs, повторяющуюся последовательность, которая напоминает транспозон, но для которой нет данных, указывающих, что он может перемещаться. Геном также содержит 8 остатков профага или фага. Транспозазы, связанные с мобильными элементами, индуцируются стрессом, например тепловым или холодовым шоком, и могут быть активированы такими процедурами, как электропорация. Перестройки генома и мутации, связанные с активностью транспозонов, очень распространены у E. coli, включая преобладание спонтанных нулевых мутаций (Kitamura et al. 1995) и инверсий.



E. coli MG1655 включает 44 мобильных элемента 10 видов.   где про 500?

Всего у коли 56 видов ис и много мэ..

у коли столько ис и др. сколько ей нужно для конкуренции, если у неё их 40 значит этого достаточно, приобрести еще не проблема.




ЦитироватьОн   есть.  Он  просто  не  активен в  присутствии  кислорода.   А    что  там  воспринимает    коля   -   она  вам  лично  рассказала ???
коля воспринимает стресс который активизирует Транспозазы, связанные с мобильными элементами, индуцируются стрессом, например тепловым или холодовым шоком, и могут быть активированы такими процедурами, как электропорация. Перестройки генома и мутации, связанные с активностью транспозонов, очень распространены у E. coli, включая преобладание спонтанных нулевых мутаций (Kitamura et al. 1995) и инверсий.




ЦитироватьЧто  они   (ИС3   в  целом  и  транспозаза,  которая    кодируется   ИС3)      КОНКРЕТНО      находит  специфичного в  цит ? 
специфичную для цит днкпоследовательность + возможно дополнительные метки типа цинковых пальцев и др..
ЦитироватьЭто   не   матричная   информация.  Вообще   белок  не  говорит   ДНК,  что  он   плохой.  Нет    передачи  информации  от  белка  к   РНК  и  далее к  ДНК.   Отбирается   ФЕНОТИП  -    хоть  это  вам  понятно  ?
а фенотип не имеет отношения к генотипу!

это в МБ догма днк-рнк-белок, а в ЭБ догма отбора. Вместе с плохими фенотипами, отбор удаляет и плохие генотипы и плохую матричную информацию из популяции -  хоть  это  вам  понятно  ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 13, 2020, 19:40:46
пс. Фенотип - это белок.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: василий андреевич от августа 13, 2020, 20:36:12
Цитата: vit от августа 13, 2020, 19:07:06Вместе с плохими фенотипами, отбор удаляет и плохие генотипы и плохую матричную информацию из популяции
Ну это в русле сермяжного отбора, как отрицательная обратная связь. С натяжкой, через высвобождение пространства и информация к выжившим геномам. Вы же отстаиваете весьма нетривиальное, а именно: при рутинной работе генома в нем копится полезная информация о действии, предваряющем его деление так, что бы минимизировать вероятное число "вредных мутаций". Это принципиально не нарушает стешных утверждений (догм - это плохо).
  Если так, то необходимо очерчивать границы применимости. Пусть они будут касаться только шоковых ситуаций, когда геном готов к делению, но копит напряжения прежде чем разворачиваться для атак связанных с нарушениями. Это физически объяснимо на молекулярных протяженностях квазикристаллов.
  А вот далее надо бы понять "чудо", когда геном достигает момента "икс", что бы подставить себя под удачное SOS-нарушение. Вернее сказать не "удачное", а адаптационно необходимое. Такое впечатление, что геном уже тренировался "на кошечках" своей предшествовавшей эволюцией.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 14, 2020, 08:08:15
Цитата: vit от августа 13, 2020, 19:07:06они могут быть у коли по гпг.
И

В  мире     циркулирует   ТРИЛЛИАРД     долларов.    Они  могут   быть все  у  меня, но  увы ...
Между  могут  и есть    маленькая  разница  ...
Но  есть   факт  по  конкретному   штамму.
Цитата: vit от августа 13, 2020, 19:40:46пс. Фенотип - это белок.

Фенотип   -    не   белок.   Фенотип  имеет  отношение  только к   целостному  организму.
Цитата: vit от августа 13, 2020, 19:07:06специфичную для цит днкпоследовательность + возможно дополнительные метки типа цинковых пальцев и др..

Какая     последовательность в   цит ?   В  студию,   плиз.  А  Хотя   бы  какой   длины  ....
Про   цинковые   пальцы   ...   Вы   хоть  знаете,        где  они  ?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 14, 2020, 10:38:45
Цитата: Питер от августа 14, 2020, 08:08:15

Но  есть   факт  по  конкретному  штамму.
ну а если бы у штамма 0 исов было?
В биологии инженерно-арифметический метод не применим, здесь действует отбор, напр. есть миллиард зданий разной конструкции и только 1 устояло при землетрясении и его жильцы выжили и стали строить дома только этой конструкции 


Цитировать
Цитата: vit от августа 13, 2020, 19:40:46пс. Фенотип - это белок.

Фенотип   -    не   белок.   Фенотип  имеет  отношение  только к   целостному  организму.
фенотип - это продукт экспрессированного гена, результат реализации генотипа путем трансляции и транскрипции, факторы среды ограниченны генетической модификацией онтогенеза.

Любой белок имеет отношение к фенотипу в популяции, соответственно любая матричная последовательность может исключиться отбором из днк. Соответственно, случайные губительные вставки мэ исключаются отбором, а точные закрепляются.

Вы же не оспариваете, в принципе, существование механизма днкспецифической рекомбинации, которая включает в себя нуклеинопротеиновые комплексы?



ЦитироватьКакая     последовательность в   цит ?   В  студию,   плиз.  А  Хотя   бы  какой   длины  ....
Про   цинковые   пальцы   ...   Вы   хоть  знаете,        где  они  ?
последовательности достаточно, что бы безошибочно находить комплементарный отрезок днк , как это делает лак1тф и цит1тф и 100и др. репрессоров на их операторах.

Цинковый палец (англ. zinc finger) — небольшой структурный мотив белка, стабилизированный одним или двумя ионами цинка, связанными координационными связями с аминокислотными остатками в составе белка. Как правило, цинковый палец включает около 20 аминокислот, ион цинка связывает 2 гистидина и 2 цистеина. Цинковые пальцы являются белковыми модулями, взаимодействующими с ДНК, РНК, другими белками или небольшими молекулами.

Основными группами белков с цинковыми пальцами являются ДНК-связывающие факторы транскрипции, а также искусственные ферменты рестрикции, получаемые слиянием ДНК-связывающего домена цинкового пальца с ДНК-разрезающим доменом нуклеазы. Домен цинкового пальца может быть спроектирован так, чтобы узнавать желаемую последовательность ДНК и связываться с ней. https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A6%D0%B8%D0%BD%D0%BA%D0%BE%D0%B2%D1%8B%D0%B9_%D0%BF%D0%B0%D0%BB%D0%B5%D1%86

их много разных для узнавания и манипуляций с днк
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 14, 2020, 10:44:17
Цитата: василий андреевич от августа 13, 2020, 20:36:12
  Ну это в русле сермяжного отбора, как отрицательная обратная связь.
отрицательная является решающей
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 14, 2020, 10:57:02
Осталось  найти в   транспозазе    домен  цинковых  пальцев.
Да,     и  последовательность  сайта   узнавания   для  транспозазы ИС3 в  области citT   в  студию.

Цитата: vit от августа 14, 2020, 10:38:45Вы же не оспариваете, в принципе, существование механизма днкспецифической рекомбинации, которая включает в себя нуклеинопротеиновые комплексы?

Нет.  Но  тут    ключевое   слово  "специфичность"  и ее   определение   по  уровню  гомологии   между    последовательностями.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Питер от августа 14, 2020, 10:59:39
Цитата: vit от августа 14, 2020, 10:38:45ну а если бы у штамма 0 исов было?
В биологии инженерно-арифметический метод не применим, здесь действует отбор, напр. есть миллиард зданий разной конструкции и только 1 устояло при землетрясении и его жильцы выжили и стали строить дома только этой конструкции 

Ваши  слова   да   богу  в   уши.   Меняем     слов      зданий  на  слово  мутация   - и  все.

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 14, 2020, 11:13:35
Цитата: Питер от августа 14, 2020, 10:57:02

Нет.  Но  тут    ключевое   слово  "специфичность"  и ее   определение   по  уровню  гомологии   между    последовательностями.
правильно, вы оспариваете достаточность специфичности, т.е. напр. ис3транспозаза комплекс имеет 20 амк, а по -вашему, должен иметь 120.

правильно я вас понял?

ЦитироватьВаши  слова   да   богу  в   уши.   Меняем     слов      зданий  на  слово  мутация   - и  все.
и получаем адаптивный мутагенез, люди же не случайно правильные дома строят
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Игорь Антонов от августа 14, 2020, 12:44:56
Свежая заметка (от 10 августа):

Творческий кризис молекулярной эволюции: адаптивные мутации повторяются (https://www.skoltech.ru/2020/08/tvorcheskij-krizis-molekulyarnoj-evolyutsii-adaptivnye-mutatsii-povtoryayutsya/)
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 14, 2020, 13:02:11
Трудно постичь принципиальность, для молекулярных биологов, отрицания адаптивной эволюции. Белки успешно меняют геном репликацией, репарацией, кроссинговером, а вот адаптивная вставка промотора - ни-ни!
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 14, 2020, 17:48:01
Цитата: Питер от августа 14, 2020, 10:57:02
Но  тут    ключевое   слово  "специфичность"  и ее   определение   по  уровню  гомологии   между    последовательностями.

Mechanism of Homology Recognition in DNA Recombination from Dual-Molecule Experiments

https://www.cell.com/molecular-cell/fulltext/S1097-2765(12)00267-5?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS1097276512002675%3Fshowall%3Dtrue

In E. coli homologous recombination, a filament of RecA protein formed on DNA searches and pairs a homologous sequence within a second DNA molecule with remarkable speed and fidelity. Here, we directly probe the strength of the two-molecule interactions involved in homology search and recognition using dual-molecule manipulation, combining magnetic and optical tweezers.

При гомологичной рекомбинации E. coli филамент белка RecA образуется при поиске ДНК и соединяет гомологичную последовательность во второй молекуле ДНК с поразительной скоростью и точностью. Здесь мы непосредственно исследуем силу двухмолекулярных взаимодействий, участвующих в поиске и распознавании гомологии, используя манипуляции с двумя молекулами, комбинируя магнитный и оптический пинцет.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Gilgamesh от августа 14, 2020, 18:12:25
Цитата: vit от августа 13, 2020, 12:27:42
Цитата: Evol от августа 13, 2020, 12:25:46
Может, тему в ненаучный перенести...
на каждом форуме есть свой троль >:D

типа шут гороховый
Самокритика?
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: василий андреевич от августа 14, 2020, 19:09:43
Цитата: Игорь Антонов от августа 14, 2020, 12:44:56"адаптивные мутации повторяются"
Всё одно, запрет информационной переадресации от среды к геному должен оставаться незыблемым. Именно такой запрет позволяет минимизировать энтропию (принцип сохранности) в компактность видовой обособленности на фоне расширяющегося видового многообразия (принцип изменчивости).
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 14, 2020, 19:52:48
Цитата: Gilgamesh от августа 14, 2020, 18:12:25
Цитата: vit от августа 13, 2020, 12:27:42
Цитата: Evol от августа 13, 2020, 12:25:46
Может, тему в ненаучный перенести...
на каждом форуме есть свой троль >:D

типа шут гороховый
Самокритика?
критика!  стукачек ананимку прислал?

если Вы, как модератор считаете мое присутствие на этом форуме неуместным, можете мне об этом прямо сообщить,  меня это нисколько не заденет 8).
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 14, 2020, 19:55:04
Цитата: василий андреевич от августа 14, 2020, 19:09:43
минимизировать энтропию
в живых системах проблема энтропии решается за счет получения энергии из вне.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Gilgamesh от августа 14, 2020, 21:25:32
Цитата: vit от августа 14, 2020, 19:52:48если Вы, как модератор считаете мое присутствие на этом форуме неуместным, можете мне об этом прямо сообщить,  меня это нисколько не заденет .

Если Вы извинитесь и Вас извинят, можете оставаться на форуме. Если нет, то нет.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: василий андреевич от августа 14, 2020, 21:39:43
  Энтропия - не энергия, и за счет перераспределения последней не решается. Любое изменение формы энергии приводит к росту энтропии. Для организмов же парадокс именно в низком (по отношению к среде) энтропийном состоянии, что осуществляется за счет метаболических реакций, работающих, скажем так, по противоестественному принципу "Черной Королевы" - надо сильно бежать, что бы оставаться на месте с энтропийным минимумом.
  Мутагенез, по неявной сути, и является "бегом на месте", дабы организменному сообществу молекул не кануть в небытие теплового рока Вселенной. По стешному, заботу на минимизацию энтропии в выживающей системе берет на себя отбор остающихся при минимуме, за счет обесценивания в энтропию "неудачников", делая, таким образом, из последних козлов отпущения грехов выживших.
  Вы же беретесь отстаивать идею, что в геноме "избранных(?)" уже, по факту предыстории, содержится информация о том, как мутировать для занятия средовой протяженности (ресурс) с пониженной энтропией. Лично я не имею ничего против такого подхода, и хочу понять, как предыстория может обеспечить непредсказуемое будущее?

  ПП. Ершисто реагируя на эмоцию учасника, Вы, тем самым, вместо отрицательной обратной связи, поджигаете положительную, что не есть хорошо. А это лишняя нагрузка на модератора, у которого и без нас дел по гланды.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: vit от августа 14, 2020, 22:21:11
Цитата: Gilgamesh от августа 14, 2020, 21:25:32
Цитата: vit от августа 14, 2020, 19:52:48если Вы, как модератор считаете мое присутствие на этом форуме неуместным, можете мне об этом прямо сообщить,  меня это нисколько не заденет .

Если Вы извинитесь и Вас извинят, можете оставаться на форуме. Если нет, то нет.
на приличных форумах тролей банят, а не просят перед ними извиняться.

в принципе дискуссия закончена, Питер не смог привезти веских аргументов в защиту случайного мутагенеза в опытах Ленского, я как ТС имею право потребовать от модератора закрыть тему! занавес! :D

Название: Re: Мутагенез
Отправлено: василий андреевич от августа 14, 2020, 23:39:48
Цитата: vit от августа 14, 2020, 22:21:11Питер не смог привезти веских аргументов
Похоже на игру в шахматы с голубем.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Alexeyy от августа 14, 2020, 23:48:40
Гилгамешь, vit, по-моему, иногда, хамовато-надменно себя ведёт. И в отношении меня так выше ни раз было. И мне это, действительно, ни раз напоминало троллинг. Но раз как-то потом сам извинился (никто его не заставлял). И после со мной он уже ни раз (хамовато) не вёл себя. Горячий он какой-то, ериперисто-циничный, местами, по-моему бывает. Вот и Evol попал под его каток. Evol вообще в этой теме почти ничего не понимает (это ярко демонстрирует его вопрос в ответе номер 672: https://paleoforum.ru/index.php/topic,11439.660.html ). Но «околачивается» что-то в ней, при всяком случае: вставки в неё делает всякие напрямую к обсуждению не относящиеся. У него вообще манера такая, что как только кто появиться новый на форуме – он прям сразу начинает его так или иначе со всех сторон вытягивать на разные разговоры, зачастую, к теме не относящиеся (потом начинает одолевать всякими умопомрачительными параллелизмами от квантовой механики до чёрных дыр :) ). Вот и vit не выдержал попыток вторжений не по теме. Evol, действительно – похож на тролля, но крайне необычного и редкого: по большей части, формально, крайне корректный и уважительный, но при случае, по-моему, любит так же наслаждаться пинанием кого-либо (и, как правило, справедливо; но в том т и суть тролля: наслаждение от «пинания»).
  В кои то веки на форуме начала доминировать научная тема («мутагенез»). Это – благодаря vit. Глядишь, это привлечет кого-то ещё из специалистов. А то форум, по-моему, прям загибается от их отсутствия. Поэтому, мне было бы очень жалко, если бы vit покинул форум. Мой опыт общения с ним говорит о том, что он способен к «перевоспитанию» и без жёстких мер на исключения из форума :) Но, конечно, побольше такта и уважительного отношения к оппонентам ему бы не помешало бы. Но для этого, думаю, радикальные меры, пока, не обязательно применять.
  Vit, Вы и, вправду, регулярные свои иронические подколы поубавили бы: так Вам бы было легче общаться. Ну не хотите, чтобы Вас кто-то не отвлекал от основного обсуждения – ну и не отвлекайтесь и всё и для этого вовсе не обязательно «наезжать» и пускаться до чего-то вроде оскорблений/хамства. Хотя, я Вас понимаю: мне, время от времени, и саму хочется «наехать» на Evol за его постоянные, дикие офтопы.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Игорь Антонов от августа 15, 2020, 00:28:57
Интересно, найдёт ли сам модератор, если его об этом попросить, более точное определение формата присутствия Evol на форуме, чем слово "троллинг"
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Игорь Антонов от августа 15, 2020, 01:07:58
Да, он стал менее многословным, чем был Nur2, но и не более того.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: василий андреевич от августа 15, 2020, 01:24:27
Цитата: vit от августа 14, 2020, 22:21:11занавес!
Ну посмеялся топикстартер над нами. Себя в теме закрыл. Его право.

  Но, чесслово, я так и не понял, что он смог обосновать неправоту Питера. Может потому и хлопает дверью, что сам не понимает, что доказывал. Если все популяции смутировали аналогичным образом, то знать для популяции это единственная мутация, которая и произошла в череде других, сгинувших, как не прошедших отбор.
  Почему во всех популяциях? Пока ответ прозвучал один - потому, что популяция, а не единственная особь.
Название: Re: Мутагенез
Отправлено: Gilgamesh от августа 15, 2020, 08:25:23
Г-н Vit в теме агрессивничал на всех оппонентов, может кроме г-на Антонова. Признавать некорректность своего поведения он не хочет. Надеюсь ткже что г-н Evol в жизни не лезет учить жизни пьяных дебоширов - дело неблагодарное и опасное. Тема закрыта раз уж топикстартеру так хочется, хотя ничто не мешает заинтересованным участникам открыть обсуждение в новой теме. Vit отпраляется в бан на три месяца. Если к снегу охолонет - может участвовать дальше. Нет - в бессрочный бан.