Ранняя жизнь и её возникновение.

Автор Alexeyy, ноября 08, 2020, 11:51:48

« назад - далее »

василий андреевич

  Алексей, Вы даже не замечаете, что через пост сваливаетесь на оскорбления в мой адрес, за то, что никак не врубитесь в объяснения, которые я считаю весьма тривиальными. И по пути совершаете ошибки, недостойные Вас, как человека вполне осведомленного. Потому вынужден каждый раз напоминать, хотя это конкретно сказал Питер - белки, пептиды, пептидные комплексы не клонируются.
  Уж в который раз, потребитель тот кто принимает порцию из мест ее избытка в момент, когда в этой порции созрела необходимость. Потому поставщиком порции может быть только пептид, который ее выдает в нужное место в нужное время. Чем выше частота прямых и обратных реакций, тем выше энергетический уровень, тем вероятнее, что это поставщик. Следовательно, потребителем может быть полипептид с наиболее низкой частотой обратимых реакций. Если частоты с которыми поставщик выдает порцию цельночисленны, например, один к двум, то вероятность усвоения этой порции многократно выше, нежели чем, например, один к 1,28. Пример с электроном на орбитали ровно из той же серии.

  ПП. Вместо того, что бы сразу перейти к квантовым процессам, к сожалению, приходится тратить нервы на разжевывание простых вещей. А ведь мы имеем дело со Шредингеровским котом, который жив или мертв с принципиально вычисляемой вероятностью. Пептидная связь и есть вероятностное состояние - она может быть, а может и не быть - обнуление вероятности до определенности может состояться только, как акт наблюдения.

Alexeyy

Демогогия - это не оскорбление, а констатация факта (что, конечно, может быть обидно). И опять Вы заняты тем же ... Уже в какой раз спрашиваю что такое "цельночисленные частоты распадов пептидов по отношению к потребителю" и получаю уход от ответа. Разве это не оскорбление?
 Или сначала хотя бы что такое "цельночисленные частоты распадов пептидов"?
  Как у распадов пептидов могут быть целочисленные частоты? Что это за "зверь"? В чём измеряется эта величина?

василий андреевич

  Тогда вновь о том же.
  Модельно пептид - условность, состоящая из аминокислот. Если учитывать только флуктуативный фактор, то пептид необратимо распадется на аминокислоты с высвобождением энергии связей на рассеяние. Но в условно изолированной системе пептидная связь, восстанавливается за счет того, что часть энергии уносится водой. Но вода может не уйти, а диссоциировать, разрушив связь. Получаем среднестатистический пептид, разрушающийся и восстанавливающийся с определенной периодикой. Величина обратная периоду называется частотой.
  Для Вас, Алексей, сказанное по-видимому, демагогия, потому опускаю общеизвестное и говорю, что разные пептиды отличаются частотой цикла распад-восстановление.
  Далее придется опять демагогить, что бы повториться в квадрате: если есть три пептида с..., ладно, не частотами, а периодами распада-восстановления, относящие как один, два, четыре, то это будет наилучшая комбинация для скачкообразного синтеза. Ибо как только высвободятся связи у длинно периодического пептида, наготове будут аминокислоты от распада или средне периодического, или коротко периодичного.
  Если периоды относятся друг к другу не как цельночисленные, а дробные, то распад коротко периодических пептидов не поставит вовремя амины для синтеза длинно периодического, и такой комплекс распадется с вероятностью намного превышающей "цельночисленный" комплекс.
  Назвать этот процесс отбором, нельзя, так как ни о какой унаследованности речи нет. Но комплекс с цельночисленными отношениями частот периодов распада-восстановления, будет "выживать" много успешнее прочих.
  Отношения что частот, что периодов, разумеется без-раз-мерно.

  ПП. И теперь уж точно уверен, что Вы (но не я) забыли свой первый вопрос, который заставил меня демагогировать, потому что в вопросе Вы подспудно допустили целый ряд ошибок, не среагировать на которые было недопустимо.
   

Alexeyy

Ну слава тебе господи ... я, чесно говоря, был уже почти уверен, что вы не способны не уходить от прямых ответов...
  Ну хорошо ...
Цитата: василий андреевич от июля 24, 2022, 22:24:33если есть три пептида с..., ладно, не частотами, а периодами распада-восстановления
А распадаются на что? Полностью на аминокислоты или, вооще говоря, просто на какие-то куски покрупнее?
  И теперь что такое потребители целочисленночастотных распадов пептидоы? Какие-то фрагменты других распадов пептидов?

василий андреевич

  Тогда появляется резон продолжить, но с обязательным соблюдением принципа постепенности.
  Поэтому давайте не искать-гадать о поставленных Вами вопросах, а обрисуем проблему "ширшее и глубжее". (тем более, что у меня осталось пару дней на сборы - рыбалка продлиться более месяца)

  Заглавие темы неисчерпаемо. Пусть жизнь по определению начинается с принципа сохранности при клонировании, с допущением того наследуемого минимума изменчивости, который, собственно, и позволяет говорить о эволюции, как необратимой изменчивости. Питер справедливо заключает, что РНК первый претендент, ибо ничто более простое не клонируется. Вы и я сошлись на перспективе "о первичности" того усложнения пептидов, которое может дать следствием синтез РНК и ДНК.
  Введем термин "пептидная протожизнь", т.е. усложнение есть, а клонирования нет. Пусть будет три условных этапа: пептиды - полипептиды - белки. Между этапами "непреодолимые" барьеры, которые иногда называют пропастью вероятности. То есть, весьма невероятно, что бы "десяток" пептидов в единый миг сложились в полипептид, тогда как промежуточные варианты запрещены статистически.
  Ранее, кажется в параллельной теме, я употребил незамеченный никем термин частотный резонанс, подчеркиваю, резонанс. В этом кроется, возможно, главный ответ на то, что пептидный комплекс способен "договариваться" о моменте, когда разом будут обнажены-активированы многие углеродные и азотные окончания за счет отторжения -О-Н от углерода и -Н от азота. Если "горячая" вода не будет выдворена за пределы комплекса, то синтез в полипептид не состоится.
  Пусть в пептиде пяток десятков пептидных связей, часть которых пребывает в неопределенном состоянии - то ли появилась связь, то ли распалась. Подключим геометрию: если пептидная связь спрятана внутри молекулы, то эта связь стабильна, а если снаружи окружена водой, то неопределенна, с вероятностью есть/нет фифти/фифти. Незначительные колебания внешних условий приводят к незначительному смещению вероятности состояния "связи" в сторону долготы пребывания в синтезе или распаде.
  Теперь понимаете, почему нельзя влоб говорить о периодичностях распада пептида на отдельные аминокислоты? Мы не сможем узнать какой процент аминокислот покинет определенный пептид в определенный отрезок времени, даже если подключим идею теплового удара внешних условий. Но удара как раз и не надо, нужна крайне выдержанная стабильность условий, что бы пептиды сами искали свои резонирующие частоты.
  Вот при стабильных условиях как раз и получим возможность говорить о резонансе, когда, образно, хаотическое мерцание связей идет в сторону согласованности с простейшим соотношением один-два-четыре. Потому идет, что пептид с "дробной частотой" вероятнее распадется, не получив "поддержки" от соседей. А амины от распада будут в изолированной системе искать свое вероятное место.
  И обязательно будут короткие периоды, когда в согласованном комплексе наступит состояние полипептид. Пусть этот период будет недолгим, но его главная характерная черта - это избыток перегретой воды, которую необходимо разом вывести из изолята в среду.
  Но тогда высвечивается вопрос условий "реактора". Лично мне, возможно, видящему картину геологически однобоко, представляется, что нет более подходящей модели, чем недра планеты, на поверхность которой "постепенно конденсируются" гравитационные осадки - обязательно отыщется губина, на которой условия изоляции пептидного комплекса сменятся открытостью в нужный момент, спровоцированный избыточным давлением "перегретой воды". Напомню, микропористость гелеобразного состояния углеводородов с закрытой пористостью, наполненной водой, может реко смещаться в сторону открытой пористости при скачкообразном переходе монтмориллонит-гидрослюда.

  Как видите, "Остапа вновь понесло". И вполне верю, что для Вам было бы лучше ограничиться утверждением типа, "дык ведь это же просто ускорение эволюции".

  ПП. Можете не отвечать. А можете вновь выругаться. Я все одно надолго уезжаю.

Alexeyy

Это выше моих сил.
Если Вам надо моё общение, то будьте любезны - не уходите от темы/диалога (вопросов), как Вы опять это сделали в предыдущем посту и как постоянно это делаете в общении со мной.

Я не буду с Вами общаться, если будет постоянно так делать. "Бегать" за Вами и задавать по несколько постов сряду один и тот же вопрос, "умолять" ответить я не буду.

Если хотите продолжать, то, будьте любезны, сделайте прямые разъяснения на мой предыдущий пост.  Нет – так нет ... тогда на этом – закончим, надеюсь, теперь  навсегда.

Шаройко Лилия

Цитата: василий андреевич от июля 25, 2022, 10:24:46Я все одно надолго уезжаю.
Вот же ... я все пропустила, утонула в действительности, цвет, звук, пространство и тд
слова такая маленькая часть мира
Но Вы вернетесь, удачи там в путешествии
:)

василий андреевич

 Спасибо, Лилия. Уже тот "срок", когда начинаешь подумывать "а удастся ли еще раз побывать в дикой жизни.

Шаройко Лилия

#38
Вполне возможно, что получится еще не раз и кроме этого есть масса способов жить среди дикой природы не вылезая далеко. Я бы выложила где то в другой теме наш двор(но загрызут люди помешанные на нормальности, поэтому не буду, а вообще-то картина впечатляет ) с трехметровым иван чаем, который растет прямо вперемешку с флоксами и очень сложно отличить одних от других.
Флоксы одичали, тоже полезли вверх и не ясно кто кого забьет в итоге и все это произошло не за миллионы, а за семь лет просто попустительства и невмешательства в процесс формирования равновесия.
:)
Еще дикие уличные музыканты вылезли в стримы, стали миллионщиками подписок, сбылась моя мечта. Первая жизнь дикой музыки в сети ничем не хуже жизни в первых базальтах.
Я попыталась найти расчеты откуда вообще взялись цифры 4 мрлд лет жизни и 4,5 жизни планеты, пока не вижу как это вообще происходит, мы дома разбирали это и муж мне расписал подробно какая масса параметров, необходимых для этого известна с точностью пол-палец-потолок.
Например есть внятная физическая картина остывания расплавленной земли в первой сборке, но нет ни дат и массы конфликта с Теей, хотя теория столкновения уже почти общепризнана.

Но даты 4,5 и 4 млрд взялись откуда то. Мне казалось можно сделать уравнение не очень сложное для ИИ, в котором к началу жизни приходим через физику образования условий, достаточных для формирования многофазных групп и белков и рибозимов, я прочла все сообщения последних дней на форуме, разумеется каждому ежику(это про меня) понятно, что белки и остальные увтов кроме рибозимов не реплицируют, но нужна кроме первого реплицирования общая жизнь компании полимеров и совместные действия с использованием возможностей каждого в комплексе со всеми возможностями сред.
Для моделей нужны расчеты и масса машинного времени просчета всех вариантов, согласна с Питером, хотя приведенный анекдот не очень подходит, я его нашла в сети.
Поэтому когда я читаю, что вот все произошло в термальных источниках или все произошло в локальных порах(возникновение мембраны) сразу это вызывает протест типа "да нет конечно".
Я думаю, что не было происхождения ничего в определенных условиях одного типа. Был калейдоскоп непрерывной смены сочетаний условий сред и вероятность каждый раз шагала семимильно натыкаясь на удачные сочетания.

Поэтому любые прямые вычисления вероятностей сейчас бесполезны. Честно говоря я думаю, что галактика жизнью кипит, а не пара тройка очагов как у Маркова часто мелькает в речи за последние годы. Но это просто чувство. Он опирается на какие то вероятности, рассчитанные одной формулой. Наверное еще вообще рано их считать, данных нет, опереться не на что.

василий андреевич

Цитата: Alexeyy от июля 25, 2022, 15:59:20будьте любезны, сделайте прямые разъяснения на мой предыдущий пост.
Откуда такая вера, что у меня на столе кроме ноутбука лаборатория, где я ставлю академические опыты.
Цитата: василий андреевич от июля 25, 2022, 10:24:46Мы не сможем узнать какой процент аминокислот покинет определенный пептид в определенный отрезок времени,
Не сможем узнать принципиально. Ну посмотрите вы на молекулу например, окситоцина, просто она первая попалась мне на глаза. Сколько в ней пептидных связей, а сколько радикалов? В стабильных условиях надо ждать принципиально непредсказуемой квантовой флуктуации, рвущей одну из любых связей. И принципиально нельзя сказать восстановится эта связь или залечится подходящими ионами.
  Именно непредсказуемость является той прелестью с которой нужно и можно работать математически.

  Выбираем любой пептид и объявляем его единицей, подлежащей неминуемому распаду. Чем больше связей рвется, тем меньше связей остается, что бы в них "попала" квантовая флуктуация. Вопрос, по какой зависимости этот пептид, выбранный за единицу будет распадаться? Ясен пень по зависимости полураспада.
  Куда пойдут осколки распадов в изолированной системе? Да ясен пень, в другой пептид. Чем круче распад, тем круче рост другого пептида. Но только поначалу, этот другой пептид так же распадается под ударами флуктуаций - получаем горбатую экспоненту.
  Вопрос, может ли горбатая экспонента взлететь выше той единицы, которая была выбрана случайным образом? Может, но только при условии, что она принимает осколки распадов еще от нескольких пептидов.
  Это пояснение не для Вас, Алексей, все равно не поймете. Это для тех, кто умеет думать самостоятельно.

  От какой молекулы и к какой пойдут осколки? Опять, ясен пень, от той энергетика которой выше, к той энергетика которой ниже. А выше энергетика у той, где частота распадов и восстановлений пептидных связей выше. Чем крупнее молекула пептида, тем больше связей расположено внутри молекулы при отсутствии свободной воды, следовательно, тем меньший в ней процент связей, которые рвутся и восстанавливаются, тем ниже будет ее энергетика. Ну и понятно, что именно к ней пойдет поток осколков для синтеза. Но только до определенного предела, диктуемого вероятностным барьером.
  Можно ли этот барьер преодолеть? Надо надеяться, что можно. Во всяком случае именно для этого выдается гипотеза о частотных резонансах. И эту гипотезу выдаю я, а не академик, которому можно верить.
  Не хочу произносить волшебное заклинание "отбор", потому что это не отбор, а статистика, которая принципиально не бывает точной. Если в комплексе пептидов присутствуют участники с нерезонирующими частотами, то они будут распадаться, питая те пептиды, которые резонируют между собой, как цельночисленные в общем аминокислотном круговороте. Например, длина круговорота равна С, тогда резонаторы можно выстроить по принципу С+С/1!+С/2!+...+С/n!
  Получаем фрактальный круговорот. Но это, я так понимаю, сложно для растолковки на пальцах. Потому упростил до трехчленья с соотношением один, два, четыре. Все пептиды, которые не подпадают под этот трехкомпонентный резонанс будут иметь тенденцию к распаду, за счет которого резонирующие будут укрупняться до статистического барьера. В конце концов таких "предельных", но обязательно разных пептидов будет сконцентрировано столько, что остается ждать момента х, когда состоится вполне вероятный скачок к синтезу в полипептид, но с обязательным раскрытием системы для отвода "перегретой воды".
  Честно говоря, я уже сбился со счета, сколько раз это объясняю. Но больше не буду. Надоело.
  Хотя вполне верю, что может помочь такое заключение, что я описал процесс зарабатывания той "горки" средств, с которой становится видна потенциальная ниша, как образ вырабатываемой цели.
  Цель - белок. Но до него еще один статистический барьер. А мы даже с первым не договорились.

василий андреевич

  Еще раз спасибо, Лилия. Если честно сказать, то не стал бы писать "круговоротный пост", как бы Вы не соблаговолили меня успокоить.
  Кстати, поклонюсь в сторону Вашего города, в понедельник, когда мы "рванем" на старенькой шестерке с огромным прицепом, следуя из Долматовского, через Ярославль и Вологду.

Alexeyy

#41
Цитата: василий андреевич от июля 25, 2022, 23:41:18Откуда такая вера, что у меня на столе кроме ноутбука лаборатория, где я ставлю академические опыты.
Прошу не лабораторию, а разъяснения смысла Вами же сказанных фраз (конкретно чего -  указал в том посту). Вы, действительно, это не понимаете или толькко делаете вид?
  Если же Вы считаете их бессмысленными (что подозревал с самого начала попытки диалога от которого Вы постоянно уходите), то у меня нет вопросов. У меня складывается впечатление, что Вы сами не видите этого смысла и, поэтому, постоянно и уходите от диалога.

василий андреевич

  Алексей, не диалог Вам нужен, а список адресов, дат и обстоятельств соединения атомов в монстра под условным названием нуль-ЛЮКА.
  В настоящем есть то, что я обозвал статистическим барьером, барьером не преодолимым. Пептиды не туннелируют через этот барьер в полипептид ни в пробирках, ни в умах гениев.
  Потому удовлетворитесь заклинанием - "отбор направленных случайностей". Или приплетите что-нибудь о накоплении информации, которая по определению антиэнтропийна. Вам полегчает.
Цитата: Alexeyy от июля 25, 2022, 04:48:03А распадаются на что? Полностью на аминокислоты или, вооще говоря, просто на какие-то куски покрупнее?
Ну глупость Вы спрашиваете. И я буду таким же глупцом, если отвечу, что "да, на какие-то куски то, покрупнее, то помельче, вплоть до развала самих аминокислот вместе с радикалом".
  А я трачу нервы, десяток раз вдалбливая в Вашу чистую головушку, что каждый акт распада - это высвобождение энергетической порции (суть кванта), которая естественным образом превратиться в бесполезное тепло, если не будет принята той группой молекул, в которой невозможно определить, где заканчивается одна молекула и начинается другая. Пептидная связь, порванная в одном месте и образованная в другом - это миграция межмолекулярной границы при том что весь комплекс остался самим собой. Это свойство не кристаллов, а квазикристаллов, легко трансформирующих обобществленную согласованность, оставаясь единым целым. Что бы понять подобное, надо познакомиться хотя бы с "плавлением" парафина, когда псевдокристаллизация (упорядочение) сопровождается поглощением, а не как у кристалла, высвобождением тепла.
  Потому вполне к месту
Цитата: Шаройко Лилия от июля 25, 2022, 23:08:43Поэтому любые прямые вычисления вероятностей сейчас бесполезны.
Мы только судачим, что согласование резонансных частот при обмене порциями-квантами в "черном ящике" пептидов повышает вероятность распада мелких на еще более мелкие, при укрупнении больших. Но укрупнение только до предела - чем крупнее молекула, тем "квадратично" возрастает барьер к дальнейшему укрупнению.
  А у нас на горизонте три гиганта ДНК, РНК, белок проявившиеся в ЛЮКЕ, как неупрощаемый комплекс.
  Так что читайте "академиков", а не пытайтесь соображать самостоятельно. Барьер Дарвина-Эйгена - это одна из моделей. РНК (сложная рибозима), в моем видении - это подобный барьер, возрастающий по мере роста напряженности квантованных (резонансных) потоков между пептидами.

василий андреевич

Цитата: Шаройко Лилия от июля 25, 2022, 23:08:43Для моделей нужны расчеты и масса машинного времени просчета всех вариантов, согласна с Питером,
И еще нужна такая мелочь, как Человек, закладывающий в машину свое "предвидение", дабы "масса времени" не превратилась в бесконечность ограниченности черной дыры.
  На мой взгляд дилетанта, пока пептиды еще не назывались пептидами, роль рвущихся и восстанавливающихся связей выполняла сера вместе со своим конкурентом селеном. И это при том, что косная эволюция на базе алюмосиликатов уже подготовила своеобразные ниши для монстриков на базе углерода.

Alexeyy

#44
Цитата: василий андреевич от июля 26, 2022, 09:24:44
Цитата: Alexeyy от июля 25, 2022, 04:48:03А распадаются на что? Полностью на аминокислоты или, вооще говоря, просто на какие-то куски покрупнее?
Ну глупость Вы спрашиваете. И я буду таким же глупцом, если отвечу, что "да, на какие-то куски то, покрупнее, то помельче, вплоть до развала самих аминокислот вместе с радикалом".
Ничего не глупость: это зависит от температуры и других условий (при достатчно высокой может и полностью распасться). А может и почти на строго опрелелённые (в зависимости от условий и состава).

Что в Вашем представлении такое "потребители целочисленночастотных распадов пептидов"? Другие распавшиеся пептиды или ещё что-то?