paleoforum.ru

В продоление https://paleoforum.ru/index.php/topic,10824.705.html

Цитата: Питер от ноября 08, 2020, 11:32:46

Цитата: Alexeyy от ноября 08, 2020, 09:53:29
Ещё один, по-моему, не очень сходящийся "пазл", о котором говорится в лекции, состоит в том, что белки не способны к матричному кодированию. Тогда как по новым данным - способны: способны кодировать сами себя из аминокислот (см. ссылки ниже про амилоиды).
  Т.е. исходит исходя из гипотезы первичности РНК-жизни. Тогда как если первична белковая жизнь, то, по идее, это может означать и пересмотр геологических условий (и их внеземных аналогов) возникновения жизни.

Мне пришло в голову, что РНК-жизнь (но не как первичная) могла возникнуть именно в силу того, что, на определённом этапе эволюции, жизнь попала в условия с малым содержанием воды, которая, поэтому, не мешала РНК (не разрушала). Может, действительно, из-за метеоритной бомбардировки, расплескавшей/испарившей воду. Может, это было ещё на какой-нибудь Луне/протолуне ...

Maury C. P. J. 2018. Amyloid and the origin of life: self-replicating catalytic amyloids as pre-biotic informational and protometabolic entities. Cell Mol Life Sci., 75(9): 1499–1507, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5897472/ .

Mc Rae M. 2018. Scientists Discover a Self-Replicating Protein Structure, And It Could Have Built The First Life on Earth. 4 MARCH, https://www.sciencealert.com/amyloid-protein-self-replication-abiogenesis-contrasts-rna-world .

Ну  в    статье   выше  все  не  совсем  так.   Там   как-то  синтезируются  пептиды,    способные   давать   амилоидные   структуры   -  то  есть     укладываться  в   бета-листы.   И   саморепликация    это  не  совсем  саморепликация   -  на    амилоидном  пептиде  не   синтезируется  как  на  матрице      другой  амилоидный  пептид.     Они     могут  по  мнению  авторов  статьи   собираться  в  олигомеры   и  сиды   (зерна  -  но  на  рууском  сейчас   уже  прижился  термин  сиды)  -     но   эти        олигомеры    обратно      очень  сложно  перевести в  растворимую   форму.
Но: . 
Почему-то   в  нашем  мире   структур  типа    бета-лист  мало.    Основной  тип  -    альфа-спираль.  Бета  тоже  есть   -  но   их   много  меньше.  И   нет  чистых   бета-белков  -   а  альфа  есть;
В  своем   большинстве   амилоидные   структуры   крайне    стабильны, каталитически  ну  совсем  не  активны   и  патологичны   -    амилоидные   включения   по  сути  маркеры   патологии.   

По-моему, там именно как на матрице, а вовсе не по прионному принципу переделывания вторичноой структуры ... возникают новые химические связи ... синтез из аминокислот идёт ...

На сколько я понял, там на амилоиде идёт матричный синтез пептидов, которые потом "самособираются" в другой амилоид. По-моему,  это вполне можно сказать, что амилоид сам себя доращивает по матричному принципу, а вторичная структура возникает уже "сама".
  По-моему, это вполне эволюционно (по дарвиновскому механизму) жизнеспособная система. Мулкиджанян же, по-моему, имел в виду (https/youtu.be/PpaWa-0yCjI), что именно на подобное белки не способны. А вот способны ...
  У меня возникло такое предположение, что РНК-жизнь возникла где-нибудь на «задворках», не далеко от геотермальных источников, но где было мало воды и много радиации и, поэтому, амилоидоподобный принцип саморепликации (живший в геотермальных источниках) работал хуже и, поэтому, РНК взяли функцию синтеза пептидов на себя, а остальное - особо не изменилось. А когда белковые структуры в геотермальных источниках уже стали прилично большими и ошибки их саморепликации стали критичными - жизнь воспользовалась готовой наработкой сухопутных, примитивных РНК-«отшельников», адаптировав их под жизнь с большим количеством воды. Т.е. произошёл симбиоз: амилоидопобная жизнь геотермальных источников заимствовала более надёжный механизм синтеза пептидов/белков.

В  каком   конкретно  месте     статьи  "на  амилоиде идет   матричный  синтез  пептидов"  ? 

Во аннотации (Maury C. P. J. 2018) прямо говорится о матричном синтезе.

Перевод Гуглом:
«Важнейшим этапом в зарождении жизни стало появление первого молекулярного объекта, способного воспроизводить, передавать информацию и развиваться на ранней Земле. Гипотеза о мире амилоидов утверждает, что в эпоху до РНК обработка информации основывалась на каталитических амилоидах. Самосборка коротких пептидов в амилоидные конформеры β-листа приводит к необычайной структурной стабильности и новой многофункциональности, которая не может быть достигнута соответствующими неагрегированными пептидами. Новые функции включают в себя саморепликацию, каталитическую деятельность и передачу информации. Экологически чувствительные циклы репликации с помощью матрицы генерируют различные амилоидные полиморфы, на которые могут действовать эволюционные силы, и фибриллярные сборки могут служить каркасами для самих амилоидов и для рибонуклеотидных белков и липидов. Роль амилоида в предполагаемом процессе перехода от амилоидного мира к миру амилоид-РНК-белок не ограничивается каркасом и защитой: взаимодействия между амилоидом, РНК и белком являются сложными и кооперативными, и амилоидные сборки могут функционировать как протометаболические объекты, катализирующие образование простых предшественников метаболитов. Появление первичной системы обработки информации, чувствительной к хироселективности и коррекции ошибок, основанной на амилоиде, и развитие мутистических сетей имели, вероятно, существенное значение в динамических процессах, которые привели к увеличению сложности, организации, разделенности, и, в конце концов, происхождение жизни.»

Вот, например, ещё цитата из текста статьи, где говорится о матричном синтезе:

«В другом недавнем исследовании Omosun et al. [19] исследовали каталитическую активность пептидов, собирающихся в четко определенные амилоидные нанотрубки. Они обнаружили, что плотность и близость протяженных массивов хироселективных каталитических центров обеспечивали полимеризацию новых полимеров с помощью матрицы. Было показано, что глубина коллинеарных поперечных β-канавок гептапептида, собирающегося в антипараллельных β-цепях в регистре, важна для ретро-альдольной активности; более мелкие канавки ограничивали связывание субстрата и уменьшали каталитическую активность. Хотя общая эффективность каталитической активности кросс-β-сборок в большинстве случаев является лишь умеренной, а каталитический репертуар ограниченным, амилоидная супрамолекулярная сеть может, в некотором смысле, рассматриваться как примитивный метаболический аппарат с протоэнзиматическими активностями."»

Прицепляю перевод этой статьи Гуглом.

А так же, заодно, гугловский перевод другой упомянутой, популярной статьи. Нам непосредственно о матричном синтезе амилоидов не говорится, а просто говорится о том, что амилоиды катализируют собственное возникновение (если мне не изменяет память, в первой статье об этом уже подробнее):

«Здесь исследователи развивают свою гипотезу на один шаг вперед, исследуя, могут ли амилоидные последовательности также катализировать конструирование других пептидов.

Команда разработала последовательности амилоидов, которые будут действовать как эквивалент цепей ДНК-праймеров, и смешала их с определенным количеством других аминокислот и нескольких вспомогательных химических веществ.

Сравнивая пептидные последовательности, которые привели к получению этих смесей, с последовательностями, в которых отсутствовали спроектированные «праймерные» амилоидные структуры, исследователи обнаружили, что наличие там амилоидов имеет огромное преимущество.»

Ещё раз посмотрел, внимательно, лекцию Армен Мулкиджаяна («Первое глобальное потепление и происхождение жизни», https/youtu.be/PpaWa-0yCjI )
и сделал кое-какие для себя пометки из того, что мне показалось интересным и решил это выложить здесь.

07:00
ДНК отличается от РНК и тем, что у ДНК нет гидроксильной группы. Это важно потому, что в РНК в это место может сесть, например, ион металла (например, магния) и порвать цепочку (прокатализировать гидролиз и разрыв связи). Поэтому ДНК - более стабильна.


10:59-13:10
Общей чертой нуклеиновых кислот и белков является то, что они образуются с выделением воды. В воде этот синтез сам по себе не идёт. А в воде эти полимеры распадаются (из-за реакции гидролиза).
Об этом водном парадоксе много писали Стивен Бенен и Александр Васильевич Спирин. Он состоит в том, что основные полимеры образуются с выделением воды, а жизнь - в воде и это - проблема.
...


12:59
Формамид: из него возникают, при нагреве с разным катализаторами, и аминокислоты и азотистые основания. Нуклеотиды получаются природные: легче - пуриновые, сложнее - пиримидиновые.

15:20
Поэтому, Стивен и Энрико Димауэр постулировали формамидный мир.

16:03
Джону Садерлену удалось получить в едином каскаде реакций из формамида и нуклеотиды и белки и липиды и сахара

16:22 Освещение формамидно-водный раствор ультрафиолетом, что вызвало образование азотистых оснований.

17:00
Если светить ультрафиолетом на нуклеотиды, то остаются в живых только те, которые есть в РНК.

19:07 Формамид возникает из цианида (NCH) при взаимодействии с водой. При взаимодействии с водой возникает формиат аммония. И все эти три вещества, можно считать, стоят у истоков возникновения жизни.

25:32
Реконструированные гены (по ныне существующим организма) последнего общего предка, в основном, ответственны за синтез белка и не за наследственную наследственность. И эти гены были не на много проще нынешнего.

37:20.
Модель над которой они сейчас работают ...

38:33
В 4-х лабораториях реконструировали эволюцию рибосомы.
Исходно было 2 петли РНК по 55 нуклеотидов, которые могли соединять между собой аминокислоты.
Поначалу идёт порознь эволюция РНК, которая отвечает за синтез белка и РНК, которая связана с генетическим кодом. Потом эти 2 единицы встречаются и получается рибонуклеотид.

44:28
Формамид остаётся, когда испаряется вода.

49:11
Жизнь возникла на сухой Земле (группа Маруямы в Японии). Т.к. после удара летучие вещества потерялись.
Последние падали (после расплавляющего удара), из слабо летучих вещества, цинк и сера.

54:18
Вулканы несут цианистые соединения.

56:20
После удара, без атмосферы и воды - хорошее место для возникновения жизни. Воды нет из-за низкого атмосферного давления. Нуклеотиды могли образовываться в полимеры т.к. этому не мешала вода. Была жидкость, но не вода. Потом постепенно появляется жидкая вода (парниковый эффект). Она мешает РНК-организму. И чтобы защититься от воды жизнь начала полимеризовать формамид, а это - и есть белок. Этим и объясняется то, что одна из РНК, являющаяся предком рибозимы, и полимеризовала все подряд аминокислоты - чтобы защитить от воды.

Цитата: Alexeyy от ноября 08, 2020, 20:24:52
Ещё раз посмотрел, внимательно, лекцию Армен Мулкиджаяна и сделал кое-какие для себя пометки из того, что мне показалось интересным и решил это выложить здесь.

У вас экономно получилось. ::)
Там можно почти на каждом слайде "зарубку" делать (что и сделал).
По "зарубкам" у нас немного не совпадает, что, разумеется, объяснимо - мы ведь на разное обращали внимание...

Возможно, симбиоз (в широком смысле этого слова) мог играть роль инициатора кардинальных эволюционных усложнений.

То есть, "мутации/изменчивость+наследование+отбор" - это для "шлифовки и оптимизации". А вот для "скачка" в усложнении (именно, в прогрессивном смысле) необходим симбиоз. На мой взгляд, именно симбиоз может обеспечить прогрессивное усложнение без функциональной поломки существующего.

Это я к сообщению (приведу полностью - думаю, что сама лекция здесь тоже уместна):

Цитата: Серый Страж от ноября 07, 2020, 09:38:41

Цитата: Alexeyy от ноября 07, 2020, 08:22:56
По-моему, очень интересная аналогия ...

Цитата: Серый Страж от ноября 07, 2020, 08:08:28
Армен Яковлевич Мулкиджанян озвучивал гипотезу зарождения жизни на сухой, холодной Земле, потерявшей атмосферу. От себя скажу - многие вещи в той гипотезе выглядят весьма логичными.

Там он, практически прямым текстом, говорил, что для первичных организмов, вода - это яд.

А где он об этом говорит?

https://www.youtube.com/watch?v=PpaWa-0yCjI#
Примерно, с 57:48 просмотрите.

Цитата: Alexeyy от ноября 07, 2020, 08:22:56
Т.е. он считает, что первичной жизне без активного участия воды было даже проще образоваться/развиваться, чем с водой или просто исходит из того, что, поначалу, не было воды?

И то, и другое.

По поводу самой лекции...

Тут у нас раздолье для разных фантазий и спекуляций.

Я даже допускаю, что была конкуренция между разными формами жизни. Условно обзову эти формы: «безводной» и «водной». Они могли возникнуть независимо друг от друга в разных местах и в разное время.

Например, «безводной» (формамидная) возникла раньше, но в силу своих свойств, не могла освоить водоёмы (даже прибрежные зоны), когда они начали формироваться на поверхности планеты. Соответственно, длительное время (миллионы лет) водоёмы были бесхозными, и там возникла новая «зараза» – «водная» форма жизни.

Оговорюсь сразу – эта «водная» форма жизни возникла в весьма специфической водной среде – в прудах/лужах, связанных непосредственными протоками с гидротермальными источниками (фумаролами, грязевыми вулканами и пр.). То есть, водный состав был  отличен от состава воды: и современных морей/океанов, и от современных рек/озёр.

Причём, очень долго эти формы жизни друг с другом практически не контактировали. Кстати, «водную» жизнь спасло только то, что водная среда для формамидной формы жизни была попросту ядовитой.

На каком-то этапе истории эти две формы схлестнулись в борьбе за ресурсы. Как так получилось?

Во-первых, стало происходить существенное изменение всего рельефа и геологии нашей планеты, стали возникать и «расползаться» по поверхности водоёмы (пруды/лужи), пошли изменения в атмосфере и т.д.

Во-вторых, ареал обитания одной формы жизни начал захватывать ареал обитания другой формы жизни (места для существования формамидной становилось всё меньше) и обе формы жизни вступили в вынужденный контакт.

По идее, на первый взгляд, должна была в схватке победить «водная» форма жизни – просто в силу вытеснения мест обитания водоёмами. Но формамидная форма жизни имела за плечами более долгий срок эволюции (и, грубо говоря, навидалась за свою жизнь всякого) и была более разнообразна и изощрённа. Зато у «водной» формы жизни были в изобилии защитные оболочки (пузырьки, пены), которые массово и постоянно возникали в прудах/лужах. И эти защитные оболочки «водная» форма жизни периодически использовала – то есть, она могла там существовать ограниченное время.

В результате вынужденного взаимодействия, на границах ареалов обитания, возникли некие симбиотические сообщества организмов. В некоторых таких симбиотических сообществах симбиоз зашёл так далеко, что сформировалась гибридная форма жизни.
Гибридная форма жизни взяла основу внутрянки от формамидной формы жизни, а оболочку и чуток внутрянки от «водной» формы жизни.

Кстати, такая гибридная форма жизни уже, по любому, должна была обосноваться в неких, окружённых защитными мембранами (возможно, наоборот, мембранами, не защищающими от попадания извне, а мембранами, предохраняющими от потери нужных соединений (типа, от уменьшения концентрации жизненно важных соединений внутри)) местах (в порах, в трещинах, в пузырьках).

Если бы процессы изменения продолжились «линейно», то поле битвы бы осталось бы за «водной» формой жизни (разве что, где-нибудь на окраинах ютились бы гибриды), но эволюция штука непредсказуемая – вместо заполнения всей поверхности только маленькими прудами/лужами, стали возникать большие водоёмы (первые мелководные моря). А тут уже расклад иной – состав (и концентрация веществ другая – вода в море сильно «разбодяжена») этих водоёмом был не пригоден для проживания даже той первичной «водной» формы жизни. И эти водоёмы (первичные моря/океаны) планомерно захватывали сушу. Да ещё, до кучи, вездесущая вода (дожди, лужи/пруды, реки/ручьи и т.д.) попросту постепенно убивала формамидную форму жизни по всей Земле.

В итоге, ни одна из чистых форм не выжила. Их в чистом виде не стало – выжили только гибриды (грубо говоря, симбионты), которые уже загодя обзавелись защитными оболочками, которые оказались пригодными (поначалу, малопригодными, но уже – хоть что-то) и для защиты от морской воды.

Сегодня разместил ссылку:

Цитата: АrefievPV от ноября 17, 2020, 07:37:38
История дупликаций консервативных генов уточняет начальные этапы эволюции эукариот
https://elementy.ru/novosti_nauki/433728/Istoriya_duplikatsiy_konservativnykh_genov_utochnyaet_nachalnye_etapy_evolyutsii_eukariot

ЦитироватьСтановление эукариотической клетки представляется сейчас в виде модели, основанной на симбиогенезе. Одним из важных шагов в понимании этого процесса было открытие асгардархей (Asgardarchaeota, см. также новость Описан новый надтип архей, к которому относятся предки эукариот, «Элементы», 16.01.2017) — особой группы архей, обитающих в настоящее время в районах глубоководных черных и белых курильщиков. Предполагается, что именно эти организмы могли некогда «приручить» альфа-протеобактерий, превратив их сначала из добрых и полезных соседей в эндосимбионтов, а затем и в клеточные органеллы митохондрии, при этом встроив часть их генов в собственный ядерный геном.

То есть, и здесь очень важной оказалась роль симбиоза...

На этом фоне, у меня закралась еретическая мысль, что симбиоз (и всевозможные его частные проявления в живой и косной природе - "слипания", "дупликации", "синтез" и т.д. и т.п.) не менее важен, чем дарвиновский отбор (и, вообще - любой отбор).

У меня  подобная мысль возникала, когда читал кое-что из книги Кунина, где он рассказывал о 2-х группах организмов у которых мембраны устроены совершенно по разному и что говорит об их независимом происхождение (в этих группах), но при этом он так же отмечал, что есть некоторые элементы мембран в этих разны группах удивительно похожие.

Для информации (возможно пригодится):

Цитата: АrefievPV от ноября 19, 2020, 15:09:17
В маленьком прудике. Новейшие подтверждения теории Дарвина
https://ria.ru/20201119/kletki-1585239503.html

Интересно.

И опять периодическая смена агрегатных состояний:

"Для получения полимерных цепочек в лаборатории авторы использовали периодическую смену сухих и влажных условий. При испарении разбавленного раствора, как правило, начинался процесс полимеризации, но не все образовавшиеся полимеры выдерживали сушку. Некоторые распадались. А другие при добавлении воды продолжали самовоспроизводящийся цикл синтеза. В этом авторы видят самое раннее, еще на уровне молекул, проявление эволюционного отбора, который впоследствии стал неотъемлемым признаком всех живых организмов."

Которую я рассматриваю как простейшую саморепликацию, способную к лдарвиновской эволюции. Поэтому, мне было не удивительно то, что получилось в результате:

"Просмотрев такие "эволюционно сильные" полимеры под микроскопом, исследователи с удивлением обнаружили: в некоторых образовались компартменты размером с клетку, содержащие от десяти до двадцати атомов. "

О, уже и физики взялись:

"То, что циклическое чередование влажных и сухих периодов способствует появлению в химической системе сложных пребиотических соединений, подтверждают и физики."

Только ещё не произошло осознание, что периодическая смена агрегатных состояний (при наличии химического "коктейля") - это уже и есть самая настоящая пребиотическая эволюция по дарвиновскому механизму, которая и обеспечила (в силу отбора и саморепликации) химическое усложнение, которое наблюдалось в эксперименте. И, с этой точки зрения, в этом усложнении нет ничего удивительного. И если этот процесс периодических фазовых переходов продолжить, то, по идее, должно произойти дальнейшее эволюционное усложнение.

Цитата: Alexeyy от ноября 19, 2020, 16:03:43"Просмотрев такие "эволюционно сильные" полимеры под микроскопом, исследователи с удивлением обнаружили: в некоторых образовались компартменты размером с клетку, содержащие от десяти до двадцати атомов. "

10   атомов  -  и  размер  в  клетку  ?
Полимеризация  -   не  саморепликация.  Отбор  -   да,  на    химическую  устойчивость  соединений.

Опечатка какая-то...
Ну это там так интерпретируют только через полимеризацию за счёт высыхания. Я предполагаю, что для объяснения эффекта этого не достаточно и что для полного объяснения без дарвиновского отбора - не обойтись (они там объясняют только через "симхионный" отбор: точно так же, как предлагал симхион).
  Я предполагаю, что за счёт саморепликации и соответствующего дарвиновского отбора эффект полимеризации при высыхании сильно усиливается.

В продолжение https://paleoforum.ru/index.php/topic,10977.300.html

Цитата: crdigger от апреля 06, 2021, 16:15:34
  Тут пишут, что жизнь нашли в Катархее 4.4-4.6 млрд лет назад, т.е. она возникла очень быстро, за десятки-до сотни миллионов лет.Или находки неправильно датируются или атрибутируются, или это что-то простое и эвристическое, о чем мы не догадались.

Цитата: Alexeyy от апреля 06, 2021, 17:30:01
"Тут" - это где?
Этот вывод - в рамках гипотезы о том, что жизнь возникла на Земле (неваероятно быстро по эволюционным меркам). Но если была панспермия, то она может быть много древнее Землии химический этап эволюци мог быть где-то на другой планете.

Цитата: crdigger от апреля 06, 2021, 21:01:56
https://zen.yandex.ru/media/id/5fd837cc15ece8677e55f87a/vozniknovenie-jizni-gipoteza-izvlechennaia-iz-naftalina-5ff7ef10fe4e686f6af16f41
Много где, серьезных источников не нахожу.По крайней мере, строматолитам 3.9 млрд лет, а граница Архея - 4.

А 4.4-4.6 млрд лет назад - это что-то новое? Слежу за этой темой и мне что-то ничего не попадалось столь древнего.
А про строматалиты 3,9 млпд. л. назад - тоже что-то новое?
Мне казаолось. что самые древние извесные строматолиты - это 3,75±0,05 млрд. л. назад: 
Nutman A. P., Bennett V. C., Friend C. R. L., Van Kranendonk M. J., Chivas A. R. 2016. Rapid emergence of life shown by discovery of 3,700-million-year-old microbial structures. Nature 537, 535–538 (22 September), http://www.nature.com/nature/journal/v537/n7621/full/nature19355.html .

Спасибо Александру Панову, который, прислал мне рассылку с таким сообщение:
"В журнале Advances in Microbiology принята к публикации статья 11 авторов из разных исследовательских центров с очень интересными данными о жизни на Марсе... В частности, в ней имеются серии фотографий Curiosity,  которые показывают, что на поверхности Марса не только имеются образования, по виду очень напоминающие грибы или колонии бактерий, но и кадр за кадром показывающие, как эти образования меняются во времени (растут). Причем очень убедительно. Особенно рекомендую Fig. 8 на стр. 9 и более подробный анализ той же картинки: Fig. 41 на стр. 41. Авторы не утверждают, что существование жизни доказано, но справедливо указывают, что нам не известны явления  в минеральном мире, которые могли бы себя вести таким способом. Причем, если это жизнь, то похоже, что она довольно агрессивна: имеется несколько фотографий, на которых видно, что колонии каких-то объектов освоили некоторые внешние поверхности Curiosity. Что будет, если такие объекты проникнут в жилые помещения марсианских обитаемых станций?"

Речь идёт о статье
R.G.Joseph., Richard Armstrong,  Xinli Wei, Carl Gibson,  Olivier Planchon, David Duvall, Ashraf M. T. Elewa,  N. S. Duxbury, H. Rabb,  Khalid Latif, Rudolph Schild 2021.Fungi on Mars? Evidence of Growth and Behavior From Sequential Images. Advances in Microbiology, vol 11, №5, May, https://www.researchgate.net/publication/351252619_Fungi_on_Mars_Evidence_of_Growth_and_Behavior_From_Sequential_Images, https://www.reddit.com/r/space/comments/n6clwx/pdf_fungi_on_mars_evidence_of_growth_and_behavior/ .

Грибы на Марсе, впечатлило. :-[ Убедительно, но.
1. Скорость роста нитеобразных образований до 5-10метров в день!? У нас при избытке воды, тепла и густой атмосферы даже бамбук меньше метра в день растёт. По моему ресурсов для такой скорости роста на Марсе не хватит.
2. Зеленоватый цвет по версии авторов хлорофилл!? Для фотосинтеза вода нужна, много воды, а на Марсе с ней дефицит.
Но однозначного отношения плюс или минус по фоткам нет.

Цитата: Da4nik от мая 08, 2021, 23:24:10Скорость роста нитеобразных образований до 5-10метров в день!?

Это откуда следует?

Подпись под первой же фоткой (съёмка с орбиты, дюны Марса как я понял).

ЦитироватьКонечная длина веерообразных образцов составляет 90 метров, при расчетной скорости роста от 5 до 10 метров в сутки.

Так это же не рост вдоль этой длины, чтобы можно было сравнивать со скоростью роста бамбука!
Если бы весь рост на всю эту длину шёл из одной точки - тогда да. Что, очевидно, не так: просто, при подходящих условиях, поросль пошла одновременно по всей этой длине (из имеющихся на ней "спящих") точек.

В продолжение https://paleoforum.ru/index.php/topic,11252.15.html

Цитата: АrefievPV от июля 21, 2022, 15:25:35И тут появляется два (эволюционная развилка, для которой я не определился с наиболее вероятным путём развития) основных варианта:
 
– сначала РНК доэволюционировала до репликации, а потом «ареалы обитания» РНК и пептидов «пересеклись» и пошла коэволюция (то бишь, формирование «конгруэнтности») РНК с пептидами;
– или сначала «ареалы обитания» РНК и пептидов «пересеклись» и пошла коэволюция, и только потом параллельно с повышением «конгруэнтности» РНК доэволюционировала до репликации.
 
Пока из этих вариантов выбрать какой-то один у меня не получается.

Мне кажется, что здесь ведущую роль может играть не столько пересечение/не пересечение ареалов, как смещение баланса преимуществ и недостатков той или иной комбинации как функции объёма накапливаемой информации и темпов эволюции.
  Например, при относительно больших объёмах информации преимущество может дать нуклеинокислотный матричный синтез по сравнению с самосинтезом пептидных комплексов. Т.к. он (нуклеинокислотный) - более точен и хранение информации - гораздо более помехозащищено. Но зато нуклеиновые кислоты и гораздо более энергозатратны.

Из https://paleoforum.ru/index.php/topic,11252.30.html

Цитата: Питер от июля 21, 2022, 18:01:21

Цитата: Alexeyy от июля 21, 2022, 14:44:44

Цитата: Питер от июля 21, 2022, 14:00:51Алексей,  то  ли  было,  то  ли  нет. Детали в  студию.

Нашёл: https://paleoforum.ru/index.php?topic=11708.0 Там третьим с начала темы постом Вы задавали мне, вроде, (примерно) тот же вопрос (о матричном синтезе пептидов на комплексе пептидов ... его авторы называют амилоидом). И там, в моём ответе, приведены цитаты из статей (гугловский перевод), где говорится об этом матричном синтезе. Там можно и продолжить ...

Вы  об  этом  ?
Maury C. P. J. 2018. Amyloid and the origin of life: self-replicating catalytic amyloids as pre-biotic informational and protometabolic entities. Cell Mol Life Sci., 75(9): 1499–1507, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5897472/ .

Но  там  ничего  нет  кроме  гипотезы.  Никак   не  показано,  что это  некая   реальность.  С  рибозимами есть  хоть что-то  экспериментальное,  а  тут   - ничего

Это тоже, но, может, не совсем. Вторая статья (если мне не изменяет память) - тоже про "размножение" амилоидов, подкармливаемых аминокислотами (пардон, я забыл, что выше перевод не приводил).
  Вот перевод со ссылкой на другую, экспериментальную статью (ссылка на которую - в конце):

"Совсем недавно Rout et al. [26] показали, что амилоид может управлять последовательной, регио- и стереоселективной конденсацией синтеза аминокислот и что шаблонная реакция стабильна в широком диапазоне pH (5.6–8.6) и температуры (25–90). ° С). Это представляет особый интерес с точки зрения ранней молекулярной эволюции, поскольку демонстрирует, что амилоид, образованный из коротких пептидов, может управлять синтезом своих собственных составляющих пептидов в вероятных пребиотических условиях Земли."

А, если Вы имеете в виду матричный синтез пептидов на амилоидах, то там, вроде, действительно об этом нет. Наверно, тогда где-то в другом месте читал об этом... значит, надо ещё поискать. Хотя, честно говоря, сейчас засомневался, что это была экспериментальная работа, а не гипотеза...

А, нет: в той же статье (откуда взял цитату выше) также рассказывается об экспериментальной работе с матричным синтезом пептидах на амилоидах:
  "В другом недавнем исследовании Omosun et al. [19] исследовали каталитическую активность пептидов, собирающихся в четко определенные амилоидные нанотрубки. Они обнаружили, что плотность и близость протяженных массивов хироселективных каталитических центров обеспечивали полимеризацию новых полимеров с помощью матрицы. "

 Но, впрочем, я тогда, получается, давал ссылку не на саму экспериментальную работу (а на обзорную работу по экспериментом). Пардон.

[19] Omosun T. O., Hsieh M.-C., Childers W. S., Das D., Mehta A. K., Anthony N. R., Pan T., Grover M. A., Berland K. M., Lynn D. G. 2017. Catalytic diversity in self-propagating peptide assemblies. Nat Chem №9, pp. 805–809, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28754939 .

[26] Rout SK, Friedmann MP, Riek R, Greenwald J (2018) A prebiotic templated-directed peptide synthesis based on amyloids. Nat Commun 9:234–242 47. Hamley IW (2007) Peptide fibrillization. Angew Chem Int EdEngl 46:8128–8147, https://www.researchgate.net/publication/322527455_A_prebiotic_template-directed_peptide_synthesis_based_on_amyloids .

  Ладно, напомню в который уж раз, что важен не столько синтез из аминокислот, в отсутствии репликатора, сколько хотя бы минимальная воспроизводимость синтеза после естественно распада спонтанно возникающего соединения.
  А воспроизводимость может быть обеспечена за счет повторяющихся раз за разом условий для синтеза. И уже эти условия обеспечиваются закономерным распадом.
  Нет стабильного распада, не будет и стабильно повторяющихся условий. И дело не в "матрице" для копирования, а в том, что бы любая флуктуация приводила к распаду строго определенного компонента макромолекулы. То есть, макромолекула синтезируется во все более и более канализированном направлении.

Почему она "должна синтезироваться во все более и более канализированном направлении", если "любая флуктуация приводит к распаду строго определенного компонента макромолекулы"?
  Только не надо здесь опять сразу писать дисератацию: сначала, хотя бы, введение :)

Цитата: василий андреевич от июля 24, 2022, 07:28:30Ладно, напомню в который уж раз, что важен не столько синтез из аминокислот, в отсутствии репликатора, сколько хотя бы минимальная воспроизводимость синтеза после естественно распада спонтанно возникающего соединения.

Это и называется репликатором.

  Получилось отчего-то в другой теме. Повторю.
  Репликация - раздвоение, размножение, клонирование. Белки-пептиды не раздваиваются, но способны к бифуркации-дивергенции, т.е. к изменению своей молекулярной геометрии. Полипептиды воспроизводятся той сторонней системой, которой модельно пока нет.
  Внешние условия не могут быть воспроизводителем, их флуктуативная природа разрушает, и уже от системы зависит, какие порванные связи восстановить, а от каких избавиться вовсе. Следовательно, какая связь чаще рвется и восстанавливается, та и является "противоестественным" концентратором энергии. А восстанавливаться будет именно данная связь потому, что в условно изолированной системе подбираются поставщики аминов от тех пептидов, частоты распадов которых, цельночисленны по отношению к потребителю - наиболее крупной молекулы полипептида.
  Итогом будет разделение (селекция) на укрупняющуюся молекулу и простые амины, не нашедшие своего места в структуре крупной. На то и условность изолированности, что по достижении критической концентрации излишних аминов, система раскрывается с выбросом отработанных продуктов. Но для этого необходим такой приемник отходов, для которого эти амины являются строительным материалом своей собственной структуры. Рибозима вполне подходит на таковой приемник.
  Сера, азот и фосфор - надо знать с какой энергетикой эти элементы замещают друг друга. Я не знаю.

  ПП. Укрупнение "избранных" за счет растворения малых форм характерно для таких квазикристаллов, как например, квасцы.
 

Цитата: василий андреевич от июля 24, 2022, 10:22:26Репликация - раздвоение, размножение, клонирование. Белки-пептиды не раздваиваются

"Раздваиваются" не пептиды, а их комплексы (состав) и это - тоже репликация.

Цитата: василий андреевич от июля 24, 2022, 10:22:26Внешние условия не могут быть воспроизводителем

Не согласен: жизнь воспроизводится именно благодаря внешним условиям (например, поток солнечной энергии, т.е. внешнее условие, обеспечивает на Земле жизнь).
  Другое дело, внешние условия, одновременно, могут быть и разрушителями жизни.

Цитата: василий андреевич от июля 24, 2022, 10:22:26А восстанавливаться будет именно данная связь потому, что в условно изолированной системе подбираются поставщики аминов от тех пептидов, частоты распадов которых, цельночисленны по отношению к потребителю - наиболее крупной молекулы полипептида.

Что такое цельночисленные частоты распадов пептидов по отношению к потребителю? Где Вы про такое слышали или сейчас придумали? Сами хоть поняли о чём написали или опять за любимое умнообразное, но пустое, языкотрёпное дело взялись? :)

  Алексей, мне ведь легко доказать, что Вы не видите дальше собственного носа.
  Это привычка, ставшая натурой, дескать, конкурируют за ресурсы. Но конкурируют не за упорядоченную энергию, а за способы от нее избавиться. Вот и солнечная радиация, как порядок, "организует системы", ранжирующиеся в цепочки этот порядок дезорганизующие.
  Электрон на орбитали обязательно имеет собственную длину волны, укладывающуюся как цельночисленное значение длине орбитали. Изменение длины волны электрона (изменение частоты) приведет к новой орбитали, но опять-таки с цельночисленным значением.
  И, подумайте, что предпочтительно, кушать когда хочется или когда кормят? "Перекормленные системы" лопаются! Лопаются-разрушаются и пептидные системы, когда среда избавляется в них от свободной энергии. Выглядит это избавление, как флуктуативный хаос.
  В базовой простоте, только тот набор пептидов будет устойчив к флуктуациям, который "поглощает-потребляет" их в виде цельночисленной порциальной последовательности. Математически, это конечная сумма бесконечного ряда уменьшающихся слагаемых. Графически ряд выражается, как затухающая экспонента, выходящая на стабилизацию.
  У нас нет бесконечного ряда, потому достаточна модель, допустим, с тремя членами, распадающимися как один, два, четыре раза в единицу времени. Кто распадается один раз будет иметь возможность поглотить (потребить) продукты распада тех, кто распадается дважды и четырежды, а не наоборот. Если затесался компонент за эту временную единицу распадающийся три раза, то его судьба фифти/фифти, один раз встроится, в другой придется искать иной потребляющий комплекс.

  Ну не размножаются ни пептиды, ни их комплексы. А то, что комплекс может распасться и повторно возродиться, так и муха может превратиться в слона, если очень долго ждать.
  Не раздваиваются комплексы, а погибают согласно статистике. И если макромолекула комплекса активирует свои "избранные" окончания только тогда, когда на готове продукты от "микро"молекул, то вероятность синтеза повышается.

Цитата: василий андреевич от июля 24, 2022, 12:14:58Это привычка, ставшая натурой, дескать, конкурируют за ресурсы. Но конкурируют не за упорядоченную энергию, а за способы от нее избавиться.

Конкурируют и за то, и за другое – и за получение ресурсов, и за возможность утилизации отходов.

Просто обычно за утилизацию отходов конкуренция меньше – какай/писай, где и когда хочешь, а вот еду/воду надо отыскать ещё (и еда может и убежать). Поэтому конкуренцию за возможность утилизации отходов обычно и не упоминают (просто подразумевают, что она есть). Разумеется, в каких-то ситуациях конкуренция за возможность утилизировать отходы возрастает (типа, очереди в туалеты тоже бывают).

Вообще, не стоит забывать, что жизнь (точнее, живые системы) всегда «сидит» на потоке (на перетоке) – то есть, для неё важен, как приток энергии и вещества (приток ресурсов), так и отток энергии и вещества (отток отходов).

Кстати, чаще всего жизнь «сидит» сразу на многих потоках (на участках больших круговоротов вещества и энергии), которые ещё и влияют друг на друга.

  Принцип избавления от свободной энергии - это не принцип избавления от отходов метаболизма. Например, деятельность по добыче пищи - это так же способ избавления от свободной энергии. Важно различать потребность, как цель, и потребность, как производство средств достижения цели. У нас, человеков разумных, так все запущено, что мы средства достижения цели возводим в рагн самой цели. Деньги - лучший тому пример.

Цитата: АrefievPV от июля 24, 2022, 12:42:43Кстати, чаще всего жизнь «сидит» сразу на многих потоках (на участках больших круговоротов вещества и энергии), которые ещё и влияют друг на друга.

Хорошо, но сказать так - это очень мало. Круговорот материи всего лишь одна динамическая степень свободы, которая поглощает-потребляет свободную энергию, "зависая" над потенциальной ямой, как живое в нише. Круговорот целиком - это практически сгусток потенциальной энергии, которая при "отмирании" круговорота превратиться в бесполезный для самого круговорота тепловой хаос.
  У нас "круговорот" аминокислот, допустим, над черным курильщиком (о недрах пока не будем). Синтез аминов в пептид - это рост потенциальной энергии, а распад в амины - рост кинетической энергии. Получаем двухтактный осциллятор, причем такт синтеза невозможно назвать клонированием, так как потенция не порождает свою копию, хотя и "повторяется" через такт распада.
  Клонированием было бы разделение потенциального сгустка-пептида так, что бы свободные амины встроились в обе половинки так, и  материнский пептид был неотличим (или чуть отличим) от двух дочерних. Такое мы наблюдаем у ДНК и подозреваем у некоторых РНК, но не у пептидов, как предтечей белков.

  Подключаем идею четырех тактного осциллятора: 1)накопление аминов в "ловушке над черным курильщиком", 2)соединение аминов не просто в пептид, а обязательный комплекс пептидов, 3)ждем активации пептидных "радикалов" так, что бы несколько пептидов сложились-свернулись в устойчивый полипептид, 4)выброс высвободившейся после синтеза энергии, иначе распад неминуем.
  Как видите, второй и третий такт осцилляции - это сплошь невероятное стечение обстоятельств, которое необходимо исключить идеей резонансных частот, возникающих при прямой и обратной реакции. Еще раз, чем выше частота повторения обратимой реакции, тем больше потенциальная энергия "этого круговорота". Эта потенция, как жирок-средство, накапливаемое мозгом, что бы растратить на бросок к "целевому решению".
  Вот и подумайте, каким образом сгруппироваться в пептидный комплекс так, что бы перепрыгнуть "пропасть", а не ждать вероятности маленьких шажков? Это волновой пакет, выстраиваемый по правилам фрактала - меньшее подобно большему. А простейший, как бы почти фрактал, это частотное дробление по типу один, два, четыре. Кто не укладывается в соотношение, как "дробная волна", тот пойдет на выхлоп четвертого такта, унося свободную энергию.

  Используя ранее термины типа потребитель, старался сразу натолкнуть на множество аналогий из нашей жизни, что бы облегчить Вам понимание, не залезая в то, что вы презираете, называя моими придурковатыми придумками.

Цитата: василий андреевич от июля 24, 2022, 12:14:58Алексей, мне ведь легко доказать, что Вы не видите дальше собственного носа.
  Это привычка, ставшая натурой, дескать, конкурируют за ресурсы. Но конкурируют не за упорядоченную энергию, а за способы от нее избавиться. Вот и солнечная радиация, как порядок, "организует системы", ранжирующиеся в цепочки этот порядок дезорганизующие.
  Электрон на орбитали обязательно имеет собственную длину волны, укладывающуюся как цельночисленное значение длине орбитали. Изменение длины волны электрона (изменение частоты) приведет к новой орбитали, но опять-таки с цельночисленным значением.
  И, подумайте, что предпочтительно, кушать когда хочется или когда кормят? "Перекормленные системы" лопаются! Лопаются-разрушаются и пептидные системы, когда среда избавляется в них от свободной энергии. Выглядит это избавление, как флуктуативный хаос.
  В базовой простоте, только тот набор пептидов будет устойчив к флуктуациям, который "поглощает-потребляет" их в виде цельночисленной порциальной последовательности. Математически, это конечная сумма бесконечного ряда уменьшающихся слагаемых. Графически ряд выражается, как затухающая экспонента, выходящая на стабилизацию.
  У нас нет бесконечного ряда, потому достаточна модель, допустим, с тремя членами, распадающимися как один, два, четыре раза в единицу времени. Кто распадается один раз будет иметь возможность поглотить (потребить) продукты распада тех, кто распадается дважды и четырежды, а не наоборот. Если затесался компонент за эту временную единицу распадающийся три раза, то его судьба фифти/фифти, один раз встроится, в другой придется искать иной потребляющий комплекс.

  Ну не размножаются ни пептиды, ни их комплексы. А то, что комплекс может распасться и повторно возродиться, так и муха может превратиться в слона, если очень долго ждать.
  Не раздваиваются комплексы, а погибают согласно статистике. И если макромолекула комплекса активирует свои "избранные" окончания только тогда, когда на готове продукты от "микро"молекул, то вероятность синтеза повышается.

Я вас пряма спросил: "Что такое цельночисленные частоты распадов пептидов по отношению к потребителю?"

Какого Вы понаписали что угодно, но только не про это? Опять демагогию развели.

  Извините, Алексей, перед посылкой Вас куда подальше, скажу, что посмотрите о потребителе в словаре.
  Это слишком элементарно что бы догадались даже Вы. Но повторю, потребитель будет кушать, когда ему это захочется, а не когда готов обед. И если пептиды-поставщики аминов будут распадаться не в унисон с потенциальным потребителем, то это не поставщики, а дерьмо.

  ПП. И вообще завязываю. Скоро на длительную рыбалку на острова огромного озера в Карелии.

Я спрашиваю не про то, что такое потребитель, а про то, что такое "цельночисленные частоты распадов пептидов по отношению к потребителю"?
  У меня складывается впечатление, что Вы и сами не пониаете и, поэтому, делаете вид будто вопрос в потребителе.

П.С.: Вообще-то посылать - это хамство и за такое - посылают в бан.

  Алексей, Вы даже не замечаете, что через пост сваливаетесь на оскорбления в мой адрес, за то, что никак не врубитесь в объяснения, которые я считаю весьма тривиальными. И по пути совершаете ошибки, недостойные Вас, как человека вполне осведомленного. Потому вынужден каждый раз напоминать, хотя это конкретно сказал Питер - белки, пептиды, пептидные комплексы не клонируются.
  Уж в который раз, потребитель тот кто принимает порцию из мест ее избытка в момент, когда в этой порции созрела необходимость. Потому поставщиком порции может быть только пептид, который ее выдает в нужное место в нужное время. Чем выше частота прямых и обратных реакций, тем выше энергетический уровень, тем вероятнее, что это поставщик. Следовательно, потребителем может быть полипептид с наиболее низкой частотой обратимых реакций. Если частоты с которыми поставщик выдает порцию цельночисленны, например, один к двум, то вероятность усвоения этой порции многократно выше, нежели чем, например, один к 1,28. Пример с электроном на орбитали ровно из той же серии.

  ПП. Вместо того, что бы сразу перейти к квантовым процессам, к сожалению, приходится тратить нервы на разжевывание простых вещей. А ведь мы имеем дело со Шредингеровским котом, который жив или мертв с принципиально вычисляемой вероятностью. Пептидная связь и есть вероятностное состояние - она может быть, а может и не быть - обнуление вероятности до определенности может состояться только, как акт наблюдения.

Демогогия - это не оскорбление, а констатация факта (что, конечно, может быть обидно). И опять Вы заняты тем же ... Уже в какой раз спрашиваю что такое "цельночисленные частоты распадов пептидов по отношению к потребителю" и получаю уход от ответа. Разве это не оскорбление?
 Или сначала хотя бы что такое "цельночисленные частоты распадов пептидов"?
  Как у распадов пептидов могут быть целочисленные частоты? Что это за "зверь"? В чём измеряется эта величина?

  Тогда вновь о том же.
  Модельно пептид - условность, состоящая из аминокислот. Если учитывать только флуктуативный фактор, то пептид необратимо распадется на аминокислоты с высвобождением энергии связей на рассеяние. Но в условно изолированной системе пептидная связь, восстанавливается за счет того, что часть энергии уносится водой. Но вода может не уйти, а диссоциировать, разрушив связь. Получаем среднестатистический пептид, разрушающийся и восстанавливающийся с определенной периодикой. Величина обратная периоду называется частотой.
  Для Вас, Алексей, сказанное по-видимому, демагогия, потому опускаю общеизвестное и говорю, что разные пептиды отличаются частотой цикла распад-восстановление.
  Далее придется опять демагогить, что бы повториться в квадрате: если есть три пептида с..., ладно, не частотами, а периодами распада-восстановления, относящие как один, два, четыре, то это будет наилучшая комбинация для скачкообразного синтеза. Ибо как только высвободятся связи у длинно периодического пептида, наготове будут аминокислоты от распада или средне периодического, или коротко периодичного.
  Если периоды относятся друг к другу не как цельночисленные, а дробные, то распад коротко периодических пептидов не поставит вовремя амины для синтеза длинно периодического, и такой комплекс распадется с вероятностью намного превышающей "цельночисленный" комплекс.
  Назвать этот процесс отбором, нельзя, так как ни о какой унаследованности речи нет. Но комплекс с цельночисленными отношениями частот периодов распада-восстановления, будет "выживать" много успешнее прочих.
  Отношения что частот, что периодов, разумеется без-раз-мерно.

  ПП. И теперь уж точно уверен, что Вы (но не я) забыли свой первый вопрос, который заставил меня демагогировать, потому что в вопросе Вы подспудно допустили целый ряд ошибок, не среагировать на которые было недопустимо.
   

Ну слава тебе господи ... я, чесно говоря, был уже почти уверен, что вы не способны не уходить от прямых ответов...
  Ну хорошо ...

Цитата: василий андреевич от июля 24, 2022, 22:24:33если есть три пептида с..., ладно, не частотами, а периодами распада-восстановления

А распадаются на что? Полностью на аминокислоты или, вооще говоря, просто на какие-то куски покрупнее?
  И теперь что такое потребители целочисленночастотных распадов пептидоы? Какие-то фрагменты других распадов пептидов?

  Тогда появляется резон продолжить, но с обязательным соблюдением принципа постепенности.
  Поэтому давайте не искать-гадать о поставленных Вами вопросах, а обрисуем проблему "ширшее и глубжее". (тем более, что у меня осталось пару дней на сборы - рыбалка продлиться более месяца)

  Заглавие темы неисчерпаемо. Пусть жизнь по определению начинается с принципа сохранности при клонировании, с допущением того наследуемого минимума изменчивости, который, собственно, и позволяет говорить о эволюции, как необратимой изменчивости. Питер справедливо заключает, что РНК первый претендент, ибо ничто более простое не клонируется. Вы и я сошлись на перспективе "о первичности" того усложнения пептидов, которое может дать следствием синтез РНК и ДНК.
  Введем термин "пептидная протожизнь", т.е. усложнение есть, а клонирования нет. Пусть будет три условных этапа: пептиды - полипептиды - белки. Между этапами "непреодолимые" барьеры, которые иногда называют пропастью вероятности. То есть, весьма невероятно, что бы "десяток" пептидов в единый миг сложились в полипептид, тогда как промежуточные варианты запрещены статистически.
  Ранее, кажется в параллельной теме, я употребил незамеченный никем термин частотный резонанс, подчеркиваю, резонанс. В этом кроется, возможно, главный ответ на то, что пептидный комплекс способен "договариваться" о моменте, когда разом будут обнажены-активированы многие углеродные и азотные окончания за счет отторжения -О-Н от углерода и -Н от азота. Если "горячая" вода не будет выдворена за пределы комплекса, то синтез в полипептид не состоится.
  Пусть в пептиде пяток десятков пептидных связей, часть которых пребывает в неопределенном состоянии - то ли появилась связь, то ли распалась. Подключим геометрию: если пептидная связь спрятана внутри молекулы, то эта связь стабильна, а если снаружи окружена водой, то неопределенна, с вероятностью есть/нет фифти/фифти. Незначительные колебания внешних условий приводят к незначительному смещению вероятности состояния "связи" в сторону долготы пребывания в синтезе или распаде.
  Теперь понимаете, почему нельзя влоб говорить о периодичностях распада пептида на отдельные аминокислоты? Мы не сможем узнать какой процент аминокислот покинет определенный пептид в определенный отрезок времени, даже если подключим идею теплового удара внешних условий. Но удара как раз и не надо, нужна крайне выдержанная стабильность условий, что бы пептиды сами искали свои резонирующие частоты.
  Вот при стабильных условиях как раз и получим возможность говорить о резонансе, когда, образно, хаотическое мерцание связей идет в сторону согласованности с простейшим соотношением один-два-четыре. Потому идет, что пептид с "дробной частотой" вероятнее распадется, не получив "поддержки" от соседей. А амины от распада будут в изолированной системе искать свое вероятное место.
  И обязательно будут короткие периоды, когда в согласованном комплексе наступит состояние полипептид. Пусть этот период будет недолгим, но его главная характерная черта - это избыток перегретой воды, которую необходимо разом вывести из изолята в среду.
  Но тогда высвечивается вопрос условий "реактора". Лично мне, возможно, видящему картину геологически однобоко, представляется, что нет более подходящей модели, чем недра планеты, на поверхность которой "постепенно конденсируются" гравитационные осадки - обязательно отыщется губина, на которой условия изоляции пептидного комплекса сменятся открытостью в нужный момент, спровоцированный избыточным давлением "перегретой воды". Напомню, микропористость гелеобразного состояния углеводородов с закрытой пористостью, наполненной водой, может реко смещаться в сторону открытой пористости при скачкообразном переходе монтмориллонит-гидрослюда.

  Как видите, "Остапа вновь понесло". И вполне верю, что для Вам было бы лучше ограничиться утверждением типа, "дык ведь это же просто ускорение эволюции".

  ПП. Можете не отвечать. А можете вновь выругаться. Я все одно надолго уезжаю.

Это выше моих сил.
Если Вам надо моё общение, то будьте любезны - не уходите от темы/диалога (вопросов), как Вы опять это сделали в предыдущем посту и как постоянно это делаете в общении со мной.

Я не буду с Вами общаться, если будет постоянно так делать. "Бегать" за Вами и задавать по несколько постов сряду один и тот же вопрос, "умолять" ответить я не буду.

Если хотите продолжать, то, будьте любезны, сделайте прямые разъяснения на мой предыдущий пост.  Нет – так нет ... тогда на этом – закончим, надеюсь, теперь  навсегда.

Цитата: василий андреевич от июля 25, 2022, 10:24:46Я все одно надолго уезжаю.

Вот же ... я все пропустила, утонула в действительности, цвет, звук, пространство и тд
слова такая маленькая часть мира
Но Вы вернетесь, удачи там в путешествии
:)

 Спасибо, Лилия. Уже тот "срок", когда начинаешь подумывать "а удастся ли еще раз побывать в дикой жизни.

Вполне возможно, что получится еще не раз и кроме этого есть масса способов жить среди дикой природы не вылезая далеко. Я бы выложила где то в другой теме наш двор(но загрызут люди помешанные на нормальности, поэтому не буду, а вообще-то картина впечатляет ) с трехметровым иван чаем, который растет прямо вперемешку с флоксами и очень сложно отличить одних от других.
Флоксы одичали, тоже полезли вверх и не ясно кто кого забьет в итоге и все это произошло не за миллионы, а за семь лет просто попустительства и невмешательства в процесс формирования равновесия.
:)
Еще дикие уличные музыканты вылезли в стримы, стали миллионщиками подписок, сбылась моя мечта. Первая жизнь дикой музыки в сети ничем не хуже жизни в первых базальтах.
Я попыталась найти расчеты откуда вообще взялись цифры 4 мрлд лет жизни и 4,5 жизни планеты, пока не вижу как это вообще происходит, мы дома разбирали это и муж мне расписал подробно какая масса параметров, необходимых для этого известна с точностью пол-палец-потолок.
Например есть внятная физическая картина остывания расплавленной земли в первой сборке, но нет ни дат и массы конфликта с Теей, хотя теория столкновения уже почти общепризнана.

Но даты 4,5 и 4 млрд взялись откуда то. Мне казалось можно сделать уравнение не очень сложное для ИИ, в котором к началу жизни приходим через физику образования условий, достаточных для формирования многофазных групп и белков и рибозимов, я прочла все сообщения последних дней на форуме, разумеется каждому ежику(это про меня) понятно, что белки и остальные увтов кроме рибозимов не реплицируют, но нужна кроме первого реплицирования общая жизнь компании полимеров и совместные действия с использованием возможностей каждого в комплексе со всеми возможностями сред.
Для моделей нужны расчеты и масса машинного времени просчета всех вариантов, согласна с Питером, хотя приведенный анекдот не очень подходит, я его нашла в сети.
Поэтому когда я читаю, что вот все произошло в термальных источниках или все произошло в локальных порах(возникновение мембраны) сразу это вызывает протест типа "да нет конечно".
Я думаю, что не было происхождения ничего в определенных условиях одного типа. Был калейдоскоп непрерывной смены сочетаний условий сред и вероятность каждый раз шагала семимильно натыкаясь на удачные сочетания.

Поэтому любые прямые вычисления вероятностей сейчас бесполезны. Честно говоря я думаю, что галактика жизнью кипит, а не пара тройка очагов как у Маркова часто мелькает в речи за последние годы. Но это просто чувство. Он опирается на какие то вероятности, рассчитанные одной формулой. Наверное еще вообще рано их считать, данных нет, опереться не на что.

Цитата: Alexeyy от июля 25, 2022, 15:59:20будьте любезны, сделайте прямые разъяснения на мой предыдущий пост.

Откуда такая вера, что у меня на столе кроме ноутбука лаборатория, где я ставлю академические опыты.

Цитата: василий андреевич от июля 25, 2022, 10:24:46Мы не сможем узнать какой процент аминокислот покинет определенный пептид в определенный отрезок времени,

Не сможем узнать принципиально. Ну посмотрите вы на молекулу например, окситоцина, просто она первая попалась мне на глаза. Сколько в ней пептидных связей, а сколько радикалов? В стабильных условиях надо ждать принципиально непредсказуемой квантовой флуктуации, рвущей одну из любых связей. И принципиально нельзя сказать восстановится эта связь или залечится подходящими ионами.
  Именно непредсказуемость является той прелестью с которой нужно и можно работать математически.

  Выбираем любой пептид и объявляем его единицей, подлежащей неминуемому распаду. Чем больше связей рвется, тем меньше связей остается, что бы в них "попала" квантовая флуктуация. Вопрос, по какой зависимости этот пептид, выбранный за единицу будет распадаться? Ясен пень по зависимости полураспада.
  Куда пойдут осколки распадов в изолированной системе? Да ясен пень, в другой пептид. Чем круче распад, тем круче рост другого пептида. Но только поначалу, этот другой пептид так же распадается под ударами флуктуаций - получаем горбатую экспоненту.
  Вопрос, может ли горбатая экспонента взлететь выше той единицы, которая была выбрана случайным образом? Может, но только при условии, что она принимает осколки распадов еще от нескольких пептидов.
  Это пояснение не для Вас, Алексей, все равно не поймете. Это для тех, кто умеет думать самостоятельно.

  От какой молекулы и к какой пойдут осколки? Опять, ясен пень, от той энергетика которой выше, к той энергетика которой ниже. А выше энергетика у той, где частота распадов и восстановлений пептидных связей выше. Чем крупнее молекула пептида, тем больше связей расположено внутри молекулы при отсутствии свободной воды, следовательно, тем меньший в ней процент связей, которые рвутся и восстанавливаются, тем ниже будет ее энергетика. Ну и понятно, что именно к ней пойдет поток осколков для синтеза. Но только до определенного предела, диктуемого вероятностным барьером.
  Можно ли этот барьер преодолеть? Надо надеяться, что можно. Во всяком случае именно для этого выдается гипотеза о частотных резонансах. И эту гипотезу выдаю я, а не академик, которому можно верить.
  Не хочу произносить волшебное заклинание "отбор", потому что это не отбор, а статистика, которая принципиально не бывает точной. Если в комплексе пептидов присутствуют участники с нерезонирующими частотами, то они будут распадаться, питая те пептиды, которые резонируют между собой, как цельночисленные в общем аминокислотном круговороте. Например, длина круговорота равна С, тогда резонаторы можно выстроить по принципу С+С/1!+С/2!+...+С/n!
  Получаем фрактальный круговорот. Но это, я так понимаю, сложно для растолковки на пальцах. Потому упростил до трехчленья с соотношением один, два, четыре. Все пептиды, которые не подпадают под этот трехкомпонентный резонанс будут иметь тенденцию к распаду, за счет которого резонирующие будут укрупняться до статистического барьера. В конце концов таких "предельных", но обязательно разных пептидов будет сконцентрировано столько, что остается ждать момента х, когда состоится вполне вероятный скачок к синтезу в полипептид, но с обязательным раскрытием системы для отвода "перегретой воды".
  Честно говоря, я уже сбился со счета, сколько раз это объясняю. Но больше не буду. Надоело.
  Хотя вполне верю, что может помочь такое заключение, что я описал процесс зарабатывания той "горки" средств, с которой становится видна потенциальная ниша, как образ вырабатываемой цели.
  Цель - белок. Но до него еще один статистический барьер. А мы даже с первым не договорились.

  Еще раз спасибо, Лилия. Если честно сказать, то не стал бы писать "круговоротный пост", как бы Вы не соблаговолили меня успокоить.
  Кстати, поклонюсь в сторону Вашего города, в понедельник, когда мы "рванем" на старенькой шестерке с огромным прицепом, следуя из Долматовского, через Ярославль и Вологду.

Цитата: василий андреевич от июля 25, 2022, 23:41:18Откуда такая вера, что у меня на столе кроме ноутбука лаборатория, где я ставлю академические опыты.

Прошу не лабораторию, а разъяснения смысла Вами же сказанных фраз (конкретно чего -  указал в том посту). Вы, действительно, это не понимаете или толькко делаете вид?
  Если же Вы считаете их бессмысленными (что подозревал с самого начала попытки диалога от которого Вы постоянно уходите), то у меня нет вопросов. У меня складывается впечатление, что Вы сами не видите этого смысла и, поэтому, постоянно и уходите от диалога.

  Алексей, не диалог Вам нужен, а список адресов, дат и обстоятельств соединения атомов в монстра под условным названием нуль-ЛЮКА.
  В настоящем есть то, что я обозвал статистическим барьером, барьером не преодолимым. Пептиды не туннелируют через этот барьер в полипептид ни в пробирках, ни в умах гениев.
  Потому удовлетворитесь заклинанием - "отбор направленных случайностей". Или приплетите что-нибудь о накоплении информации, которая по определению антиэнтропийна. Вам полегчает.

Цитата: Alexeyy от июля 25, 2022, 04:48:03А распадаются на что? Полностью на аминокислоты или, вооще говоря, просто на какие-то куски покрупнее?

Ну глупость Вы спрашиваете. И я буду таким же глупцом, если отвечу, что "да, на какие-то куски то, покрупнее, то помельче, вплоть до развала самих аминокислот вместе с радикалом".
  А я трачу нервы, десяток раз вдалбливая в Вашу чистую головушку, что каждый акт распада - это высвобождение энергетической порции (суть кванта), которая естественным образом превратиться в бесполезное тепло, если не будет принята той группой молекул, в которой невозможно определить, где заканчивается одна молекула и начинается другая. Пептидная связь, порванная в одном месте и образованная в другом - это миграция межмолекулярной границы при том что весь комплекс остался самим собой. Это свойство не кристаллов, а квазикристаллов, легко трансформирующих обобществленную согласованность, оставаясь единым целым. Что бы понять подобное, надо познакомиться хотя бы с "плавлением" парафина, когда псевдокристаллизация (упорядочение) сопровождается поглощением, а не как у кристалла, высвобождением тепла.
  Потому вполне к месту

Цитата: Шаройко Лилия от июля 25, 2022, 23:08:43Поэтому любые прямые вычисления вероятностей сейчас бесполезны.

Мы только судачим, что согласование резонансных частот при обмене порциями-квантами в "черном ящике" пептидов повышает вероятность распада мелких на еще более мелкие, при укрупнении больших. Но укрупнение только до предела - чем крупнее молекула, тем "квадратично" возрастает барьер к дальнейшему укрупнению.
  А у нас на горизонте три гиганта ДНК, РНК, белок проявившиеся в ЛЮКЕ, как неупрощаемый комплекс.
  Так что читайте "академиков", а не пытайтесь соображать самостоятельно. Барьер Дарвина-Эйгена - это одна из моделей. РНК (сложная рибозима), в моем видении - это подобный барьер, возрастающий по мере роста напряженности квантованных (резонансных) потоков между пептидами.

Цитата: Шаройко Лилия от июля 25, 2022, 23:08:43Для моделей нужны расчеты и масса машинного времени просчета всех вариантов, согласна с Питером,

И еще нужна такая мелочь, как Человек, закладывающий в машину свое "предвидение", дабы "масса времени" не превратилась в бесконечность ограниченности черной дыры.
  На мой взгляд дилетанта, пока пептиды еще не назывались пептидами, роль рвущихся и восстанавливающихся связей выполняла сера вместе со своим конкурентом селеном. И это при том, что косная эволюция на базе алюмосиликатов уже подготовила своеобразные ниши для монстриков на базе углерода.

Цитата: василий андреевич от июля 26, 2022, 09:24:44

Цитата: Alexeyy от июля 25, 2022, 04:48:03А распадаются на что? Полностью на аминокислоты или, вооще говоря, просто на какие-то куски покрупнее?

Ну глупость Вы спрашиваете. И я буду таким же глупцом, если отвечу, что "да, на какие-то куски то, покрупнее, то помельче, вплоть до развала самих аминокислот вместе с радикалом".

Ничего не глупость: это зависит от температуры и других условий (при достатчно высокой может и полностью распасться). А может и почти на строго опрелелённые (в зависимости от условий и состава).

Что в Вашем представлении такое "потребители целочисленночастотных распадов пептидов"? Другие распавшиеся пептиды или ещё что-то?

Василий  Николаевич,     возьмите  на    остров  Ленинджера  и  прочитайте  про  пептидную  связь.   И  пептиды   вообще.

Цитата: василий андреевич от июля 26, 2022, 09:36:14И еще нужна такая мелочь, как Человек, закладывающий в машину свое "предвидение", дабы "масса времени" не превратилась в бесконечность ограниченности черной дыры.

я в другой теме отвечу, но вечером, пока не знаю в какой именно, есть выбор нескольких вариантов

Цитата: Alexeyy от июля 26, 2022, 10:31:55это зависит от температуры и других условий (при достатчно высокой может и полностью распасться). А может и почти на строго опрелелённые (в зависимости от условий и состава).

Что в Вашем представлении такое "потребители целочисленночастотных распадов пептидов"? Другие распавшиеся пептиды или ещё что-то?

Не только может, но и распадется в обязательном порядке, как любая система, предоставленная самой себе. Это всеобщий "второй" принцип. И белок распадется в клетке, но до распада будет изменять свою свою структуру, находясь "в разных условиях" на метаболическом токе от условного клеточного ресурса к приемнику отходов. Это и есть суть динамического равновесия (гомеостаза) - быть своеобразным барьером на потоке так, что бы на ундуляции условий отвечать перескоком в состояния наиболее близкие равновесным. И белок сам найдет свое место, допустим, в мембране ориентируясь исключительно на средовые сигналы. А если не найдет "свое место", то пренепременно распадется на "запчасти".
  Белок "выживает" потому, что совершает полезную работу, принимая на себя часть энергии потока, преобразует ее и выдает уже частично обесцененную энергию в той форме, которая необходима клетке. Полезная же работа - это для себя любимой, именно она противостоит второму принципу.

  У нас не только не белки, но пока даже не полипептиды и пептиды, а радикалы с теми активными окончаниями, которые могут объединить несколько радикалов в пептидную связь. Теоретическое удобство такой связи в простоте ее организации за счет отторжения молекулы воды. Протон и гидроксил легко соединяются в воду, потому что вода  находится на нижнем энергетическом уровне по сравнению с уровнем исходных продуктов, обратная диссоциация связана уже с принятием энергетической порции. Нет рядом воды, нечему диссоциировать, следовательно пептидная связь, состоявшись, будет в относительной безопасности, защищенная "невысоким барьером активации" от вероятных температурных колебаний.
  Без такого экскурса невозможно понять, почему при изменении условий могут образовываться, как Вы выразились "строго определенные" пептиды.

  У нас модельная смесь пептидов, находящаяся в состоянии гель, а вода присутствует в закрытых друг от друга порах. Будет много воды, гель превратиться в золь, с которым нам не разобраться, это много сложнее.
  Задача: понять почему в геле при участии ограниченного количества воды медленно, но сердито идут процессы перераспределения аминов от пептидов к полипептидам. Полипептид таким образом нарекается потребителем, а пептид производителем. Как понимаете, деление на моно- и поли- весьма условно.
  Чем крупнее поли-, тем тем меньше площадь контакта пептидных связей с водой, которая в обязательном порядке содержит процентик диссоциатов аж-оаж, как потенциальных убийц нашей дорогой связи. Вода же такая сволочь, что гидрофильна именно к окончанием С-ОН, а к радикалам С-Н гидрофобна. Следовательно, "мало воды" - это необходимое условие.
  Теперь тупо считаем. В моно- и в поли- в единицу времени рвется, допустим, пятьдесят процентов пептидных связей. Это означает что поли- сохраняет большее количество связей, чем моно-. В стабильных условиях можно бы ожидать, что связи и там, и там восстановятся (репарируются). Но пусть один процент из разорванных не репарируется. Получаем, что на моно- придется большее количество нерапарированных связей. Следовательно, моно- будут рападаться быстрее, чем поли-, и, таким образом, становиться производителями аминов, для вполне вероятного синтеза поли-.
  Но таковая вероятность крайне низка, ввиду того, что амин, отколовшийся от одного моно- соединится с другим моно-, а не с поли-, которые в геле редки. Именно поэтому приходится включать резонансные эффекты в абстрактном круговороте аминов. Круговорот именно абстрактен, ибо не существует в цельно-образном виде, а состоит из турбулентных фрагментов.
  Если частоты нарушения-репарации не согласованы между собой, то гель будет пребывать в состоянии трансформации многочисленных моно-. Но частоты резонируют согласно квантовой модели "черного тела" - средние частоты группируются, "вытесняя" короткие и длинные на периферию. "Черная" модель хороша, но недостаточна, ибо не дает кардинального прорыва к канализации в поли-.
  На практике работает модель "серого или цветного" тела, когда частоты группируются в отдельные пики по длинам волн. Посмотрите, например, спектр Солнца, что бы убедиться.
  К сожалению ни мы, ни кто(?) другой не сможем составить уравнение Шредингера, потому поступаем упрощенно. Изолированная система из неизвестных наборов поли- и моно- согласуется так, что в абстрактном круговороте аминов "само"организуется фрактал концентраций. Но фрактальный круговорот сложен, потому достаточно понимать его упрощенную форму: пики концентраций уложатся друг в друга как цельночисленные отношения - это закон, выполняющийся и на уровне электронной орбитали, и на уровне торговых организаций.
  Если бы я разговаривал с Эволом (Дарвинистом), то, думаю, было бы достаточно одной реплики для понимания о чем речь.
  Но для Вас, Алексей, я стараюсь столь подробно, что как "тот анекдотошный профессор" стал понимать и сам  ;D
  Если производитель выводит в абстрактный круговорот амины с несогласованными частотами, то эти амины не находят свои места ни в моно-, ни в поли-, потому что каждому "конкретному" амину, нашедшему свое место, будет соответствовать амин покинувший свое. Согласованность поставщиков означает, что в круговороте появятся пики концентраций, совпадающие с пиками потребности наиболее крупных поли-. В торговле это называется монополизмом крупных фирм, разоряющих мелкие предприятия.

  ПП. Я более чем уверен, Алексей, что совершил для Вас очередной акт демагогии. Потому буду считать, что произнес это для себя.

Цитата: Питер от июля 26, 2022, 14:24:22возьмите  на    остров  Ленинджера  и  прочитайте  про  пептидную  связь.   И  пептиды   вообще.

Ну вот, профессор... А удочки побоку?
  Я ж ранее уже сказал, что химию нибельмеса, но физику кое-как приспособлю.

Цитата: василий андреевич от июля 27, 2022, 06:15:26

Цитата: Alexeyy от июля 26, 2022, 10:31:55это зависит от температуры и других условий (при достаточно высокой может и полностью распасться). А может и почти на строго определенные (в зависимости от условий и состава).

Что в Вашем представлении такое "потребители целочисленночастотных распадов пептидов"? Другие распавшиеся пептиды или ещё что-то?

Не только может, но и распадется в обязательном порядке, как любая система, предоставленная самой себе.

У меня, иногда, складывается впечатление, что Вы - невменяем (а, иногда, мне кажется, что такое - после инсульта): простой, конкретный вопрос задал ("Другие распавшиеся пептиды или ещё что-то?") и вы понаписали несколько "килограммов" в ответ, но опять почти ничего по этому вопросу (непременно до Шредингера дошли; у меня складывается впечатление, что это какая-то идея фикс; прям "везде" об этом).
   У Вас с головой всё в порядке или это у Вас просто такой (наверно, редкий) эмоциональный, гипергуманитарный психотип не способный сосредотачиваться?

П.С.:  я, наверно, всё же прекращу с Вами общаться... мне это невыносимо ...

Цитата: василий андреевич от июля 27, 2022, 06:17:56

Цитата: Питер от июля 26, 2022, 14:24:22возьмите  на    остров  Ленинджера  и  прочитайте  про  пептидную  связь.   И  пептиды   вообще.

Ну вот, профессор... А удочки побоку?
  Я ж ранее уже сказал, что химию нибельмеса, но физику кое-как приспособлю.

Не   надо  физику   приспосабливать.  Надо  химию  учить.

Давайте начнем прямо здесь и сейчас, заодно выясним кто из нас больший псих, а кто просто биофизику галопом по европам проскакал. Как говорила у нас в школе преподаватель по химии (заслуженный учитель РСФСР, весьма неординарная пожилая леди) - "плохо не знать, а потом еще и забыть".
:)
Ну и чтобы отделить формулы от удочек, тоже думаю на природе лучше заниматься природой, особенно если условия капитально дикие, в смысле настоящего дальнего леса, там ЦНС должна быть свободна от постороннего шума, противоположное может быть опасно.

Думаю начнем с классификации пептидов и со свойств пептидной связи, белки это нестойкие образования в организме, возможно Василий Андреевич говоря о пептидах имеет ввиду белковые молекулы, все таки речь в последние дни в нескольких ветках в этой же компании идет о разных этапах первичной жизни, в том числе и том когда уже происходит формирование более длинных молекул.

https://ru.wikipedia.org/wiki/Пептиды

ЦитироватьПептиды, последовательность которых короче примерно 10—20 аминокислотных остатков, могут также называться олигопепти́дами (от др.-греч. ὀλίγος «малочисленный»); при большей длине последовательности они называются полипепти́дами (от греч. πολυ- «много»); полипептиды могут иметь в молекуле неаминокислотные фрагменты, например углеводные остатки. Белка́ми обычно называют полипептиды, содержащие, примерно, от 50 аминокислотных остатков[2] с молекулярной массой более 5000[3], 6000[4] или 10000[5][6] дальтон.

Дальше наверное нужно вспомнить как создается и разрушается пептидная связь и уровень ее устойчивости в зависимости от длины молекулы и вторичных и третичных структур в макромолекулах

Вначале просто связь вне контекста разных молекул

https://ru.wikipedia.org/wiki/Пептидная_связь

ЦитироватьПептидная связь — вид амидной связи, возникающей при образовании белков и пептидов в результате взаимодействия α-аминогруппы (—NH2) одной аминокислоты с α-карбоксильной группой (—СООН) другой аминокислоты.

Из двух аминокислот (1) и (2) образуется дипептид (цепочка из двух аминокислот) и молекула воды. По этой же схеме рибосома генерирует и более длинные цепочки из аминокислот: полипептиды и белки. Разные аминокислоты, которые являются «строительными блоками» для белка, отличаются радикалом R.

(https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/7/78/Peptidformationball_rus.svg/450px-Peptidformationball_rus.svg.png)

свойства связи

ЦитироватьКак и в случае любых амидов, в пептидной связи за счет резонанса канонических структур связь C-N между углеродом карбонильной группы и атомом азота частично имеет характер двойной:
(https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/83/Mesomeric_peptide_bond.svg/639px-Mesomeric_peptide_bond.svg.png)

Это проявляется, в частности, в уменьшении её длины до 1,33 ангстрема:

(https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/c/cb/Trans-Peptide_Bond.png/600px-Trans-Peptide_Bond.png)
Это обусловливает следующие свойства:

4 атома связи (C, N, O и H) и 2 α-углерода находятся в одной плоскости. R-группы аминокислот и водороды при α-углеродах находятся вне этой плоскости.
H и O в пептидной связи, а также α-углероды двух аминокислот транс-ориентированы (транс-изомер более устойчив). В случае L-аминокислот, что имеет место во всех природных белках и пептидах, R-группы также транс-ориентированы.
В случае полипептида вращение возможно вокруг связи около азота (N-C, угол вращения обозначен как ψ) или между углеродами каждого пептидного звена (C-C, угол вращения обозначен как φ), но невозможно в месте соединения звеньев из-за их частично двойного характера связи.

Думаю это уже вполне близко к физике, распределение заряда обуславливает уровень стойкости соединения. Это я так думаю, Питер , да и Алексей возможно, вполне могут мне тут и дальше надавать по шее за безграмотность, но я все равно продолжу
:)

ЦитироватьЭти свойства пептидной связи обеспечиваются так называемой sp2-гибридизацией электронов N и С' атомов,отсутствием вращения вокруг C´-N связи

Давайте более подробно остановимся на тонкой (электронной) структуре пептидной связи.

Электронные формулы C, N и O:

Углерод, азот и кислород относятся ко 2-му периоду, т. е. имеют два энергетических уровня. На втором (внешнем) энергетическом уровне локализованы два энергетических подуровня: s и p.Электронные формулы этих элементов имеют следующий вид:

Углерод C 1s2 2s2 2p2

Азот N 1s2 2s2 2p3

Кислород O 1s2 2s2 2p4

(https://www.ok-t.ru/studopediaru/baza4/834300036527.files/image026.gif)

sp2-гибридизация преобразует одну сферическую s- и две вытянутые p-орбиты электронов атома в три sp2-орбиты. Эти три орбиты вовлекают атом в три ковалентные связи, лежащие в одной плоскости.

Вовлеченные в sp2-гибридизацию электроны ковалентно связанных C' и N атомов создают "делокализованное" электронное облако, охватывающее оба эти атома, и распространяющиеся также — через связь С-О — на атом О (именно поэтому связи C'=N и C=O рисуются как равноправные "полуторные").

ЦитироватьКонформация полипептидов
Углы φ и ψ могут принимать различные значения, и число возможных пространственных конфигураций для полипептидной цепи может быть бесконечно большим. Однако в реальных условиях ряд конфигураций не реализуется из-за пространственных затруднений.

В пределах стерически дозволенных углов φ и ψ наиболее вероятна такая конфигурация пептидной цепи, при которой потенциальная энергия системы минимальна. Выигрыш потенциальной энергии происходит в результате целого ряда взаимодействий между атомами и атомными группами внутри полипептидной цепи (нековалентные взаимодействия, дипольные взаимодействия, торсионный потенциал).

Существует некоторое минимальное расстояние между центрами атомов, при котором их дальнейшее сближение невозможно. Эти расстояния, оценены в основном по данным кристаллографии

   

Цитировать Белковая цепь приобретает чрезвычайную устойчивость, сворачиваясь в правостороннюю а-спираль (рис. 21-17). В такой структуре аминокислотные остатки направлены наружу от оси спирали, а группы С=0 одного витка спирали связаны с группами Н—N следующего витка водородными связями. Водородные связи образуются между сильно электроотрицательными атомами, например Р или О, и атомами водорода с небольшим локальным избытком положительного заряда. Такие связи имеют главным образом электростатическое происхождение и зависят от способности двух атомов к тесному сближению. Атомы О и Р, имеющие небольшие размеры, способны давать такие связи более крупные атомы О обычно не могут образовать водородных связей. В белках водородные связи играют очень важную роль они возникают между кислородным атомом карбонильной группы и атомом водорода аминогруппы, принадлежащими полипептидной цепи. Как видно из рис. 21-13, частично двоесвязный характер пептидной связи С—N не только обеспечивает плоскостность пептидного звена, но также делает атом кислорода несколько отрицательным, а атом азота с присоединенным к нему атомом водорода несколько положительными. Это и создает благоприятные условия для образования водородных связей.

Тем не менее белки ферменты в организме живут обычно доли секунды, а некоторые рекордсмены в лекциях Максимова по биофизике насколько помню(но зуб не отдам) могут переживать создание и распадение до 4 тыс раз в минуту.

В общем моя картина мира такова, что с увеличением длины молекулы от самых простейших пептидов уровень устойчивости молекулы к распадению при равных внешних условиях среды в которой они находятся  уменьшается.

Но при достижении длины, когда возможны вторичные структуры устойчивость выходит на новый виток спирали во всех смыслах и сворачивание устойчивость увеличивает.
Но не тотально., специфической литературы не нашла, может Питер все же скажет нечто конкретное и коротко как он умеет.
:)
В общем исходя из вышеизложенного я ничего безумного в ответе Василия Андреевича не вижу . Он вероятно конкретных молекул после распада пептидов назвать как и я просто не может, не знает их.

Но в целом процесс представляет вероятно как постоянное образование и разрушение и следующие новые соединения молекул. Точнее я так представляю и думаю, что возможно он тоже.

Фрагменты молекул после процесса такого расщепления могут быть притянуты с образованием новых связей другими молекулами. Эти другие и есть "потребители целочисленночастотных распадов пептидов"
целочисленночастотных вероятно в смысле часто распадающихся из целого на части

Может это он загнул конечно с метафорами круче Маяковского, но не настолько чтобы так реагировать.

Что-то никто психом не обзывает автора статьи на элементах, который обвинил бедняжку Gemmatimonas phototrophica в воровстве генома:

https://paleoforum.ru/index.php?msg=260769

Да тут, думаю, дело (смысл) не столько в конкретных химических свойствах, сколько в некой принципиальной идее (которая могла бы реализоваться не только на пептидах) ...

П.С.: Психи тоже бывают гениальными и могут говорить/думать очень правильныые вещи до которых "простые смертные" допереть не могут из-за стандартности мышления :) Одна из проблем - в их неадеквате в общении.

Тем не менее белки ферменты в организме живут обычно доли секунды, а некоторые рекордсмены в лекциях Максимова по биофизике насколько помню(но зуб не отдам) могут переживать создание и распадение до 4 тыс раз в минуту.   

Вы   это,  поосторожнее  с   зубами.  Их все-таки   всего  32 ...  Как   было сказано в   классике  - "Имя,  сестра"
4  тысячи актов  катализа  -  да,  но   это  не  распад  белка (обычно),  это  смена   его  конформации ...

Пептиды  и  белки   вне   организма  в  основном весьма  стабильны.   Срок    хранения пептида  Семакс (официальная  фармакопейная  информация)  -  год в  водном  растворе  при  +4С. Раствор   бычьего  сывороточного   альбумина      спокойно  простоит в  холодильнике   год.  Да,    будут  признаки  распада  если  загнать  на   форез.  Но  основная   масса  белка  никуда  не  денется.

Белки  весьма  стабильны   и  in  vivo.  Классика  -  гемоглобин,   месяц  в   зрелых  эритроцитах    кислород  таскает. И  не  надо   организму  не  стабильных  белков   -    слишком    энергетически  дорого   синтезировать  белки  и  сразу  их  разваливать.

Алексей.  принципиальная    идея   вечного  двигателя   упирается  в  физические  законы. Так  и  тут  есть  стенка.  Химическая  в  виде  природы  пептидной   связи.   

Цитата: Питер от июля 28, 2022, 10:34:58Вы   это,  поосторожнее  с   зубами.  Их все-таки   всего  32 ...  Как   было сказано в   классике  - "Имя,  сестра"
4  тысячи актов  катализа  -  да,  но   это  не  распад  белка (обычно),  это  смена   его  конформации ...

Пептиды  и  белки   вне   организма  в  основном весьма  стабильны.   Срок    хранения пептида  Семакс (официальная  фармакопейная  информация)  -  год в  водном  растворе  при  +4С. Раствор   бычьего  сывороточного   альбумина      спокойно  простоит в  холодильнике   год.  Да,    будут  признаки  распада  если  загнать  на   форез.  Но  основная   масса  белка  никуда  не  денется.

Белки  весьма  стабильны   и  in  vivo.  Классика  -  гемоглобин,   месяц  в   зрелых  эритроцитах    кислород  таскает. И  не  надо   организму  не  стабильных  белков   -    слишком    энергетически  дорого   синтезировать  белки  и  сразу  их  разваливать.

Имя в лекциях Максимова или не приводилось или я не помню
Но главное, как говорят в Южном парке - сегодня мы многое поняли. Рассыпчатость белков по любому поводу большая иллюзия, возможно была моя лично.
Хорошо что мы это выяснили. Дальше я думаю идти в сторону выяснения какие именно вещи уже известны в отношении создания и расщепления белков и какие задачи сейчас ставят перед собой ученые чтобы понять как именно эти белки были созданы в стихийном порыве соединения в первые времена появления жизни.

Увеличение нестабильности с возрастанием цепи до уровня длины когда возможно сворачивание считаю возражений не вызвало. Или никто не заметил.
У мужа спросила как с точки зрения химии и физики могут выглядеть причины, он говорит, что простым примером может быть веревка к которой привязаны кирпичи. Если начать вращать маленькую веревку, например около 2 метров, то она вряд ли порвется а если представить, что вращение происходит на высокой узкой башне и длинна этой веревки например метров 200, и кирпичей соответственно в сто раз больше, то вероятность что она порвется значительно увеличивается. На мой вопрос кто ее вращает в случае белков он ответил, что здесь работает потенциальная энергия электронов.
Этот момент я пока вообще не понимаю. Василий Андреевич вероятно уже занялся сборами и концентрируется на том чтобы не забыть что-то важное для выживальщиков в далеких лесах. Если это так то думаю это правильно, лес не Алексей, он не обзываться будет, а просто убьет за такие ошибки.

В нашем случае в отношении первого роста белков должно было происходить нечто похожее. Есть условия создания и есть условия расщепления. Пока порывшись в сети в направлении того и другого вижу следующее. Синтез белков в искусственной среде опирается на смолы


Синтез пептидов (https://translated.turbopages.org/proxy_u/en-ru.ru.89fd0ecb-62e2a442-50800b68-74722d776562/https/en.wikipedia.org/wiki/Synthetic_peptide)

ЦитироватьПептиды химически синтезируются в результате реакции конденсации карбоксильной группы одной аминокислоты с аминогруппой другой. Стратегии защиты групп обычно необходимы для предотвращения нежелательных побочных реакций с различными боковыми цепями аминокислот.[1] Химический синтез пептидов чаще всего начинается с карбоксильного конца пептида (С-конца) и продолжается к аминоконцу (N-концу).[2] Биосинтез белка (длинных пептидов) в живых организмах происходит в противоположном направлении.

Химический синтез пептидов может быть осуществлен с использованием классических методов растворной фазы, хотя в большинстве исследовательских и опытно-конструкторских работ они были заменены твердофазными методами (см. Ниже).[3] Синтез в растворной фазе сохраняет свою полезность при крупномасштабном производстве пептидов для промышленных целей

Метод получения синтетических пептидов в лаборатории известен как твердофазный пептидный синтез (SPPS).[2] Впервые предложенный Робертом Брюсом Меррифилдом, [4] [5] SPPS позволяет быстро собирать пептидную цепь путем последовательных реакций производных аминокислот на нерастворимом пористом носителе.

Твердая основа состоит из маленьких шариков полимерной смолы, функционализированных реакционноспособными группами (такими как аминные или гидроксильные группы), которые соединяются с зарождающейся пептидной цепью.[2] Поскольку пептид остается ковалентно присоединенным к носителю на протяжении всего синтеза, избыток реагентов и побочных продуктов может быть удален путем промывки и фильтрации. Этот подход позволяет обойти сравнительно трудоемкое выделение пептида продукта из раствора после каждой стадии реакции, что потребовалось бы при использовании обычного синтеза в фазе раствора.

Каждая аминокислота, которая должна быть присоединена к N-концу пептидной цепи, должна быть защищена на своем N-конце и боковой цепи с помощью соответствующих защитных групп, таких как Boc (кислотно-лабильные) или Fmoc (щелочно-лабильные), в зависимости от боковой цепи и используемой стратегии защиты (см. Ниже).[1]

Общая процедура SPPS представляет собой один из повторяющихся циклов альтернативных реакций снятия защиты с N-конца и сопряжения. Смолу можно промывать между каждым этапом.[2] Сначала аминокислота соединяется со смолой. Впоследствии амин снимается с защиты, а затем соединяется со свободной кислотой второй аминокислоты. Этот цикл повторяется до тех пор, пока не будет синтезирована желаемая последовательность.

Мне если честно пока не ясно, как и главное от чего защищается пептид. Может Питер имел ввиду стабильность белков созданных такими профессионалами синтеза как живая клетка. Вроде бы все перечисленное к таким относится

Возникает вопрос, а что у нас творится в лужах, про которые любят говорить, что они кишат бактериями? Есть вообще в растворах с одноклеточными свободно плавающие белки, в основном важны те, которые не этими одноклеточными созданы?
Или при низкой концентрации молекул в воде они все таки подвержены  какому то виду расщепления. Сейчас конечно сложно найти свободное от бактерий место на планете, чтобы понять возникают ли белки самопроизвольно в настоящее время.

Что отличает, точнее может отличать самосборный белок от созданного клеткой.
В чем вообще проблема создания самосборки? Для соединения нужно разорвать связи в отдельных молекулах, преодолеть энергию связи кислород-водород в первой молекуле и энергию связи водород-азот во второй.

Если используется в искусственном синтезе смола, могла ли тогда работать похожая конструкция?

Понятно, что смол не было, точнее я не знаю во первых какие смолы используются и во вторых какие вообще бывают:

ЦитироватьСмола́ — собирательное название аморфных веществ, относительно твёрдых при нормальных условиях и размягчающихся или теряющих форму при нагревании. Среди них как сложные по химическому составу органические вещества, например, природные смолы — вещества, выделяемые растениями при нормальном физиологическом обмене, — так и химически относительно простые соединения.

Из природных минеральных смол вижу только асфальт есть, но и тот

https://ru.wikipedia.org/wiki/Асфальт

ЦитироватьОбразуется из тяжёлых фракций нефти или их остатков в результате испарения её лёгких составляющих и окисления под влиянием гипергенеза. Встречается в виде пластовых жильных залежей, а также пропитанных проницаемых пластов (т. н. закирований) и озёр в зонах естественного выхода нефти на земную поверхность (содержание в породах от 2 до 20 %).

Есть шаткая надежда на абиотическую нефть:

Абиогенное (неорганическое) происхождение нефти — теория первичности залежей нефти, которая берет начало с работ Д. И. Менделеева (Россия) и П. Бертло (Франция), а затем развивалась в работах С. Иванова и К. Иванова, Ю. Н. Фёдорова, Л. А. Петрова, В. Б. Порфирьева (СССР), A. M. Cruse, J. S. Seewald (США) и других. Гипотеза неорганического происхождения нефти базируется на том, что углеводороды образуются в мантийных очагах вследствие неорганического синтеза на сверхбольших глубинах в условиях колоссальных давлений и высоких температур из неорганического углерода и водорода[10].

Абиогенные гипотезы нефтеобразования стали популярны в Советском Союзе в середине XX века[11][12]. Однако считалось, что неорганическая теория не позволяет сделать эффективные прогнозы для открытия новых нефтяных месторождений[13].

ЦитироватьФакты, полученные на практике в XXI веке, свидетельствуют в пользу представлений о глубинном происхождении нефти. Формирующая нефть система «водород-углерод» метастабильна. При низких давлениях все тяжёлые углеводороды нестабильны по отношению к метану и стехиометрическому количеству водорода. Метан не полимеризуется в тяжёлые углеводороды при низких давлениях и любых температурах. Однако увеличение температуры при низких давлениях увеличило бы скорость разложения тяжёлых углеводородных молекул. Поскольку химические потенциалы всех биотических молекул уступают химическому потенциалу метана, то такие углеводороды не могут самообразоваться из любых биотических молекул. Для синтеза углеводородных систем, сходных по составу с природными, необходима температура 700–1800 К и давление 15–80 кбар — такие, какие имеются в верхней мантии Земли на глубинах 50–240 км. Через глубинные разломы образовавшиеся в мантии углеводороды проникают в земную кору, где и образуют нефтегазовые месторождения. Это происходит преимущественно на окраинных и внутренних рифтах океанических и континентальных литосферных плит и в других зонах глубинных разломов фундамента осадочных бассейнов[10].

В общем это новая глючная картина возникновения первых белков, возможно сразу ее вынесут вперед ногами собеседники, еси вообще не поленятся в это вникать.

Может уже есть подробные описания гипотез возникновения белков? Пока нашла одну 2017, все таки давно

https://www.nkj.ru/news/32148/

Земные белки возникли просто

ЦитироватьЗарождение жизни на Земле обычно ассоциируется с какими-то необычайными катаклизмами. Дело в том, что биологические молекулы устроены сложно, а химические соединения в «дожизненные» времена были довольно простыми. В лабораторных условиях «слепить» биологические молекулы из простых компонентов – задача не из легких, и долгое время считалось, что подобные реакции требовали огромного количества энергии и могли протекать лишь в исключительных условиях – с помощью сильного УФ-излучения, на фоне сверкающих молний и пылающих вулканов.
Но кто сказал, что сложные биологические молекулы на самом деле образовались за один прием? Вероятно, на деле все происходило в несколько этапов и с множеством промежуточных веществ, которые, в свою очередь, помогали процессу «жизнестроительства» продвигаться дальше, вплоть до появления биомолекулы. Такой точки зрения придерживаются исследователи из Технологического института Джорджии, предложившие сценарий возникновения первых белков на нашей планете.
По мнению Джея Форсайта (Jay Forsythe) и его коллег, все началось с депсипептидов – белковоподобных молекул, содержащих в своём составе, кроме аминокислот, ещё и гидроксикислоты. Так называют структурные аналоги аминокислот, которые часто находят на метеоритах и в которых не было недостатка ни тогда, ни сейчас. (Например, к гидроксикислотам относят лимонную, молочную и яблочную кислоты.) Гидроксикислоты гораздо легче связываются с аминокислотами, чем аминокислоты – между собой. С другой стороны, их связи с аминокислотами очень легко разрушаются водой, тогда как связи аминокислот друг с другом в водных растворах очень устойчивы.
Если представить, что депсипептиды то «высыхают», то опять попадают в воду, гидроксикислоты из них будут вымываться, а в освобождающиеся места будут встраиваться аминокислоты с «водостойкими» связями, и через какое-то время депсипептиды будут состоять уже только из одних аминокислот. Стоит подчеркнуть, что сами по себе, без посредничества гидроксикислот, аминокислоты при обычных условиях соединяться не стали бы, особенно в такие большие структуры.
Это не просто отвлеченная гипотеза – превращение депсипептидов в белки исследователи наблюдали в лабораторном эксперименте. Более того, оказалось, что таким способом можно получить молекулы самого разного строения, а где есть разнообразие, там есть и эволюционный отбор. В естественных условиях такая реакция могла происходить где-нибудь в прибрежной зоне мелких, насыщенных органическими веществами водоемов, на камнях, куда депсипептиды приносило волнами и где они высыхали на солнце, а затем с брызгами и дождем снова «сползали» обратно – и так много раз подряд. Полностью результаты исследований опубликованы в Proceedings of the National Academy of Sciences.

Дествительно ли сейчас проблема возникновения белков считается решенной? Или эта гипотеза уже давно отвергнута по каким то причинам. Опять хочу напомнить, что чередование высыхание и намочение типичная картина в микропорах горных пород. То есть камни и открытое пространстве - это не обязательно...наверное.
И здесь как раз работает идея калейдоскопа про которую я писала в одной из тем, смена вероятности возникновения когда стекла под воздействием внешних сил меняют положение(условия среды меняются) сталкиваются разные компоненты близко и они могут взаимодействовать , потом условия меняются и сталкиваются другие стекла, образуя новый узор. В этом случае вероятность одной формулой конечно рассчитывать невозможно, у каждого такого шага она своя и в благоприятных условиях возрастает кратно. Это не случайное событие.

Еще статья

Как возникла жизнь на Земле: раскрыт секрет появления белков в мире РНК (https://hi-news.ru/eto-interesno/kak-voznikla-zhizn-na-zemle-raskryt-sekret-poyavleniya-belkov-v-mire-rnk.html)
Андрей Жуков  4
16.05.2022

ЦитироватьРанее мы рассказывали, что у истоков возникновения жизни на Земле существовал так называемый мир РНК. Ученые предполагают, что составляющие РНК могли быть занесены на нашу планету с метеоритами. Напомним, что рибонуклеиновые кислоты способны хранить информацию и копировать ее, то есть они могут самовоспроизводиться. При этом в процессе копирования возможны мутации, которые могут быть как вредными, так и полезными. Причем в отличие от ДНК, РНК может самовоспроизводиться самостоятельно, без помощи белков-ферментов. Но остается открытым вопрос, как возникли белки? Ведь информация о белках закодирована в ДНК, но в мире РНК дезоксирибонуклеиновой кислоты еще не было. Ответ на этот вопрос дали сотрудники Мюнхенского университета....

...Теперь же, в новом исследовании, опубликованном в издании Nature, ученые показали как модифицированные РНК способны сами по себе создавать небольшие белки из аминокислот. Для этого авторы работы синтезировали РНК с модифицированными буквами и поместили в раствор с аминокислотами.

Созданные искусственно РНК получились небольшими и парными. Что это означает? Некоторые генетические буквы способны соединяться друг с другом водородными связями. К примеру, аденин может соединиться с тимином либо урацилом. Гуанин может быть соединен с цитозином. Такие пары называют комплементарными друг другу.

В результате две нуклеиновые кислоты либо даже два участка одной РНК могут соединиться друг с другом, если этому способствует последовательность букв. Такие РНК принято называть комплиментарными друг другу.

В своей работе ученые использовали одну РНК с модифицированной буквой А на конце, а вторую — с модифицированной буквой У. Когда две РНК соединялись, буквы А и У оказались рядом друг с другом. При этом аминокислота перешла с буквы-донора А на букву-акцептор У.

ну и тд, это вариант что первые белки все таки возникли не сами,  Никитин или Марков насколько помню в тех пяти роликах озвучивали мнение научного сообщества что этот вопрос(могли ли белки возникать вообще параллельно рибозимам и самостоятельно) пока открыт.

Цитата: Питер от июля 28, 2022, 10:34:58Тем не менее белки ферменты в организме живут обычно доли секунды, а некоторые рекордсмены в лекциях Максимова по биофизике насколько помню(но зуб не отдам) могут переживать создание и распадение до 4 тыс раз в минуту.   

Вы   это,  поосторожнее  с   зубами.  Их все-таки   всего  32 ...  Как   было сказано в   классике  - "Имя,  сестра"
4  тысячи актов  катализа  -  да,  но   это  не  распад  белка (обычно),  это  смена   его  конформации ...

Пептиды  и  белки   вне   организма  в  основном весьма  стабильны.   Срок    хранения пептида  Семакс (официальная  фармакопейная  информация)  -  год в  водном  растворе  при  +4С. Раствор   бычьего  сывороточного   альбумина      спокойно  простоит в  холодильнике   год.  Да,    будут  признаки  распада  если  загнать  на   форез.  Но  основная   масса  белка  никуда  не  денется.

Белки  весьма  стабильны   и  in  vivo.  Классика  -  гемоглобин,   месяц  в   зрелых  эритроцитах    кислород  таскает. И  не  надо   организму  не  стабильных  белков   -    слишком    энергетически  дорого   синтезировать  белки  и  сразу  их  разваливать.

Алексей.  принципиальная    идея   вечного  двигателя   упирается  в  физические  законы. Так  и  тут  есть  стенка.  Химическая  в  виде  природы  пептидной   связи.     

А мне то что это говорите? Это у Василия Андреевича была какая-то универсальная идея, навеянная геологией ...

Цитата: Шаройко Лилия от июля 29, 2022, 00:37:03Возникает вопрос, а что у нас творится в лужах, про которые любят говорить, что они кишат бактериями?

Подозреваю, что здесь могут быть сюрпризы: вспоминаю, что, недавно (благодаря метагеномному анализу) обнаружили переходные формы от прокариот к эукариотам, но самих эти клеток в "глаза не видели". Поэтому, подумал, что "лужи" преподнесут ещё не мало сюрпризов.

Цитата: Шаройко Лилия от июля 29, 2022, 00:37:03Дествительно ли сейчас проблема возникновения белков считается решенной?

Да. Только правильнее сказать пептидов.

При реконструкции эволюционного пути мы часто сталкивается с проблемой «перехода пропасти за несколько шагов» – то есть, для того, чтобы преодолеть «пропасть» приходится допустить, что сразу несколько маловероятных событий («шагов») произошло одновременно. Если события уже и сами по себе маловероятны, то их одновременное наступление – это очень-очень невероятное событие.
 
Мало того, чем шире «пропасть», тем длиннее последовательность маловероятных событий («шагов»), и тем самым, ещё невероятнее наступление их одновременно.
 
Исходя из вышесказанного, у людей складывается впечатление, что «мелкими шажками» (которые достаточно вероятны) эволюционный путь не проходим – при реконструкции эволюционного пути всё время возникают «пропасти», не преодолеваемые, не только за несколько «малых шажков» (которые достаточно вероятны), но и за несколько «шагов» (которые уже маловероятны).
 
Это впечатление обманчиво, поскольку реконструкция эволюционного пути некорректна изначально (сам подход к реконструкции некорректен – эдакий прямолинейный конструкторский подход) – многие промежуточные формы (и, соответственно, этапы эволюционного пути) мы просто не видим (их следов не осталось в «эволюционной летописи»).
 
Причём, эти следы отсутствуют зачастую по банальным причинам – там были неадаптированные формы, которые не успели распространиться (и, соответственно, оставить следы в существенном количестве), но успели дать кучу адаптированных вариантов (часть из которых, смогла оставить следы в существенном количестве). Вот следы последних («часть из которых») мы и обнаруживаем в «эволюционной летописи».
 
Тогда возникает вполне ожидаемый вопрос – а что собой могли представлять эти самые неуловимые промежуточные формы и, самое главное – как они смогли возникнуть? Ведь, если разобраться, мы на такие промежуточные формы возлагаем функцию/роль «моста через пропасть».
 
Как уже неоднократно говорил (народ почему-то не обратил на это внимание) – функциональная сложность системы (а ведь именно такая нас интересует в первую очередь) возникает вследствие упрощения «тупой» сложности системы. Упрощение (как и распад, деградация и пр.) – всегда более вероятно, чем конструктивное/функциональное усложнение.
 
И упрощение происходит при постоянном влиянии действующих факторов среды, которые в совокупности и формируют данную функциональность. Таковое упрощение уже следует называть не просто упрощением (типа, деградацией), а оптимизацией.
 
Тогда, можно предположить, что неуловимые промежуточные неадаптированные формы – это и есть, результат наращивания «тупой» сложности. Опять-таки, тогда становится понятным, почему они следов не оставили – они совсем плохо адаптированы (по сути, они не специализированы ни к какой из тогдашних экологических ниш) и оставили мало своих более-менее точных реплик (не смогли распространиться в силу своей неприспособленности и проигрыша в конкуренции с приспособленными вариантами), но зато оставили много неточных реплик, давших начало специализированным вариантам. Я даже думаю, что они проиграли конкуренцию (эволюционную гонку) своим потомкам (специализированным вариантам), чуть ли не со старта.
 
То есть, «мостами через пропасть» являются такие вот неспециализированные (неоптимизированные) промежуточные формы, которые по эволюционным меркам существуют очень короткое время (и не успевают оставить следов), почти мгновенно вытесняясь своими потомками (формами, которые уже успели хоть немного оптимизироваться и стать более адаптивными к среде обитания).
 
Остаётся вторая часть вопроса – а как (каким образом, в результате чего) они возникли? Ответ прост – в результате «слипания» (в широком смысле этого слова).
 
Например, удвоение хромосом – это «слипание» (наборы хромосом не разошлись по разным сторонам (и в итоге оказались в разных «отсеках»), а «слиплись» (и в итоге оказались в одном «отсеке»). То есть, итоговая «тупая» сложность системы увеличилась, но новая функциональная сложность такой системы сформируется в ходе дальнейшей эволюции (в процессе коэволюции). А после длительной оптимизации итоговую форму вообще невозможно достоверно реконструировать – в результате оптимизации множество первоначальных элементов были системой утеряны, а оставшиеся сформировали совсем другие связи (напрямую, без посредников) между собой.
 
Или, архея захватила бактерию, но не съела её, а включила в себя и стала существовать с ней совместно – это тоже «слипание». Далее, опять-таки, длительная коэволюция, утеря лишних (не работающих, бесполезных) элементов, и, как результат длительной оптимизации, возникновение новой конструктивной/функциональной сложности – эукариоты.
 
Даже внедрение вирусной ДНК в геном – это тоже крохотный акт «слипания».
 
Мало того, любой паразитизм может в итоге привести к полноценному «слипанию» и возникновению новой конструктивной/функциональной сложности.
 
Для всех таких случаев, по происшествие многих миллионов лет (тем более, миллиардов лет), бывает очень трудно реконструировать эволюционный путь (а до возникновения ЛУКА его вообще невозможно реконструировать средствами молекулярной биологии, «потроша» и сравнивая геномы разных организмов). Каждый раз возникают «пропасти», а кто/что было «мостом через эти пропасти» реконструкции не поддаётся (оптимизация «стирает все следы»).
 
Ну, и остаётся подвопрос – а насколько вероятно «слипание»? Ответ прост – весьма вероятно. Оглянитесь вокруг – постоянно кто-то/что-то с кем-то/чем-то «слипается», а затем «подыхает» через небольшое количество итераций (это очень часто) или даёт несколько жизнеспособных вариантов (это гораздо реже). Во втором случае – это тот самый «мост через пропасть», которую мы обнаруживаем при реконструкции эволюционного пути.
 
И возникновение такого «моста» событие не только более вероятное, чем одновременное наступление сразу нескольких маловероятных событий («шагов»), но и событие, позволяющее перебраться через «пропасть» «маленькими шажками» – крохотными оптимизационными актами. Ведь каждый акт оптимизации (утеря небольшой части элементов и перенастройка связей между оставшимися) событие достаточно вероятное и вполне соответствует современным эволюционным представлениям.
 
Всё вышесказанное вполне применимо и к реконструкции эволюционных путей возникновения нуклеиновых кислот, белков, РНК-жизни, ДНК-РНК-белковой жизни и пр.

Цитата: Alexeyy от июля 29, 2022, 09:57:19Да. Только правильнее сказать пептидов.

С лужами понятно, согласна, с пептидами нет.
Меня интересует весь спектр пути превращений от аминокислот к пептидам, потом этапы усложнения на пути к белкам.
К ранней жизни это по моим представлениям вполне относится.
Вчера не удалось с разбегу найти много поясняющего вопрос, это направление для меня мало знакомо по фактическим исследованиям конкретных деталей, за последние недели сформированы только общие представления формирования как направления от первых простейших рибозимов к полному комплекту РНК так и от аминокислот к белкам.
Насколько понимаю ситуацию обе эти линии были ключевыми в возникновении жизни и Марков в своем интервью  Штерну апреля 2022 насколько я понимаю описывает ситуацию так, что возможно они шли то отдельно то пересекаясь и сейчас этот вопрос находится в стадии обсуждения научной среде.
Если есть где то изложенные сжато представления о возникновении хотя бы первых пептидов которые устоялись как общепринятые в научном сообществе мне конечно сейчас очень интересно их прочесть.

Под текстом Павла вообще очень хочется подписаться, двумя руками. Единственный момент - вроде бы в этой фразе
 

Цитата: АrefievPV от июля 29, 2022, 11:24:47Или, архея захватила бактерию, но не съела её, а включила в себя и стала существовать с ней совместно – это тоже «слипание»

речь идет о том как митохондрия стала органеллой клетки. Но не сталкивалась с тем что там речь идет именно об архее
https://ru.wikipedia.org/wiki/Археи

ЦитироватьАрхе́и[3] (лат. Archaea, от др.-греч. ἀρχαῖος «извечный, древний, первозданный, старый») — домен живых организмов (по трёхдоменной системе Карла Вёзе наряду с бактериями и эукариотами). Археи представляют собой одноклеточные микроорганизмы, не имеющие ядра, а также каких-либо мембранных органелл.
Ранее археи объединяли с бактериями в общую группу, называемую прокариоты (или царство Дробянки (лат. Monera)), и они назывались архебактерии, однако сейчас такая классификация считается устаревшей[4]: установлено, что археи имеют свою независимую эволюционную историю и характеризуются многими биохимическими особенностями, отличающими их от других форм жизни.

Тоже возражать не буду, я этот момент просто подробно не знаю.
Когда то, в 2019м,  когда я сдавала биофизику перед экзаменами задавала вопрос Эвелине Никельшпарг, куратору курса, она в этот период защищала кандидатскую, ее ответ публиковала на форуме, там как раз коротко описывается митохондрия и ее появление в клетке, может найду где то.

Я так понимаю моя идея с залежами асфальта на фоне небиогенной нефти как один из вариантов возможности формирования самостийных первых белков слишком дико выглядит.  Но может потому что этим пока никто не занимался
;)
Я конечно настаивать на ней не буду. Но Василий Андревич все равно прав по моему в том отношении, что корень вопроса лежит в физике разрыва и формирования новых связей, в данном случае как я писала

 

Цитата: Шаройко Лилия от июля 29, 2022, 00:37:03Что отличает, точнее может отличать самосборный белок от созданного клеткой.
В чем вообще проблема создания самосборки? Для соединения нужно разорвать связи в отдельных молекулах, преодолеть энергию связи кислород-водород в первой молекуле и энергию связи водород-азот во второй.

Здесь моя позиция на данном этапе моего личного развития - все таки настаивать на раскопках в эту сторону.

Но это Ваша тема, Алексей, могу копать в другом месте или вообще пока что не на форуме, пока знаний не станет достаточно, чтобы на этой площадке свои мысли озвучивать в научном разделе.

Цитата: Шаройко Лилия от июля 29, 2022, 13:58:11

Цитата: Alexeyy от июля 29, 2022, 09:57:19Да. Только правильнее сказать пептидов.

С лужами понятно, согласна, с пептидами нет.
Меня интересует весь спектр пути превращений от аминокислот к пептидам, потом этапы усложнения на пути к белкам.

Тогда, видимо, Вы имели в виду другую проблему (я, наверно, невнимательно прочитал) - проблему белков, возникающую в рамках гипотезы первичности РНК-мира (но если эта гипотеза не верна, то и проблемы нет). Тогда проблема - не решена, но есть сильный экспериментальный ход на пути её решения (самими же РНК-кашниками). Который, по суди, означает отворот от этой гипотезы.

Цитата: Шаройко Лилия от июля 29, 2022, 13:58:11Под текстом Павла вообще очень хочется подписаться, двумя руками. Единственный момент - вроде бы в этой фразе
 

Цитата: АrefievPV от июля 29, 2022, 11:24:47Или, архея захватила бактерию, но не съела её, а включила в себя и стала существовать с ней совместно – это тоже «слипание»

речь идет о том как митохондрия стала органеллой клетки. Но не сталкивалась с тем что там речь идет именно об архее

Возможно, вы ещё не добрались до этого сообщения (на стр. №8, темы, которую вы, вроде, хотели прочитать):

Цитата: АrefievPV от марта 25, 2021, 14:18:04Кроме того, формирование эукариот было много этапным (типа, куча разных маленьких революций):
https://paleoforum.ru/index.php/topic,9509.msg250401.html#msg250401

Цитировать12:49 – слайд «Origin of the eukaryotic cell». Далее она поясняет возникновение мембран на примере этого рисунка. Поскольку она говорит, что, возможно, органеллы возникали не посредством поглощения, а в результате «обнимания», то дополню сразу ссылками (по последней наиболее интересная информация, на мой взгляд):

Описан новый надтип архей, к которому относятся предки эукариот
https://elementy.ru/novosti_nauki/432910/Opisan_novyy_nadtip_arkhey_k_kotoromu_o

Обнаружен живой представитель асгардархей
https://elementy.ru/novosti_nauki/433521/Obnaruzhen_zhivoy_predstavitel_asgardar

Подсчитан вклад архейных и бактериальных генов в эукариотные геномы
https://elementy.ru/novosti_nauki/433633/Podschitan_vklad_arkheynykh_i_bakterial

Предложена новая гипотеза происхождения эукариот
https://elementy.ru/novosti_nauki/433648/Predlozhena_novaya_gipoteza_proiskhozhdeniya_eukariot

15:16 – слайд со схемой формирования эукариотической клетки. Было много этапов слияний (аутогенез, симбиогенез). Предоставленные выше ссылки – в тему.

По ссылкам можно пройтись, статьи интересные.

P.S. Немного оффтоп: у меня сложилось впечатление, что вы тему так и не прочитали (то ли времени на всё не хватало, то ли желание пропало – не знаю). Я прав?

Цитата: Alexeyy от июля 29, 2022, 14:46:45Тогда, видимо, Вы имели в виду другую проблему (я, наверно, невнимательно прочитал) - проблему белков, возникающую в рамках гипотезы первичности РНК-мира (но если эта гипотеза не верна, то и проблемы нет). Тогда проблема - не решена, но есть сильный экспериментальный ход на пути её решения (самими же РНК-кашниками). Который, по суди, означает отворот от этой гипотезы.

И как выглядит последовательность событий, в которой возникновение белков не имеет значения?

Цитата: АrefievPV от июля 29, 2022, 14:48:59Немного оффтоп: у меня сложилось впечатление, что вы тему так и не прочитали (то ли времени на всё не хватало, то ли желание пропало – не знаю). Я прав?

Я тогда до нее не доросла просто, не осилила скорее всего, и у меня начался именно в это время в (марте 21 года) сплошной личный ад
 эпидемии длинной почти год,  худшее время за все предыдущее с момента рождения, с пиком именно в том марте-мае, я читала только медицинскую литературу и ее было очень много, на уровне грацы возможности восприятия.

Сейчас вроде бы все нормально, и меньше нагрузка на мозг, есть шансы понять
:)
тогда я наверное здесь не буду слишком активно маячить, лучше почитаю. Саму тему, точнее обе на которые ссылки в Вашем тексте  я открывала неоднократно, часть сообщений читала, но конечно, не все.
Что за сообщение №8 и о какой теме идет речь  мне не понятно. Я много чего собираюсь, не всегда удается. Хочешь насмешить мироздание -сообщи ему про свои планы(с)

Цитата: Шаройко Лилия от июля 29, 2022, 14:53:37

Цитата: Alexeyy от июля 29, 2022, 14:46:45Тогда, видимо, Вы имели в виду другую проблему (я, наверно, невнимательно прочитал) - проблему белков, возникающую в рамках гипотезы первичности РНК-мира (но если эта гипотеза не верна, то и проблемы нет). Тогда проблема - не решена, но есть сильный экспериментальный ход на пути её решения (самими же РНК-кашниками). Который, по суди, означает отворот от этой гипотезы.

И как выглядит последовательность событий, в которой возникновение белков не имеет значения?

Это как не имеет значения?

Алексей, с моей точки зрения ситуация выглядит так

ЦитироватьШаройко Лилия от Сегодня в 00:37:03
Действительно ли сейчас проблема возникновения белков считается решенной?

Alexeyy Сегодня в 09:57:19
Да. Только правильнее сказать пептидов.

Шаройко Лилия от Сегодня в 13:58:11

Меня интересует весь спектр пути превращений от аминокислот к пептидам, потом этапы усложнения на пути к белкам.

Alexeyy Сегодня в 14:46:45
Тогда, видимо, Вы имели в виду другую проблему (я, наверно, невнимательно прочитал) - проблему белков, возникающую в рамках гипотезы первичности РНК-мира (но если эта гипотеза не верна, то и проблемы нет). Тогда проблема - не решена, но есть сильный экспериментальный ход на пути её решения (самими же РНК-кашниками). Который, по суди, означает отворот от этой гипотезы.


Шаройко Лилия Сегодня в 14:53:37
 И как выглядит последовательность событий, в которой возникновение белков не имеет значения?

Я последнее Ваше сообщение в приведенной мной цепи вопросов и ответов воспринимаю так, что положение вещей в нынешних представлениях научного сообщества о возникновении жизни склоняется к отходу от гипотезы РНК мира и заменяет ее какой то другой, о которой я не знаю, и которая делает мои вопросы про отдельное независимое происхождение белков  в процессе их усложнения от первичных коротких пептидов неважными и вопрос возникновения белков неправильным,

А правильным  в вашей системе координат становится в этом контексте
 - вопрос возникновения пептидов. 

Если все вообще не так, то у нас логика отличается и в данном случае мы взаимопонимания как видимо не находим
Тогда  предлагаю это направление свернуть, я все равно еще буду
(точнее собираюсь если ничего очередного не произойдет, что мне помешает )
  читать эту ветку, возможно, сама найду ответы для себя не тратя Ваше время.

Цитата: Шаройко Лилия от июля 29, 2022, 15:00:04

Цитата: АrefievPV от июля 29, 2022, 14:48:59Немного оффтоп: у меня сложилось впечатление, что вы тему так и не прочитали (то ли времени на всё не хватало, то ли желание пропало – не знаю). Я прав?

Я тогда до нее не доросла просто, не осилила скорее всего, и у меня начался именно в это время в (марте 21 года) сплошной личный ад
 эпидемии длинной почти год,  худшее время за все предыдущее с момента рождения, с пиком именно в том марте-мае, я читала только медицинскую литературу и ее было очень много, на уровне грацы возможности восприятия.

Нет, это было совсем недавно:

Цитата: АrefievPV от июля 05, 2022, 20:24:57

Цитата: Шаройко Лилия от июля 05, 2022, 20:04:47но как переходную форму гелеобразной жизни не могу представить.

Я думаю, что это даже не переходная форма жизни, а исходная форма жизни. Нечто подобное  описывал (в том числе, и в этой теме: https://paleoforum.ru/index.php/topic,10211.0.html).

Правда, такую исходную бесклеточную (соответственно, и безмембранную) форму жизни я обозвал протоплазменной формой жизни.

И вы начали читать эту тему:

Цитата: Шаройко Лилия от июля 05, 2022, 20:32:32Я сходила, там в первом тексте и втором только ссылок штук двадцать. Это с утра, на свежую голову однозначно
:)
но спасибо, я усомнилась в однозначности невозможности

Цитата: Шаройко Лилия от июля 06, 2022, 15:52:37Я пока что читаю ссылки Арефьева, утро мое началось поздно, я как то в 3-4 часа ночи засыпаю, плюс суеты все еще много посторонней, она затихает постепенно,

Цитата: Шаройко Лилия от июля 06, 2022, 19:57:48Ладно, тогда будем с начала все три ролика.
Но если пойти по всем ссылкам, а там еще  в ссылках будут ссылки, то я вернусь недели через две наверное
:)
вероятно найду какой то компромиссный вариант.

Цитата: Шаройко Лилия от июля 29, 2022, 15:00:04Что за сообщение №8 и о какой теме идет речь  мне не понятно. Я много чего собираюсь, не всегда удается. Хочешь насмешить мироздание -сообщи ему про свои планы(с)

Не сообщение №8, а страница №8:

Цитата: АrefievPV от июля 29, 2022, 14:48:59Возможно, вы ещё не добрались до этого сообщения (на стр. №8, темы, которую вы, вроде, хотели прочитать):

Цитата: АrefievPV от марта 25, 2021, 14:18:04Кроме того, формирование эукариот было много этапным (типа, куча разных маленьких революций):
.....

Всю цитату из того сообщения не стал снова приводить, многоточие поставил.

Речь идёт о теме: https://paleoforum.ru/index.php/topic,10211.0.html.
Кроме того, если по ссылке на цитату кликнуть, то на эту тему и переходишь.

P.S. Меня даже удивило, что вы про март 21 года упомянули...

Цитата: АrefievPV от июля 29, 2022, 15:54:21P.S. Меня даже удивило, что вы про март 21 года упомянули...

Потому что я вижу в ссылке эту дату

Цитата: АrefievPV от марта 25, 2021, 14:18:04
и при переходе по ссылке тоже вижу сообщение от АrefievPV марта 25, 2021

а примерно в это время у меня возник бан на год, а вскоре... да ладно, неважно.

В общем сегодня не мой день по взаимопониманию.
:)
Но теперь я думаю сейчас я все про страницу поняла, я уже сижу в первой статье на Элементах. Но если сразу бежать во все стороны ни одного зайца понимания догнать не выйдет. Поэтому я пока не знаю куда лучше плыть, вообще то хочу разобраться с белками и рибозимамии и как образовывались связи коротких фрагментов и как это происходит на уровне физики распределения энергии между орбиталями.
Пока мне кажется это ключ понимания какие варианты соединений могли произойти и какие условия для этих реакций требовались и что из них могло происходить в существовавшем тогда субстрате первых базальтов планеты.

Но археи это тоже одна из моих самых любимых тем, я потеряла их из концентрации внимания несколько лет назад и пропустила новые исследования, так что за ссылки спасибо, сейчас попробую.
В принципе археи и их возникновение это тоже ранние этапы жизни, если в статьях есть новая пища для размышлений и упоминание ранних этапов их возникновения, то интересно.

Просто я и вообще то не могу читать в таких количествах как Вы , а  сейчас еще и пока лето зашкаливает внешнее давление подготовки всей недвижимости к зиме. Сегодня свободный от этого день и я не знаю что важнее - или больше читать или воспользоваться возможностью прямых контактов с собеседниками, пока они со мной вообще разговаривают, не так уж часто это происходит
:)

Цитата: Шаройко Лилия от июля 29, 2022, 15:42:02Я последнее Ваше сообщение в приведенной мной цепи вопросов и ответов воспринимаю так, что положение вещей в нынешних представлениях научного сообщества о возникновении жизни склоняется к отходу от гипотезы РНК мира и заменяет ее какой то другой, о которой я не знаю, и которая делает мои вопросы про отдельное независимое происхождение белков  в процессе их усложнения от первичных коротких пептидов неважными и вопрос возникновения белков неправильным,

А правильным  в вашей системе координат становится в этом контексте
 - вопрос возникновения пептидов. 

Да как-то так ... потом до белков - уже гораздо проще (просто отбором ...). Выше, на вопрос Питера, какие-то ссылки уже приводил. Вот ещё раз - (немного, старенькая) обзорная статья. Прицепляю теперь и её русское огугление (хотя РНК-шники почему-то это направление исследований особо не замечают; но, тем не менее, в рамках своих исследований стали отходить от первичности гипотезы РНК мира в том виде, в каком она была изначально сформулировано и что стало их сближать с пептидщиками).

Maury C. P. J. 2018. Amyloid and the origin of life: self-replicating catalytic amyloids as prebiotic informational and protometabolic entities. Cell Mol Life Sci., 75(9): 1499–1507,  https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5897472/ .

Пока не вижу тут "просто отбора" в отношении белков, вроде как похоже на приведенную мной статью, где белки  создаются на базе РНК, только здесь их создают реакции

ЦитироватьРешающим этапом в происхождении жизни стало появление первой молекулярной сущности, способной к репликации, передаче информации и эволюции на ранней Земле. Гипотеза амилоидного мира утверждает, что в эпоху до РНК обработка информации была основана на каталитических амилоидах. Самосборка коротких пептидов в β-листовые амилоидные конформеры приводит к необычайной структурной стабильности и новой многофункциональности, которые не могут быть достигнуты соответствующими неагрегированными пептидами. Новые функции включают саморепликацию, каталитическую активность и передачу информации.

Экологически чувствительные циклы репликации с помощью шаблонов генерируют множество полиморфов амилоида, на которые могут воздействовать эволюционные силы, а фибриллярные сборки могут служить каркасами для самих амилоидов и для рибонуклеотидов, белков и липидов. Роль амилоида в предполагаемом процессе перехода от амилоидного мира к амилоидно-РНК–белковому миру не ограничивается строительством и защитой: взаимодействия между амилоидом, РНК и белком являются сложными и совместными, и амилоидные сборки могут функционировать как протометаболические образования, катализирующие образование простых предшественников метаболитов.

Появление первичной, основанной на амилоидах, чувствительной, хироселективной и исправляющей ошибки системы обработки информации и развитие мутуалистических сетей, возможно, сыграли важную роль в динамических процессах, которые привели к усложнению, организации, разделению и, в конечном итоге, к возникновению жизни.

статья, где белки  создаются на базе РНК

Цитата: Шаройко Лилия от июля 29, 2022, 00:37:03Еще статья

Как возникла жизнь на Земле: раскрыт секрет появления белков в мире РНК
Андрей Жуков  4
16.05.2022

ЦитироватьРанее мы рассказывали, что у истоков возникновения жизни на Земле существовал так называемый мир РНК. Ученые предполагают, что составляющие РНК могли быть занесены на нашу планету с метеоритами. Напомним, что рибонуклеиновые кислоты способны хранить информацию и копировать ее, то есть они могут самовоспроизводиться. При этом в процессе копирования возможны мутации, которые могут быть как вредными, так и полезными. Причем в отличие от ДНК, РНК может самовоспроизводиться самостоятельно, без помощи белков-ферментов. Но остается открытым вопрос, как возникли белки? Ведь информация о белках закодирована в ДНК, но в мире РНК дезоксирибонуклеиновой кислоты еще не было. Ответ на этот вопрос дали сотрудники Мюнхенского университета....

...Теперь же, в новом исследовании, опубликованном в издании Nature, ученые показали как модифицированные РНК способны сами по себе создавать небольшие белки из аминокислот. Для этого авторы работы синтезировали РНК с модифицированными буквами и поместили в раствор с аминокислотами.

Исходя из того что статья 2022 года на четыре года позже чем публикация

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5897472/

Опубликовано онлайн 17 марта 2018 года

окончательное мнение всего научного сообщества не сформировалось окончательно.

Может вообще все закончится тем, что будут признаны все открытые пути как или возможные варианты или возможно существовавшие параллельно.

Цитата: Шаройко Лилия от июля 29, 2022, 16:19:54Но теперь я думаю сейчас я все про страницу поняла, я уже сижу в первой статье на Элементах.

Прочла первую статью, там пока уверенного утверждения внутреннего ядра, капитально отличающего археи и прокариоты от эукариот вроде нет. И  других органел, отделенных мембраной еще у описываемых архей не вижу, там такие формулировки в этом отношении

ЦитироватьCудя по набору генов, клетки асгардархей могут иметь весьма сложную организацию. Они почти наверняка обладают подвижными мембранами; с большой вероятностью у них есть внутриклеточные мембранные структуры, аналогичные эндоплазматическому ретикулуму и аппарату Гольджи.

Может быть, у них даже есть какое-то подобие ядра (ведь ядерная оболочка, как известно, образует единое целое с эндоплазматическим ретикулумом, а у асгардархей могут присутствовать сложные транспортные системы, способные обеспечить транспорт молекул между протоядром и цитоплазмой). Не исключено также наличие у асгардархей способности к фагоцитозу. Это могло бы сильно облегчить захват бактериальных симбионтов — предков митохондрий.

Наличие компонентов убиквитин-зависимой системы деградации белков свидетельствует в пользу того, что у асгардархей, как и у эукариот, белки подвергаются регулярному ресайклингу: отслужившие молекулы разбираются на запчасти, а вместо них синтезируются новые. Это позволяет оперативно регулировать состояние клетки в зависимости от меняющихся условий (у эукариот такая регуляция развита гораздо сильнее, чем у типичных прокариот). Наличие везикулярного транспорта и убиквитиновой системы косвенно свидетельствует в пользу того, что клетки асгардархей, возможно, имеют не только сложное строение, но и весьма крупные (по прокариотическим меркам) размеры.

То есть воспринимаю описание как вероятность существования внутренних органел с мембранами среди которых теоретически могли быть и митохондрии и другие слияния. Но это пока 2017 года статья, вероятно следующие ссылки еще новее и там ситуация может разворачиваться.

Википедия и приведенное мной определение архей, конечно, это просто ориентировочный источник, там запросто может быть информация устаревшая или наоборот исправленная "по бырому", не отражающая ситуацию.
Читаю дальше следующие статьи Элементов
беседу этого направления пока не пытаюсь перенести в тему из которой ссылки, не знаю поступать ли так и осилю ли я обе темы одновременно.

Если Алексей скажет что тут это офтоп или Павел, Вы скажете что это удобнее, то перенесу туда продолжение

Цитата: Шаройко Лилия от июля 29, 2022, 17:05:47Пока не вижу тут "просто отбора" в отношении белков, вроде как похоже на приведенную мной статью, где белки  создаются на базе РНК, только здесь их создают реакции

"Тут" - это где?

В приведенной Вами ссылке, и как вывод из нее. Но я еще не закончила и открыла ссылки Павла с Элементов. Я думаю решительно притормозить прямо сейчас и перестать бегать по перону в попытках вскочить в оба поезда сразу, или лучше во все пять, они как то все таки в разные стороны едут, хотя общее понимание ранней жизни могут дать в более объемной картине.

И неторопять читать все по порядку, включая Ваш разговор с Питером, я не по всем ссылкам прошла
Поэтому я уже поздним свои вечером печатать следующее сяду после 12-ти, я засыпаю примерно в 3-4 ночи.
Как раз можно спокойно изложить свои мысли пока остальные бродят по беспричинным лабиринтам подсознания
:)

Цитата: Шаройко Лилия от июля 29, 2022, 18:17:49В приведенной Вами ссылке, и как вывод из нее.

Так Вы же её содержимое ещё не смотрели. Какой вывод?

Я вообще-то процитировала фрагмент из Вашей ссылки.
Я вечером вероятно покину Вашу тему и буду печатать в своей.
Мне беседа в которой собеседнику вообще наплевать на обсуждаемый предмет, а главное победить нафиг не нужна
ЯСНО?

К сожалению, не заметил, что Вы привели фрагмент из перевода статьи по моей ссылке: у меня почему-то отображается, что число скачиваний перевода файла статьи =0 (наверно, глюк сайта) и я подумал, что этот текст не из ссылки (поэтому, удивился, когда Вы сказали, что там не видите и, поэтому, решил уточнить ... ).
 

Цитата: Шаройко Лилия от июля 29, 2022, 17:05:47Пока не вижу тут "просто отбора" в отношении белков, вроде как похоже на приведенную мной статью, где белки  создаются на базе РНК, только здесь их создают реакции

Да: там вопрос о том, как появились белки из пептидов - не рассматривается.
 Но думаю, что если это - уже живой организм, то отбор как-то потом вырулит, если в них будет необходимость (что и имел в виду). Хотя, не уверен, что тут не обошлось без РНК (или ПНК). Да: тут - не ясно. В этом смысле вопрос о том, как появились белки, да, открыт.

Тогда понятно. Я все таки хочу закончить чтение, я всего лишь во второй половине второй статьи по археям, а потом хочу вернуться к статье

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5897472/

Она все в открытом доступе, судя по анотации, фрагмент которой я привела очень интересна и на многие мои вопросы отвечает.
За ссылку спасибо огромное.
Думаю после полного прочтения уже делать какие то замечания.
Чтобы больше скоропалительных выводов не делать.
По второй статье с Элементов (по ссылкам Павла) Асгардархеи  вообще отдельная ветка и с археями у них только общий предок, но именно у них вся эта солянка с бактериями (слияние с образованием общей совместной жизни бактерии внутри археи как отдельной органеллы в том числе митохондрий) могла происходить судя по геномам в статье 2017. Но конкретно в этой найденной в 2019 не случилось

https://elementy.ru/novosti_nauki/433521/Obnaruzhen_zhivoy_predstavitel_asgardar

ЦитироватьДругая новость — гораздо более печальная. Электронная микроскопия показала, что в клетках прометеоархеума нет никаких внутренних включений, напоминающих эукариотные органеллы (рис. 1, d). То есть ни эндоплазматической сети, ни аппарата Гольджи, ни ядра, ни фагоцитоза у локиархей пока не нашлось, и нет даже ничего похожего. Это означает, что никакими «полуэукариотами» они не являются. «Начинка» клетки у них прокариотная.

Но она зафиксирована по описанию  этой статье 2019 года зато живьем со всеми атрибутами, а не просто гипотезы как в 2017.

Но это тоже промежуточный вывод, поэтому я хочу остановиться с печатанием и дальше просто читать. И сделать паузу просто побродить без чтения по дому, дать мозгам обработать прочитанное.

Цитата: Шаройко Лилия от июля 29, 2022, 19:42:43Я все таки хочу закончить чтение, я всего лишь во второй половине второй статьи по археям, а потом хочу вернуться к статье ...

Да Вам виднее...

Похоже не получилось с такой же скоростью двигаться дальше, в принципе про археи наверное понятно, Павел вероятно имел ввиду сценарий японцев


(https://elementy.ru/images/news/prometheoarchaeum_syntrophicum_4_1400.jpg)

ЦитироватьНовый сценарий происхождения эукариот. На стадии 1 асгардархея, питающаяся аминокислотами (AAs), поддерживает синтрофные отношения только с метаногенной археей. На стадии 2 океан обогащается кислородом и сульфатами, поэтому к синтрофии присоединяются сульфатредуцирующая бактерия и альфа-протеобактерия, причем сульфатредуктор вытесняет метаногенную архею. На стадии 3 взаимозависимость асгардархеи и альфа-протеобактерии усиливается, и первая охватывает вторую своими выростами (как и предполагали Баумы). На стадии 4 эти выросты сливаются, и альфа-протеобактерия оказывается заперта внутри асгардархейной клетки, которую теперь уже можно смело назвать протоэукариотной. На стадии 5 альфа-протеобактерия начинает паразитировать на своем архейном хозяине, выкачивая из его клетки АТФ с помощью встроенного в мембрану транспортера (AAC). Но любой транспортер такого рода можно «раскрутить» в обратную сторону, и после своего окончательного порабощения альфа-протеобактерия, ставшая митохондрией, начинает, наоборот, отдавать хозяйской клетке избыток собственного АТФ, что мы и видим на стадии 6. Многие другие метаболические детали, указанные на схеме, в тексте не обсуждаются (они все равно могут еще измениться). Иллюстрация из обсуждаемой статьи в bioRxiv, с изменениями

Но дальше мой мозг закончился. Прошу прощения Алексей, вероятно завтра сделаю попытку еще вечером, я уже со вчерашнего дня что-то полностью новое для себя читаю непрерывно, похоже это мой потолок.
Завтра днем дизайн третьего этажа, совсем другие нейроны будут задействованы. А то уже такое чувство, что эта серия статей детектив, где постоянно меняются подозреваемые, каждый обвиняется в похищении органел на основании совокупности косвенных улик, потом через каждый абзац новые улики разрушающие предыдущую картину, группа (ис)следователей  ничего не понимает в происходящем...
Начинаешь думать, что в конце пятой серии выяснится, что все органеллы, включая несчастных митохондрий украл дворецкий
:)

Цитата: Шаройко Лилия от июля 29, 2022, 23:52:58Прошу прощения Алексей

Я не считаю Вас виноватой и, поэтому, мне неприятно слышать, как Вы просите прощения. Меня это раздражает.

Цитата: Шаройко Лилия от июля 29, 2022, 00:37:03Зарождение жизни на Земле обычно ассоциируется с какими-то необычайными катаклизмами. Дело в том, что биологические молекулы устроены сложно, а химические соединения в «дожизненные» времена были довольно простыми. В лабораторных условиях «слепить» биологические молекулы из простых компонентов – задача не из легких, и долгое время считалось, что подобные реакции требовали огромного количества энергии и могли протекать лишь в исключительных условиях – с помощью сильного УФ-излучения, на фоне сверкающих молний и пылающих вулканов.
Но кто сказал, что сложные биологические молекулы на самом деле образовались за один прием? Вероятно, на деле все происходило в несколько этапов и с множеством промежуточных веществ, которые, в свою очередь, помогали процессу «жизнестроительства» продвигаться дальше, вплоть до появления биомолекулы. Такой точки зрения придерживаются исследователи из Технологического института Джорджии, предложившие сценарий возникновения первых белков на нашей планете.
По мнению Джея Форсайта (Jay Forsythe) и его коллег, все началось с депсипептидов – белковоподобных молекул, содержащих в своём составе, кроме аминокислот, ещё и гидроксикислоты. Так называют структурные аналоги аминокислот, которые часто находят на метеоритах и в которых не было недостатка ни тогда, ни сейчас. (Например, к гидроксикислотам относят лимонную, молочную и яблочную кислоты.) Гидроксикислоты гораздо легче связываются с аминокислотами, чем аминокислоты – между собой. С другой стороны, их связи с аминокислотами очень легко разрушаются водой, тогда как связи аминокислот друг с другом в водных растворах очень устойчивы.
Если представить, что депсипептиды то «высыхают», то опять попадают в воду, гидроксикислоты из них будут вымываться, а в освобождающиеся места будут встраиваться аминокислоты с «водостойкими» связями, и через какое-то время депсипептиды будут состоять уже только из одних аминокислот. Стоит подчеркнуть, что сами по себе, без посредничества гидроксикислот, аминокислоты при обычных условиях соединяться не стали бы, особенно в такие большие структуры.
Это не просто отвлеченная гипотеза – превращение депсипептидов в белки исследователи наблюдали в лабораторном эксперименте. Более того, оказалось, что таким способом можно получить молекулы самого разного строения, а где есть разнообразие, там есть и эволюционный отбор. В естественных условиях такая реакция могла происходить где-нибудь в прибрежной зоне мелких, насыщенных органическими веществами водоемов, на камнях, куда депсипептиды приносило волнами и где они высыхали на солнце, а затем с брызгами и дождем снова «сползали» обратно – и так много раз подряд. Полностью результаты исследований опубликованы в Proceedings of the National Academy of Sciences.

Спасибо за эту информацию! Кажется, про такое я пропустил. Куча всяких экспериментальных работ было за последние лет надцать по абиогенному синтезу белков (пептидов), но чтоб такой простой механизм ... Здорово!
  Хотя проблему возникновения живых белков это не решает: живые белки - это же определённый, биологически адаптированный код. В том проблема и состоит, чтобы научиться его воспроизводить (хотя бы вероятностно). Тогда как белки описанной работы - это какие-то случайные последовательности аминокислот.

Цитата: Шаройко Лилия от июля 29, 2022, 00:37:03Как возникла жизнь на Земле: раскрыт секрет появления белков в мире РНК
Андрей Жуков  4
16.05.2022

Эта работа – очень важная. Но название популярного анонса - громкая заманиловка для читателя (в которой есть лишь доля правды).
Белки в мире РНК - это ведь не просто некая случайная последовательность аминокислот, а некоторый код. Без этого кода аминокислот и абиотически могут соединяться. Тогда как по механизму из рассматриваемой работы колдирования ещё нет.
  Марков, где-то в видео, в связи с этой новостью говорил, что, возможно, первые белки (пептиды) создавалась молекулами РНК случайно (но с некоторым вероятностным распределением, что воспроизводило спектр синтезируемых пептидов).
  Если так, то отсюда уже рукой подать до отказа от гипотезы первичности РНК-мира по отношению к белковому. Т.к., аналогично, случайно могли бы синтезироваться пептиды и амилоидами (пептидными комплексами) и такой синтез проще т.к. молекулы РНК - гораздо более энергозатратны (как минимум, на порядок).
  И если мне не изменяет память, Марков даже, на "секунду" и обмолвился о том, что, возможно, пептиды и РНК коэволюционировали с самого "начала"...