paleoforum.ru

Форумы сайта «Проблемы эволюции» => Дополнение к форуму: небиологические разговоры об эволюции => Тема начата: Panteley_nt от декабря 25, 2019, 21:41:54

Название: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: Panteley_nt от декабря 25, 2019, 21:41:54
Есть ли готовая коллекция ( подборка) на форуме или в сети вообще в том числе интересны околонаучные или из художественных книг. Или посоветуйте пожалуйста книгу, где рассматриваются различные гипотезы.
Название: Re: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: Шаройко Лилия от декабря 25, 2019, 21:53:59
Если совсем просто быстро и компактно, то в Вики даже статья есть

https://ru.wikipedia.org/wiki/Возникновение_жизни

Есть несколько видеолекций на форуме - Никитина, Маркова, и еще несколько лекций Арефьев(ArefievPV) выкладывал, это у него спрашивать нужно, я все время забываю что тут где лежит.
Одна из них

https://youtu.be/E9WE3DNobws

ема: "Геотермальные поля как колыбель жизни"
Лектор: Бычков Андрей Юрьевич, д.г.-м.н. , профессор РАН, профессор кафедры геохимии в МГУ.

В лекции рассказывается о природных условиях, в которых миллиарды лет назад возникли первые клетки. Реконструкция 'инкубаторов' первых клеток путем объединения геохимического анализа с филогенетическим исследованием позволили выяснить возможные источники происхождения первых клеток

есть книга Никитина

Происхождение жизни. От туманности до клетки 2016

https://www.litmir.me/br/?b=549910&p=1

наверняка есть зарубежные западные авторы, это Алексей(Alexeyy) лучше ориентируется, есть книга Панова с теорией панспермии по галактике

есть моя ветка про Космос и экзожизнь, но там хаос, ничего компактно, последовательно и внятно сгруппированного, не знаю стоит ли давать даже ссылку

Название: Re: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: Шаройко Лилия от декабря 25, 2019, 22:13:26
Вот еще лекция этого же Панова


Панспермия и происхождение жизни (рассказывает астрофизик Александр Панов и др.)

https://youtu.be/18NzREwQe64

сама честно говоря не видела, просто сейчас нашла по фамилии Панова, выложено в октябре этого года, в моей теме обсуждали этот вопрос раньше, примерно в сентябре
Название: Re: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: Gilgamesh от декабря 26, 2019, 08:15:18
Цитата: Panteley_nt от декабря 25, 2019, 21:41:54в том числе интересны околонаучные

Зачем вы просите навалить тут кучу мусора?
Название: Re: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: Шаройко Лилия от декабря 26, 2019, 13:12:26
А можно заодно спросить Гильгамеша -Панов это околонаучный или нет. А то мы его в космосе обсуждали долго и Алексей меня почти убедил, что это возможно, хотя там многое препятствует и возможность сохранения ДНК для таких длительных перелетов, и вероятность попадания хотя бы какое то твердое тело очень низкая.
В общем я так и осталась в сомнении, в духе маловероятно это. В основном поддерживающие теорию источники заканчиваются в начале века


https://ru.wikipedia.org/wiki/Панспермия

ЦитироватьПервое известное упоминание термина относится к сочинениям греческого философа Анаксагора, жившего в V веке до нашей эры[10]. В более научной форме предположения о возможности переноса жизни через космическое пространство были высказаны Якобом Берцелиусом (1834)[11], Германом Эбергардом Рихтером (1865)[12], У. Томсоном (лорд Кельвин) (1871)[13] и Г. Гельмгольцем(1879)[14][15]. Детально данная гипотеза была обоснована в трудах Сванте Аррениуса (1903), который обосновал путём расчетов принципиальную возможность переноса бактериальных спор с планеты на планету под действием давления света[16][17].

Наиболее влиятельными сторонниками гипотезы были Фред Хойл (1915—2001) и Чандра Викрамасингхе (род. 1939)[18][19]. В 1974 году ими была предложена гипотеза, согласно которой космическая пыль в межзвёздном пространстве в основном состоит из органических веществ, что позже было подтверждено наблюдениями
Академик РАН А. Ю. Розанов, глава комиссии по астробиологии Российской академии наук, считает, что жизнь на Землю была занесена из космоса. В частности, он утверждает: «Вероятность того, что жизнь зародилась на Земле, настолько ничтожно мала, что это событие практически невероятно».

В 2014 году швейцарские и немецкие ученые сообщили о высокой устойчивости ДНК к экстремальным суборбитальным полетам и перелетам в условиях космоса.[31] Исследование дает экспериментальное доказательство того, что генетическая информация ДНК способна выживать в экстремальных условиях космоса и после повторного входа в плотные слои атмосферы Земли.

Ну и лекции которые мы обсуждали, тоже вопрос к Администратору такие вещи научны в его представлении, в смысле не мусор?


Цитата: Шаройко Лилия от июля 02, 2019, 18:12:03Хочу добавить лекцию Маркова, на мой взгляд великолепную и очень нужную здесь.
В очень ясной и внятной и наглядной форме описаны базовые параметры происхождения жизни в том числе возможных вариантов экзожизни в космосе, особенно мне нравится вторая половина - теория цинковой жизни, варианты развития черных курильщиков при других стартовых параметрах - солнечном освещении, разных температурах и т.п.

Александр Марков: "Происхождение жизни" 2016 год.

https://youtu.be/awDHwbjdVxc

Именно об этой лекции я говорила когда хочу сравнить тексты Арефьева и пересмотреть заново после курсов биофизики и астрономии взглянуть новыми глазами. Этот новый взгляд действительно у меня лично отличается как земля и небо, я сейчас близко к ее концу, но какие-то комментарии и добавления текстов появятся точно не сегодня. Это 2016 год центр АРХЭ (в этом проекте вообще очень хорошего качества лекций множество.


Михаил Никитин: "Зарождение жизни на Земле и других планетах" 2017. тоже АРХЭ

https://youtu.be/j8EWEeav42Q

Цитировать (выделенное)


Ну и по Бычкову -вроде мне казалось до этого сообщения, что все три эти лекции точно не мусор. Арефьев написал по ним навигаторы, по Маркову я написала навигатор по шагам примерно через 3-5 минут, только сейчас эту страницу не могу найти это примерно август-сентябрь.
В принципе можно время на меня не тратить, просто хочу сориентироваться как отделять мусор от немусора. В последнее время мне кажется, что вроде много не по делу пишу, может пора активно работать над собой или исчезать или чаще или насовсем.
Название: Re: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: Шаройко Лилия от декабря 26, 2019, 13:37:27
Вот прислали в личку ссылку на лекцию Маркова с навигатором, огромное спасибо
:)

Цитата: Шаройко Лилия от июля 11, 2019, 19:19:16для тех, кто хочет ознакомиться с фрагментами по вкусу. Вообще, конечно, стоит смотреть целиком.
Распределение направлений по минутам. В принципе это реферат основных моментов лекции

1.56  Вероятность возникновения жизни

3.50 Невероятные события становятся неизбежными если попыток очень много

9.38 Инфляционная космология – предполагает, что видимая Вселенная –лишь часть домена, т е Мироздания, в котором соблюдаются знакомые нам физические законы
и тд
Название: От: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: Alexeyy от июля 20, 2022, 12:23:56
Цитата: Питер от июля 20, 2022, 11:13:25Вот  и тут  надо   медленно  и  по  шагам.   Шаг  первый    -   первая  биомолекула.    Выбор  из  трех   вариантов. РНК,  ДНК,  пептид ? Без    растекания  мысью  по  древу  -  простой  выбор.

Примерно, согласен.
Интересно было бы услышать соображения почему именно выбор из этих вариантов, а не совместное использования (соображени своли у меня есть...)?
Название: От: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: Питер от июля 20, 2022, 13:20:32
Кто-то   всегда   будет  первым.  И  он    запустит   эйгеновский   циклл.  И  вопрос  о  том,  кто.
На  мой    взгляд,  сегодня  нет   альтернативы   РНК.   При всех   неопределенностях ...
Название: От: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: Alexeyy от июля 20, 2022, 14:39:49
Цитата: Питер от июля 20, 2022, 13:20:32Кто-то   всегда   будет  первым. 
Ну это - постулат (не объяснение).
Название: От: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: Шаройко Лилия от июля 20, 2022, 15:17:57
Раз здесь тема коллекции гипотез о возникновении жизни тогда наверное стоит разместить все тут в компактном виде


Цитата: АrefievPV от июля 06, 2022, 19:16:34Я размещал ссылки на все три интервью здесь:
ЦитироватьТри ссылки на любопытный материал. Это три интервью (по порядку) Бориса Штерна с Михаилом Гельфандом, с Александром Марковым и с Михаилом Никитиным.

Происхождение жизни. 1 От РНК‑мира к белкам Борис Штерн, Михаил Гельфанд
http://trv-science.ru/2022/05/proisxozhdenie-zhizni-ot-rnk-mira-k-belkam/
видео 1
https://youtu.be/APFb6ugT1GI
 
Происхождение жизни. 2  Борис Штерн, Александр Марков: «Я считаю вполне реальным, что в одной галактике есть несколько обитаемых планет»
http://trv-science.ru/2022/05/markov-abiogenesis/
видео2
https://youtu.be/1exMIzLKnVo

Происхождение жизни. 3 Следующие миллиарды лет
 17.05.2022 / № 353 / с. 1–3 /  Михаил Никитин; Борис Штерн
http://trv-science.ru/2022/05/nikitin-abiogenesis/
видео 3
https://youtu.be/HKhOjLaLWfc

А тексты всех интервью (и свои комментарии) привёл здесь:
https://paleoforum.ru/index.php/topic,10211.msg259723.html#msg259723
https://paleoforum.ru/index.php/topic,10211.msg259724.html#msg259724
https://paleoforum.ru/index.php/topic,10211.msg259725.html#msg259725
https://paleoforum.ru/index.php/topic,10211.msg259726.html#msg259726


Четвертое и пятое видео, текстов в троицком варианте пока не нашла, при поиске в самом сайте журнала и через внешние поисковики появляются  только первые три беседы, может будут обработаны и появятся там позже

Интервью Борис Штерн & Александр Марков: Происхождение жизни 4. От РНК мира к белкам и формам жизни



Интервью Борис Штерн & Михаил Никитин: Происхождение жизни 5. Освоение окружающего нас пространства




Еще при поиске текстового варианта видео бесед 4 и 5  нашла статью 2019 года того же Троицкого варианта , она более давняя, но во первых можно сравнить как изменились мнения за 4 последних года и во вторых там есть Армен Мулкиджанян, кажется его варианты цинковой жизни размещены на форуме в каких то ветках , были озвучены в одной из лекций Никитина насколько помню


Вероятность зарождения жизни

«ТРОИЦКИЙ ВАРИАНТ» №6, 2019 • ЗАРОЖДЕНИЕ ЖИЗНИ
Борис Штерн, Александр Марков, Армен Мулкиджанян, Евгений Кунин, Михаил Никитин
«Троицкий вариант — Наука» №6(275), 26 марта 2019 года

https://elementy.ru/nauchno-populyarnaya_biblioteka/434611/Veroyatnost_zarozhdeniya_zhizni

ЦитироватьПредисловие Бориса Штерна
Мы давно планировали провести дискуссию, связанную с вечным вопросом о месте человека во Вселенной. Это, конечно, про внеземную жизнь и планеты у других звезд. В настоящий момент известно чуть меньше 6 тыс. экзопланет, из которых две с лишним тысячи ждут независимого подтверждения. Но для статистических исследований можно использовать все 6 тысяч.

Среди них очень мало планет, предположительно пригодных для жизни. Это естественно, потому что их труднее всего искать: против землеподобных планет работает очень мощный эффект селекции. Они слишком легкие, чтобы их можно было вылавливать методом лучевой скорости звезды, а год у них слишком длинный, чтобы их транзиты можно было бы уверенно раскопать в данных космического телескопа «Кеплер»1. Исключение — планеты в зоне обитаемости красных карликов, которые открыты у нас под самым носом, их искать гораздо легче. Таких планет очень много, но, увы, красные карлики очень неудобны для жизни рядом с ними. Однако экстраполяция данных «Кеплера» по «горячим землям» у звезд типа Солнца дает весьма оптимистический результат: по крайней мере 15% таких звезд имеют планеты в своей зоне обитаемости. Эта оценка получена независимо многими авторами, и со временем она становится всё более оптимистичной: 20% и даже четверть солнц обладают землями. Это значит, что ближайшая к нам звезда класса G или К с землей на орбите в области обитаемости находится в пределах 15 световых лет. Таких звезд немного, и уже появляются кандидаты, например Тау Кита. А в радиусе, скажем, 30 световых лет таких планет множество.

Эта идея Мулкиджаняна  про цинковый мир кроме прочего на Элементах была описана в  2018 году, тоже статья про происхождение жизни Никитина, думаю есть смысл также добавить в коллекцию как историю воззрений на вопрос.


Разные ответы на вопрос жизни

Послесловие научного редактора к книге Ника Лейна
БИОХИМИЯ, МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОЛОГИЯ, ЭВОЛЮЦИЯ • 11.04.2018
Михаил Никитин
https://elementy.ru/nauchno-populyarnaya_biblioteka/433982/Raznye_otvety_na_vopros_zhizni
ЦитироватьЦинковый мир
К этой идее он пришел не сразу. «Цинковый мир», ранний вариант теории Мулкиджаняна, не указывал конкретную среду обитания первых форм жизни (Mulkidjanian 2009). «Цинковый мир» вырос из данных нескольких далеких друг от друга наук.
Название: От: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: Питер от июля 20, 2022, 16:57:12
Цитата: Alexeyy от июля 20, 2022, 14:39:49
Цитата: Питер от июля 20, 2022, 13:20:32Кто-то   всегда   будет  первым. 
Ну это - постулат (не объяснение).

Для  одномоментности  надо   иметь    уже  готовыми  РНК,  пептид  и  ДНК.   Ну  если  брать   вероятности  -   то  совпадение  трех  событий  всегда  менее  вероятно,   чем  появление   одного  из  классов  молекул.
Название: От: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: Alexeyy от июля 20, 2022, 17:48:32
Может быть. Но, вообще говоря, можно предроложть, что эволюция комбинации может быть много эффективнее с самого начала возникновения жизни и тогда вопрос о том сразу в какой-то комбинации этих компонет возникла жизнь или поотдельно остаётся открытым.
Название: От: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: василий андреевич от июля 20, 2022, 19:33:36
  Первым был "черный ящик"  ;)  , в который поступали аминокислоты, а выходил тот ограниченный перечень пептидов, к которым применим термин отбор. Отбор на срок стабильности в узком диапазоне условий. Чем дольше стабилизация, тем вероятнее встреча с полипептидом для организации "сложной" пары, перескочившей запретную зону за счет образования скомканной структуры.
  Это не репликация и не отбор репликаторов. Это дифференциация на группы с резонирующими частотами образования и распада пептидных связей. Ну, а если первый репликатор - это РНК, то с него и жизнь. Но до РНК путь стечения обстоятельств невероятен.
Название: От: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: василий андреевич от июля 21, 2022, 06:29:15
Цитата: Питер от июля 20, 2022, 16:57:12Для  одномоментности  надо   иметь    уже  готовыми  РНК,  пептид  и  ДНК. 
Необходимо иметь представление о состоянии, в котором эта "троица" неразличима. То есть, нет поверхностей раздела "химических" фаз. Селен и сера - это "удобные" элементы, которые вытесняются азотом и фосфором в процессе "само"организации энергетических ступеней, как термодинамических барьеров. Именно эти барьеры мы не можем "туннелировать" при лабораторном синтезе.
Название: От: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: АrefievPV от июля 21, 2022, 08:05:13
Цитата: Питер от июля 20, 2022, 16:57:12
Цитата: Alexeyy от июля 20, 2022, 14:39:49
Цитата: Питер от июля 20, 2022, 13:20:32Кто-то  всегда  будет  первым. 
Ну это - постулат (не объяснение).
Для  одномоментности  надо  иметь    уже  готовыми  РНК,  пептид  и  ДНК.  Ну  если  брать  вероятности  -  то  совпадение  трех  событий  всегда  менее  вероятно,  чем  появление  одного  из  классов  молекул.
Не понял, о какой одномоментности идёт речь? В одном месте одновременно возникли (в результате неких физико-химических процессов/реакций) сразу и молекулы пептидов, и молекулы РНК, и молекулы ДНК?
 
А почему бы не допустить, что возникновение всех этих молекул произошло независимо друг от друга в разных местах и в разное время. И одномоментность наступила только во время «пересечения» – типа, в некий момент времени они оказались в одном месте.
 
Кроме того, почему бы не учесть сценарий поэтапного «пересечения» – то есть, сначала «пересекаются» «ареалы обитания», например, ДНК и РНК, а затем к этому добавляется «ареал обитания» пептидов. И насколько я понимаю, все сценарии имели место быть – все процессы, которые не запрещены в неких условиях физикой и химией, будут протекать. Соответственно, и синтез этих категорий (классов) молекул в своих «ареалах обитания» будет идти благодаря физике и химии, без необходимости привлекать биологию.
 
Мало того, в своих «ареалах обитания» каждая категория (класс) молекул вполне могла «эволюционировать» до какого-то предела – то есть, шёл отбор на устойчивость молекул в каких-то конкретно сложившихся физико-химических условиях данного «ареала обитания». Соответственно, наиболее устойчивые варианты молекул начинали накапливаться (по сути, вытесняя другие варианты) в «ареале обитания». И таковое накопление, по сути, уже начинало изменять и сами физико-химические условия конкретного места (конкретной локации) «ареала обитания». Эти изменения условий (так сказать, «эволюцию» «ареалов обитания») можно условно обозначить этапами/стадиями*.
 
И «пересечения» «ареалов обитания» могло происходить на разных этапах/стадиях* (полагаю, что там вариантов «пересечения» будет очень большое) – поверхность планеты большая, конкретных локаций разных «ареалов обитания» множество, разные локации могут находится на разных этапах/стадиях*.
 
Уточняю – «ареал обитания», это не некое одно конкретное место, это конкретные условия, которые могут сложиться в разных географических местах (то есть, локаций со схожими условиями может быть множество в разных местах). Кое-какая органика образуется даже в космосе (представляете, какой там огромный «ареал обитания») и вполне может поступать (по сути, тоже будут «пересекаться» разные «ареалы обитания» разных категорий молекул) на поверхность планет.
 
Подобные предположения (в виде гипотетических сценариев) я неоднократно озвучивал. Вот здесь, например:
Цитата: Серый Страж от ноября 07, 2020, 09:38:41
Цитата: Alexeyy от ноября 07, 2020, 08:22:56По-моему, очень интересная аналогия ...
Цитата: Серый Страж от ноября 07, 2020, 08:08:28Армен Яковлевич Мулкиджанян озвучивал гипотезу зарождения жизни на сухой, холодной Земле, потерявшей атмосферу. От себя скажу - многие вещи в той гипотезе выглядят весьма логичными.

Там он, практически прямым текстом, говорил, что для первичных организмов, вода - это яд.
А где он об этом говорит?
https://www.youtube.com/watch?v=PpaWa-0yCjI#
Примерно, с 57:48 просмотрите.
Цитата: Alexeyy от ноября 07, 2020, 08:22:56Т.е. он считает, что первичной жизне без активного участия воды было даже проще образоваться/развиваться, чем с водой или просто исходит из того, что, поначалу, не было воды?
И то, и другое.

По поводу самой лекции...
Тут у нас раздолье для разных фантазий и спекуляций.

Я даже допускаю, что была конкуренция между разными формами жизни. Условно обзову эти формы: «безводной» и «водной». Они могли возникнуть независимо друг от друга в разных местах и в разное время.

Например, «безводной» (формамидная) возникла раньше, но в силу своих свойств, не могла освоить водоёмы (даже прибрежные зоны), когда они начали формироваться на поверхности планеты. Соответственно, длительное время (миллионы лет) водоёмы были бесхозными, и там возникла новая «зараза» – «водная» форма жизни.

Оговорюсь сразу – эта «водная» форма жизни возникла в весьма специфической водной среде – в прудах/лужах, связанных непосредственными протоками с гидротермальными источниками (фумаролами, грязевыми вулканами и пр.). То есть, водный состав был  отличен от состава воды: и современных морей/океанов, и от современных рек/озёр.

Причём, очень долго эти формы жизни друг с другом практически не контактировали. Кстати, «водную» жизнь спасло только то, что водная среда для формамидной формы жизни была попросту ядовитой.
На каком-то этапе истории эти две формы схлестнулись в борьбе за ресурсы. Как так получилось?

Во-первых, стало происходить существенное изменение всего рельефа и геологии нашей планеты, стали возникать и «расползаться» по поверхности водоёмы (пруды/лужи), пошли изменения в атмосфере и т.д.

Во-вторых, ареал обитания одной формы жизни начал захватывать ареал обитания другой формы жизни (места для существования формамидной становилось всё меньше) и обе формы жизни вступили в вынужденный контакт.

По идее, на первый взгляд, должна была в схватке победить «водная» форма жизни – просто в силу вытеснения мест обитания водоёмами. Но формамидная форма жизни имела за плечами более долгий срок эволюции (и, грубо говоря, навидалась за свою жизнь всякого) и была более разнообразна и изощрённа. Зато у «водной» формы жизни были в изобилии защитные оболочки (пузырьки, пены), которые массово и постоянно возникали в прудах/лужах. И эти защитные оболочки «водная» форма жизни периодически использовала – то есть, она могла там существовать ограниченное время.

В результате вынужденного взаимодействия, на границах ареалов обитания, возникли некие симбиотические сообщества организмов. В некоторых таких симбиотических сообществах симбиоз зашёл так далеко, что сформировалась гибридная форма жизни.

Гибридная форма жизни взяла основу внутрянки от формамидной формы жизни, а оболочку и чуток внутрянки от «водной» формы жизни.

Кстати, такая гибридная форма жизни уже, по любому, должна была обосноваться в неких, окружённых защитными мембранами (возможно, наоборот, мембранами, не защищающими от попадания извне, а мембранами, предохраняющими от потери нужных соединений (типа, от уменьшения концентрации жизненно важных соединений внутри)) местах (в порах, в трещинах, в пузырьках).

Если бы процессы изменения продолжились «линейно», то поле битвы бы осталось бы за «водной» формой жизни (разве что, где-нибудь на окраинах ютились бы гибриды), но эволюция штука непредсказуемая – вместо заполнения всей поверхности только маленькими прудами/лужами, стали возникать большие водоёмы (первые мелководные моря). А тут уже расклад иной – состав (и концентрация веществ другая – вода в море сильно «разбодяжена») этих водоёмом был не пригоден для проживания даже той первичной «водной» формы жизни. И эти водоёмы (первичные моря/океаны) планомерно захватывали сушу. Да ещё, до кучи, вездесущая вода (дожди, лужи/пруды, реки/ручьи и т.д.) попросту постепенно убивала формамидную форму жизни по всей Земле.

В итоге, ни одна из чистых форм не выжила. Их в чистом виде не стало – выжили только гибриды (грубо говоря, симбионты), которые уже загодя обзавелись защитными оболочками, которые оказались пригодными (поначалу, малопригодными, но уже – хоть что-то) и для защиты от морской воды.
В дополнение (на всякий случай для интересующихся) размещу лекцию с навигатором:
Цитата: Серый Страж от ноября 10, 2020, 15:24:33Армен Мулкиджанян «Первое глобальное потепление и происхождение жизни»


Небольшой навигатор по лекции:
3:15 – жизнь оказалась древнее геологической летописи.
5:41 – слайд «Жизнь – это взаимодействие трёх типов кодируемых биополимеров – ДНК, РНК и белков».
6:06 – слайд «ДНК и РНК состоят из нуклеотидов».
6:35 – слайд «Молекулы РНК могут как образовывать двойные спирали, так и сворачиваться в клубки».
7:07 – слайд «Молекулы ДНК образуют двойные спирали генов».
7:47 – слайд «Белки – полимеры из аминокислот, связанных пептидными связями».
9:01 – слайд «Какие биополимеры были первыми? ДНК? РНК? Белки?».
9:34 – слайд «Молекулы РНК способны осуществлять все основные функции, свойственные как ДНК, так и белкам».
10:08 – слайд «Концепция первичности РНК была предложена Андреем Николаевичем Белозерским в 1957 г.».
11:03 – слайд «При полимеризации биополимеров выделяется вода». В воде реакция полимеризации сама по себе (без участия ферментов, без подвода энергии) не идёт (воду надо убирать) и в воде биополимеры рано или поздно распадаются (реакция гидролиза).
11:57 – слайд «На каждой стадии сборки цепочки РНК выделяется по молекуле воды».
12:28 – слайд «В присутствии воды биополимеры распадаются». Водный парадокс: спонтанное, не требующее энергии образование белков или полинуклеотидов (РНК, ДНК) не может идти в воде.
13:04 – слайд «Откуда могли взяться первые рибонуклеотиды».
13:41 – слайд «Формамид – «свободноживущая пептидная связь»».
14:10 – слайд «Откуда могло взяться много формамида на древней Земле?».
14:28 – слайд «Из формамида, нагревая его с разными катализаторами, можно получать азотистые основания и аминокислоты». Формамидный мир.
15:50 – слайд «Sutherland: 2015: Образование предшественников РНК, белков и липидов в единой сети реакций».
16:29 – слайд «Николас Худ и соавторы получили аденин, гипоксантин и гуанин, просто освещая формамид УФ-светом».
17:15 – слайд «Цианид, формамид и формат аммония легко превращаются друг в друга».
17:18 – слайд «Освещение смеси различных рибонуклеотидов и рибонуклеозидов УФ-светом приводило к разрушению различных копродуктов, оставляя только, активированные фосфатными группами пиримидиновые нуклеотиды РНК». 
17:50 – слайд «Активированные нуклеотиды способны полимеризироваться даже в воде».
18:28 – слайд «УФ-кванты, очевидно, участвовали в отборе природных азотистых оснований, устойчивость которых повышалась при соединении в двухспиральные полимеры – образование первых РНК-подобных полимеров шло на солнечном свету».
19:15 – возврат к слайду «Цианид, формамид и формат аммония легко превращаются друг в друга». Это всё одна сеть реакций.
20:23 – слайд «Где жили первые клетки?». Обозначает раздел (часть) лекции.
20:33 – слайд «Ионный состав цитоплазмы очень сильно отличается от химии природных водоёмов. Во всех клетках калия больше, чем натрия; клетки содержат большие количества фосфата и переходных металлов, таких как Zn, Fe, Mn.». Насколько эти свойства древние?
23:15 – слад «Проникнуть в прошлое можно, спускаясь по веткам дерева жизни».
23:39 – слайд «Три домена жизни: бактерии, археи, эукариоты».
24:36 – слайд «LUCA». Примерно 60 «вездесущих» белок-кодирующих генов указывают на существование общего предка всех клеточных организмов – LUCA (Евгений Кунин).
25:23 – слайд «Древние белки LUCA». По этим белкам можно прийти к заключению, что  суть LUCA (его ядро) была – это машина по синтезу белка, а вовсе не машина, которая отвечает за наследственность. Видимо, для LUCA способность синтезировать белки была очень важна.
26:52 – слайд «LUCA». Ионный состав цитоплазмы похож в бактериях и археях, хотя они и разошлись более 3,4 млрд. лет назад.
27:19 – слайд «Неорганические ионы в белках LUCA. Далее говорит более подробно (со слайдами).
28:34 – слайд «Мембраны первых клеток должны были быть полупроницаемыми». Первые клетки должны быть в равновесии со средой, в том, что касается ионов и малых молекул. То есть, можно прийти к умозаключению, что состав тогдашней внешней среды был такой же, как нынешний состав цитоплазмы клеток.
29:16 – слайд «Macallum: Поскольку цитоплазма клеток содержит больше ионов K+, чем  Na+, первые клетки могли возникнуть в богатой калием среде. Где на древней Земле могла найтись такая среда?».
29:34 – слайд «Ни в каких древних морских или океанских системах калия не могло быть больше, чем натрия. Первые клетки не могли развиться в морской воде».
30:02 – слайд «Остаются континентальные геотермальные системы, где можно использовать и энергию солнечного света, и геотермальную энергию».
30:27 – слайд «Континентальные геотермальные системы». Цирконивые гранулы образовались 4,4 – 4,2 млрд. лет назад в континентальных гранитных расплавах.
30:49 – слайд «На суше геотермальная жидкость, поднимаясь, начинает кипеть и разделяется на две фазы – жидкую и газообразную, паровую. У них разный химический состав. Паровая фаза обогащена летучими веществами, такими как CO2, H2S и NH3.
31:11 – слайд «Места выхода геотермального пара называются геотермальными полями».
Геотермальный пар содержит больше калия, чем натрия.
31:57 – слайд «Бескислородные геотермальные поля». Первые организмы могли развиться в удалённых от фумарол, прохладных прудах геотермального конденсата.
32:30 – слайд «Независимость от климата». На геотермальных полях поддерживалась, как в инкубаторе, постоянная среда, не зависящая от смены времён года.
32:57 – слайд «Органические молекулы: могли приносится геотермальным паром (образуясь в горячей породе в реакции Фишера-Тропша) и фотосинтезироваться на гранулах ZnS.
33:20 – слайд «Абиогенный фотосинтез: факты». Эффективность выше, чем для природного фотосинтеза, основанного на хлорофилле. Причём, современные бактерии умеют таким небиологическим фотосинтезом пользоваться.
34:57 – слайд «Цинковый мир?!» Но где взять столько цинка?
А существовали ли эти замечательные бескислородные геотермальные поля?
36:18 – слайд «Характерные для геотермальных полей минералы нашли в Пилбаре (Австралия), там же, где и останки древнейших микробных сообществ (3,5 млрд. лет)».
36:54 – слайд «Унифицированный синтез всех четырёх нуклеотидов с металлическим цинком, как восстановителем и катализатором».
37:58 – слайд «Переход от первых репликаторов к первым клеткам: биологические данные». Обозначает раздел (часть) лекции и озвучивает модель.
38:35 – слайд «Эволюция рибосомы была реконструирована четырьмя разными методами». Немного рассказывает об авторах реконструкций.
40:07 – слайд «РНК-мир». Некодируемый синтез полипептидов. Кодируемый синтез полипетидов.
41:33 – слайд «РНК-мир был!». В этом РНК-мире была прото-рибосома, которая, усложняясь со временем, синтезировала случайные пептиды, состоящие, в основном, из остатков глицина. Зачем были нужны такие пептиды?
42:05 – слайд «Переход от первых репликаторов к первым клеткам: геологические данные».
42:23 – слайд «Версия 1: Репликаторы и первые клетки были разнесены в пространстве».
Богатый различными веществами пар конденсировался и высыхал на поверхностях минералов, способных катализировать реакции синтеза. Часть конденсата стекала в водоёмы, в которых и могли обитать первые клетки.
43:08 – слайд  «Версия 1: Репликаторы и первые клетки были разнесены в пространстве».
Что заставляло РНК-организмы усложнятся?
43:45 – слайд  «Версия 2: Репликаторы и первые клетки были разнесены во времени».
44:02 – слайд  «Sutherland: 2015: Жизнь как следствие метеоритного удара».
44:42 – слайд  «Di Mauro, Saladino et al., 2016: Переход от богатых формамидом к водным средам».
45:04 – слайд «Проблемы со сценариями метеоритных кратеров». Испарение воды обеспечивается высокой температурой, губительной для РНК-полимеров. Недолгое время остывания кратера.
А что, если метеорит был очень большой?
45:59 – слайд «Модель ударного формирования Луны, как образец мегаимпакта».
47:12 – слайд «Химические элементы различаются своей летучестью». Умеренно летучие элементы конденсируются при температурах 650 – 1250оК. Из них, цинк даже обзывают «летучим металлом».
47:59 – слайд «Луна потеряла свои летучие элементы, включая большую часть умеренно летучих Zn, K и Na.
48:26 – слайд «Потеря летучих (элементов) объясняется образованием раскалённого атмосферного диска, например, синестией.
49:16 – слайд «После мегаимпакта атмосфера и гидросфера Земли потерялись полностью».
Жизнь возникла на сухой Земле. Оставалась, медленно остывающая силикатная атмосфера, в термальном равновесии, с покрытой расплавленной магмой, поверхностью Земли.
51:03 – слайд «При остывании системы атмосфера/поверхность Земли до 1600оК идёт «кремниевый дождь»».
51:16 слайд «При температуре ниже 1100оК поверхность Земли твердеет, что сопровождается высвобождением растворённых в магме летучих (элементов) в атмосферу.
51:31 – слайд «После образования коры остывание Земли идёт благодаря вулканическим системам». Поскольку образовалась силикатная корочка, внутренне тепло Земли стало «прорываться» сквозь эту корочку (корочка трескалась, в корочке появлялись каналы – «дырочки») наружу.
51:43 – слайд «Оставшиеся в атмосфере компоненты, с температурой конденсации меньше 1000оК выпадают теперь на твёрдую кору, образуя «надкорку» из умеренно летучих компонентов».
52:11 – слайд «Очерёдность осаждения умеренно летучих определялась температурой их конденсации. Последним осаждался цинк и его соединения.». То есть, одними из последних, осаждались цинк и сера.
52:41 – слайд «Осаждение минералов из газовой фазы».
53:00 – слайд «На Землю «выпал» не только «свой» цинк, выброшенный импактом в атмосферу, но и большая часть лунного цинка. Потерявшая атмосферу Земля была не только «оцинкованной», но и сухой.». Атмосфера начинает нарабатываться заново за счёт работы вулканов.
53:44 – слайд «Модель эволюции сухой Земли была проанализирована и рассчитана в 1977 г. советскими учёными Львом Мухиным и Василием Морозом».
54:04 – слайд «Эволюция «сухой» Земли (Мухин и Мороз, 1977)».
54:55 – слайд «Вулканические газы несут цианистые соединения».
55:29 – слайд «Вулканы выбрасывают много фосфорных соединений».
Возникновение жизни на сухой, холодной, пост-импактной Земле, потерявшей атмосферу?
56:35 – слайд «Вулканы давали фосфорные и цианистые соединения, геотермальные поля обеспечивали среду богатую Zn, K, NH4+, H2S и органическими соединениями».
56:57 – слайд «Жидкими могли оставаться вещества только с высокой температурой кипения – это формамид, глицерин, органические и жирные кислоты.
В этой безводной среде могли спонтанно образовываться нуклеотиды, соединятся в РНК-подобные полимеры, окружавшими себя примитивными мембранами.
Высокая концентрация Zn, S, Р, К в «надкорке» способствовала катализу и фотохимическим превращениям».
Уточняет – «это была жидкость, но не водная или с очень малым количеством воды».
57:48 – слайд «По мере разогрева Солнца, накопления CO2 и роста атмосферного давления, появлялась жидкая вода. Вода препятствовала накоплению амидных и органических соединений, замедляла работу рибозимов и гидролизовала их. РНК-организмам – для поддержания привычной для них среды – надо было найти замену формамиду».
Вода является ядом для этих первых организмов (лектор использует слово клетка).
58:44 – слайд «Фомамид – «свободноживущая пептидная связь». Пептидная цепочка – полимер из формамидных групп». По сути, это способ накопления формамида (в виде полимеров) в клетке.
59:20 – слайд «РНК-организмы научились связывать между собой случайные аминокислоты. Мембраны предотвращали потерю формамидных цепочек – полипептидов.
Концентрация пептидных групп в современных клетках составляет 10 молей.
Формамидный мир сохранился внутри наших клеток
59:52 – слайд «Эволюция «сухой» Земли (Мухин и Мороз, 1977)».
CO2 растворялся в воде, взаимодействовал с горными породами (выветривание) и связывался как карбонат кальция, что уменьшало парниковый эффект. Поэтому средняя температура на Земле не могла превысить температуру таяния льда.
Такой прохладный режим, обеспечивающий стабильность РНК, мог держаться сотни миллионов лет, пока термальное излучение Солнца не достигло 80% от нынешнего. К этому времени началась тектоника плит, поглотившая «цинковый мир».
1:00:43 – слайд  про петлю обратной связи между количеством CO2 и его нейтрализацией тающей водой.
1:01:13 – слайд «Сценарий возникновения жизни на сухой, холодной, пост-импактной Земле, потерявшей атмосферу:
обеспечивает безводные условия и «формамидный мир» при умеренных температурах,
описывает переход от РНК-репликаторов к первым клеткам,
объясняет преобладание цинка в древних ферментах,
придаёт смысл некодируемому синтезу пептидов первыми рибосомами».

P.S. Тему, в которой скучковал ссылки и тексты я уже «рекламировал» тоже неоднократно:
https://paleoforum.ru/index.php/topic,10211.0.html
 
Не знаю, смог ли кто-нибудь осилить тему (некоторые, вроде, намеревались прочитать), но, судя по высказываниям, никто не осилил. 
Название: От: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: Alexeyy от июля 21, 2022, 09:10:15
Кажется, всё там просмотрел ...
Название: От: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: Питер от июля 21, 2022, 10:43:01
Идея    параллельного  развития    трех    первичных   источников  -  РНК,ДНК,  белок  - мне  кажется бесперспективной.  Вот    есть  пептиды,  РНК  и  белки   -  но   они  между  собой не  имеют  никаких  пересечений.  И  почему    вдруг  они  будут   взаимно   конгруэнтными ?
Я     пока   совсем  не  касаюсь  условий      их   возникновения   -    я  все  равно   задаю  все  тот   же   вопрос.  КТО  БЫЛ  ПЕРВЫМ  ?
Для    меня   это  однозначно   РНК.     
Название: От: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: Питер от июля 21, 2022, 10:45:48
Цитата: василий андреевич от июля 20, 2022, 19:33:36Первым был "черный ящик"  ;)  , в который поступали аминокислоты, а выходил тот ограниченный перечень пептидов, к которым применим термин отбор. Отбор на срок стабильности в узком диапазоне условий. Чем дольше стабилизация, тем вероятнее встреча с полипептидом для организации "сложной" пары, перескочившей запретную зону за счет образования скомканной структуры.
  Это не репликация и не отбор репликаторов. Это дифференциация на группы с резонирующими частотами образования и распада пептидных связей. Ну, а если первый репликатор - это РНК, то с него и жизнь. Но до РНК путь стечения обстоятельств невероятен.

Пептиды  не    умеют самореплицироваться.  И  самый  СУПЕР   пептид   не  может  размножиться. Будет  набор  уникальных  пептидов  -     которые   поживут  немного  и  помрут.
Название: От: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: Alexeyy от июля 21, 2022, 10:48:26
Цитата: Питер от июля 21, 2022, 10:43:01Вот    есть  пептиды,  РНК  и  белки  -  но  они  между  собой не  имеют  никаких  пересечений.
В смысле?
Название: От: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: Alexeyy от июля 21, 2022, 11:03:17
Цитата: Питер от июля 21, 2022, 10:45:48Пептиды  не    умеют самореплицироваться.
Вообще-то, вроде, комплекс пептидов может (стохастически) воспроизводить себя. Там идёт копирование по матричному принципу, но при отдельном копировании репликации не происходит. Но, вроде, при многократных таких копированиях возникает, примерно, набор изначального комплекса. Хотя, может, и ошибаюсь. Но то, что пептидный комплекс может порождать другие пептиды - это точно; что, конечно, само по себе репликации комплекса ещё не означает.
  А в друг, и такие комплексы есть (или уже нашли - не очень сильно вникал), которые способны, вероятностно, воспроизводить себе подобное распределение по сортам пептидов, которые в них существуют (т.е. пептидный комплекс реплицирует свой состав с достаточной точностью для возможности развития дарвиновского отбора)?
  По идее, такие комплексы есть, коль в них по матричному принципу идёт копирование: по идее, для этого (для самовоспроизведения состава комплекса), в основном, лишь нужно, чтобы они состояли из комплементарных пептидных молекул (надо повнимательнее разобраться в статье ...).
Название: От: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: Питер от июля 21, 2022, 12:14:50
"Вообще-то"   и "вроде" -  это  как  ?  Какой   комплекс  пептидов   это  умеет сам  по себе ?  Или какая   молекулярная  машина   делает  из  одного  комплекса   пептидов    два  точно  таких  же  ? Ну  или  почти
 таких  же   для  отбора ?
Матричные   синтез   для  пептидов  -  это как ?
Название: От: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: Питер от июля 21, 2022, 12:16:32
Цитата: Alexeyy от июля 21, 2022, 10:48:26
Цитата: Питер от июля 21, 2022, 10:43:01Вот    есть  пептиды,  РНК  и  белки  -  но  они  между  собой не  имеют  никаких  пересечений.
В смысле?

Все    просто.  Есть  ген    Х  в  виде   ДНК.  Ему  соответствует   РНК  и  белок.
А  если  вы   возьмете случайным   образом    ген  Х,  РНК Y   и  белок  Z    то  они  скорее  всего  не  будут  иметь  между  собой  очень  низкий  процент   гомологии.
Название: От: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: АrefievPV от июля 21, 2022, 12:24:02
Цитата: Питер от июля 21, 2022, 10:43:01Идея    параллельного  развития    трех    первичных   источников  -  РНК,ДНК,  белок  - мне  кажется бесперспективной.
Речь не об источниках, речь о компонентах (о составляющих) белково-нуклеиновой жизни. Причём, не равноценных составляющих – например, РНК самостоятельно может обойтись и без двух других.
 
Насчёт бесперспективности.
 
Гораздо более вероятно развитие сразу всего, что может появиться (синтезироваться) в тогдашних условиях, а не только всего лишь чего-то одного.
 
Типа, если вот мы тут выбрали РНК, то значит, только она и будет развиваться. С какого перепугу химии нас слушаться? Развиваться будет всё, что может (то есть, не запрещают законы химии и физики – развивайся).
 
Цитата: Питер от июля 21, 2022, 10:43:01Вот    есть  пептиды,  РНК  и  белки   -  но   они  между  собой не  имеют  никаких  пересечений.  И  почему    вдруг  они  будут   взаимно   конгруэнтными ?
Эта «конгруэнтность», как раз и будет формироваться, если на каком-то этапе возникнет «пересечение» «ареалов обитания».
 
Например, «слились» (образовалась общая граница, возник переток и пр.) периодически пересыхающий водоём (периодически наполняемый дождями) и водоём гидрогеологической системы (некий пруд, наполняемый жидкими выбросами из фумаролы или грязевого вулканчика).
 
И то, что ранее в них (водоёмах) эволюционировало по отдельности (условно: в одном водоём пептиды, в другом водоёме нуклеиновые кислоты), теперь вынуждено эволюционировать совместно. Локация, где формируется «конгруэнтность» – протока между ними, общая граница между ними и/или какой-то промежуточный водоёмчик между ними. Соответственно, накапливаться в такой локальности будут «конгруэнтные» продукты синтеза: с одной стороны – устойчивые к присутствию пептидов молекулы нуклеиновых кислот, с другой стороны – устойчивые к присутствию нуклеиновых кислот молекулы пептидов.
 
То есть, «конгруэнтность» будет формироваться принудительно внешними условиями. Мало того, накопление таких устойчивых вариантов к присутствию других категорий молекул увеличивает вероятность возникновения «симбионтов – неких связанных молекулярных комплексов, неких «переплетающихся» контуров циклов химических реакций.
 
Цитата: Питер от июля 21, 2022, 10:43:01Я     пока   совсем  не  касаюсь  условий      их   возникновения   -    я  все  равно   задаю  все  тот   же   вопрос.  КТО  БЫЛ  ПЕРВЫМ  ?
Для    меня   это  однозначно   РНК.
Это для РНК-жизни первым будет РНК. Но это именно РНК-жизнь и к нашей (условно «трёхкомпонентной») жизни она имеет весьма опосредованное отношение.
 
А вот первыми (именно по времени возникновения на поверхности планеты) могли начать эволюционировать и пептиды. Причём эволюционировать не как полноценные живые системы, а как зависимые системы (так сказать, «ведомые» средой: изменяется среда существования – изменяется и состав пептидов).
 
Само собой, у каждой категории есть свой эволюционный потолок, выше которого система, основанная только на одной этой категории не поднимется. Так понимаю, у РНК потолок наиболее высокий – она вполне может самостоятельно проэволюционировать до РНК-жизни.
 
И условия возникновения важны для понимания того, что все три компонента могли развиваться параллельно и относительно независимо друг от друга. Ведь условия на планете могут быть разными в зависимости от географического положения, от наличия геотермальных источников, от состава пород и т.д. и т.п.
 
Например (фантастический сценарий):
 
В каких-то условиях стали хорошо синтезироваться пептиды. Пусть это будет периодически пересыхающий дождевой водоём и также периодически переливающийся.
 
В других условиях стали хорошо синтезироваться нуклеиновые кислоты. Пусть это будет  водоём гидрогеологической системы (некий пруд, наполняемый жидкими выбросами из фумаролы или грязевого вулканчика).
 
Возникает вопрос – а кто из них первым образовался на поверхности планеты? Вполне может оказаться, что первыми оказались пептиды. Например, аминокислоты и даже коротенькие пептиды частью «занесло» из космоса, а частью уже по месту начали синтезироваться. А вот нуклеиновым кислотам пришлось дождаться сначала геологических преобразований (должны сформироваться гидротермальные источники), а потом уж пошёл их синтез.
 
Но вопрос первичности здесь не главный – в одних местах/локациях пептиды синтезируются, в других – нуклеиновые кислоты. Они друг другу не мешают.

Вопрос первичности следует переформулировать как «где они в первый раз «пересеклись»?» или как «в какое из мест/локаций «пересечения» сформировалась хорошая «конгруэнтность»?».
 
Главным вопросом будет «какой из компонентов будет «заводилой», на которого всё завяжется?». Я считаю, что это будет РНК. Гиперциклы химических реакций с РНК стали основой для именно белково-нуклеиновой формы жизни. Типа, они стали программным «движком», если переходить на компьютерные аналогии.
 
В итоге имеем:
 
Пептиды проэволюционировали в подходящих для них условиях до своего эволюционного потолка (до максимальной устойчивости).
 
Молекулы РНК проэволюционировали в подходящих для них условиях до РНК-жизни.
 
Молекулы ДНК проэволюционировали в подходящих для них условиях до наиболее устойчивых.
 
РНК-жизнь в подходящих условиях сформировалась и достигла своего эволюционного потолка.
 
В отдельных локациях РНК и пептиды были вынуждены эволюционировать совместно, что привело к формированию «конгруэнтности» молекулярных составов и, возможно, к формированию РНК-пептидной форме жизни.
 
В других локациях ДНК и пептиды были вынуждены эволюционировать совместно, что привело к формированию «конгруэнтности» молекулярных составов. Эволюционный потолок был достигнут при формировании наиболее устойчивых составов.
 
В третьих локациях РНК, ДНК и пептиды изначально были вынуждены эволюционировать совместно.
 
В четвёртых локациях «конгруэнтные» наборы РНК и пептидов «пересеклись» с ДНК и были вынуждены эволюционировать совместно.
 
В пятых локациях РНК-пептидная форма жизни «пересеклась» с ДНК и была вынуждена эволюционировать совместно с ней.
 
В шестых локациях...
 
И так далее.
 
В каких-то локациях возникли вполне удачные гибриды из РНК-пептидной формы жизни и ДНК, в каких-то локациях – гибриды из «конгруэнтных» РНК, ДНК и пептидов. Вот здесь уже можно говорить о первичности возникновения нашей формы жизни, но не о РНК-жизни. Наша жизнь – это гибрид.
 
То есть, к современной форме жизни, включающей в себя и РНК, и ДНК, и белки, эволюция могла прийти разными путями.
 
На мой взгляд, и РНК-жизнь, и РНК-пептидная форма жизни оказались тупиковыми эволюционными ветвями. Про отдельные пептидные и ДНК-варианты я не говорю – они, скорее всего, даже свой «движок» не сформировали.
Название: От: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: Alexeyy от июля 21, 2022, 12:41:23
Цитата: Питер от июля 21, 2022, 12:14:50"Вообще-то"   и "вроде" -  это  как  ?  Какой   комплекс  пептидов   это  умеет сам  по себе ?  Или какая   молекулярная  машина   делает  из  одного  комплекса   пептидов    два  точно  таких  же  ? Ну  или  почти
 таких  же   для  отбора ?
Комплекс пептидов, который просто собрали экспериментаторы. Они его аминокислотами "кормили" и он - рос. Подробности - не помни и, может и не знал :) Перемешивали, может быть. Комнатная температура, вроде, водный раствор. Честно говоря, лень лезть за ссылками. Несколько раз приводил, но Вы тогда, вроде, не отреагировали. Но если всё-таки хотите - поищу...

Цитата: Питер от июля 21, 2022, 12:14:50Матричные   синтез   для  пептидов  -  это как ?
В прямом смысле: пептид, оказывается, может синтезироваться (из аминокислот) на кристалле пептидного комплекса (там какое-то другое слово используется вместо пептидного комплекса ...) как на матрице. Т.е. точно так же, как белки могут синтезироваться на нуклеиновых кислотах как на матрице - так и пептиды могут синтезироваться на этих кристаллах из смеси пептидов.
Цитата: Питер от июля 21, 2022, 12:16:32
Цитата: Alexeyy от июля 21, 2022, 10:48:26
Цитата: Питер от июля 21, 2022, 10:43:01Вот    есть  пептиды,  РНК  и  белки  -  но  они  между  собой не  имеют  никаких  пересечений.
В смысле?

Все    просто.  Есть  ген    Х  в  виде   ДНК.  Ему  соответствует   РНК  и  белок.
А  если  вы   возьмете случайным   образом    ген  Х,  РНК Y   и  белок  Z    то  они  скорее  всего  не  будут  иметь  между  собой  очень  низкий  процент   гомологии.
Так ... и что из этого следует?
Название: От: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: Питер от июля 21, 2022, 14:00:51
Алексей,  то  ли  было,  то  ли  нет. Детали в  студию.

Арефьев,  вот у  вас  отдельно  эволюционируют  пептиды,  РНК  и  белки.  Возникли  три  множества.   Но  при  этом   структура  РНК  не соответствует  структуре  ДНК.   И  не соответствует  структуре   ДНК.  Ну  и  пептид с   ДНК  тоже  разные.
Цитата   из вас.
Главным вопросом будет «какой из компонентов будет «заводилой», на которого всё завяжется?». Я считаю, что это будет РНК. Гиперциклы химических реакций с РНК стали основой для именно белково-нуклеиновой формы жизни. Типа, они стали программным «движком», если переходить на компьютерные аналогии.

Браво  -  что  и  требовалось  доказать.  Сначала   была   РНК.  Которая  научилась  реплицироваться.    Которая   начала   сорбировать  на  себе  аминокислоты  и  формировать     пептиды  со  структурой,  соответствующей   структуре  РНК.    И  далее     возникают       пептиды  с  каталитической  активностью  в  отношении  фософдиэфирной  связи  между  нуклеотидами   и в  отношении   формирования  пептидной  связи между  аминокислотами.
Коэволюция    РНК  и  пептида.   Но  при ведущей  роли  РНК ...
 
Название: От: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: Alexeyy от июля 21, 2022, 14:32:30
Цитата: Питер от июля 21, 2022, 14:00:51вот у  вас  отдельно  эволюционируют  пептиды,  РНК  и  белки.  Возникли  три  множества.   Но  при  этом   структура  РНК  не соответствует  структуре  ДНК.   И  не соответствует  структуре   ДНК.  Ну  и  пептид с   ДНК  тоже  разные.
Цитата   из вас.
Главным вопросом будет «какой из компонентов будет «заводилой», на которого всё завяжется?». Я считаю, что это будет РНК. Гиперциклы химических реакций с РНК стали основой для именно белково-нуклеиновой формы жизни. Типа, они стали программным «движком», если переходить на компьютерные аналогии.
А, под тем кто первый Вы просто имели в виду кто главный, но не исключаете того, что коэволюция шла изначально от момента возникновения жизни?
  П.С.: ссылки посмотрю.
Название: От: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: Alexeyy от июля 21, 2022, 14:44:44
Цитата: Питер от июля 21, 2022, 14:00:51Алексей,  то  ли  было,  то  ли  нет. Детали в  студию.
Нашёл: https://paleoforum.ru/index.php?topic=11708.0 Там третьим с начала темы постом Вы задавали мне, вроде, (примерно) тот же вопрос (о матричном синтезе пептидов на комплексе пептидов ... его авторы называют амилоидом). И там, в моём ответе, приведены цитаты из статей (гугловский перевод), где говорится об этом матричном синтезе. Там можно и продолжить ...
Название: От: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: АrefievPV от июля 21, 2022, 15:25:35
Цитата: Питер от июля 21, 2022, 14:00:51Арефьев,  вот у  вас  отдельно  эволюционируют  пептиды,  РНК  и  белки.  Возникли  три  множества.   Но  при  этом   структура  РНК  не соответствует  структуре  ДНК.   И  не соответствует  структуре   ДНК.  Ну  и  пептид с   ДНК  тоже  разные.
В каких-то местах отдельно эволюционируют, в каких-то идёт коэволюция.
 
Про то, как формируется соответствие («конгруэнтность») я написал:
Цитата: АrefievPV от июля 21, 2022, 12:24:02Эта «конгруэнтность», как раз и будет формироваться, если на каком-то этапе возникнет «пересечение» «ареалов обитания».
 
Например, «слились» (образовалась общая граница, возник переток и пр.) периодически пересыхающий водоём (периодически наполняемый дождями) и водоём гидрогеологической системы (некий пруд, наполняемый жидкими выбросами из фумаролы или грязевого вулканчика).
 
И то, что ранее в них (водоёмах) эволюционировало по отдельности (условно: в одном водоём пептиды, в другом водоёме нуклеиновые кислоты), теперь вынуждено эволюционировать совместно. Локация, где формируется «конгруэнтность» – протока между ними, общая граница между ними и/или какой-то промежуточный водоёмчик между ними. Соответственно, накапливаться в такой локальности будут «конгруэнтные» продукты синтеза: с одной стороны – устойчивые к присутствию пептидов молекулы нуклеиновых кислот, с другой стороны – устойчивые к присутствию нуклеиновых кислот молекулы пептидов.
 
То есть, «конгруэнтность» будет формироваться принудительно внешними условиями. Мало того, накопление таких устойчивых вариантов к присутствию других категорий молекул увеличивает вероятность возникновения «симбионтов – неких связанных молекулярных комплексов, неких «переплетающихся» контуров циклов химических реакций.
В процессе коэволюции и формируется соответствие («конгруэнтность»).
 
Цитата: Питер от июля 21, 2022, 14:00:51Цитата   из вас.
Главным вопросом будет «какой из компонентов будет «заводилой», на которого всё завяжется?». Я считаю, что это будет РНК. Гиперциклы химических реакций с РНК стали основой для именно белково-нуклеиновой формы жизни. Типа, они стали программным «движком», если переходить на компьютерные аналогии.
Вы начали подменять смысл своего поста и моего ответа. Здесь я говорю о главном, а не о первичном.
 
Теоретически «движок» мог быть и у пептидов (эдакая репликация в виде амилоидноподобных структур), но тут наверное необходимы полисахариды, и таковой «движок» очень уж специфичный и глючный. Потому я и отдаю предпочтение «движку» РНК – он более универсальный, неприхотливый и позволяет встраивать дополнительные молекулярные комплексы в гиперциклы.
 
Цитата: Питер от июля 21, 2022, 14:00:51Браво  -  что  и  требовалось  доказать.
Нет не браво. Вы исказили смысл (вообще вывернули куда-то набок).
 
Питер, перечитайте свой пост и посмотрите, что именно вы спрашиваете и в чём именно вы сомневаетесь:
Цитата: Питер от июля 21, 2022, 10:43:01Идея    параллельного  развития    трех    первичных   источников  -  РНК,ДНК,  белок  - мне  кажется бесперспективной.  Вот    есть  пептиды,  РНК  и  белки   -  но   они  между  собой не  имеют  никаких  пересечений.  И  почему    вдруг  они  будут   взаимно   конгруэнтными ?
Я     пока   совсем  не  касаюсь  условий      их   возникновения   -    я  все  равно   задаю  все  тот   же   вопрос.  КТО  БЫЛ  ПЕРВЫМ  ?
Для    меня   это  однозначно   РНК.
Вдумайтесь – вы отрицаете идею параллельного развития и задаёте вопрос, кто возник первым.
 
Я вам отвечаю, что параллельно никто никому не мешает развиваться и что первым могли возникнуть пептиды.
 
Представьте, что в каких-то лужах пептиды уже начали эволюционировать, а нуклеиновых кислот ещё не было. Причём, возникли пептиды частично ещё в космосе, а частично после попадания на поверхность планеты аминокислот и космоса уже в земных условиях. То есть, пептиды возникли первыми. Хоть они и не главные, но возникли первыми.
 
Затем возникли нуклеиновые кислоты и тоже начали эволюционировать. Но возникли-то они вторыми.
 
Цитата: Питер от июля 21, 2022, 14:00:51Сначала   была   РНК.
Сначала возникла РНК. Но она могла возникнуть на нашей планете и после возникновения пептидов.
 
Цитата: Питер от июля 21, 2022, 14:00:51Которая  научилась  реплицироваться.
Скорее всего, так и было.
 
Цитата: Питер от июля 21, 2022, 14:00:51Которая   начала   сорбировать  на  себе  аминокислоты  и  формировать     пептиды  со  структурой,  соответствующей   структуре  РНК.   
 
И  далее     возникают       пептиды  с  каталитической  активностью  в  отношении  фософдиэфирной  связи  между  нуклеотидами   и в  отношении   формирования  пептидной  связи между  аминокислотами.
Вполне возможный вариант.
 
Цитата: Питер от июля 21, 2022, 14:00:51Коэволюция    РНК  и  пептида.   Но  при ведущей  роли  РНК ...
Вот именно: при ведущей роли РНК, а не то, что РНК возникла первой.
 
Там, может быть, пептиды бестолково эволюционировали уже несколько десятков миллионов лет, прежде чем возникла РНК.
 
И тут появляется два (эволюционная развилка, для которой я не определился с наиболее вероятным путём развития) основных варианта:
 
– сначала РНК доэволюционировала до репликации, а потом «ареалы обитания» РНК и пептидов «пересеклись» и пошла коэволюция (то бишь, формирование «конгруэнтности») РНК с пептидами;
– или сначала «ареалы обитания» РНК и пептидов «пересеклись» и пошла коэволюция, и только потом параллельно с повышением «конгруэнтности» РНК доэволюционировала до репликации.
 
Пока из этих вариантов выбрать какой-то один у меня не получается.
Название: От: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: Alexeyy от июля 21, 2022, 16:16:28
Цитата: АrefievPV от июля 21, 2022, 15:25:35И тут появляется два (эволюционная развилка, для которой я не определился с наиболее вероятным путём развития) основных варианта:
 
– сначала РНК доэволюционировала до репликации, а потом «ареалы обитания» РНК и пептидов «пересеклись» и пошла коэволюция (то бишь, формирование «конгруэнтности») РНК с пептидами;
– или сначала «ареалы обитания» РНК и пептидов «пересеклись» и пошла коэволюция, и только потом параллельно с повышением «конгруэнтности» РНК доэволюционировала до репликации.
 
Пока из этих вариантов выбрать какой-то один у меня не получается.

Пожалуй т.к. это касается уже дальнейшей эволюции после возникновения жизни, то перейду с ответом в https://paleoforum.ru/index.php?topic=11708.0
Название: От: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: Питер от июля 21, 2022, 18:01:21
Цитата: Alexeyy от июля 21, 2022, 14:44:44
Цитата: Питер от июля 21, 2022, 14:00:51Алексей,  то  ли  было,  то  ли  нет. Детали в  студию.
Нашёл: https://paleoforum.ru/index.php?topic=11708.0 Там третьим с начала темы постом Вы задавали мне, вроде, (примерно) тот же вопрос (о матричном синтезе пептидов на комплексе пептидов ... его авторы называют амилоидом). И там, в моём ответе, приведены цитаты из статей (гугловский перевод), где говорится об этом матричном синтезе. Там можно и продолжить ...

Вы  об  этом  ?
Maury C. P. J. 2018. Amyloid and the origin of life: self-replicating catalytic amyloids as pre-biotic informational and protometabolic entities. Cell Mol Life Sci., 75(9): 1499–1507, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5897472/ .

Но  там  ничего  нет  кроме  гипотезы.  Никак   не  показано,  что это  некая   реальность.  С  рибозимами есть  хоть что-то  экспериментальное,  а  тут   - ничего

Название: От: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: Питер от июля 21, 2022, 18:08:14
Ну    опять   по  тому  же  месту.   ОК,   в  луже  плавают  пептиды.  Миллионы  лет.  Они  реплицируются   или  нет  ?
В   луже   плавают  короткие   РНКовые  олиги.  И   тоже    миллионы  лет.  ОНи    реплицируются  или  нет  ?
И  кто  из  них        может в  принципе   реплицироваться  ?

Есть  простая  логика   -  есть     РНКовый   олиг.     Который   может       давать  дуплекс  с  выступающими  концами.  Которые   могут   достраиваться  за  счет   комплементарности  и  наличия    хотя  бы   минимальной полимеразной   активности.
Этот    дуплекс   может в  том  числе  сорбировать  на  себе  свободные  аминокислоты.   И  тем  самым   смздавать  уже  пару   РНК-пептид.  В  этой  паре  может   возникнуть   каталитическая  активность  уже    у  пептида  ...    И   так   далее.
А   ДНК   где-то  совсем    не  в  деле.

В  общем  ваш   первый   вариант, – сначала РНК доэволюционировала до репликации, а потом «ареалы обитания» РНК и пептидов «пересеклись» и пошла коэволюция (то бишь, формирование «конгруэнтности») РНК с пептидами;
Название: От: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: василий андреевич от июля 21, 2022, 18:49:42
Цитата: Питер от июля 21, 2022, 10:45:48Пептиды  не    умеют самореплицироваться.  И  самый  СУПЕР  пептид  не  может  размножиться. Будет  набор  уникальных  пептидов  -    которые  поживут  немного  и  помрут.
О,Кей. Как раз то, что надо.
  Как говорится, "без завещания можно жить по-джентльменски, но джентльмен не может без завещания умереть". Или, что проку в репликаторе, если он умрет, не завещав белкам-пептидам множиться?
  Имеем, допустим, комплекс из трех пептидов со сроками жизни, кратными один-два-четыре, т.е. как цельночисленные отношения. Это означает, что распад коротко-живущего пептида как раз поспеет своими аминами для возрождения долго-живущего. Но главное, что соседний комплекс со своим набором цельночисленных компонентов, окажется конкурирующим за амины с первым.
  По сути, заменителем ДНК-РНК является среда, сама амины не порождающая, но обеспечивающая их сортировку и доставку. Как низка не была бы вероятность появления полипептидного клона, но она будет неизбежно расти за счет "вымирания" комплексов, не вписывающихся своим резонирующим контуром в средовой волновой пакет.
  Не может РНК "доэволюционировать" до чего бы то ни было. Но может занять ту средовую стезю, где наивысшая динамика потока из короткоживущего пептида к долгоживущему. И уже эта РНК будет жировать на отборе пептидов, не пригодных для избранного ей пептидного комплекса. Вымрет комплекс, вымрет и РНК.
  А где место ДНК? В живой клетке ДНК не дотянет до репликации, если не будет провоцировать РНК снимать с нее информацию (черт побери этот ужасный термин). Снимается не информация, а раздражение, которое сконцентрировалось, как волновой пакет, на ее выпяченном фрагменте. Т.е. ДНК в нашем суждении заменяет среду, но если волновой пакет среды - вещь весьма неопределенная, то ее эрзац в образе даже "плохой" ДНК - определенность.
  Конгруэнтность? Дык эта шлындра тут, как тут. Но лучше "согласованность", идущая от пептидного комплекса, как потребителя того избыточного, что позволяет не разрушаться от собственной значимости ДНК, в окружении льстецов РНК.

  Химию, разумеется не соображаю, но худо-бедно физику подвести смогу.
Название: От: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: Alexeyy от июля 21, 2022, 19:39:39
Примерно, так (там ответил, коль там и начало было): https://paleoforum.ru/index.php/topic,11708.0.html
Название: От: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: Alexeyy от июля 23, 2022, 11:23:55
Цитата: Питер от июля 21, 2022, 18:01:21
Цитата: Alexeyy от июля 21, 2022, 14:44:44
Цитата: Питер от июля 21, 2022, 14:00:51Алексей,  то  ли  было,  то  ли  нет. Детали в  студию.
Нашёл: https://paleoforum.ru/index.php?topic=11708.0 Там третьим с начала темы постом Вы задавали мне, вроде, (примерно) тот же вопрос (о матричном синтезе пептидов на комплексе пептидов ... его авторы называют амилоидом). И там, в моём ответе, приведены цитаты из статей (гугловский перевод), где говорится об этом матричном синтезе. Там можно и продолжить ...
Вы  об  этом  ?
Maury C. P. J. 2018. Amyloid and the origin of life: self-replicating catalytic amyloids as pre-biotic informational and protometabolic entities. Cell Mol Life Sci., 75(9): 1499–1507, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5897472/ .
Но  там  ничего  нет  кроме  гипотезы.  Никак   не  показано,  что это  некая   реальность.  С  рибозимами есть  хоть что-то  экспериментальное,  а  тут   - ничего
Нет. Почитайте внимательнее: там - не гипотезы (по поводу разрастания и матричного синтеза у пептидных комплексов). Там, оказывается - обзор экспериментальных работ и приводятся ссылки на непосредственные экспериментальные работы. В продолжение той темы привёл соответствующие цитаты об этом (и непосредственные ссылки на экспериментальные работы; ссылка - в предыдущем посте).
Название: От: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: василий андреевич от июля 24, 2022, 09:49:55
  Репликация - раздвоение, размножение, клонирование с минимальным отклонением, а не бифуркация или дивергенция. Белки и пр.пептиды не "раздваиваются", но воссоздаются "сторонней матрицей", которая, собственно говоря, репликатором и является.
  У нас нет пока матрицы.

ПП. Не понял. Куда-то в нетуда получилось
Название: От: Подборка гипотез возникновения жизни
Отправлено: Panteley_nt от августа 24, 2022, 19:12:39
Илья Пригожин:

Статистическая вероятность того, что органические структуры и наиболее точно согласованные реакции, которые характеризуют живые организмы, будут генерироваться случайно, равна нулю.