Раньше, когда я работал в Институте Иммунологии (Микробиопром), я имел дело с банками данных нуклеотидных последовательностей и белков. В настоящее время, я с ними не работаю, но возникает потребность.
Кто подскажет, какие в настоящее время банки данных пользуются авторитетом и почему?
Также хотелось бы их приобрести для работы. Мои уже страшно устарели.
Также хочется узнать информацию относительно программ, которые работают с банками данных.
Кто в теме, отзовитесь.
Любучаны ?
А так - NCBI.
Цитата: Питер от апреля 22, 2010, 17:51:51
Любучаны ?
А так - NCBI.
Они самые.
Вы с базой данных National Center for Biotechnology Information работаете?
И в каком состоянии находятся наши отечественные банки?
Я так понимаю, что в "полном дерме"?
Отечественных банков нет и никогда не было по сути.
Работаем с EMBL, SwissProt, GDB и кучей других БД. Все зависит от конкретной задачи.
Есть еще Entrez - очень удобный вариант с выходом на кучу БД.
С "GenBank"-ом работаете?
Я с ним работал. Честно говоря, я уже многое подзабыл. Хочется подучиться.
Вы можете в этом помочь?
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=391573
А еще в EMBL/EBI переодически проходят интерактивные курсы провышения квалификации по биоинформатике.
Цитата: Vladimirkox от апреля 24, 2010, 20:57:38
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=391573
А еще в EMBL/EBI переодически проходят интерактивные курсы провышения квалификации по биоинформатике.
Спасибо.
Интерактивные курсы где находятся?
Есть ли что-нибудь на русском?
В Европейской Молекулярно-Биологической лаборатории и в Европейском Биоинформационном институте. На русском - слабо, ИМХО проще английский выучить, чем кое-кого убедить работать.
Вы имеете ввиду это: http://www.embl.org/
http://www.ebi.ac.uk/embl/xml/
А где страница курсов обучения?
Угу.
http://www.ebi.ac.uk/training/
Спасибо.
В своё время, при работе с банками данных, мы могли в основном только посмотреть гомологию по аминокислотной последовательности белков. Да ещё транслировать белки из банков данных нуклеотидных последовательностей.
Что сейчас позволяют делать банки данных?
В чём принципиальное отличие между банками данных разных фирм?
ЦитироватьЧто сейчас позволяют делать банки данных?
Моделировать метаболизм как систему диф.уров - Системная биология.
Структурная биология - трехмерная структура и самооргаризация Ж.М.
Филогенез белков, данных-то - накопилось.
С олигосахаридами - ничего не понятно, но - данные накапливаются.
ЦитироватьВ чём принципиальное отличие между банками данных разных фирм?
Особых отличий - нет, так - различный пользовательский интерфейс и область интересов + вероятность ;) независимости верификации данных.
Цитата: Vladimirkox от апреля 28, 2010, 06:54:33
ЦитироватьЧто сейчас позволяют делать банки данных?
Моделировать метаболизм как систему диф.уров - Системная биология.
Структурная биология - трехмерная структура и самооргаризация Ж.М.
Филогенез белков, данных-то - накопилось.
Мы в своё время пытались моделировать вторичную структуру белков. Но это всё "вилами на воде". Для реализации работающей модели, необходимо знать принципы структурирования.
Во многом структура определяется рибосомой, а также иными белками, которые могут влиять на процесс трансляции белков.
Я не думаю, что что-то принципиально изменилось. И это скорей всего те-же "вилы на воде".
Что реального достигнуто в этой области?
Моделирование метаболизма - задача не менее сложная. Для её реализации необходима принципиально иная структура банка данных. Скорей всего это уже будет не банк данных, а база знаний.
Вы в состоянии что-нибудь прояснить по этому вопросу?
Я думаю, что для построения работающей модели, необходимо начинать её строить с самого начала (с нуля). С самого простого. Например с олигосахаридов (я думаю что они были предшественниками нуклеотидов и белков). Банк данных должен основываться на базе знаний - жизненных интересах живых объектов и принципах функциональной и структурной симметрий. Тогда многие белые пятна сразу исчезнут хотя бы в первом приближении.
А строить сначала пол крыши, затем под крышу подводить фундамент, поставить окна, а потом строить стены - это всё мартышкин труд. Вряд ли что у них толкового получится. Так, пыль в глаза и отсутствие возможности что-либо прогнозировать ...
ЦитироватьВо многом структура определяется рибосомой, а также иными белками, которые могут влиять на процесс трансляции белков.
Я не думаю, что что-то принципиально изменилось. И это скорей всего те-же "вилы на воде".
Что реального достигнуто в этой области?
Дока в этой области -
Nastia c Molbiol.ru ИМХО, на нейросаенс.ру - этим занимается
tac. По мне - эта задача посложнее "движения трех небесных тел", потому как там - диполи в кластеры слипающиеся, а по сему - боюсь сунутся.
ЦитироватьМоделирование метаболизма - задача не менее сложная. Для её реализации необходима принципиально иная структура банка данных. Скорей всего это уже будет не банк данных, а база знаний.
Вы в состоянии что-нибудь прояснить по этому вопросу?
Ну, для времени пока ПД генерируются - нормально (до генетических сетей копать - нет необходимости). Нормальная среда програмирования - DBSolve, BioUML. Международный стандарт SBML, в ЕМБЛ - есть страничка этому посвященная. А база знаний - накапливается в виде курируемых и некурируемых мат.моделей, Сильков занимался проектом клетка ин силико.
Что касается принципиально иной структуры банка данных - посмотрите BRENDA (давал же ссылку), но
принципиально нового - не заметил, хотя для системных биологов - интерфейс удобный ИМХО.
ЦитироватьС самого простого. Например с олигосахаридов
??? А Вы их можете их нараз синквенстнуть как ДНК? А что-то типа доменной организации, как у белка - выявили ??? ?
Поинтересуйтесь сколько мономерных остатков сахаров на натриевом канале, и посчитайте информационную емкость. У меня получается - что информационная емкость олигосахаридных остатков сравнима с ДНК.
Вон там вон была дискуссия
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=348388&st=0
Пришлось потом обьяснять ВОЛКОВУ, что его последний факт работает не -контр, а -про. Т.е. эксперименты с нейроминидазой по кардиомиоцитам указывают на олигосахариды как на возможные "возрастные маркеры" клеток. Но это было в другой теме, когда ИНГРИД из Кельнского института нейрофизиологии где-то альтернативное гликозилирование нашла ::).
Цитата: Vladimirkox от апреля 28, 2010, 21:31:34
Вон там вон была дискуссия
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=348388&st=0
Спасибо за ссылку на интересный форум.
Есть в ине-те ещё что-нибудь подобное?
ЦитироватьЕсть в ине-те ещё что-нибудь подобное?
Вряд-ли ;).
Но посмотрите http://forum.neuroscience.ru/showthread.php?t=4345&page=5 там есть ссылки и dxdy.ru.
Можно или нет, анализируя аминокислотную последовательность белка, определить его биологически активный центр?
ЦитироватьМожно или нет, анализируя аминокислотную последовательность белка, определить его биологически активный центр?
С такими вопросами, лучше - к структурным биологам обращаться, но они, даже имея результаты РСА, белок -белковые взаимодействия предсказать - не могут. Т.е. если таковое имеется - покажут, как оно происходит, а вот будет ли оно - не предскажут ( ну, разве - иногда).
Цитата: Vladimirkox от апреля 30, 2010, 06:56:02
ЦитироватьМожно или нет, анализируя аминокислотную последовательность белка, определить его биологически активный центр?
С такими вопросами, лучше - к структурным биологам обращаться, но они, даже имея результаты РСА, белок -белковые взаимодействия предсказать - не могут. Т.е. если таковое имеется - покажут, как оно происходит, а вот будет ли оно - не предскажут ( ну, разве - иногда).
В настоящее время на молекулярном уровне известны только два вида структурной симметрии: Принцип построения ДНК в виде двойной цепочки и триплетное кодирование аминокислот.
Я думаю что активный центр белков (пептидов) можно определить по его аминокислотной последовательности без знания его структуры. Для этого необходимо понять принцип организации его симметрии.
Т.е. белок биологически активен (живой), если он обладает симметрией. Замена его аминокислот на те, которые не влияют на его симметрию, также не влияют на его активность. И наоборот.
По этому поводу есть какие-нибудь соображения?
Цитироватьбелок биологически активен (живой), если он обладает симметрией.
Тут, я перестал Вас понимать >:(. Вторичка - вторичкой, но - где симметрия у белков?
Вот - мультики (демонстрационная модель, а люди - уже над иммитационными трудятся) интересные про ферменты и лимфоциты
http://multimedia.mcb.harvard.edu/media.html
Цитироватьактивный центр белков (пептидов)
Это Вы про ферментативный центр? Дык, он из нескольких петель формируется, а на другой стороне глобулы - может образоваться нечто другое, с биологической-то активностью.
Классные анимации.
Я такого ещё не видел.
Насчёт симметрии. Конечно на уровне белков вряд ли мы увидим что-либо типа билатеральной симметрии (и я и Вы и все другие животные именно ей обладаем).
Хотя, может быть, если модель рассматривать в многомерном пространстве, возможно симметрия будет более очевидна (современная физика склонна считать, что окружающее нас пространство не 3-х мерное, а 10-ти мерное).
Я не знаю, как увидеть симметрию на уровне белков, но я уверен в том, что она должна быть. Ибо всё живое симметрично.
То, что активные центры разнесены в пространстве, так и должно быть.
Ибо у всякого живого (белок в том числе) что-то в него поступает и что-то из него выходит. Например в рибосому поступают пептиды, а выходит полипептид. Или например, белок что-то схватил и сразу что-то отпустил (вошло - вышло).
Жизненные интересы на входе и на выходе. Я об этом пытался рассуждать здесь: http://www.paleo.ru/forum/index.php/topic,2799.0.html
Цитата: Алекс_63 от апреля 30, 2010, 21:57:41
Классные анимации.
Я такого ещё не видел.
Насчёт симметрии. Конечно на уровне белков вряд ли мы увидим что-либо типа билатеральной симметрии (и я и Вы и все другие животные именно ей обладаем).
...
Я не знаю, как увидеть симметрию на уровне белков, но я уверен в том, что она должна быть. Ибо всё живое симметрично.
хм, тогда покажите в чём симметрична амёба, или дерево. ну у дерева есть худо-бедно...
некоторые организмы симметричны как мы потому что так удобнее жить, но белкам подобные резоны совершенно чужды.
однако как из этого:
Цитата: Алекс_63 от апреля 30, 2010, 21:57:41То, что активные центры разнесены в пространстве, так и должно быть.
следует это:
Цитата: Алекс_63 от апреля 30, 2010, 21:57:41Ибо у всякого живого (белок в том числе) что-то в него поступает и что-то из него выходит. Например в рибосому поступают пептиды, а выходит полипептид. Или например, белок что-то схватил и сразу что-то отпустил (вошло - вышло).
совершенно не ясно. выходить и входить можно и через одно место ;)
Цитата: DNAoidea от апреля 30, 2010, 22:52:31
совершенно не ясно. выходить и входить можно и через одно место
Попробуйте питаться и гадить одним и тем же местом ...
Плиз, Приведите пример!
Скажу больше, ось симметрии всегда проходит между точками входа и выхода. Т.е между оральным и анальным отверстиями.
Цитата: DNAoidea от апреля 30, 2010, 22:52:31
некоторые организмы симметричны как мы потому что так удобнее жить, но белкам подобные резоны совершенно чужды.
А вот и искомая форма симметрии: Второе правило Чаргаффа: "В одной цепочке ДНК находится примерно равное количество комплементарных олигонуклеотидов небольшой длины. Отклонения около 1%".
Это здесь: http://www.paleo.ru/forum/index.php/topic,1614.0.html
А Вы говорите: "у белков отсутствует симметрия".
Ещё как присутствует! Даже делать поправки на эффекты квантовой физики нет необходимости! Всё элементарно просто ...
ЦитироватьПопробуйте питаться и гадить одним и тем же местом ...
Кишечнополостные пробовали - плоские черви появились.
ЦитироватьВ одной цепочке ДНК находится примерно равное количество комплементарных олигонуклеотидов небольшой длины. Отклонения около 1%".
(http://img.sunhome.ru/UsersGallery/032006/20234812.jpg)
ЦитироватьА Вы говорите: "у белков отсутствует симметрия".
Ну при чем здесь белки?
ЦитироватьА Вы говорите: "у белков отсутствует симметрия".
Ну, не заметил я симметрии, периодически просматиривая третичку. Скрытая периодичность http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=185063&st=50 - сгодится?
Цитата: Vladimirkox от мая 03, 2010, 17:54:21
ЦитироватьА Вы говорите: "у белков отсутствует симметрия".
Ну, не заметил я симметрии, периодически просматиривая третичку. Скрытая периодичность http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=185063&st=50 - сгодится?
То, что визуально нам не дано видеть, это ещё не преграда.
Честно говоря, я раньше предполагал, что симметрию на уровне белков не видно потому, что мы анализируем их в статике (например с помощью электронного микроскопа смотрим на белок в виде кристалла). Это сродни тому, как если бы посмотреть на фото силуэта человека заснятого в динамике. Вряд ли на фото будет видна какая-либо симметрия.
А вот сейчас начинают прорисовываться очень любопытные её формы на уровне белков и ДНК.
Спасибо за ссылку.
Эту работу с наскоку я не понял. Надо уделить время и внимательно почитать.
В двух словах. В чём там фишка?
Цитироватьчто мы анализируем их в статике (например с помощью электронного микроскопа смотрим на белок в виде кристалла). :(
РСА - ренгеноструктурный анализ, это когда по дифракционным бликам реконструируют трехмерную структуру, белка в частности.
ЦитироватьВ двух словах. В чём там фишка?
Есть она там, или -нет, специалисты ещё не выяснили.
Но если есть, то скрытая периодичность последовательности ДНК может отражать влияние водных кластеров (параметр определяющий длину периода) на третичную структуру белка в процессе трансляции, либо - использование принцина фрактальности (для экономии места на носителе, т.е. - ДНК) при записи инфы о пространственной сруктуре(фенотипе).
У меня есть своеобразные соображения в отношении некодирующих последовательностей ДНК (интронов и т.п.), которые принято считать генетическим мусором.
Имеется огромное желание реализовать данную теорию в форме базы данных (базы знаний).
Такого рода база позволит моделировать не отдельный белок, а органеллы и организмы в целом в зависимости от времени. Т.е. вид организма в зародыше, в зрелом возрасте, в старости и т.д.
Конечно теория на грани фола, но по крайней мере, если она заработает, то Европейские базы будут в глубоком дерме ...
У кого-нибудь имеются предложения по данному вопросу?
БД по интронам давно делает Алексей Федоров, который сидит в Штатах. Есть и Intron Data Base (IDB)