paleoforum.ru

Форумы сайта «Проблемы эволюции» => Форум сайта «Проблемы эволюции» => Тема начата: Комбинатор от сентября 08, 2014, 00:49:25

Название: Происхождение эукариот
Отправлено: Комбинатор от сентября 08, 2014, 00:49:25
Написал первую статью на тему сабжа: http://www.scorcher.ru/theory_publisher/show_art.php?id=543
:)
Название: Re: Происхождение эукариот
Отправлено: ArefievPV от сентября 08, 2014, 05:38:16
Цитата: Комбинатор от сентября 08, 2014, 00:49:25
Написал первую статью на тему сабжа: http://www.scorcher.ru/theory_publisher/show_art.php?id=543
:)
Ссылка не работает почему-то(((...
Название: Re: Происхождение эукариот
Отправлено: Комбинатор от сентября 08, 2014, 11:01:43
Цитата: ArefievPV от сентября 08, 2014, 05:38:16
Ссылка не работает почему-то(((...

Похоже, этот сайт лёг буквально через 5 минут после того, как я выложил на него статью. Надеюсь, в ближайшее время его починят.
Название: Re: Происхождение эукариот
Отправлено: Комбинатор от сентября 08, 2014, 11:36:25
Сайт опять заработал.
Название: Re: Происхождение эукариот
Отправлено: Питер от сентября 08, 2014, 17:06:58
Интересно,  но   -   почему    бласт   и  какой бласт,  n или p ?   Параметры ?    В  чем   строили  дерево  и  опять  же  по какому   алгоритму ? Соседи,  парсимония,   макс.  правдоподобие ?
Название: Re: Происхождение эукариот
Отправлено: Комбинатор от сентября 08, 2014, 18:49:04
Цитата: Питер от сентября 08, 2014, 17:06:58
Интересно,  но   -   почему    бласт   и  какой бласт,  n или p ?   Параметры ?    В  чем   строили  дерево  и  опять  же  по какому   алгоритму ? Соседи,  парсимония,   макс.  правдоподобие ?

Бласт (на сайте NCBI) потому, что он легко доступен и бесплатен, то есть, эксперимент по сути может повторить любой желающий. Все параметры на нём взяты со значениями по умолчанию.  Для примера, вот страница с "заряженным" геном инициализации репликации ДНК бактерий (DnaA): http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/302202875
Жмём на "Run Blast" в верхней-правой части экрана и попадаем в меню для поиска гомологов. Если кликнуть там на "Algorithm parameters", то можно посмотреть значения параметров по умолчанию и при необходимости поменять их значения (например, увеличить максимальное число возвращаемых по запросу гомологичных генов со 100 до 1000). Потом жмём на "Blast" и запускаем поиск. Пошуршав минуту-другую сайт выдаст таблицу найденных гомологов. Теперь жмём "Distance tree of results" и в отдельном окне получаем построеное дерево с параметрами алгоритма, заданными по умолчанию, в частности "Tree method: Fast Minimum evolution", то есть, я так понимаю, это разновидность метода объединения ближайших соседей по критерию "balanced minimum evolution". Картинки приведены для режима отображения дерева "force".
Название: Re: Происхождение эукариот
Отправлено: Limfil от сентября 09, 2014, 00:37:08
ну... это очень сырое дерево. чтобы было дерево с достоверными ветвлениями (а только так можно увидить кто там где) надо его погонять бистами с бьютями всякими - и не две минуты а хоть пару часиков Beast beauty
Название: Re: Происхождение эукариот
Отправлено: Комбинатор от сентября 09, 2014, 07:11:45
Цитата: Limfil от сентября 09, 2014, 00:37:08
ну... это очень сырое дерево. чтобы было дерево с достоверными ветвлениями (а только так можно увидить кто там где) надо его погонять бистами с бьютями всякими - и не две минуты а хоть пару часиков Beast beauty

Достоверность ветвлений независимо подтверждается их совпадением с палеонтологическими данными. Время поиска гомологичных генов и построения дерева напрямую зависит от доступной вычислительной мощности. У NCBI в кластере параллельно работают сотни компьютеров, так что нет ничего удивительного, что она может выполнить за пару минут ту же работу, для которой запущенной на единственном компьютере программе нужно работать пару часов. На результаты её работы часто ссылаются в публикациях уровня Nature. Но если у Вас на компьютере уже установлено что-то типа BEAST Software, Вы вполне можете повторить эксперимент и на ней. Потом расскажете нам о результатах. :)
Название: Re: Происхождение эукариот
Отправлено: Питер от сентября 09, 2014, 09:41:31
Ну  хозяин    барин  -  но  если  честно,  то  параметры  бласта  по  умолчанию  подходят    только  для   быстрого  поиска  гомологий  и  мало    годятся  для    столь      больших   эволюционных  построений.   И  все  идут  не в  ногу и используют  тот  же   BEAST  (который, кстати,   бесплатен) -  вместо  того   чтобы  за  пару  минут  решить все  проблемы  в  бласте.
Название: Re: Происхождение эукариот
Отправлено: Комбинатор от сентября 09, 2014, 10:00:59
Цитата: Питер от сентября 09, 2014, 09:41:31
Ну  хозяин    барин  -  но  если  честно,  то  параметры  бласта  по  умолчанию  подходят    только  для   быстрого  поиска  гомологий  и  мало    годятся  для    столь      больших   эволюционных  построений.   И  все  идут  не в  ногу и используют  тот  же   BEAST  (который, кстати,   бесплатен) -  вместо  того   чтобы  за  пару  минут  решить все  проблемы  в  бласте.

Не очень понял, что значит "все идут не в ногу"? Вычисления либо распараллеливаются (и тогда результат не зависит от того, на скольких компьютерах они выполняются), либо принципиально не распараллеливаются.  Далее, если параметры по умолчанию плохо подходят "для столь больших эволюционных построений", то чем объясняется почти идеальное совпадение дерева с деревом, полученным путём анализа палеонтологических данных?
Ну, хорошо, какие значения параметров Бласта, с Вашей точки зрения,  больше подходят в данном случае? Попробую запустить с ними.
Название: Re: Происхождение эукариот
Отправлено: Питер от сентября 09, 2014, 12:16:47
Вот  смотрите  что  получается.
Берем  последовательность  полную   ДНК  полимеразы  зета  человека. И    бластуем ее  в  двух  вариантах  - в  стандартном  blastp  и в варианте  по ссылке - DELTA-BLAST.   Остальные    параметры  не  трогаем,  только  главный   алгоритм.
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE=Proteins&PROGRAM=blastp&BLAST_PROGRAMS=blastp&QUERY=AAC24357.1&LINK_LOC=protein&PAGE_TYPE=BlastSearch
В  итоге   строим      деревья  - все  как у вас  описано.
Получаем в  blastn  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/treeview/treeView.cgi?request=page&blastRID=0XBVNU9E015&queryID=gb|AAC24357.1|&entrezLim=&ex=&exl=&exh=&ns=100&screenWidth=1920&screenHeight=1080# 
в DELTA-BLAST
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/treeview/treeView.cgi?request=page&blastRID=0XCNZDDA015&queryID=gb|AAC24357.1|&entrezLim=&ex=&exl=&exh=&ns=500
Разницу  видите ?   Просто  по  числу   включенных в   дерево  видов   она  очевидна.
И  сразу  опять  же ясно,  что  это  скажем  так  мало  корректно.  Взят  белок   целиком,  без учета   наличия  консервативных  доменов.  Гораздо   адекватнее  вариант  с  редактированием  исходной  последовательности  с выделением  области каталитического  домена (что-то  типа 2500-3000 ак).  Но  пока   речь  идет  только  о  параметрах    собственно  бласта  и  их  влиянии  на  результаты. 
Название: Re: Происхождение эукариот
Отправлено: Limfil от сентября 09, 2014, 15:50:15
Цитата: Комбинатор от сентября 09, 2014, 07:11:45
Достоверность ветвлений независимо подтверждается их совпадением с палеонтологическими данными.
то есть... как палеонтологические данные тут могут что-то такое дать? кто-то нашёлся в такое время, кто-то - в другое, но кто там от кого ответвился - это уже дело именно биста и иже с ним. ветвелния вообще штука жутко капризная и нередко даёт недостоверные узлы...
Название: Re: Происхождение эукариот
Отправлено: Комбинатор от сентября 09, 2014, 17:37:22
Цитата: Питер от сентября 09, 2014, 12:16:47
Вот  смотрите  что  получается.
Берем  последовательность  полную   ДНК  полимеразы  зета  человека. И    бластуем ее  в  двух  вариантах  - в  стандартном  blastp  и в варианте  по ссылке - DELTA-BLAST.   Остальные    параметры  не  трогаем,  только  главный   алгоритм.
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE=Proteins&PROGRAM=blastp&BLAST_PROGRAMS=blastp&QUERY=AAC24357.1&LINK_LOC=protein&PAGE_TYPE=BlastSearch
В  итоге   строим      деревья  - все  как у вас  описано.
Получаем в  blastn  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/treeview/treeView.cgi?request=page&blastRID=0XBVNU9E015&queryID=gb|AAC24357.1|&entrezLim=&ex=&exl=&exh=&ns=100&screenWidth=1920&screenHeight=1080# 
в DELTA-BLAST
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/treeview/treeView.cgi?request=page&blastRID=0XCNZDDA015&queryID=gb|AAC24357.1|&entrezLim=&ex=&exl=&exh=&ns=500
Разницу  видите ?   Просто  по  числу   включенных в   дерево  видов   она  очевидна.

Разное число включённых в дерево видов вообще-то объясняется тривиально - в "классическом" Бласте по умолчанию ищется максимально 100 гомологов, а в DELTA-BLAST-е - 500.  К сведению - я, как и описано в статье, задавал значение этого параметра, равное 1000 (это единственный параметр, значение по умолчанию которого я изменил). Кроме того, для ускорения вычислений в DELTA-BLAST отбрасываются кандидаты, имеющие порог статистической значимости меньше заданного (по умолчанию - 0.05). Отсюда, я думаю, в основном, и некоторая разница в деревьях. Увеличьте максимальное количество кандидатов для обоих деревьев до 1000, уменьшите DELTA-BLAST Threshold до 0, и я сильно удивлюсь, если вы получите качественно различные топологически деревья. Кроме того, вообще говоря, DELTA-BLAST это упрощённый (для ускорения вычислений) вариант "классического" Бласта, а наша цель, как я понимаю, наоборот, сравнивать его результаты с результатами более "продвинутого" варианта алгоритма.

Цитата: Питер от сентября 09, 2014, 12:16:47
И  сразу  опять  же ясно,  что  это  скажем  так  мало  корректно.  Взят  белок   целиком,  без учета   наличия  консервативных  доменов.  Гораздо   адекватнее  вариант  с  редактированием  исходной  последовательности  с выделением  области каталитического  домена (что-то  типа 2500-3000 ак).  Но  пока   речь  идет  только  о  параметрах    собственно  бласта  и  их  влиянии  на  результаты. 

По поводу параметров - см. выше. Длина данного протеина у человека - порядка 3130 вминокислот, так что, его ручное укорачивание на величину порядка 10%, по моему не принципиально. Более того, я лично противник ручного редактирования последовательностей, ибо, во первых, Бласт всё равно сам автоматически детектирует консервативные каталитические области гена, а во-вторых при таком подходе возрастает роль пресловутого человеческого фактора  (если возможны несколько вариантов редактирования, меняющие результат в ту или иную сторону, то учёный иногда осознанно или неосознанно выбирает именно тот вариант, который лучше соотносится с его гипотезой). Примеров подобного рода манипулирования при ручной обработке данных в науке достаточно. Пусть уж лучше это за него делает не имеющий субъективных предпочтений компьютер!
Название: Re: Происхождение эукариот
Отправлено: Комбинатор от сентября 09, 2014, 17:45:50
Цитата: Limfil от сентября 09, 2014, 15:50:15
то есть... как палеонтологические данные тут могут что-то такое дать? кто-то нашёлся в такое время, кто-то - в другое, но кто там от кого ответвился - это уже дело именно биста и иже с ним. ветвелния вообще штука жутко капризная и нередко даёт недостоверные узлы...

Что значит, "как палеонтологические данные тут могут что-то такое дать"? Гены стали секвенировать лишь в самом конце 20-го века, по Вашему, до этого времени палеонтологи вообще не занимались эволюционными дервьями, а лишь коллекционировали данные? Смею Вас уверить, это не так. По большей части молекулярные исследования лишь подтвердили предложенные ранее варианты эволюционных деревьев, хотя, конечно, некоторые теории в их свете пришлось частично пересмотреть. Тем не менее, говорить, что до этого учёные вообще не имели представления "кто от кого ответвился", это, мне кажется, явный перебор.
Название: Re: Происхождение эукариот
Отправлено: Limfil от сентября 09, 2014, 21:37:09
Цитата: Комбинатор от сентября 09, 2014, 17:45:50
Что значит, "как палеонтологические данные тут могут что-то такое дать"? Гены стали секвенировать лишь в самом конце 20-го века, по Вашему, до этого времени палеонтологи вообще не занимались эволюционными дервьями, а лишь коллекционировали данные?
конечно деревья рисовал ещё Дарвин. но ветвления там и ветвления дерева молекулярного - две большие разницы. в первом случае это наше (достаточно умозрительное) заключение о том, что две группы имеют общего предка в сравнении с третьей, и этот предок "где-то тут". во втором - это конструирование той последовательности (по сути дела) от которой пошли лежащие выше. и это конструирование имеет некоторый интервал доверительности (бласт этого не даёт, он даёт только уровень сходства). при этом - первое - куда грубее второго, и порой можно соединить ветви совсем не похожие или наоборот (не на такой дистанции, но с таким сталкивался). потому - не то что палеонтологические, а даже и морфологические, взятые от нынеживущих организмов, которые можно взять, повертеть как угодно, а зачастую тонко порезать, могут только уложится или нет в молекулярное дерево (обычно всё-таки укладываются), но никак не подтвердить его... всё как раз наоборот. особенно если данные такой давности и по столь далеко разошедшимся группам
Название: Re: Происхождение эукариот
Отправлено: Комбинатор от сентября 09, 2014, 22:37:28
Цитата: Limfil от сентября 09, 2014, 21:37:09
потому - не то что палеонтологические, а даже и морфологические, взятые от нынеживущих организмов, которые можно взять, повертеть как угодно, а зачастую тонко порезать, могут только уложится или нет в молекулярное дерево (обычно всё-таки укладываются), но никак не подтвердить его... всё как раз наоборот.

Не могу согласиться с этим тезисом. В последнее время было сделано достаточно много открытий о родстве различных таксонов, основанных именно на молекулярных данных, хотя морфологически они выглядели весьма непохожими. Тем не менее, научное сообщество в таких случаях склонно верить именно выводам, основанным на сходстве геномов, а не морфологии.

Название: Re: Происхождение эукариот
Отправлено: Limfil от сентября 10, 2014, 02:46:45
Цитата: Комбинатор от сентября 09, 2014, 22:37:28В последнее время было сделано достаточно много открытий о родстве различных таксонов, основанных именно на молекулярных данных, хотя морфологически они выглядели весьма непохожими. Тем не менее, научное сообщество в таких случаях склонно верить именно выводам, основанным на сходстве геномов, а не морфологии.
ну... а с чем же вы не можите согласится? да, есть организмы не похожие морфологически, но близкие молекулярно. (у самого такое было и даже "почти" два раза) хотя часто тут правильнее говорить - не не похожие, а трактование структур ошибочно/неоднозначно (один и ещё один мене чёткий подобный случай). как же с такими примерами палео-данные могут подтвердить мол-дерево?
Название: Re: Происхождение эукариот
Отправлено: Комбинатор от сентября 10, 2014, 06:34:29
Цитата: Limfil от сентября 10, 2014, 02:46:45
ну... а с чем же вы не можите согласится? да, есть организмы не похожие морфологически, но близкие молекулярно. (у самого такое было и даже "почти" два раза) хотя часто тут правильнее говорить - не не похожие, а трактование структур ошибочно/неоднозначно (один и ещё один мене чёткий подобный случай). как же с такими примерами палео-данные могут подтвердить мол-дерево?

Ну так Вы же сами выше пишите про случаи из своей практики, когда на основе молекулярных данных был сделан вывод об ошибочности/неоднозначности морфологических данных, а отнюдь не наоборот. То есть, при прочих данных им Вы доверяете больше, чем морфологии! Да и поговорка соответствующая есть - (редкие) исключения лишь подтверждают правило.

Название: Re: Происхождение эукариот
Отправлено: Питер от сентября 10, 2014, 10:17:11
Цитата: Питер от сентября 09, 2014, 12:16:47
И  сразу  опять  же ясно,  что  это  скажем  так  мало  корректно.  Взят  белок   целиком,  без учета   наличия  консервативных  доменов.  Гораздо   адекватнее  вариант  с  редактированием  исходной  последовательности  с выделением  области каталитического  домена (что-то  типа 2500-3000 ак).  Но  пока   речь  идет  только  о  параметрах    собственно  бласта  и  их  влиянии  на  результаты. 

По поводу параметров - см. выше. Длина данного протеина у человека - порядка 3130 вминокислот, так что, его ручное укорачивание на величину порядка 10%, по моему не принципиально. Более того, я лично противник ручного редактирования последовательностей, ибо, во первых, Бласт всё равно сам автоматически детектирует консервативные каталитические области гена, а во-вторых при таком подходе возрастает роль пресловутого человеческого фактора  (если возможны несколько вариантов редактирования, меняющие результат в ту или иную сторону, то учёный иногда осознанно или неосознанно выбирает именно тот вариант, который лучше соотносится с его гипотезой). Примеров подобного рода манипулирования при ручной обработке данных в науке достаточно. Пусть уж лучше это за него делает не имеющий субъективных предпочтений компьютер!

[/quote]

Поиграл    -  все  равно  отличия    остаются,  можете  тоже  поиграть.
Насчет    обрезания  - я  как  раз  предлагал  оставить   зону  в  примерно  500  ак  около каталитического  домена (то  есть  1\6  от  исходного  белка) ,   вести  анализ  гомологии  по функциональной  части   белка  как  наиболее      по  идее    древней   его  части.
И в  любом  случае  почему-то  бласт  не является    программой  выбора у  геносистематиков.   Я  -  не   из   их числа,  но   вот Limfil    явно  оттуда  и  тоже     сильно  сомневается в  правомочности  использования бласта.   
Название: Re: Происхождение эукариот
Отправлено: Комбинатор от сентября 10, 2014, 12:07:42
Цитата: Питер от сентября 10, 2014, 10:17:11
Поиграл    -  все  равно  отличия    остаются,  можете  тоже  поиграть.

Если бы результаты поучились абсолютно одинаковыми, это было бы чудо. Зачем тогда вообще применять более трудоёмкий алгоритм, если более быстрый даёт во всех деталях тот же результат? Основной вопрос - в существенности различий. На мой взгляд, они малосущественны, особенно, учитывая, что Вы сравниваете результаты алгоритма средней сложности и совсем упрощённного, а для оценки точности первого его результаты нужно сравнивать с более сложным, а не более простым.

Цитата: Питер от сентября 09, 2014, 12:16:47
Насчет    обрезания  - я  как  раз  предлагал  оставить   зону  в  примерно  500  ак  около каталитического  домена

Вот прямое цитирование Вашего поста: "Гораздо   адекватнее  вариант  с  редактированием  исходной  последовательности  с выделением  области каталитического  домена (что-то  типа 2500-3000 ак)."

Цитата: Питер от сентября 09, 2014, 12:16:47
(то  есть  1\6  от  исходного  белка) ,   вести  анализ  гомологии  по функциональной  части   белка  как  наиболее      по  идее    древней   его  части.

Обычно белок состоит из нескольких  функциональных доменов, каждый их которых отвечает за свой участок работы. При этом, на сегодняшний день мы не можем быть уверенными, что для каждого белка знаем все эти участки. Таким образом, занимаясь "обрезанием" мы вместе с водой можем выплеснуть и младенца. Зачем такие риски и сложности? Да и, вообще, на практике, так почти никто не делает. Попробуйте найти хотя бы несколько работ по построению филогенетических деревьев по какому-либо гену, в которых его исходная последовательносчть обкрамсывалась бы в 5-6 раз от исходной длины.

Цитата: Питер от сентября 09, 2014, 12:16:47
И в  любом  случае  почему-то  бласт  не является    программой  выбора у  геносистематиков.

Бласт лишь имплементирует разные варианты алгоритмов, это просто некий тулз для работы с базой данных и алгоритмами построения деревьев, не более. Гораздо важнее для конечного результата выбор конкретного алгоритма. Вот что пишет, например, Кунин по поводу алгоритма объединения ближайщих соседей,  используемого Бластом
======================
Neighbor-joining (NJ). A more sophisticated bottom-up clustering method based on the minimum evolution criterion (the shortest total length of the tree branches). Sensitive to LBA and much less accurate than maximum likelihood methods, but highly computationally efficient and fast. Not used to generate definitive phylogenies, but could be the only phylogenetic method practically suitable for analyzing very large numbers of sequences..
======================
Выделенное жирным - как раз наш случай. Кроме того, задача данного исследования отнюдь не геносистематика.

Цитата: Питер от сентября 09, 2014, 12:16:47
Я  -  не   из   их числа,  но   вот Limfil    явно  оттуда  и  тоже     сильно  сомневается в  правомочности  использования бласта.   

Я ему уже предложил ввести те же исходные данные в ту программу, которая ему больше нравится, и сравнить результаты. Но он что-то пока не торопится. :)
Название: Re: Происхождение эукариот
Отправлено: Питер от сентября 10, 2014, 13:09:39
У  того   же  Кунина в  той  же  фразе   можно выделить  и  другую  часть - "Sensitive to LBA and much less accurate than maximum likelihood methods, but highly computationally efficient and fast. Not used to generate definitive phylogenies, but could be the only phylogenetic method practically suitable for analyzing very large numbers of sequences" .  Что     можно    перевести  и  так  -   хотите  сделать  точную  филогению,   используйте  метод  максимального  правдоподобия  и  купите  хороший мощный комп.   

Насчет  использования  части  белка  или  целого  белка  -  вопрос  сложный, с  учетом    всей   эволюционной  истории.  Исходно    функциональный  домен   для   осуществления  той  или  иной  функции (коровый  домен)   был  очевидно  не  очень  большой. Потом  на  него   было  навешано  куча  допфункций,  регуляция  -  и  получается  монстр  в 3200  аминокислот.  Не   уйдем  ли  мы  в  сторону,  если  будем  анализировать весь   белок  -  а  не каталитический  домен  полимеразы ?  Хотя  риск есть  -  надо  и  правда  точно  знать  домен.  Но   вот  как  раз  тут  быстро вырезать   домен  вполне  можно  бластом.

Название: Re: Происхождение эукариот
Отправлено: Комбинатор от сентября 10, 2014, 13:42:38
Цитата: Питер от сентября 10, 2014, 13:09:39
У  того   же  Кунина в  той  же  фразе   можно выделить  и  другую  часть - "Sensitive to LBA and much less accurate than maximum likelihood methods, but highly computationally efficient and fast. Not used to generate definitive phylogenies, but could be the only phylogenetic method practically suitable for analyzing very large numbers of sequences" .  Что     можно    перевести  и  так  -   хотите  сделать  точную  филогению,   используйте  метод  максимального  правдоподобия  и  купите  хороший мощный комп.   

Мне не нужна точная филогения, оставим её систематикам. В данной статье меня интересует лишь район, в котором пересекаются линии паралогов, локализующий место предполагаемой дупликации. И никакой "более мощный комп." тут не спасёт (по крайней мере, до появления квантовых компьютеров), ибо время вычислений для остальных методов  растёт гораздо быстрее, чем полиномиально (как это имеет место для метода ближайших соседей). Не зря Кунин упоминает, что для выборок большого объёма это, по сути, единственный приемлимый метод.

Кстати, в этой же книге он описывает, как аналогичный (в плане использования паралогов) метод был применён для локализации корня жизни в области бактерий:
==============================
Two groups independently developed an ingenious idea to inject a root position into the rootless tree of the kind shown in Figure 2-3. To this end, one can use ancient paralogs that are represented in (nearly) all organisms and thus can be confidently inferred to have evolved via a duplication antedating the Last Universal Common Ancestor (LUCA). When a tree is constructed jointly for two paralogous sets of ancient orthologs, the position of the root between them is certain, so the root can be inferred for each of the orthologous sets as well (see Figure 2-4; Gogarten, et al., 1989; Iwabe, et al., 1989). The results of analysis of two
pairs of primordial paralogs, translation factors, and membrane ATPase subunits were fully congruent and placed the root on the bacterial branch, thus establishing an archaeal-eukaryote clade (see Figure 2-4).
==============================
Название: Re: Происхождение эукариот
Отправлено: Питер от сентября 10, 2014, 15:57:00
Если   посмотреть  на  эти  статьи более  внимательно,   то  мы  увидим а) выделение   консервативных  регионов  и анализ     только  их ;  б)  использование  широкого  круга  методов  анализа.
http://www.pnas.org/content/86/17/6661.long   Это Gogarten
http://www.pnas.org/content/86/23/9355.long   Это    Iwabe
И  смотрим  на    год   и вспоминаем  про    мощности  компов  того  времени.
Название: Re: Происхождение эукариот
Отправлено: Limfil от сентября 11, 2014, 16:48:20
Цитата: Комбинатор от сентября 10, 2014, 06:34:29
То есть, при прочих данных им Вы доверяете больше, чем морфологии
ну да. тем боеле когда речь о таких дистанциях как тут. где важна не столько сама по себе морфология, сколько её интерпретация. то есть как же тогда можно обосновывать молекулярное дерево морфологией? может быть конечно другое - когда мол данные дают не однозначные ветви и тогда надо выбрать между полученными деревьями - вот тогда обосновать выбор можно с помощью морфологии. приттом, что тут тоже могут быть точные нумерические анализы
что же касается домейн vs белок... однозначно сказать трудно. но составлять классификацию по домейнам... как-то не знаю. откуда там будут нейтральные мутации? то есть будут, но куда меньше, чем если мы возьмём всё... можно конечно посмотреть какие там участкие, а какие менее вариабельны... и ещё учесть что где сидит в трёхмерной структуре - чтобы давать одним больший, а другим меньший вес, и ещё учесть (хотя тут это очень проблематично в виду глубокого расхождения ветвей) предпочтения нуклеотидов разнами организмами... тогда ветвеления будут куда более достоверны. но и работы куда больше.
Цитата: Комбинатор от сентября 10, 2014, 13:42:38Мне не нужна точная филогения, оставим её систематикам.
да, но вы же говорите про эволюцию. а там нужная ещё точнее - для систематики часто важно показать два организма сидят в одной ветви или совсем в разным, а уж когда они разделились и кто там между ними - нередко уже не суть важно, а вот если речь об эволюции - то критично. потмоу именно достоверность каждого ветвления и чрезвычайно важна
Название: Re: Происхождение эукариот
Отправлено: Комбинатор от сентября 11, 2014, 17:47:01
Цитата: Питер от сентября 10, 2014, 15:57:00
Если   посмотреть  на  эти  статьи более  внимательно,   то  мы  увидим а) выделение   консервативных  регионов  и анализ     только  их ;

Да, четверть века назад, в эру зарождения молекулярной биологии, когда количество видов с отдельными секвенированными протеинами не превышало пары десятков, выделение их каталитических областей и выравнивание делались вручную. Но ныне, при наличии тысяч секвенированных геномов, это весьма затруднительно.

Цитата: Питер от сентября 10, 2014, 15:57:00
б)  использование  широкого  круга  методов  анализа.
http://www.pnas.org/content/86/17/6661.long   Это Gogarten
http://www.pnas.org/content/86/23/9355.long   Это    Iwabe
И  смотрим  на    год   и вспоминаем  про    мощности  компов  того  времени.

Так же вспоминаем закон Мура, который декларирует экспоненциальный характер роста скорости компьютеров от времени. Число секвенированных геномов тоже растёт экспоненциально, но время работы всех методов, кроме ближнего соседа, растёт относительно числа исследуемых видов гиперэкспоненциально.

Прошу прощения у Вас и Limfil, но сегодня ночью улетаю в отпуск где у меня, вероятно, не будет постоянного доступа в и-нет, так что, дискуссию придётся прервать минимум на пару недель.
 

Название: Re: Происхождение эукариот
Отправлено: grumbler от сентября 25, 2014, 14:07:31
Жаль, что автор в отпуску. Потому что совершенно непонятно, откуда в его статье возникает связь со "спорулирующими бактериями", т.е. каким образом микроспоридии по мысли автора связаны с клостридиями и бациллами.
Название: Re: Происхождение эукариот
Отправлено: Комбинатор от сентября 25, 2014, 18:47:50
Цитата: grumbler от сентября 25, 2014, 14:07:31
Жаль, что автор в отпуску. Потому что совершенно непонятно, откуда в его статье возникает связь со "спорулирующими бактериями", т.е. каким образом микроспоридии по мысли автора связаны с клостридиями и бациллами.

Если говорить кратко, то микроспородии, как и некоторые клостридии, размножаются исключительно спорами. Более подробно можно обсудить завтра, когда я вернусь из отпуска.
Название: Re: Происхождение эукариот
Отправлено: Комбинатор от марта 02, 2015, 17:28:45
Вторая часть: http://scorcher.ru/theory_publisher/show_art.php?id=551
Название: Re: Происхождение эукариот
Отправлено: Комбинатор от февраля 06, 2016, 12:12:37
Дополнение к первой части: http://scorcher.ru/theory_publisher/show_art.php?id=605