Автор Тема: зарождение жизни на земле  (Прочитано 249456 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Комбинатор

  • Участник форума
  • Сообщений: 1455
зарождение жизни на земле
« Ответ #150 : Декабрь 24, 2007, 02:30:24 »
2 Дж. Тайсаев

Вот вам для полноты картины ещё популярная лекция одного из ведущих современных космологов:
http://elementy.ru/lib/430484
Правда, в ней он, кажется, не упоминавет об одной из самых модных сейчас фишек - голографической модели Вселенной в пространствах де Ситтера.
Про них можно почитать, например, здесь:
http://elementy.ru/lib/430191/430193

Оффлайн Дж. Тайсаев

  • Участник форума
  • Сообщений: 9264
    • Российская культурология
зарождение жизни на земле
« Ответ #151 : Декабрь 24, 2007, 02:39:51 »
Комбинатор. Большое спасибо, то что уже прочел меня явно заинтересовало. Мне это нужно для занятий по КСЕ.
Шматина глины не знатней орангутанга (Алексей Толстой).

Оффлайн Gilgamesh

  • Moderator
  • Участник форума
  • *****
  • Сообщений: 10859
    • http://gilgamesh-lugal.livejournal.com
зарождение жизни на земле
« Ответ #152 : Январь 01, 2008, 15:12:44 »
Пучина интернета к праздничку извергла книжку отечественных авторов (среди них такие почтенные господа, как Розанов и Заварзин) на англицком языке, посвящённую вопросам происхождения жизни и эволюции биосферы.

http://rapidshare.com/files/80200974/Biosphere_Origin_and_Evolution.rar

Biosphere Origin and Evolution
Springer | ISBN:038768655X | Edition - 2007-12-18 | PDF | 448 pages | 4.55 MB

Modern natural science shows that the infancy of life on Earth experienced prebiotic evolution and included the emergence of primitive self-reproducing biologic forms and their systems. The subsequent coevolution of inorganic environment and biologic systems resulted in global propagation of life over the Earth and its enormous diversification. Diverse living organisms colonized the land, water, and atmosphere, as well as upper layers of the lithosphere, thereby forming the biosphere.

The book covers notions by scientists of various branches on the evolutionary relationship between the biosphere and geosphere, evolution features at various levels of living matter organization, and problems of prebiotic evolution and life origin. The data were collected in the course of the RAS program Biosphere origin and evolution (subprogram II) in 2003 2006. The objectives of this subprogram were (1) generalization of data related to problems of biosphere origin and evolution accumulated by geneticists, molecular biologists, zoologists, botanists, paleontologists, microbiologists, geologists, chemists, and archaeologists; (2) search for new interdisciplinary approaches to biosphere origin and evolution; (3) development of a lingua franca understandable by experts in various fields, which would allow apprehension of results concerning the topic obtained in allied sciences.
Начала Вселенной - атомы и пустота, все же остальное существует лишь в мнении (с) Демокрит

В конце будет наноассемблер

Оффлайн Imperor

  • Участник форума
  • Сообщений: 2790
зарождение жизни на земле
« Ответ #153 : Февраль 17, 2008, 05:38:43 »
Как уже было показано в этой теме, проблема происхождения жизни путем абиогенеза имеет многоуровневый характер. Гипотеза абиогенеза должна правдоподобно объяснить и предложить целый комплекс определенных условий и событий:

1. Данная гипотеза должна показать, что условия древней Земли, действительно, благоприятствовали синтезу органики из неорганики.

2. Гипотеза должна предложить механизм образования простейших органических веществ из неорганических. Например, аминокислот, азотистых оснований, сахаров.

3. Гипотеза должна предложить удовлетворительный механизм синтеза более сложных органических веществ из уже синтезировавшихся простых. Например, АТФ, нуклеотидов, сложных аминокислот и др.

4. Гипотеза должна объяснить, каким образом эти вещества могли накопиться в окружающей среде в достаточных количествах.

5. Гипотеза должна предложить удовлетворительный механизм, каким образом сложные органические вещества полимеризовались в еще более сложные органические вещества (полимеры РНК, ДНК, белок).

6. Гипотеза должна предложить удовлетворительный механизм образования простейшего самовоспроизводящегося комплекса из вышеперечисленных полимеров.

7. Гипотеза должна предложить удовлетворительный механизм перехода от этого простейшего самовоспроизводящегося комплекса к известной нам самовоспроизводящейся системе (ДНК-белково-мембранного живого организма).

Ранее, в других ветках я уже неоднократно демонстрировал ненаучность гипотезы абиогенеза.
В частности в данной ветке, я показал полную химическую несостоятельность  данной гипотезы:
пост от Вт Ноя 13, 2007 22:40 http://www.paleo.ru/forum/viewtopic.php?t=973&postdays=0&postorder=asc&start=105
Ни один из вышеперечисленных пунктов 1-7 (которые была обязана решить  гипотеза абиогенеза), на сегодняшний день не решен (не подтвержден экспериментально), даже после 100 лет исследований в данной области. Единичные опыты, на которые ссылалась данная гипотеза (опыт Миллера-Юри, опыт Фокса), либо содержат методические ошибки, либо опровергают абиогенез (см. . пост от Вт Ноя 13, 2007 22:40 http://www.paleo.ru/forum/viewtopic.php?t=973&postdays=0&postorder=asc&start=105 )
Т.е. имеет место практически полный разгром абиогенеза.
И это на фоне потрясающих успехов современной экспериментальной молекулярной биологии! Создается четкое ощущение, что мы гораздо быстрее сами соберем живую клетку искусственным способом, чем получим хотя бы одну более-менее сложную органическую молекулу методом «самоорганизации». Например, в настоящее время академик Галимов занят проблемой "самоорганизации"…. АТФ!
http://www.expert.ru/printissues/russian_reporter/2007/10/kak_nachalas_zhizn/
И пока не получается…
Это в то же (!) время, когда в ведущих лабораториях мира уже химически синтезирована искусственная бактериальная хромосома, и делаются попытки засунуть данный искусственный геном в клетку бактерии.

Кроме того, современной наукой сейчас общепринята модель нейтральной атмосферы древней Земли. Нейтральная атмосфера – неблагоприятна для синтеза даже простейшей органики. Лишь отдельные специалисты продолжают настаивать на модели восстановительной атмосферы. Впрочем, другие специалисты предполагают, наоборот, окислительную атмосферу древнейшей Земли (где синтез органики вообще невозможен).

Очевидно, что гипотеза абиогенеза потерпела полный крах.
В связи с этим меня крайне заинтересовала вот эта цитата:
http://macroevolution.narod.ru/kolchanov2003.htm
Цитировать
Решающее доказательство реальности предкового Мира РНК получено с помощью селекс-техники ("эволюция в пробирке") - метода, осуществляющего необходимое количество раундов эволюции исходной популяции молекул ДНК или РНК путем мутирования с отбором и амплификацией тех вариантов молекул, которые проявили максимальное значение отбираемого свойства (Ellington, Szostak, 1990). Этим методом из пула случайных нуклеотидных последовательностей с высокой частотой синтезировались рибозимы, в 10 раз эффективнее природных (Strobel, 2001; Salechi-Ashtiani, Szostak, 2001), а также рибозимы, способные катализировать реакции: аминоацилирования, репарации разрывов двухнитевой РНК, синтеза нуклеотида, образования пептидной связи (Unrau, Bartel, 1998; Zhang, Cech, 1997; Lee et al., 2000). Наконец, получены рибозимы, катализирующие матричный синтез РНК по РНК (Johnston et al., 2001), и рибозимы, формирующие альтернативные варианты укладки РНК с разными каталитическими активностями (Schultes, Bartel, 2000).

Мне стало интересно, почему автор данной цитаты настроен столь оптимистично по поводу столь фантастичной гипотезы, если у меня, например, «эволюция» оценки гипотезы абиогенеза происходила от легкого в ней сомнения до абсолютного, категорического несогласия (вплоть до стойкой формы аллергии).
Поэтому я, естественно, заинтересовался, какими же успехами так вдохновлен автор цитаты, что аж прям: «Решающее доказательство реальности предкового Мира РНК получено с помощью селекс-техники»
До этого мы почти не обсуждали гипотезу РНК-мира, т.к. по ней практически отсутствует нормальная русскоязычная литература. Но, ради такого случая, не грех и английский обновить.
Итак, я проанализировал один из последних обзоров, посвященных РНК-миру, ссылки на которые данной ветке любезно предоставил Аlexy.
Вот этот обзор:
Review
Re-creating an RNA world
U. F. Müller +
Whitehead Institute, 9 Cambridge Center, Cambridge, MA 02142 (USA)
Received 31 January 2006; accepted 15 March 2006
Online First 2 May 2006


Общее ощущение от статьи удручающее, но приятное. Удручающее тем, что вся статья представляет собой сплошное «may be» . А приятное тем, что в отличие от любителей теоретически потрындеть о «синергетической самоорганизации живой клетки в ходе завихрений солнечной энергии» данная статья пытается сосредоточиться на экспериментальной проверке гипотезы RNA-мира. К сожалению, на этом все хорошие новости для гипотезы абиогенеза заканчиваются.

Итак, смотрим:

Глава «Prebiotic chemistry»

Цитировать
Nucleotides assembled from small, inorganic molecules could have been present on the prebiotic Earth, either as a result of reactions under aqueous conditions on the
Earth’s surface [36–39] or delivered to Earth by comets after having been generated in space

Итак, cразу же после введения встречаем первое «may be» (вернее «сould have» :) )

Цитировать
Ribose can be generated by the formose reaction [42], and its short
half-life
in aqueous solution [43] can be extended by complexing the ribose 2′,3′-cis diol by borate [44] or by derivatization with cyanamide, which might also facilitate
enantiomeric separation

Как я понял, опять «may be», да еще и с коротким (!) периодом жизни.

Цитировать
The prebiotic coupling of ribose with nucleic bases is the weakest link in the
chain of reactions leading to nucleotides

Вот так вот. Образование нуклеотида, оказывается, само по себе уже огромная проблема.

Дальше идет очередное «may be»:
Цитировать
However, promising approaches use phosphorylated ribose instead of ribose [46] or assemble the base on the ribose… Nucleosides can then react with inorganic phosphate [48] to yield 5′-phosphorylated nucleotides

Причем, это конкретное «may be», так как нуклеотиды пока экспериментально «самоорганизоваться» не хотят. Таким образом, можно сколько угодно выдвигать по этому поводу разные «may be», но реальность такова, что РНК-миру просто не из чего было образовываться.

Еще одно «may be»:
Цитировать
To polymerize the nucleotides into oligonucleotides, the nucleotides must first be chemically activated. Polyphosphate-activating groups can be synthesized with calcium
phosphate and cyanate under prebiotic conditions

Итак, нуклеотиды должны быть активированы… но даже активированные, они, оказывается, слишком «медленные»(!):
Цитировать
Although it is unclear whether imidazolide-activated nucleotides could have occurred in large amounts on the primitive Earth [35] they have been used for most experimental studies because polyphosphate-activated reactions are too slow for many experiments in the laboratory, with t1/2 of the order of years [51, 52].


И снова «may be» (причем, это «may be» уже у «maybe»-мных (гипотетических imidazole-активированных) нуклеотидов).
Цитировать
Non-enzymatic RNA polymerization of imidazole-activated nucleotides can generate 3′,5′-linked polymers using divalent cation catalysts [53] during freezing in eutectic phases [54] or by adsorption on clay surfaces [55, 56].


И снова «may be»:
Цитировать
The resulting RNA polymers can serve as templates for further non-enzymatic
polymerization, catalyzed by divalent cations [57,58].

Причем это «may be» тянет за собой очередную проблему, которую тоже надо решать (очередными «may be»):
Цитировать
Although all four nucleotides can be incorporated, the templates must contain at least 60% cytosine. Only then can the template strand form a double-helix with the activated mononucleotides (most of them containing guanine) to facilitate polymerization [59]. Therefore, the products of this reaction cannot be used as templates for successive rounds of amplification [59].


А вот эта проблема уже посерьезней (на самом деле, она просто убийственная для абиогенеза):
Цитировать
One of the main obstacles to obtaining 3′,5′-linked polymers of -D-ribonucleotides in a prebiotic world is the clutter produced by prebiotic chemistry [18], which would be expected to generate molecules that efficiently compete with activated -D-ribonucleotides for polymerization

И вот эта проблема тоже убийственная для абиогенеза:
Цитировать
Still, the difficulties in the prebiotic synthesis of RNA and the short half-life of ribose (between hours and years at pH 7 [43])
[/color]

А вот это уже анекдот :D Для объяснения возникновения предбиологического RNA-мира привлекается «may be»-гипотеза пред-пред-биологического preRNA-мира :)
Цитировать
led to the suggestion that RNA may have been preceded by different informational polymers, such as threose nucleic acid [62], peptide nucleic acids (PNAs) [63, 64], or charge-complementary peptides from racemic mixtures of amino acids


Для решения этих убийственных трудностей предлагается очередное «may be».
Цитировать
Another modification of current ideas could make the RNA world more plausible. Instead of Darwin’s ‘warm little pond’ [66], the place of life’s origin could be imagined as prebiotic rivers, reducing several problems in prebiotic chemistry. Two merging streams allow the mixing of different prebiotic chemistries such as nitrogenously produced bases with oxygenously produced (and polyphosphorylated) sugars. Low reaction yields in the mixing zone may be tolerated, because the continuous conversion of small fractions of transported chemicals can generate vast deposits of raw material for an RNA world.

При этом отважные исследователи RNA-мира благополучно забывают о разбавлении, которое неизбежно произойдет при подобной модификации Дарвиновской лужи, и сведет на нет все их усилия по отделению «овец от козлищ» в куче органического мусора.

А вот целая цепочка из «may be»…
Цитировать
Activated nucleotides could adsorb to mineral surfaces and polymerize. Other  compounds would drift further downstream, generating fertile grounds for ribo-organisms that acquired metabolic capabilities

Спрашивается, что мешает проверить всё это в лаборатории, чтобы данные словеса перестали быть «may be», а стали бы «it is proved»? Видимо, что-то мешает…
А вот и ответ:
Цитировать
In summary, laboratory conditions have been found for most of the reactions needed to convert small, inorganic molecules into activated nucleotides and RNA polymers. However, many of these reactions have low yields and purity, and a single, consecutive prebiotic process has not been experimentally demonstrated. Research in this area is focused on finding a plausible route for prebiotic RNA synthesis or on identifying plausible scenarios for a pre-RNA world that generates the building blocks of an RNA world, with [64, 70] or without [71, 72] a genomic polymer. Whether a pre-RNA world is necessary for the latter or whether a series of biased syntheses, fractionations and other prebiotic enrichment processes is sufficient remains unclear.

Вот так вот. В частности, все «may be», описанные выше, могли иметь место … Но в целом ничего не получается, и наверное, пора вводить еще одну дополнительную сущность – pre-RNA-мир (но это тоже пока неясно).
На этой «оптимистической ноте» :D мы переходим к изучению того, из-за чего, собственно, весь сыр-бор.

Итак, первый вопрос. Откуда сейчас берется этот «лабораторный RNA-мир»?
Читаем:
Цитировать
Pools of randomized RNA molecules are typically synthesized in three steps. First, random sequence singlestranded DNA templates are generated by chemical
synthesis
. Second, a polymerase chain reaction (PCR) transforms the single-stranded DNA into double-stranded DNA, amplifying the polymers and introducing the promoter for T7 RNA polymerase. Third, RNA is transcribed by T7 polymerase from the pool of double-stranded DNA molecules. From this pool of randomized RNA molecules we attempt to isolate ribozymes.

Ага. Понятно. Так и запишем: «Подопытный» RNA-мир синтезируется искусственным способом.

Несколько слов об устойчивости RNA-мира :)
Цитировать
This, in turn, limits the total possible extension because the lifetime of the polymerase is limited under optimized reaction conditions, containing 200 mM magnesium cations at a pH of 8.6. Under these conditions, the ribozyme is inactivated by hydrolysis with a half-life around 12 h [106]. Higher substrate concentrations do not improve the weak substrate binding because they inhibit the ribozyme [105].

И опять автор сетует на недостаток устойчивости:
Цитировать
Therefore, to obtain longer polymerization products, one would have to improve the binding of the primer/template duplex or optimize the polymerase ribozyme for reaction conditions in which its lifetime is much longer.


А вот это просто АНЕКДОТ! И из-за ЭТОГО весь сыр-бор???
Из-за синтезированных 14 нуклеотидов?!
Цитировать
However, the efficiency of the known polymerase ribozymes is very limited; no more than 14 nucleotides have been added to a primer so far [97], more than an order of magnitude below what is required for self-replication of the 189-nucleotide ribozyme.


Опять проблема органического мусора. Как видим, он отравляет нам жизнь на всех этапах абиогенеза:
Цитировать
To increase the number of ribozymes that can be sampled, one can encapsulate multiple ribozymes per compartment; however, this would open the door for molecular parasites because RNAs in the same compartment with efficient ribozymes would be coselected.


А вот это ПРИГОВОР гипотезе РНК-мира:
Цитировать
Even at the level of a minimal self-replicating system, it is trivially necessary to have a genome because a single polymerase ribozyme cannot replicate itself: for a ribozyme to transcribe its own sequence, it would have to unfold its own catalytic site and thereby inactivate itself.

Итак, молекула рибозима не может копировать сама себя. Следовательно, даже РНК-миру необходим геном.

Хотя можно «решить» эту проблему из через очередное «may be» :)
Цитировать
Although one can imagine scenarios in which the catalytic site is synthesized separately and then spliced into the correct site, the existence of a second, genomic RNA is a simpler solution to this problem.


А вот здесь разыгрывается целая драма :) Одиночная нить РНК – неизбежно гидролизуется, а двойную нить – уже не разорвать… Что же выбрать? To be or not to be?...
Цитировать
All currently existing polymerase ribozymes require a single-stranded template [97, 106].  However, a singlestranded genome poses several problems for self-replicating ribozyme systems. First, single-stranded RNAs hydrolyze up to four orders of magnitude faster than double-stranded RNAs [119] and are therefore less suited for the storage of genomic information. Second, singlestranded RNAs of almost any sequence form secondary structures [120, 121] which slow down polymerization by proteinaceous RNA polymerases [122] and probably present formidable barriers for polymerase ribozymes with slow polymerization kinetics and weak substrate binding [105]. Third, the polymerization products would have to be displaced to regenerate the single-stranded genome. The tendency of complementary genome and transcript
strands to anneal with each other would require a constant, energy-expensive strand-separating activity. The latter problem is reduced if both transcript and singlestranded
genome immediately form stable self-structures


Выбор тяжел :)
Цитировать
A double-stranded genome would avoid these three problems, but a strand-separating activity is still required: a double-stranded genome has to be locally melted to allow base pairing with the newly forming strand.


Очень тяжел :)
Цитировать
The separation of double-stranded RNAs is not an easy task because RNA double strands are thermodynamically very stable [110, 124]


А вот еще одна проблемка. Геном, оказывается, еще и сокращаться норовит в каждом цикле репликации…
Цитировать
To prevent the genome from shortening in successive replication cycles...


И опять проблема органического мусора… Ну никак она нас в покое не оставит…
Цитировать
Although any of these methods might suffice for the link between genome and catalysts, most of them are not well suited for the exclusion of external, possibly parasitic RNA molecules. Parasitic RNA molecules are abundant sequences that have no activity beneficial to the self-replicating system but are excellent templates, quickly overtaking continuously replicating systems


А это очередной «привет» от химических законов :)
Цитировать
The above-described ribozyme system is built on NTPs. So far, no known ribozyme can transfer polyphosphates to nucleosides (Fig. 7d)


Цитировать
Ribozyme-catalyzed ribose synthesis would also be of evolutionary benefit because it could generate a source of pure ribose instead of the heterogenic mixture produced by prebiotic chemistry

Ух ты! «А я и не знал, что я мышь с огорода прогнал» (С)
Поздновато как-то вспоминаем о наличии мусорной корзины - разных там «рибозо-кетозо-мочевин»…

И снова о наболевшем :)
Цитировать
No ribozyme yet known can catalyze nucleobase synthesis


Ближе к концу статьи выплывает новая проблема:
Цитировать
The ribozyme-catalyzed synthesis of membranes in the expected prebiotic environment is also difficult: intermediates in prebiotic fatty acid synthesis can probably not be used by ribozymes because efficient fatty acid synthesis appears to work only under  hydrothermal conditions [137, 139] where RNAs have half-lives up to hours at neutral pH [163, 164].


Ну и хватит, пожалуй. Повторю свой вывод:
Сплошное «may be» и «there remains much work to be done».

Но вот заключительное предложение автора почему-то дышит оптимизмом  :shock: :
Цитировать
Thus, the synthesis of a model system for life from defined components may soon be achievable.

То есть, не просто «may be» а даже «soon» :D

Оффлайн Ярослав Смирнов

  • Участник форума
  • Сообщений: 2361
зарождение жизни на земле
« Ответ #154 : Февраль 17, 2008, 13:06:51 »
Абиогенный катализ химической эволюции:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18260066

Идёт поиск абиогенных условий массового синтеза нуклеотидов:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18203227

Полимеризация РНК в гидрофобных условиях, не требующая активации нуклеотидов:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18008180

Улучшенная работа рибозима РНК-зРНК-полимеразы в гидрофобных условиях (мицеллах):
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18230767

Роль пептидонуклеиновой кислоты:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17886856
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17634745

Рибозим нуклеотид-синтетаза
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17878321

Монтмориллонитовые глины защищают сконцентрированную на себе РНК от УФ.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17767730

Липидный мир:
http://ool.weizmann.ac.il/Segre_Lipid_World.pdf
Нам лунный свет работать не мешает.

Оффлайн Imperor

  • Участник форума
  • Сообщений: 2790
зарождение жизни на земле
« Ответ #155 : Февраль 17, 2008, 14:32:22 »
Цитата: "Ярослав Смирнов"
Абиогенный катализ химической эволюции:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18260066

Идёт поиск абиогенных условий массового синтеза нуклеотидов:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18203227

Полимеризация РНК в гидрофобных условиях, не требующая активации нуклеотидов:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18008180

Улучшенная работа рибозима РНК-зРНК-полимеразы в гидрофобных условиях (мицеллах):
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18230767

Роль пептидонуклеиновой кислоты:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17886856
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17634745

Рибозим нуклеотид-синтетаза
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17878321

Монтмориллонитовые глины защищают сконцентрированную на себе РНК от УФ.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17767730

Липидный мир:
http://ool.weizmann.ac.il/Segre_Lipid_World.pdf


Ярослав, признайтесь честно - Вы определяете суть работы и ее итоги по названию статьи?  :wink:
Кстати, тут был один товарисч под ником Рома. Он тоже этим часто грешил.
Ну так можете сильно "пролететь" с таким подходом. Например, допустим озаглавлена статья: "моделирование химической эволюции in vitro"... И думаем, вот, блин, оказывается, химическую эволюцию уже в пробирках моделируют...
А там, допустим, последнее предложение в этой статье:
"Таким образом, в лабораторных условиях никакой химической эволюции нам пронаблюдать не удалось".
И получается всё с точностью до наоборот.
 
Нет, Ярослав. Так дело не пойдет.
Вообще-то, правилом хорошего тона в науке при приведении ссылки - давать цитату на ту мысль (или данные), на которую Вы ссылаетесь. Возможен и пересказ своими словами данной мысли. Но в любом случае, принято приводить страницу, где фигурирует озвученная мысль (или данные).

А получается что-то дикое. Я здесь подробно (чуть не построчно) разобрал (с приведением цитат) один из последних научных обзоров о состоянии дел по гипотезе РНК-мира.
А Вы в ответ вывалили целую кучу ссылок, в которых может быть написано все что угодно, с предложением все это перевести. Ничего не скажешь, удивительно учтивый и "корректный" ответ. За этим килограммом ссылок совсем не надо было так далеко ходить, достаточно было просто посмотреть список литературных источников, приведенных в анализируемом мной обзоре.
Отличие меня от Вас, Ярослав, заключается в том, что я не изучаю науку методом "copy/paste списков литературы", а пытаюсь разобраться в содержании данных работ.

Оффлайн Ярослав Смирнов

  • Участник форума
  • Сообщений: 2361
зарождение жизни на земле
« Ответ #156 : Февраль 17, 2008, 14:49:39 »
Цитата: "Imperor"
Ярослав, признайтесь честно - Вы определяете суть работы и ее итоги по названию статьи?  :wink:

Пубмедовские статьи по абстракту - только он и доступен в бесплатном доступе. Статью по липидному миру прочёл целиком.
Цитировать
А Вы в ответ вывалили целую кучу ссылок, в которых может быть написано все что угодно, с предложением все это перевести.

У Вас настолько плохо с буржуйским языком? Тогда как же "попытаетесь разобраться с содержанием данных работ"?
Нам лунный свет работать не мешает.

Оффлайн Imperor

  • Участник форума
  • Сообщений: 2790
зарождение жизни на земле
« Ответ #157 : Февраль 17, 2008, 15:07:08 »
Цитата: "Ярослав Смирнов"
Пубмедовские статьи по абстракту - только он и доступен в бесплатном доступе.

Это очень печально  :cry:
Вот смотрите, к чему это может привести.
Берем первую же Вашу ссылку, которую Вы рекомендуете. Читаем:
Цитировать
The Darwinian evolution of life on earth depends utterly on complex molecular machinery, which, it seems, could only have arisen through a Darwinian evolution. The "RNA world" idea reduces this paradox, but requires a geochemically implausible supply of RNA monomers. A pre-RNA era of natural selection is implied. I suggest that originally this was based on inorganic materials that came to replicate permutations with specific (e.g. catalytic) effects

Ну и зачем, спрашивается, Вы привели данную ссылку? Из этого резуме совершенно не ясно ничего. Более того, автор так и пишет: I suggest that
Ни и что? Я вот тоже "suggest that" много чего. Вы же со мной не соглашаетесь? Зачем же тогда Вы кидаете ссылку на текст, из которого совершенно не ясно, подтверждается ли авторское "i suggest that" или это лишь его смелые фантазии?
Просто для того, чтобы поиздеваться на читателями Ваших ссылок? Или для того, чтобы они подписались на Pubmed?

Цитата: "Ярослав Смирнов"
Статью по липидному миру прочёл целиком.

Вы хотите об этом поговорить? :) Давайте статью, выделите в ней моменты, на которые хотите обратить внимание, и обсудим.

Цитата: "Ярослав Смирнов"
У Вас настолько плохо с буржуйским языком?

Да, плохо. Но не настолько, как бы Вам этого хотелось :)

Оффлайн Imperor

  • Участник форума
  • Сообщений: 2790
зарождение жизни на земле
« Ответ #158 : Февраль 17, 2008, 15:23:44 »
Кстати. Даже к самому тексту в статьях, посвященных данной проблеме, надо относиться крайне критически, чтобы не "родить" очередной "пилтдаун".
Вот, смотрите, в какое неприятное положение попал Азазель, когда не подумав, процитировал некую работу в качестве свидетельства справедливости абиогенеза:
http://www.ateism.ru/forum/viewtopic.php?t=4484&postdays=0&postorder=asc&start=945&sid=60555744ddea9214f38917482a5ad009
Цитата: "Азазель"
Вот капли Опарина и есть такая машина.
На самом деле, оказывается что «самовоспроизводство» -это, в самом начале –РАЗРУШЕНИЕ.
«что в коацерваты, образованные из гистона и гуммиарабика, вводили фермент фосфорилазу, а затем эти капли помещали в раствор глюкозо-1-фосфата. Коацерватные капли поглощали из раствора глюкозо-1-фосфат, и в них осуществлялось ферментативное превращение глюкозо-1-фосфата в крахмал, за счет скопления которого увеличивались размеры капли. Если в коацерватные капли вводить два фермента (фосфорилазу и b-амилазу), то в них имеет место последовательно ферментативное превращение глюкозо-1-фосфата в крахмал и крахмала в мальтозу, которая диффундирует из капли в раствор (рис. 51). Из приведенного примера видно, что коацерватные капли являются хорошей моделью открытой системы. Они способны поглощать из окружающей среды вещества и энергию, преобразовывать их в продукты синтеза или распада; продукты синтеза входят в состав капли, обеспечивая наращивание ее массы, а продукты распада выделяются в среду. Скорости ферментативных реакций в коацерватных каплях существенно выше, чем в гомогенных растворах. Особенно четко различие в скоростях проявляется при сочетании действия двух ферментов. Опыты с коацерватами показали важность надмолекулярной структурной организации и, в частности, ее значение для функционирования клеточных катализаторов.»
«На модели коацерватных капель была показана связь между уровнем внутренней организации капель и их способностью к наращиванию массы. Оказалось, что в одинаковых условиях капли, обладающие более совершенной экспериментально созданной внутренней организацией, наращивают массу быстрее,. чем капли, внутренняя организация которых менее совершенна. Для последних характерны также меньшая стабильность и более быстрый распад. Естественно, что дальнейшая судьба обоих типов коацерватных капель неодинакова. Очевидно преимущество коацерватов, обладающих большей стабильностью в условиях окружающей среды и более длительным временем существования.»


А вот мои комментарии к этому ПЕРЛУ абиогенезетической "мысли":
Цитата: "Imperor"
Азазель  Ну что же Вы опять творите?!  Вы же опять своими же цитатами себя по заднице и порете...  Сейчас, минутку, отсмеюсь и прокомментирую Ваш чудесный пост

Цитата: "Imperor"
...Мда, по поводу коацерватов... В какую же Вы сели ЛУЖУ, Азазель!
Итак:
1. Цитата:
...в коацерваты, образованные из гистона и гуммиарабика, вводили фермент  фосфорилазу  , а затем эти капли помещали в раствор глюкозо-1-фосфата  . коацерватные капли поглощали из раствора глюкозо-1-фосфат, и в них осуществлялось ферментативное превращение глюкозо-1-фосфата в крахмал, за счет скопления которого увеличивались размеры капли

Пардон, Азазель!  Что в этом такого удивильного?  В "нечто" ввели ГОТОВЫЙ фермент из живой клетки! И этот фермент в этом "нечто" начал выполнять свою работу. Ту самую работу, для которой он и создавался ЖИВОЙ КЛЕТКОЙ - фермент начал делать крахмал. Естественно, что когда растворенное вещество методом диффузии проникает в некое "нечто" и там переводится в "осадок" (крахмал) находящимся там ферментом (выдранным из живой клетки), то размеры этого "нечта", естественно, начнут увеличиваться. Я не очень понял, чему я тут должен изумляться?
Я что, должен был ожидать, что фермент откажется выполнять свою работу? Вопреки всем химическим законам?
Или я должен был ожидать, что каплю этого "дуроцервата" не начнет распирать изнутри от образующегося крахмала?
Вы, Азазель, с какой целью привели этот отрывок? Поясните плиз. Я в недоумении...  
Кстати, давно известно, что сама почва обладает заметной ферментативной активностью. Так как в ней много разных ферментов, оставшихся от умерших организмов, и пока еще не разрушившихся... Так вот они и там тоже просто делают свою работу. Что это доказывает, Азазель? Или что опровергает?  

2. Цитата:
Если в коацерватные капли вводить два фермента (фосфорилазу и b-амилазу), то в них имеет место...  

Ну а если мы введем в дуроцерватные капли целых ТРИ фермента, то получим еще более удивительную картину    
А если ЧЕТЫРЕ - то еще более удивительную!    
Ну а если мы перетащим в дуроцерват вообще ВСЕ ФЕРМЕНТЫ ИЗ ЖИВОЙ КЛЕТКИ, то получим почти живую клетку! Ты посмотри, какое удивительное тело - этот дуроцерват!  
Да что тогда вообще мелочиться! Давайте перенесем в дуроцерват не только ВСЕ ферменты, но еще и ДНК, и РНК, перетащим туда же рибосомы (из живой клетки) и, наконец, укутаем этот дуроцерват готовой мембраной из живой клетки, то что мы получим?.. Правильно! Мы получим живую клетку! Что и требовалось доказать! Всё! Абиогенез из коацерватной капли ДОКАЗАН!  
Просто замечательный СУП ИЗ ТОПОРА Вы сейчас сварили, гражданин Азазель.

3. Цитата:
Оказалось, что в одинаковых условиях капли, обладающие более совершенной экспериментально созданной внутренней организацией, наращивают массу быстрее,. чем капли, внутренняя организация которых менее совершенна...

А вот эта цитата вообще теперь станет брильянтом в моей коллекции анекдотов!    
Блин, ну зачем же авторы этой цитаты столько трудились? Они бы лучше у меня спросили. Я бы им СРАЗУ ответил, что капли, внутренняя структура которых более совершенна, будут набирать массу быстрее, чем капли, внутренняя структура которых менее совершенна      
...Я катался под столом... Аж слезы на глазах выступили от смеха  Скажите мне, Азазель - это случайно не академик Лысенко писал?  

Оффлайн Imperor

  • Участник форума
  • Сообщений: 2790
зарождение жизни на земле
« Ответ #159 : Февраль 17, 2008, 15:35:09 »
Кстати, вот Ярослава критикую за это, а сам забыл дать ссылку на обзор, который разбирал  :oops:
Исправляю свою ошибку.

Оффлайн Игорь Антонов

  • Участник форума
  • Сообщений: 2951
зарождение жизни на земле
« Ответ #160 : Февраль 17, 2008, 15:36:14 »
Известный адепт гипотезы РНК-мира, академик Александр Спирин,  опубликовал осенью минувшего года новую статью в "Палеонтологическом  журнале"  (№ 5, Сентябрь-Октябрь 2007, С. 11-19).

"КОГДА, ГДЕ И В КАКИХ УСЛОВИЯХ МОГ ВОЗНИКНУТЬ И ЭВОЛЮЦИОНИРОВАТЬ МИР
РНК?"

Вот её аннотация:

Рассмотрены условия внешней среды, необходимые для существования, амплификации и эволюции мира РНК, трудности абиогенного синтеза РНК и парадоксальные ситуации, возникающие в отношении стабильности РНК, ее функционирования и места мира РНК в геологической истории Земли. Обсуждается, во-первых, несовместимость химической нестабильности ковалентной структуры РНК в водной среде и необходимости воды для формирования ее функционально активных конформаций (“водный парадокс”); во-вторых, несовместимость стабильной двуспиральной структуры РНК, требуемой для репликации РНК, и стабильных компактных конформаций одноцепочечных РНК, необходимых для каталитических функций (конформационный парадокс); в третьих, чересчур малый промежуток времени, или его отсутствие, в геологической истории Земли между окончанием массированной метеоритной бомбардировки (3.9 млрд. лет назад) и появлением первых свидетельств клеточной жизни (бактерий) в земных породах (3.8–3.85 млрд. лет назад или даже несколько ранее) (геологический парадокс). Сделан вывод о невозможности возникновения, существования и эволюции мира РНК в клеточные формы жизни на Земле. Кратко обсуждается проблема космического происхождения мира РНК и его внеземной эволюции, с последующим распространением в космосе, в основном с помощью комет, клеточной формы жизни как более устойчивой к внешним условиям по сравнению со свободной РНК.

Оффлайн Сергей

  • Участник форума
  • Сообщений: 934
    • http://groh.ru/gro/
зарождение жизни на земле
« Ответ #161 : Февраль 17, 2008, 15:38:31 »
Цитата: "Imperor"
  Ранее, в других ветках я уже неоднократно демонстрировал ненаучность гипотезы абиогенеза.


Imperor, предложите свою научную гипотезу абиогенеза, тогда и будет повод для обсуждения. Пока же Ваши высказывания весьма напоминают ''Письмо к ученому соседу'':

Цитировать
Много я сделал  открытий и кроме этого хотя и не  имею аттестатов и
свидетельств.  Приежжайте  ко   мне  дорогой  соседушко,  ей-богу.   Откроем
что-нибудь вместе, литературой займемся.

http://www.lib.ru/LITRA/CHEHOW/r_letter.txt

Оффлайн Комбинатор

  • Участник форума
  • Сообщений: 1455
зарождение жизни на земле
« Ответ #162 : Февраль 17, 2008, 23:56:57 »
Цитата: "Игорь Антонов"
Известный адепт гипотезы РНК-мира, академик Александр Спирин,  опубликовал осенью минувшего года новую статью в "Палеонтологическом  журнале"  (№ 5, Сентябрь-Октябрь 2007, С. 11-19).

.......
Сделан вывод о невозможности возникновения, существования и эволюции мира РНК в клеточные формы жизни на Земле. Кратко обсуждается проблема космического происхождения мира РНК и его внеземной эволюции, с последующим распространением в космосе, в основном с помощью комет, клеточной формы жизни как более устойчивой к внешним условиям по сравнению со свободной РНК.


Ну наконц-то и академик Спирин со мной согласился. :)

Оффлайн Игорь Антонов

  • Участник форума
  • Сообщений: 2951
зарождение жизни на земле
« Ответ #163 : Февраль 18, 2008, 00:38:21 »
Цитата: "Комбинатор"
Ну наконц-то и академик Спирин со мной согласился. :)

Академик Спирин и со мной соглашался. Причём в самом главном вопросе  :)  
Но не буду здесь гусей дразнить.

DNAoidea

  • Гость
зарождение жизни на земле
« Ответ #164 : Февраль 18, 2008, 01:04:06 »
а как добыть полный текст статьи?