Социальная и биологическая организация систем

Автор ArefievPV, марта 23, 2016, 05:32:43

« назад - далее »

ArefievPV

Добавлю.

Модель должна соответствовать, как минимум, двум условиям: достоверно отражать существенные начальные условия (которые соответствуют действительным) и достоверно отражать конечные условия (которые соответствуют действительным) – результат работы модели.

И если наша модель не представляет собой «чёрный ящик», то при совпадении модельных начальных и конечных условий с действительными начальными и конечными условиями, мы всегда можем отыскать закономерность в этой модели (ведь мы сами эту модель создали и прописали в ней алгоритмы и закономерности). И с соответствующей степенью достоверности перенести найденную закономерность на само природное явление...

Ну а в модели типа «чёрного ящика» отыскать ничего не получится...

Игорь Антонов

Цитата: ArefievPV от февраля 04, 2018, 13:26:56Возможно, что накопление избыточности (увеличение «тупой сложности») в модели не было предусмотрено. Верно? А в живой природе это дело присутствует. Полагаю, модель должна соответствовать природному явлению, а не наоборот...
Увеличение "тупой сложности" в модели предусмотрено.  Только вот "тупая сложность" остается тупой, пока из нее избирательно не вовлекается в общую систему то, что может быть полезным. И именно особость этой избирательности - ключ к системной эволюции.
Если же "тупая сложность" произвольным образом внедряется в структуры уже работающей системы, то она лишь тупо ей мешает работать, нарушая исходную системную целостность.

Речь идет о моделировании, воспроизведении работы предполагаемых эволюционных принципов, механизмов. 
Есть схема - наследование, мутации, отбор.
Эта универсальная эволюционная схема, значение которой выходит за рамки биологии, успешно переносится в машинные модели. 
В то же время, практика показывает, что эта схема в рамках привнесения в существующую систему лишь случайной изменчивости обеспечивает реальную возможность параметрической оптимизации систем - адаптивного варьирования размеров, интервалов времени, скорости и других атрибутов,  но закономерно не обеспечивает структурное усложнение в силу причин, о которых я подробно высказывался.
Вы верите, что система может случайно и конструктивно усложниться, а я знаю, что это противоестественно на сколь угодно большом интервале времени и числе итераций. 

Если возвращаться к биологии, то и для природных видов характерна очень высокая внутривидовая стабильность "структурной схемы" организма.  Это ещё одно косвенное подтверждение того системного принципа, о котором идет речь у меня - рандомизация для работающих функциональных структур только разрушительна. Трансформироваться в более сложные системы они должны согласованно, без нарушения их исходной функциональности. Вот именно этот закон изменчивости, который обеспечивает согласованное усложнение системы, не поддается машинной формализации в отличие от других эволюционных принципов. И вполне ожидаемо, что изменчивость, затрагивающая структурную организацию, в процессе эволюции биологических видов имеет согласованный, а не случайный характер. Как это и происходит в известных, наблюдаемых нами случаях эволюции сложных систем.

ArefievPV

Цитата: Игорь Антонов от февраля 04, 2018, 14:35:20
Увеличение "тупой сложности" в модели предусмотрено.  Только вот "тупая сложность" остается тупой, пока из нее избирательно не вовлекается в общую систему то, что может быть полезным.
Мы опять пошли по кругу...
Описываю процесс вовлечения (очень условно)...

Оптимизация, если работает постоянно, не даёт появиться ничему новому в принципе.
Мутации должны накопиться в геноме (обычно при благоприятных условиях).
Не будет давления отбора (типа, оно ослабнет) и условия станут благоприятными – сразу же появится огромное количество мутантов (с нейтральными и/или слабовредными мутациями).

И если условия резко изменились, то у мутанта появляется шанс выжить (вот оно, вписывание "тупой сложности"). А у очень хорошо адаптированных (к бывшим/прежним условиям существования) шансов никаких нет. Они полностью оптимизированы, у них ничего лишнего, каждое изменение в геноме (даже малейшее) для них смертельно, так всё завязано на системность (сама система перестаёт функционировать).

Цитата: Игорь Антонов от февраля 04, 2018, 14:35:20
Вы верите, что система может случайно и конструктивно усложниться, а я знаю, что это противоестественно на сколь угодно большом интервале времени и числе итераций.
И я не верю, что система может случайно (и при этом конструктивно!) усложнится – вероятность такого события чрезвычайно мала. А вот сначала усложниться она может довольно легко. Если особей очень много (да в благоприятных условиях), то такие усложнения будут накапливаться в генофонде. И если впоследствии произойдут существенные изменения среды, то включится ЕО на полную мощность (и возможно, совсем по другим параметрам начнёт отсев, нежели прежде). А результатом (то есть выжившими особями, сформировавшими новый вид, по сути) такой жёсткой оптимизации, как раз и будет появление новой конструктивной сложности. И ведь такая сложность возникла случайно.
Ещё раз. ЕО для работы нужен материал (типа, что отбирать, что отсеивать).

Цитата: Игорь Антонов от февраля 04, 2018, 14:35:20
Если возвращаться к биологии, то и для природных видов характерна очень высокая внутривидовая стабильность "структурной схемы" организма.  Это ещё одно косвенное подтверждение того системного принципа, о котором идет речь у меня - рандомизация для работающих функциональных структур только разрушительна.
Это как раз и выражается в стабилизирующем отборе (то, что я обозвал постоянно действующей оптимизацией в модели). За счёт высокой смертности мутантов, оставшиеся в живых особи и виды и демонстрируют высокую стабильность своей структуры (представители с изменившейся структурой (мутанты) умерли). Но только в данных условия и при ЕО, работающим именно по данным конкретным параметрам. Разрушительна она потому, что виды/особи уже оптимизированы (они адаптированы, "заточены" под данные условия). Любое (даже малейшее) изменение генома приводит к фатальному исходу...

Цитата: Игорь Антонов от февраля 04, 2018, 14:35:20
Трансформироваться в более сложные системы они должны согласованно, без нарушения их исходной функциональности. Вот именно этот закон изменчивости, который обеспечивает согласованное усложнение системы, не поддается машинной формализации в отличие от других эволюционных принципов. И вполне ожидаемо, что изменчивость, затрагивающая структурную организацию, в процессе эволюции биологических видов имеет согласованный, а не случайный характер. Как это и происходит в известных, наблюдаемых нами случаях эволюции сложных систем.
А согласованность происходящего изменения возникает как результат огромного количества статистически случайных событий. Мы ведь наблюдаем только выживших и успешных, а не всех подряд (умерших, не оставивших потомства, оставивших мало потомства и т.д.). А особей, не оставивших потомства (в каждом поколении!, то есть вероятности перемножаются) будет на порядки, порядки, а не разы!) больше.

Поймите, это только видимая цепочка смены победителей (эдакая восходящая линия усложнения системности), а не все изменения, произошедшие в результате эволюции. Ведь умерших мы не видим...

И это мы ещё не фиксируем изменения в самой окружающей среде. А ведь среда изменилась, не менее сильно (а может и более) чем виды и особи живых организмов. И среда и живые системы эволюционируют совместно (коэволюция, типа).

ArefievPV

#633
Предлагаю всё же учесть в модели озвученное мной сегодня.
https://paleoforum.ru/index.php/topic,9509.msg210876.html#msg210876
https://paleoforum.ru/index.php/topic,9509.msg210882.html#msg210882

Модель должна отражать действительность. Повторюсь:
https://paleoforum.ru/index.php/topic,9509.msg210887.html#msg210887
Цитата: ArefievPV от февраля 04, 2018, 14:01:37
Модель должна соответствовать, как минимум, двум условиям: достоверно отражать существенные начальные условия (которые соответствуют действительным) и достоверно отражать конечные условия (которые соответствуют действительным) – результат работы модели.

И если наша модель не представляет собой «чёрный ящик», то при совпадении модельных начальных и конечных условий с действительными начальными и конечными условиями, мы всегда можем отыскать закономерность в этой модели (ведь мы сами эту модель создали и прописали в ней алгоритмы и закономерности). И с соответствующей степенью достоверности перенести найденную закономерность на само природное явление...
Изменяем начальные условия (в соответствии с природными)  в модели и сравниваем получившийся результат с наблюдаемым в природе. Если модель правильно отражает действительность, то результат должен совпасть с наблюдаемым в природном явлении.

Находим соответствия алгоритмов в модели наблюдаемым процессам в самом природном явлении. Затем проверяем (возможно, опять-таки, отдельной на модели).

Если результаты различаются, то модель отправляем на доработку...
По сути, переписываем структуру модели и алгоритмы в модели (структуру и взаимодействие компонентов в модели).

Если в Вашей модели не получается схожий результат, то значит модель не верна. Что-то в ней не учтено, что-то в ней не отражается, не прописаны какие-то механизмы и процессы... И количество итераций здесь не спасает.

Почему же Вы не хотите учесть, те предложения, которые я озвучил?

Игорь Антонов

Цитата: ArefievPV от февраля 04, 2018, 15:29:19И я не верю, что система может случайно (и при этом конструктивно!) усложнится – вероятность такого события чрезвычайно мала. А вот сначала усложниться она может довольно легко. Если особей очень много (да в благоприятных условиях), то такие усложнения будут накапливаться в генофонде. И если впоследствии произойдут существенные изменения среды, то включится ЕО на полную мощность (и возможно, совсем по другим параметрам начнёт отсев, нежели прежде). А результатом (то есть выжившими особями, сформировавшими новый вид, по сути) такой жёсткой оптимизации, как раз и будет появление новой конструктивной сложности. И ведь такая сложность возникла случайно.
Ещё раз. ЕО для работы нужен материал (типа, что отбирать, что отсеивать).
Когда накапливается "неконструктивная сложность", то в системном смысле это просто бессистемный "шум".
Конструктивная сложность - это комплексная согласованность связей множества элементов.
Случайные блуждания и отбор не делают из первой сложности вторую. 
Делает её то, что Анохин назвал "избирательным вовлечением компонентов".

Да, вполне возможно, что материалом для будущей конструктивной эволюции является фоновое накопление до времени лишенных фенотипического проявления мутаций.
Однако задача избирательно использовать этот материал для чего-то конструктивно нового вовсе не тривиальна и отбор ее автоматически не решает.
Собственно, как раз в это обстоятельство и упирается машинная формализация системной эволюции, в отличие от успешной формализации параметрической эволюции.

Новые гены обеспечивают синтез новых РНК и белков, которые производятся в клетке на каких-то этапах онтогенеза в каких-то количествах, куда-то  транспортируются и как-то взаимодействуют с другими компонентами клеток в итоге как-то проявляясь в фенотипе и функционировании организма в целом. Если эти продукты будут синтезироваться в случайное время в случайном количестве и транспортироваться в случайное место, то ни в какой новой системной связности они не примут участие за миллиарды миллиардов попыток.
И именно в этом причина машинной неформализуемости конструктивного этапа эволюции систем - нужна согласованность вовлечения продуктов новых генов (новых элементов и связей в машинных моделях)  в работу организма (в общую системную структуру).  Без этого сложный шум останется лишь бессистемным сложным шумом.

ArefievPV

Цитата: Игорь Антонов от февраля 04, 2018, 16:20:38
Да, вполне возможно, что материалом для будущей конструктивной эволюции является фоновое накопление до времени лишенных фенотипического проявления мутаций.
Именно так и происходит. Только очень многообразно.
Цитата: Игорь Антонов от февраля 04, 2018, 16:20:38
Однако задача избирательно использовать этот материал для чего-то конструктивно нового вовсе не тривиальна и отбор ее автоматически не решает.
Собственно, как раз в это обстоятельство и упирается машинная формализация системной эволюции, в отличие от успешной формализации параметрической эволюции.
Как это всё описать на формальном языке и в алгоритмах – я себе не представляю.
Задача формализации весьма сложна.

Но ведь нельзя опускать руки... Вы уже создали одну (а может уже не одну) модель. Полагаю, Вам стоит продвигаться в этом направлении и далее (создавать модели).
Очень жаль, что не могу помочь Вам в этом процессе – не хватает компетенций... :-[
Только идеи могу подкидывать, вот и всё... Грустно... :-[
А ведь задача очень интересная и очень достойная для приложения сил.

Цитата: Игорь Антонов от февраля 04, 2018, 16:20:38
Новые гены обеспечивают синтез новых РНК и белков, которые производятся в клетке на каких-то этапах онтогенеза в каких-то количествах, куда-то  транспортируются и как-то взаимодействуют с другими компонентами клеток в итоге как-то проявляясь в фенотипе и функционировании организма в целом. Если эти продукты будут синтезироваться в случайное время в случайном количестве и транспортироваться в случайное место, то ни в какой новой системной связности они не примут участие за миллиарды миллиардов попыток.
Нет, немного не так. Случайности не убивают сразу и во всех случаях.

Вообще большинство генов имеют очень широкий спектр действия, если так можно выразиться. Мало того, часть генов, которые у одного вида занимаются чем-то одним, у другого вида могут заниматься совсем другим.

Далее. Гены влияют на работу друг друга. А у РНК имеется даже каталитическая активность, вроде бы... Вполне возможна, компенсация неработающих генов генами-дублёрами (и/или изменением регулирующей функции других генов)...

Кроме того, мутации могут приводить к удвоению генетического набора. Понимаете, какой резерв для складирования мутаций открывается? И у каждой особи он свой будет.

Про обмен генетическим материалом и включения вирусной ДНК/РНК в геном хозяина даже не говорю...

Игорь Антонов

Вы ничем не противоречите моему предыдущему сообщению.  В нем речь вовсе не о том, что случайности убивают, а о том, что  в гиперастрономическом пространстве возможных произвольных вариаций чисто случайные изменения не несут в себе закономерности возникновения новой системности на любом числе итераций. Даже при условии жёсткой фильтрации от вредных модификаций.

Я знаю, как себя будут вести эволюционные вычислительные модели в отношении системной сложности, поскольку там всё ясно - проблема в законе изменчивости.

Моя собственная модель заключается в том, что  для результативного системогенеза нужна согласованная адаптивная реакция на внешние условия, пока специфичная только для живого и не переносимая в машинные сущности в силу отсутствия у них собственной скоординированной активности во взаимодействии со средой. Объект должен стать субъектом. Тогда он сможет создавать новые системы. Подобные условия вводит Жданов в книге "Автономный искусственный интеллект" как условия для успешной реализации искусственного интеллекта. И это не случайное совпадение.

василий андреевич

Цитата: ArefievPV от февраля 04, 2018, 14:01:37Ну а в модели типа «чёрного ящика» отыскать ничего не получится...
В нем не отыскивается, а прогнозируется.
  На входе имеем беспорядок сигналов, внутри многократно защищенный геном в половой клетке, на выходе отбраковываемые случайные мутации и две-три закономерные, выживающие за счет поведения в тех условиях, которым еще предстоит случиться в среде.
  По-простецки, для нашего ящика с мозгом, на входе хаос дешифрируемых сигналов, рождающих проговариваемую мысль, при этом словесные отходы выбрасываются, как эмоциональная деятельность, а информационная суть реализуется, как структура.

ArefievPV

Реплика к прежним сообщениям...

Усложнение генома (да и вообще усложнения в системах) возникают спонтанно и часто.
Только не надо думать, что такие усложнения сразу ведут к формированию какой-то новой системности – вовсе нет. Эти усложнения в абсолютном большинстве – «мусор».
Многое зависит от способности системы накапливать безболезненно для себя такой «мусор». Этот «мусор» оказывает, конечно, незначительное влияние – в абсолютном большинстве ухудшающее работу компонентов основной системы. Однако, иногда (если условия существования системы достаточно внезапно и достаточно сильно изменились) притормозить работу некоего компонента (типа, гена и/или генетического комплекса) на каком-то этапе может улучшить работу всей системы в целом. И такая комбинация (основная система + данный вариант «мусора») внезапно получает небольшое преимущество перед остальными комбинациями в этих изменившихся условиях (постепенно разрастается и вытесняет прочие комбинации).

Если основная часть системы достаточно устойчива и может «тащить» с собой много такого «мусора» (и распространять/клонировать его вместе с собой), то и роль «мусора» со временем становится несколько иной – он начинает играть роль регулятора. И причина этого достаточно тривиальна – «мусор» также начинает эволюционировать (разумеется, в тех границах, пока не вредит сильно основной системе). Ведь ЕО и работает в основном с «мусором» – потенциальным поставщиком неких полезных компонентов. С основной системой ЕО практически не может работать – там малейшее изменение ведёт к фатальному исходу всей системы (поэтому в основной системе изменения не накапливаются, а наоборот жёстко бракуются ЕО).

Причём, в «мусоре» могут появиться мутации, которые будут влиять на копирование компонентов основной системы. Типа, клонировать целые куски генома (в данный момент совсем бесполезные). И эти куски генома также будут в «мусоре», и будут также накапливать мутации.

Предполагаю, что таким вот способом могут возникать целые генетические комплексы (например, ответственными за формирование структур, управляющих конечностями) «загодя»...
https://paleoforum.ru/index.php/topic,2220.msg210993.html#msg210993
Та же новость:
http://www.nkj.ru/news/33201/

А вообразите себе, насколько сложно будет объяснить вероятность возникновения таких структур в «момент» выхода на сушу! Типа, придётся выдумывать буквально какие-то невероятные совпадения. Прогресс прямо-таки на глазах должен происходить. Тут уж точно без Ламарка не обойтись. А вот если «каркас» (основа) таких структур уже была «прописана» в генотипе (только использовалась иначе, либо хранилась в «мусоре»), то всё совсем по-другому смотрится. Небольшие изменения (только для адаптации уже имеющейся основы для других условий) в геноме могут возникнуть за вполне разумное время.

Игорь Антонов

ArefievPV
Вопрос, который остается открытым - как именно из бессистемного усложнения генома возникает на выходе новая системность фенотипа?
А ведь в нем вся суть проблемы.
И вряд ли на геноцентричном пути найдется ответ.
Ведь надо разобраться  - за счет чего новый ген или новое сочетание генов специфичным (и системным образом) влияет на фенотип?
В отношении нового гена у клеток возникает новая производственная задача - когда и сколько синтезировать по нему РНК, а по ним белков.
Есть новая транспортная задача - куда и в каком количестве эти продукты синтеза транспортировать, как и с чем они там будут взаимодействовать.
И в итоге определенного конкретного решения всех этих задач для каждого из новых генов в фенотипе что-то будет конструктивно меняться.
Я думаю, что в сложных системах чисто механически, на основе случайных блужданий, такие задачи не решаются в принципе. 
Просто уже в силу гиперастрономичности пространства возможных бессистемных случайных вариаций.
Именно поэтому такие задачи не поддаются машинной формализации.
Само системное связывание, формирование функции гена, происходит вне гена, не детерминировано им.

ArefievPV

Цитата: Игорь Антонов от февраля 14, 2018, 13:05:08
Просто уже в силу гиперастрономичности пространства возможных бессистемных случайных вариаций.
Именно поэтому такие задачи не поддаются машинной формализации.
Само системное связывание, формирование функции гена, происходит вне гена, не детерминировано им.
Полагаю, что там не может быть «гиперастрономичности пространства возможных бессистемных случайных вариаций». Выбор вариантов возможных решений уже ограничен предыдущим рабочим вариантом. Не с нуля ведь начинается формирование системы. Даже зарождение первых живых систем происходило не с нуля. Живые системы изначально оседлали некую совокупность косных процессов и этим самым уже были ограничены в выборе последующих вариантов развития.

То есть, если в самой основе твоего функционирования лежит некий косный процесс (циркуляция гиперциклов в некоей уже работающей косной системе (я «голосую» за гидрогеологическую систему), то «перескочить» на другую основу уже не получится (система распадётся). Весь последующий выбор уже был предопределён первичным случайным «выбором» «платформы» (некоей работающей косной системы), на которой и возникла первая живая система на нашей планете.  Это первое.

И второе. Системность организма возникает в результате взаимодействия среды и генов. То есть нельзя всю «ответственность» за формирование фенотипа возлагать только на гены. Среда также оказывает влияние на формирование организма.

И ещё. Для определённых условий средовых всегда можно подобрать множество комбинаций генов (генотипа) для формирования множества различных фенотипов.

Мало того, предлагаю считать фенотип (типа, сам организм) именно способом сохранения/распространения генотипа.

Кратко напомню собственные взгляды на это дело.

Ежели по-простому, то посредством организма гены (наверное, более точно – комбинации генов) себя сохраняют и клонируют. В определённых условиях (спектр* условий довольно широк) определённые комбинации генов (спектр* вариантов комбинаций довольно широк) при взаимодействии со средой формирует организм.

Обращаю внимание, что спектры* (что условий среды существования, что вариантов комбинаций) должны изначально быть весьма широкими. Иначе базовая первичная функция самосохранения (и как следствие – способом копирования собственных частей для поддержания работоспособности системы) попросту не смогла бы возникнуть.

Даже оболочка живой системы возникла много позже самой живой системы. Первые живые системы не имели собственной оболочки и довольствовались существующей, которую им предоставляла косная система.

P.S. Уважаемый Игорь Антонов. Как Вы понимаете, мои взгляды на возникновение живых систем, весьма отличаются от общепринятых. Предполагаю, что Вы тоже не разделяете, и не приемлите моих взглядов (возможно, даже считаете их фантазиями и «бредом»). Отношусь к этому с пониманием. Просто счёл необходимым пояснить их, не более.

ArefievPV

#641
Цитата: Игорь Антонов от февраля 14, 2018, 13:05:08
Вопрос, который остается открытым - как именно из бессистемного усложнения генома возникает на выходе новая системность фенотипа?
А ведь в нем вся суть проблемы.
И вряд ли на геноцентричном пути найдется ответ.
Ведь надо разобраться  - за счет чего новый ген или новое сочетание генов специфичным (и системным образом) влияет на фенотип?
По поводу постепенного возникновения новой системности (без разрушения прежней системности и подгонки и согласования новых системных элементов). Разумеется, пока только, как может возникнуть некое качество, не бывшее прежде (просто как некое улучшение, путём изменения параметров).

Приведу отвлечённый умозрительный пример.

Например, существует работоспособная система (типа, «повозка на колёсах определённого диаметра»), и требуется внести небольшое изменение («мутацию») в «ген» регулирующий продолжение «роста» колёс. «Ген», в котором произошла «мутация» может быть ответственным за «отсечку роста колёс». То есть, такой «ген», который вырабатывает «белок», который ингибирует активность «гена», ответственного за выработку строительного «белка», используемого для формирования колеса.

«Мутация» ухудшает (как и абсолютное большинство мутаций вообще) работу «гена-ингибитора» и этот «ген» начинает работать хуже – чуток позже начинает вырабатываться «белок-ингибитор» и/или чуток в меньшем количестве начинает вырабатываться «белок-ингибитор». В итоге колесо успевает «вырасти» немного большего размера. Вероятность такой «мутации» совсем не нулевая. Да и сама такая «мутация» не является фатальной.

Да, такая тележка будет выполнять функции немного по-другому из-за изменившихся размеров колёс без соответствующего изменения мощности моторчика, КПП, самих внешних условий и т.д. (возможно, тележка будет хуже с колёсами большего размера трогаться с места, или слишком быстро передвигаться, или...).

Однако, такая «мутация» не будет и полезной в существующих условиях (скорее, слабовредной). Такая тележка в среднем будет меньше оставлять потомков в существующих условиях и если условия позволят выживать и таким ущербным особям, то некоторое количество (очень небольшое) особей в популяции тележек будут носителями этой мутации.

Но если вдруг условия существования тележек поменяются (изменился климат, участились дожди, местность заболотилась, на дорогах грязь непролазная и т.д.), то эти ущербные особи (с колёсами немного большего размера) могут нивелировать свою ущербность (типа, компенсировать большей проходимостью) и даже получить преимущество.

Если такие условия сохранятся на продолжительное время, то этот испорченный мутацией «ген-ингибитор», наоборот станет нормой – теперь прежние нормальные «гены» вредят выживаемости тележек (носителей прежних нормальных «генов»). Тележки с мутировавшим «геном» получат распространение в популяции. Про такие тележки ещё нельзя сказать, что они обладают повышенной проходимостью (моторчик слабый, КПП не обеспечивает нужные передаточные числа для передачи крутящего момента на колёса), но это небольшой шажок в данном направлении.

Обратите внимание: «мутация», которая в прежних условиях была слабовредной стала нейтральной и даже полезной! ::)

Разумеется «мутации» будут возникать и «генах» отвечающих за формирование структуры моторчика и КПП. И некоторые из таких мутаций будут приводить к увеличению мощности и/или крутящего момента моторчика (и/или изменению передаточного числа КПП и увеличению экономичности хода тележки на разных скоростях движения). Отчасти и увеличение мощности/крутящего момента также, возможно, будет способствовать проходимости, но без больших колёс «мутации», приводящие к данным изменениям будут бесполезны (а в прежних условиях они были вредными – моторчик был более прожорливым, КПП сильно замедляла скорость (хоть и экономила топливо) и т.д.).

То есть, «платформа» (тот базовый вариант) для дальнейших изменений может быть разной. Это: либо тележка с увеличенными колёсами, либо тележка с более мощным моторчиком, либо тележка с изменённой КПП. И в зависимости от «выбранной» случайно базовой «платформы» эволюция тележек пойдёт различными путями, но в итоге прийти к схожим «конструкторским» решениям...

Рассмотрим «платформу» с тележкой с увеличенными колёсами.

Может появиться «мутация» (типа, дефект в «гене-регуляторе» «роста» длины кривошипа (и, как следствие, увеличению хода поршня в цилиндре)) увеличивающая мощность моторчика. Прежде такая «мутация» также была вредной, но в изменившихся условиях она может оказаться как полезной (тележка сможет легче преодолевать грязищу), так и вредной (слишком прожорливый моторчик). Например, условия сложились такие, что прожорливость по вредности перевесила слабосильность (но экономичность). И соответствующий «генотип» (увеличенные колёса + более мощный моторчик) будет совсем мало представлен в популяции.

Однако, если условия продолжат ухудшаться (заболоченности и грязи на дорогах всё больше), то всё может измениться и более мощный моторчик придётся кстати. Тележки с прежним слабым моторчиком вообще перестанут двигаться. И через некоторое время в популяции останутся только тележки с увеличенными колёсами и с более мощным моторчиком. И самое главное: прежде дефектные «гены» в новых условиях окажутся как раз нормальными (а прежних нормальных «генов» в «генотипе» может и не остаться).

И теперь, если попробовать изменить любой из дефектных «генов» (прежде нормальных «генов») в сторону нормальности, то система окажется нежизнеспособной. И Вы об этом говорили. Но при этом, возможно, не учитывали, что создание новой системности отвечают и гены (и изменения в них) и среда (и изменения в ней).

Получается, возникла новая системность (новое системное решение, обеспечивающее повышенную проходимость в новых условиях) на базе прежней системности. И мне в этом примере даже не пришлось одновременно заменять сразу два готовых элемента («гена») на два других готовых элемента («гена»). И даже не пришлось их согласовывать между собой («подгонять» работу одного элемента под функционирование другого элемента) и «подгонять» всю систему под сложившиеся внешние условия. Вся наладка и согласование произошли в результате взаимодействия «генома» и среды (разумеется, через «посредника»  – через фенотип, через организмы, так сказать).

P.S. Уважаемый Игорь Антонов. Повторюсь. Мои размышлизмы не претендуют на строгую научность (и, возможно, вызовут у Вас усмешку своей наивностью – но, как уж сумел :-[), они только для пояснений.

Игорь Антонов

Цитата: ArefievPV от февраля 14, 2018, 15:56:14Цитата: Игорь Антонов от Сегодня в 12:05:08

    Просто уже в силу гиперастрономичности пространства возможных бессистемных случайных вариаций.
    Именно поэтому такие задачи не поддаются машинной формализации.
    Само системное связывание, формирование функции гена, происходит вне гена, не детерминировано им.

Полагаю, что там не может быть «гиперастрономичности пространства возможных бессистемных случайных вариаций». Выбор вариантов возможных решений уже ограничен предыдущим рабочим вариантом. Не с нуля ведь начинается формирование системы. Даже зарождение первых живых систем происходило не с нуля. Живые системы изначально оседлали некую совокупность косных процессов и этим самым уже были ограничены в выборе последующих вариантов развития.

"Выбор вариантов возможных решений" возможен как событие, когда появляется именно "решение", то есть, нечто системное и новое.
Безусловно, возможности новой организации всегда ограничены предысторией системы.
Но гиперастрономичен диапазон возможных произвольных вариаций исходной системы до того, как еще появилась новая система. У меня речь об этом. Не имея дела со сложными системами, не занимаясь моделированием, возможно трудно понять, насколько безграничен океан потенциального произвольного "шума". Но это именно так.

Что касается вариаций мощности, размеров и т.п. (различных модуляций существующих структур), то Ваше мышление подталкивает к примерам из сферы параметрической оптимизации и это верный ход мысли, поскольку именно такая оптимизация формализуема, в том числе, и машинными средствами. Но она не является путем к структурному усложнению и реорганизации.

ArefievPV

Цитата: Игорь Антонов от февраля 14, 2018, 16:10:51
Что касается вариаций мощности, размеров и т.п. (различных модуляций существующих структур), то Ваше мышление подталкивает к примерам из сферы параметрической оптимизации и это верный ход мысли, поскольку именно такая оптимизация формализуема, в том числе, и машинными средствами. Но она не является путем к структурному усложнению и реорганизации.
Моё предположение по структурной реорганизации и усложнению следующее.

Возможен целый спектр мутаций, влияющий на сами процессы репликации генома без фатальных последствий. Отдельные результаты таких мутаций нам известны (удвоение, утроение целых участков генома (хромосом и комбинаций генов). И именно в результате этого может возникнуть новая системность. При этом произошедшая мутация (сама по себе, как небольшое и вполне вероятное изменение) «умудрилась» «создать» целый кусок генома (вполне работоспособный и сам по себе и совершенно невозможный с точки зрения теории вероятности (тут уж точно гиперастрономическое количество вариантов ???)).

И вдобавок. Мутации вообще-то провоцируются как раз изменениями внешней среды (не только как прямое воздействие – канцерогены, мутагены и пр., но как косвенное воздействие – увеличения частоты возникновения диплоидных наборов, эпигенетика и пр.). То есть, имеем сразу и изменение среды и синхронное с этим изменение генома (полиплоидию) колоссального уровня сложности (возникновение целого дополнительного набора хромосом «с нуля» – совсем не шутка). А далее уже эволюция идёт по накатанной – методом небольших изменений (причём в любом наборе или сразу во всех) эволюция может продолжаться... Основной набор будет продолжать работать, а во втором могут происходить любые изменения (нарабатываться богатейший материал для последующего ЕО).

Думаю, что в результате, опять-таки, небольших точечных (буквально разовых) мутаций, может протекать и обратный процесс – часть генома (комбинации генов) из второго набора прикрепится к основному рабочему набору. И в этом случае будет наблюдаться колоссальный скачок усложнения – в результате точечной (и вполне вероятной) мутации «возникли» целые гены (вообще невероятное разовое событие). А далее эволюция опять идёт по накатанной – прежде ненужное, в новых условиях может стать востребованным...

Как всё это формализовать и реализовать в программе при моделировании – не знаю...  :-[ Мой уровень компетенций в данной области, не позволяет мне даже какие-то конкретные предположения выдвигать...

Nur 1

#644
Глубокоуважаемый ArefievPV, добрый день!

Без определенной массы специальных знаний на нашем форуме, не скрою, трудновато вести дискуссию. Я тут не случайно задавал вопрос о том, что имеется в виду, когда возникает речь о влиянии непосредственного или близкого окружения генома - цитоплазмы или протоплазмы.
Что касается цитоплазмы, то уже давно известно, что неоднородность ее химического состава неодинаково влияет на структуру хроматина. Это, например, может приводить к изменению пространственной конфигурации хроматина с одновременной дезорганизацией связей участков ДНК с гистонами. Что определяет, в свою очередь, препарацию определенных фрагментов двойной спирали к последующей транскрипции. Изменение концентрации в цитоплазме ряда микроэлементов, например, Mn2+ или Mg2+, решительным образом воздействует на активность РНК-полимеразы и, как следствие - на узнавание ею промоторов. Зависящее от концентрации микроэлементов стресс-активированное фосфорилирование специфическими фосфокиназами фактора инициации, вообще, тотально подавляет инициацию трансляции любых мРНК.
И подобных примеров - много, очень много. То есть влияние цитоплазмы, можно даже предположить, часто - решающее - на активность генома не подвергается биологами особому сомнению.