Адаптивность vs нейтральность

[maxim.ge]

we found that positive selection at synonymous sites of mammalian genes is substantially more common than positive selection at the level of protein sequences.

Тут, кстати, вообще все очень странно может получиться. Если синонимичные замены более под отбором,  чем несинонимичные, а "консервативность" участков определяется по превалированию синонимичных, то эти "консервативные" участки на деле как раз самые что ни на есть "либеральные".

Попахивает революцией

[aevin]

Уточнение вопроса.
Что нейтралисты ответят на вопрос, в результате каких мутаций (адаптивных или нейтральных) в эволюции появился глаз?

Ну в рамках нейтрализма большинство закрепленных мутаций на пути от LUCA к организму с глазом - нейтральны. Но могут быть вообще все нейтральны, ибо ключевой фактор эволюции фенотипа это онтогенез.

Берем  LUCA, по нему генерируем E10 генотипов с, там, случайным сдвигом [0, 100]  по каждому гену, отбрасываем нежизнеспособные, отображаем на пространство фенотипов, получаем E10 разнообразных фенотипов, некоторые из них с глазами, вот и все.

Больше вопросов не имею.

[aevin]

we found that positive selection at synonymous sites of mammalian genes is substantially more common than positive selection at the level of protein sequences.

Тут, кстати, вообще все очень странно может получиться. Если синонимичные замены более под отбором,  чем несинонимичные, а "консервативность" участков определяется по превалированию синонимичных, то эти "консервативные" участки на деле как раз самые что ни на есть "либеральные".

Попахивает революцией

Таки да. Как бы нейтралистам не проспать новый поворот тренда. )
Впрочем, буду только рад, если нейтрализм официально примут в качестве нуль-нипотезы. А почему - не скажу. )

[maxim.ge]

Таки да. Как бы нейтралистам не проспать новый поворот тренда. )

Человек любит найти крайность, обозвать ее и затем в нее залезть:

все, или ничего;
нейтрализм - панселекционизм;
пунктуализм - градуализм;
фиксизм - мобилизм;
фактуализм - теоретизм.

Авиацию противника нужно уничтожать не только в воздухе, но и на аэродромах. Выступавшие тт. Кравченко и Штерн склонны считать, что основное уничтожение противника будет осуществляться в воздухе, а не на земле. Я всегда был противником этих крайностей. Мы обязаны одинаково хорошо бить воздушного противника одинаково хорошо и на земле и в воздухе.

[maxim.ge]

Больше вопросов не имею.

А жаль Интересный мог бы разговор получиться. Ну да вольному - воля.

[Limfil]

Глаз появляется не в результате мутаций, а в результате онтогенеза в конкретной области генетического пространства, мутация - предыдущее звено в причинно-следственной цепи.

а онтогенез он святым духом по вашему работает? ему откуда взяться? мутации - да, они случайны. но онтогенез это очень точный и слаженный процесс. не верите? выглятнте на улицу и посмотрите на прохожих - у почти всех будет череп, глаза, нос, две губы, по пять пальцев на обоих руках. всё это должно быть глубоко канализованно. и само по себе, как мутации (которые могут дать и не пять пальцев и не два глаза) существовать не может, а должно быть обусловленно закрепившимися мутациями.

ибо ключевой фактор эволюции фенотипа это онтогенез.

онтогенз работает только от гаметы до гаметы, в которых он "скручивается" пока не точно ясно во что именно (генотип+эпигенетика), но если говорить что он и есть - ключевой фактор эволюции, это всё равно что сказать, что в LUCA уже были все пути развития всех последующих организмов, что очевидный абсурд (и не эволюционизм конечно), я думаю вы хотиле сказать что другое, но ляпнули не зная так ради красивой фразы.

[Lion]

Это верно. Больше скажу, тут даже и вредность нерелевантна. В отличие от мифического "вреда религии", к примеру, вред курения и алкоголизма доказан, но пьют и курят.

В формировании поведения значение имеет не абстрактный "вред" или "польза", а социальное поощрение или наказание. И вот как раз алкоголизм и курение имеют охрененную социальную поддержку. Не в декларациях, а в реальности. А что там у кого-то разовьется рак легких или "белочка", так это слишком сильно поздно будет, чтобы формировалась какая-то обратная связь, регулирующая поведение.

[aevin]

Это верно. Больше скажу, тут даже и вредность нерелевантна. В отличие от мифического "вреда религии", к примеру, вред курения и алкоголизма доказан, но пьют и курят.

В формировании поведения значение имеет не абстрактный "вред" или "польза", а социальное поощрение или наказание. И вот как раз алкоголизм и курение имеют охрененную социальную поддержку. Не в декларациях, а в реальности. А что там у кого-то разовьется рак легких или "белочка", так это слишком сильно поздно будет, чтобы формировалась какая-то обратная связь, регулирующая поведение.

Нужно смотреть глубже - а почему они имеют такую поддержку? Первопричина (имхо) в том, что они дают кратковременное сиюминутное удовольствие (т.е. психологическое подкрепление) при отсроченном вреде. А отбор работает по сиюминутному принципу. Да-да, естественный обтор. Но не генов, а мемов, влияние которых  в эволюции человека является определяющим (из-за более высокой скорости эволюции мемов по сравнению с эволюцией генов).

Это для тех кто пьет и курит даже в одиночку. )
А плюс к тому, они конечно дают и социальное сближение.

[aevin]

Таки да. Как бы нейтралистам не проспать новый поворот тренда. )

Человек любит найти крайность, обозвать ее и затем в нее залезть:

все, или ничего;
нейтрализм - панселекционизм;
пунктуализм - градуализм;
фиксизм - мобилизм;
фактуализм - теоретизм.

Авиацию противника нужно уничтожать не только в воздухе, но и на аэродромах. Выступавшие тт. Кравченко и Штерн склонны считать, что основное уничтожение противника будет осуществляться в воздухе, а не на земле. Я всегда был противником этих крайностей. Мы обязаны одинаково хорошо бить воздушного противника одинаково хорошо и на земле и в воздухе.

сейчас все-таки тренд в сторону нейтрализма.

[aevin]

Это для тех кто пьет и курит даже в одиночку. )
А плюс к тому, они конечно дают и социальное сближение.

Сразу вспомнил про эту статью, но не сразу нашел. )

-----------------------------------------------------------------------
Nat Genet. 2005 Jun;37(6):566-7.
The gene duplication that greased society's wheels.
Woolfit M, Wolfe K.
Comment on
Resurrecting ancestral alcohol dehydrogenases from yeast. [Nat Genet. 2005]

Yeast's ability to produce ethanol in high concentrations has been exploited by humans for millennia. Two recent papers help us to understand the genetic changes that made this species so appealing to humans and the history of its domestication.

Imagine a world without alcohol. No pinot noir, no Guinness, no single malt whisky...no home-made parsnip wine at grandma's, to look on the bright side.

[Lion]

Нужно смотреть глубже - а почему они имеют такую поддержку?

Обязательные социальные ритуалы. Поддержание родственных отношений (праздники, свадьбы, похороны...), отношений в коллективе (корпоративы, курилка), между мужчиной и женщиной (начиная со знакомства и ухаживания), в армии (куча народу начинает курить и бухать именно там), и т.д. Социальная адаптация.

А индивидуальные причины не столько в получении удовольствия (в России культура уж никак не гедонистическая), сколько в снятии стресса. Там ить еще неизвестно, от чего раньше помрешь, от вредных привычек или от инфаркта...


Так что отбор в данном случае не нейтральный, а вполне конкретно адаптивный, просто фактор адаптивности оценивается неверно -- не по здоровому образу жизни он идет.

[aevin]

А индивидуальные причины не столько в получении удовольствия (в России культура уж никак не гедонистическая), сколько в снятии стресса. Там ить еще неизвестно, от чего раньше помрешь, от вредных привычек или от инфаркта...

А если пить без удовольствия, то еще раньше. )

[maxim.ge]

сейчас все-таки тренд в сторону нейтрализма.

Лучше, конечно, было бы сказать, что нейтральным процессам отводится большая роль, чем ранее, а  darwinian selection - соответственно, меньшая.

Ну а так - нормальная фраза, кривизна в пределах понимаемости.

[aevin]

К фразе претензий не имею. Просто хотел показать, что не я начал разговор о трендах. И тем более, о революциях. Попахивающих. )

[maxim.ge]

Просто хотел показать, что не я начал разговор о трендах.

Зато Вы начали задавать вопросы "нейтралистам", хотя их тут и рядом не стояло 

И тем более, о революциях

Обсуждаемый тут материал касательно отбора по ds тянет скорее не на революцию, а на катастрофу.