Адаптивность vs нейтральность

[maxim.ge]

но построение генотипа по фенотипу вовсе не случайно, а закономерно.

Пардон, конечно, построение фенотипа по генотипу.

[aevin]

А вот и результаты теста по полиморфизму. Консервативные сайты ведь самые важные в функциональном смысле. А раньше-то считали, что чем ниже dN/dS, тем менее адаптивна эволюция белка.

1) Не очень понятно, как цитируемый далее текст связан с  dN/dS

Раньше считали, что только если dN/dS>1, то это адаптивные мутации (а таких обычно всего несколько десятков генов на геном). А эта статья показала, что чем ниже dN/dS, тем более вероятно, что мутации закрепились адаптивно. И цифры в статье - 50-80% адаптивных мутаций, а не 20%.

[aevin]

но построение генотипа по фенотипу вовсе не случайно, а закономерно.

Пардон, конечно, построение фенотипа по генотипу.

Так и не понял, что нейтралисты ответят на вопрос, в результате каких мутаций (адаптивных или нейтральных) появился глаз?

[aevin]

2) С чего вдруг белок не входит в фенотип?

Если его третичная структура и функция практически не изменились (а так обычно и бывает в результате нейтральных аминокислотных замен), то можно считать, что фенотип не изменился.

[maxim.ge]

А эта статья показала, что чем ниже dN/dS, тем более вероятно, что мутации закрепились адаптивно.

Нельзя ли конкретно указать, где про это написано в статье?

Так и не понял, что нейтралисты ответят на вопрос, в результате каких мутаций (адаптивных или нейтральных) появился глаз?

Глаз появляется не в результате мутаций, а в результате онтогенеза в конкретной области генетического пространства, мутация - предыдущее звено в причинно-следственной цепи.

1) генотип LUCA + мутации -> смещение от LUCA в точку Генотип87912
2) В точке Генотип87912 онтогенез строит организм с глазом

Т.е. почему у организма с Генотип87912 имеется глаз? Потому что таков онтогенез в этой точке.

В другой точке - другой организм. Т.е. по сути от LUCA происходит Большой Биологический Взрыв по генетическому пространству, а онтогенез рисует по нему фенотипическое пространство.

[maxim.ge]

Если его третичная структура и функция практически не изменились (а так обычно и бывает в результате нейтральных аминокислотных замен)...

Речь-то шла про неадаптивность замен в nonsynonymous sites.

[aevin]

А эта статья показала, что чем ниже dN/dS, тем более вероятно, что мутации закрепились адаптивно.

Нельзя ли конкретно указать, где про это написано в статье?

Proc Biol Sci. 2012 Sep 7;279(1742):3409-17. doi: 10.1098/rspb.2012.0776. Epub 2012 Jun 6.
Major role of positive selection in the evolution of conservative segments of Drosophila proteins.
Bazykin GA1, Kondrashov AS.

Slow evolution of conservative segments of coding and non-coding DNA is caused by the action of negative selection, which removes new mutations. However, the mode of selection that affects the few substitutions that do occur within such segments remains unclear. Here, we show that the fraction of allele replacements that were driven by positive selection, and the strength of this selection, is the highest within the conservative segments of Drosophila protein-coding genes. The McDonald-Kreitman test, applied to the data on variation in Drosophila melanogaster and in Drosophila simulans, indicates that within the most conservative protein segments, approximately 72 per cent (approx. 80%) of allele replacements were driven by positive selection, as opposed to only approximately 44 per cent (approx. 53%) at rapidly evolving segments. Data on multiple non-synonymous substitutions at a codon lead to the same conclusion and additionally indicate that positive selection driving allele replacements at conservative sites is the strongest, as it accelerates evolution by a factor of approximately 40, as opposed to a factor of approximately 5 at rapidly evolving sites. Thus, random drift plays only a minor role in the evolution of conservative DNA segments, and those relatively rare allele replacements that occur within such segments are mostly driven by substantial positive selection.

[aevin]

Если его третичная структура и функция практически не изменились (а так обычно и бывает в результате нейтральных аминокислотных замен)...

Речь-то шла про неадаптивность замен в nonsynonymous sites.

Это тоже самое.

[aevin]

Так и не понял, что нейтралисты ответят на вопрос, в результате каких мутаций (адаптивных или нейтральных) появился глаз?

Глаз появляется не в результате мутаций, а в результате онтогенеза в конкретной области генетического пространства, мутация - предыдущее звено в причинно-следственной цепи.

1) генотип LUCA + мутации -> смещение от LUCA в точку Генотип87912
2) В точке Генотип87912 онтогенез строит организм с глазом

В другой точке - другой организм. Т.е. по сути от LUCA происходит Большой Биологический Взрыв по генетическому пространству, а онтогенез рисует по нему фенотипическое пространство.

Ну, не хотите отвечать по человечески, и не надо.

[maxim.ge]

...

Так тут речь о том, что роль движущего отбора в консервативных сегментах больше, чем в "либеральных".

Про dn/dS тут ничего не сказано, тем более, что, как выяснилось ранее, dS более подвержено отбору, чем dN.

[maxim.ge]

Ну, не хотите отвечать по человечески, и не надо.

А чем плох ответ? Формулу

Код Выделить Развернуть

генотип + внешняя среда + случайные изменения → фенотип

придумал не я. Равно как и гено-фено пространства.

[aevin]

...

Так тут речь о том, что роль движущего отбора в консервативных сегментах больше, чем в "либеральных".

Про dn/dS тут ничего не сказано, тем более, что, как выяснилось ранее, dS более подвержено отбору, чем dN.

Консервативность отрицательно коррелирует с dN/dS. Это общепризнанно.

[aevin]

Уточнение вопроса.
Что нейтралисты ответят на вопрос, в результате каких мутаций (адаптивных или нейтральных) в эволюции появился глаз?

Любые изменения в эволюции появляются в результате фиксации мутации. Еще раз, в результате фиксации каких мутаций (адаптивных или нейтральных) в эволюции животных появился глаз?

[maxim.ge]

Консервативность отрицательно коррелирует с dN/dS. Это общепризнанно.

Ну мало ли. Вы же ниспроверегаете основы, мол, "Раньше считали, что только если dN/dS>1 то", а теперь как бы все не так. К тому же, этот тезис сильно подтачивается ранее приведенной Вами работой Кунина про отбор по синонимичным заменам.

Короче, в  процитированном фрагменте нет данных про dn/ds, а по косвенным - неубедительно.

[maxim.ge]

Уточнение вопроса.
Что нейтралисты ответят на вопрос, в результате каких мутаций (адаптивных или нейтральных) в эволюции появился глаз?

Ну в рамках нейтрализма большинство закрепленных мутаций на пути от LUCA к организму с глазом - нейтральны. Но могут быть вообще все нейтральны, ибо ключевой фактор эволюции фенотипа это онтогенез.

Берем  LUCA, по нему генерируем E10 генотипов с, там, случайным сдвигом [0, 100]  по каждому гену, отбрасываем нежизнеспособные, отображаем на пространство фенотипов, получаем E10 разнообразных фенотипов, некоторые из них с глазами, вот и все.