Автор Тема: Мусорная ДНК  (Прочитано 12994 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Питер

  • Участник форума
  • Сообщений: 1317
    • Просмотр профиля
Re: Мусорная ДНК
« Ответ #30 : Май 13, 2015, 16:23:04 »
Надо  будет   взять  статью  и  посмотреть,  как  они  эти 4%   намеряли.   Причем  у  зверя,  плохо кариотипированного и  точно  тогда  не  секвенированного.
А  оно  вам  надо  ?

Оффлайн aevin

  • Участник форума
  • Сообщений: 1106
    • Просмотр профиля
Re: Мусорная ДНК
« Ответ #31 : Май 14, 2015, 13:25:52 »
Надо  будет   взять  статью  и  посмотреть,  как  они  эти 4%   намеряли.   Причем  у  зверя,  плохо кариотипированного и  точно  тогда  не  секвенированного.

Проточная ДНК-цитометрия клеток крови.

Тогда из эукариот были секвенированы только дрожжи (как раз в 1998 статья по дрожжам вышла). Да и сейчас, насколько я знаю, из амфибий секвенирован только маленький геном ксенопуса (а у этих Rana геном в несколько раз больше). И в любом случае, сейчас никто не будет секвенироать несколько десятков экземпляров. Может, еще лет через 20 это будет легко. )

Оффлайн Питер

  • Участник форума
  • Сообщений: 1317
    • Просмотр профиля
Re: Мусорная ДНК
« Ответ #32 : Май 14, 2015, 14:09:24 »
Ну  тогда  4%  это в  общем  ни  о  чем.  Тем  более  что  это    клетки  крови ... Но   статью все  равно  возьму ...
А  оно  вам  надо  ?

Оффлайн aevin

  • Участник форума
  • Сообщений: 1106
    • Просмотр профиля
Re: Мусорная ДНК
« Ответ #33 : Май 14, 2015, 16:48:39 »
Ну  тогда  4%  это в  общем  ни  о  чем.  Тем  более  что  это    клетки  крови ... Но   статью все  равно  возьму ...

Конечно если есть более современные данные на эту тему, было бы интересно о них узнать ...

Limfil

  • Гость
Re: Мусорная ДНК
« Ответ #34 : Май 15, 2015, 19:40:24 »
Есть результаты (полу)естественного эксперимента в зоне Чернобыльской АЭС (см. ниже). У некоторых лягушек наблюдалось снижение генома на 4% без видимого снижения жизнеспособности (но это у тех, кто уже выжил).
ну если даже и всё гладко с этим сокращением, то это как раз объяснимо - поскольку в росте генома транспозоны играют заметную роль, а они живут почти что сами по себе, в том числе и размножаются когда хотят, то стало быть и мутации в них возникают видимо чаще, чем в остальных частях генома, а значит в условиях повышенной радиации, то есть мутагенов в среде именно они попадают под раздачу в первую очередь, потому и пропадают, не способные встроиться например. надо бы как-то проверить - верно ли такое предположение - взять кого с прочтённым геномом, и поместить в такую среду на много поколений, посмотреть изменился ли размер генома, и если да, то в чём именно.

Оффлайн aevin

  • Участник форума
  • Сообщений: 1106
    • Просмотр профиля
Re: Мусорная ДНК
« Ответ #35 : Май 17, 2015, 14:04:40 »
Есть результаты (полу)естественного эксперимента в зоне Чернобыльской АЭС (см. ниже). У некоторых лягушек наблюдалось снижение генома на 4% без видимого снижения жизнеспособности (но это у тех, кто уже выжил).
ну если даже и всё гладко с этим сокращением, то это как раз объяснимо - поскольку в росте генома транспозоны играют заметную роль, а они живут почти что сами по себе, в том числе и размножаются когда хотят, то стало быть и мутации в них возникают видимо чаще, чем в остальных частях генома, а значит в условиях повышенной радиации, то есть мутагенов в среде именно они попадают под раздачу в первую очередь, потому и пропадают, не способные встроиться например. надо бы как-то проверить - верно ли такое предположение - взять кого с прочтённым геномом, и поместить в такую среду на много поколений, посмотреть изменился ли размер генома, и если да, то в чём именно.

Большинство транспозонов сейчас не активно. Во всяком случае, размер генома не растет на 4% в каждом поколении (или за несколько поколений) от встраивания транспозонов. 

Limfil

  • Гость
Re: Мусорная ДНК
« Ответ #36 : Май 18, 2015, 17:53:35 »
Большинство транспозонов сейчас не активно. Во всяком случае, размер генома не растет на 4% в каждом поколении (или за несколько поколений) от встраивания транспозонов. 
кто-то встраивается, кто-то убывает. понятно, что большая их часть не прыгает постоянно, иначе бы геном был бы аморфным. но какое-то движение всё равно есть постоянно.

Оффлайн Роза

  • Участник форума
  • Сообщений: 46
    • Просмотр профиля
Re: Мусорная ДНК
« Ответ #37 : Май 22, 2015, 19:53:08 »
http://elementy.ru/news/432262 про зверушек аппендикулярий. Вышли на мозаичное развитие эмбриона, что позволило им избавится от подстраивающихся кусков генома. Итог -  обходятся геномом 47 раз меньше человеческого.


Оочень занятная зверушка.

Limfil

  • Гость
Re: Мусорная ДНК
« Ответ #38 : Май 22, 2015, 22:15:22 »
Вышли на мозаичное развитие эмбриона, что позволило им избавится от подстраивающихся кусков генома. Итог -  обходятся геномом 47 раз меньше человеческого.
не вижу никакой связи. детерминированность развития означает, что каждый участок цитоплазмы "знает" во что првратится заранее. и определяется при формировании зародышевой линии. причём тут размер генома? тем более когда об общем кол-ве генов и их регуляторных элементах (то что в самом деле важно) - ни слова. да и в статье тоже перечень геномов уж очень "подобранных" - у птиц размер генома около 1 млрд пар наклеотидов, у хвостатых земноводных - десятки миллиардов. а они выбрали тех кто близок к нашему. но чуть поменьше...

Оффлайн aevin

  • Участник форума
  • Сообщений: 1106
    • Просмотр профиля
Re: Мусорная ДНК
« Ответ #39 : Май 23, 2015, 10:05:54 »
http://elementy.ru/news/432262 про зверушек аппендикулярий. Вышли на мозаичное развитие эмбриона, что позволило им избавится от подстраивающихся кусков генома. Итог -  обходятся геномом 47 раз меньше человеческого.


Оочень занятная зверушка.

Они вообще очень простые.
"в ЦНС оболочников очень мало нейронов (у ланцетника около 20 тысяч, а у личинки асцидии всего 330 штук). "
"У ланцетника размер генома составляет 0,52 миллиарда = 520 миллионов п.н. Геномы оболочников гораздо меньше: у асцидии Ciona intestinalis — всего лишь около 160 миллионов п.н., а у аппендикулярии Oikopleura dioica даже менее 70 миллионов п.н."

Видно, что разница размеров нервных систем (60 тыс. раз) намного больше разницы размеров геномов (<10 раз). Но вполне возможно, что мозаичность развития тоже играет роль в уменьшении генома (регуляция развития должна быть намного проще).


« Последнее редактирование: Май 23, 2015, 10:10:29 от aevin »

Оффлайн Humulus

  • Участник форума
  • Сообщений: 213
    • Просмотр профиля
Re: Мусорная ДНК
« Ответ #40 : Май 23, 2015, 10:26:56 »
...у ланцетника около 20 тысяч, а у личинки асцидии всего 330 штук...
Видно, что разница размеров нервных систем (60 тыс. раз) намного больше разницы размеров геномов (<10 раз).
Наверно, просто 60 раз,  без тыс

Оффлайн aevin

  • Участник форума
  • Сообщений: 1106
    • Просмотр профиля
Re: Мусорная ДНК
« Ответ #41 : Май 23, 2015, 13:23:30 »
Правильно. Прошу прощения, машинально написал тыс. Но все равно намного больше.

Оффлайн Vladimirkox

  • Участник форума
  • Сообщений: 589
    • Просмотр профиля
Re: Мусорная ДНК
« Ответ #42 : Май 23, 2015, 19:25:01 »
"Причем  у  зверя,  плохо кариотипированного"
"Оочень занятная зверушка."

Люди! Я ни разу не видел волосатой лягушки и полухордового! А студенты начитаются этой темы, и расскажут Вам про них на зачетах, и на Вас же и сошлются.
Перестаньте обзывать животинок!
Сорри.

По теме. Эпидемиологи заметили, что врачи ренгенологи славятся большей продолжительностью жизни. Вероятно, система репарации ДНК у ренгенологов хорошо натренирована. Кто-то слышал, что там у потомственных ренгенологов с короткими повторами?
« Последнее редактирование: Май 23, 2015, 19:39:08 от Vladimirkox »

Limfil

  • Гость
Re: Мусорная ДНК
« Ответ #43 : Май 23, 2015, 21:55:55 »
Видно, что разница размеров нервных систем (60 тыс. раз) намного больше разницы размеров геномов (<10 раз). Но вполне возможно, что мозаичность развития тоже играет роль в уменьшении генома (регуляция развития должна быть намного проще).
какая связь между этим всем??? самыми большими геномами обладают некоторые амёбы, у которых никаких нейронов и никакого развития нет и в помине. а почему бы не сравинть человека и саламандр таким образом? по числу генов мы примерно равны инфузориям и уступаем рису. при этом среди эукариот нет никакой зависимости между кол-вом генов и размером генома. что тут обсуждать я не понимаю?

Оффлайн aevin

  • Участник форума
  • Сообщений: 1106
    • Просмотр профиля
Re: Мусорная ДНК
« Ответ #44 : Май 24, 2015, 11:58:09 »
какая связь между этим всем??? самыми большими геномами обладают некоторые амёбы, у которых никаких нейронов и никакого развития нет и в помине. а почему бы не сравинть человека и саламандр таким образом? по числу генов мы примерно равны инфузориям и уступаем рису. при этом среди эукариот нет никакой зависимости между кол-вом генов и размером генома. что тут обсуждать я не понимаю?

Тут речь о минимальных геномах (для каждой группы организмов). Минимальные геномы в общем коррелируют со сложностью. А у амеб - полиплоидия. Это не то же самое, что большой геном.