Мусорная ДНК

[aevin]

Гены это конечно хорошо, но наивно полагать, что по геному мы сможем прочесть столько, что и морфосистематика не понадобится уже. Все профессии нужны, все профессии важны.

Я только говорю, что морфосистематика это уже вчерашний день. Поскольку в основном все уже отморфосистематизировано. А в геномах ну очень много информации (мега и гигабиты), и на любой вкус. )  В смысле - есть участки, эволюционирующие с разной скоростью. Надо только уметь ее использовать. Точнее, я имел ввиду филогенетику, а не систематику.

Яркий пример - по филогении корова ближе к киту, чем к свинье. Как Вам такое? Никакая морфология (кроме "морфологии" молекул) этого не определит.

[aevin]

по "голым" молекулярным данным составить толковую таксономию не получается. по личному опыту. даже если речь о родах/семействах, а уж в более крупных группах неопределённость только нарастает. однако конечно мол-данные - очень важный элемент такого анализа.

Может, это проблема личного опыта, а не молекулярных данных.
Полные геномы сравнивали?
(Напомню, я говорил про "эпоху секвенирования геномов".)

[Дж. Тайсаев]

Я только говорю, что морфосистематика это уже вчерашний день. Поскольку в основном все уже отморфосистематизировано. А в геномах ну очень много информации (мега и гигабиты), и на любой вкус. )  В смысле - есть участки, эволюционирующие с разной скоростью. Надо только уметь ее использовать. Точнее, я имел ввиду филогенетику, а не систематику.

Яркий пример - по филогении корова ближе к киту, чем к свинье. Как Вам такое? Никакая морфология (кроме "морфологии" молекул) этого не определит.

А вот с этим полностью согласен. Только одно уточнение. Морфосистематика и сейчас достаточно динамична, к тому же она в комплексе с той же генетикой, сейчас может дать гораздо больше. Да и генетика без морфосистематики тоже пока ещё не очень зряча. Достаточно вспомнить про денисова человека.

[aevin]

А вот с этим полностью согласен. Только одно уточнение. Морфосистематика и сейчас достаточно динамична, к тому же она в комплексе с той же генетикой, сейчас может дать гораздо больше. Да и генетика без морфосистематики тоже пока ещё не очень зряча. Достаточно вспомнить про денисова человека.

С самого начала я уточнил, что имеются ввиду только рецентные организмы. Поскольку говорил о полногеномном секвенировании.

[Дж. Тайсаев]

С самого начала я уточнил, что имеются ввиду только рецентные организмы. Поскольку говорил о полногеномном секвенировании.

Жизнь рассудит. Я не преуменьшаю роль секвенирований в систематике, она огромна, но вот заменит ли она полностью классическую мофосистематику сомневаюсь. Разумеется речь тут может идти самое позднее лишь о позднем плейстоцене до современности.

[Limfil]

И где ж тут выигрыш?

а нет его - с чего вообще большой геном должен давтаь выйгрыш? геном растёт себе в силу неотсеивающихся удвоений и все дела.

Знаете какие-то группы транскрипционных факторов, уникальные для насекомых?

во-первых, по ним куда меньше данных чем по Позвоночным, во-вторых - специально не интересовался. но уникальные гены вообще есть даже для отдельных отрядов.

Полные геномы сравнивали?

нет, не сравнивал. э-э-э... по скольким организмам есть такие данные что бы говорить про вечерашний день? вот будет хотя бы из каждого семейства по полному геному и не только "коров" и "китов", а вообще всего живого мира - тогда может быть. и то - не факт.

В смысле - есть участки, эволюционирующие с разной скоростью.

есть конечно. есть микросателлиты и 28s. но как интерпретировать эти данные относительно того как эволюционировал организм если мы не будем сравнивать ничего кроме этого? откуда знать то для него имеет какую важность в плане построения тела?

[aevin]

а нет его - с чего вообще большой геном должен давтаь выйгрыш? геном растёт себе в силу неотсеивающихся удвоений и все дела.

С того же, с чего и другие признаки. Например, большой размер тела.
Вполне вероятно, дупликации не отсеиваются не случайно. Если они только замедляют развитие и не дают никакого выигрыша, то должны бы отсеиваться.

Знаете какие-то группы транскрипционных факторов, уникальные для насекомых?

во-первых, по ним куда меньше данных чем по Позвоночным, во-вторых - специально не интересовался. но уникальные гены вообще есть даже для отдельных отрядов.

Во-первых, по дрозофиле вполне достаточно данных. Уж она изучена не хуже человека. Геномы некоторых других насекомых тоже секвенированы.
Во-вторых, я спрашивал не про уникальные гены вообще, а про уникальные транскрипционные факторы.
(Ну вобщем я понял, это у Вас как с тем сверхдоминированием по щетинкам, аргумент чисто от балды.)

[Limfil]

С того же, с чего и другие признаки. Например, большой размер тела.

размер тела имеет конкретные примущества (устойчивость к хищникам, иногда половой отбор), также как и минусы - снижение размера популяции и как правило удлиненние времени поколения. в отличае от него таких же конкретных вещей по размеру генома назвать не получается. однако, поскольку геном не тело и расходов на его поддержаение меньше, то его размер может изменятся более пластично.

Вполне вероятно, дупликации не отсеиваются не случайно. Если они только замедляют развитие и не дают никакого выигрыша, то должны бы отсеиваться.

ну да - дилециями. но тогда получается, что итоговый размер генома просто балланс между скоростью дилеций и дупликаций и размножения транспозонов. это если организму не надо за зарезу урезать траты на дупликацию - как при миниатюризации, о чём шла речь в ссылке Preguntador.

Во-первых, по дрозофиле вполне достаточно данных. Уж она изучена не хуже человека. Геномы некоторых других насекомых тоже секвенированы.

м-да... Дрозофилы вообще-то это огромный род с более тысячей описанных видов, а геномы есть по десяткам (pubmed дал 24 именно генома и именно Дрозофил). ну и что сравнивать при такой неполноте? по другим насекомым дело труба вообще - единичные виды на отряды из сотен тысяч, а есть и семейства (ну правда уже только мелкие такие остались) по которым молекулярных данных нет вообще. хотя конечно хоть какие молекулярные данные есть уже если не по большей части, то по очень многим организмам, но когда генов даже штук 5-6 то дерево всё равно ветвится не важно... но даже и это разрешило бы проблемы -у молекулярных данных огромный недостаток в том, что по вымершим организмам они практически ничего дать не могут (то что есть - во-первых очень недавние остатки, а во-вторых их очень мало, в-третьих работы с ними очень трудна и дорога), потом как что чего изменилось и что привело к определённой форме можно только сопоставляя морфологию. и потом - группы вполне могут быть и полифилетичными и нет и это опять вопрос строения. да, есть конечно субъективный момент, но что делать?.. в общем - мол-данные это очень важно в дереве, но только как его каркас, отправная точка, а не то что альфа и омега.

Во-вторых, я спрашивал не про уникальные гены вообще, а про уникальные транскрипционные факторы.

нет никаких оснований утверждать, что уникальные транскрипиционные факторы свойственный только наземным Позвоночным.

(Ну вобщем я понял, это у Вас как с тем сверхдоминированием по щетинкам, аргумент чисто от балды.)

про щетинки это был абстрактный пример. и про сверхдоминирование есть материал. я там что-то пропустил ответ честно говоря. но наезжать не нужно. аргументов от этого не прибавится. скорее наоборот.

[ArefievPV]

К вопросу о размерах генома.
http://elementy.ru/news/432513
"Можно уверенно утверждать, что при прочих равных для видов с маленькими геномами характерны мелкие клетки и быстрое размножение, а для видов с большими геномами — крупные клетки и медленное размножение."
По-простому: большая молекула ДНК требует больше места (размещается в клетке большого размера), но при этом требует и больше времени и ресурсов на репликацию.
В свою очередь скорость деления клеток в многоклеточном организме зависит от стратегии (K-r).
В заметке это "дело" рассматривается на примере амфибий (различные типы метаморфоза, неотения и пр.).

И где ж тут выигрыш?
Понятно адаптивное преимущество высокой скорости развития. А вот у низкой скорости преимущества нет. Никто не устраивает соревнований, кто медленней пробежит дистанцию. )
Зато концепция "буферной ДНК" объясняет преимущество большого генома за счет экономичного метаболизма. А медленность - это уже вторично, это издержки экономичности.
-------------------------
- А когда кайф-то?
- Когда промахиваюсь.
(из анекдота)

Не понял кому Вы адресуете свои возражения.
Разве низкую скорость я преподнёс как преимущество?
Речь шла (и на этом акцент сделал) о размерах генома. А этот параметр, как оказалось, неплохо коррелирует с двумя другими параметрами: размером самой клетки и скоростью деления клетки.
Не более. Просто дополнительная инфа. Подумал, что пригодится в обсуждении...
"Из анекдота" - было лишнее, полагаю.

[Preguntador]

http://macroevolution.livejournal.com/199801.html

[aevin]

С того же, с чего и другие признаки. Например, большой размер тела.

размер тела имеет конкретные примущества (устойчивость к хищникам, иногда половой отбор), также как и минусы - снижение размера популяции и как правило удлиненние времени поколения. в отличае от него таких же конкретных вещей по размеру генома назвать не получается. однако, поскольку геном не тело и расходов на его поддержаение меньше, то его размер может изменятся более пластично.

Вы значит так и не поняли, что снижение скорости развития - это минус.

м-да... Дрозофилы вообще-то это огромный род с более тысячей описанных видов, а геномы есть по десяткам (pubmed дал 24 именно генома и именно Дрозофил). ну и что сравнивать при такой неполноте?

Для того, чтобы найти уникальные группы генов, достаточно и одного хорошо изученного генома. Который сравнивается против всех остальных геномов в базе.

нет никаких оснований утверждать, что уникальные транскрипиционные факторы свойственный только наземным Позвоночным.

Это утверждение легко может быть опровергнуто приведением примеров уникальных транскрипиционных факторов, свойственных другим группам животных. Но этих примеров не последовало.

[aevin]

Не понял кому Вы адресуете свои возражения.
Разве низкую скорость я преподнёс как преимущество?
Речь шла (и на этом акцент сделал) о размерах генома. А этот параметр, как оказалось, неплохо коррелирует с двумя другими параметрами: размером самой клетки и скоростью деления клетки.
Не более. Просто дополнительная инфа. Подумал, что пригодится в обсуждении...

Ну видимо, автору заметки ("дополнительной инфы"), которую Вы перепостили.
Еще раз, быстрая скорость - плюс, медленная - не плюс. Появление маленьких геномов эта концепция (автора "дополнительной инфы") объясняет, а появление больших - нет.

"Из анекдота" - было лишнее, полагаю.

Пардон, имелись ввиду конечно же не Вы (и даже не автор "дополнительной инфы"), а парадокс асимметричности преимущества скорости развития (упомянутый выше). В этом анекдоте кайф тоже обладает свойством асимметричности. )
Отсутствие попадания - кайф, а само попадание - не кайф.

Другими словами, отсутствие избыточной ДНК - кайф, присутствие - не кайф. Это в рамках концепции скорости. А в рамках концепции экономичности - другое дело. В рамках концепции экономичности - ровно наоборот. Тоже асимметрично, но наоборот. Вот так и живем, между Сциллой и Харибдой. )

[Limfil]

Вы значит так и не поняли, что снижение скорости развития - это минус.

также как и минусы - снижение размера популяции и как правило удлиненние времени поколения.

скорость развитя и длинна поколения - одно и то же. но зависит это конечно не только от размера генома. а ещё и от образа жизни, уровня метаболизма...

Для того, чтобы найти уникальные группы генов, достаточно и одного хорошо изученного генома. Который сравнивается против всех остальных геномов в базе.

это понятно. но уникальных генов у Насекомых достаточно.

Это утверждение легко может быть опровергнуто приведением примеров уникальных транскрипиционных факторов, свойственных другим группам животных. Но этих примеров не последовало.

но это никак не означает, что их нет совсем... я вам уже отвечал на это.

[aevin]

.

Это утверждение легко может быть опровергнуто приведением примеров уникальных транскрипиционных факторов, свойственных другим группам животных. Но этих примеров не последовало.

но это никак не означает, что их нет совсем... я вам уже отвечал на это.

Ответом могут быть только примеры групп транскрипционных факторов, уникальных для насекомых или любых других групп животных (кроме наземных позвоночных). А то что у Вас, это не ответ, а просто ля-ля.

[Limfil]

Ответом могут быть только примеры групп транскрипционных факторов, уникальных для насекомых или любых других групп животных (кроме наземных позвоночных). А то что у Вас, это не ответ, а просто ля-ля.

присутствие уникальный генов говорит о том, что вероятность наличия среди них уникальных факторов транскрипции велика. у вас ведь тоже ля-ля, что уникальные факторы транскрипции есть только у наземных Позвоночных. ну и вот, ловите: knirps family
не то что только у насекомых (вроде есть и у ракообразных, но насекомые по современных представлениям - одна из их групп)