Появление первой полезной информации в генетическом коде

[Nur]

Уважаемый iSceptic!

Повторяю свой вопрос:
"Сомневаться Вы можете, но Ваша уверенность в праве на сомнение в данном случае приведет только к одному. Обсуждению идей, не поддающихся проверке опытом. а потому рискующих заслужить оценку нефальсифицируемых. Их главный признак, как я предполагаю - принципиальная возможность того, другого, третьего... Зачем это Вам?"

Вы на него пока не ответили...

[iSceptic]

Уважаемый iSceptic!

Повторяю свой вопрос:
"Сомневаться Вы можете, но Ваша уверенность в праве на сомнение в данном случае приведет только к одному. Обсуждению идей, не поддающихся проверке опытом. а потому рискующих заслужить оценку нефальсифицируемых. Их главный признак, как я предполагаю - принципиальная возможность того, другого, третьего... Зачем это Вам?"

Вы на него пока не ответили...

ответ мой такой: эту тему я начинал не для обсуждения "идей, не поддающихся проверке опытом", а для поиска отсутствующих знаний (и безуспешно).
похоже это вы провоцируете именно такое обсуждение. Зачем это Вам?

[Питер]

Давайте  для  начала  определимся  -  что вы  понимаете  под  генетическим  кодом ?   Потому  как   появление  первого  репликона и  первого   репликатора  могло  произойти  до  появления  того, что  понимается  сегодня  под  генетическим  кодом.   И  вообще  до  того,  как   на  арене    жизни  появились     аминокислоты.

[iSceptic]

Давайте  для  начала  определимся  -  что вы  понимаете  под  генетическим  кодом ?

Не думаю, что мое понимание генетического кода отличается от стандартного:
"Генети́ческий код — свойственный всем живым организмам способ кодирования аминокислотной последовательности белков при помощи последовательности нуклеотидов" (вики)
Хотя я добавил бы в стандартное определение к кодированию белков еще и внешнюю форму организма и даже возможно некоторые особенности его внутренней структуры.

Потому  как   появление  первого  репликона и  первого   репликатора  могло  произойти  до  появления  того, что  понимается  сегодня  под  генетическим  кодом.   И  вообще  до  того,  как   на  арене    жизни  появились     аминокислоты.

я просто в этом уверен: по моему очевидно, что сам по себе код не мог появиться и "записаться" на репликон.

[Vladimirkox]

"я просто в этом уверен: по моему очевидно, что сам по себе код не мог появиться и "записаться" на репликон."

Верной дорогой идете, товарищъ, тогда ни рибосом, ни тРНК не было. Толку от нечитаемого кода - ни какого.

[Питер]

Проблема   как  раз в  том,  что  первые  репликоны  были  скорее всего  ДО    кода.  И  отбор  шел  уже  тогда  -   когда  кода в  вашем  понимании  просто  не  было.  И   уже  тогда     могли  быть    сформированы     некие   точки "начала".  Плюс  к  этому   большой  вопрос,   были ли  сразу  включены  в  протожизнь  все   20  аминокислот  -   скорее  нет,  чем  да.

[iSceptic]

Проблема   как  раз в  том,  что  первые  репликоны  были  скорее всего  ДО    кода.  И  отбор  шел  уже  тогда  -   когда  кода в  вашем  понимании  просто  не  было.  И   уже  тогда     могли  быть    сформированы     некие   точки "начала".  Плюс  к  этому   большой  вопрос,   были ли  сразу  включены  в  протожизнь  все   20  аминокислот  -   скорее  нет,  чем  да.

до кода отбор мог идти только в сторону выбора наиболее устойчивой молекулы-носителя (циклы Эйгена).
могла ли без кода сформироваться устойчивая система отбора наиболее успешной структуры всего молекулярного генетического механизма?
получается, что могла. иначе бы ничего не было. но тогда возникает вопрос, а вместе с ним и "затык": как можно такую структуру организовать на практике? получается, что случайно собравшийся механизм репликации переносился из поколения также случайно собравшимися "машинками" для копирования самого механизма репликации - это так сказать копирование на "аппаратном" уровне без привлечения логического механизма "память-компиляция-механизм".
так что вполне может быть, что сначала молекулярный генетический механизм (МГМ) во вполне рабочем виде организовался на "аппаратном" уровне без привлечения "ячеек памяти". а лишь потом каким-то образом организовалась "система памяти".

[Nur]

Разве код не мог сложиться в процессе организации поэтапной взаимной репликации?
Здесь одни рибозимы с полимеразной активностью могли размножать фрагменты РНК, а другие – собирать из них более длинные молекулы.
Единый код тогда легче представить как синтез 2-х, по меньшей мере, прежде независимых кодов, один из которых мог определять порядок копирования самого собирающего рибозима, в другом случае – рибозима с полимеразной активностью.
В дальнейшем этот код мог разложиться на целый ряд вариаций, поскольку аптамеры РНК способны избирательно связываться со многими макромолекулами. При этом, в ходе неферментативной репликации РНК повышалась региоспецифичность, т.е. преобладание 3-5 связей между нуклеотидами.
В дальнейшем мог происходить отбор самых устойчивых вариантов связывания, в результате которой выиграли вариации, в которых аптамеры связывались с белками, за счет как раз несовершенной региоспецифичности, позволявшей сочетать реплики-катализаторы с репликами-матрицами.
Такая схема отражает и алгоритм эволюции: некая избыточность вариаций кодов, потом их комбинация в один, потом дивергенция по комбинации признаков «региоспецифичность + избирательность связывания макромолекул», затем отбор менее гомогенных продуктов с сочетанием молекул РНК, явно различающихся по способности образовывать трехмерные структуры.

[iSceptic]

Разве код не мог сложиться в процессе организации поэтапной взаимной репликации?

полагаю, что для выяснения этого нужно уточнить алгоритм поэтапной взаимной репликации.

Здесь одни рибозимы с полимеразной активностью могли размножать фрагменты РНК, а другие – собирать из них более длинные молекулы.
Единый код тогда легче представить как синтез 2-х, по меньшей мере, прежде независимых кодов, один из которых мог определять порядок копирования самого собирающего рибозима, в другом случае – рибозима с полимеразной активностью.
В дальнейшем этот код мог разложиться на целый ряд вариаций, поскольку аптамеры РНК способны избирательно связываться со многими макромолекулами. При этом, в ходе неферментативной репликации РНК повышалась региоспецифичность, т.е. преобладание 3-5 связей между нуклеотидами.
В дальнейшем мог происходить отбор самых устойчивых вариантов связывания, в результате которой выиграли вариации, в которых аптамеры связывались с белками, за счет как раз несовершенной региоспецифичности, позволявшей сочетать реплики-катализаторы с репликами-матрицами.

возможно было так.

но все равно не понятно как именно схема различных молекулярных механизмов оказалась "зашита" в генетическом коде. наверное был какой первичный механизм "записыватель", "сканирующий" структуру молекулы и переводящий ее в код?

[Limfil]

позволяющего записывать и передавать потомкам не только белки, но и внешнюю форму, и внутреннюю структуру.

структуры чего?  комка молекул? липидные пузырьки умеют делиться сами по себе, нуклеиновая кислота - достраивать самостоятельно цепочку комплиментраную себе. ну да, сейчас для этого нужны полимеразы и ещё куча всего. но это когда есть много охотников на то, что получится. а когда охотников нет, то можно и достраивать цепочку медленно и с кучей ошибок - только дострой. будет что-то вроде твоей копии. а потом ещё.

полагаю, что если таким способом отбирать белки, то и за триллион лет не управимся, учитывая их длину в сотни и тысячи "букв".

откуда вы взяли такую длинну в начале времён? даже ныне есть и гены мелкие - на десятки аминокислот. это теперь, когда большая часть длинны уходит на удержание нужной конфигурации активного центра белка. а когда только и требуется что просто какая-то, самая дохлая активность такой длинны и не надо.

тем более это не объясняет появление механизма выделения начала генов.

появление генов вообще момент условный.
то есть - жизнь просто взяла на вооружение те процессы, которые происходят сами по себе - будь то метаболизм или репликация/трансляция/транскрипция. и постепенно довела их до состояни клетки с внятными механизмами.

[Baerlin]

Вот получат в пробирке саморепликатор и тогда многие вопросы отпадут. Просто химия, как наука немного недоразвита. Решение где-то близко и оно достаточно простое.

[василий андреевич]

Вот получат в пробирке саморепликатор и тогда многие вопросы отпадут.

А вполне может оказаться, что для этого нужна пробирка размером с океан.
  Я как-то интересовался у "разумщиков", а как они отнесутся к абиогенезу в пробирке? Ответили - это будет доказательством, что живое Создано.
  И еще очень, на мой взгляд, важное. Необходимо четко уяснить, что такое химическая реакция в информационном плане. Ведь программисты с такой легкостью именуют ДНК кодом, что забывают - термин код является более словесным штампом. В ДНК не должно содержаться "информации" о форме будущего организма, тем более не должно содержаться "информации" о врожденных рефлексах. Информация, как процесс обмена химически кодированными сигналами, рождается по мере становления самого организма или клетки, готовой к делению. А деление, причем унаследованное, как здесь уже говорили, возможно и без "управляющего центра" - только за счет прямой и обратной диффузии через мембрану.

[Nur]

Уважаемый василий андреевич, добрый день!

Рад видеть Ваши посты после 10-и дней отсутствия на форуме. Только есть вопросы и вот некоторые из них: кто такие "разумщики". И почему их мнение о доказательстве создания должно восприниматься, например, мной, как аргумент в пользу скептического отношения к возможности проведения реального эксперимента по абиогенезу?

[василий андреевич]

Здравствуйте, Нур!
  "Разумщики" - так я обозвал приверженцев идеи Разумного Дизайна и принципа ID. Дело в том, что если сие может осуществить человек, то уж Ему раз плюнуть. Поэтому и Вы можете плюнуть - не для того работают в направлении искусственного абиогенеза.
  Вопрос другого порядка - с ЛЮКА. На мой интуитивный взгляд, во времена "подозреваемого" ЛЮКА, его, как такового не было в виде единственности. Другое дело, что тут как с митохондриальной Евой, таких Ев было много, просто мы сохранились, как потомки одной. Вот и мои сомнения к "пробирке" ровно такого же плана - нужен "океан" с предтечами ЛЮКА...
  ПП. Я было погрузился в написание для форума: "Эволюция & самоорганизация", да еще и от инета отключили. Но в который раз не смог уместиться на пяти страничках. Но буду додалбливать себя (иначе нафига тут выступаю))))

[Baerlin]

Вопрос другого порядка - с ЛЮКА. На мой интуитивный взгляд, во времена "подозреваемого" ЛЮКА, его, как такового не было в виде единственности. Другое дело, что тут как с митохондриальной Евой, таких Ев было много, просто мы сохранились, как потомки одной. Вот и мои сомнения к "пробирке" ровно такого же плана - нужен "океан" с предтечами ЛЮКА...

А Черное море годится для предЛюка. Там все условия есть, даже кислород отсутствует. Как только сложились подходящие физико-химические условия в водоеме, так ЭТО и возникло в виде слабого раствора. А затем это вещество регулярно смывалось в океан, где начало бороться за существование. Вся органика изомерна, вот подходящий изомер и начал прогрессировать.