Мы все от грибов

[Комбинатор]

то, что если этот ген закрепится, то его-то мы через сотни миллионов лет и увидим. и мало ли почему именно он - он давал некое приимущество, а масса других - нет, потому и растерялись.

Ну положим, для одного организма он случайно закрепится, но в анализе то участвуют сотни организмов! Например, тех же микроспоридий Тут важна именно статистика, отдельные представители выборки погоды не делают.

ну да, в конце концов важен не геном как таковой - собранный до конца, а большое количество и разной степени консервативных генов. это конечно есть для многих, но всё-таки результат может и измниться (т. е. выводы тут могут быть только предварительными) - пока что по охвату подобными данными Прокариоты сильно впереди Эу-...

На более, чем предварительные выводы, я и не претендую.

[Limfil]

Ну положим, для одного организма он случайно закрепится, но в анализе то участвуют сотни организмов!

если он закрепился, то по определению - он есть у всех в популяции. не может быть чтобы у кого-то одного вот ген такой как у гриба, а у другого из того же вида - как у "животного" - такое разнообразие утратится гораздо быстрее, чем успеют разойтись ветви о которых тут речь.

[Комбинатор]

если он закрепился, то по определению - он есть у всех в популяции. не может быть чтобы у кого-то одного вот ген такой как у гриба, а у другого из того же вида - как у "животного" - такое разнообразие утратится гораздо быстрее, чем успеют разойтись ветви о которых тут речь.

По этой логике, если он есть у всей популяции, то он уже был у её общего предка, а значит, анализ дерева полностью корректен. Кроме того, микроспоридии локализуются в районе корня отнюдь не по одному единственному гену.

[Limfil]

По этой логике, если он есть у всей популяции, то он уже был у её общего предка, а значит, анализ дерева полностью корректен.

с чего бы это? он мог попасть в эту популяцию в общем-то произвольный момент времени и закрепится. и закрепится. или не закрепится - как повезёт.но не то что одна половина популяции будет с одним вариантов, а другая - совсем с другим. такого быть не может просто потому что это популяция, то есть особи сркещиваются. а в редких случаях даже митохондрии могут обмениваться генами.

Кроме того, микроспоридии локализуются в районе корня отнюдь не по одному единственному гену.

ну это уже другое дело. но тут есть проблема нейтральности уже...

[Комбинатор]

с чего бы это? он мог попасть в эту популяцию в общем-то произвольный момент времени и закрепится. и закрепится. или не закрепится - как повезёт.но не то что одна половина популяции будет с одним вариантов, а другая - совсем с другим. такого быть не может просто потому что это популяция, то есть особи сркещиваются. а в редких случаях даже митохондрии могут обмениваться генами.

Если под популяцией имеется в виду вид, то кроме ХомоСапиенс, насколько я знаю, вообще нет видов, у которых геном секвенирован более, чем у одной особи.

[Limfil]

Если под популяцией имеется в виду вид, то кроме ХомоСапиенс, насколько я знаю, вообще нет видов, у которых геном секвенирован более, чем у одной особи.

под популяцией имелась в виду популяция и ничего больше - общность свободно скрещивающихся организмов одного вида. так же прочесть геном у одного экземпляра одноклеточного возможным не представляется - это всегда будет усреднение довольно большой их группы. (вообще как-то анализируют отдельные гены одной единственной клетки, но что там за методики я не знаю - для ПЦР надо в общем-то только один кусок ДНК, а у таких организмов как мы там их два, но это в теории, однако с геномом не пройдёт наверняка и это) я вообще не понимаю, при чём тут они, если мы говорим о временах  порядка чуть ли не миллиарда лет. но вот же ваши цитаты:

в анализе то участвуют сотни организмов! Тут важна именно статистика, отдельные представители выборки погоды не делают.

По этой логике, если он есть у всей популяции, то он уже был у её общего предка, а значит, анализ дерева полностью корректен.

какая связь между "популяцией" и деревом на такой шкале?..

[Комбинатор]

Мой посыл заключается в том, что если мы анализируем какой-то таксон (например, эукариот), и некий ген есть практически у всех его представителей, то не важно, получен ли он исходно в результате ГПГ, или вертикально, на результаты анализа это не влияет, так как данный ген, очевидно, уже был у общего предка всех представителей рассматриваемого таксона. В чём Ваше возражение против данного тезиса я, честно говоря, что-то не могу уловить.

[Limfil]

так как данный ген, очевидно, уже был у общего предка всех представителей рассматриваемого таксона.

это очевидно - что если мы строим дерево по некому гену и реконструируем его предковые формы, то ген должен быть у всех. однако из этого не следует, что:

то не важно, получен ли он исходно в результате ГПГ, или вертикально, на результаты анализа это не влияет

понятно. что каким путём группа получила его у самого своего корня - это не важно. однако если одна из ветвей группы получила его горизонтально, то это  сильно исказит дерево - поскольку эта ветвь будет рядом с той, из которой она его получила (при условии если от ветви из той же группы), а вовсе не там, где она на самом деле.

[Комбинатор]

понятно. что каким путём группа получила его у самого своего корня - это не важно. однако если одна из ветвей группы получила его горизонтально, то это  сильно исказит дерево - поскольку эта ветвь будет рядом с той, из которой она его получила (при условии если от ветви из той же группы), а вовсе не там, где она на самом деле.

Если одна из ветвей получила его горизонтально, то мы можем это легко детектировать по дереву. Положим, у нас где-то в середине дерева полимераз позвоночных на одной из его веток вдруг появляется полимераза, свойственная растениям. Очевидно, что это ГПГ и данную ветвь нужно опустить при анализе.

[Limfil]

Если одна из ветвей получила его горизонтально, то мы можем это легко детектировать по дереву. Положим, у нас где-то в середине дерева полимераз позвоночных на одной из его веток вдруг появляется полимераза, свойственная растениям. Очевидно, что это ГПГ и данную ветвь нужно опустить при анализе.

когда между такими далёкими ветвями да, но когда между более близкими, или переносы более древние, то тут уже неопределённость будет выше. тем более когда окажется. что всё разделение ветвей приходится на изменчивость одного гена - а все прочие просто уже слишком не похожи в разных ветвях.

[Комбинатор]

когда между такими далёкими ветвями да, но когда между более близкими, или переносы более древние, то тут уже неопределённость будет выше. тем более когда окажется. что всё разделение ветвей приходится на изменчивость одного гена - а все прочие просто уже слишком не похожи в разных ветвях.

Влияние ГПГ на итоговые выводы тем меньше, чем ближе ветви, так что перенос между близкородственными видами не так страшен. Кроме того, как я уже писал выше, вывод основан отюдь не на одном гене.

[Limfil]

Влияние ГПГ на итоговые выводы тем меньше, чем ближе ветви, так что перенос между близкородственными видами не так страшен.

меньше, но как раз между близкими - очень страшен - потому что его труднее засечь. а порой и сопоставить с изменениями с другими генами.