интересные публикации о эволюции

[plantago]

У меня к плантаго вопрос
Сейчас изучаю двухтомник Сингер м
Это специалист по мобильным элементам генома
книга 98 г и мне интересно какие вам известны подвижки в этой интереснейшей теме?

Увы, я не очень в курсе. Похоже, что серьезных открытий не сделано.

культурные растения\животные в дикой природе неконкурентны
а как это качество устойчивости относится к трансгенным растениям?
я полагаю они еще более нежны и требуют защиты от среды

Не факт. Знаю про то, что трансгенная кукуруза существенно повлияла на генофонды дикорастущей теосинте в Мексике.

[feralis]

Сегодня в публикации
История заселения Европы в генах
"
потом статья с апализом расхождений и разнообразия современного человека
и наконец статья где черепахи ставятся в основание древа архозавров
Посмотрим где всеж эти черепахи наконец останутся спустя годы исследований

А к Плантаго снова вопрос

Как по вашему есть ли некий предел делимости клетки в культуре или в организме?
В организме конечно все управляемо

А каков механизм передачи генов от кукурузы к теосинте?
Опыление?
Может ссылочку бросите на журнал где о таком можно расширить знания
если трансгены так будут делится приобретениями с дикарями то это необратимо повлияет на весь мир природы

[plantago]

Две интересные публикации:
1) Зоологи из ДВНЦ нашли нового представителя загадочной группы Rhinogradentia --- Dendronasus (см. статью в прикрепленном файле)
2) Хороший обзор по проблеме происхождения эукариот опубликован в Nature (http://www.nature.com/nature/journal/v440/n7084/abs/nature04546.html).

Как по вашему есть ли некий предел делимости клетки в культуре или в организме?

Здесь не спец, ответить не смогу. Задайте вопрос на zbio.net/forums, там Вам наверняка ответят.

А каков механизм передачи генов от кукурузы к теосинте?
Опыление?

Да.

Может ссылочку бросите

Вот здесь много (только они как раз считают, что gene flow незначителен):
http://www.biosci.ohio-state.edu/~asnowlab/reprints.htm

[plantago]

Новости систематики и эволюции

1) Находка переходной формы между Panderichthys и Ichthyostega --- ископаемой четвероногой рыбы Tiktaalik ( http://www.nature.com/nature/journal/v440/n7085/abs/nature04639.html , http://www.nature.com/nature/journal/v440/n7085/abs/nature04637.html ) проливает новый свет на эволюцию конечностей позвоночных.

2) Классификация миозинов ( http://www.pnas.org/cgi/content/abstract/103/10/3681 ) поддерживает таксон альвеолят (Alveolata, класс XIV) и еще более широкий таксон хромальвеолят (Chromalveolata, классы XXII--XXIV, в пику мнению T. Cavalier-Smith о "царстве" Chromista).

3) Andreas Schmidt-Rhaesa ответил ( http://www.sciencedirect.com/science/article/B7GJF-4J72YS1-2/2/fea0c24768932659a1c75679dd960a76 ) на критику Pilato et al., 2005 ( http://www.sciencedirect.com/science/article/B7GJF-4GGWG7B-1/2/c236f3d90fd4d94256825d4369d19265 ) по поводу существования Ecdysozoa.

4) "Что такое популяция?" --- обзор R.S.Waples & O.Gaggiotti, который может быть многим полезен ( http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1111/j.1365-294X.2006.02890.x )

5) Jenny Xiang с соавторами опубликовала ( http://www.ingentaconnect.com/content/iapt/tax/2006/00000055/00000001/art00006 ) обзор систематики рода Cornus (Кизил). Она категорически отказывается выделять из него роды Chamaepericlymenum, Cynoxylon, Swida etc., что приятно.

6) Опубликована новая система красных водорослей ( http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1111/j.1529-8817.2006.00210.x ). Авторы выделяют 7 классов (5 из них --- бывшие бангиевые), IMHO, многовато.

7) Хочу обратить внимание на совершенно сумасшедшую (но не лишенную, как мне кажется, оснований) гипотезу происхождения загадочной группы Dicyemida (паразиты осьминогов): в результате LGT между протистами (инфузориями?) и моллюсками ( http://www.sciencedirect.com/science/article/B6T2K-4B726M7-3/2/e2b60d5fc42b6b64e969824219aaa382 )!

[plantago]

Произошло очередное (второе) обновление on-line архива статей по мегасистематике, эволюции и теории систематики. Архив лежит на http://herba.msu.ru/shipunov/else/ref
Для доступа нужен логин и пароль, который я распространяю индивидуально (через личные сообщения) и прошу не распространять вторично. Все разделы, кроме "flora", доступны для скачивания:
an --- литература по цветковым растениям (все годы)
os --- литература по растениям в целом и бактериям (все годы) и по животным и протистам (до 2003)
to --- литература по животным и протистам (с 2003) и самые новые поступления по бактериям и растениям
ts --- литература по теории эволюции и систематики (все годы)
Структура архива и подбор статей обусловлены моими личными предпочтениями. Однако, я старался представить _всю_ доступную в PDF литературу по мегасистематике в 2003 года. Представлены все статьи, упоминавшиеся мной в "Новостях".
Следующее обновление --- примерно 15 мая.

[Gilgamesh]

"Для доступа нужен логин и пароль, который я распространяю индивидуально (через личные сообщения)"
Ну тогда я в очередь.

"Следующее обновление --- примерно 15 мая."
Дело, конечно, хозяйское, но не целесообразней ли будет выпустить тогда an1, os1 и т.д., а не заменять эти архивы с включением новых статей - едва ли кому хочется скачивать одни и те же статьи несколько раз.

[plantago]

Ну тогда я в очередь.

В личке.

Дело, конечно, хозяйское, но не целесообразней ли будет выпустить тогда an1, os1 и т.д., а не заменять эти архивы с включением новых статей - едва ли кому хочется скачивать одни и те же статьи несколько раз.

Именно что хозяйское: иначе у меня не выходит. Можно:
1) Отсортировать по времени щелчком мыши;
2) Использовать продвинутые качалки, которые позволяют задавать паттерн: все файлы называются типа "автор200X.pdf", поэтому введите паттерн "2006" и будет Вам щастье ;-) (это может, к примеру, DownThemAll for Firefox --- https://addons.mozilla.org/firefox/201/ )

[Gilgamesh]

Спасибо за пароль. Увы, придется перезакачивать старые  :?  Может у кого есть возможность вторичного размещения только новых статей?

[plantago]

Систематика и эволюция протистов, животных и растений
1) Не очень новая статья ( http://www.bioone.org/perlserv/?request=ge...PF%3E2.0.CO%3B2 ), но "протерозойские грибы" -- вещь интересная.
2) Происхождение кактусов опять стало привлекать внимание, особенно когда обнаружилось, насколько они близки к Portulacaceae. Интересная статья про возможные пути становления жизненной формы "кактус" в этой группе ( http://www.journals.uchicago.edu/cgi-bin/resolve?AN41282ABS )
3) Обзор T. Embley посвящен разоблачению Archezoa ( http://www.journals.royalsoc.ac.uk/link.as...1485400q64g7j53 ). Разоблачение состоялось уже сравнительно давно, но идея "первично безмитохондриальных протист", да еще "с прокариотными рибосомами" оказалась настолько привлекательной, что соотвествующие схемы все еще бродят по учебникам и Интернету.
4) Забавный случай HGT ядерного гена от мятлика к овсянице ( http://www.journals.royalsoc.ac.uk/link.as...46115535m283287 ). Чем дальше в лес, тем толще HGT...
5) Впервые посеквенирован экзотический класс моллюсков Monoplacophora ( http://www.pnas.org/cgi/content/abstract/0602578103v1 ). Не могу удержаться, чтобы не процитировать:
===
[In Antarctic]... at 3100 m depth, yielded one small specimen (1.7 mm shell length) of the monoplacophoran Laevipilina antarctica Waren et Hain, 1992, one of the 26 known species of this group of molluscs ... and half of the specimen was used for molecular work. Although monoplacophoran DNA was highly degraded ... we were able to amplify and sequence a 1.2-kb fragment of the large nuclear ribosomal subunit (28S rRNA).
===
Вы только представьте, достать с трехкилометровой глубины антарктического моря 1 (один) экземпляр двухмиллиметрового моллюска! И получить "highly degraded" ДНК... Ну и, бардака в молекулярную систему моллюсков добавилось. Попали моноплакофоры внутрь хитонов.
6) И еще про беспозвоночных ( http://www.sciencedirect.com/science?_ob=M...=/sdarticle.pdf ). Анализ 18S+28S объединил киноринх с приапулидами, жаброногих с Hexapoda, а многоножек -- с хелицеровыми.
7) Морфологи членистоногих считают, что морфология мозга сближает онихофор с хелицеровыми ( http://www.journals.royalsoc.ac.uk/link.as...67g8q8t5q577562 ).
8) Безумные динофлагелляты, меняющие пластиды, как перчатки, исследованы на предмет белков ( http://www.sciencedirect.com/science/artic...cfadf9b516fdf35 ). Нашли следы функционирования сразу двух типов пластид, а также показали возможность формирования химерных белков.
9) Отдаленный гомолог метазойного гена Hedgehog, участвующего в эмбриогенезе, найден у хоанофлагеллят ( http://www.journals.royalsoc.ac.uk/link.as...t46478064665574 )
10) И опять ( http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/msl008v1 ) про динофлагеллят и белки (лучше процитирую):
===
Gene fusion events are considered rare and likely stable, and such an event has recently been used to argue for a root of the eukaryotic tree. Our data, however, show that exact reversals of fusion events do take place and hence gene fusion data are difficult to interpret without knowledge of the phylogeny of the organisms – therefore their use as phylogenetic markers must be considered carefully.
===
Это -- здоровенный камень в огород T. Cavalier-Smith и его новой любимой теории о двух ветвях эукариот: Uniconta и Biconta.
11) Еще одна гипотеза принадлежности вендобионтов. Теперь их сравнивают с гребневиками ( http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/312/5774/731 )...
12) По-прежнему очень просто открыть новый тип. Надо взять список D. Patterson
( http://tolweb.org/accessory/Lineages_of_Eukaryotes?acc_id=49 , внизу), найти несеквенированный таксон, научиться его культивировать (это, конечно, сложнее всего) -- и ура! Вот, например, Telonema ( http://www.journals.royalsoc.ac.uk/link.as...p2031t11163hthr ). Не очень верится только в ее близость к хромистам, о которой твердят авторы статьи. А если серьезно, у меня у самого есть список таксонов, которые почти гарантированно дадут Вам новый тип -- пишите, кому интересно!
13) И off-topic на закуску, просто прикольно, как говорится -- http://www.journals.royalsoc.ac.uk/link.as...21n896162365208 ...

[adada]

...получая "сократовский" перевод, человек получает сразу все ляпы , допущенные переводчиком и не имеет шанса что-либо восстановить. Если человек получает текст на басурманском языке, то такой проблемы нет...
...

А еще хорошо б перевести файлы Акробата на русский
Я не могу-форматирование текста пропадает

Попробую через новый файнридер, он должен кушать акробатов

Я всю ветку до конца не читал, может, дальше есть что-то подобное, но все-таки поделюсь собственным опытом.

Файлы PDF я часто преобразую в DOC  с помощью проги "PDF Transformer", продуктом той же, что и FineReader, компании. Она делает это качественно, с распознаванием языков. Затем в Ворде удаляю мягкие переносы, перевожу ПРОМТом и сохраняю в виде таблицы-билингвы.
Очень удобно потом пользоваться плодами.

+
Только не забывайте удалять ключики из защищенных пэдээфок!

[plantago]

Систематика и эволюция растений и других организмов

1) Вышла статья, посвященная подробному изучению развития "цветка наоборот" -- Lacandonia schismatica ( http://www.amjbot.org/cgi/content/abstract/93/1/15 ). Авторы считают, что здесь мы все-таки имеем дело с настоящим цветком, а не с псевдантием (как думала P. Rudall).

2) Новая классификация пальм -- одного из крупнейших семейств однодольных -- предложена C. Asmussen с соавторами ( http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/1...39.2006.00521.x ).

3) W. Friedman (известный открытием двойного оплодотворения у Ephedra) описал новый тип женского гаметофита (зародышевого мешка) у покрытосеменных, свойственный базальному таксону -- Amborella trichopoda (  http://www.nature.com/nature/journal/v441/...ature04690.html ). Автор считает (хотя выражается очень осторожно), что он нашел "missing link" между голосеменными и покрытосеменными.

4) Th. Cavalier-Smith опубликовал статью "с большими буквами и цветными картинками", в которой описаны его представления об эволюции всего живого (  http://www.journals.royalsoc.ac.uk/link.as...164755512w92302 ). Очень советую почитать (он, без сомнения, великолепный scientific writer), но имейте в виду, что его концепция эволюции прокариот неоднократно критиковалась как микробиологами, так и специалистами по геномике.

[plantago]

Произошло майское обновление on-line архива статей по мегасистематике, эволюции и теории систематики. Архив лежит на http://herba.msu.ru/shipunov/else/ref
Для доступа нужен логин и пароль, который я распространяю индивидуально (через личные сообщения) и прошу не распространять вторично. Все разделы, кроме "flora", доступны для скачивания:
an -- литература по цветковым растениям (все годы)
os -- литература по растениям в целом и бактериям (все годы) и по животным и протистам (до 2003)
to -- литература по животным и протистам (с 2003) и самые новые поступления по бактериям и растениям
ts -- литература по теории эволюции и систематики (все годы)
Структура архива и подбор статей обусловлены моими личными предпочтениями. Однако, я старался представить _всю_ доступную в PDF литературу по мегасистематике в 2003 года. Представлены все статьи, упоминавшиеся мной в "Новостях".
Следующее обновление --- примерно 15 июня.

[plantago]

Систематика и эволюция протистов, животных и растений

1) В статье ( http://www.springerlink.com/link.asp?id=k4w214302j3j8284 ), посвященной таксономическому анализу рода Prunus ("слива"), авторы настаивают на широком понимании рода, с включением туда черемухи (Prunus padus), лавровишни (P. laurocerasus), вишни (P. fruticosa), абрикоса (P. armeniaca), персика (P. persica), миндаля (P. dulcis). Надо сказать, что американские ботаники делали это задолго до "молекулярной эры", потому что в американской флоре -- множество форм, которые нельзя отнести ни к одному из принимаемых европейскими ботаниками родов. Впрочем, еще Линней категорически возражал против разделения рода Prunus. По-видимому, очередь за лапчатками (со включением туда земляник) и грушами (можно включить яблони, и, вероятно, айву). В рамках тех же тенденций багульник (Ledum) давно попал в Rhododendron ( http://www.sekj.org/anb/anb393.htm#183 ).

2) Заодно отыскал (2000 года) статью по систематику цитрусов ( http://www.springerlink.com/link.asp?id=tjggcl5wyyu6l69d ). При чтении имейте в виду, что российско-абхазско-грузинские "мандарины" -- это не "mandarin", а "Okitzu satsuma" (C. unshiu Marc.). Почему так получилось -- не знаю, может, А.Н.Краснов или его последователи чего напутали.

3) G. Brugerolle добавил ( http://www.nencki.gov.pl/pdf/ap/ap917.pdf ) еще один род к Collodictyonida, протистам неясного таксономического положения (отдельный тип?)

4) Молекулярные исследования митохондриального генома вернули трихоплаксу статус самого примитивного многоклеточного животного -- http://www.pnas.org/cgi/content/abstract/0602076103v1 . Таким образом, прежние идеи молекулярщиков о близости их к кишечнополостным и/или гребневикам не подтвердились.

5) W. Foissner исследовал в деталях феномен космополитического распространения протистов ( http://www.nencki.gov.pl/pdf/ap/ap921.pdf ) и пришел к вполне логичному выводу "Not everything is everywhere".

6) Французские планктонологи попробовали выяснить ( http://www.sb-roscoff.fr/Phyto/index.php?o...=190&Itemid=112 ), что же все-таки кроется за загадочными Alveolata Group I и Group II, которых находят лишь при секвенировании целых проб (environmental sequences). Тем временем B.S.Leander и B.A.Ramey нашли представителя новой группы паразитических альвеолят ("споровиков") -- http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/1...08.2006.00109.x

7) Отсеквенированы эбриевые ( http://www.sciencedirect.com/science/artic...a3f6acdf442e6c7 ) -- странные морские жгутиконосцы с эндоскелетом (их всего 2 вида, зато с хорошо документированной палеонтологической историей). Оказалось, что они относятся к той же группе Cercozoa, что и радиолярии-феодарии.

8) Вышла большая работа по молекулярной систематике гастротрих ( http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/1...09.2006.00228.x ), которые традиционно рассматриваются в группе "первичнополостных червей". Получилось, что гастротрихи относятся к кладе, объединяющей коловраток, микрогнатозой, циклиофор и гнатостомулид. Вся эта клада -- в пределах так называемых "лофотрохозой", чудовищного молекулярного образования, объединяющего почти всех первичноротых, не относящихся к линяющим (Esdysozoa).

9) Как известно, в результате молекулярных исследований цветковых больше всего "не повезло" норичниковым и молочайным. Ботаники школы P. Endress выполнили анализ строения и развития цветка у Picrodendraceae -- одного из семейств, выделяемых из молочайных ( http://www.springerlink.com/link.asp?id=314544256273r08u ). Анализ прежде всего хорош тем, что демонстрирует серьезные намерения морфологов "разобраться" наконец с запутанными отношениями в этой группе.

[plantago]

Новости систематики и эволюции

1) Новая работа о таксономических отношениях проблематичной группы Hydrocotyloideae ( http://www.ingentaconnect.com/content/iapt/tax/2006/00000055/00000002/art00003 ), "промежуточной" между зонтичными и аралиевыми. Авторы в основном подтверждают уже высказывавшиеся гипотезы.

2) Семейство портулаковых находится на перекрестке дискуссий о парафилии в систематике, потому что, согласно логике кладистики, в него надо включать кактусовые, дидиереевые и базелловые, чего не хотят сторонники традиций (а включать в портулаковые кактусы не хотят даже сами кладисты :) ). Еще одна своеобразная группа -- кергеленско-новозеландские гекторелловые, по-видимому, тоже должна войти в этот набор ( http://www.ingentaconnect.com/content/aspt/sb/2006/00000031/00000002/art00009 )

3) И про парафилию: R. Brummit написал статью под названием "Am I a bony fish?" ( http://www.ingentaconnect.com/content/iapt/tax/2006/00000055/00000002/art00002 ), в которой настаивает на признании парафилетических таксонов.

4) Как-то ускользнула от моего внимания еще одна статья T. Cavalier-Smith, где автор развивает смелую гипотезу о происхождении митохондрий от фотосинтезирующих (sic!) пурпурных бактерий ( http://www.journals.royalsoc.ac.uk/link.asp?id=r5k424547p53q788 )

5) Очередная гипотеза происхождения цветковых основана на геномике арабидопсиса: авторы утверждают, что ключевым событием в истории цветковых была двойная дупликация всего генома ( http://www.sciencedirect.com/science/article/B6VJ1-4GT7G3R-1/2/82a252a6f1522c1861742ea2295025be )

6) Попытку установить место микроспоридий на филогенетическом дереве грибов предприняли канадские исследователи ( http://www.sciencedirect.com/science/article/B6T39-4JHMTH2-2/2/7d76e07aa8ff2d30c9b5367f68c7c997 ). Получилось, что микроспоридии -- сестринская группа к "высшим" грибам (аско- + базидиомицетам).

7) Молекулярные исследования подтверждают дифилетичность радиолярий, а также близость к ним своеобразнейшего протиста Sticholonche ( http://www.sciencedirect.com/science/article/B7GW3-4K606H8-1/2/0c2fae8b13c146117a7ce5ebe3d3ff5f )

8) Молекулярная систематика амеб развивается быстрыми темпами, причем российские протистологи здесь лидируют. В последней работе С.И.Николаева с соавторами установлена принадлежность замечательного во многих отношениях протиста Multicilia marina ( http://ijs.sgmjournals.org/cgi/content/abstract/56/6/1449 ), который впервые смогли культивировать в лаборатории А.П.Мыльникова (ИБВВ, Борок).

9) Систематика млекопитающих более или менее стабилизировалась, однако в статье японских исследователей ( http://www.pnas.org/cgi/reprint/0603797103v1 ) впервые установлена клада, объединяющая непарнокопытных и рукокрылых, романтически названная "Pegasoferae" :)

10) Ископаемая неогнатная птица из раннего мела (!) найдена в Китае ( http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/312/5780/1640 ). Это заставляет в очередной раз пересмотреть представления о времени возникновения основных групп птиц.

[plantago]

Произошло июньское обновление on-line архива статей по мегасистематике, эволюции и теории систематики. Архив лежит на http://herba.msu.ru/shipunov/else/ref
Для доступа нужен логин и пароль, который я распространяю индивидуально (через личные сообщения) и прошу не распространять вторично. Все разделы, кроме "flora", доступны для скачивания:
an -- литература по цветковым растениям (все годы)
os -- литература по растениям в целом и бактериям (все годы) и по животным и протистам (до 2003)
to -- литература по животным и протистам (с 2003) и самые новые поступления по бактериям и растениям
ts -- литература по теории эволюции и систематики (все годы)
Структура архива и подбор статей обусловлены моими личными предпочтениями. Однако, я старался представить _всю_ доступную в PDF литературу по мегасистематике в 2003 года. Представлены все статьи, упоминавшиеся мной ранее в "Новостях".
Следующее обновление --- примерно 15 июля.