интересные публикации о эволюции

[feralis]

Решил начать размещение работ представляющих интерес для всех интересующихся эволюцией
Сайта у меня нет а вот публикаций много уже скопилось
Ссылки дохнут вот и качайте прямо с форума
Начну с дерева хордовых из журнала Nature
кстати оно с тех пор и не пересматривалось
Обратите внимание на погрешность обозначеных дат
Далее как будет время размещу и ветки этого дерева в детальном рассмотрении


Да мне интересно как много посетителей форума читает на англиском а то может мне перевод
на русский размещать?

[diletant]

Не сказал бы, что ничего не изменилось в этом дереве... Во-первых, Synapsida и Diapsida не имели общего предка, а разъединились ещё на амфибийной стадии (или даже раньше). Во-вторых, с птицами не так всё однозначно. Далеко не факт, что они в триасе появились. После 1998 года нашли много окаменелостей, подтверждающих происхождение птиц от динозавров.

Погрешности дат интересно распределены.. Чем больше сомнений в родстве групп, тем больше погрешность.. Киты произошли от бегемотов, а не свиней, по тем данным, что я имею, вот и развал по дате огромный. То же с птицами и крокодилами...

[Gilgamesh]

Фералис, лучше скооперируйтесь с кем-нибудь, чтобы обеспечить читателям комфортный доступ и удобный поиск: с Александром Марковым (т.е. здесь же, но цивильно), со мной, с Хабилисом. Или сделайте что-нибудь простейшее на народе. Иначе люди, не являющиеся регулярными посетителями этого форума о Ваших документах так и не узнают.

[Jan Metlevski]

Feralis, ne mogli by Vy pozhalujsta prosto dat' linki?

[Set O. Lopata]

Не сказал бы, что ничего не изменилось в этом дереве... Во-первых, Synapsida и Diapsida не имели общего предка, а разъединились ещё на амфибийной стадии (или даже раньше).

Опять вы, diletant, за своё    Так мы никогда ни до чего путного не договоримся.
Нельзя же так категорично представлять далеко не общепринятую гипотезу.
Буду продолжать настаивать, что полифилию амниот никто ещё не доказал. Если они разделились на амфмбийной стадии, то у каждой из этих групп должна быть своя сестринская среди амфибий. Если у вас есть данные на этот счёт, прошу поделиться.
Вот, к примеру, девять аутапоморфий амниот по M. LAURIN AND R. R. REISZ (1995)
"2 Frontal contacting orbit. In Seymouria and diadectomorphs, the frontal
is separated from the orbit (0) by a contact between the prefrontal and the
postfrontal (Fig. 3). In all amniote groups except pareiasaurs (Figs 3, 4), the
frontal contributes to the dorsal rim of the orbit (1) and separates the prefrontal
from the postfrontal (Figs 3, 4).
27* Occipital flange of squamosal gently convex (1). See Diadectomorpha.
46* Transverse flange bearing a row of large teeth on its posterior edge.
The transverse flange of the pterygoid of diadectids and Seymouria is covered
in a shagreen of small denticles of uniform size (0). This may be the primitive
condition for cotylosaurs. Most amniotes have a row of large teeth on the
posterior edge of their transverse flange (1), and this may be a synapomorphy
of the group (Figs 7, 8 ). The optimization of this character is ambiguous
because limnoscelids also have a row of large teeth on their transverse
flange. Therefore, this character could also diagnose the Cotylosauria. In
testudinomorphs, there are no fangs on the posterior edge of the transverse
flange, but there is a narrow ventral ridge instead (2). Captorhinids have lost
the row of teeth and reverted to the primitive condition for batrachosaurs (0).
62 Occipital condyle rounded. In Seymouria and diadectomorphs (Fig. 5),
the occipital condyle is much broader than high (0). The occipital condyle
amniotes is more rounded and is almost as high as it is broad (1).
68* Labyrinthodont infolding of enamel absent (Gauthier et al., 1988b).
The teeth of Limnoscelis and Seymouria are infolded (0). This is probably
primitive condition inherited from their distant ancestors. No amniote surveyed
had labyrinthine infolding of the enamel (1). Therefore, the loss of labyrinthine
infolding may be an amniote synapomorphy. However, the teeth of Diadectes
lack labyrinthine infolding. Therefore, the loss of infolding may also be
synapomorphy of cotylosaurs (amniotes and diadectomorphs). Under this second
hypothesis, the infolding of Limnoscelis represents a reversal to the primitive
condition.
82 Axial centrum tilted anterodorsally (Gauthier et al., 1988b). The axial
centrum is oriented along the main axis of the vertebral column
diadectomorphs (Sumida & Lombard, 1991: figs 1 and 2) and Seymouria (0).
The axial centrum of all amniotes surveyed is oriented anterodorsally relative
to the centra posterior to it (Romer & Price, 1940: fig. 44) (1).
94 Cleithrum restricted to anterior edge of scapulocoracoid (Gauthier
al., 1988b). The cleithrum of diadectomorphs (Case, 1911: plate 5) and Seymouria
widens dorsally and covers the anterodorsal corner of the scapula (0). In most
amniotes (Romer & Price, 1940: fig. 55), the cleithrum does not expand nearly
as much dorsally and does not cover the anterodorsal corner of the scapula
1). Testudinomorphs and some captorhinids have lost the cleithrum (2).
95 Presence of three scapulocoracoid ossifications. The scapulocoracoid
diadectomorphs and Seymouria consists of two ossifications, a scapula and
coracoid (0). Amniotes have three centres of ossification, an anterior and
posterior coracoid, and a scapula (1). Testudines and younginiforms independently
reverted to the primitive condition.
115* Presence of astragalus. The tarsus of diadectomorphs and Seymouria
is poorly known, but as far as we know, Seymouria retains a discrete tibiale,
intermedium, and perhaps a proximal centrale (0). Diadectids have an astragalus
that includes incompletely fused tibiale and intermedium, and probably the
fourth centrale (1). The third (proximal) centrale may have remained discrete.
The astragalus of diadectids has been argued not to be homologous to the
amniote astragalus (Rieppel, 1993b) and is coded as a separate condition. The
astragalus of amniotes shows no traces of its possible compound origin (2). The
optimization of this character is ambiguous because its polarity is uncertain."

Вообще, почитайте  работы Robert Reisz из Торонто. Он неплохо про ранних амниот пишет.
http://www.utm.utoronto.ca/~w3reisz/pubs.shtml

[diletant]

Что-то я слишком радикально сформулировал мысль насчёт дерева - прошу прощения. Имеет место быть, во-первых, неправильное понимание рисунка, а, во-вторых, то, что я высказал не самые популярные идеи, в которых, в общем-то, не разобрался. Короче говоря, невпопад ляпнул Бываю излишне категоричен.

feralis, у меня к вам два вопроса. Вот вы говорите, что сумчатые произошли от однопроходных, а я встречал на сайте "Проблемы эволюции" материал, по-моему, Татаринова, где есть схема, на которой яйцекладущие выделились из терапсид независимо от сумчатых и плацентарных. Хотя там и стоял вопрос по поводу такого расхождения. Тем не менее, я уже не раз сталкивался с мнением, что яйцекладущие - это дожившие до сегодняшних дней зверозубые рептилии. Кому верить?

Второй вопрос.. Если черепахи - не анапсиды, то кто они? Сестринская группа к Synapsida+Sauropsida?

Set O. Lopata, полагаю, вы вспомнили нашу дискуссию про кладистику Тут стандартная ситуация: "когда мы с женой не можем сойтись во мнении, то поступаем, как говорит она - жена называет это компромиссом" От того разговора ничего не изменилось - каждый остался при своём мнении. Так что, "до чего-то путного договориться" - это прийти к одному из мнений, моему или вашему, что малореально. Если из кладистики убрать все таксоны надвидового ранга и перестать считать её систематикой - то она меня вполне устраивает как дерево родственных связей, но не больше.

Про монофилию рептилий поверю вам на слово. К сожалению, сейчас совсем нет времени вдаваться в детали.

[Gilgamesh]

Гильгамешь хочу узнать ваше мнение о переводе веть читатели наши предпочитают русский

Ситуация такова: получая "сократовский" перевод, человек получает сразу все ляпы , допущенные переводчиком и не имеет шанса что-либо восстановить. Если человек получает текст на басурманском языке, то такой проблемы нет. Переводчики сейчас имеются в широком ассортименте - хочешь получать информацию из первых рук, а не из новостных лент? Не жмоться, купи хотя бы пиратский диск (большего, собственно, и не надо) и вперед. Естественно, "Сократ" или "Промт" юзера даст те же ляпы, НО юзер ведь будет видеть и оригинал текста, а также он сможет пользоваться, например Lingvo с колоссальной базой синонимов.
Второй мощнейший плюс непереводных текстов - юзер сможет дословно цитировать, не думая о возможных ляпах.

А еще хорошо б перевести файлы Акробата на русский
Я не могу-форматирование текста пропадает

Попробую через новый файнридер, он должен кушать акробатов

Вы напрасно думаете что на сервере НАРОД.РУ лучше
Меня поисковик Гугол сюда направил а вот НАРОД он не видел

Сайт нужно индексировать в поисковой машине - автор должен прийти в гугль, постучаться и прописать свой сайт там.
По архивам же поиск не осуществляется.

Вообще-то я хотел с форума уйти ибо ламаркистов-мичуринцев в достатке и в др месте

Что Вас смутило? Т.е. я лично обеспокоен смутностью перспектив интернет-обсуждений и мне важно знать мнения заинтересованных компетентных лиц.

А систематику изучаю с 1972г
за годы эти повидал деревьев хороших и разных

Если не секрет, кого изучаете.

120 миллионов назад началось ветвление плацентарных
Первой отошла линия к слонам и тенрекам

Ещё есть версии о первоначальном отхождении неполнозубых.
[/quote]

[Set O. Lopata]

feralis хорошую мысль подал, как мне показалось. У меня за год тоже много накопилось статей в электронном виде. По филогенетике, в основном. Пока я список сюда пришпилю, если кому-нибудь что-то надо, размещу на форуме или кину в личку.
Кстати, может создать специальную ветку, пришпиленную сверху, где не будет флуда, а только ссылки, м.б. с краткими комментариями от размещающего их?

[plantago]

Вот, выкладываю список архивов PDF (статьи по мегафилогении протистов и животных с 2003), как просили. Сами архивы живут на http://herba.msu.ru/shipunov/else/temp, но не очень долго. Размер архивов --- 47 и 83 мегабайт.

[diletant]

Я в середине апреля планирую свой сайт выкладывать в сеть. Разумеется, на хороший платный хостинг. Чисто технически для меня нет никакой проблемы выложить хоть гигабайты различных материалов, но я не планирую этого сразу делать.

Тут проблема с авторскими правами и качеством информации. Если маленький сайт может себе позволить пренебрегать авторским правом, то при некоторой популярности с этим могут возникать проблемы. С точки зрения научных статей я с вопросом авторского права знаком слабо. Может, кто подскажет, как дела с публикацией научных статей обстоят?

А качество информации - это вообще неприятный разговор. Большинство материалов существует в PDF, в абсолютно разном форматировании. Человек, пользующийся сайтом, должен видеть информацию в каком-то едином виде, иначе даже ценная информация становится трудно воспринимаемой. Грубо говоря, всё должно быть красиво, даже несмотря на первичность контента. Англоязычные материалы я вообще не хочу выкладывать, пока не будет сделана английская версия сайта. Соответственно, нужен качественный перевод. Где взять время, чтобы всё переводить? Будет ли этим кто-нибудь заниматься, кроме собственно администрации сайта? Только время покажет.

Вообще, очень трудно сделать некоммерческий проект хорошего уровня. Нужно иметь надёжный источник дохода, массу времени и непробиваемый энтузиазм. Поэтому даже лучшие сайты, посвящённые биологии, - довольно примитивны на фоне высокобюджетных проектов. Сделать научный сайт, чтобы он ещё и деньги приносил, - задача очень непростая. Реально таких проектов единицы: Nature, National Geografic и иже с ними. Единственный малобюджетный выход - создавать сайт силами большого количества людей. Так поступает Википедия. Но у них очень кривенько получается..

[plantago]

Тут проблема с авторскими правами и качеством информации.

См. мой пост http://www.paleo.ru/forum/viewtopic.php?p=12604#12604

[plantago]

Хочу начать выкладывать здесь информацию про систематику и эволюцию протистов и растений, параллельно буду постить на http://zbio.net/forums/index.php?showforum=64 (про беспозвоночных здесь есть отдельный топик). Все по теме, конечно, не смогу.
Для начала:
1) Вышла работа по систематике клеверов ( http://www.sciencedirect.com/science/article/B6WNH-4J90W2X-2/2/5840dbb89333b61e99b61aafb78b0cc5 ). Клеверное дерево ;-) таково, что никаких родов из клевера выделять, как хотели наши горячие головы (типа Роскова) не придется.
2) Вышла работа по систематике гвоздичных ( http://www.amjbot.org/cgi/content/abstract/93/3/399 ). Получилось много интересного, в частности, два подсемейства из трех надо отменять.
3) Mark Simmons наконец переработал дерево бересклетоцветных ( http://www.ingentaconnect.com/content/aspt/sb/2006/00000031/00000001/art00012 ). Еще четыре группы "болтающихся" цветковых наконец нашли свой sweet molecular home. Осталось всего два-три семейства до полной победы!
3) Наконец, переописали загадочную Mastigamoeba invertens (ее надо называть теперь Breviata anathema,  http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1111/j.1550-7408.2005.00087.x ). Она, по-видимому, относится к новому типу протистов.
4) Прибыло якобид (весьма специфические свободноживущие родственники лямблии, интересные тем, что где-то рядом может быть корень эукариот) --- http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1111/j.1550-7408.2005.00081.x
В этих номерах есть и еще много интересного.

[Gilgamesh]

Фералис,
"Я тут на форуме убедился что люди всеж любят читать на русском"
Так можно опрос провести о предпочтительности переводов либо оригиналов иноязычных статей. Не спорю, сами посты лучше на русском и не балуясь транслитом, но статьи - дело другое, там важна безусловная точность и полнота сохранения информации.

"Гильгамешь так как там насчет кооперации если есть идеи так пиши на ящик"
Хорошо, мне нужно слегка попинать соавторов, т.к. сам я в хтмэле разбираюсь очень плохо. Как только организую правку, так сразу можно будет вывешивать.

"Если кто смотрел рамблер топ-100 то заметил что масса народа толкется на немногих сайтах а внизу этого топа море сайтов где раз-в день кто-то заходит
Надо кому-то собрать все хорошее да и выложить и чтоб не слабее библиотеки Мошкова или сайта о космонавтике Железнякова "
В рунете - прецеденты - "Проблемы эволюции", мамбру. Т.е. начало уже есть, но количество "заточенных" биологов меньше, чем любителей художественной литературы, да и распознавать наши книги сложнее - иллюстрации, таблицы, формулы...

"Я сторонник строгости в деле просвещения "
И это правильно. Лучшая новостная лента - это РЖ, но он платный. Притом серьезно платный.

[Gilgamesh]

"Человек, пользующийся сайтом, должен видеть информацию в каком-то едином виде, иначе даже ценная информация становится трудно воспринимаемой. Грубо говоря, всё должно быть красиво, даже несмотря на первичность контента. "
Не до жиру, быть бы живу. Т.е. форма - дело третьестепенное, когда тема важна.

[feralis]

Вы скажете
-Станем к варягам спиной
лицом повернемся к монголам
Это так эпиграф к моей реакции на желание  Дилетанта не публиковать англиские тексты на своем сайте
Если у варягов достижения а что у нас за 20 лет
Да что не идет вперед то катится назад
А насчет авторского права то пример pharyngula показывает что даже на западе закрывают глаза на такие кражи -веть польза обществу
А это сайт с мировай славой

Да приветствую plantago на форуме института священных окаменелостей
На ботанический форум я конечно зайду вот только перевешаю на ре...извините на теме ламаркистов из местных
Читал я тему начатую сомневающимся Яном-приятно встретить специалиста
Я сам в растениях мало разбираюсь вот и хочу набраться полезного
Вот только есть мнение что дела у ботаников как у животноведов в домолекулярные времена
Митохондрии у растений немые из за особенностей  размножения
А деревья разработаны прекрасно вот только ранги покрупнее не стыкуются
Да было у нас такое с отрядами-думали они из точки взрывом в конце мела произошли но вот митохондрии все и раставили по местам
А вот с видами пролный разброд и сейчас
Даже неясно когда человек от шимпанзе отделился
Погрешность 5-7 миллионов лет назад а о прочих видах и говарить нечего
Вот я и хочу спросить  а как вы эти свои гладкие деревья родства  делаете? И почему с крупными таксонами мрак?

<Маленькая поправка: молекулярщики в принципе не могут адекватно спорить с морфологами>
Согласен веть как говарится
-Они не только говарят на разных языках но и живут в разные эпохи
подход Линнея и современая генетика


Решил сегодня разместить пару статей из журнала Nature
Как видно по скачиваниям он весьма желаем
я и далее хочу публиковать его здесь