Эндогенные ретровирусы

[searcher]

А вы в гугле введите эту же вашу фразу и посмотрите, много ли увидите случайных совпадений, даже с учётом пары перестановок отдельных слов.

Намёк понял, но пример весьма неудачный. Вы явно не в курсе, как устроены поисковые системы и по каким принципам они работают. Но если продолжать эту тему (я сам программист и специалист по поисковому маркетингу, кстати), можно привести такой пример: если взять множество программ, написанных на одном и том же языке программирования, то можно увидеть сотни совпадений различных кусков кода, т.к. каждый оператор, каждый спецсимвол, конструкция, зарезервированные названия функций, суперглобальных переменных и т.д. - являются теми самыми кирпичиками, о которых я говорил выше. А если взять программы, реализованные на определённом фреймворке (что в реальности происходит чаще, да и вообще по своей сути ближе к обсуждаемой теме) - тут вообще без комментариев. И совпадения будут гораздо чаще, и куски кода будут гораздо длиннее. Хотя программные продукты в результате будут выполнять самые разные функции, иметь самое разное оформление и т.д.

Плохая аналогия. Генетический Код, составленный определёнными компонентами, можно сравнить с текстом, написанном буквами (по-моему, точнее здесь была бы аналогия с кодом, скажем, машинным, где одни нули и единицы; но это аналогия "код—>код" столь прозрачна, что может быть не понята). Как определяют плагиат? Если грубо, то ищут крупные совпадающие куски текста. Есть ли вероятность, что два автора независимо друг от друга напишут идентичный текст? Отлична от нуля. Однако, она пренебрежимо мала, поэтому, если у кого-то обнаруживают плагиат, то вряд ли кто-то поверит, что "так получилось". Как-то так.

Множество возможных комбинаций последовательностей нуклеотидов гораздо мощнее множества всех когда-либо существовавших  и существующих вирусов. Разница эта выражается астрономическими числами со многими сотнями и тысячами нулей десятичных степеней.

Да, мой пример довольно грубый, не спорю, просто привёл первое, что пришло в голову, для понимания сути. Но, благодаря вашим постам, мы наконец-то подобрались к корню вопроса, к которому я и пытаюсь подвести.
Изначально суть вопроса заключалась в том, чтобы разобраться, можно ли считать ЭРВ доказательством эволюции (если кто не понял). В статье приводился пример с человеком и шимпанзе, что у тех и у других в одних и тех же местах ДНК имеются (якобы) вставки одинаковых фрагментов ДНК, полученные от древних вирусов. В то же время мы знаем, что ДНК человека и шимпанзе сходится по разным данным на 85-99%. Так почему нельзя просто объяснить эти одинаковые фрагменты ДНК на одинаковых местах, собственно, просто почти полным совпадением ДНК? Если вернуться к примеру о программах, реализованных на фреймворках, у каждой такой программы будет огромная часть, совпадающая один-в-один, хотя писали их совершенно разные люди, которые ничего друг у друга не заимствовали (к слову, возвращаясь к "прозрачным аналогиям", компьютерный вирус тоже может быть написан на таком фреймворке, но это уже не суть важно).
P.S. Говоря "изначально" я не имею в виду случайные совпадения, не путайте, пожалуйста.

[Дж. Тайсаев]

Вы явно не в курсе, как устроены поисковые системы и по каким принципам они работают. Но если продолжать эту тему (я сам программист и специалист по поисковому маркетингу, кстати), можно привести такой пример: если взять множество программ, написанных на одном и том же языке программирования, то можно увидеть сотни совпадений различных кусков кода,

Вы программист, а я бывший программист и биолог к тому же и знаю, что аналогия тут как раз таки есть. Алгоритмы программ могут совпадать в разработках разных программистов, но само решение, если програмулька не слишком примитивная, всегда неповторимо. Так же и в природе, конвергенции и паралелизмы возможны, но реализация всегда уникальна.
Впрочем ваш настрой уже понятен. Вас не переубедить.

[searcher]

Вы программист, а я бывший программист и биолог к тому же и знаю, что аналогия тут как раз таки есть. Алгоритмы программ могут совпадать в разработках разных программистов, но само решение, если програмулька не слишком примитивная, всегда неповторимо. Так же и в природе, конвергенции и паралелизмы возможны, но реализация всегда уникальна.

Речь не об алгоритмах. Вчитайтесь в пример с фреймворками, вам он будет особенно легко понятен, раз вы бывший программист.

Впрочем ваш настрой уже понятен. Вас не переубедить.

Я вообще не верю в то, что кто-то кого-то может переубедить в интернете. Есть исключения, но они, как известно, лишь подтверждают правило. Поэтому топик изначально создавался с другой целью.

[Preguntador]

А если взять программы, реализованные на определённом фреймворке (что в реальности происходит чаще, да и вообще по своей сути ближе к обсуждаемой теме) - тут вообще без комментариев.

Подмена понятий. С низкоуровнего программирования перескакивать на высокоуровневое, да ещё назвать его более близким к теме... "тут вообще без комментариев" (с)
Если проводить параллели между программированием и... работой с ДНК, то тут можно скорее вспомнить про внедрение тех или иных генов. Особенно тут интересная история с т.н. консервативными генами. Там тоже одни и те же гены у разных организмов участвуют в самых разных ситуациях ,выполняют различные функции. Подробнее говорить нет желания с такой Вашей позицией.

Изначально суть вопроса заключалась в том, чтобы разобраться, можно ли считать ЭРВ доказательством эволюции (если кто не понял).

Почему-то я не удивлён. С чего бы это? Может, я экстрасенс? Вангую скорый бан.

В статье приводился пример с человеком и шимпанзе, что у тех и у других в одних и тех же местах ДНК имеются (якобы) вставки одинаковых фрагментов ДНК, полученные от древних вирусов. В то же время мы знаем, что ДНК человека и шимпанзе сходится по разным данным на 85-99%. Так почему нельзя просто объяснить эти одинаковые фрагменты ДНК на одинаковых местах, собственно, просто почти полным совпадением ДНК?

Почему нельзя? Можно. Только надо всегда учитывать Теорию вероятностей, МатСтатистику, логику, наконец (бритву Оккама никто не отменял). Ведь никто не говорит, что сходство ДНК шимпанзе и человека основано на вирусах. Многое осталось от далёких предках. А эндогенные вирусы — другая песня.
"Смешались в кучу кони люди"

Если вернуться к примеру о программах, реализованных на фреймворках, у каждой такой программы будет огромная часть, совпадающая один-в-один, хотя писали их совершенно разные люди, которые ничего друг у друга не заимствовали

М-да, без комментариев

P.S. Говоря "изначально" я не имею в виду случайные совпадения, не путайте, пожалуйста.

Это понятно. Никто ничего не путает.
___
В общем, я пока допускаю честное непонимание. Но всё больше склоняюсь к тому, что сие есть троллинг (причём далеко не самый толстый)

[Preguntador]

И ещё. Позвольте полюбопытствовать. Вы говорите, что не креационист. Возможно. Но кто Вы? Просто, хотелось бы знать, имеют ли смысл дальнейшие разговоры или, даже если Вы честно хотите разобраться, это будет пустой тратой времени.

[searcher]

Подмена понятий. С низкоуровнего программирования перескакивать на высокоуровневое, да ещё назвать его более близким к теме... "тут вообще без комментариев" (с)

Собственно, о низкоуровневом я и не упоминал нигде, соответственно, ниоткуда и никуда не перескакивал. Ближе к теме тем, что с низкоуровневым можно сравнить построение той же ДНК на уровне атомов. В таком случае, строение ДНК на уровне нуклеотидов вполне можно рассматривать как высокоуровневое. Но это уже сильный отход от темы.

Особенно тут интересная история с т.н. консервативными генами. Там тоже одни и те же гены у разных организмов участвуют в самых разных ситуациях ,выполняют различные функции. Подробнее говорить нет желания с такой Вашей позицией.

У меня тоже нет желания, т.к. это несколько другая тема.

Почему нельзя? Можно.

Это я и хотел услышать.

Только надо всегда учитывать Теорию вероятностей, МатСтатистику, логику, наконец (бритву Оккама никто не отменял). Ведь никто не говорит, что сходство ДНК шимпанзе и человека основано на вирусах. Многое осталось от далёких предках. А эндогенные вирусы — другая песня.
"Смешались в кучу кони люди"

Ничего не смешалось. Просто в статье ЭРВ описываются как абсолютная истина, которая сокрушает любые поползновения против ТЭ, хотя описанные в этом пункте вещи можно объяснить проще и таким образом, что ЭРВ не будет играть вообще никакой роли. Опять же, любимая вами бритва Оккама.

М-да, без комментариев

Разумеется, фреймворки тоже были кем-то созданы, соответственно, говорить, что программист, работающий с ним, ничего ни у кого не заимствует - глупо. Но я приводил в качестве примера только этих конкретных программистов, отдельно от автора фреймворка.

И ещё. Позвольте полюбопытствовать. Вы говорите, что не креационист. Возможно. Но кто Вы?

Сторонник разумного замысла, но далеко не в том виде, в каком описывают его креационисты.

Просто, хотелось бы знать, имеют ли смысл дальнейшие разговоры или, даже если Вы честно хотите разобраться, это будет пустой тратой времени.

Я никого не заставляю участвовать в этой дискуссии. Каждый решает сам, как тратить своё время. К тому же, как я уже сказал, я услышал то, что хотел. Думал поблагодарить и откланяться, но не буду торопиться, вдруг кому-то всё же захочется высказаться.

[Preguntador]

На уровне атомов? Тогда и программирование можно рассматривать на уровне отдельных электронов. "Я программирую на электронах и дырках". Мило.

А по остальному. Вы меня превратно поняли. Жаль. Благо, я хотя бы не эксперт, а лишь интересующийся.

"Абсолютная истина" в науке. Сказать по правде, наука не оперирует "абсолютными истинами". Но это тонкости.

Вообще, мне кажется, Вы абсолютно честно недопонимаете. И свои взгляды обрисовали. Спасибо.

Но, точки соприкосновения мы с Вами вряд ли найдём.
Так что, полагаю, лучше мне откланяться.

Всего хорошего.

[searcher]

На уровне атомов? Тогда и программирование можно рассматривать на уровне отдельных электронов. "Я программирую на электронах и дырках". Мило.

Я лишь провёл параллели. А вы передёргиваете. Даже несмотря на то, что я подчеркнул, что это уже сильный отход от темы.

"Абсолютная истина" в науке. Сказать по правде, наука не оперирует "абсолютными истинами". Но это тонкости.

Это не тонкости, а уже придирки к словам с вашей стороны - удел несколько другой категории людей. Тем не менее, чтобы никого не смущало, можно заменить это словосочетанием "несокрушимое доказательство". Именно так преподносится обсуждаемая тема в обсуждаемом источнике.

Благо, я хотя бы не эксперт, а лишь интересующийся.

Я это уже понял.

Всего хорошего.

И вам.

Хотелось бы ещё услышать парочку мнений касаемо вот этой части моих слов, т.к. они наиболее точно отражают суть моего изначального вопроса с учётом всего вышесказанного:

В статье приводился пример с человеком и шимпанзе, что у тех и у других в одних и тех же местах ДНК имеются (якобы) вставки одинаковых фрагментов ДНК, полученные от древних вирусов. В то же время мы знаем, что ДНК человека и шимпанзе сходится по разным данным на 85-99%. Так почему нельзя просто объяснить эти одинаковые фрагменты ДНК на одинаковых местах, собственно, просто почти полным совпадением ДНК?

[Gilgamesh]

"Хотелось бы ещё услышать парочку мнений касаемо вот этой части моих слов, т.к. они наиболее точно отражают суть моего изначального вопроса с учётом всего вышесказанного:"

Мнение такое - сообщение №8 в этой теме вы специально пропустили, что заставляет серьезно отнестить к словам Ванги из сообщения №18.

[Питер]

Еще    раз   другими   словами  сообщение   номер  8.
Вы  секвенируете  геном  человека  и  геном   шимпанзе.    Сравниваете   структуру  гена  Х  -   гомология    под 95%,  все  ОК.  И в  одном  из  интронов  этого  гена    находите   в  геноме  человека   ЭРВ.  Длиной    для  простоты   1000  п.н.  Далее   секвенируете  этот  же  ген  скажем у    макаки  и  находите,  что  гомология с  шимпом  и человеком высокая  -  но    ЭРВ  там  нет.
Далее  два  варианта.
1.  Эво  -  этот   ЭРВ  встроился в  геном  предка  Хомо   на   участке  времени   после  разделения  линий  Хомо  и Пан. Или  встроился  как   "одомашненный"   РВ,  или  за  счет      транспозиции   ЭРВ   из  другого  участка  генома. Что  в  принципе  не важно.
2.  Крео  -   просто    добрый  дядя так   умело  собрал   геномы  человека  и   шимпа,  что  специально  вставил  кое-куда  такие   кусочки   -  чтобы  мы  думали,  что  эволюция  и  правда  есть. 
Ну  и  вообще  все   так  выстроил  -  что   для    огромного  количества    генов\белков  можно  проследить  историю  их    изменений    на  протяжении  миллионов  лет.  Очень  умный  был   дядя,    системный  биолог  высшего  порядка ...
Ваш   выбор ?
Да,  по  поводу   случайности.  Фактически  любой  участок  генома человека (кроме   прицентромерного  гетерохроматина  и  теломерных  повторов,  а  также  высоко  копийных  повторов  типа Alu)   можно  поднять в  ПЦР  за  счет  использования    пары  праймеров  длиной  21-23  нуклеотида.

[searcher]

Еще    раз   другими   словами  сообщение   номер  8

Я прекрасно видел это сообщение, не стоило.

просто    добрый  дядя так   умело  собрал   геномы  человека  и   шимпа,  что  специально  вставил  кое-куда  такие   кусочки   -  чтобы  мы  думали,  что  эволюция  и  правда  есть

А откуда взялось такое заключение, что целью такой сборки было именно заставить поверить в эволюцию? Подавляющий процент нашей ДНК является некодирующим (мусорным) и никто пока точно не знает, для каких целей он вообще существует. Соответственно, вполне возможно, что эта часть ДНК всё же выполняет определённые функции для данного конкретного вида (такие предположения есть, кстати, это я не придумал только что) и может быть схожей у разных видов.

P.S. Банить меня не за что, т.к. топик расположен в разделе "проблемы эволюции" (коих, к слову, множество; я просто взял первое попавшееся "доказательство" и решил его разобрать).

[Питер]

Некодирующая  ДНК  и  мусорная  ДНК -   это   далеко  не  одно  и  то  же.  Например,  есть lnRNA.   Есть circRNA.   И  много   чего  разного ...  Более  того,    на  сегодняшний  день  термин  мусорной  ДНК  вышел  из  употребления в  молекулярной  генетике.
Так все-таки   ваш   выбор какой ?  Все-таки  кто-то  собрал  сиквенсы  всех    живущих  видов  или все-таки  из  сиквенса  вида  А  есть  дорожка  к  сиквенсу   вида Б ?

[searcher]

Некодирующая  ДНК  и  мусорная  ДНК -   это   далеко  не  одно  и  то  же.  Например,  есть lnRNA.   Есть circRNA.   И  много   чего  разного ...  Более  того,    на  сегодняшний  день  термин  мусорной  ДНК  вышел  из  употребления в  молекулярной  генетике.

Могли бы не стараться в очередной раз доказывать, что знаете умные термины, тут этим, пожалуй, никого не удивишь. К тому же, вы прекрасно поняли, что я имею в виду, просто не смогли опять упустить возможности придраться к словам. Вот только вы оставили без внимания главную мысль предыдущего моего поста.

[алексаннндр]

Уважаемый searcher, вы в двадцатом посте написали:
"Собственно, о низкоуровневом я и не упоминал нигде, соответственно, ниоткуда и никуда не перескакивал. Ближе к теме тем, что с низкоуровневым можно сравнить
построение той же ДНК на уровне атомов..."

Не логично, всё в мире конечно связано со всем, но так же нельзя и объять необъятное, элементарной частицей для построения нити ДНК является нуклеотид с азотистым основанием, аденином, гуанином, цитозином, тимином.
Из атомов можно построить всё, что угодно, нить ДНК можно построить, условно, только из этих четырёх нуклеотидов, фундаментально можно создать ещё нуклеотиды, расширить элементарную базу, так сказать, это сделали уже в лаборатории.
Так вот, низкоуровневое программирование таким образом для геномов на земной ДНК является нуклеотид.
Атомы являются низкоуровневым программированием для вообще всего вещества на бытовом уровне, а вообще есть протоны-электроны, кварки, уже об этом писали так или иначе.

[Питер]

Я вообще  много чего  знаю.   А вот  где у  вас  мысль  -  не  знаю.   Про  мусорную  -  вижу.  Про  сходство   мусорной  у  разных  видов  -  вижу.  При  этом вы  используете  термин,  который   уже   не в  ходу -  особенно  после   проекта ENCODE (опять  умное  слово   -  но  простите  засранца).
Ответа  на  мой  простой  вопрос   -  ЭВО  или КРЕО  -  не  вижу.