Эндогенные ретровирусы

searcher · мая 19, 2014, 02:32:59

Господа, у меня, в ходе исследования некоторых статей, появилась пара вопросов, касаемо эндогенных ретровирусов. Возможно, ответы для кого-то являются очевидными, но в таком случае тем проще будет им поделиться.
Собственно, вопрос первый: откуда мы знаем, что данная конкретная часть ДНК была получена от вируса, а не была заложена изначально? Вопрос второй, в некотором смысле смежный: поскольку части ДНК, называемые эндогенными ретровирусами, содержат лишь часть генома вируса, разве это не усложняет задачу идентификации этого самого вируса и разве не создает возможности того, что, опять же, данная часть ДНК была получена не от вируса?

Set O. Lopata · мая 19, 2014, 08:14:30

Ответ прост: если "какая-то часть ДНК" есть у одного из близких видов и отсутствет у другого, то очевидно, что она "не была заложена изначально". На ровном месте эти генетические последовательности возникнуть на могли, значит откуда-то были привнесены.
Вот у человека обнаружено 133 таких вируса, встроившиеся после разделеления с линией шимпанзе.
Собственно, если прочитать марковские "Доказательства эволюции", а конкретнее подраздел, касающийся молекулярно-генетических доказательств, то таких вопросов не останется.
Ну или останутся, если цель - потроллить учОных креационизмом.

searcher · мая 19, 2014, 08:50:33

Цитироватьесли "какая-то часть ДНК" есть у одного из близких видов и отсутствет у другого, то очевидно, что она "не была заложена изначально"

Нет, не очевидно. Виды близкие, но, тем не менее разные -> разные ДНК. Вот это куда более очевидно на мой взгляд.

ЦитироватьСобственно, если прочитать марковские "Доказательства эволюции", а конкретнее подраздел, касающийся молекулярно-генетических доказательств, то таких вопросов не останется.

Именно после прочтения этого раздела такие вопросы и возникли.

ЦитироватьНу или останутся, если цель - потроллить учОных креационизмом.

Да, хотелось бы сразу обозначить: я не креационист, никогда не выступал и не буду выступать в поддержку этой теории. Это во избежание дальнейших трений на этой почве.

Питер · мая 19, 2014, 10:04:18

Давайте с самого начала. Вопрос первый - что (или кто) такое "Эндогенный ретровирус" ?

searcher · мая 19, 2014, 10:49:19

Решили в экзаменатора поиграть? Ну хорошо, подыграю. Это фрагмент ДНК, который может быть получен от ретровируса и располагаться в зародышевых клетках организма.

Питер · мая 19, 2014, 13:41:44

Ответ в общем-то не совсем верный. Потому как именно ЭНДОГЕННЫЕ РВ - это то, что уже стабильно интегрировано в геном. А встраивается ДНК копия обычного ретровируса. Да, эндогенный РВ может быть транскрипционно активен и давать новые варианты эндогенных РВс другой локализацией в геноме. Посему с одной стороны эндогенный РВ не был заложен изначально (когда-то произошло первое встраивание копии РВ с образованием эндогенного РВ). С другой стороны, конкретная копия ЭРВ достаточно стабильно наследуется - хотя она и может мутировать. При встраивании в геном ДНК копий трансркиптов ЭРВ часто встраиваются весьма усеченные копии - и может быть и правда сложно точно понять. копий какого РВ является тот или иной ЭРВ. Но при этом эта усеченная копия обычно не несет никакой ДНК не вирусного происхождения.

searcher · мая 19, 2014, 13:54:10

Так, собственно, на главный вопрос вы так и не ответили: откуда информация, что данный конкретный фрагмент ДНК был получен именно от вируса, если он (якобы) уже неактивен в результате (якобы) мутаций, и не способен выполнять свою вредоносную функцию? Т.е. я уже молчу об определении конкретного вируса.

Set O. Lopata · мая 19, 2014, 14:05:29

А какие могут быть альтернативы? Фрагмент получен? Получен. Вирусы могут встраиваться в ДНК? Могут. Какого доказательства вы хотите-то?
Обычная бритва Оккама.
То есть первый вопрос , на который вы должны ответить: чем вас не устраивает гипотеза об ЭРВ? Вы сомневаетесь в существовани ретровирусов? Или в том, что они могут в процессе эволюции перейти в категорию эндогенных?

Питер · мая 19, 2014, 14:18:29

Цитата: searcher от мая 19, 2014, 13:54:10
Так, собственно, на главный вопрос вы так и не ответили: откуда информация, что данный конкретный фрагмент ДНК был получен именно от вируса, если он (якобы) уже неактивен в результате (якобы) мутаций, и не способен выполнять свою вредоносную функцию? Т.е. я уже молчу об определении конкретного вируса.

Есть такое слово гомология. Если я вижу в геноме некую последовательность, которая несет на конце LTR, а внутри - фрагменты, высоко гомологичные генам tat и nef вируса HIV-1, то это скорее всего тот самый эндогенный ретровирус. Возникший на основе вируса HIV-1. Нет, можно предположить, что эта последовательность собралась сама по себе. Но первое объяснение - проще и логичней. Тут есть проблемы с гомологией - пока ЭРВ свежий, найти предка легко. Но чем дальше в лес - тем толще елки, и за счет мутации и перестроек исходник выявить сложнее. Но - в большинстве случаев можно.
Про изначальность. Если есть геном шимпа и геном человека - одна и та же область. Но в геноме человека гомология прерывается вставкой из ЭРВ. То можем ли мы считать, что этот ЭРВ в этом месте возник после разделения линий человека и шимпа ? И не был заложен изначально ? А теперь отсеквенируем 1000 человек и у всех найдем этот ЭРВ. Опять же - был ли он заложен изначально ?
В нашем геноме нет ничего изначального - все откуда-то взялось.

searcher · мая 19, 2014, 19:26:36

ЦитироватьА какие могут быть альтернативы? Фрагмент получен? Получен. Вирусы могут встраиваться в ДНК? Могут. Какого доказательства вы хотите-то?
Обычная бритва Оккама.
То есть первый вопрос , на который вы должны ответить: чем вас не устраивает гипотеза об ЭРВ? Вы сомневаетесь в существовани ретровирусов? Или в том, что они могут в процессе эволюции перейти в категорию эндогенных?

ЦитироватьЕсть такое слово гомология. Если я вижу в геноме некую последовательность, которая несет на конце LTR, а внутри - фрагменты, высоко гомологичные генам tat и nef вируса HIV-1, то это скорее всего тот самый эндогенный ретровирус.

Попробую пояснить на примере. ДНК сама по себе, говоря простым языком, цепочка, состоящая из звеньев - нуклеотидов. Хотя сами по себе нуклеотиды бывают разные, но они часто повторяются в цепочке ДНК. Т.е. это как разные стройматериалы: кирпичи, шлакоблоки, брёвна, бетонные плиты и т.д. Комбинируя эти стройматериалы по-разному, можно построить совершенно разные здания: от хибары до дворца. Но некоторые соединения будут в некоторых группах строений одинаковыми, например, кладка кирпича. Но это не означает, что строитель, строивший одно здание позаимствовал идею такой кладки у другого строителя; это может быть просто продиктовано либо здравым смыслом, либо стилем, в котором строится здание, либо желанием заказчика, либо ещё чем-то.
Точно таким же образом, если мы видим в структуре ДНК фрагмент, похожий (или даже идентичный) фрагменту ДНК какого-либо вируса, откуда мы знаем, что это фрагмент, привнесённый именно вирусом, а не находившийся там изначально? Ведь комбинаций нуклеотидов множество и вполне логично, что они могут быть в некоторых местах идентичными у двух разных организмов, или у организма и вируса.

Ромашишка1971 · мая 19, 2014, 20:53:35

Не точно и не таким образом...

searcher · мая 19, 2014, 21:26:35

ЦитироватьНе точно и не таким образом...

Ответ в стиле детсадовского "сам дурак". Просьба подкреплять свои слова размышлениями/доводами/ссылками на источники. Иначе получается пустая болтовня.

Дж. Тайсаев · мая 19, 2014, 21:52:06

Цитата: searcher от мая 19, 2014, 21:26:35
ЦитироватьНе точно и не таким образом...
Ответ в стиле детсадовского "сам дурак". Просьба подкреплять свои слова размышлениями/доводами/ссылками на источники. Иначе получается пустая болтовня.

А вы в гугле введите эту же вашу фразу и посмотрите, много ли увидите случайных совпадений, даже с учётом пары перестановок отдельных слов.

Preguntador · мая 19, 2014, 21:56:42

Цитата: searcher от мая 19, 2014, 21:26:35
ЦитироватьНе точно и не таким образом...
Ответ в стиле детсадовского "сам дурак".

Нет. А вот реакция весьма резкая, поаккуратнее.

Цитата: searcher от мая 19, 2014, 21:26:35
Просьба подкреплять свои слова размышлениями...

Плохая аналогия. Генетический Код, составленный определёнными компонентами, можно сравнить с текстом, написанном буквами (по-моему, точнее здесь была бы аналогия с кодом, скажем, машинным, где одни нули и единицы; но это аналогия "код—>код" столь прозрачна, что может быть не понята). Как определяют плагиат? Если грубо, то ищут крупные совпадающие куски текста. Есть ли вероятность, что два автора независимо друг от друга напишут идентичный текст? Отлична от нуля. Однако, она пренебрежимо мала, поэтому, если у кого-то обнаруживают плагиат, то вряд ли кто-то поверит, что "так получилось". Как-то так.

И ещё: Вам уже сказали про "изначально". Грубо:
Сравнили ДНК одного вида с ДНК родственных видов. Если было у общего предка (условно "изначально"), то должно так или иначе сохраниться у разных видов. (Может, генетики и смежники меня захотят поколотить за такое объяснение, но более корректно Вам уже объясняли).

И ещё Ваше "изначально" напомнило:
"Чтобы сделать яблочный пирог с нуля, вам придется для начала создать вселенную". К. Саган
(If you wish to make an apple pie from scratch, you must first invent the universe)

Ромашишка1971 · мая 19, 2014, 22:11:06

Цитата: searcher от мая 19, 2014, 21:26:35
ЦитироватьНе точно и не таким образом...
Ответ в стиле детсадовского "сам дурак". Просьба подкреплять свои слова размышлениями/доводами/ссылками на источники. Иначе получается пустая болтовня.

Хотел ответить Вам сразу развёрнуто, но что-то с редактором форума случилось и всё зависло.

По сути вопроса:
Множество возможных комбинаций последовательностей нуклеотидов гораздо мощнее множества всех когда-либо существовавших и существующих вирусов. Разница эта выражается астрономическими числами со многими сотнями и тысячами нулей десятичных степеней. Допустим, есть две одинаковые последовательности по 250 нуклеотидов, вероятность того, что они унаследованы от общего родственника выше вероятности случайного совпадения примерно как 4²⁵⁰ к 1 или 3,2x10¹⁵⁰ к 1.
Более развёрнуто Вам могут ответить профессиональные генетики, мой пример очень упрощён, но числа именно таких порядков.

-----
-----
P.S.
Всё равно редактор тормозит, очень долго редактировать приходиться...