Somnenija po povodu molekuliarnoj sistematiki: shto delat?

[plantago]

>А что за статья?
Прошу прощения, но с ходу не нашел. Если Set Lopata знает о чем речь, то прошу его помочь. Или найду через пару дней.

OK

>Я имел в виду, что там было кому определять.
Но как тогда вкралась такая нелепая ошибка? Скажем, если я определю некий образец, который выдаст совершенно неожиданные для меня результаты по ультрамикроскопии спермиев, то я задумаюсь и повторю то же самое с другим образцом, уже надежным на все 100.

Думаю, дело было так --- они делали очень большую статью по филогении почти всех семейств цветковых (их около 500), была масса новых сиквенсов, с другими довольно неожиданными результатами, в том числе и из Австралии, и в сопутствующем бардаке ваучер забыли посмотреть как следует.

ныне многие журналы стали чем-то вроде советской "Правды", а типологии и классические систематики – оппортунистами и меньшевиками. На мой взгляд, плюрализм мнений на систему – это совсем не плохо. Отсутствие плюрализма – вот это симптом кризиса.

Или симптом зрелой научной парадигмы (по Куну).

Презумпция экономности эволюции потенциально может быть тестирована. Раз программы допускают гомоплазии и реверсии, то остается непонятным: почему эволюционный сценарий с неким минимумом гомоплазий и реверсий лучше другого сценария, где на одну реверсию и гомоплазию больше. Представьте себе суд: "у вас, ответчик , презумпция невиновности, но у истица это презумпция больше, потому вы виновны".

Не могли ли бы Вы объяснить подробнее, что Вы имели в виду? Я не очень понял.

Молекулярщик ныне имеет презумпцию объективности.

Это ужасно, увы.

Это как раз тот самый случай, когда  система дейтеромицетов существует вне филогении ( я уже писал, что пока никто не доказал, что филогенетика и систематика должны быть едиными).  

Присоединяюсь.

Я ничего предложить не могу, кроме, пожалуй, одного: постоянного финансирования штата систематиков при всех крупных зоологических музеях и гербариях.  Увы, ныне даже в Британском музее ситуация аномальная.

Факт.

Что касается Малахова, то вот он как раз считает теперь бескишечных турбеллярий вторично упростившимися, лишившимися целома, сегментации и даже конечностей. (жуть!)

Это, наверное, не очень разумно. Ну, будет как с погонофорами.

У меня вот какая ситуация: описанный мною вид сравнили по фрагменту митохондр. COI (около 600 пар последовательностей) с ранее известным видом и нашли различие только в одной паре. В итоге свели в синонимы. Но эти виды очень четко отличаются по одному невариабельному признаку (и одному вариабельному). У меня есть сомнения, что японцы его верно определили, но пока сомнения и в другом: достаточен ли такой короткий фрагмент для подобных выводов?

Во-первых, какая ситуация с COI у близких изученных групп? Насколько он хороший маркер в Вашем случае? Короткий фрагмент достаточен, но только если есть представление о том, что он работает в данной группе.
Во-вторых,  IMHO сводить в синонимы, если различие _есть_ (пусть хоть 1bp), по меньшей мере некорректно (я бы не стал ;-)

[Jan Metlevski]

Вопрос к спецам:
У меня вот какая ситуация: описанный мною вид сравнили по фрагменту митохондр. COI (около 600 пар последовательностей) с ранее известным видом и нашли различие только в одной паре. В итоге свели в синонимы. Но эти виды очень четко отличаются по одному невариабельному признаку (и одному вариабельному). У меня есть сомнения, что японцы его верно определили, но пока сомнения и в другом: достаточен ли такой короткий фрагмент для подобных выводов? Мнения наших местных генетиков тут разошлись.

Посылаю ссылку на статью по двум видам голубянок. Виды хорошо отличаются морфологически и экологически, но по мтДНК (кстати также COI )и по аллозимам неразличимы.

http://www.blackwell-synergy.com/links/doi/10.1046/j.1420-9101.1999.00111.x/full/?cookieSet=1

[вз]

Давал этот линк в треде про неандера, но здесь он будет тоже уместен.

http://www.pnas.org/cgi/content/full/94/17/9131

эксперимент ин витро

The nuclear and mitochondrial genomes coevolve to optimize approximately 100 different interactions necessary for an efficient ATP-generating system. This coevolution led to a species-specific compatibility between these genomes. We introduced mitochondrial DNA (mtDNA) from different primates into mtDNA-less human cells and selected for growth of cells with a functional oxidative phosphorylation system. mtDNA from common chimpanzee, pigmy chimpanzee, and gorilla were able to restore oxidative phosphorylation in the context of a human nuclear background, whereas mtDNA from orangutan, and species representative of Old-World monkeys, New-World monkeys, and lemurs were not. Oxygen consumption, a sensitive index of respiratory function, showed that mtDNA from chimpanzee, pigmy chimpanzee, and gorilla replaced the human mtDNA and restored respiration to essentially normal levels. Mitochondrial protein synthesis was also unaltered in uccessful ''xenomitochondrial
cybrids.'

К сожалению, не знаю для каких еще видов проводили подобные эксперименты и есть ли более более новая литература по приматам.

[mastax]

Plantago
Нашел я статью об инверсии сторон тела у вторичноротых:
Lacalli T. C. 1997. The nature and origin of deuterostomes: some unresolved issue// Invert. Biol. 116 (4)

Ян.
У меня ссылка на статью по голубянкам не открывается

[Jan Metlevski]

Ян.
У меня ссылка на статью по голубянкам не открывается

Ниже другая ссылка на ту же статью. Попробуйте открыть теперь.

http://www.bio.txstate.edu/~cnice/pdfs/Lycaeides-JEB.pdf

[Jan Metlevski]

Марков Александр, в паралельной теме "Momento mori" писал:
"Всем, кто интересуется механизмами старения,..... .....А.М.Оловников сейчас отказался от собственной теломерной теории (хотя она принимается очень многими специалистами во всем мире) и разрабатывает новую гипотезу:
http://www.medline.ru/public/art/tom4/art28.phtml "

Очень интересная статья! И хотя она посвящена проблемам старения, на мой взгляд статья не менее, если не более, должна быть интересна тем кто интересуется проблемами видообразования и систематики. Описан еще один, в добавок к уже другим известным, механизм геномной регуляции експресии генов эукариотических организмов. Изменения в регуляции генов, регулируемых согласно этому механизму, наверняка происходят при видообразовании, причем для этих изменений нет необходимости в каких-либо мутациях. В общем картина такова што, для при видообразовании у эукариотов комбинирование уже имеющихся элементов генома гораздо важнее появления новых элементов, т. е. совершенно возможно без мутаций в отдельно взятых генах.
Камень в огород молекулярной систематики....

[plantago]

Камень в огород молекулярной систематики....

Камней этих уже навалом:
http://www.nature.com/nature/journal/v335/n6186/abs/335142a0.html
http://www.nature.com/nature/journal/v434/n7032/abs/nature03380.html