Самый Первый Ген

[Micr]

В любом случае прошу механизм, как эти РНК появились

Чем могу

гипотеза мира РНК (Википедия)

Может, чего-то не понял. Поэтому ни на чем не настаиваю.

Про возраст земли, в компьюленте чего-то перепутали наверное (http://vunivere.ru/work835/page4)

[Иван Антонович]

Питер,

Здесь еще парочка белков, вроде как чисто человеческие
Вот первый белочек
GLIRQHLQPPLEVTWTVCGHCWLRVELGWVHLRLRLLSQVKN
                     SPGPLEVKGWDGGRRAGGILAVQRRAGSPGPEPVLPGPPARLQQAWCSEQRETRPAPQ
                     RVVTPVLARTDSEPSGLRGTHKPHRWGCRCGAHRAGARLVGTGMGPGESALGWAARMP
                     PALFPPSHPFHFQRPRDIFKGKGKDREKVQAGLGSGPVGSSGRRGGLYHDGLELGLEV
                     SLPGCWESPGGQEGCSRLREGQVQSPEWGRRWAAVWVVQPDWPQHRRWDQVTLESPSP
                     HCSPMAICRAITRLCNASPQRPGAPGEQLCPFSRD



и еще маленькая EST шка

DC311030 BRALZ2 Homo sapiens cDNA clone BRALZ2000029 5-, mRNA sequence
GenBank: DC311030.1
EST FASTA
LOCUS       DC311030                 544 bp    mRNA    linear   EST 05-JAN-2011
DEFINITION  DC311030 BRALZ2 Homo sapiens cDNA clone BRALZ2000029 5', mRNA
            sequence.
ACCESSION   DC311030
VERSION     DC311030.1  GI:146019498
DBLINK      BioSample:LIBEST_018312
KEYWORDS    EST.
SOURCE      Homo sapiens (human)
  ORGANISM  Homo sapiens
            Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
            Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;
            Catarrhini; Hominidae; Homo.
REFERENCE   1  (bases 1 to 544)
  AUTHORS   Wakamatsu,A., Ishii,S., Yamamoto,J., Sekine,M., Yokoi,T., Kanda,K.,
            Kondo,H., Murakawa,K., Ishida,S., Takahashi-Fujii,A., Tanase,T.,
            Sugiyama,T., Wagatsuma,M., Ota,T., Nagai,K., Sugano,S., Kikuchi,H.
            and Isogai,T.
  TITLE     NEDO human cDNA sequencing project
  JOURNAL   Unpublished (2007)
COMMENT     Contact: Takao Isogai
            FLJ Project (HRI Team)
            Helix Research Institute
            2-6-7 Kazusa-Kamatari, Kisarazu, Chiba, 292-0818, Japan
            Email: flj-cdna@nifty.com
            NEDO human cDNA project (New Energy and Industrial Technology
            Developmental Organization, Japan); cDNA library construction:
            Helix Research Institute (HRI); 5'-end  one pass sequencing: HRI,
            Research Association for Biotechnology (RAB) and Biotechnology
            Center, National Institute of Technology and Evaluation; 3'-end one
            pass sequencing: RAB.
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..544
                     /organism="Homo sapiens"
                     /mol_type="mRNA"
                     /db_xref="taxon:9606"
                     /clone="BRALZ2000029"
                     /tissue_type="alzheimer cortex"
                     /clone_lib="LIBEST_018312 BRALZ2"
                     /note="Vector: pME18SFL3"
ORIGIN     
        1 ctttgtctct gtttttgtct gtctccccca tctctgtctc tctgtctccc tctgtctctg
       61 tctctctgtc tctgtctcct tctgtctctg tcactgtctc tccgtctctt cctccctcca
      121 tctctgactc tgcctgcgtc tgtctctctc tgtccctctg atgtctgacc caggtgggca
      181 gtacctgtgg tggttctgct gtccctgaag gaatgacatg ttctcgctct gcctgagaga
      241 cctcctttgc ctcctctgga gggtctgaga agacaggagg gcgctgggcc caccacaggg
      301 gcagatgacc tacgcatcac cctgcccacc ccagggcata gctgccacca aagggctggg
      361 ggctgccagc cgcggtgctc tggcagggac aggtcttccc ctggcgcccc cagggaagaa
      421 caggcaaccc atccacctgc ggaaagcctc cctcacatgg gcgagccccc gtgtgcagct
      481 gccatgctgc ctgacaatag ctgccaccac agagtcccca tcaccgccgc ctttgccgac
      541 ggag
MTYASPCPPQGIAATKGLGAASRGALAGTGLPLAPPGKNRQPIHLDHLRKASLTWASPRVQLPCCLTIAA
TTESPSPPPLPTEKQSHRVAGSPPEVAGPAGRHRVMPGSCFHVSCSKHQALLGNTPSASGLGGTCPASAW
PSVRVKGPNPGPLEELARTAFPTHSETSETAQMSINTRMGKHGMALCPLEHD


Знаю не любите, но мозговая, и гомологий ни с кем не дает
Белочек вполне приемлимый и вполне уникальный человеческий.

[Иван Антонович]

И еще маленькая 2500 нуклеотидная последовательность
AACACATACACACATACTAACACATACACACACACACTAACACATACACACACTAACACATACACATACTAACACATGCACACACTAACACATACACATACACACTAACACATACACATA CACACATACTAACACACACTTGTGACCATCATTGGTGATGATATTTTATCAACTCTGATGAATGTTATCTGCGTACACAAAAGTAGTCATCCCTCTAAAAGACCTCCCCTGCAGGAACTG  AATTAATGTGGTAGAAGCTTCCCTTGCTCCGGATGGGTTTTCAGAGGTAGATGAAGCTGGTGTGCTCACAAGACATCCTACTGCAGTGAAATCATCCTGGGTCCCGAGTACAGGCTCGGG   CCGTTCAAACATACACAATTTTAGGAGAACGTCAGTTGTCAATGTAAATCTCGTAACTACGACGCAGAGAGGAGAGGAAAGAGGCAGGCAGATGGGATTATGCAAACCGTGGCGATGCCT    CGGTGTGTTGCAATGCCGCGCATTTCGTGATGTTTGTGATGCTCCTGACTTACTAATGCCCTTTTTGTGCTTCTTCATAGGAGAGTGGGTACTTCTCTGCCCTGTGAATTTTGATGTGGA    AATTGCCCATTGCTCTCATGTCACATTAAGAGGTAAAATGGCATGCAAGACTACCGCTGGATATAATCTGGATGATATACACATTTGCAGAAGTGTATGAGAACGCTTTTTGAATTTGAG AACCACAGTTCTGAGTTTATGGTATCAACGAATATTTTTTAAATGGGCTTTTGAATTTAACCTAAAATGAGAGTCTTCTCGAACACAATCTGAATCCATTAGTAGTGATTTAACATGAAT
 

     TTACCGTCATCATATCATTCCGCCTGCCTCTCTGACTCTGAATCCCTTTGGCCAAGTCCATTGGCCAGATTATTATCTTGCCCTCTGGCATTTGGCAGGCATTTCTCTTCTTGGGATCAT
 

     TTGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGCAATAGCTATTTAAAGAGTAACTCAAAATATGACTCTTGCTTTTCATTGCCTATCATTTTTGGGATTTTGTGTGGATGTGTGTGTGTGTGTGTGT
 

     GTGTCTTTTTCTCCCTCTACTCGTCCCAACAGAAACACAATGAATGGAAGGATGAGTCAGTGTGCTTCTGGAAGTGTCTTCACATTTGTTTGTTACCCTAATCAATGGATGTTAGTACAG
 

     GAATGCAACCGCTGCATTAAATTAAAGAAAAAATAAAGGTAGATAATATAATATTAAAACAAAGTCGGTACTTACAGAAAGCACAGCTGAAGTCAGCGCCACCAGTTTGCAGGCAGGTGA
 

     CACCCTTCCCTGGGAGATCCCCTGGGGGAGCACATGAGGCCGGTCCTGCTGGCCACTGGGAGGGGCTGCAGGGAGGAGGAGCACCAGCCACACTCCCTTCCCTGCCCTGCCCTTGCAGGG
 

     GAAGAGGGAAGCCAAGCCCAGGCTCTGCATTAGCAAGAGGCAGAGAAAGGTGAGTATCCTGGAGAAGGTTTCACAAAGCTACTTTTTTCTTTTTGCAGGGAGAGTCCCTATAACATAATT
 

     GGACATCAAACAATTATGATGTTTGATATGAGAAGGAAGCAGAGTCCCTCCCATCCTCTGACACGTGCTTGTTACCTGCAGGCATATCCACGGGGACAGCTTCACCCTACCCTTCCGGCT
 

     GGGGAGACATCGCATTTGGAGGTGACTTCATCCTGGGAAATGCTGTACCGCATGATAGGGGCCATTTGCTGGAGGAGCAGGGGGGCTTTCAGACAGCAAAGAGCTCTCTGTTGGTGCCCT
 

     CTGCACCTTGGGCACAAATCGAGATTGGATTCCTGGGGAAACTCTTTGGAATATATAAAACATAACTTACTTTTTAAACCAATGACAGGTAGTTGTATCGTTATCTGACTGGAAAACAGA
 

     TGGTACATTCAAATTGCGTATTTGAAAAGGACTTGGGAAAGAGACTATTGACAGAGAAATGGGCAGTGTTTGGAGAATTACTGGGATTCAGCAGCCAGCGTCTGGCCCTGAAAAGACAGA
 

     GGAGAGAGCAGTTTCTAGAACCCGGAGATACAGACAGAAGAATGGAGAAGGTGCCTAGCGGGGAGCTGAGATTCTCATTCAGGGGTCTCTGCCAGCCTCCAGGAGCGCCAGGAGGGAGCC
 

     GGTGGGATAAATTCCCCAGCCTCTCTCTTTCCCCTGTTTCCTGCAAGTGTGCTCTGTTGGCCAAACCCAGCGGGAAAGGCAAGAACCATAAATGCGGGGCAACCTCCCCAGGCACACAGC
 

     AGAGTGGATGAGTGGGAGGCTCAGCAGAAGGCATCCAGCAAGATGAGGTCTTCAGGTTCTCCCAACCCTGGACCATCTCTTCTCAGATTCCTTGGTGGAGTTTTCTTCCTCTAAAGAGCT
 

     GACGTTCTCAGGACCCCAACCTCCGCCCTTCTTTCACTCTGCAGGTTCTGATTTTGTCTTAGATTTTACATCAACACAAACACCCAGGCAACCCCTAAGTCTGTGTCTCCCACTTAACCC

[chief]

Здесь говорится о том, что изотопы углерода несут отпечатки возраста 3,8 миллирда лет,  макскимум  возраста, который можно определить углеродным составляет 50000 лет, но никак не 3,8 миллиарда лет. Это вы мо'ете прочитать по следующей ссылке
http://elementy.ru/trefil/21198
"Датирование с помощью анализа углерода-14 (известное как радиоуглеродное датирование) широко используется для объектов, чей возраст не превышает нескольких десятков тысяч лет; сюда относится большинство археологических находок. Предел современных методов — около 50 тысяч лет. В более древних объектах, таких как горные породы и метеориты, остается слишком мало углерода-14. Для определения их возраста необходимо найти другие «часы»".

Путаете вы, коллега, радиоуглерод и стабильные изотопы углерода.

[Питер]

Иван   Антонович,  ну  времени  гонять все  ваши  сиквенсы  у  меня  сил  не  хватит  - есть  другие  дела  на   работе.   Посему  последний  раз   повторяю:   нельзя    что-то      сказать   только  на   основании   поиска  сиквенсов в  EST    базах.  Ну   просто   я       хорошо  понимаю,  что  это  такое  и  сколько  там  хлама.  Все    было  -  и  библиотеки  кДНК    разные     варили,  и      клоны  тащили,  и   секвенировали.  Помню    долго  возились с  одним  клоном   -   из  кДНК   библиотеки  мозга.   В  итоге   выяснилось,  что    это       сложный  фрагмент  мтДНК  -  два  разных   коротких  кусочка,   слигировавшихся встык  по  пришитому   линкеру.  Причем  это  было   сильно  давно  -  когда    и  баз  не   было,  и  гомологии  искать  не  умели,   и  митохондриалку  только-только  отсеквенировали.   К  счастью,  не  опубликовали  -  вот  позора-то   было  бы.

Ну  и все-таки  пара   слов  по    сравнению  сиквенсов.   Ваша  EST  длиной    544  п.н.     имеет  100%  гомологию с  РНК   FLJ59017. Извините,  палочки  ползут.  Да,     алгоритм disc. megablast,    база  данных   - все   нуклеотидные  последовательности.

Homo sapiens cDNA FLJ59017 complete cds
Sequence ID: dbj|AK294064.1|Length: 1202Number of Matches: 1
Related Information
UniGene-clustered expressed sequence tags
Map Viewer-aligned genomic context
Range 1: 1 to 544GenBankGraphics Next Match Previous Match
Alignment statistics for match #1 Score   Expect   Identities   Gaps   Strand
982 bits(1088)    0.0    544/544(100%)    0/544(0%)    Plus/Plus

Query  1    CTTtgtctctgtttttgtctgtctcccccatctctgtctctctgtctccctctgtctctg  60
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1    CTTTGTCTCTGTTTTTGTCTGTCTCCCCCATCTCTGTCTCTCTGTCTCCCTCTGTCTCTG  60

Query  61   tctctctgtctctgtctccttctgtctctgtcactgtctctccgtctcttcctccctcca  120
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  61   TCTCTCTGTCTCTGTCTCCTTCTGTCTCTGTCACTGTCTCTCCGTCTCTTCCTCCCTCCA  120

Query  121  tctctgactctgcctgcgtctgtctctctctgtccctctgatgtctgACCCAGGTGGGCA  180
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  121  TCTCTGACTCTGCCTGCGTCTGTCTCTCTCTGTCCCTCTGATGTCTGACCCAGGTGGGCA  180

Query  181  GTACCTGTGGTGGTTCTGCTGTCCCTGAAGGAATGACATGTTCTCGCTCTGCCTGAGAGA  240
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  181  GTACCTGTGGTGGTTCTGCTGTCCCTGAAGGAATGACATGTTCTCGCTCTGCCTGAGAGA  240

Query  241  CCTCCTTTGCCTCCTCTGGAGGGTCTGAGAAGACAGGAGGGCGCTGGGCCCACCACAGGG  300
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  241  CCTCCTTTGCCTCCTCTGGAGGGTCTGAGAAGACAGGAGGGCGCTGGGCCCACCACAGGG  300

Query  301  GCAGATGACCTACGCATCACCCTGCCCACCCCAGGGCATAGCTGCCACCAAAGGGCTGGG  360
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  301  GCAGATGACCTACGCATCACCCTGCCCACCCCAGGGCATAGCTGCCACCAAAGGGCTGGG  360

Query  361  GGCTGCCAGCCGCGGTGCTCTGGCAGGGACAGGTCTTCCCCTGGCGCCCCCAGGGAAGAA  420
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  361  GGCTGCCAGCCGCGGTGCTCTGGCAGGGACAGGTCTTCCCCTGGCGCCCCCAGGGAAGAA  420

Query  421  CAGGCAACCCATCCACCTGCGGAAAGCCTCCCTCACATGGGCGAGCCCCCGTGTGCAGCT  480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  421  CAGGCAACCCATCCACCTGCGGAAAGCCTCCCTCACATGGGCGAGCCCCCGTGTGCAGCT  480

Query  481  GCCATGCTGCCTGACAATAGCTGCCACCACAGAGTCCCCATCACCGCCGCCTTTGCCGAC  540
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  481  GCCATGCTGCCTGACAATAGCTGCCACCACAGAGTCCCCATCACCGCCGCCTTTGCCGAC  540

Query  541  GGAG  544
            ||||
Sbjct  541  GGAG  544

Далее      эти  же  544  пары  имеют   гомологию с  геномами кучи  приматов.   В  этом  можно  легко  убедиться,  сделав  в  том  же   бласте  поиск  по  алгоритму blastn по   базе NCBI Genome
В  институте  проблемы  с  сетью  и  сейчас  полный  поиск  грузится   долго,  но  можете  проверить сами.
Если  вдруг  не  найдете  -  повторю  поиск,  когда  сеть  оживет.

[Питер]

А  вот  и  приматы   с  мышками.

Sequences producing significant alignments:
Select:AllNone Selected:0
Alignments Download GenBank Graphics Distance tree of results Show/hide columns of the table presenting sequences producing significant alignments
Sequences producing significant alignments: Select for downloading or viewing reports    Description    Max score    Total score    Query cover    E value    Max ident    Accession
   
Homo sapiens chromosome 19, alternate assembly CHM1_1.0, whole genome shotgun sequence
   682    880    100%    0.0   99%    NC_018930.1
   
Homo sapiens chromosome 19, GRCh37.p10 Primary Assembly
   682    886    100%    0.0   100%    NC_000019.9
   
Homo sapiens chromosome 19, alternate assembly HuRef, whole genome shotgun sequence
   682    886    100%    0.0   100%    AC_000151.1
   
Pan troglodytes chromosome 19, Pan_troglodytes-2.1.4
   545    743    94%    3e-151   99%    NC_006486.3
   
Pongo abelii chromosome 19, P_pygmaeus_2.0.2
   544    1411    100%    1e-150   93%    NC_012610.1
   
Gorilla gorilla gorilla chromosome 19, gorGor3.1 Primary Assembly, whole genome shotgun sequence
   544    738    95%    1e-150   98%    NC_018443.1
   
Macaca mulatta chromosome 19, Mmul_051212, whole genome shotgun sequence
   443    563    99%    3e-120   84%    NC_007876.1
   
Papio anubis chromosome 19, Panu_2.0, whole genome shotgun sequence
   412    534    99%    5e-111   85%    NC_018170.1
   
Callithrix jacchus chromosome 22, Callithrix jacchus-3.2, whole genome shotgun sequence
   295    295    71%    9e-76   78%    NC_013917.1
   
Nomascus leucogenys isolate Asia; international studbook 0098 chromosome 17, Nleu_3.0, whole genome shotgun sequence
   282    413    57%    6e-72   90%    NC_019832.1
   
Cavia porcellus strain inbred line 2N unplaced genomic scaffold, Cavpor3.0 supercont2_121, whole genome shotgun sequence
   84.2    84.2    38%    3e-12   69%    NT_176298.1
   
Monodelphis domestica chromosome 1, MonDom5, whole genome shotgun sequence
   62.6    62.6    24%    1e-05   71%    NC_008801.1
   
Rattus norvegicus strain BN/SsNHsdMCW chromosome 20, Rnor_5.0
   62.6    62.6    29%    1e-05   68%    NC_005119.3
   
Rattus norvegicus strain BN; Sprague-Dawley chromosome 20, alternate assembly Rn_Celera, whole genome shotgun sequence
   62.6    62.6    29%    1e-05   68%    AC_000088.1
   
Cricetulus griseus unplaced genomic scaffold, CriGri_1.0 scaffold1916, whole genome shotgun sequence
   51.8    51.8    30%    0.017   69%    NW_003614131.1
   
Mus musculus strain mixed chromosome 8, alternate assembly Mm_Celera, whole genome shotgun sequence
   51.8    51.8    25%    0.017   69%    AC_000030.1
   
Sus scrofa breed mixed chromosome 9, Sscrofa10.2
   50.0    99    9%    0.061   83%    NC_010451.3
   
Sus scrofa breed mixed chromosome 12, Sscrofa10.2
   50.0    50.0    6%    0.061   92%    NC_010454.3
   
Takifugu rubripes chromosome 21, FUGU5, whole genome shotgun sequence
   46.4    46.4    7%    0.74   88%    NC_018910.1
   
Mus musculus strain C57BL/6J chromosome 1, GRCm38.p1 C57

[Gilgamesh]

Настоятельная рекомендация простыни нуклеотидов размещать во вложениях.

[Питер]

Учту. 

[Gilgamesh]

Спасибо.

[Иван Антонович]

Уважаемый Gilgamensch,
Можете дат; ссылочку на использование стабильных изотопов углерода для радиоактивных методов определения возраста Земли и ископаемых??

[Иван Антонович]

Питер

У Вас  есть какая то информация о о всех инсерциях в геноме человека по сравнению с Pan troglodytes?

Наверняка все эти инсерции где то уже в отдельном банке данных.

Я не смог найти эту базу, возможно  Вы знаете где они все собраны.

Искать в ручную их не очень хочется. Первая инсерция, которую нашел ныла сразу 90000 никлеотидов. Остальные довольно короткие. Просто хочется пройтись по всем инсерциям. Их порядка 80000 размером от 10 до 100000, но конкретных последоватлеьностей я не нашел.

Если  у Вас есть ссылка на такую базу данных буду благодарен.

[chief]

Уважаемый Gilgamensch,
Можете дат; ссылочку на использование стабильных изотопов углерода для радиоактивных методов определения возраста Земли и ископаемых??

Вы прочитали, но не поняли. Стабильные изотопы углерода не для датирования используются (они ж стабильные!). А для определения биогенной природы.

[Gilgamesh]

Кто этот Gilgamensch? Где он писал про углерод?

[Дем]

На астрофоруме сходный вопрос обсуждают (там вообще про возникновение жизни)
http://www.astronomy.ru/forum/index.php/topic,105473.0.html

базовый вывод - РНК саморазмножалась без всякой посторонней помощи. Но те цепочки, которые вдобавок синтезировали разные полезные катализаторы - естественноотобрались.
А потом они "слиплись" в единую ДНК.

[Питер]

Питер

У Вас  есть какая то информация о о всех инсерциях в геноме человека по сравнению с Pan troglodytes?

Наверняка все эти инсерции где то уже в отдельном банке данных.

Я не смог найти эту базу, возможно  Вы знаете где они все собраны.

Искать в ручную их не очень хочется. Первая инсерция, которую нашел ныла сразу 90000 никлеотидов. Остальные довольно короткие. Просто хочется пройтись по всем инсерциям. Их порядка 80000 размером от 10 до 100000, но конкретных последоватлеьностей я не нашел.

Если  у Вас есть ссылка на такую базу данных буду благодарен.

Вы  мне    лучше  скажите   -     убедились в  том,  что  ваша якобы   уникальная  последовательность  есть в  геномах  других  видов ?
Насчет  базы  по всем  инсерциям  -  я  такой  не  знаю.   Один   совет   -     будете  что-то  делать,  работайте  только с    37   релизом из  "тысячи  геномов" по  человеку.  Это  самый  выверенный   сиквенс.  Уверен,  что   большая  часть      ваших  инсерций  -  артефакты   ранних  сиквенсов.

Насчет  саморепликации  РНК  -   наверняка  такой  процесс  шел,   хотя   сложно  представить  себе   энергетику   этих   реакций  и   субстраты,  на    которых  она  шла.   Хотя   возможен  и  вариант      раствора.