Участвуют ли российские ученые-молекулярщики в палеогеномных исследованиях?

Автор Dessa, июня 14, 2012, 00:43:22

« назад - далее »
Печать
Вниз Страницы 1 2 3 4
Действия пользователя

Питер

#30
июня 24, 2012, 17:13:37
Все    просчеты   времени    -   от  лукавого,   так  как есть    два   экспериментально  плохо   определенных    параметра   -  частота  герминативных мутаций  в  мт  и  геномной  ДНК  на  геном  на    поколение.   Плюс  есть  одно   не  явное     предположение   -   неизменность  частоты  мутаций    во  времени.
А  оно  вам  надо  ?

Dessa

#31
июня 24, 2012, 17:18:49
Цитата: Питер от июня 24, 2012, 15:45:31
Но и  этого  мы  не  можем  -  ибо   вывоз     образцов   ДНК   за  границу  РФ   запрещен.

А как же ДНК Денисовца вывезли?

Питер

#32
июня 24, 2012, 17:30:28
Notch,   не   знаю.     Возможно,     было  разрешение      -    однажды   мы  такое  получили,   почти  год  бумажной   волокиты.  И  возможно,  что  палеокость  -    не   биоматериал вообще  с  точки  зрения   законодательства.
А  оно  вам  надо  ?

langust

#33
июня 24, 2012, 17:32:42
ЦитироватьА как же ДНК Денисовца вывезли?
Денисовцы не являются гражданами РФ. Да и вымерли они давно и не грозит им "геномное" оружие...  ;).
Редкий неандерталец доплывет до середины Днепра

sanj

#34
июня 24, 2012, 17:37:13
Цитата: Питер от июня 24, 2012, 17:09:43
Sanj,   а  что  именно  не ясно ?
Некстген   - (NGS, new  generation sequencing)   -    сборное    название   для     разных  методов  секвенирования   4   поколения.   Риды  - единичные  последовательности,  их  типичная   длина  сейчас   -   50-75  п.н.    Потом  из  этих   коротких  перекрывающихся  ридов  собирают  весь  геном.   Для  нормального        чтения  каждый  нуклеотид  в  геноме   должен  быть  прочитан    как  минимум  25-30   раз.  Так как  есть неравномерность  чтения  -   GC   богатые     читаются   хуже  АТ  богатых  -    то   для  какого-то  фрагмента    генома    перекрытие   будет  25-кратным,   а  для    какого - 100-крантным.   Проблемы  в  сиквенсе  участков с  повторами  есть  и  длинные   блоки  простых  повторов     не  читаемы  -    то  есть  сложно  понять,   сколько  копий  имеет      например  СА  повтор в     данном    участке  -   10  или  40.   Не  читаем   (точнее,   очень  плохо  читаем)      прицентромерный   гетерохроматин,   плохо  читаются   теломерные  области.  Я при    этом  не  понял    Валеру  насчет  стандарта  качества   -      уникальные   последовательности  генома  читаются  однозначно,  а  с  повторами     засада.  С  точки   зрения      анализа  Y   хромосомы   это  плохо.  С  точки  зрения  митохондрий  -    не  знаю.  Там  что,    есть      неоднозначность    в   диагностических  позициях ?
теперь яснее, осталось определить что есть драфт и контиг..

Питер

#35
июня 24, 2012, 19:20:34
Контиг  - сшитая  из  кусочков  последовательность.  Есть    три  последовательности   по  75   нуклеотидов. Первая  перекрывается с  второй  на  25  нуклеотидов  -    получаем  контиг  длиной  100.  Третья  перекрывается  со  втророй  на  10    нуклеотидов.  Итого  контиг  - 165   пар.
Драфт  -   как  и    драфт  рукописи,   не  окончательный   вариант,  не  выверенный    на  100%  сиквенс.   
А  оно  вам  надо  ?

chief

#36
июня 24, 2012, 20:20:40 Последнее редактирование: июня 24, 2012, 20:24:44 от chief
Я знаю, что в Москве только что был Сванте Паабо и увез к себе ряд образцов для работы. Древних человеческих косточек в том числе.

Dessa

#37
июня 24, 2012, 20:41:39
Вот! А свою науку не развиваем... :(

Арон.

#38
июня 24, 2012, 22:44:43
 С.Паабо и в Китай за костями ездил.
У нас, у неандертальцев, собственная гордость!

valeryz2001

#39
июня 24, 2012, 22:54:00 Последнее редактирование: июня 24, 2012, 23:16:54 от valeryz2001
Цитата: Питер от июня 24, 2012, 17:09:43
С  точки   зрения      анализа  Y   хромосомы   это  плохо.  С  точки  зрения  митохондрий  -    не  знаю.

В главных диагностических нет конечно, но то что лежит на участках богатых повторами GGG.., CCCC, и ACAC... читается особенно скверно. На "нормальных" участках ошибок больше чем при сэнгеровском секвенировании не менее чем в 3 раза. Но это все ладно, думаю скоро поправят. Проблема в У-хромосоме. Истинное количество снипов в ней неизвестно, тк заранее нельзя сказать сколько существует "отдельных" линий, ведь мутирование это тупо функция времени. То есть мы не можем сказать точно что в такой-то ветви можно ожидать столько-то новых снипов сверх известных, зная только глубину линии во времени и не зная ее "ширину", то есть количество отделившихся от корня на раннем этапе ветвей. А вот микросателлитные участки сделанные по Сэнгеру известны все. Их порядка 600 причем не менее половины из них высокомутабельные. И они обычно вида [N1N2N3N4]n где n между 10 и 25. Зацепить их короткими ридами нельзя. Микросателлиты совместно со снипами дают гарантированно хорошую картину филогении но при условии что их очень много. В настоящее время коммерчески доступны 111 микросателлит, типируются мультиплексом, причем только одной фирмой-монополистом которая своих разработок не продает. Если бы некстген мог помочь в деле чтения У-ов это был просто аццкий прогресс. Мы бы узнали безумно большой объем информации и скорее всего научились бы датировать события древности с невиданной точностью - в смысле большей чем какими-либо иными молекулярными методами.

valeryz2001

#40
июня 24, 2012, 23:11:09
Цитата: Питер от июня 24, 2012, 17:13:37
Все    просчеты   времени    -   от  лукавого,   так  как есть    два   экспериментально  плохо   определенных    параметра   -  частота  герминативных мутаций  в  мт  и  геномной  ДНК  на  геном  на    поколение.   Плюс  есть  одно   не  явное     предположение   -   неизменность  частоты  мутаций    во  времени.

Если плясать от калиброванных эволюционных скоростей то главный вопрос второй - неизменность во времени. Скажем, если некий класс сайтов подвержен какой-то форме отбора, то возможна ситуация что подсчитывая число мутаций за последние 20 тысяч лет и число мутаций на таком же 20-тысячелетнем промежутке но не сейчас а 100 тысяч лет назад мы может просто недосчитаться на "древнем" промежутке мутаций на которые воздействовал отбор - что вызовет у нас уверенность в различии скоростей тогда и сейчас :)

Плюс шероховатости филогений: там где был быстрый рост населения в последние тысячелетия есть надежда установить даты пристойно. А там где было наоборот - исключительная сфера фантазий. Чисто статистически разница между кроной в которой 100 ветвей и пнем о двух ветках просто огромная. В первом случае можно дать красивые оценки по крайней мере относительные, сравнивая такие кроны в разных частях дерева. Во втором ну в общем и говорить нечего.

Dessa

#41
июня 24, 2012, 23:17:10
Будем надеяться, что протяженность ридов со временем будет возрастать. :)
К тому же конкуренция между фирмами-производителями оборудования в области Next-gen жесткая. И по цене все достаточно оптимистично. К концу 2012 года для Ion Proton выйдет чип, позволяющий читать один геном за 1 000 $ :)
Но вопрос в интерпретации результатов.  :) 

На молбиоле пишут, что есть специалисты с Ion-ом:
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=510685&view=findpost&p=1330783 :)

Dessa

#42
июня 24, 2012, 23:19:58
То есть действительно, все сидят по углам, в своих центрах-лабораториях. А ценный материал вывозится за рубеж. Статьи по российскому материалу печатают иностранцы.  :(

valeryz2001

#43
июня 24, 2012, 23:27:12
Ну вообще-то сейчас правительство начало кое-кому раздавать мегагранты так что посмотрим :)
Печать
Вверх Страницы 1 2 3 4
Действия пользователя