Участвуют ли российские ученые-молекулярщики в палеогеномных исследованиях?

[Gilgamesh]

Сунгирцев делал Полтараус, не опубликовал, если не считать статьи в Хомо Сунгиренсис (есть электронная на сайте Бужиловой).

То есть опубликовал. Адрес сайта подскажете?

[valeryz2001]

вот:

http://soilinst.msu.ru/~ladygin/sungir/dna/index.php

[Dessa]

Кхе-кхе

Знаю, что в России сейчас организуются  лаборатории по полногеномному секвенированию( благодаря мегагрантам).
Гранты закончатся, лаборатории останутся. Возможно встанет вопрос о получении дальнейших грантов на исследования. Так неужели нельзя задействовать эти лаборатории для нормальных исследований мирового уровня? Чтобы изучить все возможные генетические полиморфизмы и мутации в древних образцах (при условии доступности генетического материала)? Ведь за рубежом уже получен геном неандертальца! А у нас человека современного типа нормально изучить не могут. 

Вот такие картинки - это подходит для дипломной работы. Неужели нельзя получить более информативные результаты? При современном-то уровне развития технологий.

[Dessa]

Например, вот одна из лабораторий:

http://dobzhanskycenter.bio.spbu.ru/?lang=ru

Центр геномной биоинформатики
им. Ф.Г.Добржанского

[Dessa]

По геному древних людей можно было бы понять, какого цвета были у них глаза, волосы, кожа... Можно было бы сравнить результаты генотипирования с результатами проекта геногеографии...  Предрасположенность к различным мультифакториальным заболеваниям. Посмотреть генетическое разнообразие внутри популяции... Оценить спектр генов главного комплекса гистосовместимости и т.д.
Кто смотрел геном человека из денисовской пещеры? Иностранцы? Позор.

[Dessa]

Valery. У Вас запоминающаяся аватарка
http://forum.molgen.org/index.php?action=profile;u=16

[Dessa]

Хорошо, можно работать с древней ДНК в одной лаборатории. Но если там нет полногеномного секвенатора - это тупик.
Называется "И сам не ам и другим не дам". Или опять же на откуп иностранцам.

[Питер]

Notch,   вы  и  правда  молекулярщик   Тогда   что  вы  задаете   дурацкие  вопросы    Когда  (в  каком  году)   Полтараус  делал  Сунгирь ?  Отнюдь    не в  2012.   
Какие  нужны      деньги  на  полногеномный   сиквенс   одного  образца  даже  не  палео   ДНК   в  РФ ?  Кто  может  сделать  этот  сиквенс  с  сборкой  генома  ?   Поймите  -   дешевле   делать  сиквенс  за  границей,     сейчас      самый  главный   центр  по  секвенированию    -  Китай.   Плюс    к  этому      раньше  мощные  возможности  по   сиквенсу   были  только  в  Курчатнике   - но   работать  с     Скрябиным    никто  не  хочет.
Но и  этого  мы  не  можем  -  ибо   вывоз     образцов   ДНК   за  границу  РФ   запрещен.  А  то  эти       америкосы   сделают   этническое   оружие  -  и  хана.   И   власть  серьезно  именно  так  думает   -  собственными    ушами  слышал  от  одного       министра в  нынешнем  правительстве   РФ.  Коего  при   встречах    чмокаю в   щечку.   Хотя  этой  ДНК  и  так  там  завались -  сколько сейчас в  Штатах         экс-россиян ?   Море ...
Насчет  мега-грантов   -и  какя  там     лаборатория       сделана    под        полногеномный  сиквенс  ?   Певзнер  -    чистая      математика.  Лаба  в  Владивостоке ?  Может  быть  -    но  там    человека  никто  секвенировать  не  будет,  силы  будут  брошены  на  сиквенс  морских     гадов.
И  про  предрасположенность к  мультам  -  это  сильно.   Для   современных      людей  считать    не  умеем,  но  для  палеоДНК  -  вперед  и вверх. 

[valeryz2001]

Valery. У Вас запоминающаяся аватарка
http://forum.molgen.org/index.php?action=profile;u=16

ну чтобы узнавали как одного и того же инет-персонажа и не узнавали меня какой я есть сегодня

[valeryz2001]

Неужели нельзя получить более информативные результаты? При современном-то уровне развития технологий.

форез, трансиллюминатор и этидия бромид - лучшие друзья российского молекулярщика

[valeryz2001]

Знаю, что в России сейчас организуются  лаборатории по полногеномному секвенированию( благодаря мегагрантам).

Некстген чертовски хорошая штука но увы эти короткие риды не берут многие интересные виды повторяющихся последовательностей которые имеют не самое последнее значение в некоторых приложениях науки. Кроме того, низкое качество чтения требует многократных покрытий прежде чем вылезет надежный контиг, а это увеличивает цену. Как филогенист по митохондриалке с многолетним опытом могу сказать что ВСЕ БЕЗ ИСКЛЮЧЕНИЯ известные мне некстгенные чтения в этой области не удовлетворяют пока стандартам качества которые следует считать нормальными для работы. Только как драфт, как дешевый способ узнать сразу и много, а потом уточнять, надеясь на улучшение качества некстгена.

[sanj]

а можно то же самое, только с понятнее, с объяснением непереведенных терминов?

[Dessa]

Некстген чертовски хорошая штука но увы эти короткие риды не берут многие интересные виды повторяющихся последовательностей которые имеют не самое последнее значение в некоторых приложениях науки. Кроме того, низкое качество чтения требует многократных покрытий прежде чем вылезет надежный контиг, а это увеличивает цену. Как филогенист по митохондриалке с многолетним опытом могу сказать что ВСЕ БЕЗ ИСКЛЮЧЕНИЯ известные мне некстгенные чтения в этой области не удовлетворяют пока стандартам качества которые следует считать нормальными для работы. Только как драфт, как дешевый способ узнать сразу и много, а потом уточнять, надеясь на улучшение качества некстгена.

Но это же не секвенирование de novo (я имею в виду, человека разумного), а ресеквенирование, и есть с чем сравнивать .  На сегодняшний день уже множество геномов прочитано. Задача упрощается.

[langust]

Как филогенист по митохондриалке с многолетним опытом могу сказать что ВСЕ БЕЗ ИСКЛЮЧЕНИЯ известные мне некстгенные чтения в этой области не удовлетворяют пока стандартам качества которые следует считать нормальными для работы. Только как драфт, как дешевый способ узнать сразу и много, а потом уточнять, надеясь на улучшение качества некстгена.

Короче, наши исследования пока что находятся в зачаточном состоянии, что печально.
Поэтому будем ориентироваться на западные источники. Кстати, в прессе упоминается сикванс генома шимпанзе и более длительная дистанция до "точки схождения" по мт-ДНК. Интересно какая именно по "молекулярным часам"?  А по неандертальцам? Для последних вроде как сравнима с "древностью" мт-ДНК сапиенса?

[Питер]

Sanj,   а  что  именно  не ясно ?
Некстген   - (NGS, new  generation sequencing)   -    сборное    название   для     разных  методов  секвенирования   4   поколения.   Риды  - единичные  последовательности,  их  типичная   длина  сейчас   -   50-75  п.н.    Потом  из  этих   коротких  перекрывающихся  ридов  собирают  весь  геном.   Для  нормального        чтения  каждый  нуклеотид  в  геноме   должен  быть  прочитан    как  минимум  25-30   раз.  Так как  есть неравномерность  чтения  -   GC   богатые     читаются   хуже  АТ  богатых  -    то   для  какого-то  фрагмента    генома    перекрытие   будет  25-кратным,   а  для    какого - 100-крантным.   Проблемы  в  сиквенсе  участков с  повторами  есть  и  длинные   блоки  простых  повторов     не  читаемы  -    то  есть  сложно  понять,   сколько  копий  имеет      например  СА  повтор в     данном    участке  -   10  или  40.   Не  читаем   (точнее,   очень  плохо  читаем)      прицентромерный   гетерохроматин,   плохо  читаются   теломерные  области.  Я при    этом  не  понял    Валеру  насчет  стандарта  качества   -      уникальные   последовательности  генома  читаются  однозначно,  а  с  повторами     засада.  С  точки   зрения      анализа  Y   хромосомы   это  плохо.  С  точки  зрения  митохондрий  -    не  знаю.  Там  что,    есть      неоднозначность    в   диагностических  позициях ?