Обсуждение обзора А.Г.Козинцева "Биологическая наука об антропогенезе: главные события"

[Арон.]

. Сейчас, по результатам анализа нескольких современных людей и пары неандертальцев, пытается утверждать, что африканцы от неандертальцев ни одного гена не получили - тоже очевиднейшая лажа.

Наверное, правильное слово не обнаружено. То есть везде за пределами Африки следы метисации сапиенсов и неандеров, по данным С.Паабо, обнаружены, а в самой Африке - южнее Сахары - не обнаружены.
    Ну и просто нету находок неандеров в Африке. За пределами Африки несколько десятков, а в самой Африке - ни одного черепа, или, положим, челюсти, или хотя бы зубика.
    Ближе всех к Африке находятся палестинские находки неандертальцев. Видимо там, в районе пещер Схул, Табун и Кафзех, ашкеназы-неандертальцы впервые столкнулись с хелмеями-палестинцами, что и послужило началом знаменитого ближневосточного конфликта.
    С той поры и до наших дней, Ближний Восток - это самое склочное место на планете Земля.

[langust]

 С той поры и до наших дней, Ближний Восток - это самое склочное место на планете Земля.

[Ярослав Смирнов]

1.  Вы  согласны с  тем,  что   современный  человек  вышел  из  Африки ?  И  именно  Африка  -  центр  максимального  разнообразия ?  Дальше  идут  узкие  области  и  субобласти - и  тут    будет  масса  вопросов,   так  как  см.  п. 3.

С тем что Африка это место довольно высокого разнообразия (в некоторых вещах) - согласен. В других, например в количестве языков и народностей - рулит Папуа-Новая Гвинея. Генетика папуасов изучена очень и очень слабо (по сравнению с африканцами). А вот по цвету глаз и волос -максимальное разнообразие в Европе.
С тем, что человек "вышел из Африки", в смысле - отделился от австралопитеков именно на территории Африки, с этим, мал-мала согласен (по крайней мере это представляется довольно вероятным). Вероятно, именно на этапе разделения австралопитеков и хомо и произошла одна из последних (возможно, последняя) хромосомная абберация, создав репродуктивный барьер.
Относительно последующего, считаю (с относительно высокой степенью уверенности), что род Хомо был моновидовой, в формирование современного человека внесли свой вклад (не исключено, что приблизительно равный) и европейские, и азиатские, и африканские палеоантропы.

2. "Принципиальный  отказ"   -  -  откуда  вы  это  взяли ?   Те  же  мутации,  обуславливающие    употребление  лактазы,     активно   изучаются  именно в   эволюционном  аспекте.  Также  будут  анализировать  и другие    гены -  при    их  обнаружении.

Хорошо. Расскажите мне, плз, об эволюционном аспекте генов, кодирующих цвет глаз.

3.  Опять   же  где  вы   взяли "постулирование" ?  Да  все    ныне    сделанные  карты  по   мтДНК  и  игрекам  -  это  карты  именно  миграции.

Хм... Как бы так покорректнее выразится? То что я видел, это не карты. Это "Сон, навеянный полётом пчелы вокруг граната за миг до пробуждения". Холст, масло, 1943 год.

4.   Упор  связан  с   тем,  что  только игрек и  мтДНК  могут  служить  трейсерами   в  эволюционных  исследованиях   - в  аутосомах    размытие  идет  крайне    быстро  за  счет  рекомбинации.  Плюс  есть  еще есть  чисто  методологические  проблемы. Да,  можно  смотреть тонкую  структуру   аутосомных      генов  -  что  сейчас  и  начинают  делать.  Но  - это   чисто  технологически  намного    сложнее   и    дороже,   чем  анализировать       маркеры  Y и мтДНК.

Это всё разговоры в пользу бедных. Никто не спорит, что мтДНК и Y-хромосомы анализировать гораздо проще (особенно если не вдаваться в изучение их функций), нежели аутосомные гены. Но:
а) Большая часть нашей наследственности записана именно в аутосомных генах.
б) мтДНК и Y-хромосомы довольно быстро "вымываются" из популяций под действием отбора или даже дрейфа.

5. Попробуйте  построить  деревья     хотя  бы  только   на  миссенс  мутациях.  Не  выйдет  -  их  просто  слишком  мало  и  не  будет  сети   относительно    частых вариантов.  В  итоге  будет   один  основной  мажорный  вариант  и  много    редких   вариантов  с  крайне  низкой  частотой -    их   выявление   станет  возможно  только  при анализе    больших  по  численности (и  не  реальных в  практической  работе)  выборках.

Да ну? По внешне выраженным признакам человечество довольно разнообразно, соответственно и миссенс (равно как нонсенс)-мутации  должны встречатся довольно часто.

И  последнее.   Ярослав,  вы    практически        занимаетесь   молекулярной   генетикой   и популяционной  генетикой  человека ? Скорее  нет,  чем    да  -  многие  ваши  замечания   говорят  о  не  понимании    чисто  методических  проблем,  связанных с   сегодняшним  состоянием  дел  в  области   технологии   и  финансирования    науки. 

Скажем так - даже чисто приблизительный и отдалённый взгляд на имеющиеся проблемы в финансировании науки (не только отечественной), напрочь отбивает желание заниматься "молекулярной биологией и популяционной генетикой". "За еду" (и то, не самую сытную), работают в основном истинные фанаты своего дела.
Что же касается технологий... Предположим, в следующем году изобретут "настоящие" ДНК-чипы, с фиксированными видоизменёнными рибосомами и ДНК-полимеразами, которые, изменяя свою конфигурацию, посылают соответствующий сигнал на нанодатчик на микросхеме. Идеальный нуклеинокислотный-полупроводниковый интерфейс. Себестоимость любого сиквенса - сугубо цена амортизации аппарата (не слишком дорогого) + цена рабочего времени "лаборанта". Тоже касается синтеза любой заданной последовательности РНК, ДНК или белка.
Что после этого произойдёт с генетикой? Моё имхо - тоже, что и с кибернетикой.
Как там у Гладкова?
Всеми фибрами своих колес.
Мчался в век прогресса паровоз,
Но, как ретроград и мракобес,
В век прогресса паровоз исчез!

[Ярослав Смирнов]

Наверное, правильное слово не обнаружено. То есть везде за пределами Африки следы метисации сапиенсов и неандеров, по данным С.Паабо, обнаружены, а в самой Африке - южнее Сахары - не обнаружены.

Скажем так, при используемой методологии они и не могли быть обнаружены. Любой ген, общий для неандертальцев и африканцев, объявляется "полученным от общих предков". Впрочем, есть и другие мнения. По мнению некоторых исследователей, наиболее массовый аллель гена "microcephalin" (встречающийся в том числе и в Африке южнее Сахары) был получен современными людьми от неандертальцев.

Ну и просто нету находок неандеров в Африке. За пределами Африки несколько десятков, а в самой Африке - ни одного черепа, или, положим, челюсти, или хотя бы зубика.

Разумеется. Сейчас неандертальцами называются европейские, среднеазиатские и ближневосточные палеоантропы. "Африканский неандерталец" это такой же оксюморон, как и "африканский европеец". Новоязовские термины типа "афроамериканец" предлагаю игнорировать. Впрочем, в своё время выделялась группа "тропических неандертальцев". Более того, тропические потомки гиперарктических мигрантов должны были довольно быстро потерять "гиперарктические" адаптации и получить "тропические", даже если не считать скрещивания с местными.

[chief]

Скажем так, при используемой методологии они и не могли быть обнаружены. Любой ген, общий для неандертальцев и африканцев, объявляется "полученным от общих предков".

Ярослав, специалист-генетик Вам уже намекнул: не пишите глупостей.
Вы продолжаете.

[Питер]

1.  Вы  согласны с  тем,  что   современный  человек  вышел  из  Африки ?  И  именно  Африка  -  центр  максимального  разнообразия ?  Дальше  идут  узкие  области  и  субобласти - и  тут    будет  масса  вопросов,   так  как  см.  п. 3.

С тем что Африка это место довольно высокого разнообразия (в некоторых вещах) - согласен. В других, например в количестве языков и народностей - рулит Папуа-Новая Гвинея. Генетика папуасов изучена очень и очень слабо (по сравнению с африканцами). А вот по цвету глаз и волос -максимальное разнообразие в Европе.
С тем, что человек "вышел из Африки", в смысле - отделился от австралопитеков именно на территории Африки, с этим, мал-мала согласен (по крайней мере это представляется довольно вероятным). Вероятно, именно на этапе разделения австралопитеков и хомо и произошла одна из последних (возможно, последняя) хромосомная абберация, создав репродуктивный барьер.
Относительно последующего, считаю (с относительно высокой степенью уверенности), что род Хомо был моновидовой, в формирование современного человека внесли свой вклад (не исключено, что приблизительно равный) и европейские, и азиатские, и африканские палеоантропы.

2. "Принципиальный  отказ"   -  -  откуда  вы  это  взяли ?   Те  же  мутации,  обуславливающие    употребление  лактазы,     активно   изучаются  именно в   эволюционном  аспекте.  Также  будут  анализировать  и другие    гены -  при    их  обнаружении.

Хорошо. Расскажите мне, плз, об эволюционном аспекте генов, кодирующих цвет глаз.

3.  Опять   же  где  вы   взяли "постулирование" ?  Да  все    ныне    сделанные  карты  по   мтДНК  и  игрекам  -  это  карты  именно  миграции.

Хм... Как бы так покорректнее выразится? То что я видел, это не карты. Это "Сон, навеянный полётом пчелы вокруг граната за миг до пробуждения". Холст, масло, 1943 год.

4.   Упор  связан  с   тем,  что  только игрек и  мтДНК  могут  служить  трейсерами   в  эволюционных  исследованиях   - в  аутосомах    размытие  идет  крайне    быстро  за  счет  рекомбинации.  Плюс  есть  еще есть  чисто  методологические  проблемы. Да,  можно  смотреть тонкую  структуру   аутосомных      генов  -  что  сейчас  и  начинают  делать.  Но  - это   чисто  технологически  намного    сложнее   и    дороже,   чем  анализировать       маркеры  Y и мтДНК.

Это всё разговоры в пользу бедных. Никто не спорит, что мтДНК и Y-хромосомы анализировать гораздо проще (особенно если не вдаваться в изучение их функций), нежели аутосомные гены. Но:
а) Большая часть нашей наследственности записана именно в аутосомных генах.
б) мтДНК и Y-хромосомы довольно быстро "вымываются" из популяций под действием отбора или даже дрейфа.

5. Попробуйте  построить  деревья     хотя  бы  только   на  миссенс  мутациях.  Не  выйдет  -  их  просто  слишком  мало  и  не  будет  сети   относительно    частых вариантов.  В  итоге  будет   один  основной  мажорный  вариант  и  много    редких   вариантов  с  крайне  низкой  частотой -    их   выявление   станет  возможно  только  при анализе    больших  по  численности (и  не  реальных в  практической  работе)  выборках.

Да ну? По внешне выраженным признакам человечество довольно разнообразно, соответственно и миссенс (равно как нонсенс)-мутации  должны встречатся довольно часто.

И  последнее.   Ярослав,  вы    практически        занимаетесь   молекулярной   генетикой   и популяционной  генетикой  человека ? Скорее  нет,  чем    да  -  многие  ваши  замечания   говорят  о  не  понимании    чисто  методических  проблем,  связанных с   сегодняшним  состоянием  дел  в  области   технологии   и  финансирования    науки. 

Скажем так - даже чисто приблизительный и отдалённый взгляд на имеющиеся проблемы в финансировании науки (не только отечественной), напрочь отбивает желание заниматься "молекулярной биологией и популяционной генетикой". "За еду" (и то, не самую сытную), работают в основном истинные фанаты своего дела.
Что же касается технологий... Предположим, в следующем году изобретут "настоящие" ДНК-чипы, с фиксированными видоизменёнными рибосомами и ДНК-полимеразами, которые, изменяя свою конфигурацию, посылают соответствующий сигнал на нанодатчик на микросхеме. Идеальный нуклеинокислотный-полупроводниковый интерфейс. Себестоимость любого сиквенса - сугубо цена амортизации аппарата (не слишком дорогого) + цена рабочего времени "лаборанта". Тоже касается синтеза любой заданной последовательности РНК, ДНК или белка.
Что после этого произойдёт с генетикой? Моё имхо - тоже, что и с кибернетикой.
Как там у Гладкова?
Всеми фибрами своих колес.
Мчался в век прогресса паровоз,
Но, как ретроград и мракобес,
В век прогресса паровоз исчез!

1. Ну  хоть в  чем-то  вы  согласны -))).  Хотя  и  оговорками ...
2. Я  понимаю  -  вам  до     проблем   методологических  дела  нет.  Но  -  пока  можно       относительно   просто  смотреть  простые  системы   типа  той  же  лактамазы.  Один  ген,  простой  качественный  фенотип.  С  глазами все  много  хуже,   много  генов,   сложная   генетика    количественного  признака  -  которая  в  целом  плохо   разработана.  А  популяционная  количественная  генетика  -  вообще       поле  не  паханое.
Для    общего  образования  - http://www.nature.com/jhg/journal/v56/n1/full/jhg2010126a.html
3.   В   следующий  понедельник      расскажу   об  этом     людям,    карты     строящим.  Посмеемся  вместе. Вам  не  нравятся  карты ?   Сделайте  свой   алгоритм  построения  -    данные  первичные  для  этого в  сети  есть.   Wellcome ...
4. Ну   бедный  я -))) Вот  только   кто  бы  мне   30  лет  назад  рассказал   за  эту   бедность   - не  поверил  бы  в  технологический  прорыв.   Если  что  -   я  начинал  работать  в  эпоху "до  ПЦР".  И  наша  лаба     была  одной  из  первых в   бывшем  ССР,  где    ставили  ПЦР  -   перекидывая     пробирки из  одного  водяного  термостата в  другой. Так  что усе  будет,  датйе  только  срок.
5.  Я  говорю   не  об  общем  числе  мутаций   -  а  о  частоте  этих  миссенс  и  нонсенс  вариантов.  Если  их  частота в  популяции  менее 1%   -   то  интерес к  ним   популяционный  крайне   низок.   Просто  нет  ни у  кого  таких  выборок ... Я  понимаю,  что  проблемы  негров  вам  по  барабану   -   но  они  таки  есть.

Ну  и    последнее.   Техника   -  это  важно (кстати,  над  вашим    описанием   идеальных  чипов  смеялся от  души). Но  методология  -  важнее.   Главное  -   грамотно  построить  эксперимент. И  это  важнее  технологии ...  Ну  а  деньги  -  презренный  металл,  о  котором  все  время  надо  думать.
И   если  "напрочь  отбивает"   -  то  какого  черта  вы  тут  тусите ? 
В  общем  примите  и  прочее  -  от  истинного  фаната с Хиршем 14.

[Ярослав Смирнов]

1. Ну  хоть в  чем-то  вы  согласны -))).  Хотя  и  оговорками ...

Фишка в том, что моё согласие основано не столько на палеогенетических реконструкциях, сколько на реально найденных костных останках и каменных орудиях. Исходя только из генетических данных - сходства генома современного человека и современных понгид, можно с высокой степенью уверенности предположить, что общий предок понгид и гоминид таки существовал, с несколько меньшей степенью уверенности (но тоже довольно высокой) - что он жил в Старом Свете. Африка несколько более вероятна, чем Евразия, но не более того.

2. Я  понимаю  -  вам  до     проблем   методологических  дела  нет.

Почти верно. Проблемы методологические меня интересуют сугубо в плане ориентирования в границах применимости того или иного метода.

А  популяционная  количественная  генетика  -  вообще       поле  не  паханое.

Лично мне казалось, что это пока лес дремучий, не рубленный, не жжённый, не корчёванный. Но если Вы считаете, что это уже готовое поле, только не вспаханное и не засеянное - будь так. Вы специалист.

Для    общего  образования  - http://www.nature.com/jhg/journal/v56/n1/full/jhg2010126a.html

Сенькс.

3.   В   следующий  понедельник      расскажу   об  этом     людям,    карты     строящим.  Посмеемся  вместе. Вам  не  нравятся  карты ?   Сделайте  свой   алгоритм  построения  -    данные  первичные  для  этого в  сети  есть.   Wellcome ...

Не-а. Нету пока таких данных в сети.

Так  что усе  будет,  датйе  только  срок.

Вообще-то сейчас не 1939 год, сроки давать несправившимся, да и не настолько это важный вопрос.

Я  говорю   не  об  общем  числе  мутаций   -  а  о  частоте  этих  миссенс  и  нонсенс  вариантов.  Если  их  частота в  популяции  менее 1%   -   то  интерес к  ним   популяционный  крайне   низок.

Таки у миссенс и нонсенс вариантов есть положительная (в методологическом плане) фишка. Они зачастую проявляются фенотипически, более того, иногда очевидны. К примеру - рыжие составляют около 1% от европейской популяции, но они определяются визуально. То же касается цвета кожи и глаз.

Просто  нет  ни у  кого  таких  выборок ... Я  понимаю,  что  проблемы  негров  вам  по  барабану   -   но  они  таки  есть.

Я глубоко сомневаюсь, что найти сотню-другую рыжих в крупном европейском городе - это серьёзная проблема.

Ну  и    последнее.   Техника   -  это  важно (кстати,  над  вашим    описанием   идеальных  чипов  смеялся от  души). Но  методология  -  важнее.   Главное  -   грамотно  построить  эксперимент. И  это  важнее  технологии ...

Согласен. Вот отсюда к Вам вопрос по методологии. Какими генетическими методами можно определить где именно жили пигмеи пять-десять-сорок тысяч лет назад? Предположим, есть мнение, что пять тысяч лет назад пигмеи жили (в том числе) на территории современной Болгарии. Сейчас они там не живут. Более того, предки народов, ныне заселяющих Болгарию, пять тысяч лет назад жили совсем в других регионах.

И   если  "напрочь  отбивает"   -  то  какого  черта  вы  тут  тусите ?

Одно дело - тратить на удовлетворение своего любопытства пару-тройку часов в неделю, а совсем другое - на всю жизнь отказаться от мирских благ.   

В  общем  примите  и  прочее  -  от  истинного  фаната с Хиршем 14.

0,45 Хирша в год? Основные Ваши публикации были закрытые?

[Gilgamesh]

Цитировать
В  общем  примите  и  прочее  -  от  истинного  фаната с Хиршем 14.
0,45 Хирша в год? Основные Ваши публикации были закрытые?

Ярослав, вам не кажется, что вы хамеете и... уже порядочно "имперствуете"?

[Питер]

Насчет  мирских    благ   это  сильно -  так  и  представил  себе   клобук  и  послушание ...  И  про  Хирша  смешно.
Можете   на   досуге  собрать  100   рыжих  и    уговорить  их   хотя  бы на     взятие   образцов  слизистой  щеки.   Ну  и  для    чистоты      работы (надо  же  с  чем-то  сравнить)    соберите  9900   человек  с  другим   цветом  волос.  Да,    учтите   -    надо  точно  описать    цвет  волос,   будет  непрерывный    вариационный  ряд  -   от  ярких  блондинов    до   ярко-рыжих    индивидов.  И с  дамами   будут  проблемы -   там  до  настоящего  цвета  волос       попропбуй   докопайся.
А   так  - все  просто,    фигня    вопрос.
И  вообще   вы   забавный  -  с  одной  стороны,    вам  интересно. С  другой  стороны,   реально  работающие в  этой    области  люди  -   такие фанатические  козлы.  Смешно ... 

[Ярослав Смирнов]

Насчет  мирских    благ   это  сильно -  так  и  представил  себе   клобук  и  послушание ...  И  про  Хирша  смешно.

Сорри, если вдруг, сугубо от недомыслия и непонимания, чем-то обидел. 

Можете   на   досуге  собрать  100   рыжих  и    уговорить  их   хотя  бы на     взятие   образцов  слизистой  щеки.   Ну  и  для    чистоты      работы (надо  же  с  чем-то  сравнить)    соберите  9900   человек  с  другим   цветом  волос.  Да,    учтите   -    надо  точно  описать    цвет  волос,   будет  непрерывный    вариационный  ряд  -   от  ярких  блондинов    до   ярко-рыжих    индивидов.

Если реально нужно - могу попробовать.

И  вообще   вы   забавный  -  с  одной  стороны,    вам  интересно.

Многим интересно.

С  другой  стороны,   реально  работающие в  этой    области  люди  -   такие фанатические  козлы.

Лично я не считаю фанатизм (особенно правильный - христианский или научный) чем-то плохим, скорее напротив. К таким людям (священникам, монахам, учёным) я отношусь с огромным уважением, и не считаю для себя возможным ни в малейшей степени критиковать их работу. Другой вопрос, что для правильного понимания тех или иных положений или утверждений, необходимо задавать уточняющие вопросы.
Если не сложно - ещё один вопрос по методологии:
Как именно генетическими методами дифференцировать между собой "центры максимального разнообразия" типа "центр происхождения" и "рефугиум для архаики"?