Абиогенез

Автор Алекс C, января 10, 2012, 20:10:58

« назад - далее »

Oleg_Dm

Ооо а вот и креационисты подтянулись. Ну давайте Имперор расскажите нам как там кто над водой носился, обсудим заодно как ранние семиты слизали христианство у язычников арамеев.

Oleg_Dm

Цитата: Влад от января 12, 2012, 16:02:27
Если возможна одна реакция в которой молекулы могут размножатся, мутировать, конкурировать, попадать под действие естественного отбора то наверняка найдутся и другие аналогичные реакции.

Не найдутся, а уже найдены, пару лет назад проскакивали статьи на эту тему.

Mr. B

Хочу предупредить, что в связи с возможным креаспамом тема может быть временно закрыта.
"Из опыта совершенно очевидно, что наименьшее зерно природной честности и доброжелательности оказывает большее влияние на поведение людей, чем самые напыщенные взгляды, предлагаемые теологическими теориями и системами." — Д. Юм.

Дж. Тайсаев

Цитата: Алекс C от января 11, 2012, 22:28:01
Цитата: Дж. Тайсаев от января 11, 2012, 08:18:58
Алекс C. По поводу абиогенеза почитайте теорию гиперциклов Эйгена.

А можно ссылку на авторитетный источник?

Цитата: Дж. Тайсаев от января 11, 2012, 08:18:58
Сначала шло накопление органики по такому принципу автокатализа, затем произошли первые организмы, которые были гетеротрофами, поскольку им хватало этой органики на первое время, затем только возникли автотрофы и начал накапливаться свободный кислород.

А насколько сложный механизм нужен для автотрофного существования?
1. Самый авторитетный источник это работы самого Эйгена, например вот http://bookfi.org/book/1145528 кстати, на том же сайте есть и другие его работы, в частности и знаменитая классическая уже работа в соавторстве с Шустером
2. Ну помню, цикл Кальвина действительно невообразимо сложен, если представить себе сразу... оп и готово, а кто сказал что было оп. Это классический софистический приём, который используют креационисты. Показывают невообразимую сложность и затем восклицают, "как это эволюция, с её случайными мутациями могла до такого "додуматься"!!! ". На самом деле ту всё ещё проще, чем с глазом, тут даже не работает эффект адаптивной значимости промежуточных структур Копа-Деперре. Уже хотя бы потому что автотрофность изначально выгодна, а то что её можно совмещать с гетеротрофностью знают все по той же эвглене например. И кто сказал, что это сразу был цикл Кальвина. Разумеется была какая то простейшая эндотермическая реация с использованием простейшего (не исключено что и неорганического происхождения) пигмента для фотогенного притока энергии.
Олег точно написал, не было всё так просто по Опарину, сначала накопление, потом кушать начали и быстро, быстро, пока гастробайтеры не прибегут разгребать всю канализацию. Всё шло паралельно и во множестве микростаций, на границах сред
Шматина глины не знатней орангутанга (Алексей Толстой).

Алекс C

Дж. Тайсаев - спасибо за ссылку

василий андреевич

Цитата: maxim.ge от января 12, 2012, 15:52:05
Ну, в такой формулировке креационистам можно вполне "утереть нос", предложив критерий согласно которому усложнение достигнуто.
Кабы все просто, не вводили бы целые "институты" понятие негэнтропии (на мой взгляд - ужасающая вещь в себе). И не писал бы Александр Марков объемные работы по этому поводу. И не тыкала бы креация от фундаментальной физики острыми шпильками всё в одно и то же место. Нет явления усложнения без параллельного разупорядочивания, причем так что бы сумма не сводилась к еще большему беспорядку.
  И тут дело не в ресурсах "свободной энергии" от Солнца, за счет которых и строится вся иерархия биосферных процессов. Семидесятилетний Хокинг готов отказаться от некоторых своих прежних утверждений. Он даже готов мироздание начинать строить не от Большого Взрыва и Творения, а от "ничего"... Но это другая крайность.
  Теория абиогенеза сколь угодно может выискивать каталитические реакиции синтеза биомолекул, но они "разобьются" без той гипотезы, которая покажет, что именно рассеяние концентратов создает среду, в которой невозможно не произойти следующей реакции синтеза. При этом пространственная форма рассеиваемой энергии должна обусловливать асимметрию двоякой формы синтезируемой системы. Двоякость же в том, что положительная форма символизирует траекторию развития энтальпии развивающейся системы, а отрицательная форма энергии оказывается средой, консолидирующей элементы в единое целое.
  Мы сколь угодно можем взывать к энергии Гиббса или Гельмгольца, но эти энергии мертвы без биологического наполнения конкретикой. Впрочем, и внутренняя энергия системы становится умозрительным мифом, если под ней понимать только сумму "тепла и работы".

Gilgamesh

Начала Вселенной - атомы и пустота, все же остальное существует лишь в мнении (с) Демокрит

В конце будет наноассемблер

Oleg_Dm

#37
То что у РНК существовал более простой хранитель информации логично вытекает из ее структуры. Тетрозы или пентозы не суть важно если есть реакции успешно синтезирующие и то и другое, вопрос в участии тетроз в остальных гиперциклах и в энергетических молекулах. Насколько помню биохимию клетки наиболее простое это образование 3 и 6 членных сахаров (глицерин и глюкоза), синтез рибозы в клетке довольно сложен, 4 членные молекулы получаются в виде бутанола, бутандиола и масляной кислоты. А где интересно сейчас используются в клетке тетрозы?

Влад

#38
Решил позаимствовать мысль из другой темы:

Цитата: идрис от января 16, 2012, 17:58:21
Все "теоретические" работы специалистов, равно как и любительские разговоры любителей по проблеме эволюции рано или поздно обращаются к проблеме происхождения жизни. Я вот никогда не понимал и продолжаю не понимать как можно ЭВОЛЮЦИЮ ЖИЗНИ продлевать и пытаться из нее узнать РЕВОЛЮЦИОННОЕ ОТЛИЧИЕ ЖИЗНИ ОТ НЕЖИЗНИ.


Ведь отличие между жизнью и нежизнью вероятно качественное и революционное, а значит постепенные (эволюционные) механизмы для этого феномена не работают. То есть теоретически они не могут работать.

Конечно можно сказать, что вопрос чисто схоластический и касается только терминов, но всё же.
Если ЖИЗНЬ могла появится из НЕЖИЗНИ путём эволюции, то между ними не может быть качественных различий, границу между ними провести практически невозможно, и противопоставление их некорректно.

valdeil

Цитата: Влад от февраля 06, 2012, 10:28:06
Если ЖИЗНЬ могла появится из НЕЖИЗНИ путём эволюции, то между ними не может быть качественных различий, границу между ними провести практически невозможно, и противопоставление их некорректно.
[/quote]
Если НЕЖИЗНЬ- значит, она не содержит некого параметра, превращающего её в ЖИЗНЬ. И если такой параметр вдруг появляется у объекта, то, получается, и границу можно провести. Эволюция НЕЖИЗНИ подразумевает развертывание неких потенциальностей объекта рассмотрения, и дальнейшие рассуждения приводят к двум вариантам: 1) реализация цепочки преобразований объекта приводит к включению параметра жизни в набор свойств объекта; 2) параметр жизни переходит из потенциальности в реальность при возникновении какой-то молекулярной структуры. В первом случае границу живое-неживое провести проще, но тут параметр живого выглядит какми-то внешним по отношению к эволюционирующему объекту. Во втором случае параметр живого похож на одно из свойств нашей Вселенной, по крайней мере, нашего кусочка её. Но тогда граница исчезает, можно говорить о степени выявдения параметра жизни...Есть ли ещё варианты?

LUCA

Цитата: Дж. Тайсаев от января 12, 2012, 18:15:19
1. Самый авторитетный источник это работы самого Эйгена, например вот http://bookfi.org/book/1145528 кстати, на том же сайте есть и другие его работы, в частности и знаменитая классическая уже работа в соавторстве с Шустером
Выражу чисто свой взгляд на работы Эйгена, которые читал и не один раз. То, что он писал в принципе верно. Но не стоит ПРЕВОЗНОСИТЬ Эйгена как чуть ли не "отца русской демократии", как часто ещё превозносят А. Опарина.
Конкретно. Да, Эйген представил ТЕОРЕТИЧЕСКИЕ и НЕ ОЧЕНЬ СЛОЖНЫЕ модели автокатализа в гиперциклах. Да, он верно сделал и даже ПРЕДСКАЗАЛ несколько (всего лишь НЕСКОЛЬКО) положений - гиперцикл - носитель информации сам по себе.
Гиперциклы могут коэволюционировать. Да, повышенный ГЦ-состав и правда важен для увеличения информационной ёмкости.
Ну и правильно ПРЕДСКАЗАЛ, что информация в РНК мире может храниться на комплементарных цепях РНК.
Хорошо известна также его статья об оценке времени накопления шума - рандомизации в тРНК, приведшая к довольно грубой оценке времени возникновения первой тРНК - 3,8 млрд. лет.
Пожалуй всё.
У РНК ограничена информационная ёмкость и размер РНК-генома СИЛЬНО ограничен.
Эйген не ошибался? Да ещё как ошибался. Он СИЛЬНО завысил информационные возможности РНК-генома - ни о каких 50-100 генах и речи быть не может. Он ошибся, сделав преждевременный вывод из ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНОЙ ошибки относительно полимеразы вируса QB - не может она копировать без матрицы.

Но самое главное, что хотел написать - если говорить о СОВРЕМЕННЫХ моделях абиогенеза, то Эйген - это прошлый век.

Синтез рибозы и правда довольно сложен. В этом свете куда более уместным выглядит появление прежде РНК сетей и циклов, ставших прообразом современного промежуточного метаболизма - восстановительного цикла Кребса, ацетил-коэнзимного и др. путей фиксации углерода.
Эти реакции в современных организмах катализируются металлосерными белками, причем активными центрами являются металлосерные комплексы. Многие реакции ОЧЕНЬ ПОХОЖИЕ на таковые в промежуточном метаболизме УДИВИТЕЛЬНЫМ ОБРАЗОМ также могут катализироваться металлосерными минералами - тогда говорят о биомиметизме.

LUCA

#41
Цитата: Дж. Тайсаев от января 12, 2012, 18:15:19
Олег точно написал, не было всё так просто по Опарину, сначала накопление, потом кушать начали и быстро, быстро, пока гастробайтеры не прибегут разгребать всю канализацию. Всё шло паралельно и во множестве микростаций, на границах сред
Совершенно верно - не было. И "первичный бульон" всё меньше доверия вызывает, равно как и самодостаточность мира РНК. Вы спросите альтернативу - скажу. РНК НЕ СПОСОБНА хранить столько информации, чтобы контролировать ВЕСЬ МЕТАБОЛИЗМ. Метаболизм хранил наследственную память своими интермедиатами. РНК - надстройка над метаболизмом. РНК-белковая коэволюция позволила создать ДНК, а та, в свою очередь, обладая в 100000 меньшей мутабильностью - кодировать сложные организмы.
Об эволюции каталитической активности - см. презентацию http://www.google.ru/url?sa=t&rct=j&q=%D1%8D%D0%B2%D0%BE%D0%BB%D1%8E%D1%86%D0%B8%D1%8F%20%D0%BA%D0%B0%D1%82%D0%B0%D0%BB%D0%B8%D1%82%D0%B8%D1%87%D0%B5%D1%81%D0%BA%D0%BE%D0%B9%20%D0%B0%D0%BA%D1%82%D0%B8%D0%B2%D0%BD%D0%BE%D1%81%D1%82%D0%B8&source=web&cd=2&ved=0CCgQFjAB&url=http%3A%2F%2Fpedsovet.org%2Fforum%2Findex.php%3Fact%3Dattach%26type%3Dpost%26id%3D32204&ei=s6gwT76uD7GM4gTzo4zwBA&usg=AFQjCNH0M2VXZ8nQRQhdvmzh3APeaK5NQg&cad=rja

LUCA

Цитата: Алекс C от января 11, 2012, 23:04:11

5. Накопление биополимеров
а) белков
б) нуклеиновых кислот

Креационисты любят ПРИПИСЫВАТЬ современным моделям того, чего нет.

Дж. Тайсаев

LUKA, я вижу Вы разбираетесь в этом. И как по вашему произошел переход РНК мира в ДНК? Постепенным преобразованием или заменой рибозы в дезоксирибозу? Или же может параллельно возник конкурирующий ДНК мир, который вытеснил мир РНК?
И сам переход от гиперциклических систем к собственно живому организму не совсем понятен. Может не так уж и неправ Докинз и просто напросто ДНК постоянно наращивала белковую часть, для сохранения и лучшего преумножения себя любимой
Шматина глины не знатней орангутанга (Алексей Толстой).

LUCA

Цитата: Дж. Тайсаев от февраля 07, 2012, 09:10:39
LUKA, я вижу Вы разбираетесь в этом. И как по вашему произошел переход РНК мира в ДНК? Постепенным преобразованием или заменой рибозы в дезоксирибозу? Или же может параллельно возник конкурирующий ДНК мир, который вытеснил мир РНК?
И сам переход от гиперциклических систем к собственно живому организму не совсем понятен. Может не так уж и неправ Докинз и просто напросто ДНК постоянно наращивала белковую часть, для сохранения и лучшего преумножения себя любимой
Если сказать схематично - то первые химические циклы, давшие жинь, напоминали так называемые промежуточный метаболизм - они содержали компоненты цикла Кребса и других метаболических путей промежуточного метаболизма. То, что они катализировались металлосерными минералами - мало сомнений - тому есть много подтверждений.
Открытым остаётся вопрос - как в него проникли рибонуклеотиды и создали автокаталитические петли. Дело в том, что во всех современных метаболических путях промежуточного метаболизма есть РНК-кофакторы. Без них он не существует в современных организмах.
По видимому первые воспроизводящиеся компоненты РНК-мира - это просто РНК-кофакторы и очень короткие ди-, три-, и др. олигонуклеотиды. По той схеме, на которую даю ссылку уже на этой стадии возник биосинтез аминокислот, который и предопределил структуру будущего генетического кода - в настоящем универсальном ГК пути биосинтеза аминокислот удивительным образом коррелируют с структурой первого нуклеотида кодирующего их кодона. Об всём этом подробнее - здесь.

http://www.scorcher.ru/theory_publisher/autor_list.php?id=2694
Что касается ДНК, то она возникла явно позднее.
В опытах по моделированию абиогенного синтеза компоненты ДНК практически не образуются - в отличие от компонентов РНК.
Сами дезоксирибонуклеотиды в клетках синтезируются из рибонуклеотидов. Ну и рибонуклеотидные (а не дезокси-) кофакторы - универсальные компоненты метаболизма. Это - не считая важной роли РНК в синтезе белков - в том числе и каталитической.