Абиогенез

Автор Алекс C, января 10, 2012, 20:10:58

« назад - далее »

Алекс C

Интересная мысль появилась насчет маловероятных событий.

Когда-то видел телепередачу Дискавери о несчастливых совпадениях (кстати, если кто видел, то сообщите название). Там показывали женщину, которую в буквальном смысле преследуют всякие неприятности. В последний раз с ней случился такой казус: она ехала на машине и пробилось колесо. Она вышла и подошла к колесу посмотреть что случилось.

В это же время над местностью пролетала утка и умерла в полете. Тело утки упало женщине прямо на голову, когда та наклонилась посмотреть на колесо.

И с ней происходят такие маловероятные события постоянно. ;)




Дж. Тайсаев

Алекс C. По поводу абиогенеза почитайте теорию гиперциклов Эйгена. Сначала шло накопление органики по такому принципу автокатализа, затем произошли первые организмы, которые были гетеротрофами, поскольку им хватало этой органики на первое время, затем только возникли автотрофы и начал накапливаться свободный кислород.
А теория кажется такой маловероятной лишь потому что мы почему то вдруг решили, что всё там организовывалось случайно, нетушки, закономерно, правда надо признать, что для возникновения такой закономерности необходима была определённая цепь маловероятных предпосылок, но тут включаются те же аргументы, что и по поводу антропного принципа.
Шматина глины не знатней орангутанга (Алексей Толстой).

Oleg_Dm

#17
На самом деле действительно слабый участок это переход от гиперциклов к протоклетке. Как было до и что стало после неплохо описано, но в этом сегменте мало работ, уж не знаю почему. Свое видение проблемы я излагал в теме про абиогенез.
Джабраил правильно пишет события кажутся маловероятными поскольку их помещают в неподходящее место.
Действительно странно обнаружить росянку в пустыне, но на болоте это самое обычное растение. А методы курятника хорошо известны: поместите росянку в пустыню и с пеной у рта доказывайте что это невозможно, а раз так значит росянка не существует. Обычный пример антилогики. Пустая трата времени.

Алексей, а вы внимательно изучите ссылки и если будут конкретные вопросы задавайте.

maxim.ge

Цитата: Алекс C от января 10, 2012, 20:10:58
Пока что, как мне кажется, лидируют креационисты в доказательстве невозможности подобных процессов.

Это смотря как формулировать абиогенез. Если как появление одноклеточных, то креационисты "лидируют" так же, как и СТО с ее постулатами. Скорость света постоянна в ИСО, одноклеточные не появляются, оба факта практически используются.

Если же постулировать отсутствие четкой грани между неживым и живым, то процесс вполне может продвигаться, смотря как определить критерии продвижения, опять же.


Сергей

Цитата: chief от января 11, 2012, 02:59:06
"Креационистские ученные" как правило, почему-то, являются специалистами "в других областях", а не в той,  о которой они годами успешно спорят с другими "не-специалистами". 

Это другой случай: Константин Виолован как раз специалист в области биохимии. Тут скорее проявляется одно из следствий закона Мерфи: "Квалифицированный специалист - это человек, который удачно избегает маленьких ошибок, неуклонно двигаясь к какому-либо глобальному заблуждению." Для Виолована таким заблуждением является высчитывание вероятности уже произошедшего события. Что абсурдно.

Цитироватьостается, на мой взгляд самый сложный: проблема перехода от примитивных РНК-репликаторов к протоорганизму.
Сначала надо таки решить очень интересную проблему возникновения белкового кода. И прогресс, полагаю, будет тут достигнут достаточно скоро, путём анализа и сравнения рибосомальных и тРНКовых последовательностей из самых разных организмов. И потом моделирования, создания проторибосом и проторибо-аминоацилсинтетаз.


Алекс C

Цитата: Дж. Тайсаев от января 11, 2012, 08:18:58
Алекс C. По поводу абиогенеза почитайте теорию гиперциклов Эйгена.

А можно ссылку на авторитетный источник?

Цитата: Дж. Тайсаев от января 11, 2012, 08:18:58
Сначала шло накопление органики по такому принципу автокатализа, затем произошли первые организмы, которые были гетеротрофами, поскольку им хватало этой органики на первое время, затем только возникли автотрофы и начал накапливаться свободный кислород.

А насколько сложный механизм нужен для автотрофного существования?

Алекс C

Цитата: Сергей от января 11, 2012, 19:55:50
...заблуждением является высчитывание вероятности уже произошедшего события. Что абсурдно.

Кстати да. раньше чего-то не догадался этот аргумент привести  :D


Там же. в той теме на курятнике был ваш форумчанин, расписывающий о атанкогенезе, самозарождению танков.

Алекс C

Вот что пишут креационисты:

Напомню, в чем заключается "естественный абиогенез". Все перечисленные пункты - проблемные

1. Накопление неорганики и органики, из которой могут образовываться биомономеры.
а) много восстановительных газов - NH3, H2S, СН4, H2, HCN и отсутствие даже следов кислорода.
б) низкомолекулярная органика - цианамид, цианоацетилен, гликольалдегид, глицеральдегид итд.

2. Накопление биомономеров
а) аминокислот (полного списка моделей я нигде не нашел, это говорит о их качестве)
б) азотистых оснований, D-(дезокси)рибозы, нуклеозидов, нуклеотидов

3. Накопление энергетических молекул, макроэргов

4. Накопление липидов и липидных полупроницаемых мембран

5. Накопление биополимеров
а) белков
б) нуклеиновых кислот

6. Функциональность биополимеров, восппроизводимость
7. "Репликатор"

8. Репарация. Нетривиальная задача: восстановить поврежденный нуклеотид в НК, в случае одноцепочечной РНК в общем случае не  решается для замен нуклеотидов. Разрыв цепочки в случае одноцепочечных НК тоже не лечится: разорвались, разбежались. В условиях воздействия неэкранируемого УФ, и качества копирования типа 99.12%, любая последовательность быстро выродится (это если забыть про t1/2 рибозимов типа 1-5 часов)

9. Простейшие системы - тут полная дыра

10. Переход от гетеротрофов к аутотрофам. Это, по сегодняшним меркам, около 1000 генов, которые не успеют появиться, пока "протобионт" будет доедать невесть откуда взявшийся "густой пребиотический суп".

Общие проблемы химии абиогенеза:
1. Сдвиг всех реакций в обратную сторону - в воде идет распад белков и НК, а не их синтез;, б-во реакций - эндотермические, да еще часто с dH>0, -TdS>0
В результате имеем низкий выход реакции, ненормально высокие концентрации субстратов дают ненормально низкие концентрации продуктов.

2. Мусорные реакции, например, образование смеси нужных и ненужных стереоизомеров, или появление веществ, которые конкурируют или блокируют нужные реакции (инозин - предшественник "хороших" нуклеозидов, но "убийца комплементарности")

3. Эффект разведения, диффузии: реакции могут идти кое-как в запаянной колбе, но на открытом воздухе или воде - продукты реакции диффундируют во все стороны. В результате и так низкий выход реакций дополняется еще бОльшим уменьшением концентраций (до нуля)

4. Нестабильность большинства биомономеров и биополимеров (от минут-часов-дней, до столетий, что все равно мгновение по эво-меркам, так что никакого "накопления" не происходит). В особенности - быстрое окисление, так что атмосферный кислород, следы которого должны появляться сразу же (УФ-фотолиз воды), убивает значительную часть органики.

василий андреевич

Цитата: maxim.ge от января 11, 2012, 19:28:33
Если же постулировать отсутствие четкой грани между неживым и живым, то процесс вполне может продвигаться, смотря как определить критерии продвижения, опять же.
Самый "широкий критерий продвижения" - это условный термин "усложнение". Я бы предпочел назвать его структуризация, ну да ладно. И то, что биологические объекты нельзя рассматривать как изолированную систему вовсе не оправдывает ненадобности вникать во второй принцип. Наоборот, именно то, что любые структурированные системы неизбежно рассеиваются, дает основание считать второй принцип единственно физически эволюционным.
 Только взяв за базовое понятие рассеяние нефункциональноспособных систем, можно аргументировать неизбежность возниконовения жизни, как плавного перехода процесса абиогенеза ко всё более "прогрессивным" формам. При этом унаследованность возникающих сложных форм от уходящих в небытие распада, должна быть прямым следствием той математической модели, которая будет положена в основу некого прерывисто-колебательного процесса.

Oleg_Dm

#24
по проблемам кратко.
1. идея про водную среду и суп устарела лет на 100 наверное, обычный креационистский приемчик - поместить росянку в пустыню. Последние данные говорят о синтезе в геторогенной среде, на поверхности минералов в газовой атмосфере.
Косвенные свидетельства этого отсутствие в клетках воды в качестве фазы, а присутствие в виде водных оболочек органических молекул. (к примеру стеарат натрия р-р в воде 7% является твердым и неупругим а ведь в нем аж 93% воды) И второе сильное поглощение водой УФ-квантов необходимого двигателя химических реакций. Вкупе с разложением органики водой это никак не может свидетельствовать о происхождении жизни в водном растворе. Креационистам превед.

2. Мусорные реакции - некоторые минералы (весьма распространенные) очень специфично катализируют выход нужных стереоизомеров с хорошим выходом и минимумом примесей. Второй момент вещества синтезируются в различных условиях а поэтому физически в разных местах, те реакции, которые блокируют нужные, просто идут в другом месте.

3. См. п.1.

4. Накопления не было, был постоянный синтез и распад, те реакции что включились в гиперцикл себя поддерживали за счет внешнего источника энергии (УФ), пока не повилась матрица для считывания. Фотолизный кислород имеющий радикальную природу сьедался восстановительной атмосферой в доли секунды. Хотя есть предположения что не было восстановительной атмосферы, а она состояла восновном из СО2. Хотя выделение Водорода и Аммиака в то время было намного большей чем сейчас в гейзерах и зонах вулканизма.

Теперь по синтезу.
1. а) не хватает НСНО источник рибозы
б) на начальном этапе не требуется, это только для КоА нужно.
2. а)рано после п.3 потребуется
б) рибозофосфат и аденин
3.АДФ-АТФ
4. НАДН, КоА, липиды
4.5. Гиперциклы, глюколиз и глюкогенез
5. а)не надо
б) не надо
6.+7.появление считывающей матрицы
8. считывающая матрица - прото РНК слишком проста для ее восстановления в гиперциклах и видимо пока закреплена на минерале что ограничивает распад. Распад и отбор в циклах способствует более стойким молекулам.
9. первая простейшая система - органокапля на апатите - источник фосфата и матрица для восстановления прото РНК, окруженная липидной оболочкой и гиперциклами внутри.
10. пробионт ничего не доедает, вещества которые ему нужны синтезируются рядом, источник энергии сахара/гликоли и УФ. Идет постепенный отбор на неразмываемые капли с устойчивой мембраной и воспроизведением всех систем.
11. появление катализаторов прото белков и РНК

Алекс C


Влад

#26
По этой теме мне понравилась вот эта статья: http://elementy.ru/lib/25618/25620
Хотя может быть все поиски идут пока не в том месте.

А вот этот вариант мне не понравился: http://www.scorcher.ru/journal/art/art1198.php
Это скорее попытка ради целесообразности отойти от свободы. Ведь получаются силикаты просто выводят из реакции избранные сахара и консервируют их.

Oleg_Dm

Цитата: Влад от января 12, 2012, 12:38:54
А вот этот вариант мне не понравился: http://www.scorcher.ru/journal/art/art1198.php
Это скорее попытка ради целесообразности отойти от свободы. Ведь получаются силикаты просто выводят из реакции избранные сахара и консервируют их.

Тут вопрос не в этом, гидролизовать силикатсахара до сахара кислыми вулканическими газами как нечего делать, а вот откуда взять силикат натрия - сильную щелочь с pH около 13?? Особенно в углекислотной атмосфере которая с легкостью прореагирует с силикатом и превратит его в карбонат. Думаю это тупиковая статья.

maxim.ge

Цитата: василий андреевич от января 11, 2012, 23:16:56
Цитата: maxim.ge от января 11, 2012, 19:28:33
Если же постулировать отсутствие четкой грани между неживым и живым, то процесс вполне может продвигаться, смотря как определить критерии продвижения, опять же.
Самый "широкий критерий продвижения" - это условный термин "усложнение".

Ну, в такой формулировке креационистам можно вполне "утереть нос", предложив критерий согласно которому усложнение достигнуто.

Влад

Цитата: Oleg_Dm от января 12, 2012, 14:36:34
Цитата: Влад от января 12, 2012, 12:38:54
А вот этот вариант мне не понравился: http://www.scorcher.ru/journal/art/art1198.php
Это скорее попытка ради целесообразности отойти от свободы. Ведь получаются силикаты просто выводят из реакции избранные сахара и консервируют их.

Тут вопрос не в этом, гидролизовать силикатсахара до сахара кислыми вулканическими газами как нечего делать, а вот откуда взять силикат натрия - сильную щелочь с pH около 13?? Особенно в углекислотной атмосфере которая с легкостью прореагирует с силикатом и превратит его в карбонат. Думаю это тупиковая статья.
Та статья что мне понравилась вроде открывала возможность стереть грань между химией и жизнью.
А эта скорее снова устанавливает границу.
А кислотность, щёлочность это уже детали. Если возможна одна реакция в которой молекулы могут размножатся, мутировать, конкурировать, попадать под действие естественного отбора то наверняка найдутся и другие аналогичные реакции.