Абиогенез

Автор Алекс C, января 10, 2012, 20:10:58

« назад - далее »

ConstPopper

Вы меня простите, конечно, но всё, что вы написали про LUCA, ДНК, РНК - это fantasy, основанное на презумпции, что LUCA был, и двух все-объясняющих моделей - общего предка и горизонтального переноса. Нет НИЧЕГО, что не укладывалось бы в эту fantasy.
И даже если мы примем LUCA for granted, от "мира динуклеотидов" до LUCA лежит мир безжизненной несаморегулирующейся биоорганики.
Можно, конечно, ВЕРИТЬ, что есть "нестандартная" roadmap - со стабильными, самовоспроизводящимися, саморепарирующими РНК, самоусложняющимися от 2 до 10 - 100 - 1000 нуклеотидов. И так - вплоть до LUCA с редупликацией, транскрипцией и проч.
Где здесь наука - я не вижу. У мерседеса и запорожца есть общие компоненты, унаследованные от LUCar, а автоматическая коробка передач получена мерседесом в результате горизонтального переноса...

LUCA

#196
Цитата: ConstPopper от марта 10, 2012, 10:18:14
Вы меня простите, конечно, но всё, что вы написали про LUCA, ДНК, РНК - это fantasy, основанное на презумпции, что LUCA был, и двух все-объясняющих моделей - общего предка и горизонтального переноса. Нет НИЧЕГО, что не укладывалось бы в эту fantasy.
И даже если мы примем LUCA for granted, от "мира динуклеотидов" до LUCA лежит мир безжизненной несаморегулирующейся биоорганики.
Можно, конечно, ВЕРИТЬ, что есть "нестандартная" roadmap - со стабильными, самовоспроизводящимися, саморепарирующими РНК, самоусложняющимися от 2 до 10 - 100 - 1000 нуклеотидов. И так - вплоть до LUCA с редупликацией, транскрипцией и проч.
Где здесь наука - я не вижу. У мерседеса и запорожца есть общие компоненты, унаследованные от LUCar, а автоматическая коробка передач получена мерседесом в результате горизонтального переноса...
Вроде как форум рассчитан на содержательный разговор.
Раньше Вы были более конкретны - то "свойства РНК, в основном, известны", то у РНК-полимераз "отсутствует система репарации". По таким пунктам можно было вести дискуссию.
А просто так объявлять что-то неверным, уйдя от конкретики - это или нежелание вникать, или просто неспособность дискутировать.
Вас раздражает, что люди здесь обмениваются мыслями, статьями, доводами и догадками? Будьте конкретны и содержательны и тогда и будет, что обсуждать. Простите за такое отступление.

Oleg_Dm

Цитата: LUCA от марта 10, 2012, 16:03:16
Цитата: ConstPopper от марта 10, 2012, 10:18:14
Вы меня простите, конечно, но всё, что вы написали - это fantasy Будьте конкретны и содержательны и тогда и будет, что обсуждать.


Luca, мы тратим  на него время зря. Я кажется стал понимать куда клонил этот товарищ настаивая, что жизнь это там где есть "информация"-"язык"-"слова"-"Слова Божьи". А мы ему тут про абиогенез втираем.

Кстати Luca, насчет вирусов и ядра, вы читали? - здесь были ссылочки на пару статей о происхождении эукариота путем захвата вируса архей. Вроде как с экспериментальными данными.

Кстати для меня не совсем понятен переход от протоклетки к первой бактерии, т.е. понятно какие гиперциклы должны были минимально поддерживаться, но не понятно насколько длинная должна быть записывающая матрица, были ли протогены и как они считывались. Может коллеги биологи помогут заполнить этот переход?

LUCA

#198
Цитата: Oleg_Dm от марта 11, 2012, 11:31:56
Кстати Luca, насчет вирусов и ядра, вы читали? - здесь были ссылочки на пару статей о происхождении эукариота путем захвата вируса архей. Вроде как с экспериментальными данными.
Вот пример из жизни, напоминающий вирусный эукариогенез (автор блога - это я).
Рисунок-схема взят как раз из той статьи, на которую ссылается Кунин. Видать его красные водоросли тоже сильно впечатлили.
http://pedsovet.org/forum/index.php?autocom=blog&blogid=2104&showentry=18774
Цитата: Oleg_Dm от марта 11, 2012, 11:31:56

Кстати для меня не совсем понятен переход от протоклетки к первой бактерии, т.е. понятно какие гиперциклы должны былои минимально поддерживаться, но не понятно насколько длинная должна быть записывающая матрица, были ли протогены и как они считывались. Может коллеги биологи помогут заполнить этот переход?
Это -  тоже большое белое пятно. Есть группы самосогласованных фактов -(например, циклы могли катализироваться минералами, так как активные центры ключевых ферментов этих циклов представляют собой металло-серные кластеры и т.д.). Но ясной картины как раз для этого этапа нет - есть лишь островки из самосогласованных фактов, которые позволяют связать отдельные моменты, например, связанные с проихождением белкового синтеза (ньюансы в возинкновении рибосомы, тРНК и т.д.)

У меня есть своя очень приблизительная схема происхождения пептидогликановой стенки еще на стадии мира РНК.

Oleg_Dm

Очень интересная статья, про водоросли раньше не читал. Я другую правда имел ввиду попробую поискать.

Думаю это пятно белое только лишь потому что никто этим просто не занялся. Я думаю набросать этот этап крупными мазками, принцип прост - определяем первые обязательные протоциклы и гены которые их кодируют, определяем катализаторы гиперциклов, белки и их активные центры, находим аналоги среди минералов и простых органических веществ. Определяем какие гены кодируют эти белки. Определяем первый минимальный набор, по принципам работы РНК определяем минимальную длину РНК.

Про пептидовую стенку я бы почитал, в принципе липидная стенка не так сложно синтезируется и служит хорошей изоляцией от разрушающей воды, катализ синтеза липидной мембраны тоже похоже сульфид железа.

LUCA

#200
Цитата: Oleg_Dm от марта 12, 2012, 22:43:09
Про пептидовую стенку я бы почитал, в принципе липидная стенка не так сложно синтезируется и служит хорошей изоляцией от разрушающей воды, катализ синтеза липидной мембраны тоже похоже сульфид железа.
http://scorcher.ru/articles/art.php?id_art=1533&sub_id=0&page_txt=0&garbage_id=0&garbage=
Одна из особенностей эволюционного процесса - часто используются более дорогие технологии, так как капитальный ремонт этих технологий невозможен в силу того, что для его положительного изменения требуется слишком много "нужных" мутаций.
Потому-то генкод почти не меняется.
Потому при репликации ДНК используются РНК-праймеры, что ДОРОГО, однако вирусы давно научились синтезировать ДНК без праймеров - с помощью белков.

Потому-то и пептидогликановая стенка такая консервативная - невозможно избавиться от более дорогих Д-аминокислот. Откуда же взялась эта дороговизна?

Это, по моему мнению, результат утилизации абиогенно синтезированных Д-аминокислот из рацемической смеси.
Был процесс диспропорционирования. Одни асимметрические катализаторы использовали аминокислоты для построения олигопептидных-олигоРНК-комплексов (аминокислотно-рибонуклеиновых), расширив круг метаболических возможностей.
Другие - Д-аминокислоты - пошли на создание того, что стало пептидогликаном и тейхоевыми кислотами.

Есть ли кроме умозрения факты в пользу этой модели?
Да, есть.

Если посмотреть, какие именно Д-аминокислоты, то ТОЛЬКО ТЕ, которые являются простейшими и обнаруживаются в опытах по моделированию абиогенного синтеза аминокислот. Кроме того, в том числе и те, что НЕ стали каноническими, то есть не вошли в кодируемый пептидный синтез.
А сложные аминокислоты в пептидогликановой стенке - только L-формы.
Факты самосогласованы.

ConstPopper

#201
Цитата: LUCA от марта 13, 2012, 07:26:26
Если посмотреть, какие именно Д-аминокислоты, то ТОЛЬКО ТЕ, которые являются простейшими и обнаруживаются в опытах по моделированию абиогенного синтеза аминокислот. Кроме того, в том числе и те, что НЕ стали каноническими, то есть не вошли в кодируемый пептидный синтез.
А сложные аминокислоты в пептидогликановой стенке - только L-формы.
Факты самосогласованы.
В пептидогликанах бывают:
D-, L- аланин
D-, L- лизин
D-, L- орнитин
D-, L- серин

ConstPopper

Цитата: LUCA от марта 13, 2012, 07:26:26
Потому-то и пептидогликановая стенка такая консервативная - невозможно избавиться от более дорогих Д-аминокислот. Откуда же взялась эта дороговизна?

Это, по моему мнению, результат утилизации абиогенно синтезированных Д-аминокислот из рацемической смеси.
Пептиды с D-аминокислотными остатками хуже гидролизируются пептидазами эукариот.

Дж. Тайсаев

Цитата: ConstPopper от марта 13, 2012, 12:54:12
В пептидогликанах бывают:
D-, L- аланин
D-, L- лизин
D-, L- орнитин
D-, L- серин
Может я подзабыл, когда то от нас требовали по памяти формулы всех аминокислот знать, но кажется орнитина среди них не было
Шматина глины не знатней орангутанга (Алексей Толстой).

ConstPopper

Цитата: Дж. Тайсаев от марта 13, 2012, 13:10:35Может я подзабыл, когда то от нас требовали по памяти формулы всех аминокислот знать, но кажется орнитина среди них не было
И что?

Дж. Тайсаев

Цитата: ConstPopper от марта 13, 2012, 13:35:17
Цитата: Дж. Тайсаев от марта 13, 2012, 13:10:35Может я подзабыл, когда то от нас требовали по памяти формулы всех аминокислот знать, но кажется орнитина среди них не было
И что?
Просто интересно, почему отдельные аминокислоты были выбракованы эволюцией, ведь любая на что нибудь да сгодится, или всё таки некоторых не было и в абиогенезе
Шматина глины не знатней орангутанга (Алексей Толстой).

ConstPopper

Цитата: Дж. Тайсаев от марта 13, 2012, 13:45:46Просто интересно, почему отдельные аминокислоты были выбракованы эволюцией, ведь любая на что нибудь да сгодится, или всё таки некоторых не было и в абиогенезе
Орнитин - биогенная небелковая аминокислота, участвует в синтезе мочевины и полиаминов.

Дж. Тайсаев

Цитата: ConstPopper от марта 13, 2012, 13:53:53
Цитата: Дж. Тайсаев от марта 13, 2012, 13:45:46Просто интересно, почему отдельные аминокислоты были выбракованы эволюцией, ведь любая на что нибудь да сгодится, или всё таки некоторых не было и в абиогенезе
Орнитин - биогенная небелковая аминокислота, участвует в синтезе мочевины и полиаминов.
а почему небелковая? Вот в чём вопрос. Она не полимезируется гидролизом, либо полипептид с её участием неустойчив по каким то причинам? Есть и другая версия, эта аминокислота попросту не участвовала в абиогенезе по чисто случайным факторам, а уж после её включить было сложно, по понятным причинам. Биохимия вещь весьма консервативная.
Шматина глины не знатней орангутанга (Алексей Толстой).

ConstPopper

Цитата: Дж. Тайсаев от марта 13, 2012, 14:03:56
Цитата: ConstPopper от марта 13, 2012, 13:53:53
Цитата: Дж. Тайсаев от марта 13, 2012, 13:45:46Просто интересно, почему отдельные аминокислоты были выбракованы эволюцией, ведь любая на что нибудь да сгодится, или всё таки некоторых не было и в абиогенезе
Орнитин - биогенная небелковая аминокислота, участвует в синтезе мочевины и полиаминов.
а почему небелковая? Вот в чём вопрос. Она не полимезируется гидролизом, либо полипептид с её участием неустойчив по каким то причинам? Есть и другая версия, эта аминокислота попросту не участвовала в абиогенезе по чисто случайным факторам, а уж после её включить было сложно, по понятным причинам. Биохимия вещь весьма консервативная.

Что орнитин (4), который проще, чем аргинин (3), не участвовал в абиогенезе, трудно представить. (трудно представить, что они оба участвовали в абиогенезе, но это другой вопрос).
НООС-СН(NH3)/\/\NH-CH(NH2)=NH, Аргинин
НООС-СН(NH3)/\/\NH3, Орнитин, 2,5-диаминопентановая кислота
НООС-СН(NH3)/\/\/NH3, Лизин, 2,6-диаминогексановая кислота

Дж. Тайсаев

Цитата: ConstPopper от марта 13, 2012, 14:57:07
Что орнитин (4), который проще, чем аргинин (3), не участвовал в абиогенезе, трудно представить. (трудно представить, что они оба участвовали в абиогенезе, но это другой вопрос).
Всё понял. Спасибо!!!
Шматина глины не знатней орангутанга (Алексей Толстой).