Homo neanderthalensis

[Дж. Тайсаев]

2Дж. Тайсаев
а) У каждого из нас 2 бабушки и 2 дедушки. МтДНК -от бабушки по материнской линии, а от бабушки по отцовской линии - только аутосомные гены.
б) По данным исследования Г-П гибриды - от самца HS и самки неандера

Я понимаю что мы могли получить аутосомные гены от неандерталок опосредованно, через отцов. Но как могли элиминироваться избирательно носители митохондрий и не элиминироваться носители аутосом я не понимаю. Поскольку дрейф я исключаю, остаётся меньшая адаптивность таких носителей, но это уже совсем фантастика, я никогда не слышал об отборе по субклеточным признакам, кроме аномалей развития разумеется.
А про б) спасибо за инфу, надо будет побробнее почитать по сайтам.

[langust]

Но как могли элиминироваться избирательно носители митохондрий и не элиминироваться носители аутосом я не понимаю. Поскольку дрейф я исключаю...

Дрейф по мт-ДНК работает всегда и независимо ...

А теперь рассмотрим, что же произойдет с мт-ДНК этой неандерталки. Она также родит двух детей, но если это будут два мальчика, то ее мт-ДНК исчезнет уже на первом поколении. А так как вероятность рождения двух мальчиков подряд составляет 1/4, то она передаст свою мт-ДНК следующему поколению с вероятностью 3/4. Расчеты показывают, что эта вероятность сохраняется и на следующих поколениях. По правилу умножения вероятностей, вероятность во втором поколении уже снизится до 9/16... . А это уже геометрическая прогрессия (со знаменателем 0,75), которая быстро стремиться к нулю. Причем, независимо от того, будет это племя находиться в изоляции или нет.

[Alexy]

как могли элиминироваться избирательно носители митохондрий и не элиминироваться носители аутосом я не понимаю. Поскольку дрейф я исключаю

Дрейф митохондрий быстрее, чем дрейф аутосомных генов

Потому, что митохондрия одна, а несцепленных между собой генов много, да они ещё и диплоидные

Сравнивать вероятность сохранения хотя бы одной неанд аллели среди всего множества аутосомных генов с вероятностью сохранения неанд митохондрии -
это все равно, что с первой из этих вероятностей сравнивать вероятность сохранения неанд аллели в одном определенном гене (причем это при гаплоидности, а при диплоидности разница будет ещё больше)

[Дж. Тайсаев]

Теперь понял, спасибо. Дрейф я всё равно исключаю, но здесь речь как выясняется идёт не о дрейфе в классическом узком понимании этого термина, а о большей вероятности элиминации более редкой мДНК.

[Alexy]

Дрейф есть всегда, другое дело, что у разных аллелей может быть разная вероятность элиминации - т е отбор накладывается на процесс дрейфа
Хотя можетя в этой фразе я и запутался в мыслях

[Дж. Тайсаев]

Я имел в виду генный дрейф, как результат депрессии численности в смерхмалых замкнутых популяциях, имено так этот эволюционный фактор трактовался, когда могут случайно проявляться даже редкие рецессивные признаки и даже иногда менее адаптивные. А так, конечно, вымывание редких признаков, как реультат не только отбора, а случая бывает всегда, кто ж спорит с таким дрейфом

[augustina]

кто ж спорит с таким дрейфом

Есть и такие, которые спорят. http://www.paleo.ru/forum/index.php/topic,1060.msg67963.html#msg67963

[Vadim Verenich]

Аналогичная тема обсуждается на Молгене

http://forum.molgen.org/index.php/topic,1416.90.html

[Vadim Verenich]

Кстати, вот и альтернативное объяснение профессора Финлейсона

http://news.bbc.co.uk/2/hi/science/nature/8674068.stm

" ..... is an alternative explanation to all this and it is
recognised by the authors of the paper in their penultimate paragraph.
It has not received so much attention from the news media.
The alternative is that Neanderthals and modern humans did not
necessarily mate with each other. If the Neanderthal genes had been
present in the ancestral African population - which they could have
been as the further back we go in time, the closer the lineages were -
and were exported into Eurasia, then the pioneers were simply carrying
genes that were also present among the Eurasian Neanderthals, derived
from an earlier common ancestry.
If those Neanderthal genes were then lost from the great African
genetic pool, then they would not be present among Africans today.
They would instead only survive among non-Africans."

".... cуществует альтернативное объяснение всего этого, что и было признано авторами в предпоследнем параграфе статьи. Однако эта альтернативная версия не получила никакого внимания со стороны средств массовой информации.
В качестве альтернативы, можно предположить, что неандертальцы и современные люди, не
обязательно скрещивались друг с другом. Если гены неандертальцев  присутствовали в исконных африканских популяциях - так как с удалением в прошлое, виды становятся ближе друг к другу-
и затем были "экспортированы" в Евразию во время выхода из Африки, то у выходцев из Африки имелись бы гены, которые также присутствовали среди евразийских неандертальцев, полученные
от более древнего общего предка людей и неандертальцев.
В случае, если эти общие гены с неандертальцами были затем в результате генного дрейфа утерены в африканском генофонде, то их след будет отсутствовать у современных африканцев.
В этом случае, гены сохранятся только у неафриканцев."

Until such time as we can discriminate between these two alternatives, the Neanderthal-modern human mating option can only be regarded as a best-case scenario, based on the principle of parsimony.

В настоящее время, при сравнении этих двух вариантов, вариант спаривания неандертальцев с современным человеком может рассматриваться  только в качестве лучшего сценария, и то лишь руководствуясь принципом парсимонии (т.н.бритвой Оккама).

[Vadim Verenich]

Возможные сценарии встреч неандертальцев с сапиенсами, в результате которых геном евразийского населения обогатился генами неандертальцев. Ученые остановились на сценарии 3. Его преимущество — логичное присутствие неандертальских генов у жителей Папуа Новой Гвинеи. Сценарий 2 (скрещивание поздних неандертальцев с ранними европейцами и последующий дрейф генов) менее вероятен, так как неандертальцы одинаково близки и с европейцами, и с азиатами, и с папуасами.

Геном неандертальцев и современных людей отличается на 0,16%. С одной стороны, отличия невелики. С другой, можно увидеть, какие именно отличающиеся гены составляют нашу «разумную» сущность — иными словами, какие гены имеются у современных людей, но отсутствуют и у шимпанзе, и у неандертальцев. Это гипотетические элементы, которые не унаследованы от общего предка и появились только после расхождения ветвей современного человека и неандертальца. Таких сугубо современных элементов — нуклеотидных замен в генах — нашлось 78. Некоторые из этих нуклеотидных замен могут быть нейтральными (они могли закрепиться в результате обычных демографических процессов, бутылочных горлышек и т. д.), другие же могут иметь и адаптивное значение.

Насчет достоверности реконструкции гипотетических элементов, я уже делился соображениями в другой теме. На самом деле было не 78 нуклеотидных субституций, а гораздо больше, но их посчитали синонимическими и выкинули.

Оценивались различия между генами неандертальцев и одной из народностей, скажем европейцами, и между неандертальцами и следующей народностью, например китайцами (азиатами). Затем вычисляли различия между выбранной парой современных людей (в данном примере — между европейцами и азиатами). После оставалось оценить разницу между неандертальцами и современными людьми, с одной стороны, и выбранной современной парой, с другой. Если продвинутые гены встречаются с одинаковой частотой у неандертальцев и двух других народов и не отличаются от уровня различий между современной парой, то общий уровень различий будет равен 0. Если неандертальцы больше отличаются от одного из народов, чем от другого, то общий уровень различий отклонится от нуля в сторону пары, включающей эту народность.

Такой метод анализа применялся впервые и дал замечательные результаты. Оказалось, что продвинутых аллелей больше у неандертальцев, европейцев и азиатов и папуасов. А вот африканцы продемонстрировали меньше сходства со всеми этими выборками. Так что жители современной Евразии имеют примерно 1–4% неандертальских генов, а в геноме африканцев неандертальских следов существенно меньше.

Такой метод попарного сравнения дистанций действительно применяется впервые, но результаты его применения противоречивы.

[Vadim Verenich]

Сложнее с мДНК. Если от папаши неандертальца могли рождаться как имеющие его Y, так и неимеющие, то от неандерталки в любом случае все будут обладать её митохондриями, невозможно изъять их, не изъяв все и аутосомы вместе с ними.

Разница между неандертальским митохондрионом и митохондрионом современного человека колоссальна.

Я "пробластил" (то есть запустил BLAST search) в Генбанке по неандертальскому митосиквенсу, чтобы посмотреть, насколько далеко он филогенетически отстоит от человеческого по методу минимальной эволюции. Результат нагляден (см. вложение 1).

Интересно также, что в Генбанке в новую таксономию Homininae в Homo уже включен третий тип  Homo sapiens -По митохондриальному геному он очень далеко отстоит и от сапиенса современного вида, и от неандера (см.вложение 2)

[Vadim Verenich]

Еще - аналогичное обсуждение

http://forum.molgen.org/index.php/topic,1510.15.html

[Vadim Verenich]

Геном неандертальца

http://neandertal.ensemblgenomes.org/Homo_sapiens/Location/Genome?r=13:31787617-31871809

"Выравненные"  по геномам шимпанзе и человека сиквенсы генома неандертальца можно скачать здесь

ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/ensembl/neandertal/BAM_files/

[Дж. Тайсаев]

".... cуществует альтернативное объяснение всего этого, что и было признано авторами в предпоследнем параграфе статьи. Однако эта альтернативная версия не получила никакого внимания со стороны средств массовой информации.
В качестве альтернативы, можно предположить, что неандертальцы и современные люди, не
обязательно скрещивались друг с другом. Если гены неандертальцев  присутствовали в исконных африканских популяциях - так как с удалением в прошлое, виды становятся ближе друг к другу-
и затем были "экспортированы" в Евразию во время выхода из Африки, то у выходцев из Африки имелись бы гены, которые также присутствовали среди евразийских неандертальцев, полученные
от более древнего общего предка людей и неандертальцев.
В случае, если эти общие гены с неандертальцами были затем в результате генного дрейфа утерены в африканском генофонде, то их след будет отсутствовать у современных африканцев.
В этом случае, гены сохранятся только у неафриканцев."

Так и я о чём, я где то уже недавно высказывал такое же преположение

[Vadim Verenich]

".... cуществует альтернативное объяснение всего этого, что и было признано авторами в предпоследнем параграфе статьи. Однако эта альтернативная версия не получила никакого внимания со стороны средств массовой информации.
В качестве альтернативы, можно предположить, что неандертальцы и современные люди, не
обязательно скрещивались друг с другом. Если гены неандертальцев  присутствовали в исконных африканских популяциях - так как с удалением в прошлое, виды становятся ближе друг к другу-
и затем были "экспортированы" в Евразию во время выхода из Африки, то у выходцев из Африки имелись бы гены, которые также присутствовали среди евразийских неандертальцев, полученные
от более древнего общего предка людей и неандертальцев.
В случае, если эти общие гены с неандертальцами были затем в результате генного дрейфа утерены в африканском генофонде, то их след будет отсутствовать у современных африканцев.
В этом случае, гены сохранятся только у неафриканцев."

Так и я о чём, я где то уже недавно высказывал такое же преположение

Если быть совсем дотошным, то в манускрипте обсуждаемой статьи рассматривается даже не 2, а целых 8 сценариев объяснения.