Homo neanderthalensis

[b-graf]

Сводка по южной сибири 6-летней давности
http://stratum.ant.md/1_00/articles/vishnatscii1/95iujna.htm

там же, подробнее (в том числе о геогафии и о зубах)
http://stratum.ant.md/1_00/articles/vasiliev/1problema.htm

+ замучился искать А.А.Зубова о значении зубов (такой каламбур :-)) - так и не нашел. В общем, в догенетический период зубы АФАИК казались исключительно важным показателем.

[Марков Александр]

Ученые приступили к прочтению полного генома неандертальца
http://news.yahoo.com/s/nm/20061115/sc_nm/science_neanderthal_dc
http://www.nature.com/nature/journal/v444/n7117/abs/nature05336.html
http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/314/5802/1113
Сразу две международные команды ученых сообщили одновременно в журналах Nature и Science о прочтении значительной части генома неандертальца. Ранее из ископаемых костей удавалось выделить лишь митохондриальную ДНК, которая представляет собой одну двухсоттысячную часть полного генома и наиболее удобна для таких исследований. Современные методики позволили ученым впервые выделить и прочесть фрагменты ядерной ДНК неандертальца. Это означает, что в недалеком будущем станет возможным прочтение полного генома наших ближайших родственников, вымерших 28 тысяч лет назад. Обе команды ученых использовали костные останки неандертальца из Хорватии, жившего 38 тысяч лет назад. Суммарная длина прочтенных на сегодняшний день фрагментов неандертальской ДНК – около миллиона нуклеотидов, что составляет примерно четыре сотых процента полного генома. Сходство ДНК неандертальца и современного человека составляет свыше 99,5%. Анализ прочтенных фрагментов ядерной ДНК неандертальца подтвердил предыдущие результаты, основанные на митохондриальной ДНК, согласно которым разделение эволюционных линий неандертальца и современного человека произошло около 500 000 лет назад. Ученые не обнаружили никаких признаков того, что наши прямые предки скрещивались с неандертальцами в период совместного проживания на территории Европы 30-40 тысяч лет назад. Однако для доказательства полного отсутствия такой гибридизации данных пока недостаточно.

[Nestor notabilis]

Ядерный геном неандертальцев - старт дешифровки
New DNA Test Is Yielding Clues to Neanderthals
By NICHOLAS WADE
The archaic human species that dominated Europe until 30,000 years ago is about to emerge from the shadows. With the help of a new DNA sequencing machine that operates with firefly light, the bones of the Neanderthals have begun to tell their story to geneticists.

<http://www.nytimes.com/2006/11/16/science/16neanderthal.html?em&ex=1163912400&en=1ebd75246679c1ab&ei=5087%0a>

One million units of Neanderthal DNA have already been analyzed, and a draft version of the entire genome, 3.2 billion units in length, should be ready in two years, said Dr. Svante Paabo, the leader of the research project at the Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology in Leipzig, Germany.

Biologists expect knowledge of the Neanderthal genome to reveal, by its differences with the human genome, many distinctive qualities of what it means to be human. Researchers also hope to resolve such questions as whether the Neanderthals spoke, their hair and skin color, and whether they interbred at all with the modern humans who first arrived on their doorstep 45,000 years ago, or were driven to extinction without leaving any genetic legacy.

Dr. Paabo has shared some of his precious sample of Neanderthal DNA with Edward M. Rubin of the Joint Genome Institute in Walnut Creek, Calif., whose team has identified 62,250 units of Neanderthal DNA by a different method. The two teams report their results in this week's issues of the journals Nature and Science respectively, saying they have independently demonstrated that recovery of the Neanderthal genome is now possible.

From the data so far, Dr. Rubin's team reports that the Neanderthal and human genomes are at least 99.5 percent identical. Dr. Paabo's team has calculated that the "effective" size of the founding Neanderthal population was about 3,000, corresponding to a census size of fewer than 10,000 individuals. Both teams say it now seems much more unlikely that modern humans and Neanderthals interbred, though the possibility cannot yet be excluded.

"I think these results are monumental," said Richard G. Klein, a paleoanthropologist at Stanford University who was not involved in the studies. The full Neanderthal genome will resolve many longstanding issues about Neanderthals and their relationship to modern humans, including their physical and perhaps behavioral differences, he said.

The Neanderthals, who flourished for some 400,000 years before their extinction about 30,000 years ago, physically resembled modern humans, but the middle of their face jutted forward and their large brain case had a distinctive bulge or bun at the back. They were heavily muscled and presumably well adapted to the cold conditions of the last ice age. They may well have been terrifying to the lighter-boned modern humans who first encountered them, except that their weapons were considerably less advanced. The Neanderthals still used a million-year-old stone tool kit that modern humans abandoned 5,000 years before they encountered the Neanderthals.

Archaeologists have shown that as the first modern humans, known as the Aurignacian culture, moved westward across Europe, the Neanderthals receded in parallel. By 30,000 years ago or even earlier, the Aurignacian conquest of Europe was complete and the Neanderthals had disappeared from their last refuges in what are now Spain and Portugal.

Dr. Paabo began his quest for Neanderthal DNA more than a decade ago, and has had to overcome a daunting array of obstacles. Many extravagant claims were then being made about DNA in old bones, with some scientists claiming to have recovered DNA from dinosaur bones millions of years old. But such bones were often contaminated by the DNA of the people who handled them, and Dr. Paabo saved the field from disrepute by demonstrating the extreme precautions necessary to avoid analyzing human DNA by mistake.

In 1997 he succeeded in analyzing part of the Neanderthal mitochondrial DNA, showing that it differed profoundly from modern human DNA. Mitochondria, the small organelles that provide the cell's energy, are separate from the main genome in the cell's nucleus. Since the nuclear DNA in old bones is degraded into millions of short fragments, 50 or so units in length, it seemed beyond hope of retrieval.

But recently a new kind of DNA sequencing machine was invented. Made by 454 Life Sciences of Branford, Conn., it prompts each DNA unit to generate a flash of light by stimulating the firefly enzyme luciferase. The flashes are captured by the same sort of image-sensing plate used in telescopes to capture starlight. From the timing and position of the flashes, a computer reconstructs the sequence of the DNA units. The kind of DNA the 454 machine works best with are tiny fragments the size of those found in old bones.

Dr. Paabo then scoured the museums of Europe for Neanderthal bones that might still retain DNA. Most of the 70 he tested had none, since DNA quickly degrades after the death of the organism. Many others were heavily contaminated with DNA from the curators and scientists who had handled them. Since human DNA is almost identical to Neanderthal DNA, the contamination posed serious problems.

Just one bone, retrieved from the Vindija cave in Croatia, turned out to retain DNA and be fairly free of human contamination. Asked at a news conference what made it so special, Dr. Paabo said that because it was small and uninteresting it had been "thrown in a big box of uninformative bones in the museum in Zagreb and wasn't handled very much."

The owner of the Vindija bone was a male Neanderthal who died about 38,000 years ago. As with other ancient bones, most of the surviving DNA belongs to the bacteria that consumed it when fresh. Less than 6 percent is Neanderthal DNA, and this has suffered a chemical degradation of the four DNA bases, referred to as A, T, G and C, whereby some of the C's are converted to T's and some G's to A's. Dr. Paabo has developed methods for distinguishing the real Neanderthal DNA and addressing the chemical conversion problem.

Dr. Paabo hopes to find other Neanderthal bones with retrievable DNA. But even if no more turn up, he believes there is enough DNA in the Vindija bone alone to complete a draft of the full Neanderthal genome.

He and his team still have many more problems to overcome, but other researchers are impressed with the progress so far. "He's superbright and superthoughtful, and if anyone's ever going to do it, it's him," Dr. Klein said.

If the full Neanderthal genome is retrieved, biologists may be able to ask if the Neanderthals had language by looking at their version of the human gene known as FOXP2, thought to be one of the last components to evolve in mediating the modern human language faculty. FOXP2 has changed significantly since the human lineage split apart from that of chimps some six million years ago. If the Neanderthal version resembles the chimp version, that would make it less likely they had modern, syntactical language.

The Neanderthal genome should also enable biologists to calculate which aspects of human evolution took place between 6 million and 500,000 years ago, and which are more recent. The latter is the approximate date at which the Neanderthal and human lineages split apart. Dr. Paabo also believes the Neanderthal genome will help geneticists identify which human genes have been subject to the pressures of natural selection in the last 500,000 years. This would be of great interest in identifying the distinctive genetic attributes of modern humans.

From the data already obtained, Dr. Paabo and his colleagues estimate that the ancestral Neanderthal population was very small, perhaps fewer than 10,000 individuals. Since the ancestral population of modern humans was much the same size, it seems that all populations of early humans were tiny, expanding only after the ice age ended.

From the data gathered so far by Dr. Paabo's and Dr. Rubin's teams, there is no evidence of interbreeding between Neanderthals and modern humans. But the possibility of a small amount of genetic interchange cannot yet be ruled out. Dr. Bruce T. Lahn, a geneticist at the University of Chicago, published a report earlier this month suggesting that one of the two principal versions of the human gene for microcephalin, which helps determine brain size, came from an archaic population, presumably the Neanderthals.

So far neither team has analyzed enough Neanderthal DNA to test Dr. Lahn's proposal.

[Рома]

Archaeologists have shown that as the first modern humans, known as the Aurignacian culture, moved westward across Europe, the Neanderthals receded in parallel. By 30,000 years ago or even earlier, the Aurignacian conquest of Europe was complete and the Neanderthals had disappeared from their last refuges in what are now Spain and Portugal.

Кайф. А скелетные останки на раннеориньякских стоянках были найдены? ИМХО, нет. А так, археологи будущего, найдя где-то на мусорной свалке закатанного в бетон негра, будут утверждать, что вся "культура стеклянных бутылок" была создана неграми. И опять же - откуда взялся ориньяк? ИМХО, все учёные сходятся во мнении что из того или иного варианта мустье, т.е. неандертальской культуры.

Just one bone, retrieved from the Vindija cave in Croatia, turned out to retain DNA and be fairly free of human contamination. Asked at a news conference what made it so special, Dr. Paabo said that because it was small and uninteresting it had been "thrown in a big box of uninformative bones in the museum in Zagreb and wasn't handled very much."

А вот это реально круто. Взять кучу материала, отбросить из него все образцы, содержащие ДНК современных людей, и на оставшемся материале доказывать, что неандертальцы с современными людьми не скрещивались. И ведь напечатали же, а кто-то читает и даже доверяет подобным, с позволения сказать, "источникам". Особенно учитывая то, что отшелушивающийся с рук человека эпителий, ДНК фактически не содержит. Будь иначе, криминалисты бы исследовали на ДНК не только образцы крови, слюны и спермы, но и отпечатки пальцев и вообще места прикосновений...

[Gilgamesh]

Свежие новости по проблеме
http://www.membrana.ru/lenta/index.html?6689

[Рома]

Мне не понятно, как может вся популяция какого-либо вида на всей поверхности гигантского континента вдруг резко начать эволюционировать строго единообразно в одном направлении и вся дружно за сотню тыщ лет превратиться из африканского гейдельбергенца в африканского раннего сапиенса.

Тот или иной ген из-за его мощной приспособительной ценности может по быренькому распространиться по всей популяции. Например, более умный самец может уболтать куда большее кол-во самок, нежели его тупые соплеменники. Да и вообще - фенотип возникает вследствии взаимодействия генотипа со внешней средой. Соответственно общность тех или иных признаков может быть результатом общего происхождения, конвергенции в одинаковых условиях или прямого единообразного воздействия окружающей среды (пища с содержащимися в ней витаминами, гормонами и микроэлементами, температурный режим, инсоляция, содержание кислорода, другие люди). Кто скажет, какую роль в формировании арктического антропологического типа (и его крайнего выражения - неандертальского типа) играет общность происхождения, какую - отбор по условиям среды, а какую - богатая белками и витамином "А" пища? Если я не ошибаюсь, то предками современных индейцев (в том числе с выраженным "тропическим" телосложением считаются пришедшии из Сибири и Берингии "арктические охотники").

[Nestor notabilis]

Гильгамеш, это реально - узнать по ядерной ДНК характер пигментации неандертальцев? Было бы любопытно понять, каков был их цвет волос, кожи и глаз... и попытаться узнать, сопоставив эти участки неандерДНК с сапиенсДНК,  почему только северо-западные ветви Большой Белой расы сапиенса являются полихромными...  Все остальные популяции нашего вида строго "черно-пигментированы" вне зависимости от других антропологических характеристик.

Вклад неандертальцев в геном человека разумного спорен (есть, например, предположения, что мы получили от них ген микроцефалии), а Пёбо выдвигает интересную противоположную гипотезу — о попадании некоторых генов от "сапиенсов" к неандертальцам.

- Последняя фраза интересная. Могло ли быть так, что "микродонтная" южно-неандертальская раса из Италии и Греции несла в себе следы случайной гибридизации с каким-нить сапиентным североафриканским мигрантом доплывшим до Южной Европы через Средизменое море еще до выхода сапиенсов через Израиль в Евразию? Или вообще какие черты у поздних неандеров могут рассматриваться, как вклад сапиенсов?

[Alexy]

Может в те времена  был  сухопутный мост Тунис - Сицилия - Италия?
Когда-то он существовал, но в какую эпоху, не порипомню.

[Gilgamesh]

2 Нестор
Пигментацию, ИМХО, можно установить. Так (тоже из мембраны известно), что для мамонтов устанавливают несколько аллелей генов, определяющих окрас. Почему бы не получить то же с неандертальцем?

[вз]

2 Нестор
Пигментацию, ИМХО, можно установить. Так (тоже из мембраны известно), что для мамонтов устанавливают несколько аллелей генов, определяющих окрас. Почему бы не получить то же с неандертальцем?

а как понять за какой цвет у неандера отвечают те или иные снипы, будь они найдены? Кстати как это установили для мамонтов, просто интересно?

[Марков Александр]

Любопытный кусочек из статьи в Nature о начале работ по прочтению неандертальского генома, из которого видно, что есть косвенные свидетельства того, что был поток генов от нас к ним через мужчин-сапиенсов. Т.е. мужики-сапиенсы скрещивались с неандерталками, а метисов "записывали" неандертальцами...

Но вообще все эти оценки вероятности гибридизации по прочтенным обрывкам, по прочтенным с КУЧЕЙ ошибок к тому же, это, скажу я вам, всё крайне недостоверно: что у германской группы исследователей, что у американской.

Какие следы гибридизации они рассчитывали обнаружить, если гибридизация была? Они ожидали, что должны быть позиции, где у большинства сапиенсов - один нуклеотид, а у неандертальцев и небольшого процента европейских сапиенсов - другой. И не нашли такого. Пишут об этом только американцы в Science (которые прочли 65000 нуклоеотидов). Немцы в Nature (которые прочли миллион) вообще не пишут о том, что гибридизация не подтверждается. Да и американцы указывают, что по их данным можно сказать лишь, что наиболее вероятная доля неандертальских генов у современных сапиенсов равна нулю, однако 95% доверительный интервал охватывает от 0 до 20% неандертальских генов!


Analysis of one million base pairs of Neanderthal DNA
Richard E. Green, Johannes Krause, Susan E. Ptak, Adrian W. Briggs, Michael T. Ronan, Jan F. Simons, Lei Du,
Michael Egholm, Jonathan M. Rothberg, Maja Paunovic & Svante Pa¨a¨bo


Another question that can be addressed with these data is how often
the Neanderthal has the ancestral allele (that is, the same allele seen in
the chimpanzee) versus the derived (or novel) allele at sites where
humans carry a single nucleotide polymorphism (SNP). The latter
case identifies SNPs that were present in the common ancestor of
Neanderthals and present-day humans. Using the SNPs that overlap
with our data from two large genome-wide data sets (HapMap49, 786
SNPs and Perlegen50, 318 SNPs), we find that the Neanderthal sample
has the derived allele in ,30% of all SNPs. This number is presumably
an overestimate since the SNPs analysed were ascertained to be
of high frequency in present-day humans and hence are more likely
to be old. Nevertheless, this high level of derived alleles in the
Neanderthal is incompatible with the simple population split model
estimated in the previous section, given split times inferred from the
fossil record. This may suggest gene flow between modern humans
and Neanderthals. Given that the Neanderthal X chromosome shows
a higher level of divergence than the autosomes (R.E.G., unpublished
observation), gene flow may have occurred predominantly from
modern human males into Neanderthals. More extensive sequencing
of the Neanderthal genome is necessary to address this possibility.

[feralis]

Люди Aterian использовали Неандертальское каменное средство, производящее методы но они сам были вероятно ранними современными людьми


Это из данной Ромой ссылки
Помнится я писал что неандертальци не знали метательного древкового оружия
его изобрели сапиенсы 40 000 назад
А Рома писал в ответ что Атер-отличные древковые наконечники
Да и интервал Атера 45-30000 лет назад в северной африке
Рома 38 тыс лет назад сапиенс оставил свою нижнию челюсть в румынских карпатах.....
Постарайтесь теперь убедить меня что неандер жил еще 30000 назад в Северной африке
Да изделия Атер мельчают к концу культуры-начинают охотится на более мелкого зверя с помощью копьеметалки
а 10000 лет назад так вообще там мезолит впервые в мире
Сапиенсы это сапиенсы

[Рома]

Люди Aterian использовали Неандертальское каменное средство, производящее методы но они сам были вероятно ранними современными людьми
Это из данной Ромой ссылки

Рома - человек военный, и крайне скептически относится к выражениям типа "вероятно", "почти наверняка", "мамой клянусь", если они не подкреплены конкретными доказательствами. Атер - это вариант мустье, а ассоциированных с ним костных остатков нет.

Помнится я писал что неандертальци не знали метательного древкового оружия
его изобрели сапиенсы 40 000 назад
А Рома писал в ответ что Атер-отличные древковые наконечники

Культура неандертальцев - мустье. Атер - вариант мустье. Да и типичные мустьерские остроконечники тоже неплохо крепятся на древках, например, один из модных в культурах Северной Америки наконечник типа "Сандерс", крайне схож с типичным мустьерским остроконечником, при этом воспринимается именно как наконечник древкового оружия. Более того, если посмотреть на следы износа мустьерских наконечников, то есть характерные именно для древкового крепления.  

Да и интервал Атера 45-30000 лет назад в северной африке
Рома 38 тыс лет назад сапиенс оставил свою нижнию челюсть в румынских карпатах.....

А шимпанзе с орангутанами до сих пор по джунглям ныкаются. И что? Штейнгеймский человек старше неандертальцев, и что с того?

Постарайтесь теперь убедить меня что неандер жил еще 30000 назад в Северной африке

Да не буду я Вас убеждать, что классический неандерталец, представитель арктического антропологического типа, жил в тропиках достаточно долго, что бы попасть в палентологичесую летопись. Но люди с неандертальскими признаками, особенно с теми, что слабо подвержены действию естесственного отбора из-за своей низкой биологической значимости (например нелопатовидной формой резцов), до сих пор живут как в современной Европе, так и в Северной Африке.  Форма зубов определяется генетически, и крайне маловероятно, что в данном случае имеется конвергенция.

Сапиенсы это сапиенсы

А неандертальцы это тоже сапиенсы.

[Рома]

Но вообще все эти оценки вероятности гибридизации по прочтенным обрывкам, по прочтенным с КУЧЕЙ ошибок к тому же, это, скажу я вам, всё крайне недостоверно: что у германской группы исследователей, что у американской.

Об чём и речь. Все эти ДНК исследования пока настолько халтурно выполняются, и так часто учёные начинают громогласно и преждевременно заявлять об их результатах... ИМХО, зубки и камушки пока что куда надёжнее.  

Какие следы гибридизации они рассчитывали обнаружить, если гибридизация была? Они ожидали, что должны быть позиции, где у большинства сапиенсов - один нуклеотид, а у неандертальцев и небольшого процента европейских сапиенсов - другой. И не нашли такого.

Угу. А если этот ген не у небольшого процента современных европейцев, а напротив - почти у всех? Например, что они скажут относительно генов, кодирующих форму резцов, цвет кожи и её производных, отсутствие "костей инков"? Что это, конвергенция или таки прямое наследование? Лично мне пока вариант с конвергенцией по столь малозначимым признакам представляется крайне маловероятным, но если будет проведено достаточно грамотное исследование...

[Питер]

Очень скептически  отношусь к    так  называемому  полному секвенированию  генома  неандера. Я  хочу  только  напомнить,   что  несмотря  на все  победные  реляции   реально  работающие с  геномом  человека  люди  знают,  что  до  сих  пор есть   несеквинированные    участки  генома человека.  Причем  это  не  прицентромерный  гетерохроматин ...