Ассиметрия 'G' и 'C' в геноме

[Комбинатор]

Любоптытно, что у некоторых бактерий в белок-кодирующих последовательностях 'G' встречается более, чем в полтора раза чаще, чем 'C'. На мой взгляд, это следы той эпохи, когда ген. код был ещё трёхбуквенным (A-U-G), но может у кого-нибудь есть более простое объяснение?

[Сергей]

Любоптытно, что у некоторых бактерий в белок-кодирующих последовательностях 'G' встречается более, чем в полтора раза чаще, чем 'C'. На мой взгляд, это следы той эпохи, когда ген. код был ещё трёхбуквенным (A-U-G), но может у кого-нибудь есть более простое объяснение?

Проверить это, ИМХО, достаточно просто: надо сравнить кодирующие последовательности генов, которые должны были возникнуть на первых этапах эволюции (РНК-полимераза, рибосомальные гены) и на более поздних (отвечающих, например, за метаболизм каких-нибудь антибиотиков).

Но, скорее всего, дело в структурных функциях: цитозин отличается от других нуклеотидов тем, что сахар у него в ДНК может находится в конформации, характерной скорее рибозы РНК. Цепь, в которой много цитозинов, получается более гибкой. Это может «нравиться» считывающим её ферментам, или, наоборот, не «нравиться».

[Комбинатор]

Но, скорее всего, дело в структурных функциях: цитозин отличается от других нуклеотидов тем, что сахар у него в ДНК может находится в конформации, характерной скорее рибозы РНК. Цепь, в которой много цитозинов, получается более гибкой. Это может «нравиться» считывающим её ферментам, или, наоборот, не «нравиться».

Да, вполне возможный вариант. Мне тут ещё кинули ссылку на статью http://www.sciencemag.org/content/279/5358/1827.full где предпологается, что увеличение доли пуринов в кодирующей цепочке может быть вызвано их большей мутационной устойчивостью в процессе транскрипции.

[Сергей]

увеличение доли пуринов в кодирующей цепочке может быть вызвано их большей мутационной устойчивостью в процессе транскрипции.

Химический мутагенез конечно влияет. Но, кроме того, на выбор определённых нуклеотидов влияют и структурно- конформационные свойства двойной спирали. Собственно, начал этим интересоваться после того, как случайно обнаружил, что ультразвук преимущественно разрывает двойную спираль по последовательности CpG. Все мне говорили, что такого не может быть, а если и есть, то играют роль химические свойства цитозина. Долго проверял в разных условиях, но таки оказалось, что это физический процесс. Сейчас опубликовали эти результаты в приличном журнале:

http://download.cell.com/biophysj/pdf/PIIS0006349510014402.pdf?intermediate=true

ИМХО, на основе этого эффекта можно создать новый метод определения локальной конформации ДНК. Например, вычислить, какой должна быть оптимальная структура промоторного участка (ДНК в этом месте должна легко расплетаться) или оценить вероятную эффективность конкретного промотора. Будем проверять, можно ли этим методом позиционировать нуклеосомы.