Анализ карт распространения генотипов человека

[идрис]

А зачем вам датировка? Есть схемы в которых показано относительное соотношение гаплогрупп друг с другом. То есть какая группа произошла от какой. А когда это происходило не так важно. Вот нашел удивительно информативный сайт

http://www.genofond.ru/default3.aspx?s=0&p=32

Там сотни разных карт и схем. Повторю цель темы - обсуждать имеющийся массив подобных генокарт. Как я понимаю последние несколько лет ознаменовались появлением новой науки - геногеографии. Вот собственно ее эмпирические данные и предлагаю обсуждать. А то генетики дают гигабайты данных, а их теоретического осмысления и научного обобщения пока вроде не так много. Тут как всегда практика шагает далеко впереди теории. Вот наша цель попытаться догнать ту эмпирику, что получают в подобных исследованиях.

[sanj]

датировка по любому нужна. хотя бы чтобы сравнить даты возникновения Y- и mt- маркеров, которые присутствуют в тех или иных популяциях.

[идрис]

Весьма вероятно, что популяции носителей митохондрий и игреков были разными. Например, в миграциях возможно участвовали и те и другие. Но вот я думаю, что гораздо вероятнее, что в миграциях участвовали только игреки, либо преимущественно игреки.

Например, пример из совершенно другой области, по тому же Кавказу есть такая группа казаки. Например терские казаки. Лично я полагаю, что они формировались за счет мигрантов игреков с севера и местных носительниц митохондрий. Да и разные там крестоносцы и прочие вандалы, это ведь преимущественно игреки.

[Ярослав Смирнов]

По моему вы обсуждаете не совсем то, что имеет смысл обсуждать. Вы обсуждаете особенности методики и как можно модифицировать методику. А я предлагал обсуждать уже полученные результаты. То есть те карты распределения генотипов, что получены к настоящему времени.

Если методика не позволяет в принципе получать достоверные результаты, то что именно Вы предлагаете обсуждать? С не меньшим успехом мы можем изучать гороскопы. 

[Ярослав Смирнов]

видимо оттуда, что разные варианты встречаются в близких пропорциях в популяции.

В некоторых популяциях или даже целых регионах пропорции могут быть совсем не близкими, как это показал топикстартер.

нет - потому что в митохондриальной ДНК хоть и мало некулеотидов, но о каких именно речь?.. про регуляторный регион?

Да про любой (или, точнее, про все). Какие замены исследуются. В каких генах они расположены. Какие белки кодируют эти гены. (уж на эти вопросы ответы уже есть). Какие функции выполняют эти белки (это тоже, скорее всего известно). Как каждая конкретная замена влияет на функцию. С этим сложнее, но тоже нет ничего невозможно.

не, ну есть, конечно этот момент вообще во всей молекулярной систематике - очень уж смелые решения о нейтральности замен, но, увы, ничего лучше пока нет...

Есть. Есть предположение, что большая часть мутаций сильно или слабо вредна, часть - нейтральна, изредка встречаются полезные. Другой вопрос, что вникать в смысл замен - сложнее, чем просто постулировать нейтральность, дороже, и не такие красивые картинки для грантодателей получаются, но изучать биологию человека в отрыве от самой биологии - не комильфо.

[Ярослав Смирнов]

Весьма вероятно, что популяции носителей митохондрий и игреков были разными. Например, в миграциях возможно участвовали и те и другие. Но вот я думаю, что гораздо вероятнее, что в миграциях участвовали только игреки, либо преимущественно игреки.
Да и разные там крестоносцы и прочие вандалы, это ведь преимущественно игреки.

А есть ещё "похищения невест", иногда торговля невольницами принимала весьма и весьма значимые масштабы. Ежели говорить об америке - массовое рабовладение, не имевшее, правда, хозяйственной ценности было у тлинкитов. 

[идрис]

То есть, вы, как я понял, отрицаете данные геногеографии и те "красивые картинки" где рисуют распределение разных вариантов генотипов среди населения крупных регионов?

[sanj]

отрицать этого нельхя, но надо помнить, что это приблизительные модели, доступные на сегодняшний день, при сегодняшних возможностях.

[sanj]

Весьма вероятно, что популяции носителей митохондрий и игреков были разными. Например, в миграциях возможно участвовали и те и другие. Но вот я думаю, что гораздо вероятнее, что в миграциях участвовали только игреки, либо преимущественно игреки.

Например, пример из совершенно другой области, по тому же Кавказу есть такая группа казаки. Например терские казаки. Лично я полагаю, что они формировались за счет мигрантов игреков с севера и местных носительниц митохондрий. Да и разные там крестоносцы и прочие вандалы, это ведь преимущественно игреки.

возможны разные варианты с разными переменными. и соответственно разными выводами.

возможен такой вариант. если датировки возникновения игрек- и митохондриальных маркеров совпадают (хотя бы примерно) в одних популяциях (скажем мигрантов) и не совпадают в других (скажем автохтонов), то значит эти группы не смешивались.

или такой вариант. одна популяция с примерно одинаковыми игрек- и разными митохондриальными маркерами. можно заключить, что когда-то мигрировали одни игреки и наложились на разными митохондриальные линии.
можно предположить что эти игреки прошли через какое-то бутылочное горлышко, скажем устойчивость к какой-то болезни.
можно предположить, что в результате дрейфа (селективно нейтральных) генов получилось так, что никакого смешения не было и эта группа просто потеряла разнообразие по игрекам, но сохранила разнообразие по мт.

вообще много чего можно предположить..

[Макроассемблер]

Я считаю, что эти игреки были суперменами вроде Ярослава, и пусть он не открещивается. К тому же игреки почти наверняка принесли с Большой Земли технологию изготовления какого-то нового для Америк оружия.

[Питер]

Первое.  НИкто  точно  не  может  посчитать  скорость  мутаций  в  митохондриальном  и  ядерном  геномах.   Оценки  отличаются  очень  сильно.
Второе.  Все  используемые  варианты  считаются    селективно  нейтральными.  Что  строго  не   доказано.
Третье.  Ситуации с  разным  пулом Y  и  мтДНК   известны  -   например, последние  работы  Сукерника  по  староверам  Сибири.   Где Y  пул  -   европейский,  мтДНК  пул  - азиатский.
Четвертое.  Ко  всем  этим реконструкциям  надо  относится    с   большой  осторожностью.  Главная  проблема   -  сбор  популяционного материала,  его  далеко  не  всегда    собирают качественно.   Проблем  собственно с  типированием  практически  нет.       

[sanj]

какие оценки скорости мутаций существуют?

[DNAoidea]

В некоторых популяциях или даже целых регионах пропорции могут быть совсем не близкими, как это показал топикстартер.

да, но это в регионе - в целом по человечеству картина получается иной. а если это так, то мы должны как минимум предположить какие-то болезни специфические для этого региона и к которым дают устойчивости мутации в митохондриальных маркерах - что уже довольно экзотично - хоть региональные болезни и есть (точнее были), но вот митохондрии содержат слишком уж мало генов и все они как назло очень консервативны, ну а если речь про Y то тут даже такое предпожение уже "на грани фантастики" - получается, что мужчины устойчивы, а женщины нет, да и генов там как уже писал. Таким образом, имея картину, как мы имеем с распределением вариантов этих маркеров, самым простым оказывается предпожение о нейтральности замен - просто не-нейтральность тут тяжеловато "нарисовать"... может быть конечно - избирательное использование кодонов (что делает много "нейтральных" мутаций слабовредными), но то если мы говорим о бполипептид-кодирующих генах...

Есть предположение, что большая часть мутаций сильно или слабо вредна, часть - нейтральна, изредка встречаются полезные

понятно что так - если речь идёт о всех мутациях вообще, а не о конретных аллелях или вариантах - как в этой теме.

[идрис]

Ну а как вы объясните что 99% жителей Южной Америки и Мезоамерики имеют в игрек хромосомах практически идентичные варианты. Вернее у всех один вариант. А среди МТ днк есть довольно большое разнообразие есть как минимум два крупных варианта и еше 1-2 слабораспространенных.

Абсолютная скорость появления этих вариантов роли не играет. Если по игрекам вариант всего 1, а по МТ их 3 или даже 4.

[sanj]

это видимо бутылочное горло, через которое игреки прошли, а мт- нет. причем, по всей видимости, прошли они его во время заселения америки или до него.

по времени появления можно хотя бы примерно сказать, когда это горлышко состоялось.