проблемы молекулярной систематики

[DNAoidea]

вот что я не пойму тут - если мы измеряем количество разных (и по возможности нейтральных) мутаций, накопившихся со времени расхождения групп, то как знать, что они не были представлены в общем предке обоих видов? ведь если мутаии нейтральные, то их должно много гулять по популяции, и довольно много разных могло быть унаследованно потомками. частично помогают вещи типа внутригенного кроссинговера и анализа по множеству генов (второе больше, но проводить анализ по количеству генов больше, чем 5-6 уже затруднительно), но всё равно до конца это проблемы не решает, накладывая дополнительные ограничения - из-за очень низкой частоты внутригенного кроссинговера. Хотя на временных промежутках порядка 100 тыс поколений перемешивание разных исходных аллелей из изначальной популяции будет достаточным.

[Gilgamesh]

Можно иногда даже встретить схемы, показывающие такой казус. Вот например из
Roger Lewin. Human evolution : an illustrated introduction. 2005



Просто желательно пользоваться несколькими генами и искать наиболее непротиворечивое сочетание их филогений. Если по одному гену - ну тогда нужно принимать допущение о соответствии эволюции гена эволюции таксонов, но держать и фигу в кармане насчет полиморфизма.

[PVOzerski]

Думается, что отчасти именно это отражает закон гомологических рядов Вавилова.

[DNAoidea]

Gilgamesh - спасибо! понятно, что анализ по одному гену мало что даёт, ну митохондриальные ещё куда ни шло - возможностей для полиморфизма меньше, но всё равно есть... однако - разве допущение о соответствии эволюции гена эволюции таксонов не идёт в разрез о нейтральности анализируемых мутаций? эволюция таксона тоже ведь должна быть нейтральна, а это уже... очень смелое допущение... (в принципе нейтральность очень часто - не более чем удобное допущение - ну и что с того, что форма белка та же или позиции третьи или кусок не доходящий до укладки в готовый белок - могут быть и регуляторные последовательности и неравномерное использование кодонов и т. д. и т. п.)

Думается, что отчасти именно это отражает закон гомологических рядов Вавилова.

то есть?.. как бы мысль улавливаю, но самый краешек...