Структура генома LUCA

[Vuto]

Вашу фразу про эукариотов не совсем понял. Вроде бы, сейчас доминирующей считается теория их симбиотического происхождения. Хотя, конечно, если имеется в виду горизонтальный перенос между ДНК симбиота и хозяина внутри клетки, тогда да.

Когда исследовали гены эукариот, то обнаружилось, что примерно треть генов - бактериальные, треть - архейные, треть - уникальные.Наиболее важные гены (для энергетики) чаще архейные, чем бактериальные.
Симбиозом только митохондрий и пластид такого невозможно было добиться.

Есть такой подход, называется анализ вставок и делиций в протеинах. В основе данного метода лежит идея, что однажды возникшая в результате мутации и вполседствии переданная "по наследству" вставка определённого блока аминокислот в протеине может быть использована в качестве маркера, позволяющего восстановить иерархию филогенического дерева бактерий.

эээ. А в чём различие этого метода от ДНК-сравнения? Ведь белки прямо кодируются (а интронов у бактерий нет) в ДНК.
Может, я не понял вашего объяснения, но как на меня  - это обычный метод ДНК-сравнения.
Или его использовали до расшифровки ДНК?

2. Есть гипотеза, что в период жизни ЛУКА гораздо шире использовался принцип самосборки белковых комплексов наподобие того, как сейчас собирается рибосома.

Ух ты, а примеры, кроме рибосом знаете?

Для его реализации все протеины, участвующие в сборке, должны экспрессироваться один за другим а их гены, соответственно, быть расположенными в одном кластере (опероне). Так вот, оперонный принцип расположения генов наиболее ярко выражен как раз среди Firmicutes.   

Если так, то вполне может быть.

[Комбинатор]

Когда исследовали гены эукариот, то обнаружилось, что примерно треть генов - бактериальные, треть - архейные, треть - уникальные.Наиболее важные гены (для энергетики) чаще архейные, чем бактериальные.
Симбиозом только митохондрий и пластид такого невозможно было добиться.

Вроде бы, гены предположительно архейного происхождения отвечают, в основном, за работу с ДНК и РНК (копирование и т.д.), а эубактерийного - за метаболизм. В соответствии с меэйнстримовой на настоящее время гипотезой началось всё с симбиоаза, а постепенное перемещение основных генов в ядро началось позже.

эээ. А в чём различие этого метода от ДНК-сравнения? Ведь белки прямо кодируются (а интронов у бактерий нет) в ДНК.
Может, я не понял вашего объяснения, но как на меня  - это обычный метод ДНК-сравнения.
Или его использовали до расшифровки ДНК?

Когда сравнивают ДНК (или протеины), вставки и делиции наоборот, предварительно удаляются (так называемая процедура выравнивания), что бы "скелетообразующие" нуклеотиды и аминокислоты стояли на позициях с одними и теми же номерами. А в методе вставок и делиций всё наоборот, основная информация извлекается как раз из них (тот, кто нам мешает, тот нам и поможет).

Ух ты, а примеры, кроме рибосом знаете?

Жгутики бактерий, элементы мотора бактерии, большая часть синтеза тела бактериофагов.

[Комбинатор]

А вот и ещё одно открытие, независимо подтверждающее, что ближе всего к LUCA, видимо, клостридии:
http://www.physorg.com/news/2011-09-sporulation-bacterial-outer-membrane.html
Суть в том, что у клостридий с двойной мембраной при споруляции внутренняя мембрана материнской клетки трансфопмируется во внешнюю мембрану дочерной клектки. Чем то напоминает процесс превращения гусеницы в бабочку.