Hox-гены рушат дарвинизм? Вопрос к профессиональным генетикам

[Imperor]

Посты Ярослава Смирнова больше не читаю, поскольку это просто потеря времени. На остальные посты отвечу чуть позже.
А пока подбавим жару
http://kuraev.ru/index.php?option=com_smf&Itemid=63&topic=435593.new

[DNAoidea]

Hox-ген, активируясь, под действием соответствующих факторов в соответствующих клетках, вызывает синтез индуктора, который собственно и вызывает развитие, к примеру, "головного конца тела с сенсорными органами".

вот и я о том же, но Имперору такое объяснение не вдомёк, всё-то ему хочется:

вдруг обнаружили в повторах постоянно мелькающий текст нуклеотидной последовательности, который в переводе на русский звучит, например, так: "Это живое создание сделал Я (и подпись)...".

вот он её и ищет... правда совершенно не ясно как можно переводить что-то такого плана:
AATTGCGCGCAATTTTAGTCGCTGCTAGHTCGTAGGCTCGGCCCAGAGGG
еа русский язык (т. е. надо бы ещё отыскать ключ, а где он...), но если уж очень хочется, то можно вообще говоря любой кусок ДНК перевести таким образом

http://elementy.ru/news/430678
http://elementy.ru/news/430820
.
.

молодцы, взялись за геномы и выудили много интересного. Спасибо Мирославу Михееву за подбор ссылок. Жаль только, что они собранны на таком форуме и разбавленны ссылками на газеты. И ещё обиднее, что комментарии сделаны из подбора, порой весьма топорного, изложенных в публикациях фактах - в частности это относится к статье про Трихоплакса, а вообще я искренне рад, что его наконец прочли, вот когда-то сам говорил про это:
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=118272&hl=%D2%F0%E8%F5%EE%EF%EB%E0%EA%F1

Интересно,  каково  официальное  мнение;  вторичноротые  произошли  из  свободно  плавающих   билатеральных  первичноротых,  и  вторично  перешли  на  донный  образ  жизни,   или  как  то  иначе.Заранее  спасибо.

то есть вы хотели сказать, наверное, общепринятое, ну тогда надо сначала разобраться, кто такие Вторичноротые вообще... в принципе "хороших" Вторичноротых только три типа: Хордовые, Полухордовые и Иглокожие. Все прочие, которые хоть и имеют воторичный рот, но это чёрт знает что, интересовался в своё время этим:
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=125057&hl=%C2%F2%EE%F0%E8%F7%ED%EE%F0%EE%F2%FB%E5
Так вот, относительно этих типов трудно предположить, что их предок был свободноплавающим, скорее всего он был либо пассивном фильтратором или донным хищником - во всяком случае только Хордовые в лице Позвоночных отошли от донного образа жизни...

[Mr. B]

Посты Ярослава Смирнова больше не читаю, поскольку это просто потеря времени. На остальные посты отвечу чуть позже.
А пока подбавим жару
http://kuraev.ru/index.php?option=com_smf&Itemid=63&topic=435593.new

Так не читайте и остальные, они ведь примерно той же направленности. Довольно показательно, что в том же посте Вы привели ссылку на форум Кураева. Там, наверно, лучше? Небось, это образец того, как следует вести осмысленные дискуссии? Почему же Вы ещё здесь?

По поводу траты времени, между прочим, так это кто бы говорил. Мне кажется, что ввиду Ваших методов дискуссий, чуть ли не каждый Ваш собеседник (во многих случаях) также тратит время в пустую.

ПС. Кстати, претензии Ярослава, по-моему, сформулированы по делу. Странно (или даже совсем не странно?), что Вы не хотите их комментировать.

[Imperor]

Imperor, насколько хорошо вы знаете образ жизни кубомедуз?

Но как близорукость и дальнозоркость "работает" мы то знаем? Не слишком ли Вы впадаете в агностические настроения?

[Imperor]

Imperor, между прочим в статье на элементах говорится о том, зачем медузам глаза.

Да, я читал. Улыбнулся По мнению авторов открытия, глаза кубомедузам (с совершенным хрусталиком, но расфокусированные) нужны для того, чтобы видеть столбы света, проходящие через "окошки" в мангровых зарослях.
Действительно, авторам подобного предположения трудно возразить Ведь и самый современный компьютер с четырехядерным процессором, в принципе, можно использовать в качестве обычного калькулятора
Вот только попробуйте убедить своего начальника, чтобы он купил Вам в кабинет супер-навороченный компьютер, обосновывая свое желание тем, что Вам не на чем складывать и вычитать циферки

про metazoa - конечно для поиска Божьего промысла удобнее считать их не имеющим общего предка, но вообще-то у них довольно много общих черт чтобы быть таковыми.

И в то же время, у них довольно много специфических черт, которые заставляют их прямыми родственниками не считать. Более того, на роль такого "общего предка" не подходит ни один из известных таксонов многоклеточных животных. Вообще-то, по правилу "экономии гипотез" нам и следует считать, что такого предка не было. А не фантазировать, занимаясь "рисованием возможного общего предка в квадратном вакууме".

Да и ещё - общий предок metazoa не был ни глазастым, ни "крыластым". Но гены, которые впоследствии были использованы для этих вещей у него были. Однако эти гены - это не гены "глазастости"...

Угу. Причем у всех, независимо, одни и те же гены! И при этом "абсолютно случайно"...

что же касается статьи от 2007 года, то там написанны настолько противоречивые вещи, что никаким источником информаии она вообще служить не может

Хотел поискать оригинальную статью, чтобы разобраться, но после публикации подборки Михеева это потеряло актуальность, т.к. похоже, обнаружение человеческих генов в геномах простых организмов является скорее правилом, чем исключением. Вон в колониальном жгутиковом гены человеческого меланина нашли, и ничего...

[алексаннндр]

Имперор, вы передёргиваете.
В статье кстати нет такого упора на совершенство глаз медузы. Даже если бы у медузы случайно включились гены позвоночных глаз- из общего генома, что же они бедные в холостую работают?
Как включились, так бы и выключились.
Тут особо против эволюции не пойдёшь.
Но общий геном- это как? Количество генов у разных организмов различно, количество хромосом- аналогично.
Придётся отступить от заявленого тогда, это когда-то он был общий, но теперь всё же накопились различия и так далее.
Как-то не по делу получается, а геном у нас действительно общий, основания одни и те же, кодирующие последовательности те же- какие у человека кодируют лизин какой-нибудь, такие же и у бактерий, хотя и тут есть исключения.
Утверждение об общем геноме теряет смысл.

[Imperor]

Имперор, вы передёргиваете. В статье кстати нет такого упора на совершенство глаз медузы.

Хорошо, давайте посмотрим, как я "передергиваю".
Первая статья: http://www.membrana.ru/lenta/?4615
Авторы исследований:

Шведские исследователи из университета Лунд

Вывод, который они делают:

По мнению учёных, карибская медуза по "зрительным возможностям", возможно, даже превосходит птиц, находящихся на вершине "визуальной лестницы".

Теперь смотрим вторую статью: http://elementy.ru/news/430356
Авторы исследований:

На биологическом факультете Лундского университета в Швеции вот уже несколько лет исследуют зрение кубомедуз Tripedalia cystophora.

Т.е. авторы всё те же, и занимаются они всё тем же - продолжают свои исследования. Что же они теперь "накопали"? Смотрим:

Прослеживание хода лучей, проходящих через хрусталик, показало идеальные оптические свойства для обоих глаз. Таким образом, лучи, приходящие с самых разных направлений, должны хорошо фокусироваться на сетчатке кубомедузы, в результате чего должно формироваться прекрасное изображение без искажений.

[Imperor]

Даже если бы у медузы случайно включились гены позвоночных глаз- из общего генома, что же они бедные в холостую работают?

В том то и дело, что ДА. Именно так и происходит у медузы - "гены позвоночных работают в глазе медузы ВХОЛОСТУЮ". В частности, работают "вхолостую" гены, которые отвечают за построение хрусталика с идеальными оптическими свойствами. Ибо идеальные оптические свойства своего хрусталика данная кубомедуза не использует никак, по причине сильнейшей дальнозоркости, тоже обусловленной генетически (т.е. сильнейшая дальнозоркость у данного вида медуз - генетическая норма). Рисунок из статьи (дальнозоркость я выделил красным кружком):

[алексаннндр]

Да, про птиц забыл, ну там ещё было про сходство с рыбами глаз.
Но идеальность свойств- это не очень для позвоночных там или не для позвоночных, материал хрусталика прозрачен, геометрия если только, но форма обязывает, она простая, вряд ли там требуются сверхсложные механизмы формирования.
Так я и имею ввиду- ну включились они допустим, и что?
Если они бесполезны, то они обязательно выключатся, это не обсуждается, если нет барьера для включения, не будет барьера и для выключения, а без глаз медуза более приспособлена- не надо тратить лишние ресурсы, чем с глазами.
Если глаза "не выключились", значит это кому-нибудь нужно зачем-то.
Это уже вполне эволюционный вывод. Про общий геном писал, не получается его общего, если кучу не договаривать и не подразумевать, много гипотетичности. И чем тогда идея общего генома отличается от классической эволюционной идеи?

[Imperor]

Но общий геном - это как? Количество генов у разных организмов различно, количество хромосом- аналогично.
Придётся отступить от заявленого тогда, это когда-то он был общий, но теперь всё же накопились различия и так далее.
Как-то не по делу получается, а геном у нас действительно общий, основания одни и те же, кодирующие последовательности те же- какие у человека кодируют лизин какой-нибудь, такие же и у бактерий, хотя и тут есть исключения. Утверждение об общем геноме теряет смысл.

Я бы тоже не стал "напирать" на концепцию "универсального генома" Шермана. Совершенно очевидно, что его идея является лишь черновой рабочей гипотезой (в первом приближении). В частности, возникают вопросы - "почему именно кембрийский взрыв", а также вопросы, озвученные Вами.
Имхо, лучше принять в качестве рабочей гипотезы существование некоей искусственно созданной "общей генетической базе данных" (банке данных генов), из которых разные организмы и конструируются (или эволюционируют, черпая нужные "скилы).
Кстати, некоторое время назад я написал статью, в которой высказал похожие идеи. Правда, я предпочел назвать гены "скилами" (по аналогии с играми) и сравнил геном с "конструктором Лего". Вот здесь эта статья - "Об альтернативном взгляде на механизмы возникновения полезных мутаций" (см. вторую статью, а не первую). Просьба сильно не придираться ни к содержанию, ни к стилю, ни к дефициту ссылок (я тогда еще мало что читал обо всем этом), а сосредоточиться на самой высказанной идее. От некоторых высказанных в статье мыслей я сейчас склонен отказаться, но некоторые, по моему мнению, вполне пойдут в качестве рабочей гипотезы, близкой к идее "универсального геном" Шермана. Вот, например:

Автор предположил, что генетический код и нуклеиновые кислоты, в совокупности, как раз и представляют собой закодированную колоссальную «базу данных» по скилам, необходимым для выживания в игре, но только не компьютерной, а в игре, которая идет в биосфере Земли последние 3.5 млрд лет – игре жизни.
   Эта база данных скилов живых систем имеет некоторые отличия от своих компьютерных аналогов:
1.   Она грандиозна, и возможно, включает в себя миллионы разных скилов (ферментов, работающих с разными классами химических веществ и т.п.).
2.   Ни один организм не несет всей базы данных по скилам. Каждый организм выбрал себе лишь определенное сочетание скилов, и именно их и хранит...

P.s. И заметьте, Шермана то я опередил с публикацией этой идеи (2006 vs 2007)

[Ярослав Смирнов]

Погуглил немного.

Мда, надо же, с каким упорством (имхо, достойным лучшего применения) старшее поколение осваивает гуголь, зачастую даже пренебрегая простым проходом по ссылкам и чтением библиографии статей...

Вот что нагуглил на эту тему (если журналисты правильно понимали, о чем писали, а я правильно понял их).

Насколько я знаю, задача журналиста сварганить материал, который "пипл хавает", и увеличить читаемость своего ресурса. Не более того. Кто-то всю рекламку загоняет в заголовок, кто-то - в тексте статьи пишет - "Трёхголовая девочка опровергает теорию Дарвина!!!". Лично мой, весьма скромный опыт работы в сети, подсказывает мне, что единственное для чего пригодны журналистские статьи это привлечение внимания, с последующим выходом на первоисточник. И только на основании первоисточника (в крайнем случае его профессионального пересказа в другой научной работе), можно делать хоть какие-то выводы.

Вот хронология событий:
1.   2005 год. Начало истории. Исследователи обнаруживают у медузы Tripedalia cystophora глаза столь совершенного строения (в частности изумительно совершенный хрусталик), что отсюда следует вывод - медузы смотрят на мир столь же (если не более) совершенным образом, что и птицы:

Да? Вообще-то, даже простое изучение библиографии, приведённой в статье
Visual Ecology and Functional Morphology of Cubozoa (Cnidaria) указывает на куда более более раннюю дату этого события:

Само обнаружение глаз -
Claus, C. 1878. Ueber Charybdea marsupialis. Arb. Zool. Inst. Univ. Wien, II16-55.

описание гистологического строения -
Berger, E. 1898. The histological structure of the eyes of cubomedusae.

Промах на 127 лет, вот результат чрезмерного увлечения гуголем и чтения журноламеров.

Более того, в текстах научных работ, зрение кубомедуз просто сравнивается со зрением позвоночных, а при внимательном чтении работ, мы видим, что в реальности, при некоторой внешней схожести, механизм аккомодации у них отсутствует, что по типу рыб - с движением хрусталика, что по типу млеков - с изменением кривизны хрусталика. Т.е. их глаза сравнимы с глазами рыбы, но всё равно намного примитивнее их.

2. 2006 год. Продолжение истории. Эти же исследователи в ходе дальнейшей работы обнаруживают, что свои удивительные глаза медуза не может эффективно использовать по двум причинам:
А) Медузы страдают сильной степенью дальнозоркости (а естественный отбор ничего с этим безобразием не делает - даже и не думает «лечить» медузе зрение путем «выживания наиболее приспособленных» ).
Б) У медузы нет подходящей (мощной) нервной системы, которая позволила бы обработать тот объем информации, который, в принципе, её глаза позволяют ей спокойно получить.

Гм... Даже если Вы не читали оригиналы статей, то уж элементовский пересказ Вы должны были просмотреть. Что же там написано?

Используя особую методику измерений, исследователи Лундского университета изучили преломляющие свойства хрусталиков обоих глаз. Измерения проводили на изолированном хрусталике, помещенном в каплю морской воды под микроскопом. Коэффициент преломления в центре хрусталика независимо от его ориентации оказался равен 1,48, что сравнимо с коэффициентом преломления хрусталиков рыб (Kröger et al., 1994). Прослеживание хода лучей, проходящих через хрусталик, показало идеальные оптические свойства для обоих глаз. Таким образом, лучи, приходящие с самых разных направлений, должны хорошо фокусироваться на сетчатке кубомедузы, в результате чего должно формироваться прекрасное изображение без искажений.

Дальше -

Когда в том же Лундском университете построили геометрическую модель глаза, чтобы понять, как изображение фокусируется на сетчатке, оказалось, что, с учетом известного уже коэффициента преломления хрусталика, изображение фокусируется не на сетчатке, а за ней. Таким образом, идеальные преломляющие свойства хрусталиков не используются из-за «неправильной» геометрии глаза.

Т.е. вначале мы видим усследование in vivo, а позже - моделирование in silico. Лично я, когда вижу противоречие между данными численного моделирования (особенно если методика подробно не расписана), и данными прямых наблюдений, скорее склонен доверять именно наблюдениям. Не исключено, что при численном моделировании была упущена та или иная важная деталь.

3.   Здесь к делу подключается Шерман. Он пишет статью и делает доклад о своей идее «универсального генома». В заключительной части доклада он предлагает несколько возможных способов проверки его гипотезы, в частности, отмечает, что хорошим примером подтверждения его гипотезы является глаз рассматриваемой медузы – он демонстрирует случайное включение у медузы генов, предназначенных высшим животным.

И при этом глубоко бредит. Ибо при сходстве морфологии фотоаппаратов, глаз позвоночных, головоногих и глаз кубомедуз (обусловленных единством воспринимаемого объекта), уже на уровне гистологии наблюдаются разительнейшие отличия. К примеру, у кубомедуз не палочки и колбочки, а предположительно схожие с ними по функциональному назначению призматические и пирамидные клетки.

4.   2007 год. Завершение истории. Генетики исследуют гены глаза медузы и обнаруживают их чрезвычайное сходство с генами глаз человека!
http://www.radio.cz/ru/statja/106793

Браво, Имперор! Конгениально... Глянем на Вашу ссылку, и что мы видим?

О каких генах идет речь в случае человека и медузы?

"Речь идет об опсинах. Кроме того, медузы располагают тем же геном, отвечающим за производство пигмента меланин, что и мы».

Видимо, ни чехи, ни журналисты, ни Имперор не в курсе, что родопсин не только у медуз, он и у архей встречается. Да и меланин не самый редкий белок в царстве животных. Мда...

"О сколько нам открытий чудных
Готовят просвещенья дух...."

P.s. Последняя статья самая смутная. Создается ощущение, что либо исследователи сами в шоке от своего открытия и поэтому городят ерунду о «независимом происхождении» несмотря на то, что сами же открыли «общее происхождение», либо журналист сильно чего-то не понял.

Скорее всего чего-то не понял Имперор (хотя и в интеллекте журналистов я тоже сильно сомневаюсь). Журналисты предполагают, что камерные глаза возникали независимо друг от друга два, или, вероятнее, три раза (кубомедузы, головоногие, позвоночные). Родопсин появился ещё на прокариотической стадии, а примитивные светочувствительные рецепторы - уже у первых многоклеточных.

[Ярослав Смирнов]

Довольно показательно, что в том же посте Вы привели ссылку на форум Кураева. Там, наверно, лучше? Небось, это образец того, как следует вести осмысленные дискуссии? Почему же Вы ещё здесь?

При этом сам отец Андрей, в свей книге "Может ли православный быть эволюционистом", цитирует блаженного Августина:

Ибо весьма часто случается, что и нехристианин знает кое-что о земле, небе и остальных элементах видимого мира, о движении и обращении, даже величине и расстояниях звезд, об известных затмениях солнца и луны, круговращении годов и времен, о природе животных растений, камней и тому подобном, - знает притом так, что защищает это знание и очевиднейшими доводами и опытом. Между тем, крайне позорно, даже гибельно и в высшей степени опасно, что какой-нибудь неверный едва-едва удерживается от смеха, слыша, как христианин, говоря о подобных предметах яко бы на основании христианских писаний, несет такой вздор, что, как говорится, блуждает глазами по всему небу... Невозможно достаточно исчислить, сколько горести и печали причиняют благоразумным братьям эти дерзкие невежды, когда они, застигнутые и уличенные в нелепом и ложном мнении со стороны тех, корые не признают авторитета наших писаний, в защиту того, что сказали по легкомысленному безрассудству и с очевиднейшею ложью, стараются ссылаться на эти священные книги, оправдывая ими свое мнение» (О книге Бытия, буквально 1,19).

[Mr. B]

Как ни странно, нашему уважаемому оппоненту есть чего у него поучиться.

[Ярослав Смирнов]

Кстати, ещё один важный момент относительно кубомедуз. Глаза у них смотрят не наружу, а в направлении центральной оси купола, соответственно, учитывая прозрачность их тела, и наличие преломляющих свойств у него, имхо, было бы полезно глянуть на функцию этих глаз не только на изолированном глазе, но и в живом организме в целом. Кстати, отсюда же и небольшое предположение - а не является ли характерная для большинства видов кубомедуз форма тела важной для оптических свойств организма?

[Imperor]

Да, про птиц забыл, ну там ещё было про сходство с рыбами глаз.
Но идеальность свойств- это не очень для позвоночных там или не для позвоночных, материал хрусталика прозрачен, геометрия если только, но форма обязывает, она простая, вряд ли там требуются сверхсложные механизмы формирования.

Я по глазам не специалист, но мне помнится что-то относительно того, что хрусталик глаза, наоборот, чрезвычайно сложное устройство, а прозрачные белки, слагающие его - вообще уникальны.
Вот, заинтересовался и посмотрел. Не знаю, как у кубомедуз, но строение хрусталика человека меня весьма впечатлило: http://www.glazmed.ru/lib/public17/cataract0001.shtml