Hox-гены рушат дарвинизм? Вопрос к профессиональным генетикам

[Imperor]

Начать стоит с того, что у червей глаза всё же есть. Например, у хищных полихет они хорошо развиты. И у плоских червей, более примитивных, чем кольчатые, они тоже есть.

Ну, во-первых, про червей, как предков позвоночных, автор доклада просто высказал одну из гипотез происхождения позвоночных. На самом же деле, никакими предками позвоночных черви не являются. Да и вообще, происхождение позвоночных - есть тайна, покрытая мраком. Никто никогда никаких предков позвоночных не находил ни в живом виде, ни в ископаемом:
http://www.transpl.ru/uploaded/Proishogdenie%20pozvonochnyh.pdf

Анализ сведений, имеющихся в научной литературе, позволяет прийти к выводу, что ни одна из существующих гипотез происхождения позвоночных не может считаться убедительной и общепринятой. Все они малодоказательны и противоречат друг другу. Нет убедительных сведений о происхождении симметрии, сегментации, хорды и трубчатой нервной системы.

поэтому предполагается, что позвоночные берут начало от некоего гипотетического колониального жгутикового. Таким образом, общие глаза (всех позвоночных и беспозвоночных) надо искать на "теле" именно этой гипотетической колонии жгутиконосцев
И тем не менее, ген, включающий глаз у млекопитающего, прекрасно работает в теле мухи! Это просто поразительно!

Во-вторых, автор доклада говорил не только о глазах, но, например, еще и о крыльях:

...Например, функционально сходные крылья насекомых и птиц (появившиеся, в соответствии с концепцией Дарвина, совершенно независимо друг от друга, и каждая в рамках процесса случайных мутаций и накопления мелких выгодных изменений и не имеющие поэтому никаких эволюционных связей между собой) контролируется одинаковыми способами – хотя при этом у их общего предка, червей, не было вообще никаких крыльев и механизма управления ими.

Как известно (общепринято) крылья птиц и крылья насекомых не имеют между собой ничего общего (в смысле, происхождения). А картина та же, что и с глазом (правда, автор не уточнил, каким именно геном управляется закладка крыльев у тех и у других).

[Imperor]

до самого глаза ещё дистанция огромного размера 0 надо всё-таки понимать, что гомеозисные гены это не те, которые вот прямо "здесь и сейчас" "делают" какие-то органы, а только те, которые опредляют где будет у организма какая часть тела

Так вот я и спрашиваю у специалистов - как так может быть, что гены, отвечающие за построение глаза у мухи, понимают инструкции, которые им диктует соответствующий ген млекопитающего (если эти животные не имеют общего глазастого предка)?

[Imperor]

Существует горизонтальный перенос генов. Когда вирусы или бактерии могут переносить неизменные куски генома от одних организмов к другим.

Вообще-то, такое объяснение следует считать "последним аргументом" в дискуссии об эволюции, т.к. от этой фразы сторонники креационной версии создания организмов сразу начнут улыбаться, и хлопать в ладоши. Поясню почему.
Важнейшим способом доказательства эволюции сейчас являются молекулярно-биологические данные, которые показывают сходство организмов на уровне состава белков и нуклеотидных последовательностей.
Например, считается, что шимпанзе является ближайшим "эволюционным родственником" человека, т.е. наши эволюционные линии разошлись совсем недавно. На основании чего так считается? На основании того, что нуклеотидная последовательность ДНК шимпанзе очень близка (на длительных участках вообще идентична) нуклеотидной последовательности ДНК человека. Более того, ДНК и тех и других имеет еще и общие особые мобильные генетические элементы в одинаковых местах генома. Предполагается, что это тоже свидетельство эволюции - эти одинаковые мобильные элементы в одинаковых местах достались нам с шимпанзе от общего эволюционного предка.
Как критически настроенному человеку проверить эти вещи? Например, как креационисту, т.е. человеку, придерживающему идеи создания живых организмов, проверить эволюционную идею?
Проверить можно. Если, например, вдруг обнаружится организм, в котором имеются куски генетического кода от заведомо неродственных ему организмов, то, следовательно, можно предположить, что такой организм был сконструирован из некоей "общей базы генов всех живых организмов" (в терминах автора доклада - "универсального генома"), а не эволюционировал. Если же такого организма обнаружить никак не удается, то, следовательно, "чаша весов" здесь склоняется в сторону эволюционизма.
Объяснение же чужеродного генома путем "горизонтального переноса" сразу переводит всё выше сказанное в область принципиально непроверяемых (следовательно, ненаучных) вещей.
Например, уже обнаружено, что в геномах некоторых насекомых содержатся работающие бактериальные гены! Доля таких генов у этих насекомых может достигать 2% (от всего генома)!
Казалось бы, вот он, искусственно созданный «бактериально-насекомистый» организм... Но нет, отвечают сторонники эволюционного подхода – это на самом деле, горизонтальный перенос генов (а то и целого генома) от паразитирующей в клетках этого насекомого бактерии...
Потом вдруг выяснилось, что такие насекомые как тли, спокойно синтезируют себе каротиноиды с помощью генов, идентичных генам грибов!
Казалось бы, ну вот же – вот установленный факт конструирования организма из генов совершенно разных таксономических групп!
Но нет, сторонники эволюционного происхождения видов говорят – УРА - наконец-то установлен факт горизонтального переноса генов у эукариот! А ведь на самом деле, факт этот «установлен» только в свете концепции ТЭ , т.е. если мы верим, что тли эволюционировали, то в этом случае нам придется признать, что грибные гены появились в них каким-то совершенно особым образом:
http://elementy.ru/news/431313
А вот у неродственных видов общий мобильный элемент обнаружился неожиданно... прямо растительные Ромео и Джульетта (пардон, шимпанзе и человек) :
http://elementy.ru/news/165064

И вот теперь Вы предлагаете нам считать, что Hox-гены, кодирующие глаз позвоночного, эти позвоночные получили в результате горизонтального переноса от членистоногих (или наоборот) Тогда сразу же придется идти дальше и считать, что и вообще «глазные» гены позвоночные получили тем же путем (иначе непонятно, как гены столь разных организмов понимают друг друга).
Но тогда уж Вам надо быть последовательным до конца, и признать, что и в целом, организмы (хотя бы рассмотренные) сконструированы по такому же принципу. Кем сконструированы? Ну пусть будет вирусами

[идрис]

Аргументов у нас ещё много. Это так, мелкие замечания. Насчет того же сходства Homo  и других родов гоминид. Их разделение произошло 5 -10 миллионов лет тому назад, потому говорить об их близком родстве я бы не стал.

Креационисты не могут проверить никакой идеи, потому что у них нет никакой идеи. Они верят в свои представления и не могут их проверить каким либо образом. Правильность или ошибочность   их представлений можем проверить только мы. А их представления я бы вообше не рассматривал в качестве какого либо аргумента.

[Павел Волков]

Вся байда заключается вот в чём... Явление горизонтального переноса можно зафиксировать и даже воспроизвести в эксперименте. Явный прокол креационистов будет состоять в том, что экспериментально нельзя обнаружить даже личность таинственного"конструктора", не говоря уже о том, чтобы поймать его за руку прямо во время очередного творческого акта. Поэтому креационистам рекомендуется таки не сильно хлопать в ладоши.

Почему мушиные гены "понимают" генетический код млекопитающего? А если они - лишь инициаторы экспрессии генов? Тут как у Гамильтона в "Звёздных королях" - главный герой чисто случайно знал, как смонтировать на кораблях чудовищное оружие "Разрушитель", и как управлять им. Но принцип работы этого оружия остался ему неведом, чем он очень разочаровал злых инопланетян из соседней галактики. Может, и здесь так же - работа гена состоит лишь в том, чтобы "нажимать на кнопку"?

[Павел Волков]

Ну, во-первых, про червей, как предков позвоночных, автор доклада просто высказал одну из гипотез происхождения позвоночных. На самом же деле, никакими предками позвоночных черви не являются. Да и вообще, происхождение позвоночных - есть тайна, покрытая мраком.

Да мне пофигу это. Я хотел сказать, что глаза (и "глазные" гены) появились очень рано в эволюционном плане. Поэтому неудивительно их наличие и некоторое сходство у насекомых и позвоночных.

[Imperor]

Аргументов у нас ещё много.

Ок. Давайте, завалите меня аргументами

Насчет того же сходства Homo  и других родов гоминид. Их разделение произошло 5 -10 миллионов лет тому назад, потому говорить об их близком родстве я бы не стал.

Я бы не хотел обсуждать здесь сходство Homo и обезьян. Это тема бесконечная и слабо научная. Я бы больше квалицировал её как область некоего искусства. Давайте всё-таки сосредоточимся на конкретных Hox-генах и попробуем представить себе, как такое могло быть, чтобы глаза (и крылья (!) ) позвоночных и членистоногих запускались одним и тем же геном.

Креационисты не могут проверить никакой идеи, потому что у них нет никакой идеи. Они верят в свои представления и не могут их проверить каким либо образом.

Надо же, сколько ошибок в одной фразе...
У креационистов, на самом деле, полно самых разных идей, которые прекрасно можно проверять и исследовать. А то, что Вы об этом не знаете, так это Вы просто мало читали.
В этой ветке, например, был представлен доклад Шермана, в котором он (Шерман) и предложил один из вариантов креационных ТЭ. Вместе с гипотезой он предложил и возможные способы её проверки. А поскольку он сам является работающим ученым-генетиком, то думаю, он (в том числе) теперь будет её проверять. Или можно взять креационную теорию катастроф Жоржа Кювье. Всё-таки, как ни крути, а современные научные факты эта гипотеза объясняет лучше, чем общепринятая. Вообще, любую креационную теорию, на самом деле, вполне можно проверять - здесь Вы опять-таки, просто не в курсе из-за литературных пробелов в данной области.

Правильность или ошибочность их представлений можем проверить только мы.

Кто это мы?

А их представления я бы вообше не рассматривал в качестве какого либо аргумента.

А вот это зря, т.к. разбираемый здесь доклад Шермана - абсолютно креационный (создание "универсального генома" многоклеточных неизвестным разумом в определенное время в прошлом).

[Imperor]

Вся байда заключается вот в чём... Явление горизонтального переноса можно зафиксировать и даже воспроизвести в эксперименте.

Да неужели? А есть ссылки на такие эксперименты? Например, где зафиксирована передача работающего гена от гриба к божьей коровке (минуя тлю и всех остальных)?

Явный прокол креационистов будет состоять в том, что экспериментально нельзя обнаружить даже личность таинственного"конструктора", не говоря уже о том, чтобы поймать его за руку прямо во время очередного творческого акта.

Чтобы строить абсолютно креационные гипотезы (и проверять их), совсем не обязательно пытаться обнаружить личность таинственного конструктора с последующими попытками ухватить его за бороду. Для того, чтобы прийти к выводу об искусственности жизни на Земле, достаточно просто надежных свидетельств подобной искусственности. Некоторые (на мой взгляд) чрезвычайно весомые свидетельства представил в своем докладе Шерман. Но если Вы не понимаете их значения, то могу предложить другой пример - допустим, Вы, наконец, расшифровали генетический код, и вдруг обнаружили в повторах постоянно мелькающий текст нуклеотидной последовательности, который в переводе на русский звучит, например, так: "Это живое создание сделал Я (и подпись)...". После обнаружения подобной надписи в генетическом коде Вы по-прежнему будете настаивать на естественности происхождения живых организмов? Или всё же передумаете?

[Imperor]

Почему мушиные гены "понимают" генетический код млекопитающего? А если они - лишь инициаторы экспрессии генов?... ...Может, и здесь так же - работа гена состоит лишь в том, чтобы "нажимать на кнопку"?

Так они и есть именно лишь инициаторы экспрессии генов (если я, конечно, правильно понимаю их значение). Я не понимаю одного - как они могут: а) в принципе вести себя осмысленно в геноме, который им вообще не родственник, б) и не просто осмысленно - еще и выполнять те же функции, что и в родном геноме?!
Объясните мне пожалуйста, конкретно, этот механизм - как такое может быть?
Ведь если взять Вашу же аналогию с "просто кнопкой", то любая кнопка - это, на самом деле, не просто кнопка - от нее тянутся вполне определенные провода к вполне определенным местам. Именно поэтому включение этой кнопки приводит к ожидаемому результату. А тут получается, прикрепил кнопку включения компьютера в любое произвольное место на системном блоке... нажал... компьютер включился... Что это за чудесная кнопка такая? Механизм объясните работы "кнопки" (я имею в виду, всё же, механизм работы Hox-гена).

[Imperor]

Да мне пофигу это. Я хотел сказать, что глаза (и "глазные" гены) появились очень рано в эволюционном плане. Поэтому неудивительно их наличие и некоторое сходство у насекомых и позвоночных.

1. Я бы уточнил - "некоторое сходство глаз у членистоногих, позвоночных, кишечнополостных (обсуждаемая выше медуза), моллюсков и др."
Например, у обсуждаемой выше медузы есть хрусталик и сетчатка (как и у морских гребешков, кстати - сотня глаз с роговицей, хрусталиком и сетчаткой). Да вот незадача... подходящей нервной системы не обеспечены эти глаза, поэтому и не видят почти... а у медузы, вообще, фокусное расстояние не совпадает с расстоянием до сетчатки... Что и говорить, "удивительные вещи творятся в датском королевстве"...
2. Итак, Вы всё-таки предполагаете, что общие глаза появились уже у наших общих предков, колониальных жгутиковых?

[DNAoidea]

про медузьи глаза уже слышал достаточно, но где и как это обнаруженно?.. сколько там у них клеток в сетчатке?.. ну а про нервную систему - что значит подходящей?

[Павел Волков]

Imperor, я сомневаюсь, что общими предками первично- и вторичноротых были колониальные жгутиковые. А что касается некоторого сходства в строении глаз - так законы физики (в т. ч. оптики) одинаковы что для нас, что для медузы. И я сомневаюсь, что медузьи глаза дают такое уж чудесное изображение, чтобы можно было считать его препятствием для теории эволюции. Строение глаза всегда адекватно образу жизни и поведению живого существа - не будет у улитки орлиных глаз, если она не сумеет двигаться и взаимодействовать с миром, как орёл. Той же медузе достаточно различать свет и тень, оценивать размеры предмета (большой-маленький), и на этом строить своё поведение. Кино в 3D она не станет смотреть.

[идрис]

Вы про это http://www.paleo.ru/forum/index.php?action=printpage;topic=1701.0

Если предполагать выделение неких Metazoa, то есть какого то единства. То очевидно, что они имеют некое единое происхождение. В этой связи очевидно, что одни и те же гены могут быть (вероятно обязаны быть) у всех потомков особей, где гены появились. Могут конечно отдельные группы генов выпасть, но важные для организма гены сохранятся.
Вот например сайт http://about-metazoa.ru/


Насколько я понимаю, в отечественной геологии в свое время господствовал подход в выделении Венда, как этапа позднего протерозоя, когда уже очевидно существовали все варианты многоклеточных организмов. Другое дело, что их скелеты были мягкими и сохранились преимущественно отпечатки. Но организмы уже существовали. Однако международные комиссии не приняли такого подхода и пока кембрий считают самым ранним этапом явной жизни. Хотя если такой вопрос стоял, значит Кембрийский взрыв понятие растяжимое.

[Imperor]

Если предполагать выделение неких Metazoa, то есть какого то единства. То очевидно, что они имеют некое единое происхождение.

Нет. Единое происхождение Metazoa отнюдь не очевидно.

В этой связи очевидно, что одни и те же гены могут быть (вероятно обязаны быть) у всех потомков особей, где гены появились. Могут конечно отдельные группы генов выпасть, но важные для организма гены сохранятся.

Вопросов здесь несколько, и все они тяжелы для дарвинизма.
1. Был ли общий (многоклеточный) предок у всех Metazoa? Если не было, то почему гены столь разных организмов запросто строят друг другу структуры, разные по происхождению, но идентичные по выполняемой функции?
2. Если же такой многоклеточный предок был, то был ли он уже глазастым (и крыластым)? И сохранялись ли эти глаза (и крылья) на протяжении всей "эволюционной линейки" к насекомым с одной стороны и к млекопитающим с другой? Т.е. работали ли эти "глазастые гены" у каждого из последовательных предков рассматриваемых организмов? Если нет, то тогда опять вопрос предыдущий вопрос - почему гены столь разных организмов запросто строят друг другу структуры, разные по происхождению, но идентичные по выполняемой функции?
3. Если же да (т.е. глаза и у тех и у других "работали" непрерывно во всей линейке их предков), то тогда для дарвинизма ситуация становится немного полегче, хотя продолжает "висеть" вопрос - как получилось, что копии этих генов настолько сохранились в неизменном состоянии, что продолжают спокойно понимать друг друга даже спустя полмиллиарда лет их независимого существования?

Насколько я понимаю, в отечественной геологии в свое время господствовал подход в выделении Венда, как этапа позднего протерозоя...

Давайте не будем вдаваться в эти тонкости. Да, широко известны так называемые «черновики Господа Бога» в виде эдиакарской и (если ничего не изменилось в её интерпретации) хайнаньской фаун. Мы в эти дебри лезть не будем. Совершенно очевидно, что Шерман взял «кембрийский взрыв», как одну из возможных точек отсчета.
В ссылке, Вами выложенной, Комбинатор предположил, что Земля периодически пополнялась новыми генами из космоса. Я вообще могу предположить, что основные таксоны появлялись каждый раз путем независимого «выпадения из сингулярности». В данном случае, это не основная суть вопроса.
Суть же вопроса, которую я пытаюсь обсудить:
1.   Насколько приведенные Шерманом примеры вписываются в прогнозы теории естественного отбора?
2.   Насколько приведенные Шерманом примеры можно интерпретировать, как искусственное создание геномов?

[Imperor]

про медузьи глаза уже слышал достаточно, но где и как это обнаруженно?.. сколько там у них клеток в сетчатке?.. ну а про нервную систему - что значит подходящей?

Погуглил немного. Вот что нагуглил на эту тему (если журналисты правильно понимали, о чем писали, а я правильно понял их).

Да, действительно, здесь имела место, как бы это помягче сказать... некая "эволюционная драма" (которую я, как обычно, "проспал" ) Причем эта "драма" развернулась прямо у нас на глазах. Вот хронология событий:

1.   2005 год. Начало истории. Исследователи обнаруживают у медузы Tripedalia cystophora глаза столь совершенного строения (в частности изумительно совершенный хрусталик), что отсюда следует вывод - медузы смотрят на мир столь же (если не более) совершенным образом, что и птицы:
Более того, медузьи глаза имеют чрезвычайно сильное сходство с глазами позвоночных.
http://www.membrana.ru/lenta/?4615

2. 2006 год. Продолжение истории. Эти же исследователи в ходе дальнейшей работы обнаруживают, что свои удивительные глаза медуза не может эффективно использовать по двум причинам:
А) Медузы страдают сильной степенью дальнозоркости (а естественный отбор ничего с этим безобразием не делает - даже и не думает «лечить» медузе зрение путем «выживания наиболее приспособленных» ).
Б) У медузы нет подходящей (мощной) нервной системы, которая позволила бы обработать тот объем информации, который, в принципе, её глаза позволяют ей спокойно получить.
Исследователи в шоке (т.е. теряются в догадках) зачем тогда медузе столь совершенные глаза, и как они возникли? И предполагают, что медузе они нужны лишь для того, чтобы видеть крупные потоки света, льющиеся в воде через «окошки» в мангровых зарослях. Вероятно, эту мысль исследователи почерпнули из следующего факта – хорошо известно, что мощнейший компьютер с четырех-ядерным процессором, в принципе, можно использовать исключительно в качестве калькулятора...
http://elementy.ru/news/430356

3.   Здесь к делу подключается Шерман. Он пишет статью и делает доклад о своей идее «универсального генома». В заключительной части доклада он предлагает несколько возможных способов проверки его гипотезы, в частности, отмечает, что хорошим примером подтверждения его гипотезы является глаз рассматриваемой медузы – он демонстрирует случайное включение у медузы генов, предназначенных высшим животным.

4.   2007 год. Завершение истории. Генетики исследуют гены глаза медузы и обнаруживают их чрезвычайное сходство с генами глаз человека!
http://www.radio.cz/ru/statja/106793

Таким образом, предположение Шермана получает дополнительное подтверждение (его предсказание о единстве генов у двух столь разных животных полностью подтверждается).

P.s. Последняя статья самая смутная. Создается ощущение, что либо исследователи сами в шоке от своего открытия и поэтому городят ерунду о «независимом происхождении» несмотря на то, что сами же открыли «общее происхождение», либо журналист сильно чего-то не понял.